MicrobesOnline Operon Predictions for Chlamydophila felis Fe/C-56

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1303216 1303217 CF0001 CF0002     FALSE 0.213 82.000 0.009 NA   NA
 1303217 1303218 CF0002 CFtRNA01     TRUE 0.607 14.000 0.000 NA   NA
 1303219 1303220 CF0003 CF0004 ispA glmU TRUE 0.644 26.000 0.000 1.000   NA
 1303220 1303221 CF0004 CF0005 glmU ompR FALSE 0.171 74.000 0.000 1.000   NA
 1303222 1303223 CF0006 CF0007   recD1 TRUE 0.687 35.000 0.023 1.000   NA
 1303224 1303225 CF0008 CF0009   rps20 FALSE 0.438 32.000 0.004 NA   NA
 1303225 1303226 CF0009 CF0011 rps20 pkaA FALSE 0.135 49.000 0.000 NA   NA
 1303227 1303228 CF0010 CF0012   rpoD FALSE 0.415 117.000 0.857 NA   NA
 1303228 1303229 CF0012 CF0013 rpoD folB FALSE 0.470 69.000 0.030 1.000 N NA
 1303229 1303230 CF0013 CF0014 folB folP TRUE 0.976 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 1303230 1303231 CF0014 CF0015 folP folA TRUE 0.967 -7.000 0.015 1.000 Y NA
 1303231 1303232 CF0015 CF0016 folA oxr1 TRUE 0.593 -28.000 0.017 NA   NA
 1303232 1303233 CF0016 CF0017 oxr1 pqqC TRUE 0.899 17.000 0.055 NA   NA
 1303234 1303235 CF0018 CF0019 recA ygfA FALSE 0.059 414.000 0.000 1.000 N NA
 1303235 1303236 CF0019 CF0020 ygfA pi4K TRUE 0.706 3.000 0.006 NA   NA
 1303236 1303237 CF0020 CF0021 pi4K   TRUE 0.819 -9.000 0.429 NA   NA
 1303237 1303238 CF0021 CF0022     TRUE 0.907 -3.000 1.000 NA   NA
 1303239 1303240 CF0023 CF0024 ylmG oxr3 TRUE 0.576 -21.000 0.005 1.000   NA
 1303243 1303244 CF0027 CF0028 rpoN uvrD TRUE 0.894 3.000 0.015 1.000 N NA
 1303245 1303246 CF0029 CF0030 ung   TRUE 0.821 -3.000 0.140 NA   NA
 1303248 1303249 CF0032 CF0033   groL1 FALSE 0.292 104.000 0.128 NA   NA
 1303249 1303250 CF0033 CFtRNA02 groL1   FALSE 0.039 134.000 0.000 NA   NA
 1303250 1303251 CFtRNA02 CF0034   ahpC FALSE 0.472 1.000 0.000 NA   NA
 1303252 1303253 CF0035 CF0036   ami2 FALSE 0.442 100.000 0.750 NA   NA
 1303253 1303254 CF0036 CF0037 ami2 omp01 TRUE 0.883 -10.000 0.750 1.000   NA
 1303254 1303255 CF0037 CF0038 omp01 tolB TRUE 0.968 11.000 0.750 1.000 N NA
 1303255 1303256 CF0038 CF0039 tolB exbF TRUE 0.850 -10.000 0.750 NA   NA
 1303256 1303257 CF0039 CF0040 exbF exbD TRUE 0.909 3.000 0.500 NA   NA
 1303257 1303258 CF0040 CF0041 exbD tolQ TRUE 0.991 -3.000 0.583 0.048 Y NA
 1303259 1303260 CF0042 CF0043 trxA1 yabD FALSE 0.115 171.000 0.008 NA N NA
 1303260 1303261 CF0043 CF0044 yabD sdhC FALSE 0.207 95.000 0.007 NA N NA
 1303261 1303262 CF0044 CF0045 sdhC sdhA TRUE 0.995 5.000 0.179 0.004 Y NA
 1303262 1303263 CF0045 CF0046 sdhA sdhB TRUE 0.996 15.000 0.231 0.004 Y NA
 1303266 1303267 CF0049 CF0050 rsbU rbsU TRUE 0.917 -3.000 0.750 1.000   NA
 1303267 1303268 CF0050 CF0051 rbsU eno FALSE 0.096 263.000 0.006 1.000 N NA
 1303268 1303269 CF0051 CF0052 eno uvrB FALSE 0.146 165.000 0.006 1.000 N NA
 1303269 1303270 CF0052 CF0053 uvrB trpS TRUE 0.943 14.000 0.006 0.075 N NA
 1303270 1303271 CF0053 CF0054 trpS ebp01 TRUE 0.898 13.000 0.039 NA   NA
 1303271 1303272 CF0054 CF0055 ebp01 gp6D TRUE 0.925 3.000 0.750 NA   NA
 1303272 1303273 CF0055 CF0056 gp6D parA TRUE 0.943 5.000 0.875 NA   NA
 1303273 1303274 CF0056 CF0057 parA thrS TRUE 0.832 30.000 0.035 1.000 N NA
 1303276 1303277 CF0059 CF0060 srpA2 srpA3 TRUE 0.956 28.000 0.750 0.012   NA
 1303277 1303278 CF0060 CF0061 srpA3   TRUE 0.757 40.000 0.857 NA   NA
 1303278 1303279 CF0061 CF0062   lcrH1 TRUE 0.896 24.000 0.500 NA   NA
 1303280 1303281 CF0063 CF0064 mutL pepP TRUE 0.879 4.000 0.007 1.000 N NA
 1303281 1303282 CF0064 CF0065 pepP   FALSE 0.174 120.000 0.014 NA   NA
 1303282 1303283 CF0065 CF0066   gspD TRUE 0.895 1.000 0.467 NA   NA
 1303283 1303284 CF0066 CF0067 gspD gspE TRUE 0.974 -13.000 0.467 1.000 Y NA
 1303284 1303285 CF0067 CF0068 gspE gspF TRUE 0.990 12.000 0.035 1.000 Y NA
 1303285 1303286 CF0068 CF0069 gspF omp02 TRUE 0.984 6.000 0.030 NA Y NA
 1303286 1303287 CF0069 CF0070 omp02   TRUE 0.940 9.000 0.667 NA   NA
 1303287 1303288 CF0070 CF0071     TRUE 0.821 -15.000 0.667 NA   NA
 1303288 1303289 CF0071 CF0072     TRUE 0.920 3.000 0.667 NA   NA
 1303289 1303290 CF0072 CF0073     FALSE 0.495 94.000 1.000 NA   NA
 1303291 1303292 CF0074 CF0075 fliR fliQ TRUE 0.993 7.000 0.875 1.000 Y NA
 1303292 1303293 CF0075 CF0076 fliQ fliP TRUE 0.996 10.000 0.700 0.016 Y NA
 1303293 1303294 CF0076 CF0077 fliP fliO TRUE 0.994 15.000 0.700 1.000 Y NA
 1303294 1303295 CF0077 CF0078 fliO   FALSE 0.239 167.000 0.556 NA   NA
 1303295 1303296 CF0078 CF0079   fliF1 TRUE 0.921 0.000 0.875 NA   NA
 1303296 1303297 CF0079 CF0080 fliF1 lipA FALSE 0.107 205.000 0.004 1.000 N NA
 1303297 1303298 CF0080 CF0081 lipA lpdA TRUE 0.826 -3.000 0.009 1.000 N NA
 1303300 1303301 CF0083 CF0084 snf1 brnQ TRUE 0.837 35.000 0.545 1.000 N NA
 1303301 1303302 CF0084 CF0085 brnQ nth FALSE 0.130 168.000 0.004 1.000 N NA
 1303302 1303303 CF0085 CF0086 nth thdF TRUE 0.695 -10.000 0.007 1.000   NA
 1303304 1303305 CF0087 CF0088 psdD   FALSE 0.455 66.000 0.052 1.000   NA
 1303305 1303306 CF0088 CF0089   secA1 FALSE 0.152 186.000 0.015 1.000   NA
 1303307 1303308 CF0090 CF0091   engA FALSE 0.149 74.000 0.005 NA   NA
 1303308 1303309 CF0091 CF0092 engA pcnB1 FALSE 0.167 123.000 0.006 1.000   NA
 1303309 1303310 CF0092 CF0093 pcnB1 clpX TRUE 0.735 30.000 0.006 1.000 N NA
 1303310 1303311 CF0093 CF0094 clpX clpP2 TRUE 0.992 10.000 0.352 1.000 Y NA
 1303311 1303312 CF0094 CF0095 clpP2 tigA TRUE 0.696 180.000 0.351 1.000 Y NA
 1303312 1303313 CF0095 CFtRNA03 tigA   FALSE 0.252 34.000 0.000 NA   NA
 1303314 1303315 CF0096 CF0097 snf2 mreB TRUE 0.896 5.000 0.009 1.000 N NA
 1303315 1303316 CF0097 CF0098 mreB pckA TRUE 0.838 -3.000 0.011 1.000 N NA
 1303316 1303317 CF0098 CF0099 pckA   FALSE 0.191 123.000 0.026 NA   NA
 1303317 1303318 CF0099 CF0100     TRUE 0.952 9.000 1.000 NA   NA
 1303319 1303320 CF0101 CF0102 omp03 gpdA FALSE 0.330 133.000 0.375 1.000   NA
 1303320 1303321 CF0102 CF0103 gpdA uap TRUE 0.875 -3.000 0.044 1.000 N NA
 1303321 1303322 CF0103 CF0104 uap   TRUE 0.878 20.000 0.044 NA   NA
 1303322 1303323 CF0104 CF0105   fliI2 TRUE 0.774 -7.000 0.108 NA   NA
 1303323 1303324 CF0105 CF0106 fliI2 fliH TRUE 0.974 -3.000 0.081 NA Y NA
 1303324 1303325 CF0106 CF0107 fliH fliF2 TRUE 0.973 30.000 0.500 NA Y NA
 1303325 1303326 CF0107 CF0108 fliF2 nifU FALSE 0.427 102.000 0.136 1.000 N NA
 1303326 1303327 CF0108 CF0109 nifU nifS1 TRUE 0.889 -3.000 0.138 1.000 N NA
 1303327 1303328 CF0109 CF0110 nifS1 pgmA TRUE 0.729 -45.000 0.021 1.000 N NA
 1303329 1303330 CF0111 CF0112 rsuB   TRUE 0.556 43.000 0.080 NA   NA
 1303333 1303334 CF0115 CF0116 zntA   TRUE 0.900 16.000 0.052 NA   NA
 1303334 1303335 CF0116 CF0117   serS FALSE 0.441 63.000 0.286 NA   NA
 1303336 1303337 CF0118 CF0119 ribD ribA TRUE 0.914 58.000 0.007 0.006 Y NA
 1303337 1303338 CF0119 CF0120 ribA ribE TRUE 0.993 13.000 0.006 0.006 Y NA
 1303340 1303341 CF0122 CF0123 ebp02 dagA1 FALSE 0.325 107.000 0.316 NA   NA
