MicrobesOnline Operon Predictions for Pseudomonas syringae phaseolicola

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 876868 876869 PSPPH_0001 PSPPH_0002 dnaA dnaN TRUE 0.949 39.000 0.328 1.000 Y NA
 876869 876870 PSPPH_0002 PSPPH_0003 dnaN recF TRUE 0.973 23.000 0.318 1.000 Y NA
 876870 876871 PSPPH_0003 PSPPH_0004 recF gyrB TRUE 0.997 5.000 0.249 0.006 Y NA
 876871 876872 PSPPH_0004 PSPPH_0005 gyrB   FALSE 0.011 310.000 0.000 1.000 N NA
 876873 876874 PSPPH_0006 PSPPH_0007     FALSE 0.010 280.000 0.000 NA   NA
 876874 876875 PSPPH_0007 PSPPH_0008     FALSE 0.270 51.000 0.000 1.000   NA
 876875 876876 PSPPH_0008 PSPPH_0009   plsC FALSE 0.003 509.000 0.000 1.000   NA
 876876 876877 PSPPH_0009 PSPPH_0010 plsC   TRUE 0.809 66.000 0.310 1.000 N NA
 876877 876878 PSPPH_0010 PSPPH_0011   glyS TRUE 0.960 11.000 0.123 1.000 N NA
 876878 876879 PSPPH_0011 PSPPH_0012 glyS glyQ TRUE 0.999 -3.000 0.651 0.001 Y NA
 876880 876881 PSPPH_0013 PSPPH_0014 tag   TRUE 0.510 39.000 0.017 1.000 N NA
 876881 876882 PSPPH_0014 PSPPH_0015     FALSE 0.138 71.000 0.000 NA   NA
 876883 876884 PSPPH_0016 PSPPH_0017     FALSE 0.270 51.000 0.000 1.000   NA
 876884 876885 PSPPH_0017 PSPPH_0018   trkA FALSE 0.066 155.000 0.000 1.000   NA
 876885 876886 PSPPH_0018 PSPPH_0019 trkA sun TRUE 0.981 -3.000 0.122 1.000 N NA
 876886 876887 PSPPH_0019 PSPPH_0020 sun fmt TRUE 0.996 -3.000 0.305 1.000 Y NA
 876887 876888 PSPPH_0020 PSPPH_0021 fmt def1 TRUE 0.887 60.000 0.105 0.019 Y NA
 876889 876890 PSPPH_0022 PSPPH_0023   smf FALSE 0.192 124.000 0.033 1.000   NA
 876890 876891 PSPPH_0023 PSPPH_0024 smf   TRUE 0.503 39.000 0.023 NA N NA
 876893 876894 PSPPH_0026 PSPPH_0027 hemF aroE TRUE 0.982 0.000 0.093 1.000 N NA
 876895 876896 PSPPH_0028 PSPPH_0029     TRUE 0.541 177.000 0.259 0.088 N NA
 876896 876897 PSPPH_0029 PSPPH_0030   betC TRUE 0.856 38.000 0.218 1.000 N NA
 876898 876899 PSPPH_0031 PSPPH_0032     TRUE 0.711 37.000 0.079 NA N NA
 876899 876900 PSPPH_0032 PSPPH_0033     FALSE 0.023 214.000 0.000 NA   NA
 876901 876902 PSPPH_0034 PSPPH_0035   trpA FALSE 0.063 126.000 0.000 NA   NA
 876902 876903 PSPPH_0035 PSPPH_0036 trpA trpB TRUE 0.998 -3.000 0.344 0.001 Y NA
 876906 876907 PSPPH_0039 PSPPH_0040     FALSE 0.361 77.000 0.049 NA   NA
 876909 876910 PSPPH_0042 PSPPH_0043 osmC   FALSE 0.146 119.000 0.026 NA   NA
 876911 876912 PSPPH_0044 PSPPH_0045     TRUE 0.512 17.000 0.000 NA   NA
 876916 876917 PSPPH_0049 PSPPH_0050     FALSE 0.148 79.000 0.000 1.000   NA
 876918 876919 PSPPH_0051 PSPPH_0052 prlC   TRUE 0.983 -3.000 0.173 NA   NA
 876920 876921 PSPPH_0053 PSPPH_0054     FALSE 0.023 215.000 0.000 NA   NA
 876921 876922 PSPPH_0054 PSPPH_0055     FALSE 0.133 162.000 0.024 1.000 N NA
 876922 876923 PSPPH_0055 PSPPH_0056     TRUE 0.499 68.000 0.075 NA   NA
 876923 876924 PSPPH_0056 PSPPH_0057     TRUE 0.881 17.000 0.108 NA   NA
 876928 876929 PSPPH_0061 PSPPH_0062 algQ   TRUE 0.494 18.000 0.000 NA   NA
 876929 876930 PSPPH_0062 PSPPH_0063     TRUE 0.816 5.000 0.000 NA   NA
 876930 876931 PSPPH_0063 PSPPH_0064     FALSE 0.190 157.000 0.042 1.000 N NA
 876931 876932 PSPPH_0064 PSPPH_0065     TRUE 0.999 -3.000 0.765 1.000 Y NA
 876932 876933 PSPPH_0065 PSPPH_0066   hemD TRUE 0.976 36.000 0.600 1.000 Y NA
 876933 876934 PSPPH_0066 PSPPH_0067 hemD hemC TRUE 0.997 -3.000 0.205 0.001 Y NA
 876936 876937 PSPPH_0069 PSPPH_0070 algR fimS TRUE 0.999 -3.000 0.775 0.031 Y NA
 876938 876939 PSPPH_0071 PSPPH_0072 argH   FALSE 0.004 459.000 0.000 1.000   NA
 876940 876941 PSPPH_0073 PSPPH_0074     TRUE 0.566 67.000 0.109 NA   NA
 876941 876942 PSPPH_0074 PSPPH_0075     TRUE 0.914 58.000 0.600 1.000   NA
 876942 876943 PSPPH_0075 PSPPH_0076     FALSE 0.001 1272.000 0.000 1.000 N NA
 876943 876944 PSPPH_0076 PSPPH_0077     TRUE 0.573 185.000 0.500 1.000 N NA
 876947 876948 PSPPH_0080 PSPPH_0081 rep xpt FALSE 0.424 54.000 0.020 1.000 N NA
 876950 876951 PSPPH_0083 PSPPH_0084     TRUE 0.898 28.000 0.230 1.000   NA
 876951 876952 PSPPH_0084 PSPPH_0085     TRUE 0.952 -7.000 0.122 1.000   NA
 876953 876954 PSPPH_0086 PSPPH_0087   cysW TRUE 0.998 3.000 0.587 1.000 Y NA
 876954 876955 PSPPH_0087 PSPPH_0088 cysW cysT TRUE 0.997 14.000 0.935 0.001 N NA
 876955 876956 PSPPH_0088 PSPPH_0089 cysT sbp TRUE 0.590 95.000 0.066 0.002 N NA
 876956 876957 PSPPH_0089 PSPPH_0090 sbp   FALSE 0.382 151.000 0.188 NA   NA
 876957 876958 PSPPH_0090 PSPPH_0091     FALSE 0.124 197.000 0.062 NA   NA
 876959 876960 PSPPH_0092 PSPPH_0093     FALSE 0.456 178.000 0.294 1.000 N NA
 876961 876962 PSPPH_0094 PSPPH_0095   gabT1 FALSE 0.389 159.000 0.182 1.000 N NA
 876962 876963 PSPPH_0095 PSPPH_0096 gabT1 gabD1 FALSE 0.354 208.000 0.303 1.000 N NA
 876963 876964 PSPPH_0096 PSPPH_0097 gabD1   FALSE 0.017 456.000 0.000 1.000 Y NA
 876965 876966 PSPPH_0098 PSPPH_0099     FALSE 0.062 115.000 0.000 NA   NA
 876966 876967 PSPPH_0099 PSPPH_0100     FALSE 0.028 341.000 0.000 0.015   NA
 876967 876968 PSPPH_0100 PSPPH_0101     TRUE 0.998 -3.000 0.743 0.091 N NA
 876968 876969 PSPPH_0101 PSPPH_0102     TRUE 0.999 0.000 0.857 0.091   NA
 876969 876970 PSPPH_0102 PSPPH_0103     FALSE 0.001 1723.000 0.000 NA   NA
 876971 876972 PSPPH_0104 PSPPH_0105     FALSE 0.005 417.000 0.000 1.000 N NA
 876972 876973 PSPPH_0105 PSPPH_0106     TRUE 0.919 0.000 0.000 1.000 N NA
 876973 876974 PSPPH_0106 PSPPH_0107     TRUE 0.985 -13.000 0.194 0.091 Y NA
 876975 876976 PSPPH_0108 PSPPH_0109     FALSE 0.015 242.000 0.000 NA   NA
 876976 876977 PSPPH_0109 PSPPH_0110     FALSE 0.155 67.000 0.000 NA   NA
 876977 876978 PSPPH_0110 PSPPH_0111     TRUE 0.592 41.000 0.000 0.078   NA
 876978 876979 PSPPH_0111 PSPPH_0112     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 876982 876983 PSPPH_0115 PSPPH_0116     FALSE 0.312 98.000 0.000 0.014   NA
 876983 876984 PSPPH_0116 PSPPH_0117     TRUE 0.897 2.000 0.000 1.000   NA
 876984 876985 PSPPH_0117 PSPPH_0118     FALSE 0.215 51.000 0.000 NA   NA
 876985 876986 PSPPH_0118 PSPPH_0119     FALSE 0.005 346.000 0.000 NA   NA
 876986 876987 PSPPH_0119 PSPPH_0120     FALSE 0.016 241.000 0.000 NA   NA
 876987 876988 PSPPH_0120 PSPPH_0121     FALSE 0.038 178.000 0.000 NA   NA
 876988 876989 PSPPH_0121 PSPPH_0122     FALSE 0.227 87.000 0.029 NA   NA
 876989 876990 PSPPH_0122 PSPPH_0123     FALSE 0.210 156.000 0.067 NA   NA
 876990 876991 PSPPH_0123 PSPPH_0124     TRUE 0.997 -3.000 0.750 NA   NA
 876991 876992 PSPPH_0124 PSPPH_0125     TRUE 0.748 32.000 0.094 NA   NA
 876992 876993 PSPPH_0125 PSPPH_0126     TRUE 0.738 31.000 0.081 NA   NA
 876993 876994 PSPPH_0126 PSPPH_0127     TRUE 0.970 -3.000 0.081 NA   NA
 876994 876995 PSPPH_0127 PSPPH_0128     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 876995 876996 PSPPH_0128 PSPPH_0129   clpB1 TRUE 0.711 26.000 0.047 NA   NA
 876996 876997 PSPPH_0129 PSPPH_0130 clpB1   TRUE 0.973 -3.000 0.093 NA   NA
 876997 876998 PSPPH_0130 PSPPH_0131     TRUE 0.966 -36.000 0.412 NA   NA
 876998 876999 PSPPH_0131 PSPPH_0132     TRUE 0.982 0.000 0.117 NA   NA
 876999 877000 PSPPH_0132 PSPPH_0133     TRUE 0.725 26.000 0.050 NA   NA
 877000 877001 PSPPH_0133 PSPPH_0134     TRUE 0.991 15.000 0.920 NA   NA
 877001 877002 PSPPH_0134 PSPPH_0135     FALSE 0.452 69.000 0.060 NA   NA
 877002 877003 PSPPH_0135 PSPPH_0136     FALSE 0.001 1030.000 0.000 NA   NA
 877005 877006 PSPPH_0138 PSPPH_0139     FALSE 0.083 120.000 0.000 1.000   NA
 877006 877007 PSPPH_0139 PSPPH_0140   fdhD TRUE 0.999 -3.000 0.571 0.001 Y NA
 877007 877008 PSPPH_0140 PSPPH_0141 fdhD   TRUE 0.650 104.000 0.333 1.000 N NA
 877008 877009 PSPPH_0141 PSPPH_0142     FALSE 0.319 42.000 0.000 1.000   NA
 877010 877011 PSPPH_0143 PSPPH_0144   cysQ TRUE 0.993 -3.000 0.373 1.000   NA
 877012 877013 PSPPH_0145 PSPPH_0146     TRUE 0.829 -13.000 0.035 NA   NA
 877013 877014 PSPPH_0146 PSPPH_0147     TRUE 0.997 -3.000 0.375 1.000 Y NA
 877016 877017 PSPPH_0149 PSPPH_0150 rfbC rfbB1 FALSE 0.449 81.000 0.000 1.000 Y NA
 877018 877019 PSPPH_0151 PSPPH_0152     FALSE 0.003 424.000 0.000 NA   NA
 877019 877020 PSPPH_0152 PSPPH_0153     TRUE 0.964 6.000 0.084 1.000   NA
 877020 877021 PSPPH_0153 PSPPH_0154     FALSE 0.216 224.000 0.214 NA   NA
 877021 877022 PSPPH_0154 PSPPH_0155     FALSE 0.023 215.000 0.000 NA   NA
 877024 877025 PSPPH_0157 PSPPH_0158     FALSE 0.074 101.000 0.000 NA   NA
 877025 877026 PSPPH_0158 PSPPH_0159   relB FALSE 0.061 163.000 0.000 1.000   NA
 877026 877027 PSPPH_0159 PSPPH_0160 relB relE TRUE 0.988 -10.000 0.600 NA N NA
 877027 877028 PSPPH_0160 PSPPH_0161 relE   FALSE 0.062 117.000 0.000 NA   NA
 877029 877030 PSPPH_0162 PSPPH_0163     TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 877031 877032 PSPPH_0164 PSPPH_0165     TRUE 0.637 13.000 0.000 NA   NA
 877033 877034 PSPPH_0166 PSPPH_0167     FALSE 0.001 847.000 0.000 NA   NA
 877038 1765901 PSPPH_0171 PSPPH_5226 hopR1   FALSE 0.002 515.000 0.000 NA   NA
 1765901 877039 PSPPH_5226 PSPPH_0172     FALSE 0.001 1078.000 0.000 NA   NA
 877040 877041 PSPPH_0173 PSPPH_0174     FALSE 0.073 102.000 0.000 NA   NA
 877041 877042 PSPPH_0174 PSPPH_0175     FALSE 0.006 324.000 0.000 NA   NA
 877042 877043 PSPPH_0175 PSPPH_0176     FALSE 0.111 208.000 0.000 0.035   NA
 877043 877044 PSPPH_0176 PSPPH_0177     FALSE 0.301 41.000 0.000 NA N NA
 877044 877045 PSPPH_0177 PSPPH_0178     FALSE 0.005 346.000 0.000 NA   NA
 877045 877046 PSPPH_0178 PSPPH_0179     FALSE 0.070 247.000 0.000 0.020   NA
 877046 877047 PSPPH_0179 PSPPH_0180     TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000   NA
 877047 877048 PSPPH_0180 PSPPH_0181     FALSE 0.002 510.000 0.000 NA   NA
 877049 877050 PSPPH_0182 PSPPH_0183     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 877050 877051 PSPPH_0183 PSPPH_0184     FALSE 0.004 381.000 0.000 NA   NA
 877055 877056 PSPPH_0188 PSPPH_0189   recG FALSE 0.282 87.000 0.038 NA N NA
 877056 877057 PSPPH_0189 PSPPH_0190 recG oxyR TRUE 0.977 12.000 0.117 1.000 Y NA
 877057 877058 PSPPH_0190 PSPPH_0191 oxyR tonB1 FALSE 0.224 93.000 0.023 1.000 N NA
 877058 877059 PSPPH_0191 PSPPH_0192 tonB1 exbD1 TRUE 0.983 -3.000 0.143 1.000 N NA
 877059 877060 PSPPH_0192 PSPPH_0193 exbD1 exbB1 TRUE 0.999 4.000 0.810 1.000 Y NA
 877062 877063 PSPPH_0195 PSPPH_0196     TRUE 0.527 55.000 0.056 NA   NA
 877063 877064 PSPPH_0196 PSPPH_0197   spoT TRUE 0.903 25.000 0.215 NA N NA
 877064 877065 PSPPH_0197 PSPPH_0198 spoT rpoZ TRUE 0.903 61.000 0.291 1.000 Y NA
 877065 877066 PSPPH_0198 PSPPH_0199 rpoZ gmk TRUE 0.860 70.000 0.471 1.000 N NA
 877066 877067 PSPPH_0199 PSPPH_0200 gmk   TRUE 0.976 -7.000 0.276 NA   NA
 877068 877069 PSPPH_0201 PSPPH_0202 rph   TRUE 0.639 21.000 0.018 NA   NA
 877071 877072 PSPPH_0204 PSPPH_0205 pyrE   TRUE 0.892 11.000 0.034 NA   NA
 877073 877074 PSPPH_0206 PSPPH_0207 argB algC TRUE 0.714 29.000 0.044 1.000 N NA
 877074 877075 PSPPH_0207 PSPPH_0208 algC dut FALSE 0.004 1240.000 0.039 1.000 N NA
 877075 877076 PSPPH_0208 PSPPH_0209 dut coaBC TRUE 0.981 7.000 0.201 1.000 N NA
 877079 877080 PSPPH_0212 PSPPH_0213 rpmB rpmG TRUE 0.995 12.000 0.332 0.012 Y NA
 877082 877083 PSPPH_0215 PSPPH_0216     FALSE 0.033 585.000 0.292 1.000 N NA
 877084 877085 PSPPH_0217 PSPPH_0218     TRUE 0.678 73.000 0.200 1.000 N NA
 877090 877091 PSPPH_0223 PSPPH_0224 dadA   TRUE 0.881 -28.000 0.088 NA N NA
 877091 877092 PSPPH_0224 PSPPH_0225   alr FALSE 0.366 89.000 0.070 NA N NA
 877092 877093 PSPPH_0225 PSPPH_0226 alr   FALSE 0.242 125.000 0.046 1.000 N NA
 877093 877094 PSPPH_0226 PSPPH_0227     TRUE 0.791 25.000 0.057 1.000 N NA
 877098 877099 PSPPH_0231 PSPPH_0232     FALSE 0.077 110.000 0.000 NA N NA
 877099 877100 PSPPH_0232 PSPPH_0233     TRUE 0.732 271.000 0.844 0.087 Y NA
 877100 877101 PSPPH_0233 PSPPH_0234   gcvT1 FALSE 0.243 153.000 0.017 0.087 N NA
 877101 877102 PSPPH_0234 PSPPH_0235 gcvT1 gcvH1 TRUE 0.970 44.000 0.317 0.002 Y NA
 877103 877104 PSPPH_0236 PSPPH_0237     FALSE 0.182 141.000 0.041 NA   NA
 877104 877105 PSPPH_0237 PSPPH_0238     FALSE 0.287 111.000 0.082 NA   NA
 877108 877109 PSPPH_0241 PSPPH_0242 argE1 argA TRUE 0.792 79.000 0.051 0.003 Y NA
 877110 877111 PSPPH_0243 PSPPH_0244 gshA   FALSE 0.068 228.000 0.036 NA N NA
 877111 877112 PSPPH_0244 PSPPH_0245   tex TRUE 0.963 0.000 0.036 NA N NA
 877113 877114 PSPPH_0246 PSPPH_0247 ompR envZ TRUE 0.898 152.000 0.584 0.031 Y NA
 877115 877116 PSPPH_0248 PSPPH_0249     TRUE 0.980 3.000 0.140 NA   NA
 877116 877117 PSPPH_0249 PSPPH_0250     TRUE 0.548 58.000 0.070 NA   NA
 877117 877118 PSPPH_0250 PSPPH_0251     FALSE 0.028 196.000 0.000 NA   NA
 877119 877120 PSPPH_0252 PSPPH_0253 algB   TRUE 0.997 11.000 0.455 0.031 Y NA
 877121 877122 PSPPH_0254 PSPPH_0255     TRUE 0.699 96.000 0.350 1.000 N NA
 877122 877123 PSPPH_0255 PSPPH_0256     TRUE 0.980 -3.000 0.147 NA   NA
 877123 877124 PSPPH_0256 PSPPH_0257   dsbA TRUE 0.968 10.000 0.162 NA   NA
 877127 877128 PSPPH_0260 PSPPH_0261   thrB TRUE 0.830 37.000 0.204 NA   NA
 877130 877131 PSPPH_0263 PSPPH_0264   znuC TRUE 0.997 0.000 0.309 1.000 Y NA
 877131 877132 PSPPH_0264 PSPPH_0265 znuC znuB TRUE 0.997 -7.000 0.755 1.000 Y NA
 877132 877133 PSPPH_0265 PSPPH_0266 znuB   TRUE 0.598 39.000 0.037 1.000   NA
 877135 877136 PSPPH_0268 PSPPH_0269     TRUE 0.998 0.000 0.469 1.000 Y NA
 877136 877137 PSPPH_0269 PSPPH_0270     TRUE 0.978 51.000 0.867 NA Y NA
 877138 877139 PSPPH_0271 PSPPH_0272     FALSE 0.350 37.000 0.000 1.000   NA
 877141 877142 PSPPH_0274 PSPPH_0275   cynT TRUE 0.707 120.000 0.241 1.000 Y NA
 877142 877143 PSPPH_0275 PSPPH_0276 cynT   FALSE 0.015 281.000 0.000 1.000 N NA
 877143 877144 PSPPH_0276 PSPPH_0277   elbB FALSE 0.075 124.000 0.000 NA N NA
 877144 877145 PSPPH_0277 PSPPH_0278 elbB   FALSE 0.055 208.000 0.021 NA   NA
 877146 877147 PSPPH_0279 PSPPH_0280 hemB ppk TRUE 0.805 17.000 0.033 1.000 N NA
 877148 877149 PSPPH_0281 PSPPH_0282 ppx   FALSE 0.006 376.000 0.000 1.000 N NA
 877149 877150 PSPPH_0282 PSPPH_0283     TRUE 0.987 -13.000 0.340 1.000 Y NA
 877150 877151 PSPPH_0283 PSPPH_0284     TRUE 0.999 0.000 0.513 0.014 Y NA
 877151 877152 PSPPH_0284 PSPPH_0285     TRUE 0.956 30.000 0.179 0.086 Y NA
 877153 877154 PSPPH_0286 PSPPH_0287   trxA FALSE 0.117 122.000 0.008 1.000   NA
 877154 877155 PSPPH_0287 PSPPH_0288 trxA rho FALSE 0.114 232.000 0.087 1.000   NA
 877155 877156 PSPPH_0288 PSPPH_0289 rho ubiD FALSE 0.181 129.000 0.025 1.000 N NA
 877156 877157 PSPPH_0289 PSPPH_0290 ubiD   TRUE 0.971 0.000 0.042 1.000 N NA
 877157 877158 PSPPH_0290 PSPPH_0291     FALSE 0.029 209.000 0.000 NA N NA
 877160 877161 PSPPH_0293 PSPPH_0294     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 877162 877163 PSPPH_0295 PSPPH_0296     FALSE 0.229 48.000 0.000 NA   NA
 877163 877164 PSPPH_0296 PSPPH_0297     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 877164 877165 PSPPH_0297 PSPPH_0298   qor2 FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 877169 877170 PSPPH_0302 PSPPH_0303     FALSE 0.023 304.000 0.034 NA   NA
 877170 877171 PSPPH_0303 PSPPH_0304     TRUE 0.961 -3.000 0.053 NA   NA
 877172 877173 PSPPH_0305 PSPPH_0306   pepP TRUE 0.750 76.000 0.329 NA   NA
 877173 877174 PSPPH_0306 PSPPH_0307 pepP ubiH TRUE 0.994 -3.000 0.396 1.000 N NA
 877174 877175 PSPPH_0307 PSPPH_0308 ubiH   TRUE 0.912 52.000 0.083 0.001 Y NA
 877177 877178 PSPPH_0310 PSPPH_0311     FALSE 0.023 215.000 0.000 NA   NA
 877178 877179 PSPPH_0311 PSPPH_0312     TRUE 0.787 81.000 0.444 NA   NA
 877179 877180 PSPPH_0312 PSPPH_0313     FALSE 0.461 171.000 0.294 NA N NA
 877183 877184 PSPPH_0316 PSPPH_0317     FALSE 0.195 55.000 0.000 NA   NA
 877184 877185 PSPPH_0317 PSPPH_0318     TRUE 0.535 -25.000 0.000 NA   NA
 877185 877186 PSPPH_0318 PSPPH_0319     FALSE 0.047 161.000 0.000 NA   NA
 877187 877188 PSPPH_0320 PSPPH_0321     TRUE 0.878 17.000 0.079 1.000 N NA
 877188 877189 PSPPH_0321 PSPPH_0322     TRUE 0.934 92.000 0.795 1.000 Y NA
 877189 877190 PSPPH_0322 PSPPH_0323     TRUE 0.814 39.000 0.045 NA Y NA
 877190 877191 PSPPH_0323 PSPPH_0324     FALSE 0.002 496.000 0.000 NA   NA
 877191 877192 PSPPH_0324 PSPPH_0325     FALSE 0.064 111.000 0.000 NA   NA
 877192 877193 PSPPH_0325 PSPPH_0326     FALSE 0.138 71.000 0.000 NA   NA
 877193 877194 PSPPH_0326 PSPPH_0327     FALSE 0.024 211.000 0.000 NA   NA
 877194 877195 PSPPH_0327 PSPPH_0328     TRUE 0.999 -3.000 0.857 0.014 Y NA
 877195 877196 PSPPH_0328 PSPPH_0329     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA N NA
 877197 877198 PSPPH_0330 PSPPH_0331     FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 877198 877199 PSPPH_0331 PSPPH_0332     TRUE 0.622 57.000 0.083 1.000 N NA
 877199 877200 PSPPH_0332 PSPPH_0333     TRUE 0.983 -10.000 0.222 1.000 Y NA
 877200 877201 PSPPH_0333 PSPPH_0334     TRUE 0.999 -3.000 0.800 NA Y NA
 877201 877202 PSPPH_0334 PSPPH_0335     FALSE 0.237 256.000 0.346 NA N NA
 877202 877203 PSPPH_0335 PSPPH_0336     TRUE 0.996 0.000 0.452 NA N NA
 877203 877204 PSPPH_0336 PSPPH_0337     TRUE 0.990 26.000 0.500 0.004 Y NA
 877204 877205 PSPPH_0337 PSPPH_0338     FALSE 0.004 385.000 0.000 NA   NA
 877207 877208 PSPPH_0340 PSPPH_0341 glnQ1   TRUE 0.992 4.000 0.150 1.000 Y NA
 877208 877209 PSPPH_0341 PSPPH_0342     TRUE 0.991 -3.000 0.100 1.000 Y NA
 877209 877210 PSPPH_0342 PSPPH_0343   dcyD TRUE 0.616 220.000 0.469 1.000 Y NA
 877212 877213 PSPPH_0345 PSPPH_0346     FALSE 0.071 104.000 0.000 NA   NA
 877213 877214 PSPPH_0346 PSPPH_0347   nhaA1 FALSE 0.068 106.000 0.000 NA   NA
 877214 877215 PSPPH_0347 PSPPH_0348 nhaA1   FALSE 0.208 52.000 0.000 NA   NA
 877215 877216 PSPPH_0348 PSPPH_0349   hutC TRUE 0.985 -3.000 0.189 NA   NA
 877218 877219 PSPPH_0351 PSPPH_0352 blc   TRUE 0.986 4.000 0.208 1.000   NA
 877219 877220 PSPPH_0352 PSPPH_0353   fbp FALSE 0.045 241.000 0.026 1.000   NA
 877220 877221 PSPPH_0353 PSPPH_0354 fbp   FALSE 0.218 135.000 0.051 NA   NA
 877221 877222 PSPPH_0354 PSPPH_0355     TRUE 0.974 12.000 0.283 NA   NA
 877222 877223 PSPPH_0355 PSPPH_0356   glgP FALSE 0.008 373.000 0.016 NA   NA
 877224 877225 PSPPH_0357 PSPPH_0358 pip dtd TRUE 0.738 40.000 0.026 0.038   NA
 877225 877226 PSPPH_0358 PSPPH_0359 dtd mdoG1 FALSE 0.018 266.000 0.000 1.000 N NA
 877226 877227 PSPPH_0359 PSPPH_0360 mdoG1 mdoH TRUE 0.916 -7.000 0.052 NA N NA
 877227 877228 PSPPH_0360 PSPPH_0361 mdoH   FALSE 0.095 87.000 0.000 NA   NA
 877229 877230 PSPPH_0362 PSPPH_0363     FALSE 0.277 203.000 0.000 0.018 Y NA
 877230 877231 PSPPH_0363 PSPPH_0364     FALSE 0.206 91.000 0.028 NA   NA
 877231 877232 PSPPH_0364 PSPPH_0365   tatC TRUE 0.970 -3.000 0.076 NA   NA
 877232 877233 PSPPH_0365 PSPPH_0366 tatC tatB TRUE 0.996 -3.000 0.314 NA Y NA
 877233 877234 PSPPH_0366 PSPPH_0367 tatB tatA TRUE 0.995 5.000 0.157 0.011 Y NA
 877234 877235 PSPPH_0367 PSPPH_0368 tatA hisE TRUE 0.496 45.000 0.021 1.000 N NA
 877235 877236 PSPPH_0368 PSPPH_0369 hisE hisI TRUE 0.997 3.000 0.152 0.003 Y NA
 877236 877237 PSPPH_0369 PSPPH_0370 hisI ubiB FALSE 0.311 68.000 0.018 1.000   NA
 877237 877238 PSPPH_0370 PSPPH_0371 ubiB   TRUE 0.994 -3.000 0.432 1.000   NA
 877238 877239 PSPPH_0371 PSPPH_0372   ubiE TRUE 0.986 0.000 0.145 1.000   NA
 877240 877241 PSPPH_0373 PSPPH_0374     TRUE 0.928 15.000 0.167 NA   NA
 877241 877242 PSPPH_0374 PSPPH_0375     TRUE 0.993 11.000 0.667 NA   NA
 877243 877244 PSPPH_0376 PSPPH_0377 phaD   TRUE 0.626 67.000 0.123 1.000 N NA
 877244 877245 PSPPH_0377 PSPPH_0378   phaZ FALSE 0.300 157.000 0.119 1.000   NA
 877245 877246 PSPPH_0378 PSPPH_0379 phaZ   TRUE 0.712 64.000 0.190 1.000   NA
 877246 877247 PSPPH_0379 PSPPH_0380     FALSE 0.009 314.000 0.000 1.000   NA
 877247 877248 PSPPH_0380 PSPPH_0381   hslU TRUE 0.606 53.000 0.070 1.000   NA
 877248 877249 PSPPH_0381 PSPPH_0382 hslU hslV TRUE 0.962 67.000 0.752 1.000 Y NA
 877249 877250 PSPPH_0382 PSPPH_0383 hslV   FALSE 0.033 377.000 0.122 NA N NA
 877250 877251 PSPPH_0383 PSPPH_0384   argS TRUE 0.968 2.000 0.052 NA N NA
 877251 877252 PSPPH_0384 PSPPH_0385 argS priA FALSE 0.260 98.000 0.036 1.000 N NA
 877253 877254 PSPPH_0386 PSPPH_0387 rpmE   FALSE 0.375 65.000 0.023 1.000 N NA
 877254 877255 PSPPH_0387 PSPPH_0388   maeB TRUE 0.887 20.000 0.119 1.000 N NA
 877257 877258 PSPPH_0390 PSPPH_0391 pilM pilN TRUE 0.999 0.000 0.616 NA Y NA
 877258 877259 PSPPH_0391 PSPPH_0392 pilN pilO TRUE 0.999 -3.000 0.770 NA Y NA
 877259 877260 PSPPH_0392 PSPPH_0393 pilO pilP TRUE 0.998 -3.000 0.680 NA Y NA
 877260 877261 PSPPH_0393 PSPPH_0394 pilP pilQ TRUE 0.970 48.000 0.668 NA Y NA
 877261 877262 PSPPH_0394 PSPPH_0395 pilQ aroK TRUE 0.990 5.000 0.319 1.000 N NA
 877262 877263 PSPPH_0395 PSPPH_0396 aroK aroB TRUE 0.675 116.000 0.208 1.000 Y NA
 877263 877264 PSPPH_0396 PSPPH_0397 aroB   TRUE 0.874 11.000 0.020 1.000   NA
 877264 877265 PSPPH_0397 PSPPH_0398   gltB FALSE 0.017 361.000 0.037 1.000   NA
 877265 877266 PSPPH_0398 PSPPH_0399 gltB   TRUE 0.532 16.000 0.000 NA   NA
 877266 877267 PSPPH_0399 PSPPH_0400   gltD TRUE 0.563 15.000 0.000 NA   NA
 877267 877268 PSPPH_0400 PSPPH_0401 gltD   FALSE 0.068 166.000 0.000 1.000 N NA
 877268 877269 PSPPH_0401 PSPPH_0402     FALSE 0.006 334.000 0.000 NA   NA
 877269 877270 PSPPH_0402 PSPPH_0403     FALSE 0.058 141.000 0.000 NA   NA
 877270 877271 PSPPH_0403 PSPPH_0404   hemE FALSE 0.057 143.000 0.000 NA   NA
 877272 877273 PSPPH_0405 PSPPH_0406     TRUE 0.996 4.000 0.558 1.000 N NA
 877273 877274 PSPPH_0406 PSPPH_0407     TRUE 0.981 1.000 0.093 1.000 N NA
 877274 877275 PSPPH_0407 PSPPH_0408     FALSE 0.010 303.000 0.000 1.000   NA
 877275 877276 PSPPH_0408 PSPPH_0409     TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000   NA
 877276 877277 PSPPH_0409 PSPPH_0410     FALSE 0.153 78.000 0.000 1.000   NA
 877279 877280 PSPPH_0412 PSPPH_0413     TRUE 0.998 0.000 0.486 1.000 Y NA
 877280 877281 PSPPH_0413 PSPPH_0414     TRUE 0.997 -3.000 0.397 NA Y NA
 877281 877282 PSPPH_0414 PSPPH_0415     TRUE 0.998 -3.000 0.514 NA Y NA
 877282 877283 PSPPH_0415 PSPPH_0416     TRUE 0.976 -3.000 0.110 NA   NA
 877283 877284 PSPPH_0416 PSPPH_0417     TRUE 0.975 -3.000 0.106 NA   NA
 877284 877285 PSPPH_0417 PSPPH_0418     TRUE 0.558 84.000 0.162 1.000 N NA
 877285 877286 PSPPH_0418 PSPPH_0419     TRUE 0.835 55.000 0.329 NA   NA
 877286 877287 PSPPH_0419 PSPPH_0420     TRUE 0.988 -16.000 0.732 NA   NA
 877287 877288 PSPPH_0420 PSPPH_0421     TRUE 0.996 -3.000 0.532 1.000   NA
 877288 877289 PSPPH_0421 PSPPH_0422     TRUE 0.981 -10.000 0.413 1.000   NA
 877289 877290 PSPPH_0422 PSPPH_0423     TRUE 0.967 -19.000 0.333 1.000   NA
 877290 877291 PSPPH_0423 PSPPH_0424     TRUE 0.970 -3.000 0.080 NA   NA
 877291 877292 PSPPH_0424 PSPPH_0425     TRUE 0.945 -7.000 0.103 NA N NA
 877292 877293 PSPPH_0425 PSPPH_0426     TRUE 0.998 2.000 0.758 NA   NA
 877293 877294 PSPPH_0426 PSPPH_0427     TRUE 0.994 -3.000 0.422 NA   NA
 877294 877295 PSPPH_0427 PSPPH_0428     TRUE 0.985 4.000 0.052 0.006   NA
 877295 877296 PSPPH_0428 PSPPH_0429     TRUE 0.880 -25.000 0.075 1.000   NA
 877296 877297 PSPPH_0429 PSPPH_0430     TRUE 0.983 -24.000 0.636 NA   NA
 877300 877301 PSPPH_0433 PSPPH_0434 mdcA citG TRUE 0.996 0.000 0.508 1.000   NA
 877301 877302 PSPPH_0434 PSPPH_0435 citG mdcC TRUE 0.995 2.000 0.475 NA   NA
 877302 877303 PSPPH_0435 PSPPH_0436 mdcC mdcD TRUE 0.984 -7.000 0.400 NA   NA
 877303 877304 PSPPH_0436 PSPPH_0437 mdcD mdcE TRUE 0.997 -3.000 0.700 NA   NA
 877304 877305 PSPPH_0437 PSPPH_0438 mdcE   TRUE 0.984 -6.000 0.339 NA   NA
 877305 877306 PSPPH_0438 PSPPH_0439   mdcH TRUE 0.997 -3.000 0.651 1.000   NA
 877306 877307 PSPPH_0439 PSPPH_0440 mdcH madL TRUE 0.666 70.000 0.200 NA   NA
 877307 877308 PSPPH_0440 PSPPH_0441 madL madM TRUE 0.998 2.000 0.945 NA   NA
 877311 877312 PSPPH_0444 PSPPH_0445   bioA1 FALSE 0.178 143.000 0.041 NA   NA
 877313 877314 PSPPH_0446 PSPPH_0447     FALSE 0.040 357.000 0.032 0.047 N NA
 877314 877315 PSPPH_0447 PSPPH_0448     TRUE 0.969 28.000 0.676 NA   NA
 877316 877317 PSPPH_0449 PSPPH_0450   metF FALSE 0.011 312.000 0.000 1.000 N NA
 877317 877318 PSPPH_0450 PSPPH_0451 metF ahcY FALSE 0.219 163.000 0.061 1.000 N NA
 877320 877321 PSPPH_0453 PSPPH_0454     TRUE 0.944 23.000 0.143 1.000 Y NA
 877321 877322 PSPPH_0454 PSPPH_0455   fucA FALSE 0.381 136.000 0.022 1.000 Y NA
 877322 877323 PSPPH_0455 PSPPH_0456 fucA hopAN1 TRUE 0.944 0.000 0.022 NA   NA
 877323 877324 PSPPH_0456 PSPPH_0457 hopAN1   TRUE 0.978 11.000 0.273 NA   NA
 877324 877325 PSPPH_0457 PSPPH_0458     FALSE 0.020 228.000 0.000 NA   NA
 877325 877326 PSPPH_0458 PSPPH_0459     FALSE 0.040 175.000 0.000 NA   NA
 877328 877329 PSPPH_0461 PSPPH_0462     TRUE 0.847 10.000 0.011 NA   NA
 877329 877330 PSPPH_0462 PSPPH_0463   rdgB TRUE 0.988 -3.000 0.218 1.000 N NA
 877330 877331 PSPPH_0463 PSPPH_0464 rdgB metW FALSE 0.385 34.000 0.004 NA   NA
 877331 877332 PSPPH_0464 PSPPH_0465 metW metX TRUE 0.993 8.000 0.509 NA   NA
 877332 877333 PSPPH_0465 PSPPH_0466 metX   FALSE 0.060 193.000 0.018 NA   NA
 877333 877334 PSPPH_0466 PSPPH_0467   proC TRUE 0.852 26.000 0.152 NA   NA
 877334 877335 PSPPH_0467 PSPPH_0468 proC   TRUE 0.933 -13.000 0.158 NA   NA
 877339 877340 PSPPH_0472 PSPPH_0473   pyrB TRUE 0.997 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 877340 877341 PSPPH_0473 PSPPH_0474 pyrB pyrR TRUE 0.985 13.000 0.247 1.000 Y NA
 877341 877342 PSPPH_0474 PSPPH_0475 pyrR   FALSE 0.113 243.000 0.109 1.000 N NA
 877342 877343 PSPPH_0475 PSPPH_0476     TRUE 0.992 0.000 0.263 NA N NA
 877343 877344 PSPPH_0476 PSPPH_0477     FALSE 0.433 76.000 0.064 NA N NA
 877344 877345 PSPPH_0477 PSPPH_0478   gshB FALSE 0.256 166.000 0.089 1.000 N NA
 877346 877347 PSPPH_0479 PSPPH_0480 pilG pilH TRUE 0.960 47.000 0.296 0.024 Y NA
 877347 877348 PSPPH_0480 PSPPH_0481 pilH pilI TRUE 0.981 15.000 0.266 1.000 Y NA
 877348 877349 PSPPH_0481 PSPPH_0482 pilI pilJ TRUE 0.987 49.000 0.795 0.018 Y NA
 877349 877350 PSPPH_0482 PSPPH_0483 pilJ   TRUE 0.978 48.000 0.554 0.021 Y NA
 877350 877351 PSPPH_0483 PSPPH_0484     TRUE 0.972 -7.000 0.087 0.021   NA
 877352 877353 PSPPH_0485 PSPPH_0486     FALSE 0.059 139.000 0.000 NA   NA
 877354 877355 PSPPH_0487 PSPPH_0488     TRUE 0.935 16.000 0.189 1.000   NA
 877355 877356 PSPPH_0488 PSPPH_0489     TRUE 0.855 3.000 0.000 NA   NA
 877356 877357 PSPPH_0489 PSPPH_0490     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 877357 877358 PSPPH_0490 PSPPH_0491     TRUE 0.987 -3.000 0.203 1.000 N NA
 877359 877360 PSPPH_0492 PSPPH_0493     TRUE 0.953 24.000 0.379 1.000 N NA
 877362 877363 PSPPH_0495 PSPPH_0496   putA TRUE 0.794 17.000 0.031 1.000 N NA
 877366 877367 PSPPH_0499 PSPPH_0500     TRUE 0.603 34.000 0.040 NA   NA
 877368 877369 PSPPH_0501 PSPPH_0502     TRUE 0.481 62.000 0.055 NA   NA
 877371 877372 PSPPH_0504 PSPPH_0505 yccS   FALSE 0.096 137.000 0.009 NA   NA
 877372 877373 PSPPH_0505 PSPPH_0506   dbpA FALSE 0.120 138.000 0.011 1.000   NA
 877373 877374 PSPPH_0506 PSPPH_0507 dbpA aceF FALSE 0.026 239.000 0.000 1.000 N NA
 877374 877375 PSPPH_0507 PSPPH_0508 aceF aceE1 TRUE 0.608 143.000 0.167 1.000 Y NA
 877376 877377 PSPPH_0509 PSPPH_0510 glnE rfaF FALSE 0.147 130.000 0.014 1.000 N NA
 877377 877378 PSPPH_0510 PSPPH_0511 rfaF rfaC TRUE 0.997 3.000 0.205 0.001 Y NA
 877378 877379 PSPPH_0511 PSPPH_0512 rfaC rfaG TRUE 0.996 0.000 0.217 1.000 Y NA
 877379 877380 PSPPH_0512 PSPPH_0513 rfaG rfaP TRUE 0.992 0.000 0.241 1.000   NA
 877380 877381 PSPPH_0513 PSPPH_0514 rfaP   TRUE 0.994 0.000 0.133 0.002   NA
 877381 877382 PSPPH_0514 PSPPH_0515     TRUE 0.982 -3.000 0.027 0.002   NA
 877382 877383 PSPPH_0515 PSPPH_0516     TRUE 0.985 0.000 0.019 0.002   NA
 877384 877385 PSPPH_0517 PSPPH_0518     TRUE 0.520 -31.000 0.000 NA   NA
 877386 877387 PSPPH_0519 PSPPH_0520     TRUE 0.987 -16.000 0.409 0.018 N NA
 877387 877388 PSPPH_0520 PSPPH_0521     TRUE 0.993 0.000 0.312 NA   NA
 877388 877389 PSPPH_0521 PSPPH_0522     TRUE 0.980 -33.000 0.625 NA   NA
 877389 877390 PSPPH_0522 PSPPH_0523     TRUE 0.815 31.000 0.154 NA   NA
 877390 877391 PSPPH_0523 PSPPH_0524     FALSE 0.295 35.000 0.000 NA   NA
 877391 877392 PSPPH_0524 PSPPH_0525     TRUE 0.637 -10.000 0.000 NA   NA
 877394 877395 PSPPH_0527 PSPPH_0528 msbA rfaE FALSE 0.175 128.000 0.023 1.000 N NA
 877396 877397 PSPPH_0529 PSPPH_0530     TRUE 0.899 37.000 0.324 1.000   NA
 877397 877398 PSPPH_0530 PSPPH_0531     TRUE 0.998 3.000 0.441 0.047 Y NA
 877398 877399 PSPPH_0531 PSPPH_0532     TRUE 0.896 49.000 0.400 1.000 N NA
 877402 877403 PSPPH_0535 PSPPH_0536 thiC cytX FALSE 0.037 236.000 0.007 1.000 N NA
 877403 877404 PSPPH_0536 PSPPH_0537 cytX   TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 877406 877407 PSPPH_0539 PSPPH_0540     TRUE 0.983 -9.000 0.443 NA   NA
 877407 877408 PSPPH_0540 PSPPH_0541     FALSE 0.028 198.000 0.000 NA   NA
 877408 877409 PSPPH_0541 PSPPH_0542     FALSE 0.093 88.000 0.000 NA   NA
 877409 877410 PSPPH_0542 PSPPH_0543     FALSE 0.091 89.000 0.000 NA   NA
 877410 877411 PSPPH_0543 PSPPH_0544   parE FALSE 0.122 77.000 0.000 NA   NA
 877411 877412 PSPPH_0544 PSPPH_0545 parE   TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 877412 877413 PSPPH_0545 PSPPH_0546     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 877413 877414 PSPPH_0546 PSPPH_0547   parC TRUE 0.862 11.000 0.016 1.000   NA
 877414 877415 PSPPH_0547 PSPPH_0548 parC   FALSE 0.063 181.000 0.012 NA   NA
 877418 877419 PSPPH_0551 PSPPH_0552     FALSE 0.004 391.000 0.000 NA   NA
 877419 877420 PSPPH_0552 PSPPH_0553     TRUE 0.747 46.000 0.156 NA   NA
 877421 877422 PSPPH_0554 PSPPH_0555     TRUE 0.998 4.000 0.722 1.000 Y NA
 877424 877425 PSPPH_0557 PSPPH_0558 orn   FALSE 0.138 97.000 0.013 NA   NA
 877427 877428 PSPPH_0560 PSPPH_0561     TRUE 0.963 9.000 0.118 NA   NA
 877428 877429 PSPPH_0561 PSPPH_0562     TRUE 0.799 15.000 0.033 NA   NA
 877429 877430 PSPPH_0562 PSPPH_0563   mutL TRUE 0.953 -3.000 0.030 1.000 N NA
 877430 877431 PSPPH_0563 PSPPH_0564 mutL miaA TRUE 0.989 1.000 0.188 1.000 N NA
 877431 877432 PSPPH_0564 PSPPH_0565 miaA   TRUE 0.793 92.000 0.531 1.000   NA
 877432 877433 PSPPH_0565 PSPPH_0566     TRUE 0.943 13.000 0.141 1.000   NA
 877433 877434 PSPPH_0566 PSPPH_0567   hflK TRUE 0.510 97.000 0.184 1.000   NA
 877434 877435 PSPPH_0567 PSPPH_0568 hflK hflC TRUE 1.000 0.000 0.947 0.008 Y NA
 877435 877436 PSPPH_0568 PSPPH_0569 hflC   FALSE 0.049 271.000 0.045 1.000 N NA
 877436 877437 PSPPH_0569 PSPPH_0570   purA TRUE 0.728 55.000 0.161 1.000 N NA
 877437 877438 PSPPH_0570 PSPPH_0571 purA   FALSE 0.085 172.000 0.007 1.000 N NA
 877439 877440 PSPPH_0572 PSPPH_0573     FALSE 0.047 161.000 0.000 NA   NA
 877441 877442 PSPPH_0574 PSPPH_0575 rnr   TRUE 0.992 -3.000 0.147 0.015 N NA
 877442 877443 PSPPH_0575 PSPPH_0576   rpsF FALSE 0.173 214.000 0.017 1.000 Y NA
 877443 877444 PSPPH_0576 PSPPH_0577 rpsF rpsR TRUE 0.979 29.000 0.319 0.012 Y NA
 877444 877445 PSPPH_0577 PSPPH_0578 rpsR   TRUE 0.538 40.000 0.034 NA   NA
 877445 877446 PSPPH_0578 PSPPH_0579   rplI TRUE 0.734 20.000 0.034 NA   NA
 877446 877447 PSPPH_0579 PSPPH_0580 rplI dnaB FALSE 0.312 124.000 0.074 1.000 N NA
 877447 877448 PSPPH_0580 PSPPH_0581 dnaB   FALSE 0.142 108.000 0.009 1.000 N NA
 877450 877451 PSPPH_0583 PSPPH_0584     TRUE 0.890 72.000 0.667 NA   NA
 877451 877452 PSPPH_0584 PSPPH_0585     TRUE 0.998 0.000 0.734 NA   NA
 877452 877453 PSPPH_0585 PSPPH_0586   azu FALSE 0.096 154.000 0.012 NA N NA
 877454 877455 PSPPH_0587 PSPPH_0588 nadE pncB TRUE 0.870 27.000 0.033 1.000 Y NA
 877455 877456 PSPPH_0588 PSPPH_0589 pncB   FALSE 0.151 100.000 0.007 1.000 N NA
 877457 877458 PSPPH_0590 PSPPH_0591   braD TRUE 0.565 162.000 0.175 1.000 Y NA
 877458 877459 PSPPH_0591 PSPPH_0592 braD braE TRUE 0.997 3.000 0.263 0.084 Y NA
 877459 877460 PSPPH_0592 PSPPH_0593 braE   TRUE 0.996 -3.000 0.268 1.000 Y NA
 877460 877461 PSPPH_0593 PSPPH_0594     TRUE 0.999 -3.000 0.881 0.020 Y NA
 877462 877463 PSPPH_0595 PSPPH_0596     TRUE 0.855 3.000 0.000 NA   NA
 877465 877466 PSPPH_0598 PSPPH_0599   dxs FALSE 0.473 28.000 0.000 1.000 N NA
 877466 877467 PSPPH_0599 PSPPH_0600 dxs ispA TRUE 0.644 161.000 0.246 1.000 Y NA
 877467 877468 PSPPH_0600 PSPPH_0601 ispA xseB TRUE 0.986 -3.000 0.177 1.000 N NA
 877468 877469 PSPPH_0601 PSPPH_0602 xseB metC FALSE 0.109 103.000 0.000 1.000 N NA
 877469 877470 PSPPH_0602 PSPPH_0603 metC   FALSE 0.098 86.000 0.000 NA   NA
 877470 877471 PSPPH_0603 PSPPH_0604     FALSE 0.027 201.000 0.000 NA   NA
 877472 877473 PSPPH_0605 PSPPH_0606     FALSE 0.223 49.000 0.000 NA   NA
 877473 877474 PSPPH_0606 PSPPH_0607     FALSE 0.002 527.000 0.000 NA   NA
 877474 877475 PSPPH_0607 PSPPH_0608     FALSE 0.006 317.000 0.000 NA   NA
 877475 877476 PSPPH_0608 PSPPH_0609     TRUE 0.979 -16.000 0.500 NA   NA
 877476 877477 PSPPH_0609 PSPPH_0610     FALSE 0.001 738.000 0.000 NA   NA
 877477 877478 PSPPH_0610 PSPPH_0611     FALSE 0.005 338.000 0.000 NA   NA
 877478 877479 PSPPH_0611 PSPPH_0612     TRUE 0.599 -13.000 0.000 NA   NA
 877479 877480 PSPPH_0612 PSPPH_0613     FALSE 0.001 1009.000 0.000 NA   NA
 877485 877486 PSPPH_0618 PSPPH_0619   rpoD FALSE 0.025 206.000 0.000 NA   NA
 877486 877487 PSPPH_0619 PSPPH_0620 rpoD dnaG TRUE 0.792 68.000 0.299 1.000 N NA
 877487 877488 PSPPH_0620 PSPPH_0621 dnaG rpsU FALSE 0.012 510.000 0.067 1.000 N NA
 877491 877492 PSPPH_0624 PSPPH_0625 folB1 folK1 TRUE 0.994 -9.000 0.500 1.000 Y NA
 877493 877494 PSPPH_0626 PSPPH_0627 cca   FALSE 0.201 98.000 0.032 NA   NA
 877494 877495 PSPPH_0627 PSPPH_0628     TRUE 0.997 -3.000 0.761 NA   NA
 877495 877496 PSPPH_0628 PSPPH_0629     TRUE 0.785 122.000 0.683 NA   NA
 877496 877497 PSPPH_0629 PSPPH_0630   glpE FALSE 0.014 285.000 0.000 1.000 N NA
 877497 877498 PSPPH_0630 PSPPH_0631 glpE apaH TRUE 0.961 -3.000 0.045 1.000   NA
 877498 877499 PSPPH_0631 PSPPH_0632 apaH   TRUE 0.992 0.000 0.267 NA   NA
 877499 877500 PSPPH_0632 PSPPH_0633   ksgA TRUE 0.572 60.000 0.078 NA N NA
 877500 877501 PSPPH_0633 PSPPH_0634 ksgA pdxA1 TRUE 0.987 -3.000 0.197 1.000 N NA
 877501 877502 PSPPH_0634 PSPPH_0635 pdxA1 surA TRUE 0.996 -3.000 0.561 1.000 N NA
 877502 877503 PSPPH_0635 PSPPH_0636 surA   TRUE 0.890 -19.000 0.070 1.000 N NA
 877504 877505 PSPPH_0637 PSPPH_0638     TRUE 0.903 65.000 0.642 NA   NA
 877505 877506 PSPPH_0638 PSPPH_0639     TRUE 0.981 1.000 0.091 1.000 N NA
 877508 877509 PSPPH_0641 PSPPH_0642     TRUE 0.994 -3.000 0.077 0.030 Y NA
 877509 877510 PSPPH_0642 PSPPH_0643     FALSE 0.052 316.000 0.111 1.000 N NA
 877510 877511 PSPPH_0643 PSPPH_0644     TRUE 0.911 83.000 0.556 1.000 Y NA
 877511 877512 PSPPH_0644 PSPPH_0645     TRUE 0.806 78.000 0.108 0.084 Y NA
 877512 877513 PSPPH_0645 PSPPH_0646     TRUE 0.987 12.000 0.145 0.084 Y NA
 877513 877514 PSPPH_0646 PSPPH_0647   rpe FALSE 0.127 127.000 0.007 1.000 N NA
 877514 877515 PSPPH_0647 PSPPH_0648 rpe gph1 TRUE 0.810 30.000 0.120 1.000   NA
 877515 877516 PSPPH_0648 PSPPH_0649 gph1 trpE TRUE 0.723 70.000 0.233 1.000   NA
 877517 877518 PSPPH_0650 PSPPH_0651     FALSE 0.068 106.000 0.000 NA   NA
 877518 877519 PSPPH_0651 PSPPH_0652     FALSE 0.078 98.000 0.000 NA   NA
 877519 877520 PSPPH_0652 PSPPH_0653     FALSE 0.050 155.000 0.000 NA   NA
 877521 877522 PSPPH_0654 PSPPH_0655     FALSE 0.002 470.000 0.000 NA   NA
 877522 877523 PSPPH_0655 PSPPH_0656     FALSE 0.063 123.000 0.000 NA   NA
 877523 877524 PSPPH_0656 PSPPH_0657     TRUE 0.988 -19.000 0.750 NA   NA
 877524 877525 PSPPH_0657 PSPPH_0658     TRUE 0.529 -28.000 0.000 NA   NA
 877525 877526 PSPPH_0658 PSPPH_0659     TRUE 0.953 61.000 1.000 NA   NA
 877526 877527 PSPPH_0659 PSPPH_0660     TRUE 0.998 -3.000 0.900 NA   NA
 877527 877528 PSPPH_0660 PSPPH_0661     FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 877528 877529 PSPPH_0661 PSPPH_0662     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 877529 877530 PSPPH_0662 PSPPH_0663     TRUE 0.988 4.000 0.250 NA   NA
 877530 877531 PSPPH_0663 PSPPH_0664     TRUE 0.978 -3.000 0.125 NA   NA
 877531 877532 PSPPH_0664 PSPPH_0665     FALSE 0.063 129.000 0.000 NA   NA
 877532 877533 PSPPH_0665 PSPPH_0666     TRUE 0.739 12.000 0.000 1.000   NA
 877533 877534 PSPPH_0666 PSPPH_0667     FALSE 0.002 593.000 0.000 1.000   NA
 877535 877536 PSPPH_0668 PSPPH_0669     TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000   NA
 877537 877538 PSPPH_0670 PSPPH_0671     TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000   NA
 877538 877539 PSPPH_0671 PSPPH_0672   trpG FALSE 0.007 361.000 0.000 1.000 N NA
 877539 877540 PSPPH_0672 PSPPH_0673 trpG trpD TRUE 0.939 22.000 0.105 1.000 Y NA
 877540 877541 PSPPH_0673 PSPPH_0674 trpD trpC TRUE 0.996 -3.000 0.293 1.000 Y NA
 877541 877542 PSPPH_0674 PSPPH_0675 trpC   TRUE 0.514 30.000 0.013 NA N NA
 877544 877545 PSPPH_0677 PSPPH_0678   speD FALSE 0.046 243.000 0.025 1.000 N NA
 877546 877547 PSPPH_0679 PSPPH_0680     FALSE 0.157 123.000 0.018 1.000 N NA
 877547 877548 PSPPH_0680 PSPPH_0681     FALSE 0.131 104.000 0.008 1.000   NA
 877548 877549 PSPPH_0681 PSPPH_0682     TRUE 0.492 67.000 0.057 1.000   NA
 877549 877550 PSPPH_0682 PSPPH_0683     FALSE 0.123 109.000 0.016 NA   NA
 877551 877552 PSPPH_0684 PSPPH_0685 argC   FALSE 0.191 100.000 0.031 NA   NA
 877553 877554 PSPPH_0686 PSPPH_0687     TRUE 0.983 4.000 0.184 NA N NA
