MicrobesOnline Operon Predictions for Chlamydophila caviae GPIC

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 230642 230643 CCA00002 CCA00003 nqrA   TRUE 0.851 22.000 0.086 NA   NA
 230645 230646 CCA00005 CCA00006     FALSE 0.072 296.000 0.005 1.000 N NA
 230647 230648 CCA00007 CCA00008 recB recC TRUE 0.982 -13.000 0.542 0.006 Y NA
 230653 230654 CCA00013 CCA00014     FALSE 0.256 109.000 0.008 NA   NA
 230654 230655 CCA00014 CCA00015     FALSE 0.565 111.000 0.833 NA   NA
 230657 230658 CCA00017 CCA00018     TRUE 0.731 39.000 0.500 NA   NA
 230659 230660 CCA00019 CCA00020     TRUE 0.849 6.000 0.009 NA   NA
 230660 230661 CCA00020 CCA00021   kdsA TRUE 0.781 -3.000 0.011 NA   NA
 230662 10692408 CCA00022 CCA00023     FALSE 0.045 102.000 0.000 NA   NA
 10692408 230663 CCA00023 CCA00024     FALSE 0.006 237.000 0.000 NA   NA
 230663 230664 CCA00024 CCA00025     TRUE 0.948 2.000 1.000 NA   NA
 230664 230665 CCA00025 CCA00026     FALSE 0.210 113.000 0.007 NA   NA
 230665 230666 CCA00026 CCA00027     TRUE 0.944 4.000 0.110 0.006   NA
 230667 230668 CCA00028 CCA00029     FALSE 0.012 347.000 0.000 1.000   NA
 230668 230669 CCA00029 CCA00030     TRUE 0.877 20.000 0.146 NA   NA
 230669 230670 CCA00030 CCA00031     TRUE 0.596 47.000 0.171 NA   NA
 230670 230671 CCA00031 CCA00032     TRUE 0.908 24.000 0.857 NA   NA
 230671 230672 CCA00032 CCA00033     TRUE 0.918 19.000 0.500 NA   NA
 230672 230673 CCA00033 CCA00034     TRUE 0.693 44.000 0.500 NA   NA
 230673 230674 CCA00034 CCA00035   sctN TRUE 0.944 2.000 0.857 NA   NA
 230674 230675 CCA00035 CCA00036 sctN   TRUE 0.929 21.000 0.875 NA   NA
 230675 230676 CCA00036 CCA00037     TRUE 0.892 -9.000 0.750 NA   NA
 230676 230677 CCA00037 CCA00038   sctQ TRUE 0.947 13.000 0.600 NA   NA
 230677 230678 CCA00038 CCA00039 sctQ pkn5 TRUE 0.961 18.000 0.583 1.000 N NA
 230678 230679 CCA00039 CCA00040 pkn5 sctC TRUE 0.930 -3.000 0.208 1.000 N NA
 230679 402323 CCA00040 CCA_t03 sctC tRNA-Thr FALSE 0.013 160.000 0.000 NA   NA
 230680 230681 CCA00041 CCA00042     TRUE 0.894 -16.000 0.848 1.000   NA
 230681 402358 CCA00042 CCA_t04   tRNA-Lys FALSE 0.032 113.000 0.000 NA   NA
 402358 402357 CCA_t04 CCA_t05 tRNA-Lys tRNA-Glu FALSE 0.169 27.000 0.000 NA   NA
 402357 230682 CCA_t05 CCA00043 tRNA-Glu frr FALSE 0.027 120.000 0.000 NA   NA
 230682 230683 CCA00043 CCA00044 frr pyrH TRUE 0.962 2.000 0.626 1.000 N NA
 230683 230684 CCA00044 CCA00045 pyrH tsf TRUE 0.963 16.000 0.416 1.000 N NA
 230684 230685 CCA00045 CCA00046 tsf rpsB TRUE 0.989 0.000 0.748 1.000 Y NA
 230685 402356 CCA00046 CCA_t06 rpsB tRNA-Gly FALSE 0.049 84.000 0.000 NA   NA
 402356 230686 CCA_t06 CCA00047 tRNA-Gly ompA FALSE 0.007 223.000 0.000 NA   NA
 230687 230688 CCA00048 CCA00049 pbp2   TRUE 0.633 68.000 0.400 1.000   NA
 230688 230689 CCA00049 CCA00050     FALSE 0.039 355.000 0.000 1.000 N NA
 230689 230690 CCA00050 CCA00051     TRUE 0.990 4.000 0.466 1.000 Y NA
 230690 230691 CCA00051 CCA00052     TRUE 0.988 2.000 0.482 1.000 Y NA
 230691 230692 CCA00052 CCA00053   b1680 TRUE 0.900 -10.000 0.193 1.000 N NA
 230693 230694 CCA00054 CCA00055     FALSE 0.216 194.000 0.714 NA   NA
 230696 230697 CCA00057 CCA00058 dppF   TRUE 0.983 -7.000 0.250 0.003 Y NA
 230698 230699 CCA00059 CCA00060     TRUE 0.958 7.000 0.937 NA   NA
 230699 230700 CCA00060 CCA00061   pgk FALSE 0.448 38.000 0.005 1.000   NA
 230700 230701 CCA00061 CCA00062 pgk   FALSE 0.004 453.000 0.000 NA   NA
 230701 230702 CCA00062 CCA00063     TRUE 0.918 19.000 0.500 NA   NA
 230702 230703 CCA00063 CCA00064     TRUE 0.666 96.000 1.000 NA   NA
 230703 230704 CCA00064 CCA00065     FALSE 0.212 124.000 0.012 NA   NA
 230705 230706 CCA00066 CCA00067     TRUE 0.648 51.000 0.455 NA   NA
 230708 230709 CCA00069 CCA00070     TRUE 0.858 -31.000 0.875 NA   NA
 230709 230710 CCA00070 CCA00071     TRUE 0.942 17.000 0.750 NA   NA
 230712 230713 CCA00073 CCA00074 dnaE uhpC TRUE 0.815 26.000 0.007 1.000 N NA
 230714 230715 CCA00075 CCA00076   hisS FALSE 0.512 69.000 0.115 NA   NA
 230715 230716 CCA00076 CCA00077 hisS aspS TRUE 0.954 -25.000 0.009 0.076 Y NA
 230716 230717 CCA00077 CCA00078 aspS mip FALSE 0.475 76.000 0.006 1.000 N NA
 230717 230718 CCA00078 CCA00079 mip   TRUE 0.896 -3.000 0.011 1.000 N NA
 230719 402355 CCA00080 CCA_t07 trx tRNA-Leu FALSE 0.084 42.000 0.000 NA   NA
 230720 230721 CCA00081 CCA00082     FALSE 0.009 186.000 0.000 NA   NA
 230721 230722 CCA00082 CCA00083     FALSE 0.004 455.000 0.000 NA   NA
 230722 230723 CCA00083 CCA00084     TRUE 0.647 -21.000 0.010 NA   NA
 230723 230724 CCA00084 CCA00085   dnaQ-1 TRUE 0.825 10.000 0.007 NA   NA
 230724 230725 CCA00085 CCA00086 dnaQ-1   FALSE 0.277 161.000 0.072 NA N NA
 230725 230726 CCA00086 CCA00087     TRUE 0.948 8.000 0.072 NA N NA
 230726 230727 CCA00087 CCA00088   lpxC TRUE 0.984 15.000 0.012 1.000 Y NA
 230727 230728 CCA00088 CCA00089 lpxC fabZ TRUE 0.937 15.000 0.012 1.000 N NA
 230728 230729 CCA00089 CCA00090 fabZ lpxA TRUE 0.954 10.000 0.048 1.000 N NA
 230729 230730 CCA00090 CCA00091 lpxA fmt TRUE 0.807 -13.000 0.007 1.000 N NA
 230730 230731 CCA00091 CCA00092 fmt   FALSE 0.151 116.000 0.006 NA   NA
 230731 230732 CCA00092 CCA00093   rplC FALSE 0.005 296.000 0.000 NA   NA
 230732 230733 CCA00093 CCA00094 rplC rplD TRUE 0.986 17.000 0.020 0.055 Y NA
 230733 230734 CCA00094 CCA00095 rplD rplW TRUE 0.985 17.000 0.013 0.055 Y NA
 230734 230735 CCA00095 CCA00096 rplW rplB TRUE 0.990 22.000 0.849 0.043 Y NA
 230735 230736 CCA00096 CCA00097 rplB rpsS TRUE 0.994 6.000 0.820 0.075 Y NA
 230736 230737 CCA00097 CCA00098 rpsS rplV TRUE 0.991 19.000 0.769 0.075 Y NA
 230737 230738 CCA00098 CCA00099 rplV rpsC TRUE 0.994 9.000 0.719 0.075 Y NA
 230738 230739 CCA00099 CCA00100 rpsC rplP TRUE 0.983 27.000 0.828 0.075 Y NA
 230739 230740 CCA00100 CCA00101 rplP rpmC TRUE 0.968 6.000 0.802 0.055   NA
 230740 230741 CCA00101 CCA00102 rpmC rpsQ TRUE 0.933 -7.000 0.828 0.055   NA
 230741 230742 CCA00102 CCA00103 rpsQ rplN TRUE 0.970 35.000 0.791 0.075 Y NA
 230742 230743 CCA00103 CCA00104 rplN rplX TRUE 0.994 15.000 0.810 0.075 Y NA
 230743 230744 CCA00104 CCA00105 rplX rplE TRUE 0.992 2.000 0.758 0.055 Y NA
 230744 230745 CCA00105 CCA00106 rplE rpsH TRUE 0.986 19.000 0.059 0.055 Y NA
 230745 230746 CCA00106 CCA00107 rpsH rplF TRUE 0.975 32.000 0.808 0.055 Y NA
 230746 230747 CCA00107 CCA00108 rplF rplR TRUE 0.988 23.000 0.815 0.055 Y NA
 230747 230748 CCA00108 CCA00109 rplR rpsE TRUE 0.993 16.000 0.814 0.075 Y NA
 230748 230749 CCA00109 CCA00110 rpsE rplO TRUE 0.979 -7.000 0.148 0.075 Y NA
 230749 230750 CCA00110 CCA00111 rplO secY TRUE 0.935 25.000 0.730 1.000 N NA
 230750 230751 CCA00111 CCA00112 secY rpsM TRUE 0.626 56.000 0.011 1.000 N NA
 230751 230752 CCA00112 CCA00113 rpsM rpsK TRUE 0.990 21.000 0.810 0.055 Y NA
 230752 230753 CCA00113 CCA00114 rpsK rpoA TRUE 0.877 -30.000 0.308 1.000 N NA
 230753 230754 CCA00114 CCA00115 rpoA rplQ TRUE 0.977 9.000 0.873 1.000 N NA
