MicrobesOnline Operon Predictions for Orientia tsutsugamushi str. Ikeda

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
5500441	5500442	OTT_0001	OTT_0002		virB4	TRUE	0.850	0.000	0.000	NA		NA
5500443	5500444	OTT_0003	OTT_0004	gap	pgk	TRUE	0.970	81.000	0.002	0.004	Y	NA
5500444	5500445	OTT_0004	OTT_0005	pgk		TRUE	0.892	14.000	0.000	NA		NA
5500445	5500446	OTT_0005	OTT_0006		proS	TRUE	0.892	14.000	0.000	NA		NA
5500448	5500449	OTT_0008	OTT_0009	efp	suhB	TRUE	0.980	-3.000	0.047	NA	N	NA
5500449	5500450	OTT_0009	OTT_0010	suhB		TRUE	0.812	-7.000	0.000	NA	N	NA
5500450	5500451	OTT_0010	OTT_0011			FALSE	0.112	146.000	0.000	1.000		NA
5500451	5500452	OTT_0011	OTT_0012		prfA	FALSE	0.100	376.000	0.000	1.000		NA
5500452	5500453	OTT_0012	OTT_0013	prfA		FALSE	0.109	204.000	0.000	1.000		NA
5500453	5500454	OTT_0013	OTT_0014		era	TRUE	0.866	-3.000	0.000	1.000		NA
5500458	5500459	OTT_0018	OTT_0019	yqiX	dapB	TRUE	0.990	7.000	0.000	1.000	Y	NA
5500459	5500460	OTT_0019	OTT_0020	dapB		TRUE	0.338	64.000	0.000	NA	N	NA
5500460	5500461	OTT_0020	OTT_0021			TRUE	0.835	13.000	0.000	NA	N	NA
5500461	5500462	OTT_0021	OTT_0022		gltP	FALSE	0.067	178.000	0.000	1.000	N	NA
5500462	5500463	OTT_0022	OTT_0023	gltP	pcnB	TRUE	0.504	53.000	0.000	1.000	N	NA
5500463	5500464	OTT_0023	OTT_0024	pcnB	znuA	TRUE	0.979	-3.000	0.023	1.000	N	NA
5500464	5500465	OTT_0024	OTT_RNA001	znuA		FALSE	0.178	109.000	0.000	NA		NA
5500465	5500466	OTT_RNA001	OTT_0025		hupA	FALSE	0.099	351.000	0.000	NA		NA
5500466	5500467	OTT_0025	OTT_0026	hupA		FALSE	0.095	183.000	0.000	NA		NA
5500467	5500468	OTT_0026	OTT_0027		ksgA	TRUE	0.518	129.000	0.006	1.000		NA
5500468	5500469	OTT_0027	OTT_0028	ksgA		TRUE	0.474	61.000	0.000	NA		NA
5500469	5500470	OTT_0028	OTT_0029			FALSE	0.172	110.000	0.000	NA		NA
5500470	5500471	OTT_0029	OTT_0030		omp1	TRUE	0.998	13.000	0.016	1.000	Y	NA
5500471	5500472	OTT_0030	OTT_0031	omp1	trxA	TRUE	0.870	23.000	0.000	1.000		NA
5500472	5500473	OTT_0031	OTT_0032	trxA	rpmJ	FALSE	0.037	1233.000	0.000	1.000		NA
5500474	5500475	OTT_0033	OTT_0034			FALSE	0.095	178.000	0.000	NA		NA
5500476	5500477	OTT_0035	OTT_0036			FALSE	0.068	573.000	0.000	NA		NA
5500478	5500479	OTT_0037	OTT_0038			TRUE	0.610	248.000	0.125	NA		NA
5500479	5500480	OTT_0038	OTT_0039			FALSE	0.110	212.000	0.000	NA		NA
5500480	5500481	OTT_0039	OTT_0040			TRUE	0.850	0.000	0.000	NA		NA
5500481	5500482	OTT_0040	OTT_0041			FALSE	0.110	138.000	0.000	NA		NA
5500483	5500484	OTT_0042	OTT_0043			TRUE	0.871	9.000	0.000	NA		NA
5500485	5500486	OTT_0044	OTT_0045	lacA		FALSE	0.110	294.000	0.000	NA		NA
5500486	5500487	OTT_0045	OTT_0046			FALSE	0.102	335.000	0.000	NA		NA
5500488	5500489	OTT_0047	OTT_0048			FALSE	0.097	169.000	0.000	NA		NA