 877555 877556 PSPPH_0688 PSPPH_0689 tyrS rrsA FALSE 0.002 521.000 0.000 NA   NA
 877556 877557 PSPPH_0689 PSPPH_0690 rrsA   FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 877557 877558 PSPPH_0690 PSPPH_0691     FALSE 0.325 31.000 0.000 NA   NA
 877558 877559 PSPPH_0691 PSPPH_0692   rrlA FALSE 0.016 240.000 0.000 NA   NA
 877559 877560 PSPPH_0692 PSPPH_0693 rrlA rrfA FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 877560 877561 PSPPH_0693 PSPPH_0694 rrfA recC FALSE 0.029 193.000 0.000 NA   NA
 877561 877562 PSPPH_0694 PSPPH_0695 recC recB TRUE 0.999 -3.000 0.542 0.001 Y NA
 877562 877563 PSPPH_0695 PSPPH_0696 recB recD TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.001 Y NA
 877563 877564 PSPPH_0696 PSPPH_0697 recD   FALSE 0.083 121.000 0.000 1.000   NA
 877565 877566 PSPPH_0698 PSPPH_0699     FALSE 0.018 233.000 0.000 NA   NA
 877566 877567 PSPPH_0699 PSPPH_0700     FALSE 0.292 52.000 0.000 1.000 N NA
 877569 877570 PSPPH_0702 PSPPH_0703     TRUE 0.680 22.000 0.028 NA   NA
 877570 877571 PSPPH_0703 PSPPH_0704     TRUE 0.990 -3.000 0.028 0.083 Y NA
 877571 877572 PSPPH_0704 PSPPH_0705     TRUE 0.997 -6.000 0.696 1.000 Y NA
 877572 877573 PSPPH_0705 PSPPH_0706     TRUE 0.999 -3.000 0.690 0.002 Y NA
 877574 877575 PSPPH_0707 PSPPH_0708 selD   FALSE 0.415 24.000 0.000 NA   NA
 877575 877576 PSPPH_0708 PSPPH_0709     FALSE 0.102 84.000 0.000 NA   NA
 877576 877577 PSPPH_0709 PSPPH_0710   mdaB FALSE 0.037 199.000 0.000 1.000   NA
 877577 877578 PSPPH_0710 PSPPH_0711 mdaB   TRUE 0.790 59.000 0.250 1.000   NA
 877580 877581 PSPPH_0713 PSPPH_0714 rplU rpmA TRUE 0.990 33.000 0.667 0.012 Y NA
 877581 877582 PSPPH_0714 PSPPH_0715 rpmA   FALSE 0.349 217.000 0.335 1.000   NA
 877582 877583 PSPPH_0715 PSPPH_0716   proB TRUE 0.572 90.000 0.206 1.000   NA
 877583 877584 PSPPH_0716 PSPPH_0717 proB   TRUE 0.535 28.000 0.017 NA   NA
 877586 877587 PSPPH_0719 PSPPH_0720 mviN ribF TRUE 0.935 15.000 0.169 1.000   NA
 877587 877588 PSPPH_0720 PSPPH_0721 ribF ileS TRUE 0.939 21.000 0.254 1.000 N NA
 877588 877589 PSPPH_0721 PSPPH_0722 ileS lspA TRUE 0.960 -7.000 0.147 1.000 N NA
 877589 877590 PSPPH_0722 PSPPH_0723 lspA   TRUE 0.987 -7.000 0.417 1.000 N NA
 877590 877591 PSPPH_0723 PSPPH_0724   ispH TRUE 0.922 58.000 0.626 1.000 N NA
 877593 877594 PSPPH_0726 PSPPH_0727     TRUE 0.974 -10.000 0.333 NA   NA
 877594 877595 PSPPH_0727 PSPPH_0728     TRUE 0.997 -3.000 0.667 NA   NA
 877595 877596 PSPPH_0728 PSPPH_0729     TRUE 0.996 -3.000 0.615 NA   NA
 877596 877597 PSPPH_0729 PSPPH_0730     TRUE 0.985 -16.000 0.346 NA Y NA
 877597 877598 PSPPH_0730 PSPPH_0731     TRUE 0.991 12.000 0.346 1.000 Y NA
 877598 877599 PSPPH_0731 PSPPH_0732   thiO TRUE 0.769 28.000 0.061 1.000 N NA
 877600 877601 PSPPH_0733 PSPPH_0734     TRUE 0.998 -3.000 0.857 NA N NA
 877601 877602 PSPPH_0734 PSPPH_0735     TRUE 0.754 103.000 0.500 1.000 N NA
 877602 877603 PSPPH_0735 PSPPH_0736   pilR FALSE 0.207 148.000 0.000 0.071 N NA
 877603 877604 PSPPH_0736 PSPPH_0737 pilR pilS TRUE 0.998 3.000 0.556 1.000 Y NA
 877604 877605 PSPPH_0737 PSPPH_0738 pilS   TRUE 0.956 -10.000 0.206 NA   NA
 877605 877606 PSPPH_0738 PSPPH_0739   comL FALSE 0.114 130.000 0.015 NA   NA
 877607 877608 PSPPH_0740 PSPPH_0741 sfhB   TRUE 0.983 -3.000 0.168 NA   NA
 877608 877609 PSPPH_0741 PSPPH_0742   clpB2 FALSE 0.233 172.000 0.108 NA   NA
 877609 877610 PSPPH_0742 PSPPH_0743 clpB2   FALSE 0.008 296.000 0.000 NA   NA
 877610 877611 PSPPH_0743 PSPPH_0744     FALSE 0.337 30.000 0.000 NA   NA
 877611 877612 PSPPH_0744 PSPPH_0745     TRUE 0.801 6.000 0.000 NA   NA
 877612 877613 PSPPH_0745 PSPPH_0746     FALSE 0.081 96.000 0.000 NA   NA
 877614 877615 PSPPH_0747 PSPPH_0748     TRUE 0.822 -24.000 0.000 0.086   NA
 877615 877616 PSPPH_0748 PSPPH_0749     FALSE 0.133 73.000 0.000 NA   NA
 877616 877617 PSPPH_0749 PSPPH_0750     FALSE 0.061 137.000 0.000 NA   NA
 877617 877618 PSPPH_0750 PSPPH_0751     FALSE 0.014 249.000 0.000 NA   NA
 877618 877619 PSPPH_0751 PSPPH_0752     FALSE 0.034 184.000 0.000 NA   NA
 877619 877620 PSPPH_0752 PSPPH_0753     FALSE 0.009 288.000 0.000 NA   NA
 877621 877622 PSPPH_0754 PSPPH_0755     FALSE 0.005 358.000 0.000 NA   NA
 877622 877623 PSPPH_0755 PSPPH_0756     FALSE 0.001 1300.000 0.000 1.000 N NA
 877623 877624 PSPPH_0756 PSPPH_0757     FALSE 0.008 333.000 0.000 1.000   NA
 877624 877625 PSPPH_0757 PSPPH_0758     TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000   NA
 877626 877627 PSPPH_0759 PSPPH_0760     FALSE 0.314 32.000 0.000 NA   NA
 877627 877628 PSPPH_0760 PSPPH_0761     FALSE 0.012 259.000 0.000 NA   NA
 877628 877629 PSPPH_0761 PSPPH_0762     FALSE 0.002 499.000 0.000 NA   NA
 877629 877630 PSPPH_0762 PSPPH_0763   hopAJ1 FALSE 0.017 239.000 0.000 NA   NA
 877630 1765902 PSPPH_0763 PSPPH_5225 hopAJ1 hopAT1 FALSE 0.001 811.000 0.000 NA   NA
 877631 877632 PSPPH_0764 PSPPH_0765 dksA1   FALSE 0.295 35.000 0.000 NA   NA
 877633 877634 PSPPH_0766 PSPPH_0767   hopG1 FALSE 0.003 440.000 0.000 NA   NA
 877634 877635 PSPPH_0767 PSPPH_0768 hopG1   FALSE 0.002 466.000 0.000 NA   NA
 877635 877636 PSPPH_0768 PSPPH_0769     FALSE 0.010 314.000 0.000 1.000 N NA
 877638 877639 PSPPH_0771 PSPPH_0772     FALSE 0.001 1247.000 0.000 NA   NA
 877639 877640 PSPPH_0772 PSPPH_0773     FALSE 0.002 580.000 0.000 NA   NA
 877640 877641 PSPPH_0773 PSPPH_0774     FALSE 0.056 144.000 0.000 NA   NA
 877641 877642 PSPPH_0774 PSPPH_0775     FALSE 0.135 72.000 0.000 NA   NA
 877647 877648 PSPPH_0780 PSPPH_0781     FALSE 0.301 46.000 0.000 1.000   NA
 877648 877649 PSPPH_0781 PSPPH_0782     FALSE 0.001 1039.000 0.000 1.000   NA
 877650 877651 PSPPH_0783 PSPPH_0784     FALSE 0.001 680.000 0.000 NA   NA
 877651 877652 PSPPH_0784 PSPPH_0785     FALSE 0.037 180.000 0.000 NA   NA
 877653 877654 PSPPH_0786 PSPPH_0787     FALSE 0.259 109.000 0.000 0.034   NA
 877654 877655 PSPPH_0787 PSPPH_0788     TRUE 0.957 -3.000 0.000 0.085   NA
 877656 877657 PSPPH_0789 PSPPH_0790     FALSE 0.005 356.000 0.000 NA   NA
 877660 877661 PSPPH_0793 PSPPH_0794     TRUE 0.992 27.000 1.000 1.000 Y NA
 877661 877662 PSPPH_0794 PSPPH_0795     TRUE 0.997 12.000 1.000 0.097 N NA
 877662 877663 PSPPH_0795 PSPPH_0796     TRUE 0.644 -25.000 0.000 1.000 N NA
 877663 877664 PSPPH_0796 PSPPH_0797     FALSE 0.003 400.000 0.000 NA   NA
 877665 877666 PSPPH_0798 PSPPH_0799     FALSE 0.037 179.000 0.000 NA   NA
 877666 877667 PSPPH_0799 PSPPH_0800   cheB1 FALSE 0.130 85.000 0.000 1.000   NA
 877667 877668 PSPPH_0800 PSPPH_0801 cheB1 cheD TRUE 0.970 -37.000 0.211 1.000 Y NA
 877668 877669 PSPPH_0801 PSPPH_0802 cheD cheR1 TRUE 0.996 -3.000 0.289 1.000 Y NA
 877669 877670 PSPPH_0802 PSPPH_0803 cheR1 cheW1 TRUE 0.989 10.000 0.182 1.000 Y NA
 877670 877671 PSPPH_0803 PSPPH_0804 cheW1   TRUE 0.979 51.000 0.600 0.017 Y NA
 877671 877672 PSPPH_0804 PSPPH_0805   cheA1 TRUE 0.952 31.000 0.136 0.017 Y NA
 877672 877673 PSPPH_0805 PSPPH_0806 cheA1   TRUE 0.499 47.000 0.035 NA   NA
 877673 877674 PSPPH_0806 PSPPH_0807   cheY1 FALSE 0.415 24.000 0.000 NA   NA
 877674 877675 PSPPH_0807 PSPPH_0808 cheY1   TRUE 0.975 10.000 0.041 1.000 Y NA
 877675 877676 PSPPH_0808 PSPPH_0809   ndh FALSE 0.004 483.000 0.000 1.000 N NA
 877676 877677 PSPPH_0809 PSPPH_0810 ndh   FALSE 0.029 218.000 0.000 1.000   NA
 877677 877678 PSPPH_0810 PSPPH_0811     TRUE 0.957 -3.000 0.039 1.000   NA
 877679 877680 PSPPH_0812 PSPPH_0813     FALSE 0.259 147.000 0.000 0.011 N NA
 877680 877681 PSPPH_0813 PSPPH_0814     TRUE 0.993 -7.000 0.426 0.011 N NA
 877681 877682 PSPPH_0814 PSPPH_0815     FALSE 0.022 249.000 0.000 1.000 N NA
 877683 877684 PSPPH_0816 PSPPH_0817   coaE TRUE 0.925 9.000 0.033 1.000   NA
 877684 877685 PSPPH_0817 PSPPH_0818 coaE pilD TRUE 0.981 -3.000 0.122 1.000 N NA
 877685 877686 PSPPH_0818 PSPPH_0819 pilD pilC TRUE 0.998 2.000 0.454 1.000 Y NA
 877686 877687 PSPPH_0819 PSPPH_0820 pilC pilB TRUE 0.998 3.000 0.362 0.017 Y NA
 877688 877689 PSPPH_0821 PSPPH_0822     FALSE 0.003 565.000 0.000 1.000 N NA
 877690 877691 PSPPH_0823 PSPPH_0824     FALSE 0.063 113.000 0.000 NA   NA
 877691 877692 PSPPH_0824 PSPPH_0825     FALSE 0.031 190.000 0.000 NA   NA
 877693 877694 PSPPH_0826 PSPPH_0827     FALSE 0.247 55.000 0.000 1.000   NA
 877694 877695 PSPPH_0827 PSPPH_0828     FALSE 0.199 67.000 0.000 1.000   NA
 877695 877696 PSPPH_0828 PSPPH_0829     TRUE 0.949 -7.000 0.126 NA   NA
 877696 877697 PSPPH_0829 PSPPH_0830     TRUE 0.978 -7.000 0.296 NA   NA
 877697 877698 PSPPH_0830 PSPPH_0831     TRUE 0.995 0.000 0.420 NA   NA
 877698 877699 PSPPH_0831 PSPPH_0832     FALSE 0.208 70.000 0.000 1.000 N NA
 877699 877700 PSPPH_0832 PSPPH_0833   terZ FALSE 0.318 48.000 0.000 1.000 N NA
 877700 877701 PSPPH_0833 PSPPH_0834 terZ terA TRUE 0.995 -3.000 0.270 0.004   NA
 877701 877702 PSPPH_0834 PSPPH_0835 terA terB TRUE 0.666 52.000 0.120 NA   NA
 877702 877703 PSPPH_0835 PSPPH_0836 terB terC TRUE 0.935 27.000 0.167 NA Y NA
 877703 877704 PSPPH_0836 PSPPH_0837 terC terD TRUE 0.899 28.000 0.222 1.000 N NA
 877704 877705 PSPPH_0837 PSPPH_0838 terD terE TRUE 0.939 38.000 0.103 0.004 Y NA
 877706 877707 PSPPH_0839 PSPPH_0840     FALSE 0.175 61.000 0.000 NA   NA
 877707 877708 PSPPH_0840 PSPPH_0841   nadC FALSE 0.003 400.000 0.000 NA   NA
 877709 877710 PSPPH_0842 PSPPH_0843   ampD FALSE 0.126 182.000 0.048 NA   NA
 877710 877711 PSPPH_0843 PSPPH_0844 ampD ampE TRUE 0.977 16.000 0.249 1.000 Y NA
 877712 877713 PSPPH_0845 PSPPH_0846   fruR TRUE 0.910 3.000 0.005 NA N NA
 877714 877715 PSPPH_0847 PSPPH_0848   fruK TRUE 0.993 0.000 0.101 1.000 Y NA
 877715 877716 PSPPH_0848 PSPPH_0849 fruK   TRUE 0.994 13.000 0.562 1.000 Y NA
 877717 877718 PSPPH_0850 PSPPH_0851 phbA1   FALSE 0.194 97.000 0.029 NA   NA
 877718 877719 PSPPH_0851 PSPPH_0852   pgi FALSE 0.063 212.000 0.029 NA   NA
 877719 877720 PSPPH_0852 PSPPH_0853 pgi panC FALSE 0.030 254.000 0.010 1.000 N NA
 877720 877721 PSPPH_0853 PSPPH_0854 panC panB TRUE 0.999 -3.000 0.395 0.001 Y NA
 877721 877722 PSPPH_0854 PSPPH_0855 panB folK2 FALSE 0.283 229.000 0.117 1.000 Y NA
 877722 877723 PSPPH_0855 PSPPH_0856 folK2 pcnB TRUE 0.975 -7.000 0.234 1.000 N NA
 877723 877724 PSPPH_0856 PSPPH_0857 pcnB   FALSE 0.002 629.000 0.000 1.000 N NA
 877724 877725 PSPPH_0857 PSPPH_0858     TRUE 0.963 23.000 0.453 1.000 N NA
 877725 877726 PSPPH_0858 PSPPH_0859     TRUE 0.974 -10.000 0.312 1.000   NA
 877726 877727 PSPPH_0859 PSPPH_0860     FALSE 0.258 99.000 0.042 1.000   NA
 877727 877728 PSPPH_0860 PSPPH_0861   dksA2 FALSE 0.018 769.000 0.231 1.000 N NA
 877729 877730 PSPPH_0862 PSPPH_0863   sfsA TRUE 0.961 0.000 0.038 NA   NA
 877733 877734 PSPPH_0866 PSPPH_0867     FALSE 0.095 87.000 0.000 NA   NA
 877735 877736 PSPPH_0868 PSPPH_0869     TRUE 0.785 -12.000 0.014 1.000   NA
 877736 877737 PSPPH_0869 PSPPH_0870     TRUE 0.939 0.000 0.018 NA   NA
 877739 877740 PSPPH_0872 PSPPH_0873 ilvB ilvN TRUE 0.999 3.000 0.371 0.001 Y NA
 877740 877741 PSPPH_0873 PSPPH_0874 ilvN ilvC TRUE 0.925 48.000 0.092 0.001 Y NA
 877741 877742 PSPPH_0874 PSPPH_0875 ilvC pssA1 FALSE 0.209 146.000 0.041 1.000 N NA
 877742 877743 PSPPH_0875 PSPPH_0876 pssA1   FALSE 0.349 70.000 0.029 1.000   NA
 877743 877744 PSPPH_0876 PSPPH_0877     TRUE 0.999 0.000 0.790 0.045   NA
 877744 877745 PSPPH_0877 PSPPH_0878   rrsB FALSE 0.002 514.000 0.000 NA   NA
 877745 877746 PSPPH_0878 PSPPH_0879 rrsB   FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 877746 877747 PSPPH_0879 PSPPH_0880     FALSE 0.325 31.000 0.000 NA   NA
 877747 877748 PSPPH_0880 PSPPH_0881   rrlB FALSE 0.016 240.000 0.000 NA   NA
 877748 877749 PSPPH_0881 PSPPH_0882 rrlB rrfB FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 877750 877751 PSPPH_0883 PSPPH_0884     FALSE 0.063 125.000 0.000 NA   NA
 877751 877752 PSPPH_0884 PSPPH_0885     TRUE 0.998 -3.000 0.950 NA   NA
 877752 877753 PSPPH_0885 PSPPH_0886     TRUE 0.994 -10.000 0.947 NA   NA
 877754 877755 PSPPH_0887 PSPPH_0888   rimI TRUE 0.860 -7.000 0.027 NA   NA
 877758 877759 PSPPH_0891 PSPPH_0892     FALSE 0.088 108.000 0.000 1.000   NA
 877759 877760 PSPPH_0892 PSPPH_0893     FALSE 0.159 66.000 0.000 NA   NA
 877760 877761 PSPPH_0893 PSPPH_0894     FALSE 0.045 164.000 0.000 NA   NA
 877761 877762 PSPPH_0894 PSPPH_0895     FALSE 0.325 31.000 0.000 NA   NA
 877762 877763 PSPPH_0895 PSPPH_0896     FALSE 0.063 112.000 0.000 NA   NA
 877764 877765 PSPPH_0897 PSPPH_0898     FALSE 0.066 109.000 0.000 NA   NA
 877765 877766 PSPPH_0898 PSPPH_0899     TRUE 0.563 15.000 0.000 NA   NA
 877766 877767 PSPPH_0899 PSPPH_0900     FALSE 0.008 346.000 0.000 1.000 N NA
 877768 877769 PSPPH_0901 PSPPH_0902     FALSE 0.093 88.000 0.000 NA   NA
 877771 877772 PSPPH_0904 PSPPH_0905     FALSE 0.133 84.000 0.000 1.000   NA
 877773 877774 PSPPH_0906 PSPPH_0907     FALSE 0.040 175.000 0.000 NA   NA
 877774 877775 PSPPH_0907 PSPPH_0908     FALSE 0.389 26.000 0.000 NA   NA
 877776 877777 PSPPH_0909 PSPPH_0910   phoD FALSE 0.076 155.000 0.000 1.000 N NA
 877777 877778 PSPPH_0910 PSPPH_0911 phoD   TRUE 0.898 -3.000 0.000 1.000 N NA
 877779 877780 PSPPH_0912 PSPPH_0913   tonB2 TRUE 0.996 3.000 0.500 1.000 N NA
 877780 877781 PSPPH_0913 PSPPH_0914 tonB2   TRUE 0.757 153.000 0.667 1.000 N NA
 877781 877782 PSPPH_0914 PSPPH_0915     TRUE 0.960 26.000 0.333 0.096 N NA
 877782 877783 PSPPH_0915 PSPPH_0916     TRUE 0.484 63.000 0.044 1.000 N NA
 877783 877784 PSPPH_0916 PSPPH_0917     FALSE 0.111 102.000 0.000 1.000 N NA
 877784 877785 PSPPH_0917 PSPPH_0918     FALSE 0.132 91.000 0.000 1.000 N NA
 877785 877786 PSPPH_0918 PSPPH_0919     FALSE 0.064 171.000 0.000 1.000 N NA
 877787 877788 PSPPH_0920 PSPPH_0921     FALSE 0.007 304.000 0.000 NA   NA
 877788 877789 PSPPH_0921 PSPPH_0922     TRUE 0.994 -3.000 0.412 NA   NA
 877790 877791 PSPPH_0923 PSPPH_0924     TRUE 0.998 4.000 0.902 1.000   NA
 877791 877792 PSPPH_0924 PSPPH_0925   aroA FALSE 0.104 97.000 0.000 1.000   NA
 877793 877794 PSPPH_0926 PSPPH_0927 chrR   TRUE 0.998 0.000 0.898 NA N NA
 877794 877795 PSPPH_0927 PSPPH_0928     FALSE 0.002 514.000 0.000 NA   NA
 877795 877796 PSPPH_0928 PSPPH_0929     FALSE 0.034 184.000 0.000 NA   NA
 877796 877797 PSPPH_0929 PSPPH_0930     FALSE 0.063 127.000 0.000 NA   NA
 877797 877798 PSPPH_0930 PSPPH_0931     TRUE 0.532 16.000 0.000 NA   NA
 877798 877799 PSPPH_0931 PSPPH_0932     TRUE 0.856 -25.000 0.067 NA   NA
 877799 877800 PSPPH_0932 PSPPH_0933   dctM TRUE 0.483 84.000 0.133 NA   NA
 877800 877801 PSPPH_0933 PSPPH_0934 dctM   TRUE 0.999 1.000 0.905 NA Y NA
 877801 877802 PSPPH_0934 PSPPH_0935   dctP TRUE 0.973 63.000 0.947 NA Y NA
 877802 877803 PSPPH_0935 PSPPH_0936 dctP   TRUE 0.920 57.000 0.350 NA Y NA
 877803 877804 PSPPH_0936 PSPPH_0937     TRUE 0.937 57.000 0.450 NA Y NA
 877804 877805 PSPPH_0937 PSPPH_0938     FALSE 0.285 192.000 0.200 1.000   NA
 877810 877811 PSPPH_0943 PSPPH_0944     TRUE 0.920 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 877811 877812 PSPPH_0944 PSPPH_0945     FALSE 0.013 275.000 0.000 NA N NA
 877813 877814 PSPPH_0946 PSPPH_0947     FALSE 0.003 423.000 0.000 NA   NA
 877814 877815 PSPPH_0947 PSPPH_0948     FALSE 0.004 390.000 0.000 NA   NA
 877815 877816 PSPPH_0948 PSPPH_0949     FALSE 0.062 118.000 0.000 NA   NA
 877818 877819 PSPPH_0951 PSPPH_0952     FALSE 0.304 116.000 0.000 1.000 Y NA
 877819 877820 PSPPH_0952 PSPPH_0953   gmd TRUE 0.998 0.000 0.222 0.002 Y NA
 877821 877822 PSPPH_0954 PSPPH_0955     TRUE 0.997 -3.000 0.450 1.000 Y NA
 877822 877823 PSPPH_0955 PSPPH_0956     TRUE 0.983 -3.000 0.158 1.000   NA
 877823 877824 PSPPH_0956 PSPPH_0957     TRUE 0.994 0.000 0.333 1.000   NA
 877824 877825 PSPPH_0957 PSPPH_0958     FALSE 0.063 279.000 0.000 1.000 Y NA
 877825 877826 PSPPH_0958 PSPPH_0959     TRUE 0.992 -3.000 0.031 0.005 Y NA
 877826 877827 PSPPH_0959 PSPPH_0960     TRUE 0.846 27.000 0.027 NA Y NA
 877827 877828 PSPPH_0960 PSPPH_0961     TRUE 0.958 10.000 0.008 NA Y NA
 877828 877829 PSPPH_0961 PSPPH_0962     TRUE 0.673 -19.000 0.008 NA   NA
 877829 877830 PSPPH_0962 PSPPH_0963     TRUE 0.765 31.000 0.100 NA   NA
 877830 877831 PSPPH_0963 PSPPH_0964     FALSE 0.023 212.000 0.000 NA   NA
 877834 877835 PSPPH_0967 PSPPH_0968 rfbA rfbD TRUE 0.995 9.000 0.168 0.002 Y NA
 877835 877836 PSPPH_0968 PSPPH_0969 rfbD rfbB2 TRUE 0.996 -3.000 0.318 1.000 Y NA
 877836 877837 PSPPH_0969 PSPPH_0970 rfbB2   FALSE 0.090 106.000 0.000 1.000   NA
 877837 877838 PSPPH_0970 PSPPH_0971     FALSE 0.063 128.000 0.000 NA   NA
 877838 877839 PSPPH_0971 PSPPH_0972     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 877839 877840 PSPPH_0972 PSPPH_0973     FALSE 0.029 195.000 0.000 NA   NA
 877840 877841 PSPPH_0973 PSPPH_0974     FALSE 0.015 242.000 0.000 NA   NA
 877841 877842 PSPPH_0974 PSPPH_0975     FALSE 0.377 27.000 0.000 NA   NA
 877842 877843 PSPPH_0975 PSPPH_0976     TRUE 0.989 -3.000 0.250 NA   NA
 877843 877844 PSPPH_0976 PSPPH_0977     FALSE 0.150 68.000 0.000 NA   NA
 877844 877845 PSPPH_0977 PSPPH_0978     TRUE 0.597 198.000 0.667 NA   NA
 877845 877846 PSPPH_0978 PSPPH_0979     FALSE 0.466 162.000 0.286 NA   NA
 877847 877848 PSPPH_0980 PSPPH_0981     TRUE 0.995 14.000 0.765 0.010   NA
 877848 877849 PSPPH_0981 PSPPH_0982     TRUE 0.998 3.000 0.286 0.010 Y NA
 877851 877852 PSPPH_0984 PSPPH_0985     FALSE 0.012 260.000 0.000 NA   NA
 877852 877853 PSPPH_0985 PSPPH_0986     FALSE 0.001 733.000 0.000 NA   NA
 877853 877854 PSPPH_0986 PSPPH_0987     TRUE 0.939 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 877855 877856 PSPPH_0988 PSPPH_0989 ychF pth TRUE 0.957 22.000 0.184 1.000 Y NA
 877856 877857 PSPPH_0989 PSPPH_0990 pth   TRUE 0.864 165.000 0.496 0.018 Y NA
 877857 877858 PSPPH_0990 PSPPH_0991   prsA FALSE 0.380 125.000 0.122 1.000 N NA
 877858 877859 PSPPH_0991 PSPPH_0992 prsA   FALSE 0.242 46.000 0.000 NA   NA
 877859 877860 PSPPH_0992 PSPPH_0993   ispE FALSE 0.281 38.000 0.000 NA   NA
 877860 877861 PSPPH_0993 PSPPH_0994 ispE lolB TRUE 0.975 3.000 0.072 1.000 N NA
 877861 877862 PSPPH_0994 PSPPH_0995 lolB   TRUE 0.967 5.000 0.072 1.000 N NA
 877863 877864 PSPPH_0996 PSPPH_0997 hemA prfA TRUE 0.992 -3.000 0.171 0.036 N NA
 877864 877865 PSPPH_0997 PSPPH_0998 prfA hemK TRUE 0.996 1.000 0.229 1.000 Y NA
 877865 877866 PSPPH_0998 PSPPH_0999 hemK   TRUE 0.954 -15.000 0.068 0.010 N NA
 877866 877867 PSPPH_0999 PSPPH_1000   murI TRUE 0.855 -7.000 0.013 1.000 N NA
 877867 877868 PSPPH_1000 PSPPH_1001 murI   FALSE 0.110 119.000 0.005 1.000   NA
 877868 877869 PSPPH_1001 PSPPH_1002     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 877870 877871 PSPPH_1003 PSPPH_1004     FALSE 0.090 90.000 0.000 NA   NA
 877871 877872 PSPPH_1004 PSPPH_1005   cfa1 TRUE 0.977 -40.000 0.588 NA   NA
 877872 877873 PSPPH_1005 PSPPH_1006 cfa1   TRUE 0.967 -13.000 0.311 NA   NA
 877873 877874 PSPPH_1006 PSPPH_1007     TRUE 0.997 -3.000 0.722 NA   NA
 877874 877875 PSPPH_1007 PSPPH_1008     TRUE 0.993 -3.000 0.217 0.045   NA
 877875 877876 PSPPH_1008 PSPPH_1009     TRUE 0.995 -3.000 0.533 NA   NA
 877876 877877 PSPPH_1009 PSPPH_1010   phrB TRUE 0.904 -7.000 0.048 NA   NA
 877877 877878 PSPPH_1010 PSPPH_1011 phrB   TRUE 0.898 10.000 0.017 1.000 N NA
 877878 877879 PSPPH_1011 PSPPH_1012     TRUE 0.968 4.000 0.083 NA   NA
 877879 877880 PSPPH_1012 PSPPH_1013     FALSE 0.076 234.000 0.055 NA   NA
 877880 877881 PSPPH_1013 PSPPH_1014     TRUE 0.964 -3.000 0.060 NA   NA
 877882 877883 PSPPH_1015 PSPPH_1016   hemH TRUE 0.664 23.000 0.020 1.000   NA
 877884 877885 PSPPH_1017 PSPPH_1018 uraA upp TRUE 0.988 5.000 0.101 1.000 Y NA
 877886 877887 PSPPH_1019 PSPPH_1020 hpt   FALSE 0.278 67.000 0.018 NA   NA
 877887 877888 PSPPH_1020 PSPPH_1021     TRUE 0.749 67.000 0.261 NA   NA
 877889 877890 PSPPH_1022 PSPPH_1023     TRUE 0.998 -3.000 0.394 0.081 Y NA
 877892 877893 PSPPH_1025 PSPPH_1026 mqo1   FALSE 0.003 722.000 0.020 NA   NA
 877894 877895 PSPPH_1027 PSPPH_1028     FALSE 0.090 90.000 0.000 NA   NA
 877895 877896 PSPPH_1028 PSPPH_1029     TRUE 0.977 -3.000 0.120 NA   NA
 877897 877898 PSPPH_1030 PSPPH_1031     FALSE 0.017 236.000 0.000 NA   NA
 877899 877900 PSPPH_1032 PSPPH_1033     TRUE 0.994 0.000 0.364 NA   NA
 877900 877901 PSPPH_1033 PSPPH_1034     TRUE 0.913 30.000 0.320 NA   NA
 877901 877902 PSPPH_1034 PSPPH_1035     FALSE 0.067 183.000 0.017 NA   NA
 877903 877904 PSPPH_1036 PSPPH_1037   rsmC FALSE 0.014 247.000 0.000 NA   NA
 877905 877906 PSPPH_1038 PSPPH_1039   alkK FALSE 0.276 169.000 0.114 1.000 N NA
 877906 877907 PSPPH_1039 PSPPH_1040 alkK   FALSE 0.007 312.000 0.000 NA   NA
 877907 877908 PSPPH_1040 PSPPH_1041     TRUE 0.959 50.000 0.889 NA   NA
 877908 877909 PSPPH_1041 PSPPH_1042     FALSE 0.024 210.000 0.000 NA   NA
 877910 877911 PSPPH_1043 PSPPH_1044   hpaC FALSE 0.012 286.000 0.000 1.000   NA
 877911 877912 PSPPH_1044 PSPPH_1045 hpaC   TRUE 0.906 14.000 0.077 1.000   NA
 877912 877913 PSPPH_1045 PSPPH_1046     TRUE 0.888 45.000 0.365 NA   NA
 877913 877914 PSPPH_1046 PSPPH_1047     TRUE 0.988 11.000 0.442 NA N NA
 877914 877915 PSPPH_1047 PSPPH_1048     TRUE 0.997 0.000 0.621 1.000 N NA
 877916 877917 PSPPH_1049 PSPPH_1050     FALSE 0.028 222.000 0.000 1.000   NA
 877917 877918 PSPPH_1050 PSPPH_1051     TRUE 0.995 -3.000 0.500 1.000   NA
 877918 877919 PSPPH_1051 PSPPH_1052     TRUE 0.989 -7.000 0.500 1.000   NA
 877919 877920 PSPPH_1052 PSPPH_1053     TRUE 0.998 0.000 0.600 0.081   NA
 877920 877921 PSPPH_1053 PSPPH_1054     FALSE 0.083 114.000 0.000 1.000   NA
 877922 877923 PSPPH_1055 PSPPH_1056   pta TRUE 0.792 64.000 0.170 0.072   NA
 877923 877924 PSPPH_1056 PSPPH_1057 pta   FALSE 0.464 78.000 0.094 NA   NA
 877925 877926 PSPPH_1058 PSPPH_1059     FALSE 0.432 133.000 0.036 1.000 Y NA
 877926 877927 PSPPH_1059 PSPPH_1060     FALSE 0.106 181.000 0.024 1.000 N NA
 877929 877930 PSPPH_1062 PSPPH_1063     FALSE 0.001 878.000 0.000 NA   NA
 877930 877931 PSPPH_1063 PSPPH_1064     TRUE 0.725 11.000 0.000 NA   NA
 877932 877933 PSPPH_1065 PSPPH_1066   cysZ FALSE 0.035 183.000 0.000 NA   NA
 877935 877936 PSPPH_1068 PSPPH_1069 hopJ1   TRUE 0.940 -7.000 0.097 NA   NA
 877936 877937 PSPPH_1069 PSPPH_1070   folB2 TRUE 0.618 44.000 0.061 NA   NA
 877937 877938 PSPPH_1070 PSPPH_1071 folB2 folE1 TRUE 0.987 0.000 0.030 1.000 Y NA
 877938 877939 PSPPH_1071 PSPPH_1072 folE1   TRUE 0.864 22.000 0.100 1.000 N NA
 877939 877940 PSPPH_1072 PSPPH_1073     FALSE 0.121 234.000 0.120 NA   NA
 877940 877941 PSPPH_1073 PSPPH_1074     FALSE 0.198 152.000 0.056 NA   NA
 877942 877943 PSPPH_1075 PSPPH_1076     FALSE 0.256 112.000 0.000 0.045 N NA
 877943 877944 PSPPH_1076 PSPPH_1077     FALSE 0.021 224.000 0.000 NA   NA
 877945 877946 PSPPH_1078 PSPPH_1079     FALSE 0.107 82.000 0.000 NA   NA
 877946 877947 PSPPH_1079 PSPPH_1080     TRUE 0.838 32.000 0.188 NA   NA
 877947 877948 PSPPH_1080 PSPPH_1081   nfrB TRUE 0.989 -3.000 0.227 1.000 N NA
 877948 877949 PSPPH_1081 PSPPH_1082 nfrB   TRUE 0.943 13.000 0.159 NA   NA
 877949 877950 PSPPH_1082 PSPPH_1083     FALSE 0.326 239.000 0.429 NA   NA
 877950 877951 PSPPH_1083 PSPPH_1084     FALSE 0.001 698.000 0.000 NA   NA
 877954 877955 PSPPH_1087 PSPPH_1088     FALSE 0.066 108.000 0.000 NA   NA
 877956 877957 PSPPH_1089 PSPPH_1090     FALSE 0.001 929.000 0.000 NA   NA
 877957 877958 PSPPH_1090 PSPPH_1091     FALSE 0.081 275.000 0.133 NA   NA
 877958 877959 PSPPH_1091 PSPPH_1092     FALSE 0.120 483.000 0.400 NA Y NA
 877959 877960 PSPPH_1092 PSPPH_1093     TRUE 0.997 -3.000 0.714 NA N NA
 877961 877962 PSPPH_1094 PSPPH_1095     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 877962 877963 PSPPH_1095 PSPPH_1096     TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 877966 877967 PSPPH_1099 PSPPH_1100     TRUE 0.770 88.000 0.429 1.000 N NA
 877968 877969 PSPPH_1101 PSPPH_1102     TRUE 0.997 -3.000 0.714 NA   NA
 877969 877970 PSPPH_1102 PSPPH_1103     TRUE 0.950 -10.000 0.182 NA   NA
 877970 877971 PSPPH_1103 PSPPH_1104     TRUE 0.991 -3.000 0.318 NA   NA
 877972 877973 PSPPH_1105 PSPPH_1106     TRUE 0.979 18.000 0.636 NA   NA
 877973 877974 PSPPH_1106 PSPPH_1107   algA FALSE 0.010 765.000 0.150 NA   NA
 877974 877975 PSPPH_1107 PSPPH_1108 algA algF TRUE 0.637 119.000 0.400 NA   NA
 877975 877976 PSPPH_1108 PSPPH_1109 algF algJ TRUE 0.993 13.000 0.889 NA   NA
 877976 877977 PSPPH_1109 PSPPH_1110 algJ algI TRUE 0.995 11.000 0.889 NA   NA
 877977 877978 PSPPH_1110 PSPPH_1111 algI algL TRUE 0.482 190.000 0.438 NA   NA
 877978 877979 PSPPH_1111 PSPPH_1112 algL algX TRUE 0.993 9.000 0.562 NA   NA
 877979 877980 PSPPH_1112 PSPPH_1113 algX algG TRUE 0.978 15.000 0.500 NA   NA
 877980 877981 PSPPH_1113 PSPPH_1114 algG algE TRUE 0.966 27.000 0.625 NA   NA
 877981 877982 PSPPH_1114 PSPPH_1115 algE algK TRUE 0.980 -3.000 0.143 NA   NA
 877982 877983 PSPPH_1115 PSPPH_1116 algK   TRUE 0.981 3.000 0.143 NA   NA
 877983 877984 PSPPH_1116 PSPPH_1117     TRUE 0.926 41.000 0.500 NA   NA
 877984 877985 PSPPH_1117 PSPPH_1118   algD TRUE 0.789 101.000 0.625 NA   NA
 877985 877986 PSPPH_1118 PSPPH_1119 algD   FALSE 0.001 813.000 0.000 NA   NA
 877987 877988 PSPPH_1120 PSPPH_1121     FALSE 0.013 295.000 0.000 1.000 N NA
 877988 877989 PSPPH_1121 PSPPH_1122   moaC FALSE 0.011 359.000 0.013 1.000 N NA
 877989 877990 PSPPH_1122 PSPPH_1123 moaC moaD TRUE 0.997 -3.000 0.175 0.002 Y NA
 877990 877991 PSPPH_1123 PSPPH_1124 moaD moaE TRUE 0.999 3.000 0.501 0.002 Y NA
 877991 877992 PSPPH_1124 PSPPH_1125 moaE   FALSE 0.031 227.000 0.000 1.000 N NA
 877992 877993 PSPPH_1125 PSPPH_1126     TRUE 0.974 22.000 0.625 NA   NA
 877993 877994 PSPPH_1126 PSPPH_1127     TRUE 0.997 -3.000 0.740 NA   NA
 877995 877996 PSPPH_1128 PSPPH_1129 rhlB   FALSE 0.187 123.000 0.031 1.000   NA
 877997 877998 PSPPH_1130 PSPPH_1131     TRUE 0.955 71.000 0.548 0.080 Y NA
 877998 877999 PSPPH_1131 PSPPH_1132     TRUE 0.999 11.000 0.815 0.013 Y NA
 877999 878000 PSPPH_1132 PSPPH_1133     TRUE 0.997 11.000 0.734 1.000 Y NA
 878000 878001 PSPPH_1133 PSPPH_1134     FALSE 0.068 166.000 0.000 1.000 N NA
 878003 878004 PSPPH_1136 PSPPH_1137     FALSE 0.093 88.000 0.000 NA   NA
 878004 878005 PSPPH_1137 PSPPH_1138     TRUE 0.857 -7.000 0.026 NA   NA
 878005 878006 PSPPH_1138 PSPPH_1139     FALSE 0.231 104.000 0.041 NA N NA
 878006 878007 PSPPH_1139 PSPPH_1140     FALSE 0.075 113.000 0.000 NA N NA
 878007 878008 PSPPH_1140 PSPPH_1141     TRUE 0.939 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 878009 878010 PSPPH_1142 PSPPH_1143     FALSE 0.001 1214.000 0.000 NA   NA
 878010 878011 PSPPH_1143 PSPPH_1144     FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 878013 878014 PSPPH_1146 PSPPH_1147     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878014 878015 PSPPH_1147 PSPPH_1148     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878015 878016 PSPPH_1148 PSPPH_1149     FALSE 0.415 24.000 0.000 NA   NA
 878016 878017 PSPPH_1149 PSPPH_1150     FALSE 0.199 54.000 0.000 NA   NA
 878019 878020 PSPPH_1152 PSPPH_1153   valS FALSE 0.161 87.000 0.003 1.000   NA
 878022 878023 PSPPH_1155 PSPPH_1156   holC TRUE 0.921 8.000 0.034 NA   NA
 878023 878024 PSPPH_1156 PSPPH_1157 holC pepA TRUE 0.896 58.000 0.494 1.000 N NA
 878025 878026 PSPPH_1158 PSPPH_1159     TRUE 0.992 -13.000 0.631 0.068   NA
 878027 878028 PSPPH_1160 PSPPH_1161   gcvT2 FALSE 0.005 413.000 0.000 1.000 N NA
 878028 878029 PSPPH_1161 PSPPH_1162 gcvT2 gcvP TRUE 0.716 92.000 0.032 0.001 Y NA
 878029 878030 PSPPH_1162 PSPPH_1163 gcvP gcvH2 TRUE 0.990 11.000 0.249 1.000 Y NA
 878030 878031 PSPPH_1163 PSPPH_1164 gcvH2   FALSE 0.063 113.000 0.000 NA   NA
 878031 878032 PSPPH_1164 PSPPH_1165     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 878032 878033 PSPPH_1165 PSPPH_1166     FALSE 0.013 282.000 0.000 1.000   NA
 878033 878034 PSPPH_1166 PSPPH_1167     TRUE 0.998 10.000 0.667 0.023 Y NA
 878034 878035 PSPPH_1167 PSPPH_1168     TRUE 0.996 -15.000 0.667 0.028 Y NA
 878035 878036 PSPPH_1168 PSPPH_1169     FALSE 0.063 172.000 0.000 1.000 N NA
 878036 878037 PSPPH_1169 PSPPH_1170     FALSE 0.016 666.000 0.200 NA   NA
 878037 878038 PSPPH_1170 PSPPH_1171     FALSE 0.077 99.000 0.000 NA   NA
 878038 878039 PSPPH_1171 PSPPH_1172     TRUE 0.979 -3.000 0.132 NA   NA
 878039 878040 PSPPH_1172 PSPPH_1173     TRUE 0.497 118.000 0.074 NA Y NA
 878040 878041 PSPPH_1173 PSPPH_1174     TRUE 0.564 122.000 0.122 NA Y NA
 878041 878042 PSPPH_1174 PSPPH_1175     TRUE 0.956 60.000 1.000 NA N NA
 878042 878043 PSPPH_1175 PSPPH_1176   gap1 FALSE 0.304 84.000 0.033 1.000 N NA
 878044 878045 PSPPH_1177 PSPPH_1178 edd glk TRUE 0.984 -3.000 0.033 1.000 Y NA
 878045 878046 PSPPH_1178 PSPPH_1179 glk gltR TRUE 0.882 51.000 0.364 1.000 N NA
 878046 878047 PSPPH_1179 PSPPH_1180 gltR   TRUE 0.999 8.000 0.909 1.000 Y NA
 878047 878048 PSPPH_1180 PSPPH_1181     TRUE 0.549 170.000 0.367 1.000 N NA
 878048 878049 PSPPH_1181 PSPPH_1182     TRUE 0.866 105.000 0.367 0.080 Y NA
 878049 878050 PSPPH_1182 PSPPH_1183     TRUE 0.998 -7.000 0.816 0.080 Y NA
 878050 878051 PSPPH_1183 PSPPH_1184   gltK TRUE 0.999 3.000 0.723 0.080 Y NA
 878051 878052 PSPPH_1184 PSPPH_1185 gltK oprB TRUE 0.530 127.000 0.135 0.080 N NA
 878052 878053 PSPPH_1185 PSPPH_1186 oprB   FALSE 0.172 110.000 0.021 1.000 N NA
 878055 878056 PSPPH_1188 PSPPH_1189 zwf1 pgl TRUE 0.974 -13.000 0.163 1.000 Y NA
 878056 878057 PSPPH_1189 PSPPH_1190 pgl eda1 TRUE 0.936 18.000 0.064 1.000 Y NA
 878060 878061 PSPPH_1193 PSPPH_1194     FALSE 0.140 209.000 0.000 1.000 Y NA
 878061 878062 PSPPH_1194 PSPPH_1195     TRUE 0.998 -10.000 0.793 0.002 Y NA
 878062 878063 PSPPH_1195 PSPPH_1196     TRUE 0.978 11.000 0.240 1.000 N NA
 878063 878064 PSPPH_1196 PSPPH_1197     TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000 N NA
 878065 878066 PSPPH_1198 PSPPH_1199     FALSE 0.007 308.000 0.000 NA   NA
 878066 878067 PSPPH_1199 PSPPH_1200     TRUE 0.976 64.000 1.000 1.000 Y NA
 878067 878068 PSPPH_1200 PSPPH_1201     TRUE 0.921 119.000 0.875 1.000 Y NA
 878068 878069 PSPPH_1201 PSPPH_1202     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878069 878070 PSPPH_1202 PSPPH_1203     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 878070 878071 PSPPH_1203 PSPPH_1204     FALSE 0.285 37.000 0.000 NA   NA
 878072 878073 PSPPH_1205 PSPPH_1206     TRUE 0.803 66.000 0.333 NA   NA
 878073 878074 PSPPH_1206 PSPPH_1207     TRUE 0.877 66.000 0.500 1.000   NA
 878074 878075 PSPPH_1207 PSPPH_1208     FALSE 0.004 367.000 0.000 NA   NA
 878076 878077 PSPPH_1209 PSPPH_1210 dsbB cyoA FALSE 0.013 465.000 0.000 0.044 N NA
 878077 878078 PSPPH_1210 PSPPH_1211 cyoA cyoB TRUE 0.997 4.000 0.200 0.006 Y NA
 878078 878079 PSPPH_1211 PSPPH_1212 cyoB cyoC TRUE 0.997 4.000 0.258 0.044 Y NA
 878079 878080 PSPPH_1212 PSPPH_1213 cyoC cyoD TRUE 0.998 0.000 0.273 0.044 Y NA
 878080 878081 PSPPH_1213 PSPPH_1214 cyoD cyoE TRUE 0.968 11.000 0.064 0.068 N NA
 878081 878082 PSPPH_1214 PSPPH_1215 cyoE   TRUE 0.725 11.000 0.000 NA   NA
 878082 878083 PSPPH_1215 PSPPH_1216     FALSE 0.062 116.000 0.000 NA   NA
 878083 878084 PSPPH_1216 PSPPH_1217     TRUE 0.637 13.000 0.000 NA   NA
 878084 878085 PSPPH_1217 PSPPH_1218   ilvE FALSE 0.295 35.000 0.000 NA   NA
 878086 878087 PSPPH_1219 PSPPH_1220     TRUE 0.532 16.000 0.000 NA   NA
 878087 878088 PSPPH_1220 PSPPH_1221     FALSE 0.306 121.000 0.000 1.000 Y NA
 878089 878090 PSPPH_1222 PSPPH_1223     FALSE 0.471 64.000 0.042 1.000 N NA
 878090 878091 PSPPH_1223 PSPPH_1224   sodC FALSE 0.027 235.000 0.000 1.000 N NA
 878093 878094 PSPPH_1226 PSPPH_1227     FALSE 0.056 145.000 0.000 NA   NA
 878094 878095 PSPPH_1227 PSPPH_1228     FALSE 0.077 99.000 0.000 NA   NA
 878098 878099 PSPPH_1231 PSPPH_1232     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878099 878100 PSPPH_1232 PSPPH_1233     FALSE 0.005 350.000 0.000 NA   NA
 878100 878101 PSPPH_1233 PSPPH_1234     TRUE 0.980 -3.000 0.150 NA   NA
 878101 878102 PSPPH_1234 PSPPH_1235     TRUE 0.979 0.000 0.095 NA   NA
 878102 878103 PSPPH_1235 PSPPH_1236     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878103 878104 PSPPH_1236 PSPPH_1237     TRUE 0.855 3.000 0.000 NA   NA
 878104 878105 PSPPH_1237 PSPPH_1238     FALSE 0.472 -85.000 0.000 NA   NA
 878105 878106 PSPPH_1238 PSPPH_1239     FALSE 0.377 27.000 0.000 NA   NA
 878106 878107 PSPPH_1239 PSPPH_1240     TRUE 0.997 -7.000 0.966 0.079   NA
 878107 878108 PSPPH_1240 PSPPH_1241     TRUE 0.761 10.000 0.000 NA   NA
 878108 878109 PSPPH_1241 PSPPH_1242     TRUE 0.532 16.000 0.000 NA   NA
 878109 878110 PSPPH_1242 PSPPH_1243     FALSE 0.017 238.000 0.000 NA   NA
 878110 878111 PSPPH_1243 PSPPH_1244     FALSE 0.077 99.000 0.000 NA   NA
 878114 878115 PSPPH_1247 PSPPH_1248 hmp   FALSE 0.091 89.000 0.000 NA   NA
 878115 878116 PSPPH_1248 PSPPH_1249     FALSE 0.063 129.000 0.000 NA   NA
 878117 878118 PSPPH_1250 PSPPH_1251     FALSE 0.184 58.000 0.000 NA   NA
 878118 878119 PSPPH_1251 PSPPH_1252     FALSE 0.026 205.000 0.000 NA   NA
 878119 878120 PSPPH_1252 PSPPH_1253     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878120 878121 PSPPH_1253 PSPPH_1254     FALSE 0.263 41.000 0.000 NA   NA
 878121 878122 PSPPH_1254 PSPPH_1255     TRUE 0.571 49.000 0.000 0.070 N NA
 878122 878123 PSPPH_1255 PSPPH_1256     TRUE 0.999 -3.000 0.812 0.001 Y NA
 878123 878124 PSPPH_1256 PSPPH_1257     TRUE 0.963 19.000 0.188 1.000 Y NA
 878124 878125 PSPPH_1257 PSPPH_1258     TRUE 0.988 5.000 0.264 1.000 N NA
 878126 878127 PSPPH_1259 PSPPH_1260     FALSE 0.087 109.000 0.000 1.000   NA
 878127 878128 PSPPH_1260 PSPPH_1261     FALSE 0.004 423.000 0.000 1.000   NA
 878132 878133 PSPPH_1265 PSPPH_1266 shcM hopM TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878133 878134 PSPPH_1266 PSPPH_1267 hopM avrF FALSE 0.118 78.000 0.000 NA   NA
 878136 878137 PSPPH_1269 PSPPH_1270   hrpR FALSE 0.001 1082.000 0.000 NA   NA
 878137 878138 PSPPH_1270 PSPPH_1271 hrpR hrpS TRUE 0.812 51.000 0.000 0.005 Y NA
 878138 878139 PSPPH_1271 PSPPH_1272 hrpS hrpA1 FALSE 0.087 92.000 0.000 NA   NA
 878139 878140 PSPPH_1272 PSPPH_1273 hrpA1 hrpZ1 TRUE 0.868 54.000 0.400 NA   NA
 878140 878141 PSPPH_1273 PSPPH_1274 hrpZ1 hrpB TRUE 0.761 28.000 0.074 NA   NA
 878141 878142 PSPPH_1274 PSPPH_1275 hrpB hrcJ TRUE 0.990 9.000 0.222 0.013   NA
 878142 878143 PSPPH_1275 PSPPH_1276 hrcJ hrpD TRUE 0.997 0.000 0.600 NA   NA
 878143 878144 PSPPH_1276 PSPPH_1277 hrpD hrpE TRUE 0.928 36.000 0.462 NA   NA
 878144 878145 PSPPH_1277 PSPPH_1278 hrpE hrpF TRUE 0.744 84.000 0.385 NA   NA
 878145 878146 PSPPH_1278 PSPPH_1279 hrpF hrpG TRUE 0.963 -22.000 0.333 NA   NA
 878146 878147 PSPPH_1279 PSPPH_1280 hrpG hrcC TRUE 0.990 2.000 0.250 NA   NA
 878147 5451262 PSPPH_1280 PSPPH_5227 hrcC hrpT TRUE 0.993 -3.000 0.375 NA   NA
 5451262 878148 PSPPH_5227 PSPPH_1281 hrpT hrpV TRUE 0.998 3.000 1.000 NA   NA
 878149 878150 PSPPH_1282 PSPPH_1283 hrcU hrcT TRUE 0.999 -3.000 0.875 0.067 Y NA
 878150 878151 PSPPH_1283 PSPPH_1284 hrcT hrcS TRUE 0.998 1.000 0.273 0.067 Y NA
 878151 878152 PSPPH_1284 PSPPH_1285 hrcS hrcR TRUE 0.997 8.000 0.318 0.013 Y NA
 878152 878153 PSPPH_1285 PSPPH_1286 hrcR hrcQb TRUE 0.995 3.000 0.231 1.000 Y NA
 878153 878154 PSPPH_1286 PSPPH_1287 hrcQb hrcQa TRUE 0.942 -10.000 0.154 NA   NA
 878154 878155 PSPPH_1287 PSPPH_1288 hrcQa hrpP TRUE 0.993 -3.000 0.400 NA   NA
 878155 878156 PSPPH_1288 PSPPH_1289 hrpP hrpO TRUE 0.997 7.000 1.000 NA   NA
 878156 878157 PSPPH_1289 PSPPH_1290 hrpO hrcN TRUE 0.989 3.000 0.250 NA   NA
 878157 878158 PSPPH_1290 PSPPH_1291 hrcN hrpQ TRUE 0.969 -3.000 0.073 NA   NA
 878158 878159 PSPPH_1291 PSPPH_1292 hrpQ hrcV TRUE 0.704 34.000 0.073 NA   NA
 878159 878160 PSPPH_1292 PSPPH_1293 hrcV hrpJ TRUE 0.984 -3.000 0.167 1.000   NA
 878161 878162 PSPPH_1294 PSPPH_1295 hrpL hrpK1 FALSE 0.130 74.000 0.000 NA   NA
 878162 878163 PSPPH_1295 PSPPH_1296 hrpK1 hopX1 FALSE 0.081 96.000 0.000 NA   NA
 878163 878164 PSPPH_1296 PSPPH_1297 hopX1   FALSE 0.019 229.000 0.000 NA   NA
 878166 878167 PSPPH_1299 PSPPH_1300 queA tgt TRUE 0.999 -3.000 0.360 0.000 Y NA
 878167 878168 PSPPH_1300 PSPPH_1301 tgt yajC TRUE 0.844 54.000 0.325 NA N NA
 878168 878169 PSPPH_1301 PSPPH_1302 yajC secD TRUE 0.656 64.000 0.031 NA Y NA
 878169 878170 PSPPH_1302 PSPPH_1303 secD secF TRUE 0.995 10.000 0.171 0.001 Y NA
 878170 878171 PSPPH_1303 PSPPH_1304 secF   FALSE 0.251 109.000 0.050 1.000   NA
 878173 878174 PSPPH_1306 PSPPH_1307   cysE1 TRUE 0.991 0.000 0.208 1.000 N NA
 878174 878175 PSPPH_1307 PSPPH_1308 cysE1 iscR TRUE 0.494 159.000 0.271 1.000 N NA
 878175 878176 PSPPH_1308 PSPPH_1309 iscR iscS TRUE 0.913 45.000 0.424 1.000 N NA
 878176 878177 PSPPH_1309 PSPPH_1310 iscS iscU TRUE 0.803 82.000 0.448 1.000 N NA
 878177 878178 PSPPH_1310 PSPPH_1311 iscU iscA TRUE 0.891 76.000 0.359 0.001   NA
 878178 878179 PSPPH_1311 PSPPH_1312 iscA hscB TRUE 0.990 11.000 0.500 1.000   NA
 878179 878180 PSPPH_1312 PSPPH_1313 hscB hscA TRUE 0.972 45.000 0.634 1.000 Y NA
 878180 878181 PSPPH_1313 PSPPH_1314 hscA fdx TRUE 0.997 4.000 0.794 1.000 N NA
 878181 878182 PSPPH_1314 PSPPH_1315 fdx   TRUE 0.985 15.000 0.625 1.000   NA
 878182 878183 PSPPH_1315 PSPPH_1316   ndk FALSE 0.175 97.000 0.017 1.000   NA
