MicrobesOnline Operon Predictions for Thermomicrobium roseum DSM 5159

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5471370 5471371 trd_0002 trd_0004     TRUE 0.530 -9.000 0.000 NA   NA
 5471372 5471373 trd_0003 trd_0005     FALSE 0.058 179.000 0.000 1.000   NA
 5471373 5471374 trd_0005 trd_0006     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5471376 5471377 trd_0008 trd_0009     FALSE 0.004 696.000 0.000 NA   NA
 5471379 5471380 trd_0011 trd_0012     FALSE 0.135 78.000 0.000 NA   NA
 5471380 5471381 trd_0012 trd_0013     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5471381 5471382 trd_0013 trd_0014     FALSE 0.050 192.000 0.000 1.000 N NA
 5471383 5471384 trd_0015 trd_0016   cas6 FALSE 0.003 977.000 0.000 NA   NA
 5471384 5471385 trd_0016 trd_0017 cas6   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471385 5471386 trd_0017 trd_0018   cst2 TRUE 0.892 73.000 0.295 NA   NA
 5471386 5471387 trd_0018 trd_0019 cst2 cas5t TRUE 0.915 23.000 0.026 NA   NA
 5471387 5471388 trd_0019 trd_0020 cas5t cas3 TRUE 0.967 -10.000 0.080 NA   NA
 5471388 5471389 trd_0020 trd_0021 cas3 cas4 FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5471389 5471390 trd_0021 trd_0022 cas4 cas1 TRUE 0.996 -3.000 0.579 NA Y NA
 5471390 5471391 trd_0022 trd_0024 cas1   TRUE 0.970 65.000 0.683 NA Y NA
 5471392 5471393 trd_0023 trd_0025     FALSE 0.018 229.000 0.000 NA N NA
 5471393 5471394 trd_0025 trd_0026     TRUE 0.992 11.000 0.488 NA Y NA
 5471394 5471395 trd_0026 trd_0027     FALSE 0.495 27.000 0.000 1.000 N NA
 5471395 5471396 trd_0027 trd_0028     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471397 5471398 trd_0029 trd_0031     FALSE 0.003 6005.000 0.000 NA   NA
 11525216 5471397   trd_0029     FALSE NA 412.000 0.000 NA   NA
 11667579 5471397   trd_0029     FALSE NA 412.000 0.000 NA   NA
 11809971 5471397   trd_0029     FALSE NA 412.000 0.000 NA   NA
 11525217 5471397   trd_0029     FALSE NA 442.000 0.000 NA   NA
 11667580 5471397   trd_0029     FALSE NA 442.000 0.000 NA   NA
 11809972 5471397   trd_0029     FALSE NA 442.000 0.000 NA   NA
 11525218 5471397   trd_0029     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11667581 5471397   trd_0029     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11809973 5471397   trd_0029     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11525219 5471397   trd_0029     FALSE NA 510.000 0.000 NA   NA
 11667582 5471397   trd_0029     FALSE NA 510.000 0.000 NA   NA
 11809974 5471397   trd_0029     FALSE NA 510.000 0.000 NA   NA
 11525220 5471397   trd_0029     FALSE NA 550.000 0.000 NA   NA
 11667583 5471397   trd_0029     FALSE NA 550.000 0.000 NA   NA
 11809975 5471397   trd_0029     FALSE NA 550.000 0.000 NA   NA
 11525221 5471397   trd_0029     FALSE NA 580.000 0.000 NA   NA
 11667584 5471397   trd_0029     FALSE NA 580.000 0.000 NA   NA
 11809976 5471397   trd_0029     FALSE NA 580.000 0.000 NA   NA
 11525222 5471397   trd_0029     FALSE NA 616.000 0.000 NA   NA
 11667585 5471397   trd_0029     FALSE NA 616.000 0.000 NA   NA
 11809977 5471397   trd_0029     FALSE NA 616.000 0.000 NA   NA
 11525223 5471397   trd_0029     FALSE NA 646.000 0.000 NA   NA
 11667586 5471397   trd_0029     FALSE NA 646.000 0.000 NA   NA
 11809978 5471397   trd_0029     FALSE NA 646.000 0.000 NA   NA
 11525224 5471397   trd_0029     FALSE NA 686.000 0.000 NA   NA
 11667587 5471397   trd_0029     FALSE NA 686.000 0.000 NA   NA
 11809979 5471397   trd_0029     FALSE NA 686.000 0.000 NA   NA
 11525225 5471397   trd_0029     FALSE NA 716.000 0.000 NA   NA
 11667588 5471397   trd_0029     FALSE NA 716.000 0.000 NA   NA
 11809980 5471397   trd_0029     FALSE NA 716.000 0.000 NA   NA
 11525226 5471397   trd_0029     FALSE NA 752.000 0.000 NA   NA
 11667589 5471397   trd_0029     FALSE NA 752.000 0.000 NA   NA
 11809981 5471397   trd_0029     FALSE NA 752.000 0.000 NA   NA
 11525227 5471397   trd_0029     FALSE NA 782.000 0.000 NA   NA
 11667590 5471397   trd_0029     FALSE NA 782.000 0.000 NA   NA
 11809982 5471397   trd_0029     FALSE NA 782.000 0.000 NA   NA
 11525228 5471397   trd_0029     FALSE NA 818.000 0.000 NA   NA
 11667591 5471397   trd_0029     FALSE NA 818.000 0.000 NA   NA
 11809983 5471397   trd_0029     FALSE NA 818.000 0.000 NA   NA
 11525229 5471397   trd_0029     FALSE NA 848.000 0.000 NA   NA
 11667592 5471397   trd_0029     FALSE NA 848.000 0.000 NA   NA
 11809984 5471397   trd_0029     FALSE NA 848.000 0.000 NA   NA
 11525230 5471397   trd_0029     FALSE NA 883.000 0.000 NA   NA
 11667593 5471397   trd_0029     FALSE NA 883.000 0.000 NA   NA
 11809985 5471397   trd_0029     FALSE NA 883.000 0.000 NA   NA
 11525231 5471397   trd_0029     FALSE NA 913.000 0.000 NA   NA
 11667594 5471397   trd_0029     FALSE NA 913.000 0.000 NA   NA
 11809986 5471397   trd_0029     FALSE NA 913.000 0.000 NA   NA
 11525232 5471397   trd_0029     FALSE NA 948.000 0.000 NA   NA
 11667595 5471397   trd_0029     FALSE NA 948.000 0.000 NA   NA
 11809987 5471397   trd_0029     FALSE NA 948.000 0.000 NA   NA
 11525233 5471397   trd_0029     FALSE NA 978.000 0.000 NA   NA
 11667596 5471397   trd_0029     FALSE NA 978.000 0.000 NA   NA
 11809988 5471397   trd_0029     FALSE NA 978.000 0.000 NA   NA
 11525234 5471397   trd_0029     FALSE NA 1015.000 0.000 NA   NA
 11667597 5471397   trd_0029     FALSE NA 1015.000 0.000 NA   NA
 11809989 5471397   trd_0029     FALSE NA 1015.000 0.000 NA   NA
 11525235 5471397   trd_0029     FALSE NA 1045.000 0.000 NA   NA
 11667598 5471397   trd_0029     FALSE NA 1045.000 0.000 NA   NA
 11809990 5471397   trd_0029     FALSE NA 1045.000 0.000 NA   NA
 11525236 5471397   trd_0029     FALSE NA 1081.000 0.000 NA   NA
 11667599 5471397   trd_0029     FALSE NA 1081.000 0.000 NA   NA
 11809991 5471397   trd_0029     FALSE NA 1081.000 0.000 NA   NA
 11525237 5471397   trd_0029     FALSE NA 1111.000 0.000 NA   NA
 11667600 5471397   trd_0029     FALSE NA 1111.000 0.000 NA   NA
 11809992 5471397   trd_0029     FALSE NA 1111.000 0.000 NA   NA
 11525238 5471397   trd_0029     FALSE NA 1149.000 0.000 NA   NA
 11667601 5471397   trd_0029     FALSE NA 1149.000 0.000 NA   NA
 11809993 5471397   trd_0029     FALSE NA 1149.000 0.000 NA   NA
 11525239 5471397   trd_0029     FALSE NA 1179.000 0.000 NA   NA
 11667602 5471397   trd_0029     FALSE NA 1179.000 0.000 NA   NA
 11809994 5471397   trd_0029     FALSE NA 1179.000 0.000 NA   NA
 11525240 5471397   trd_0029     FALSE NA 1215.000 0.000 NA   NA
 11667603 5471397   trd_0029     FALSE NA 1215.000 0.000 NA   NA
 11809995 5471397   trd_0029     FALSE NA 1215.000 0.000 NA   NA
 11525241 5471397   trd_0029     FALSE NA 1245.000 0.000 NA   NA
 11667604 5471397   trd_0029     FALSE NA 1245.000 0.000 NA   NA
 11809996 5471397   trd_0029     FALSE NA 1245.000 0.000 NA   NA
 11525242 5471397   trd_0029     FALSE NA 1282.000 0.000 NA   NA
 11667605 5471397   trd_0029     FALSE NA 1282.000 0.000 NA   NA
 11809997 5471397   trd_0029     FALSE NA 1282.000 0.000 NA   NA
 11525243 5471397   trd_0029     FALSE NA 1312.000 0.000 NA   NA
 11667606 5471397   trd_0029     FALSE NA 1312.000 0.000 NA   NA
 11809998 5471397   trd_0029     FALSE NA 1312.000 0.000 NA   NA
 11525244 5471397   trd_0029     FALSE NA 1348.000 0.000 NA   NA
 11667607 5471397   trd_0029     FALSE NA 1348.000 0.000 NA   NA
 11809999 5471397   trd_0029     FALSE NA 1348.000 0.000 NA   NA
 11525245 5471397   trd_0029     FALSE NA 1378.000 0.000 NA   NA
 11667608 5471397   trd_0029     FALSE NA 1378.000 0.000 NA   NA
 11810000 5471397   trd_0029     FALSE NA 1378.000 0.000 NA   NA
 11525246 5471397   trd_0029     FALSE NA 1415.000 0.000 NA   NA
 11667609 5471397   trd_0029     FALSE NA 1415.000 0.000 NA   NA
 11810001 5471397   trd_0029     FALSE NA 1415.000 0.000 NA   NA
 11525247 5471397   trd_0029     FALSE NA 1445.000 0.000 NA   NA
 11667610 5471397   trd_0029     FALSE NA 1445.000 0.000 NA   NA
 11810002 5471397   trd_0029     FALSE NA 1445.000 0.000 NA   NA
 11525248 5471397   trd_0029     FALSE NA 1481.000 0.000 NA   NA
 11667611 5471397   trd_0029     FALSE NA 1481.000 0.000 NA   NA
 11810003 5471397   trd_0029     FALSE NA 1481.000 0.000 NA   NA
 11525249 5471397   trd_0029     FALSE NA 1511.000 0.000 NA   NA
 11667612 5471397   trd_0029     FALSE NA 1511.000 0.000 NA   NA
 11810004 5471397   trd_0029     FALSE NA 1511.000 0.000 NA   NA
 11525250 5471397   trd_0029     FALSE NA 1547.000 0.000 NA   NA
 11667613 5471397   trd_0029     FALSE NA 1547.000 0.000 NA   NA
 11810005 5471397   trd_0029     FALSE NA 1547.000 0.000 NA   NA
 11525251 5471397   trd_0029     FALSE NA 1577.000 0.000 NA   NA
 11667614 5471397   trd_0029     FALSE NA 1577.000 0.000 NA   NA
 11810006 5471397   trd_0029     FALSE NA 1577.000 0.000 NA   NA
 11525252 5471397   trd_0029     FALSE NA 1613.000 0.000 NA   NA
 11667615 5471397   trd_0029     FALSE NA 1613.000 0.000 NA   NA
 11810007 5471397   trd_0029     FALSE NA 1613.000 0.000 NA   NA
 11525253 5471397   trd_0029     FALSE NA 1643.000 0.000 NA   NA
 11667616 5471397   trd_0029     FALSE NA 1643.000 0.000 NA   NA
 11810008 5471397   trd_0029     FALSE NA 1643.000 0.000 NA   NA
 11525254 5471397   trd_0029     FALSE NA 1679.000 0.000 NA   NA
 11667617 5471397   trd_0029     FALSE NA 1679.000 0.000 NA   NA
 11810009 5471397   trd_0029     FALSE NA 1679.000 0.000 NA   NA
 11525255 5471397   trd_0029     FALSE NA 1709.000 0.000 NA   NA
 11667618 5471397   trd_0029     FALSE NA 1709.000 0.000 NA   NA
 11810010 5471397   trd_0029     FALSE NA 1709.000 0.000 NA   NA
 11525256 5471397   trd_0029     FALSE NA 1745.000 0.000 NA   NA
 11667619 5471397   trd_0029     FALSE NA 1745.000 0.000 NA   NA
 11810011 5471397   trd_0029     FALSE NA 1745.000 0.000 NA   NA
 11525257 5471397   trd_0029     FALSE NA 1775.000 0.000 NA   NA
 11667620 5471397   trd_0029     FALSE NA 1775.000 0.000 NA   NA
 11810012 5471397   trd_0029     FALSE NA 1775.000 0.000 NA   NA
 11525258 5471397   trd_0029     FALSE NA 1811.000 0.000 NA   NA
 11667621 5471397   trd_0029     FALSE NA 1811.000 0.000 NA   NA
 11810013 5471397   trd_0029     FALSE NA 1811.000 0.000 NA   NA
 11525259 5471397   trd_0029     FALSE NA 1841.000 0.000 NA   NA
 11667622 5471397   trd_0029     FALSE NA 1841.000 0.000 NA   NA
 11810014 5471397   trd_0029     FALSE NA 1841.000 0.000 NA   NA
 11525260 5471397   trd_0029     FALSE NA 1876.000 0.000 NA   NA
 11667623 5471397   trd_0029     FALSE NA 1876.000 0.000 NA   NA
 11810015 5471397   trd_0029     FALSE NA 1876.000 0.000 NA   NA
 11525261 5471397   trd_0029     FALSE NA 1906.000 0.000 NA   NA
 11667624 5471397   trd_0029     FALSE NA 1906.000 0.000 NA   NA
 11810016 5471397   trd_0029     FALSE NA 1906.000 0.000 NA   NA
 11525262 5471397   trd_0029     FALSE NA 1944.000 0.000 NA   NA
 11667625 5471397   trd_0029     FALSE NA 1944.000 0.000 NA   NA
 11810017 5471397   trd_0029     FALSE NA 1944.000 0.000 NA   NA
 11525263 5471397   trd_0029     FALSE NA 1974.000 0.000 NA   NA
 11667626 5471397   trd_0029     FALSE NA 1974.000 0.000 NA   NA
 11810018 5471397   trd_0029     FALSE NA 1974.000 0.000 NA   NA
 11525264 5471397   trd_0029     FALSE NA 2011.000 0.000 NA   NA
 11667627 5471397   trd_0029     FALSE NA 2011.000 0.000 NA   NA
 11810019 5471397   trd_0029     FALSE NA 2011.000 0.000 NA   NA
 11525265 5471397   trd_0029     FALSE NA 2041.000 0.000 NA   NA
 11667628 5471397   trd_0029     FALSE NA 2041.000 0.000 NA   NA
 11810020 5471397   trd_0029     FALSE NA 2041.000 0.000 NA   NA
 11525266 5471397   trd_0029     FALSE NA 2076.000 0.000 NA   NA
 11667629 5471397   trd_0029     FALSE NA 2076.000 0.000 NA   NA
 11810021 5471397   trd_0029     FALSE NA 2076.000 0.000 NA   NA
 11525267 5471397   trd_0029     FALSE NA 2106.000 0.000 NA   NA
 11667630 5471397   trd_0029     FALSE NA 2106.000 0.000 NA   NA
 11810022 5471397   trd_0029     FALSE NA 2106.000 0.000 NA   NA
 11525268 5471397   trd_0029     FALSE NA 2141.000 0.000 NA   NA
 11667631 5471397   trd_0029     FALSE NA 2141.000 0.000 NA   NA
 11810023 5471397   trd_0029     FALSE NA 2141.000 0.000 NA   NA
 11525269 5471397   trd_0029     FALSE NA 2171.000 0.000 NA   NA
 11667632 5471397   trd_0029     FALSE NA 2171.000 0.000 NA   NA
 11810024 5471397   trd_0029     FALSE NA 2171.000 0.000 NA   NA
 11525270 5471397   trd_0029     FALSE NA 2207.000 0.000 NA   NA
 11667633 5471397   trd_0029     FALSE NA 2207.000 0.000 NA   NA
 11810025 5471397   trd_0029     FALSE NA 2207.000 0.000 NA   NA
 11525271 5471397   trd_0029     FALSE NA 2237.000 0.000 NA   NA
 11667634 5471397   trd_0029     FALSE NA 2237.000 0.000 NA   NA
 11810026 5471397   trd_0029     FALSE NA 2237.000 0.000 NA   NA
 11525272 5471397   trd_0029     FALSE NA 2275.000 0.000 NA   NA
 11667635 5471397   trd_0029     FALSE NA 2275.000 0.000 NA   NA
 11810027 5471397   trd_0029     FALSE NA 2275.000 0.000 NA   NA
 11525273 5471397   trd_0029     FALSE NA 2305.000 0.000 NA   NA
 11667636 5471397   trd_0029     FALSE NA 2305.000 0.000 NA   NA
 11810028 5471397   trd_0029     FALSE NA 2305.000 0.000 NA   NA
 11525274 5471397   trd_0029     FALSE NA 2340.000 0.000 NA   NA
 11667637 5471397   trd_0029     FALSE NA 2340.000 0.000 NA   NA
 11810029 5471397   trd_0029     FALSE NA 2340.000 0.000 NA   NA
 11525275 5471397   trd_0029     FALSE NA 2370.000 0.000 NA   NA
 11667638 5471397   trd_0029     FALSE NA 2370.000 0.000 NA   NA
 11810030 5471397   trd_0029     FALSE NA 2370.000 0.000 NA   NA
 11525276 5471397   trd_0029     FALSE NA 2407.000 0.000 NA   NA
 11667639 5471397   trd_0029     FALSE NA 2407.000 0.000 NA   NA
 11810031 5471397   trd_0029     FALSE NA 2407.000 0.000 NA   NA
 11525277 5471397   trd_0029     FALSE NA 2437.000 0.000 NA   NA
 11667640 5471397   trd_0029     FALSE NA 2437.000 0.000 NA   NA
 11810032 5471397   trd_0029     FALSE NA 2437.000 0.000 NA   NA
 11525278 5471397   trd_0029     FALSE NA 2474.000 0.000 NA   NA
 11667641 5471397   trd_0029     FALSE NA 2474.000 0.000 NA   NA
 11810033 5471397   trd_0029     FALSE NA 2474.000 0.000 NA   NA
 11525279 5471397   trd_0029     FALSE NA 2504.000 0.000 NA   NA
 11667642 5471397   trd_0029     FALSE NA 2504.000 0.000 NA   NA
 11810034 5471397   trd_0029     FALSE NA 2504.000 0.000 NA   NA
 11525280 5471397   trd_0029     FALSE NA 2540.000 0.000 NA   NA
 11667643 5471397   trd_0029     FALSE NA 2540.000 0.000 NA   NA
 11810035 5471397   trd_0029     FALSE NA 2540.000 0.000 NA   NA
 11525281 5471397   trd_0029     FALSE NA 2570.000 0.000 NA   NA
 11667644 5471397   trd_0029     FALSE NA 2570.000 0.000 NA   NA
 11810036 5471397   trd_0029     FALSE NA 2570.000 0.000 NA   NA
 11525282 5471397   trd_0029     FALSE NA 2606.000 0.000 NA   NA
 11667645 5471397   trd_0029     FALSE NA 2606.000 0.000 NA   NA
 11810037 5471397   trd_0029     FALSE NA 2606.000 0.000 NA   NA
 11525283 5471397   trd_0029     FALSE NA 2636.000 0.000 NA   NA
 11667646 5471397   trd_0029     FALSE NA 2636.000 0.000 NA   NA
 11810038 5471397   trd_0029     FALSE NA 2636.000 0.000 NA   NA
 11525284 5471397   trd_0029     FALSE NA 2673.000 0.000 NA   NA
 11667647 5471397   trd_0029     FALSE NA 2673.000 0.000 NA   NA
 11810039 5471397   trd_0029     FALSE NA 2673.000 0.000 NA   NA
 11525285 5471397   trd_0029     FALSE NA 2703.000 0.000 NA   NA
 11667648 5471397   trd_0029     FALSE NA 2703.000 0.000 NA   NA
 11810040 5471397   trd_0029     FALSE NA 2703.000 0.000 NA   NA
 11525286 5471397   trd_0029     FALSE NA 2740.000 0.000 NA   NA
 11667649 5471397   trd_0029     FALSE NA 2740.000 0.000 NA   NA
 11810041 5471397   trd_0029     FALSE NA 2740.000 0.000 NA   NA
 11525287 5471397   trd_0029     FALSE NA 2770.000 0.000 NA   NA
 11667650 5471397   trd_0029     FALSE NA 2770.000 0.000 NA   NA
 11810042 5471397   trd_0029     FALSE NA 2770.000 0.000 NA   NA
 11525288 5471397   trd_0029     FALSE NA 2805.000 0.000 NA   NA
 11667651 5471397   trd_0029     FALSE NA 2805.000 0.000 NA   NA
 11810043 5471397   trd_0029     FALSE NA 2805.000 0.000 NA   NA
 11525289 5471397   trd_0029     FALSE NA 2835.000 0.000 NA   NA
 11667652 5471397   trd_0029     FALSE NA 2835.000 0.000 NA   NA
 11810044 5471397   trd_0029     FALSE NA 2835.000 0.000 NA   NA
 11525290 5471397   trd_0029     FALSE NA 2873.000 0.000 NA   NA
 11667653 5471397   trd_0029     FALSE NA 2873.000 0.000 NA   NA
 11810045 5471397   trd_0029     FALSE NA 2873.000 0.000 NA   NA
 11525291 5471397   trd_0029     FALSE NA 2903.000 0.000 NA   NA
 11667654 5471397   trd_0029     FALSE NA 2903.000 0.000 NA   NA
 11810046 5471397   trd_0029     FALSE NA 2903.000 0.000 NA   NA
 11525292 5471397   trd_0029     FALSE NA 2939.000 0.000 NA   NA
 11667655 5471397   trd_0029     FALSE NA 2939.000 0.000 NA   NA
 11810047 5471397   trd_0029     FALSE NA 2939.000 0.000 NA   NA
 11525293 5471397   trd_0029     FALSE NA 2969.000 0.000 NA   NA
 11667656 5471397   trd_0029     FALSE NA 2969.000 0.000 NA   NA
 11810048 5471397   trd_0029     FALSE NA 2969.000 0.000 NA   NA
 11525294 5471397   trd_0029     FALSE NA 3006.000 0.000 NA   NA
 11667657 5471397   trd_0029     FALSE NA 3006.000 0.000 NA   NA
 11810049 5471397   trd_0029     FALSE NA 3006.000 0.000 NA   NA
 11525295 5471397   trd_0029     FALSE NA 3036.000 0.000 NA   NA
 11667658 5471397   trd_0029     FALSE NA 3036.000 0.000 NA   NA
 11810050 5471397   trd_0029     FALSE NA 3036.000 0.000 NA   NA
 11525296 5471397   trd_0029     FALSE NA 3071.000 0.000 NA   NA
 11667659 5471397   trd_0029     FALSE NA 3071.000 0.000 NA   NA
 11810051 5471397   trd_0029     FALSE NA 3071.000 0.000 NA   NA
 11525297 5471397   trd_0029     FALSE NA 3101.000 0.000 NA   NA
 11667660 5471397   trd_0029     FALSE NA 3101.000 0.000 NA   NA
 11810052 5471397   trd_0029     FALSE NA 3101.000 0.000 NA   NA
 11525298 5471397   trd_0029     FALSE NA 3137.000 0.000 NA   NA
 11667661 5471397   trd_0029     FALSE NA 3137.000 0.000 NA   NA
 11810053 5471397   trd_0029     FALSE NA 3137.000 0.000 NA   NA
 11525299 5471397   trd_0029     FALSE NA 3167.000 0.000 NA   NA
 11667662 5471397   trd_0029     FALSE NA 3167.000 0.000 NA   NA
 11810054 5471397   trd_0029     FALSE NA 3167.000 0.000 NA   NA
 11525300 5471397   trd_0029     FALSE NA 3203.000 0.000 NA   NA
 11667663 5471397   trd_0029     FALSE NA 3203.000 0.000 NA   NA
 11810055 5471397   trd_0029     FALSE NA 3203.000 0.000 NA   NA
 11525301 5471397   trd_0029     FALSE NA 3233.000 0.000 NA   NA
 11667664 5471397   trd_0029     FALSE NA 3233.000 0.000 NA   NA
 11810056 5471397   trd_0029     FALSE NA 3233.000 0.000 NA   NA
 11525302 5471397   trd_0029     FALSE NA 3268.000 0.000 NA   NA
 11667665 5471397   trd_0029     FALSE NA 3268.000 0.000 NA   NA
 11810057 5471397   trd_0029     FALSE NA 3268.000 0.000 NA   NA
 11525303 5471397   trd_0029     FALSE NA 3298.000 0.000 NA   NA
 11667666 5471397   trd_0029     FALSE NA 3298.000 0.000 NA   NA
 11810058 5471397   trd_0029     FALSE NA 3298.000 0.000 NA   NA
 11525304 5471397   trd_0029     FALSE NA 3334.000 0.000 NA   NA
 11667667 5471397   trd_0029     FALSE NA 3334.000 0.000 NA   NA
 11810059 5471397   trd_0029     FALSE NA 3334.000 0.000 NA   NA
 11525305 5471397   trd_0029     FALSE NA 3364.000 0.000 NA   NA
 11667668 5471397   trd_0029     FALSE NA 3364.000 0.000 NA   NA
 11810060 5471397   trd_0029     FALSE NA 3364.000 0.000 NA   NA
 11525306 5471397   trd_0029     FALSE NA 3399.000 0.000 NA   NA
 11667669 5471397   trd_0029     FALSE NA 3399.000 0.000 NA   NA
 11810061 5471397   trd_0029     FALSE NA 3399.000 0.000 NA   NA
 11525307 5471397   trd_0029     FALSE NA 3429.000 0.000 NA   NA
 11667670 5471397   trd_0029     FALSE NA 3429.000 0.000 NA   NA
 11810062 5471397   trd_0029     FALSE NA 3429.000 0.000 NA   NA
 11525308 5471397   trd_0029     FALSE NA 3465.000 0.000 NA   NA
 11667671 5471397   trd_0029     FALSE NA 3465.000 0.000 NA   NA
 11810063 5471397   trd_0029     FALSE NA 3465.000 0.000 NA   NA
 11525309 5471397   trd_0029     FALSE NA 3495.000 0.000 NA   NA
 11667672 5471397   trd_0029     FALSE NA 3495.000 0.000 NA   NA
 11810064 5471397   trd_0029     FALSE NA 3495.000 0.000 NA   NA
 11525310 5471397   trd_0029     FALSE NA 3531.000 0.000 NA   NA
 11667673 5471397   trd_0029     FALSE NA 3531.000 0.000 NA   NA
 11810065 5471397   trd_0029     FALSE NA 3531.000 0.000 NA   NA
 11525311 5471397   trd_0029     FALSE NA 3561.000 0.000 NA   NA
 11667674 5471397   trd_0029     FALSE NA 3561.000 0.000 NA   NA
 11810066 5471397   trd_0029     FALSE NA 3561.000 0.000 NA   NA
 11525312 5471397   trd_0029     FALSE NA 3597.000 0.000 NA   NA
 11667675 5471397   trd_0029     FALSE NA 3597.000 0.000 NA   NA
 11810067 5471397   trd_0029     FALSE NA 3597.000 0.000 NA   NA
 11525313 5471397   trd_0029     FALSE NA 3627.000 0.000 NA   NA
 11667676 5471397   trd_0029     FALSE NA 3627.000 0.000 NA   NA
 11810068 5471397   trd_0029     FALSE NA 3627.000 0.000 NA   NA
 11525314 5471397   trd_0029     FALSE NA 3662.000 0.000 NA   NA
 11667677 5471397   trd_0029     FALSE NA 3662.000 0.000 NA   NA
 11810069 5471397   trd_0029     FALSE NA 3662.000 0.000 NA   NA
 11525315 5471397   trd_0029     FALSE NA 3692.000 0.000 NA   NA
 11667678 5471397   trd_0029     FALSE NA 3692.000 0.000 NA   NA
 11810070 5471397   trd_0029     FALSE NA 3692.000 0.000 NA   NA
 11525316 5471397   trd_0029     FALSE NA 3729.000 0.000 NA   NA
 11667679 5471397   trd_0029     FALSE NA 3729.000 0.000 NA   NA
 11810071 5471397   trd_0029     FALSE NA 3729.000 0.000 NA   NA
 11525317 5471397   trd_0029     FALSE NA 3759.000 0.000 NA   NA
 11667680 5471397   trd_0029     FALSE NA 3759.000 0.000 NA   NA
 11810072 5471397   trd_0029     FALSE NA 3759.000 0.000 NA   NA
 11525318 5471397   trd_0029     FALSE NA 3794.000 0.000 NA   NA
 11667681 5471397   trd_0029     FALSE NA 3794.000 0.000 NA   NA
 11810073 5471397   trd_0029     FALSE NA 3794.000 0.000 NA   NA
 11525319 5471397   trd_0029     FALSE NA 3824.000 0.000 NA   NA
 11667682 5471397   trd_0029     FALSE NA 3824.000 0.000 NA   NA
 11810074 5471397   trd_0029     FALSE NA 3824.000 0.000 NA   NA
 11525320 5471397   trd_0029     FALSE NA 3860.000 0.000 NA   NA
 11667683 5471397   trd_0029     FALSE NA 3860.000 0.000 NA   NA
 11810075 5471397   trd_0029     FALSE NA 3860.000 0.000 NA   NA
 11525321 5471397   trd_0029     FALSE NA 3890.000 0.000 NA   NA
 11667684 5471397   trd_0029     FALSE NA 3890.000 0.000 NA   NA
 11810076 5471397   trd_0029     FALSE NA 3890.000 0.000 NA   NA
 11525322 5471397   trd_0029     FALSE NA 3926.000 0.000 NA   NA
 11667685 5471397   trd_0029     FALSE NA 3926.000 0.000 NA   NA
 11810077 5471397   trd_0029     FALSE NA 3926.000 0.000 NA   NA
 11525323 5471397   trd_0029     FALSE NA 3956.000 0.000 NA   NA
 11667686 5471397   trd_0029     FALSE NA 3956.000 0.000 NA   NA
 11810078 5471397   trd_0029     FALSE NA 3956.000 0.000 NA   NA
 11525324 5471397   trd_0029     FALSE NA 3992.000 0.000 NA   NA
 11667687 5471397   trd_0029     FALSE NA 3992.000 0.000 NA   NA
 11810079 5471397   trd_0029     FALSE NA 3992.000 0.000 NA   NA
 11525325 5471397   trd_0029     FALSE NA 4022.000 0.000 NA   NA
 11667688 5471397   trd_0029     FALSE NA 4022.000 0.000 NA   NA