 230754 230755 CCA00115 CCA00116 rplQ gap TRUE 0.633 39.000 0.006 1.000 N NA
 230755 230756 CCA00116 CCA00117 gap   TRUE 0.918 13.000 0.128 NA   NA
 230756 402324 CCA00117 CCA_t08   tRNA-Leu FALSE 0.011 176.000 0.000 NA   NA
 402324 230757 CCA_t08 CCA00118 tRNA-Leu   FALSE 0.005 252.000 0.000 NA   NA
 230757 230758 CCA00118 CCA00119   ruvC FALSE 0.224 106.000 0.006 NA   NA
 230758 230759 CCA00119 CCA00120 ruvC ruvA TRUE 0.990 0.000 0.451 0.020 Y NA
 230759 230760 CCA00120 CCA00121 ruvA ndk FALSE 0.520 65.000 0.006 1.000 N NA
 230761 230762 CCA00122 CCA00123   gidA TRUE 0.819 -13.000 0.008 1.000 N NA
 230762 230763 CCA00123 CCA00124 gidA dnaB FALSE 0.038 395.000 0.000 1.000 N NA
 402325 230764 CCA_t09 CCA00125 tRNA-Ser   FALSE 0.007 211.000 0.000 NA   NA
 230764 230765 CCA00125 CCA00126   tlc-1 FALSE 0.073 236.000 0.000 0.064 N NA
 230765 230766 CCA00126 CCA00127 tlc-1   FALSE 0.310 98.000 0.000 1.000 N NA
 230766 230767 CCA00127 CCA00128   polA TRUE 0.583 31.000 0.000 1.000 N NA
 230767 230768 CCA00128 CCA00129 polA   TRUE 0.909 -6.000 0.068 1.000 N NA
 230768 230769 CCA00129 CCA00130   rho TRUE 0.899 -3.000 0.013 1.000 N NA
 230771 230772 CCA00132 CCA00133 pyrE glgC FALSE 0.325 137.000 0.012 1.000 N NA
 230772 230773 CCA00133 CCA00134 glgC   FALSE 0.401 115.000 0.070 1.000   NA
 230773 230774 CCA00134 CCA00135     TRUE 0.793 -3.000 0.008 1.000   NA
 230774 230775 CCA00135 CCA00136     FALSE 0.121 193.000 0.005 1.000 N NA
 230777 230778 CCA00138 CCA00139     FALSE 0.063 55.000 0.000 NA   NA
 230778 230779 CCA00139 CCA00140     FALSE 0.052 72.000 0.000 NA   NA
 230779 230780 CCA00140 CCA00141     FALSE 0.004 511.000 0.000 NA   NA
 230780 230781 CCA00141 CCA00142     FALSE 0.004 758.000 0.000 NA   NA
 230781 230782 CCA00142 CCA00143     TRUE 0.874 -18.000 0.318 0.033   NA
 230782 230783 CCA00143 CCA00144     TRUE 0.955 5.000 0.400 0.033   NA
 230784 230785 CCA00145 CCA00146 ada   TRUE 0.914 15.000 0.125 NA   NA
 230785 230786 CCA00146 CCA00147   pheT TRUE 0.742 0.000 0.006 NA   NA
 230788 230789 CCA00149 CCA00150     TRUE 0.653 -10.000 0.007 NA   NA
 402326 230790 CCA_t10 CCA00151 tRNA-Leu   FALSE 0.048 87.000 0.000 NA   NA
 230791 230792 CCA00152 CCA00153     TRUE 0.804 5.000 0.007 NA   NA
 230792 230793 CCA00153 CCA00154     TRUE 0.648 -46.000 0.015 NA   NA
 230793 402354 CCA00154 CCA_t11   tRNA-Arg FALSE 0.025 122.000 0.000 NA   NA
 402354 230794 CCA_t11 CCA00155 tRNA-Arg   FALSE 0.040 107.000 0.000 NA   NA
 230796 230797 CCA00157 CCA00158     TRUE 0.756 -19.000 0.057 NA   NA
 230797 402353 CCA00158 CCA_t12   tRNA-Leu FALSE 0.048 91.000 0.000 NA   NA
 402353 230798 CCA_t12 CCA00159 tRNA-Leu   FALSE 0.061 56.000 0.000 NA   NA
 10692409 230800 CCA00161 CCA00162   ispD FALSE 0.251 -3.000 0.000 NA   NA
 230800 230801 CCA00162 CCA00163 ispD   TRUE 0.724 -16.000 0.010 1.000   NA
 230801 230802 CCA00163 CCA00164     TRUE 0.598 72.000 0.316 1.000   NA
 230803 230804 CCA00165 CCA00166   prfB FALSE 0.006 226.000 0.000 NA   NA
 230804 230805 CCA00166 CCA00167 prfB yhhY TRUE 0.967 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 230805 230806 CCA00167 CCA00168 yhhY   TRUE 0.697 41.000 0.200 1.000   NA
 230806 230807 CCA00168 CCA00169     FALSE 0.477 -16.000 0.003 NA   NA
 230810 230811 CCA00172 CCA00173 argS   TRUE 0.878 0.000 0.006 1.000 N NA
 230811 230812 CCA00173 CCA00174   cmk TRUE 0.882 -3.000 0.008 1.000 N NA
 230812 230813 CCA00174 CCA00175 cmk   TRUE 0.882 -3.000 0.008 1.000 N NA
 230813 230814 CCA00175 CCA00176   uppS TRUE 0.988 3.000 0.400 1.000 Y NA
 230815 230816 CCA00177 CCA00178     FALSE 0.006 247.000 0.000 NA   NA
 230816 230817 CCA00178 CCA00179   recJ FALSE 0.361 88.000 0.007 1.000   NA
 230817 230818 CCA00179 CCA00180 recJ   FALSE 0.004 441.000 0.000 NA   NA
 230818 230819 CCA00180 CCA00181     FALSE 0.004 615.000 0.000 NA   NA
 230819 230820 CCA00181 CCA00182   gltX FALSE 0.014 272.000 0.000 1.000   NA
 230822 230823 CCA00184 CCA00185 omp3B omcB FALSE 0.373 165.000 0.600 0.003   NA
 230823 230824 CCA00185 CCA00186 omcB crpA FALSE 0.144 211.000 0.200 1.000   NA
 230825 230826 CCA00187 CCA00188     FALSE 0.238 128.000 0.025 NA   NA
 230827 230828 CCA00189 CCA00190   rpsL FALSE 0.008 197.000 0.000 NA   NA
 230828 230829 CCA00190 CCA00191 rpsL rpsG TRUE 0.932 44.000 0.029 0.011 Y NA
 230829 230830 CCA00191 CCA00192 rpsG fusA TRUE 0.898 42.000 0.008 1.000 Y NA
 230830 230831 CCA00192 CCA00193 fusA rpsJ TRUE 0.982 8.000 0.007 1.000 Y NA
 230831 230832 CCA00193 CCA00194 rpsJ   TRUE 0.914 12.000 0.006 1.000 N NA
 230834 402327 CCA00196 CCA_t13   tRNA-Phe FALSE 0.050 79.000 0.000 NA   NA
 402327 230835 CCA_t13 CCA00197 tRNA-Phe rplU FALSE 0.015 148.000 0.000 NA   NA
 230835 230836 CCA00197 CCA00198 rplU rpmA TRUE 0.980 28.000 0.667 0.052 Y NA
 230836 230837 CCA00198 CCA00199 rpmA   FALSE 0.449 117.000 0.335 1.000   NA
 230838 230839 CCA00200 CCA00201     TRUE 0.985 -3.000 0.616 1.000 Y NA
 230839 230840 CCA00201 CCA00202     TRUE 0.985 -3.000 0.509 1.000 Y NA
 2210293 230841 CCA_t14 CCA00203   thiE FALSE 0.005 315.000 0.000 NA   NA
 230841 230842 CCA00203 CCA00204 thiE thiM TRUE 0.983 -6.000 0.190 0.004 Y NA
 230843 230844 CCA00205 CCA00206     FALSE 0.236 201.000 0.400 0.026   NA
 230844 230845 CCA00206 CCA00207     FALSE 0.007 223.000 0.000 NA   NA
 230845 230846 CCA00207 CCA00208     TRUE 0.904 25.000 1.000 NA   NA
 230846 230847 CCA00208 CCA00209     FALSE 0.153 199.000 0.333 NA   NA
 230847 230848 CCA00209 CCA00210   lspA TRUE 0.703 71.000 0.038 0.069 N NA
 230848 230849 CCA00210 CCA00211 lspA   TRUE 0.950 6.000 0.038 1.000 N NA
 230849 230850 CCA00211 CCA00212     TRUE 0.748 31.000 0.009 NA N NA
 230851 230852 CCA00213 CCA00214 ribE   TRUE 0.819 2.000 0.006 1.000   NA
 230852 230853 CCA00214 CCA00215     TRUE 0.840 -12.000 0.213 1.000   NA
 230853 230854 CCA00215 CCA00216   lpxK FALSE 0.083 252.000 0.006 1.000 N NA
 230854 230855 CCA00216 CCA00217 lpxK   TRUE 0.932 4.000 0.013 1.000 N NA
 230855 230856 CCA00217 CCA00218     TRUE 0.993 13.000 0.714 1.000 Y NA
 230856 230857 CCA00218 CCA00219     TRUE 0.913 31.000 0.857 1.000 N NA
 230858 230859 CCA00220 CCA00221     FALSE 0.004 480.000 0.000 NA   NA
 230859 230860 CCA00221 CCA00222     TRUE 0.652 72.000 0.750 NA   NA
 230860 230861 CCA00222 CCA00223     TRUE 0.586 55.000 0.273 NA   NA
 230862 230863 CCA00224 CCA00225 glyA clpP-2 TRUE 0.848 20.000 0.003 1.000 N NA
 230863 230864 CCA00225 CCA00226 clpP-2 dapF TRUE 0.698 -31.000 0.002 1.000 N NA
 230864 230865 CCA00226 CCA00227 dapF   FALSE 0.113 151.000 0.008 NA   NA
 230866 230867 CCA00228 CCA00229     TRUE 0.599 -25.000 0.008 NA   NA
 230867 230868 CCA00229 CCA00230     TRUE 0.768 -27.000 0.205 NA   NA
 230868 230869 CCA00230 CCA00231     TRUE 0.690 -34.000 0.027 NA   NA
 230869 230870 CCA00231 CCA00232     TRUE 0.834 31.000 0.714 NA   NA
 230870 230871 CCA00232 CCA00233   rsbV_1 TRUE 0.639 61.000 0.571 NA   NA