 878183 878184 PSPPH_1316 PSPPH_1317 ndk   TRUE 0.815 34.000 0.156 1.000   NA
 878184 878185 PSPPH_1317 PSPPH_1318   pilF TRUE 0.804 27.000 0.086 1.000   NA
 878185 878186 PSPPH_1318 PSPPH_1319 pilF   TRUE 0.990 0.000 0.204 1.000   NA
 878186 878187 PSPPH_1319 PSPPH_1320   ispG TRUE 0.988 4.000 0.233 1.000   NA
 878187 878188 PSPPH_1320 PSPPH_1321 ispG hisS TRUE 0.915 23.000 0.207 1.000 N NA
 878188 878189 PSPPH_1321 PSPPH_1322 hisS   TRUE 0.866 40.000 0.259 1.000   NA
 878189 878190 PSPPH_1322 PSPPH_1323     TRUE 0.988 -7.000 0.492 1.000   NA
 878190 878191 PSPPH_1323 PSPPH_1324     FALSE 0.455 139.000 0.203 1.000   NA
 878191 878192 PSPPH_1324 PSPPH_1325     FALSE 0.116 110.000 0.006 1.000   NA
 878192 878193 PSPPH_1325 PSPPH_1326     TRUE 0.922 -12.000 0.099 1.000   NA
 878193 878194 PSPPH_1326 PSPPH_1327     FALSE 0.175 61.000 0.000 NA   NA
 878195 878196 PSPPH_1328 PSPPH_1329 bcpA leuA FALSE 0.007 358.000 0.000 1.000 N NA
 878196 878197 PSPPH_1329 PSPPH_1330 leuA   FALSE 0.007 370.000 0.000 1.000 N NA
 878197 878198 PSPPH_1330 PSPPH_1331   xseA TRUE 0.932 8.000 0.032 1.000 N NA
 878199 878200 PSPPH_1332 PSPPH_1333   guaB FALSE 0.124 95.000 0.008 NA   NA
 878200 878201 PSPPH_1333 PSPPH_1334 guaB guaA TRUE 0.828 106.000 0.190 0.000 Y NA
 878201 878202 PSPPH_1334 PSPPH_1335 guaA   FALSE 0.057 174.000 0.003 NA   NA
 878204 878205 PSPPH_1337 PSPPH_1338   cumA FALSE 0.075 143.000 0.000 1.000   NA
 878205 878206 PSPPH_1338 PSPPH_1339 cumA   TRUE 0.972 0.000 0.045 1.000 N NA
 878208 878209 PSPPH_1341 PSPPH_1342 purL   TRUE 0.889 6.000 0.016 NA   NA
 878210 878211 PSPPH_1343 PSPPH_1344   mutT1 TRUE 0.497 64.000 0.065 NA   NA
 878212 878213 PSPPH_1345 PSPPH_1346     FALSE 0.378 92.000 0.078 1.000   NA
 878213 878214 PSPPH_1346 PSPPH_1347     TRUE 0.973 0.000 0.062 NA   NA
 878214 878215 PSPPH_1347 PSPPH_1348     FALSE 0.116 122.000 0.016 NA   NA
 878215 878216 PSPPH_1348 PSPPH_1349   purT FALSE 0.142 104.000 0.019 NA   NA
 878217 878218 PSPPH_1350 PSPPH_1351     TRUE 0.658 -33.000 0.008 NA N NA
 878218 878219 PSPPH_1351 PSPPH_1352     TRUE 0.976 13.000 0.349 NA   NA
 878220 878221 PSPPH_1353 PSPPH_1354 ffh rpsP FALSE 0.282 248.000 0.361 1.000 N NA
 878221 878222 PSPPH_1354 PSPPH_1355 rpsP rimM TRUE 0.997 6.000 0.342 0.011 Y NA
 878222 878223 PSPPH_1355 PSPPH_1356 rimM trmD TRUE 0.998 6.000 0.672 1.000 Y NA
 878223 878224 PSPPH_1356 PSPPH_1357 trmD rplS TRUE 0.968 45.000 0.567 1.000 Y NA
 878224 878225 PSPPH_1357 PSPPH_1358 rplS xerD FALSE 0.168 103.000 0.015 1.000 N NA
 878225 878226 PSPPH_1358 PSPPH_1359 xerD dsbC FALSE 0.163 146.000 0.026 1.000 N NA
 878226 878227 PSPPH_1359 PSPPH_1360 dsbC hom FALSE 0.172 146.000 0.029 1.000 N NA
 878227 878228 PSPPH_1360 PSPPH_1361 hom thrC TRUE 0.586 113.000 0.125 1.000 Y NA
 878228 878229 PSPPH_1361 PSPPH_1362 thrC   FALSE 0.063 120.000 0.000 NA   NA
 878229 878230 PSPPH_1362 PSPPH_1363     FALSE 0.220 50.000 0.000 NA   NA
 878231 878232 PSPPH_1364 PSPPH_1365     FALSE 0.044 195.000 0.000 1.000 N NA
 878235 878236 PSPPH_1368 PSPPH_1369   recJ FALSE 0.302 63.000 0.011 1.000   NA
 878236 878237 PSPPH_1369 PSPPH_1370 recJ   FALSE 0.120 114.000 0.002 1.000 N NA
 878242 878243 PSPPH_1375 PSPPH_1376   nth FALSE 0.113 107.000 0.012 NA   NA
 878243 878244 PSPPH_1376 PSPPH_1377 nth   TRUE 0.965 -3.000 0.048 1.000 N NA
 878244 878245 PSPPH_1377 PSPPH_1378   metG FALSE 0.113 160.000 0.014 1.000 N NA
 878249 878250 PSPPH_1382 PSPPH_1383   lhr TRUE 0.918 -3.000 0.008 1.000   NA
 878250 878251 PSPPH_1383 PSPPH_1384 lhr   FALSE 0.005 483.000 0.008 1.000   NA
 878251 878252 PSPPH_1384 PSPPH_1385     TRUE 0.993 10.000 0.571 1.000   NA
 878252 878253 PSPPH_1385 PSPPH_1386     TRUE 0.958 13.000 0.200 1.000   NA
 878253 878254 PSPPH_1386 PSPPH_1387     TRUE 0.997 -3.000 0.200 0.012 Y NA
 878254 878255 PSPPH_1387 PSPPH_1388     TRUE 0.806 96.000 0.200 0.079 Y NA
 878255 878256 PSPPH_1388 PSPPH_1389     FALSE 0.008 343.000 0.000 1.000 N NA
 878256 878257 PSPPH_1389 PSPPH_1390     TRUE 0.997 -3.000 0.751 NA N NA
 878257 878258 PSPPH_1390 PSPPH_1391     FALSE 0.001 876.000 0.000 NA   NA
 878258 878259 PSPPH_1391 PSPPH_1392     FALSE 0.028 196.000 0.000 NA   NA
 878260 878261 PSPPH_1393 PSPPH_1394     FALSE 0.063 129.000 0.000 NA   NA
 878261 878262 PSPPH_1394 PSPPH_1395     FALSE 0.012 265.000 0.000 NA   NA
 878264 878265 PSPPH_1397 PSPPH_1398     FALSE 0.063 112.000 0.000 NA   NA
 878266 878267 PSPPH_1399 PSPPH_1400     TRUE 0.993 4.000 0.407 NA   NA
 878268 878269 PSPPH_1401 PSPPH_1402     TRUE 0.943 -7.000 0.106 NA   NA
 878270 878271 PSPPH_1403 PSPPH_1404   tsk TRUE 0.864 27.000 0.167 NA N NA
 878271 878272 PSPPH_1404 PSPPH_1405 tsk   FALSE 0.048 181.000 0.000 1.000   NA
 878273 878274 PSPPH_1406 PSPPH_1407   estC FALSE 0.156 112.000 0.017 1.000 N NA
 878274 878275 PSPPH_1407 PSPPH_1408 estC   TRUE 0.952 43.000 0.667 1.000 N NA
 878275 878276 PSPPH_1408 PSPPH_1409   pdxH FALSE 0.025 296.000 0.023 1.000 N NA
 878276 878277 PSPPH_1409 PSPPH_1410 pdxH   FALSE 0.082 148.000 0.000 1.000 N NA
 878278 878279 PSPPH_1411 PSPPH_1412     FALSE 0.148 97.000 0.017 NA   NA
 878279 878280 PSPPH_1412 PSPPH_1413     FALSE 0.102 183.000 0.034 NA   NA
 878280 878281 PSPPH_1413 PSPPH_1414     TRUE 1.000 1.000 0.967 0.019 Y NA
 878281 878282 PSPPH_1414 PSPPH_1415     TRUE 0.998 -3.000 0.574 1.000 Y NA
 878282 878283 PSPPH_1415 PSPPH_1416     TRUE 0.999 -3.000 0.574 0.078 Y NA
 878283 878284 PSPPH_1416 PSPPH_1417     FALSE 0.117 228.000 0.000 1.000 Y NA
 878289 878290 PSPPH_1422 PSPPH_1423     TRUE 0.678 65.000 0.182 NA   NA
 878291 878292 PSPPH_1424 PSPPH_1425 hopAK1   FALSE 0.066 169.000 0.000 1.000 N NA
 878293 878294 PSPPH_1426 PSPPH_1427 fadD1 fadD2 FALSE 0.082 355.000 0.000 0.000 Y NA
 878294 878295 PSPPH_1427 PSPPH_1428 fadD2 hrpA FALSE 0.002 684.000 0.000 1.000 N NA
 878295 878296 PSPPH_1428 PSPPH_1429 hrpA   FALSE 0.053 242.000 0.036 NA N NA
 878296 878297 PSPPH_1429 PSPPH_1430     FALSE 0.063 121.000 0.000 NA   NA
 878297 878298 PSPPH_1430 PSPPH_1431     FALSE 0.263 41.000 0.000 NA   NA
 878299 878300 PSPPH_1432 PSPPH_1433   ppiA TRUE 0.482 103.000 0.171 1.000 N NA
 878300 878301 PSPPH_1433 PSPPH_1434 ppiA catD1 TRUE 0.642 94.000 0.286 1.000   NA
 878301 878302 PSPPH_1434 PSPPH_1435 catD1   TRUE 0.926 14.000 0.118 1.000   NA
 878303 878304 PSPPH_1436 PSPPH_1437     FALSE 0.047 161.000 0.000 NA   NA
 878307 878308 PSPPH_1440 PSPPH_1441     FALSE 0.128 75.000 0.000 NA   NA
 878309 878310 PSPPH_1442 PSPPH_1443   hopAF1 FALSE 0.005 353.000 0.000 NA   NA
 878311 878312 PSPPH_1444 PSPPH_1445     FALSE 0.002 487.000 0.000 NA   NA
 878313 878314 PSPPH_1446 PSPPH_1447     TRUE 0.496 -43.000 0.000 NA   NA
 878315 878316 PSPPH_1448 PSPPH_1449     FALSE 0.001 1416.000 0.000 NA   NA
 878316 878317 PSPPH_1449 PSPPH_1450     FALSE 0.019 231.000 0.000 NA   NA
 878317 878318 PSPPH_1450 PSPPH_1451     FALSE 0.001 1384.000 0.000 NA   NA
 878318 878319 PSPPH_1451 PSPPH_1452     FALSE 0.008 301.000 0.000 NA   NA
 878319 878320 PSPPH_1452 PSPPH_1453     TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 878321 878322 PSPPH_1454 PSPPH_1455     FALSE 0.211 149.000 0.000 0.043   NA
 878323 878324 PSPPH_1456 PSPPH_1457     TRUE 0.855 3.000 0.000 NA   NA
 878324 878325 PSPPH_1457 PSPPH_1458     FALSE 0.069 105.000 0.000 NA   NA
 878325 878326 PSPPH_1458 PSPPH_1459     TRUE 0.731 155.000 0.667 NA   NA
 878327 878328 PSPPH_1460 PSPPH_1461 cpxR   TRUE 0.986 12.000 0.216 1.000 Y NA
 878328 878329 PSPPH_1461 PSPPH_1462   srmB FALSE 0.066 169.000 0.000 1.000 N NA
 878329 878330 PSPPH_1462 PSPPH_1463 srmB   FALSE 0.181 59.000 0.000 NA   NA
 878331 878332 PSPPH_1464 PSPPH_1465     FALSE 0.414 70.000 0.051 NA   NA
 878332 878333 PSPPH_1465 PSPPH_1466     FALSE 0.056 145.000 0.000 NA   NA
 878333 878334 PSPPH_1466 PSPPH_1467     FALSE 0.062 114.000 0.000 NA   NA
 878335 878336 PSPPH_1468 PSPPH_1469     FALSE 0.276 39.000 0.000 NA   NA
 878338 878339 PSPPH_1471 PSPPH_1472     FALSE 0.020 228.000 0.000 NA   NA
 878339 878340 PSPPH_1472 PSPPH_1473   def2 TRUE 0.512 47.000 0.031 1.000   NA
 878342 878343 PSPPH_1475 PSPPH_1476     FALSE 0.062 135.000 0.000 NA   NA
 878343 878344 PSPPH_1476 PSPPH_1477   cdd FALSE 0.348 29.000 0.000 NA   NA
 878344 878345 PSPPH_1477 PSPPH_1478 cdd est FALSE 0.005 339.000 0.000 NA   NA
 878345 878346 PSPPH_1478 PSPPH_1479 est   TRUE 0.880 -10.000 0.050 NA   NA
 878346 878347 PSPPH_1479 PSPPH_1480     TRUE 0.489 117.000 0.000 0.016 Y NA
 878347 878348 PSPPH_1480 PSPPH_1481     FALSE 0.016 241.000 0.000 NA   NA
 878348 878349 PSPPH_1481 PSPPH_1482     FALSE 0.412 63.000 0.039 NA   NA
 878351 878352 PSPPH_1484 PSPPH_1485     FALSE 0.001 1047.000 0.000 1.000 N NA
 878352 878353 PSPPH_1485 PSPPH_1486     FALSE 0.004 395.000 0.000 NA   NA
 878353 878354 PSPPH_1486 PSPPH_1487     FALSE 0.034 184.000 0.000 NA   NA
 878354 878355 PSPPH_1487 PSPPH_1488     FALSE 0.001 727.000 0.000 NA   NA
 878356 878357 PSPPH_1489 PSPPH_1490     TRUE 0.599 -51.000 0.000 1.000 N NA
 878357 878358 PSPPH_1490 PSPPH_1491     FALSE 0.002 536.000 0.000 1.000   NA
 878358 878359 PSPPH_1491 PSPPH_1492     TRUE 0.957 4.000 0.000 0.066   NA
 878361 878362 PSPPH_1494 PSPPH_1495     FALSE 0.325 31.000 0.000 NA   NA
 878362 878363 PSPPH_1495 PSPPH_1496     TRUE 0.966 -7.000 0.204 NA   NA
 878364 878365 PSPPH_1497 PSPPH_1498 proX   FALSE 0.017 237.000 0.000 NA   NA
 878365 878366 PSPPH_1498 PSPPH_1499     TRUE 0.997 -3.000 0.733 NA   NA
 878368 878369 PSPPH_1501 PSPPH_1502     FALSE 0.071 104.000 0.000 NA   NA
 878369 878370 PSPPH_1502 PSPPH_1503     FALSE 0.016 432.000 0.071 NA   NA
 878370 878371 PSPPH_1503 PSPPH_1504     FALSE 0.364 110.000 0.133 NA   NA
 878372 878373 PSPPH_1505 PSPPH_1506     FALSE 0.031 189.000 0.000 NA   NA
 878373 878374 PSPPH_1506 PSPPH_1507     FALSE 0.402 68.000 0.045 NA   NA
 878374 878375 PSPPH_1507 PSPPH_1508     TRUE 0.802 82.000 0.471 NA N NA
 878375 878376 PSPPH_1508 PSPPH_1509   asnB TRUE 0.995 4.000 0.514 1.000 N NA
 878378 878379 PSPPH_1511 PSPPH_1512     TRUE 0.988 -10.000 0.627 NA   NA
 878379 878380 PSPPH_1512 PSPPH_1513     TRUE 0.998 0.000 0.680 NA N NA
 878380 878381 PSPPH_1513 PSPPH_1514     FALSE 0.061 175.000 0.000 1.000 N NA
 878383 878384 PSPPH_1516 PSPPH_1517     TRUE 0.938 11.000 0.077 NA   NA
 878385 878386 PSPPH_1518 PSPPH_1519 recQ   FALSE 0.414 94.000 0.024 0.046 N NA
 878386 878387 PSPPH_1519 PSPPH_1520     FALSE 0.380 96.000 0.080 1.000 N NA
 878389 878390 PSPPH_1522 PSPPH_1523 aer1   FALSE 0.002 648.000 0.000 1.000 N NA
 878390 878391 PSPPH_1523 PSPPH_1524     FALSE 0.098 101.000 0.000 1.000   NA
 878392 878393 PSPPH_1525 PSPPH_1526     FALSE 0.002 568.000 0.000 NA   NA
 878393 878394 PSPPH_1526 PSPPH_1527     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878394 878395 PSPPH_1527 PSPPH_1528     TRUE 0.958 -3.000 0.000 0.080   NA
 878400 878401 PSPPH_1533 PSPPH_1534     TRUE 0.757 36.000 0.121 NA   NA
 878402 878403 PSPPH_1535 PSPPH_1536     TRUE 0.959 10.000 0.102 NA N NA
 878404 878405 PSPPH_1537 PSPPH_1538 dapA   TRUE 0.937 19.000 0.088 NA Y NA
 878405 878406 PSPPH_1538 PSPPH_1539     TRUE 0.941 1.000 0.022 NA   NA
 878406 878407 PSPPH_1539 PSPPH_1540   purC TRUE 0.592 29.000 0.021 1.000   NA
 878407 878408 PSPPH_1540 PSPPH_1541 purC   FALSE 0.087 92.000 0.000 NA   NA
 878409 878410 PSPPH_1542 PSPPH_1543     TRUE 0.546 -22.000 0.000 NA   NA
 878411 878412 PSPPH_1544 PSPPH_1545     FALSE 0.007 312.000 0.000 NA   NA
 878412 878413 PSPPH_1545 PSPPH_1546     FALSE 0.023 236.000 0.000 1.000   NA
 878413 878414 PSPPH_1546 PSPPH_1547   rnd FALSE 0.057 189.000 0.006 1.000   NA
 878414 878415 PSPPH_1547 PSPPH_1548 rnd   TRUE 0.969 -3.000 0.073 NA   NA
 878415 878416 PSPPH_1548 PSPPH_1549     FALSE 0.424 71.000 0.056 NA   NA
 878419 878420 PSPPH_1552 PSPPH_1553     FALSE 0.209 99.000 0.034 NA   NA
 878420 878421 PSPPH_1553 PSPPH_1554   copB FALSE 0.187 75.000 0.000 1.000 N NA
 878421 878422 PSPPH_1554 PSPPH_1555 copB   TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878422 878423 PSPPH_1555 PSPPH_1556     FALSE 0.095 87.000 0.000 NA   NA
 878423 878424 PSPPH_1556 PSPPH_1557   crp FALSE 0.155 67.000 0.000 NA   NA
 878424 878425 PSPPH_1557 PSPPH_1558 crp   FALSE 0.323 81.000 0.040 NA N NA
 878426 878427 PSPPH_1559 PSPPH_1560     FALSE 0.355 77.000 0.048 NA   NA
 878427 878428 PSPPH_1560 PSPPH_1561     TRUE 0.582 46.000 0.053 NA   NA
 878429 878430 PSPPH_1562 PSPPH_1563     FALSE 0.269 40.000 0.000 NA   NA
 878433 878434 PSPPH_1566 PSPPH_1567 cysK   FALSE 0.114 178.000 0.025 1.000 N NA
 878437 878438 PSPPH_1570 PSPPH_1571     FALSE 0.381 90.000 0.074 1.000   NA
 878439 878440 PSPPH_1572 PSPPH_1573     FALSE 0.444 22.000 0.000 NA   NA
 878440 878441 PSPPH_1573 PSPPH_1574     FALSE 0.002 604.000 0.000 NA   NA
 878441 878442 PSPPH_1574 PSPPH_1575     FALSE 0.063 120.000 0.000 NA   NA
 878442 878443 PSPPH_1575 PSPPH_1576     FALSE 0.221 56.000 0.000 NA N NA
 878444 878445 PSPPH_1577 PSPPH_1578     FALSE 0.326 106.000 0.000 1.000 Y NA
 878448 878449 PSPPH_1581 PSPPH_1582     FALSE 0.025 207.000 0.000 NA   NA
 878449 878450 PSPPH_1582 PSPPH_1583     FALSE 0.004 366.000 0.000 NA   NA
 878450 878451 PSPPH_1583 PSPPH_1584     TRUE 0.737 101.000 0.500 NA   NA
 878451 878452 PSPPH_1584 PSPPH_1585     TRUE 0.996 3.000 0.562 NA   NA
 878453 878454 PSPPH_1586 PSPPH_1587   prc FALSE 0.444 58.000 0.029 1.000 N NA
 878456 878457 PSPPH_1589 PSPPH_1590     TRUE 0.695 111.000 0.222 1.000 Y NA
 878457 878458 PSPPH_1590 PSPPH_1591     TRUE 0.998 2.000 0.360 0.077 Y NA
 878458 878459 PSPPH_1591 PSPPH_1592     TRUE 0.994 -13.000 0.774 0.077   NA
 878459 878460 PSPPH_1592 PSPPH_1593     TRUE 0.991 -3.000 0.290 1.000   NA
 878460 878461 PSPPH_1593 PSPPH_1594     TRUE 0.829 79.000 0.500 1.000   NA
 878462 878463 PSPPH_1595 PSPPH_1596   inaZ FALSE 0.002 488.000 0.000 NA   NA
 878463 878464 PSPPH_1596 PSPPH_1597 inaZ   TRUE 0.563 15.000 0.000 NA   NA
 878464 878465 PSPPH_1597 PSPPH_1598     FALSE 0.046 162.000 0.000 NA   NA
 878466 878467 PSPPH_1599 PSPPH_1600     FALSE 0.003 574.000 0.000 1.000 N NA
 878467 878468 PSPPH_1600 PSPPH_1601     FALSE 0.001 2448.000 0.000 NA   NA
 878468 878469 PSPPH_1601 PSPPH_1602     FALSE 0.001 957.000 0.000 NA   NA
 878469 878470 PSPPH_1602 PSPPH_1603   rluA FALSE 0.158 82.000 0.000 1.000 N NA
 878470 878471 PSPPH_1603 PSPPH_1604 rluA minE TRUE 0.804 13.000 0.018 NA N NA
 878471 878472 PSPPH_1604 PSPPH_1605 minE minD TRUE 0.999 0.000 0.618 NA Y NA
 878472 878473 PSPPH_1605 PSPPH_1606 minD minC TRUE 0.577 232.000 0.466 1.000 Y NA
 878474 878475 PSPPH_1607 PSPPH_1608 htrB   TRUE 0.718 34.000 0.069 1.000   NA
 878476 878477 PSPPH_1609 PSPPH_1610     TRUE 0.707 -16.000 0.012 NA   NA
 878477 878478 PSPPH_1610 PSPPH_1611     TRUE 0.969 0.000 0.051 NA   NA
 878478 878479 PSPPH_1611 PSPPH_1612     TRUE 0.989 -10.000 0.667 NA   NA
 878479 878480 PSPPH_1612 PSPPH_1613     TRUE 0.809 -7.000 0.012 NA   NA
 878486 878487 PSPPH_1619 PSPPH_1620     FALSE 0.027 202.000 0.000 NA   NA
 878487 878488 PSPPH_1620 PSPPH_1621     FALSE 0.457 78.000 0.090 NA   NA
 878489 878490 PSPPH_1622 PSPPH_1623     FALSE 0.149 166.000 0.039 NA N NA
 878490 878491 PSPPH_1623 PSPPH_1624     TRUE 0.997 -3.000 0.688 1.000 N NA
 878491 878492 PSPPH_1624 PSPPH_1625     FALSE 0.061 137.000 0.000 NA   NA
 878492 878493 PSPPH_1625 PSPPH_1626     FALSE 0.107 82.000 0.000 NA   NA
 878493 878494 PSPPH_1626 PSPPH_1627     TRUE 0.999 -3.000 0.746 0.090 Y NA
 878494 878495 PSPPH_1627 PSPPH_1628   lpxK TRUE 0.983 0.000 0.096 1.000 N NA
 878495 878496 PSPPH_1628 PSPPH_1629 lpxK   TRUE 0.989 -3.000 0.263 NA   NA
 878496 878497 PSPPH_1629 PSPPH_1630   kdsB TRUE 0.989 -3.000 0.265 NA   NA
 878497 878498 PSPPH_1630 PSPPH_1631 kdsB murB TRUE 0.760 35.000 0.005 1.000 Y NA
 878500 878501 PSPPH_1633 PSPPH_1634 rluC   TRUE 0.980 -10.000 0.389 1.000   NA
 878501 878502 PSPPH_1634 PSPPH_1635   sppA TRUE 0.861 25.000 0.134 1.000   NA
 878504 878505 PSPPH_1637 PSPPH_1638   rpmF TRUE 0.985 14.000 0.599 NA   NA
 878505 878506 PSPPH_1638 PSPPH_1639 rpmF plsX TRUE 0.993 5.000 0.418 1.000 N NA
 878506 878507 PSPPH_1639 PSPPH_1640 plsX fabD TRUE 0.728 117.000 0.106 0.004 Y NA
 878507 878508 PSPPH_1640 PSPPH_1641 fabD fabG TRUE 0.993 16.000 0.432 0.004 Y NA
 878508 878509 PSPPH_1641 PSPPH_1642 fabG acpP1 TRUE 0.743 192.000 0.321 0.004 Y NA
 878509 878510 PSPPH_1642 PSPPH_1643 acpP1 fabF TRUE 0.781 129.000 0.346 1.000 Y NA
 878510 878511 PSPPH_1643 PSPPH_1644 fabF   TRUE 0.989 0.000 0.187 1.000 N NA
 878511 878512 PSPPH_1644 PSPPH_1645     TRUE 0.907 22.000 0.204 NA   NA
 878512 878513 PSPPH_1645 PSPPH_1646   tmk TRUE 0.905 23.000 0.209 NA   NA
 878513 878514 PSPPH_1646 PSPPH_1647 tmk holB TRUE 0.972 -7.000 0.211 1.000 N NA
 878514 878515 PSPPH_1647 PSPPH_1648 holB pilZ TRUE 0.918 35.000 0.382 NA N NA
 878515 878516 PSPPH_1648 PSPPH_1649 pilZ   TRUE 0.896 15.000 0.089 NA N NA
 878516 878517 PSPPH_1649 PSPPH_1650     FALSE 0.005 359.000 0.000 NA N NA
 878517 878518 PSPPH_1650 PSPPH_1651     FALSE 0.075 156.000 0.000 1.000 N NA
 878518 878519 PSPPH_1651 PSPPH_1652     FALSE 0.401 124.000 0.167 NA   NA
 878519 878520 PSPPH_1652 PSPPH_1653     TRUE 0.805 21.000 0.062 NA   NA
 878520 878521 PSPPH_1653 PSPPH_1654     FALSE 0.098 86.000 0.000 NA   NA
 878521 878522 PSPPH_1654 PSPPH_1655     FALSE 0.158 110.000 0.017 1.000 N NA
 878522 878523 PSPPH_1655 PSPPH_1656   truA FALSE 0.164 162.000 0.035 1.000 N NA
 878523 878524 PSPPH_1656 PSPPH_1657 truA trpF TRUE 0.671 62.000 0.139 1.000 N NA
 878524 878525 PSPPH_1657 PSPPH_1658 trpF accD FALSE 0.030 250.000 0.007 1.000 N NA
 878525 878526 PSPPH_1658 PSPPH_1659 accD folC TRUE 0.994 -3.000 0.383 1.000 N NA
 878526 878527 PSPPH_1659 PSPPH_1660 folC   TRUE 0.947 -16.000 0.216 NA   NA
 878527 878528 PSPPH_1660 PSPPH_1661   cvpA FALSE 0.329 119.000 0.116 NA   NA
 878528 878529 PSPPH_1661 PSPPH_1662 cvpA purF TRUE 0.969 13.000 0.262 1.000   NA
 878529 878530 PSPPH_1662 PSPPH_1663 purF metZ TRUE 0.894 22.000 0.153 1.000 N NA
 878530 878531 PSPPH_1663 PSPPH_1664 metZ   TRUE 0.516 51.000 0.033 1.000 N NA
 878531 878532 PSPPH_1664 PSPPH_1665     FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 878532 878533 PSPPH_1665 PSPPH_1666     FALSE 0.155 67.000 0.000 NA   NA
 878533 878534 PSPPH_1666 PSPPH_1667     FALSE 0.062 116.000 0.000 NA   NA
 878534 878535 PSPPH_1667 PSPPH_1668     FALSE 0.018 234.000 0.000 NA   NA
 878536 878537 PSPPH_1669 PSPPH_1670 ilvA1   FALSE 0.003 548.000 0.000 1.000 N NA
 878537 878538 PSPPH_1670 PSPPH_1671     TRUE 0.983 3.000 0.154 1.000   NA
 878539 878540 PSPPH_1672 PSPPH_1673 fadH   TRUE 0.851 26.000 0.040 0.068 N NA
 878540 878541 PSPPH_1673 PSPPH_1674     FALSE 0.199 149.000 0.000 0.077 N NA
 878541 878542 PSPPH_1674 PSPPH_1675     TRUE 0.836 4.000 0.000 NA   NA
 878543 878544 PSPPH_1676 PSPPH_1677 lpxH ppiB TRUE 0.989 -3.000 0.237 1.000   NA
 878545 878546 PSPPH_1678 PSPPH_1679 glnS cysS TRUE 0.948 20.000 0.032 0.034 Y NA
 878548 878549 PSPPH_1681 PSPPH_1682     TRUE 1.000 0.000 0.865 0.003 Y NA
 878549 878550 PSPPH_1682 PSPPH_1683     TRUE 0.999 2.000 0.847 0.077 Y NA
 878550 878551 PSPPH_1683 PSPPH_1684     TRUE 0.999 11.000 0.922 0.077 Y NA
 878551 878552 PSPPH_1684 PSPPH_1685     TRUE 0.993 13.000 0.854 NA   NA
 878552 878553 PSPPH_1685 PSPPH_1686     FALSE 0.331 86.000 0.056 NA   NA
 878555 878556 PSPPH_1688 PSPPH_1689     FALSE 0.208 52.000 0.000 NA   NA
 878556 878557 PSPPH_1689 PSPPH_1690     FALSE 0.188 57.000 0.000 NA   NA
 878557 878558 PSPPH_1690 PSPPH_1691     FALSE 0.002 495.000 0.000 NA   NA
 878558 878559 PSPPH_1691 PSPPH_1692     FALSE 0.480 -61.000 0.000 NA   NA
 878559 878560 PSPPH_1692 PSPPH_1693     FALSE 0.402 25.000 0.000 NA   NA
 878562 878563 PSPPH_1695 PSPPH_1696     FALSE 0.001 874.000 0.000 NA   NA
 878563 878564 PSPPH_1696 PSPPH_1697   tig FALSE 0.087 92.000 0.000 NA   NA
 878564 878565 PSPPH_1697 PSPPH_1698 tig clpP TRUE 0.836 92.000 0.351 1.000 Y NA
 878565 878566 PSPPH_1698 PSPPH_1699 clpP clpX TRUE 0.796 107.000 0.352 1.000 Y NA
 878566 878567 PSPPH_1699 PSPPH_1700 clpX lon1 FALSE 0.423 211.000 0.201 1.000 Y NA
 878567 878568 PSPPH_1700 PSPPH_1701 lon1 hupB FALSE 0.204 147.000 0.040 1.000 N NA
 878568 878569 PSPPH_1701 PSPPH_1702 hupB   FALSE 0.067 206.000 0.017 1.000 N NA
 878570 878571 PSPPH_1703 PSPPH_1704 fabI   TRUE 0.827 19.000 0.057 1.000   NA
 878571 878572 PSPPH_1704 PSPPH_1705     TRUE 0.998 2.000 1.000 1.000   NA
 878572 878573 PSPPH_1705 PSPPH_1706     TRUE 0.999 2.000 1.000 0.076   NA
 878573 878574 PSPPH_1706 PSPPH_1707     TRUE 0.999 2.000 1.000 0.076   NA
 878574 878575 PSPPH_1707 PSPPH_1708     TRUE 0.995 -3.000 0.159 0.076 Y NA
 878575 878576 PSPPH_1708 PSPPH_1709   mltD TRUE 0.973 0.000 0.049 1.000 N NA
 878576 878577 PSPPH_1709 PSPPH_1710 mltD   TRUE 0.561 100.000 0.233 1.000   NA
 878578 878579 PSPPH_1711 PSPPH_1712   rnhA FALSE 0.390 47.000 0.009 1.000   NA
 878580 878581 PSPPH_1713 PSPPH_1714   cysE2 TRUE 0.980 16.000 0.600 NA   NA
 878582 878583 PSPPH_1715 PSPPH_1716 dnaQ   TRUE 0.519 22.000 0.000 1.000   NA
 878585 878586 PSPPH_1718 PSPPH_1719     FALSE 0.060 138.000 0.000 NA   NA
 878587 878588 PSPPH_1720 PSPPH_1721 acdA   TRUE 0.998 4.000 0.500 1.000 Y NA
 878589 878590 PSPPH_1722 PSPPH_1723     TRUE 0.996 -3.000 0.578 1.000   NA
 878591 878592 PSPPH_1724 PSPPH_1725     TRUE 0.547 117.000 0.094 1.000 Y NA
 878592 878593 PSPPH_1725 PSPPH_1726     FALSE 0.174 72.000 0.000 1.000   NA
 878593 878594 PSPPH_1726 PSPPH_1727     FALSE 0.093 104.000 0.000 1.000   NA
 878594 878595 PSPPH_1727 PSPPH_1728     FALSE 0.007 356.000 0.000 1.000 N NA
 878595 878596 PSPPH_1728 PSPPH_1729     FALSE 0.229 107.000 0.000 0.096 N NA
 878598 878599 PSPPH_1731 PSPPH_1732     FALSE 0.337 30.000 0.000 NA   NA
 878599 878600 PSPPH_1732 PSPPH_1733     FALSE 0.043 169.000 0.000 NA   NA
 878601 878602 PSPPH_1734 PSPPH_1735     FALSE 0.142 87.000 0.000 1.000 N NA
 878603 878604 PSPPH_1736 PSPPH_1737     FALSE 0.050 186.000 0.000 1.000 N NA
 878605 878606 PSPPH_1738 PSPPH_1739     TRUE 0.993 -3.000 0.333 1.000 N NA
 878606 878607 PSPPH_1739 PSPPH_1740     FALSE 0.017 255.000 0.000 1.000   NA
 878607 878608 PSPPH_1740 PSPPH_1741     TRUE 0.977 -3.000 0.120 NA   NA
 878608 878609 PSPPH_1741 PSPPH_1742     FALSE 0.055 147.000 0.000 NA   NA
 878609 878610 PSPPH_1742 PSPPH_1743     TRUE 0.991 -3.000 0.317 NA   NA
 878610 878611 PSPPH_1743 PSPPH_1744     FALSE 0.083 251.000 0.000 1.000 Y NA
 878612 878613 PSPPH_1745 PSPPH_1746     FALSE 0.013 289.000 0.000 1.000 N NA
 878616 878617 PSPPH_1749 PSPPH_1750     TRUE 0.999 -3.000 0.429 0.004 Y NA
 878617 878618 PSPPH_1750 PSPPH_1751     TRUE 0.999 0.000 0.375 0.004 Y NA
 878618 878619 PSPPH_1751 PSPPH_1752     TRUE 0.645 108.000 0.167 1.000 Y NA
 878621 878622 PSPPH_1754 PSPPH_1755     TRUE 0.801 6.000 0.000 NA   NA
 878622 878623 PSPPH_1755 PSPPH_1756     FALSE 0.051 153.000 0.000 NA   NA
 878626 878627 PSPPH_1759 PSPPH_1760     TRUE 0.972 -10.000 0.316 NA   NA
 878627 878628 PSPPH_1760 PSPPH_1761     FALSE 0.072 160.000 0.000 1.000 N NA
 878629 878630 PSPPH_1762 PSPPH_1763     FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 878631 878632 PSPPH_1764 PSPPH_1765     FALSE 0.004 392.000 0.000 NA   NA
 878632 878633 PSPPH_1765 PSPPH_1766   allA TRUE 0.994 6.000 0.538 1.000   NA
 878633 878634 PSPPH_1766 PSPPH_1767 allA   TRUE 0.620 243.000 0.647 1.000 Y NA
 878634 878635 PSPPH_1767 PSPPH_1768     TRUE 0.944 42.000 0.647 NA   NA
 878635 878636 PSPPH_1768 PSPPH_1769     TRUE 0.974 -3.000 0.097 NA   NA
 878637 878638 PSPPH_1770 PSPPH_1771     FALSE 0.084 112.000 0.000 1.000   NA
 878639 878640 PSPPH_1772 PSPPH_1773 guaD   TRUE 0.926 18.000 0.203 NA N NA
 878640 878641 PSPPH_1773 PSPPH_1774     TRUE 0.995 -3.000 0.463 NA N NA
 878641 878642 PSPPH_1774 PSPPH_1775   xdhA TRUE 0.995 -7.000 0.269 0.000 Y NA
 878643 878644 PSPPH_1776 PSPPH_1777   smc TRUE 0.913 5.000 0.010 1.000 N NA
 878644 878645 PSPPH_1777 PSPPH_1778 smc zipA FALSE 0.357 251.000 0.115 0.007 Y NA
 878645 878646 PSPPH_1778 PSPPH_1779 zipA ligA FALSE 0.359 130.000 0.106 1.000 N NA
 878646 878647 PSPPH_1779 PSPPH_1780 ligA   FALSE 0.002 636.000 0.002 NA   NA
 878650 878651 PSPPH_1783 PSPPH_1784     FALSE 0.125 94.000 0.000 1.000 N NA
 878652 878653 PSPPH_1785 PSPPH_1786 dnaZX   TRUE 0.850 62.000 0.411 NA   NA
 878653 878654 PSPPH_1786 PSPPH_1787     FALSE 0.049 157.000 0.000 NA   NA
 878654 878655 PSPPH_1787 PSPPH_1788     FALSE 0.183 90.000 0.009 1.000 N NA
 878658 878659 PSPPH_1791 PSPPH_1792     FALSE 0.212 113.000 0.049 NA   NA
 878661 878662 PSPPH_1794 PSPPH_1795     FALSE 0.164 120.000 0.031 NA   NA
 878666 878667 PSPPH_1799 PSPPH_1800     FALSE 0.094 117.000 0.000 1.000 N NA
 878668 878669 PSPPH_1801 PSPPH_1802     FALSE 0.276 39.000 0.000 NA   NA
 878669 878670 PSPPH_1802 PSPPH_1803     FALSE 0.325 31.000 0.000 NA   NA
 878671 878672 PSPPH_1804 PSPPH_1805   folE2 TRUE 0.516 76.000 0.090 1.000 N NA
 878672 878673 PSPPH_1805 PSPPH_1806 folE2   FALSE 0.175 338.000 0.545 NA   NA
 878673 878674 PSPPH_1806 PSPPH_1807     FALSE 0.242 46.000 0.000 NA   NA
 878674 878675 PSPPH_1807 PSPPH_1808     FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 878677 878678 PSPPH_1810 PSPPH_1811     TRUE 0.513 102.000 0.219 NA   NA
 878679 878680 PSPPH_1812 PSPPH_1813 aroC   TRUE 0.709 31.000 0.055 1.000   NA
 878680 878681 PSPPH_1813 PSPPH_1814     TRUE 0.934 -3.000 0.018 1.000   NA
 878681 878682 PSPPH_1814 PSPPH_1815     TRUE 0.530 83.000 0.148 1.000   NA
 878682 878683 PSPPH_1815 PSPPH_1816     TRUE 0.942 17.000 0.231 1.000   NA
 878683 878684 PSPPH_1816 PSPPH_1817     FALSE 0.247 45.000 0.000 NA   NA
 878684 878685 PSPPH_1817 PSPPH_1818     FALSE 0.063 121.000 0.000 NA   NA
 878687 878688 PSPPH_1820 PSPPH_1821     TRUE 0.830 39.000 0.211 NA   NA
 878690 878691 PSPPH_1823 PSPPH_1824   speE FALSE 0.031 190.000 0.000 NA   NA
 878691 878692 PSPPH_1824 PSPPH_1825 speE   FALSE 0.007 359.000 0.000 1.000 N NA
 878692 878693 PSPPH_1825 PSPPH_1826     FALSE 0.265 193.000 0.200 NA   NA
 878693 878694 PSPPH_1826 PSPPH_1827     FALSE 0.014 249.000 0.000 NA   NA
 878694 878695 PSPPH_1827 PSPPH_1828     FALSE 0.003 462.000 0.000 NA   NA
 878695 878696 PSPPH_1828 PSPPH_1829     TRUE 0.992 13.000 0.805 NA   NA
 878696 878697 PSPPH_1829 PSPPH_1830     TRUE 0.993 -3.000 0.365 NA   NA
 878700 878701 PSPPH_1833 PSPPH_1834 corA   FALSE 0.209 125.000 0.033 1.000 N NA
 878701 878702 PSPPH_1834 PSPPH_1835     FALSE 0.063 126.000 0.000 NA   NA
 878706 878707 PSPPH_1839 PSPPH_1840 cycA   FALSE 0.155 67.000 0.000 NA   NA
 878707 878708 PSPPH_1840 PSPPH_1841     FALSE 0.012 262.000 0.000 NA   NA
 878709 878710 PSPPH_1842 PSPPH_1843     FALSE 0.001 819.000 0.000 NA   NA
 878710 878711 PSPPH_1843 PSPPH_1844     TRUE 0.815 -31.000 0.000 0.078   NA
 878711 878712 PSPPH_1844 PSPPH_1845     TRUE 0.987 33.000 0.667 0.078 Y NA
 878713 878714 PSPPH_1846 PSPPH_1847     FALSE 0.037 179.000 0.000 NA   NA
 878716 878717 PSPPH_1849 PSPPH_1850     FALSE 0.476 76.000 0.091 NA   NA
 878717 878718 PSPPH_1850 PSPPH_1851   mfd TRUE 0.919 12.000 0.071 NA   NA
 878719 878720 PSPPH_1852 PSPPH_1853 gap2   FALSE 0.083 147.000 0.000 1.000 N NA
 878722 878723 PSPPH_1855 PSPPH_1856   sthA FALSE 0.121 167.000 0.021 1.000 N NA
 878724 878725 PSPPH_1857 PSPPH_1858     TRUE 0.639 73.000 0.192 NA   NA
 878726 878727 PSPPH_1859 PSPPH_1860 lolC lolD TRUE 0.961 8.000 0.025 0.089 N NA
 878727 878728 PSPPH_1860 PSPPH_1861 lolD lolE TRUE 0.913 78.000 0.620 0.089 N NA
 878728 878729 PSPPH_1861 PSPPH_1862 lolE   FALSE 0.083 130.000 0.000 1.000   NA
 878730 878731 PSPPH_1863 PSPPH_1864     TRUE 0.654 104.000 0.375 NA   NA
 878734 878735 PSPPH_1867 PSPPH_1868     TRUE 0.997 -3.000 0.408 NA Y NA
 878736 878737 PSPPH_1869 PSPPH_1870 tal   FALSE 0.109 216.000 0.000 0.033 N NA
 878738 878739 PSPPH_1871 PSPPH_1872     FALSE 0.073 135.000 0.000 NA N NA
 878739 878740 PSPPH_1872 PSPPH_1873     FALSE 0.302 34.000 0.000 NA   NA
 878740 878741 PSPPH_1873 PSPPH_1874     FALSE 0.012 264.000 0.000 NA   NA
 878747 878748 PSPPH_1880 PSPPH_1881     FALSE 0.122 77.000 0.000 NA   NA
 878748 878749 PSPPH_1881 PSPPH_1882     FALSE 0.276 39.000 0.000 NA   NA
 878749 878750 PSPPH_1882 PSPPH_1883     FALSE 0.035 204.000 0.000 1.000   NA
 878750 878751 PSPPH_1883 PSPPH_1884     FALSE 0.242 46.000 0.000 NA   NA
 878751 878752 PSPPH_1884 PSPPH_1885     FALSE 0.007 309.000 0.000 NA   NA
 878752 878753 PSPPH_1885 PSPPH_1886     TRUE 0.994 10.000 0.667 NA   NA
 878755 878756 PSPPH_1888 PSPPH_1889     FALSE 0.002 537.000 0.000 NA   NA
 878756 878757 PSPPH_1889 PSPPH_1890     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878757 878758 PSPPH_1890 PSPPH_1891     FALSE 0.005 349.000 0.000 NA   NA
 878758 878759 PSPPH_1891 PSPPH_1892     TRUE 0.483 -60.000 0.000 NA   NA
 878759 878760 PSPPH_1892 PSPPH_1893     FALSE 0.247 45.000 0.000 NA   NA
 878760 878761 PSPPH_1893 PSPPH_1894     FALSE 0.048 181.000 0.000 1.000   NA
 878761 878762 PSPPH_1894 PSPPH_1895     FALSE 0.063 125.000 0.000 NA   NA
 878762 878763 PSPPH_1895 PSPPH_1896     FALSE 0.003 403.000 0.000 NA   NA
 878765 878766 PSPPH_1898 PSPPH_1899   mdoG2 FALSE 0.122 96.000 0.000 1.000 N NA
 878767 878768 PSPPH_1900 PSPPH_1901     FALSE 0.389 26.000 0.000 NA   NA
 878769 878770 PSPPH_1902 PSPPH_1903     FALSE 0.013 294.000 0.000 1.000 N NA
 878771 878772 PSPPH_1904 PSPPH_1905     TRUE 0.994 -3.000 0.083 0.022 Y NA
 878772 878773 PSPPH_1905 PSPPH_1906     TRUE 0.996 -3.000 0.167 0.022 Y NA
 878773 878774 PSPPH_1906 PSPPH_1907     TRUE 0.997 -3.000 0.261 0.027 Y NA
 878777 878778 PSPPH_1910 PSPPH_1911     TRUE 0.812 97.000 0.333 1.000 Y NA
 878778 878779 PSPPH_1911 PSPPH_1912     FALSE 0.269 110.000 0.053 1.000 N NA
 878779 878780 PSPPH_1912 PSPPH_1913     TRUE 0.803 40.000 0.184 NA   NA
 878781 878782 PSPPH_1914 PSPPH_1915     TRUE 0.970 37.000 0.512 1.000 Y NA
 878782 878783 PSPPH_1915 PSPPH_1916     TRUE 0.999 0.000 0.814 1.000 Y NA
 878783 878784 PSPPH_1916 PSPPH_1917     TRUE 0.998 -3.000 0.484 1.000 Y NA
 878784 878785 PSPPH_1917 PSPPH_1918     TRUE 0.929 30.000 0.387 NA   NA
 878785 878786 PSPPH_1918 PSPPH_1919     TRUE 0.993 -3.000 0.360 NA   NA
 878786 878787 PSPPH_1919 PSPPH_1920     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878787 878788 PSPPH_1920 PSPPH_1921     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878789 878790 PSPPH_1922 PSPPH_1923     FALSE 0.003 512.000 0.000 1.000   NA
 878790 878791 PSPPH_1923 PSPPH_1924     TRUE 0.998 -3.000 0.286 0.004 Y NA
 878791 878792 PSPPH_1924 PSPPH_1925     TRUE 0.991 15.000 0.286 0.004 Y NA
 878792 878793 PSPPH_1925 PSPPH_1926     TRUE 0.998 2.000 0.286 0.004 Y NA
 878794 878795 PSPPH_1927 PSPPH_1928     FALSE 0.340 190.000 0.000 0.003 Y NA
 878795 878796 PSPPH_1928 PSPPH_1929     FALSE 0.045 308.000 0.000 1.000 Y NA
 878796 878797 PSPPH_1929 PSPPH_1930     TRUE 0.599 70.000 0.150 NA   NA
 878797 878798 PSPPH_1930 PSPPH_1931     TRUE 0.892 49.000 0.429 NA   NA
 878798 878799 PSPPH_1931 PSPPH_1932     TRUE 0.985 -7.000 0.188 1.000 Y NA
 878801 878802 PSPPH_1934 PSPPH_1935   macB TRUE 0.981 -7.000 0.314 1.000 N NA
 878802 878803 PSPPH_1935 PSPPH_1936 macB   TRUE 0.999 1.000 0.943 1.000 N NA
 878805 878806 PSPPH_1938 PSPPH_1939   aspC FALSE 0.017 236.000 0.000 NA   NA
 878806 878807 PSPPH_1939 PSPPH_1940 aspC   FALSE 0.019 231.000 0.000 NA   NA
 878808 878809 PSPPH_1941 PSPPH_1942 uvrB gltX FALSE 0.003 656.000 0.005 1.000 N NA
 878809 878810 PSPPH_1942 PSPPH_1943 gltX   FALSE 0.053 149.000 0.000 NA   NA
 878810 878811 PSPPH_1943 PSPPH_1944     FALSE 0.091 89.000 0.000 NA   NA
 878811 878812 PSPPH_1944 PSPPH_1945     FALSE 0.203 53.000 0.000 NA   NA
 878812 878813 PSPPH_1945 PSPPH_1946     FALSE 0.236 47.000 0.000 NA   NA
 878813 878814 PSPPH_1946 PSPPH_1947     FALSE 0.006 319.000 0.000 NA   NA
 878814 878815 PSPPH_1947 PSPPH_1948     TRUE 0.622 30.000 0.029 1.000   NA
 878815 878816 PSPPH_1948 PSPPH_1949     FALSE 0.146 130.000 0.021 NA N NA
 878817 878818 PSPPH_1950 PSPPH_1951     TRUE 0.746 71.000 0.163 0.094 N NA
 878819 878820 PSPPH_1952 PSPPH_1953 leuC leuD TRUE 0.998 11.000 0.463 0.000 Y NA
 878820 878821 PSPPH_1953 PSPPH_1954 leuD leuB TRUE 0.756 148.000 0.159 0.001 Y NA
 878821 878822 PSPPH_1954 PSPPH_1955 leuB asd TRUE 0.893 71.000 0.196 0.033 Y NA
 878822 878823 PSPPH_1955 PSPPH_1956 asd dgoK FALSE 0.055 181.000 0.000 1.000 N NA
 878823 878824 PSPPH_1956 PSPPH_1957 dgoK eda2 TRUE 0.990 2.000 0.060 1.000 Y NA
 878824 878825 PSPPH_1957 PSPPH_1958 eda2 dgoD TRUE 0.771 54.000 0.084 0.066 N NA
 878825 878826 PSPPH_1958 PSPPH_1959 dgoD   FALSE 0.057 304.000 0.103 1.000 N NA
 878826 878827 PSPPH_1959 PSPPH_1960     FALSE 0.467 77.000 0.069 1.000 N NA
 878831 878832 PSPPH_1964 PSPPH_1965 etfB etfA TRUE 0.996 1.000 0.100 0.010 Y NA
 878832 878833 PSPPH_1965 PSPPH_1966 etfA   FALSE 0.444 120.000 0.182 1.000   NA
 878833 878834 PSPPH_1966 PSPPH_1967     TRUE 0.978 11.000 0.273 NA   NA
 878834 878835 PSPPH_1967 PSPPH_1968     TRUE 0.988 -3.000 0.231 NA   NA
 878835 878836 PSPPH_1968 PSPPH_1969     FALSE 0.329 218.000 0.308 1.000 N NA
 878836 878837 PSPPH_1969 PSPPH_1970     TRUE 0.965 15.000 0.333 NA   NA
 878837 878838 PSPPH_1970 PSPPH_1971     FALSE 0.283 95.000 0.053 NA   NA
 878838 878839 PSPPH_1971 PSPPH_1972     TRUE 0.567 58.000 0.080 NA   NA
 878839 878840 PSPPH_1972 PSPPH_1973     FALSE 0.285 37.000 0.000 NA   NA
 878842 878843 PSPPH_1975 PSPPH_1976   sdhC FALSE 0.051 153.000 0.000 NA   NA
 878843 878844 PSPPH_1976 PSPPH_1977 sdhC sdhD TRUE 0.998 -6.000 0.453 0.000 Y NA
 878844 878845 PSPPH_1977 PSPPH_1978 sdhD sdhA TRUE 0.999 4.000 0.705 0.001 Y NA
 878845 878846 PSPPH_1978 PSPPH_1979 sdhA sdhB TRUE 0.997 13.000 0.604 0.001 Y NA
 878846 878847 PSPPH_1979 PSPPH_1980 sdhB sucA FALSE 0.159 260.000 0.067 1.000 Y NA
 878847 878848 PSPPH_1980 PSPPH_1981 sucA sucB TRUE 0.975 42.000 0.667 1.000 Y NA
 878848 878849 PSPPH_1981 PSPPH_1982 sucB lpdA TRUE 0.625 171.000 0.253 1.000 Y NA
 878849 878850 PSPPH_1982 PSPPH_1983 lpdA sucC FALSE 0.280 209.000 0.069 1.000 Y NA
 878850 878851 PSPPH_1983 PSPPH_1984 sucC sucD TRUE 1.000 0.000 0.806 0.000 Y NA
 878851 878852 PSPPH_1984 PSPPH_1985 sucD brnQ FALSE 0.007 372.000 0.000 1.000 N NA
 878854 878855 PSPPH_1987 PSPPH_1988 htpG   FALSE 0.181 91.000 0.008 1.000 N NA
 878856 878857 PSPPH_1989 PSPPH_1990 fabB fabA TRUE 0.995 11.000 0.451 1.000 Y NA
 878857 878858 PSPPH_1990 PSPPH_1991 fabA   FALSE 0.010 279.000 0.000 NA   NA
 878858 878859 PSPPH_1991 PSPPH_1992     FALSE 0.062 114.000 0.000 NA   NA
 878859 878860 PSPPH_1992 PSPPH_1993     FALSE 0.444 22.000 0.000 NA   NA
 878861 878862 PSPPH_1994 PSPPH_1995 gpsA   TRUE 0.942 -52.000 0.273 NA   NA
 878862 878863 PSPPH_1995 PSPPH_1996   sixA TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 878863 878864 PSPPH_1996 PSPPH_1997 sixA   FALSE 0.204 61.000 0.000 NA N NA
 878864 878865 PSPPH_1997 PSPPH_1998     TRUE 0.870 18.000 0.101 NA   NA
 878865 878866 PSPPH_1998 PSPPH_1999     TRUE 0.974 -3.000 0.096 NA   NA
 878866 878867 PSPPH_1999 PSPPH_2000     FALSE 0.336 128.000 0.118 NA   NA
 878867 878868 PSPPH_2000 PSPPH_2001     TRUE 0.757 92.000 0.478 NA   NA
 878869 878870 PSPPH_2002 PSPPH_2003     TRUE 0.664 116.000 0.200 1.000 Y NA
 878870 878871 PSPPH_2003 PSPPH_2004     TRUE 0.998 -3.000 0.533 1.000 Y NA
 878872 878873 PSPPH_2005 PSPPH_2006     FALSE 0.223 49.000 0.000 NA   NA
 878873 878874 PSPPH_2006 PSPPH_2007     TRUE 0.488 -51.000 0.000 NA   NA
 878874 878875 PSPPH_2007 PSPPH_2008     FALSE 0.006 322.000 0.000 NA   NA
 878875 878876 PSPPH_2008 PSPPH_2009     FALSE 0.046 162.000 0.000 NA   NA
 878877 878878 PSPPH_2010 PSPPH_2011     TRUE 0.854 48.000 0.111 1.000 Y NA
 878878 878879 PSPPH_2011 PSPPH_2012     TRUE 0.988 37.000 1.000 1.000 Y NA
 878879 878880 PSPPH_2012 PSPPH_2013   fimA TRUE 0.914 156.000 1.000 1.000 Y NA
 878880 878881 PSPPH_2013 PSPPH_2014 fimA   FALSE 0.008 341.000 0.000 1.000 N NA
 878881 878882 PSPPH_2014 PSPPH_2015     FALSE 0.163 81.000 0.000 1.000 N NA
 878883 878884 PSPPH_2016 PSPPH_2017   kdpA TRUE 0.990 3.000 0.071 0.001   NA
 878884 878885 PSPPH_2017 PSPPH_2018 kdpA kdpB TRUE 0.989 11.000 0.059 0.001 Y NA
 878885 878886 PSPPH_2018 PSPPH_2019 kdpB   TRUE 0.971 10.000 0.027 0.001   NA
 878886 878887 PSPPH_2019 PSPPH_2020   kdpC TRUE 0.978 55.000 0.877 0.001   NA
 878887 878888 PSPPH_2020 PSPPH_2021 kdpC kdpD FALSE 0.350 67.000 0.020 1.000 N NA
 878888 878889 PSPPH_2021 PSPPH_2022 kdpD kdpE TRUE 0.998 -3.000 0.621 1.000 Y NA
 878889 878890 PSPPH_2022 PSPPH_2023 kdpE   FALSE 0.079 97.000 0.000 NA   NA
 878890 878891 PSPPH_2023 PSPPH_2024     FALSE 0.004 394.000 0.000 NA   NA
 878891 878892 PSPPH_2024 PSPPH_2025     TRUE 0.997 -3.000 0.739 NA   NA
 878892 878893 PSPPH_2025 PSPPH_2026     TRUE 0.736 165.000 0.727 NA   NA
 878893 878894 PSPPH_2026 PSPPH_2027     TRUE 0.625 25.000 0.025 NA   NA
 878894 878895 PSPPH_2027 PSPPH_2028     FALSE 0.293 149.000 0.116 NA   NA
 878896 878897 PSPPH_2029 PSPPH_2030     FALSE 0.063 125.000 0.000 NA   NA
 878897 878898 PSPPH_2030 PSPPH_2031   tatD FALSE 0.424 85.000 0.089 NA N NA
 878899 878900 PSPPH_2032 PSPPH_2033     FALSE 0.067 107.000 0.000 NA   NA