 11810080 5471397   trd_0029     FALSE NA 4022.000 0.000 NA   NA
 11525326 5471397   trd_0029     FALSE NA 4058.000 0.000 NA   NA
 11667689 5471397   trd_0029     FALSE NA 4058.000 0.000 NA   NA
 11810081 5471397   trd_0029     FALSE NA 4058.000 0.000 NA   NA
 11525327 5471397   trd_0029     FALSE NA 4088.000 0.000 NA   NA
 11667690 5471397   trd_0029     FALSE NA 4088.000 0.000 NA   NA
 11810082 5471397   trd_0029     FALSE NA 4088.000 0.000 NA   NA
 11525328 5471397   trd_0029     FALSE NA 4123.000 0.000 NA   NA
 11667691 5471397   trd_0029     FALSE NA 4123.000 0.000 NA   NA
 11810083 5471397   trd_0029     FALSE NA 4123.000 0.000 NA   NA
 11525329 5471397   trd_0029     FALSE NA 4153.000 0.000 NA   NA
 11667692 5471397   trd_0029     FALSE NA 4153.000 0.000 NA   NA
 11810084 5471397   trd_0029     FALSE NA 4153.000 0.000 NA   NA
 11525330 5471397   trd_0029     FALSE NA 4189.000 0.000 NA   NA
 11667693 5471397   trd_0029     FALSE NA 4189.000 0.000 NA   NA
 11810085 5471397   trd_0029     FALSE NA 4189.000 0.000 NA   NA
 11525331 5471397   trd_0029     FALSE NA 4219.000 0.000 NA   NA
 11667694 5471397   trd_0029     FALSE NA 4219.000 0.000 NA   NA
 11810086 5471397   trd_0029     FALSE NA 4219.000 0.000 NA   NA
 11525332 5471397   trd_0029     FALSE NA 4255.000 0.000 NA   NA
 11667695 5471397   trd_0029     FALSE NA 4255.000 0.000 NA   NA
 11810087 5471397   trd_0029     FALSE NA 4255.000 0.000 NA   NA
 11525333 5471397   trd_0029     FALSE NA 4285.000 0.000 NA   NA
 11667696 5471397   trd_0029     FALSE NA 4285.000 0.000 NA   NA
 11810088 5471397   trd_0029     FALSE NA 4285.000 0.000 NA   NA
 11525334 5471397   trd_0029     FALSE NA 4323.000 0.000 NA   NA
 11667697 5471397   trd_0029     FALSE NA 4323.000 0.000 NA   NA
 11810089 5471397   trd_0029     FALSE NA 4323.000 0.000 NA   NA
 11525335 5471397   trd_0029     FALSE NA 4353.000 0.000 NA   NA
 11667698 5471397   trd_0029     FALSE NA 4353.000 0.000 NA   NA
 11810090 5471397   trd_0029     FALSE NA 4353.000 0.000 NA   NA
 11525336 5471397   trd_0029     FALSE NA 4388.000 0.000 NA   NA
 11667699 5471397   trd_0029     FALSE NA 4388.000 0.000 NA   NA
 11810091 5471397   trd_0029     FALSE NA 4388.000 0.000 NA   NA
 11525337 5471397   trd_0029     FALSE NA 4418.000 0.000 NA   NA
 11667700 5471397   trd_0029     FALSE NA 4418.000 0.000 NA   NA
 11810092 5471397   trd_0029     FALSE NA 4418.000 0.000 NA   NA
 11525338 5471397   trd_0029     FALSE NA 4454.000 0.000 NA   NA
 11667701 5471397   trd_0029     FALSE NA 4454.000 0.000 NA   NA
 11810093 5471397   trd_0029     FALSE NA 4454.000 0.000 NA   NA
 11525339 5471397   trd_0029     FALSE NA 4484.000 0.000 NA   NA
 11667702 5471397   trd_0029     FALSE NA 4484.000 0.000 NA   NA
 11810094 5471397   trd_0029     FALSE NA 4484.000 0.000 NA   NA
 11525340 5471397   trd_0029     FALSE NA 4521.000 0.000 NA   NA
 11667703 5471397   trd_0029     FALSE NA 4521.000 0.000 NA   NA
 11810095 5471397   trd_0029     FALSE NA 4521.000 0.000 NA   NA
 11525341 5471397   trd_0029     FALSE NA 4551.000 0.000 NA   NA
 11667704 5471397   trd_0029     FALSE NA 4551.000 0.000 NA   NA
 11810096 5471397   trd_0029     FALSE NA 4551.000 0.000 NA   NA
 11525342 5471397   trd_0029     FALSE NA 4588.000 0.000 NA   NA
 11667705 5471397   trd_0029     FALSE NA 4588.000 0.000 NA   NA
 11810097 5471397   trd_0029     FALSE NA 4588.000 0.000 NA   NA
 11525343 5471397   trd_0029     FALSE NA 4618.000 0.000 NA   NA
 11667706 5471397   trd_0029     FALSE NA 4618.000 0.000 NA   NA
 11810098 5471397   trd_0029     FALSE NA 4618.000 0.000 NA   NA
 11525344 5471397   trd_0029     FALSE NA 4657.000 0.000 NA   NA
 11667707 5471397   trd_0029     FALSE NA 4657.000 0.000 NA   NA
 11810099 5471397   trd_0029     FALSE NA 4657.000 0.000 NA   NA
 11525345 5471397   trd_0029     FALSE NA 4687.000 0.000 NA   NA
 11667708 5471397   trd_0029     FALSE NA 4687.000 0.000 NA   NA
 11810100 5471397   trd_0029     FALSE NA 4687.000 0.000 NA   NA
 11525346 5471397   trd_0029     FALSE NA 4724.000 0.000 NA   NA
 11667709 5471397   trd_0029     FALSE NA 4724.000 0.000 NA   NA
 11810101 5471397   trd_0029     FALSE NA 4724.000 0.000 NA   NA
 11525347 5471397   trd_0029     FALSE NA 4754.000 0.000 NA   NA
 11667710 5471397   trd_0029     FALSE NA 4754.000 0.000 NA   NA
 11810102 5471397   trd_0029     FALSE NA 4754.000 0.000 NA   NA
 11525348 5471397   trd_0029     FALSE NA 4790.000 0.000 NA   NA
 11667711 5471397   trd_0029     FALSE NA 4790.000 0.000 NA   NA
 11810103 5471397   trd_0029     FALSE NA 4790.000 0.000 NA   NA
 11525349 5471397   trd_0029     FALSE NA 4820.000 0.000 NA   NA
 11667712 5471397   trd_0029     FALSE NA 4820.000 0.000 NA   NA
 11810104 5471397   trd_0029     FALSE NA 4820.000 0.000 NA   NA
 11525350 5471397   trd_0029     FALSE NA 4857.000 0.000 NA   NA
 11667713 5471397   trd_0029     FALSE NA 4857.000 0.000 NA   NA
 11810105 5471397   trd_0029     FALSE NA 4857.000 0.000 NA   NA
 11525351 5471397   trd_0029     FALSE NA 4887.000 0.000 NA   NA
 11667714 5471397   trd_0029     FALSE NA 4887.000 0.000 NA   NA
 11810106 5471397   trd_0029     FALSE NA 4887.000 0.000 NA   NA
 11525352 5471397   trd_0029     FALSE NA 4924.000 0.000 NA   NA
 11667715 5471397   trd_0029     FALSE NA 4924.000 0.000 NA   NA
 11810107 5471397   trd_0029     FALSE NA 4924.000 0.000 NA   NA
 11525353 5471397   trd_0029     FALSE NA 4954.000 0.000 NA   NA
 11667716 5471397   trd_0029     FALSE NA 4954.000 0.000 NA   NA
 11810108 5471397   trd_0029     FALSE NA 4954.000 0.000 NA   NA
 11525354 5471397   trd_0029     FALSE NA 4990.000 0.000 NA   NA
 11667717 5471397   trd_0029     FALSE NA 4990.000 0.000 NA   NA
 11810109 5471397   trd_0029     FALSE NA 4990.000 0.000 NA   NA
 11525355 5471397   trd_0029     FALSE NA 5020.000 0.000 NA   NA
 11667718 5471397   trd_0029     FALSE NA 5020.000 0.000 NA   NA
 11810110 5471397   trd_0029     FALSE NA 5020.000 0.000 NA   NA
 11525356 5471397   trd_0029     FALSE NA 5056.000 0.000 NA   NA
 11667719 5471397   trd_0029     FALSE NA 5056.000 0.000 NA   NA
 11810111 5471397   trd_0029     FALSE NA 5056.000 0.000 NA   NA
 11525357 5471397   trd_0029     FALSE NA 5086.000 0.000 NA   NA
 11667720 5471397   trd_0029     FALSE NA 5086.000 0.000 NA   NA
 11810112 5471397   trd_0029     FALSE NA 5086.000 0.000 NA   NA
 11525358 5471397   trd_0029     FALSE NA 5123.000 0.000 NA   NA
 11667721 5471397   trd_0029     FALSE NA 5123.000 0.000 NA   NA
 11810113 5471397   trd_0029     FALSE NA 5123.000 0.000 NA   NA
 11525359 5471397   trd_0029     FALSE NA 5153.000 0.000 NA   NA
 11667722 5471397   trd_0029     FALSE NA 5153.000 0.000 NA   NA
 11810114 5471397   trd_0029     FALSE NA 5153.000 0.000 NA   NA
 11525360 5471397   trd_0029     FALSE NA 5189.000 0.000 NA   NA
 11667723 5471397   trd_0029     FALSE NA 5189.000 0.000 NA   NA
 11810115 5471397   trd_0029     FALSE NA 5189.000 0.000 NA   NA
 11525361 5471397   trd_0029     FALSE NA 5219.000 0.000 NA   NA
 11667724 5471397   trd_0029     FALSE NA 5219.000 0.000 NA   NA
 11810116 5471397   trd_0029     FALSE NA 5219.000 0.000 NA   NA
 11525362 5471397   trd_0029     FALSE NA 5255.000 0.000 NA   NA
 11667725 5471397   trd_0029     FALSE NA 5255.000 0.000 NA   NA
 11810117 5471397   trd_0029     FALSE NA 5255.000 0.000 NA   NA
 11525363 5471397   trd_0029     FALSE NA 5285.000 0.000 NA   NA
 11667726 5471397   trd_0029     FALSE NA 5285.000 0.000 NA   NA
 11810118 5471397   trd_0029     FALSE NA 5285.000 0.000 NA   NA
 11525364 5471397   trd_0029     FALSE NA 5319.000 0.000 NA   NA
 11667727 5471397   trd_0029     FALSE NA 5319.000 0.000 NA   NA
 11810119 5471397   trd_0029     FALSE NA 5319.000 0.000 NA   NA
 11525365 5471397   trd_0029     FALSE NA 5349.000 0.000 NA   NA
 11667728 5471397   trd_0029     FALSE NA 5349.000 0.000 NA   NA
 11810120 5471397   trd_0029     FALSE NA 5349.000 0.000 NA   NA
 11525366 5471397   trd_0029     FALSE NA 5385.000 0.000 NA   NA
 11667729 5471397   trd_0029     FALSE NA 5385.000 0.000 NA   NA
 11810121 5471397   trd_0029     FALSE NA 5385.000 0.000 NA   NA
 5471398 5471399 trd_0031 trd_0032     TRUE 0.949 5.000 0.005 1.000 N NA
 5471399 5471400 trd_0032 trd_0033     TRUE 0.878 42.000 0.020 1.000   NA
 5471400 5471401 trd_0033 trd_0035     TRUE 0.949 7.000 0.005 1.000   NA
 5471405 5471406 trd_0038 trd_0039     FALSE 0.013 279.000 0.000 NA   NA
 5471406 5471407 trd_0039 trd_0040     TRUE 0.763 2.000 0.000 1.000   NA
 5471407 5471408 trd_0040 trd_0041     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5471408 5471409 trd_0041 trd_0042     TRUE 0.965 34.000 0.333 1.000 N NA
 5471409 5471410 trd_0042 trd_0043     TRUE 0.990 19.000 0.074 0.013 Y NA
 5471410 5471411 trd_0043 trd_0044     TRUE 0.994 -3.000 0.029 0.010 Y NA
 5471411 5471412 trd_0044 trd_0045     FALSE 0.285 65.000 0.000 1.000   NA
 5471412 5471413 trd_0045 trd_0046     FALSE 0.018 232.000 0.000 NA   NA
 5471414 5471415 trd_0047 trd_0048     FALSE 0.077 154.000 0.000 1.000   NA
 5471416 5471417 trd_0049 trd_0050     FALSE 0.300 33.000 0.000 NA   NA
 5471417 5471418 trd_0050 trd_0051     FALSE 0.440 -28.000 0.000 NA   NA
 5471418 5471419 trd_0051 trd_0052     FALSE 0.004 642.000 0.000 NA   NA
 5471420 5471421 trd_0053 trd_0054     FALSE 0.051 134.000 0.000 NA   NA
 5471422 5471423 trd_0055 trd_0056 mraZ mraW TRUE 0.981 20.000 0.635 NA   NA
 5471423 5471424 trd_0056 trd_0057 mraW   TRUE 0.929 -10.000 0.003 1.000   NA
 5471424 5471425 trd_0057 trd_0058     TRUE 0.972 -3.000 0.020 1.000   NA
 5471425 5471426 trd_0058 trd_0059     TRUE 0.990 -3.000 0.052 1.000 Y NA
 5471426 5471427 trd_0059 trd_0060   mraY TRUE 0.992 -3.000 0.007 0.005 Y NA
 5471427 5471428 trd_0060 trd_0061 mraY murD TRUE 0.997 16.000 0.647 0.005 Y NA
 5471428 5471429 trd_0061 trd_0062 murD ftsW TRUE 0.982 0.000 0.003 0.003 N NA
 5471429 5471430 trd_0062 trd_0063 ftsW murC TRUE 0.979 -3.000 0.002 0.003 N NA
 5471430 5471431 trd_0063 trd_0064 murC murB TRUE 0.994 -22.000 0.136 0.005 Y NA
 5471431 5471432 trd_0064 trd_0065 murB   TRUE 0.993 4.000 0.020 0.005 Y NA
 5471432 5471433 trd_0065 trd_0066     TRUE 0.981 -3.000 0.013 NA Y NA
 5471433 5471434 trd_0066 trd_0067     FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5471434 5471435 trd_0067 trd_0068   ftsZ TRUE 0.576 6.000 0.000 NA   NA
 5471435 5471436 trd_0068 trd_0069 ftsZ nrdR TRUE 0.910 19.000 0.013 NA N NA
 5471436 5471437 trd_0069 trd_0070 nrdR   TRUE 0.856 -42.000 0.003 NA   NA
 5471439 5471440 trd_0072 trd_0073     TRUE 0.535 24.000 0.000 1.000   NA
 5471442 5471443 trd_0075 trd_0076     FALSE 0.023 204.000 0.000 NA   NA
 5471443 5471444 trd_0076 trd_0077     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5471447 5471448 trd_0079 trd_0081     FALSE 0.357 50.000 0.000 1.000 N NA
 5471448 5471449 trd_0081 trd_0082     FALSE 0.011 503.000 0.000 1.000 N NA
 5471449 5471450 trd_0082 trd_0083     FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5471451 5471452 trd_0084 trd_0086 recG   FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5471453 5471454 trd_0085 trd_0087     TRUE 0.721 7.000 0.000 1.000   NA
 5471454 5471455 trd_0087 trd_0088     TRUE 0.944 -12.000 0.000 0.019 Y NA
 5471457 5471458 trd_0090 trd_0091   prfA TRUE 0.985 9.000 0.040 1.000 Y NA
 5471458 5471459 trd_0091 trd_0092 prfA   TRUE 0.921 -3.000 0.002 NA   NA
 5471459 5471460 trd_0092 trd_0093     TRUE 0.945 -3.000 0.005 NA   NA
 5471461 5471462 trd_0094 trd_0095     FALSE 0.214 52.000 0.000 NA   NA
 5471462 5471463 trd_0095 trd_0096     TRUE 0.931 13.000 0.006 1.000 N NA
 5471463 5471464 trd_0096 trd_0097   coaD TRUE 0.947 -3.000 0.002 1.000 N NA
 5471464 5471465 trd_0097 trd_0098 coaD   TRUE 0.947 5.000 0.008 NA   NA
 5471466 5471467 trd_0099 trd_0100     TRUE 0.624 1.000 0.000 NA   NA
 5471467 5471468 trd_0100 trd_0101     FALSE 0.390 22.000 0.000 NA   NA
 5471469 5471470 trd_0102 trd_0103 trpE   TRUE 0.996 -3.000 0.032 0.001 Y NA
 5471470 5471471 trd_0103 trd_0104   trpD TRUE 0.984 -3.000 0.010 1.000 Y NA
 5471471 5471472 trd_0104 trd_0105 trpD trpC TRUE 0.994 -3.000 0.216 1.000 Y NA
 5471472 5471473 trd_0105 trd_0106 trpC trpF TRUE 0.991 -15.000 0.264 1.000 Y NA
 5471473 5471474 trd_0106 trd_0107 trpF trpB TRUE 0.992 -3.000 0.003 0.001 Y NA
 5471474 5471475 trd_0107 trd_0108 trpB trpA TRUE 0.994 0.000 0.011 0.001 Y NA
 5471475 5471476 trd_0108 trd_0109 trpA aroH TRUE 0.974 7.000 0.004 1.000 Y NA
 5471476 5471477 trd_0109 trd_0110 aroH aroF TRUE 0.989 -3.000 0.042 1.000 Y NA
 5471477 5471478 trd_0110 trd_0112 aroF   TRUE 0.966 9.000 0.002 1.000 Y NA
 5471479 5471480 trd_0111 trd_0113 rimM   TRUE 0.979 -37.000 0.324 1.000   NA
 5471480 5471481 trd_0113 trd_0114   rpsP TRUE 0.985 13.000 0.385 1.000   NA
 5471481 5471482 trd_0114 trd_0115 rpsP   FALSE 0.006 475.000 0.000 NA   NA
 5471482 5471483 trd_0115 trd_0116     FALSE 0.008 367.000 0.000 NA   NA
 5471483 5471484 trd_0116 trd_0117     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5471484 5471485 trd_0117 trd_0118     TRUE 0.593 18.000 0.000 1.000   NA
 5471485 5471486 trd_0118 trd_0119     FALSE 0.014 404.000 0.000 1.000   NA
 5471486 5471487 trd_0119 trd_0120     TRUE 0.716 39.000 0.000 1.000 Y NA
 5471487 5471488 trd_0120 trd_0121     TRUE 0.619 47.000 0.000 0.050 N NA
 5471488 5471489 trd_0121 trd_0122     FALSE 0.110 89.000 0.000 NA   NA
 5471489 5471490 trd_0122 trd_0123     FALSE 0.038 158.000 0.000 NA   NA
 5471490 5471491 trd_0123 trd_0124     FALSE 0.272 39.000 0.000 NA   NA
 5471492 5471493 trd_0125 trd_0126     FALSE 0.012 307.000 0.000 NA   NA
 5471496 5471497 trd_0129 trd_0130     FALSE 0.342 53.000 0.000 1.000   NA
 5471497 5471498 trd_0130 trd_0131     FALSE 0.268 40.000 0.000 NA   NA
 5471498 5471499 trd_0131 trd_0132     TRUE 0.991 0.000 0.541 NA   NA
 5471499 5471500 trd_0132 trd_0133     TRUE 0.763 2.000 0.000 1.000   NA
 5471500 5471501 trd_0133 trd_0134     TRUE 0.990 -3.000 0.433 NA   NA
 5471501 5471502 trd_0134 trd_0135     FALSE 0.083 105.000 0.000 NA   NA
 5471502 5471503 trd_0135 trd_0136     TRUE 0.788 52.000 0.000 0.044 Y NA
 5471503 5471504 trd_0136 trd_0137     TRUE 0.957 2.000 0.000 0.044 Y NA
 5471504 5471505 trd_0137 trd_0138     FALSE 0.004 608.000 0.000 NA   NA
 5471505 5471506 trd_0138 trd_0139     FALSE 0.089 101.000 0.000 NA   NA
 5471506 5471507 trd_0139 trd_0140     FALSE 0.056 127.000 0.000 NA   NA
 5471507 5471508 trd_0140 trd_0141     TRUE 0.885 10.000 0.000 0.017   NA
 5471508 5471509 trd_0141 trd_0142     FALSE 0.030 253.000 0.000 1.000   NA
 5471509 5471510 trd_0142 trd_0143     TRUE 0.976 17.000 0.222 1.000 N NA
 5471510 5471511 trd_0143 trd_0144     TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.002 Y NA
 5471511 5471512 trd_0144 trd_0145     TRUE 0.990 -7.000 0.750 NA   NA
 5471512 5471513 trd_0145 trd_0146     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471513 5471514 trd_0146 trd_0147     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471514 5471515 trd_0147 trd_0148     TRUE 0.993 5.000 0.171 1.000 Y NA
 5471515 5471516 trd_0148 trd_0149     TRUE 0.997 16.000 0.800 0.013 Y NA
 5471516 5471517 trd_0149 trd_0150     TRUE 0.994 -3.000 0.207 1.000 Y NA
 5471517 5471518 trd_0150 trd_0151     TRUE 0.979 13.000 0.200 1.000   NA
 5471518 5471519 trd_0151 trd_0152     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5471519 5471520 trd_0152 trd_0153     FALSE 0.204 54.000 0.000 NA   NA
 5471520 5471521 trd_0153 trd_0154     TRUE 0.996 11.000 0.567 0.001   NA
 5471521 5471522 trd_0154 trd_0155     TRUE 0.999 -3.000 0.526 0.001 Y NA
 5471522 5471523 trd_0155 trd_0156     TRUE 0.758 3.000 0.000 1.000   NA
 5471523 5471524 trd_0156 trd_0157     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5471524 5471525 trd_0157 trd_0158     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5471525 5471526 trd_0158 trd_0159     FALSE 0.390 22.000 0.000 NA   NA
 5471526 5471527 trd_0159 trd_0160     FALSE 0.417 19.000 0.000 NA   NA
 5471527 5471528 trd_0160 trd_0161     FALSE 0.013 281.000 0.000 NA   NA
 5471530 5471531 trd_0163 trd_0164     FALSE 0.337 54.000 0.000 1.000   NA
 5471532 5471533 trd_0165 trd_0166   argH TRUE 0.939 -3.000 0.003 NA   NA
 5471533 5471534 trd_0166 trd_0167 argH argA TRUE 0.945 -3.000 0.002 1.000   NA
 5471534 5471535 trd_0167 trd_0168 argA lipA TRUE 0.769 0.000 0.000 1.000   NA
 5471535 5471536 trd_0168 trd_0170 lipA lipB TRUE 0.998 6.000 0.319 0.001 Y NA
 5471538 5471539 trd_0171 trd_0172   thiL TRUE 0.951 -3.000 0.003 1.000 N NA
 5471539 5471540 trd_0172 trd_0173 thiL   FALSE 0.315 57.000 0.000 1.000 N NA
 5471540 5471541 trd_0173 trd_0174     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471541 5471542 trd_0174 trd_0175     TRUE 0.849 -37.000 0.002 NA   NA
 5471542 5471543 trd_0175 trd_0176     TRUE 0.973 -22.000 0.127 1.000   NA
 5471543 5471544 trd_0176 trd_0177     TRUE 0.983 -3.000 0.090 1.000   NA
 5471544 5471545 trd_0177 trd_0178     TRUE 0.935 4.000 0.002 1.000 N NA
 5471545 5471546 trd_0178 trd_0179     TRUE 0.619 -3.000 0.000 NA N NA
 5471546 5471547 trd_0179 trd_0180   hisH TRUE 0.961 15.000 0.100 NA N NA
 5471547 5471548 trd_0180 trd_0181 hisH hisA TRUE 0.969 -3.000 0.000 0.004 Y NA
 5471548 5471549 trd_0181 trd_0182 hisA   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471549 5471550 trd_0182 trd_0183   hisF TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5471550 5471551 trd_0183 trd_0184 hisF   FALSE 0.018 226.000 0.000 NA N NA
 5471552 5471553 trd_0185 trd_0186     FALSE 0.027 190.000 0.000 NA   NA
 5471553 5471554 trd_0186 trd_0187     FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5471554 5471555 trd_0187 trd_0188   recA TRUE 0.615 45.000 0.000 0.095 N NA
 5471555 5471556 trd_0188 trd_0189 recA   FALSE 0.494 86.000 0.002 NA   NA
 5471556 5471557 trd_0189 trd_0190     TRUE 0.974 -3.000 0.054 NA   NA
 5471557 5471558 trd_0190 trd_0191     TRUE 0.993 -3.000 0.541 1.000   NA
 5471558 5471559 trd_0191 trd_0192     TRUE 0.983 -3.000 0.138 NA   NA
 5471559 5471560 trd_0192 trd_0193     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471560 5471561 trd_0193 trd_0194     FALSE 0.008 688.000 0.000 1.000   NA
 5471561 5471562 trd_0194 trd_0195     FALSE 0.086 140.000 0.000 1.000 N NA
 5471562 5471563 trd_0195 trd_0196   recO TRUE 0.588 -37.000 0.000 1.000 N NA
 5471563 5471564 trd_0196 trd_0197 recO   TRUE 0.946 -3.000 0.002 1.000 N NA
 5471566 5471567 trd_0198 trd_0200     FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5471567 5471568 trd_0200 trd_0201   tmk TRUE 0.954 -3.000 0.008 NA   NA
 5471568 5471569 trd_0201 trd_0202 tmk   TRUE 0.971 -3.000 0.018 1.000   NA
 5471569 5471570 trd_0202 trd_0203     TRUE 0.761 59.000 0.012 NA   NA
 5471570 5471571 trd_0203 trd_0204   recR TRUE 0.774 31.000 0.002 NA   NA
 5471571 5471572 trd_0204 trd_0205 recR   TRUE 0.598 80.000 0.002 1.000 N NA
 5471572 5471573 trd_0205 trd_0206     FALSE 0.357 50.000 0.000 1.000 N NA
 5471573 5471574 trd_0206 trd_0207     TRUE 0.920 -163.000 0.000 0.005 Y NA
 5471574 5471575 trd_0207 trd_0208     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471577 5471578 trd_0209 trd_0211 pyrE   TRUE 0.932 -24.000 0.008 1.000 N NA
 5471578 5471579 trd_0211 trd_0212   carB TRUE 0.962 10.000 0.024 1.000 N NA
 5471579 5471580 trd_0212 trd_0213 carB carA TRUE 0.998 3.000 0.250 0.001 Y NA
 5471580 5471581 trd_0213 trd_0214 carA   TRUE 0.960 -91.000 0.009 1.000 Y NA
 5471581 5471582 trd_0214 trd_0215   maf FALSE 0.007 406.000 0.000 NA N NA
 5471582 5471583 trd_0215 trd_0216 maf rumA TRUE 0.951 -3.000 0.007 NA N NA
 5471584 5471585 trd_0217 trd_0218   speE TRUE 0.980 -7.000 0.017 1.000 Y NA
 5471586 5471587 trd_0219 trd_0220     FALSE 0.137 111.000 0.000 1.000   NA
 5471587 5471588 trd_0220 trd_0221     TRUE 0.988 -7.000 0.133 0.072 N NA
 5471589 5471590 trd_0222 trd_0223     FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5471591 5471592 trd_0224 trd_0225     TRUE 0.546 23.000 0.000 1.000   NA
 5471592 5471593 trd_0225 trd_0226   trmD TRUE 0.664 -13.000 0.000 1.000   NA
 5471593 5471594 trd_0226 trd_0227 trmD   TRUE 0.698 57.000 0.002 1.000   NA
 5471594 5471595 trd_0227 trd_0228     FALSE 0.028 189.000 0.000 NA   NA
 5471596 5471597 trd_0229 trd_0230 rfbB   TRUE 0.982 -3.000 0.065 1.000   NA
 5471597 5471598 trd_0230 trd_0231     FALSE 0.201 55.000 0.000 NA   NA
 5471598 5471599 trd_0231 trd_0232     FALSE 0.521 -10.000 0.000 NA   NA
 5471599 5471600 trd_0232 trd_0233     FALSE 0.495 27.000 0.000 1.000 N NA
 5471600 5471601 trd_0233 trd_0234   aroC TRUE 0.725 6.000 0.000 1.000 N NA
 5471602 5471603 trd_0235 trd_0236 aroA   TRUE 0.908 11.000 0.002 1.000 N NA
 5471603 5471604 trd_0236 trd_0237     TRUE 0.554 22.000 0.000 1.000 N NA
 5471605 5471606 trd_0238 trd_0239 smpB   FALSE 0.028 185.000 0.000 NA   NA
 5471607 5471608 trd_0240 trd_0241     FALSE 0.135 78.000 0.000 NA   NA
 5471608 5471609 trd_0241 trd_0242     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471609 5471610 trd_0242 trd_0243     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5471610 5471611 trd_0243 trd_0244     FALSE 0.091 100.000 0.000 NA   NA
 5471611 5471612 trd_0244 trd_0245     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471612 5471613 trd_0245 trd_0246     TRUE 0.608 -28.000 0.000 1.000   NA
 5471613 5471614 trd_0246 trd_0247     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471614 5471615 trd_0247 trd_0248     FALSE 0.466 14.000 0.000 NA   NA
 5471615 5471616 trd_0248 trd_0249     TRUE 0.574 20.000 0.000 1.000 N NA
 5471616 5471617 trd_0249 trd_0250     TRUE 0.996 11.000 0.425 0.043 Y NA
 5471617 5471618 trd_0250 trd_0251     TRUE 0.992 23.000 0.250 0.043 Y NA
 5471618 5471619 trd_0251 trd_0252     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5471621 5471622 trd_0254 trd_0255     FALSE 0.004 616.000 0.000 NA   NA
 5471622 5471623 trd_0255 trd_0256     TRUE 0.567 7.000 0.000 NA   NA
 5471626 5471627 trd_0259 trd_0260     FALSE 0.009 356.000 0.000 NA   NA
 5471627 5471628 trd_0260 trd_0261     TRUE 0.992 10.000 0.027 0.010 Y NA
 5471628 5471629 trd_0261 trd_0262     TRUE 0.982 22.000 0.027 0.041 Y NA
 5471629 5471630 trd_0262 trd_0263     FALSE 0.419 40.000 0.000 1.000   NA
 5471630 5471631 trd_0263 trd_0264     TRUE 0.758 3.000 0.000 1.000   NA
 5471632 5471633 trd_0265 trd_0266     TRUE 0.903 17.000 0.008 NA   NA
 5471634 5471635 trd_0267 trd_0268     TRUE 0.771 100.000 0.077 1.000 N NA
 5471637 5471638 trd_0270 trd_0271     FALSE 0.048 137.000 0.000 NA   NA
 5471638 5471639 trd_0271 trd_0272     FALSE 0.250 44.000 0.000 NA   NA
 5471639 5471640 trd_0272 trd_0273     TRUE 0.990 7.000 0.095 1.000 Y NA
 5471640 5471641 trd_0273 trd_0274     TRUE 0.544 9.000 0.000 NA   NA
 5471641 5471642 trd_0274 trd_0275     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5471642 5471643 trd_0275 trd_0276     FALSE 0.137 77.000 0.000 NA   NA
 5471644 5471645 trd_0277 trd_0278     FALSE 0.152 70.000 0.000 NA   NA
 5471647 5471648 trd_0280 trd_0281     TRUE 0.769 0.000 0.000 1.000   NA
 5471648 5471649 trd_0281 trd_0282     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5471654 5471655 trd_0287 trd_0288     FALSE 0.237 46.000 0.000 NA   NA
 5471655 5471656 trd_0288 trd_0289     FALSE 0.388 -213.000 0.000 NA   NA