 230871 230872 CCA00233 CCA00234 rsbV_1   FALSE 0.247 116.000 0.011 NA   NA
 230872 230873 CCA00234 CCA00235     TRUE 0.902 2.000 0.222 NA   NA
 230873 230874 CCA00235 CCA00236     TRUE 0.715 20.000 0.006 NA   NA
 230874 230875 CCA00236 CCA00237     TRUE 0.933 18.000 0.667 NA   NA
 230875 230876 CCA00237 CCA00238     FALSE 0.270 121.000 0.024 NA   NA
 230876 230877 CCA00238 CCA00239     FALSE 0.091 186.000 0.011 NA   NA
 230877 230878 CCA00239 CCA00240     TRUE 0.872 0.000 0.005 1.000 N NA
 230878 230879 CCA00240 CCA00241   dnaK FALSE 0.172 154.000 0.003 1.000 N NA
 230879 230880 CCA00241 CCA00242 dnaK grpE TRUE 0.969 31.000 0.224 0.015 Y NA
 230880 230881 CCA00242 CCA00243 grpE hrcA TRUE 0.934 -3.000 0.286 1.000 N NA
 230881 230882 CCA00243 CCA00244 hrcA proS FALSE 0.449 109.000 0.007 1.000 N NA
 230883 230884 CCA00245 CCA00246     FALSE 0.547 109.000 0.667 NA   NA
 230884 230885 CCA00246 CCA00247     TRUE 0.839 4.000 0.010 NA   NA
 230886 230887 CCA00248 CCA00249     TRUE 0.900 6.000 0.037 NA   NA
 230888 230889 CCA00250 CCA00251     FALSE 0.042 106.000 0.000 NA   NA
 230889 230890 CCA00251 CCA00252     FALSE 0.005 316.000 0.000 NA   NA
 230892 230893 CCA00254 CCA00255     TRUE 0.786 -3.000 0.011 NA   NA
 230893 230894 CCA00255 CCA00256     TRUE 0.662 24.000 0.005 1.000   NA
 230897 230898 CCA00259 CCA00260   aroG FALSE 0.007 212.000 0.000 NA   NA
 230898 230899 CCA00260 CCA00261 aroG   TRUE 0.924 16.000 0.333 NA   NA
 230900 230901 CCA00262 CCA00263 artJ   FALSE 0.007 208.000 0.000 NA   NA
 230901 230902 CCA00263 CCA00264     FALSE 0.540 33.000 0.008 NA   NA
 230902 230903 CCA00264 CCA00265     TRUE 0.878 10.000 0.008 1.000   NA
 230903 230904 CCA00265 CCA00266     FALSE 0.152 123.000 0.005 1.000   NA
 230904 230905 CCA00266 CCA00267     TRUE 0.775 -3.000 0.010 NA   NA
 230905 230906 CCA00267 CCA00268   glgB TRUE 0.948 13.000 0.636 NA   NA
 230906 230907 CCA00268 CCA00269 glgB   FALSE 0.266 148.000 0.364 NA   NA
 230907 230908 CCA00269 CCA00270     FALSE 0.007 205.000 0.000 NA   NA
 230909 230910 CCA00271 CCA00272     TRUE 0.949 23.000 1.000 0.025   NA
 230910 230911 CCA00272 CCA00273     FALSE 0.073 164.000 0.000 0.025   NA
 230911 230912 CCA00273 CCA00274     FALSE 0.571 27.000 0.000 0.025   NA
 230912 230913 CCA00274 CCA00275     FALSE 0.007 210.000 0.000 NA   NA
 230915 230916 CCA00277 CCA00278     TRUE 0.932 26.000 1.000 0.025   NA
 230916 230917 CCA00278 CCA00279     FALSE 0.035 249.000 0.000 0.025   NA
 230917 230918 CCA00279 CCA00280     FALSE 0.032 285.000 0.000 0.025   NA
 230918 230919 CCA00280 CCA00281     FALSE 0.468 154.000 1.000 0.025   NA
 230919 230920 CCA00281 CCA00282     FALSE 0.484 136.000 0.667 0.025   NA
 230920 230921 CCA00282 CCA00283     TRUE 0.610 115.000 0.667 0.025   NA
 230921 230922 CCA00283 CCA00284     TRUE 0.607 123.000 1.000 0.025   NA
 230922 10692410 CCA00284 CCA00285     FALSE 0.016 144.000 0.000 NA   NA
 10692410 230923 CCA00285 CCA00286     FALSE 0.007 224.000 0.000 NA   NA
 230924 10692411 CCA00287 CCA00288 gatC   FALSE 0.275 20.000 0.000 NA   NA
 10692411 230925 CCA00288 CCA00289   gatB FALSE 0.292 0.000 0.000 NA   NA
 230926 230927 CCA00290 CCA00291     FALSE 0.138 281.000 0.667 NA   NA
 230927 230928 CCA00291 CCA00292     FALSE 0.390 128.000 0.571 NA   NA
 230928 230929 CCA00292 CCA00293   rnhC FALSE 0.066 225.000 0.011 NA   NA
 230929 230930 CCA00293 CCA00294 rnhC   FALSE 0.013 155.000 0.000 NA   NA
 230932 230933 CCA00296 CCA00297     FALSE 0.005 289.000 0.000 NA   NA
 230933 230934 CCA00297 CCA00298     FALSE 0.005 323.000 0.000 NA   NA
 230935 230936 CCA00299 CCA00300     FALSE 0.294 178.000 1.000 NA   NA
 230937 230938 CCA00301 CCA00302     FALSE 0.562 112.000 0.667 1.000   NA
 230938 230939 CCA00302 CCA00303   ksgA TRUE 0.821 9.000 0.005 1.000   NA
 230940 230941 CCA00304 CCA00305 dxs   TRUE 0.785 -3.000 0.011 NA   NA
 230941 230942 CCA00305 CCA00306   xseB TRUE 0.821 15.000 0.007 NA   NA
 230942 230943 CCA00306 CCA00307 xseB xseA TRUE 0.958 4.000 0.412 0.003   NA
 230944 230945 CCA00308 CCA00309 tpiA secG FALSE 0.043 290.000 0.000 1.000 N NA
 230945 230946 CCA00309 CCA00310 secG   FALSE 0.060 58.000 0.000 NA   NA
 230946 230947 CCA00310 CCA00311   def FALSE 0.190 25.000 0.000 NA   NA
 230948 230949 CCA00312 CCA00313     TRUE 0.943 11.000 0.500 NA   NA
 230949 230950 CCA00313 CCA00314   maf TRUE 0.818 -18.000 0.017 NA N NA
 230950 230951 CCA00314 CCA00315 maf   FALSE 0.509 45.000 0.017 NA   NA
 230951 230952 CCA00315 CCA00316     TRUE 0.866 17.000 0.010 1.000   NA
 230952 230953 CCA00316 CCA00317     FALSE 0.524 43.000 0.009 1.000   NA
 230953 230954 CCA00317 CCA00318     FALSE 0.201 104.000 0.005 NA   NA
 230954 230955 CCA00318 CCA00319   lon FALSE 0.184 140.000 0.018 NA   NA
 230956 230957 CCA00320 CCA00321     FALSE 0.005 351.000 0.000 NA   NA
 230957 230958 CCA00321 CCA00322   rpsU FALSE 0.072 197.000 0.006 1.000   NA
 230958 230959 CCA00322 CCA00323 rpsU dnaJ TRUE 0.836 30.000 0.412 1.000   NA
 230959 230960 CCA00323 CCA00324 dnaJ pdhA/pdhB TRUE 0.835 35.000 0.300 1.000 N NA
 230961 10692412 CCA00325 CCA00326     FALSE 0.007 222.000 0.000 NA   NA
 230962 230963 CCA00327 CCA00328   ptsH TRUE 0.730 -10.000 0.013 NA   NA
 230963 230964 CCA00328 CCA00329 ptsH ptsI TRUE 0.986 1.000 0.026 0.005 Y NA
 230965 230966 CCA00330 CCA00331   dnaZ TRUE 0.923 3.000 0.411 NA   NA
 230967 230968 CCA00332 CCA00333     FALSE 0.133 31.000 0.000 NA   NA
 230969 230970 CCA00334 CCA00335     FALSE 0.006 247.000 0.000 NA   NA
 230970 230971 CCA00335 CCA00336     FALSE 0.004 393.000 0.000 NA   NA
 230971 230972 CCA00336 CCA00337     FALSE 0.004 354.000 0.000 NA   NA
 230972 230973 CCA00337 CCA00338     FALSE 0.004 382.000 0.000 NA   NA
 230973 230974 CCA00338 CCA00339     TRUE 0.625 75.000 0.667 NA   NA
 230974 230975 CCA00339 CCA00340     FALSE 0.089 129.000 0.003 NA   NA
 230975 230976 CCA00340 CCA00341   radA TRUE 0.787 -22.000 0.007 1.000 N NA
 230976 230977 CCA00341 CCA00342 radA rnc TRUE 0.769 -34.000 0.007 1.000 N NA
 230978 230979 CCA00343 CCA00344     FALSE 0.428 98.000 0.034 NA   NA
 230979 230980 CCA00344 CCA00345   sod FALSE 0.239 190.000 0.067 1.000 N NA
 230980 230981 CCA00345 CCA00346 sod accD FALSE 0.547 77.000 0.009 1.000 N NA
 230981 230982 CCA00346 CCA00347 accD dut TRUE 0.664 43.000 0.008 1.000 N NA
 230982 230983 CCA00347 CCA00348 dut ptsN_1 TRUE 0.911 2.000 0.008 1.000 N NA
 230983 230984 CCA00348 CCA00349 ptsN_1   TRUE 0.992 6.000 0.231 0.003 Y NA
 230984 230985 CCA00349 CCA00350     FALSE 0.499 99.000 0.231 NA   NA
 230985 230986 CCA00350 CCA00351     FALSE 0.219 188.000 0.667 NA   NA
 230987 230988 CCA00352 CCA00353     FALSE 0.380 12.000 0.000 NA   NA
 230991 230992 CCA00356 CCA00357     TRUE 0.934 -3.000 0.032 0.028 N NA
 230992 230993 CCA00357 CCA00358     FALSE 0.240 130.000 0.032 NA   NA
 230993 230994 CCA00358 CCA00359     TRUE 0.939 0.000 0.857 NA   NA
 230994 230995 CCA00359 CCA00360     FALSE 0.403 124.000 0.571 NA   NA