 1303341 1303342 CF0123 CF0124 dagA1   TRUE 0.927 14.000 0.316 NA   NA
 1303343 1303344 CF0125 CF0126 set phnP1 TRUE 0.818 -3.000 0.016 1.000   NA
 1303344 1303345 CF0126 CF0127 phnP1 ftsK TRUE 0.888 5.000 0.016 1.000   NA
 1303345 1303346 CF0127 CFtRNA04 ftsK   FALSE 0.060 100.000 0.000 NA   NA
 1303346 1303347 CFtRNA04 CF0128     FALSE 0.018 299.000 0.000 NA   NA
 1303348 1303349 CF16SrRNA01 CF23SrRNA01     FALSE 0.021 225.000 0.000 NA   NA
 1303349 1303350 CF23SrRNA01 CF5SrRNA01     FALSE 0.050 117.000 0.000 NA   NA
 1303350 1303351 CF5SrRNA01 CF0129     FALSE 0.018 327.000 0.000 NA   NA
 1303352 1303353 CF0130 CF0131 nqrF yajC FALSE 0.172 119.000 0.007 NA N NA
 1303353 1303354 CF0131 CF0132 yajC rrm1 FALSE 0.268 71.000 0.007 NA N NA
 1303354 1303355 CF0132 CF0133 rrm1 hctA FALSE 0.157 224.000 0.048 1.000   NA
 1303355 1303356 CF0133 CF0134 hctA   FALSE 0.033 152.000 0.000 NA   NA
 1303358 1303359 CF0136 CF0137 hemY hemN1 TRUE 0.989 -3.000 0.056 0.006 Y NA
 1303359 1303360 CF0137 CF0138 hemN1 hemE TRUE 0.973 -27.000 0.012 0.006 Y NA
 1303360 1303361 CF0138 CF0139 hemE mfd TRUE 0.896 10.000 0.006 1.000 N NA
 1303361 1303362 CF0139 CF0140 mfd alaS TRUE 0.644 -30.000 0.006 1.000 N NA
 1303365 1303366 CF0143 CF0144 efp2   FALSE 0.200 58.000 0.006 NA   NA
 1303367 1303368 CF0145 CF0146 pph2 groL2 FALSE 0.116 413.000 0.027 1.000   NA
 1303368 1303369 CF0146 CFtRNA05 groL2   FALSE 0.073 80.000 0.000 NA   NA
 1303370 1303371 CF0147 CF0148 murF mraY TRUE 0.994 18.000 0.018 0.010 Y NA
 1303371 1303372 CF0148 CF0149 mraY murD TRUE 0.995 4.000 0.647 0.010 Y NA
 1303372 1303373 CF0149 CF0150 murD nlpD TRUE 0.750 -3.000 0.006 1.000   NA
 1303373 1303374 CF0150 CF0151 nlpD ftsW TRUE 0.924 19.000 0.088 1.000   NA
 1303374 1303375 CF0151 CF0152 ftsW murG TRUE 0.737 -88.000 0.037 1.000 N NA
 1303375 1303376 CF0152 CF0153 murG mudD TRUE 0.990 8.000 0.270 1.000 Y NA
 1303377 1303378 CF0154 CF0155 nab1 cutA FALSE 0.239 109.000 0.009 1.000   NA
 1303378 1303379 CF0155 CF0156 cutA   TRUE 0.708 -3.000 0.010 NA   NA
 1303380 1303381 CF0157 CF0158 rsbV2 miaA TRUE 0.941 12.000 0.040 1.000 N NA
 1303383 1303384 CF0160 CF0161 mhcA1   TRUE 0.790 -3.000 0.038 NA   NA
 1303384 1303385 CF0161 CF0162   ybeB FALSE 0.164 59.000 0.002 NA   NA
 1303385 1303386 CF0162 CF0163 ybeB fabF TRUE 0.814 18.000 0.008 NA   NA
 1303386 1303387 CF0163 CF0164 fabF mutT TRUE 0.934 3.000 0.333 1.000 N NA
 1303391 1303392 CF0168 CF0169 sga aas TRUE 0.993 15.000 0.032 0.055 Y NA
 1303392 1303393 CF0169 CF0170 aas bioF1 TRUE 0.586 51.000 0.032 1.000 N NA
 1303394 1303395 CF0171 CF0172 priA   FALSE 0.450 -48.000 0.007 NA   NA
 1303396 1303397 CF0173 CF0174 dsbD1 lysS FALSE 0.049 227.000 0.000 1.000   NA
 1303398 1303399 CF0175 CF0176 cysS   FALSE 0.023 207.000 0.000 NA   NA
 1303401 1303402 CF0178 CF0179 rnpA rpl34 TRUE 0.963 14.000 0.787 1.000   NA
 1303403 1303404 CF0180 CF0181 rpl36 rps14 TRUE 0.903 26.000 0.013 0.051   NA
 1303407 1303408 CF0184 CF0185 uvrC mutS TRUE 0.977 3.000 0.006 1.000 Y NA
 1303409 1303410 CF0186 CF0187 dnaG   FALSE 0.384 109.000 0.625 NA   NA
 1303410 1303411 CF0187 CF0188     FALSE 0.240 161.000 0.500 NA   NA
 1303411 1303412 CF0188 CF0189     FALSE 0.158 221.000 0.333 NA   NA
 1303412 1303413 CF0189 CF0190     FALSE 0.346 116.000 0.500 NA   NA
 1303417 1303418 CFtRNA06 CF0194   rpl25 FALSE 0.020 245.000 0.000 NA   NA
 1303418 1303419 CF0194 CF0195 rpl25 pth TRUE 0.994 8.000 0.496 0.079 Y NA
 1303419 1303420 CF0195 CF0196 pth rps6 TRUE 0.885 77.000 0.029 0.079 Y NA
 1303420 1303421 CF0196 CF0197 rps6 rps18 TRUE 0.995 18.000 0.319 0.050 Y NA
 1303421 1303422 CF0197 CF0198 rps18 rpl9 TRUE 0.994 21.000 0.499 0.050 Y NA
 1303422 1303423 CF0198 CF0199 rpl9 ispE FALSE 0.481 51.000 0.007 1.000 N NA
 1303426 1303427 CF0202 CF0203 ide1 ide2 FALSE 0.240 166.000 0.000 0.003   NA
 1303427 1303428 CF0203 CF0204 ide2 plsB TRUE 0.709 3.000 0.000 1.000   NA
 1303428 1303429 CF0204 CF0205 plsB cafE TRUE 0.876 3.000 0.019 1.000   NA
 1303430 1303431 CF0206 CF0207   rpl32 TRUE 0.763 13.000 0.005 NA   NA
 1303431 1303432 CF0207 CF0208 rpl32 plsX TRUE 0.959 16.000 0.418 1.000 N NA
 1303432 1303433 CF0208 CF0209 plsX pmp01 FALSE 0.186 106.000 0.005 1.000   NA
 1303436 1303437 CF0212 CF0213     FALSE 0.060 100.000 0.000 NA   NA
 1303437 1303438 CF0213 CF0214     TRUE 0.554 20.000 0.000 NA   NA
 1303439 1303440 CF0215 CF0216     FALSE 0.023 214.000 0.000 NA   NA
 1303440 1303441 CF0216 CF0217   mhcB1 FALSE 0.026 182.000 0.000 NA   NA
 1303441 1303442 CF0217 CF0218 mhcB1 mhcB2 FALSE 0.017 341.000 0.000 NA   NA
 1303442 1303443 CF0218 CF0219 mhcB2   FALSE 0.017 642.000 0.000 NA   NA
 1303443 1303444 CF0219 CF0220   mhcA3 FALSE 0.024 204.000 0.000 NA   NA
 1303445 1303446 CF0221 CF0222 lpxB pcnB2 TRUE 0.920 14.000 0.010 1.000 N NA
 1303447 1303448 CF0223 CF0224   mrsA1 FALSE 0.026 188.000 0.000 NA   NA
 1303448 1303449 CF0224 CF0225 mrsA1 glmS TRUE 0.929 9.000 0.030 1.000 N NA
 1303449 1303450 CF0225 CF0226 glmS tyrP FALSE 0.333 73.000 0.006 1.000 N NA
 1303450 1303451 CF0226 CF0227 tyrP yccA TRUE 0.542 56.000 0.500 NA   NA
 1303453 1303454 CF0229 CF0230 sucC sucD TRUE 0.996 9.000 0.467 0.003 Y NA
 1303454 1303455 CF0230 CF0231 sucD htrA FALSE 0.166 338.000 0.069 1.000 N NA
 1303458 1303459 CF0234 CF0235 rmuC pssA TRUE 0.720 -3.000 0.011 NA   NA
 1303460 1303461 CF0236 CF0237   nrdA FALSE 0.087 67.000 0.000 NA   NA
 1303461 1303462 CF0237 CF0238 nrdA nrdB TRUE 0.997 15.000 0.564 0.003 Y NA
 1303462 1303463 CF0238 CF0239 nrdB rrm2 FALSE 0.129 172.000 0.008 1.000   NA
 1303466 1303467 CF0241 CF0242 murB nusB FALSE 0.395 67.000 0.008 1.000 N NA
 1303468 1303469 CF0243 CF0244 infC rpl35 TRUE 0.972 -22.000 0.652 1.000 Y NA
 1303469 1303470 CF0244 CF0245 rpl35 rpl20 TRUE 0.995 21.000 0.928 0.049 Y NA
 1303470 1303471 CF0245 CF0246 rpl20 pheS TRUE 0.991 13.000 0.202 1.000 Y NA
 1303471 1303472 CF0246 CFtRNA08 pheS   FALSE 0.472 1.000 0.000 NA   NA
 1303472 1303473 CFtRNA08 CF0247   cef FALSE 0.022 223.000 0.000 NA   NA
 1303474 1303475 CF0248 CF0249     TRUE 0.957 1.000 0.631 0.060   NA
 1303476 1303477 CF0250 CF0251 mesJ ftsH FALSE 0.254 176.000 0.145 1.000 N NA
 1303478 1303479 CF0252 CF0253 pnp rps15 TRUE 0.933 47.000 0.335 1.000 Y NA
 1303480 1303481 CF0254 CF0255 yfhC   TRUE 0.735 -3.000 0.013 NA   NA
 1303482 1303483 CF0256 CF0257     TRUE 0.522 85.000 1.000 NA   NA
 1303483 1303484 CF0257 CF0258     TRUE 0.948 20.000 1.000 NA   NA
 1303484 1303485 CF0258 CF0259     TRUE 0.676 51.000 1.000 NA   NA
 1303486 1303487 CF0260 CF0261   mhcA2 FALSE 0.381 28.000 0.000 NA   NA
 1303488 1303489 CF0262 CF0263 map   TRUE 0.943 10.000 0.429 NA N NA
 1303489 1303490 CF0263 CF0264     TRUE 0.988 13.000 0.042 NA Y NA
 1303495 1303496 CF0269 CF0270   nhaD FALSE 0.200 39.000 0.000 NA   NA
 1303496 1303497 CF0270 CF0271 nhaD   FALSE 0.330 112.000 0.400 NA   NA
 1303497 1303498 CF0271 CF0272   lytB FALSE 0.315 140.000 0.400 1.000   NA