 5471658 5471659 trd_0291 trd_0292     FALSE 0.112 88.000 0.000 NA   NA
 5471660 5471661 trd_0293 trd_0294     FALSE 0.139 76.000 0.000 NA   NA
 5471661 5471662 trd_0294 trd_0295     FALSE 0.120 83.000 0.000 NA   NA
 5471662 5471663 trd_0295 trd_0296     FALSE 0.447 -26.000 0.000 NA   NA
 5471663 5471664 trd_0296 trd_0297     FALSE 0.013 285.000 0.000 NA   NA
 5471664 5471665 trd_0297 trd_0298     TRUE 0.906 18.000 0.000 0.070 Y NA
 5471665 5471666 trd_0298 trd_0299     FALSE 0.008 386.000 0.000 NA   NA
 5471666 5471667 trd_0299 trd_0300     FALSE 0.461 -22.000 0.000 NA   NA
 5471667 5471668 trd_0300 trd_0301     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5471668 5471669 trd_0301 trd_0302     FALSE 0.196 56.000 0.000 NA   NA
 5471669 5471670 trd_0302 trd_0303     TRUE 0.928 12.000 0.000 0.070 Y NA
 5471671 5471672 trd_0304 trd_0305     FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 5471672 5471673 trd_0305 trd_0306   ppdK TRUE 0.817 67.000 0.005 0.093 N NA
 5471673 5471674 trd_0306 trd_0307 ppdK   FALSE 0.016 238.000 0.000 NA N NA
 5471675 5471676 trd_0308 trd_0309     FALSE 0.031 247.000 0.000 1.000 N NA
 5471678 5471679 trd_0310 trd_0312     FALSE 0.059 124.000 0.000 NA   NA
 5471680 5471681 trd_0313 trd_0314     FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5471681 5471682 trd_0314 trd_0315     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5471682 5471683 trd_0315 trd_0316     FALSE 0.037 161.000 0.000 NA   NA
 5471683 5471684 trd_0316 trd_0317     FALSE 0.027 675.000 0.000 1.000 Y NA
 5471684 5471685 trd_0317 trd_0318     TRUE 0.996 -3.000 0.393 1.000 Y NA
 5471685 5471686 trd_0318 trd_0319     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471687 5471688 trd_0320 trd_0321     FALSE 0.008 370.000 0.000 NA   NA
 5471688 5471689 trd_0321 trd_0322     FALSE 0.052 132.000 0.000 NA   NA
 5471689 5471690 trd_0322 trd_0323     TRUE 0.674 157.000 0.200 1.000   NA
 5471690 5471691 trd_0323 trd_0324     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5471691 5471692 trd_0324 trd_0325     FALSE 0.161 67.000 0.000 NA   NA
 5471692 5471693 trd_0325 trd_0326     FALSE 0.257 42.000 0.000 NA   NA
 5471693 5471694 trd_0326 trd_0327     FALSE 0.476 -18.000 0.000 NA   NA
 5471696 5471697 trd_0329 trd_0330     TRUE 0.899 13.000 0.004 NA   NA
 5471697 5471698 trd_0330 trd_0331   nadB TRUE 0.999 2.000 0.604 0.002 Y NA
 5471698 5471699 trd_0331 trd_0332 nadB   TRUE 0.999 4.000 0.705 0.002 Y NA
 5471699 5471700 trd_0332 trd_0333     TRUE 0.994 19.000 0.157 0.001 Y NA
 5471701 5471702 trd_0334 trd_0335     TRUE 0.880 27.000 0.006 1.000 N NA
 5471702 5471703 trd_0335 trd_0336   glpX TRUE 0.928 -19.000 0.006 1.000 N NA
 5471703 5471704 trd_0336 trd_0337 glpX rho FALSE 0.020 325.000 0.000 1.000 N NA
 5471704 5471705 trd_0337 trd_0338 rho   FALSE 0.268 40.000 0.000 NA   NA
 5471707 5471708 trd_0340 trd_0342     TRUE 0.897 24.000 0.017 NA   NA
 5471709 5471710 trd_0341 trd_0343   prmA TRUE 0.965 -3.000 0.021 NA   NA
 5471710 5471711 trd_0343 trd_0344 prmA   TRUE 0.973 5.000 0.003 1.000 Y NA
 5471711 5471712 trd_0344 trd_0345     FALSE 0.032 175.000 0.000 NA   NA
 5471713 5471714 trd_0346 trd_0347   coaBC TRUE 0.860 -22.000 0.002 NA   NA
 5471714 5471715 trd_0347 trd_0348 coaBC   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471715 5471716 trd_0348 trd_0349     FALSE 0.054 129.000 0.000 NA   NA
 5471716 5471717 trd_0349 trd_0350     FALSE 0.226 49.000 0.000 NA   NA
 5471717 5471718 trd_0350 trd_0351     TRUE 0.967 -3.000 0.026 NA N NA
 5471719 5471720 trd_0352 trd_0353     TRUE 0.920 11.000 0.006 NA   NA
 5471721 5471722 trd_0354 trd_0355 miaB   TRUE 0.525 25.000 0.000 1.000   NA
 5471723 5471724 trd_0356 trd_0357     TRUE 0.803 42.000 0.007 NA   NA
 5471724 5471725 trd_0357 trd_0358   ggt FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5471725 5471726 trd_0358 trd_0359 ggt   TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5471727 5471728 trd_0360 trd_0361     FALSE 0.012 291.000 0.000 NA   NA
 5471730 5471731 trd_0363 trd_0364     FALSE 0.062 121.000 0.000 NA   NA
 5471731 5471732 trd_0364 trd_0365     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5471735 5471736 trd_0368 trd_0369 metX   FALSE 0.035 231.000 0.000 1.000   NA
 5471736 5471737 trd_0369 trd_0370     TRUE 0.986 1.000 0.125 1.000   NA
 5471737 5471738 trd_0370 trd_0371     FALSE 0.248 74.000 0.000 1.000   NA
 5471740 5471741 trd_0373 trd_0374     FALSE 0.099 131.000 0.000 1.000 N NA
 5471743 5471744 trd_0376 trd_0377     TRUE 0.984 -3.000 0.152 NA   NA
 5471744 5471745 trd_0377 trd_0378     TRUE 0.971 23.000 0.249 1.000 N NA
 5471745 5471746 trd_0378 trd_0379   sufD TRUE 0.983 -3.000 0.081 1.000 N NA
 5471746 5471747 trd_0379 trd_0380 sufD sufB TRUE 0.986 56.000 0.266 0.002 Y NA
 5471747 5471748 trd_0380 trd_0381 sufB sufC TRUE 0.986 30.000 0.466 1.000 Y NA
 5471748 5471749 trd_0381 trd_0382 sufC   TRUE 0.654 73.000 0.003 1.000 N NA
 5471751 5471752 trd_0383 trd_0385     FALSE 0.175 63.000 0.000 NA   NA
 5471752 5471753 trd_0385 trd_0386     TRUE 0.622 15.000 0.000 1.000   NA
 5471753 5471754 trd_0386 trd_0387     TRUE 0.832 43.000 0.006 1.000   NA
 5471754 5471755 trd_0387 trd_0388     TRUE 0.808 25.000 0.000 0.006   NA
 5471757 5471758 trd_0390 trd_0391     TRUE 0.766 0.000 0.000 1.000 N NA
 5471758 5471759 trd_0391 trd_0392     FALSE 0.317 187.000 0.000 0.018 Y NA
 5471760 5471761 trd_0393 trd_0394     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5471761 5471762 trd_0394 trd_0395     TRUE 0.986 60.000 0.636 0.042 Y NA
 5471762 5471763 trd_0395 trd_0396     TRUE 0.997 14.000 1.000 0.042 Y NA
 5471765 5471766 trd_0398 trd_0399 thiD thiG TRUE 0.986 -7.000 0.003 0.005 Y NA
 5471766 5471767 trd_0399 trd_0400 thiG thiE TRUE 0.949 11.000 0.000 0.005 Y NA
 5471767 5471768 trd_0400 trd_0401 thiE thiE TRUE 0.992 4.000 0.006 0.001 Y NA
 5471768 5471769 trd_0401 trd_0402 thiE thiS TRUE 0.987 -3.000 0.020 1.000 Y NA
 5471770 5471771 trd_0403 trd_0404     TRUE 0.736 5.000 0.000 1.000   NA
 5471772 5471773 trd_0405 trd_0406 secA   FALSE 0.056 311.000 0.000 0.070 N NA
 5471774 5471775 trd_0407 trd_0408     FALSE 0.152 70.000 0.000 NA   NA
 5471775 5471776 trd_0408 trd_0409     TRUE 0.972 3.000 0.045 NA   NA
 5471776 5471777 trd_0409 trd_0410     TRUE 0.978 12.000 0.250 NA   NA
 5471777 5471778 trd_0410 trd_0411     FALSE 0.229 48.000 0.000 NA   NA
 5471778 5471779 trd_0411 trd_0412     FALSE 0.012 307.000 0.000 NA   NA
 5471779 5471780 trd_0412 trd_0413   dapB FALSE 0.065 116.000 0.000 NA N NA
 5471780 5471781 trd_0413 trd_0414 dapB dapA TRUE 0.919 0.000 0.000 1.000 Y NA
 5471783 5471784 trd_0415 trd_0417     FALSE 0.074 111.000 0.000 NA   NA
 5471784 5471785 trd_0417 trd_0418     FALSE 0.417 19.000 0.000 NA   NA
 5471785 5471786 trd_0418 trd_0419     FALSE 0.123 82.000 0.000 NA   NA
 5471787 5471788 trd_0420 trd_0422   selA FALSE 0.219 51.000 0.000 NA   NA
 5471789 5471790 trd_0421 trd_0423     TRUE 0.976 5.000 0.056 1.000 N NA
 5471790 5471791 trd_0423 trd_0424     FALSE 0.099 131.000 0.000 1.000 N NA
 5471792 5471793 trd_0425 trd_0426     FALSE 0.413 -42.000 0.000 NA   NA
 5471793 5471794 trd_0426 trd_0427   uvrC TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471794 5471795 trd_0427 trd_0428 uvrC   TRUE 0.937 -3.000 0.003 NA N NA
 5471795 5471796 trd_0428 trd_0429     FALSE 0.113 86.000 0.000 NA N NA
 5471796 5471797 trd_0429 trd_0430     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471797 5471798 trd_0430 trd_0431     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471798 5471799 trd_0431 trd_0432     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5471799 5471800 trd_0432 trd_0433   rph TRUE 0.947 -3.000 0.002 1.000 N NA
 5471801 5471802 trd_0434 trd_0435 hisB hisC TRUE 0.994 24.000 0.341 0.004 Y NA
 5471803 5471804 trd_0436 trd_0437     TRUE 0.763 1.000 0.000 1.000 N NA
 5471804 5471805 trd_0437 trd_0438   cmk TRUE 0.946 -76.000 0.042 1.000 N NA
 5471805 5471806 trd_0438 trd_0439 cmk   TRUE 0.895 -43.000 0.004 1.000 N NA
 5471808 5471809 trd_0441 trd_0442     FALSE 0.282 65.000 0.000 1.000 N NA
 5471809 5471810 trd_0442 trd_0443     TRUE 0.901 51.000 0.010 0.039 N NA
 5471810 5471811 trd_0443 trd_0444     TRUE 0.637 63.000 0.003 NA   NA
 5471811 5471812 trd_0444 trd_0445     TRUE 0.906 18.000 0.009 NA   NA
 5471812 5471813 trd_0445 trd_0446     FALSE 0.201 55.000 0.000 NA   NA
 5471815 5471816 trd_0448 trd_0449   aroF FALSE 0.017 356.000 0.000 1.000 N NA
 5471819 5471820 trd_0451 trd_0453     TRUE 0.585 5.000 0.000 NA   NA
 5471820 5471821 trd_0453 trd_0454     FALSE 0.440 -28.000 0.000 NA   NA
 5471822 5471823 trd_0455 trd_0456     FALSE 0.106 92.000 0.000 NA   NA
 5471823 5471824 trd_0456 trd_0458     FALSE 0.257 42.000 0.000 NA   NA
 5471825 5471826 trd_0457 trd_0459     FALSE 0.160 102.000 0.000 1.000   NA
 5471827 5471828 trd_0460 trd_0461 recN   FALSE 0.182 61.000 0.000 NA   NA
 5471828 5471829 trd_0461 trd_0462     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5471830 5471831 trd_0463 trd_0464     FALSE 0.017 357.000 0.000 1.000   NA
 5471831 5471832 trd_0464 trd_0465     TRUE 0.958 24.000 0.182 NA   NA
 5471832 5471833 trd_0465 trd_0466     TRUE 0.967 34.000 0.545 NA   NA
 5471833 5471834 trd_0466 trd_0467     TRUE 0.851 46.000 0.028 NA   NA
 5471834 5471835 trd_0467 trd_0468     TRUE 0.895 30.000 0.028 NA   NA
 5471835 5471836 trd_0468 trd_0469     TRUE 0.981 37.000 0.500 NA Y NA
 5471836 5471837 trd_0469 trd_0470     TRUE 0.911 41.000 0.051 1.000   NA
 5471837 5471838 trd_0470 trd_0471     TRUE 0.801 59.000 0.026 NA   NA
 5471840 5471841 trd_0473 trd_0474     FALSE 0.029 184.000 0.000 NA   NA
 5471841 5471842 trd_0474 trd_0475     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5471843 5471844 trd_0476 trd_0477     TRUE 0.996 -3.000 0.049 0.001 Y NA
 5471844 5471845 trd_0477 trd_0478   rpiA TRUE 0.977 3.000 0.003 1.000 Y NA
 5471845 5471846 trd_0478 trd_0480 rpiA   FALSE 0.025 288.000 0.000 1.000   NA
 5471848 5471849 trd_0481 trd_0482     FALSE 0.026 192.000 0.000 NA   NA
 5471849 5471850 trd_0482 trd_0483     TRUE 0.998 -3.000 0.829 0.001   NA
 5471850 5471851 trd_0483 trd_0484     TRUE 0.997 -3.000 0.321 0.001   NA
 5471853 5471854 trd_0486 trd_0487     FALSE 0.135 78.000 0.000 NA   NA
 5471854 5471855 trd_0487 trd_0488     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5471855 5471856 trd_0488 trd_0489     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5471856 5471857 trd_0489 trd_0490     FALSE 0.009 343.000 0.000 NA   NA
 5471857 5471858 trd_0490 trd_0491     TRUE 0.957 -3.000 0.010 NA   NA
 5471859 5471860 trd_0492 trd_0493     FALSE 0.036 229.000 0.000 1.000   NA
 5471862 5471863 trd_0495 trd_0496 aceB   TRUE 0.787 109.000 0.020 1.000 Y NA
 5471865 5471866 trd_0498 trd_0499     FALSE 0.390 22.000 0.000 NA   NA
 5471867 5471868 trd_0500 trd_0501     FALSE 0.409 20.000 0.000 NA   NA
 5471868 5471869 trd_0501 trd_0502   ribD FALSE 0.028 262.000 0.000 1.000 N NA
 5471869 5471870 trd_0502 trd_0503 ribD ribE TRUE 0.996 -3.000 0.456 1.000 Y NA
 5471870 5471871 trd_0503 trd_0504 ribE   TRUE 0.984 -3.000 0.011 1.000 Y NA
 5471871 5471872 trd_0504 trd_0505   ribH TRUE 0.994 -3.000 0.010 0.002 Y NA
 5471872 5471873 trd_0505 trd_0506 ribH   FALSE 0.009 607.000 0.000 1.000 N NA
 5471874 5471875 trd_0507 trd_0508   selB TRUE 0.909 -25.000 0.008 NA   NA
 5471878 5471879 trd_0511 trd_0512     FALSE 0.022 208.000 0.000 NA   NA
 5471879 5471880 trd_0512 trd_0513     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5471880 5471881 trd_0513 trd_0514     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471881 5471882 trd_0514 trd_0515     TRUE 0.961 -10.000 0.051 NA   NA
 5471882 5471883 trd_0515 trd_0517     TRUE 0.969 24.000 0.222 1.000   NA
 5471885 5471886 trd_0518 trd_0519     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5471887 5471888 trd_0520 trd_0521     TRUE 0.985 16.000 0.024 0.041 Y NA
 5471888 5471889 trd_0521 trd_0522     TRUE 0.993 -3.000 0.030 0.041 Y NA
 5471889 5471890 trd_0522 trd_0523     TRUE 0.991 19.000 0.467 1.000 Y NA
 5471890 5471891 trd_0523 trd_0524     TRUE 0.891 2.000 0.000 0.090 N NA
 5471892 5471893 trd_0525 trd_0526     FALSE 0.141 75.000 0.000 NA   NA
 5471893 5471894 trd_0526 trd_0527     FALSE 0.253 72.000 0.000 1.000 N NA
 5471894 5471895 trd_0527 trd_0528     TRUE 0.993 10.000 1.000 1.000 N NA
 5471895 5471896 trd_0528 trd_0529     TRUE 0.846 56.000 0.000 0.001 Y NA
 5471896 5471897 trd_0529 trd_0530     TRUE 0.950 -25.000 0.056 NA   NA
 5471898 5471899 trd_0531 trd_0532   ureB TRUE 0.964 9.000 0.000 0.001 Y NA
 5471899 5471900 trd_0532 trd_0533 ureB ureA TRUE 0.974 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 5471900 5471901 trd_0533 trd_0534 ureA   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471901 5471902 trd_0534 trd_0535     FALSE 0.244 45.000 0.000 NA   NA
 5471903 5471904 trd_0536 trd_0537   rpsU FALSE 0.067 116.000 0.000 NA   NA
 5471904 5471905 trd_0537 trd_0538 rpsU   TRUE 0.760 63.000 0.016 NA   NA
 5471906 5471907 trd_0539 trd_0540     TRUE 0.792 16.000 0.000 NA Y NA
 5471908 5471909 trd_0541 trd_0542     FALSE 0.047 138.000 0.000 NA   NA
 5471909 5471910 trd_0542 trd_0543   argS TRUE 0.899 13.000 0.002 1.000 N NA
 5471911 5471912 trd_0544 trd_0545     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5471914 5471915 trd_0547 trd_0548     TRUE 0.764 22.000 0.000 0.089   NA
 5471915 5471916 trd_0548 trd_0549     FALSE 0.390 22.000 0.000 NA   NA
 5471916 5471917 trd_0549 trd_0550     FALSE 0.004 769.000 0.000 NA   NA
 5471917 5471918 trd_0550 trd_0551     FALSE 0.172 64.000 0.000 NA   NA
 5471918 5471919 trd_0551 trd_0552     FALSE 0.226 49.000 0.000 NA   NA
 5471919 5471920 trd_0552 trd_0553     FALSE 0.014 272.000 0.000 NA   NA
 5471920 5471921 trd_0553 trd_0554     FALSE 0.183 93.000 0.000 1.000 N NA
 5471922 5471923 trd_0555 trd_0556     FALSE 0.440 -28.000 0.000 NA   NA
 5471923 5471924 trd_0556 trd_0557     TRUE 0.978 4.000 0.100 NA   NA
 5471924 5471925 trd_0557 trd_0558     TRUE 0.995 -3.000 0.250 0.004   NA
 5471926 5471927 trd_0559 trd_0560     FALSE 0.020 223.000 0.000 NA   NA
 5471927 5471928 trd_0560 trd_0561   sucB TRUE 0.927 6.000 0.004 NA   NA
 5471928 5471929 trd_0561 trd_0562 sucB sucA TRUE 0.992 21.000 0.667 1.000 Y NA
 5471929 5471930 trd_0562 trd_0563 sucA   TRUE 0.521 76.000 0.000 1.000 Y NA
 5471931 5471932 trd_0564 trd_0565 mgtE   FALSE 0.325 56.000 0.000 1.000   NA
 5471932 5471933 trd_0565 trd_0566     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471933 5471934 trd_0566 trd_0568     FALSE 0.262 41.000 0.000 NA   NA
 5471935 5471936 trd_0567 trd_0569     TRUE 0.729 6.000 0.000 1.000   NA
 5471936 5471937 trd_0569 trd_0570     FALSE 0.010 339.000 0.000 NA   NA
 5471937 5471938 trd_0570 trd_0571   arcC FALSE 0.051 134.000 0.000 NA   NA
 5471938 5471939 trd_0571 trd_0572 arcC   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471939 5471940 trd_0572 trd_0573     TRUE 0.962 23.000 0.206 NA   NA
 5471940 5471941 trd_0573 trd_0575     FALSE 0.218 408.000 0.188 NA   NA
 5471942 5471943 trd_0576 trd_0577     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5471943 5471944 trd_0577 trd_0578     TRUE 0.968 -3.000 0.000 0.005 Y NA
 5471944 5471945 trd_0578 trd_0579     TRUE 0.904 20.000 0.000 0.046 Y NA
 5471945 5471946 trd_0579 trd_0580     FALSE 0.076 110.000 0.000 NA   NA
 5471946 5471947 trd_0580 trd_0581     FALSE 0.208 53.000 0.000 NA   NA
 5471947 5471948 trd_0581 trd_0582     TRUE 0.613 3.000 0.000 NA   NA
 5471949 5471950 trd_0583 trd_0584     FALSE 0.013 289.000 0.000 NA   NA
 5471950 5471951 trd_0584 trd_0585     FALSE 0.066 117.000 0.000 NA   NA
 5471952 5471953 trd_0586 trd_0587     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5471954 5471955 trd_0588 trd_0589     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5471955 5471956 trd_0589 trd_0590     FALSE 0.004 606.000 0.000 NA   NA
 5471956 5471957 trd_0590 trd_0591     FALSE 0.011 310.000 0.000 NA   NA
 5471958 5471959 trd_0592 trd_0594     FALSE 0.179 62.000 0.000 NA   NA
 5471959 5471960 trd_0594 trd_0595   nadC FALSE 0.013 424.000 0.000 1.000 N NA
 5471960 5471961 trd_0595 trd_0596 nadC nadA TRUE 0.994 20.000 0.198 0.003 Y NA
 5471962 5471963 trd_0597 trd_0598     TRUE 0.984 14.000 0.135 NA Y NA
 5471963 5471964 trd_0598 trd_0599     TRUE 0.980 -10.000 0.022 1.000 Y NA
 5471965 5471966 trd_0600 trd_0601     FALSE 0.005 509.000 0.000 NA   NA
 5471967 5471968 trd_0602 trd_0603     FALSE 0.008 386.000 0.000 NA   NA
 5471972 5471973 trd_0606 trd_0608     TRUE 0.968 5.000 0.021 1.000 N NA
 5471975 5471976 trd_0610 trd_0611     FALSE 0.016 243.000 0.000 NA   NA
 5471976 5471977 trd_0611 trd_0612     FALSE 0.276 38.000 0.000 NA   NA
 5471977 5471978 trd_0612 trd_0613   rpe FALSE 0.017 236.000 0.000 NA   NA
 5471979 5471980 trd_0614 trd_0615     FALSE 0.276 38.000 0.000 NA   NA
 5471980 5471981 trd_0615 trd_0616     TRUE 0.980 10.000 0.042 NA Y NA
 5471981 5471982 trd_0616 trd_0617     FALSE 0.021 215.000 0.000 NA   NA
 5471982 5471983 trd_0617 trd_0619     TRUE 0.972 -3.000 0.043 NA   NA
 5471984 5471985 trd_0618 trd_0620     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5471987 5471988 trd_0623 trd_0624   rpsO TRUE 0.783 192.000 0.335 1.000 Y NA
 5471988 5471989 trd_0624 trd_0625 rpsO ilvC FALSE 0.309 144.000 0.002 1.000 N NA
 5471989 5471990 trd_0625 trd_0626 ilvC ilvN TRUE 0.985 46.000 0.130 0.002 Y NA
 5471990 5471991 trd_0626 trd_0627 ilvN ilvB TRUE 0.997 -6.000 0.207 0.002 Y NA
 5471994 5471995 trd_0630 trd_0632     FALSE 0.088 102.000 0.000 NA   NA
 5471996 5471997 trd_0631 trd_0633     FALSE 0.004 664.000 0.000 NA   NA
 5471998 5471999 trd_0634 trd_0635     TRUE 0.979 -3.000 0.050 1.000   NA
 5471999 5472000 trd_0635 trd_0636   ruvA TRUE 0.946 -3.000 0.002 1.000   NA
 5472001 5472002 trd_0637 trd_0638 hisD hisG TRUE 0.992 -3.000 0.007 0.004 Y NA
 5472002 5472003 trd_0638 trd_0639 hisG   TRUE 0.951 5.000 0.005 1.000 N NA
 5472003 5472004 trd_0639 trd_0640   pheT TRUE 0.955 -3.000 0.000 0.088 Y NA
 5472004 5472005 trd_0640 trd_0641 pheT pheS TRUE 0.995 33.000 0.574 0.001 Y NA
 5472009 5472010 trd_0645 trd_0646 purK purE TRUE 0.996 12.000 0.136 0.001 Y NA
 5472010 5472011 trd_0646 trd_0647 purE   TRUE 0.886 16.000 0.002 1.000 N NA
 5472011 5472012 trd_0647 trd_0648     FALSE 0.146 106.000 0.000 1.000 N NA
 5472012 5472013 trd_0648 trd_0649   secF TRUE 0.946 11.000 0.009 1.000 N NA
 5472013 5472014 trd_0649 trd_0650 secF secD TRUE 0.998 13.000 0.516 0.001 Y NA
 5472014 5472015 trd_0650 trd_0651 secD nadD FALSE 0.393 44.000 0.000 1.000 N NA
 5472015 5472016 trd_0651 trd_0652 nadD gyrA FALSE 0.007 876.000 0.000 1.000 N NA
 5472016 5472017 trd_0652 trd_0653 gyrA   FALSE 0.094 134.000 0.000 1.000 N NA
 5472017 5472018 trd_0653 trd_0654     TRUE 0.969 -3.000 0.029 NA   NA
 5472018 5472019 trd_0654 trd_0655     TRUE 0.796 56.000 0.019 NA   NA
 5472019 5472020 trd_0655 trd_0656     FALSE 0.095 98.000 0.000 NA   NA
 5472020 5472021 trd_0656 trd_0657     FALSE 0.022 206.000 0.000 NA   NA
 5472021 5472022 trd_0657 trd_0658     TRUE 0.995 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 5472022 5472023 trd_0658 trd_0659     TRUE 0.995 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 5472023 5472024 trd_0659 trd_0660     TRUE 0.985 -3.000 0.013 1.000 Y NA
 5472024 5472025 trd_0660 trd_0661   fabZ TRUE 0.950 4.000 0.004 1.000 N NA
 5472025 5472026 trd_0661 trd_0662 fabZ purA TRUE 0.565 21.000 0.000 1.000 N NA
 5472026 5472027 trd_0662 trd_0663 purA   FALSE 0.253 72.000 0.000 1.000 N NA
 5472027 5472028 trd_0663 trd_0664     FALSE 0.074 111.000 0.000 NA   NA
 5472028 5472029 trd_0664 trd_0665     FALSE 0.045 141.000 0.000 NA   NA
 5472029 5472030 trd_0665 trd_0666   lexA FALSE 0.011 324.000 0.000 NA   NA
 5472031 5472032 trd_0667 trd_0668     FALSE 0.521 -10.000 0.000 NA   NA
 5472032 5472033 trd_0668 trd_0669     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5472035 5472036 trd_0671 trd_0672     TRUE 0.982 -3.000 0.130 NA   NA
 5472036 5472037 trd_0672 trd_0674     FALSE 0.310 31.000 0.000 NA   NA
 5472037 5472038 trd_0674 trd_0675     FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5472038 5472039 trd_0675 trd_0676   tuf FALSE 0.110 89.000 0.000 NA   NA
 5472039 5472040 trd_0676 trd_0677 tuf rpmG TRUE 0.920 40.000 0.006 1.000 Y NA
 5472040 5472041 trd_0677 trd_0678 rpmG   FALSE 0.368 24.000 0.000 NA   NA
 5472041 5472042 trd_0678 trd_0679     FALSE 0.063 119.000 0.000 NA   NA
 5472042 5472043 trd_0679 trd_0680   nusG TRUE 0.995 -3.000 0.843 1.000 N NA
 5472043 5472044 trd_0680 trd_0681 nusG rplK TRUE 0.951 67.000 0.681 1.000 N NA
 5472044 5472045 trd_0681 trd_0682 rplK rplA TRUE 0.992 53.000 0.838 0.022 Y NA
 5472045 5472046 trd_0682 trd_0683 rplA   TRUE 0.905 159.000 0.302 0.022 Y NA
 5472046 5472047 trd_0683 trd_0684   rplL TRUE 0.994 40.000 0.884 0.016 Y NA
 5472047 5472048 trd_0684 trd_0685 rplL   FALSE 0.164 66.000 0.000 NA   NA
 5472048 5472049 trd_0685 trd_0686     FALSE 0.226 49.000 0.000 NA   NA
 5472050 5472051 trd_0687 trd_0688     TRUE 0.991 2.000 0.502 NA   NA
 5472051 5472052 trd_0688 trd_0689     FALSE 0.067 116.000 0.000 NA   NA
 5472052 5472053 trd_0689 trd_0690     FALSE 0.262 70.000 0.000 1.000   NA
 5472053 5472054 trd_0690 trd_0691     FALSE 0.137 77.000 0.000 NA   NA
 5472054 5472055 trd_0691 trd_0692   dnaB TRUE 0.938 14.000 0.023 NA   NA
 5472055 5472056 trd_0692 trd_0693 dnaB rplI TRUE 0.960 14.000 0.048 1.000 N NA
 5472056 5472057 trd_0693 trd_0694 rplI   FALSE 0.161 67.000 0.000 NA   NA
 5472059 5472060 trd_0696 trd_0697   cysS TRUE 0.978 -3.000 0.003 1.000 Y NA
 5472060 5472061 trd_0697 trd_0698 cysS   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472061 5472062 trd_0698 trd_0699     TRUE 0.542 -7.000 0.000 NA   NA
 5472062 5472063 trd_0699 trd_0700     FALSE 0.512 81.000 0.002 NA   NA
 5472064 5472065 trd_0701 trd_0702     TRUE 0.979 0.000 0.089 NA   NA
 5472065 5472066 trd_0702 trd_0703     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5472066 5472067 trd_0703 trd_0704     FALSE 0.398 -85.000 0.000 NA   NA
 5472068 5472069 trd_0705 trd_0706     FALSE 0.042 149.000 0.000 NA   NA
 5472069 5472070 trd_0706 trd_0707     FALSE 0.201 55.000 0.000 NA   NA
 5472070 5472071 trd_0707 trd_0708     TRUE 0.985 79.000 0.667 0.004 Y NA
 5472071 5472072 trd_0708 trd_0709     TRUE 0.908 136.000 0.122 0.004 Y NA
 5472072 5472073 trd_0709 trd_0710     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5472074 5472075 trd_0711 trd_0712 acsA   FALSE 0.512 78.000 0.000 1.000 Y NA
 5472076 5472077 trd_0713 trd_0714   dnaN TRUE 0.955 74.000 0.318 1.000 Y NA
 5472078 5472079 trd_0715 trd_0717     FALSE 0.112 88.000 0.000 NA   NA
 5472080 5472081 trd_0716 trd_0718 queA ruvB TRUE 0.975 -7.000 0.069 1.000 N NA
 5472081 5472082 trd_0718 trd_0719 ruvB   TRUE 0.670 52.000 0.002 NA   NA
 5472082 5472083 trd_0719 trd_0720     FALSE 0.012 296.000 0.000 NA   NA
 5472083 5472084 trd_0720 trd_0721     FALSE 0.172 64.000 0.000 NA   NA
 5472084 5472085 trd_0721 trd_0722     FALSE 0.007 400.000 0.000 NA   NA
 5472085 5472086 trd_0722 trd_0723     FALSE 0.008 376.000 0.000 NA   NA