 230995 230996 CCA00360 CCA00361     TRUE 0.916 22.000 0.750 NA   NA
 230997 230998 CCA00362 CCA00363 nqrE nqrD TRUE 0.989 5.000 0.034 0.008 Y NA
 230998 230999 CCA00363 CCA00364 nqrD nqrC TRUE 0.973 -13.000 0.034 0.008 Y NA
 230999 231000 CCA00364 CCA00365 nqrC nqrB TRUE 0.991 5.000 0.093 0.003 Y NA
 231001 231002 CCA00367 CCA00368   dnaA-1 TRUE 0.877 17.000 0.006 NA N NA
 231004 231005 CCA00370 CCA00371     TRUE 0.917 4.000 0.286 NA   NA
 231006 231007 CCA00372 CCA00373 mraW   TRUE 0.769 0.000 0.007 NA   NA
 231007 231008 CCA00373 CCA00374   pbp3 TRUE 0.796 -13.000 0.135 NA   NA
 231010 231011 CCA00376 CCA00377 murE   TRUE 0.941 -85.000 0.014 1.000 Y NA
 231012 231013 CCA00378 CCA00379     FALSE 0.299 128.000 0.182 NA   NA
 231013 231014 CCA00379 CCA00380   accA FALSE 0.288 106.000 0.008 NA   NA
 231014 231015 CCA00380 CCA00381 accA   TRUE 0.790 -34.000 0.010 1.000 N NA
 231016 231017 CCA00382 CCA00383     TRUE 0.708 -19.000 0.019 NA   NA
 231017 231018 CCA00383 CCA00384   dnaQ-2 TRUE 0.832 -3.000 0.031 NA   NA
 231018 231019 CCA00384 CCA00385 dnaQ-2   TRUE 0.906 15.000 0.050 NA   NA
 231019 231020 CCA00385 CCA00386     TRUE 0.606 32.000 0.012 NA   NA
 231023 231024 CCA00389 CCA00390     FALSE 0.022 127.000 0.000 NA   NA
 231025 231026 CCA00392 CCA00393 mutY   TRUE 0.731 5.000 0.005 NA   NA
 231027 231028 CCA00394 CCA00395     TRUE 0.933 4.000 0.500 NA   NA
 231028 231029 CCA00395 CCA00396     FALSE 0.007 205.000 0.000 NA   NA
 231029 231030 CCA00396 CCA00397     FALSE 0.004 405.000 0.000 NA   NA
 231030 231031 CCA00397 CCA00398     TRUE 0.651 66.000 0.667 NA   NA
 231032 231033 CCA00399 CCA00400     TRUE 0.899 24.000 0.041 1.000 N NA
 231034 231035 CCA00401 CCA00402 hly3 tlyC_1 TRUE 0.881 -7.000 0.545 NA   NA
 231035 231036 CCA00402 CCA00403 tlyC_1   TRUE 0.935 10.000 0.364 NA   NA
 231036 231037 CCA00403 CCA00404   dcd TRUE 0.893 10.000 0.021 NA   NA
 231037 231038 CCA00404 CCA00405 dcd   FALSE 0.047 97.000 0.000 NA   NA
 231039 231040 CCA00406 CCA00407 ruvB   TRUE 0.731 -3.000 0.007 NA   NA
 231042 231043 CCA00409 CCA00410   ssb FALSE 0.011 672.000 0.000 1.000   NA
 231043 231044 CCA00410 CCA00411 ssb pepA TRUE 0.739 38.000 0.013 1.000 N NA
 231044 231045 CCA00411 CCA00412 pepA hctB FALSE 0.211 142.000 0.017 1.000   NA
 231045 231046 CCA00412 CCA00413 hctB   FALSE 0.166 150.000 0.006 0.053   NA
 231046 231047 CCA00413 CCA00414     TRUE 0.785 -3.000 0.007 1.000   NA
 231050 231051 CCA00417 CCA00418     FALSE 0.222 62.000 0.004 NA   NA
 231051 231052 CCA00418 CCA00419     TRUE 0.681 -10.000 0.008 NA   NA
 231053 231054 CCA00420 CCA00421 sucA sucB TRUE 0.986 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 231055 231056 CCA00422 CCA00423   gcpE TRUE 0.841 16.000 0.009 NA   NA
 231056 231057 CCA00423 CCA00424 gcpE   FALSE 0.005 333.000 0.000 NA   NA
 231057 231058 CCA00424 CCA00425     TRUE 0.600 100.000 0.667 NA   NA
 231058 231059 CCA00425 CCA00426     FALSE 0.004 374.000 0.000 NA   NA
 231059 231060 CCA00426 CCA00427   fer4 FALSE 0.007 224.000 0.000 NA   NA
 231060 402350 CCA00427 CCA_t17 fer4 tRNA-Pro FALSE 0.077 44.000 0.000 NA   NA
 231061 231062 CCA00428 CCA00429 flhA   TRUE 0.590 102.000 0.025 1.000 N NA
 231064 231065 CCA00431 CCA00432 tyrS gnd TRUE 0.929 17.000 0.014 1.000 N NA
 231068 231069 CCA00435 CCA00436 tlc-2   FALSE 0.007 224.000 0.000 NA   NA
 231070 231071 CCA00437 CCA00438     TRUE 0.988 -3.000 0.898 1.000 Y NA
 231071 231072 CCA00438 CCA00439     TRUE 0.988 1.000 0.432 1.000 Y NA
 231072 231073 CCA00439 CCA00440     TRUE 0.988 -3.000 0.443 0.005 Y NA
 231073 231074 CCA00440 CCA00441   dxr TRUE 0.687 41.000 0.008 1.000 N NA
 231074 231075 CCA00441 CCA00442 dxr   TRUE 0.954 13.000 0.568 1.000   NA
 231076 231077 CCA00443 CCA00444   recF FALSE 0.214 109.000 0.006 NA   NA
 231077 231078 CCA00444 CCA00445 recF dnaN TRUE 0.986 0.000 0.318 1.000 Y NA
 231080 231081 CCA00447 CCA00448 apbE folD TRUE 0.952 -30.000 0.025 1.000 Y NA
 231081 231082 CCA00448 CCA00449 folD   TRUE 0.769 -9.000 0.011 1.000   NA
 231083 231084 CCA00450 CCA00451 ltuB   FALSE 0.004 373.000 0.000 NA   NA
 231084 231085 CCA00451 CCA00452     TRUE 0.961 11.000 1.000 NA   NA
 231086 231087 CCA00453 CCA00454     FALSE 0.549 106.000 0.038 NA N NA
 231087 231088 CCA00454 CCA00455   rpmB TRUE 0.840 19.000 0.005 NA N NA
 231088 231089 CCA00455 CCA00456 rpmB malQ FALSE 0.153 170.000 0.005 1.000 N NA
 231089 231090 CCA00456 CCA00457 malQ sycE TRUE 0.690 57.000 0.600 1.000   NA
 231090 231091 CCA00457 CCA00458 sycE copN TRUE 0.950 16.000 0.240 0.010   NA
 231091 231092 CCA00458 CCA00459 copN sctV TRUE 0.782 31.000 0.188 1.000   NA
 231092 231093 CCA00459 CCA00460 sctV   TRUE 0.988 0.000 0.219 0.013 Y NA
 231095 10692415 CCA00462 CCA00463 ribF   FALSE 0.165 -16.000 0.000 NA   NA
 10692415 231096 CCA00463 CCA00464   rbfA FALSE 0.088 41.000 0.000 NA   NA
 231096 231097 CCA00464 CCA00465 rbfA infB TRUE 0.991 7.000 0.530 1.000 Y NA
 231097 231098 CCA00465 CCA00466 infB nusA TRUE 0.873 -43.000 0.342 1.000 N NA
 231098 231099 CCA00466 CCA00467 nusA rpsA FALSE 0.542 93.000 0.006 0.036 N NA
 231101 231102 CCA00469 CCA00470 acpS   TRUE 0.892 16.000 0.036 NA   NA
 231103 231104 CCA00471 CCA00472 lgt   FALSE 0.488 96.000 0.006 1.000 N NA
 231104 231105 CCA00472 CCA00473   dnaA-2 TRUE 0.782 68.000 0.714 1.000 N NA
 231108 231109 CCA00476 CCA00477 pdhC pdhB TRUE 0.989 5.000 0.254 1.000 Y NA
 231109 231110 CCA00477 CCA00478 pdhB pdhA TRUE 0.985 -7.000 0.456 0.002 Y NA
 231111 231112 CCA00480 CCA00481 lpxD   TRUE 0.956 28.000 0.018 1.000 Y NA
 231112 231113 CCA00481 CCA00482     TRUE 0.851 109.000 0.175 1.000 Y NA
 231113 231114 CCA00482 CCA00483   recR FALSE 0.142 172.000 0.003 1.000 N NA
 231115 231116 CCA00484 CCA00485 fabH fabD TRUE 0.985 4.000 0.009 0.012 Y NA
 231116 231117 CCA00485 CCA00486 fabD fabG TRUE 0.988 5.000 0.019 0.012 Y NA
 231117 231118 CCA00486 CCA00487 fabG acpP TRUE 0.801 112.000 0.007 0.012 Y NA
 231119 231120 CCA00488 CCA00489     TRUE 0.930 15.000 0.333 NA   NA
 231120 231121 CCA00489 CCA00490   incC TRUE 0.596 102.000 0.667 NA   NA
 231121 231122 CCA00490 CCA00491 incC incB TRUE 0.814 37.000 1.000 NA   NA
 231122 231123 CCA00491 CCA00492 incB   FALSE 0.520 86.000 0.273 NA   NA
 231123 231124 CCA00492 CCA00493   aaaT TRUE 0.936 6.000 0.273 1.000   NA
 231125 231126 CCA00494 CCA00495     FALSE 0.005 283.000 0.000 NA   NA
 231126 231127 CCA00495 CCA00496   mgtE TRUE 0.803 27.000 0.044 1.000   NA
 231127 231128 CCA00496 CCA00497 mgtE   FALSE 0.209 140.000 0.033 NA   NA
 231129 231130 CCA00498 CCA00499 xasA fbaB TRUE 0.970 18.000 1.000 1.000 N NA
 231131 231132 CCA00500 CCA00501     FALSE 0.136 187.000 0.067 NA   NA
 231132 231133 CCA00501 CCA00502     TRUE 0.989 13.000 0.089 1.000 Y NA
 231133 231134 CCA00502 CCA00503     TRUE 0.984 -3.000 0.667 NA Y NA
 231134 231135 CCA00503 CCA00504     FALSE 0.065 52.000 0.000 NA   NA
 231135 231136 CCA00504 CCA00505     FALSE 0.005 350.000 0.000 NA   NA