 1303498 1303499 CF0272 CF0273 lytB   TRUE 0.671 -37.000 0.017 1.000   NA
 1303500 1303501 CF0274 CF0275     TRUE 0.943 21.000 1.000 NA   NA
 1303501 1303502 CF0275 CF0276   lcrH2 TRUE 0.915 25.000 0.833 NA   NA
 1303502 1303503 CF0276 CF0277 lcrH2   TRUE 0.917 0.000 0.833 NA   NA
 1303504 1303505 CFtRNA09 CF0278     FALSE 0.067 91.000 0.000 NA   NA
 1303507 1303508 CF0280 CF0281 pgi ltuA FALSE 0.353 78.000 0.133 NA   NA
 1303508 1303509 CF0281 CF0282 ltuA mdhC FALSE 0.072 219.000 0.009 NA   NA
 1303509 1303510 CF0282 CF0283 mdhC   TRUE 0.825 22.000 0.018 NA   NA
 1303511 1303512 CF0284 CF0285 dadA arcD TRUE 0.623 164.000 0.011 1.000 Y NA
 1303512 1303513 CF0285 CF0286 arcD ebp04 TRUE 0.948 10.000 0.429 1.000   NA
 1303513 1303514 CF0286 CF0287 ebp04   TRUE 0.811 34.000 0.429 1.000   NA
 1303514 1303515 CF0287 CF0288   omp04 FALSE 0.332 102.000 0.300 NA   NA
 1303515 1303516 CF0288 CF0289 omp04 aroE TRUE 0.770 -10.000 0.214 NA   NA
 1303516 1303517 CF0289 CF0290 aroE aroB TRUE 0.973 -19.000 0.007 0.005 Y NA
 1303517 1303518 CF0290 CF0291 aroB aroC TRUE 0.990 -3.000 0.110 0.005 Y NA
 1303518 1303519 CF0291 CF0292 aroC aroK TRUE 0.966 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 1303519 1303520 CF0292 CF0293 aroK aroA TRUE 0.922 -64.000 0.006 1.000 Y NA
 1303520 1303521 CF0293 CF0294 aroA ebp05 FALSE 0.206 84.000 0.002 1.000   NA
 1303521 1303522 CF0294 CF0295 ebp05 bioA TRUE 0.582 -18.000 0.005 1.000   NA
 1303522 1303523 CF0295 CF0296 bioA bioD TRUE 0.973 -9.000 0.000 0.004 Y NA
 1303523 1303524 CF0296 CF0297 bioD bioF2 TRUE 0.932 -15.000 0.000 1.000 Y NA
 1303524 1303525 CF0297 CF0298 bioF2 bioB TRUE 0.945 -21.000 0.008 1.000 Y NA
 1303525 1303526 CF0298 CF0299 bioB fabG2 FALSE 0.067 248.000 0.000 1.000 N NA
 1303526 1303527 CF0299 CF0300 fabG2   TRUE 0.810 -21.000 0.375 1.000   NA
 1303527 1303528 CF0300 CF0301     FALSE 0.278 90.000 0.032 NA   NA
 1303528 1303529 CF0301 CF0302   pah TRUE 0.636 -19.000 0.020 NA   NA
 1303530 1303531 CF0303 CF0304 dapB asd TRUE 0.637 184.000 0.005 0.067 Y NA
 1303531 1303532 CF0304 CF0305 asd lysC TRUE 0.963 -12.000 0.026 1.000 Y NA
 1303532 1303533 CF0305 CF0306 lysC dapA TRUE 0.989 13.000 0.021 1.000 Y NA
 1303533 1303534 CF0306 CF0307 dapA   FALSE 0.153 131.000 0.014 NA   NA
 1303534 1303535 CF0307 CF0308     FALSE 0.024 199.000 0.000 NA   NA
 1303535 1303536 CF0308 CF0309   bioY FALSE 0.016 745.000 0.000 NA   NA
 1303537 1303538 CFtRNA10 CF0310     FALSE 0.095 60.000 0.000 NA   NA
 1303538 1303539 CF0310 CF0311     TRUE 0.701 -16.000 0.054 NA   NA
 1303540 1303541 CF0312 CFtRNA11 infA   FALSE 0.075 78.000 0.000 NA   NA
 1303541 1303542 CFtRNA11 CF0313   tufA FALSE 0.157 44.000 0.000 NA   NA
 1303542 1303543 CF0313 CFtRNA12 tufA   FALSE 0.121 52.000 0.000 NA   NA
 1303543 1303544 CFtRNA12 CF0314   secE FALSE 0.231 35.000 0.000 NA   NA
 1303544 1303545 CF0314 CF0315 secE nusG TRUE 0.954 5.000 0.843 1.000   NA
 1303545 1303546 CF0315 CF0316 nusG rpl11 TRUE 0.531 107.000 0.681 1.000 N NA
 1303546 1303547 CF0316 CF0317 rpl11 rpl1 TRUE 0.994 23.000 0.838 0.065 Y NA
 1303547 1303548 CF0317 CF0318 rpl1 rpl10 TRUE 0.995 14.000 0.302 0.065 Y NA
 1303550 1303551 CF0320 CF0321 rpoB rpoC TRUE 0.993 28.000 0.851 0.003 Y NA
 1303551 1303552 CF0321 CF0322 rpoC talA FALSE 0.224 118.000 0.006 1.000 N NA
 1303552 1303553 CF0322 CF0323 talA fer1 TRUE 0.712 41.000 0.667 NA   NA
 1303555 1303556 CF0325 CF0326 atpE   TRUE 0.650 48.000 0.667 NA   NA
 1303556 1303557 CF0326 CF0327   atpA TRUE 0.859 -6.000 0.633 NA   NA
 1303557 1303558 CF0327 CF0328 atpA atpB TRUE 0.997 15.000 0.806 0.010 Y NA
 1303558 1303559 CF0328 CF0329 atpB atpD TRUE 0.989 -15.000 0.903 0.010 Y NA
 1303559 1303560 CF0329 CF0330 atpD atpI TRUE 0.987 -9.000 0.270 0.010 Y NA
 1303560 1303561 CF0330 CF0331 atpI atpK TRUE 0.602 135.000 0.848 0.010   NA
 1303561 1303562 CF0331 CF0332 atpK   TRUE 0.600 -49.000 0.030 NA   NA
 1303562 1303563 CF0332 CF0333   valS FALSE 0.234 56.000 0.006 NA   NA
 1303563 1303564 CF0333 CF0334 valS pknD TRUE 0.870 21.000 0.006 1.000 N NA
 1303567 1303568 CF0337 CF0338   htrB TRUE 0.863 30.000 0.429 1.000   NA
 1303568 1303569 CF0338 CF0339 htrB   FALSE 0.149 212.000 0.222 NA   NA
 1303569 1303570 CF0339 CF0340     TRUE 0.638 -18.000 0.018 NA   NA
 1303571 1303572 CF0341 CF0342 cydA cydB TRUE 0.994 3.000 0.622 0.023 Y NA
 1303573 1303574 CF0343 CF0344 awa2   FALSE 0.302 149.000 0.750 NA   NA
 1303578 1303579 CF0348 CF0349 lepB   FALSE 0.132 320.000 0.333 NA   NA
 1303580 1303581 CF0350 CF0351 rpl31 prfA FALSE 0.417 404.000 0.005 1.000 Y NA
 1303581 1303582 CF0351 CF0352 prfA rrm4 TRUE 0.946 -22.000 0.009 1.000 Y NA
 1303582 1303583 CF0352 CF0353 rrm4 ffh TRUE 0.781 27.000 0.005 1.000 N NA
 1303583 1303584 CF0353 CF0354 ffh rps16 TRUE 0.876 -9.000 0.361 1.000 N NA
 1303584 1303585 CF0354 CF0355 rps16 rrm5 TRUE 0.989 17.000 0.033 1.000 Y NA
 1303585 1303586 CF0355 CF0356 rrm5 rpl19 TRUE 0.987 25.000 0.567 1.000 Y NA
 1303586 1303587 CF0356 CF0357 rpl19 rnhB1 TRUE 0.593 54.000 0.066 1.000 N NA
 1303587 1303588 CF0357 CF0358 rnhB1 gmk TRUE 0.883 12.000 0.003 1.000 N NA
 1303588 1303589 CF0358 CF0359 gmk ebp06 TRUE 0.786 -3.000 0.035 NA   NA
 1303589 1303590 CF0359 CF0360 ebp06 metG TRUE 0.731 0.000 0.008 NA   NA
 1303591 1303592 CF0361 CF0362 recD2 rhaT2 FALSE 0.040 506.000 0.000 1.000   NA
 1303594 1303595 CFtRNA13 CF0364     FALSE 0.034 146.000 0.000 NA   NA
 1303595 1303596 CF0364 CF0365   groL3 FALSE 0.251 140.000 0.400 NA   NA
 1303596 1303597 CF0365 CF0366 groL3 groS TRUE 0.962 49.000 0.412 0.014 Y NA
 1303597 1303598 CF0366 CF0367 groS pepF FALSE 0.350 128.000 0.188 1.000 N NA
 1303598 1303599 CF0367 CF0368 pepF   FALSE 0.237 89.000 0.013 NA   NA
 1303600 1303601 CF0369 CF0370     FALSE 0.017 405.000 0.000 NA   NA
 1303601 1303602 CF0370 CF0371   rpiA FALSE 0.401 -3.000 0.000 NA   NA
 1303602 1303603 CF0371 CF0372 rpiA   TRUE 0.715 -3.000 0.011 NA   NA
 1303603 1303604 CF0372 CF0373   yqgE TRUE 0.806 22.000 0.012 NA   NA
 1303604 1303605 CF0373 CF0374 yqgE gsa FALSE 0.200 94.000 0.006 NA N NA
 1303605 1303606 CF0374 CF0375 gsa abc1 TRUE 0.566 37.000 0.009 NA N NA
 1303606 1303607 CF0375 CF0376 abc1 abc2 TRUE 0.985 11.000 0.012 NA Y NA
 1303607 1303608 CF0376 CF0377 abc2   TRUE 0.980 0.000 0.200 NA Y NA
 1303608 1303609 CF0377 CF0378   clpB1 FALSE 0.475 61.000 0.150 NA N NA
 1303610 1303611 CF0379 CF0380 pmp02 pmp03 FALSE 0.500 3.000 0.000 NA   NA
 1303612 1303613 CF0381 CF0382     FALSE 0.245 81.000 0.013 NA   NA
 1303613 1303614 CF0382 CF0383     TRUE 0.950 15.000 0.750 NA   NA
 1303614 1303615 CF0383 CF0384     FALSE 0.019 263.000 0.000 NA   NA
 1303615 1303616 CF0384 CF0385     FALSE 0.017 583.000 0.000 NA   NA
 1303616 1303617 CF0385 CF0386   pkn2 FALSE 0.020 244.000 0.000 NA   NA
 1303617 1303618 CF0386 CF0387 pkn2 dnlJ TRUE 0.983 8.000 0.006 1.000 Y NA
 1303618 1303619 CF0387 CF0388 dnlJ mhcA4 FALSE 0.077 165.000 0.006 NA   NA