 5472086 5472087 trd_0723 trd_0724     FALSE 0.060 123.000 0.000 NA   NA
 5472087 5472088 trd_0724 trd_0725     FALSE 0.135 78.000 0.000 NA   NA
 5472089 5472090 trd_0726 trd_0727 alaS   FALSE 0.424 -37.000 0.000 NA   NA
 5472090 5472091 trd_0727 trd_0728     FALSE 0.044 146.000 0.000 NA   NA
 5472091 5472092 trd_0728 trd_0729     TRUE 0.933 -7.000 0.007 NA   NA
 5472092 5472093 trd_0729 trd_0731     FALSE 0.461 -22.000 0.000 NA   NA
 5472096 5472097 trd_0733 trd_0735     TRUE 0.794 81.000 0.043 1.000 N NA
 5472098 5472099 trd_0736 trd_0737     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472099 5472100 trd_0737 trd_0738     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5472101 5472102 trd_0739 trd_0740     TRUE 0.567 67.000 0.000 0.017   NA
 5472102 5472103 trd_0740 trd_0741   rdgB TRUE 0.558 22.000 0.000 1.000   NA
 5472103 5472104 trd_0741 trd_0742 rdgB   TRUE 0.880 16.000 0.002 1.000 N NA
 5472104 5472105 trd_0742 trd_0743   glmS TRUE 0.933 8.000 0.003 1.000 N NA
 5472106 5472107 trd_0744 trd_0745   purB FALSE 0.029 184.000 0.000 NA   NA
 5472107 5472108 trd_0745 trd_0746 purB purC TRUE 0.987 -3.000 0.022 1.000 Y NA
 5472108 5472109 trd_0746 trd_0747 purC purS TRUE 0.990 1.000 0.049 1.000 Y NA
 5472109 5472110 trd_0747 trd_0748 purS purQ TRUE 0.997 19.000 0.656 0.001 Y NA
 5472110 5472111 trd_0748 trd_0749 purQ purL TRUE 0.993 34.000 0.346 0.001 Y NA
 5472111 5472112 trd_0749 trd_0750 purL purF TRUE 0.960 62.000 0.223 1.000 Y NA
 5472112 5472113 trd_0750 trd_0751 purF gcvT FALSE 0.305 165.000 0.003 1.000 N NA
 5472113 5472114 trd_0751 trd_0752 gcvT gcvH TRUE 0.992 22.000 0.103 0.003 Y NA
 5472114 5472115 trd_0752 trd_0753 gcvH   TRUE 0.963 32.000 0.054 1.000 Y NA
 5472115 5472116 trd_0753 trd_0754   engA TRUE 0.567 86.000 0.002 1.000   NA
 5472116 5472117 trd_0754 trd_0755 engA glyA TRUE 0.840 26.000 0.002 1.000   NA
 5472117 5472118 trd_0755 trd_0756 glyA   TRUE 0.969 -3.000 0.013 1.000 N NA
 5472118 5472119 trd_0756 trd_0758     TRUE 0.850 37.000 0.013 NA   NA
 5472120 5472121 trd_0757 trd_0759 ubiB   FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5472122 5472123 trd_0760 trd_0762     TRUE 0.984 -3.000 0.163 NA   NA
 5472124 5472125 trd_0761 trd_0763     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472126 5472127 trd_0764 trd_0765     FALSE 0.044 146.000 0.000 NA   NA
 5472127 5472128 trd_0765 trd_0766     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5472128 5472129 trd_0766 trd_0767     FALSE 0.006 484.000 0.000 NA   NA
 5472130 5472131 trd_0768 trd_0769 tyrS ribF TRUE 0.939 -16.000 0.008 1.000 N NA
 5472131 5472132 trd_0769 trd_0770 ribF   TRUE 0.977 8.000 0.083 1.000 N NA
 5472132 5472133 trd_0770 trd_0771     TRUE 0.979 7.000 0.094 1.000   NA
 5472133 5472134 trd_0771 trd_0772   rbfA TRUE 0.955 32.000 0.173 1.000   NA
 5472134 5472135 trd_0772 trd_0773 rbfA infB TRUE 0.984 41.000 0.530 1.000 Y NA
 5472135 5472136 trd_0773 trd_0774 infB   TRUE 0.984 -3.000 0.171 NA N NA
 5472136 5472137 trd_0774 trd_0775   nusA TRUE 0.994 -3.000 0.323 NA Y NA
 5472138 5472139 trd_0776 trd_0777     FALSE 0.143 74.000 0.000 NA   NA
 5472139 5472140 trd_0777 trd_0778   gap TRUE 0.802 35.000 0.004 NA   NA
 5472140 5472141 trd_0778 trd_0779 gap pgk TRUE 0.983 36.000 0.063 0.004 Y NA
 5472141 5472142 trd_0779 trd_0780 pgk tpiA TRUE 0.987 10.000 0.075 1.000 Y NA
 5472142 5472143 trd_0780 trd_0781 tpiA secG TRUE 0.977 6.000 0.064 1.000   NA
 5472143 5472144 trd_0781 trd_0782 secG   TRUE 0.888 27.000 0.007 1.000   NA
 5472144 5472145 trd_0782 trd_0783     TRUE 0.914 66.000 0.222 1.000   NA
 5472149 5472150 trd_0787 trd_0788   lepB FALSE 0.417 19.000 0.000 NA   NA
 5472150 5472151 trd_0788 trd_0789 lepB   FALSE 0.478 107.000 0.005 NA   NA
 5472151 5472152 trd_0789 trd_0790     TRUE 0.555 8.000 0.000 NA   NA
 5472154 5472155 trd_0792 trd_0793     TRUE 0.990 -16.000 0.029 0.007 Y NA
 5472157 5472158 trd_0795 trd_0796     FALSE 0.026 192.000 0.000 NA   NA
 5472158 5472159 trd_0796 trd_0797     TRUE 0.956 2.000 0.005 1.000 N NA
 5472159 5472160 trd_0797 trd_0798     FALSE 0.219 51.000 0.000 NA   NA
 5472162 5472163 trd_0800 trd_0801   ruvC FALSE 0.510 -12.000 0.000 NA   NA
 5472163 5472164 trd_0801 trd_0802 ruvC   TRUE 0.937 9.000 0.004 1.000 N NA
 5472165 5472166 trd_0803 trd_0804     TRUE 0.960 7.000 0.013 1.000 N NA
 5472166 5472167 trd_0804 trd_0805     TRUE 0.629 14.000 0.000 1.000 N NA
 5472167 5472168 trd_0805 trd_0806     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5472168 5472169 trd_0806 trd_0807   pth FALSE 0.268 40.000 0.000 NA   NA
 5472169 5472170 trd_0807 trd_0808 pth   TRUE 0.859 -121.000 0.002 1.000 N NA
 5472173 5472174 trd_0811 trd_0812 tgt   TRUE 0.985 8.000 0.200 1.000 N NA
 5472174 5472175 trd_0812 trd_0813     TRUE 0.589 18.000 0.000 1.000 N NA
 5472175 5472176 trd_0813 trd_0814   acpS TRUE 0.945 -28.000 0.022 1.000 N NA
 5472176 5472177 trd_0814 trd_0815 acpS   FALSE 0.448 15.000 0.000 NA N NA
 5472177 5472178 trd_0815 trd_0816     FALSE 0.145 72.000 0.000 NA N NA
 5472179 5472180 trd_0817 trd_0818     FALSE 0.071 161.000 0.000 1.000   NA
 5472180 5472181 trd_0818 trd_0819     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5472181 5472182 trd_0819 trd_0820     TRUE 0.842 25.000 0.004 NA   NA
 5472182 5472183 trd_0820 trd_0821     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472183 5472184 trd_0821 trd_0822     FALSE 0.022 210.000 0.000 NA   NA
 5472184 5472185 trd_0822 trd_0823     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472185 5472186 trd_0823 trd_0824   fmt TRUE 0.863 21.000 0.002 1.000 N NA
 5472187 5472188 trd_0825 trd_0826     TRUE 0.983 10.000 0.316 NA   NA
 5472188 5472189 trd_0826 trd_0827   infC FALSE 0.014 276.000 0.000 NA   NA
 5472189 5472190 trd_0827 trd_0828 infC rpmI TRUE 0.996 5.000 0.652 1.000 Y NA
 5472190 5472191 trd_0828 trd_0829 rpmI rplT TRUE 0.997 17.000 0.928 0.016 Y NA
 5472191 5472192 trd_0829 trd_0830 rplT   TRUE 0.993 -3.000 0.013 0.014 Y NA
 5472192 5472193 trd_0830 trd_0831     TRUE 0.659 95.000 0.011 1.000 N NA
 5472194 5472195 trd_0832 trd_0833 gyrB   TRUE 0.948 -3.000 0.006 NA   NA
 5472195 5472196 trd_0833 trd_0834     TRUE 0.959 4.000 0.019 NA   NA
 5472196 5472197 trd_0834 trd_0835     TRUE 0.781 59.000 0.019 NA   NA
 5472197 5472198 trd_0835 trd_0836     TRUE 0.967 4.000 0.017 1.000 N NA
 5472198 5472199 trd_0836 trd_0837   mtaP TRUE 0.953 4.000 0.005 1.000 N NA
 5472200 5472201 trd_0838 trd_0839     TRUE 0.990 -13.000 1.000 NA   NA
 5472201 5472202 trd_0839 trd_0840     TRUE 0.988 16.000 0.333 NA Y NA
 5472202 5472203 trd_0840 trd_0841     TRUE 0.988 2.000 0.333 NA   NA
 5472203 5472204 trd_0841 trd_0842     TRUE 0.945 15.000 0.042 NA   NA
 5472204 5472205 trd_0842 trd_0843     TRUE 0.982 -3.000 0.125 NA   NA
 5472205 5472206 trd_0843 trd_0845     FALSE 0.325 56.000 0.000 1.000   NA
 5472207 5472208 trd_0844 trd_0846     TRUE 0.555 8.000 0.000 NA   NA
 5472210 5472211 trd_0848 trd_0849     FALSE 0.395 -109.000 0.000 NA   NA
 5472212 5472213 trd_0850 trd_0851 mviN lepA TRUE 0.809 31.000 0.002 1.000   NA
 5472213 5472214 trd_0851 trd_0852 lepA   TRUE 0.934 8.000 0.003 1.000   NA
 5472214 5472215 trd_0852 trd_0853   aspS TRUE 0.820 36.000 0.003 1.000   NA
 5472216 5472217 trd_0854 trd_0855     FALSE 0.004 625.000 0.000 NA   NA
 5472218 5472219 trd_0856 trd_0857     TRUE 0.567 7.000 0.000 NA   NA
 5472219 5472220 trd_0857 trd_0858     FALSE 0.409 20.000 0.000 NA   NA
 5472222 5472223 trd_0860 trd_0861     FALSE 0.047 138.000 0.000 NA   NA
 5472223 5472224 trd_0861 trd_0862     FALSE 0.100 94.000 0.000 NA   NA
 5472224 5472225 trd_0862 trd_0863   purM TRUE 0.865 14.000 0.002 NA   NA
 5472225 5472226 trd_0863 trd_0864 purM   TRUE 0.526 68.000 0.000 0.036   NA
 5472226 5472227 trd_0864 trd_0865     FALSE 0.244 45.000 0.000 NA   NA
 5472227 5472228 trd_0865 trd_0867   purH FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5472229 5472230 trd_0866 trd_0868     TRUE 0.983 -7.000 0.297 NA   NA
 5472230 5472231 trd_0868 trd_0869     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472231 5472232 trd_0869 trd_0870     FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5472233 5472234 trd_0871 trd_0872     FALSE 0.214 52.000 0.000 NA   NA
 5472234 5472235 trd_0872 trd_0873     FALSE 0.027 190.000 0.000 NA   NA
 5472235 5472236 trd_0873 trd_0874   lysS TRUE 0.794 80.000 0.042 1.000 N NA
 5472237 5472238 trd_0875 trd_0876     TRUE 0.999 0.000 1.000 0.039 Y NA
 5472238 5472239 trd_0876 trd_0878     TRUE 0.967 121.000 1.000 0.039 Y NA
 5472239 5472240 trd_0878 trd_0879     FALSE 0.356 51.000 0.000 1.000   NA
 5472240 5472241 trd_0879 trd_0880     FALSE 0.401 43.000 0.000 1.000   NA
 5472241 5472242 trd_0880 trd_0881     TRUE 0.855 14.000 0.000 1.000 Y NA
 5472242 5472243 trd_0881 trd_0882     FALSE 0.045 200.000 0.000 1.000 N NA
 5472244 5472245 trd_0883 trd_0885     FALSE 0.219 51.000 0.000 NA   NA
 5472248 5472249 trd_0887 trd_0888     TRUE 0.659 12.000 0.000 1.000   NA
 5472250 5472251 trd_0889 trd_0890     TRUE 0.865 27.000 0.008 NA   NA
 5472252 5472253 trd_0891 trd_0892     FALSE 0.056 127.000 0.000 NA   NA
 5472253 5472254 trd_0892 trd_0893     FALSE 0.005 587.000 0.000 NA   NA
 5472255 5472256 trd_0894 trd_0895     TRUE 0.947 21.000 0.080 NA   NA
 5472258 5472259 trd_0897 trd_0898     FALSE 0.009 361.000 0.000 NA   NA
 5472259 5472260 trd_0898 trd_0899     FALSE 0.013 290.000 0.000 NA   NA
 5472260 5472261 trd_0899 trd_0900   fhs TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5472261 5472262 trd_0900 trd_0901 fhs   FALSE 0.338 53.000 0.000 1.000 N NA
 5472262 5472263 trd_0901 trd_0902     FALSE 0.004 587.000 0.000 NA N NA
 5472263 5472264 trd_0902 trd_0903     FALSE 0.031 178.000 0.000 NA   NA
 5472264 5472265 trd_0903 trd_0904     TRUE 0.979 -3.000 0.094 NA   NA
 5472265 5472266 trd_0904 trd_0905     TRUE 0.974 20.000 0.353 NA   NA
 5472266 5472267 trd_0905 trd_0906     TRUE 0.942 17.000 0.044 NA   NA
 5472267 5472268 trd_0906 trd_0907     FALSE 0.005 519.000 0.000 NA   NA
 5472268 5472269 trd_0907 trd_0908     FALSE 0.018 230.000 0.000 NA   NA
 5472270 5472271 trd_0909 trd_0910     FALSE 0.034 168.000 0.000 NA   NA
 5472272 5472273 trd_0911 trd_0912     FALSE 0.029 257.000 0.000 1.000 N NA
 5472273 5472274 trd_0912 trd_0913     FALSE 0.062 170.000 0.000 1.000 N NA
 5472277 5472278 trd_0916 trd_0917   metK TRUE 0.886 20.000 0.003 1.000 N NA
 5472278 5472279 trd_0917 trd_0918 metK ahcY TRUE 0.986 46.000 0.114 0.001 Y NA
 5472279 5472280 trd_0918 trd_0919 ahcY   TRUE 0.971 -3.000 0.019 1.000 N NA
 5472280 5472281 trd_0919 trd_0920     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5472282 5472283 trd_0921 trd_0923 mdh   TRUE 0.866 29.000 0.005 1.000 N NA
 5472285 5472286 trd_0924 trd_0925     FALSE 0.116 86.000 0.000 NA   NA
 5472286 5472287 trd_0925 trd_0926     FALSE 0.012 297.000 0.000 NA   NA
 5472287 5472288 trd_0926 trd_0927     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5472288 5472289 trd_0927 trd_0928     TRUE 0.987 6.000 0.375 NA   NA
 5472289 5472290 trd_0928 trd_0929     TRUE 0.710 -6.000 0.000 1.000   NA
 5472290 5472291 trd_0929 trd_0930     TRUE 0.987 5.000 0.023 0.004 N NA
 5472291 5472292 trd_0930 trd_0931     TRUE 0.535 24.000 0.000 1.000   NA
 5472292 5472293 trd_0931 trd_0932     FALSE 0.466 14.000 0.000 NA   NA
 5472293 5472294 trd_0932 trd_0933     FALSE 0.012 304.000 0.000 NA   NA
 5472295 5472296 trd_0935 trd_0936     FALSE 0.020 221.000 0.000 NA   NA
 5472296 5472297 trd_0936 trd_0937     FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 5472297 5472298 trd_0937 trd_0938     FALSE 0.066 117.000 0.000 NA   NA
 5472301 5472302 trd_0941 trd_0942     FALSE 0.289 35.000 0.000 NA   NA
 5472303 5472304 trd_0943 trd_0944     TRUE 0.708 8.000 0.000 1.000 N NA
 5472304 5472305 trd_0944 trd_0945   pncB TRUE 0.606 16.000 0.000 1.000 N NA
 5472305 5472306 trd_0945 trd_0946 pncB   FALSE 0.520 25.000 0.000 1.000 N NA
 5472306 5472307 trd_0946 trd_0947     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472310 5472311 trd_0950 trd_0951     TRUE 0.955 -3.000 0.009 NA   NA
 5472311 5472312 trd_0951 trd_0952     TRUE 0.665 78.000 0.009 NA N NA
 5472313 5472314 trd_0953 trd_0954 rpsI rplM TRUE 0.994 28.000 0.601 0.016 Y NA
 5472314 5472315 trd_0954 trd_0955 rplM truA TRUE 0.970 26.000 0.058 1.000 Y NA
 5472315 5472316 trd_0955 trd_0956 truA rplQ TRUE 0.982 20.000 0.102 1.000 Y NA
 5472316 5472317 trd_0956 trd_0957 rplQ rpoA TRUE 0.995 3.000 0.873 1.000 N NA
 5472317 5472318 trd_0957 trd_0958 rpoA rpsD TRUE 0.971 38.000 0.549 1.000 N NA
 5472318 5472319 trd_0958 trd_0959 rpsD rpsK TRUE 0.994 30.000 0.509 0.021 Y NA
 5472319 5472320 trd_0959 trd_0960 rpsK rpsM TRUE 0.995 31.000 0.810 0.016 Y NA
 5472320 5472321 trd_0960 trd_0961 rpsM rpmJ TRUE 0.987 10.000 0.067 0.016   NA
 5472321 5472322 trd_0961 trd_0962 rpmJ infA TRUE 0.959 20.000 0.078 1.000   NA
 5472322 5472323 trd_0962 trd_0963 infA map TRUE 0.834 64.000 0.002 1.000 Y NA
 5472323 5472324 trd_0963 trd_0964 map   TRUE 0.978 -15.000 0.167 1.000 N NA
 5472324 5472325 trd_0964 trd_0965     TRUE 0.952 10.000 0.011 1.000 N NA
 5472325 5472326 trd_0965 trd_0966   rplO TRUE 0.994 0.000 0.730 1.000 N NA
 5472326 5472327 trd_0966 trd_0967 rplO rpmD TRUE 0.997 14.000 0.653 0.003 Y NA
 5472327 5472328 trd_0967 trd_0968 rpmD rpsE TRUE 0.997 -37.000 0.789 0.021 Y NA
 5472328 5472329 trd_0968 trd_0969 rpsE rplR TRUE 0.996 26.000 0.814 0.021 Y NA
 5472329 5472330 trd_0969 trd_0970 rplR   TRUE 0.986 78.000 0.815 0.016 Y NA
 5472330 5472331 trd_0970 trd_0971   rpsH TRUE 0.997 16.000 0.808 0.016 Y NA
 5472331 5472332 trd_0971 trd_0972 rpsH   TRUE 0.701 231.000 0.059 0.016 Y NA
 5472332 5472333 trd_0972 trd_0973   rplX TRUE 0.997 14.000 0.758 0.016 Y NA
 5472333 5472334 trd_0973 trd_0974 rplX rplN TRUE 0.998 13.000 0.810 0.021 Y NA
 5472334 5472335 trd_0974 trd_0975 rplN   TRUE 0.999 -3.000 0.791 0.021 Y NA
 5472335 5472336 trd_0975 trd_0976     TRUE 0.998 7.000 0.828 0.016 Y NA
 5472336 5472337 trd_0976 trd_0977   rplP TRUE 0.999 -3.000 0.802 0.016 Y NA
 5472337 5472338 trd_0977 trd_0978 rplP rpsC TRUE 0.997 18.000 0.828 0.021 Y NA
 5472338 5472339 trd_0978 trd_0979 rpsC rplV TRUE 0.998 -7.000 0.719 0.021 Y NA
 5472339 5472340 trd_0979 trd_0980 rplV rpsS TRUE 0.997 19.000 0.769 0.021 Y NA
 5472340 5472341 trd_0980 trd_0981 rpsS rplB TRUE 0.997 20.000 0.820 0.021 Y NA
 5472341 5472342 trd_0981 trd_0982 rplB rplW TRUE 0.997 19.000 0.849 0.014 Y NA
 5472342 5472343 trd_0982 trd_0983 rplW rplD TRUE 0.998 -3.000 0.307 0.016 Y NA
 5472343 5472344 trd_0983 trd_0984 rplD rplC TRUE 0.997 15.000 0.544 0.016 Y NA
 5472344 5472345 trd_0984 trd_0985 rplC rpsJ TRUE 0.974 90.000 0.467 0.021 Y NA
 5472345 5472346 trd_0985 trd_0986 rpsJ tuf TRUE 0.991 14.000 0.318 1.000 Y NA
 5472346 5472347 trd_0986 trd_0987 tuf fusA TRUE 0.989 53.000 0.400 0.002 Y NA
 5472347 5472348 trd_0987 trd_0988 fusA rpsG TRUE 0.985 41.000 0.579 1.000 Y NA
 5472348 5472349 trd_0988 trd_0989 rpsG rpsL TRUE 0.957 135.000 0.620 0.003 Y NA
 5472349 5472350 trd_0989 trd_0990 rpsL rpoC TRUE 0.714 126.000 0.122 1.000 N NA
 5472350 5472351 trd_0990 trd_0991 rpoC rpoB TRUE 0.998 19.000 0.851 0.001 Y NA
 5472352 5472353 trd_0992 trd_0993     FALSE 0.036 163.000 0.000 NA   NA
 5472355 5472356 trd_0995 trd_0996     TRUE 0.996 -3.000 0.667 NA Y NA
 5472356 5472357 trd_0996 trd_0997     TRUE 0.924 78.000 0.667 NA   NA
 5472357 5472358 trd_0997 trd_0998   rpsB FALSE 0.036 163.000 0.000 NA   NA
 5472358 5472359 trd_0998 trd_0999 rpsB tsf TRUE 0.971 46.000 0.748 1.000   NA
 5472359 5472360 trd_0999 trd_1000 tsf pyrH TRUE 0.992 -3.000 0.416 1.000   NA
 5472360 5472361 trd_1000 trd_1001 pyrH frr TRUE 0.974 35.000 0.626 1.000 N NA
 5472361 5472362 trd_1001 trd_1002 frr uppS TRUE 0.979 -205.000 0.409 1.000 N NA
 5472362 5472363 trd_1002 trd_1003 uppS cdsA TRUE 0.992 -18.000 0.400 1.000 Y NA
 5472363 5472364 trd_1003 trd_1005 cdsA dxr TRUE 0.996 -3.000 0.372 1.000 Y NA
 5472367 5472368 trd_1009 trd_1010     TRUE 0.979 24.000 0.190 NA Y NA
 5472368 5472369 trd_1010 trd_1011     TRUE 0.991 4.000 0.167 NA Y NA
 5472369 5472370 trd_1011 trd_1012     TRUE 0.997 6.000 1.000 1.000 Y NA
 5472370 5472371 trd_1012 trd_1013     TRUE 0.953 15.000 0.062 NA   NA
 5472371 5472372 trd_1013 trd_1014     FALSE 0.056 127.000 0.000 NA   NA
 5472372 5472373 trd_1014 trd_1016   rrfG FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5472373 5472374 trd_1016 trd_1017 rrfG rrlG FALSE 0.083 105.000 0.000 NA   NA
 5472374 5472375 trd_1017 trd_1018 rrlG   FALSE 0.051 134.000 0.000 NA   NA
 5472375 5472376 trd_1018 trd_1019     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5472376 5472377 trd_1019 trd_1020   rrsG FALSE 0.023 204.000 0.000 NA   NA
 5472377 5472378 trd_1020 trd_1021 rrsG   FALSE 0.009 345.000 0.000 NA   NA
 5472380 5472381 trd_1023 trd_1024 lon   TRUE 0.972 18.000 0.051 NA Y NA
 5472381 5472382 trd_1024 trd_1025     FALSE 0.049 134.000 0.000 NA N NA
 5472382 5472383 trd_1025 trd_1026     TRUE 0.954 -7.000 0.010 1.000   NA
 5472385 5472386 trd_1028 trd_1029     TRUE 0.778 81.000 0.062 NA   NA
 5472388 5472389 trd_1031 trd_1032     TRUE 0.895 -18.000 0.002 1.000 N NA
 5472389 5472390 trd_1032 trd_1033   lspA TRUE 0.950 -3.000 0.003 1.000 N NA
 5472390 5472391 trd_1033 trd_1034 lspA radA FALSE 0.020 1245.000 0.000 0.025 N NA
 5472391 5472392 trd_1034 trd_1035 radA   TRUE 0.925 104.000 0.062 0.011 Y NA
 5472392 5472393 trd_1035 trd_1036     FALSE 0.247 262.000 0.025 1.000 N NA
 5472393 5472394 trd_1036 trd_1037     TRUE 0.697 156.000 0.250 1.000 N NA
 5472394 5472395 trd_1037 trd_1038     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472396 5472397 trd_1039 trd_1040     FALSE 0.036 225.000 0.000 1.000 N NA
 5472398 5472399 trd_1041 trd_1042 moaA   FALSE 0.468 122.000 0.011 NA   NA
 5472399 5472400 trd_1042 trd_1043   hisS FALSE 0.500 -13.000 0.000 NA   NA
 5472400 5472401 trd_1043 trd_1044 hisS   TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5472401 5472402 trd_1044 trd_1045     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5472402 5472403 trd_1045 trd_1046     TRUE 0.697 -7.000 0.000 1.000 N NA
 5472403 5472404 trd_1046 trd_1047   rnhB TRUE 0.992 4.000 0.111 1.000 Y NA
 5472404 5472405 trd_1047 trd_1048 rnhB rplS TRUE 0.969 12.000 0.066 1.000 N NA
 5472405 5472406 trd_1048 trd_1049 rplS   FALSE 0.163 100.000 0.000 1.000 N NA
 5472407 5472408 trd_1050 trd_1051     TRUE 0.997 0.000 1.000 NA Y NA
 5472411 5472412 trd_1053 trd_1055 glyS   TRUE 0.658 73.000 0.003 1.000 N NA
 5472412 5472413 trd_1055 trd_1056   ald TRUE 0.582 19.000 0.000 1.000 N NA
 5472414 5472415 trd_1057 trd_1058   ispG TRUE 0.752 107.000 0.092 1.000 N NA
 5472415 5472416 trd_1058 trd_1059 ispG   TRUE 0.565 21.000 0.000 1.000 N NA
 5472416 5472417 trd_1059 trd_1061     TRUE 0.939 -13.000 0.007 1.000 N NA
 5472421 5472422 trd_1064 trd_1065 fusA   TRUE 0.763 78.000 0.020 1.000 N NA
 5472422 5472423 trd_1065 trd_1066     FALSE 0.016 246.000 0.000 NA   NA
 5472423 5472424 trd_1066 trd_1067   thrS FALSE 0.007 429.000 0.000 NA   NA
 5472425 5472426 trd_1068 trd_1069     TRUE 0.672 11.000 0.000 1.000   NA
 5472426 5472427 trd_1069 trd_1070     TRUE 0.979 -6.000 0.021 0.062   NA
 5472429 5472430 trd_1072 trd_1073     FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5472430 5472431 trd_1073 trd_1074     FALSE 0.026 193.000 0.000 NA   NA
 5472431 5472432 trd_1074 trd_1075     TRUE 0.992 -43.000 0.200 0.083 Y NA
 5472432 5472433 trd_1075 trd_1076     TRUE 0.660 -13.000 0.000 1.000 N NA
 5472434 5472435 trd_1077 trd_1079     FALSE 0.058 125.000 0.000 NA   NA
 5472436 5472437 trd_1078 trd_1080 moaC   FALSE 0.052 370.000 0.000 1.000 Y NA
 5472438 5472439 trd_1081 trd_1082     TRUE 0.919 14.000 0.009 NA   NA
 5472440 5472441 trd_1083 trd_1084     TRUE 0.854 37.000 0.016 NA   NA
 5472441 5472442 trd_1084 trd_1085     TRUE 0.952 43.000 0.254 1.000   NA
 5472442 5472443 trd_1085 trd_1086     TRUE 0.951 45.000 0.461 NA   NA
 5472443 5472444 trd_1086 trd_1087   rnpA TRUE 0.991 -3.000 0.540 NA   NA
 5472444 5472445 trd_1087 trd_1088 rnpA rpmH TRUE 0.993 8.000 0.787 1.000   NA
 5472445 5472446 trd_1088 trd_1089 rpmH   FALSE 0.185 93.000 0.000 1.000   NA
 5472447 5472448 trd_1090 trd_1091     TRUE 0.766 1.000 0.000 1.000   NA
 5472450 5472451 trd_1093 trd_1094 ileS   TRUE 0.890 -3.000 0.000 NA Y NA
 5472451 5472452 trd_1094 trd_1095     FALSE 0.030 182.000 0.000 NA   NA
 5472452 5472453 trd_1095 trd_1096     TRUE 0.758 3.000 0.000 1.000   NA
 5472455 5472456 trd_1098 trd_1099 murI   FALSE 0.006 497.000 0.000 NA   NA
 5472456 5472457 trd_1099 trd_1100     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5472457 5472458 trd_1100 trd_1101     TRUE 0.945 14.000 0.033 NA   NA
 5472458 5472459 trd_1101 trd_1102     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472461 5472462 trd_1104 trd_1105     FALSE 0.036 162.000 0.000 NA   NA
 5472463 5472464 trd_1106 trd_1107   amt TRUE 0.990 -3.000 0.267 1.000 N NA
 5472464 5472465 trd_1107 trd_1108 amt   FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5472468 5472469 trd_1111 trd_1112     FALSE 0.009 362.000 0.000 NA   NA
 5472469 5472470 trd_1112 trd_1113     TRUE 0.992 8.000 0.916 NA   NA
 5472470 5472471 trd_1113 trd_1115     FALSE 0.406 87.000 0.000 0.063   NA
 5472472 5472473 trd_1114 trd_1116     TRUE 0.977 -3.000 0.036 1.000 N NA
 5472474 5472475 trd_1117 trd_1118     TRUE 0.637 -19.000 0.000 1.000   NA
 5472475 5472476 trd_1118 trd_1119     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5472477 5472478 trd_1120 trd_1121     TRUE 0.949 20.000 0.081 NA   NA
 5472478 5472479 trd_1121 trd_1122   hemA FALSE 0.087 138.000 0.000 1.000 N NA
 5472479 5472480 trd_1122 trd_1123 hemA hemL TRUE 0.991 -3.000 0.003 0.002 Y NA
 5472480 5472481 trd_1123 trd_1124 hemL hemB TRUE 0.993 8.000 0.019 0.002 Y NA
 5472481 5472482 trd_1124 trd_1125 hemB hemD TRUE 0.995 -3.000 0.020 0.002 Y NA
 5472484 5472485 trd_1127 trd_1128 folE   FALSE 0.008 647.000 0.000 1.000   NA
 5472485 5472486 trd_1128 trd_1129     TRUE 0.682 -10.000 0.000 1.000   NA
 5472486 5472487 trd_1129 trd_1130     FALSE 0.424 18.000 0.000 NA   NA
 5472488 5472489 trd_1131 trd_1132     FALSE 0.019 229.000 0.000 NA   NA
 5472489 5472490 trd_1132 trd_1133     FALSE 0.031 177.000 0.000 NA   NA
 5472490 5472491 trd_1133 trd_1134     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472492 5472493 trd_1135 trd_1136     TRUE 0.632 91.000 0.000 0.038 Y NA
 5472493 5472494 trd_1136 trd_1137     TRUE 0.999 2.000 0.917 0.038 Y NA
 5472494 5472495 trd_1137 trd_1138     TRUE 0.665 82.000 0.000 0.038 Y NA
 5472496 5472497 trd_1139 trd_1140     TRUE 0.969 -3.000 0.030 NA   NA
 5472497 5472498 trd_1140 trd_1141     FALSE 0.071 114.000 0.000 NA   NA
 5472498 5472499 trd_1141 trd_1142   gnd TRUE 0.922 23.000 0.000 0.003 Y NA
 5472499 5472500 trd_1142 trd_1143 gnd zwf TRUE 0.989 -3.000 0.037 1.000 Y NA
 5472500 5472501 trd_1143 trd_1144 zwf   TRUE 0.987 26.000 0.583 NA Y NA
 5472501 5472502 trd_1144 trd_1146   pgl TRUE 0.983 13.000 0.102 NA Y NA
 5472504 5472505 trd_1147 trd_1148     TRUE 0.711 8.000 0.000 1.000   NA