 231136 231137 CCA00505 CCA00506   gyrB TRUE 0.881 4.000 0.028 NA   NA
 231137 231138 CCA00506 CCA00507 gyrB gyrA TRUE 0.991 16.000 0.306 0.005 Y NA
 231138 231139 CCA00507 CCA00508 gyrA tmk TRUE 0.925 12.000 0.007 1.000 N NA
 231139 231140 CCA00508 CCA00509 tmk   TRUE 0.910 -9.000 0.254 1.000 N NA
 231142 231143 CCA00511 CCA00512     TRUE 0.923 5.000 0.012 NA N NA
 231144 231145 CCA00513 CCA00514     FALSE 0.005 256.000 0.000 NA   NA
 231145 10692417 CCA00514 CCA00515     FALSE 0.004 468.000 0.000 NA   NA
 231146 231147 CCA00516 CCA00517     TRUE 0.985 16.000 0.029 1.000 Y NA
 231148 402349 CCA00518 CCA_t18   tRNA-Asp FALSE 0.230 23.000 0.000 NA   NA
 402349 402348 CCA_t18 CCA_t19 tRNA-Asp tRNA-Val FALSE 0.340 4.000 0.000 NA   NA
 402348 231149 CCA_t19 CCA00519 tRNA-Val   FALSE 0.006 231.000 0.000 NA   NA
 231149 231150 CCA00519 CCA00520     FALSE 0.085 242.000 0.006 0.002   NA
 231150 231151 CCA00520 CCA00521     FALSE 0.429 64.000 0.015 NA   NA
 231152 402329 CCA00522 CCA_t20   tRNA-Thr FALSE 0.056 68.000 0.000 NA   NA
 402329 402330 CCA_t20 CCA_t21 tRNA-Thr tRNA-Tyr FALSE 0.370 7.000 0.000 NA   NA
 402330 231153 CCA_t21 CCA00523 tRNA-Tyr   FALSE 0.012 161.000 0.000 NA   NA
 231153 231154 CCA00523 CCA00524     TRUE 0.951 3.000 1.000 NA   NA
 231154 231155 CCA00524 CCA00525     TRUE 0.959 7.000 1.000 NA   NA
 231157 231158 CCA00527 CCA00528 rpmG   FALSE 0.370 49.000 0.006 1.000   NA
 231158 231159 CCA00528 CCA00529     TRUE 0.989 3.000 0.545 1.000 Y NA
 231160 231161 CCA00530 CCA00531     FALSE 0.008 197.000 0.000 NA   NA
 231162 231163 CCA00532 CCA00533 rplM rpsI TRUE 0.993 14.000 0.601 0.044 Y NA
 231164 231165 CCA00534 CCA00535   adk TRUE 0.742 34.000 0.014 NA N NA
 231166 231167 CCA00536 CCA00537     TRUE 0.675 55.000 0.667 NA   NA
 231167 231168 CCA00537 CCA00538     FALSE 0.434 119.000 0.500 NA   NA
 231169 231170 CCA00539 CCA00540 pgl zwf TRUE 0.970 24.000 0.021 1.000 Y NA
 231170 231171 CCA00540 CCA00541 zwf   FALSE 0.042 299.000 0.000 1.000 N NA
 231171 231172 CCA00541 CCA00542   gcp_2 TRUE 0.715 -54.000 0.006 1.000 N NA
 231173 231174 CCA00543 CCA00544 argR glnP TRUE 0.804 46.000 0.500 1.000 N NA
 231174 231175 CCA00544 CCA00545 glnP glnQ TRUE 0.983 -10.000 1.000 1.000 Y NA
 231176 231177 CCA00546 CCA00547     FALSE 0.580 85.000 0.500 NA   NA
 231177 231178 CCA00547 CCA00548     TRUE 0.810 -3.000 0.017 NA   NA
 231178 231179 CCA00548 CCA00549     FALSE 0.453 80.000 0.017 1.000   NA
 231179 231180 CCA00549 CCA00550   incA FALSE 0.257 154.000 0.222 1.000   NA
 231181 231182 CCA00551 CCA00552 rpe   TRUE 0.807 -13.000 0.007 1.000 N NA
 231182 231183 CCA00552 CCA00553   accB TRUE 0.851 31.000 0.120 1.000 N NA
 231183 231184 CCA00553 CCA00554 accB accC TRUE 0.984 0.000 0.011 0.002 Y NA
 231184 231185 CCA00554 CCA00555 accC   FALSE 0.193 172.000 0.286 NA   NA
 231185 231186 CCA00555 CCA00556     FALSE 0.007 205.000 0.000 NA   NA
 231188 231189 CCA00558 CCA00559   trpB-1 FALSE 0.012 459.000 0.000 1.000   NA
 231190 231191 CCA00561 CCA00562   trpR FALSE 0.463 56.000 0.019 NA   NA
 231191 231192 CCA00562 CCA00563 trpR trpD FALSE 0.053 231.000 0.000 1.000 N NA
 231192 231193 CCA00563 CCA00564 trpD trpC TRUE 0.974 -9.000 0.216 1.000 Y NA
 231193 231194 CCA00564 CCA00565 trpC trpF TRUE 0.973 -10.000 0.264 1.000 Y NA
 231194 231195 CCA00565 CCA00566 trpF trpB-2 TRUE 0.971 -3.000 0.003 0.005 Y NA
 231195 231196 CCA00566 CCA00567 trpB-2 trpA TRUE 0.965 -7.000 0.004 0.003 Y NA
 231196 231197 CCA00567 CCA00568 trpA kynU TRUE 0.979 12.000 0.004 1.000 Y NA
 231197 231198 CCA00568 CCA00569 kynU prsA TRUE 0.974 -3.000 0.014 1.000 Y NA
 231201 231202 CCA00572 CCA00573   guaA TRUE 0.925 30.000 0.003 1.000 Y NA
 231202 231203 CCA00573 CCA00574 guaA   TRUE 0.926 16.000 0.190 1.000   NA
 231203 231204 CCA00574 CCA00575     FALSE 0.005 327.000 0.000 NA   NA
 231205 231206 CCA00576 CCA00577     FALSE 0.305 1.000 0.000 NA   NA
 231206 231207 CCA00577 CCA00578     FALSE 0.020 132.000 0.000 NA   NA
 231207 231208 CCA00578 CCA00579     FALSE 0.006 244.000 0.000 NA   NA
 231208 231209 CCA00579 CCA00580     FALSE 0.005 264.000 0.000 NA   NA
 231209 231210 CCA00580 CCA00581   tgt FALSE 0.138 116.000 0.005 NA   NA
 231210 231211 CCA00581 CCA00582 tgt   FALSE 0.005 251.000 0.000 NA   NA
 231211 231212 CCA00582 CCA00583     FALSE 0.004 507.000 0.000 NA   NA
 231212 231213 CCA00583 CCA00584     FALSE 0.234 182.000 0.667 NA   NA
 231216 231217 CCA00587 CCA00588 dsbB   TRUE 0.974 -7.000 0.308 NA Y NA
 231218 231219 CCA00589 CCA00590     FALSE 0.160 -18.000 0.000 NA   NA
 231220 231221 CCA00591 CCA00592     TRUE 0.786 -15.000 0.111 NA   NA
 231221 402347 CCA00592 CCA_t22   tRNA-Ile FALSE 0.112 34.000 0.000 NA   NA
 402347 402346 CCA_t22 CCA_t23 tRNA-Ile tRNA-Ala FALSE 0.365 6.000 0.000 NA   NA
 402346 231222 CCA_t23 CCA00593 tRNA-Ala   FALSE 0.048 93.000 0.000 NA   NA
 231225 231226 CCA00596 CCA00597 kdsB pyrG TRUE 0.832 -24.000 0.018 1.000 N NA
 231226 231227 CCA00597 CCA00598 pyrG   TRUE 0.830 -7.000 0.006 1.000 N NA
 231227 231228 CCA00598 CCA00599     FALSE 0.053 234.000 0.000 1.000 N NA
 231228 231229 CCA00599 CCA00600     TRUE 0.872 119.000 0.500 0.026 Y NA
 231229 231230 CCA00600 CCA00601   oppA TRUE 0.807 136.000 0.400 0.026 Y NA
 231230 231231 CCA00601 CCA00602 oppA   FALSE 0.310 227.000 0.000 0.026 Y NA
 231231 231232 CCA00602 CCA00603   oppC_1 TRUE 0.992 8.000 0.273 0.026 Y NA
 231232 231233 CCA00603 CCA00604 oppC_1 oppD TRUE 0.972 -7.000 0.044 1.000 Y NA
 231233 231234 CCA00604 CCA00605 oppD   TRUE 0.978 -7.000 0.044 0.019 Y NA
 231234 231235 CCA00605 CCA00606     FALSE 0.005 289.000 0.000 NA   NA
 231235 231236 CCA00606 CCA00607     TRUE 0.609 47.000 0.217 NA   NA
 231236 231237 CCA00607 CCA00608     TRUE 0.585 109.000 0.088 1.000 N NA
 231237 231238 CCA00608 CCA00609     FALSE 0.349 123.000 0.088 1.000   NA
 231238 231239 CCA00609 CCA00610     TRUE 0.964 10.000 0.857 1.000   NA
 402345 402344 CCA_t24 CCA_t25 tRNA-Met tRNA-Met FALSE 0.258 21.000 0.000 NA   NA
 402344 231240 CCA_t25 CCA00611 tRNA-Met kdtA FALSE 0.190 25.000 0.000 NA   NA
 231240 231241 CCA00611 CCA00612 kdtA leuS TRUE 0.851 -3.000 0.006 1.000 N NA
 231242 231243 CCA00613 CCA00614     FALSE 0.067 51.000 0.000 NA   NA
 231243 231244 CCA00614 CCA00615     FALSE 0.363 148.000 0.857 NA   NA
 231245 231246 CCA00616 CCA00617   ligA FALSE 0.086 161.000 0.006 NA   NA
 231246 231247 CCA00617 CCA00618 ligA   TRUE 0.981 8.000 0.006 1.000 Y NA
 231247 231248 CCA00618 CCA00619     FALSE 0.005 253.000 0.000 NA   NA
 231248 231249 CCA00619 CCA00620     FALSE 0.005 274.000 0.000 NA   NA
 231249 231250 CCA00620 CCA00621     FALSE 0.005 352.000 0.000 NA   NA
 231250 231251 CCA00621 CCA00622     TRUE 0.632 90.000 0.750 NA   NA
 231251 231252 CCA00622 CCA00623     FALSE 0.378 80.000 0.013 NA   NA
 231254 231255 CCA00625 CCA00626 clpB   TRUE 0.691 52.000 0.150 NA N NA
 231255 231256 CCA00626 CCA00627     TRUE 0.957 30.000 0.200 NA Y NA