 878900 878901 PSPPH_2033 PSPPH_2034     FALSE 0.067 107.000 0.000 NA   NA
 878901 878902 PSPPH_2034 PSPPH_2035     FALSE 0.069 105.000 0.000 NA   NA
 878902 878903 PSPPH_2035 PSPPH_2036   greB1 FALSE 0.236 47.000 0.000 NA   NA
 878904 878905 PSPPH_2037 PSPPH_2038     TRUE 0.998 0.000 0.535 NA Y NA
 878906 878907 PSPPH_2039 PSPPH_2040     FALSE 0.402 57.000 0.031 NA   NA
 878907 878908 PSPPH_2040 PSPPH_2041     TRUE 0.776 113.000 0.667 NA   NA
 878912 878913 PSPPH_2045 PSPPH_2046 panE1   TRUE 0.965 4.000 0.061 1.000   NA
 878913 878914 PSPPH_2046 PSPPH_2047     FALSE 0.431 77.000 0.061 1.000   NA
 878914 878915 PSPPH_2047 PSPPH_2048   cysB FALSE 0.264 160.000 0.085 1.000 N NA
 878918 878919 PSPPH_2051 PSPPH_2052 pabB   TRUE 0.638 76.000 0.042 1.000 Y NA
 878919 878920 PSPPH_2052 PSPPH_2053     TRUE 0.998 -3.000 0.923 NA   NA
 878920 878921 PSPPH_2053 PSPPH_2054     TRUE 0.974 5.000 0.141 NA   NA
 878922 878923 PSPPH_2055 PSPPH_2056   prpB TRUE 0.980 0.000 0.080 1.000 N NA
 878923 878924 PSPPH_2056 PSPPH_2057 prpB prpC FALSE 0.242 298.000 0.502 1.000 N NA
 878924 878925 PSPPH_2057 PSPPH_2058 prpC acnD TRUE 0.879 70.000 0.289 1.000 Y NA
 878925 878926 PSPPH_2058 PSPPH_2059 acnD prpF TRUE 0.800 119.000 0.733 NA   NA
 878928 878929 PSPPH_2061 PSPPH_2062 ppsA   FALSE 0.129 162.000 0.029 NA N NA
 878929 878930 PSPPH_2062 PSPPH_2063     FALSE 0.441 88.000 0.113 NA N NA
 878930 878931 PSPPH_2063 PSPPH_2064     TRUE 0.935 12.000 0.093 NA N NA
 878931 878932 PSPPH_2064 PSPPH_2065     FALSE 0.405 87.000 0.093 NA   NA
 878932 878933 PSPPH_2065 PSPPH_2066     TRUE 0.989 3.000 0.256 NA   NA
 878933 878934 PSPPH_2066 PSPPH_2067     FALSE 0.418 176.000 0.279 NA   NA
 878934 878935 PSPPH_2067 PSPPH_2068     FALSE 0.337 106.000 0.080 1.000 N NA
 878936 878937 PSPPH_2069 PSPPH_2070 cobA   TRUE 0.927 11.000 0.048 1.000 N NA
 878937 878938 PSPPH_2070 PSPPH_2071     TRUE 0.986 -3.000 0.069 0.041   NA
 878938 878939 PSPPH_2071 PSPPH_2072     FALSE 0.036 277.000 0.033 1.000   NA
 878939 878940 PSPPH_2072 PSPPH_2073     TRUE 0.989 8.000 0.337 1.000 N NA
 878942 878943 PSPPH_2075 PSPPH_2076 nasT   TRUE 0.947 15.000 0.218 NA N NA
 878946 878947 PSPPH_2079 PSPPH_2080 rlmL   FALSE 0.126 141.000 0.010 1.000 N NA
 878950 878951 PSPPH_2083 PSPPH_2084     FALSE 0.110 94.000 0.000 1.000   NA
 878952 878953 PSPPH_2085 PSPPH_2086     FALSE 0.179 60.000 0.000 NA   NA
 878954 878955 PSPPH_2087 PSPPH_2088     FALSE 0.078 139.000 0.000 1.000   NA
 878955 878956 PSPPH_2088 PSPPH_2089     FALSE 0.103 165.000 0.024 NA   NA
 878956 878957 PSPPH_2089 PSPPH_2090     TRUE 0.966 -3.000 0.065 NA   NA
 878957 878958 PSPPH_2090 PSPPH_2091     TRUE 0.940 5.000 0.040 NA   NA
 878959 878960 PSPPH_2092 PSPPH_2093     FALSE 0.251 44.000 0.000 NA   NA
 878960 878961 PSPPH_2093 PSPPH_2094     FALSE 0.184 58.000 0.000 NA   NA
 878961 878962 PSPPH_2094 PSPPH_2095   pcaQ FALSE 0.203 53.000 0.000 NA   NA
 878962 878963 PSPPH_2095 PSPPH_2096 pcaQ pcaH TRUE 0.638 126.000 0.153 0.001 N NA
 878963 878964 PSPPH_2096 PSPPH_2097 pcaH pcaG TRUE 0.998 12.000 0.782 0.000 Y NA
 878964 878965 PSPPH_2097 PSPPH_2098 pcaG pcaK FALSE 0.142 87.000 0.000 1.000 N NA
 878965 878966 PSPPH_2098 PSPPH_2099 pcaK pcaB TRUE 0.514 25.000 0.000 1.000 N NA
 878966 878967 PSPPH_2099 PSPPH_2100 pcaB pcaC1 TRUE 0.963 -3.000 0.049 1.000   NA
 878970 878971 PSPPH_2103 PSPPH_2104     FALSE 0.093 88.000 0.000 NA   NA
 878972 878973 PSPPH_2105 PSPPH_2106     FALSE 0.391 108.000 0.122 1.000 N NA
 878976 878977 PSPPH_2109 PSPPH_2110   mobA FALSE 0.116 98.000 0.007 NA   NA
 878978 878979 PSPPH_2111 PSPPH_2112 moaB moeA TRUE 0.993 7.000 0.073 0.002 Y NA
 878979 878980 PSPPH_2112 PSPPH_2113 moeA   FALSE 0.093 88.000 0.000 NA   NA
 878983 878984 PSPPH_2116 PSPPH_2117     FALSE 0.019 229.000 0.000 NA   NA
 878985 878986 PSPPH_2118 PSPPH_2119     FALSE 0.003 400.000 0.000 NA   NA
 878986 878987 PSPPH_2119 PSPPH_2120   map1 TRUE 0.994 -3.000 0.410 NA   NA
 878988 878989 PSPPH_2121 PSPPH_2122   endA FALSE 0.025 208.000 0.000 NA   NA
 878989 878990 PSPPH_2122 PSPPH_2123 endA   TRUE 0.993 5.000 0.455 NA   NA
 878991 878992 PSPPH_2124 PSPPH_2125   rbsB FALSE 0.029 194.000 0.000 NA   NA
 878992 878993 PSPPH_2125 PSPPH_2126 rbsB rbsA TRUE 0.834 54.000 0.132 NA Y NA
 878993 878994 PSPPH_2126 PSPPH_2127 rbsA rbsC TRUE 0.999 -3.000 0.778 1.000 Y NA
 878994 878995 PSPPH_2127 PSPPH_2128 rbsC rbsR TRUE 0.990 2.000 0.226 1.000 N NA
 878995 878996 PSPPH_2128 PSPPH_2129 rbsR rbsK TRUE 0.947 31.000 0.484 1.000 N NA
 878996 878997 PSPPH_2129 PSPPH_2130 rbsK   TRUE 0.983 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 878997 878998 PSPPH_2130 PSPPH_2131     TRUE 0.705 23.000 0.025 1.000 N NA
 878999 879000 PSPPH_2132 PSPPH_2133   capA FALSE 0.001 697.000 0.000 NA   NA
 879000 879001 PSPPH_2133 PSPPH_2134 capA   FALSE 0.008 296.000 0.000 NA   NA
 879002 879003 PSPPH_2135 PSPPH_2136 thrS infC TRUE 0.965 18.000 0.186 1.000 Y NA
 879003 879004 PSPPH_2136 PSPPH_2137 infC rpmI TRUE 0.959 61.000 0.652 1.000 Y NA
 879004 879005 PSPPH_2137 PSPPH_2138 rpmI rplT TRUE 0.994 30.000 0.928 0.010 Y NA
 879005 879006 PSPPH_2138 PSPPH_2139 rplT pheS TRUE 0.692 105.000 0.202 1.000 Y NA
 879006 879007 PSPPH_2139 PSPPH_2140 pheS pheT TRUE 0.991 29.000 0.574 0.000 Y NA
 879007 879008 PSPPH_2140 PSPPH_2141 pheT ihfA TRUE 0.987 4.000 0.208 1.000 N NA
 879008 879009 PSPPH_2141 PSPPH_2142 ihfA   TRUE 0.982 -19.000 0.535 1.000 N NA
 879009 879010 PSPPH_2142 PSPPH_2143     FALSE 0.091 89.000 0.000 NA   NA
 879011 879012 PSPPH_2144 PSPPH_2145     FALSE 0.003 444.000 0.000 NA   NA
 879012 879013 PSPPH_2145 PSPPH_2146     FALSE 0.179 60.000 0.000 NA   NA
 879013 879014 PSPPH_2146 PSPPH_2147     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 879014 879015 PSPPH_2147 PSPPH_2148     TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 879015 879016 PSPPH_2148 PSPPH_2149     FALSE 0.003 411.000 0.000 NA   NA
 879019 879020 PSPPH_2152 PSPPH_2153     FALSE 0.002 505.000 0.000 NA   NA
 879020 879021 PSPPH_2153 PSPPH_2154     TRUE 0.912 56.000 0.600 NA   NA
 879021 879022 PSPPH_2154 PSPPH_2155     FALSE 0.073 102.000 0.000 NA   NA
 879022 879023 PSPPH_2155 PSPPH_2156     FALSE 0.002 492.000 0.000 NA   NA
 879023 879024 PSPPH_2156 PSPPH_2157     FALSE 0.006 327.000 0.000 NA   NA
 879024 879025 PSPPH_2157 PSPPH_2158     FALSE 0.010 278.000 0.000 NA   NA
 879025 879026 PSPPH_2158 PSPPH_2159     TRUE 0.992 -3.000 0.045 0.065 Y NA
 879026 879027 PSPPH_2159 PSPPH_2160     TRUE 0.916 -16.000 0.120 NA N NA
 879027 879028 PSPPH_2160 PSPPH_2161     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879028 879029 PSPPH_2161 PSPPH_2162     TRUE 0.917 29.000 0.167 0.041   NA
 879029 879030 PSPPH_2162 PSPPH_2163     FALSE 0.390 78.000 0.000 0.041   NA
 879030 879031 PSPPH_2163 PSPPH_2164     FALSE 0.133 73.000 0.000 NA   NA
 879031 879032 PSPPH_2164 PSPPH_2165     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879033 879034 PSPPH_2166 PSPPH_2167     FALSE 0.413 82.000 0.000 NA Y NA
 879034 879035 PSPPH_2167 PSPPH_2168     TRUE 0.677 12.000 0.000 NA   NA
 879038 879039 PSPPH_2171 PSPPH_2172     FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 879040 879041 PSPPH_2173 PSPPH_2174   gspH2 TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879044 879045 PSPPH_2177 PSPPH_2178 gspG2 gspK2 TRUE 0.855 3.000 0.000 NA   NA
 879045 879046 PSPPH_2178 PSPPH_2179 gspK2   TRUE 0.801 6.000 0.000 NA   NA
 879046 879047 PSPPH_2179 PSPPH_2180     TRUE 0.960 5.000 0.061 1.000   NA
 879047 879048 PSPPH_2180 PSPPH_2181   gspD2 TRUE 0.989 0.000 0.044 1.000 Y NA
 879048 879049 PSPPH_2181 PSPPH_2182 gspD2 gspE2 TRUE 0.999 -3.000 0.776 0.004 Y NA
 879049 879050 PSPPH_2182 PSPPH_2183 gspE2 gspF2 TRUE 0.999 0.000 0.653 0.004 Y NA
 879051 879052 PSPPH_2184 PSPPH_2185 pel   FALSE 0.005 338.000 0.000 NA   NA
 879053 879054 PSPPH_2186 PSPPH_2187     FALSE 0.007 349.000 0.000 1.000   NA
 879054 879055 PSPPH_2187 PSPPH_2188     TRUE 0.988 3.000 0.200 1.000 N NA
 879055 879056 PSPPH_2188 PSPPH_2189     TRUE 0.563 15.000 0.000 NA   NA
 879056 879057 PSPPH_2189 PSPPH_2190     FALSE 0.325 137.000 0.118 NA   NA
 879057 879058 PSPPH_2190 PSPPH_2191     TRUE 0.992 -3.000 0.333 NA   NA
 879061 879062 PSPPH_2194 PSPPH_2195     FALSE 0.017 239.000 0.000 NA   NA
 879062 879063 PSPPH_2195 PSPPH_2196     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879063 879064 PSPPH_2196 PSPPH_2197     TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 879064 879065 PSPPH_2197 PSPPH_2198     FALSE 0.011 267.000 0.000 NA   NA
 879065 879066 PSPPH_2198 PSPPH_2199   prt TRUE 0.749 22.000 0.043 NA   NA
 879069 879070 PSPPH_2202 PSPPH_2203     FALSE 0.063 129.000 0.000 NA   NA
 879070 879071 PSPPH_2203 PSPPH_2204     TRUE 0.988 23.000 1.000 1.000 N NA
 879072 879073 PSPPH_2205 PSPPH_2206     FALSE 0.037 180.000 0.000 NA   NA
 879073 879074 PSPPH_2206 PSPPH_2207     FALSE 0.001 812.000 0.000 NA   NA
 879074 879075 PSPPH_2207 PSPPH_2208     FALSE 0.083 130.000 0.000 1.000   NA
 879076 879077 PSPPH_2209 PSPPH_2210 phbA2   FALSE 0.379 93.000 0.000 1.000 Y NA
 879080 879081 PSPPH_2213 PSPPH_2214     FALSE 0.146 80.000 0.000 1.000   NA
 879083 879084 PSPPH_2216 PSPPH_2217     FALSE 0.199 54.000 0.000 NA   NA
 879088 879089 PSPPH_2221 PSPPH_2222 cobM   TRUE 0.797 33.000 0.025 0.007   NA
 879089 879090 PSPPH_2222 PSPPH_2223     TRUE 0.888 -46.000 0.132 NA   NA
 879091 879092 PSPPH_2224 PSPPH_2225   cobN TRUE 0.948 -46.000 0.274 1.000   NA
 879092 879093 PSPPH_2225 PSPPH_2226 cobN bchI TRUE 0.991 0.000 0.070 1.000 Y NA
 879093 879094 PSPPH_2226 PSPPH_2227 bchI   TRUE 0.963 78.000 0.568 0.001 Y NA
 879097 879098 PSPPH_2230 PSPPH_2231     TRUE 0.995 -3.000 0.242 NA Y NA
 879099 879100 PSPPH_2232 PSPPH_2233     TRUE 0.939 -3.000 0.029 NA   NA
 879102 879103 PSPPH_2235 PSPPH_2236 catD2   FALSE 0.146 80.000 0.000 1.000   NA
 879103 879104 PSPPH_2236 PSPPH_2237     FALSE 0.187 75.000 0.000 1.000 N NA
 879104 879105 PSPPH_2237 PSPPH_2238     FALSE 0.004 396.000 0.000 NA   NA
 879106 879107 PSPPH_2239 PSPPH_2240     TRUE 0.967 -31.000 0.409 NA   NA
 879107 879108 PSPPH_2240 PSPPH_2241     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879108 879109 PSPPH_2241 PSPPH_2242     TRUE 0.601 14.000 0.000 NA   NA
 879109 879110 PSPPH_2242 PSPPH_2243   glgX TRUE 0.514 72.000 0.085 1.000   NA
 879110 879111 PSPPH_2243 PSPPH_2244 glgX   FALSE 0.048 159.000 0.000 NA   NA
 879111 879112 PSPPH_2244 PSPPH_2245   treY TRUE 0.494 18.000 0.000 NA   NA
 879112 879113 PSPPH_2245 PSPPH_2246 treY malQ TRUE 0.996 -3.000 0.141 0.004 Y NA
 879113 879114 PSPPH_2246 PSPPH_2247 malQ treZ TRUE 0.991 -10.000 0.204 0.004 Y NA
 879114 879115 PSPPH_2247 PSPPH_2248 treZ glgA TRUE 0.995 16.000 0.917 1.000 Y NA
 879118 879119 PSPPH_2251 PSPPH_2252   zwf2 TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 879119 879120 PSPPH_2252 PSPPH_2253 zwf2   TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 879120 879121 PSPPH_2253 PSPPH_2254     FALSE 0.208 52.000 0.000 NA   NA
 879122 879123 PSPPH_2255 PSPPH_2256 alkB   TRUE 0.566 25.000 0.015 NA   NA
 879123 879124 PSPPH_2256 PSPPH_2257     TRUE 0.923 15.000 0.156 NA   NA
 879127 879128 PSPPH_2260 PSPPH_2261 galU gor FALSE 0.109 103.000 0.000 1.000 N NA
 879128 879129 PSPPH_2261 PSPPH_2262 gor   FALSE 0.201 71.000 0.000 1.000 N NA
 879131 879132 PSPPH_2264 PSPPH_2265   ahpC FALSE 0.145 111.000 0.012 1.000 N NA
 879132 879133 PSPPH_2265 PSPPH_2266 ahpC ahpF TRUE 0.855 125.000 0.551 1.000 Y NA
 879136 879137 PSPPH_2269 PSPPH_2270     FALSE 0.003 486.000 0.000 1.000   NA
 879137 879138 PSPPH_2270 PSPPH_2271     FALSE 0.449 81.000 0.000 1.000 Y NA
 879138 879139 PSPPH_2271 PSPPH_2272   mexF TRUE 0.998 0.000 0.600 0.073 N NA
 879139 879140 PSPPH_2272 PSPPH_2273 mexF mexE TRUE 0.994 13.000 0.923 1.000 N NA
 879142 879143 PSPPH_2275 PSPPH_2276 glnQ2   TRUE 0.939 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 879143 879144 PSPPH_2276 PSPPH_2277     TRUE 0.987 4.000 0.000 0.011 Y NA
 879144 879145 PSPPH_2277 PSPPH_2278     TRUE 0.732 58.000 0.000 0.073 Y NA
 879146 879147 PSPPH_2279 PSPPH_2280     TRUE 0.998 -7.000 0.952 1.000 Y NA
 879147 879148 PSPPH_2280 PSPPH_2281     FALSE 0.069 105.000 0.000 NA   NA
 879148 879149 PSPPH_2281 PSPPH_2282     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879149 879150 PSPPH_2282 PSPPH_2283     TRUE 0.977 1.000 0.091 NA   NA
 879152 879153 PSPPH_2285 PSPPH_2286     FALSE 0.001 1681.000 0.000 NA   NA
 879155 879156 PSPPH_2288 PSPPH_2289     TRUE 0.535 -25.000 0.000 NA   NA
 879157 879158 PSPPH_2290 PSPPH_2291     TRUE 0.998 -3.000 1.000 1.000   NA
 879158 879159 PSPPH_2291 PSPPH_2292   nikB TRUE 0.999 5.000 0.857 0.073 Y NA
 879159 879160 PSPPH_2292 PSPPH_2293 nikB   TRUE 0.999 -3.000 0.857 0.073 Y NA
 879163 879164 PSPPH_2296 PSPPH_2297     FALSE 0.062 114.000 0.000 NA   NA
 879164 879165 PSPPH_2297 PSPPH_2298     TRUE 0.785 8.000 0.000 NA   NA
 879165 879166 PSPPH_2298 PSPPH_2299     FALSE 0.038 178.000 0.000 NA   NA
 879167 879168 PSPPH_2300 PSPPH_2301     TRUE 0.544 93.000 0.000 0.062 Y NA
 879169 879170 PSPPH_2302 PSPPH_2303     TRUE 0.679 34.000 0.056 NA N NA
 879171 879172 PSPPH_2304 PSPPH_2305     FALSE 0.073 102.000 0.000 NA   NA
 879174 879175 PSPPH_2307 PSPPH_2308     FALSE 0.004 390.000 0.000 NA   NA
 879175 879176 PSPPH_2308 PSPPH_2309   mexT FALSE 0.003 505.000 0.000 1.000 N NA
 879181 879182 PSPPH_2314 PSPPH_2315     TRUE 0.806 92.000 0.600 NA   NA
 879182 879183 PSPPH_2315 PSPPH_2316     TRUE 0.760 31.000 0.000 1.000 Y NA
 879183 879184 PSPPH_2316 PSPPH_2317   pgm FALSE 0.122 116.000 0.005 1.000 N NA
 879187 879188 PSPPH_2320 PSPPH_2321     TRUE 0.998 2.000 0.800 1.000   NA
 879188 879189 PSPPH_2321 PSPPH_2322     TRUE 0.999 0.000 0.800 0.073   NA
 879189 879190 PSPPH_2322 PSPPH_2323     TRUE 0.999 1.000 0.800 0.073   NA
 879190 879191 PSPPH_2323 PSPPH_2324   ppiC2 FALSE 0.097 225.000 0.056 1.000   NA
 879191 879192 PSPPH_2324 PSPPH_2325 ppiC2   FALSE 0.274 82.000 0.028 1.000   NA
 879192 879193 PSPPH_2325 PSPPH_2326     FALSE 0.002 703.000 0.000 1.000   NA
 879194 879195 PSPPH_2327 PSPPH_2328   gacA FALSE 0.266 179.000 0.036 0.020   NA
 879195 879196 PSPPH_2328 PSPPH_2329 gacA uvrC TRUE 0.989 3.000 0.086 0.020 N NA
 879196 879197 PSPPH_2329 PSPPH_2330 uvrC pgsA TRUE 0.877 33.000 0.227 1.000 N NA
 879197 879198 PSPPH_2330 PSPPH_2331 pgsA   FALSE 0.155 67.000 0.000 NA   NA
 879199 879200 PSPPH_2332 PSPPH_2333     FALSE 0.229 48.000 0.000 NA   NA
 879202 879203 PSPPH_2335 PSPPH_2336     TRUE 0.994 -3.000 0.406 1.000   NA
 879206 879207 PSPPH_2339 PSPPH_2340     TRUE 0.936 37.000 0.286 0.040 N NA
 879207 879208 PSPPH_2340 PSPPH_2341     TRUE 0.983 19.000 0.500 0.040   NA
 879208 879209 PSPPH_2341 PSPPH_2342     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 879211 879212 PSPPH_2344 PSPPH_2345     FALSE 0.002 534.000 0.000 NA   NA
 879212 879213 PSPPH_2345 PSPPH_2346     FALSE 0.257 42.000 0.000 NA   NA
 879213 879214 PSPPH_2346 PSPPH_2347     TRUE 0.974 -7.000 0.073 1.000 Y NA
 879214 879215 PSPPH_2347 PSPPH_2348     FALSE 0.295 35.000 0.000 NA   NA
 879215 879216 PSPPH_2348 PSPPH_2349     FALSE 0.427 23.000 0.000 NA   NA
 879219 879220 PSPPH_2352 PSPPH_2353 shcV xylH FALSE 0.074 144.000 0.000 1.000   NA
 879220 879221 PSPPH_2353 PSPPH_2354 xylH xylG TRUE 0.998 1.000 0.469 1.000 Y NA
 879221 879222 PSPPH_2354 PSPPH_2355 xylG xylF FALSE 0.084 94.000 0.000 NA   NA
 879222 879223 PSPPH_2355 PSPPH_2356 xylF xylA FALSE 0.058 140.000 0.000 NA   NA
 879225 879226 PSPPH_2358 PSPPH_2359     FALSE 0.006 333.000 0.000 NA   NA
 879226 879227 PSPPH_2359 PSPPH_2360     FALSE 0.003 418.000 0.000 NA   NA
 879228 879229 PSPPH_2361 PSPPH_2362     FALSE 0.026 217.000 0.000 NA N NA
 879229 879230 PSPPH_2362 PSPPH_2363     TRUE 0.870 16.000 0.000 NA Y NA
 879230 879231 PSPPH_2363 PSPPH_2364     TRUE 0.995 -13.000 0.778 1.000 Y NA
 879231 879232 PSPPH_2364 PSPPH_2365     TRUE 0.998 -3.000 0.429 0.072 Y NA
 879234 879235 PSPPH_2367 PSPPH_2368     TRUE 0.716 152.000 0.625 NA   NA
 879235 879236 PSPPH_2368 PSPPH_2369     TRUE 0.999 4.000 0.750 1.000 Y NA
 879236 879237 PSPPH_2369 PSPPH_2370     TRUE 0.995 22.000 0.857 0.072 Y NA
 879237 879238 PSPPH_2370 PSPPH_2371     TRUE 0.937 48.000 0.333 1.000 Y NA
 879238 879239 PSPPH_2371 PSPPH_2372     TRUE 0.990 6.000 0.167 1.000 Y NA
 879239 879240 PSPPH_2372 PSPPH_2373     FALSE 0.051 185.000 0.000 1.000 N NA
 879240 879241 PSPPH_2373 PSPPH_2374     TRUE 0.846 16.000 0.000 0.040   NA
 879241 879242 PSPPH_2374 PSPPH_2375     TRUE 0.816 5.000 0.000 NA   NA
 879243 879244 PSPPH_2376 PSPPH_2377 baeS1 baeS2 TRUE 0.998 -3.000 0.591 1.000 Y NA
 879245 879246 PSPPH_2378 PSPPH_2379     TRUE 0.997 3.000 0.700 1.000 N NA
 879246 879247 PSPPH_2379 PSPPH_2380     TRUE 0.999 0.000 0.900 0.072 N NA
 879247 879248 PSPPH_2380 PSPPH_2381     FALSE 0.082 115.000 0.000 1.000   NA
 879248 879249 PSPPH_2381 PSPPH_2382     FALSE 0.027 201.000 0.000 NA   NA
 879251 879252 PSPPH_2384 PSPPH_2385     FALSE 0.023 213.000 0.000 NA   NA
 879253 879254 PSPPH_2386 PSPPH_2387     FALSE 0.269 40.000 0.000 NA   NA
 879254 879255 PSPPH_2387 PSPPH_2388     FALSE 0.444 22.000 0.000 NA   NA
 879256 879257 PSPPH_2389 PSPPH_2390     FALSE 0.009 286.000 0.000 NA   NA
 879258 879259 PSPPH_2391 PSPPH_2392     FALSE 0.004 391.000 0.000 NA   NA
 879260 879261 PSPPH_2393 PSPPH_2394     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 879261 879262 PSPPH_2394 PSPPH_2395     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879262 879263 PSPPH_2395 PSPPH_2396     FALSE 0.175 61.000 0.000 NA   NA
 879263 879264 PSPPH_2396 PSPPH_2397     FALSE 0.003 410.000 0.000 NA   NA
 879264 879265 PSPPH_2397 PSPPH_2398     TRUE 0.637 13.000 0.000 NA   NA
 879265 879266 PSPPH_2398 PSPPH_2399     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879266 879267 PSPPH_2399 PSPPH_2400     FALSE 0.006 330.000 0.000 NA   NA
 879268 879269 PSPPH_2401 PSPPH_2402     FALSE 0.043 168.000 0.000 NA   NA
 879269 879270 PSPPH_2402 PSPPH_2403   modC FALSE 0.230 89.000 0.021 1.000 N NA
 879270 879271 PSPPH_2403 PSPPH_2404 modC modB TRUE 0.998 4.000 0.308 0.001 Y NA
 879271 879272 PSPPH_2404 PSPPH_2405 modB modA TRUE 0.999 1.000 0.660 0.001 Y NA
 879272 879273 PSPPH_2405 PSPPH_2406 modA   FALSE 0.192 102.000 0.026 1.000   NA
 879274 879275 PSPPH_2407 PSPPH_2408     TRUE 0.903 51.000 0.444 1.000 N NA
 879277 879278 PSPPH_2410 PSPPH_2411     FALSE 0.021 221.000 0.000 NA   NA
 879278 879279 PSPPH_2411 PSPPH_2412   mets TRUE 0.780 -7.000 0.006 NA   NA
 879279 879280 PSPPH_2412 PSPPH_2413 mets   TRUE 0.902 5.000 0.003 1.000 N NA
 879280 879281 PSPPH_2413 PSPPH_2414     TRUE 0.993 -3.000 0.167 NA Y NA
 879281 879282 PSPPH_2414 PSPPH_2415     TRUE 0.607 55.000 0.083 NA N NA
 879282 879283 PSPPH_2415 PSPPH_2416     TRUE 0.829 6.000 0.000 NA N NA
 879283 879284 PSPPH_2416 PSPPH_2417     TRUE 0.992 0.000 0.286 NA   NA
 879284 879285 PSPPH_2417 PSPPH_2418   rhtC FALSE 0.363 28.000 0.000 NA   NA
 879285 879286 PSPPH_2418 PSPPH_2419 rhtC   TRUE 0.514 25.000 0.000 1.000 N NA
 879286 879287 PSPPH_2419 PSPPH_2420     TRUE 0.889 4.000 0.000 1.000 N NA
 879289 879290 PSPPH_2422 PSPPH_2423     FALSE 0.025 206.000 0.000 NA   NA
 879290 879291 PSPPH_2423 PSPPH_2424     FALSE 0.102 84.000 0.000 NA   NA
 879291 879292 PSPPH_2424 PSPPH_2425   treS FALSE 0.048 159.000 0.000 NA   NA
 879294 879295 PSPPH_2427 PSPPH_2428 xylC   TRUE 0.794 87.000 0.286 0.040 N NA
 879295 879296 PSPPH_2428 PSPPH_2429     TRUE 0.639 85.000 0.227 1.000 N NA
 879300 879301 PSPPH_2433 PSPPH_2434   vdh TRUE 0.674 91.000 0.172 0.064 N NA
 879301 879302 PSPPH_2434 PSPPH_2435 vdh fcs FALSE 0.475 270.000 0.600 0.064 N NA
 879302 879303 PSPPH_2435 PSPPH_2436 fcs   TRUE 0.995 -3.000 0.231 1.000 Y NA
 879303 879304 PSPPH_2436 PSPPH_2437     FALSE 0.058 140.000 0.000 NA   NA
 879306 879307 PSPPH_2439 PSPPH_2440     FALSE 0.066 155.000 0.000 1.000   NA
 879307 879308 PSPPH_2440 PSPPH_2441     TRUE 0.636 15.000 0.000 1.000   NA
 879308 879309 PSPPH_2441 PSPPH_2442     FALSE 0.008 294.000 0.000 NA   NA
 879309 879310 PSPPH_2442 PSPPH_2443     TRUE 0.989 -3.000 0.250 NA   NA
 879312 879313 PSPPH_2445 PSPPH_2446     FALSE 0.269 87.000 0.032 1.000   NA
 879313 879314 PSPPH_2446 PSPPH_2447     TRUE 0.999 -3.000 0.886 0.004 Y NA
 879316 879317 PSPPH_2449 PSPPH_2450     FALSE 0.007 309.000 0.000 NA   NA
 879318 879319 PSPPH_2451 PSPPH_2452 oprE   TRUE 0.668 73.000 0.083 0.061   NA
 879319 879320 PSPPH_2452 PSPPH_2453   aspB TRUE 0.949 11.000 0.083 1.000 N NA
 879321 879322 PSPPH_2454 PSPPH_2455   accB1 FALSE 0.191 74.000 0.000 1.000 N NA
 879322 879323 PSPPH_2455 PSPPH_2456 accB1 accC1 TRUE 0.892 55.000 0.066 0.002 Y NA
 879323 879324 PSPPH_2456 PSPPH_2457 accC1   TRUE 0.956 -3.000 0.033 1.000 N NA
 879324 879325 PSPPH_2457 PSPPH_2458     TRUE 0.999 -3.000 0.750 NA Y NA
 879325 879326 PSPPH_2458 PSPPH_2459     TRUE 0.988 0.000 0.179 NA N NA
 879326 879327 PSPPH_2459 PSPPH_2460     TRUE 0.986 5.000 0.250 NA   NA
 879327 879328 PSPPH_2460 PSPPH_2461     FALSE 0.413 128.000 0.160 1.000   NA
 879328 879329 PSPPH_2461 PSPPH_2462     TRUE 0.776 122.000 0.640 1.000   NA
 879329 879330 PSPPH_2462 PSPPH_2463     TRUE 0.999 7.000 0.810 0.011 Y NA
 879330 879331 PSPPH_2463 PSPPH_2464     TRUE 0.997 11.000 0.714 1.000 Y NA
 879331 879332 PSPPH_2464 PSPPH_2465     TRUE 0.965 52.000 0.632 1.000 Y NA
 879332 879333 PSPPH_2465 PSPPH_2466     FALSE 0.067 107.000 0.000 NA   NA
 879334 879335 PSPPH_2467 PSPPH_2468     TRUE 0.953 19.000 0.308 1.000 N NA
 879336 879337 PSPPH_2469 PSPPH_2470     FALSE 0.059 139.000 0.000 NA   NA
 879339 879340 PSPPH_2472 PSPPH_2473     FALSE 0.191 74.000 0.000 1.000 N NA
 879341 879342 PSPPH_2474 PSPPH_2475 vanB vanA TRUE 0.730 74.000 0.128 0.040 N NA
 879342 879343 PSPPH_2475 PSPPH_2476 vanA   FALSE 0.082 148.000 0.000 1.000 N NA
 879344 879345 PSPPH_2477 PSPPH_2478     FALSE 0.206 65.000 0.000 1.000   NA
 879347 879348 PSPPH_2480 PSPPH_2481   glf TRUE 0.612 -12.000 0.000 NA   NA
 879348 879349 PSPPH_2481 PSPPH_2482 glf   TRUE 0.958 3.000 0.036 1.000   NA
 879349 879350 PSPPH_2482 PSPPH_2483     FALSE 0.033 208.000 0.000 1.000   NA
 879350 879351 PSPPH_2483 PSPPH_2484     FALSE 0.201 71.000 0.000 1.000 N NA
 879351 879352 PSPPH_2484 PSPPH_2485     FALSE 0.021 224.000 0.000 NA   NA
 879355 879356 PSPPH_2488 PSPPH_2489     FALSE 0.004 397.000 0.000 NA   NA
 879359 879360 PSPPH_2492 PSPPH_2493 argD1   FALSE 0.140 125.000 0.023 NA   NA
 879365 879366 PSPPH_2498 PSPPH_2499     TRUE 0.997 -3.000 0.748 NA   NA
 879367 879368 PSPPH_2500 PSPPH_2501     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879368 879369 PSPPH_2501 PSPPH_2502     TRUE 0.999 0.000 0.465 0.096 Y NA
 879369 879370 PSPPH_2502 PSPPH_2503     TRUE 0.992 12.000 0.400 1.000 Y NA
 879372 879373 PSPPH_2505 PSPPH_2506   abP FALSE 0.340 187.000 0.083 NA Y NA
 879373 879374 PSPPH_2506 PSPPH_2507 abP   TRUE 0.976 56.000 0.917 NA Y NA
 879374 879375 PSPPH_2507 PSPPH_2508   araH TRUE 0.990 18.000 0.451 0.084 Y NA
 879376 879377 PSPPH_2509 PSPPH_2510     FALSE 0.049 157.000 0.000 NA   NA
 879379 879380 PSPPH_2512 PSPPH_2513     FALSE 0.402 25.000 0.000 NA   NA
 879383 879384 PSPPH_2516 PSPPH_2517     FALSE 0.063 123.000 0.000 NA   NA
 879384 879385 PSPPH_2517 PSPPH_2518     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 879385 879386 PSPPH_2518 PSPPH_2519     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879386 879387 PSPPH_2519 PSPPH_2520     TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000   NA
 879387 879388 PSPPH_2520 PSPPH_2521     TRUE 0.993 -3.000 0.050 0.012 Y NA
 879388 879389 PSPPH_2521 PSPPH_2522     TRUE 0.880 13.000 0.050 NA   NA
 879391 879392 PSPPH_2524 PSPPH_2525     FALSE 0.444 22.000 0.000 NA   NA
 879392 879393 PSPPH_2525 PSPPH_2526     FALSE 0.068 106.000 0.000 NA   NA
 879393 879394 PSPPH_2526 PSPPH_2527     TRUE 0.998 4.000 1.000 NA   NA
 879394 879395 PSPPH_2527 PSPPH_2528     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 879395 879396 PSPPH_2528 PSPPH_2529     TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 879396 879397 PSPPH_2529 PSPPH_2530     TRUE 0.939 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 879401 879402 PSPPH_2534 PSPPH_2535     TRUE 0.974 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 879402 879403 PSPPH_2535 PSPPH_2536     TRUE 0.999 5.000 1.000 0.012 Y NA
 879403 879404 PSPPH_2536 PSPPH_2537     TRUE 0.999 7.000 1.000 1.000 Y NA
 879404 879405 PSPPH_2537 PSPPH_2538     TRUE 0.974 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 879407 879408 PSPPH_2540 PSPPH_2541     FALSE 0.191 56.000 0.000 NA   NA
 879408 879409 PSPPH_2541 PSPPH_2542     FALSE 0.019 229.000 0.000 NA   NA
 879410 879411 PSPPH_2543 PSPPH_2544     FALSE 0.242 46.000 0.000 NA   NA
 879411 879412 PSPPH_2544 PSPPH_2545   mqo2 FALSE 0.004 360.000 0.000 NA   NA
 879413 879414 PSPPH_2546 PSPPH_2547     TRUE 0.998 0.000 0.222 0.040 Y NA
 879414 879415 PSPPH_2547 PSPPH_2548     TRUE 0.994 10.000 0.133 0.001 Y NA
 879415 879416 PSPPH_2548 PSPPH_2549     TRUE 0.876 3.000 0.000 NA N NA
 879423 879424 PSPPH_2556 PSPPH_2557     TRUE 0.999 -3.000 0.815 0.071 Y NA
 879424 879425 PSPPH_2557 PSPPH_2558     TRUE 0.999 7.000 0.852 0.071 Y NA
 879425 879426 PSPPH_2558 PSPPH_2559     TRUE 0.883 87.000 0.304 0.071 Y NA
 879426 879427 PSPPH_2559 PSPPH_2560   ribBA1 FALSE 0.013 291.000 0.000 1.000 N NA
 879429 879430 PSPPH_2562 PSPPH_2563 mutT2   TRUE 0.965 2.000 0.039 1.000 N NA
 879430 879431 PSPPH_2563 PSPPH_2564     TRUE 0.943 21.000 0.286 1.000   NA
 879431 879432 PSPPH_2564 PSPPH_2565     TRUE 0.965 14.000 0.143 0.039   NA
 879432 879433 PSPPH_2565 PSPPH_2566   catD3 TRUE 0.984 -3.000 0.164 1.000   NA
 879433 879434 PSPPH_2566 PSPPH_2567 catD3   TRUE 0.924 49.000 0.582 NA   NA
 879435 879436 PSPPH_2568 PSPPH_2569   fdhA1 FALSE 0.412 33.000 0.000 1.000 N NA
 879436 879437 PSPPH_2569 PSPPH_2570 fdhA1   FALSE 0.280 105.000 0.000 0.039 N NA
 879445 879446 PSPPH_2578 PSPPH_2579     FALSE 0.024 211.000 0.000 NA   NA
 879448 879449 PSPPH_2581 PSPPH_2582     TRUE 0.666 44.000 0.083 NA   NA
 879454 879455 PSPPH_2587 PSPPH_2588     FALSE 0.096 128.000 0.000 1.000 N NA
 879455 879456 PSPPH_2588 PSPPH_2589     FALSE 0.009 309.000 0.000 1.000   NA
 879457 879458 PSPPH_2590 PSPPH_2591     FALSE 0.037 179.000 0.000 NA   NA
 879459 879460 PSPPH_2592 PSPPH_2593 mtlZ uxuB/xylB TRUE 0.938 23.000 0.118 1.000 Y NA
 879460 879461 PSPPH_2593 PSPPH_2594 uxuB/xylB   TRUE 0.866 18.000 0.000 1.000 Y NA
 879461 879462 PSPPH_2594 PSPPH_2595     TRUE 0.739 31.000 0.000 NA Y NA
 879462 879463 PSPPH_2595 PSPPH_2596     TRUE 0.570 88.000 0.056 NA Y NA
 879463 879464 PSPPH_2596 PSPPH_2597   mltR FALSE 0.024 241.000 0.000 1.000 N NA
 879466 879467 PSPPH_2599 PSPPH_2600     FALSE 0.143 107.000 0.022 NA   NA
 879468 879469 PSPPH_2601 PSPPH_2602   cheR2 TRUE 0.898 50.000 0.208 1.000 Y NA
 879469 879470 PSPPH_2602 PSPPH_2603 cheR2 cheB2 TRUE 0.994 -3.000 0.416 1.000   NA
 879470 879471 PSPPH_2603 PSPPH_2604 cheB2   TRUE 0.986 -6.000 0.353 1.000   NA
 879471 879472 PSPPH_2604 PSPPH_2605     TRUE 0.920 94.000 0.462 0.020 Y NA
 879473 879474 PSPPH_2606 PSPPH_2607     TRUE 0.876 69.000 0.174 0.095 Y NA
 879475 879476 PSPPH_2608 PSPPH_2609     TRUE 0.543 40.000 0.025 1.000 N NA
 879477 879478 PSPPH_2610 PSPPH_2611     FALSE 0.085 93.000 0.000 NA   NA
 879478 879479 PSPPH_2611 PSPPH_2612     FALSE 0.072 103.000 0.000 NA   NA
 879479 879480 PSPPH_2612 PSPPH_2613     TRUE 0.822 28.000 0.115 1.000   NA
 879480 879481 PSPPH_2613 PSPPH_2614     FALSE 0.031 214.000 0.000 1.000   NA
 879481 879482 PSPPH_2614 PSPPH_2615     TRUE 0.849 56.000 0.344 NA N NA
 879484 879485 PSPPH_2617 PSPPH_2618   cysI TRUE 0.929 -16.000 0.165 NA   NA
 879488 879489 PSPPH_2621 PSPPH_2622     FALSE 0.157 184.000 0.059 1.000   NA
 879489 879490 PSPPH_2622 PSPPH_2623     FALSE 0.299 71.000 0.020 1.000   NA
 879490 879491 PSPPH_2623 PSPPH_2624     FALSE 0.062 133.000 0.000 NA   NA
 879492 879493 PSPPH_2625 PSPPH_2626     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879493 879494 PSPPH_2626 PSPPH_2627     TRUE 0.974 15.000 0.189 1.000 Y NA
 879494 879495 PSPPH_2627 PSPPH_2628     TRUE 0.601 14.000 0.000 NA   NA
 879495 879496 PSPPH_2628 PSPPH_2629   mvaB FALSE 0.001 724.000 0.000 NA   NA
 879496 879497 PSPPH_2629 PSPPH_2630 mvaB   TRUE 0.789 19.000 0.035 1.000 N NA
 879497 879498 PSPPH_2630 PSPPH_2631     FALSE 0.480 166.000 0.033 0.061 Y NA
 879500 879501 PSPPH_2633 PSPPH_2634   xth FALSE 0.269 133.000 0.056 1.000 N NA
 879502 879503 PSPPH_2635 PSPPH_2636     FALSE 0.435 60.000 0.033 1.000   NA
 879503 879504 PSPPH_2636 PSPPH_2637     TRUE 0.994 6.000 0.575 NA   NA
 879504 879505 PSPPH_2637 PSPPH_2638     FALSE 0.068 106.000 0.000 NA   NA
 879505 879506 PSPPH_2638 PSPPH_2639   tpx FALSE 0.132 91.000 0.000 1.000 N NA
 879506 879507 PSPPH_2639 PSPPH_2640 tpx mdtA FALSE 0.161 96.000 0.007 1.000 N NA
 879507 879508 PSPPH_2640 PSPPH_2641 mdtA mdtB TRUE 0.996 -3.000 0.619 NA N NA
 879508 879509 PSPPH_2641 PSPPH_2642 mdtB mdtC TRUE 0.999 -3.000 0.741 NA Y NA
 879509 879510 PSPPH_2642 PSPPH_2643 mdtC   TRUE 0.996 -3.000 0.556 NA N NA
 879510 879511 PSPPH_2643 PSPPH_2644     FALSE 0.342 202.000 0.267 1.000 N NA
 879511 879512 PSPPH_2644 PSPPH_2645     TRUE 0.847 47.000 0.250 1.000 N NA
 879512 879513 PSPPH_2645 PSPPH_2646     FALSE 0.003 501.000 0.000 1.000   NA
 879513 879514 PSPPH_2646 PSPPH_2647     TRUE 0.986 20.000 0.544 0.004   NA
 879514 879515 PSPPH_2647 PSPPH_2648   glgB TRUE 0.996 -3.000 0.115 0.004 Y NA
 879516 879517 PSPPH_2649 PSPPH_2650     FALSE 0.013 253.000 0.000 NA   NA
 879519 879520 PSPPH_2652 PSPPH_2653     FALSE 0.005 398.000 0.000 1.000   NA
 879521 879522 PSPPH_2654 PSPPH_2655     FALSE 0.079 97.000 0.000 NA   NA
 879522 879523 PSPPH_2655 PSPPH_2656     FALSE 0.082 118.000 0.000 1.000   NA
 879523 879524 PSPPH_2656 PSPPH_2657     FALSE 0.122 77.000 0.000 NA   NA
 879524 879525 PSPPH_2657 PSPPH_2658     FALSE 0.112 80.000 0.000 NA   NA
 879525 879526 PSPPH_2658 PSPPH_2659     FALSE 0.005 355.000 0.000 NA   NA
 879526 879527 PSPPH_2659 PSPPH_2660     FALSE 0.217 68.000 0.000 1.000 N NA
 879527 879528 PSPPH_2660 PSPPH_2661     TRUE 0.974 64.000 0.706 0.071 Y NA
 879528 879529 PSPPH_2661 PSPPH_2662     TRUE 0.993 10.000 0.148 0.011 Y NA
 879529 879530 PSPPH_2662 PSPPH_2663     TRUE 0.992 -3.000 0.125 1.000 Y NA
 879530 879531 PSPPH_2663 PSPPH_2664     TRUE 0.854 41.000 0.250 NA N NA
 879531 879532 PSPPH_2664 PSPPH_2665     TRUE 0.674 60.000 0.150 NA N NA
 879532 879533 PSPPH_2665 PSPPH_2666     TRUE 0.815 17.000 0.047 NA N NA
 879533 879534 PSPPH_2666 PSPPH_2667   kdgK TRUE 0.691 29.000 0.047 NA N NA
 879534 879535 PSPPH_2667 PSPPH_2668 kdgK   FALSE 0.083 130.000 0.000 1.000   NA
 879536 879537 PSPPH_2669 PSPPH_2670     FALSE 0.063 112.000 0.000 NA   NA
 879539 879540 PSPPH_2672 PSPPH_2673 nrtC   TRUE 0.996 1.000 0.273 1.000 Y NA
 879540 879541 PSPPH_2673 PSPPH_2674     TRUE 0.988 42.000 0.795 0.071 Y NA
 879544 879545 PSPPH_2677 PSPPH_2678 lexA1   TRUE 0.993 -3.000 0.381 NA   NA
 879545 879546 PSPPH_2678 PSPPH_2679     TRUE 0.980 -49.000 0.667 NA   NA
 879546 879547 PSPPH_2679 PSPPH_2680     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 879547 879548 PSPPH_2680 PSPPH_2681     FALSE 0.191 56.000 0.000 NA   NA
 879549 879550 PSPPH_2682 PSPPH_2683     TRUE 0.928 5.000 0.020 1.000 N NA
 879551 879552 PSPPH_2684 PSPPH_2685     FALSE 0.083 120.000 0.000 1.000   NA
 879553 879554 PSPPH_2686 PSPPH_2687   proP TRUE 0.898 -3.000 0.000 1.000 N NA
 879554 879555 PSPPH_2687 PSPPH_2688 proP   FALSE 0.048 188.000 0.000 1.000 N NA
 879555 879556 PSPPH_2688 PSPPH_2689     TRUE 0.902 24.000 0.000 0.061 Y NA
 879559 879560 PSPPH_2692 PSPPH_2693     FALSE 0.109 103.000 0.000 1.000 N NA
 879560 879561 PSPPH_2693 PSPPH_2694     FALSE 0.367 241.000 0.471 1.000 N NA
 879561 879562 PSPPH_2694 PSPPH_2695     TRUE 0.993 -3.000 0.176 1.000 Y NA
 879562 879563 PSPPH_2695 PSPPH_2696     TRUE 0.999 -3.000 0.818 0.071 Y NA
 879563 879564 PSPPH_2696 PSPPH_2697     TRUE 0.996 12.000 0.636 1.000 Y NA
 879564 879565 PSPPH_2697 PSPPH_2698     TRUE 0.998 -10.000 0.750 0.002 Y NA
 879565 879566 PSPPH_2698 PSPPH_2699     TRUE 0.973 52.000 0.750 1.000 Y NA
 879566 879567 PSPPH_2699 PSPPH_2700     TRUE 0.502 -40.000 0.000 NA   NA
 879567 879568 PSPPH_2700 PSPPH_2701     TRUE 0.994 0.000 0.333 NA   NA
 879568 879569 PSPPH_2701 PSPPH_2702     FALSE 0.063 121.000 0.000 NA   NA
 879570 879571 PSPPH_2703 PSPPH_2704     TRUE 0.500 26.000 0.000 1.000 N NA
 879572 879573 PSPPH_2705 PSPPH_2706     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879573 879574 PSPPH_2706 PSPPH_2707     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879574 879575 PSPPH_2707 PSPPH_2708     TRUE 0.789 13.000 0.018 NA   NA
 879575 879576 PSPPH_2708 PSPPH_2709     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 879576 879577 PSPPH_2709 PSPPH_2710     TRUE 0.686 35.000 0.000 0.039 N NA
 879577 879578 PSPPH_2710 PSPPH_2711     TRUE 0.875 5.000 0.000 1.000 N NA
 879578 879579 PSPPH_2711 PSPPH_2712   dcd1 TRUE 0.992 3.000 0.010 0.001 Y NA
 879579 879580 PSPPH_2712 PSPPH_2713 dcd1   TRUE 0.704 -10.000 0.000 1.000   NA
 879580 879581 PSPPH_2713 PSPPH_2714     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879581 879582 PSPPH_2714 PSPPH_2715     FALSE 0.402 25.000 0.000 NA   NA
 879582 879583 PSPPH_2715 PSPPH_2716     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879583 879584 PSPPH_2716 PSPPH_2717     TRUE 0.563 15.000 0.000 NA   NA
 879584 879585 PSPPH_2717 PSPPH_2718     TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000   NA
 879585 879586 PSPPH_2718 PSPPH_2719     TRUE 0.672 39.000 0.000 0.014   NA
 879586 879587 PSPPH_2719 PSPPH_2720     FALSE 0.457 29.000 0.000 1.000 N NA
 879588 879589 PSPPH_2721 PSPPH_2722     FALSE 0.269 40.000 0.000 NA   NA
 879589 879590 PSPPH_2722 PSPPH_2723     FALSE 0.054 174.000 0.000 1.000   NA
 879590 879591 PSPPH_2723 PSPPH_2724     TRUE 0.996 4.000 0.105 0.000 Y NA
 879591 879592 PSPPH_2724 PSPPH_2725     FALSE 0.359 41.000 0.000 1.000 N NA
 879592 879593 PSPPH_2725 PSPPH_2726     FALSE 0.355 87.000 0.000 0.039 N NA
 879593 879594 PSPPH_2726 PSPPH_2727     FALSE 0.024 225.000 0.000 NA N NA
 879594 879595 PSPPH_2727 PSPPH_2728     TRUE 0.825 44.000 0.067 NA Y NA
 879597 879598 PSPPH_2730 PSPPH_2731     TRUE 0.563 15.000 0.000 NA   NA
 879598 879599 PSPPH_2731 PSPPH_2732   calB FALSE 0.036 181.000 0.000 NA   NA
 879599 879600 PSPPH_2732 PSPPH_2733 calB   FALSE 0.078 153.000 0.000 1.000 N NA
 879601 879602 PSPPH_2734 PSPPH_2735     TRUE 0.875 29.000 0.214 NA   NA
 879602 879603 PSPPH_2735 PSPPH_2736     TRUE 0.972 11.000 0.214 NA   NA
 879603 879604 PSPPH_2736 PSPPH_2737     TRUE 0.989 -3.000 0.077 1.000 Y NA
 879604 879605 PSPPH_2737 PSPPH_2738     TRUE 0.980 -3.000 0.115 1.000 N NA
 879605 879606 PSPPH_2738 PSPPH_2739     TRUE 0.982 11.000 0.300 1.000   NA
 879606 879607 PSPPH_2739 PSPPH_2740     TRUE 0.979 23.000 0.750 NA   NA
 879609 879610 PSPPH_2742 PSPPH_2743   dppB TRUE 0.913 21.000 0.000 0.071 Y NA
 879610 879611 PSPPH_2743 PSPPH_2744 dppB   TRUE 0.998 -3.000 0.441 0.071 Y NA
 879611 879612 PSPPH_2744 PSPPH_2745     TRUE 0.988 -10.000 0.324 1.000 Y NA
 879612 879613 PSPPH_2745 PSPPH_2746     TRUE 0.999 -3.000 0.550 0.017 Y NA
 879613 879614 PSPPH_2746 PSPPH_2747     FALSE 0.040 203.000 0.000 1.000 N NA
 879614 879615 PSPPH_2747 PSPPH_2748     TRUE 0.998 -3.000 0.800 NA N NA
 879615 879616 PSPPH_2748 PSPPH_2749     TRUE 0.924 70.000 0.500 NA Y NA
 879616 879617 PSPPH_2749 PSPPH_2750     FALSE 0.008 345.000 0.000 1.000 N NA
 879617 879618 PSPPH_2750 PSPPH_2751     FALSE 0.083 239.000 0.054 1.000 N NA
 879618 879619 PSPPH_2751 PSPPH_2752     TRUE 0.947 -7.000 0.093 1.000 N NA
 879619 879620 PSPPH_2752 PSPPH_2753     TRUE 0.972 -3.000 0.074 1.000   NA
 879620 879621 PSPPH_2753 PSPPH_2754     TRUE 0.929 22.000 0.241 1.000   NA
 879621 879622 PSPPH_2754 PSPPH_2755     TRUE 0.995 0.000 0.355 1.000 N NA
 879622 879623 PSPPH_2755 PSPPH_2756     TRUE 0.972 5.000 0.098 1.000 N NA
 879623 879624 PSPPH_2756 PSPPH_2757   cbrA TRUE 0.921 -10.000 0.073 1.000 N NA
 879624 879625 PSPPH_2757 PSPPH_2758 cbrA cbrB TRUE 0.999 -3.000 0.722 1.000 Y NA
 879625 879626 PSPPH_2758 PSPPH_2759 cbrB cbrC TRUE 0.991 -7.000 0.182 0.071 Y NA
 879626 879627 PSPPH_2759 PSPPH_2760 cbrC cbrD TRUE 0.979 11.000 0.091 1.000 Y NA
 879627 879628 PSPPH_2760 PSPPH_2761 cbrD   TRUE 0.990 -3.000 0.278 NA   NA
 879628 879629 PSPPH_2761 PSPPH_2762     TRUE 0.987 -3.000 0.222 NA   NA
 879631 879632 PSPPH_2764 PSPPH_2765     FALSE 0.058 140.000 0.000 NA   NA
 879633 879634 PSPPH_2766 PSPPH_2767     FALSE 0.002 634.000 0.000 1.000   NA
 879635 879636 PSPPH_2768 PSPPH_2769     TRUE 0.997 5.000 0.571 NA Y NA
 879636 879637 PSPPH_2769 PSPPH_2770     TRUE 0.998 -3.000 0.714 NA Y NA
 879637 879638 PSPPH_2770 PSPPH_2771     TRUE 0.974 26.000 0.667 1.000 N NA
 879639 879640 PSPPH_2772 PSPPH_2773     FALSE 0.165 80.000 0.000 1.000 N NA