 1303620 1303621 CF0389 CF0390 mhpA   FALSE 0.322 149.000 0.857 NA   NA
 1303622 1303623 CF0391 CF0392 leuS kdtA1 TRUE 0.784 -3.000 0.006 1.000 N NA
 1303623 1303624 CF0392 CFtRNA14 kdtA1   FALSE 0.426 26.000 0.000 NA   NA
 1303624 1303625 CFtRNA14 CFtRNA15     TRUE 0.505 22.000 0.000 NA   NA
 1303626 1303627 CF0393 CF0394 pfkA1 hhl TRUE 0.963 10.000 0.857 1.000   NA
 1303627 1303628 CF0394 CF0395 hhl pfkA2 FALSE 0.295 124.000 0.088 1.000   NA
 1303628 1303629 CF0395 CF0396 pfkA2 ybhI FALSE 0.390 111.000 0.088 1.000 N NA
 1303629 1303630 CF0396 CF0397 ybhI   TRUE 0.565 46.000 0.217 NA   NA
 1303630 1303631 CF0397 CF0398     FALSE 0.130 50.000 0.000 NA   NA
 1303631 1303632 CF0398 CF0399   oppF FALSE 0.113 55.000 0.000 NA   NA
 1303632 1303633 CF0399 CF0400 oppF oppD TRUE 0.985 -7.000 0.044 0.020 Y NA
 1303633 1303634 CF0400 CF0401 oppD oppC2 TRUE 0.972 -7.000 0.044 1.000 Y NA
 1303634 1303635 CF0401 CF0402 oppC2 oppB2 TRUE 0.924 71.000 0.273 0.027 Y NA
 1303635 1303636 CF0402 CF0403 oppB2 oppA2 TRUE 0.573 225.000 0.000 0.027 Y NA
 1303636 1303637 CF0403 CF0404 oppA2 oppA5 TRUE 0.854 136.000 0.400 0.027 Y NA
 1303637 1303638 CF0404 CF0405 oppA5 oppA4 TRUE 0.894 117.000 0.500 0.027 Y NA
 1303638 1303639 CF0405 CF0406 oppA4   FALSE 0.064 273.000 0.000 1.000 N NA
 1303639 1303640 CF0406 CF0407   pyrG TRUE 0.709 -13.000 0.006 1.000 N NA
 1303640 1303641 CF0407 CF0408 pyrG kdtA2 TRUE 0.748 -24.000 0.018 1.000 N NA
 1303642 1303643 CF0409 CF0410   mta FALSE 0.028 173.000 0.000 NA   NA
 1303643 1303644 CF0410 CFtRNA16 mta   FALSE 0.065 93.000 0.000 NA   NA
 1303644 1303645 CFtRNA16 CFtRNA17     TRUE 0.565 8.000 0.000 NA   NA
 1303645 1303646 CFtRNA17 CF0411   tauB FALSE 0.252 34.000 0.000 NA   NA
 1303646 1303647 CF0411 CF0412 tauB   TRUE 0.816 -3.000 0.111 NA   NA
 1303649 1303650 CF0414 CF0415 dsbG dsbB TRUE 0.971 -7.000 0.308 NA Y NA
 1303651 1303652 CF0416 CF0417     FALSE 0.235 185.000 0.667 NA   NA
 1303652 1303653 CF0417 CF0418     FALSE 0.032 157.000 0.000 NA   NA
 1303653 1303654 CF0418 CF0419   tgt FALSE 0.020 234.000 0.000 NA   NA
 1303654 1303655 CF0419 CF0420 tgt   FALSE 0.053 187.000 0.005 NA   NA
 1303655 1303656 CF0420 CF0421     FALSE 0.018 294.000 0.000 NA   NA
 1303656 1303657 CF0421 CF0422     FALSE 0.018 298.000 0.000 NA   NA
 1303657 1303658 CF0422 CF0423     FALSE 0.017 463.000 0.000 NA   NA
 1303658 1303659 CF0423 CF0424     FALSE 0.020 243.000 0.000 NA   NA
 1303659 1303660 CF0424 CF0425     FALSE 0.020 239.000 0.000 NA   NA
 1303661 1303662 CF0426 CF0427   imdH FALSE 0.017 391.000 0.000 NA   NA
 1303662 1303663 CF0427 CF0428 imdH guaA TRUE 0.937 17.000 0.190 1.000   NA
 1303663 1303664 CF0428 CF0429 guaA   TRUE 0.974 23.000 0.003 1.000 Y NA
 1303664 1303665 CF0429 CF0430     FALSE 0.023 211.000 0.000 NA   NA
 1303665 1303666 CF0430 CF0431     FALSE 0.038 135.000 0.000 NA   NA
 1303666 1303667 CF0431 CF0432     FALSE 0.023 212.000 0.000 NA   NA
 1303668 1303669 CF0433 CF0434 kprS kynU TRUE 0.974 -3.000 0.014 1.000 Y NA
 1303669 1303670 CF0434 CF0435 kynU trpA TRUE 0.984 12.000 0.004 1.000 Y NA
 1303670 1303671 CF0435 CF0436 trpA trpB1 TRUE 0.980 -7.000 0.004 0.002 Y NA
 1303671 1303672 CF0436 CF0437 trpB1 trpF TRUE 0.983 -3.000 0.003 0.004 Y NA
 1303672 1303673 CF0437 CF0438 trpF trpC TRUE 0.973 -10.000 0.264 1.000 Y NA
 1303673 1303674 CF0438 CF0439 trpC trpD TRUE 0.974 -9.000 0.216 1.000 Y NA
 1303674 1303675 CF0439 CF0440 trpD trpR FALSE 0.065 257.000 0.000 1.000 N NA
 1303675 1303676 CF0440 CF0441 trpR   FALSE 0.348 57.000 0.019 NA   NA
 1303676 1303677 CF0441 CF0442   lifA FALSE 0.017 547.000 0.000 NA   NA
 1303678 1303679 CF0443 CF0444 pplD2   FALSE 0.073 80.000 0.000 NA   NA
 1303679 1303680 CF0444 CF0445   mac FALSE 0.249 -25.000 0.000 NA   NA
 1303681 1303682 CF0446 CF0447 trpB2 trpB3 FALSE 0.186 40.000 0.000 NA   NA
 1303683 1303684 CF0448 CF0449     FALSE 0.038 135.000 0.000 NA   NA
 1303684 1303685 CF0449 CF0450     FALSE 0.017 346.000 0.000 NA   NA
 1303685 1303686 CF0450 CF0451     FALSE 0.017 462.000 0.000 NA   NA
 1303687 1303688 CF0452 CF0453     FALSE 0.033 151.000 0.000 NA   NA
 1303688 1303689 CF0453 CF0454   accC FALSE 0.210 152.000 0.286 NA   NA
 1303689 1303690 CF0454 CF0455 accC accB TRUE 0.990 0.000 0.011 0.002 Y NA
 1303690 1303691 CF0455 CF0456 accB efp1 TRUE 0.823 32.000 0.120 1.000 N NA
 1303691 1303692 CF0456 CF0457 efp1 rpe TRUE 0.720 -13.000 0.007 1.000 N NA
 1303693 1303694 CF0458 CF0459 incA1   FALSE 0.086 136.000 0.000 1.000   NA
 1303694 1303695 CF0459 CF0460   rbn FALSE 0.360 77.000 0.017 1.000   NA
 1303695 1303696 CF0460 CF0461 rbn   TRUE 0.752 -3.000 0.017 NA   NA
 1303696 1303697 CF0461 CF0462     FALSE 0.350 114.000 0.500 NA   NA
 1303698 1303699 CF0463 CF0464 glnQ glnP TRUE 0.982 -10.000 1.000 1.000 Y NA
 1303699 1303700 CF0464 CF0465 glnP argR TRUE 0.735 47.000 0.500 1.000 N NA
 1303701 1303702 CF0466 CF0467 gcp2 oppA3 TRUE 0.609 -54.000 0.006 1.000 N NA
 1303702 1303703 CF0467 CF0468 oppA3 zwf FALSE 0.080 206.000 0.000 1.000 N NA
 1303703 1303704 CF0468 CF0469 zwf devB TRUE 0.988 18.000 0.021 1.000 Y NA
 1303705 1303706 CF0470 CF0471     FALSE 0.297 130.000 0.500 NA   NA
 1303706 1303707 CF0471 CF0472     TRUE 0.895 26.000 0.667 NA   NA
 1303707 1303708 CF0472 CF0473     FALSE 0.074 79.000 0.000 NA   NA
 1303709 1303710 CF0474 CF0475 adk2 ydhO FALSE 0.342 56.000 0.014 NA   NA
 1303711 1303712 CF0476 CF0477 rps9 rpl13 TRUE 0.996 14.000 0.601 0.044 Y NA
 1303713 1303714 CF0478 CF0479     FALSE 0.029 169.000 0.000 NA   NA
 1303715 1303716 CF0480 CF0481 ycfV abc1 TRUE 0.990 3.000 0.545 1.000 Y NA
 1303718 1303719 CF0483 CF0484     TRUE 0.947 6.000 1.000 NA   NA
 1303719 1303720 CF0484 CF0485     TRUE 0.936 3.000 1.000 NA   NA
 1303720 1303721 CF0485 CFtRNA18     FALSE 0.033 151.000 0.000 NA   NA
 1303721 1303722 CFtRNA18 CFtRNA19     TRUE 0.565 8.000 0.000 NA   NA
 1303722 1303723 CFtRNA19 CF0486   secA2 FALSE 0.213 38.000 0.000 NA   NA
 1303724 1303725 CF0487 CF0488 ydaO surE FALSE 0.206 107.000 0.015 NA   NA
 1303725 1303726 CF0488 CFtRNA20 surE   FALSE 0.017 571.000 0.000 NA   NA
 1303726 1303727 CFtRNA20 CFtRNA21     TRUE 0.524 4.000 0.000 NA   NA
 1303727 1303728 CFtRNA21 CF0489     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 1303729 1303730 CF0490 CF0491 ubiD ubiA TRUE 0.989 17.000 0.029 1.000 Y NA
 1303731 1303732 CF0492 CF0493     FALSE 0.064 200.000 0.007 NA   NA
 1303732 1303733 CF0493 CF0494   zip FALSE 0.019 252.000 0.000 NA   NA
 1303734 1303735 CF0495 CF0496 dpp ywlC TRUE 0.754 29.000 0.012 NA N NA
 1303736 1303737 CF0497 CF0498 lyp ses FALSE 0.214 -96.000 0.000 NA   NA
 1303738 1303739 CF0499 CF0500 dnaX1 tdk TRUE 0.865 -9.000 0.254 1.000 N NA
 1303739 1303740 CF0500 CF0501 tdk gyrA2 TRUE 0.906 14.000 0.007 1.000 N NA
 1303740 1303741 CF0501 CF0502 gyrA2 gyrB2 TRUE 0.996 16.000 0.306 0.005 Y NA
 1303741 1303742 CF0502 CF0503 gyrB2   TRUE 0.849 4.000 0.028 NA   NA