 231256 231257 CCA00627 CCA00628     TRUE 0.983 9.000 0.012 NA Y NA
 231257 231258 CCA00628 CCA00629   hemL TRUE 0.743 31.000 0.009 NA N NA
 231258 231259 CCA00629 CCA00630 hemL   FALSE 0.429 92.000 0.006 NA N NA
 231259 231260 CCA00630 CCA00631     TRUE 0.847 17.000 0.012 NA   NA
 231260 231261 CCA00631 CCA00632   rpiA TRUE 0.780 -3.000 0.011 NA   NA
 231261 231262 CCA00632 CCA00633 rpiA   FALSE 0.009 191.000 0.000 NA   NA
 231262 231263 CCA00633 CCA00634     FALSE 0.012 164.000 0.000 NA   NA
 231265 231266 CCA00636 CCA00637     FALSE 0.045 103.000 0.000 NA   NA
 231266 231267 CCA00637 CCA00638     FALSE 0.009 192.000 0.000 NA   NA
 231267 231268 CCA00638 CCA00639     FALSE 0.004 425.000 0.000 NA   NA
 231269 231270 CCA00640 CCA00641   pepF FALSE 0.374 94.000 0.013 NA   NA
 231270 231271 CCA00641 CCA00642 pepF groES FALSE 0.438 132.000 0.188 1.000 N NA
 231271 231272 CCA00642 CCA00643 groES groEL-1 TRUE 0.943 51.000 0.412 0.012 Y NA
 231272 231273 CCA00643 CCA00644 groEL-1   FALSE 0.292 142.000 0.400 NA   NA
 231273 402331 CCA00644 CCA_t26   tRNA-Asn FALSE 0.016 144.000 0.000 NA   NA
 402331 231274 CCA_t26 CCA00645 tRNA-Asn   FALSE 0.105 35.000 0.000 NA   NA
 231278 231279 CCA00649 CCA00650     FALSE 0.011 518.000 0.000 1.000   NA
 231280 231281 CCA00651 CCA00652 metG   TRUE 0.789 0.000 0.008 NA   NA
 231281 231282 CCA00652 CCA00653   gmk TRUE 0.838 -3.000 0.035 NA   NA
 231282 231283 CCA00653 CCA00654 gmk rnhB TRUE 0.898 7.000 0.003 1.000 N NA
 231283 231284 CCA00654 CCA00655 rnhB rplS TRUE 0.693 58.000 0.066 1.000 N NA
 231284 231285 CCA00655 CCA00656 rplS trmD TRUE 0.981 24.000 0.567 1.000 Y NA
 231285 231286 CCA00656 CCA00657 trmD rpsP TRUE 0.987 15.000 0.033 1.000 Y NA
 231286 231287 CCA00657 CCA00658 rpsP ffh TRUE 0.918 -9.000 0.361 1.000 N NA
 231287 231288 CCA00658 CCA00659 ffh hemK TRUE 0.767 27.000 0.005 1.000 N NA
 231288 231289 CCA00659 CCA00660 hemK prfA TRUE 0.947 -22.000 0.009 1.000 Y NA
 231289 231290 CCA00660 CCA00661 prfA rpmE FALSE 0.247 422.000 0.005 1.000 Y NA
 231291 231292 CCA00662 CCA00663     FALSE 0.099 310.000 0.333 NA   NA
 231296 231297 CCA00667 CCA00668     FALSE 0.349 147.000 0.750 NA   NA
 231298 231299 CCA00669 CCA00670 cydB cydA TRUE 0.992 3.000 0.622 0.017 Y NA
 231300 231301 CCA00671 CCA00672     TRUE 0.713 -18.000 0.018 NA   NA
 231301 231302 CCA00672 CCA00673     FALSE 0.132 205.000 0.222 NA   NA
 231302 231303 CCA00673 CCA00674     TRUE 0.632 54.000 0.429 NA   NA
 231306 231307 CCA00677 CCA00678   valS TRUE 0.867 21.000 0.006 1.000 N NA
 231307 231308 CCA00678 CCA00679 valS   FALSE 0.303 59.000 0.006 NA   NA
 231308 231309 CCA00679 CCA00680   atpK TRUE 0.682 -49.000 0.030 NA   NA
 231309 231310 CCA00680 CCA00681 atpK atpI FALSE 0.552 131.000 0.848 0.009   NA
 231310 231311 CCA00681 CCA00682 atpI   TRUE 0.981 -9.000 0.270 0.009 Y NA
 231311 231312 CCA00682 CCA00683   atpB TRUE 0.985 -15.000 0.903 0.009 Y NA
 231312 231313 CCA00683 CCA00684 atpB atpA TRUE 0.994 5.000 0.806 0.009 Y NA
 231313 231314 CCA00684 CCA00685 atpA   TRUE 0.893 -6.000 0.633 NA   NA
 231314 231315 CCA00685 CCA00686     TRUE 0.702 48.000 0.667 NA   NA
 231317 231318 CCA00688 CCA00689   tal TRUE 0.910 22.000 0.667 NA   NA
 231318 231319 CCA00689 CCA00690 tal rpoC FALSE 0.329 120.000 0.006 1.000 N NA
 231319 231320 CCA00690 CCA00691 rpoC rpoB TRUE 0.984 28.000 0.851 0.002 Y NA
 231320 231321 CCA00691 CCA00692 rpoB rplL FALSE 0.423 138.000 0.223 1.000 N NA
 231321 231322 CCA00692 CCA00693 rplL rplJ TRUE 0.958 42.000 0.884 1.000 Y NA
 231322 231323 CCA00693 CCA00694 rplJ rplA TRUE 0.990 14.000 0.302 1.000 Y NA
 231323 231324 CCA00694 CCA00695 rplA rplK TRUE 0.988 23.000 0.838 0.056 Y NA
 231324 231325 CCA00695 CCA00696 rplK nusG TRUE 0.715 107.000 0.681 1.000 N NA
 231325 231326 CCA00696 CCA00697 nusG   TRUE 0.959 5.000 0.843 1.000   NA
 231326 402343 CCA00697 CCA_t27   tRNA-Trp FALSE 0.101 36.000 0.000 NA   NA
 402343 231327 CCA_t27 CCA00698 tRNA-Trp tuf FALSE 0.064 53.000 0.000 NA   NA
 231327 402342 CCA00698 CCA_t28 tuf tRNA-Thr FALSE 0.077 44.000 0.000 NA   NA
 402342 231328 CCA_t28 CCA00699 tRNA-Thr infA FALSE 0.050 78.000 0.000 NA   NA
 231329 231330 CCA00700 CCA00701     TRUE 0.890 3.000 0.054 NA   NA
 231330 402332 CCA00701 CCA_t29   tRNA-Met FALSE 0.059 60.000 0.000 NA   NA
 402332 231331 CCA_t29 CCA00702 tRNA-Met   FALSE 0.005 294.000 0.000 NA   NA
 231332 231333 CCA00703 CCA00704     FALSE 0.072 47.000 0.000 NA   NA
 231337 231338 CCA00708 CCA00709     TRUE 0.684 73.000 1.000 NA   NA
 231338 231339 CCA00709 CCA00710     FALSE 0.005 342.000 0.000 NA   NA
 231339 231340 CCA00710 CCA00711     FALSE 0.005 304.000 0.000 NA   NA
 231340 231341 CCA00711 CCA00712   dapA FALSE 0.195 132.000 0.014 NA   NA
 231341 231342 CCA00712 CCA00713 dapA lysC TRUE 0.987 11.000 0.021 1.000 Y NA
 231342 231343 CCA00713 CCA00714 lysC asd TRUE 0.964 -12.000 0.026 1.000 Y NA
 231343 231344 CCA00714 CCA00715 asd dapB FALSE 0.473 186.000 0.005 0.055 Y NA
 231345 231346 CCA00716 CCA00717     TRUE 0.711 -19.000 0.020 NA   NA
 231346 231347 CCA00717 CCA00718     FALSE 0.431 88.000 0.032 NA   NA
 231347 231348 CCA00718 CCA00719     TRUE 0.945 8.000 0.375 1.000   NA
 10692419 231349 CCA00720 CCA00721     FALSE 0.028 119.000 0.000 NA   NA
 231349 231350 CCA00721 CCA00722     FALSE 0.030 115.000 0.000 NA   NA
 231351 231352 CCA00723 CCA00724 aroA aroK TRUE 0.920 -64.000 0.006 1.000 Y NA
 231352 231353 CCA00724 CCA00725 aroK aroC TRUE 0.964 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 231353 231354 CCA00725 CCA00726 aroC aroB TRUE 0.985 -3.000 0.110 0.004 Y NA
 231354 231355 CCA00726 CCA00727 aroB aroE TRUE 0.958 -19.000 0.007 0.004 Y NA
 231355 231356 CCA00727 CCA00728 aroE   FALSE 0.579 52.000 0.214 NA   NA
 231356 231357 CCA00728 CCA00729     FALSE 0.497 105.000 0.300 NA   NA
 231357 231358 CCA00729 CCA00730     TRUE 0.850 28.000 0.429 1.000   NA
 231358 231359 CCA00730 CCA00731   arcD TRUE 0.949 10.000 0.429 1.000   NA
 231359 231360 CCA00731 CCA00732 arcD   FALSE 0.554 165.000 0.011 1.000 Y NA
 231361 231362 CCA00733 CCA00734   mdh TRUE 0.795 23.000 0.018 NA   NA
 231362 231363 CCA00734 CCA00735 mdh   FALSE 0.042 352.000 0.009 NA   NA
 231363 231364 CCA00735 CCA00736   pgi FALSE 0.446 106.000 0.133 NA   NA
 231366 402341 CCA00738 CCA_t30   tRNA-Leu FALSE 0.048 89.000 0.000 NA   NA
 231367 231368 CCA00739 CCA00740     TRUE 0.937 0.000 0.833 NA   NA
 231368 231369 CCA00740 CCA00741     TRUE 0.894 25.000 0.833 NA   NA
 231369 231370 CCA00741 CCA00742     TRUE 0.938 20.000 1.000 NA   NA
 231371 231372 CCA00743 CCA00744   ispH TRUE 0.709 -37.000 0.017 1.000   NA
 231372 231373 CCA00744 CCA00745 ispH   FALSE 0.521 110.000 0.400 1.000   NA
 231373 231374 CCA00745 CCA00746     FALSE 0.479 115.000 0.400 1.000   NA
 231377 231378 CCA00749 CCA00750     FALSE 0.094 659.000 0.020 NA N NA
 231378 231379 CCA00750 CCA00751     TRUE 0.986 13.000 0.042 NA Y NA