 879640 879641 PSPPH_2773 PSPPH_2774     FALSE 0.081 149.000 0.000 1.000 N NA
 879642 879643 PSPPH_2775 PSPPH_2776   bdh1 TRUE 0.974 -3.000 0.081 1.000   NA
 879643 879644 PSPPH_2776 PSPPH_2777 bdh1   FALSE 0.421 74.000 0.000 0.039   NA
 879646 879647 PSPPH_2779 PSPPH_2780     FALSE 0.063 129.000 0.000 NA   NA
 879650 879651 PSPPH_2783 PSPPH_2784     TRUE 0.898 31.000 0.095 1.000 Y NA
 879651 879652 PSPPH_2784 PSPPH_2785     TRUE 0.999 0.000 0.762 0.071 Y NA
 879652 879653 PSPPH_2785 PSPPH_2786     TRUE 0.947 29.000 0.118 0.071 Y NA
 879653 879654 PSPPH_2786 PSPPH_2787     TRUE 0.993 -3.000 0.364 1.000   NA
 879654 879655 PSPPH_2787 PSPPH_2788     TRUE 0.677 12.000 0.000 NA   NA
 879655 879656 PSPPH_2788 PSPPH_2789     FALSE 0.004 369.000 0.000 NA   NA
 879656 879657 PSPPH_2789 PSPPH_2790     FALSE 0.002 583.000 0.000 NA   NA
 879657 879658 PSPPH_2790 PSPPH_2791     FALSE 0.002 505.000 0.000 NA   NA
 879659 879660 PSPPH_2792 PSPPH_2793     FALSE 0.001 816.000 0.000 1.000   NA
 879660 879661 PSPPH_2793 PSPPH_2794     FALSE 0.016 241.000 0.000 NA   NA
 879661 879662 PSPPH_2794 PSPPH_2795     TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 879662 879663 PSPPH_2795 PSPPH_2796     TRUE 0.891 45.000 0.375 NA   NA
 879663 879664 PSPPH_2796 PSPPH_2797     FALSE 0.022 216.000 0.000 NA   NA
 879664 879665 PSPPH_2797 PSPPH_2798     TRUE 0.987 33.000 0.667 0.073 Y NA
 879665 879666 PSPPH_2798 PSPPH_2799     TRUE 0.940 15.000 0.000 0.073 Y NA
 879667 879668 PSPPH_2800 PSPPH_2801     FALSE 0.001 1598.000 0.000 1.000   NA
 879669 879670 PSPPH_2802 PSPPH_2803   arnC TRUE 0.993 -3.000 0.378 NA   NA
 879670 879671 PSPPH_2803 PSPPH_2804 arnC arnA TRUE 0.994 -3.000 0.220 NA Y NA
 879671 879672 PSPPH_2804 PSPPH_2805 arnA   TRUE 0.998 0.000 0.447 1.000 Y NA
 879672 879673 PSPPH_2805 PSPPH_2806     TRUE 0.964 0.000 0.031 1.000 N NA
 879673 879674 PSPPH_2806 PSPPH_2807     FALSE 0.340 45.000 0.000 1.000 N NA
 879674 879675 PSPPH_2807 PSPPH_2808     TRUE 0.982 18.000 0.226 0.060 Y NA
 879675 879676 PSPPH_2808 PSPPH_2809     TRUE 0.930 -22.000 0.161 1.000 N NA
 879677 879678 PSPPH_2810 PSPPH_2811     FALSE 0.301 51.000 0.000 1.000 N NA
 879680 879681 PSPPH_2813 PSPPH_2814     FALSE 0.001 662.000 0.000 NA   NA
 879681 879682 PSPPH_2814 PSPPH_2815     FALSE 0.357 85.000 0.000 0.029   NA
 879683 879684 PSPPH_2816 PSPPH_2817     FALSE 0.063 124.000 0.000 NA   NA
 879685 879686 PSPPH_2818 PSPPH_2819     FALSE 0.001 686.000 0.000 NA   NA
 879686 879687 PSPPH_2819 PSPPH_2820     TRUE 0.993 -3.000 0.375 NA   NA
 879687 879688 PSPPH_2820 PSPPH_2821     TRUE 0.777 9.000 0.000 NA   NA
 879689 879690 PSPPH_2822 PSPPH_2823     FALSE 0.188 57.000 0.000 NA   NA
 879692 879693 PSPPH_2825 PSPPH_2826     FALSE 0.133 73.000 0.000 NA   NA
 879693 879694 PSPPH_2826 PSPPH_2827     FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 879694 879695 PSPPH_2827 PSPPH_2828     FALSE 0.208 52.000 0.000 NA   NA
 879695 879696 PSPPH_2828 PSPPH_2829     FALSE 0.159 66.000 0.000 NA   NA
 879697 879698 PSPPH_2830 PSPPH_2831     FALSE 0.007 311.000 0.000 NA   NA
 879698 879699 PSPPH_2831 PSPPH_2832     FALSE 0.086 143.000 0.000 1.000 N NA
 879700 879701 PSPPH_2833 PSPPH_2834     TRUE 0.999 -3.000 0.889 0.070 Y NA
 879701 879702 PSPPH_2834 PSPPH_2835     TRUE 0.999 4.000 1.000 0.070 Y NA
 879702 879703 PSPPH_2835 PSPPH_2836     TRUE 0.972 18.000 0.471 1.000   NA
 879703 879704 PSPPH_2836 PSPPH_2837     TRUE 0.997 -3.000 0.444 0.039   NA
 879704 879705 PSPPH_2837 PSPPH_2838     TRUE 0.998 -3.000 0.944 1.000   NA
 879705 879706 PSPPH_2838 PSPPH_2839     TRUE 0.999 -3.000 0.895 1.000 Y NA
 879706 879707 PSPPH_2839 PSPPH_2840     FALSE 0.066 168.000 0.000 1.000 N NA
 879707 879708 PSPPH_2840 PSPPH_2841   moaA FALSE 0.016 279.000 0.000 1.000 N NA
 879709 879710 PSPPH_2842 PSPPH_2843     TRUE 0.962 18.000 0.395 NA   NA
 879712 879713 PSPPH_2845 PSPPH_2846     FALSE 0.048 159.000 0.000 NA   NA
 879713 879714 PSPPH_2846 PSPPH_2847     FALSE 0.011 267.000 0.000 NA   NA
 879714 879715 PSPPH_2847 PSPPH_2848     FALSE 0.450 27.000 0.000 1.000   NA
 879715 879716 PSPPH_2848 PSPPH_2849     FALSE 0.332 40.000 0.000 1.000   NA
 879716 879717 PSPPH_2849 PSPPH_2850   tolr FALSE 0.420 72.000 0.000 0.070 N NA
 879717 879718 PSPPH_2850 PSPPH_2851 tolr   TRUE 0.928 -31.000 0.000 0.082 Y NA
 879718 879719 PSPPH_2851 PSPPH_2852     TRUE 0.924 12.000 0.000 0.014 N NA
 879719 879720 PSPPH_2852 PSPPH_2853     FALSE 0.008 292.000 0.000 NA   NA
 879720 879721 PSPPH_2853 PSPPH_2854     FALSE 0.062 115.000 0.000 NA   NA
 879721 879722 PSPPH_2854 PSPPH_2855     FALSE 0.028 198.000 0.000 NA   NA
 879722 879723 PSPPH_2855 PSPPH_2856     FALSE 0.001 650.000 0.000 NA   NA
 879723 879724 PSPPH_2856 PSPPH_2857   poxB FALSE 0.006 386.000 0.000 1.000 N NA
 879724 879725 PSPPH_2857 PSPPH_2858 poxB   FALSE 0.079 152.000 0.000 1.000 N NA
 879725 879726 PSPPH_2858 PSPPH_2859     FALSE 0.071 139.000 0.000 NA N NA
 879727 879728 PSPPH_2860 PSPPH_2861     FALSE 0.078 98.000 0.000 NA   NA
 879728 879729 PSPPH_2861 PSPPH_2862     FALSE 0.034 184.000 0.000 NA   NA
 879731 879732 PSPPH_2864 PSPPH_2865     TRUE 0.801 6.000 0.000 NA   NA
 879732 879733 PSPPH_2865 PSPPH_2866     FALSE 0.164 64.000 0.000 NA   NA
 879733 879734 PSPPH_2866 PSPPH_2867     FALSE 0.061 136.000 0.000 NA   NA
 879735 879736 PSPPH_2868 PSPPH_2869   mntH TRUE 0.489 62.000 0.000 0.070 N NA
 879738 879739 PSPPH_2871 PSPPH_2872     FALSE 0.159 66.000 0.000 NA   NA
 879740 879741 PSPPH_2873 PSPPH_2874     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879741 879742 PSPPH_2874 PSPPH_2875     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879742 879743 PSPPH_2875 PSPPH_2876     TRUE 0.483 -60.000 0.000 NA   NA
 879743 879744 PSPPH_2876 PSPPH_2877     FALSE 0.195 55.000 0.000 NA   NA
 879745 879746 PSPPH_2878 PSPPH_2879     TRUE 0.957 -7.000 0.132 1.000 N NA
 879746 879747 PSPPH_2879 PSPPH_2880   tas FALSE 0.480 68.000 0.000 0.039 N NA
 879747 879748 PSPPH_2880 PSPPH_2881 tas   FALSE 0.139 88.000 0.000 1.000 N NA
 879748 879749 PSPPH_2881 PSPPH_2882     FALSE 0.005 357.000 0.000 NA   NA
 879749 879750 PSPPH_2882 PSPPH_2883     FALSE 0.110 81.000 0.000 NA   NA
 879750 879751 PSPPH_2883 PSPPH_2884     FALSE 0.201 71.000 0.000 1.000 N NA
 879753 879754 PSPPH_2886 PSPPH_2887   exbD2 FALSE 0.010 281.000 0.000 NA   NA
 879754 879755 PSPPH_2887 PSPPH_2888 exbD2 exbB2 TRUE 0.999 2.000 0.778 0.082 Y NA
 879755 879756 PSPPH_2888 PSPPH_2889 exbB2 tonB3 TRUE 0.898 118.000 0.778 0.014 N NA
 879756 879757 PSPPH_2889 PSPPH_2890 tonB3   FALSE 0.002 588.000 0.000 NA   NA
 879757 879758 PSPPH_2890 PSPPH_2891     TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 879761 879762 PSPPH_2894 PSPPH_2895     FALSE 0.186 154.000 0.000 0.082 N NA
 879762 879763 PSPPH_2895 PSPPH_2896     TRUE 0.999 -3.000 0.750 0.004 Y NA
 879763 879764 PSPPH_2896 PSPPH_2897     FALSE 0.245 62.000 0.000 1.000 N NA
 879764 879765 PSPPH_2897 PSPPH_2898     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA N NA
 879765 879766 PSPPH_2898 PSPPH_2899   irp1 TRUE 0.643 -13.000 0.000 NA N NA
 879766 879767 PSPPH_2899 PSPPH_2900 irp1 irp3 TRUE 0.975 3.000 0.000 1.000 Y NA
 879767 879768 PSPPH_2900 PSPPH_2901 irp3 irp4 TRUE 0.996 5.000 0.406 1.000 Y NA
 879768 879769 PSPPH_2901 PSPPH_2902 irp4 irp5 TRUE 0.920 13.000 0.000 1.000 Y NA
 879769 879770 PSPPH_2902 PSPPH_2903 irp5 pchB TRUE 0.641 16.000 0.000 1.000 N NA
 879770 879771 PSPPH_2903 PSPPH_2904 pchB pchA TRUE 0.953 -3.000 0.030 1.000 N NA
 879773 879774 PSPPH_2906 PSPPH_2907     TRUE 0.965 34.000 0.706 1.000 N NA
 879775 879776 PSPPH_2908 PSPPH_2909     FALSE 0.106 104.000 0.000 1.000 N NA
 879777 879778 PSPPH_2910 PSPPH_2911     FALSE 0.018 233.000 0.000 NA   NA
 879779 879780 PSPPH_2912 PSPPH_2913 amt1   FALSE 0.006 493.000 0.014 1.000 N NA
 879780 879781 PSPPH_2913 PSPPH_2914     TRUE 0.995 16.000 0.901 1.000 Y NA
 879781 879782 PSPPH_2914 PSPPH_2915     TRUE 0.999 -3.000 0.786 1.000 Y NA
 879782 879783 PSPPH_2915 PSPPH_2916   glnT TRUE 0.596 125.000 0.132 1.000 Y NA
 879785 879786 PSPPH_2918 PSPPH_2919     FALSE 0.208 52.000 0.000 NA   NA
 879786 879787 PSPPH_2919 PSPPH_2920     TRUE 0.864 12.000 0.026 1.000   NA
 879787 879788 PSPPH_2920 PSPPH_2921     FALSE 0.053 175.000 0.000 1.000   NA
 879789 879790 PSPPH_2922 PSPPH_2923     FALSE 0.118 78.000 0.000 NA   NA
 879790 879791 PSPPH_2923 PSPPH_2924     FALSE 0.052 151.000 0.000 NA   NA
 879791 879792 PSPPH_2924 PSPPH_2925     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879792 879793 PSPPH_2925 PSPPH_2926     FALSE 0.309 33.000 0.000 NA   NA
 879794 879795 PSPPH_2927 PSPPH_2928 quiA phnP FALSE 0.084 127.000 0.000 1.000   NA
 879795 879796 PSPPH_2928 PSPPH_2929 phnP phnN TRUE 0.962 -9.000 0.214 NA   NA
 879796 879797 PSPPH_2929 PSPPH_2930 phnN phnM TRUE 0.996 0.000 0.235 NA Y NA
 879797 879798 PSPPH_2930 PSPPH_2931 phnM phnL TRUE 0.993 -6.000 0.320 1.000 Y NA
 879798 879799 PSPPH_2931 PSPPH_2932 phnL phnK TRUE 0.991 42.000 0.859 0.017 Y NA
 879799 879800 PSPPH_2932 PSPPH_2933 phnK phnJ TRUE 0.982 48.000 0.883 1.000 Y NA
 879800 879801 PSPPH_2933 PSPPH_2934 phnJ phnI TRUE 0.999 -3.000 0.880 1.000 Y NA
 879801 879802 PSPPH_2934 PSPPH_2935 phnI phnH TRUE 1.000 0.000 0.960 0.002 Y NA
 879802 879803 PSPPH_2935 PSPPH_2936 phnH phnG TRUE 1.000 0.000 0.967 0.002 Y NA
 879803 879804 PSPPH_2936 PSPPH_2937 phnG phnF TRUE 0.988 15.000 0.691 1.000 N NA
 879804 879805 PSPPH_2937 PSPPH_2938 phnF phnE TRUE 0.813 37.000 0.158 1.000 N NA
 879805 879806 PSPPH_2938 PSPPH_2939 phnE phnD TRUE 0.983 29.000 0.330 0.001 Y NA
 879806 879807 PSPPH_2939 PSPPH_2940 phnD phnC TRUE 0.976 39.000 0.337 0.002 Y NA
 879807 879808 PSPPH_2940 PSPPH_2941 phnC   FALSE 0.020 257.000 0.000 1.000 N NA
 879809 879810 PSPPH_2942 PSPPH_2943   topB1 FALSE 0.057 159.000 0.000 NA N NA
 879810 879811 PSPPH_2943 PSPPH_2944 topB1   FALSE 0.139 78.000 0.000 NA N NA
 879812 879813 PSPPH_2945 PSPPH_2946     FALSE 0.067 107.000 0.000 NA   NA
 879813 879814 PSPPH_2946 PSPPH_2947     FALSE 0.403 166.000 0.000 0.014 Y NA
 879816 879817 PSPPH_2949 PSPPH_2950     TRUE 0.957 18.000 0.333 NA N NA
 879817 879818 PSPPH_2950 PSPPH_2951     FALSE 0.027 200.000 0.000 NA   NA
 879818 879819 PSPPH_2951 PSPPH_2952     FALSE 0.064 111.000 0.000 NA   NA
 879820 879821 PSPPH_2953 PSPPH_2954     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 879821 879822 PSPPH_2954 PSPPH_2955     FALSE 0.013 254.000 0.000 NA   NA
 879824 879825 PSPPH_2957 PSPPH_2958     FALSE 0.119 226.000 0.000 1.000 Y NA
 879825 879826 PSPPH_2958 PSPPH_2959     TRUE 0.892 39.000 0.152 NA Y NA
 879826 879827 PSPPH_2959 PSPPH_2960   purU1 FALSE 0.013 273.000 0.000 NA N NA
 879827 879828 PSPPH_2960 PSPPH_2961 purU1 folD2 TRUE 0.995 -3.000 0.500 1.000 N NA
 879828 879829 PSPPH_2961 PSPPH_2962 folD2   TRUE 0.966 -18.000 0.308 1.000 N NA
 879829 879830 PSPPH_2962 PSPPH_2963     TRUE 0.998 14.000 0.750 0.002 Y NA
 879830 879831 PSPPH_2963 PSPPH_2964     TRUE 0.998 -3.000 0.875 1.000   NA
 879831 879832 PSPPH_2964 PSPPH_2965     TRUE 0.995 4.000 0.500 1.000   NA
 879832 879833 PSPPH_2965 PSPPH_2966     FALSE 0.035 215.000 0.000 1.000 N NA
 879835 879836 PSPPH_2968 PSPPH_2969     FALSE 0.083 95.000 0.000 NA   NA
 879837 879838 PSPPH_2970 PSPPH_2971     TRUE 0.911 24.000 0.000 0.017 Y NA
 879839 879840 PSPPH_2972 PSPPH_2973     FALSE 0.036 181.000 0.000 NA   NA
 879840 879841 PSPPH_2973 PSPPH_2974     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA N NA
 879841 879842 PSPPH_2974 PSPPH_2975     FALSE 0.179 77.000 0.000 1.000 N NA
 879843 879844 PSPPH_2976 PSPPH_2977     FALSE 0.025 224.000 0.000 NA N NA
 879844 879845 PSPPH_2977 PSPPH_2978     TRUE 0.998 -3.000 0.833 NA N NA
 879845 879846 PSPPH_2978 PSPPH_2979     FALSE 0.004 398.000 0.000 NA N NA
 879848 879849 PSPPH_2981 PSPPH_2982     FALSE 0.118 78.000 0.000 NA   NA
 879850 879851 PSPPH_2983 PSPPH_2984     FALSE 0.017 416.000 0.000 0.042 N NA
 879854 879855 PSPPH_2987 PSPPH_2988   tolR1 TRUE 0.961 -3.000 0.040 1.000 N NA
 879855 879856 PSPPH_2988 PSPPH_2989 tolR1 tolQ1 TRUE 0.998 10.000 0.556 0.082 Y NA
 879856 879857 PSPPH_2989 PSPPH_2990 tolQ1   FALSE 0.423 56.000 0.023 1.000 N NA
 879857 879858 PSPPH_2990 PSPPH_2991     TRUE 0.858 38.000 0.220 1.000 N NA
 879858 879859 PSPPH_2991 PSPPH_2992     FALSE 0.034 184.000 0.000 NA   NA
 879860 879861 PSPPH_2993 PSPPH_2994     TRUE 0.991 10.000 0.450 1.000 N NA
 879862 879863 PSPPH_2995 PSPPH_2996     TRUE 0.534 21.000 0.000 1.000   NA
 879863 879864 PSPPH_2996 PSPPH_2997     FALSE 0.122 77.000 0.000 NA   NA
 879865 879866 PSPPH_2998 PSPPH_2999     FALSE 0.474 87.000 0.114 1.000 N NA
 879866 879867 PSPPH_2999 PSPPH_3000     TRUE 0.935 41.000 0.160 0.070 Y NA
 879867 879868 PSPPH_3000 PSPPH_3001     TRUE 0.969 66.000 0.640 0.070 Y NA
 879868 879869 PSPPH_3001 PSPPH_3002     FALSE 0.362 35.000 0.000 1.000   NA
 879869 879870 PSPPH_3002 PSPPH_3003     FALSE 0.081 136.000 0.000 1.000   NA
 879872 879873 PSPPH_3005 PSPPH_3006     FALSE 0.055 181.000 0.000 1.000 N NA
 879873 879874 PSPPH_3006 PSPPH_3007     TRUE 0.999 -3.000 0.958 1.000 Y NA
 879874 879875 PSPPH_3007 PSPPH_3008     TRUE 0.997 -3.000 0.391 1.000 Y NA
 879875 879876 PSPPH_3008 PSPPH_3009     TRUE 0.805 11.000 0.000 1.000 N NA
 879878 879879 PSPPH_3011 PSPPH_3012 nirB nirD TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 879882 879883 PSPPH_3015 PSPPH_3016 pstB1 pstA TRUE 0.999 0.000 0.526 0.002 Y NA
 879883 879884 PSPPH_3016 PSPPH_3017 pstA pstC TRUE 0.999 -3.000 0.537 0.002 Y NA
 879884 879885 PSPPH_3017 PSPPH_3018 pstC pstS TRUE 0.668 82.000 0.000 0.002 Y NA
 879891 879892 PSPPH_3024 PSPPH_3025     FALSE 0.266 57.000 0.000 1.000 N NA
 879892 879893 PSPPH_3025 PSPPH_3026   garK FALSE 0.055 181.000 0.000 1.000 N NA
 879893 879894 PSPPH_3026 PSPPH_3027 garK   FALSE 0.242 112.000 0.050 1.000   NA
 879895 879896 PSPPH_3028 PSPPH_3029 avrB4   FALSE 0.001 1058.000 0.000 NA   NA
 879896 879897 PSPPH_3029 PSPPH_3030     FALSE 0.013 257.000 0.000 NA   NA
 879899 879900 PSPPH_3032 PSPPH_3033   gudD FALSE 0.203 53.000 0.000 NA   NA
 879900 879901 PSPPH_3033 PSPPH_3034 gudD   FALSE 0.054 148.000 0.000 NA   NA
 879901 879902 PSPPH_3034 PSPPH_3035     FALSE 0.263 41.000 0.000 NA   NA
 879902 879903 PSPPH_3035 PSPPH_3036   hopAH2 FALSE 0.010 302.000 0.000 1.000   NA
 879905 879906 PSPPH_3038 PSPPH_3039 pncA   FALSE 0.088 141.000 0.000 1.000 N NA
 879906 879907 PSPPH_3039 PSPPH_3040     FALSE 0.142 87.000 0.000 1.000 N NA
 879907 879908 PSPPH_3040 PSPPH_3041     TRUE 0.995 -22.000 0.857 1.000 Y NA
 879908 879909 PSPPH_3041 PSPPH_3042     FALSE 0.002 495.000 0.000 NA   NA
 879909 879910 PSPPH_3042 PSPPH_3043     FALSE 0.168 63.000 0.000 NA   NA
 879910 879911 PSPPH_3043 PSPPH_3044     TRUE 0.988 -3.000 0.000 0.011 Y NA
 879911 879912 PSPPH_3044 PSPPH_3045     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA N NA
 879913 879914 PSPPH_3046 PSPPH_3047     TRUE 0.873 34.000 0.235 1.000   NA
 879914 879915 PSPPH_3047 PSPPH_3048     TRUE 0.866 51.000 0.326 1.000 N NA
 879915 879916 PSPPH_3048 PSPPH_3049     FALSE 0.130 74.000 0.000 NA   NA
 879916 879917 PSPPH_3049 PSPPH_3050     TRUE 0.976 17.000 0.556 NA   NA
 879918 879919 PSPPH_3051 PSPPH_3052     FALSE 0.229 48.000 0.000 NA   NA
 879920 879921 PSPPH_3053 PSPPH_3054   gspD1 FALSE 0.104 97.000 0.000 1.000   NA
 879921 879922 PSPPH_3054 PSPPH_3055 gspD1   TRUE 0.865 48.000 0.333 NA   NA
 879922 879923 PSPPH_3055 PSPPH_3056     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879923 879924 PSPPH_3056 PSPPH_3057     TRUE 0.989 -25.000 0.811 1.000   NA
 879924 879925 PSPPH_3057 PSPPH_3058   gspK1 TRUE 0.963 -3.000 0.000 0.059   NA
 879925 879926 PSPPH_3058 PSPPH_3059 gspK1 gspJ TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 879926 879927 PSPPH_3059 PSPPH_3060 gspJ   TRUE 0.909 -3.000 0.012 NA   NA
 879927 879928 PSPPH_3060 PSPPH_3061   gspH1 TRUE 0.992 0.000 0.087 0.004   NA
 879928 879929 PSPPH_3061 PSPPH_3062 gspH1 gspG1 TRUE 0.994 9.000 0.348 0.004   NA
 879929 879930 PSPPH_3062 PSPPH_3063 gspG1 gspF1 TRUE 0.926 26.000 0.015 0.004 Y NA
 879930 879931 PSPPH_3063 PSPPH_3064 gspF1 gspE1 TRUE 0.996 -3.000 0.119 0.004 Y NA
 879933 879934 PSPPH_3066 PSPPH_3067     FALSE 0.099 85.000 0.000 NA   NA
 879934 879935 PSPPH_3067 PSPPH_3068     TRUE 0.966 6.000 0.109 NA   NA
 879936 879937 PSPPH_3069 PSPPH_3070     FALSE 0.011 273.000 0.000 NA   NA
 879937 879938 PSPPH_3070 PSPPH_3071     FALSE 0.005 433.000 0.000 1.000 N NA
 879939 879940 PSPPH_3072 PSPPH_3073 tliF tliE TRUE 0.997 2.000 0.375 0.009 N NA
 879940 879941 PSPPH_3073 PSPPH_3074 tliE   FALSE 0.229 48.000 0.000 NA   NA
 879941 879942 PSPPH_3074 PSPPH_3075     FALSE 0.107 82.000 0.000 NA   NA
 879942 879943 PSPPH_3075 PSPPH_3076     FALSE 0.188 57.000 0.000 NA   NA
 879943 879944 PSPPH_3076 PSPPH_3077     FALSE 0.002 487.000 0.000 NA   NA
 879945 879946 PSPPH_3078 PSPPH_3079     FALSE 0.056 145.000 0.000 NA   NA
 879947 879948 PSPPH_3080 PSPPH_3081     TRUE 0.942 15.000 0.000 0.069 Y NA
 879949 879950 PSPPH_3082 PSPPH_3083     TRUE 0.999 2.000 0.790 NA Y NA
 879950 879951 PSPPH_3083 PSPPH_3084     TRUE 0.999 0.000 0.804 NA Y NA
 879951 879952 PSPPH_3084 PSPPH_3085     TRUE 0.996 -3.000 0.317 NA Y NA
 879952 879953 PSPPH_3085 PSPPH_3086     TRUE 0.927 -9.000 0.072 1.000 N NA
 879953 879954 PSPPH_3086 PSPPH_3087     FALSE 0.066 109.000 0.000 NA   NA
 879955 879956 PSPPH_3088 PSPPH_3089 cysG serS TRUE 0.962 1.000 0.031 1.000 N NA
 879956 879957 PSPPH_3089 PSPPH_3090 serS   TRUE 0.754 17.000 0.028 NA N NA
 879957 879958 PSPPH_3090 PSPPH_3091     TRUE 0.954 0.000 0.027 NA N NA
 879958 879959 PSPPH_3091 PSPPH_3092   lolA TRUE 0.915 19.000 0.167 1.000 N NA
 879959 879960 PSPPH_3092 PSPPH_3093 lolA   TRUE 0.743 77.000 0.305 1.000   NA
 879961 879962 PSPPH_3094 PSPPH_3095 aat   TRUE 0.924 49.000 0.285 1.000 Y NA
 879962 879963 PSPPH_3095 PSPPH_3096   infA FALSE 0.352 102.000 0.078 1.000 N NA
 879964 879965 PSPPH_3097 PSPPH_3098 clpA   TRUE 0.954 31.000 0.596 NA   NA
 879966 879967 PSPPH_3099 PSPPH_3100 cspD   FALSE 0.013 570.000 0.093 1.000 N NA
 879967 879968 PSPPH_3100 PSPPH_3101     FALSE 0.185 143.000 0.032 1.000 N NA
 879968 879969 PSPPH_3101 PSPPH_3102   trmU TRUE 0.698 61.000 0.158 1.000 N NA
 879969 879970 PSPPH_3102 PSPPH_3103 trmU   TRUE 0.987 0.000 0.180 NA   NA
 879970 879971 PSPPH_3103 PSPPH_3104   purB FALSE 0.300 132.000 0.093 NA   NA
 879971 879972 PSPPH_3104 PSPPH_3105 purB   FALSE 0.366 61.000 0.029 NA   NA
 879972 879973 PSPPH_3105 PSPPH_3106     TRUE 0.959 -7.000 0.167 NA   NA
 879973 879974 PSPPH_3106 PSPPH_3107     FALSE 0.211 178.000 0.085 1.000   NA
 879974 879975 PSPPH_3107 PSPPH_3108   aceA FALSE 0.014 278.000 0.000 1.000   NA
 879975 879976 PSPPH_3108 PSPPH_3109 aceA nuoA FALSE 0.017 464.000 0.000 1.000 Y NA
 879976 879977 PSPPH_3109 PSPPH_3110 nuoA nuoB TRUE 0.997 11.000 0.377 0.002 Y NA
 879977 879978 PSPPH_3110 PSPPH_3111 nuoB nuoCD TRUE 0.973 75.000 0.691 0.002 Y NA
 879978 879979 PSPPH_3111 PSPPH_3112 nuoCD nuoE TRUE 0.999 3.000 0.407 0.003 Y NA
 879979 879980 PSPPH_3112 PSPPH_3113 nuoE nuoF TRUE 0.997 -3.000 0.186 0.003 Y NA
 879980 879981 PSPPH_3113 PSPPH_3114 nuoF nuoG TRUE 0.785 137.000 0.180 0.003 Y NA
 879981 879982 PSPPH_3114 PSPPH_3115 nuoG nuoH TRUE 0.999 -3.000 0.664 0.003 Y NA
 879982 879983 PSPPH_3115 PSPPH_3116 nuoH nuoI TRUE 0.996 12.000 0.423 0.003 Y NA
 879983 879984 PSPPH_3116 PSPPH_3117 nuoI nuoJ TRUE 0.997 11.000 0.428 0.003 Y NA
 879984 879985 PSPPH_3117 PSPPH_3118 nuoJ nouK TRUE 0.998 -3.000 0.269 0.002 Y NA
 879985 879986 PSPPH_3118 PSPPH_3119 nouK nuoL TRUE 0.997 -3.000 0.211 0.003 Y NA
 879986 879987 PSPPH_3119 PSPPH_3120 nuoL nuoM TRUE 0.990 40.000 0.713 0.001 Y NA
 879987 879988 PSPPH_3120 PSPPH_3121 nuoM nuoN TRUE 0.998 8.000 0.437 0.001 Y NA
 879991 879992 PSPPH_3124 PSPPH_3125     FALSE 0.106 150.000 0.019 NA   NA
 879992 879993 PSPPH_3125 PSPPH_3126     TRUE 0.482 138.000 0.000 0.014 Y NA
 879993 879994 PSPPH_3126 PSPPH_3127     TRUE 0.999 -3.000 0.882 1.000 Y NA
 879994 879995 PSPPH_3127 PSPPH_3128     TRUE 0.998 0.000 0.762 1.000   NA
 879995 879996 PSPPH_3128 PSPPH_3129     TRUE 0.999 0.000 0.619 0.002   NA
 879998 879999 PSPPH_3131 PSPPH_3132 rrfC rrlC FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 879999 880000 PSPPH_3132 PSPPH_3133 rrlC   FALSE 0.016 240.000 0.000 NA   NA
 880000 880001 PSPPH_3133 PSPPH_3134     FALSE 0.325 31.000 0.000 NA   NA
 880001 880002 PSPPH_3134 PSPPH_3135   rrsC FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 880003 880004 PSPPH_3136 PSPPH_3137     TRUE 0.721 47.000 0.135 NA   NA
 880005 880006 PSPPH_3138 PSPPH_3139     TRUE 0.700 58.000 0.029 1.000 Y NA
 880007 880008 PSPPH_3140 PSPPH_3141     TRUE 0.926 6.000 0.027 1.000   NA
 880008 880009 PSPPH_3141 PSPPH_3142     FALSE 0.269 40.000 0.000 NA   NA
 880009 880010 PSPPH_3142 PSPPH_3143     TRUE 0.637 -10.000 0.000 NA   NA
 880010 880011 PSPPH_3143 PSPPH_3144     TRUE 0.914 1.000 0.000 1.000 N NA
 880011 880012 PSPPH_3144 PSPPH_3145   rfaH FALSE 0.281 54.000 0.000 1.000 N NA
 880012 880013 PSPPH_3145 PSPPH_3146 rfaH   FALSE 0.236 47.000 0.000 NA   NA
 880013 880014 PSPPH_3146 PSPPH_3147     TRUE 0.975 -3.000 0.105 NA   NA
 880014 880015 PSPPH_3147 PSPPH_3148     TRUE 0.623 84.000 0.000 0.014 Y NA
 880015 880016 PSPPH_3148 PSPPH_3149     TRUE 0.686 74.000 0.000 0.014 Y NA
 880016 880017 PSPPH_3149 PSPPH_3150     TRUE 0.899 14.000 0.000 NA Y NA
 880017 880018 PSPPH_3150 PSPPH_3151     FALSE 0.413 82.000 0.000 NA Y NA
 880018 880019 PSPPH_3151 PSPPH_3152   ssuE FALSE 0.014 250.000 0.000 NA   NA
 880020 880021 PSPPH_3153 PSPPH_3154     FALSE 0.153 95.000 0.016 NA   NA
 880021 880022 PSPPH_3154 PSPPH_3155     FALSE 0.091 89.000 0.000 NA   NA
 880023 880024 PSPPH_3156 PSPPH_3157 dxnG dxnH TRUE 0.976 42.000 0.352 0.000 Y NA
 880024 880025 PSPPH_3157 PSPPH_3158 dxnH   FALSE 0.059 283.000 0.000 1.000 Y NA
 880026 880027 PSPPH_3159 PSPPH_3160     TRUE 0.912 -3.000 0.004 1.000   NA
 880027 880028 PSPPH_3160 PSPPH_3161     FALSE 0.084 111.000 0.000 1.000   NA
 880032 880033 PSPPH_3165 PSPPH_3166     TRUE 0.957 21.000 0.371 1.000   NA
 880034 880035 PSPPH_3167 PSPPH_3168     TRUE 0.919 0.000 0.000 1.000 N NA
 880036 880037 PSPPH_3169 PSPPH_3170     TRUE 0.615 42.000 0.049 1.000   NA
 880038 880039 PSPPH_3171 PSPPH_3172     FALSE 0.047 161.000 0.000 NA   NA
 880039 880040 PSPPH_3172 PSPPH_3173     TRUE 1.000 0.000 0.881 0.003 Y NA
 880040 880041 PSPPH_3173 PSPPH_3174     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880041 880042 PSPPH_3174 PSPPH_3175     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880042 880043 PSPPH_3175 PSPPH_3176     TRUE 0.999 -3.000 0.937 0.058 Y NA
 880043 880044 PSPPH_3176 PSPPH_3177     TRUE 0.999 -3.000 0.937 1.000 Y NA
 880047 880048 PSPPH_3180 PSPPH_3181     FALSE 0.009 284.000 0.000 NA   NA
 880048 880049 PSPPH_3181 PSPPH_3182     FALSE 0.271 177.000 0.020 1.000 Y NA
 880049 880050 PSPPH_3182 PSPPH_3183     FALSE 0.010 305.000 0.000 1.000   NA
 880050 880051 PSPPH_3183 PSPPH_3184     TRUE 0.918 48.000 0.500 1.000   NA
 880051 880052 PSPPH_3184 PSPPH_3185     TRUE 0.962 64.000 0.750 NA Y NA
 880052 880053 PSPPH_3185 PSPPH_3186     FALSE 0.003 460.000 0.000 NA   NA
 880053 880054 PSPPH_3186 PSPPH_3187     FALSE 0.155 67.000 0.000 NA   NA
 880054 880055 PSPPH_3187 PSPPH_3188   iolG FALSE 0.463 52.000 0.036 NA   NA
 880055 880056 PSPPH_3188 PSPPH_3189 iolG   TRUE 0.659 62.000 0.140 1.000   NA
 880056 880057 PSPPH_3189 PSPPH_3190     TRUE 0.481 59.000 0.047 NA N NA
 880057 880058 PSPPH_3190 PSPPH_3191   mmsA1 TRUE 0.635 36.000 0.048 NA N NA
 880058 880059 PSPPH_3191 PSPPH_3192 mmsA1   FALSE 0.457 29.000 0.000 1.000 N NA
 880059 880060 PSPPH_3192 PSPPH_3193     TRUE 0.601 14.000 0.000 NA   NA
 880060 880061 PSPPH_3193 PSPPH_3194     FALSE 0.236 47.000 0.000 NA   NA
 880063 880064 PSPPH_3196 PSPPH_3197     TRUE 0.993 -3.000 0.357 NA   NA
 880064 880065 PSPPH_3197 PSPPH_3198     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880067 880068 PSPPH_3200 PSPPH_3201 mtaP nagZ TRUE 0.900 10.000 0.018 1.000 N NA
 880068 880069 PSPPH_3201 PSPPH_3202 nagZ psrA FALSE 0.208 104.000 0.028 1.000 N NA
 880070 880071 PSPPH_3203 PSPPH_3204 lexA2   TRUE 0.966 10.000 0.122 1.000 N NA
 880072 880073 PSPPH_3205 PSPPH_3206     TRUE 0.826 62.000 0.348 NA   NA
 880073 880074 PSPPH_3206 PSPPH_3207   topA FALSE 0.105 123.000 0.011 NA   NA
 880074 880075 PSPPH_3207 PSPPH_3208 topA   FALSE 0.092 115.000 0.007 NA   NA
 880075 880076 PSPPH_3208 PSPPH_3209   fadA TRUE 0.904 13.000 0.070 NA   NA
 880076 880077 PSPPH_3209 PSPPH_3210 fadA fadB TRUE 0.998 5.000 0.607 1.000 Y NA
 880083 880084 PSPPH_3216 PSPPH_3217     FALSE 0.388 103.000 0.116 1.000   NA
 880084 880085 PSPPH_3217 PSPPH_3218     FALSE 0.062 114.000 0.000 NA   NA
 880086 880087 PSPPH_3219 PSPPH_3220     FALSE 0.048 158.000 0.000 NA   NA
 880089 880090 PSPPH_3222 PSPPH_3223     TRUE 0.987 0.000 0.034 NA Y NA
 880090 880091 PSPPH_3223 PSPPH_3224     FALSE 0.359 132.000 0.014 1.000 Y NA
 880091 880092 PSPPH_3224 PSPPH_3225     TRUE 0.958 18.000 0.152 1.000 Y NA
 880092 880093 PSPPH_3225 PSPPH_3226     TRUE 0.990 0.000 0.054 1.000 Y NA
 880093 880094 PSPPH_3226 PSPPH_3227     TRUE 0.972 2.000 0.054 1.000 N NA
 880094 880095 PSPPH_3227 PSPPH_3228     TRUE 0.997 3.000 0.714 1.000 N NA
 880095 880096 PSPPH_3228 PSPPH_3229     TRUE 0.998 -9.000 0.714 0.014 Y NA
 880096 880097 PSPPH_3229 PSPPH_3230     TRUE 0.997 0.000 0.625 NA   NA
 880097 880098 PSPPH_3230 PSPPH_3231     TRUE 0.975 -3.000 0.103 NA   NA
 880098 880099 PSPPH_3231 PSPPH_3232     TRUE 0.897 16.000 0.103 1.000   NA
 880100 880101 PSPPH_3233 PSPPH_3234     FALSE 0.139 88.000 0.000 1.000 N NA
 880102 880103 PSPPH_3235 PSPPH_3236 mae1   FALSE 0.159 66.000 0.000 NA   NA
 880103 880104 PSPPH_3236 PSPPH_3237     FALSE 0.104 83.000 0.000 NA   NA
 880104 880105 PSPPH_3237 PSPPH_3238     FALSE 0.002 557.000 0.000 NA   NA
 880105 880106 PSPPH_3238 PSPPH_3239     FALSE 0.045 164.000 0.000 NA   NA
 880106 880107 PSPPH_3239 PSPPH_3240     FALSE 0.063 127.000 0.000 NA   NA
 880108 880109 PSPPH_3241 PSPPH_3242     TRUE 0.854 69.000 0.444 1.000 N NA
 880109 880110 PSPPH_3242 PSPPH_3243     FALSE 0.063 113.000 0.000 NA   NA
 880112 880113 PSPPH_3245 PSPPH_3246 fahA hmgA TRUE 0.994 -3.000 0.188 1.000 Y NA
 880117 880118 PSPPH_3250 PSPPH_3251 hppD maiA FALSE 0.304 145.000 0.000 0.001 N NA
 880119 880120 PSPPH_3252 PSPPH_3253 glcD glcE TRUE 0.996 0.000 0.070 0.008 Y NA
 880120 880121 PSPPH_3253 PSPPH_3254 glcE glcF TRUE 0.994 3.000 0.074 0.038 Y NA
 880121 880122 PSPPH_3254 PSPPH_3255 glcF   TRUE 0.654 36.000 0.057 NA   NA
 880123 880124 PSPPH_3256 PSPPH_3257   gntR FALSE 0.007 329.000 0.000 NA N NA
 880125 880126 PSPPH_3258 PSPPH_3259     TRUE 0.817 101.000 0.364 1.000 Y NA
 880126 880127 PSPPH_3259 PSPPH_3260   csrA1 FALSE 0.003 558.000 0.000 1.000 N NA
 880128 880129 PSPPH_3261 PSPPH_3262     FALSE 0.001 667.000 0.000 NA   NA
 880129 880130 PSPPH_3262 PSPPH_3263     FALSE 0.003 460.000 0.000 NA   NA
 880131 880132 PSPPH_3264 PSPPH_3265     FALSE 0.247 55.000 0.000 1.000   NA
 880132 880133 PSPPH_3265 PSPPH_3266     FALSE 0.052 177.000 0.000 1.000   NA
 880135 880136 PSPPH_3268 PSPPH_3269     FALSE 0.050 186.000 0.000 1.000 N NA
 880136 880137 PSPPH_3269 PSPPH_3270     FALSE 0.057 142.000 0.000 NA   NA
 880138 880139 PSPPH_3271 PSPPH_3272     FALSE 0.059 139.000 0.000 NA   NA
 880139 880140 PSPPH_3272 PSPPH_3273     FALSE 0.044 185.000 0.000 1.000   NA
 880141 880142 PSPPH_3274 PSPPH_3275 katB   FALSE 0.218 62.000 0.000 1.000   NA
 880143 880144 PSPPH_3276 PSPPH_3277     FALSE 0.025 208.000 0.000 NA   NA
 880144 880145 PSPPH_3277 PSPPH_3278     FALSE 0.078 98.000 0.000 NA   NA
 880149 880150 PSPPH_3282 PSPPH_3283     FALSE 0.215 51.000 0.000 NA   NA
 880152 880153 PSPPH_3285 PSPPH_3286 ada   FALSE 0.356 71.000 0.028 1.000 N NA
 880154 880155 PSPPH_3287 PSPPH_3288     TRUE 0.991 9.000 0.222 NA Y NA
 880155 880156 PSPPH_3288 PSPPH_3289     TRUE 0.958 25.000 0.244 NA Y NA
 880156 880157 PSPPH_3289 PSPPH_3290     TRUE 0.945 30.000 0.244 NA Y NA
 880158 880159 PSPPH_3291 PSPPH_3292     TRUE 0.784 120.000 0.429 0.038   NA
 880159 880160 PSPPH_3292 PSPPH_3293     TRUE 0.866 73.000 0.583 NA   NA
 880161 880162 PSPPH_3294 PSPPH_3295     TRUE 0.998 -21.000 0.889 0.001 Y NA
 880164 880165 PSPPH_3297 PSPPH_3298     TRUE 0.994 -3.000 0.444 NA   NA
 880165 880166 PSPPH_3298 PSPPH_3299     TRUE 0.992 -3.000 0.353 NA   NA
 880166 880167 PSPPH_3299 PSPPH_3300     TRUE 0.995 -3.000 0.529 NA   NA
 880167 880168 PSPPH_3300 PSPPH_3301     TRUE 0.998 -3.000 0.800 1.000 N NA
 880170 880171 PSPPH_3303 PSPPH_3304     FALSE 0.442 104.000 0.030 1.000 Y NA
 880172 880173 PSPPH_3305 PSPPH_3306   cycH TRUE 0.991 12.000 0.667 NA   NA
 880173 880174 PSPPH_3306 PSPPH_3307 cycH cycL TRUE 0.998 -3.000 0.522 NA Y NA
 880174 880175 PSPPH_3307 PSPPH_3308 cycL dsbE TRUE 0.993 -3.000 0.196 NA Y NA
 880175 880176 PSPPH_3308 PSPPH_3309 dsbE ccmF TRUE 0.998 12.000 0.804 0.002 Y NA
 880176 880177 PSPPH_3309 PSPPH_3310 ccmF ccmE TRUE 0.997 4.000 0.211 0.002 Y NA
 880177 880178 PSPPH_3310 PSPPH_3311 ccmE ccmD TRUE 0.993 -3.000 0.344 1.000 N NA
 880178 880179 PSPPH_3311 PSPPH_3312 ccmD ccmC TRUE 0.996 -3.000 0.501 1.000 N NA
 880179 880180 PSPPH_3312 PSPPH_3313 ccmC ccmB TRUE 0.843 70.000 0.051 0.001 Y NA
 880180 880181 PSPPH_3313 PSPPH_3314 ccmB ccmA TRUE 0.995 -3.000 0.074 0.002 Y NA
 880182 880183 PSPPH_3315 PSPPH_3316     TRUE 0.993 0.000 0.286 1.000   NA
 880183 880184 PSPPH_3316 PSPPH_3317     FALSE 0.063 120.000 0.000 NA   NA
 880185 880186 PSPPH_3318 PSPPH_3319 recR   FALSE 0.064 111.000 0.000 NA   NA
 880187 880188 PSPPH_3320 PSPPH_3321     TRUE 0.926 -10.000 0.098 NA N NA
 880188 880189 PSPPH_3321 PSPPH_3322     TRUE 0.515 20.000 0.000 NA N NA
 880189 880190 PSPPH_3322 PSPPH_3323     TRUE 0.986 25.000 1.000 1.000   NA
 880190 880191 PSPPH_3323 PSPPH_3324     FALSE 0.136 185.000 0.000 0.060   NA
 880193 880194 PSPPH_3326 PSPPH_3327 acnA   FALSE 0.092 131.000 0.006 NA   NA
 880194 880195 PSPPH_3327 PSPPH_3328   aer2 FALSE 0.252 97.000 0.048 NA   NA
 880195 880196 PSPPH_3328 PSPPH_3329 aer2   FALSE 0.003 528.000 0.000 1.000 N NA
 880200 880201 PSPPH_3333 PSPPH_3334     FALSE 0.208 52.000 0.000 NA   NA
 880201 880202 PSPPH_3334 PSPPH_3335     FALSE 0.087 92.000 0.000 NA   NA
 880204 880205 PSPPH_3337 PSPPH_3338 ccoN ccoO TRUE 0.999 0.000 0.833 0.001 N NA
 880205 880206 PSPPH_3338 PSPPH_3339 ccoO ccoQ TRUE 0.966 6.000 0.000 0.001   NA
 880206 880207 PSPPH_3339 PSPPH_3340 ccoQ ccoP TRUE 0.975 -3.000 0.000 0.001   NA
 880209 880210 PSPPH_3342 PSPPH_3343     TRUE 0.993 0.000 0.323 NA   NA
 880210 880211 PSPPH_3343 PSPPH_3344     FALSE 0.161 65.000 0.000 NA   NA
 880211 880212 PSPPH_3344 PSPPH_3345     TRUE 0.950 11.000 0.111 NA   NA
 880212 880213 PSPPH_3345 PSPPH_3346     TRUE 0.986 3.000 0.197 NA   NA
 880213 880214 PSPPH_3346 PSPPH_3347   ccoS TRUE 0.993 -21.000 0.713 NA Y NA
 880214 880215 PSPPH_3347 PSPPH_3348 ccoS   TRUE 0.975 -7.000 0.266 NA   NA
 880215 880216 PSPPH_3348 PSPPH_3349   hemN FALSE 0.292 97.000 0.051 1.000   NA
 880218 880219 PSPPH_3351 PSPPH_3352 anr apt FALSE 0.353 62.000 0.016 1.000 N NA
 880220 880221 PSPPH_3353 PSPPH_3354   cheW2 TRUE 0.998 1.000 0.743 NA   NA
 880221 880222 PSPPH_3354 PSPPH_3355 cheW2   TRUE 0.973 58.000 0.886 0.014   NA
 880222 880223 PSPPH_3355 PSPPH_3356     TRUE 0.722 103.000 0.454 1.000   NA
 880223 880224 PSPPH_3356 PSPPH_3357   motB TRUE 0.816 45.000 0.199 1.000 N NA
 880224 880225 PSPPH_3357 PSPPH_3358 motB motA TRUE 0.993 7.000 0.248 1.000 Y NA
 880225 880226 PSPPH_3358 PSPPH_3359 motA cheB3 TRUE 0.994 0.000 0.153 1.000 Y NA
 880226 880227 PSPPH_3359 PSPPH_3360 cheB3 cheA2 TRUE 0.960 51.000 0.327 0.017 Y NA
 880227 880228 PSPPH_3360 PSPPH_3361 cheA2 cheZ TRUE 0.957 34.000 0.341 1.000 Y NA
 880228 880229 PSPPH_3361 PSPPH_3362 cheZ cheY2 TRUE 0.970 38.000 0.516 1.000 Y NA
 880229 880230 PSPPH_3362 PSPPH_3363 cheY2 fliA FALSE 0.298 253.000 0.283 0.085 N NA
 880230 880231 PSPPH_3363 PSPPH_3364 fliA fleN TRUE 0.973 18.000 0.482 1.000 N NA
 880231 880232 PSPPH_3364 PSPPH_3365 fleN flhF TRUE 0.535 125.000 0.241 1.000 N NA
 880232 880233 PSPPH_3365 PSPPH_3366 flhF flhA TRUE 0.983 12.000 0.178 1.000 Y NA
 880233 880234 PSPPH_3366 PSPPH_3367 flhA flhB FALSE 0.088 573.000 0.205 0.011 Y NA
 880234 880235 PSPPH_3367 PSPPH_3368 flhB fliR TRUE 0.993 2.000 0.129 1.000 Y NA
 880235 880236 PSPPH_3368 PSPPH_3369 fliR fliQ TRUE 0.998 16.000 1.000 0.001 Y NA
 880236 880237 PSPPH_3369 PSPPH_3370 fliQ fliP TRUE 0.996 26.000 1.000 0.011 Y NA
 880237 880238 PSPPH_3370 PSPPH_3371 fliP fliO TRUE 0.991 0.000 0.061 1.000 Y NA
 880238 880239 PSPPH_3371 PSPPH_3372 fliO fliN TRUE 0.998 1.000 0.443 1.000 Y NA
 880239 880240 PSPPH_3372 PSPPH_3373 fliN fliM TRUE 0.983 62.000 0.741 0.001 Y NA
 880240 880241 PSPPH_3373 PSPPH_3374 fliM fliL TRUE 0.995 10.000 0.171 0.001 Y NA
 880241 880242 PSPPH_3374 PSPPH_3375 fliL fliK FALSE 0.037 489.000 0.075 1.000 Y NA
 880242 880243 PSPPH_3375 PSPPH_3376 fliK   FALSE 0.277 126.000 0.069 NA N NA
 880243 880244 PSPPH_3376 PSPPH_3377     TRUE 0.959 34.000 0.381 NA Y NA
 880244 880245 PSPPH_3377 PSPPH_3378     TRUE 0.977 -43.000 0.308 NA Y NA
 880245 880246 PSPPH_3378 PSPPH_3379   fliJ FALSE 0.221 86.000 0.022 NA N NA
 880246 880247 PSPPH_3379 PSPPH_3380 fliJ fliI TRUE 0.984 7.000 0.070 1.000 Y NA
 880247 880248 PSPPH_3380 PSPPH_3381 fliI fliH TRUE 0.987 -10.000 0.115 0.003 Y NA
 880248 880249 PSPPH_3381 PSPPH_3382 fliH fliG TRUE 0.991 16.000 0.320 0.003 Y NA
 880249 880250 PSPPH_3382 PSPPH_3383 fliG fliF TRUE 0.995 8.000 0.189 0.004 Y NA
 880250 880251 PSPPH_3383 PSPPH_3384 fliF fliE TRUE 0.998 16.000 0.910 0.004 Y NA
 880251 880252 PSPPH_3384 PSPPH_3385 fliE fleR FALSE 0.336 244.000 0.446 1.000 N NA
 880252 880253 PSPPH_3385 PSPPH_3386 fleR fleS TRUE 0.999 0.000 0.679 0.085 Y NA
 880253 880254 PSPPH_3386 PSPPH_3387 fleS fleQ TRUE 0.855 123.000 0.377 0.085 Y NA
 880254 880255 PSPPH_3387 PSPPH_3388 fleQ fliT FALSE 0.152 178.000 0.056 NA   NA
 880255 880256 PSPPH_3388 PSPPH_3389 fliT fliS TRUE 0.952 27.000 0.478 NA   NA
 880256 880257 PSPPH_3389 PSPPH_3390 fliS fliD TRUE 0.806 126.000 0.194 0.002 Y NA
 880257 880258 PSPPH_3390 PSPPH_3391 fliD flaG TRUE 0.683 83.000 0.117 NA Y NA
 880258 880259 PSPPH_3391 PSPPH_3392 flaG fliC TRUE 0.618 67.000 0.025 NA Y NA
 880259 880260 PSPPH_3392 PSPPH_3393 fliC   FALSE 0.007 329.000 0.000 NA N NA
 880260 880261 PSPPH_3393 PSPPH_3394     FALSE 0.009 286.000 0.000 NA   NA
 880261 880262 PSPPH_3394 PSPPH_3395     FALSE 0.057 142.000 0.000 NA   NA
 880262 880263 PSPPH_3395 PSPPH_3396   flgL FALSE 0.108 89.000 0.000 NA N NA
 880263 880264 PSPPH_3396 PSPPH_3397 flgL flgK TRUE 0.981 14.000 0.057 0.001 Y NA
 880264 880265 PSPPH_3397 PSPPH_3398 flgK flgJ TRUE 0.998 12.000 0.705 0.002 Y NA
 880265 880266 PSPPH_3398 PSPPH_3399 flgJ flgI TRUE 0.997 11.000 0.405 0.006 Y NA
 880266 880267 PSPPH_3399 PSPPH_3400 flgI flgH TRUE 0.985 14.000 0.128 0.006 Y NA
 880267 880268 PSPPH_3400 PSPPH_3401 flgH flgG TRUE 0.957 85.000 0.632 0.004 Y NA
 880268 880269 PSPPH_3401 PSPPH_3402 flgG flgF TRUE 0.954 47.000 0.207 0.001 Y NA
 880269 880270 PSPPH_3402 PSPPH_3403 flgF   FALSE 0.470 -109.000 0.000 NA   NA
 880270 880271 PSPPH_3403 PSPPH_3404     FALSE 0.363 28.000 0.000 NA   NA
 880271 880272 PSPPH_3404 PSPPH_3405   flgE FALSE 0.364 191.000 0.000 0.000 Y NA
 880272 880273 PSPPH_3405 PSPPH_3406 flgE flgD TRUE 0.990 26.000 0.875 NA Y NA
 880273 880274 PSPPH_3406 PSPPH_3407 flgD flgC TRUE 0.970 16.000 0.207 NA Y NA
 880274 880275 PSPPH_3407 PSPPH_3408 flgC flgB TRUE 0.999 4.000 0.800 0.003 Y NA
 880275 880276 PSPPH_3408 PSPPH_3409 flgB   FALSE 0.010 280.000 0.000 NA   NA
 880276 880277 PSPPH_3409 PSPPH_3410   cynS TRUE 0.820 11.000 0.011 NA   NA
 880279 880280 PSPPH_3412 PSPPH_3413 cheR3   TRUE 0.978 52.000 0.838 1.000 Y NA
 880281 880282 PSPPH_3414 PSPPH_3415     TRUE 0.718 162.000 0.371 NA Y NA
 880282 880283 PSPPH_3415 PSPPH_3416     TRUE 0.971 50.000 0.361 0.001 Y NA
 880283 880284 PSPPH_3416 PSPPH_3417     TRUE 0.510 83.000 0.121 1.000 N NA
 880285 880286 PSPPH_3418 PSPPH_3419     TRUE 0.892 55.000 0.462 1.000   NA
 880287 880288 PSPPH_3420 PSPPH_3421     TRUE 0.907 0.000 0.000 1.000   NA
 880288 880289 PSPPH_3421 PSPPH_3422     FALSE 0.128 75.000 0.000 NA   NA
 880290 880291 PSPPH_3423 PSPPH_3424     TRUE 0.961 6.000 0.000 0.004   NA
 880291 880292 PSPPH_3424 PSPPH_3425     TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000   NA
 880292 880293 PSPPH_3425 PSPPH_3426     FALSE 0.203 53.000 0.000 NA   NA
 880293 880294 PSPPH_3426 PSPPH_3427     FALSE 0.010 277.000 0.000 NA   NA
 880294 880295 PSPPH_3427 PSPPH_3428     TRUE 0.974 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 880295 880296 PSPPH_3428 PSPPH_3429     FALSE 0.025 368.000 0.000 NA Y NA
 880299 880300 PSPPH_3432 PSPPH_3433 pobA   FALSE 0.008 297.000 0.000 NA   NA
 880300 880301 PSPPH_3433 PSPPH_3434     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880301 880302 PSPPH_3434 PSPPH_3435   pdxA2 TRUE 0.972 -7.000 0.235 NA   NA