 1303742 1303743 CF0503 CF0504     FALSE 0.025 190.000 0.000 NA   NA
 1303743 1303744 CF0504 CF0505   omp05 FALSE 0.019 271.000 0.000 NA   NA
 1303744 1303745 CF0505 CF0506 omp05 app TRUE 0.982 -3.000 0.667 NA Y NA
 1303745 1303746 CF0506 CF0507 app dppF2 TRUE 0.991 15.000 0.089 1.000 Y NA
 1303746 1303747 CF0507 CF0508 dppF2   FALSE 0.166 159.000 0.067 NA   NA
 1303748 1303749 CF0509 CF0510 dhnA xasA TRUE 0.968 19.000 1.000 1.000 N NA
 1303750 1303751 CF0511 CF0512 mgtE   TRUE 0.718 -36.000 0.044 1.000   NA
 1303751 1303752 CF0512 CF0513     FALSE 0.018 276.000 0.000 NA   NA
 1303753 1303754 CF0514 CF0515 aaaT sdt TRUE 0.901 0.000 0.273 1.000   NA
 1303754 1303755 CF0515 CF0516 sdt incB FALSE 0.369 85.000 0.273 NA   NA
 1303755 1303756 CF0516 CF0517 incB incC TRUE 0.693 49.000 1.000 NA   NA
 1303756 1303757 CF0517 CF0518 incC   FALSE 0.411 105.000 0.667 NA   NA
 1303757 1303758 CF0518 CF0519   cpkR TRUE 0.928 15.000 0.333 NA   NA
 1303759 1303760 CF0520 CF0521 acpP fabG1 TRUE 0.864 91.000 0.007 0.011 Y NA
 1303760 1303761 CF0521 CF0522 fabG1 fabD TRUE 0.991 3.000 0.019 0.011 Y NA
 1303761 1303762 CF0522 CF0523 fabD fabH TRUE 0.992 8.000 0.009 0.011 Y NA
 1303763 1303764 CF0524 CF0525 recR omp06 FALSE 0.121 176.000 0.003 1.000 N NA
 1303764 1303765 CF0525 CF0526 omp06 omp07 TRUE 0.809 108.000 0.175 1.000 Y NA
 1303765 1303766 CF0526 CF0527 omp07 lpxD TRUE 0.973 28.000 0.018 1.000 Y NA
 1303768 1303769 CF0529 CF0530 pdhA pdhB TRUE 0.990 -7.000 0.456 0.002 Y NA
 1303769 1303770 CF0530 CF0531 pdhB pdhC TRUE 0.989 5.000 0.254 1.000 Y NA
 1303773 1303774 CF0534 CF0535 dnaA1 imp1 FALSE 0.311 67.000 0.002 1.000 N NA
 1303774 1303775 CF0535 CF0536 imp1 lgt FALSE 0.282 95.000 0.006 1.000 N NA
 1303776 1303777 CF0537 CF0538   acpS TRUE 0.894 16.000 0.036 NA   NA
 1303779 1303780 CF0540 CF0541 rps1 nusA FALSE 0.451 93.000 0.006 0.039 N NA
 1303780 1303781 CF0541 CF0542 nusA infB TRUE 0.812 -43.000 0.342 1.000 N NA
 1303781 1303782 CF0542 CF0543 infB rbfA TRUE 0.992 7.000 0.530 1.000 Y NA
 1303782 1303783 CF0543 CF0544 rbfA truB TRUE 0.942 40.000 0.111 1.000 Y NA
 1303783 1303784 CF0544 CF0545 truB ribF TRUE 0.844 -16.000 0.308 1.000 N NA
 1303786 1303787 CF0547 CF0548 yscU lcrD TRUE 0.992 0.000 0.219 0.013 Y NA
 1303787 1303788 CF0548 CF0549 lcrD lcrE TRUE 0.860 28.000 0.188 1.000   NA
 1303788 1303789 CF0549 CF0550 lcrE sycE TRUE 0.974 16.000 0.240 0.009   NA
 1303789 1303790 CF0550 CF0551 sycE malQ TRUE 0.648 55.000 0.600 1.000   NA
 1303790 1303791 CF0551 CF0552 malQ rpl28 FALSE 0.126 176.000 0.005 1.000 N NA
 1303791 1303792 CF0552 CF0553 rpl28 oxr2 TRUE 0.703 26.000 0.005 NA N NA
 1303792 1303793 CF0553 CF0554 oxr2 pplD1 FALSE 0.301 107.000 0.038 NA N NA
 1303794 1303795 CF0555 CF0556     TRUE 0.956 11.000 1.000 NA   NA
 1303795 1303796 CF0556 CF0557   ltuB FALSE 0.017 369.000 0.000 NA   NA
 1303797 1303798 CF0558 CF0559 mreD folD TRUE 0.740 -9.000 0.011 1.000   NA
 1303798 1303799 CF0559 CF0560 folD yojL TRUE 0.950 -30.000 0.025 1.000 Y NA
 1303801 1303802 CF0562 CF0563 dnaN recF TRUE 0.986 0.000 0.318 1.000 Y NA
 1303802 1303803 CF0563 CF0564 recF omp08 FALSE 0.127 111.000 0.006 NA   NA
 1303804 1303805 CF0565 CF0566 yaeL yaeM TRUE 0.957 13.000 0.568 1.000   NA
 1303805 1303806 CF0566 CF0567 yaeM ytgD TRUE 0.600 41.000 0.008 1.000 N NA
 1303806 1303807 CF0567 CF0568 ytgD ytgC TRUE 0.992 -3.000 0.443 0.005 Y NA
 1303807 1303808 CF0568 CF0569 ytgC ytgB1 TRUE 0.988 1.000 0.432 1.000 Y NA
 1303808 1303809 CF0569 CF0571 ytgB1   TRUE 0.984 -7.000 0.898 1.000 Y NA
 1303810 1303811 CF0570 CF0572 adhS1   FALSE 0.021 226.000 0.000 NA   NA
 1303811 1303812 CF0572 CF0573   adt1 FALSE 0.022 218.000 0.000 NA   NA
 1303815 1303816 CF0576 CF0577 gnd tyrS TRUE 0.925 17.000 0.014 1.000 N NA
 1303816 1303817 CF0577 CF0578 tyrS   FALSE 0.059 102.000 0.000 NA   NA
 1303817 1303818 CF0578 CF0579   rpoF FALSE 0.356 29.000 0.000 NA   NA
 1303818 1303819 CF0579 CF0580 rpoF flhA FALSE 0.364 104.000 0.025 1.000 N NA
 1303820 1303821 CFtRNA22 CF0581   fer2 FALSE 0.157 44.000 0.000 NA   NA
 1303821 1303822 CF0581 CF0582 fer2 lam FALSE 0.017 434.000 0.000 NA   NA
 1303822 1303823 CF0582 CF0583 lam   FALSE 0.017 514.000 0.000 NA   NA
 1303823 1303824 CF0583 CF0584   gcpE FALSE 0.018 314.000 0.000 NA   NA
 1303824 1303825 CF0584 CF0585 gcpE   TRUE 0.846 13.000 0.009 NA   NA
 1303826 1303827 CF0586 CF0587 sucB1 sucA TRUE 0.986 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 1303828 1303829 CF0588 CF0589   hemN2 TRUE 0.566 -16.000 0.008 NA   NA
 1303829 1303830 CF0589 CF0590 hemN2   FALSE 0.168 60.000 0.004 NA   NA
 1303833 1303834 CF0593 CF0594 rrm6   TRUE 0.766 -3.000 0.007 1.000   NA
 1303834 1303835 CF0594 CF0596   esp FALSE 0.242 159.000 0.006 0.046   NA
 1303837 1303838 CF0597 CF0598 pepA ssb TRUE 0.673 39.000 0.013 1.000 N NA
 1303838 1303839 CF0598 CF0599 ssb   FALSE 0.039 688.000 0.000 1.000   NA
 1303841 1303842 CF0601 CF0602   ruvB FALSE 0.425 39.000 0.007 NA   NA
 1303843 1303844 CF0603 CF0604 dcd   TRUE 0.875 10.000 0.021 NA   NA
 1303844 1303845 CF0604 CF0605   tlyC1 TRUE 0.926 10.000 0.364 NA   NA
 1303845 1303846 CF0605 CF0606 tlyC1 tlyC2 TRUE 0.844 -7.000 0.545 NA   NA
 1303847 1303848 CF0607 CF0608 nifS2 pp2C TRUE 0.900 24.000 0.041 1.000 N NA
 1303849 1303850 CF0609 CF0610     FALSE 0.482 78.000 0.667 NA   NA
 1303850 1303851 CF0610 CF0611     FALSE 0.018 289.000 0.000 NA   NA
 1303853 1303854 CF0613 CF0614     TRUE 0.916 4.000 0.500 NA   NA
 1303855 1303856 CF0615 CF0616   mutY TRUE 0.704 5.000 0.005 NA   NA
 1303858 1303859 CF0618 CF0619     FALSE 0.018 278.000 0.000 NA   NA
 1303862 1303863 CF0622 CF0623     TRUE 0.611 32.000 0.012 NA   NA
 1303863 1303864 CF0623 CF0624   dnaQ1 TRUE 0.899 11.000 0.050 NA   NA
 1303864 1303865 CF0624 CF0625 dnaQ1   TRUE 0.779 -3.000 0.031 NA   NA
 1303865 1303866 CF0625 CF0626     TRUE 0.633 -19.000 0.019 NA   NA
 1303867 1303868 CF0627 CF0628 msbA accA TRUE 0.695 -34.000 0.010 1.000 N NA
 1303868 1303869 CF0628 CF0629 accA   FALSE 0.164 107.000 0.008 NA   NA
 1303869 1303870 CF0629 CF0630   himD FALSE 0.232 129.000 0.182 NA   NA
 1303872 1303873 CF0631 CF0632 ami1 murE TRUE 0.967 -7.000 0.014 1.000 Y NA
 1303873 1303874 CF0632 CF0633 murE   FALSE 0.019 255.000 0.000 NA   NA
 1303874 1303875 CF0633 CF0634   ftsI2 FALSE 0.242 -28.000 0.000 NA   NA
 1303875 1303876 CF0634 CF0635 ftsI2   TRUE 0.739 -13.000 0.135 NA   NA
 1303876 1303877 CF0635 CF0636   rrm7 TRUE 0.663 -3.000 0.007 NA   NA
 1303878 1303879 CF0637 CF0638 ebp07   TRUE 0.897 4.000 0.286 NA   NA
 1303879 1303880 CF0638 CF0639   dnaA2 FALSE 0.057 198.000 0.000 1.000   NA
 1303880 1303881 CF0639 CF0640 dnaA2   TRUE 0.895 17.000 0.006 1.000 N NA
 1303883 1303884 CF0642 CF0643 nqrB nqrC TRUE 0.994 4.000 0.093 0.002 Y NA
 1303884 1303885 CF0643 CF0644 nqrC nqrD TRUE 0.981 -13.000 0.034 0.007 Y NA
 1303885 1303886 CF0644 CF0645 nqrD nqrE TRUE 0.993 5.000 0.034 0.007 Y NA
 1303887 1303888 CF0646 CF0647     TRUE 0.942 19.000 0.750 NA   NA