 231379 231380 CCA00751 CCA00752   map TRUE 0.962 10.000 0.429 NA N NA
 231381 231382 CCA00753 CCA00754     TRUE 0.946 13.000 0.571 NA   NA
 231383 231384 CCA00755 CCA00756     TRUE 0.741 51.000 1.000 NA   NA
 231384 231385 CCA00756 CCA00757     TRUE 0.938 20.000 1.000 NA   NA
 231385 231386 CCA00757 CCA00758     TRUE 0.672 84.000 1.000 NA   NA
 231387 231388 CCA00759 CCA00760     TRUE 0.727 -10.000 0.013 NA   NA
 231389 231390 CCA00761 CCA00762 rpsO pnpA TRUE 0.928 48.000 0.335 1.000 Y NA
 231391 231392 CCA00763 CCA00764     FALSE 0.292 174.000 0.145 1.000 N NA
 231393 231394 CCA00765 CCA00766     TRUE 0.959 4.000 0.631 0.046   NA
 231395 402340 CCA00767 CCA_t31   tRNA-Ser FALSE 0.006 235.000 0.000 NA   NA
 402340 231396 CCA_t31 CCA00768 tRNA-Ser pheS FALSE 0.305 1.000 0.000 NA   NA
 231396 231397 CCA00768 CCA00769 pheS rplT TRUE 0.989 13.000 0.202 1.000 Y NA
 231397 231398 CCA00769 CCA00770 rplT rpmI TRUE 0.992 19.000 0.928 0.039 Y NA
 231398 231399 CCA00770 CCA00771 rpmI infC TRUE 0.973 -22.000 0.652 1.000 Y NA
 231400 231401 CCA00772 CCA00773   murB TRUE 0.680 32.000 0.005 1.000 N NA
 231403 231404 CCA00775 CCA00776   nrdB FALSE 0.108 178.000 0.008 1.000   NA
 231404 231405 CCA00776 CCA00777 nrdB nrdA TRUE 0.986 24.000 0.564 0.002 Y NA
 231406 231407 CCA00778 CCA00779     TRUE 0.784 -3.000 0.011 NA   NA
 231410 231411 CCA00782 CCA00783 htrA sucD FALSE 0.143 336.000 0.069 1.000 N NA
 231411 231412 CCA00783 CCA00784 sucD sucC TRUE 0.994 9.000 0.467 0.002 Y NA
 231414 231415 CCA00786 CCA00787     TRUE 0.637 56.000 0.500 NA   NA
 231415 231416 CCA00787 CCA00788   glmS FALSE 0.517 69.000 0.006 1.000 N NA
 231416 231417 CCA00788 CCA00789 glmS glmM TRUE 0.949 8.000 0.030 1.000 N NA
 231417 231418 CCA00789 CCA00790 glmM   FALSE 0.004 440.000 0.000 NA   NA
 231419 231420 CCA00791 CCA00792   lpxB TRUE 0.936 14.000 0.010 1.000 N NA
 231421 231422 CCA00793 CCA00794     FALSE 0.157 28.000 0.000 NA   NA
 231422 231423 CCA00794 CCA00795     FALSE 0.010 180.000 0.000 NA   NA
 231423 231424 CCA00795 CCA00796     FALSE 0.011 174.000 0.000 NA   NA
 231424 231425 CCA00796 CCA00797     FALSE 0.008 203.000 0.000 NA   NA
 231425 231426 CCA00797 CCA00798     FALSE 0.048 95.000 0.000 NA   NA
 231426 231427 CCA00798 CCA00799     FALSE 0.013 157.000 0.000 NA   NA
 231427 231428 CCA00799 CCA00800     FALSE 0.010 185.000 0.000 NA   NA
 231428 231429 CCA00800 CCA00801     FALSE 0.005 272.000 0.000 NA   NA
 231430 231431 CCA00802 CCA00803     FALSE 0.007 210.000 0.000 NA   NA
 231431 231432 CCA00803 CCA00804     FALSE 0.008 198.000 0.000 NA   NA
 231432 231433 CCA00804 CCA00805     FALSE 0.004 378.000 0.000 NA   NA
 231434 231435 CCA00806 CCA00807   plsX FALSE 0.249 106.000 0.005 1.000   NA
 231435 231436 CCA00807 CCA00808 plsX rpmF TRUE 0.963 16.000 0.418 1.000 N NA
 231436 231437 CCA00808 CCA00809 rpmF   TRUE 0.761 13.000 0.005 NA   NA
 231438 231439 CCA00810 CCA00811 cafA   TRUE 0.910 9.000 0.019 1.000   NA
 231439 231440 CCA00811 CCA00812   ide TRUE 0.922 3.000 0.222 1.000   NA
 231443 231444 CCA00815 CCA00816 ispE rplI TRUE 0.606 49.000 0.007 1.000 N NA
 231444 231445 CCA00816 CCA00817 rplI rpsR TRUE 0.988 21.000 0.499 0.038 Y NA
 231445 231446 CCA00817 CCA00818 rpsR rpsF TRUE 0.989 18.000 0.319 0.038 Y NA
 231446 231447 CCA00818 CCA00819 rpsF pth TRUE 0.887 79.000 0.029 0.059 Y NA
 231447 231448 CCA00819 CCA00820 pth   TRUE 0.993 9.000 0.496 0.059 Y NA
 231448 402339 CCA00820 CCA_t33   tRNA-Gln FALSE 0.006 242.000 0.000 NA   NA
 231452 231453 CCA00824 CCA00825     FALSE 0.483 112.000 0.500 NA   NA
 231453 231454 CCA00825 CCA00826     FALSE 0.158 197.000 0.333 NA   NA
 231454 231455 CCA00826 CCA00827     FALSE 0.265 157.000 0.500 NA   NA
 231455 231456 CCA00827 CCA00828   dnaG FALSE 0.546 108.000 0.625 NA   NA
 231457 231458 CCA00829 CCA00830 mutS uvrC TRUE 0.977 4.000 0.006 1.000 Y NA
 231461 231462 CCA00833 CCA00834 rpsN rpmJ TRUE 0.823 26.000 0.013 0.038   NA
 231465 231466 CCA00837 CCA00838   cysS FALSE 0.006 247.000 0.000 NA   NA
 231468 231469 CCA00840 CCA00841     FALSE 0.122 -106.000 0.000 NA   NA
 231470 231471 CCA00842 CCA00843     FALSE 0.048 87.000 0.000 NA   NA
 231472 231473 CCA00844 CCA00845   priA FALSE 0.532 -48.000 0.007 NA   NA
 231474 231475 CCA00846 CCA00847     TRUE 0.696 51.000 0.032 1.000 N NA
 231475 231476 CCA00847 CCA00848     TRUE 0.986 18.000 0.032 0.040 Y NA
 231480 231481 CCA00852 CCA00853   fabF TRUE 0.956 3.000 0.333 1.000 N NA
 231481 231482 CCA00853 CCA00854 fabF   TRUE 0.795 18.000 0.008 NA   NA
 231482 231483 CCA00854 CCA00855     FALSE 0.212 59.000 0.002 NA   NA
 231483 231484 CCA00855 CCA00856     TRUE 0.841 -3.000 0.038 NA   NA
 231486 231487 CCA00858 CCA00859 miaA   TRUE 0.954 12.000 0.040 1.000 N NA
 231488 231489 CCA00860 CCA00861   cutA TRUE 0.774 -3.000 0.010 NA   NA
 231489 231490 CCA00861 CCA00862 cutA   FALSE 0.339 108.000 0.009 1.000   NA
 231491 231492 CCA00863 CCA00864 murC/ddlA murG TRUE 0.990 8.000 0.270 1.000 Y NA
 231492 231493 CCA00864 CCA00865 murG ftsW TRUE 0.823 -91.000 0.037 1.000 N NA
 231493 231494 CCA00865 CCA00866 ftsW   TRUE 0.938 19.000 0.088 1.000 N NA
 231494 231495 CCA00866 CCA00867   murD TRUE 0.967 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 231495 231496 CCA00867 CCA00868 murD mraY TRUE 0.993 4.000 0.647 0.007 Y NA
 231496 231497 CCA00868 CCA00869 mraY murF TRUE 0.986 18.000 0.018 0.007 Y NA
 402334 231498 CCA_t34 CCA00870 tRNA-Cys   FALSE 0.050 79.000 0.000 NA   NA
 231498 231499 CCA00870 CCA00871     FALSE 0.073 386.000 0.027 1.000   NA
 231500 231501 CCA00872 CCA00873   efp-1 FALSE 0.270 59.000 0.006 NA   NA
 231504 231505 CCA00876 CCA00877 alaS mfd TRUE 0.749 -30.000 0.006 1.000 N NA
 231505 231506 CCA00877 CCA00878 mfd hemE TRUE 0.921 10.000 0.006 1.000 N NA
 231506 231507 CCA00878 CCA00879 hemE hemN TRUE 0.961 -27.000 0.012 0.004 Y NA
 231507 231508 CCA00879 CCA00880 hemN   TRUE 0.984 -3.000 0.056 0.004 Y NA
 231510 231511 CCA00882 CCA00883 hctA   FALSE 0.113 227.000 0.048 1.000   NA
 231511 231512 CCA00883 CCA00884   yajC FALSE 0.483 71.000 0.007 NA N NA
 231512 231513 CCA00884 CCA00885 yajC nqrF FALSE 0.311 120.000 0.007 NA N NA
 10692420 2210294 CCA00886 CCA_r01     FALSE 0.005 263.000 0.000 NA   NA
 2210294 2210295 CCA_r01 CCA_r02     FALSE 0.032 113.000 0.000 NA   NA
 2210295 2210296 CCA_r02 CCA_r03     FALSE 0.007 224.000 0.000 NA   NA
 402335 231514 CCA_t35 CCA00887 tRNA-His   FALSE 0.048 91.000 0.000 NA   NA
 231514 231515 CCA00887 CCA00888     TRUE 0.896 5.000 0.016 1.000   NA
 231515 231516 CCA00888 CCA00889     TRUE 0.841 -3.000 0.016 1.000   NA
 231517 231518 CCA00890 CCA00891     TRUE 0.931 14.000 0.316 NA   NA
 231518 231519 CCA00891 CCA00892     FALSE 0.425 113.000 0.316 NA   NA
 231521 231522 CCA00894 CCA00895 ribH ribA/B TRUE 0.986 13.000 0.006 0.004 Y NA
 231522 231523 CCA00895 CCA00896 ribA/B ribD TRUE 0.864 86.000 0.007 0.004 Y NA
 231524 231525 CCA00897 CCA00898 serS   FALSE 0.566 65.000 0.286 NA   NA