 5472505 5472506 trd_1148 trd_1149     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5472506 5472507 trd_1149 trd_1150     TRUE 0.998 8.000 0.743 0.063 Y NA
 5472508 5472509 trd_1151 trd_1152     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5472509 5472510 trd_1152 trd_1153     TRUE 0.989 -3.000 0.333 NA   NA
 5472511 5472512 trd_1154 trd_1155     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472513 5472514 trd_1156 trd_1157     FALSE 0.004 762.000 0.000 NA N NA
 5472515 5472516 trd_1158 trd_1159     FALSE 0.011 485.000 0.000 1.000 N NA
 5472516 5472517 trd_1159 trd_1160     TRUE 0.623 -24.000 0.000 1.000   NA
 5472517 5472518 trd_1160 trd_1161     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472518 5472519 trd_1161 trd_1162     TRUE 0.962 -34.000 0.133 NA   NA
 5472519 5472520 trd_1162 trd_1163     TRUE 0.766 1.000 0.000 1.000   NA
 5472520 5472521 trd_1163 trd_1164   ispH TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5472521 5472522 trd_1164 trd_1165 ispH   FALSE 0.245 74.000 0.000 1.000 N NA
 5472522 5472523 trd_1165 trd_1167     FALSE 0.272 39.000 0.000 NA   NA
 5472525 5472526 trd_1168 trd_1169     FALSE 0.168 65.000 0.000 NA   NA
 5472526 5472527 trd_1169 trd_1170     TRUE 0.984 -3.000 0.100 1.000 N NA
 5472527 5472528 trd_1170 trd_1171     FALSE 0.011 483.000 0.000 1.000 N NA
 5472528 5472529 trd_1171 trd_1172     FALSE 0.311 58.000 0.000 1.000 N NA
 5472529 5472530 trd_1172 trd_1173     TRUE 0.695 91.000 0.015 1.000 N NA
 5472530 5472531 trd_1173 trd_1174     FALSE 0.389 45.000 0.000 1.000   NA
 5472531 5472532 trd_1174 trd_1175     TRUE 0.893 79.000 0.386 NA   NA
 5472534 5472535 trd_1177 trd_1178   glmM FALSE 0.318 30.000 0.000 NA   NA
 5472535 5472536 trd_1178 trd_1179 glmM   TRUE 0.555 8.000 0.000 NA   NA
 5472536 5472537 trd_1179 trd_1180     FALSE 0.120 83.000 0.000 NA   NA
 5472537 5472538 trd_1180 trd_1181     FALSE 0.281 37.000 0.000 NA   NA
 5472539 5472540 trd_1182 trd_1183   purN FALSE 0.473 13.000 0.000 NA N NA
 5472541 5472542 trd_1184 trd_1186   purD TRUE 0.987 4.000 0.005 0.082 Y NA
 5472543 5472544 trd_1185 trd_1187     FALSE 0.170 99.000 0.000 1.000   NA
 5472544 5472545 trd_1187 trd_1188     FALSE 0.007 389.000 0.000 NA   NA
 5472545 5472546 trd_1188 trd_1189     FALSE 0.023 204.000 0.000 NA   NA
 5472546 5472547 trd_1189 trd_1190   ade FALSE 0.045 144.000 0.000 NA   NA
 5472547 5472548 trd_1190 trd_1191 ade   TRUE 0.905 18.000 0.009 NA   NA
 5472548 5472549 trd_1191 trd_1192     TRUE 0.984 23.000 1.000 NA   NA
 5472551 5472552 trd_1194 trd_1195 recJ   TRUE 0.522 100.000 0.002 1.000 N NA
 5472553 5472554 trd_1196 trd_1198     TRUE 0.973 -3.000 0.045 NA   NA
 5472556 5472557 trd_1199 trd_1200     FALSE 0.034 167.000 0.000 NA   NA
 5472558 5472559 trd_1201 trd_1202 clpX clpP TRUE 0.953 27.000 0.015 1.000 Y NA
 5472559 5472560 trd_1202 trd_1203 clpP tig TRUE 0.955 21.000 0.006 1.000 Y NA
 5472561 5472562 trd_1204 trd_1205     FALSE 0.009 360.000 0.000 NA   NA
 5472562 5472563 trd_1205 trd_1206     TRUE 0.947 44.000 0.360 NA   NA
 5472563 5472564 trd_1206 trd_1207     TRUE 0.977 57.000 0.188 0.042 Y NA
 5472564 5472565 trd_1207 trd_1208     TRUE 0.978 51.000 0.138 0.042 Y NA
 5472565 5472566 trd_1208 trd_1209     FALSE 0.116 121.000 0.000 1.000   NA
 5472566 5472567 trd_1209 trd_1210     TRUE 0.964 45.000 0.727 NA   NA
 5472567 5472568 trd_1210 trd_1211     TRUE 0.969 16.000 0.182 NA   NA
 5472568 5472569 trd_1211 trd_1212     TRUE 0.993 -3.000 0.750 NA   NA
 5472569 5472570 trd_1212 trd_1213     TRUE 0.968 22.000 0.286 NA   NA
 5472570 5472571 trd_1213 trd_1214     TRUE 0.969 -3.000 0.013 1.000   NA
 5472571 5472572 trd_1214 trd_1215     TRUE 0.609 -27.000 0.000 1.000 N NA
 5472573 5472574 trd_1216 trd_1217     TRUE 0.853 25.000 0.005 NA   NA
 5472574 5472575 trd_1217 trd_1218     TRUE 0.994 35.000 0.501 0.001 Y NA
 5472575 5472576 trd_1218 trd_1219   ccmA TRUE 0.995 -3.000 0.196 0.003 N NA
 5472576 5472577 trd_1219 trd_1220 ccmA   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472577 5472578 trd_1220 trd_1221     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5472578 5472579 trd_1221 trd_1222     TRUE 0.953 44.000 0.098 NA Y NA
 5472579 5472580 trd_1222 trd_1223     TRUE 0.992 17.000 0.086 0.003 Y NA
 5472580 5472581 trd_1223 trd_1224     TRUE 0.819 33.000 0.005 NA   NA
 5472581 5472582 trd_1224 trd_1225     TRUE 0.986 13.000 0.667 NA   NA
 5472582 5472583 trd_1225 trd_1226   murA FALSE 0.460 32.000 0.000 1.000 N NA
 5472583 5472584 trd_1226 trd_1227 murA atpC TRUE 0.907 12.000 0.002 1.000 N NA
 5472584 5472585 trd_1227 trd_1228 atpC atpD TRUE 0.998 14.000 0.837 0.003 Y NA
 5472585 5472586 trd_1228 trd_1229 atpD atpG TRUE 0.997 23.000 0.724 0.003 Y NA
 5472586 5472587 trd_1229 trd_1230 atpG atpA TRUE 0.997 23.000 0.846 0.003 Y NA
 5472587 5472588 trd_1230 trd_1231 atpA atpH TRUE 0.998 19.000 0.864 0.003 Y NA
 5472588 5472589 trd_1231 trd_1232 atpH atpF TRUE 0.996 12.000 0.242 0.003 Y NA
 5472589 5472590 trd_1232 trd_1233 atpF atpE TRUE 0.800 121.000 0.031 0.003   NA
 5472590 5472591 trd_1233 trd_1234 atpE atpB TRUE 0.950 65.000 0.119 0.004   NA
 5472591 5472592 trd_1234 trd_1235 atpB   TRUE 0.937 4.000 0.004 NA   NA
 5472592 5472593 trd_1235 trd_1236   pyrG TRUE 0.690 45.000 0.002 NA   NA
 5472593 5472594 trd_1236 trd_1237 pyrG   TRUE 0.813 32.000 0.004 NA   NA
 5472594 5472595 trd_1237 trd_1238     FALSE 0.397 120.000 0.004 NA   NA
 5472597 5472598 trd_1240 trd_1241 leuS   FALSE 0.023 204.000 0.000 NA   NA
 5472598 5472599 trd_1241 trd_1242     TRUE 0.613 3.000 0.000 NA   NA
 5472601 5472602 trd_1244 trd_1245     FALSE 0.368 24.000 0.000 NA   NA
 5472602 5472603 trd_1245 trd_1246     FALSE 0.182 61.000 0.000 NA   NA
 5472603 5472604 trd_1246 trd_1247     TRUE 0.682 62.000 0.002 1.000   NA
 5472604 5472605 trd_1247 trd_1248     TRUE 0.868 25.000 0.003 1.000 N NA
 5472605 5472606 trd_1248 trd_1249   rpsF TRUE 0.821 36.000 0.003 1.000 N NA
 5472606 5472607 trd_1249 trd_1250 rpsF   FALSE 0.025 195.000 0.000 NA   NA
 5472607 5472608 trd_1250 trd_1251   thrB FALSE 0.017 233.000 0.000 NA   NA
 5472608 5472609 trd_1251 trd_1252 thrB thrC TRUE 0.992 -10.000 0.221 1.000 Y NA
 5472609 5472610 trd_1252 trd_1253 thrC   TRUE 0.899 48.000 0.005 1.000 Y NA
 5472610 5472611 trd_1253 trd_1254     TRUE 0.995 26.000 0.725 0.037 Y NA
 5472611 5472612 trd_1254 trd_1255     TRUE 0.724 69.000 0.000 0.037 Y NA
 5472612 5472613 trd_1255 trd_1256     FALSE 0.096 97.000 0.000 NA   NA
 5472613 5472614 trd_1256 trd_1257     FALSE 0.024 198.000 0.000 NA   NA
 5472614 5472615 trd_1257 trd_1258     TRUE 0.593 18.000 0.000 1.000   NA
 5472615 5472616 trd_1258 trd_1259   glgC TRUE 0.824 20.000 0.000 1.000 Y NA
 5472617 5472618 trd_1260 trd_1261 accD accA TRUE 0.998 -3.000 0.234 0.002 Y NA
 5472619 5472620 trd_1262 trd_1263     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5472623 5472624 trd_1266 trd_1267     FALSE 0.087 101.000 0.000 NA N NA
 5472624 5472625 trd_1267 trd_1268     TRUE 0.980 29.000 0.330 NA Y NA
 5472626 5472627 trd_1269 trd_1270     FALSE 0.295 34.000 0.000 NA   NA
 5472628 5472629 trd_1271 trd_1272     TRUE 0.890 -3.000 0.000 NA Y NA
 5472629 5472630 trd_1272 trd_1273     TRUE 0.548 8.000 0.000 NA N NA
 5472630 5472631 trd_1273 trd_1274     FALSE 0.444 92.000 0.000 1.000 Y NA
 5472631 5472632 trd_1274 trd_1275     TRUE 0.633 14.000 0.000 1.000   NA
 5472632 5472633 trd_1275 trd_1276   dxs FALSE 0.059 177.000 0.000 1.000   NA
 5472633 5472634 trd_1276 trd_1277 dxs gidB TRUE 0.944 -3.000 0.002 1.000 N NA
 5472634 5472635 trd_1277 trd_1278 gidB   TRUE 0.733 5.000 0.000 1.000 N NA
 5472635 5472636 trd_1278 trd_1279     FALSE 0.017 361.000 0.000 1.000 N NA
 5472636 5472637 trd_1279 trd_1280     TRUE 0.998 2.000 0.667 0.037 Y NA
 5472637 5472638 trd_1280 trd_1281     TRUE 0.989 21.000 0.091 0.037 Y NA
 5472638 5472639 trd_1281 trd_1282     FALSE 0.504 79.000 0.000 1.000 Y NA
 5472639 5472640 trd_1282 trd_1284     TRUE 0.542 23.000 0.000 1.000 N NA
 5472642 5472643 trd_1285 trd_1286     TRUE 0.536 -7.000 0.000 NA N NA
 5472643 5472644 trd_1286 trd_1287     FALSE 0.048 137.000 0.000 NA   NA
 5472644 5472645 trd_1287 trd_1288     FALSE 0.161 67.000 0.000 NA   NA
 5472646 5472647 trd_1289 trd_1290     TRUE 0.985 -3.000 0.182 NA   NA
 5472647 5472648 trd_1290 trd_1291     TRUE 0.860 41.000 0.010 1.000   NA
 5472649 5472650 trd_1292 trd_1293     TRUE 0.567 7.000 0.000 NA   NA
 5472651 5472652 trd_1294 trd_1295     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5472652 5472653 trd_1295 trd_1296     TRUE 0.888 -25.000 0.004 NA   NA
 5472653 5472654 trd_1296 trd_1297     TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 5472654 5472655 trd_1297 trd_1298     TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 5472655 5472656 trd_1298 trd_1299     TRUE 0.980 -3.000 0.100 NA   NA
 5472656 5472657 trd_1299 trd_1300   groL FALSE 0.066 164.000 0.000 1.000 N NA
 5472657 5472658 trd_1300 trd_1301 groL groS TRUE 0.977 31.000 0.043 0.081 Y NA
 5472660 5472661 trd_1302 trd_1304     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472662 5472663 trd_1305 trd_1306 selD ksgA TRUE 0.865 -43.000 0.002 1.000 N NA
 5472663 5472664 trd_1306 trd_1307 ksgA ispE TRUE 0.982 -3.000 0.068 1.000 N NA
 5472667 5472668 trd_1310 trd_1311     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472668 5472669 trd_1311 trd_1312     TRUE 0.905 38.000 0.033 1.000 N NA
 5472670 5472671 trd_1313 trd_1314     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472671 5472672 trd_1314 trd_1315     FALSE 0.004 693.000 0.000 NA   NA
 5472673 5472674 trd_1316 trd_1317     TRUE 0.930 22.000 0.000 0.002 Y NA
 5472674 5472675 trd_1317 trd_1318     TRUE 0.982 15.000 0.500 NA   NA
 5472675 5472676 trd_1318 trd_1319     TRUE 0.991 -3.000 0.500 NA   NA
 5472676 5472677 trd_1319 trd_1320     TRUE 0.957 29.000 0.278 NA   NA
 5472679 5472680 trd_1321 trd_1323     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5472680 5472681 trd_1323 trd_1324   folK TRUE 0.766 0.000 0.000 1.000 N NA
 5472681 5472682 trd_1324 trd_1325 folK folP TRUE 0.970 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 5472682 5472683 trd_1325 trd_1326 folP folB TRUE 0.804 23.000 0.000 1.000 Y NA
 5472683 5472684 trd_1326 trd_1327 folB   TRUE 0.618 1.000 0.000 NA N NA
 5472685 5472686 trd_1328 trd_1330     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5472688 5472689 trd_1331 trd_1332 ggt   FALSE 0.193 91.000 0.000 1.000   NA
 5472689 5472690 trd_1332 trd_1333     TRUE 0.976 2.000 0.065 NA   NA
 5472690 5472691 trd_1333 trd_1334     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472691 5472692 trd_1334 trd_1335     TRUE 0.981 2.000 0.120 NA   NA
 5472692 5472693 trd_1335 trd_1337     FALSE 0.193 91.000 0.000 1.000   NA
 5472696 5472697 trd_1339 trd_1340     FALSE 0.075 154.000 0.000 1.000 N NA
 5472698 5472699 trd_1341 trd_1342     FALSE 0.100 94.000 0.000 NA   NA
 5472699 5472700 trd_1342 trd_1343     TRUE 0.846 11.000 0.000 0.060 N NA
 5472700 5472701 trd_1343 trd_1344     FALSE 0.214 52.000 0.000 NA   NA
 5472704 5472705 trd_1347 trd_1348     FALSE 0.006 484.000 0.000 NA   NA
 5472705 5472706 trd_1348 trd_1349   metE FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5472706 5472707 trd_1349 trd_1350 metE   FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5472707 5472708 trd_1350 trd_1351     FALSE 0.500 -13.000 0.000 NA   NA
 5472708 5472709 trd_1351 trd_1352     FALSE 0.123 82.000 0.000 NA   NA
 5472710 5472711 trd_1353 trd_1354     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5472712 5472713 trd_1355 trd_1356     FALSE 0.086 103.000 0.000 NA   NA
 5472713 5472714 trd_1356 trd_1357     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472714 5472715 trd_1357 trd_1358     FALSE 0.004 766.000 0.000 NA   NA
 5472715 5472716 trd_1358 trd_1359     FALSE 0.204 54.000 0.000 NA   NA
 5472716 5472717 trd_1359 trd_1360     FALSE 0.131 79.000 0.000 NA   NA
 5472717 5472718 trd_1360 trd_1361     FALSE 0.066 117.000 0.000 NA   NA
 5472719 5472720 trd_1362 trd_1363     TRUE 0.582 19.000 0.000 1.000 N NA
 5472720 5472721 trd_1363 trd_1365     TRUE 0.933 15.000 0.021 NA   NA
 5472722 5472723 trd_1364 trd_1366     FALSE 0.362 49.000 0.000 1.000 N NA
 5472726 5472727 trd_1369 trd_1370     TRUE 0.555 8.000 0.000 NA   NA
 5472727 5472728 trd_1370 trd_1371     FALSE 0.098 95.000 0.000 NA   NA
 5472728 5472729 trd_1371 trd_1372     FALSE 0.023 202.000 0.000 NA   NA
 5472729 5472730 trd_1372 trd_1374     TRUE 0.929 13.000 0.006 1.000 N NA
 5472731 5472732 trd_1373 trd_1375     FALSE 0.152 104.000 0.000 1.000 N NA
 5472732 5472733 trd_1375 trd_1376   rnc TRUE 0.936 5.000 0.002 1.000 N NA
 5472733 5472734 trd_1376 trd_1377 rnc   TRUE 0.921 4.000 0.002 NA   NA
 5472734 5472735 trd_1377 trd_1378     FALSE 0.100 94.000 0.000 NA   NA
 5472735 5472736 trd_1378 trd_1379   crcB FALSE 0.509 11.000 0.000 NA   NA
 5472736 5472737 trd_1379 trd_1380 crcB   FALSE 0.094 134.000 0.000 1.000 N NA
 5472739 5472740 trd_1381 trd_1383 hemG hemH TRUE 0.953 18.000 0.004 1.000 Y NA
 5472740 5472741 trd_1383 trd_1384 hemH hemE TRUE 0.982 22.000 0.131 1.000 Y NA
 5472742 5472743 trd_1385 trd_1386     FALSE 0.123 82.000 0.000 NA   NA
 5472744 5472745 trd_1387 trd_1388     TRUE 0.957 2.000 0.000 0.043 Y NA
 5472745 5472746 trd_1388 trd_1389     TRUE 0.974 17.000 0.188 1.000   NA
 5472746 5472747 trd_1389 trd_1390     TRUE 0.978 14.000 0.333 NA   NA
 5472747 5472748 trd_1390 trd_1391     TRUE 0.964 30.000 0.400 NA   NA
 5472748 5472749 trd_1391 trd_1392     TRUE 0.987 14.000 0.571 1.000   NA
 5472749 5472750 trd_1392 trd_1393     TRUE 0.990 -3.000 0.292 1.000 N NA
 5472750 5472751 trd_1393 trd_1394     TRUE 0.974 -231.000 0.292 1.000 N NA
 5472752 5472753 trd_1395 trd_1396     FALSE 0.442 35.000 0.000 1.000 N NA
 5472753 5472754 trd_1396 trd_1397     TRUE 0.685 31.000 0.000 NA Y NA
 5472754 5472755 trd_1397 trd_1398     TRUE 0.871 150.000 0.667 NA Y NA
 5472755 5472756 trd_1398 trd_1399     TRUE 0.997 13.000 0.750 0.037 Y NA
 5472756 5472757 trd_1399 trd_1400     TRUE 0.997 3.000 0.750 1.000 Y NA
 5472757 5472758 trd_1400 trd_1401     TRUE 0.997 -16.000 0.750 0.018 Y NA
 5472758 5472759 trd_1401 trd_1402     TRUE 0.670 180.000 0.333 1.000   NA
 5472759 5472760 trd_1402 trd_1403     FALSE 0.013 279.000 0.000 NA   NA
 5472760 5472761 trd_1403 trd_1404     FALSE 0.500 362.000 0.403 NA Y NA
 5472761 5472762 trd_1404 trd_1405     TRUE 0.906 -3.000 0.000 0.037 N NA
 5472762 5472763 trd_1405 trd_1406     TRUE 0.888 -7.000 0.000 0.018 N NA
 5472763 5472764 trd_1406 trd_1407     FALSE 0.061 280.000 0.000 NA Y NA
 5472765 5472766 trd_1408 trd_1409     TRUE 0.992 20.000 0.064 0.001 Y NA
 5472766 5472767 trd_1409 trd_1410     FALSE 0.007 421.000 0.000 NA   NA
 5472768 5472769 trd_1411 trd_1412     FALSE 0.417 19.000 0.000 NA   NA
 5472769 5472770 trd_1412 trd_1413     TRUE 0.985 -3.000 0.174 NA   NA
 5472771 5472772 trd_1414 trd_1415     TRUE 0.979 19.000 0.500 NA   NA
 5472774 5472775 trd_1417 trd_1418     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5472775 5472776 trd_1418 trd_1419     TRUE 0.918 28.000 0.055 NA   NA
 5472777 5472778 trd_1420 trd_1421     FALSE 0.022 205.000 0.000 NA N NA
 5472779 5472780 trd_1422 trd_1423     FALSE 0.044 145.000 0.000 NA   NA
 5472780 5472781 trd_1423 trd_1424     FALSE 0.069 115.000 0.000 NA   NA
 5472781 5472782 trd_1424 trd_1425   rpmA TRUE 0.993 -3.000 0.011 0.015 Y NA
 5472782 5472783 trd_1425 trd_1426 rpmA rplU TRUE 0.996 25.000 0.667 0.015 Y NA
 5472783 5472784 trd_1426 trd_1427 rplU   FALSE 0.006 441.000 0.000 NA   NA
 5472784 5472785 trd_1427 trd_1428     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472786 5472787 trd_1429 trd_1430 argF   FALSE 0.161 67.000 0.000 NA   NA
 5472791 5472792 trd_1435 trd_1436     FALSE 0.499 115.000 0.005 1.000 N NA
 5472792 5472793 trd_1436 trd_1437     FALSE 0.449 34.000 0.000 1.000 N NA
 5472793 5472794 trd_1437 trd_1438   guaB TRUE 0.931 7.000 0.002 1.000 N NA
 5472796 5472797 trd_1440 trd_1441     FALSE 0.172 64.000 0.000 NA   NA
 5472797 5472798 trd_1441 trd_1442     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472798 5472799 trd_1442 trd_1443     FALSE 0.300 33.000 0.000 NA   NA
 5472799 5472800 trd_1443 trd_1444     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5472800 5472801 trd_1444 trd_1446     TRUE 0.585 5.000 0.000 NA   NA
 5472803 5472804 trd_1447 trd_1448     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472804 5472805 trd_1448 trd_1449     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472805 5472806 trd_1449 trd_1451     FALSE 0.394 88.000 0.000 0.079   NA
 5472808 5472809 trd_1452 trd_1453   dnaJ FALSE 0.006 451.000 0.000 NA   NA
 5472810 5472811 trd_1454 trd_1455     FALSE 0.244 45.000 0.000 NA   NA
 5472811 5472812 trd_1455 trd_1456     FALSE 0.014 274.000 0.000 NA   NA
 5472812 5472813 trd_1456 trd_1457     FALSE 0.185 59.000 0.000 NA   NA
 5472813 5472814 trd_1457 trd_1458     FALSE 0.057 126.000 0.000 NA   NA
 5472814 5472815 trd_1458 trd_1459     TRUE 0.974 45.000 0.250 1.000 Y NA
 5472815 5472816 trd_1459 trd_1460     TRUE 0.931 -19.000 0.017 NA   NA
 5472816 5472817 trd_1460 trd_1461   dapB FALSE 0.253 43.000 0.000 NA   NA
 5472817 5472818 trd_1461 trd_1462 dapB   FALSE 0.318 30.000 0.000 NA   NA
 5472819 5472820 trd_1463 trd_1464     TRUE 0.993 5.000 1.000 NA   NA
 5472821 5472822 trd_1465 trd_1466     TRUE 0.637 127.000 0.100 NA   NA
 5472822 5472823 trd_1466 trd_1467     FALSE 0.016 246.000 0.000 NA   NA
 5472823 5472824 trd_1467 trd_1468     FALSE 0.011 320.000 0.000 NA   NA
 5472824 5472825 trd_1468 trd_1469     FALSE 0.126 115.000 0.000 1.000 N NA
 5472825 5472826 trd_1469 trd_1470     TRUE 0.574 20.000 0.000 1.000 N NA
 5472826 5472827 trd_1470 trd_1471     TRUE 0.950 -181.000 0.004 0.012   NA
 5472827 5472828 trd_1471 trd_1472     FALSE 0.150 71.000 0.000 NA   NA
 5472829 5472830 trd_1473 trd_1474     FALSE 0.404 -48.000 0.000 NA   NA
 5472830 5472831 trd_1474 trd_1475     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472831 5472832 trd_1475 trd_1476     TRUE 0.554 -6.000 0.000 NA   NA
 5472833 5472834 trd_1477 trd_1478     FALSE 0.066 167.000 0.000 1.000   NA
 5472834 5472835 trd_1478 trd_1479     TRUE 0.992 35.000 0.221 0.001 Y NA
 5472835 5472836 trd_1479 trd_1480     TRUE 0.983 -3.000 0.088 1.000 N NA
 5472836 5472837 trd_1480 trd_1481     TRUE 0.913 53.000 0.111 1.000   NA
 5472838 5472839 trd_1482 trd_1483     FALSE 0.091 100.000 0.000 NA   NA
 5472839 5472840 trd_1483 trd_1484     FALSE 0.032 172.000 0.000 NA   NA
 5472840 5472841 trd_1484 trd_1485     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5472841 5472842 trd_1485 trd_1486     TRUE 0.542 -7.000 0.000 NA   NA
 5472842 5472843 trd_1486 trd_1488     FALSE 0.304 32.000 0.000 NA   NA
 5472847 5472848 trd_1491 trd_1492     FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5472848 5472849 trd_1492 trd_1493     TRUE 0.618 15.000 0.000 1.000 N NA
 5472849 5472850 trd_1493 trd_1494     TRUE 0.998 18.000 0.804 0.002 Y NA
 5472850 5472851 trd_1494 trd_1495     TRUE 0.990 -3.000 0.090 0.059   NA
 5472852 5472853 trd_1496 trd_1497     FALSE 0.015 261.000 0.000 NA   NA
 5472853 5472854 trd_1497 trd_1498     TRUE 0.985 4.000 0.250 NA   NA
 5472854 5472855 trd_1498 trd_1499     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5472855 5472856 trd_1499 trd_1500     FALSE 0.016 250.000 0.000 NA   NA
 5472857 5472858 trd_1501 trd_1502     TRUE 0.991 -3.000 0.529 NA   NA
 5472858 5472859 trd_1502 trd_1503     TRUE 0.908 71.000 0.386 NA   NA
 5472859 5472860 trd_1503 trd_1504     TRUE 0.991 -3.000 0.523 NA   NA
 5472860 5472861 trd_1504 trd_1506     TRUE 0.778 78.000 0.051 NA   NA
 5472862 5472863 trd_1505 trd_1507     TRUE 0.910 14.000 0.007 NA   NA
 5472863 5472864 trd_1507 trd_1508     FALSE 0.281 37.000 0.000 NA   NA
 5472864 5472865 trd_1508 trd_1509     FALSE 0.079 107.000 0.000 NA   NA
 5472865 5472866 trd_1509 trd_1510     TRUE 0.991 2.000 0.500 NA   NA
 5472866 5472867 trd_1510 trd_1511     FALSE 0.168 65.000 0.000 NA   NA
 5472867 5472868 trd_1511 trd_1512   valS FALSE 0.261 196.000 0.005 1.000 N NA
 5472870 5472871 trd_1514 trd_1515     FALSE 0.466 14.000 0.000 NA   NA
 5472871 5472872 trd_1515 trd_1516   argB TRUE 0.989 -3.000 0.039 1.000 Y NA
 5472872 5472873 trd_1516 trd_1517 argB   TRUE 0.949 -3.000 0.003 1.000   NA
 5472873 5472874 trd_1517 trd_1518   argC TRUE 0.962 11.000 0.030 1.000   NA
 5472874 5472875 trd_1518 trd_1519 argC lysX TRUE 0.955 35.000 0.209 1.000 N NA
 5472875 5472876 trd_1519 trd_1520 lysX   TRUE 0.993 -3.000 0.060 0.001 N NA
 5472876 5472877 trd_1520 trd_1521     TRUE 0.976 -3.000 0.030 1.000 N NA
 5472877 5472878 trd_1521 trd_1522   lysW TRUE 0.990 3.000 0.333 1.000   NA
 5472879 5472880 trd_1523 trd_1524     TRUE 0.986 58.000 0.542 0.036 Y NA
 5472880 5472881 trd_1524 trd_1525     TRUE 0.991 15.000 0.083 0.036 Y NA
 5472881 5472882 trd_1525 trd_1526     FALSE 0.097 132.000 0.000 1.000 N NA
 5472883 5472884 trd_1527 trd_1528   cadA FALSE 0.424 18.000 0.000 NA   NA
 5472884 5472885 trd_1528 trd_1529 cadA   TRUE 0.974 -25.000 0.158 1.000 N NA
 5472888 5472889 trd_1532 trd_1533     FALSE 0.017 235.000 0.000 NA   NA
 5472889 5472890 trd_1533 trd_1534     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472890 5472891 trd_1534 trd_1535     FALSE 0.137 77.000 0.000 NA   NA
 5472891 5472892 trd_1535 trd_1536     FALSE 0.276 38.000 0.000 NA   NA
 5472894 5472895 trd_1538 trd_1539     FALSE 0.155 69.000 0.000 NA   NA
 5472897 5472898 trd_1541 trd_1542     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5472898 5472899 trd_1542 trd_1544     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472900 5472901 trd_1543 trd_1545     FALSE 0.103 93.000 0.000 NA   NA
 5472901 5472902 trd_1545 trd_1546     FALSE 0.155 69.000 0.000 NA   NA
 5472906 5472907 trd_1550 trd_1551     FALSE 0.010 331.000 0.000 NA   NA
 5472907 5472908 trd_1551 trd_1552     TRUE 0.997 -136.000 1.000 0.010 Y NA
 5472909 5472910 trd_1553 trd_1555     FALSE 0.112 88.000 0.000 NA   NA
 5472910 5472911 trd_1555 trd_1556     FALSE 0.013 290.000 0.000 NA   NA
 5472912 5472913 trd_1557 trd_1558 glnA glnA TRUE 0.815 66.000 0.000 0.001 Y NA
 5472915 5472916 trd_1560 trd_1561     FALSE 0.085 104.000 0.000 NA   NA
 5472917 5472918 trd_1562 trd_1563 lon   FALSE 0.137 111.000 0.000 1.000   NA
 5472918 5472919 trd_1563 trd_1565     FALSE 0.270 68.000 0.000 1.000   NA
 5472920 5472921 trd_1564 trd_1566     FALSE 0.114 87.000 0.000 NA   NA
 5472921 5472922 trd_1566 trd_1567     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5472922 5472923 trd_1567 trd_1568     TRUE 0.725 6.000 0.000 1.000 N NA
 5472925 5472926 trd_1569 trd_1571     FALSE 0.032 172.000 0.000 NA   NA
 5472928 5472929 trd_1573 trd_1574     FALSE 0.123 82.000 0.000 NA   NA
 5472929 5472930 trd_1574 trd_1575     FALSE 0.131 79.000 0.000 NA   NA
 5472931 5472932 trd_1576 trd_1577     FALSE 0.021 211.000 0.000 NA   NA
 5472932 5472933 trd_1577 trd_1578     FALSE 0.276 38.000 0.000 NA   NA
 5472933 5472934 trd_1578 trd_1579     FALSE 0.483 -16.000 0.000 NA   NA
 5472934 5472935 trd_1579 trd_1580     TRUE 0.544 9.000 0.000 NA   NA