 1303888 1303889 CF0647 CF0648   gcsH FALSE 0.321 126.000 0.571 NA   NA
 1303889 1303890 CF0648 CF0649 gcsH   TRUE 0.919 0.000 0.857 NA   NA
 1303890 1303891 CF0649 CF0650   pplD3 FALSE 0.136 168.000 0.032 NA   NA
 1303891 1303892 CF0650 CF0651 pplD3 lplA2 TRUE 0.932 -3.000 0.032 0.025 N NA
 1303894 1303895 CF0653 CF0654 rrm8   FALSE 0.018 321.000 0.000 NA   NA
 1303897 1303898 CF0656 CF0657   ptsN1 FALSE 0.329 99.000 0.231 NA   NA
 1303898 1303899 CF0657 CF0658 ptsN1 ptsN2 TRUE 0.995 6.000 0.231 0.002 Y NA
 1303899 1303900 CF0658 CF0659 ptsN2 dut TRUE 0.866 2.000 0.008 1.000 N NA
 1303900 1303901 CF0659 CF0660 dut accD TRUE 0.576 43.000 0.008 1.000 N NA
 1303901 1303902 CF0660 CF0661 accD sodM FALSE 0.370 76.000 0.009 1.000 N NA
 1303902 1303903 CF0661 CF0662 sodM mrsA2 FALSE 0.234 179.000 0.067 1.000 N NA
 1303903 1303904 CF0662 CF0663 mrsA2   FALSE 0.257 100.000 0.034 NA   NA
 1303905 1303906 CF0664 CF0665 rnc radA TRUE 0.670 -34.000 0.007 1.000 N NA
 1303906 1303907 CF0665 CF0666 radA hemC TRUE 0.691 -22.000 0.007 1.000 N NA
 1303907 1303908 CF0666 CF0667 hemC   FALSE 0.066 140.000 0.003 NA   NA
 1303908 1303909 CF0667 CF0668     FALSE 0.033 152.000 0.000 NA   NA
 1303909 1303910 CF0668 CF0669     FALSE 0.017 397.000 0.000 NA   NA
 1303912 1303913 CF0671 CF0672 dnaX2 ebp TRUE 0.915 5.000 0.411 NA   NA
 1303914 1303915 CF0673 CF0674 ptsI ptsH TRUE 0.991 1.000 0.026 0.004 Y NA
 1303915 1303916 CF0674 CF0676 ptsH   TRUE 0.657 -10.000 0.013 NA   NA
 1303917 1303918 CF0675 CF0677     FALSE 0.115 91.000 0.002 NA   NA
 1303918 1303919 CF0677 CF0678     FALSE 0.030 165.000 0.000 NA   NA
 1303920 1303921 CF0679 CF0680 pdhAB dnaJ TRUE 0.794 36.000 0.300 1.000 N NA
 1303921 1303922 CF0680 CF0681 dnaJ rps21 TRUE 0.861 30.000 0.412 1.000   NA
 1303922 1303923 CF0681 CF0682 rps21 gcp1 FALSE 0.098 199.000 0.006 1.000   NA
 1303924 1303925 CF0683 CF0684   lon FALSE 0.018 290.000 0.000 NA   NA
 1303925 1303926 CF0684 CF0685 lon   FALSE 0.143 142.000 0.018 NA   NA
 1303926 1303927 CF0685 CF0686   atsA FALSE 0.083 131.000 0.005 NA   NA
 1303927 1303928 CF0686 CF0687 atsA xerC TRUE 0.518 43.000 0.009 1.000   NA
 1303928 1303929 CF0687 CF0688 xerC yjjK TRUE 0.553 41.000 0.010 1.000   NA
 1303929 1303930 CF0688 CF0689 yjjK   FALSE 0.449 45.000 0.017 NA   NA
 1303930 1303931 CF0689 CF0690   omp09 TRUE 0.697 -18.000 0.017 NA N NA
 1303931 1303932 CF0690 CF0691 omp09   TRUE 0.937 11.000 0.500 NA   NA
 1303933 1303934 CF0692 CF0693 def   FALSE 0.086 250.000 0.002 1.000 N NA
 1303937 1303938 CF0696 CF0697 xseA xseB TRUE 0.973 4.000 0.412 0.002   NA
 1303938 1303939 CF0697 CF0698 xseB   TRUE 0.817 15.000 0.007 NA   NA
 1303939 1303940 CF0698 CF0699   dxs TRUE 0.722 -3.000 0.011 NA   NA
 1303941 1303942 CF0700 CF0701 kgsA ebp08 TRUE 0.648 -9.000 0.005 1.000   NA
 1303942 1303943 CF0701 CF0702 ebp08 trxA2 FALSE 0.459 112.000 0.667 1.000   NA
 1303945 1303946 CF0703 CF0704 omp10   FALSE 0.287 177.000 1.000 NA   NA
 1303947 1303948 CF0705 CF0706     FALSE 0.018 325.000 0.000 NA   NA
 1303948 1303949 CF0706 CF0707     FALSE 0.018 285.000 0.000 NA   NA
 1303951 1303952 CF0709 CF0710 rnhB2   FALSE 0.078 225.000 0.011 NA   NA
 1303952 1303953 CF0710 CF0711     FALSE 0.316 128.000 0.571 NA   NA
 1303953 1303954 CF0711 CF0712     FALSE 0.284 32.000 0.000 NA   NA
 1303954 1303955 CF0712 CF0713     FALSE 0.065 93.000 0.000 NA   NA
 1303956 1303957 CF0714 CF0715 gatB gatA TRUE 0.994 0.000 0.492 0.003 Y NA
 1303957 1303958 CF0715 CF0716 gatA gatC TRUE 0.995 22.000 0.643 0.003 Y NA
 1303959 1303960 CF0717 CF0718   srp40 FALSE 0.020 231.000 0.000 NA   NA
 1303960 1303961 CF0718 CF0719 srp40 omp11 TRUE 0.590 10.000 0.000 NA   NA
 1303961 1303962 CF0719 CF0720 omp11 omp12 FALSE 0.306 31.000 0.000 NA   NA
 1303962 1303963 CF0720 CF0721 omp12 pmp04 FALSE 0.292 144.000 0.667 NA   NA
 1303963 1303964 CF0721 CF0722 pmp04 pmp05 TRUE 0.654 119.000 1.000 0.023   NA
 1303964 1303965 CF0722 CF0723 pmp05 omp13 FALSE 0.296 117.000 0.000 0.023   NA
 1303965 1303966 CF0723 CF0724 omp13 pmp06 TRUE 0.685 -105.000 0.000 0.023   NA
 1303966 1303967 CF0724 CF0725 pmp06 pmp07 TRUE 0.601 121.000 0.667 0.023   NA
 1303967 1303968 CF0725 CF0726 pmp07 pmp08 TRUE 0.594 123.000 0.667 0.023   NA
 1303968 1303969 CF0726 CF0727 pmp08 pmp09 TRUE 0.556 153.000 1.000 0.023   NA
 1303969 1303970 CF0727 CF0728 pmp09 pmp10 FALSE 0.249 132.000 0.000 0.023   NA
 1303970 1303971 CF0728 CF0729 pmp10 pmp11 FALSE 0.156 215.000 0.000 0.023   NA
 1303971 1303972 CF0729 CF0730 pmp11 pmp12 FALSE 0.142 236.000 0.000 0.023   NA
 1303972 1303973 CF0730 CF0731 pmp12 pmp13 TRUE 0.965 26.000 1.000 0.023   NA
 1303973 1303974 CF0731 CF0732 pmp13 pmp14 FALSE 0.017 468.000 0.000 NA   NA
 1303974 1303975 CF0732 CF0733 pmp14 pmp15 FALSE 0.022 219.000 0.000 NA   NA
 1303975 1303976 CF0733 CF0734 pmp15 omp14 FALSE 0.214 -96.000 0.000 NA   NA
 1303976 1303977 CF0734 CF0735 omp14 pmp16 FALSE 0.381 28.000 0.000 NA   NA
 1303977 1303978 CF0735 CF0736 pmp16 pmp17 FALSE 0.169 194.000 0.000 0.023   NA
 1303978 1303979 CF0736 CF0737 pmp17 pmp18 TRUE 0.975 22.000 1.000 0.023   NA
 1303980 1303981 CF0738 CF0739     FALSE 0.023 209.000 0.000 NA   NA
 1303981 1303982 CF0739 CF0740   glgB FALSE 0.313 137.000 0.364 1.000   NA
 1303982 1303983 CF0740 CF0741 glgB   TRUE 0.945 13.000 0.636 NA   NA
 1303983 1303984 CF0741 CF0742     TRUE 0.710 -3.000 0.010 NA   NA
 1303984 1303985 CF0742 CF0743   hflX FALSE 0.155 120.000 0.005 1.000   NA
 1303985 1303986 CF0743 CF0744 hflX phnP2 TRUE 0.882 10.000 0.008 1.000   NA
 1303986 1303987 CF0744 CF0745 phnP2   FALSE 0.304 52.000 0.008 NA   NA
 1303987 1303988 CF0745 CF0746   artJ FALSE 0.020 231.000 0.000 NA   NA
 1303989 1303990 CF0747 CF0748   aroG1 TRUE 0.905 21.000 0.333 NA   NA
 1303990 1303991 CF0748 CF0749 aroG1   FALSE 0.020 233.000 0.000 NA   NA
 1303994 1303995 CF0752 CF0753   ycfF TRUE 0.790 15.000 0.000 1.000   NA
 1303995 1303996 CF0753 CF0754 ycfF ebp09 TRUE 0.723 -3.000 0.011 NA   NA
 1303999 1304000 CF0757 CF0758 aspC   TRUE 0.788 -3.000 0.037 NA   NA
 1304001 1304002 CF0759 CF0760     FALSE 0.212 85.000 0.010 NA   NA
 1304002 1304003 CF0760 CF0761     FALSE 0.391 111.000 0.667 NA   NA
 1304004 1304005 CF0762 CF0763 proS hrcA FALSE 0.271 109.000 0.007 1.000 N NA
 1304005 1304006 CF0763 CF0764 hrcA grpE TRUE 0.900 -3.000 0.286 1.000 N NA
 1304006 1304007 CF0764 CF0765 grpE dnaK TRUE 0.989 28.000 0.224 0.011 Y NA
 1304007 1304008 CF0765 CF0766 dnaK vacB FALSE 0.137 158.000 0.003 1.000 N NA
 1304008 1304009 CF0766 CF0767 vacB mag TRUE 0.816 0.000 0.005 1.000 N NA
 1304009 1304010 CF0767 CF0768 mag   FALSE 0.110 158.000 0.011 NA   NA
 1304010 1304011 CF0768 CF0769     FALSE 0.184 124.000 0.024 NA   NA
 1304011 1304012 CF0769 CF0770     TRUE 0.941 18.000 0.667 NA   NA
 1304012 1304013 CF0770 CF0771     TRUE 0.739 21.000 0.006 NA   NA
 1304013 1304014 CF0771 CF0772   tlyC3 TRUE 0.732 -19.000 0.222 NA   NA