 880302 880303 PSPPH_3435 PSPPH_3436 pdxA2   FALSE 0.464 78.000 0.080 1.000   NA
 880303 880304 PSPPH_3436 PSPPH_3437     TRUE 0.933 -76.000 0.231 1.000   NA
 880304 880305 PSPPH_3437 PSPPH_3438     TRUE 0.669 55.000 0.108 1.000 N NA
 880305 880306 PSPPH_3438 PSPPH_3439   srl TRUE 0.857 40.000 0.231 1.000 N NA
 880306 880307 PSPPH_3439 PSPPH_3440 srl   FALSE 0.008 294.000 0.000 NA   NA
 880307 880308 PSPPH_3440 PSPPH_3441     TRUE 0.563 15.000 0.000 NA   NA
 880308 880309 PSPPH_3441 PSPPH_3442     TRUE 0.496 -43.000 0.000 NA   NA
 880309 880310 PSPPH_3442 PSPPH_3443     TRUE 0.836 4.000 0.000 NA   NA
 880310 880311 PSPPH_3443 PSPPH_3444     TRUE 0.736 -6.000 0.000 NA   NA
 880311 880312 PSPPH_3444 PSPPH_3445     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880313 880314 PSPPH_3446 PSPPH_3447 bphP bphO TRUE 0.991 -3.000 0.300 NA N NA
 880314 880315 PSPPH_3447 PSPPH_3448 bphO   FALSE 0.006 351.000 0.000 NA N NA
 880315 880316 PSPPH_3448 PSPPH_3449     TRUE 0.986 5.000 0.250 NA   NA
 880316 880317 PSPPH_3449 PSPPH_3450     TRUE 0.991 -3.000 0.297 NA   NA
 880317 880318 PSPPH_3450 PSPPH_3451     TRUE 0.668 39.000 0.062 NA N NA
 880318 880319 PSPPH_3451 PSPPH_3452     TRUE 0.997 0.000 0.562 NA   NA
 880320 880321 PSPPH_3453 PSPPH_3454     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 880322 880323 PSPPH_3455 PSPPH_3456   pcd TRUE 0.804 43.000 0.173 1.000 N NA
 880324 880325 PSPPH_3457 PSPPH_3458 gabT2   FALSE 0.415 24.000 0.000 NA   NA
 880325 880326 PSPPH_3458 PSPPH_3459     FALSE 0.002 573.000 0.000 NA   NA
 880329 880330 PSPPH_3462 PSPPH_3463     TRUE 0.791 7.000 0.000 NA   NA
 880332 880333 PSPPH_3465 PSPPH_3466     TRUE 0.857 5.000 0.000 1.000   NA
 880333 880334 PSPPH_3466 PSPPH_3467     TRUE 0.997 4.000 0.750 1.000 N NA
 880335 880336 PSPPH_3468 PSPPH_3469   fdh FALSE 0.109 103.000 0.000 1.000 N NA
 880337 880338 PSPPH_3470 PSPPH_3471 hyuE   TRUE 0.976 11.000 0.220 1.000 N NA
 880339 880340 PSPPH_3472 PSPPH_3473     FALSE 0.009 335.000 0.000 1.000 N NA
 880340 880341 PSPPH_3473 PSPPH_3474     TRUE 0.546 -22.000 0.000 NA   NA
 880341 880342 PSPPH_3474 PSPPH_3475     FALSE 0.021 222.000 0.000 NA   NA
 880343 880344 PSPPH_3476 PSPPH_3477     FALSE 0.012 258.000 0.000 NA   NA
 880344 880345 PSPPH_3477 PSPPH_3478     FALSE 0.242 46.000 0.000 NA   NA
 880346 880347 PSPPH_3479 PSPPH_3480     FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 880347 880348 PSPPH_3480 PSPPH_3481     FALSE 0.168 63.000 0.000 NA   NA
 880348 880349 PSPPH_3481 PSPPH_3482     TRUE 0.896 20.000 0.148 1.000   NA
 880349 880350 PSPPH_3482 PSPPH_3483     TRUE 0.577 76.000 0.143 1.000   NA
 880350 880351 PSPPH_3483 PSPPH_3484     FALSE 0.396 78.000 0.000 0.037   NA
 880352 880353 PSPPH_3485 PSPPH_3486     FALSE 0.367 80.000 0.051 NA N NA
 880353 880354 PSPPH_3486 PSPPH_3487     FALSE 0.253 129.000 0.000 0.058 N NA
 880354 880355 PSPPH_3487 PSPPH_3488     FALSE 0.058 158.000 0.000 NA N NA
 880356 880357 PSPPH_3489 PSPPH_3490     FALSE 0.054 148.000 0.000 NA   NA
 880358 880359 PSPPH_3491 PSPPH_3492     FALSE 0.068 153.000 0.000 1.000   NA
 880359 880360 PSPPH_3492 PSPPH_3493     FALSE 0.006 723.000 0.000 0.027   NA
 880360 880361 PSPPH_3493 PSPPH_3494     FALSE 0.064 111.000 0.000 NA   NA
 880361 880362 PSPPH_3494 PSPPH_3495     FALSE 0.001 679.000 0.000 NA   NA
 880364 880365 PSPPH_3497 PSPPH_3498   hopF3 FALSE 0.138 71.000 0.000 NA   NA
 880365 880366 PSPPH_3498 PSPPH_3499 hopF3   TRUE 0.725 11.000 0.000 NA   NA
 880369 880370 PSPPH_3502 PSPPH_3503     TRUE 0.791 7.000 0.000 NA   NA
 880370 880371 PSPPH_3503 PSPPH_3504     FALSE 0.003 446.000 0.000 NA   NA
 880374 880375 PSPPH_3507 PSPPH_3508     FALSE 0.093 88.000 0.000 NA   NA
 880375 880376 PSPPH_3508 PSPPH_3509     FALSE 0.065 110.000 0.000 NA   NA
 880376 880377 PSPPH_3509 PSPPH_3510   csrA2 FALSE 0.168 63.000 0.000 NA   NA
 880377 880378 PSPPH_3510 PSPPH_3511 csrA2   FALSE 0.228 172.000 0.079 1.000 N NA
 880378 880379 PSPPH_3511 PSPPH_3512   alaS FALSE 0.361 93.000 0.065 1.000 N NA
 880379 880380 PSPPH_3512 PSPPH_3513 alaS   FALSE 0.120 145.000 0.009 1.000 N NA
 880382 880383 PSPPH_3515 PSPPH_3516 astE   TRUE 0.993 13.000 0.909 NA   NA
 880383 880384 PSPPH_3516 PSPPH_3517   astB TRUE 0.530 62.000 0.072 NA   NA
 880384 880385 PSPPH_3517 PSPPH_3518 astB astD TRUE 0.863 49.000 0.306 1.000 N NA
 880385 880386 PSPPH_3518 PSPPH_3519 astD aruG TRUE 0.990 0.000 0.205 1.000 N NA
 880386 880387 PSPPH_3519 PSPPH_3520 aruG aruF TRUE 0.989 64.000 1.000 0.000 Y NA
 880387 880388 PSPPH_3520 PSPPH_3521 aruF argD2 TRUE 0.848 134.000 0.533 1.000 Y NA
 880388 880389 PSPPH_3521 PSPPH_3522 argD2 argR FALSE 0.026 237.000 0.000 1.000 N NA
 880389 880390 PSPPH_3522 PSPPH_3523 argR hisP TRUE 0.858 73.000 0.500 1.000 N NA
 880390 880391 PSPPH_3523 PSPPH_3524 hisP   TRUE 0.971 23.000 0.571 1.000   NA
 880391 880392 PSPPH_3524 PSPPH_3525     TRUE 0.996 2.000 0.500 1.000   NA
 880392 880393 PSPPH_3525 PSPPH_3526     TRUE 0.999 -3.000 0.875 0.011 Y NA
 880393 880394 PSPPH_3526 PSPPH_3527     TRUE 0.957 85.000 0.714 0.067 Y NA
 880394 880395 PSPPH_3527 PSPPH_3528   acsA FALSE 0.003 530.000 0.000 1.000 N NA
 880398 880399 PSPPH_3531 PSPPH_3532 phhA phhB TRUE 0.852 36.000 0.203 1.000 N NA
 880399 880400 PSPPH_3532 PSPPH_3533 phhB   FALSE 0.003 465.000 0.000 NA   NA
 880400 880401 PSPPH_3533 PSPPH_3534     TRUE 0.765 139.000 0.667 NA   NA
 880402 880403 PSPPH_3535 PSPPH_3536     TRUE 0.709 -19.000 0.007 1.000   NA
 880403 880404 PSPPH_3536 PSPPH_3537     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880404 880405 PSPPH_3537 PSPPH_3538   rluB TRUE 0.494 18.000 0.000 NA   NA
 880405 880406 PSPPH_3538 PSPPH_3539 rluB   FALSE 0.080 185.000 0.026 NA   NA
 880406 880407 PSPPH_3539 PSPPH_3540   scpB FALSE 0.064 271.000 0.087 NA   NA
 880407 880408 PSPPH_3540 PSPPH_3541 scpB scpA TRUE 0.871 16.000 0.083 NA   NA
 880408 880409 PSPPH_3541 PSPPH_3542 scpA   FALSE 0.271 87.000 0.040 NA   NA
 880409 880410 PSPPH_3542 PSPPH_3543     TRUE 0.964 14.000 0.281 NA   NA
 880411 880412 PSPPH_3544 PSPPH_3545 ispZ   TRUE 0.989 2.000 0.224 NA   NA
 880412 880413 PSPPH_3545 PSPPH_3546     FALSE 0.183 143.000 0.043 NA   NA
 880413 880414 PSPPH_3546 PSPPH_3547     TRUE 0.990 8.000 0.409 NA   NA
 880414 880415 PSPPH_3547 PSPPH_3548     TRUE 0.753 110.000 0.318 NA Y NA
 880420 880421 PSPPH_3553 PSPPH_3554     TRUE 0.947 64.000 0.900 1.000   NA
 880421 880422 PSPPH_3554 PSPPH_3555   marR TRUE 0.540 77.000 0.111 1.000 N NA
 880422 880423 PSPPH_3555 PSPPH_3556 marR miaE FALSE 0.080 150.000 0.000 1.000 N NA
 880423 880424 PSPPH_3556 PSPPH_3557 miaE   FALSE 0.175 61.000 0.000 NA   NA
 880425 880426 PSPPH_3558 PSPPH_3559 acnB   FALSE 0.010 279.000 0.000 NA   NA
 880428 880429 PSPPH_3561 PSPPH_3562     FALSE 0.236 47.000 0.000 NA   NA
 880429 880430 PSPPH_3562 PSPPH_3563   moxR FALSE 0.032 211.000 0.000 1.000   NA
 880430 880431 PSPPH_3563 PSPPH_3564 moxR   TRUE 0.979 5.000 0.179 NA   NA
 880431 880432 PSPPH_3564 PSPPH_3565     TRUE 0.995 -3.000 0.484 NA   NA
 880432 880433 PSPPH_3565 PSPPH_3566   vWA TRUE 0.971 -7.000 0.233 NA   NA
 880433 880434 PSPPH_3566 PSPPH_3567 vWA   TRUE 0.988 -3.000 0.233 NA   NA
 880434 880435 PSPPH_3567 PSPPH_3568     TRUE 0.989 -3.000 0.258 NA   NA
 880435 880436 PSPPH_3568 PSPPH_3569   sbcD FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 880436 880437 PSPPH_3569 PSPPH_3570 sbcD sbcC TRUE 0.999 -3.000 0.669 0.001 N NA
 880438 880439 PSPPH_3571 PSPPH_3572     FALSE 0.244 176.000 0.125 NA   NA
 880439 880440 PSPPH_3572 PSPPH_3573     TRUE 0.499 80.000 0.125 NA   NA
 880440 880441 PSPPH_3573 PSPPH_3574     TRUE 0.601 14.000 0.000 NA   NA
 880441 880442 PSPPH_3574 PSPPH_3575     TRUE 0.796 36.000 0.143 1.000   NA
 880443 880444 PSPPH_3576 PSPPH_3577     TRUE 0.681 43.000 0.069 1.000 N NA
 880444 880445 PSPPH_3577 PSPPH_3578     FALSE 0.007 313.000 0.000 NA   NA
 880449 880450 PSPPH_3582 PSPPH_3583     FALSE 0.004 392.000 0.000 NA   NA
 880450 880451 PSPPH_3583 PSPPH_3584     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880452 880453 PSPPH_3585 PSPPH_3586     TRUE 0.966 28.000 0.409 0.057   NA
 880453 880454 PSPPH_3586 PSPPH_3587     FALSE 0.105 233.000 0.091 NA   NA
 880454 880455 PSPPH_3587 PSPPH_3588     FALSE 0.002 506.000 0.000 NA   NA
 880455 880456 PSPPH_3588 PSPPH_3589     TRUE 0.969 12.000 0.244 NA   NA
 880456 880457 PSPPH_3589 PSPPH_3590     TRUE 0.949 28.000 0.470 NA   NA
 880457 880458 PSPPH_3590 PSPPH_3591     TRUE 0.974 14.000 0.379 NA   NA
 880458 880459 PSPPH_3591 PSPPH_3592     FALSE 0.184 81.000 0.013 NA   NA
 880459 880460 PSPPH_3592 PSPPH_3593     FALSE 0.467 31.000 0.013 NA   NA
 880460 880461 PSPPH_3593 PSPPH_3594     TRUE 0.981 27.000 0.911 NA   NA
 880461 880462 PSPPH_3594 PSPPH_3595   pepN FALSE 0.004 360.000 0.000 NA   NA
 880462 880463 PSPPH_3595 PSPPH_3596 pepN   TRUE 0.892 13.000 0.059 NA   NA
 880463 880464 PSPPH_3596 PSPPH_3597     TRUE 0.838 30.000 0.168 NA   NA
 880464 880465 PSPPH_3597 PSPPH_3598     TRUE 0.807 29.000 0.124 NA   NA
 880465 880466 PSPPH_3598 PSPPH_3599     TRUE 0.981 -3.000 0.131 1.000   NA
 880466 880467 PSPPH_3599 PSPPH_3600   ppnK TRUE 0.969 0.000 0.045 1.000   NA
 880468 880469 PSPPH_3601 PSPPH_3602     FALSE 0.002 545.000 0.000 NA   NA
 880470 880471 PSPPH_3603 PSPPH_3604 arsB fsr TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 880473 880474 PSPPH_3606 PSPPH_3607     FALSE 0.158 93.000 0.008 1.000   NA
 880474 880475 PSPPH_3607 PSPPH_3608     FALSE 0.292 52.000 0.000 1.000 N NA
 880475 880476 PSPPH_3608 PSPPH_3609     TRUE 0.997 3.000 0.429 1.000 Y NA
 880479 880480 PSPPH_3612 PSPPH_3613     TRUE 0.995 -3.000 0.511 NA   NA
 880480 880481 PSPPH_3613 PSPPH_3614     TRUE 0.760 57.000 0.062 NA Y NA
 880481 880482 PSPPH_3614 PSPPH_3615     TRUE 0.809 33.000 0.130 1.000 N NA
 880483 880484 PSPPH_3616 PSPPH_3617     FALSE 0.457 29.000 0.000 1.000 N NA
 880484 880485 PSPPH_3617 PSPPH_3618     FALSE 0.094 116.000 0.000 1.000 N NA
 880486 880487 PSPPH_3619 PSPPH_3620     FALSE 0.048 158.000 0.000 NA   NA
 880488 880489 PSPPH_3621 PSPPH_3622     TRUE 0.816 5.000 0.000 NA   NA
 880489 880490 PSPPH_3622 PSPPH_3623     FALSE 0.074 101.000 0.000 NA   NA
 880490 880491 PSPPH_3623 PSPPH_3624     TRUE 0.855 3.000 0.000 NA   NA
 880493 880494 PSPPH_3626 PSPPH_3627     TRUE 0.923 -3.000 0.019 NA   NA
 880496 880497 PSPPH_3629 PSPPH_3630   msrB TRUE 0.676 67.000 0.036 1.000 Y NA
 880498 880499 PSPPH_3631 PSPPH_3632   htpX FALSE 0.025 268.000 0.008 1.000 N NA
 880499 880500 PSPPH_3632 PSPPH_3633 htpX   FALSE 0.008 325.000 0.000 1.000   NA
 880501 880502 PSPPH_3634 PSPPH_3635     FALSE 0.005 421.000 0.000 1.000 N NA
 880504 880505 PSPPH_3637 PSPPH_3638     FALSE 0.001 858.000 0.000 NA   NA
 880505 880506 PSPPH_3638 PSPPH_3639     FALSE 0.063 120.000 0.000 NA   NA
 880506 880507 PSPPH_3639 PSPPH_3640     FALSE 0.033 185.000 0.000 NA   NA
 880508 880509 PSPPH_3641 PSPPH_3642     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880509 880510 PSPPH_3642 PSPPH_3643     FALSE 0.145 86.000 0.000 1.000 N NA
 880512 880513 PSPPH_3645 PSPPH_3646   ohr TRUE 0.566 147.000 0.314 1.000 N NA
 880513 880514 PSPPH_3646 PSPPH_3647 ohr   TRUE 0.744 41.000 0.103 1.000 N NA
 880515 880516 PSPPH_3648 PSPPH_3649 efp   FALSE 0.314 100.000 0.074 NA   NA
 880517 880518 PSPPH_3650 PSPPH_3651     TRUE 0.971 4.000 0.096 NA   NA
 880518 880519 PSPPH_3651 PSPPH_3652     FALSE 0.063 124.000 0.000 NA   NA
 880522 880523 PSPPH_3655 PSPPH_3656     FALSE 0.097 160.000 0.012 1.000   NA
 880523 880524 PSPPH_3656 PSPPH_3657     TRUE 0.497 100.000 0.041 1.000 Y NA
 880524 880525 PSPPH_3657 PSPPH_3658     TRUE 0.989 -7.000 0.250 1.000 Y NA
 880525 880526 PSPPH_3658 PSPPH_3659     FALSE 0.017 258.000 0.000 1.000   NA
 880528 880529 PSPPH_3661 PSPPH_3662 ihfB rpsA FALSE 0.117 321.000 0.292 1.000 N NA
 880529 880530 PSPPH_3662 PSPPH_3663 rpsA cmk TRUE 0.574 122.000 0.281 1.000 N NA
 880530 880531 PSPPH_3663 PSPPH_3664 cmk   TRUE 0.987 -3.000 0.209 1.000   NA
 880531 880532 PSPPH_3664 PSPPH_3665   pheA FALSE 0.006 562.000 0.035 1.000   NA
 880532 880533 PSPPH_3665 PSPPH_3666 pheA serC TRUE 0.993 0.000 0.121 1.000 Y NA
 880533 880534 PSPPH_3666 PSPPH_3667 serC gyrA FALSE 0.260 148.000 0.067 1.000 N NA
 880534 880535 PSPPH_3667 PSPPH_3668 gyrA   FALSE 0.016 305.000 0.007 1.000 N NA
 880536 880537 PSPPH_3669 PSPPH_3670   ubiG FALSE 0.470 86.000 0.104 1.000 N NA
 880537 880538 PSPPH_3670 PSPPH_3671 ubiG gph2 TRUE 0.989 4.000 0.259 1.000   NA
 880538 880539 PSPPH_3671 PSPPH_3672 gph2   TRUE 0.962 13.000 0.098 0.059   NA
 880539 880540 PSPPH_3672 PSPPH_3673     FALSE 0.035 215.000 0.000 1.000 N NA
 880541 880542 PSPPH_3674 PSPPH_3675     TRUE 0.880 30.000 0.222 NA N NA
 880542 880543 PSPPH_3675 PSPPH_3676     FALSE 0.423 124.000 0.158 1.000 N NA
 880543 880544 PSPPH_3676 PSPPH_3677     TRUE 0.986 -7.000 0.407 1.000 N NA
 880544 880545 PSPPH_3677 PSPPH_3678     TRUE 0.945 4.000 0.038 NA   NA
 880545 880546 PSPPH_3678 PSPPH_3679   bolA FALSE 0.147 173.000 0.049 NA   NA
 880546 880547 PSPPH_3679 PSPPH_3680 bolA   TRUE 0.838 16.000 0.056 NA   NA
 880548 880549 PSPPH_3681 PSPPH_3682 fumC1   TRUE 0.820 -7.000 0.007 1.000   NA
 880550 880551 PSPPH_3683 PSPPH_3684     FALSE 0.074 101.000 0.000 NA   NA
 880554 880555 PSPPH_3687 PSPPH_3688     FALSE 0.004 397.000 0.000 NA   NA
 880555 880556 PSPPH_3688 PSPPH_3689     FALSE 0.015 243.000 0.000 NA   NA
 880557 880558 PSPPH_3690 PSPPH_3691     FALSE 0.171 62.000 0.000 NA   NA
 880558 880559 PSPPH_3691 PSPPH_3692     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880559 880560 PSPPH_3692 PSPPH_3693   cobS FALSE 0.119 97.000 0.000 1.000 N NA
 880560 880561 PSPPH_3693 PSPPH_3694 cobS   TRUE 0.951 2.000 0.021 1.000 N NA
 880561 880562 PSPPH_3694 PSPPH_3695   cobT TRUE 0.977 -3.000 0.090 1.000 N NA
 880562 880563 PSPPH_3695 PSPPH_3696 cobT cobP TRUE 0.992 -3.000 0.138 1.000 Y NA
 880563 880564 PSPPH_3696 PSPPH_3697 cobP cobQ TRUE 0.991 1.000 0.079 1.000 Y NA
 880564 880565 PSPPH_3697 PSPPH_3698 cobQ   TRUE 0.983 -3.000 0.033 0.007 N NA
 880565 880566 PSPPH_3698 PSPPH_3699   cobD TRUE 0.994 -7.000 0.463 0.007 N NA
 880566 880567 PSPPH_3699 PSPPH_3700 cobD   TRUE 0.968 -3.000 0.053 1.000 N NA
 880567 880568 PSPPH_3700 PSPPH_3701     TRUE 0.950 -3.000 0.027 1.000 N NA
 880568 880569 PSPPH_3701 PSPPH_3702   cobO TRUE 0.922 40.000 0.069 0.007 Y NA
 880571 880572 PSPPH_3704 PSPPH_3705     TRUE 0.944 91.000 0.909 NA Y NA
 880572 880573 PSPPH_3705 PSPPH_3706     TRUE 0.746 70.000 0.267 NA N NA
 880573 880574 PSPPH_3706 PSPPH_3707     TRUE 0.563 15.000 0.000 NA   NA
 880574 880575 PSPPH_3707 PSPPH_3708     FALSE 0.227 218.000 0.217 NA   NA
 880575 880576 PSPPH_3708 PSPPH_3709     TRUE 0.700 39.000 0.087 NA   NA
 880577 880578 PSPPH_3710 PSPPH_3711 purM purN TRUE 0.998 0.000 0.230 0.002 Y NA
 880578 880579 PSPPH_3711 PSPPH_3712 purN   TRUE 0.946 9.000 0.065 NA   NA
 880579 880580 PSPPH_3712 PSPPH_3713     FALSE 0.002 491.000 0.000 NA   NA
 880581 880582 PSPPH_3714 PSPPH_3715   mazG FALSE 0.467 31.000 0.013 NA   NA
 880582 880583 PSPPH_3715 PSPPH_3716 mazG relA TRUE 0.679 28.000 0.035 1.000   NA
 880583 880584 PSPPH_3716 PSPPH_3717 relA rumA FALSE 0.181 166.000 0.047 1.000 N NA
 880584 880585 PSPPH_3717 PSPPH_3718 rumA cysM TRUE 0.969 0.000 0.039 1.000 N NA
 880586 880587 PSPPH_3719 PSPPH_3720 gacS   FALSE 0.065 110.000 0.000 NA   NA
 880587 880588 PSPPH_3720 PSPPH_3721     TRUE 0.979 -3.000 0.135 NA   NA
 880590 880591 PSPPH_3723 PSPPH_3724 arsC   TRUE 0.989 -3.000 0.112 0.037   NA
 880591 880592 PSPPH_3724 PSPPH_3725     FALSE 0.095 103.000 0.000 1.000   NA
 880595 880596 PSPPH_3728 PSPPH_3729 dctA   FALSE 0.013 431.000 0.000 0.100 N NA
 880596 880597 PSPPH_3729 PSPPH_3730   phoP TRUE 0.999 -3.000 0.940 1.000 Y NA
 880597 880598 PSPPH_3730 PSPPH_3731 phoP   FALSE 0.363 28.000 0.000 NA   NA
 880602 880603 PSPPH_3735 PSPPH_3736     TRUE 0.500 -42.000 0.000 NA   NA
 880603 880604 PSPPH_3736 PSPPH_3737   rstA TRUE 0.993 5.000 0.229 1.000 Y NA
 880606 880607 PSPPH_3739 PSPPH_3740     TRUE 0.988 33.000 0.667 0.068 Y NA
 880608 880609 PSPPH_3741 PSPPH_3742     FALSE 0.168 63.000 0.000 NA   NA
 880609 880610 PSPPH_3742 PSPPH_3743     FALSE 0.107 82.000 0.000 NA   NA
 880610 880611 PSPPH_3743 PSPPH_3744     FALSE 0.464 72.000 0.000 0.012   NA
 880611 880612 PSPPH_3744 PSPPH_3745   nrdB FALSE 0.004 448.000 0.000 1.000   NA
 880614 880615 PSPPH_3747 PSPPH_3748     FALSE 0.010 282.000 0.000 NA   NA
 880615 880616 PSPPH_3748 PSPPH_3749     FALSE 0.013 252.000 0.000 NA   NA
 880616 880617 PSPPH_3749 PSPPH_3750     TRUE 0.995 12.000 1.000 NA N NA
 880617 880618 PSPPH_3750 PSPPH_3751     TRUE 0.973 2.000 0.074 NA   NA
 880618 880619 PSPPH_3751 PSPPH_3752     TRUE 0.773 16.000 0.032 NA   NA
 880619 880620 PSPPH_3752 PSPPH_3753   iucD FALSE 0.294 77.000 0.032 NA   NA
 880620 880621 PSPPH_3753 PSPPH_3754 iucD   TRUE 0.578 49.000 0.054 NA N NA
 880621 880622 PSPPH_3754 PSPPH_3755     TRUE 0.985 -7.000 0.054 0.014 Y NA
 880623 880624 PSPPH_3756 PSPPH_3757     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 880624 880625 PSPPH_3757 PSPPH_3758     FALSE 0.125 87.000 0.000 1.000   NA
 880625 880626 PSPPH_3758 PSPPH_3759     FALSE 0.173 78.000 0.000 1.000 N NA
 880628 880629 PSPPH_3761 PSPPH_3762     FALSE 0.081 96.000 0.000 NA   NA
 880629 880630 PSPPH_3762 PSPPH_3763     FALSE 0.164 64.000 0.000 NA   NA
 880630 880631 PSPPH_3763 PSPPH_3764     TRUE 0.992 2.000 0.270 1.000   NA
 880631 880632 PSPPH_3764 PSPPH_3765     FALSE 0.187 172.000 0.059 1.000   NA
 880632 880633 PSPPH_3765 PSPPH_3766   pal TRUE 0.986 7.000 0.278 1.000   NA
 880633 880634 PSPPH_3766 PSPPH_3767 pal tolB TRUE 0.925 53.000 0.592 1.000 N NA
 880634 880635 PSPPH_3767 PSPPH_3768 tolB tolA TRUE 0.994 -3.000 0.215 0.008   NA
 880635 880636 PSPPH_3768 PSPPH_3769 tolA tolR2 TRUE 0.997 0.000 0.460 0.100   NA
 880636 880637 PSPPH_3769 PSPPH_3770 tolR2 tolQ2 TRUE 0.994 15.000 0.556 0.078 Y NA
 880637 880638 PSPPH_3770 PSPPH_3771 tolQ2   TRUE 0.988 -10.000 0.593 1.000   NA
 880638 880639 PSPPH_3771 PSPPH_3772   ruvB FALSE 0.303 134.000 0.082 1.000   NA
 880639 880640 PSPPH_3772 PSPPH_3773 ruvB ruvA TRUE 0.999 1.000 0.549 0.001 Y NA
 880640 880641 PSPPH_3773 PSPPH_3774 ruvA ruvC TRUE 0.934 86.000 0.451 0.008 Y NA
 880641 880642 PSPPH_3774 PSPPH_3775 ruvC   TRUE 0.539 131.000 0.277 NA   NA
 880642 880643 PSPPH_3775 PSPPH_3776   aspS FALSE 0.187 117.000 0.039 NA   NA
 880643 880644 PSPPH_3776 PSPPH_3777 aspS   FALSE 0.010 281.000 0.000 NA   NA
 880644 880645 PSPPH_3777 PSPPH_3778     FALSE 0.012 318.000 0.014 NA   NA
 880647 880648 PSPPH_3780 PSPPH_3781     TRUE 0.948 -3.000 0.035 NA   NA
 880649 880650 PSPPH_3782 PSPPH_3783   proS FALSE 0.055 172.000 0.000 1.000   NA
 880650 880651 PSPPH_3783 PSPPH_3784 proS   FALSE 0.230 71.000 0.013 NA   NA
 880653 880654 PSPPH_3786 PSPPH_3787     FALSE 0.018 232.000 0.000 NA   NA
 880654 880655 PSPPH_3787 PSPPH_3788     FALSE 0.005 348.000 0.000 NA   NA
 880655 880656 PSPPH_3788 PSPPH_3789     TRUE 0.987 0.000 0.176 NA   NA
 880658 880659 PSPPH_3791 PSPPH_3792     FALSE 0.005 396.000 0.000 1.000   NA
 880659 880660 PSPPH_3792 PSPPH_3793     FALSE 0.311 103.000 0.009 0.058   NA
 880660 880661 PSPPH_3793 PSPPH_3794     FALSE 0.464 93.000 0.139 1.000   NA
 880661 880662 PSPPH_3794 PSPPH_3795     FALSE 0.317 81.000 0.043 NA   NA
 880662 880663 PSPPH_3795 PSPPH_3796     TRUE 0.791 14.000 0.025 NA   NA
 880666 880667 PSPPH_3799 PSPPH_3800 dgkA   TRUE 0.720 84.000 0.316 1.000 N NA
 880667 880668 PSPPH_3800 PSPPH_3801     FALSE 0.034 246.000 0.022 NA   NA
 880669 880670 PSPPH_3802 PSPPH_3803     FALSE 0.089 194.000 0.036 NA   NA
 880671 880672 PSPPH_3804 PSPPH_3805 recX recA TRUE 0.988 6.000 0.296 1.000   NA
 880672 880673 PSPPH_3805 PSPPH_3806 recA   FALSE 0.350 94.000 0.082 NA   NA
 880674 880675 PSPPH_3807 PSPPH_3808 mutS fdxA FALSE 0.034 260.000 0.020 1.000 N NA
 880676 880677 PSPPH_3809 PSPPH_3810 rpoS   FALSE 0.346 104.000 0.081 1.000 N NA
 880677 880678 PSPPH_3810 PSPPH_3811   pcm FALSE 0.051 209.000 0.007 1.000 N NA
 880678 880679 PSPPH_3811 PSPPH_3812 pcm surE TRUE 0.995 0.000 0.353 1.000   NA
 880679 880680 PSPPH_3812 PSPPH_3813 surE truD TRUE 0.961 -12.000 0.235 1.000   NA
 880680 880681 PSPPH_3813 PSPPH_3814 truD ispF TRUE 0.985 -3.000 0.173 1.000   NA
 880681 880682 PSPPH_3814 PSPPH_3815 ispF   FALSE 0.356 54.000 0.012 1.000   NA
 880682 880683 PSPPH_3815 PSPPH_3816   adhC TRUE 0.884 69.000 0.567 1.000   NA
 880685 880686 PSPPH_3818 PSPPH_3819 ispD ftsB TRUE 0.951 14.000 0.185 1.000 N NA
 880686 880687 PSPPH_3819 PSPPH_3820 ftsB eno FALSE 0.345 191.000 0.241 1.000 N NA
 880687 880688 PSPPH_3820 PSPPH_3821 eno kdsA FALSE 0.366 140.000 0.125 1.000 N NA
 880688 880689 PSPPH_3821 PSPPH_3822 kdsA pyrG TRUE 0.927 15.000 0.138 1.000 N NA
 880689 880690 PSPPH_3822 PSPPH_3823 pyrG tilS FALSE 0.031 264.000 0.016 1.000 N NA
 880690 880691 PSPPH_3823 PSPPH_3824 tilS accA FALSE 0.329 153.000 0.123 1.000 N NA
 880691 880692 PSPPH_3824 PSPPH_3825 accA dnaE FALSE 0.379 129.000 0.122 1.000 N NA
 880692 880693 PSPPH_3825 PSPPH_3826 dnaE rnhB TRUE 0.762 70.000 0.104 1.000 Y NA
 880693 880694 PSPPH_3826 PSPPH_3827 rnhB lpxB TRUE 0.986 -3.000 0.186 1.000 N NA
 880694 880695 PSPPH_3827 PSPPH_3828 lpxB lpxA TRUE 0.996 3.000 0.289 1.000 Y NA
 880695 880696 PSPPH_3828 PSPPH_3829 lpxA fabZ TRUE 0.998 -3.000 0.850 1.000 N NA
 880696 880697 PSPPH_3829 PSPPH_3830 fabZ lpxD TRUE 0.841 110.000 0.796 1.000 N NA
 880697 880698 PSPPH_3830 PSPPH_3831 lpxD   TRUE 0.999 3.000 0.814 1.000 Y NA
 880698 880699 PSPPH_3831 PSPPH_3832     TRUE 0.808 46.000 0.050 1.000 Y NA
 880699 880700 PSPPH_3832 PSPPH_3833     TRUE 0.554 75.000 0.014 1.000 Y NA
 880700 880701 PSPPH_3833 PSPPH_3834   dxr TRUE 0.755 118.000 0.568 1.000 N NA
 880701 880702 PSPPH_3834 PSPPH_3835 dxr cdsA TRUE 0.997 -3.000 0.372 1.000 Y NA
 880702 880703 PSPPH_3835 PSPPH_3836 cdsA uppS TRUE 0.998 0.000 0.400 1.000 Y NA
 880703 880704 PSPPH_3836 PSPPH_3837 uppS frr TRUE 0.970 17.000 0.409 1.000 N NA
 880704 880705 PSPPH_3837 PSPPH_3838 frr pyrH TRUE 0.953 -3.000 0.030 1.000 N NA
 880705 880706 PSPPH_3838 PSPPH_3839 pyrH tsf FALSE 0.066 206.000 0.017 1.000 N NA
 880706 880707 PSPPH_3839 PSPPH_3840 tsf rpsB TRUE 0.808 191.000 0.748 1.000 Y NA
 880708 880709 PSPPH_3841 PSPPH_3842 map2 glnD TRUE 0.938 51.000 0.651 1.000 N NA
 880709 880710 PSPPH_3842 PSPPH_3843 glnD dapC TRUE 0.828 52.000 0.257 1.000 N NA
 880710 880711 PSPPH_3843 PSPPH_3844 dapC   TRUE 0.519 42.000 0.028 1.000   NA
 880711 880712 PSPPH_3844 PSPPH_3845     FALSE 0.002 624.000 0.000 1.000   NA
 880712 880713 PSPPH_3845 PSPPH_3846     TRUE 0.653 48.000 0.069 1.000 N NA
 880713 880714 PSPPH_3846 PSPPH_3847     TRUE 0.994 5.000 0.244 1.000 Y NA
 880714 880715 PSPPH_3847 PSPPH_3848     TRUE 0.976 -3.000 0.116 NA   NA
 880717 880718 PSPPH_3850 PSPPH_3851 dapE rrmA TRUE 0.965 0.000 0.033 1.000 N NA
 880718 880719 PSPPH_3851 PSPPH_3852 rrmA   TRUE 0.841 20.000 0.083 NA   NA
 880719 880720 PSPPH_3852 PSPPH_3853   plsB FALSE 0.045 165.000 0.000 NA   NA
 880720 880721 PSPPH_3853 PSPPH_3854 plsB   FALSE 0.221 117.000 0.052 NA   NA
 880726 880727 PSPPH_3859 PSPPH_3860     FALSE 0.183 115.000 0.037 NA   NA
 880727 880728 PSPPH_3860 PSPPH_3861     TRUE 0.970 3.000 0.074 NA   NA
 880728 880729 PSPPH_3861 PSPPH_3862     FALSE 0.027 238.000 0.008 NA   NA
 880729 880730 PSPPH_3862 PSPPH_3863   adk TRUE 0.497 42.000 0.019 1.000 N NA
 880733 880734 PSPPH_3866 PSPPH_3867     FALSE 0.018 233.000 0.000 NA   NA
 880734 880735 PSPPH_3867 PSPPH_3868     TRUE 0.688 59.000 0.167 NA   NA
 880736 880737 PSPPH_3869 PSPPH_3870     TRUE 0.983 -3.000 0.174 NA   NA
 880737 880738 PSPPH_3870 PSPPH_3871     FALSE 0.127 197.000 0.065 NA   NA
 880738 880739 PSPPH_3871 PSPPH_3872     FALSE 0.088 91.000 0.000 NA   NA
 880739 880740 PSPPH_3872 PSPPH_3873   lysS FALSE 0.228 78.000 0.012 1.000   NA
 880740 880741 PSPPH_3873 PSPPH_3874 lysS prfB TRUE 0.882 70.000 0.162 0.029 Y NA
 880741 880742 PSPPH_3874 PSPPH_3875 prfB wspR FALSE 0.130 106.000 0.002 1.000 N NA
 880742 880743 PSPPH_3875 PSPPH_3876 wspR   TRUE 0.977 46.000 0.480 0.019 Y NA
 880743 880744 PSPPH_3876 PSPPH_3877     TRUE 0.998 -3.000 0.324 0.016 Y NA
 880744 880745 PSPPH_3877 PSPPH_3878   wspD TRUE 0.999 -3.000 0.587 0.016 Y NA
 880745 880746 PSPPH_3878 PSPPH_3879 wspD wspC TRUE 0.998 0.000 0.558 1.000 Y NA
 880746 880747 PSPPH_3879 PSPPH_3880 wspC wspB TRUE 0.998 -3.000 0.635 1.000 Y NA
 880747 880748 PSPPH_3880 PSPPH_3881 wspB wspA TRUE 0.998 9.000 0.600 0.014 Y NA
 880750 880751 PSPPH_3883 PSPPH_3884     FALSE 0.013 257.000 0.000 NA   NA
 880753 880754 PSPPH_3886 PSPPH_3887 argG   FALSE 0.144 121.000 0.013 1.000 N NA
 880755 880756 PSPPH_3888 PSPPH_3889 pyrC rnt TRUE 0.972 -3.000 0.068 1.000 N NA
 880756 880757 PSPPH_3889 PSPPH_3890 rnt   FALSE 0.051 199.000 0.009 NA N NA
 880757 880758 PSPPH_3890 PSPPH_3891   bfr1 TRUE 0.519 202.000 0.286 NA Y NA
 880759 880760 PSPPH_3892 PSPPH_3893     FALSE 0.301 89.000 0.039 1.000 N NA
 880760 880761 PSPPH_3893 PSPPH_3894     TRUE 0.487 55.000 0.048 NA   NA
 880762 880763 PSPPH_3895 PSPPH_3896 argF   TRUE 0.975 6.000 0.025 1.000 Y NA
 880765 880766 PSPPH_3898 PSPPH_3899 glpF glpK FALSE 0.399 61.000 0.023 1.000 N NA
 880766 880767 PSPPH_3899 PSPPH_3900 glpK glpR FALSE 0.309 100.000 0.055 1.000 N NA
 880767 880768 PSPPH_3900 PSPPH_3901 glpR glpD FALSE 0.008 441.000 0.016 1.000 N NA
 880768 880769 PSPPH_3901 PSPPH_3902 glpD   FALSE 0.049 187.000 0.000 1.000 N NA
 880769 880770 PSPPH_3902 PSPPH_3903     TRUE 0.660 132.000 0.083 0.066 Y NA
 880770 880771 PSPPH_3903 PSPPH_3904     TRUE 1.000 0.000 0.933 0.010 Y NA
 880771 880772 PSPPH_3904 PSPPH_3905     TRUE 0.992 -3.000 0.138 1.000 Y NA
 880772 880773 PSPPH_3905 PSPPH_3906     TRUE 0.789 56.000 0.129 0.088 N NA
 880773 880774 PSPPH_3906 PSPPH_3907     TRUE 0.997 11.000 0.613 0.088 Y NA
 880775 880776 PSPPH_3908 PSPPH_3909     FALSE 0.107 82.000 0.000 NA   NA
 880776 880777 PSPPH_3909 PSPPH_3910     FALSE 0.063 124.000 0.000 NA   NA
 880779 880780 PSPPH_3912 PSPPH_3913   ddlA TRUE 0.898 -3.000 0.000 1.000 N NA
 880780 880781 PSPPH_3913 PSPPH_3914 ddlA   FALSE 0.479 19.000 0.000 NA   NA
 880781 880782 PSPPH_3914 PSPPH_3915     TRUE 0.512 17.000 0.000 NA   NA
 880783 880784 PSPPH_3916 PSPPH_3917     FALSE 0.081 96.000 0.000 NA   NA
 880786 880787 PSPPH_3919 PSPPH_3920     FALSE 0.037 179.000 0.000 NA   NA
 880789 880790 PSPPH_3922 PSPPH_3923     FALSE 0.209 88.000 0.014 1.000 N NA
 880790 880791 PSPPH_3923 PSPPH_3924     TRUE 0.988 -3.000 0.223 NA N NA
 880792 880793 PSPPH_3925 PSPPH_3926     FALSE 0.362 53.000 0.020 NA   NA
 880795 880796 PSPPH_3928 PSPPH_3929     TRUE 0.991 -3.000 0.303 NA   NA
 880796 880797 PSPPH_3929 PSPPH_3930     TRUE 0.997 -3.000 0.788 NA   NA
 880797 880798 PSPPH_3930 PSPPH_3931     TRUE 0.802 23.000 0.071 NA   NA
 880798 880799 PSPPH_3931 PSPPH_3932     TRUE 0.994 32.000 1.000 0.036 Y NA
 880799 880800 PSPPH_3932 PSPPH_3933     TRUE 0.965 11.000 0.150 1.000 N NA
 880800 880801 PSPPH_3933 PSPPH_3934     TRUE 0.849 28.000 0.138 1.000 N NA
 880801 880802 PSPPH_3934 PSPPH_3935     FALSE 0.457 78.000 0.069 1.000 N NA
 880804 880805 PSPPH_3937 PSPPH_3938     TRUE 0.997 0.000 0.619 NA   NA
 880805 880806 PSPPH_3938 PSPPH_3939     TRUE 0.836 4.000 0.000 NA   NA
 880806 880807 PSPPH_3939 PSPPH_3940     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880808 880809 PSPPH_3941 PSPPH_3942 lon2   FALSE 0.021 331.000 0.041 NA   NA
 880809 880810 PSPPH_3942 PSPPH_3943     TRUE 0.910 5.000 0.021 NA   NA
 880810 880811 PSPPH_3943 PSPPH_3944     TRUE 0.991 -3.000 0.315 NA   NA
 880812 880813 PSPPH_3945 PSPPH_3946 pdxJ recO TRUE 0.713 60.000 0.166 1.000 N NA
 880813 880814 PSPPH_3946 PSPPH_3947 recO era TRUE 0.627 61.000 0.109 1.000   NA
 880814 880815 PSPPH_3947 PSPPH_3948 era rnc TRUE 0.976 -7.000 0.127 0.039   NA
 880815 880816 PSPPH_3948 PSPPH_3949 rnc   TRUE 0.945 -3.000 0.033 NA   NA
 880816 880817 PSPPH_3949 PSPPH_3950   lepB FALSE 0.353 117.000 0.133 NA   NA
 880817 880818 PSPPH_3950 PSPPH_3951 lepB lepA TRUE 0.975 10.000 0.187 1.000   NA
 880818 880819 PSPPH_3951 PSPPH_3952 lepA mucD FALSE 0.098 181.000 0.020 1.000 N NA
 880819 880820 PSPPH_3952 PSPPH_3953 mucD mucB FALSE 0.021 284.000 0.017 NA N NA
 880820 880821 PSPPH_3953 PSPPH_3954 mucB mucA TRUE 0.998 9.000 0.856 NA Y NA
 880821 880822 PSPPH_3954 PSPPH_3955 mucA rpoE TRUE 0.962 34.000 0.705 NA N NA
 880824 880825 PSPPH_3957 PSPPH_3958     TRUE 0.778 -16.000 0.027 NA   NA
 880826 880827 PSPPH_3959 PSPPH_3960     FALSE 0.172 115.000 0.034 NA   NA
 880828 880829 PSPPH_3961 PSPPH_3962   tctD TRUE 0.983 -7.000 0.163 1.000 Y NA
 880830 880831 PSPPH_3963 PSPPH_3964     TRUE 0.778 63.000 0.277 NA   NA
 880831 880832 PSPPH_3964 PSPPH_3965     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 880832 880833 PSPPH_3965 PSPPH_3966     TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 880834 880835 PSPPH_3967 PSPPH_3968 ung   FALSE 0.314 32.000 0.000 NA   NA
 880835 880836 PSPPH_3968 PSPPH_3969     FALSE 0.309 33.000 0.000 NA   NA
 880836 880837 PSPPH_3969 PSPPH_3970     FALSE 0.053 149.000 0.000 NA   NA
 880838 880839 PSPPH_3971 PSPPH_3972     TRUE 0.986 28.000 0.719 NA Y NA
 880839 880840 PSPPH_3972 PSPPH_3973     TRUE 0.739 12.000 0.000 1.000   NA
 880840 880841 PSPPH_3973 PSPPH_3974     TRUE 0.995 12.000 0.931 NA   NA
 880841 880842 PSPPH_3974 PSPPH_3975     TRUE 0.839 110.000 0.835 NA   NA
 880842 880843 PSPPH_3975 PSPPH_3976     TRUE 0.931 36.000 0.437 1.000 N NA
 880843 880844 PSPPH_3976 PSPPH_3977     TRUE 0.670 15.000 0.000 1.000 N NA
 880844 880845 PSPPH_3977 PSPPH_3978     FALSE 0.062 118.000 0.000 NA   NA
 880845 880846 PSPPH_3978 PSPPH_3979     FALSE 0.188 57.000 0.000 NA   NA
 880846 880847 PSPPH_3979 PSPPH_3980   rsuA TRUE 0.824 36.000 0.189 NA   NA
 880847 880848 PSPPH_3980 PSPPH_3981 rsuA   FALSE 0.008 298.000 0.000 NA   NA
 880848 880849 PSPPH_3981 PSPPH_3982     FALSE 0.054 148.000 0.000 NA   NA
 880849 880850 PSPPH_3982 PSPPH_3983     FALSE 0.001 1473.000 0.000 NA   NA
 880851 880852 PSPPH_3984 PSPPH_3985   bdh2 TRUE 0.601 14.000 0.000 NA   NA
 880852 880853 PSPPH_3985 PSPPH_3986 bdh2   TRUE 0.861 15.000 0.061 NA   NA
 880853 880854 PSPPH_3986 PSPPH_3987     TRUE 0.926 -3.000 0.020 NA   NA
 880854 880855 PSPPH_3987 PSPPH_3988     FALSE 0.281 38.000 0.000 NA   NA
 880855 880856 PSPPH_3988 PSPPH_3989     TRUE 0.957 13.000 0.048 1.000 Y NA
 880858 880859 PSPPH_3991 PSPPH_3992   pnlA FALSE 0.027 200.000 0.000 NA   NA
 880859 880860 PSPPH_3992 PSPPH_3993 pnlA   FALSE 0.083 124.000 0.000 1.000   NA
 880860 880861 PSPPH_3993 PSPPH_3994   adhB TRUE 0.758 25.000 0.000 0.058   NA
 880861 880862 PSPPH_3994 PSPPH_3995 adhB   FALSE 0.052 151.000 0.000 NA   NA
 880863 880864 PSPPH_3996 PSPPH_3997     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880865 880866 PSPPH_3998 PSPPH_3999     TRUE 0.931 27.000 0.338 NA   NA
 880867 880868 PSPPH_4000 PSPPH_4001 bglX   TRUE 0.527 70.000 0.074 1.000 N NA
 880868 880869 PSPPH_4001 PSPPH_4002     TRUE 0.997 10.000 0.419 0.087 Y NA
 880869 880870 PSPPH_4002 PSPPH_4003     FALSE 0.227 225.000 0.000 0.019 Y NA
 880870 880871 PSPPH_4003 PSPPH_4004   hscC FALSE 0.220 132.000 0.000 0.087 N NA
 880871 880872 PSPPH_4004 PSPPH_4005 hscC   TRUE 0.996 6.000 0.750 1.000   NA
 880872 880873 PSPPH_4005 PSPPH_4006     FALSE 0.034 184.000 0.000 NA   NA
 880873 880874 PSPPH_4006 PSPPH_4007     FALSE 0.003 425.000 0.000 NA   NA
 880874 880875 PSPPH_4007 PSPPH_4008     FALSE 0.205 140.000 0.050 NA   NA
 880878 880879 PSPPH_4011 PSPPH_4012   ttgR FALSE 0.002 481.000 0.000 NA   NA
 880880 880881 PSPPH_4013 PSPPH_4014     TRUE 0.996 4.000 0.565 1.000 N NA
 880881 880882 PSPPH_4014 PSPPH_4015     TRUE 0.996 -3.000 0.385 0.065 N NA
 880883 880884 PSPPH_4016 PSPPH_4017 pcaT pcaF FALSE 0.110 213.000 0.051 1.000 N NA
 880884 880885 PSPPH_4017 PSPPH_4018 pcaF catJ TRUE 0.997 0.000 0.351 1.000 Y NA
 880885 880886 PSPPH_4018 PSPPH_4019 catJ catI TRUE 1.000 0.000 0.739 0.000 Y NA
 880886 880887 PSPPH_4019 PSPPH_4020 catI pcaR FALSE 0.168 201.000 0.087 1.000 N NA
 880888 880889 PSPPH_4021 PSPPH_4022     FALSE 0.025 206.000 0.000 NA   NA
 880890 880891 PSPPH_4023 PSPPH_4024   purU2 TRUE 0.545 79.000 0.157 NA   NA
 880894 880895 PSPPH_4027 PSPPH_4028     TRUE 0.997 -3.000 0.708 NA   NA
 880895 880896 PSPPH_4028 PSPPH_4029     TRUE 0.923 -13.000 0.129 NA   NA
 880896 880897 PSPPH_4029 PSPPH_4030     TRUE 0.998 -3.000 0.955 NA   NA
 880898 880899 PSPPH_4031 PSPPH_4032     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880899 880900 PSPPH_4032 PSPPH_4033     FALSE 0.036 181.000 0.000 NA   NA
 880900 880901 PSPPH_4033 PSPPH_4034     TRUE 0.494 18.000 0.000 NA   NA
 880902 880903 PSPPH_4035 PSPPH_4036     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880904 880905 PSPPH_4037 PSPPH_4038     FALSE 0.029 194.000 0.000 NA   NA
 880909 880910 PSPPH_4042 PSPPH_4043     FALSE 0.058 141.000 0.000 NA   NA
 880910 880911 PSPPH_4043 PSPPH_4044     TRUE 0.637 -10.000 0.000 NA   NA
 880911 880912 PSPPH_4044 PSPPH_4045     FALSE 0.469 20.000 0.000 NA   NA
 880912 880913 PSPPH_4045 PSPPH_4046     FALSE 0.081 96.000 0.000 NA   NA
 880914 880915 PSPPH_4047 PSPPH_4048     FALSE 0.002 569.000 0.000 NA   NA
 880916 880917 PSPPH_4049 PSPPH_4050     TRUE 0.994 2.000 0.412 NA   NA
 880917 880918 PSPPH_4050 PSPPH_4051     TRUE 0.671 82.000 0.273 NA   NA
 880918 880919 PSPPH_4051 PSPPH_4052     TRUE 0.998 -3.000 0.833 NA   NA
 880920 880921 PSPPH_4053 PSPPH_4054     TRUE 0.993 0.000 0.286 NA   NA
 880923 880924 PSPPH_4056 PSPPH_4057     TRUE 0.883 29.000 0.204 1.000 N NA
 880924 880925 PSPPH_4057 PSPPH_4058   xenB TRUE 0.847 22.000 0.080 1.000 N NA
 880926 880927 PSPPH_4059 PSPPH_4060     FALSE 0.055 147.000 0.000 NA   NA
 880927 880928 PSPPH_4060 PSPPH_4061     FALSE 0.099 85.000 0.000 NA   NA
 880928 880929 PSPPH_4061 PSPPH_4062   iciA FALSE 0.474 75.000 0.066 1.000 N NA
 880930 880931 PSPPH_4063 PSPPH_4064   sodB FALSE 0.058 193.000 0.009 1.000   NA
 880931 880932 PSPPH_4064 PSPPH_4065 sodB   FALSE 0.008 388.000 0.004 1.000 N NA
 880932 880933 PSPPH_4065 PSPPH_4066     FALSE 0.181 170.000 0.057 NA N NA
 880935 880936 PSPPH_4068 PSPPH_4069     TRUE 0.880 79.000 0.713 NA   NA
 880936 880937 PSPPH_4069 PSPPH_4070     TRUE 0.980 17.000 0.620 NA   NA
 880938 880939 PSPPH_4071 PSPPH_4072     TRUE 0.994 -3.000 0.455 NA   NA
 880939 880940 PSPPH_4072 PSPPH_4073     TRUE 0.997 5.000 0.833 1.000   NA
 880940 880941 PSPPH_4073 PSPPH_4074   colS TRUE 0.761 151.000 0.667 1.000 N NA
 880941 880942 PSPPH_4074 PSPPH_4075 colS colR TRUE 0.986 -10.000 0.267 1.000 Y NA
 880944 880945 PSPPH_4077 PSPPH_4078 groEL groES TRUE 0.938 50.000 0.177 0.006 Y NA
 880945 880946 PSPPH_4078 PSPPH_4079 groES   FALSE 0.040 255.000 0.028 1.000   NA
 880949 880950 PSPPH_4082 PSPPH_4083     TRUE 0.649 55.000 0.120 NA   NA
 880950 880951 PSPPH_4083 PSPPH_4084     FALSE 0.348 29.000 0.000 NA   NA
 880951 880952 PSPPH_4084 PSPPH_4085     FALSE 0.006 324.000 0.000 NA   NA
 880952 880953 PSPPH_4085 PSPPH_4086     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880955 880956 PSPPH_4088 PSPPH_4089     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880956 880957 PSPPH_4089 PSPPH_4090     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 880957 880958 PSPPH_4090 PSPPH_4091     TRUE 0.777 9.000 0.000 NA   NA
 880959 880960 PSPPH_4092 PSPPH_4093     FALSE 0.135 127.000 0.021 NA   NA
 880961 880962 PSPPH_4094 PSPPH_4095 panE2   FALSE 0.247 45.000 0.000 NA   NA
 880962 880963 PSPPH_4095 PSPPH_4096     TRUE 0.886 16.000 0.030 0.086   NA
 880964 880965 PSPPH_4097 PSPPH_4098     TRUE 0.964 3.000 0.042 1.000 N NA
 880965 880966 PSPPH_4098 PSPPH_4099   argJ FALSE 0.346 59.000 0.011 1.000 N NA
 880966 880967 PSPPH_4099 PSPPH_4100 argJ secA FALSE 0.359 110.000 0.102 1.000 N NA
 880969 880970 PSPPH_4102 PSPPH_4103 lpxC ftsZ FALSE 0.394 113.000 0.134 1.000 N NA
 880970 880971 PSPPH_4103 PSPPH_4104 ftsZ ftsA TRUE 0.851 101.000 0.460 1.000 Y NA
 880971 880972 PSPPH_4104 PSPPH_4105 ftsA   TRUE 0.972 15.000 0.389 NA N NA
 880972 880973 PSPPH_4105 PSPPH_4106   ddlB TRUE 0.996 4.000 0.372 NA Y NA
 880973 880974 PSPPH_4106 PSPPH_4107 ddlB murC TRUE 0.996 -3.000 0.153 0.003 Y NA
 880974 880975 PSPPH_4107 PSPPH_4108 murC murG TRUE 0.990 -7.000 0.283 1.000 Y NA
 880975 880976 PSPPH_4108 PSPPH_4109 murG ftsW TRUE 0.990 -10.000 0.647 1.000 N NA
 880976 880977 PSPPH_4109 PSPPH_4110 ftsW murD TRUE 0.996 -3.000 0.297 0.002 N NA
 880977 880978 PSPPH_4110 PSPPH_4111 murD mraY TRUE 0.999 6.000 0.647 0.003 Y NA
 880978 880979 PSPPH_4111 PSPPH_4112 mraY murF TRUE 0.999 0.000 0.309 0.003 Y NA
 880979 880980 PSPPH_4112 PSPPH_4113 murF murE TRUE 0.998 -7.000 0.569 0.001 Y NA
 880980 880981 PSPPH_4113 PSPPH_4114 murE ftsI TRUE 0.992 0.000 0.073 1.000 Y NA
 880981 880982 PSPPH_4114 PSPPH_4115 ftsI ftsL TRUE 0.987 0.000 0.153 1.000 N NA
 880982 880983 PSPPH_4115 PSPPH_4116 ftsL mraW TRUE 0.989 -3.000 0.227 1.000 N NA
 880983 880984 PSPPH_4116 PSPPH_4117 mraW mraZ TRUE 0.996 3.000 0.635 NA   NA