 5472938 5472939 trd_1583 trd_1584     FALSE 0.079 107.000 0.000 NA   NA
 5472939 5472940 trd_1584 trd_1585     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5472940 5472941 trd_1585 trd_1586     FALSE 0.003 1167.000 0.000 NA   NA
 5472943 5472944 trd_1588 trd_1589     FALSE 0.005 564.000 0.000 NA   NA
 5472947 5472948 trd_1592 trd_1593     TRUE 0.977 -13.000 0.222 NA   NA
 5472948 5472949 trd_1593 trd_1594     TRUE 0.974 11.000 0.143 NA   NA
 5472949 5472950 trd_1594 trd_1595     FALSE 0.131 79.000 0.000 NA   NA
 5472950 5472951 trd_1595 trd_1596     FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5472952 5472953 trd_1597 trd_1598     FALSE 0.048 137.000 0.000 NA   NA
 5472953 5472954 trd_1598 trd_1599     FALSE 0.010 335.000 0.000 NA   NA
 5472954 5472955 trd_1599 trd_1600   phoP TRUE 0.953 66.000 0.040 0.033 Y NA
 5472956 5472957 trd_1601 trd_1602     TRUE 0.946 -3.000 0.002 1.000 N NA
 5472957 5472958 trd_1602 trd_1603   topA TRUE 0.760 47.000 0.002 1.000 N NA
 5472958 5472959 trd_1603 trd_1604 topA hslV FALSE 0.321 56.000 0.000 1.000 N NA
 5472959 5472960 trd_1604 trd_1605 hslV hslU TRUE 0.853 -22.000 0.000 1.000 Y NA
 5472960 5472961 trd_1605 trd_1606 hslU   TRUE 0.864 20.000 0.003 NA N NA
 5472961 5472962 trd_1606 trd_1607     TRUE 0.978 8.000 0.154 NA N NA
 5472962 5472963 trd_1607 trd_1609     TRUE 0.982 20.000 0.500 1.000 N NA
 5472967 5472968 trd_1612 trd_1613     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5472968 5472969 trd_1613 trd_1614   def FALSE 0.385 45.000 0.000 1.000 N NA
 5472972 5472973 trd_1617 trd_1618 tatC acpP FALSE 0.462 105.000 0.004 NA N NA
 5472973 5472974 trd_1618 trd_1619 acpP nusB FALSE 0.086 540.000 0.014 1.000 N NA
 5472974 5472975 trd_1619 trd_1620 nusB accC TRUE 0.679 79.000 0.005 1.000 N NA
 5472975 5472976 trd_1620 trd_1621 accC fabG TRUE 0.990 6.000 0.095 1.000 Y NA
 5472976 5472977 trd_1621 trd_1622 fabG fabD TRUE 0.994 -3.000 0.022 0.005 Y NA
 5472977 5472978 trd_1622 trd_1623 fabD   TRUE 0.976 -40.000 0.003 0.005 Y NA
 5472978 5472979 trd_1623 trd_1624     TRUE 0.830 28.000 0.002 1.000 N NA
 5472979 5472980 trd_1624 trd_1625     TRUE 0.992 1.000 0.599 NA   NA
 5472981 5472982 trd_1626 trd_1627   ilvE FALSE 0.420 39.000 0.000 1.000 N NA
 5472982 5472983 trd_1627 trd_1628 ilvE   TRUE 0.889 75.000 0.027 1.000 Y NA
 5472983 5472984 trd_1628 trd_1629     FALSE 0.154 192.000 0.000 1.000 Y NA
 5472984 5472985 trd_1629 trd_1630     TRUE 0.998 -10.000 0.417 0.001 Y NA
 5472985 5472986 trd_1630 trd_1631     TRUE 0.952 7.000 0.007 1.000   NA
 5472986 5472987 trd_1631 trd_1632   scpA TRUE 0.969 14.000 0.092 1.000   NA
 5472987 5472988 trd_1632 trd_1633 scpA scpB TRUE 0.986 -13.000 0.570 NA   NA
 5472989 5472990 trd_1634 trd_1635     TRUE 0.925 35.000 0.105 NA N NA
 5472991 5472992 trd_1636 trd_1637 prfB   TRUE 0.891 -31.000 0.005 NA   NA
 5472992 5472993 trd_1637 trd_1638   hrcA FALSE 0.078 108.000 0.000 NA   NA
 5472993 5472994 trd_1638 trd_1639 hrcA grpE TRUE 0.989 3.000 0.286 1.000 N NA
 5472994 5472995 trd_1639 trd_1640 grpE dnaK TRUE 0.997 3.000 0.224 0.004 Y NA
 5472995 5472996 trd_1640 trd_1641 dnaK   FALSE 0.003 1065.000 0.000 NA   NA
 5472996 5472997 trd_1641 trd_1642     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5472999 5473000 trd_1644 trd_1645     FALSE 0.015 254.000 0.000 NA   NA
 5473000 5473001 trd_1645 trd_1646     TRUE 0.530 -9.000 0.000 NA   NA
 5473001 5473002 trd_1646 trd_1647     FALSE 0.067 116.000 0.000 NA   NA
 5473002 5473003 trd_1647 trd_1648     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473003 5473004 trd_1648 trd_1649     FALSE 0.003 1040.000 0.000 NA   NA
 5473004 5473005 trd_1649 trd_1650     FALSE 0.003 916.000 0.000 NA   NA
 5473005 5473006 trd_1650 trd_1651     FALSE 0.006 434.000 0.000 NA   NA
 5473007 5473008 trd_1652 trd_1653     FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5473008 5473009 trd_1653 trd_1654     FALSE 0.006 504.000 0.000 NA   NA
 5473010 5473011 trd_1655 trd_1657     FALSE 0.116 86.000 0.000 NA   NA
 5473013 5473014 trd_1658 trd_1660     TRUE 0.718 55.000 0.005 NA   NA
 5473015 5473016 trd_1659 trd_1661     TRUE 0.977 -12.000 0.118 1.000   NA
 5473016 5473017 trd_1661 trd_1662   ispH TRUE 0.916 23.000 0.011 1.000   NA
 5473017 5473018 trd_1662 trd_1663 ispH   TRUE 0.637 -19.000 0.000 1.000   NA
 5473021 5473022 trd_1666 trd_1667     FALSE 0.078 150.000 0.000 1.000   NA
 5473022 5473023 trd_1667 trd_1669     TRUE 0.998 -3.000 1.000 0.010   NA
 5473025 5473026 trd_1670 trd_1671     FALSE 0.010 328.000 0.000 NA   NA
 5473026 5473027 trd_1671 trd_1672     TRUE 0.969 48.000 0.045 0.035 Y NA
 5473027 5473028 trd_1672 trd_1673     TRUE 0.994 4.000 0.045 0.035 Y NA
 5473028 5473029 trd_1673 trd_1674     FALSE 0.024 673.000 0.000 0.035 N NA
 5473029 5473030 trd_1674 trd_1675     TRUE 0.954 5.000 0.000 0.035 Y NA
 5473030 5473031 trd_1675 trd_1676     TRUE 0.903 22.000 0.000 0.035 Y NA
 5473031 5473032 trd_1676 trd_1677     FALSE 0.214 82.000 0.000 1.000 N NA
 5473032 5473033 trd_1677 trd_1678     TRUE 0.569 21.000 0.000 1.000   NA
 5473033 5473034 trd_1678 trd_1679     FALSE 0.048 195.000 0.000 1.000   NA
 5473036 5473037 trd_1681 trd_1682   accB FALSE 0.420 39.000 0.000 1.000 N NA
 5473037 5473038 trd_1682 trd_1683 accB   TRUE 0.975 13.000 0.125 1.000 N NA
 5473038 5473039 trd_1683 trd_1684     TRUE 0.979 26.000 0.800 NA N NA
 5473039 5473040 trd_1684 trd_1685     TRUE 0.982 14.000 0.500 NA N NA
 5473040 5473041 trd_1685 trd_1686     FALSE 0.006 474.000 0.000 NA   NA
 5473042 5473043 trd_1687 trd_1688     FALSE 0.148 106.000 0.000 1.000   NA
 5473044 5473045 trd_1689 trd_1690   leuA FALSE 0.010 527.000 0.000 1.000   NA
 5473045 5473046 trd_1690 trd_1691 leuA leuC TRUE 0.997 -3.000 0.086 0.001 Y NA
 5473046 5473047 trd_1691 trd_1692 leuC leuD TRUE 0.958 75.000 0.031 0.001 Y NA
 5473047 5473048 trd_1692 trd_1693 leuD leuB TRUE 0.997 -3.000 0.065 0.001 Y NA
 5473048 5473049 trd_1693 trd_1694 leuB   FALSE 0.004 619.000 0.000 NA   NA
 5473049 5473050 trd_1694 trd_1695     TRUE 0.975 28.000 0.667 NA   NA
 5473050 5473051 trd_1695 trd_1696   aroQ TRUE 0.994 -3.000 0.667 1.000   NA
 5473051 5473052 trd_1696 trd_1697 aroQ   TRUE 0.980 -3.000 0.005 1.000 Y NA
 5473052 5473053 trd_1697 trd_1698   efp TRUE 0.831 97.000 0.160 1.000 N NA
 5473053 5473054 trd_1698 trd_1699 efp accB TRUE 0.985 3.000 0.120 1.000 N NA
 5473054 5473055 trd_1699 trd_1700 accB xseA TRUE 0.938 13.000 0.009 1.000 N NA
 5473055 5473056 trd_1700 trd_1701 xseA xseB TRUE 0.997 13.000 0.412 0.001 Y NA
 5473056 5473057 trd_1701 trd_1702 xseB   FALSE 0.003 1045.000 0.000 NA   NA
 5473057 5473058 trd_1702 trd_1703     FALSE 0.048 137.000 0.000 NA   NA
 5473058 5473059 trd_1703 trd_1704     FALSE 0.019 335.000 0.000 1.000   NA
 5473059 5473060 trd_1704 trd_1705     FALSE 0.436 197.000 0.061 1.000   NA
 5473060 5473061 trd_1705 trd_1706     FALSE 0.009 340.000 0.000 NA   NA
 5473061 5473062 trd_1706 trd_1707     FALSE 0.064 118.000 0.000 NA   NA
 5473062 5473063 trd_1707 trd_1708     FALSE 0.424 18.000 0.000 NA   NA
 5473064 5473065 trd_1709 trd_1710     FALSE 0.015 254.000 0.000 NA   NA
 5473067 5473068 trd_1712 trd_1713     FALSE 0.296 63.000 0.000 1.000   NA
 5473068 5473069 trd_1713 trd_1714   lysA TRUE 0.600 82.000 0.002 1.000 N NA
 5473070 5473071 trd_1715 trd_1716   coaE TRUE 0.971 2.000 0.003 0.076   NA
 5473071 5473072 trd_1716 trd_1717 coaE   FALSE 0.298 62.000 0.000 1.000 N NA
 5473072 5473073 trd_1717 trd_1718     FALSE 0.283 126.000 0.000 0.023   NA
 5473074 5473075 trd_1719 trd_1720     TRUE 0.990 -3.000 0.462 NA   NA
 5473075 5473076 trd_1720 trd_1721     TRUE 0.944 31.000 0.167 NA   NA
 5473076 5473077 trd_1721 trd_1722   dtd FALSE 0.131 79.000 0.000 NA   NA
 5473077 5473078 trd_1722 trd_1723 dtd ispF TRUE 0.944 6.000 0.004 1.000 N NA
 5473078 5473079 trd_1723 trd_1724 ispF ispD TRUE 0.996 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 5473079 5473080 trd_1724 trd_1725 ispD   TRUE 0.981 0.000 0.108 NA   NA
 5473080 5473081 trd_1725 trd_1726     TRUE 0.833 34.000 0.007 NA   NA
 5473081 5473082 trd_1726 trd_1727     TRUE 0.730 53.000 0.005 NA   NA
 5473082 5473083 trd_1727 trd_1728   pyk FALSE 0.005 511.000 0.000 NA   NA
 5473084 5473085 trd_1729 trd_1730     TRUE 0.844 18.000 0.000 0.010   NA
 5473085 5473086 trd_1730 trd_1732     FALSE 0.013 287.000 0.000 NA   NA
 5473088 5473089 trd_1733 trd_1734     TRUE 0.996 19.000 0.456 0.002 Y NA
 5473089 5473090 trd_1734 trd_1735   aceF TRUE 0.974 31.000 0.027 0.057 Y NA
 5473090 5473091 trd_1735 trd_1736 aceF   FALSE 0.024 198.000 0.000 NA   NA
 5473092 5473093 trd_1737 trd_1738     TRUE 0.624 1.000 0.000 NA   NA
 5473093 5473094 trd_1738 trd_1739     FALSE 0.189 58.000 0.000 NA   NA
 5473095 5473096 trd_1740 trd_1741 uvrA   FALSE 0.080 147.000 0.000 1.000 N NA
 5473096 5473097 trd_1741 trd_1742   serS TRUE 0.882 58.000 0.067 1.000 N NA
 5473097 5473098 trd_1742 trd_1743 serS   TRUE 0.748 4.000 0.000 1.000   NA
 5473098 5473099 trd_1743 trd_1744     TRUE 0.525 25.000 0.000 1.000   NA
 5473099 5473100 trd_1744 trd_1745     TRUE 0.567 7.000 0.000 NA   NA
 5473101 5473102 trd_1746 trd_1747   galE TRUE 0.618 15.000 0.000 1.000 N NA
 5473102 5473103 trd_1747 trd_1748 galE ppa TRUE 0.618 15.000 0.000 1.000 N NA
 5473103 5473104 trd_1748 trd_1749 ppa   TRUE 0.978 -258.000 0.400 1.000 N NA
 5473104 5473105 trd_1749 trd_1750     FALSE 0.058 125.000 0.000 NA   NA
 5473105 5473106 trd_1750 trd_1751     FALSE 0.164 66.000 0.000 NA   NA
 5473106 5473107 trd_1751 trd_1752     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5473108 5473109 trd_1753 trd_1754     FALSE 0.042 148.000 0.000 NA   NA
 5473110 5473111 trd_1755 trd_1756     TRUE 0.948 4.000 0.003 1.000 N NA
 5473111 5473112 trd_1756 trd_1757   gatC TRUE 0.998 10.000 0.643 0.002 Y NA
 5473112 5473113 trd_1757 trd_1758 gatC   FALSE 0.385 45.000 0.000 1.000 N NA
 5473113 5473114 trd_1758 trd_1759     FALSE 0.328 55.000 0.000 1.000 N NA
 5473115 5473116 trd_1760 trd_1761     TRUE 0.822 -22.000 0.000 0.056   NA
 5473116 5473117 trd_1761 trd_1762   fad TRUE 0.899 -3.000 0.000 0.056 N NA
 5473118 5473119 trd_1763 trd_1764     FALSE 0.016 251.000 0.000 NA   NA
 5473120 5473121 trd_1765 trd_1766     FALSE 0.158 68.000 0.000 NA   NA
 5473123 5473124 trd_1768 trd_1769     TRUE 0.987 -13.000 0.667 NA   NA
 5473125 5473126 trd_1770 trd_1771     FALSE 0.242 75.000 0.000 1.000 N NA
 5473127 5473128 trd_1772 trd_1774     FALSE 0.440 -28.000 0.000 NA   NA
 5473129 5473130 trd_1773 trd_1775     FALSE 0.085 104.000 0.000 NA   NA
 5473131 5473132 trd_1776 trd_1778     TRUE 0.582 19.000 0.000 1.000 N NA
 5473134 5473135 trd_1779 trd_1780     FALSE 0.008 367.000 0.000 NA   NA
 5473135 5473136 trd_1780 trd_1781   nuoB TRUE 0.990 -9.000 0.010 0.003 Y NA
 5473136 5473137 trd_1781 trd_1782 nuoB   TRUE 0.998 13.000 0.691 0.003 Y NA
 5473137 5473138 trd_1782 trd_1783   nuoD TRUE 0.993 -3.000 0.015 0.006 Y NA
 5473138 5473139 trd_1783 trd_1784 nuoD   TRUE 0.976 31.000 0.015 0.006 Y NA
 5473139 5473140 trd_1784 trd_1785     TRUE 0.986 23.000 0.032 0.006 Y NA
 5473140 5473141 trd_1785 trd_1786     TRUE 0.993 -3.000 0.007 0.003 Y NA
 5473141 5473142 trd_1786 trd_1787     TRUE 0.985 13.000 0.006 0.006 Y NA
 5473142 5473143 trd_1787 trd_1788     TRUE 0.979 22.000 0.006 0.006 Y NA
 5473143 5473144 trd_1788 trd_1789     TRUE 0.998 15.000 1.000 0.006 Y NA
 5473144 5473145 trd_1789 trd_1790     FALSE 0.511 26.000 0.000 1.000   NA
 5473145 5473146 trd_1790 trd_1791     FALSE 0.380 46.000 0.000 1.000   NA
 5473147 5473148 trd_1792 trd_1793     TRUE 0.989 -3.000 0.200 1.000   NA
 5473148 5473149 trd_1793 trd_1794     FALSE 0.080 148.000 0.000 1.000   NA
 5473151 5473152 trd_1796 trd_1797     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5473153 5473154 trd_1798 trd_1799   ychF TRUE 0.740 48.000 0.002 1.000   NA
 5473154 5473155 trd_1799 trd_1801 ychF   FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5473156 5473157 trd_1800 trd_1802     FALSE 0.208 53.000 0.000 NA   NA
 5473157 5473158 trd_1802 trd_1803     TRUE 0.542 23.000 0.000 1.000 N NA
 5473158 5473159 trd_1803 trd_1804     TRUE 0.996 15.000 0.235 0.001 Y NA
 5473160 5473161 trd_1805 trd_1806     FALSE 0.021 213.000 0.000 NA   NA
 5473161 5473162 trd_1806 trd_1807     FALSE 0.128 211.000 0.000 1.000 Y NA
 5473162 5473163 trd_1807 trd_1808     TRUE 0.999 -3.000 0.698 0.002 Y NA
 5473166 5473167 trd_1811 trd_1812     FALSE 0.168 65.000 0.000 NA   NA
 5473167 5473168 trd_1812 trd_1813     TRUE 0.633 14.000 0.000 1.000   NA
 5473168 5473169 trd_1813 trd_1814     FALSE 0.040 154.000 0.000 NA   NA
 5473169 5473170 trd_1814 trd_1815     FALSE 0.427 -36.000 0.000 NA   NA
 5473170 5473171 trd_1815 trd_1816     FALSE 0.015 377.000 0.000 1.000 N NA
 5473171 5473172 trd_1816 trd_1817     TRUE 0.966 -3.000 0.000 0.010 Y NA
 5473172 5473173 trd_1817 trd_1818   ffh TRUE 0.740 25.000 0.000 0.075 N NA
 5473173 5473174 trd_1818 trd_1819 ffh ftsY TRUE 0.995 3.000 0.024 0.001 Y NA
 5473175 5473176 trd_1820 trd_1821     FALSE 0.086 103.000 0.000 NA   NA
 5473178 5473179 trd_1823 trd_1824     FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5473180 5473181 trd_1825 trd_1826     FALSE 0.112 88.000 0.000 NA   NA
 5473181 5473182 trd_1826 trd_1827   phoU TRUE 0.970 16.000 0.200 NA   NA
 5473182 5473183 trd_1827 trd_1828 phoU pstB FALSE 0.287 109.000 0.000 NA Y NA
 5473183 5473184 trd_1828 trd_1829 pstB pstB TRUE 0.938 21.000 0.000 0.001 Y NA
 5473184 5473185 trd_1829 trd_1830 pstB pstA TRUE 0.988 14.000 0.008 0.001 Y NA
 5473185 5473186 trd_1830 trd_1831 pstA pstC TRUE 0.999 -3.000 0.485 0.001 Y NA
 5473186 5473187 trd_1831 trd_1832 pstC pstS TRUE 0.801 91.000 0.007 1.000 Y NA
 5473187 5473188 trd_1832 trd_1833 pstS   TRUE 0.755 3.000 0.000 1.000 N NA
 5473188 5473189 trd_1833 trd_1834     TRUE 0.619 62.000 0.000 0.007   NA
 5473189 5473190 trd_1834 trd_1835     FALSE 0.058 125.000 0.000 NA   NA
 5473190 5473191 trd_1835 trd_1836     FALSE 0.074 111.000 0.000 NA   NA
 5473193 5473194 trd_1838 trd_1839     TRUE 0.593 18.000 0.000 1.000   NA
 5473194 5473195 trd_1839 trd_1840     FALSE 0.504 118.000 0.000 0.034 Y NA
 5473195 5473196 trd_1840 trd_1841     TRUE 0.995 4.000 0.095 0.034 Y NA
 5473197 5473198 trd_1842 trd_1843   mviN FALSE 0.483 193.000 0.091 1.000   NA
 5473198 5473199 trd_1843 trd_1844 mviN   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473199 5473200 trd_1844 trd_1845     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5473200 5473201 trd_1845 trd_1846     FALSE 0.229 79.000 0.000 1.000   NA
 5473202 5473203 trd_1847 trd_1848     TRUE 0.899 159.000 0.286 0.033 Y NA
 5473203 5473204 trd_1848 trd_1849     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5473206 5473207 trd_1851 trd_1852     TRUE 0.950 11.000 0.013 1.000 N NA
 5473209 5473210 trd_1853 trd_1855     TRUE 0.989 5.000 0.500 NA   NA
 5473210 5473211 trd_1855 trd_1856     FALSE 0.401 -64.000 0.000 NA   NA
 5473212 5473213 trd_1857 trd_1859     TRUE 0.951 -7.000 0.020 NA   NA
 5473214 5473215 trd_1858 trd_1860     FALSE 0.289 35.000 0.000 NA   NA
 5473215 5473216 trd_1860 trd_1861     TRUE 0.998 12.000 0.800 0.034 Y NA
 5473216 5473217 trd_1861 trd_1862     TRUE 0.992 37.000 0.600 0.034 Y NA
 5473217 5473218 trd_1862 trd_1863   hypF FALSE 0.045 202.000 0.000 1.000 N NA
 5473218 5473219 trd_1863 trd_1864 hypF   TRUE 0.863 -16.000 0.000 1.000 Y NA
 5473219 5473220 trd_1864 trd_1865     TRUE 0.660 -13.000 0.000 1.000 N NA
 5473220 5473221 trd_1865 trd_1866   hypE FALSE 0.487 28.000 0.000 1.000 N NA
 5473221 5473222 trd_1866 trd_1867 hypE hypD TRUE 0.995 3.000 0.353 1.000 Y NA
 5473222 5473223 trd_1867 trd_1868 hypD   TRUE 0.938 -13.000 0.017 NA   NA
 5473223 5473224 trd_1868 trd_1869   hypC TRUE 0.978 -13.000 0.250 NA   NA
 5473224 5473225 trd_1869 trd_1870 hypC hypB TRUE 0.788 -31.000 0.000 NA Y NA
 5473225 5473226 trd_1870 trd_1871 hypB   TRUE 0.990 -7.000 0.063 0.002   NA
 5473226 5473227 trd_1871 trd_1872     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5473227 5473228 trd_1872 trd_1873     FALSE 0.041 150.000 0.000 NA   NA
 5473228 5473229 trd_1873 trd_1874     FALSE 0.490 -15.000 0.000 NA   NA
 5473229 5473230 trd_1874 trd_1875     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473230 5473231 trd_1875 trd_1876     TRUE 0.991 6.000 0.696 NA   NA
 5473231 5473232 trd_1876 trd_1877     FALSE 0.091 100.000 0.000 NA   NA
 5473232 5473233 trd_1877 trd_1878     TRUE 0.994 41.000 0.625 0.001 Y NA
 5473234 5473235 trd_1879 trd_1880     FALSE 0.007 408.000 0.000 NA   NA
 5473236 5473237 trd_1881 trd_1882     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473237 5473238 trd_1882 trd_1883     TRUE 0.974 8.000 0.105 NA   NA
 5473240 5473241 trd_1885 trd_1886     FALSE 0.510 -12.000 0.000 NA   NA
 5473241 5473242 trd_1886 trd_1887     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473245 5473246 trd_1890 trd_1891 gltX   FALSE 0.201 55.000 0.000 NA   NA
 5473246 5473247 trd_1891 trd_1893     FALSE 0.005 540.000 0.000 NA   NA
 5473253 5473254 trd_1898 trd_1899     FALSE 0.018 232.000 0.000 NA   NA
 5473254 5473255 trd_1899 trd_1900     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5473255 5473256 trd_1900 trd_1901     TRUE 0.586 -40.000 0.000 1.000   NA
 5473258 5473259 trd_1903 trd_1904     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473259 5473260 trd_1904 trd_1905     FALSE 0.015 384.000 0.000 1.000   NA
 5473261 5473262 trd_1906 trd_1907     FALSE 0.321 56.000 0.000 1.000 N NA
 5473262 5473263 trd_1907 trd_1908     FALSE 0.033 169.000 0.000 NA   NA
 5473263 5473264 trd_1908 trd_1909   cysS FALSE 0.008 377.000 0.000 NA   NA
 5473265 5473266 trd_1910 trd_1912     TRUE 0.904 19.000 0.004 1.000   NA
 5473269 5473270 trd_1913 trd_1915     TRUE 0.983 24.000 1.000 NA   NA
 5473270 5473271 trd_1915 trd_1916     TRUE 0.968 21.000 0.250 NA   NA
 5473271 5473272 trd_1916 trd_1917     TRUE 0.947 46.000 0.250 1.000   NA
 5473273 5473274 trd_1918 trd_1919     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473276 5473277 trd_1921 trd_1922     FALSE 0.010 337.000 0.000 NA   NA
 5473278 5473279 trd_1923 trd_1924     TRUE 0.582 83.000 0.005 NA   NA
 5473279 5473280 trd_1924 trd_1925   minD TRUE 0.987 20.000 0.347 NA Y NA
 5473280 5473281 trd_1925 trd_1926 minD minC TRUE 0.985 30.000 0.368 1.000 Y NA
 5473281 5473282 trd_1926 trd_1927 minC   TRUE 0.977 4.000 0.049 1.000 N NA
 5473282 5473283 trd_1927 trd_1928     TRUE 0.979 -10.000 0.133 1.000   NA
 5473283 5473284 trd_1928 trd_1929     FALSE 0.365 49.000 0.000 1.000   NA
 5473285 5473286 trd_1930 trd_1931     TRUE 0.998 10.000 0.544 0.004 Y NA
 5473286 5473287 trd_1931 trd_1932   treY TRUE 0.969 -3.000 0.000 0.004 Y NA
 5473287 5473288 trd_1932 trd_1933 treY glgB TRUE 0.969 -3.000 0.000 0.004 Y NA
 5473288 5473289 trd_1933 trd_1935 glgB   TRUE 0.972 -3.000 0.019 1.000   NA
 5473290 5473291 trd_1934 trd_1936     TRUE 0.991 12.000 0.796 1.000   NA
 5473291 5473292 trd_1936 trd_1937     TRUE 0.969 10.000 0.004 1.000 Y NA
 5473292 5473293 trd_1937 trd_1938     TRUE 0.957 13.000 0.030 1.000 N NA
 5473293 5473294 trd_1938 trd_1939     FALSE 0.506 26.000 0.000 1.000 N NA
 5473295 5473296 trd_1940 trd_1941     TRUE 0.906 33.000 0.025 1.000 N NA
 5473297 5473298 trd_1942 trd_1943     TRUE 0.883 11.000 0.000 0.010 N NA
 5473298 5473299 trd_1943 trd_1944     FALSE 0.136 76.000 0.000 NA N NA
 5473299 5473300 trd_1944 trd_1945     FALSE 0.312 30.000 0.000 NA N NA
 5473300 5473301 trd_1945 trd_1946     FALSE 0.099 131.000 0.000 1.000 N NA
 5473302 5473303 trd_1947 trd_1948     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5473304 5473305 trd_1949 trd_1950     FALSE 0.004 768.000 0.000 NA   NA
 5473305 5473306 trd_1950 trd_1951     TRUE 0.997 11.000 0.625 0.034 Y NA
 5473306 5473307 trd_1951 trd_1952     TRUE 0.566 106.000 0.000 0.034 Y NA
 5473308 5473309 trd_1954 trd_1955     TRUE 0.999 -3.000 0.444 0.001 Y NA
 5473312 5473313 trd_1958 trd_1959 dgoA   FALSE 0.091 100.000 0.000 NA   NA
 5473313 5473314 trd_1959 trd_1960     FALSE 0.172 64.000 0.000 NA   NA
 5473314 5473315 trd_1960 trd_1961     FALSE 0.009 356.000 0.000 NA   NA
 5473315 5473316 trd_1961 trd_1962     TRUE 0.994 3.000 1.000 NA   NA
 5473316 5473317 trd_1962 trd_1963     TRUE 0.982 -3.000 0.118 NA   NA
 5473317 5473318 trd_1963 trd_1964   pgsA TRUE 0.974 6.000 0.044 1.000   NA
 5473318 5473319 trd_1964 trd_1965 pgsA   TRUE 0.984 7.000 0.156 1.000 N NA
 5473323 5473324 trd_1969 trd_1970     FALSE 0.402 -49.000 0.000 NA   NA
 5473326 5473327 trd_1972 trd_1973     TRUE 0.991 -7.000 0.806 NA N NA
 5473327 5473328 trd_1973 trd_1974     TRUE 0.991 -3.000 0.111 NA Y NA
 5473328 5473329 trd_1974 trd_1975     FALSE 0.396 -96.000 0.000 NA   NA
 5473329 5473330 trd_1975 trd_1976     FALSE 0.445 -27.000 0.000 NA   NA
 5473330 5473331 trd_1976 trd_1977   kefB TRUE 0.990 4.000 0.333 1.000 N NA
 5473332 5473333 trd_1978 trd_1979     FALSE 0.470 -19.000 0.000 NA   NA
 5473335 5473336 trd_1981 trd_1982     FALSE 0.318 30.000 0.000 NA   NA
 5473336 5471370 trd_1982 trd_0002     FALSE 0.007 809.000 0.000 1.000 N NA
 5473337 5473338 trd_A0001 trd_A0003     FALSE 0.185 59.000 0.000 NA   NA
 5473339 5473340 trd_A0002 trd_A0004     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473340 5473341 trd_A0004 trd_A0005     FALSE 0.141 75.000 0.000 NA   NA
 5473341 5473342 trd_A0005 trd_A0006     FALSE 0.276 38.000 0.000 NA   NA
 5473343 5473344 trd_A0007 trd_A0008 pdxH   TRUE 0.687 10.000 0.000 1.000 N NA
 5473344 5473345 trd_A0008 trd_A0009     FALSE 0.014 397.000 0.000 1.000 N NA
 5473350 5473351 trd_A0014 trd_A0015     FALSE 0.074 155.000 0.000 1.000 N NA
 5473351 5473352 trd_A0015 trd_A0016     FALSE 0.189 58.000 0.000 NA   NA
 5473352 5473353 trd_A0016 trd_A0017     FALSE 0.417 19.000 0.000 NA   NA
 5473353 5473354 trd_A0017 trd_A0018     FALSE 0.419 40.000 0.000 1.000   NA
 5473354 5473355 trd_A0018 trd_A0019     TRUE 0.978 -34.000 0.444 NA   NA
 5473356 5473357 trd_A0020 trd_A0021     FALSE 0.304 32.000 0.000 NA   NA
 5473357 5473358 trd_A0021 trd_A0022     FALSE 0.007 411.000 0.000 NA   NA
 5473358 5473359 trd_A0022 trd_A0023     FALSE 0.250 44.000 0.000 NA   NA
 5473359 5473360 trd_A0023 trd_A0024     FALSE 0.131 114.000 0.000 1.000   NA
 5473360 5473361 trd_A0024 trd_A0025     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5473361 5473362 trd_A0025 trd_A0026     TRUE 0.839 -22.000 0.000 0.034   NA
 5473363 5473364 trd_A0027 trd_A0028     TRUE 0.983 -3.000 0.090 1.000   NA
 5473364 5473365 trd_A0028 trd_A0029     TRUE 0.997 -24.000 0.508 0.001 Y NA
 5473365 5473366 trd_A0029 trd_A0030   fliL TRUE 0.990 11.000 0.008 0.001 Y NA
 5473366 5473367 trd_A0030 trd_A0031 fliL   TRUE 0.986 16.000 0.133 1.000 Y NA
 5473367 5473368 trd_A0031 trd_A0032     TRUE 0.989 7.000 0.069 1.000 Y NA
 5473368 5473369 trd_A0032 trd_A0033     TRUE 0.977 22.000 0.124 NA Y NA
 5473370 5473371 trd_A0034 trd_A0035 fliP fliQ TRUE 0.989 11.000 0.008 0.003 Y NA
 5473371 5473372 trd_A0035 trd_A0036 fliQ fliR TRUE 0.999 10.000 1.000 0.002 Y NA
 5473372 5473373 trd_A0036 trd_A0037 fliR flhB TRUE 0.985 4.000 0.019 1.000 Y NA
 5473373 5473374 trd_A0037 trd_A0038 flhB flhA TRUE 0.994 20.000 0.171 0.003 Y NA