 1304014 1304015 CF0772 CF0773 tlyC3 rsbV1 FALSE 0.152 116.000 0.006 NA N NA
 1304015 1304016 CF0773 CF0774 rsbV1 ebp10 FALSE 0.446 61.000 0.286 NA   NA
 1304016 1304017 CF0774 CF0775 ebp10   TRUE 0.802 34.000 0.714 NA   NA
 1304017 1304018 CF0775 CF0776     TRUE 0.610 -34.000 0.027 NA   NA
 1304018 1304019 CF0776 CF0777     TRUE 0.702 -27.000 0.205 NA   NA
 1304019 1304020 CF0777 CF0778   rrm9 TRUE 0.512 -25.000 0.008 NA   NA
 1304021 1304022 CF0779 CF0780 ebp11 dapF FALSE 0.103 142.000 0.008 NA   NA
 1304022 1304023 CF0780 CF0781 dapF clpP1 TRUE 0.574 -58.000 0.002 1.000 N NA
 1304023 1304024 CF0781 CF0782 clpP1 glyA TRUE 0.863 8.000 0.003 1.000 N NA
 1304025 1304026 CF0783 CF0784     TRUE 0.888 22.000 0.273 NA   NA
 1304026 1304027 CF0784 CF0785     FALSE 0.501 78.000 0.750 NA   NA
 1304030 1304031 CF0788 CF0789 kpsF sucB2 TRUE 0.888 33.000 0.857 1.000 N NA
 1304031 1304032 CF0789 CF0790 sucB2 gltT TRUE 0.994 14.000 0.714 1.000 Y NA
 1304032 1304033 CF0790 CF0791 gltT ycaH TRUE 0.900 4.000 0.013 1.000 N NA
 1304033 1304034 CF0791 CF0792 ycaH rrm10 FALSE 0.101 227.000 0.006 1.000 N NA
 1304034 1304035 CF0792 CF0793 rrm10 rrm11 TRUE 0.817 -12.000 0.213 1.000   NA
 1304035 1304036 CF0793 CF0794 rrm11 ribC TRUE 0.809 2.000 0.006 1.000   NA
 1304037 1304038 CF0795 CF0796   dksA TRUE 0.729 29.000 0.009 NA N NA
 1304038 1304039 CF0796 CF0797 dksA lspA TRUE 0.927 6.000 0.038 1.000 N NA
 1304039 1304040 CF0797 CF0798 lspA dagA2 TRUE 0.656 65.000 0.038 0.049 N NA
 1304040 1304041 CF0798 CF0799 dagA2   FALSE 0.176 193.000 0.333 NA   NA
 1304041 1304042 CF0799 CF0800     TRUE 0.927 24.000 1.000 NA   NA
 1304042 1304043 CF0800 CF0801   pmp19 FALSE 0.021 228.000 0.000 NA   NA
 1304043 1304044 CF0801 CF0802 pmp19 pmp20 FALSE 0.394 199.000 0.400 0.022   NA
 1304045 1304046 CF0803 CF0804 thiM thiE TRUE 0.989 -6.000 0.190 0.003 Y NA
 1304046 1304047 CF0804 CFtRNA25 thiE   FALSE 0.022 220.000 0.000 NA   NA
 1304048 1304049 CF0805 CF0806 adhS2 yebM TRUE 0.984 -3.000 0.509 1.000 Y NA
 1304049 1304050 CF0806 CF0807 yebM yebI TRUE 0.985 -3.000 0.616 1.000 Y NA
 1304051 1304052 CF0808 CF0809 yhbZ rpl27 FALSE 0.374 118.000 0.335 1.000   NA
 1304052 1304053 CF0809 CF0810 rpl27 rpl21 TRUE 0.987 31.000 0.667 0.038 Y NA
 1304053 1304054 CF0810 CFtRNA26 rpl21   FALSE 0.034 148.000 0.000 NA   NA
 1304054 1304055 CFtRNA26 CF0811     FALSE 0.072 82.000 0.000 NA   NA
 1304057 1304058 CF0813 CF0814 cysJ rpsJ TRUE 0.890 17.000 0.006 1.000 N NA
 1304058 1304059 CF0814 CF0815 rpsJ fusA TRUE 0.983 8.000 0.007 1.000 Y NA
 1304059 1304060 CF0815 CF0816 fusA rps7 TRUE 0.909 42.000 0.008 1.000 Y NA
 1304060 1304061 CF0816 CF0817 rps7 rps12 TRUE 0.958 44.000 0.029 0.008 Y NA
 1304062 1304063 CF0818 CF0819   tsp FALSE 0.183 126.000 0.025 NA   NA
 1304063 1304064 CF0819 CF0820 tsp   FALSE 0.026 188.000 0.000 NA   NA
 1304065 1304066 CF0821 CF0822 omp15 omp16 TRUE 0.530 165.000 0.600 0.002   NA
 1304068 1304069 CF0824 CF0825 gltX euo2 FALSE 0.044 268.000 0.000 1.000   NA
 1304069 1304070 CF0825 CF0826 euo2   FALSE 0.017 637.000 0.000 NA   NA
 1304070 1304071 CF0826 CF0827   recJ FALSE 0.017 451.000 0.000 NA   NA
 1304071 1304072 CF0827 CF0828 recJ secDF FALSE 0.267 89.000 0.007 1.000   NA
 1304072 1304073 CF0828 CF0829 secDF   FALSE 0.256 -22.000 0.000 NA   NA
 1304073 1304074 CF0829 CF0830     FALSE 0.069 88.000 0.000 NA   NA
 1304075 1304076 CF0831 CF0832 yaeS cdsA TRUE 0.989 3.000 0.400 1.000 Y NA
 1304076 1304077 CF0832 CF0833 cdsA cmk TRUE 0.821 -3.000 0.008 1.000 N NA
 1304077 1304078 CF0833 CF0834 cmk plsC TRUE 0.821 -3.000 0.008 1.000 N NA
 1304078 1304079 CF0834 CF0835 plsC argS TRUE 0.873 6.000 0.006 1.000 N NA
 1304082 1304083 CF0838 CF0839     FALSE 0.446 -13.000 0.003 NA   NA
 1304083 1304084 CF0839 CF0840   yhhY TRUE 0.717 39.000 0.200 1.000   NA
 1304084 1304085 CF0840 CF0842 yhhY   TRUE 0.968 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 1304086 1304087 CF0841 CF0843 prfB swiB FALSE 0.019 254.000 0.000 NA   NA
 1304087 1304088 CF0843 CF0844 swiB pph1 FALSE 0.497 72.000 0.316 1.000   NA
 1304088 1304089 CF0844 CF0845 pph1 yacM TRUE 0.723 -10.000 0.010 1.000   NA
 1304089 1304090 CF0845 CF0846 yacM truA TRUE 0.811 -3.000 0.007 1.000 N NA
 1304092 1304093 CF0848 CFtRNA27     FALSE 0.106 56.000 0.000 NA   NA
 1304093 1304094 CFtRNA27 CF0849     FALSE 0.080 72.000 0.000 NA   NA
 1304094 1304095 CF0849 CF0850   atoS TRUE 0.689 -19.000 0.057 NA   NA
 1304097 1304098 CF0852 CFtRNA28 atoC   FALSE 0.055 108.000 0.000 NA   NA
 1304098 1304099 CFtRNA28 CF0853     FALSE 0.045 123.000 0.000 NA   NA
 1304099 1304100 CF0853 CF0854     TRUE 0.563 -46.000 0.015 NA   NA
 1304100 1304101 CF0854 CF0855     TRUE 0.765 5.000 0.007 NA   NA
 1304102 1304103 CF0856 CFtRNA29     FALSE 0.025 191.000 0.000 NA   NA
 1304104 1304105 CF0857 CF0858     TRUE 0.577 -10.000 0.007 NA   NA
 1304107 1304108 CF0860 CF0861 pheT   TRUE 0.634 -3.000 0.006 NA   NA
 1304108 1304109 CF0861 CF0862   ada TRUE 0.912 15.000 0.125 NA   NA
 1304110 1304111 CF0863 CF0864 oppC1 oppB1 TRUE 0.967 4.000 0.400 0.022   NA
 1304111 1304112 CF0864 CF0865 oppB1 oppA1 TRUE 0.903 -18.000 0.318 0.022   NA
 1304114 1304115 CF0867 CF0868     TRUE 0.567 54.000 0.500 NA   NA
 1304117 1304118 CF0870 CF0871 fliY rrm12 FALSE 0.116 194.000 0.005 1.000 N NA
 1304118 1304119 CF0871 CF0872 rrm12   TRUE 0.772 -3.000 0.008 1.000   NA
 1304119 1304120 CF0872 CF0873   glgC FALSE 0.331 112.000 0.070 1.000   NA
 1304120 1304121 CF0873 CF0874 glgC pyrF FALSE 0.231 140.000 0.012 1.000 N NA
 1304123 1304124 CF0876 CF0877 rho yacE TRUE 0.844 -3.000 0.013 1.000 N NA
 1304124 1304125 CF0877 CF0878 yacE polA TRUE 0.860 -6.000 0.068 1.000 N NA
 1304125 1304126 CF0878 CF0879 polA sppA TRUE 0.711 31.000 0.006 1.000 N NA
 1304126 1304127 CF0879 CF0880 sppA adt2 FALSE 0.341 94.000 0.011 1.000 N NA
 1304127 1304128 CF0880 CF0881 adt2 pgsA1 FALSE 0.154 236.000 0.000 0.045 N NA
 1304128 1304129 CF0881 CFtRNA30 pgsA1   FALSE 0.023 213.000 0.000 NA   NA
 1304130 1304131 CF0882 CF0883 dnaB gidA FALSE 0.058 460.000 0.000 1.000 N NA
 1304131 1304132 CF0883 CF0884 gidA lplA1 TRUE 0.735 -13.000 0.008 1.000 N NA
 1304133 1304134 CF0885 CF0886 ndk ruvA FALSE 0.337 70.000 0.006 1.000 N NA
 1304134 1304135 CF0886 CF0887 ruvA ruvC TRUE 0.993 0.000 0.451 0.012 Y NA
 1304135 1304136 CF0887 CF0888 ruvC   FALSE 0.118 115.000 0.006 NA   NA
 1304136 1304137 CF0888 CFtRNA31     FALSE 0.020 247.000 0.000 NA   NA
 1304137 1304138 CFtRNA31 CF0889   ebp14 FALSE 0.028 172.000 0.000 NA   NA
 1304138 1304139 CF0889 CF0890 ebp14 gapA TRUE 0.912 13.000 0.128 NA   NA
 1304139 1304140 CF0890 CF0891 gapA rpl17 TRUE 0.554 40.000 0.006 1.000 N NA
 1304140 1304141 CF0891 CF0892 rpl17 rpoA TRUE 0.968 9.000 0.873 1.000 N NA
 1304141 1304142 CF0892 CF0893 rpoA rps11 TRUE 0.940 21.000 0.308 1.000 N NA
 1304142 1304143 CF0893 CF0894 rps11 rps13 TRUE 0.995 21.000 0.810 0.037 Y NA