 231525 231526 CCA00898 CCA00899   cadA TRUE 0.898 16.000 0.052 NA   NA
 231529 10692421 CCA00902 CCA00903     FALSE 0.112 34.000 0.000 NA   NA
 231530 231531 CCA00904 CCA00905 gpmA   TRUE 0.817 -45.000 0.021 1.000 N NA
 231531 231532 CCA00905 CCA00906     TRUE 0.927 -3.000 0.138 1.000 N NA
 231532 231533 CCA00906 CCA00907     TRUE 0.635 104.000 0.136 1.000 N NA
 231533 231534 CCA00907 CCA00908     TRUE 0.978 24.000 0.500 NA Y NA
 231534 231535 CCA00908 CCA00909     TRUE 0.976 -3.000 0.081 NA Y NA
 231535 231536 CCA00909 CCA00910     TRUE 0.826 -7.000 0.108 NA   NA
 231536 231537 CCA00910 CCA00911     TRUE 0.860 20.000 0.044 NA   NA
 231537 231538 CCA00911 CCA00912   gpdA TRUE 0.919 -3.000 0.044 1.000 N NA
 231538 231539 CCA00912 CCA00913 gpdA   FALSE 0.316 133.000 0.375 NA   NA
 231540 231541 CCA00914 CCA00915     TRUE 0.960 9.000 1.000 NA   NA
 231541 231542 CCA00915 CCA00916   pckA FALSE 0.258 123.000 0.026 NA   NA
 231542 231543 CCA00916 CCA00917 pckA mreB TRUE 0.894 -3.000 0.011 1.000 N NA
 231543 231544 CCA00917 CCA00918 mreB helZ TRUE 0.929 5.000 0.009 1.000 N NA
 402336 231545 CCA_t36 CCA00919 tRNA-Gly tig FALSE 0.112 34.000 0.000 NA   NA
 231545 231546 CCA00919 CCA00920 tig clpP-1 TRUE 0.634 179.000 0.351 1.000 Y NA
 231546 231547 CCA00920 CCA00921 clpP-1 clpX TRUE 0.990 10.000 0.352 1.000 Y NA
 231547 231548 CCA00921 CCA00922 clpX   TRUE 0.752 30.000 0.006 1.000 N NA
 231548 231549 CCA00922 CCA00923   b2511 FALSE 0.188 122.000 0.006 1.000   NA
 231549 231550 CCA00923 CCA00924 b2511   FALSE 0.215 75.000 0.005 NA   NA
 231551 231552 CCA00925 CCA00926 secA   FALSE 0.124 188.000 0.015 1.000   NA
 231552 231553 CCA00926 CCA00927   psd FALSE 0.550 66.000 0.052 1.000   NA
 231554 231555 CCA00928 CCA00929 thdF nth TRUE 0.721 -10.000 0.007 1.000   NA
 231555 231556 CCA00929 CCA00930 nth brnQ FALSE 0.159 163.000 0.004 1.000 N NA
 231556 231557 CCA00930 CCA00931 brnQ   TRUE 0.862 35.000 0.545 1.000 N NA
 231559 231560 CCA00933 CCA00934   lipA TRUE 0.886 -3.000 0.009 1.000 N NA
 231560 231561 CCA00934 CCA00935 lipA sctJ FALSE 0.129 182.000 0.004 1.000 N NA
 231561 231562 CCA00935 CCA00936 sctJ   TRUE 0.940 0.000 0.875 NA   NA
 231562 231563 CCA00936 CCA00937   sctL FALSE 0.247 167.000 0.556 NA   NA
 231563 231564 CCA00937 CCA00938 sctL sctR TRUE 0.992 15.000 0.700 1.000 Y NA
 231564 231565 CCA00938 CCA00939 sctR sctS TRUE 0.994 10.000 0.700 0.011 Y NA
 231565 231566 CCA00939 CCA00940 sctS sctT TRUE 0.993 7.000 0.875 1.000 Y NA
 231567 231568 CCA00941 CCA00942     TRUE 0.668 94.000 1.000 NA   NA
 231568 231569 CCA00942 CCA00943     TRUE 0.938 3.000 0.667 NA   NA
 231569 231570 CCA00943 CCA00944     TRUE 0.863 -15.000 0.667 NA   NA
 231570 231571 CCA00944 CCA00945     TRUE 0.950 9.000 0.667 NA   NA
 231571 231572 CCA00945 CCA00946   gspF TRUE 0.976 20.000 0.030 NA Y NA
 231572 231573 CCA00946 CCA00947 gspF gspE TRUE 0.987 15.000 0.035 1.000 Y NA
 231573 231574 CCA00947 CCA00948 gspE gspD TRUE 0.977 -10.000 0.467 1.000 Y NA
 231574 231575 CCA00948 CCA00949 gspD   TRUE 0.920 1.000 0.467 NA   NA
 231575 231576 CCA00949 CCA00950     FALSE 0.241 121.000 0.014 NA   NA
 231576 231577 CCA00950 CCA00951   mutL TRUE 0.916 4.000 0.007 1.000 N NA
 231578 231579 CCA00952 CCA00953 sycD   TRUE 0.877 24.000 0.500 NA   NA
 231579 231580 CCA00953 CCA00954     TRUE 0.797 38.000 0.857 NA   NA
 231580 231581 CCA00954 CCA00955     TRUE 0.905 30.000 0.750 0.008   NA
 231583 231584 CCA00957 CCA00958 thrS   TRUE 0.833 31.000 0.035 1.000 N NA
 231584 231585 CCA00958 CCA00959     TRUE 0.954 5.000 0.875 NA   NA
 231585 231586 CCA00959 CCA00960     TRUE 0.946 4.000 0.750 NA   NA
 231586 231587 CCA00960 CCA00961   trpS TRUE 0.907 11.000 0.039 NA   NA
 231587 231588 CCA00961 CCA00962 trpS uvrB TRUE 0.936 13.000 0.006 0.050 N NA
 231588 231589 CCA00962 CCA00963 uvrB eno FALSE 0.152 179.000 0.006 1.000 N NA
 231589 231590 CCA00963 CCA00964 eno   FALSE 0.089 249.000 0.006 1.000 N NA
 231590 231591 CCA00964 CCA00965     TRUE 0.951 -3.000 0.750 0.002   NA
 231591 231592 CCA00965 CCA00966     FALSE 0.097 578.000 0.429 NA   NA
 231593 231594 CCA00967 CCA00968 sdhB sdhA TRUE 0.992 15.000 0.231 0.003 Y NA
 231594 231595 CCA00968 CCA00969 sdhA   TRUE 0.991 5.000 0.179 0.003 Y NA
 231595 231596 CCA00969 CCA00970     FALSE 0.443 96.000 0.007 NA N NA
 231596 231597 CCA00970 CCA00971     FALSE 0.170 168.000 0.008 NA N NA
 231598 231599 CCA00972 CCA00973     TRUE 0.988 -3.000 0.583 0.033 Y NA
 231599 231600 CCA00973 CCA00974     TRUE 0.929 3.000 0.500 NA   NA
 231600 231601 CCA00974 CCA00975     TRUE 0.928 20.000 0.750 NA   NA
 231601 231602 CCA00975 CCA00976     TRUE 0.975 11.000 0.750 1.000 N NA
 231602 231603 CCA00976 CCA00977     TRUE 0.902 -10.000 0.750 1.000   NA
 231603 231604 CCA00977 CCA00978     TRUE 0.622 99.000 0.750 NA   NA
 231605 402338 CCA00979 CCA_t37   tRNA-Arg FALSE 0.151 29.000 0.000 NA   NA
 402338 231606 CCA_t37 CCA00980 tRNA-Arg groEL-2 FALSE 0.012 161.000 0.000 NA   NA
 231606 231607 CCA00980 CCA00981 groEL-2   FALSE 0.398 111.000 0.128 NA   NA
 231609 231610 CCA00983 CCA00984   ung TRUE 0.862 -3.000 0.140 NA   NA
 231611 231612 CCA00985 CCA00986 pcrA   TRUE 0.930 3.000 0.015 1.000 N NA
 231615 231616 CCA00989 CCA00990     FALSE 0.581 -21.000 0.005 1.000   NA
 231617 231618 CCA00991 CCA00992     TRUE 0.931 -3.000 1.000 NA   NA
 231618 231619 CCA00992 CCA00993     TRUE 0.861 -9.000 0.429 NA   NA
 231619 231620 CCA00993 CCA00994     TRUE 0.754 3.000 0.006 NA   NA
 231620 231621 CCA00994 CCA00995   recA FALSE 0.038 403.000 0.000 1.000 N NA
 231622 231623 CCA00996 CCA00997     TRUE 0.890 17.000 0.055 NA   NA
 231623 231624 CCA00997 CCA00998   folA TRUE 0.680 -28.000 0.017 NA   NA
 231624 231625 CCA00998 CCA00999 folA folKP TRUE 0.968 -7.000 0.015 1.000 Y NA
 231625 231626 CCA00999 CCA01000 folKP folB TRUE 0.977 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 231626 231627 CCA01000 CCA01001 folB rpoD TRUE 0.646 69.000 0.030 1.000 N NA
 231627 231628 CCA01001 CCA01002 rpoD   FALSE 0.573 111.000 0.857 NA   NA
 231629 231630 CCA01003 CCA01004 rpsT   TRUE 0.735 15.000 0.004 NA   NA
 231631 231632 CCA01005 CCA01006 recD   TRUE 0.880 16.000 0.023 NA   NA
 231633 231634 CCA01007 CCA01008 tctD   FALSE 0.131 72.000 0.000 1.000   NA
 231634 231635 CCA01008 CCA01009   ispA TRUE 0.593 16.000 0.000 1.000   NA
 402337 231636 CCA_t38 CCA01010 tRNA-Pro   FALSE 0.375 14.000 0.000 NA   NA
 231636 231637 CCA01010 CCA01011     FALSE 0.336 83.000 0.009 NA   NA
 231638 230641 CCA01012 CCA00001   hemB FALSE 0.058 61.000 0.000 NA   NA
 357420 357421 CCAA00001 CCAA00002     FALSE 0.007 223.000 0.000 NA   NA
 357423 357424 CCAA00004 CCAA00005     TRUE 0.883 -6.000 0.500 NA   NA
 357424 357425 CCAA00005 CCAA00006     TRUE 0.660 55.000 0.600 NA   NA
 357425 357426 CCAA00006 CCAA00007     TRUE 0.632 98.000 0.800 NA   NA
 357426 357420 CCAA00007 CCAA00001     FALSE 0.004 1240.000 0.000 NA   NA