 5473374 5473375 trd_A0038 trd_A0039 flhA   TRUE 0.991 4.000 0.440 1.000   NA
 5473375 5473376 trd_A0039 trd_A0040     FALSE 0.036 162.000 0.000 NA   NA
 5473376 5473377 trd_A0040 trd_A0041     FALSE 0.424 18.000 0.000 NA   NA
 5473377 5473378 trd_A0041 trd_A0042     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5473378 5473379 trd_A0042 trd_A0043     TRUE 0.585 5.000 0.000 NA   NA
 5473379 5473380 trd_A0043 trd_A0044     TRUE 0.962 -3.000 0.018 NA   NA
 5473380 5473381 trd_A0044 trd_A0045     TRUE 0.990 12.000 0.018 0.003 Y NA
 5473381 5473382 trd_A0045 trd_A0046     TRUE 0.599 115.000 0.019 1.000   NA
 5473382 5473383 trd_A0046 trd_A0047     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5473383 5473384 trd_A0047 trd_A0048   flgK FALSE 0.152 70.000 0.000 NA   NA
 5473384 5473385 trd_A0048 trd_A0049 flgK flgL TRUE 0.988 29.000 0.057 0.001 Y NA
 5473385 5473386 trd_A0049 trd_A0050 flgL   TRUE 0.974 21.000 0.385 NA   NA
 5473386 5473387 trd_A0050 trd_A0051   csrA FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5473387 5473388 trd_A0051 trd_A0052 csrA   FALSE 0.222 50.000 0.000 NA   NA
 5473388 5473389 trd_A0052 trd_A0053     FALSE 0.017 235.000 0.000 NA   NA
 5473390 5473391 trd_A0054 trd_A0055     FALSE 0.028 189.000 0.000 NA   NA
 5473392 5473393 trd_A0056 trd_A0057     FALSE 0.371 127.000 0.000 0.001   NA
 5473393 5473394 trd_A0057 trd_A0058     FALSE 0.259 71.000 0.000 1.000   NA
 5473394 5473395 trd_A0058 trd_A0059     TRUE 0.988 15.000 1.000 NA N NA
 5473395 5473396 trd_A0059 trd_A0060     TRUE 0.994 2.000 1.000 NA   NA
 5473396 5473397 trd_A0060 trd_A0061     TRUE 0.989 -3.000 0.333 NA   NA
 5473397 5473398 trd_A0061 trd_A0062     TRUE 0.983 10.000 0.333 NA   NA
 5473399 5473400 trd_A0063 trd_A0064     FALSE 0.404 -48.000 0.000 NA   NA
 5473402 5473403 trd_A0066 trd_A0067     FALSE 0.005 513.000 0.000 NA   NA
 5473403 5473404 trd_A0067 trd_A0068     FALSE 0.004 622.000 0.000 NA   NA
 5473404 5473405 trd_A0068 trd_A0069     TRUE 0.997 0.000 0.333 0.038 Y NA
 5473405 5473406 trd_A0069 trd_A0070     FALSE 0.014 403.000 0.000 1.000 N NA
 5473406 5473407 trd_A0070 trd_A0071     FALSE 0.453 34.000 0.000 1.000   NA
 5473407 5473408 trd_A0071 trd_A0072     TRUE 0.912 31.000 0.026 1.000   NA
 5473408 5473409 trd_A0072 trd_A0073     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5473409 5473410 trd_A0073 trd_A0074     TRUE 0.542 -7.000 0.000 NA   NA
 5473410 5473411 trd_A0074 trd_A0075     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5473411 5473412 trd_A0075 trd_A0076     TRUE 0.576 6.000 0.000 NA   NA
 5473412 5473413 trd_A0076 trd_A0077     FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5473413 5473414 trd_A0077 trd_A0078     FALSE 0.248 74.000 0.000 1.000   NA
 5473414 5473415 trd_A0078 trd_A0079     TRUE 0.963 20.000 0.168 NA   NA
 5473415 5473416 trd_A0079 trd_A0080     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5473416 5473417 trd_A0080 trd_A0081     TRUE 0.997 -7.000 0.308 0.016 Y NA
 5473417 5473418 trd_A0081 trd_A0082     TRUE 0.993 4.000 0.308 NA Y NA
 5473418 5473419 trd_A0082 trd_A0083     TRUE 0.953 68.000 0.364 NA Y NA
 5473419 5473420 trd_A0083 trd_A0084     TRUE 0.999 -3.000 0.818 0.033 Y NA
 5473421 5473422 trd_A0085 trd_A0086     FALSE 0.219 51.000 0.000 NA   NA
 5473422 5473423 trd_A0086 trd_A0087     FALSE 0.021 211.000 0.000 NA   NA
 5473424 5473425 trd_A0088 trd_A0089     FALSE 0.059 124.000 0.000 NA   NA
 5473425 5473426 trd_A0089 trd_A0090     TRUE 0.871 62.000 0.108 NA   NA
 5473428 5473429 trd_A0092 trd_A0093     FALSE 0.420 -39.000 0.000 NA   NA
 5473429 5473430 trd_A0093 trd_A0094     FALSE 0.429 -34.000 0.000 NA   NA
 5473430 5473431 trd_A0094 trd_A0095     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473432 5473433 trd_A0096 trd_A0097     FALSE 0.032 172.000 0.000 NA   NA
 5473433 5473434 trd_A0097 trd_A0098     TRUE 0.983 -3.000 0.008 1.000 Y NA
 5473434 5473435 trd_A0098 trd_A0099     TRUE 0.979 27.000 0.008 0.001 Y NA
 5473436 5473437 trd_A0100 trd_A0101     FALSE 0.214 52.000 0.000 NA   NA
 5473438 5473439 trd_A0102 trd_A0103     TRUE 0.993 -3.000 0.809 NA   NA
 5473439 5473440 trd_A0103 trd_A0104     FALSE 0.003 1284.000 0.000 NA   NA
 5473440 5473441 trd_A0104 trd_A0105     FALSE 0.500 -13.000 0.000 NA   NA
 5473441 5473442 trd_A0105 trd_A0106     FALSE 0.262 41.000 0.000 NA   NA
 5473442 5473443 trd_A0106 trd_A0107     TRUE 0.973 0.000 0.043 NA   NA
 5473443 5473444 trd_A0107 trd_A0108     TRUE 0.965 -3.000 0.020 NA   NA
 5473444 5473445 trd_A0108 trd_A0109     TRUE 0.578 -42.000 0.000 1.000 N NA
 5473446 5473447 trd_A0110 trd_A0111     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5473447 5473448 trd_A0111 trd_A0112   cmr TRUE 0.995 -7.000 0.667 NA Y NA
 5473448 5473449 trd_A0112 trd_A0113 cmr cmr TRUE 0.973 15.000 0.038 NA Y NA
 5473449 5473450 trd_A0113 trd_A0114 cmr cmr TRUE 0.887 2.000 0.000 NA Y NA
 5473450 5473451 trd_A0114 trd_A0115 cmr crm TRUE 0.986 -3.000 0.233 NA   NA
 5473451 5473452 trd_A0115 trd_A0116 crm   TRUE 0.986 -7.000 0.411 NA   NA
 5473452 5473453 trd_A0116 trd_A0117     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5473453 5473454 trd_A0117 trd_A0118     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5473457 5473458 trd_A0121 trd_A0122     FALSE 0.024 199.000 0.000 NA   NA
 5473458 5473459 trd_A0122 trd_A0123     FALSE 0.172 64.000 0.000 NA   NA
 5473460 5473461 trd_A0124 trd_A0125     FALSE 0.041 152.000 0.000 NA   NA
 5473464 5473465 trd_A0128 trd_A0129     FALSE 0.295 34.000 0.000 NA   NA
 5473466 5473467 trd_A0130 trd_A0131     TRUE 0.724 46.000 0.000 0.003   NA
 5473468 5473469 trd_A0132 trd_A0133     FALSE 0.435 -31.000 0.000 NA   NA
 5473471 5473472 trd_A0135 trd_A0136     FALSE 0.103 93.000 0.000 NA   NA
 5473472 5473473 trd_A0136 trd_A0137     FALSE 0.450 -25.000 0.000 NA   NA
 5473473 5473474 trd_A0137 trd_A0138     TRUE 0.585 5.000 0.000 NA   NA
 5473474 5473475 trd_A0138 trd_A0140     TRUE 0.971 -3.000 0.035 NA   NA
 5473476 5473477 trd_A0139 trd_A0141     TRUE 0.980 -3.000 0.100 NA   NA
 5473477 5473478 trd_A0141 trd_A0142     FALSE 0.407 -46.000 0.000 NA   NA
 5473479 5473480 trd_A0143 trd_A0145     FALSE 0.007 428.000 0.000 NA   NA
 5473481 5473482 trd_A0144 trd_A0146     FALSE 0.005 518.000 0.000 NA   NA
 5473483 5473484 trd_A0147 trd_A0148     FALSE 0.098 95.000 0.000 NA   NA
 5473486 5473487 trd_A0150 trd_A0151   rsgA FALSE 0.487 29.000 0.000 1.000   NA
 5473487 5473488 trd_A0151 trd_A0152 rsgA   TRUE 0.936 -3.000 0.003 NA   NA
 5473489 5473490 trd_A0153 trd_A0154     FALSE 0.100 94.000 0.000 NA   NA
 5473490 5473491 trd_A0154 trd_A0155     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5473491 5473492 trd_A0155 trd_A0156   alr FALSE 0.249 73.000 0.000 1.000 N NA
 5473493 5473494 trd_A0157 trd_A0159     FALSE 0.003 1482.000 0.000 NA   NA
 5473500 5473501 trd_A0164 trd_A0165   lysX FALSE 0.196 56.000 0.000 NA   NA
 5473501 5473502 trd_A0165 trd_A0166 lysX   FALSE 0.015 258.000 0.000 NA   NA
 5473502 5473503 trd_A0166 trd_A0167     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473506 5473507 trd_A0170 trd_A0171     TRUE 0.951 4.000 0.000 0.071 Y NA
 5473507 5473508 trd_A0171 trd_A0172     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5473508 5473509 trd_A0172 trd_A0173     FALSE 0.500 -13.000 0.000 NA   NA
 5473509 5473510 trd_A0173 trd_A0174     FALSE 0.143 74.000 0.000 NA   NA
 5473511 5473512 trd_A0175 trd_A0176   prpD TRUE 0.965 26.000 0.216 1.000   NA
 5473512 5473513 trd_A0176 trd_A0177 prpD prpB TRUE 0.988 4.000 0.218 1.000   NA
 5473513 5473514 trd_A0177 trd_A0178 prpB   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473514 5473515 trd_A0178 trd_A0179     FALSE 0.189 58.000 0.000 NA   NA
 5473515 5473516 trd_A0179 trd_A0180     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473518 5473519 trd_A0182 trd_A0183     TRUE 0.868 156.000 0.500 1.000 Y NA
 5473519 5473520 trd_A0183 trd_A0184     TRUE 0.997 0.000 0.571 1.000 Y NA
 5473520 5473521 trd_A0184 trd_A0185     TRUE 0.996 -16.000 0.571 0.071 Y NA
 5473526 5473527 trd_A0190 trd_A0191     TRUE 0.980 -3.000 0.096 NA   NA
 5473527 5473528 trd_A0191 trd_A0192     TRUE 0.956 -10.000 0.038 NA   NA
 5473528 5473529 trd_A0192 trd_A0193     TRUE 0.981 5.000 0.153 NA   NA
 5473529 5473530 trd_A0193 trd_A0194     TRUE 0.854 89.000 0.281 NA   NA
 5473530 5473531 trd_A0194 trd_A0195     FALSE 0.237 46.000 0.000 NA   NA
 5473534 5473535 trd_A0198 trd_A0199     TRUE 0.567 7.000 0.000 NA   NA
 5473536 5473537 trd_A0200 trd_A0201     FALSE 0.073 157.000 0.000 1.000   NA
 5473537 5473538 trd_A0201 trd_A0202     TRUE 0.660 -13.000 0.000 1.000 N NA
 5473539 5473540 trd_A0203 trd_A0204     FALSE 0.262 41.000 0.000 NA   NA
 5473540 5473541 trd_A0204 trd_A0205     FALSE 0.004 700.000 0.000 NA   NA
 5473542 5473543 trd_A0206 trd_A0207     FALSE 0.011 324.000 0.000 NA   NA
 5473544 5473545 trd_A0208 trd_A0209     FALSE 0.030 181.000 0.000 NA   NA
 5473545 5473546 trd_A0209 trd_A0210     FALSE 0.003 1024.000 0.000 NA   NA
 5473546 5473547 trd_A0210 trd_A0211     TRUE 0.725 37.000 0.000 1.000 Y NA
 5473547 5473548 trd_A0211 trd_A0212     FALSE 0.318 29.000 0.000 NA N NA
 5473548 5473549 trd_A0212 trd_A0213     FALSE 0.409 20.000 0.000 NA   NA
 5473549 5473550 trd_A0213 trd_A0214     FALSE 0.003 1173.000 0.000 NA   NA
 5473550 5473551 trd_A0214 trd_A0215     TRUE 0.941 -19.000 0.000 0.005 Y NA
 5473551 5473552 trd_A0215 trd_A0216     FALSE 0.010 338.000 0.000 NA   NA
 5473552 5473553 trd_A0216 trd_A0217     FALSE 0.318 30.000 0.000 NA   NA
 5473553 5473554 trd_A0217 trd_A0218     FALSE 0.069 115.000 0.000 NA   NA
 5473554 5473555 trd_A0218 trd_A0219     FALSE 0.232 47.000 0.000 NA   NA
 5473555 5473556 trd_A0219 trd_A0220     TRUE 0.938 46.000 0.298 NA   NA
 5473556 5473557 trd_A0220 trd_A0221   fliS TRUE 0.995 25.000 0.370 0.002 Y NA
 5473557 5473558 trd_A0221 trd_A0222 fliS   TRUE 0.888 14.000 0.000 0.002   NA
 5473558 5473559 trd_A0222 trd_A0223     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5473560 5473561 trd_A0224 trd_A0225     FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5473562 5473563 trd_A0226 trd_A0227     FALSE 0.262 41.000 0.000 NA   NA
 5473563 5473564 trd_A0227 trd_A0228     FALSE 0.131 79.000 0.000 NA   NA
 5473565 5473566 trd_A0229 trd_A0230     TRUE 0.841 52.000 0.000 0.003 Y NA
 5473566 5473567 trd_A0230 trd_A0231     FALSE 0.179 62.000 0.000 NA   NA
 5473568 5473569 trd_A0232 trd_A0233     FALSE 0.094 99.000 0.000 NA   NA
 5473569 5473570 trd_A0233 trd_A0234   modA TRUE 0.790 25.000 0.000 1.000 Y NA
 5473570 5473571 trd_A0234 trd_A0235 modA modB TRUE 0.990 -3.000 0.018 0.001 N NA
 5473571 5473572 trd_A0235 trd_A0236 modB   FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5473572 5473573 trd_A0236 trd_A0237     FALSE 0.003 1290.000 0.000 NA   NA
 5473574 5473575 trd_A0238 trd_A0239     TRUE 0.977 -3.000 0.036 1.000 N NA
 5473576 5473577 trd_A0240 trd_A0241     FALSE 0.007 401.000 0.000 NA   NA
 5473577 5473578 trd_A0241 trd_A0243     FALSE 0.509 11.000 0.000 NA   NA
 5473582 5473583 trd_A0246 trd_A0247     FALSE 0.004 736.000 0.000 NA   NA
 5473583 5473584 trd_A0247 trd_A0248     TRUE 0.976 11.000 0.177 NA   NA
 5473584 5473585 trd_A0248 trd_A0249     TRUE 0.960 -33.000 0.065 1.000 N NA
 5473585 5473586 trd_A0249 trd_A0250     TRUE 0.981 -3.000 0.108 NA N NA
 5473586 5473587 trd_A0250 trd_A0251     TRUE 0.997 -3.000 0.973 NA Y NA
 5473588 5473589 trd_A0252 trd_A0253     FALSE 0.455 15.000 0.000 NA   NA
 5473589 5473590 trd_A0253 trd_A0254     TRUE 0.555 8.000 0.000 NA   NA
 5473591 5473592 trd_A0255 trd_A0256     FALSE 0.019 224.000 0.000 NA N NA
 5473592 5473593 trd_A0256 trd_A0257     FALSE 0.158 68.000 0.000 NA   NA
 5473593 5473594 trd_A0257 trd_A0258     FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5473594 5473595 trd_A0258 trd_A0260     FALSE 0.043 147.000 0.000 NA   NA
 5473596 5473597 trd_A0259 trd_A0261   menD TRUE 0.991 3.000 0.355 1.000 N NA
 5473597 5473598 trd_A0261 trd_A0262 menD   TRUE 0.984 4.000 0.014 1.000 Y NA
 5473598 5473599 trd_A0262 trd_A0263     TRUE 0.985 -3.000 0.118 1.000 N NA
 5473602 5473603 trd_A0266 trd_A0267     TRUE 0.998 -7.000 0.667 0.032 Y NA
 5473603 5473604 trd_A0267 trd_A0268     TRUE 0.986 59.000 0.500 0.032 Y NA
 5473604 5473605 trd_A0268 trd_A0269     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473605 5473606 trd_A0269 trd_A0270     FALSE 0.226 49.000 0.000 NA   NA
 5473607 5473608 trd_A0271 trd_A0272     TRUE 0.585 5.000 0.000 NA   NA
 5473608 5473609 trd_A0272 trd_A0273     FALSE 0.017 241.000 0.000 NA   NA
 5473609 5473610 trd_A0273 trd_A0274     TRUE 0.977 -3.000 0.071 NA   NA
 5473612 5473613 trd_A0276 trd_A0277     FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5473614 5473615 trd_A0278 trd_A0279     TRUE 0.992 -3.000 0.636 NA   NA
 5473615 5473616 trd_A0279 trd_A0280     TRUE 0.961 19.000 0.133 NA   NA
 5473616 5473617 trd_A0280 trd_A0281     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5473618 5473619 trd_A0282 trd_A0283     TRUE 0.613 3.000 0.000 NA   NA
 5473619 5473620 trd_A0283 trd_A0284     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5473620 5473621 trd_A0284 trd_A0285     TRUE 0.585 5.000 0.000 NA   NA
 5473621 5473622 trd_A0285 trd_A0286     FALSE 0.015 258.000 0.000 NA   NA
 5473622 5473623 trd_A0286 trd_A0287     TRUE 0.576 6.000 0.000 NA   NA
 5473623 5473624 trd_A0287 trd_A0288     FALSE 0.008 369.000 0.000 NA   NA
 5473624 5473625 trd_A0288 trd_A0289     FALSE 0.447 326.000 0.105 0.023   NA
 5473625 5473626 trd_A0289 trd_A0290     FALSE 0.102 130.000 0.000 1.000   NA
 5473626 5473627 trd_A0290 trd_A0291     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5473627 5473628 trd_A0291 trd_A0292     FALSE 0.088 102.000 0.000 NA   NA
 5473628 5473629 trd_A0292 trd_A0293     TRUE 0.585 5.000 0.000 NA   NA
 5473630 5473631 trd_A0294 trd_A0295     TRUE 0.781 69.000 0.000 0.003 Y NA
 5473631 5473632 trd_A0295 trd_A0297     FALSE 0.229 48.000 0.000 NA   NA
 5473634 5473635 trd_A0298 trd_A0299     FALSE 0.257 42.000 0.000 NA   NA
 5473636 5473637 trd_A0300 trd_A0301     FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5473640 5473641 trd_A0304 trd_A0305 menB menA TRUE 0.992 14.000 0.049 0.002 Y NA
 5473641 5473642 trd_A0305 trd_A0306 menA menC TRUE 0.991 -3.000 0.037 0.002 N NA
 5473642 5473643 trd_A0306 trd_A0307 menC   FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5473643 5473644 trd_A0307 trd_A0308   menE FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5473644 5473645 trd_A0308 trd_A0309 menE   FALSE 0.471 123.000 0.005 1.000 N NA
 5473646 5473647 trd_A0310 trd_A0311     TRUE 0.560 57.000 0.000 0.052 N NA
 5473647 5473648 trd_A0311 trd_A0312     FALSE 0.100 94.000 0.000 NA   NA
 5473649 5473650 trd_A0313 trd_A0315     FALSE 0.289 35.000 0.000 NA   NA
 5473653 5473654 trd_A0317 trd_A0318     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473654 5473655 trd_A0318 trd_A0319     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473655 5473656 trd_A0319 trd_A0320     TRUE 0.622 15.000 0.000 1.000   NA
 5473657 5473658 trd_A0321 trd_A0322     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473659 5473660 trd_A0323 trd_A0324     TRUE 0.977 82.000 0.500 0.032 Y NA
 5473660 5473661 trd_A0324 trd_A0325     TRUE 0.996 28.000 1.000 0.032 Y NA
 5473661 5473662 trd_A0325 trd_A0326     FALSE 0.021 316.000 0.000 1.000 N NA
 5473662 5473663 trd_A0326 trd_A0327     TRUE 0.613 3.000 0.000 NA   NA
 5473663 5473664 trd_A0327 trd_A0328     FALSE 0.318 30.000 0.000 NA   NA
 5473664 5473665 trd_A0328 trd_A0329     FALSE 0.455 33.000 0.000 1.000 N NA
 5473665 5473666 trd_A0329 trd_A0330     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5473666 5473667 trd_A0330 trd_A0331     TRUE 0.596 17.000 0.000 1.000 N NA
 5473667 5473668 trd_A0331 trd_A0332     TRUE 0.960 128.000 0.800 0.032 Y NA
 5473668 5473669 trd_A0332 trd_A0333     TRUE 0.687 10.000 0.000 1.000 N NA
 5473669 5473670 trd_A0333 trd_A0334     TRUE 0.905 21.000 0.000 0.037 Y NA
 5473670 5473671 trd_A0334 trd_A0335     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5473671 5473672 trd_A0335 trd_A0336     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5473672 5473673 trd_A0336 trd_A0337     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473673 5473674 trd_A0337 trd_A0338     TRUE 0.913 -3.000 0.000 0.030 N NA
 5473674 5473675 trd_A0338 trd_A0339     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473675 5473676 trd_A0339 trd_A0340     FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5473676 5473677 trd_A0340 trd_A0341     TRUE 0.795 37.000 0.000 0.001 N NA
 5473677 5473678 trd_A0341 trd_A0342     FALSE 0.449 34.000 0.000 1.000 N NA
 5473678 5473679 trd_A0342 trd_A0343     FALSE 0.131 112.000 0.000 1.000 N NA
 5473679 5473680 trd_A0343 trd_A0344     FALSE 0.010 509.000 0.000 1.000 N NA
 5473681 5473682 trd_A0345 trd_A0346     FALSE 0.384 183.000 0.000 0.002 Y NA
 5473682 5473683 trd_A0346 trd_A0347     TRUE 0.916 25.000 0.000 0.003 Y NA
 5473683 5473684 trd_A0347 trd_A0348     FALSE 0.338 53.000 0.000 1.000 N NA
 5473684 5473685 trd_A0348 trd_A0349     TRUE 0.970 11.000 0.008 0.037   NA
 5473685 5473686 trd_A0349 trd_A0350     TRUE 0.653 45.000 0.000 0.037   NA
 5473686 5473687 trd_A0350 trd_A0351     FALSE 0.006 450.000 0.000 NA   NA
 5473687 5473688 trd_A0351 trd_A0353     FALSE 0.262 41.000 0.000 NA   NA
 5473689 5473690 trd_A0352 trd_A0354     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5473690 5473691 trd_A0354 trd_A0355     TRUE 0.997 -3.000 0.713 0.069 N NA
 5473695 5473696 trd_A0359 trd_A0360     FALSE 0.289 35.000 0.000 NA   NA
 5473696 5473697 trd_A0360 trd_A0361     FALSE 0.066 117.000 0.000 NA   NA
 5473697 5473698 trd_A0361 trd_A0362     FALSE 0.020 219.000 0.000 NA   NA
 5473699 5473700 trd_A0363 trd_A0364     TRUE 0.816 13.000 0.000 NA Y NA
 5473700 5473701 trd_A0364 trd_A0365     FALSE 0.417 19.000 0.000 NA   NA
 5473701 5473702 trd_A0365 trd_A0366   trpS FALSE 0.214 52.000 0.000 NA   NA
 5473702 5473703 trd_A0366 trd_A0367 trpS   TRUE 0.618 15.000 0.000 1.000 N NA
 5473703 5473704 trd_A0367 trd_A0368     FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5473705 5473706 trd_A0369 trd_A0370     TRUE 0.991 -3.000 0.069 1.000 Y NA
 5473706 5473707 trd_A0370 trd_A0371     TRUE 0.998 -3.000 0.644 0.025 Y NA
 5473707 5473708 trd_A0371 trd_A0372     TRUE 0.997 -3.000 0.810 1.000 Y NA
 5473708 5473709 trd_A0372 trd_A0373     TRUE 0.998 -15.000 0.896 0.006 Y NA
 5473709 5473710 trd_A0373 trd_A0374     TRUE 0.990 4.000 0.500 NA   NA
 5473710 5473711 trd_A0374 trd_A0375     TRUE 0.991 -3.000 0.493 NA   NA
 5473714 5473715 trd_A0378 trd_A0379     FALSE 0.250 44.000 0.000 NA   NA
 5473716 5473717 trd_A0380 trd_A0381 merA   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473718 5473719 trd_A0382 trd_A0383     FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5473719 5473720 trd_A0383 trd_A0384     FALSE 0.016 251.000 0.000 NA   NA
 5473721 5473722 trd_A0385 trd_A0386     FALSE 0.014 274.000 0.000 NA   NA
 5473723 5473724 trd_A0387 trd_A0388     FALSE 0.097 96.000 0.000 NA   NA
 5473724 5473725 trd_A0388 trd_A0389     FALSE 0.268 40.000 0.000 NA   NA
 5473725 5473726 trd_A0389 trd_A0390     FALSE 0.027 276.000 0.000 1.000   NA
 5473726 5473727 trd_A0390 trd_A0391     FALSE 0.483 -16.000 0.000 NA   NA
 5473727 5473728 trd_A0391 trd_A0392     FALSE 0.010 329.000 0.000 NA   NA
 5473728 5473729 trd_A0392 trd_A0393     TRUE 0.960 26.000 0.250 NA   NA
 5473729 5473730 trd_A0393 trd_A0394     TRUE 0.998 10.000 0.667 0.003 Y NA
 5473730 5473731 trd_A0394 trd_A0395     TRUE 0.757 98.000 0.006 0.025 N NA
 5473733 5473734 trd_A0397 trd_A0398     FALSE 0.146 73.000 0.000 NA   NA
 5473735 5473736 trd_A0399 trd_A0400     FALSE 0.424 18.000 0.000 NA   NA
 5473737 5473738 trd_A0401 trd_A0402   pfkB TRUE 0.544 9.000 0.000 NA   NA
 5473738 5473739 trd_A0402 trd_A0403 pfkB   FALSE 0.010 338.000 0.000 NA   NA
 5473739 5473740 trd_A0403 trd_A0404     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5473740 5473741 trd_A0404 trd_A0405     FALSE 0.118 85.000 0.000 NA   NA
 5473741 5473742 trd_A0405 trd_A0406     FALSE 0.201 55.000 0.000 NA   NA
 5473742 5473743 trd_A0406 trd_A0407     FALSE 0.018 354.000 0.000 1.000   NA
 5473743 5473744 trd_A0407 trd_A0408     TRUE 0.766 1.000 0.000 1.000   NA
 5473744 5473745 trd_A0408 trd_A0409     FALSE 0.337 54.000 0.000 1.000   NA
 5473745 5473746 trd_A0409 trd_A0410     FALSE 0.466 14.000 0.000 NA   NA
 5473746 5473747 trd_A0410 trd_A0412     FALSE 0.250 44.000 0.000 NA   NA
 5473751 5473752 trd_A0415 trd_A0416     FALSE 0.028 187.000 0.000 NA   NA
 5473752 5473753 trd_A0416 trd_A0417     FALSE 0.033 170.000 0.000 NA   NA
 5473753 5473754 trd_A0417 trd_A0418     FALSE 0.044 146.000 0.000 NA   NA
 5473756 5473757 trd_A0420 trd_A0421   thiI FALSE 0.349 52.000 0.000 1.000   NA
 5473757 5473758 trd_A0421 trd_A0422 thiI   FALSE 0.004 841.000 0.000 NA   NA
 5473761 5473762 trd_A0425 trd_A0426     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473762 5473763 trd_A0426 trd_A0427     FALSE 0.222 50.000 0.000 NA   NA
 5473763 5473764 trd_A0427 trd_A0428   eat FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5473764 5473765 trd_A0428 trd_A0429 eat   FALSE 0.466 31.000 0.000 1.000 N NA
 5473765 5473766 trd_A0429 trd_A0430     TRUE 0.618 15.000 0.000 1.000 N NA
 5473767 5473768 trd_A0431 trd_A0432     FALSE 0.128 80.000 0.000 NA   NA
 5473768 5473769 trd_A0432 trd_A0433     FALSE 0.318 30.000 0.000 NA   NA
 5473771 5473772 trd_A0435 trd_A0437     FALSE 0.160 102.000 0.000 1.000   NA
 5473774 5473775 trd_A0438 trd_A0439     TRUE 0.633 14.000 0.000 1.000   NA
 5473775 5473776 trd_A0439 trd_A0440     FALSE 0.029 183.000 0.000 NA   NA
 5473776 5473777 trd_A0440 trd_A0441     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473777 5473778 trd_A0441 trd_A0442   ftsH FALSE 0.008 379.000 0.000 NA   NA
 5473778 5473779 trd_A0442 trd_A0443 ftsH   TRUE 0.628 94.000 0.017 NA   NA
 5473781 5473782 trd_A0445 trd_A0446   fabD TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5473782 5473783 trd_A0446 trd_A0447 fabD fabF TRUE 0.940 22.000 0.003 1.000 Y NA
 5473784 5473785 trd_A0448 trd_A0449   mutS TRUE 0.994 22.000 0.220 0.002 Y NA
 5473785 5473786 trd_A0449 trd_A0450 mutS   FALSE 0.011 320.000 0.000 NA   NA
 5473787 5473788 trd_A0451 trd_A0452     TRUE 0.542 -7.000 0.000 NA   NA
 5473788 5473789 trd_A0452 trd_A0453     FALSE 0.009 541.000 0.000 1.000 N NA
 5473789 5473790 trd_A0453 trd_A0454     TRUE 0.998 15.000 0.750 0.003 Y NA
 5473790 5473791 trd_A0454 trd_A0455     FALSE 0.475 30.000 0.000 1.000 N NA
 5473791 5473792 trd_A0455 trd_A0456     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473792 5473793 trd_A0456 trd_A0457     FALSE 0.232 47.000 0.000 NA   NA
 5473795 5473796 trd_A0459 trd_A0460     FALSE 0.332 55.000 0.000 1.000   NA
 5473797 5473798 trd_A0461 trd_A0462     FALSE 0.046 140.000 0.000 NA   NA
 5473798 5473799 trd_A0462 trd_A0463     FALSE 0.006 482.000 0.000 NA   NA
 5473801 5473802 trd_A0464 trd_A0466     FALSE 0.164 66.000 0.000 NA   NA