 880984 880985 PSPPH_4117 PSPPH_4118 mraZ   FALSE 0.001 763.000 0.000 NA   NA
 880986 880987 PSPPH_4119 PSPPH_4120     TRUE 0.987 0.000 0.172 NA   NA
 880987 880988 PSPPH_4120 PSPPH_4121   gmhA FALSE 0.347 176.000 0.187 1.000 N NA
 880988 880989 PSPPH_4121 PSPPH_4122 gmhA   TRUE 0.996 -3.000 0.613 NA   NA
 880990 880991 PSPPH_4123 PSPPH_4124 sspB sspA TRUE 0.986 18.000 0.831 NA   NA
 880991 880992 PSPPH_4124 PSPPH_4125 sspA rpsI FALSE 0.020 283.000 0.014 NA N NA
 880992 880993 PSPPH_4125 PSPPH_4126 rpsI rplM TRUE 0.996 15.000 0.601 0.009 Y NA
 880995 880996 PSPPH_4128 PSPPH_4129   trpS TRUE 0.495 63.000 0.061 NA   NA
 880996 880997 PSPPH_4129 PSPPH_4130 trpS   TRUE 0.626 40.000 0.048 1.000   NA
 880999 881000 PSPPH_4132 PSPPH_4133 cysNC cysD TRUE 0.982 11.000 0.096 0.000 N NA
 881000 881001 PSPPH_4133 PSPPH_4134 cysD   FALSE 0.130 154.000 0.030 NA   NA
 881003 881004 PSPPH_4136 PSPPH_4137 hisC hisD TRUE 0.996 0.000 0.087 0.002 Y NA
 881004 881005 PSPPH_4137 PSPPH_4138 hisD hisG TRUE 0.843 125.000 0.254 0.002 Y NA
 881005 881006 PSPPH_4138 PSPPH_4139 hisG murA FALSE 0.323 155.000 0.123 1.000 N NA
 881006 881007 PSPPH_4139 PSPPH_4140 murA   TRUE 0.926 23.000 0.258 NA N NA
 881007 881008 PSPPH_4140 PSPPH_4141     FALSE 0.268 116.000 0.067 NA N NA
 881008 881009 PSPPH_4141 PSPPH_4142   ttg2D TRUE 0.993 -3.000 0.353 NA N NA
 881009 881010 PSPPH_4142 PSPPH_4143 ttg2D   TRUE 0.943 11.000 0.091 NA   NA
 881010 881011 PSPPH_4143 PSPPH_4144     TRUE 0.997 0.000 0.562 NA   NA
 881011 881012 PSPPH_4144 PSPPH_4145     TRUE 0.998 0.000 0.530 NA Y NA
 881013 881014 PSPPH_4146 PSPPH_4147 kdsD   TRUE 0.997 0.000 0.598 1.000   NA
 881014 881015 PSPPH_4147 PSPPH_4148     TRUE 0.994 9.000 0.617 NA   NA
 881015 881016 PSPPH_4148 PSPPH_4149     TRUE 0.979 -13.000 0.459 NA   NA
 881016 881017 PSPPH_4149 PSPPH_4150     TRUE 0.996 1.000 0.543 NA   NA
 881017 881018 PSPPH_4150 PSPPH_4151   rpoN FALSE 0.277 183.000 0.163 1.000   NA
 881018 881019 PSPPH_4151 PSPPH_4152 rpoN yfiA TRUE 0.916 76.000 0.820 NA N NA
 881019 881020 PSPPH_4152 PSPPH_4153 yfiA ptsN TRUE 0.992 12.000 0.728 NA N NA
 881020 881021 PSPPH_4153 PSPPH_4154 ptsN   TRUE 0.985 3.000 0.186 NA   NA
 881021 881022 PSPPH_4154 PSPPH_4155   ptsH TRUE 0.920 17.000 0.182 NA   NA
 881023 881024 PSPPH_4156 PSPPH_4157 sodA   FALSE 0.062 173.000 0.000 1.000 N NA
 881024 881025 PSPPH_4157 PSPPH_4158     TRUE 0.563 15.000 0.000 NA   NA
 881027 881028 PSPPH_4160 PSPPH_4161 fumC2   TRUE 0.917 -7.000 0.058 NA   NA
 881028 881029 PSPPH_4161 PSPPH_4162   pmbA FALSE 0.002 701.000 0.010 NA   NA
 881031 881032 PSPPH_4164 PSPPH_4165 tldD   TRUE 0.990 3.000 0.259 NA   NA
 881032 881033 PSPPH_4165 PSPPH_4166     TRUE 0.872 49.000 0.358 NA   NA
 881033 881034 PSPPH_4166 PSPPH_4167     FALSE 0.125 76.000 0.000 NA   NA
 881034 881035 PSPPH_4167 PSPPH_4168   cafA TRUE 0.601 14.000 0.000 NA   NA
 881035 881036 PSPPH_4168 PSPPH_4169 cafA maf2 TRUE 0.994 -3.000 0.417 NA N NA
 881036 881037 PSPPH_4169 PSPPH_4170 maf2 mreD TRUE 0.697 68.000 0.206 NA N NA
 881037 881038 PSPPH_4170 PSPPH_4171 mreD mreC TRUE 0.998 -7.000 0.550 0.001 Y NA
 881038 881039 PSPPH_4171 PSPPH_4172 mreC mreB TRUE 0.538 232.000 0.689 1.000 N NA
 881040 881041 PSPPH_4173 PSPPH_4174 gatC gatA TRUE 0.997 15.000 0.643 0.001 Y NA
 881041 881042 PSPPH_4174 PSPPH_4175 gatA gatB TRUE 0.998 11.000 0.492 0.001 Y NA
 881042 881043 PSPPH_4175 PSPPH_4176 gatB   FALSE 0.101 123.000 0.010 NA   NA
 881043 881044 PSPPH_4176 PSPPH_4177     TRUE 0.789 78.000 0.417 NA   NA
 881044 881045 PSPPH_4177 PSPPH_4178   pcaC2 TRUE 0.804 31.000 0.122 1.000   NA
 881046 881047 PSPPH_4179 PSPPH_4180     FALSE 0.090 106.000 0.000 1.000   NA
 881048 881049 PSPPH_4181 PSPPH_4182     TRUE 0.483 79.000 0.114 NA   NA
 881049 881050 PSPPH_4182 PSPPH_4183     FALSE 0.473 -82.000 0.000 NA   NA
 881051 881052 PSPPH_4184 PSPPH_4185   pnp FALSE 0.009 289.000 0.000 NA   NA
 881052 881053 PSPPH_4185 PSPPH_4186 pnp rpsO TRUE 0.677 176.000 0.335 1.000 Y NA
 881053 881054 PSPPH_4186 PSPPH_4187 rpsO truB TRUE 0.614 160.000 0.211 1.000 Y NA
 881054 881055 PSPPH_4187 PSPPH_4188 truB rbfA TRUE 0.996 4.000 0.318 1.000 Y NA
 881055 881056 PSPPH_4188 PSPPH_4189 rbfA infB TRUE 0.807 160.000 0.530 1.000 Y NA
 881056 881057 PSPPH_4189 PSPPH_4190 infB nusA TRUE 0.936 28.000 0.342 1.000 N NA
 881057 881058 PSPPH_4190 PSPPH_4191 nusA   TRUE 0.933 60.000 0.759 NA   NA
 881058 881059 PSPPH_4191 PSPPH_4192     FALSE 0.063 113.000 0.000 NA   NA
 881059 881060 PSPPH_4192 PSPPH_4193     FALSE 0.081 96.000 0.000 NA   NA
 881060 881061 PSPPH_4193 PSPPH_4194   secG FALSE 0.242 46.000 0.000 NA   NA
 881061 881062 PSPPH_4194 PSPPH_4195 secG tpiA TRUE 0.981 6.000 0.184 1.000 N NA
 881062 881063 PSPPH_4195 PSPPH_4196 tpiA glmM TRUE 0.757 67.000 0.082 1.000 Y NA
 881063 881064 PSPPH_4196 PSPPH_4197 glmM folP TRUE 0.951 17.000 0.260 1.000 N NA
 881064 881065 PSPPH_4197 PSPPH_4198 folP ftsH TRUE 0.988 9.000 0.325 1.000 N NA
 881065 881066 PSPPH_4198 PSPPH_4199 ftsH rrmJ FALSE 0.157 185.000 0.066 NA N NA
 881068 881069 PSPPH_4201 PSPPH_4202 greA carB TRUE 0.990 -3.000 0.241 1.000 N NA
 881069 881070 PSPPH_4202 PSPPH_4203 carB carA TRUE 0.883 137.000 0.345 0.000 Y NA
 881070 881071 PSPPH_4203 PSPPH_4204 carA dapB FALSE 0.195 222.000 0.034 1.000 Y NA
 881071 881072 PSPPH_4204 PSPPH_4205 dapB dnaJ TRUE 0.768 23.000 0.041 1.000 N NA
 881072 881073 PSPPH_4205 PSPPH_4206 dnaJ dnaK FALSE 0.309 327.000 0.236 0.002 Y NA
 881073 881074 PSPPH_4206 PSPPH_4207 dnaK grpE TRUE 0.655 111.000 0.049 0.006 Y NA
 881078 881079 PSPPH_4211 PSPPH_4212     TRUE 0.934 -7.000 0.086 NA   NA
 881079 881080 PSPPH_4212 PSPPH_4213     TRUE 0.726 -31.000 0.024 NA   NA
 881081 881082 PSPPH_4214 PSPPH_4215 smpB   FALSE 0.009 291.000 0.000 NA   NA
 881082 881083 PSPPH_4215 PSPPH_4216     FALSE 0.064 111.000 0.000 NA   NA
 881083 881084 PSPPH_4216 PSPPH_4217     FALSE 0.063 113.000 0.000 NA   NA
 881084 881085 PSPPH_4217 PSPPH_4218     FALSE 0.238 57.000 0.000 1.000   NA
 881085 881086 PSPPH_4218 PSPPH_4219     TRUE 0.814 -7.000 0.005 1.000   NA
 881088 881089 PSPPH_4221 PSPPH_4222 pin   FALSE 0.003 2270.000 0.000 0.066   NA
 881091 881092 PSPPH_4224 PSPPH_4225     FALSE 0.004 397.000 0.000 NA   NA
 881093 881094 PSPPH_4226 PSPPH_4227     FALSE 0.019 231.000 0.000 NA   NA
 881094 881095 PSPPH_4227 PSPPH_4228     FALSE 0.084 112.000 0.000 1.000   NA
 881097 881098 PSPPH_4230 PSPPH_4231     FALSE 0.079 97.000 0.000 NA   NA
 881098 881099 PSPPH_4231 PSPPH_4232   nhaA2 FALSE 0.049 157.000 0.000 NA   NA
 881099 881100 PSPPH_4232 PSPPH_4233 nhaA2   FALSE 0.048 158.000 0.000 NA   NA
 881100 881101 PSPPH_4233 PSPPH_4234     FALSE 0.208 52.000 0.000 NA   NA
 881101 881102 PSPPH_4234 PSPPH_4235     TRUE 0.996 -3.000 0.097 0.002 Y NA
 881102 881103 PSPPH_4235 PSPPH_4236     TRUE 0.988 -3.000 0.065 1.000 Y NA
 881103 881104 PSPPH_4236 PSPPH_4237     TRUE 0.995 -3.000 0.105 0.064 Y NA
 881105 881106 PSPPH_4238 PSPPH_4239     TRUE 0.782 95.000 0.520 1.000   NA
 881106 881107 PSPPH_4239 PSPPH_4240     FALSE 0.015 268.000 0.000 1.000   NA
 881107 881108 PSPPH_4240 PSPPH_4241     FALSE 0.129 217.000 0.000 1.000 Y NA
 881108 881109 PSPPH_4241 PSPPH_4242     TRUE 0.716 68.000 0.000 0.018 Y NA
 881110 881111 PSPPH_4243 PSPPH_4244     FALSE 0.008 296.000 0.000 NA   NA
 881114 881115 PSPPH_4247 PSPPH_4248     FALSE 0.127 86.000 0.000 1.000   NA
 881116 881117 PSPPH_4249 PSPPH_4250   garD FALSE 0.013 257.000 0.000 NA   NA
 881117 881118 PSPPH_4250 PSPPH_4251 garD   TRUE 0.983 11.000 0.130 1.000 Y NA
 881118 881119 PSPPH_4251 PSPPH_4252     FALSE 0.225 164.000 0.065 1.000 N NA
 881119 881120 PSPPH_4252 PSPPH_4253     FALSE 0.012 297.000 0.000 1.000 N NA
 881120 881121 PSPPH_4253 PSPPH_4254     FALSE 0.271 99.000 0.048 1.000   NA
 881121 881122 PSPPH_4254 PSPPH_4255     FALSE 0.247 90.000 0.030 1.000   NA
 881122 881123 PSPPH_4255 PSPPH_4256     TRUE 0.996 12.000 0.682 1.000 Y NA
 881124 881125 PSPPH_4257 PSPPH_4258     TRUE 0.750 -19.000 0.022 NA   NA
 881125 881126 PSPPH_4258 PSPPH_4259     FALSE 0.367 167.000 0.000 0.064 Y NA
 881126 881127 PSPPH_4259 PSPPH_4260     FALSE 0.067 335.000 0.000 0.064 Y NA
 881127 881128 PSPPH_4260 PSPPH_4261     TRUE 0.833 156.000 0.714 0.075   NA
 881128 881129 PSPPH_4261 PSPPH_4262     TRUE 0.918 83.000 0.714 0.075   NA
 881129 881130 PSPPH_4262 PSPPH_4263     TRUE 0.750 75.000 0.036 0.064 Y NA
 881130 881131 PSPPH_4263 PSPPH_4264   dppC TRUE 0.996 -31.000 0.779 0.064 Y NA
 881131 881132 PSPPH_4264 PSPPH_4265 dppC   TRUE 0.996 11.000 0.560 1.000 Y NA
 881132 881133 PSPPH_4265 PSPPH_4266     TRUE 0.999 0.000 0.377 0.002 Y NA
 881134 881135 PSPPH_4267 PSPPH_4268     FALSE 0.106 104.000 0.000 1.000 N NA
 881136 881137 PSPPH_4269 PSPPH_4270     FALSE 0.082 119.000 0.000 1.000   NA
 881137 881138 PSPPH_4270 PSPPH_4271     FALSE 0.033 185.000 0.000 NA   NA
 881138 881139 PSPPH_4271 PSPPH_4272     FALSE 0.002 494.000 0.000 NA   NA
 881140 881141 PSPPH_4273 PSPPH_4274     FALSE 0.009 286.000 0.000 NA   NA
 881141 881142 PSPPH_4274 PSPPH_4275     TRUE 0.488 -51.000 0.000 NA   NA
 881142 881143 PSPPH_4275 PSPPH_4276     FALSE 0.002 639.000 0.000 1.000 N NA
 881143 881144 PSPPH_4276 PSPPH_4277     TRUE 0.999 -3.000 0.903 0.096 Y NA
 881144 881145 PSPPH_4277 PSPPH_4278     TRUE 0.983 14.000 0.313 0.064 N NA
 881145 881146 PSPPH_4278 PSPPH_4279     TRUE 0.985 15.000 0.403 0.064 N NA
 881147 881148 PSPPH_4280 PSPPH_4281 prfC   FALSE 0.013 257.000 0.000 NA   NA
 881149 881150 PSPPH_4282 PSPPH_4283     FALSE 0.063 112.000 0.000 NA   NA
 881150 881151 PSPPH_4283 PSPPH_4284     FALSE 0.066 109.000 0.000 NA   NA
 881153 881154 PSPPH_4286 PSPPH_4287     FALSE 0.280 134.000 0.082 NA   NA
 881154 881155 PSPPH_4287 PSPPH_4288     FALSE 0.214 186.000 0.132 NA   NA
 881156 881157 PSPPH_4289 PSPPH_4290     TRUE 0.576 73.000 0.149 NA   NA
 881157 881158 PSPPH_4290 PSPPH_4291     FALSE 0.471 136.000 0.222 NA   NA
 881158 881159 PSPPH_4291 PSPPH_4292   greB2 FALSE 0.297 71.000 0.027 NA   NA
 881161 881162 PSPPH_4294 PSPPH_4295     TRUE 0.995 0.000 0.179 0.008   NA
 881162 881163 PSPPH_4295 PSPPH_4296     TRUE 0.977 -16.000 0.231 0.008   NA
 881163 881164 PSPPH_4296 PSPPH_4297     TRUE 0.990 3.000 0.273 NA   NA
 881165 881166 PSPPH_4298 PSPPH_4299     FALSE 0.001 1672.000 0.000 NA   NA
 881166 881167 PSPPH_4299 PSPPH_4300     FALSE 0.062 135.000 0.000 NA   NA
 881167 881168 PSPPH_4300 PSPPH_4301   cysC1 FALSE 0.063 160.000 0.000 1.000   NA
 881168 881169 PSPPH_4301 PSPPH_4302 cysC1   FALSE 0.223 123.000 0.000 0.085 N NA
 881169 881170 PSPPH_4302 PSPPH_4303     FALSE 0.255 60.000 0.000 1.000 N NA
 881170 881171 PSPPH_4303 PSPPH_4304     FALSE 0.106 104.000 0.000 1.000 N NA
 881171 881172 PSPPH_4304 PSPPH_4305     TRUE 0.968 -3.000 0.000 0.013   NA
 881172 881173 PSPPH_4305 PSPPH_4306     TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000   NA
 881173 881174 PSPPH_4306 PSPPH_4307     TRUE 0.636 15.000 0.000 1.000   NA
 881174 881175 PSPPH_4307 PSPPH_4308   dcd2 FALSE 0.143 81.000 0.000 1.000   NA
 881175 881176 PSPPH_4308 PSPPH_4309 dcd2   TRUE 0.992 -3.000 0.010 0.001 Y NA
 881176 881177 PSPPH_4309 PSPPH_4310     FALSE 0.318 48.000 0.000 1.000 N NA
 881177 881178 PSPPH_4310 PSPPH_4311     TRUE 0.863 6.000 0.000 1.000 N NA
 881178 881179 PSPPH_4311 PSPPH_4312     TRUE 0.836 4.000 0.000 NA   NA
 881179 881180 PSPPH_4312 PSPPH_4313   argD TRUE 0.770 -12.000 0.018 NA   NA
 881180 881181 PSPPH_4313 PSPPH_4314 argD   TRUE 0.500 -42.000 0.000 NA   NA
 881181 881182 PSPPH_4314 PSPPH_4315     TRUE 0.725 11.000 0.000 NA   NA
 881182 881183 PSPPH_4315 PSPPH_4316     FALSE 0.027 202.000 0.000 NA   NA
 881183 881184 PSPPH_4316 PSPPH_4317     TRUE 0.801 6.000 0.000 NA   NA
 881184 881185 PSPPH_4317 PSPPH_4318     FALSE 0.147 69.000 0.000 NA   NA
 881186 881187 PSPPH_4319 PSPPH_4320 argK   FALSE 0.024 235.000 0.000 1.000   NA
 881188 881189 PSPPH_4321 PSPPH_4322     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 881189 881190 PSPPH_4322 PSPPH_4323     TRUE 0.518 51.000 0.048 NA   NA
 881191 881192 PSPPH_4324 PSPPH_4325     FALSE 0.001 951.000 0.000 NA   NA
 881195 881196 PSPPH_4328 PSPPH_4329     FALSE 0.304 96.000 0.062 NA   NA
 881196 881197 PSPPH_4329 PSPPH_4330   cstA TRUE 0.841 28.000 0.156 NA   NA
 881201 881202 PSPPH_4334 PSPPH_4335 fpr2   FALSE 0.003 501.000 0.000 1.000 N NA
 881203 881204 PSPPH_4336 PSPPH_4337     FALSE 0.036 200.000 0.000 1.000   NA
 881205 881206 PSPPH_4338 PSPPH_4339   cydB FALSE 0.444 22.000 0.000 NA   NA
 881206 881207 PSPPH_4339 PSPPH_4340 cydB cydA TRUE 0.986 4.000 0.000 0.035 Y NA
 881207 881208 PSPPH_4340 PSPPH_4341 cydA   FALSE 0.003 407.000 0.000 NA   NA
 881208 881209 PSPPH_4341 PSPPH_4342     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 881209 881210 PSPPH_4342 PSPPH_4343     TRUE 0.999 -3.000 0.833 0.035 Y NA
 881211 881212 PSPPH_4344 PSPPH_4345   trmA TRUE 0.969 -3.000 0.062 1.000   NA
 881212 881213 PSPPH_4345 PSPPH_4346 trmA   FALSE 0.016 266.000 0.000 1.000   NA
 881213 881214 PSPPH_4346 PSPPH_4347     FALSE 0.279 137.000 0.000 0.005   NA
 881214 881215 PSPPH_4347 PSPPH_4348     TRUE 0.945 5.000 0.046 NA   NA
 881216 881217 PSPPH_4349 PSPPH_4350   tesB TRUE 0.776 24.000 0.052 1.000   NA
 881217 881218 PSPPH_4350 PSPPH_4351 tesB   FALSE 0.219 140.000 0.042 1.000 N NA
 881219 881220 PSPPH_4352 PSPPH_4353     FALSE 0.211 107.000 0.043 NA   NA
 881221 881222 PSPPH_4354 PSPPH_4355     FALSE 0.340 39.000 0.000 1.000   NA
 881224 881225 PSPPH_4357 PSPPH_4358     TRUE 0.608 19.000 0.010 NA   NA
 881225 881226 PSPPH_4358 PSPPH_4359     FALSE 0.040 271.000 0.043 NA   NA
 881227 881228 PSPPH_4360 PSPPH_4361     FALSE 0.302 85.000 0.048 NA   NA
 881228 881229 PSPPH_4361 PSPPH_4362     FALSE 0.055 147.000 0.000 NA   NA
 881229 881230 PSPPH_4362 PSPPH_4363     FALSE 0.087 92.000 0.000 NA   NA
 881231 881232 PSPPH_4364 PSPPH_4365     FALSE 0.029 195.000 0.000 NA   NA
 881232 881233 PSPPH_4365 PSPPH_4366   hopI1 FALSE 0.193 68.000 0.000 1.000   NA
 881233 881234 PSPPH_4366 PSPPH_4367 hopI1   FALSE 0.063 123.000 0.000 NA   NA
 881235 881236 PSPPH_4368 PSPPH_4369     FALSE 0.005 343.000 0.000 NA   NA
 881237 881238 PSPPH_4370 PSPPH_4371   gal FALSE 0.068 153.000 0.000 1.000   NA
 881239 881240 PSPPH_4372 PSPPH_4373 kptA   FALSE 0.003 456.000 0.000 NA   NA
 881240 881241 PSPPH_4373 PSPPH_4374     FALSE 0.001 658.000 0.000 NA   NA
 881241 881242 PSPPH_4374 PSPPH_4375     TRUE 0.650 26.000 0.031 NA   NA
 881245 881246 PSPPH_4378 PSPPH_4379 rluE amn FALSE 0.354 66.000 0.019 1.000 N NA
 881246 881247 PSPPH_4379 PSPPH_4380 amn   FALSE 0.459 53.000 0.026 1.000 N NA
 881247 881248 PSPPH_4380 PSPPH_4381     TRUE 0.547 126.000 0.250 1.000 N NA
 881249 881250 PSPPH_4382 PSPPH_4383   thiE TRUE 0.957 24.000 0.209 1.000 Y NA
 881250 881251 PSPPH_4383 PSPPH_4384 thiE hemL FALSE 0.224 272.000 0.173 1.000 Y NA
 881251 881252 PSPPH_4384 PSPPH_4385 hemL   FALSE 0.015 298.000 0.008 1.000   NA
 881254 881255 PSPPH_4387 PSPPH_4388 miaB   FALSE 0.383 177.000 0.220 1.000 N NA
 881255 881256 PSPPH_4388 PSPPH_4389     TRUE 0.987 -7.000 0.457 NA   NA
 881256 881257 PSPPH_4389 PSPPH_4390     TRUE 0.973 6.000 0.150 NA   NA
 881257 881258 PSPPH_4390 PSPPH_4391   cutE TRUE 0.957 29.000 0.557 NA N NA
 881259 881260 PSPPH_4392 PSPPH_4393     TRUE 0.682 106.000 0.435 NA   NA
 881261 881262 PSPPH_4394 PSPPH_4395 leuS   TRUE 0.534 90.000 0.182 NA N NA
 881262 881263 PSPPH_4395 PSPPH_4396   holA TRUE 0.811 42.000 0.199 NA N NA
 881263 881264 PSPPH_4396 PSPPH_4397 holA   FALSE 0.015 281.000 0.007 NA   NA
 881264 881265 PSPPH_4397 PSPPH_4398   hopAJ2 FALSE 0.469 84.000 0.123 NA   NA
 881266 881267 PSPPH_4399 PSPPH_4400 lipA lipB TRUE 0.996 -7.000 0.319 0.000 Y NA
 881267 881268 PSPPH_4400 PSPPH_4401 lipB   TRUE 0.990 0.000 0.219 NA   NA
 881268 881269 PSPPH_4401 PSPPH_4402     TRUE 0.559 58.000 0.074 NA   NA
 881269 881270 PSPPH_4402 PSPPH_4403     TRUE 0.637 -10.000 0.000 NA   NA
 881270 881271 PSPPH_4403 PSPPH_4404     FALSE 0.164 64.000 0.000 NA   NA
 881271 881272 PSPPH_4404 PSPPH_4405   mltB TRUE 0.997 0.000 0.298 NA Y NA
 881272 881273 PSPPH_4405 PSPPH_4406 mltB rodA TRUE 0.873 18.000 0.096 NA N NA
 881273 881274 PSPPH_4406 PSPPH_4407 rodA mrdA TRUE 0.506 32.000 0.008 1.000 N NA
 881274 881275 PSPPH_4407 PSPPH_4408 mrdA   FALSE 0.451 29.000 0.007 NA   NA
 881275 881276 PSPPH_4408 PSPPH_4409     TRUE 0.984 10.000 0.307 NA   NA
 881276 881277 PSPPH_4409 PSPPH_4410   nadD TRUE 0.741 61.000 0.221 NA   NA
 881277 881278 PSPPH_4410 PSPPH_4411 nadD proA TRUE 0.930 -28.000 0.170 1.000 N NA
 881279 881280 PSPPH_4412 PSPPH_4413     FALSE 0.063 121.000 0.000 NA   NA
 881280 881281 PSPPH_4413 PSPPH_4414     TRUE 0.929 4.000 0.019 1.000   NA
 881281 881282 PSPPH_4414 PSPPH_4415     FALSE 0.060 138.000 0.000 NA   NA
 881283 881284 PSPPH_4416 PSPPH_4417     TRUE 0.637 -10.000 0.000 NA   NA
 881285 881286 PSPPH_4418 PSPPH_4419     FALSE 0.202 183.000 0.091 1.000   NA
 881288 881289 PSPPH_4421 PSPPH_4422     TRUE 0.980 0.000 0.101 NA   NA
 881289 881290 PSPPH_4422 PSPPH_4423     FALSE 0.082 189.000 0.017 1.000 N NA
 881290 881291 PSPPH_4423 PSPPH_4424   speA FALSE 0.202 101.000 0.023 1.000 N NA
 881291 881292 PSPPH_4424 PSPPH_4425 speA   FALSE 0.006 322.000 0.000 NA   NA
 881292 881293 PSPPH_4425 PSPPH_4426     FALSE 0.062 132.000 0.000 NA   NA
 881298 881299 PSPPH_4431 PSPPH_4432     FALSE 0.449 97.000 0.160 NA   NA
 881300 881301 PSPPH_4433 PSPPH_4434     TRUE 0.965 21.000 0.234 NA Y NA
 881301 881302 PSPPH_4434 PSPPH_4435     TRUE 0.998 -3.000 0.696 NA Y NA
 881302 881303 PSPPH_4435 PSPPH_4436     TRUE 0.999 0.000 0.732 NA Y NA
 881303 881304 PSPPH_4436 PSPPH_4437     TRUE 0.992 22.000 0.822 1.000 Y NA
 881304 881305 PSPPH_4437 PSPPH_4438     TRUE 1.000 1.000 0.844 0.010 Y NA
 881305 881306 PSPPH_4438 PSPPH_4439     TRUE 0.944 70.000 0.620 1.000 Y NA
 881306 881307 PSPPH_4439 PSPPH_4440     TRUE 0.995 -3.000 0.500 NA   NA
 881307 881308 PSPPH_4440 PSPPH_4441   dsbD FALSE 0.107 82.000 0.000 NA   NA
 881308 881309 PSPPH_4441 PSPPH_4442 dsbD aroQ FALSE 0.136 130.000 0.010 1.000 N NA
 881309 881310 PSPPH_4442 PSPPH_4443 aroQ accB2 TRUE 0.716 77.000 0.254 1.000 N NA
 881310 881311 PSPPH_4443 PSPPH_4444 accB2 accC2 TRUE 0.989 18.000 0.275 0.001 Y NA
 881311 881312 PSPPH_4444 PSPPH_4445 accC2 prmA FALSE 0.395 140.000 0.152 1.000 N NA
 881312 881313 PSPPH_4445 PSPPH_4446 prmA   TRUE 0.526 25.000 0.009 NA   NA
 881313 881314 PSPPH_4446 PSPPH_4447   dusB FALSE 0.010 318.000 0.005 NA   NA
 881314 881315 PSPPH_4447 PSPPH_4448 dusB fis TRUE 0.984 -3.000 0.161 1.000 N NA
 881315 881316 PSPPH_4448 PSPPH_4449 fis purH TRUE 0.587 68.000 0.101 1.000 N NA
 881316 881317 PSPPH_4449 PSPPH_4450 purH purD TRUE 0.883 61.000 0.238 1.000 Y NA
 881317 881318 PSPPH_4450 PSPPH_4451 purD   FALSE 0.347 91.000 0.010 0.084 N NA
 881318 881319 PSPPH_4451 PSPPH_4452     FALSE 0.272 73.000 0.020 NA N NA
 881320 881321 PSPPH_4453 PSPPH_4454     FALSE 0.291 36.000 0.000 NA   NA
 881321 881322 PSPPH_4454 PSPPH_4455     TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 881322 881323 PSPPH_4455 PSPPH_4456     FALSE 0.175 61.000 0.000 NA   NA
 881323 881324 PSPPH_4456 PSPPH_4457     FALSE 0.018 350.000 0.042 NA   NA
 881324 881325 PSPPH_4457 PSPPH_4458   cobI TRUE 0.996 0.000 0.097 0.006 Y NA
 881325 881326 PSPPH_4458 PSPPH_4459 cobI cobH TRUE 0.998 0.000 0.191 0.006 Y NA
 881326 881327 PSPPH_4459 PSPPH_4460 cobH   TRUE 0.983 -3.000 0.149 1.000 N NA
 881328 881329 PSPPH_4461 PSPPH_4462 cobL cbiD TRUE 0.995 0.000 0.043 0.006 Y NA
 881329 881330 PSPPH_4462 PSPPH_4463 cbiD   TRUE 0.996 -3.000 0.123 0.006 Y NA
 881332 881333 PSPPH_4465 PSPPH_4466     TRUE 0.931 -67.000 0.238 NA   NA
 881333 881334 PSPPH_4466 PSPPH_4467     FALSE 0.099 85.000 0.000 NA   NA
 881334 881335 PSPPH_4467 PSPPH_4468     FALSE 0.014 248.000 0.000 NA   NA
 881335 881336 PSPPH_4468 PSPPH_4469     FALSE 0.014 251.000 0.000 NA   NA
 881336 881337 PSPPH_4469 PSPPH_4470     TRUE 0.619 244.000 0.654 1.000 Y NA
 881337 881338 PSPPH_4470 PSPPH_4471     TRUE 0.999 0.000 0.758 0.063 Y NA
 881338 881339 PSPPH_4471 PSPPH_4472     TRUE 0.998 -3.000 0.823 1.000   NA
 881339 881340 PSPPH_4472 PSPPH_4473     TRUE 0.908 97.000 0.731 0.015   NA
 881340 881341 PSPPH_4473 PSPPH_4474   ureD TRUE 0.798 53.000 0.221 1.000 N NA
 881341 881342 PSPPH_4474 PSPPH_4475 ureD ureA FALSE 0.474 303.000 0.664 0.001 N NA
 881342 881343 PSPPH_4475 PSPPH_4476 ureA   TRUE 0.903 11.000 0.029 1.000 N NA
 881343 881344 PSPPH_4476 PSPPH_4477   ttr TRUE 0.967 11.000 0.041 0.008   NA
 881344 881345 PSPPH_4477 PSPPH_4478 ttr ureB TRUE 0.936 -3.000 0.019 1.000   NA
 881345 881346 PSPPH_4478 PSPPH_4479 ureB ureC TRUE 0.482 332.000 0.486 0.001 Y NA
 881350 881351 PSPPH_4483 PSPPH_4484     FALSE 0.257 42.000 0.000 NA   NA
 881352 881353 PSPPH_4485 PSPPH_4486     FALSE 0.086 189.000 0.031 NA   NA
 881356 881357 PSPPH_4489 PSPPH_4490 osmE   FALSE 0.029 195.000 0.000 NA   NA
 881357 881358 PSPPH_4490 PSPPH_4491     TRUE 0.994 10.000 0.667 NA   NA
 881358 881359 PSPPH_4491 PSPPH_4492     FALSE 0.001 724.000 0.000 NA   NA
 881359 881360 PSPPH_4492 PSPPH_4493     FALSE 0.001 947.000 0.000 1.000 N NA
 881362 881363 PSPPH_4495 PSPPH_4496   ureE FALSE 0.050 186.000 0.000 1.000 N NA
 881363 881364 PSPPH_4496 PSPPH_4497 ureE ureF TRUE 0.999 -3.000 0.560 0.001 Y NA
 881364 881365 PSPPH_4497 PSPPH_4498 ureF ureG TRUE 0.993 22.000 0.550 0.001 Y NA
 881365 881366 PSPPH_4498 PSPPH_4499 ureG   TRUE 0.901 26.000 0.068 NA Y NA
 881367 881368 PSPPH_4500 PSPPH_4501   ribA TRUE 0.898 12.000 0.050 NA   NA
 881368 881369 PSPPH_4501 PSPPH_4502 ribA thiL FALSE 0.410 87.000 0.000 1.000 Y NA
 881369 881370 PSPPH_4502 PSPPH_4503 thiL nusB TRUE 0.943 17.000 0.225 1.000 N NA
 881370 881371 PSPPH_4503 PSPPH_4504 nusB   TRUE 0.993 -3.000 0.347 1.000 N NA
 881371 881372 PSPPH_4504 PSPPH_4505   ribBA2 TRUE 0.666 130.000 0.049 0.002 Y NA
 881372 881373 PSPPH_4505 PSPPH_4506 ribBA2 ribE TRUE 0.924 22.000 0.065 1.000 Y NA
 881373 881374 PSPPH_4506 PSPPH_4507 ribE ribD TRUE 0.955 48.000 0.456 1.000 Y NA
 881374 881375 PSPPH_4507 PSPPH_4508 ribD   TRUE 0.987 6.000 0.277 NA N NA
 881376 881377 PSPPH_4509 PSPPH_4510     TRUE 0.994 -3.000 0.462 NA   NA
 881377 881378 PSPPH_4510 PSPPH_4511     FALSE 0.029 274.000 0.022 1.000   NA
 881379 881380 PSPPH_4512 PSPPH_4513     FALSE 0.295 35.000 0.000 NA   NA
 881381 881382 PSPPH_4514 PSPPH_4515     TRUE 0.787 70.000 0.336 NA   NA
 881382 881383 PSPPH_4515 PSPPH_4516     TRUE 0.998 2.000 0.605 1.000 Y NA
 881383 881384 PSPPH_4516 PSPPH_4517     TRUE 0.962 9.000 0.114 NA   NA
 881384 881385 PSPPH_4517 PSPPH_4518     FALSE 0.266 104.000 0.060 NA   NA
 881386 881387 PSPPH_4519 PSPPH_4520     TRUE 0.939 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 881387 881388 PSPPH_4520 PSPPH_4521     FALSE 0.257 155.000 0.000 1.000 Y NA
 881391 881392 PSPPH_4524 PSPPH_4525     FALSE 0.019 230.000 0.000 NA   NA
 881393 881394 PSPPH_4526 PSPPH_4527     FALSE 0.419 32.000 0.000 1.000 N NA
 881394 881395 PSPPH_4527 PSPPH_4528     FALSE 0.063 127.000 0.000 NA   NA
 881395 881396 PSPPH_4528 PSPPH_4529     TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 881397 881398 PSPPH_4530 PSPPH_4531 ugpB ugpA TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.063 Y NA
 881398 881399 PSPPH_4531 PSPPH_4532 ugpA ugpE TRUE 0.999 -3.000 0.833 0.063 Y NA
 881399 881400 PSPPH_4532 PSPPH_4533 ugpE ugpC TRUE 0.999 -3.000 0.600 0.063 Y NA
 881400 881401 PSPPH_4533 PSPPH_4534 ugpC   TRUE 0.856 7.000 0.000 1.000 N NA
 881401 881402 PSPPH_4534 PSPPH_4535     TRUE 0.994 -3.000 0.375 1.000 N NA
 881402 881403 PSPPH_4535 PSPPH_4536     TRUE 0.979 0.000 0.000 1.000 Y NA
 881405 881406 PSPPH_4538 PSPPH_4539     TRUE 0.966 2.000 0.000 0.065   NA
 881406 881407 PSPPH_4539 PSPPH_4540     FALSE 0.478 -67.000 0.000 NA   NA
 881407 881408 PSPPH_4540 PSPPH_4541     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 881408 881409 PSPPH_4541 PSPPH_4542     FALSE 0.476 -75.000 0.000 NA   NA
 881410 881411 PSPPH_4543 PSPPH_4544     FALSE 0.003 437.000 0.000 NA   NA
 881411 881412 PSPPH_4544 PSPPH_4545     TRUE 0.943 -3.000 0.031 NA   NA
 881412 881413 PSPPH_4545 PSPPH_4546     FALSE 0.051 153.000 0.000 NA   NA
 881413 881414 PSPPH_4546 PSPPH_4547     TRUE 0.854 14.000 0.037 1.000   NA
 881414 881415 PSPPH_4547 PSPPH_4548     TRUE 0.990 0.000 0.200 1.000   NA
 881415 881416 PSPPH_4548 PSPPH_4549     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 881417 881418 PSPPH_4550 PSPPH_4551     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA Y NA
 881418 881419 PSPPH_4551 PSPPH_4552     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 881419 881420 PSPPH_4552 PSPPH_4553     FALSE 0.002 722.000 0.000 1.000   NA
 881420 881421 PSPPH_4553 PSPPH_4554     FALSE 0.213 69.000 0.000 1.000 N NA
 881421 881422 PSPPH_4554 PSPPH_4555     TRUE 0.971 28.000 0.667 1.000 N NA
 881422 881423 PSPPH_4555 PSPPH_4556     TRUE 0.941 5.000 0.040 NA   NA
 881423 881424 PSPPH_4556 PSPPH_4557     TRUE 0.963 0.000 0.040 NA   NA
 881427 881428 PSPPH_4560 PSPPH_4561     FALSE 0.402 25.000 0.000 NA   NA
 881428 881429 PSPPH_4561 PSPPH_4562     FALSE 0.001 651.000 0.000 NA   NA
 881431 881432 PSPPH_4564 PSPPH_4565 bfr2 katA FALSE 0.416 155.000 0.052 1.000 Y NA
 881432 881433 PSPPH_4565 PSPPH_4566 katA rplQ FALSE 0.086 167.000 0.004 1.000 N NA
 881433 881434 PSPPH_4566 PSPPH_4567 rplQ rpoA TRUE 0.969 42.000 0.873 1.000 N NA
 881434 881435 PSPPH_4567 PSPPH_4568 rpoA rpsD TRUE 0.970 23.000 0.549 1.000 N NA
 881435 881436 PSPPH_4568 PSPPH_4569 rpsD rpsK TRUE 0.993 19.000 0.509 0.012 Y NA
 881436 881437 PSPPH_4569 PSPPH_4570 rpsK rpsM TRUE 0.993 31.000 0.810 0.009 Y NA
 881437 881438 PSPPH_4570 PSPPH_4571 rpsM rpmJ TRUE 0.702 131.000 0.086 0.009 Y NA
 881438 881439 PSPPH_4571 PSPPH_4572 rpmJ secY TRUE 0.688 29.000 0.036 1.000 N NA
 881439 881440 PSPPH_4572 PSPPH_4573 secY rplO TRUE 0.998 1.000 0.730 1.000 N NA
 881440 881441 PSPPH_4573 PSPPH_4574 rplO rpmD TRUE 0.999 4.000 0.653 0.001 Y NA
 881441 881442 PSPPH_4574 PSPPH_4575 rpmD rpsE TRUE 0.999 3.000 0.789 0.012 Y NA
 881442 881443 PSPPH_4575 PSPPH_4576 rpsE rplR TRUE 0.999 4.000 0.814 0.012 Y NA
 881443 881444 PSPPH_4576 PSPPH_4577 rplR rplF TRUE 0.999 11.000 0.815 0.009 Y NA
 881444 881445 PSPPH_4577 PSPPH_4578 rplF rpsH TRUE 0.998 13.000 0.808 0.009 Y NA
 881445 881446 PSPPH_4578 PSPPH_4579 rpsH rpsN TRUE 0.660 215.000 0.295 0.009 Y NA
 881446 881447 PSPPH_4579 PSPPH_4580 rpsN rplE TRUE 0.992 14.000 0.309 0.009 Y NA
 881447 881448 PSPPH_4580 PSPPH_4581 rplE rplX TRUE 0.995 21.000 0.758 0.009 Y NA
 881448 881449 PSPPH_4581 PSPPH_4582 rplX rplN TRUE 0.998 12.000 0.810 0.012 Y NA
 881449 881450 PSPPH_4582 PSPPH_4583 rplN rpsQ TRUE 0.995 24.000 0.791 0.012 Y NA
 881450 881451 PSPPH_4583 PSPPH_4584 rpsQ rpmC TRUE 0.999 3.000 0.828 0.009 Y NA
 881451 881452 PSPPH_4584 PSPPH_4585 rpmC rplP TRUE 1.000 0.000 0.802 0.009 Y NA
 881452 881453 PSPPH_4585 PSPPH_4586 rplP rpsC TRUE 0.998 13.000 0.828 0.012 Y NA
 881453 881454 PSPPH_4586 PSPPH_4587 rpsC rplV TRUE 0.997 14.000 0.719 0.012 Y NA
 881454 881455 PSPPH_4587 PSPPH_4588 rplV rpsS TRUE 0.997 14.000 0.769 0.012 Y NA
 881455 881456 PSPPH_4588 PSPPH_4589 rpsS rplB TRUE 0.997 17.000 0.820 0.012 Y NA
 881456 881457 PSPPH_4589 PSPPH_4590 rplB rplW TRUE 0.997 15.000 0.849 0.011 Y NA
 881457 881458 PSPPH_4590 PSPPH_4591 rplW rplD TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.009 Y NA
 881458 881459 PSPPH_4591 PSPPH_4592 rplD rplC TRUE 0.996 13.000 0.486 0.009 Y NA
 881459 881460 PSPPH_4592 PSPPH_4593 rplC rpsJ TRUE 0.910 82.000 0.307 0.012 Y NA
 881460 881461 PSPPH_4593 PSPPH_4594 rpsJ tuf TRUE 0.910 61.000 0.318 1.000 Y NA
 881461 881462 PSPPH_4594 PSPPH_4595 tuf fusA TRUE 0.984 32.000 0.400 0.000 Y NA
 881462 881463 PSPPH_4595 PSPPH_4596 fusA rpsG TRUE 0.978 31.000 0.579 1.000 Y NA
 881463 881464 PSPPH_4596 PSPPH_4597 rpsG rpsL TRUE 0.932 123.000 0.620 0.002 Y NA
 881464 881465 PSPPH_4597 PSPPH_4598 rpsL rpoC FALSE 0.203 199.000 0.122 1.000 N NA
 881465 881466 PSPPH_4598 PSPPH_4599 rpoC rpoB TRUE 0.986 65.000 0.851 0.000 Y NA
 881466 881467 PSPPH_4599 PSPPH_4600 rpoB rplL FALSE 0.254 222.000 0.223 1.000 N NA
 881467 881468 PSPPH_4600 PSPPH_4601 rplL rplJ TRUE 0.977 80.000 0.884 0.009 Y NA
 881468 881469 PSPPH_4601 PSPPH_4602 rplJ rplA TRUE 0.694 202.000 0.302 0.012 Y NA
 881469 881470 PSPPH_4602 PSPPH_4603 rplA rplK TRUE 1.000 0.000 0.838 0.012 Y NA
 881470 881471 PSPPH_4603 PSPPH_4604 rplK nusG TRUE 0.803 119.000 0.681 1.000 N NA
 881471 881472 PSPPH_4604 PSPPH_4605 nusG secE TRUE 0.996 10.000 0.843 1.000 N NA
 881472 881473 PSPPH_4605 PSPPH_4606 secE   FALSE 0.236 47.000 0.000 NA   NA
 881473 881474 PSPPH_4606 PSPPH_4607     FALSE 0.044 166.000 0.000 NA   NA
 881474 881475 PSPPH_4607 PSPPH_4608     FALSE 0.377 27.000 0.000 NA   NA
 881475 881476 PSPPH_4608 PSPPH_4609     FALSE 0.402 25.000 0.000 NA   NA
 881476 881477 PSPPH_4609 PSPPH_4610     FALSE 0.057 143.000 0.000 NA   NA
 881477 881478 PSPPH_4610 PSPPH_4611     TRUE 0.869 8.000 0.012 NA   NA
 881478 881479 PSPPH_4611 PSPPH_4612     TRUE 0.947 -10.000 0.147 1.000 N NA
 881479 881480 PSPPH_4612 PSPPH_4613   rrfD FALSE 0.056 144.000 0.000 NA   NA
 881480 881481 PSPPH_4613 PSPPH_4614 rrfD rrlD FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 881481 881482 PSPPH_4614 PSPPH_4615 rrlD   FALSE 0.016 240.000 0.000 NA   NA
 881482 881483 PSPPH_4615 PSPPH_4616     FALSE 0.325 31.000 0.000 NA   NA
 881483 881484 PSPPH_4616 PSPPH_4617   rrsD FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 881484 881485 PSPPH_4617 PSPPH_4618 rrsD mmsA2 FALSE 0.002 606.000 0.000 NA   NA
 881485 881486 PSPPH_4618 PSPPH_4619 mmsA2   TRUE 0.723 105.000 0.455 1.000 N NA
 881487 881488 PSPPH_4620 PSPPH_4621     FALSE 0.173 186.000 0.068 1.000 N NA
 881488 881489 PSPPH_4621 PSPPH_4622     TRUE 0.600 96.000 0.240 1.000 N NA
 881489 881490 PSPPH_4622 PSPPH_4623     TRUE 0.539 33.000 0.019 1.000   NA
 881490 881491 PSPPH_4623 PSPPH_4624     FALSE 0.003 523.000 0.000 1.000   NA
 881491 881492 PSPPH_4624 PSPPH_4625     TRUE 0.990 12.000 0.590 1.000   NA
 881492 881493 PSPPH_4625 PSPPH_4626     TRUE 0.993 0.000 0.154 0.063   NA
 881493 881494 PSPPH_4626 PSPPH_4627     FALSE 0.022 240.000 0.000 1.000   NA
 881494 881495 PSPPH_4627 PSPPH_4628     FALSE 0.383 124.000 0.135 1.000   NA
 881497 881498 PSPPH_4630 PSPPH_4631 fecB fecC TRUE 0.995 16.000 0.864 1.000 Y NA
 881498 881499 PSPPH_4631 PSPPH_4632 fecC fecD TRUE 0.998 -3.000 0.340 0.063 Y NA
 881499 881500 PSPPH_4632 PSPPH_4633 fecD   TRUE 0.996 5.000 0.380 1.000 Y NA
 881500 881501 PSPPH_4633 PSPPH_4634     FALSE 0.012 284.000 0.000 1.000   NA
 881501 881502 PSPPH_4634 PSPPH_4635     TRUE 0.528 76.000 0.106 1.000   NA
 881502 881503 PSPPH_4635 PSPPH_4636   add FALSE 0.277 79.000 0.025 1.000   NA
 881504 881505 PSPPH_4637 PSPPH_4638     FALSE 0.038 441.000 0.000 0.054 Y NA
 881507 881508 PSPPH_4640 PSPPH_4641     FALSE 0.414 138.000 0.161 1.000 N NA
 881509 881510 PSPPH_4642 PSPPH_4643     TRUE 0.854 70.000 0.500 NA   NA
 881510 881511 PSPPH_4643 PSPPH_4644   cueR TRUE 0.997 -3.000 0.667 1.000 N NA
 881512 881513 PSPPH_4645 PSPPH_4646     FALSE 0.023 245.000 0.000 1.000 N NA
 881515 881516 PSPPH_4648 PSPPH_4649     FALSE 0.309 33.000 0.000 NA   NA
 881516 881517 PSPPH_4649 PSPPH_4650     FALSE 0.017 237.000 0.000 NA   NA
 881518 881519 PSPPH_4651 PSPPH_4652     TRUE 0.938 31.000 0.263 0.055   NA
 881519 881520 PSPPH_4652 PSPPH_4653     FALSE 0.183 121.000 0.036 NA   NA
 881520 881521 PSPPH_4653 PSPPH_4654     TRUE 0.972 -3.000 0.088 NA   NA
 881521 881522 PSPPH_4654 PSPPH_4655     TRUE 0.845 20.000 0.087 NA   NA
 881522 881523 PSPPH_4655 PSPPH_4656     FALSE 0.479 19.000 0.000 NA   NA
 881524 881525 PSPPH_4657 PSPPH_4658     TRUE 0.823 14.000 0.027 1.000   NA
 881525 881526 PSPPH_4658 PSPPH_4659     TRUE 0.998 -3.000 0.818 1.000   NA
 881527 881528 PSPPH_4660 PSPPH_4661 maoC2   TRUE 0.500 141.000 0.243 1.000   NA
 881528 881529 PSPPH_4661 PSPPH_4662     TRUE 0.735 29.000 0.056 1.000   NA
 881530 881531 PSPPH_4663 PSPPH_4664     TRUE 0.877 -16.000 0.070 NA   NA
 881531 881532 PSPPH_4664 PSPPH_4665   mpl TRUE 0.989 -3.000 0.235 1.000 N NA
 881533 881534 PSPPH_4666 PSPPH_4667   eutB FALSE 0.001 1512.000 0.000 1.000 N NA
 881534 881535 PSPPH_4667 PSPPH_4668 eutB eutC TRUE 0.999 12.000 0.859 0.000 Y NA
 881535 881536 PSPPH_4668 PSPPH_4669 eutC   FALSE 0.334 84.000 0.047 1.000   NA
 881536 881537 PSPPH_4669 PSPPH_4670     FALSE 0.173 191.000 0.100 NA   NA
 881537 881538 PSPPH_4670 PSPPH_4671     TRUE 0.935 4.000 0.030 NA   NA
 881538 881539 PSPPH_4671 PSPPH_4672   ppa FALSE 0.137 111.000 0.022 NA   NA
 881539 881540 PSPPH_4672 PSPPH_4673 ppa   FALSE 0.007 358.000 0.000 1.000 N NA
 881540 881541 PSPPH_4673 PSPPH_4674     FALSE 0.005 408.000 0.000 1.000   NA
 881542 881543 PSPPH_4675 PSPPH_4676     FALSE 0.257 42.000 0.000 NA   NA
 881543 881544 PSPPH_4676 PSPPH_4677     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 881544 881545 PSPPH_4677 PSPPH_4678     TRUE 0.836 4.000 0.000 NA   NA
 881545 881546 PSPPH_4678 PSPPH_4679     TRUE 0.991 -3.000 0.308 NA   NA
 881546 881547 PSPPH_4679 PSPPH_4680     TRUE 0.970 -3.000 0.065 1.000   NA
 881547 881548 PSPPH_4680 PSPPH_4681     TRUE 0.866 8.000 0.012 NA   NA
 881548 881549 PSPPH_4681 PSPPH_4682     TRUE 0.866 2.000 0.000 NA   NA
 881549 881550 PSPPH_4682 PSPPH_4683     TRUE 0.589 60.000 0.000 1.000 Y NA
 881550 881551 PSPPH_4683 PSPPH_4684     TRUE 0.982 -3.000 0.161 NA   NA
 881551 881552 PSPPH_4684 PSPPH_4685     FALSE 0.285 37.000 0.000 NA   NA
 881554 881555 PSPPH_4687 PSPPH_4688     FALSE 0.208 52.000 0.000 NA   NA
 881556 881557 PSPPH_4689 PSPPH_4690     FALSE 0.011 305.000 0.000 1.000 N NA
 881558 881559 PSPPH_4691 PSPPH_4692     TRUE 0.993 5.000 0.448 1.000 N NA
 881559 881560 PSPPH_4692 PSPPH_4693     FALSE 0.063 130.000 0.000 NA   NA
 881560 881561 PSPPH_4693 PSPPH_4694     FALSE 0.400 82.000 0.074 NA   NA
 881561 881562 PSPPH_4694 PSPPH_4695     TRUE 0.544 20.000 0.000 1.000   NA
 881562 881563 PSPPH_4695 PSPPH_4696     TRUE 0.969 -3.000 0.065 1.000   NA
 881566 881567 PSPPH_4699 PSPPH_4700     TRUE 0.725 11.000 0.000 NA   NA
 881567 881568 PSPPH_4700 PSPPH_4701     FALSE 0.244 196.000 0.161 1.000 N NA
 881568 881569 PSPPH_4701 PSPPH_4702     TRUE 0.958 15.000 0.258 1.000   NA
 881569 881570 PSPPH_4702 PSPPH_4703   pqqF FALSE 0.315 171.000 0.161 1.000   NA
 881570 881571 PSPPH_4703 PSPPH_4704 pqqF pqqA TRUE 0.773 136.000 0.333 0.001   NA
 881571 881572 PSPPH_4704 PSPPH_4705 pqqA pqqB TRUE 0.613 89.000 0.064 0.001   NA
 881572 881573 PSPPH_4705 PSPPH_4706 pqqB pqqC TRUE 0.998 9.000 0.825 0.001   NA
 881573 881574 PSPPH_4706 PSPPH_4707 pqqC ppqD TRUE 0.995 -3.000 0.246 0.001   NA
 881574 881575 PSPPH_4707 PSPPH_4708 ppqD pqqE TRUE 0.987 -7.000 0.211 0.001   NA
 881575 881576 PSPPH_4708 PSPPH_4709 pqqE   TRUE 0.877 -37.000 0.088 1.000   NA
 881577 881578 PSPPH_4710 PSPPH_4711     TRUE 0.816 5.000 0.000 NA   NA
 881578 881579 PSPPH_4711 PSPPH_4712     FALSE 0.104 83.000 0.000 NA   NA
 881579 881580 PSPPH_4712 PSPPH_4713     FALSE 0.430 173.000 0.250 1.000 N NA
 881582 881583 PSPPH_4715 PSPPH_4716     FALSE 0.005 350.000 0.000 NA   NA
 881583 881584 PSPPH_4716 PSPPH_4717     FALSE 0.442 155.000 0.244 NA   NA
 881584 881585 PSPPH_4717 PSPPH_4718   bioC TRUE 0.888 31.000 0.063 0.001 N NA
 881585 881586 PSPPH_4718 PSPPH_4719 bioC bioH TRUE 0.958 -7.000 0.163 NA   NA
 881586 881587 PSPPH_4719 PSPPH_4720 bioH bioF TRUE 0.937 -7.000 0.092 NA   NA
 881587 881588 PSPPH_4720 PSPPH_4721 bioF bioB TRUE 0.917 65.000 0.168 0.001 Y NA
 881589 881590 PSPPH_4722 PSPPH_4723 comF   FALSE 0.008 388.000 0.009 1.000   NA
 881590 881591 PSPPH_4723 PSPPH_4724     FALSE 0.447 82.000 0.100 NA   NA
 881592 881593 PSPPH_4725 PSPPH_4726     TRUE 0.949 25.000 0.382 1.000   NA
 881593 881594 PSPPH_4726 PSPPH_4727     TRUE 0.999 -3.000 0.632 0.062 Y NA
 881594 881595 PSPPH_4727 PSPPH_4728     TRUE 0.998 -3.000 0.660 0.062 N NA
 881595 881596 PSPPH_4728 PSPPH_4729     TRUE 0.999 0.000 0.870 0.062 N NA
 881596 881597 PSPPH_4729 PSPPH_4730     TRUE 0.990 -16.000 0.761 1.000 N NA
 881598 881599 PSPPH_4731 PSPPH_4732   rarD FALSE 0.046 222.000 0.020 NA   NA
 881605 881606 PSPPH_4738 PSPPH_4739     FALSE 0.058 140.000 0.000 NA   NA
 881606 881607 PSPPH_4739 PSPPH_4740     TRUE 0.994 -3.000 0.392 1.000 N NA
 881608 881609 PSPPH_4741 PSPPH_4742   glyA2 TRUE 0.918 -3.000 0.017 NA   NA
 881611 881612 PSPPH_4744 PSPPH_4745     FALSE 0.008 294.000 0.000 NA   NA
 881612 881613 PSPPH_4745 PSPPH_4746     FALSE 0.188 57.000 0.000 NA   NA
 881614 881615 PSPPH_4747 PSPPH_4748     TRUE 0.934 68.000 0.328 0.062 Y NA
 881615 881616 PSPPH_4748 PSPPH_4749     TRUE 0.999 -3.000 0.844 0.094 Y NA
 881616 881617 PSPPH_4749 PSPPH_4750   glyA FALSE 0.069 270.000 0.000 1.000 Y NA
 881617 881618 PSPPH_4750 PSPPH_4751 glyA soxB TRUE 0.982 18.000 0.357 1.000 Y NA
 881618 881619 PSPPH_4751 PSPPH_4752 soxB soxD TRUE 0.997 16.000 0.824 0.001 Y NA
 881619 881620 PSPPH_4752 PSPPH_4753 soxD soxA TRUE 0.999 -3.000 0.824 0.001   NA