 1304143 1304144 CF0894 CF0895 rps13 secY FALSE 0.483 56.000 0.011 1.000 N NA
 1304144 1304145 CF0895 CF0896 secY rpl15 TRUE 0.941 25.000 0.730 1.000 N NA
 1304145 1304146 CF0896 CF0897 rpl15 rps5 TRUE 0.984 -7.000 0.148 0.050 Y NA
 1304146 1304147 CF0897 CF0898 rps5 rpl18 TRUE 0.996 16.000 0.814 0.050 Y NA
 1304147 1304148 CF0898 CF0899 rpl18 rpl6 TRUE 0.994 23.000 0.815 0.037 Y NA
 1304148 1304149 CF0899 CF0900 rpl6 rps8 TRUE 0.987 32.000 0.808 0.037 Y NA
 1304149 1304150 CF0900 CF0901 rps8 rpl5 TRUE 0.994 18.000 0.059 0.037 Y NA
 1304150 1304151 CF0901 CF0902 rpl5 rpl24 TRUE 0.994 2.000 0.758 0.037 Y NA
 1304151 1304152 CF0902 CF0903 rpl24 rpl14 TRUE 0.996 15.000 0.810 0.050 Y NA
 1304152 1304153 CF0903 CF0904 rpl14 rps17 TRUE 0.982 35.000 0.791 0.050 Y NA
 1304153 1304154 CF0904 CF0905 rps17 rpl29 TRUE 0.944 -7.000 0.828 0.037   NA
 1304154 1304155 CF0905 CF0906 rpl29 rpl16 TRUE 0.975 6.000 0.802 0.037   NA
 1304155 1304156 CF0906 CF0907 rpl16 rps3 TRUE 0.992 27.000 0.828 0.050 Y NA
 1304156 1304157 CF0907 CF0908 rps3 rpl22 TRUE 0.996 9.000 0.719 0.050 Y NA
 1304157 1304158 CF0908 CF0909 rpl22 rps19 TRUE 0.996 19.000 0.769 0.050 Y NA
 1304158 1304159 CF0909 CF0910 rps19 rpl2 TRUE 0.996 6.000 0.820 0.050 Y NA
 1304159 1304160 CF0910 CF0911 rpl2 rpl23 TRUE 0.987 27.000 0.849 1.000 Y NA
 1304160 1304161 CF0911 CF0912 rpl23 rpl4 TRUE 0.988 17.000 0.013 1.000 Y NA
 1304161 1304162 CF0912 CF0913 rpl4 rpl3 TRUE 0.993 17.000 0.020 0.037 Y NA
 1304162 1304163 CF0913 CF0914 rpl3   FALSE 0.018 298.000 0.000 NA   NA
 1304163 1304164 CF0914 CF0915   fmt FALSE 0.115 110.000 0.006 NA   NA
 1304164 1304165 CF0915 CF0916 fmt lpxA TRUE 0.637 -52.000 0.007 1.000 N NA
 1304165 1304166 CF0916 CF0917 lpxA fabZ TRUE 0.939 10.000 0.048 1.000 N NA
 1304166 1304167 CF0917 CF0918 fabZ lpxC TRUE 0.924 15.000 0.012 1.000 N NA
 1304167 1304168 CF0918 CF0919 lpxC lnt TRUE 0.964 30.000 0.012 1.000 Y NA
 1304168 1304169 CF0919 CF0920 lnt yciA TRUE 0.913 8.000 0.072 NA N NA
 1304169 1304170 CF0920 CF0921 yciA dnaQ2 FALSE 0.207 159.000 0.072 NA N NA
 1304170 1304171 CF0921 CF0922 dnaQ2   TRUE 0.804 10.000 0.007 NA   NA
 1304171 1304172 CF0922 CF0923   ebp15 TRUE 0.562 -21.000 0.010 NA   NA
 1304173 1304174 CFtRNA32 CF0924   trxA3 FALSE 0.171 42.000 0.000 NA   NA
 1304175 1304176 CF0925 CF0926 rrm13 mip TRUE 0.840 -3.000 0.011 1.000 N NA
 1304176 1304177 CF0926 CF0927 mip aspS FALSE 0.312 76.000 0.006 1.000 N NA
 1304177 1304178 CF0927 CF0928 aspS hisS TRUE 0.964 -25.000 0.009 0.051 Y NA
 1304178 1304179 CF0928 CF0929 hisS   FALSE 0.377 69.000 0.115 NA   NA
 1304180 1304181 CF0930 CF0931 uhpC dnaE TRUE 0.824 26.000 0.007 1.000 N NA
 1304183 1304184 CF0933 CF0934     TRUE 0.950 12.000 0.750 NA   NA
 1304184 1304185 CF0934 CF0935   rsbW TRUE 0.853 -13.000 0.875 NA   NA
 1304187 1304188 CF0937 CF0938 dacF   FALSE 0.429 79.000 0.455 NA   NA
 1304189 1304190 CF0939 CF0940 rrm14   FALSE 0.160 123.000 0.012 NA   NA
 1304190 1304191 CF0940 CF0941     TRUE 0.506 92.000 1.000 NA   NA
 1304191 1304192 CF0941 CF0942   ebp16 TRUE 0.939 12.000 0.500 NA   NA
 1304192 1304193 CF0942 CF0943 ebp16 pgk FALSE 0.017 448.000 0.000 NA   NA
 1304193 1304194 CF0943 CF0944 pgk ygo FALSE 0.489 39.000 0.005 1.000   NA
 1304194 1304195 CF0944 CF0945 ygo ebp17 TRUE 0.947 7.000 0.937 NA   NA
 1304196 1304197 CF0946 CF0947 dppD dppF1 TRUE 0.989 -7.000 0.250 0.002 Y NA
 1304199 1304200 CF0949 CF0950   xcd FALSE 0.235 192.000 0.714 NA   NA
 1304201 1304202 CF0951 CF0952 csdB sufB TRUE 0.850 -10.000 0.193 1.000 N NA
 1304202 1304203 CF0952 CF0953 sufB sufC TRUE 0.988 2.000 0.482 1.000 Y NA
 1304203 1304204 CF0953 CF0954 sufC ynhE TRUE 0.990 4.000 0.466 1.000 Y NA
 1304204 1304205 CF0954 CF0955 ynhE   FALSE 0.060 345.000 0.000 1.000 N NA
 1304205 1304206 CF0955 CF0956   ftsI1 TRUE 0.533 68.000 0.400 1.000   NA
 1304207 1304208 CF0957 CF0958   omp17 TRUE 0.576 9.000 0.000 NA   NA
 1304208 1304209 CF0958 CFtRNA33 omp17   FALSE 0.021 225.000 0.000 NA   NA
 1304209 1304210 CFtRNA33 CF0959   rps2 FALSE 0.071 84.000 0.000 NA   NA
 1304210 1304211 CF0959 CF0960 rps2 tsf TRUE 0.989 0.000 0.748 1.000 Y NA
 1304211 1304212 CF0960 CF0961 tsf pyrH TRUE 0.959 16.000 0.416 1.000 N NA
 1304212 1304213 CF0961 CF0962 pyrH rrf TRUE 0.943 2.000 0.626 1.000 N NA
 1304213 1304214 CF0962 CFtRNA34 rrf   FALSE 0.045 123.000 0.000 NA   NA
 1304214 1304215 CFtRNA34 CFtRNA35     FALSE 0.405 27.000 0.000 NA   NA
 1304215 1304216 CFtRNA35 CF0963     FALSE 0.052 112.000 0.000 NA   NA
 1304216 1304217 CF0963 CF0964   karG TRUE 0.874 -16.000 0.848 1.000   NA
 1304218 1304219 CFtRNA36 CF0965   yscC FALSE 0.030 164.000 0.000 NA   NA
 1304219 1304220 CF0965 CF0966 yscC pkn3 TRUE 0.894 -3.000 0.208 1.000 N NA
 1304220 1304221 CF0966 CF0967 pkn3 fliN TRUE 0.961 18.000 0.583 1.000 N NA
 1304221 1304222 CF0967 CF0968 fliN ebp18 TRUE 0.943 14.000 0.600 NA   NA
 1304222 1304223 CF0968 CF0969 ebp18   TRUE 0.942 19.000 0.750 NA   NA
 1304223 1304224 CF0969 CF0970   fliI1 TRUE 0.941 21.000 0.875 NA   NA
 1304224 1304225 CF0970 CF0971 fliI1   TRUE 0.927 2.000 0.857 NA   NA
 1304225 1304226 CF0971 CF0972     TRUE 0.713 39.000 0.500 NA   NA
 1304226 1304227 CF0972 CF0973   ebp19 TRUE 0.929 19.000 0.500 NA   NA
 1304227 1304228 CF0973 CF0974 ebp19 ebp20 TRUE 0.922 24.000 0.857 NA   NA
 1304228 1304229 CF0974 CF0975 ebp20 adc TRUE 0.541 47.000 0.171 NA   NA
 1304229 1304230 CF0975 CF0976 adc ebp21 TRUE 0.896 20.000 0.146 NA   NA
 1304230 1304231 CF0976 CF0977 ebp21 hemA FALSE 0.042 307.000 0.000 1.000   NA
 1304232 1304233 CF0978 CF0979 gyrB1 gyrA1 TRUE 0.994 4.000 0.110 0.004 Y NA
 1304233 1304234 CF0979 CF0980 gyrA1   FALSE 0.136 114.000 0.007 NA   NA
 1304234 1304235 CF0980 CF0981     TRUE 0.931 2.000 1.000 NA   NA
 1304235 1304236 CF0981 CF0982   rsuD FALSE 0.037 225.000 0.002 NA   NA
 1304236 1304237 CF0982 CF0983 rsuD nab2 FALSE 0.360 107.000 0.004 0.033   NA
 1304239 1304240 CF0984 CF0985   aroG2 FALSE 0.252 34.000 0.000 NA   NA
 1304240 1304241 CF0985 CF0986 aroG2   TRUE 0.717 -3.000 0.011 NA   NA
 1304241 1304242 CF0986 CF0987   yhbG TRUE 0.843 15.000 0.009 NA   NA
 1304243 1304244 CF0988 CF0989     FALSE 0.375 106.000 0.500 NA   NA
 1304246 1304247 CF0991 CF0992 srpA1   FALSE 0.443 106.000 0.833 NA   NA
 1304247 1304248 CF0992 CF0994   nfo FALSE 0.153 110.000 0.008 NA   NA
 1304253 1304254 CF0997 CF0999   recB TRUE 0.988 -13.000 0.542 0.004 Y NA
 1304255 1304256 CF1000 CF1001 mreC tyrB FALSE 0.068 259.000 0.005 1.000   NA
 1304259 1304260 CF1003 CF1004 ebp22 nqrA TRUE 0.857 23.000 0.086 NA   NA
 1304264 1304265 pCF03 pCF04 dnaB   TRUE 0.763 -27.000 0.500 NA   NA
 1304265 1304266 pCF04 pCF05     TRUE 0.897 25.000 0.600 NA   NA
 1304266 1304267 pCF05 pCF06     TRUE 0.791 -45.000 0.800 NA   NA
 1304267 1304268 pCF06 pCF07     TRUE 0.917 1.000 0.750 NA   NA
 1304268 1304269 pCF07 pCF08     TRUE 0.893 -3.000 0.750 NA   NA
 1304269 1304262 pCF08 pCF01     FALSE 0.042 128.000 0.000 NA   NA