 5473802 5473803 trd_A0466 trd_A0467     FALSE 0.232 47.000 0.000 NA   NA
 5473803 5473804 trd_A0467 trd_A0468     FALSE 0.196 56.000 0.000 NA   NA
 5473804 5473805 trd_A0468 trd_A0469     TRUE 0.998 -3.000 0.683 0.031 Y NA
 5473805 5473806 trd_A0469 trd_A0470     TRUE 0.994 38.000 0.822 0.031 Y NA
 5473806 5473807 trd_A0470 trd_A0471     FALSE 0.352 51.000 0.000 1.000 N NA
 5473807 5473808 trd_A0471 trd_A0472     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473808 5473809 trd_A0472 trd_A0473     FALSE 0.420 -39.000 0.000 NA   NA
 5473809 5473810 trd_A0473 trd_A0474     FALSE 0.011 323.000 0.000 NA   NA
 5473814 5473815 trd_A0478 trd_A0479     FALSE 0.045 141.000 0.000 NA   NA
 5473815 5473816 trd_A0479 trd_A0480     FALSE 0.390 22.000 0.000 NA   NA
 5473816 5473817 trd_A0480 trd_A0481     FALSE 0.466 14.000 0.000 NA   NA
 5473819 5473820 trd_A0482 trd_A0484 manA   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473820 5473821 trd_A0484 trd_A0485     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473821 5473822 trd_A0485 trd_A0486   lpdA FALSE 0.206 85.000 0.000 1.000 N NA
 5473822 5473823 trd_A0486 trd_A0487 lpdA   FALSE 0.005 507.000 0.000 NA   NA
 5473823 5473824 trd_A0487 trd_A0488     FALSE 0.094 99.000 0.000 NA   NA
 5473824 5473825 trd_A0488 trd_A0489     FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5473825 5473826 trd_A0489 trd_A0490     FALSE 0.155 69.000 0.000 NA   NA
 5473826 5473827 trd_A0490 trd_A0491     FALSE 0.521 -10.000 0.000 NA   NA
 5473827 5473828 trd_A0491 trd_A0492     FALSE 0.005 579.000 0.000 NA   NA
 5473830 5473831 trd_A0494 trd_A0495     FALSE 0.318 30.000 0.000 NA   NA
 5473833 5473834 trd_A0497 trd_A0498     FALSE 0.012 298.000 0.000 NA   NA
 5473834 5473835 trd_A0498 trd_A0499     FALSE 0.027 190.000 0.000 NA   NA
 5473836 5473837 trd_A0500 trd_A0501     FALSE 0.020 220.000 0.000 NA   NA
 5473839 5473840 trd_A0503 trd_A0504 citZ   FALSE 0.155 69.000 0.000 NA   NA
 5473840 5473841 trd_A0504 trd_A0505     FALSE 0.335 27.000 0.000 NA   NA
 5473841 5473842 trd_A0505 trd_A0506     TRUE 0.975 26.000 0.645 NA   NA
 5473842 5473843 trd_A0506 trd_A0507     TRUE 0.682 82.000 0.018 NA   NA
 5473844 5473845 trd_A0508 trd_A0509     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473848 5473849 trd_A0512 trd_A0513     FALSE 0.168 65.000 0.000 NA   NA
 5473849 5473850 trd_A0513 trd_A0514     FALSE 0.005 562.000 0.000 NA   NA
 5473850 5473851 trd_A0514 trd_A0515     TRUE 0.993 -3.000 0.111 1.000 Y NA
 5473851 5473852 trd_A0515 trd_A0516     FALSE 0.012 307.000 0.000 NA   NA
 5473853 5473854 trd_A0517 trd_A0518     FALSE 0.409 20.000 0.000 NA   NA
 5473856 5473857 trd_A0520 trd_A0521     FALSE 0.099 131.000 0.000 1.000 N NA
 5473857 5473858 trd_A0521 trd_A0522     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5473860 5473861 trd_A0523 trd_A0525     FALSE 0.004 854.000 0.000 NA   NA
 5473861 5473862 trd_A0525 trd_A0526     TRUE 0.622 15.000 0.000 1.000   NA
 5473862 5473863 trd_A0526 trd_A0527   recA FALSE 0.038 224.000 0.000 1.000   NA
 5473864 5473865 trd_A0528 trd_A0529     FALSE 0.017 239.000 0.000 NA   NA
 5473865 5473866 trd_A0529 trd_A0531     FALSE 0.049 518.000 0.000 0.001   NA
 5473867 5473868 trd_A0530 trd_A0532     FALSE 0.005 547.000 0.000 NA   NA
 5473868 5473869 trd_A0532 trd_A0533     TRUE 0.991 -3.000 0.092 0.031 N NA
 5473869 5473870 trd_A0533 trd_A0534     TRUE 0.986 57.000 0.462 0.031 Y NA
 5473870 5473871 trd_A0534 trd_A0535     FALSE 0.036 163.000 0.000 NA   NA
 5473872 5473873 trd_A0536 trd_A0537     FALSE 0.152 70.000 0.000 NA   NA
 5473873 5473874 trd_A0537 trd_A0538     TRUE 0.984 -3.000 0.150 NA   NA
 5473874 5473875 trd_A0538 trd_A0539     FALSE 0.222 81.000 0.000 1.000   NA
 5473875 5473876 trd_A0539 trd_A0540     FALSE 0.015 258.000 0.000 NA   NA
 5473877 5473878 trd_A0541 trd_A0542     FALSE 0.003 4766.000 0.000 NA   NA
 5473879 5473880 trd_A0543 trd_A0544     FALSE 0.407 42.000 0.000 1.000   NA
 5473883 5473884 trd_A0547 trd_A0548   cofE FALSE 0.141 75.000 0.000 NA   NA
 5473884 5473885 trd_A0548 trd_A0549 cofE   TRUE 0.959 4.000 0.018 NA   NA
 5473886 5473887 trd_A0550 trd_A0551     FALSE 0.461 -22.000 0.000 NA   NA
 5473887 5473888 trd_A0551 trd_A0552     FALSE 0.328 28.000 0.000 NA   NA
 5473889 5473890 trd_A0553 trd_A0554     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5473893 5473894 trd_A0557 trd_A0558     TRUE 0.959 -3.000 0.012 NA   NA
 5473894 5473895 trd_A0558 trd_A0560     TRUE 0.917 16.000 0.012 NA   NA
 5473896 5473897 trd_A0559 trd_A0561     FALSE 0.016 251.000 0.000 NA   NA
 5473897 5473898 trd_A0561 trd_A0562   acnA FALSE 0.321 56.000 0.000 1.000 N NA
 5473898 5473899 trd_A0562 trd_A0563 acnA   FALSE 0.013 423.000 0.000 1.000 N NA
 5473899 5473900 trd_A0563 trd_A0564     TRUE 0.974 -13.000 0.097 1.000 N NA
 5473900 5473901 trd_A0564 trd_A0565     TRUE 0.997 4.000 0.308 0.035 Y NA
 5473901 5473902 trd_A0565 trd_A0566     TRUE 0.996 13.000 0.444 0.035 Y NA
 5473902 5473903 trd_A0566 trd_A0567     FALSE 0.025 286.000 0.000 1.000 N NA
 5473903 5473904 trd_A0567 trd_A0568     TRUE 0.525 25.000 0.000 1.000   NA
 5473904 5473905 trd_A0568 trd_A0569     TRUE 0.767 -3.000 0.000 1.000   NA
 5473905 5473906 trd_A0569 trd_A0570     TRUE 0.967 -3.000 0.000 0.009 Y NA
 5473907 5473908 trd_A0571 trd_A0572     FALSE 0.432 -33.000 0.000 NA   NA
 5473908 5473909 trd_A0572 trd_A0573     FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5473910 5473911 trd_A0574 trd_A0575     FALSE 0.074 110.000 0.000 NA N NA
 5473914 5473915 trd_A0578 trd_A0579     FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5473916 5473917 trd_A0580 trd_A0581     TRUE 0.567 7.000 0.000 NA   NA
 5473921 5473922 trd_A0585 trd_A0586     FALSE 0.400 21.000 0.000 NA   NA
 5473922 5473923 trd_A0586 trd_A0587     FALSE 0.123 82.000 0.000 NA   NA
 5473923 5473924 trd_A0587 trd_A0588     TRUE 0.558 22.000 0.000 1.000   NA
 5473924 5473925 trd_A0588 trd_A0589     TRUE 0.877 10.000 0.000 0.031   NA
 5473925 5473926 trd_A0589 trd_A0590     FALSE 0.212 83.000 0.000 1.000   NA
 5473926 5473927 trd_A0590 trd_A0591     TRUE 0.672 11.000 0.000 1.000   NA
 5473927 5473928 trd_A0591 trd_A0592     TRUE 0.582 19.000 0.000 1.000 N NA
 5473928 5473929 trd_A0592 trd_A0593     TRUE 0.935 62.000 0.065 1.000 Y NA
 5473929 5473930 trd_A0593 trd_A0594     FALSE 0.070 161.000 0.000 1.000 N NA
 5473930 5473931 trd_A0594 trd_A0595     FALSE 0.037 161.000 0.000 NA   NA
 5473934 5473935 trd_A0598 trd_A0599     FALSE 0.023 204.000 0.000 NA   NA
 5473937 5473938 trd_A0601 trd_A0602     FALSE 0.020 223.000 0.000 NA   NA
 5473938 5473939 trd_A0602 trd_A0603   cbiQ TRUE 0.993 16.000 0.115 0.004 Y NA
 5473939 5473940 trd_A0603 trd_A0604 cbiQ   TRUE 0.996 6.000 0.682 1.000 Y NA
 5473941 5473942 trd_A0605 trd_A0606     FALSE 0.155 103.000 0.000 1.000 N NA
 5473942 5473943 trd_A0606 trd_A0607     FALSE 0.118 118.000 0.000 1.000 N NA
 5473943 5473944 trd_A0607 trd_A0608     TRUE 0.996 7.000 0.154 0.009 Y NA
 5473945 5473946 trd_A0609 trd_A0610     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473946 5473947 trd_A0610 trd_A0611     FALSE 0.376 46.000 0.000 1.000 N NA
 5473947 5473948 trd_A0611 trd_A0612     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5473949 5473950 trd_A0613 trd_A0614     FALSE 0.158 68.000 0.000 NA   NA
 5473951 5473952 trd_A0615 trd_A0616     FALSE 0.071 113.000 0.000 NA   NA
 5473952 5473953 trd_A0616 trd_A0617     TRUE 0.983 -3.000 0.143 NA   NA
 5473953 5473954 trd_A0617 trd_A0618     FALSE 0.509 11.000 0.000 NA   NA
 5473955 5473956 trd_A0619 trd_A0620     FALSE 0.442 16.000 0.000 NA   NA
 5473960 5473961 trd_A0624 trd_A0625     TRUE 0.585 5.000 0.000 NA   NA
 5473961 5473962 trd_A0625 trd_A0626     TRUE 0.953 33.000 0.279 NA   NA
 5473964 5473965 trd_A0628 trd_A0629     TRUE 0.991 11.000 0.784 1.000 N NA
 5473965 5473966 trd_A0629 trd_A0630     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5473968 5473969 trd_A0631 trd_A0633     FALSE 0.048 137.000 0.000 NA   NA
 5473970 5473971 trd_A0634 trd_A0635     TRUE 0.847 84.000 0.033 NA Y NA
 5473971 5473972 trd_A0635 trd_A0636     TRUE 0.994 -3.000 0.033 0.031 Y NA
 5473972 5473973 trd_A0636 trd_A0637     TRUE 0.861 13.000 0.000 1.000 Y NA
 5473973 5473974 trd_A0637 trd_A0638     TRUE 0.998 -13.000 0.773 0.015 Y NA
 5473975 5473976 trd_A0639 trd_A0640     FALSE 0.005 535.000 0.000 NA N NA
 5473976 5473977 trd_A0640 trd_A0641     TRUE 0.990 4.000 0.500 NA   NA
 5473977 5473978 trd_A0641 trd_A0642     FALSE 0.116 86.000 0.000 NA   NA
 5473978 5473979 trd_A0642 trd_A0643   flgD TRUE 0.849 93.000 0.298 NA   NA
 5473979 5473980 trd_A0643 trd_A0644 flgD   TRUE 0.891 32.000 0.029 NA   NA
 5473980 5473981 trd_A0644 trd_A0645   flgB TRUE 0.951 26.000 0.007 0.004   NA
 5473981 5473982 trd_A0645 trd_A0646 flgB   TRUE 0.923 11.000 0.007 NA   NA
 5473982 5473983 trd_A0646 trd_A0647   fliJ TRUE 0.887 20.000 0.006 NA   NA
 5473983 5473984 trd_A0647 trd_A0648 fliJ fliI TRUE 0.925 15.000 0.006 1.000   NA
 5473984 5473985 trd_A0648 trd_A0649 fliI   TRUE 0.987 -10.000 0.143 NA Y NA
 5473985 5473986 trd_A0649 trd_A0650   fliG TRUE 0.979 -7.000 0.029 NA Y NA
 5473986 5473987 trd_A0650 trd_A0651 fliG fliF TRUE 0.998 8.000 0.477 0.004 Y NA
 5473987 5473988 trd_A0651 trd_A0652 fliF fliE TRUE 0.991 27.000 0.164 0.004 Y NA
 5473988 5473989 trd_A0652 trd_A0653 fliE flgC TRUE 0.991 31.000 0.156 0.002 Y NA
 5473989 5473990 trd_A0653 trd_A0654 flgC   FALSE 0.008 363.000 0.000 NA   NA
 5473990 5473991 trd_A0654 trd_A0655     FALSE 0.409 20.000 0.000 NA   NA
 5473991 5473992 trd_A0655 trd_A0656     TRUE 0.544 9.000 0.000 NA   NA
 5473993 5473994 trd_A0657 trd_A0658     TRUE 0.960 16.000 0.059 1.000   NA
 5473996 5473997 trd_A0660 trd_A0661     TRUE 0.977 4.000 0.095 NA   NA
 5473997 5473998 trd_A0661 trd_A0662     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5474000 5474001 trd_A0664 trd_A0665     FALSE 0.023 203.000 0.000 NA   NA
 5474001 5474002 trd_A0665 trd_A0666     TRUE 0.862 64.000 0.059 1.000 N NA
 5474002 5474003 trd_A0666 trd_A0668     TRUE 0.600 4.000 0.000 NA   NA
 5474005 5474006 trd_A0669 trd_A0670     FALSE 0.006 447.000 0.000 NA   NA
 5474006 5474007 trd_A0670 trd_A0671     FALSE 0.509 11.000 0.000 NA   NA
 5474007 5474008 trd_A0671 trd_A0672     TRUE 0.608 -28.000 0.000 1.000   NA
 5474008 5474009 trd_A0672 trd_A0673     TRUE 0.991 3.000 0.571 NA   NA
 5474009 5474010 trd_A0673 trd_A0674     FALSE 0.483 -16.000 0.000 NA   NA
 5474013 5474014 trd_A0677 trd_A0678     FALSE 0.006 500.000 0.000 NA   NA
 5474016 5474017 trd_A0680 trd_A0681     FALSE 0.017 235.000 0.000 NA   NA
 5474019 5474020 trd_A0683 trd_A0684     TRUE 0.576 6.000 0.000 NA   NA
 5474020 5474021 trd_A0684 trd_A0685     FALSE 0.155 69.000 0.000 NA   NA
 5474021 5474022 trd_A0685 trd_A0686     FALSE 0.008 378.000 0.000 NA   NA
 5474022 5474023 trd_A0686 trd_A0687     FALSE 0.006 436.000 0.000 NA   NA
 5474023 5474024 trd_A0687 trd_A0688     FALSE 0.008 369.000 0.000 NA   NA
 5474024 5474025 trd_A0688 trd_A0689     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5474025 5474026 trd_A0689 trd_A0690     FALSE 0.058 125.000 0.000 NA   NA
 5474026 5474027 trd_A0690 trd_A0691     FALSE 0.148 106.000 0.000 1.000   NA
 5474027 5474028 trd_A0691 trd_A0692     FALSE 0.256 72.000 0.000 1.000   NA
 5474028 5474029 trd_A0692 trd_A0693   upp FALSE 0.424 39.000 0.000 1.000   NA
 5474030 5474031 trd_A0694 trd_A0695     FALSE 0.024 199.000 0.000 NA   NA
 5474031 5474032 trd_A0695 trd_A0696     TRUE 0.542 -7.000 0.000 NA   NA
 5474032 5474033 trd_A0696 trd_A0697     FALSE 0.521 -10.000 0.000 NA   NA
 5474035 5474036 trd_A0699 trd_A0700     TRUE 0.959 111.000 0.462 0.030 Y NA
 5474036 5474037 trd_A0700 trd_A0701     TRUE 0.996 13.000 0.423 0.030 Y NA
 5474037 5474038 trd_A0701 trd_A0702     TRUE 0.945 17.000 0.025 1.000   NA
 5474040 5474041 trd_A0704 trd_A0705     FALSE 0.151 105.000 0.000 1.000   NA
 5474041 5474042 trd_A0705 trd_A0706     TRUE 0.637 -19.000 0.000 1.000   NA
 5474042 5474043 trd_A0706 trd_A0707   nagA TRUE 0.981 11.000 0.182 1.000 N NA
 5474043 5474044 trd_A0707 trd_A0708 nagA   TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5474044 5474045 trd_A0708 trd_A0709   anmK TRUE 0.755 3.000 0.000 1.000 N NA
 5474045 5474046 trd_A0709 trd_A0710 anmK   TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5474046 5474047 trd_A0710 trd_A0711     FALSE 0.046 139.000 0.000 NA   NA
 5474048 5474049 trd_A0712 trd_A0713   murQ TRUE 0.967 -10.000 0.086 NA   NA
 5474049 5474050 trd_A0713 trd_A0714 murQ   FALSE 0.014 278.000 0.000 NA   NA
 5474054 5474055 trd_A0718 trd_A0719     FALSE 0.035 165.000 0.000 NA   NA
 5474055 5474056 trd_A0719 trd_A0720     FALSE 0.005 574.000 0.000 NA   NA
 5474056 5474057 trd_A0720 trd_A0721     FALSE 0.030 179.000 0.000 NA   NA
 5474057 5474058 trd_A0721 trd_A0722     FALSE 0.052 132.000 0.000 NA   NA
 5474058 5474059 trd_A0722 trd_A0723     FALSE 0.081 106.000 0.000 NA   NA
 5474059 5474060 trd_A0723 trd_A0724     FALSE 0.510 -12.000 0.000 NA   NA
 5474060 5474061 trd_A0724 trd_A0725     FALSE 0.407 -46.000 0.000 NA   NA
 5474061 5474062 trd_A0725 trd_A0726     FALSE 0.011 311.000 0.000 NA   NA
 5474062 5474063 trd_A0726 trd_A0727     FALSE 0.148 72.000 0.000 NA   NA
 5474063 5474064 trd_A0727 trd_A0728     FALSE 0.004 851.000 0.000 NA   NA
 5474064 5474065 trd_A0728 trd_A0729     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5474068 5474069 trd_A0732 trd_A0733     FALSE 0.022 208.000 0.000 NA   NA
 5474069 5474070 trd_A0733 trd_A0734     FALSE 0.010 326.000 0.000 NA   NA
 5474070 5474071 trd_A0734 trd_A0735     FALSE 0.011 319.000 0.000 NA   NA
 5474071 5474072 trd_A0735 trd_A0737     TRUE 0.889 1.000 0.000 NA Y NA
 5474074 5474075 trd_A0738 trd_A0739     FALSE 0.177 172.000 0.000 0.028   NA
 5474076 5474077 trd_A0740 trd_A0741     FALSE 0.031 176.000 0.000 NA   NA
 5474077 5474078 trd_A0741 trd_A0742     FALSE 0.494 12.000 0.000 NA   NA
 5474078 5474079 trd_A0742 trd_A0743     FALSE 0.059 124.000 0.000 NA   NA
 5474081 5474082 trd_A0745 trd_A0746     TRUE 0.625 -3.000 0.000 NA   NA
 5474082 5474083 trd_A0746 trd_A0747     FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5474084 5474085 trd_A0748 trd_A0749     FALSE 0.431 17.000 0.000 NA   NA
 5474085 5474086 trd_A0749 trd_A0750     FALSE 0.032 173.000 0.000 NA   NA
 5474086 5474087 trd_A0750 trd_A0752     TRUE 0.985 -16.000 0.400 1.000 N NA
 5474088 5474089 trd_A0751 trd_A0753     FALSE 0.106 92.000 0.000 NA   NA
 5474092 5474093 trd_A0756 trd_A0757     FALSE 0.021 215.000 0.000 NA   NA
 5474093 5474094 trd_A0757 trd_A0758     FALSE 0.510 -12.000 0.000 NA   NA
 5474094 5474095 trd_A0758 trd_A0759     FALSE 0.479 13.000 0.000 NA   NA
 5474095 5474096 trd_A0759 trd_A0760     FALSE 0.026 193.000 0.000 NA   NA
 5474096 5474097 trd_A0760 trd_A0761     FALSE 0.214 52.000 0.000 NA   NA
 5474097 5474098 trd_A0761 trd_A0762     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5474100 5474101 trd_A0764 trd_A0765 soj   TRUE 0.990 -7.000 0.500 1.000 N NA
 5474101 5474102 trd_A0765 trd_A0766     FALSE 0.114 225.000 0.000 0.021   NA
 5474103 5474104 trd_A0767 trd_A0768     FALSE 0.222 50.000 0.000 NA   NA
 5474104 5474105 trd_A0768 trd_A0769     TRUE 0.977 4.000 0.048 1.000   NA
 5474105 5474106 trd_A0769 trd_A0770     TRUE 0.995 34.000 0.600 0.001 Y NA
 5474106 5474107 trd_A0770 trd_A0771     TRUE 0.933 32.000 0.065 1.000   NA
 5474107 5474108 trd_A0771 trd_A0772     TRUE 0.578 20.000 0.000 1.000   NA
 5474108 5474109 trd_A0772 trd_A0773     TRUE 0.990 -16.000 0.195 1.000 Y NA
 5474109 5474110 trd_A0773 trd_A0774     TRUE 0.977 13.000 0.049 NA Y NA
 5474110 5474111 trd_A0774 trd_A0775     FALSE 0.070 112.000 0.000 NA N NA
 5474111 5474112 trd_A0775 trd_A0776     TRUE 0.944 14.000 0.000 0.003 Y NA
 5474112 5474113 trd_A0776 trd_A0777     TRUE 0.929 21.000 0.000 0.003 Y NA
 5474115 5474116 trd_A0779 trd_A0780 ppsA   TRUE 0.986 35.000 0.400 0.002   NA
 5474116 5474117 trd_A0780 trd_A0781     FALSE 0.029 184.000 0.000 NA   NA
 5474118 5474119 trd_A0782 trd_A0783     FALSE 0.470 -19.000 0.000 NA   NA
 5474119 5474120 trd_A0783 trd_A0784   panB TRUE 0.980 -3.000 0.055 1.000   NA
 5474120 5474121 trd_A0784 trd_A0785 panB panC TRUE 0.997 -25.000 0.395 0.001 Y NA
 5474121 5474122 trd_A0785 trd_A0786 panC   FALSE 0.403 42.000 0.000 1.000 N NA
 5474122 5474123 trd_A0786 trd_A0787   lgt FALSE 0.298 62.000 0.000 1.000 N NA
 5474124 5474125 trd_A0788 trd_A0789     FALSE 0.034 168.000 0.000 NA   NA
 5474125 5474126 trd_A0789 trd_A0790     FALSE 0.069 115.000 0.000 NA   NA
 5474127 5474128 trd_A0791 trd_A0792     FALSE 0.043 427.000 0.000 1.000 Y NA
 5474128 5474129 trd_A0792 trd_A0793     TRUE 0.994 16.000 1.000 NA Y NA
 5474129 5474130 trd_A0793 trd_A0794     FALSE 0.006 485.000 0.000 NA   NA
 5474130 5474131 trd_A0794 trd_A0795     FALSE 0.358 25.000 0.000 NA   NA
 5474131 5474132 trd_A0795 trd_A0796     TRUE 0.530 10.000 0.000 NA   NA
 5474132 5474133 trd_A0796 trd_A0798     FALSE 0.424 18.000 0.000 NA   NA
 5474135 5474136 trd_A0799 trd_A0800     TRUE 0.976 26.000 0.667 NA   NA
 5474136 5474137 trd_A0800 trd_A0801   cofD FALSE 0.006 434.000 0.000 NA   NA
 5474137 5474138 trd_A0801 trd_A0802 cofD   TRUE 0.984 0.000 0.161 NA   NA
 5474138 5474139 trd_A0802 trd_A0803     FALSE 0.257 42.000 0.000 NA   NA
 5474139 5474140 trd_A0803 trd_A0804     TRUE 0.721 7.000 0.000 1.000   NA
 5474140 5474141 trd_A0804 trd_A0805     TRUE 0.764 -3.000 0.000 1.000 N NA
 5474141 5474142 trd_A0805 trd_A0806     FALSE 0.131 112.000 0.000 1.000 N NA
 5474142 5474143 trd_A0806 trd_A0807     FALSE 0.106 92.000 0.000 NA   NA
 5474143 5474144 trd_A0807 trd_A0809     FALSE 0.185 59.000 0.000 NA   NA
 5474149 5474150 trd_A0813 trd_A0814     TRUE 0.982 -3.000 0.118 NA   NA
 5474150 5474151 trd_A0814 trd_A0815     TRUE 0.964 0.000 0.008 1.000 N NA
 5474154 5474155 trd_A0818 trd_A0819     FALSE 0.146 73.000 0.000 NA   NA
 5474155 5474156 trd_A0819 trd_A0820     TRUE 0.990 -9.000 0.143 1.000 Y NA
 5474156 5474157 trd_A0820 trd_A0821     TRUE 0.908 -10.000 0.000 0.002 N NA
 5474158 5474159 trd_A0822 trd_A0823     FALSE 0.483 -16.000 0.000 NA   NA
 5474159 5474160 trd_A0823 trd_A0824     FALSE 0.126 81.000 0.000 NA   NA
 5474160 5474161 trd_A0824 trd_A0825     FALSE 0.378 23.000 0.000 NA   NA
 5474161 5474162 trd_A0825 trd_A0826     FALSE 0.005 580.000 0.000 NA   NA
 5474162 5474163 trd_A0826 trd_A0827     FALSE 0.385 45.000 0.000 1.000 N NA
 5474163 5474164 trd_A0827 trd_A0828     FALSE 0.114 121.000 0.000 1.000 N NA
 5474164 5474165 trd_A0828 trd_A0829     FALSE 0.174 95.000 0.000 1.000 N NA
 5474165 5474166 trd_A0829 trd_A0830     FALSE 0.004 738.000 0.000 NA   NA
 5474167 5474168 trd_A0831 trd_A0832     TRUE 0.729 6.000 0.000 1.000   NA
 5474168 5474169 trd_A0832 trd_A0833     FALSE 0.103 93.000 0.000 NA   NA
 5474169 5474170 trd_A0833 trd_A0834     FALSE 0.466 14.000 0.000 NA   NA
 5474170 5474171 trd_A0834 trd_A0835     FALSE 0.205 134.000 0.000 NA Y NA
 5474174 5474175 trd_A0838 trd_A0839     FALSE 0.011 308.000 0.000 NA N NA
 5474175 5474176 trd_A0839 trd_A0840     TRUE 0.918 38.000 0.097 NA   NA
 5474176 5474177 trd_A0840 trd_A0841     TRUE 0.964 -10.000 0.065 NA   NA
 5474177 5474178 trd_A0841 trd_A0842     TRUE 0.973 9.000 0.105 NA   NA
 5474179 5474180 trd_A0843 trd_A0844     FALSE 0.077 295.000 0.000 1.000 Y NA
 5474181 5474182 trd_A0845 trd_A0846     FALSE 0.175 63.000 0.000 NA   NA
 5474184 5474185 trd_A0848 trd_A0849     FALSE 0.010 329.000 0.000 NA   NA
 5474185 5474186 trd_A0849 trd_A0850     TRUE 0.934 5.000 0.000 0.001   NA
 5474187 5474188 trd_A0851 trd_A0852   dcd TRUE 0.872 27.000 0.005 1.000 N NA
 5474189 5474190 trd_A0853 trd_A0854   dehII TRUE 0.703 9.000 0.000 1.000   NA
 5474192 5474193 trd_A0856 trd_A0857 proC   TRUE 0.659 12.000 0.000 1.000   NA
 5474197 5474198 trd_A0861 trd_A0862 wbbL   FALSE 0.417 -40.000 0.000 NA   NA
 5474198 5474199 trd_A0862 trd_A0863     FALSE 0.244 45.000 0.000 NA   NA
 5474203 5474204 trd_A0867 trd_A0868     FALSE 0.015 256.000 0.000 NA   NA
 5474204 5474205 trd_A0868 trd_A0869   miaA FALSE 0.074 155.000 0.000 1.000 N NA
 5474206 5474207 trd_A0870 trd_A0871   aroE TRUE 0.943 -3.000 0.004 NA   NA
 5474207 5474208 trd_A0871 trd_A0872 aroE   TRUE 0.800 72.000 0.027 1.000 N NA
 5474209 5474210 trd_A0873 trd_A0874   yhbH TRUE 0.990 -7.000 0.761 NA   NA
 5474210 5474211 trd_A0874 trd_A0875 yhbH   TRUE 0.917 16.000 0.011 NA   NA
 5474211 5474212 trd_A0875 trd_A0876     FALSE 0.018 230.000 0.000 NA   NA
 5474213 5474214 trd_A0877 trd_A0878     FALSE 0.318 30.000 0.000 NA   NA
 5474214 5474215 trd_A0878 trd_A0879     FALSE 0.424 18.000 0.000 NA   NA
 5474216 5474217 trd_A0880 trd_A0881     TRUE 0.628 0.000 0.000 NA   NA
 5474219 5474220 trd_A0883 trd_A0884     FALSE 0.005 582.000 0.000 NA   NA
 5474223 5474224 trd_A0887 trd_A0889     FALSE 0.276 38.000 0.000 NA   NA
 5474225 5474226 trd_A0888 trd_A0890 ftsH   TRUE 0.957 13.000 0.061 NA   NA
 5474226 5474227 trd_A0890 trd_A0891     FALSE 0.029 183.000 0.000 NA   NA
 5474227 5474228 trd_A0891 trd_A0892     TRUE 0.620 2.000 0.000 NA   NA
 5474228 5474229 trd_A0892 trd_A0893     FALSE 0.003 963.000 0.000 NA   NA
 5474231 5474232 trd_A0895 trd_A0896     FALSE 0.204 54.000 0.000 NA   NA
 5474232 5474233 trd_A0896 trd_A0897     FALSE 0.004 736.000 0.000 NA   NA
 5474235 5474236 trd_A0899 trd_A0900 cofH cofG TRUE 0.996 0.000 0.063 0.010 Y NA
 5474239 5474240 trd_A0903 trd_A0905     FALSE 0.020 223.000 0.000 NA   NA
 5474241 5474242 trd_A0904 trd_A0906     FALSE 0.145 168.000 0.000 NA Y NA
 5474242 5474243 trd_A0906 trd_A0907     FALSE 0.021 214.000 0.000 NA   NA
 5474245 5474246 trd_A0909 trd_A0910     FALSE 0.345 26.000 0.000 NA   NA
 5474246 5474247 trd_A0910 trd_A0911     FALSE 0.074 111.000 0.000 NA   NA
 5474250 5474251 trd_A0914 trd_A0915   gmd FALSE 0.366 48.000 0.000 1.000 N NA
 5474255 5474256 trd_A0919 trd_A0920     TRUE 0.938 76.000 0.833 NA   NA
 5474256 5474257 trd_A0920 trd_A0921     TRUE 0.985 -10.000 0.462 NA   NA
 5474257 5474258 trd_A0921 trd_A0922     TRUE 0.978 18.000 0.462 NA   NA
 5474258 5474259 trd_A0922 trd_A0923     TRUE 0.993 14.000 0.417 0.004   NA
 5474259 5474260 trd_A0923 trd_A0924     TRUE 0.993 -3.000 0.600 1.000   NA
 5474260 5474261 trd_A0924 trd_A0925     FALSE 0.150 71.000 0.000 NA   NA
 5474261 5474262 trd_A0925 trd_A0926     FALSE 0.005 514.000 0.000 NA   NA
 5474262 5474263 trd_A0926 trd_A0927     TRUE 0.610 16.000 0.000 1.000   NA
 5474263 5474264 trd_A0927 trd_A0928     TRUE 0.610 16.000 0.000 1.000   NA
 5474264 5474265 trd_A0928 trd_A0929     TRUE 0.885 13.000 0.000 0.003 N NA
 5474265 5474266 trd_A0929 trd_A0930     TRUE 0.690 10.000 0.000 1.000   NA
 5474266 5474267 trd_A0930 trd_A0931     TRUE 0.975 37.000 0.667 1.000   NA
 5474267 5474268 trd_A0931 trd_A0932     TRUE 0.996 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 5474268 5474269 trd_A0932 trd_A0933     TRUE 0.958 -48.000 0.074 1.000   NA
 5474269 5474270 trd_A0933 trd_A0934     TRUE 0.882 50.000 0.074 NA   NA
 5474270 5474271 trd_A0934 trd_A0935   hpaD FALSE 0.208 53.000 0.000 NA   NA
 5474272 5474273 trd_A0936 trd_A0937     FALSE 0.045 143.000 0.000 NA   NA