 881620 881621 PSPPH_4753 PSPPH_4754 soxA soxG TRUE 0.975 52.000 0.778 0.001   NA
 881621 881622 PSPPH_4754 PSPPH_4755 soxG purU3 FALSE 0.230 251.000 0.303 1.000 N NA
 881622 881623 PSPPH_4755 PSPPH_4756 purU3 fdhA2 TRUE 0.695 50.000 0.103 1.000 N NA
 881623 881624 PSPPH_4756 PSPPH_4757 fdhA2   FALSE 0.019 263.000 0.000 1.000 N NA
 881624 881625 PSPPH_4757 PSPPH_4758     FALSE 0.001 783.000 0.000 NA   NA
 881628 881629 PSPPH_4761 PSPPH_4762     FALSE 0.099 85.000 0.000 NA   NA
 881629 881630 PSPPH_4762 PSPPH_4763     TRUE 0.982 -3.000 0.167 NA   NA
 881630 881631 PSPPH_4763 PSPPH_4764     FALSE 0.063 122.000 0.000 NA   NA
 881631 881632 PSPPH_4764 PSPPH_4765     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA N NA
 881632 881633 PSPPH_4765 PSPPH_4766   betA FALSE 0.014 287.000 0.000 1.000 N NA
 881633 881634 PSPPH_4766 PSPPH_4767 betA betB TRUE 0.765 141.000 0.634 1.000 N NA
 881634 881635 PSPPH_4767 PSPPH_4768 betB betI TRUE 0.734 103.000 0.459 1.000 N NA
 881635 881636 PSPPH_4768 PSPPH_4769 betI   FALSE 0.009 310.000 0.000 1.000   NA
 881636 881637 PSPPH_4769 PSPPH_4770     TRUE 0.995 -7.000 0.904 NA   NA
 881638 881639 PSPPH_4771 PSPPH_4772 folA   FALSE 0.030 191.000 0.000 NA   NA
 881640 881641 PSPPH_4773 PSPPH_4774 trmB thiG TRUE 0.934 11.000 0.060 1.000   NA
 881641 881642 PSPPH_4774 PSPPH_4775 thiG thiS TRUE 0.846 53.000 0.130 1.000 Y NA
 881642 881643 PSPPH_4775 PSPPH_4776 thiS   TRUE 0.625 41.000 0.058 NA   NA
 881645 881646 PSPPH_4778 PSPPH_4779 rpoH ftsX FALSE 0.264 119.000 0.054 1.000 N NA
 881646 881647 PSPPH_4779 PSPPH_4780 ftsX ftsE TRUE 0.985 -3.000 0.035 1.000 Y NA
 881647 881648 PSPPH_4780 PSPPH_4781 ftsE ftsY TRUE 0.988 -3.000 0.117 0.083 N NA
 881649 881650 PSPPH_4782 PSPPH_4783     TRUE 0.998 -3.000 0.598 0.003   NA
 881650 881651 PSPPH_4783 PSPPH_4784     TRUE 0.978 0.000 0.070 1.000   NA
 881654 881655 PSPPH_4787 PSPPH_4788     FALSE 0.395 55.000 0.017 1.000 N NA
 881656 881657 PSPPH_4789 PSPPH_4790 coaD   FALSE 0.365 99.000 0.088 1.000   NA
 881658 881659 PSPPH_4791 PSPPH_4792   mutM FALSE 0.128 99.000 0.012 NA   NA
 881659 881660 PSPPH_4792 PSPPH_4793 mutM   FALSE 0.408 46.000 0.015 NA N NA
 881661 881662 PSPPH_4794 PSPPH_4795 pfpi   FALSE 0.286 82.000 0.031 1.000   NA
 881664 881665 PSPPH_4797 PSPPH_4798     FALSE 0.063 126.000 0.000 NA   NA
 881665 881666 PSPPH_4798 PSPPH_4799     TRUE 0.990 0.000 0.233 NA   NA
 881666 881667 PSPPH_4799 PSPPH_4800     TRUE 0.940 -31.000 0.235 NA   NA
 881667 881668 PSPPH_4800 PSPPH_4801     FALSE 0.018 251.000 0.000 1.000   NA
 881668 881669 PSPPH_4801 PSPPH_4802   msrA FALSE 0.177 148.000 0.032 1.000 N NA
 881670 881671 PSPPH_4803 PSPPH_4804     FALSE 0.001 693.000 0.000 NA   NA
 881671 881672 PSPPH_4804 PSPPH_4805     FALSE 0.008 293.000 0.000 NA   NA
 881673 881674 PSPPH_4806 PSPPH_4807     FALSE 0.040 204.000 0.000 1.000 N NA
 881675 881676 PSPPH_4808 PSPPH_4809     TRUE 0.998 -10.000 0.776 0.008 Y NA
 881676 881677 PSPPH_4809 PSPPH_4810     TRUE 0.811 228.000 0.667 0.008 Y NA
 881677 881678 PSPPH_4810 PSPPH_4811   noxB TRUE 0.913 117.000 0.574 0.034 Y NA
 881678 881679 PSPPH_4811 PSPPH_4812 noxB   TRUE 0.532 16.000 0.000 NA   NA
 881679 881680 PSPPH_4812 PSPPH_4813     FALSE 0.102 84.000 0.000 NA   NA
 881681 881682 PSPPH_4814 PSPPH_4815     TRUE 0.488 56.000 0.049 NA   NA
 881683 881684 PSPPH_4816 PSPPH_4817 fba   FALSE 0.062 115.000 0.000 NA   NA
 881684 881685 PSPPH_4817 PSPPH_4818     FALSE 0.006 336.000 0.000 NA   NA
 881685 881686 PSPPH_4818 PSPPH_4819   pgk TRUE 0.908 1.000 0.004 NA   NA
 881686 881687 PSPPH_4819 PSPPH_4820 pgk epd TRUE 0.963 23.000 0.070 0.002 Y NA
 881687 881688 PSPPH_4820 PSPPH_4821 epd tkt TRUE 0.696 152.000 0.285 1.000 Y NA
 881689 881690 PSPPH_4822 PSPPH_4823   metK TRUE 0.778 21.000 0.036 1.000 N NA
 881690 881691 PSPPH_4823 PSPPH_4824 metK   FALSE 0.004 398.000 0.000 NA   NA
 881691 881692 PSPPH_4824 PSPPH_4825     FALSE 0.263 41.000 0.000 NA   NA
 881693 881694 PSPPH_4826 PSPPH_4827     FALSE 0.062 115.000 0.000 NA   NA
 881694 881695 PSPPH_4827 PSPPH_4828     TRUE 0.990 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 881696 881697 PSPPH_4829 PSPPH_4830     TRUE 0.909 68.000 0.368 1.000 Y NA
 881697 881698 PSPPH_4830 PSPPH_4831     TRUE 0.956 25.000 0.421 1.000 N NA
 881698 881699 PSPPH_4831 PSPPH_4832     FALSE 0.009 291.000 0.000 NA   NA
 881699 881700 PSPPH_4832 PSPPH_4833     FALSE 0.063 113.000 0.000 NA   NA
 881700 881701 PSPPH_4833 PSPPH_4834     FALSE 0.001 812.000 0.000 NA   NA
 881704 881705 PSPPH_4837 PSPPH_4838     FALSE 0.003 452.000 0.000 NA   NA
 881706 881707 PSPPH_4839 PSPPH_4840     FALSE 0.010 280.000 0.000 NA   NA
 881709 881710 PSPPH_4842 PSPPH_4843   polS FALSE 0.269 40.000 0.000 NA   NA
 881710 881711 PSPPH_4843 PSPPH_4844 polS   FALSE 0.044 166.000 0.000 NA   NA
 881712 881713 PSPPH_4845 PSPPH_4846 typA thiI TRUE 0.942 1.000 0.011 1.000 N NA
 881714 881715 PSPPH_4847 PSPPH_4848 glnA   FALSE 0.110 81.000 0.000 NA   NA
 881715 881716 PSPPH_4848 PSPPH_4849   aroH FALSE 0.063 127.000 0.000 NA   NA
 881716 881717 PSPPH_4849 PSPPH_4850 aroH   FALSE 0.213 79.000 0.018 NA   NA
 881717 881718 PSPPH_4850 PSPPH_4851     TRUE 0.998 -3.000 0.889 NA   NA
 881718 881719 PSPPH_4851 PSPPH_4852   glnL FALSE 0.017 284.000 0.014 NA   NA
 881719 881720 PSPPH_4852 PSPPH_4853 glnL ntrC TRUE 0.999 -3.000 0.587 0.077 Y NA
 881721 881722 PSPPH_4854 PSPPH_4855     FALSE 0.294 82.000 0.029 1.000 N NA
 881722 881723 PSPPH_4855 PSPPH_4856     FALSE 0.255 112.000 0.059 NA N NA
 881723 881724 PSPPH_4856 PSPPH_4857     TRUE 0.922 36.000 0.412 NA N NA
 881727 881728 PSPPH_4860 PSPPH_4861 hutU   FALSE 0.305 114.000 0.000 1.000 Y NA
 881728 881729 PSPPH_4861 PSPPH_4862     TRUE 0.801 74.000 0.067 0.062 Y NA
 881729 881730 PSPPH_4862 PSPPH_4863     TRUE 0.998 -3.000 0.485 0.093 Y NA
 881730 881731 PSPPH_4863 PSPPH_4864   hutH1 TRUE 0.983 13.000 0.212 1.000 Y NA
 881731 881732 PSPPH_4864 PSPPH_4865 hutH1 hutH2 TRUE 0.825 56.000 0.006 0.001 Y NA
 881732 881733 PSPPH_4865 PSPPH_4866 hutH2   FALSE 0.405 107.000 0.022 1.000 Y NA
 881733 881734 PSPPH_4866 PSPPH_4867   hutI TRUE 0.726 16.000 0.010 1.000 N NA
 881734 881735 PSPPH_4867 PSPPH_4868 hutI   TRUE 0.677 12.000 0.000 NA   NA
 881738 881739 PSPPH_4871 PSPPH_4872   thyA FALSE 0.001 724.000 0.000 NA   NA
 881739 881740 PSPPH_4872 PSPPH_4873 thyA lgt TRUE 0.742 53.000 0.164 1.000 N NA
 881740 881741 PSPPH_4873 PSPPH_4874 lgt ptsP FALSE 0.007 446.000 0.011 1.000 N NA
 881741 881742 PSPPH_4874 PSPPH_4875 ptsP nudH TRUE 0.863 22.000 0.097 1.000 N NA
 881744 881745 PSPPH_4877 PSPPH_4878   ilvA2 FALSE 0.014 358.000 0.034 NA   NA
 881745 881746 PSPPH_4878 PSPPH_4879 ilvA2 ilvA3 TRUE 0.976 3.000 0.000 0.001   NA
 881748 881749 PSPPH_4881 PSPPH_4882     FALSE 0.114 79.000 0.000 NA   NA
 881749 881750 PSPPH_4882 PSPPH_4883     FALSE 0.114 183.000 0.041 NA   NA
 881750 881751 PSPPH_4883 PSPPH_4884     TRUE 0.544 67.000 0.071 1.000 N NA
 881753 881754 PSPPH_4886 PSPPH_4887     FALSE 0.061 136.000 0.000 NA   NA
 881758 881759 PSPPH_4891 PSPPH_4892 potI potH TRUE 0.994 -3.000 0.094 0.062 Y NA
 881759 881760 PSPPH_4892 PSPPH_4893 potH potG TRUE 0.995 -39.000 1.000 1.000 Y NA
 881760 881761 PSPPH_4893 PSPPH_4894 potG   TRUE 0.950 55.000 0.500 1.000 Y NA
 881761 881762 PSPPH_4894 PSPPH_4895     TRUE 0.858 172.000 0.500 0.014 Y NA
 881762 881763 PSPPH_4895 PSPPH_4896     FALSE 0.370 140.000 0.130 1.000 N NA
 881763 881764 PSPPH_4896 PSPPH_4897     TRUE 0.738 70.000 0.239 1.000 N NA
 881765 881766 PSPPH_4898 PSPPH_4899     FALSE 0.153 220.000 0.105 1.000 N NA
 881767 881768 PSPPH_4900 PSPPH_4901     FALSE 0.087 92.000 0.000 NA   NA
 881768 881769 PSPPH_4901 PSPPH_4902     FALSE 0.063 120.000 0.000 NA   NA
 881769 881770 PSPPH_4902 PSPPH_4903     TRUE 0.918 27.000 0.161 0.082 N NA
 881770 881771 PSPPH_4903 PSPPH_4904   ssuC TRUE 0.998 -3.000 0.472 1.000 Y NA
 881771 881772 PSPPH_4904 PSPPH_4905 ssuC   TRUE 0.918 29.000 0.038 0.062 Y NA
 881772 881773 PSPPH_4905 PSPPH_4906     FALSE 0.004 448.000 0.000 1.000 N NA
 881773 881774 PSPPH_4906 PSPPH_4907     FALSE 0.056 170.000 0.000 1.000   NA
 881775 881776 PSPPH_4908 PSPPH_4909 tauA cmpC TRUE 0.902 26.000 0.058 1.000 Y NA
 881776 881777 PSPPH_4909 PSPPH_4910 cmpC   TRUE 0.999 -3.000 0.728 1.000 Y NA
 881780 881781 PSPPH_4913 PSPPH_4914 secB grxC TRUE 0.847 41.000 0.221 1.000 N NA
 881781 881782 PSPPH_4914 PSPPH_4915 grxC   TRUE 0.984 3.000 0.166 NA N NA
 881783 881784 PSPPH_4916 PSPPH_4917 gpmI   TRUE 0.791 46.000 0.170 1.000 N NA
 881784 881785 PSPPH_4917 PSPPH_4918     TRUE 0.960 34.000 0.408 0.021 N NA
 881785 881786 PSPPH_4918 PSPPH_4919     TRUE 0.986 4.000 0.210 1.000   NA
 881787 881788 PSPPH_4920 PSPPH_4921     FALSE 0.002 780.000 0.000 1.000   NA
 881788 881789 PSPPH_4921 PSPPH_4922     FALSE 0.338 132.000 0.006 1.000 Y NA
 881789 881790 PSPPH_4922 PSPPH_4923   hisA TRUE 0.992 20.000 0.433 0.002 Y NA
 881790 881791 PSPPH_4923 PSPPH_4924 hisA   FALSE 0.122 108.000 0.016 NA   NA
 881791 881792 PSPPH_4924 PSPPH_4925   hisH TRUE 0.887 -13.000 0.069 NA   NA
 881792 881793 PSPPH_4925 PSPPH_4926 hisH hisB TRUE 0.997 0.000 0.111 0.002 Y NA
 881793 881794 PSPPH_4926 PSPPH_4927 hisB tyrB FALSE 0.379 93.000 0.000 1.000 Y NA
 881794 881795 PSPPH_4927 PSPPH_4928 tyrB   FALSE 0.015 268.000 0.000 1.000   NA
 881796 881797 PSPPH_4929 PSPPH_4930   mutY FALSE 0.226 97.000 0.033 NA N NA
 881797 881798 PSPPH_4930 PSPPH_4931 mutY   TRUE 0.982 -3.000 0.150 NA N NA
 881798 881799 PSPPH_4931 PSPPH_4932     FALSE 0.073 102.000 0.000 NA   NA
 881801 881802 PSPPH_4934 PSPPH_4935     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 881802 881803 PSPPH_4935 PSPPH_4936     FALSE 0.057 142.000 0.000 NA   NA
 881805 881806 PSPPH_4938 PSPPH_4939     TRUE 0.996 14.000 0.824 1.000 Y NA
 881806 881807 PSPPH_4939 PSPPH_4940     FALSE 0.155 67.000 0.000 NA   NA
 881807 881808 PSPPH_4940 PSPPH_4941     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 881808 881809 PSPPH_4941 PSPPH_4942     TRUE 0.971 2.000 0.069 NA   NA
 881810 881811 PSPPH_4943 PSPPH_4944     FALSE 0.003 433.000 0.000 NA   NA
 881812 881813 PSPPH_4945 PSPPH_4946     FALSE 0.001 1060.000 0.000 NA   NA
 881813 881814 PSPPH_4946 PSPPH_4947     TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 881815 881816 PSPPH_4948 PSPPH_4949     FALSE 0.001 782.000 0.000 NA   NA
 881816 881817 PSPPH_4949 PSPPH_4950     TRUE 0.855 3.000 0.000 NA   NA
 881817 881818 PSPPH_4950 PSPPH_4951     TRUE 0.995 -3.000 0.529 NA   NA
 881818 881819 PSPPH_4951 PSPPH_4952     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 881819 881820 PSPPH_4952 PSPPH_4953     FALSE 0.046 163.000 0.000 NA   NA
 881820 881821 PSPPH_4953 PSPPH_4954     TRUE 0.957 9.000 0.091 NA   NA
 881821 881822 PSPPH_4954 PSPPH_4955     TRUE 0.997 -3.000 0.738 NA   NA
 881822 881823 PSPPH_4955 PSPPH_4956     TRUE 0.997 -3.000 0.738 NA   NA
 881823 881824 PSPPH_4956 PSPPH_4957     TRUE 0.997 0.000 0.645 NA   NA
 881824 881825 PSPPH_4957 PSPPH_4958     TRUE 0.989 6.000 0.350 NA   NA
 881825 881826 PSPPH_4958 PSPPH_4959     TRUE 0.950 21.000 0.344 NA   NA
 881826 881827 PSPPH_4959 PSPPH_4960     TRUE 0.680 34.000 0.062 NA   NA
 881827 881828 PSPPH_4960 PSPPH_4961     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 881828 881829 PSPPH_4961 PSPPH_4962     FALSE 0.026 203.000 0.000 NA   NA
 881829 881830 PSPPH_4962 PSPPH_4963     TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 881830 881831 PSPPH_4963 PSPPH_4964     TRUE 0.998 4.000 0.939 NA   NA
 881831 881832 PSPPH_4964 PSPPH_4965     TRUE 0.990 15.000 0.848 NA   NA
 881832 881833 PSPPH_4965 PSPPH_4966     TRUE 0.993 -10.000 0.848 NA   NA
 881833 881834 PSPPH_4966 PSPPH_4967     TRUE 0.996 -3.000 0.659 NA   NA
 881834 881835 PSPPH_4967 PSPPH_4968     FALSE 0.077 99.000 0.000 NA   NA
 881835 881836 PSPPH_4968 PSPPH_4969     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 881837 881838 PSPPH_4970 PSPPH_4971     TRUE 0.736 -6.000 0.000 NA   NA
 881838 881839 PSPPH_4971 PSPPH_4972     FALSE 0.003 412.000 0.000 NA   NA
 881839 881840 PSPPH_4972 PSPPH_4973     FALSE 0.009 286.000 0.000 NA   NA
 881840 881841 PSPPH_4973 PSPPH_4974     FALSE 0.014 250.000 0.000 NA   NA
 881841 881842 PSPPH_4974 PSPPH_4975     TRUE 0.992 0.000 0.273 NA   NA
 881842 881843 PSPPH_4975 PSPPH_4976     FALSE 0.001 1307.000 0.000 NA   NA
 881843 881844 PSPPH_4976 PSPPH_4977     FALSE 0.021 224.000 0.000 NA   NA
 881844 881845 PSPPH_4977 PSPPH_4978     FALSE 0.014 278.000 0.000 1.000   NA
 881848 881849 PSPPH_4981 PSPPH_4982     FALSE 0.084 94.000 0.000 NA   NA
 881849 881850 PSPPH_4982 PSPPH_4983     FALSE 0.011 267.000 0.000 NA   NA
 881851 881852 PSPPH_4984 PSPPH_4985     FALSE 0.001 789.000 0.000 NA   NA
 881852 881853 PSPPH_4985 PSPPH_4986     FALSE 0.479 19.000 0.000 NA   NA
 881854 881855 PSPPH_4987 PSPPH_4988     FALSE 0.402 25.000 0.000 NA   NA
 881855 881856 PSPPH_4988 PSPPH_4989     TRUE 0.943 -6.000 0.000 NA Y NA
 881858 881859 PSPPH_4991 PSPPH_4992     FALSE 0.008 298.000 0.000 NA   NA
 881859 881860 PSPPH_4992 PSPPH_4993     FALSE 0.002 493.000 0.000 NA   NA
 881861 881862 PSPPH_4994 PSPPH_4995     FALSE 0.416 80.000 0.000 0.011   NA
 881863 881864 PSPPH_4996 PSPPH_4997     FALSE 0.061 136.000 0.000 NA   NA
 881867 881868 PSPPH_5000 PSPPH_5001 glnB amt2 TRUE 0.808 34.000 0.135 1.000 N NA
 881868 881869 PSPPH_5001 PSPPH_5002 amt2   FALSE 0.015 243.000 0.000 NA   NA
 881869 881870 PSPPH_5002 PSPPH_5003     FALSE 0.150 99.000 0.018 NA   NA
 881871 881872 PSPPH_5004 PSPPH_5005   xerC TRUE 0.984 -7.000 0.367 1.000   NA
 881872 881873 PSPPH_5005 PSPPH_5006 xerC   TRUE 0.997 3.000 0.714 NA   NA
 881873 881874 PSPPH_5006 PSPPH_5007   dapF TRUE 0.941 14.000 0.175 NA   NA
 881874 881875 PSPPH_5007 PSPPH_5008 dapF lysA TRUE 0.995 5.000 0.104 0.001 Y NA
 881875 881876 PSPPH_5008 PSPPH_5009 lysA   TRUE 0.847 10.000 0.006 NA N NA
 881877 881878 PSPPH_5010 PSPPH_5011     TRUE 0.937 3.000 0.025 NA   NA
 881878 881879 PSPPH_5011 PSPPH_5012   rnk FALSE 0.220 138.000 0.054 NA   NA
 881880 881881 PSPPH_5013 PSPPH_5014 cyaA   FALSE 0.273 184.000 0.164 1.000   NA
 881881 881882 PSPPH_5014 PSPPH_5015     FALSE 0.411 146.000 0.200 NA   NA
 881882 881883 PSPPH_5015 PSPPH_5016   gltP FALSE 0.087 92.000 0.000 NA   NA
 881883 881884 PSPPH_5016 PSPPH_5017 gltP rimK FALSE 0.004 457.000 0.000 1.000 N NA
 881884 881885 PSPPH_5017 PSPPH_5018 rimK   TRUE 0.978 -3.000 0.102 1.000 N NA
 881885 881886 PSPPH_5018 PSPPH_5019     TRUE 0.799 17.000 0.039 NA N NA
 881887 881888 PSPPH_5020 PSPPH_5021   hslO FALSE 0.299 172.000 0.140 1.000 N NA
 881888 881889 PSPPH_5021 PSPPH_5022 hslO pckA FALSE 0.157 180.000 0.048 1.000 N NA
 881892 881893 PSPPH_5025 PSPPH_5026     FALSE 0.001 916.000 0.000 NA   NA
 881893 881894 PSPPH_5026 PSPPH_5027     FALSE 0.284 301.000 0.667 NA   NA
 881895 881896 PSPPH_5028 PSPPH_5029 dehII2   FALSE 0.155 67.000 0.000 NA   NA
 881896 881897 PSPPH_5029 PSPPH_5030     FALSE 0.084 94.000 0.000 NA   NA
 881897 881898 PSPPH_5030 PSPPH_5031     TRUE 0.916 32.000 0.050 0.061 Y NA
 881898 881899 PSPPH_5031 PSPPH_5032     TRUE 0.956 42.000 0.250 0.061 Y NA
 881899 881900 PSPPH_5032 PSPPH_5033     TRUE 0.990 3.000 0.250 1.000   NA
 881900 881901 PSPPH_5033 PSPPH_5034     TRUE 0.990 -3.000 0.250 1.000   NA
 881901 881902 PSPPH_5034 PSPPH_5035     TRUE 0.975 -21.000 0.250 0.034   NA
 881902 881903 PSPPH_5035 PSPPH_5036     TRUE 0.965 -3.000 0.000 0.034   NA
 881903 881904 PSPPH_5036 PSPPH_5037   argE2 TRUE 0.974 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 881904 881905 PSPPH_5037 PSPPH_5038 argE2 gabD3 FALSE 0.062 115.000 0.000 NA   NA
 881907 881908 PSPPH_5040 PSPPH_5041 gabT3   TRUE 0.651 82.000 0.250 NA   NA
 881908 881909 PSPPH_5041 PSPPH_5042     TRUE 0.661 48.000 0.095 NA   NA
 881912 881913 PSPPH_5045 PSPPH_5046     TRUE 0.997 2.000 0.667 1.000   NA
 881913 881914 PSPPH_5046 PSPPH_5047     TRUE 0.999 0.000 0.667 0.061   NA
 881914 881915 PSPPH_5047 PSPPH_5048     TRUE 0.999 2.000 1.000 0.061   NA
 881915 881916 PSPPH_5048 PSPPH_5049     TRUE 0.996 11.000 0.667 0.061 N NA
 881916 881917 PSPPH_5049 PSPPH_5050     FALSE 0.247 118.000 0.000 0.061 N NA
 881917 881918 PSPPH_5050 PSPPH_5051     TRUE 1.000 0.000 1.000 0.072 Y NA
 881918 881919 PSPPH_5051 PSPPH_5052   tonB4 TRUE 0.980 54.000 1.000 0.012 N NA
 881919 881920 PSPPH_5052 PSPPH_5053 tonB4   FALSE 0.001 1178.000 0.000 1.000 N NA
 881921 881922 PSPPH_5054 PSPPH_5055     FALSE 0.102 84.000 0.000 NA   NA
 881923 881924 PSPPH_5056 PSPPH_5057     TRUE 0.995 9.000 0.726 NA   NA
 881924 881925 PSPPH_5057 PSPPH_5058     FALSE 0.025 232.000 0.000 1.000   NA
 881925 881926 PSPPH_5058 PSPPH_5059     FALSE 0.001 1481.000 0.000 NA   NA
 881926 881927 PSPPH_5059 PSPPH_5060     FALSE 0.054 148.000 0.000 NA   NA
 881927 881928 PSPPH_5060 PSPPH_5061     FALSE 0.003 443.000 0.000 NA   NA
 881928 881929 PSPPH_5061 PSPPH_5062     FALSE 0.007 343.000 0.000 1.000   NA
 881931 881932 PSPPH_5064 PSPPH_5065     TRUE 0.836 4.000 0.000 NA   NA
 881932 881933 PSPPH_5065 PSPPH_5066     FALSE 0.122 77.000 0.000 NA   NA
 881933 881934 PSPPH_5066 PSPPH_5067     FALSE 0.001 2880.000 0.000 NA   NA
 881934 881935 PSPPH_5067 PSPPH_5068     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 881936 881937 PSPPH_5069 PSPPH_5070     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 881937 881938 PSPPH_5070 PSPPH_5071     TRUE 0.759 31.000 0.095 NA   NA
 881938 881939 PSPPH_5071 PSPPH_5072     TRUE 0.967 5.000 0.095 NA   NA
 881939 881940 PSPPH_5072 PSPPH_5073     TRUE 0.677 12.000 0.000 NA   NA
 881940 881941 PSPPH_5073 PSPPH_5074     FALSE 0.018 235.000 0.000 NA   NA
 881943 881944 PSPPH_5076 PSPPH_5077     FALSE 0.010 277.000 0.000 NA   NA
 881944 881945 PSPPH_5077 PSPPH_5078     FALSE 0.164 64.000 0.000 NA   NA
 881946 881947 PSPPH_5079 PSPPH_5080     TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 881948 881949 PSPPH_5081 PSPPH_5082 acpP2   FALSE 0.062 173.000 0.000 1.000 N NA
 881949 881950 PSPPH_5082 PSPPH_5083     FALSE 0.126 181.000 0.000 0.091   NA
 881952 881953 PSPPH_5085 PSPPH_5086     TRUE 0.534 21.000 0.000 1.000   NA
 881953 881954 PSPPH_5086 PSPPH_5087     FALSE 0.010 319.000 0.000 1.000 N NA
 881954 881955 PSPPH_5087 PSPPH_5088     FALSE 0.001 630.000 0.000 NA   NA
 881955 881956 PSPPH_5088 PSPPH_5089     TRUE 0.632 42.000 0.063 NA   NA
 881956 881957 PSPPH_5089 PSPPH_5090     TRUE 0.994 -3.000 0.400 1.000   NA
 881957 881958 PSPPH_5090 PSPPH_5091     TRUE 0.957 34.000 0.667 NA   NA
 881958 3358428 PSPPH_5091 PSPPH_r01     FALSE 0.074 101.000 0.000 NA   NA
 881959 881960 PSPPH_5092 PSPPH_5093 rrfE rrlE FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 881960 881961 PSPPH_5093 PSPPH_5094 rrlE   FALSE 0.016 240.000 0.000 NA   NA
 881961 881962 PSPPH_5094 PSPPH_5095     FALSE 0.325 31.000 0.000 NA   NA
 881962 881963 PSPPH_5095 PSPPH_5096   rrsE FALSE 0.063 131.000 0.000 NA   NA
 881963 881964 PSPPH_5096 PSPPH_5097 rrsE   FALSE 0.002 604.000 0.000 NA   NA
 881965 881966 PSPPH_5098 PSPPH_5099 pntAA pntAB TRUE 0.998 11.000 0.829 0.001   NA
 881966 881967 PSPPH_5099 PSPPH_5100 pntAB pntB TRUE 0.993 -3.000 0.144 0.001   NA
 881967 881968 PSPPH_5100 PSPPH_5101 pntB psecoA FALSE 0.382 181.000 0.077 1.000 Y NA
 881968 881969 PSPPH_5101 PSPPH_5102 psecoA   FALSE 0.006 321.000 0.000 NA   NA
 881969 881970 PSPPH_5102 PSPPH_5103     FALSE 0.007 311.000 0.000 NA   NA
 881970 881971 PSPPH_5103 PSPPH_5104     TRUE 0.879 87.000 0.800 NA   NA
 881971 881972 PSPPH_5104 PSPPH_5105     TRUE 0.958 39.000 0.727 NA   NA
 881972 881973 PSPPH_5105 PSPPH_5106     TRUE 0.996 -3.000 0.647 NA   NA
 881974 881975 PSPPH_5107 PSPPH_5108     FALSE 0.043 168.000 0.000 NA   NA
 881975 881976 PSPPH_5108 PSPPH_5109     FALSE 0.014 251.000 0.000 NA   NA
 881976 881977 PSPPH_5109 PSPPH_5110   rubB FALSE 0.322 191.000 0.229 1.000   NA
 881977 881978 PSPPH_5110 PSPPH_5111 rubB rubA TRUE 0.910 38.000 0.208 0.033   NA
 881979 881980 PSPPH_5112 PSPPH_5113   ubiA TRUE 0.996 0.000 0.248 NA Y NA
 881980 881981 PSPPH_5113 PSPPH_5114 ubiA phoB FALSE 0.170 169.000 0.043 1.000 N NA
 881981 881982 PSPPH_5114 PSPPH_5115 phoB phoR TRUE 0.967 51.000 0.453 0.076 Y NA
 881982 881983 PSPPH_5115 PSPPH_5116 phoR   FALSE 0.219 99.000 0.037 NA   NA
 881984 881985 PSPPH_5117 PSPPH_5118     FALSE 0.376 230.000 0.412 1.000 N NA
 881985 881986 PSPPH_5118 PSPPH_5119   phoU FALSE 0.071 204.000 0.027 NA N NA
 881986 881987 PSPPH_5119 PSPPH_5120 phoU pstB2 TRUE 0.880 71.000 0.330 NA Y NA
 881987 881988 PSPPH_5120 PSPPH_5121 pstB2   TRUE 0.968 67.000 0.511 0.002 Y NA
 881988 881989 PSPPH_5121 PSPPH_5122     TRUE 0.902 70.000 0.489 0.091   NA
 881989 881990 PSPPH_5122 PSPPH_5123     TRUE 0.521 167.000 0.211 0.071   NA
 881990 881991 PSPPH_5123 PSPPH_5124     FALSE 0.231 168.000 0.020 0.071 N NA
 881992 881993 PSPPH_5125 PSPPH_5126     FALSE 0.207 92.000 0.025 NA N NA
 881994 881995 PSPPH_5127 PSPPH_5128     TRUE 0.792 68.000 0.333 NA   NA
 881995 881996 PSPPH_5128 PSPPH_5129   purK FALSE 0.026 336.000 0.050 1.000   NA
 881996 881997 PSPPH_5129 PSPPH_5130 purK purE TRUE 0.994 10.000 0.136 0.000 Y NA
 882000 882001 PSPPH_5133 PSPPH_5134 aspA   FALSE 0.059 283.000 0.000 1.000 Y NA
 882001 882002 PSPPH_5134 PSPPH_5135   ansA TRUE 0.903 30.000 0.095 1.000 Y NA
 882003 882004 PSPPH_5136 PSPPH_5137     FALSE 0.302 34.000 0.000 NA   NA
 882004 882005 PSPPH_5137 PSPPH_5138     FALSE 0.478 54.000 0.042 NA   NA
 882006 882007 PSPPH_5139 PSPPH_5140     TRUE 0.961 -3.000 0.047 1.000   NA
 882007 882008 PSPPH_5140 PSPPH_5141     TRUE 0.989 16.000 0.556 0.008   NA
 882009 882010 PSPPH_5142 PSPPH_5143 oadA   TRUE 0.990 12.000 0.354 0.053 N NA
 882013 882014 PSPPH_5146 PSPPH_5147   uvrD FALSE 0.427 23.000 0.000 NA   NA
 882014 882015 PSPPH_5147 PSPPH_5148 uvrD   FALSE 0.005 385.000 0.000 1.000   NA
 882015 882016 PSPPH_5148 PSPPH_5149     FALSE 0.123 131.000 0.018 NA   NA
 882023 882024 PSPPH_5156 PSPPH_5157     TRUE 0.994 0.000 0.333 NA   NA
 882024 882025 PSPPH_5157 PSPPH_5158     FALSE 0.062 116.000 0.000 NA   NA
 882025 882026 PSPPH_5158 PSPPH_5159   amiC FALSE 0.013 253.000 0.000 NA   NA
 882026 882027 PSPPH_5159 PSPPH_5160 amiC   FALSE 0.031 188.000 0.000 NA   NA
 882029 882030 PSPPH_5162 PSPPH_5163 cfa2 cadA FALSE 0.017 271.000 0.000 1.000 N NA
 882030 882031 PSPPH_5163 PSPPH_5164 cadA   TRUE 0.997 -3.000 0.700 1.000 N NA
 882031 882032 PSPPH_5164 PSPPH_5165     TRUE 0.989 -3.000 0.022 0.091 Y NA
 882032 882033 PSPPH_5165 PSPPH_5166     TRUE 0.970 12.000 0.019 0.091 Y NA
 882034 882035 PSPPH_5167 PSPPH_5168     FALSE 0.033 185.000 0.000 NA   NA
 882035 882036 PSPPH_5168 PSPPH_5169     FALSE 0.002 499.000 0.000 NA   NA
 882036 882037 PSPPH_5169 PSPPH_5170     TRUE 0.520 -31.000 0.000 NA   NA
 882038 882039 PSPPH_5171 PSPPH_5172     TRUE 0.999 0.000 0.800 1.000 Y NA
 882039 882040 PSPPH_5172 PSPPH_5173     TRUE 0.612 83.000 0.095 0.081 N NA
 882040 882041 PSPPH_5173 PSPPH_5174     TRUE 0.988 24.000 0.667 1.000 Y NA
 882041 882042 PSPPH_5174 PSPPH_5175     FALSE 0.010 489.000 0.000 0.091 N NA
 882042 882043 PSPPH_5175 PSPPH_5176     FALSE 0.351 182.000 0.000 0.012 Y NA
 882043 882044 PSPPH_5176 PSPPH_5177     FALSE 0.003 431.000 0.000 NA   NA
 882047 882048 PSPPH_5180 PSPPH_5181     TRUE 0.989 -3.000 0.250 NA   NA
 882048 882049 PSPPH_5181 PSPPH_5182     FALSE 0.048 175.000 0.000 NA N NA
 882049 882050 PSPPH_5182 PSPPH_5183     FALSE 0.002 527.000 0.000 NA N NA
 882050 882051 PSPPH_5183 PSPPH_5184     TRUE 0.996 0.000 0.211 1.000 Y NA
 882051 882052 PSPPH_5184 PSPPH_5185     TRUE 0.977 2.000 0.000 1.000 Y NA
 882052 882053 PSPPH_5185 PSPPH_5186     TRUE 0.974 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 882055 882056 PSPPH_5188 PSPPH_5189     TRUE 0.938 22.000 0.028 0.060 Y NA
 882056 882057 PSPPH_5189 PSPPH_5190     TRUE 0.999 -3.000 0.723 0.060 Y NA
 882057 882058 PSPPH_5190 PSPPH_5191   malK TRUE 0.894 31.000 0.021 0.060 Y NA
 882058 882059 PSPPH_5191 PSPPH_5192 malK scrB TRUE 0.866 18.000 0.000 1.000 Y NA
 882059 882060 PSPPH_5192 PSPPH_5193 scrB   TRUE 0.730 68.000 0.219 1.000 N NA
 882064 882065 PSPPH_5197 PSPPH_5198     FALSE 0.042 187.000 0.000 1.000   NA
 882065 882066 PSPPH_5198 PSPPH_5199     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 882066 882067 PSPPH_5199 PSPPH_5200     FALSE 0.001 1259.000 0.000 NA   NA
 882067 882068 PSPPH_5200 PSPPH_5201     FALSE 0.325 31.000 0.000 NA   NA
 882068 882069 PSPPH_5201 PSPPH_5202     FALSE 0.002 529.000 0.000 NA   NA
 882070 882071 PSPPH_5203 PSPPH_5204 glmS   TRUE 0.990 10.000 0.412 1.000 N NA
 882071 882072 PSPPH_5204 PSPPH_5205   glmU FALSE 0.018 298.000 0.010 1.000 N NA
 882072 882073 PSPPH_5205 PSPPH_5206 glmU atpC FALSE 0.296 126.000 0.067 1.000 N NA
 882073 882074 PSPPH_5206 PSPPH_5207 atpC atpD TRUE 0.991 45.000 0.837 0.002 Y NA
 882074 882075 PSPPH_5207 PSPPH_5208 atpD atpG TRUE 0.993 28.000 0.724 0.002 Y NA
 882075 882076 PSPPH_5208 PSPPH_5209 atpG atpA TRUE 0.989 51.000 0.846 0.002 Y NA
 882076 882077 PSPPH_5209 PSPPH_5210 atpA atpH TRUE 0.996 22.000 0.864 0.002 Y NA
 882077 882078 PSPPH_5210 PSPPH_5211 atpH atpF TRUE 0.993 13.000 0.242 0.002 Y NA
 882078 882079 PSPPH_5211 PSPPH_5212 atpF atpE TRUE 0.961 58.000 0.666 0.002   NA
 882079 882080 PSPPH_5212 PSPPH_5213 atpE atpB TRUE 0.848 139.000 0.557 0.002   NA
 882080 882081 PSPPH_5213 PSPPH_5214 atpB atpI TRUE 0.990 17.000 0.291 0.002 Y NA
 882081 882082 PSPPH_5214 PSPPH_5215 atpI parB FALSE 0.243 147.000 0.056 1.000 N NA
 882082 882083 PSPPH_5215 PSPPH_5216 parB parA TRUE 0.996 10.000 0.827 1.000 N NA
 882083 882084 PSPPH_5216 PSPPH_5217 parA gidB TRUE 0.959 19.000 0.339 1.000 N NA
 882084 882085 PSPPH_5217 PSPPH_5218 gidB gidA TRUE 0.993 6.000 0.466 1.000 N NA
 882085 882086 PSPPH_5218 PSPPH_5219 gidA trmE FALSE 0.028 588.000 0.266 1.000   NA
 882086 882087 PSPPH_5219 PSPPH_5220 trmE   TRUE 0.774 79.000 0.221 0.051   NA
 882087 882088 PSPPH_5220 PSPPH_5221     TRUE 0.995 3.000 0.461 NA   NA
 882088 882089 PSPPH_5221 PSPPH_5222   rnpA TRUE 0.989 -7.000 0.540 NA   NA
 882089 882090 PSPPH_5222 PSPPH_5223 rnpA rpmH TRUE 0.987 17.000 0.787 1.000   NA
 882090 882091 PSPPH_5223 PSPPH_5224 rpmH   FALSE 0.004 450.000 0.000 1.000   NA
 882092 882093 PSPPH_A0001 PSPPH_A0002     FALSE 0.118 78.000 0.000 NA   NA
 882095 882096 PSPPH_A0004 PSPPH_A0005     TRUE 0.980 0.000 0.100 NA   NA
 882099 882100 PSPPH_A0008 PSPPH_A0009   hopW1-1 FALSE 0.001 843.000 0.000 NA   NA
 882102 882103 PSPPH_A0011 PSPPH_A0012   hopQ1 TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 882105 882106 PSPPH_A0014 PSPPH_A0015     FALSE 0.102 84.000 0.000 NA   NA
 882106 882107 PSPPH_A0015 PSPPH_A0016     FALSE 0.004 388.000 0.000 NA   NA
 882107 882108 PSPPH_A0016 PSPPH_A0017     TRUE 0.855 3.000 0.000 NA   NA
 882108 882109 PSPPH_A0017 PSPPH_A0018     FALSE 0.021 223.000 0.000 NA   NA
 882109 882110 PSPPH_A0018 PSPPH_A0019     FALSE 0.001 710.000 0.000 NA   NA
 882111 882112 PSPPH_A0020 PSPPH_A0021     TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 882112 882113 PSPPH_A0021 PSPPH_A0022     FALSE 0.218 62.000 0.000 1.000   NA
 882121 882122 PSPPH_A0030 PSPPH_A0031   hopAU1 FALSE 0.001 837.000 0.000 NA   NA
 882125 882126 PSPPH_A0034 PSPPH_A0035     TRUE 0.997 -3.000 0.689 NA   NA
 882127 882128 PSPPH_A0036 PSPPH_A0037     TRUE 0.599 -13.000 0.000 NA   NA
 882130 882131 PSPPH_A0039 PSPPH_A0040     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 882132 882133 PSPPH_A0041 PSPPH_A0042     FALSE 0.001 663.000 0.000 NA   NA
 882134 882135 PSPPH_A0043 PSPPH_A0044     FALSE 0.006 336.000 0.000 NA   NA
 882136 882137 PSPPH_A0045 PSPPH_A0046     FALSE 0.045 164.000 0.000 NA   NA
 882137 882138 PSPPH_A0046 PSPPH_A0047     FALSE 0.215 51.000 0.000 NA   NA
 882139 882140 PSPPH_A0048 PSPPH_A0049     TRUE 0.908 21.000 0.176 1.000   NA
 882140 882141 PSPPH_A0049 PSPPH_A0050     FALSE 0.001 965.000 0.000 1.000   NA
 882141 882142 PSPPH_A0050 PSPPH_A0051     FALSE 0.003 446.000 0.000 NA   NA
 882142 882143 PSPPH_A0051 PSPPH_A0052     TRUE 0.997 0.000 0.615 NA   NA
 882143 882144 PSPPH_A0052 PSPPH_A0053     TRUE 0.974 4.000 0.115 NA   NA
 882146 882147 PSPPH_A0055 PSPPH_A0056   hopAV1 TRUE 0.701 -7.000 0.000 NA   NA
 882148 882149 PSPPH_A0057 PSPPH_A0058     FALSE 0.017 237.000 0.000 NA   NA
 882149 882150 PSPPH_A0058 PSPPH_A0059     TRUE 0.520 -31.000 0.000 NA   NA
 882151 882152 PSPPH_A0060 PSPPH_A0061     TRUE 0.993 -9.000 0.286 0.062 Y NA
 882152 882153 PSPPH_A0061 PSPPH_A0062     FALSE 0.049 187.000 0.000 1.000 N NA
 882153 882154 PSPPH_A0062 PSPPH_A0063     FALSE 0.021 252.000 0.000 1.000 N NA
 882154 882155 PSPPH_A0063 PSPPH_A0064     TRUE 0.977 34.000 0.600 1.000 Y NA
 882155 882156 PSPPH_A0064 PSPPH_A0065     TRUE 0.996 -7.000 1.000 1.000   NA
 882156 882157 PSPPH_A0065 PSPPH_A0066     FALSE 0.229 48.000 0.000 NA   NA
 882157 882158 PSPPH_A0066 PSPPH_A0067     FALSE 0.002 507.000 0.000 NA   NA
 882158 882159 PSPPH_A0067 PSPPH_A0068     FALSE 0.042 171.000 0.000 NA   NA
 882159 882160 PSPPH_A0068 PSPPH_A0069     FALSE 0.102 287.000 0.000 0.062 Y NA
 882160 882161 PSPPH_A0069 PSPPH_A0070     FALSE 0.038 178.000 0.000 NA   NA
 882161 882162 PSPPH_A0070 PSPPH_A0071     TRUE 0.980 0.000 0.100 NA   NA
 882165 882166 PSPPH_A0074 PSPPH_A0075   hopW1-2 FALSE 0.001 843.000 0.000 NA   NA
 882166 882167 PSPPH_A0075 PSPPH_A0076 hopW1-2   FALSE 0.050 154.000 0.000 NA   NA
 882167 882168 PSPPH_A0076 PSPPH_A0077     FALSE 0.013 450.000 0.000 0.061   NA
 882168 882169 PSPPH_A0077 PSPPH_A0078     FALSE 0.002 475.000 0.000 NA   NA
 882169 882170 PSPPH_A0078 PSPPH_A0079     FALSE 0.325 31.000 0.000 NA   NA
 882170 882171 PSPPH_A0079 PSPPH_A0080     FALSE 0.363 28.000 0.000 NA   NA
 882171 882172 PSPPH_A0080 PSPPH_A0081     FALSE 0.004 463.000 0.000 1.000 N NA
 882173 882174 PSPPH_A0082 PSPPH_A0083     FALSE 0.063 113.000 0.000 NA   NA
 882175 882176 PSPPH_A0084 PSPPH_A0085     FALSE 0.064 111.000 0.000 NA   NA
 882176 882177 PSPPH_A0085 PSPPH_A0086     FALSE 0.062 134.000 0.000 NA   NA
 882177 882178 PSPPH_A0086 PSPPH_A0087   avrRps4 FALSE 0.002 560.000 0.000 NA   NA
 882178 882179 PSPPH_A0087 PSPPH_A0088 avrRps4   FALSE 0.012 258.000 0.000 NA   NA
 882179 882180 PSPPH_A0088 PSPPH_A0089     FALSE 0.223 49.000 0.000 NA   NA
 882180 882181 PSPPH_A0089 PSPPH_A0090     TRUE 0.963 -3.000 0.000 0.061   NA
 882182 882183 PSPPH_A0091 PSPPH_A0092     FALSE 0.208 52.000 0.000 NA   NA
 882185 882186 PSPPH_A0094 PSPPH_A0095     TRUE 0.974 13.000 0.333 NA   NA
 882186 882187 PSPPH_A0095 PSPPH_A0096     FALSE 0.001 1160.000 0.000 NA   NA
 882187 882188 PSPPH_A0096 PSPPH_A0097     FALSE 0.258 111.000 0.000 0.024   NA
 882190 882191 PSPPH_A0099 PSPPH_A0100     FALSE 0.136 89.000 0.000 1.000 N NA
 882191 882192 PSPPH_A0100 PSPPH_A0101     TRUE 0.838 37.000 0.000 0.061 Y NA
 882192 882193 PSPPH_A0101 PSPPH_A0102     FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 882193 882194 PSPPH_A0102 PSPPH_A0103     TRUE 0.988 0.000 0.182 NA   NA
 882195 882196 PSPPH_A0104 PSPPH_A0105     TRUE 0.509 -36.000 0.000 NA   NA
 882196 882197 PSPPH_A0105 PSPPH_A0106     FALSE 0.034 206.000 0.000 1.000   NA
 882197 882198 PSPPH_A0106 PSPPH_A0107     TRUE 0.983 0.000 0.132 NA   NA
 882198 882199 PSPPH_A0107 PSPPH_A0108   bioA2 FALSE 0.387 37.000 0.008 NA   NA
 882199 882200 PSPPH_A0108 PSPPH_A0109 bioA2   TRUE 0.726 -16.000 0.008 1.000   NA
 882200 882201 PSPPH_A0109 PSPPH_A0110     FALSE 0.168 216.000 0.129 1.000   NA
 882201 882202 PSPPH_A0110 PSPPH_A0111     TRUE 0.494 18.000 0.000 NA   NA
 882202 882203 PSPPH_A0111 PSPPH_A0112     TRUE 0.585 -15.000 0.000 NA   NA
 882203 882204 PSPPH_A0112 PSPPH_A0113   avrD1 FALSE 0.016 241.000 0.000 NA   NA
 882208 882209 PSPPH_A0117 PSPPH_A0118     FALSE 0.020 228.000 0.000 NA   NA
 882213 882214 PSPPH_A0122 PSPPH_A0123 hopAW1   FALSE 0.066 108.000 0.000 NA   NA
 882214 882215 PSPPH_A0123 PSPPH_A0124     FALSE 0.236 47.000 0.000 NA   NA
 882215 882216 PSPPH_A0124 PSPPH_A0125     FALSE 0.128 75.000 0.000 NA   NA
 882216 882217 PSPPH_A0125 PSPPH_A0126     FALSE 0.039 177.000 0.000 NA   NA
 882217 882218 PSPPH_A0126 PSPPH_A0127   hopAB1 TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 882218 882219 PSPPH_A0127 PSPPH_A0128 hopAB1   FALSE 0.003 453.000 0.000 NA   NA
 882222 882223 PSPPH_A0131 PSPPH_A0132     FALSE 0.020 225.000 0.000 NA   NA
 882224 882225 PSPPH_A0133 PSPPH_A0134     TRUE 0.777 9.000 0.000 NA   NA
 882225 882226 PSPPH_A0134 PSPPH_A0135     FALSE 0.004 374.000 0.000 NA   NA
 882226 882227 PSPPH_A0135 PSPPH_A0136     FALSE 0.263 41.000 0.000 NA   NA
 882227 882228 PSPPH_A0136 PSPPH_A0137   stbC TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 882229 882230 PSPPH_A0138 PSPPH_A0139     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 882234 882235 PSPPH_A0143 PSPPH_A0144     FALSE 0.057 143.000 0.000 NA   NA
 882235 882236 PSPPH_A0144 PSPPH_A0145     FALSE 0.468 -151.000 0.000 NA   NA
 882236 882237 PSPPH_A0145 PSPPH_A0146     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 882237 882238 PSPPH_A0146 PSPPH_A0147     TRUE 0.981 -10.000 0.429 NA   NA
 882238 882239 PSPPH_A0147 PSPPH_A0148     FALSE 0.081 106.000 0.000 NA N NA
 882241 882242 PSPPH_B0001 PSPPH_B0002     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 882242 882243 PSPPH_B0002 PSPPH_B0003   rulA FALSE 0.058 140.000 0.000 NA   NA
 882243 882244 PSPPH_B0003 PSPPH_B0004 rulA rulB TRUE 0.992 -7.000 0.667 NA   NA
 882245 882246 PSPPH_B0005 PSPPH_B0006     TRUE 0.979 -15.000 0.476 NA   NA
 882247 882248 PSPPH_B0007 PSPPH_B0008     FALSE 0.208 52.000 0.000 NA   NA
 882248 882249 PSPPH_B0008 PSPPH_B0009     FALSE 0.004 394.000 0.000 NA   NA
 882249 882250 PSPPH_B0009 PSPPH_B0010     FALSE 0.119 89.000 0.000 1.000   NA
 882250 882251 PSPPH_B0010 PSPPH_B0011     FALSE 0.011 268.000 0.000 NA   NA
 882251 882252 PSPPH_B0011 PSPPH_B0012     FALSE 0.001 954.000 0.000 NA   NA
 882252 882253 PSPPH_B0012 PSPPH_B0013     FALSE 0.088 91.000 0.000 NA   NA
 882253 882254 PSPPH_B0013 PSPPH_B0014     FALSE 0.001 756.000 0.000 NA   NA
 882254 882255 PSPPH_B0014 PSPPH_B0015     FALSE 0.002 661.000 0.000 NA N NA
 882255 882256 PSPPH_B0015 PSPPH_B0016   txe TRUE 0.905 -28.000 0.141 NA   NA
 882258 882259 PSPPH_B0018 PSPPH_B0019     FALSE 0.162 76.000 0.000 1.000   NA
 882259 882260 PSPPH_B0019 PSPPH_B0020     FALSE 0.408 30.000 0.000 1.000   NA
 882260 882261 PSPPH_B0020 PSPPH_B0021     FALSE 0.247 45.000 0.000 NA   NA
 882263 882264 PSPPH_B0023 PSPPH_B0024     TRUE 0.637 -10.000 0.000 NA   NA
 882264 882265 PSPPH_B0024 PSPPH_B0025     FALSE 0.363 28.000 0.000 NA   NA
 882265 882266 PSPPH_B0025 PSPPH_B0026     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 882266 882267 PSPPH_B0026 PSPPH_B0027     TRUE 0.637 13.000 0.000 NA   NA
 882267 882268 PSPPH_B0027 PSPPH_B0028     FALSE 0.468 -151.000 0.000 NA   NA
 882268 882269 PSPPH_B0028 PSPPH_B0029     TRUE 0.849 -3.000 0.000 NA   NA
 882269 882270 PSPPH_B0029 PSPPH_B0030     FALSE 0.168 63.000 0.000 NA   NA
 882270 882271 PSPPH_B0030 PSPPH_B0031     TRUE 0.996 11.000 1.000 NA   NA
 882271 882272 PSPPH_B0031 PSPPH_B0032     FALSE 0.181 59.000 0.000 NA   NA
 882272 882273 PSPPH_B0032 PSPPH_B0033     FALSE 0.281 38.000 0.000 NA   NA
 882273 882274 PSPPH_B0033 PSPPH_B0034     TRUE 0.991 -10.000 0.429 NA Y NA
 882274 882275 PSPPH_B0034 PSPPH_B0035     TRUE 0.989 -13.000 0.429 NA Y NA
 882275 882276 PSPPH_B0035 PSPPH_B0036     TRUE 0.996 10.000 0.500 1.000 Y NA
 882276 882277 PSPPH_B0036 PSPPH_B0037     TRUE 0.997 10.000 1.000 NA   NA
 882277 882278 PSPPH_B0037 PSPPH_B0038     FALSE 0.063 125.000 0.000 NA   NA
 882278 882279 PSPPH_B0038 PSPPH_B0039     TRUE 0.574 -16.000 0.000 NA   NA
 882279 882280 PSPPH_B0039 PSPPH_B0040     FALSE 0.402 25.000 0.000 NA   NA
 882280 882281 PSPPH_B0040 PSPPH_B0041     TRUE 0.879 0.000 0.000 NA   NA
 882281 882282 PSPPH_B0041 PSPPH_B0042     FALSE 0.269 40.000 0.000 NA   NA
 882282 882283 PSPPH_B0042 PSPPH_B0043   topB2 FALSE 0.363 28.000 0.000 NA   NA
 882283 882284 PSPPH_B0043 PSPPH_B0044 topB2   FALSE 0.377 27.000 0.000 NA   NA
 882284 882285 PSPPH_B0044 PSPPH_B0045     FALSE 0.415 24.000 0.000 NA   NA
 882285 882286 PSPPH_B0045 PSPPH_B0046     FALSE 0.082 134.000 0.000 1.000   NA
 882286 882287 PSPPH_B0046 PSPPH_B0047     TRUE 0.777 9.000 0.000 NA   NA
 882289 882290 PSPPH_B0049 PSPPH_B0050     TRUE 0.637 -10.000 0.000 NA   NA
 882290 882291 PSPPH_B0050 PSPPH_B0051     FALSE 0.063 128.000 0.000 NA   NA
 882292 882293 PSPPH_B0052 PSPPH_B0053     TRUE 0.928 -15.000 0.154 NA   NA
 882293 882294 PSPPH_B0053 PSPPH_B0054     FALSE 0.415 24.000 0.000 NA   NA
 882294 882295 PSPPH_B0054 PSPPH_B0055     TRUE 0.955 36.000 0.667 NA   NA
 882295 882296 PSPPH_B0055 PSPPH_B0056     TRUE 0.937 -13.000 0.167 NA   NA
 882297 882298 PSPPH_B0057 PSPPH_B0058     TRUE 0.968 -19.000 0.167 0.006   NA
 882298 882299 PSPPH_B0058 PSPPH_B0059     TRUE 0.958 -10.000 0.200 1.000   NA
 882299 882300 PSPPH_B0059 PSPPH_B0060     FALSE 0.057 143.000 0.000 NA   NA
 882300 882241 PSPPH_B0060 PSPPH_B0001     FALSE 0.016 241.000 0.000 NA   NA