5500494	5500495	OTT_0053	OTT_0054			FALSE	0.099	165.000	0.000	NA		NA
5500495	5500496	OTT_0054	OTT_0055			TRUE	0.858	-3.000	0.000	NA		NA
5500496	5500497	OTT_0055	OTT_0056			TRUE	0.876	11.000	0.000	NA		NA
5500497	5500498	OTT_0056	OTT_0057			TRUE	0.803	37.000	0.000	NA		NA
5500498	5500499	OTT_0057	OTT_0058			TRUE	0.677	47.000	0.000	NA		NA
5500499	5500500	OTT_0058	OTT_0059			FALSE	0.083	439.000	0.000	NA		NA
5500500	5500501	OTT_0059	OTT_0060			TRUE	0.420	65.000	0.000	NA		NA
5500505	5500506	OTT_0064	OTT_0065			TRUE	0.882	12.000	0.000	NA		NA
5500506	5500507	OTT_0065	OTT_0066			FALSE	0.102	201.000	0.000	NA		NA
5500507	5500508	OTT_0066	OTT_0067			FALSE	0.033	1386.000	0.000	NA		NA
5500508	5500509	OTT_0067	OTT_0068			TRUE	0.692	46.000	0.000	NA		NA
5500511	5500512	OTT_0070	OTT_0071	radA		TRUE	0.972	0.000	0.005	1.000	N	NA
5500512	5500513	OTT_0071	OTT_0072		fabZ	TRUE	0.849	19.000	0.000	1.000	N	NA
5500515	5500516	OTT_0074	OTT_0075		xerD	FALSE	0.104	331.000	0.000	NA		NA
5500516	5500517	OTT_0075	OTT_RNA002	xerD		TRUE	0.285	85.000	0.000	NA		NA
5500518	5500519	OTT_0076	OTT_0077	tolC		TRUE	0.966	45.000	0.146	NA		NA
5500519	5500520	OTT_0077	OTT_0078			TRUE	0.857	2.000	0.000	NA		NA
5500520	5500521	OTT_0078	OTT_0079		trmD	TRUE	0.662	48.000	0.000	NA		NA
5500521	5500522	OTT_0079	OTT_0080	trmD	rplS	TRUE	0.999	-3.000	0.567	1.000	Y	NA
5500522	5500523	OTT_0080	OTT_0081	rplS	recD	TRUE	0.779	27.000	0.000	1.000	N	NA
5500523	5500524	OTT_0081	OTT_0082	recD	ilvE	FALSE	0.030	1004.000	0.000	1.000	N	NA
5500524	5500525	OTT_0082	OTT_0083	ilvE	dapA	TRUE	0.999	-19.000	0.087	1.000	Y	NA
5500525	5500526	OTT_0083	OTT_0084	dapA	smpB	TRUE	0.975	3.000	0.008	1.000	N	NA
5500526	5500527	OTT_0084	OTT_0085	smpB	sppA	TRUE	0.991	20.000	0.000	1.000	Y	NA
5500527	5500528	OTT_0085	OTT_0086	sppA	lipA	TRUE	0.829	11.000	0.000	1.000	N	NA
5500528	5500529	OTT_0086	OTT_0087	lipA		TRUE	0.985	21.000	0.081	NA	N	NA
5500529	5500530	OTT_0087	OTT_0088		purC	TRUE	0.844	-16.000	0.000	NA	N	NA
5500530	5500531	OTT_0088	OTT_0089	purC		FALSE	0.078	480.000	0.000	NA		NA
5500531	5500532	OTT_0089	OTT_0090			FALSE	0.087	417.000	0.000	NA		NA
5500532	5500533	OTT_0090	OTT_0091			FALSE	0.107	210.000	0.000	NA		NA
5500533	5500534	OTT_0091	OTT_0092			FALSE	0.058	671.000	0.000	NA		NA
5500534	5500535	OTT_0092	OTT_0093			TRUE	0.850	0.000	0.000	NA		NA
5500535	5500536	OTT_0093	OTT_0094			TRUE	0.265	87.000	0.000	NA		NA
5500536	5500537	OTT_0094	OTT_0095			TRUE	0.858	-3.000	0.000	NA		NA
5500537	5500538	OTT_0095	OTT_0096			TRUE	0.850	0.000	0.000	NA		NA
5500538	5500539	OTT_0096	OTT_0097			FALSE	0.164	112.000	0.000	NA		NA
5500539	5500540	OTT_0097	OTT_0098			TRUE	0.932	-37.000	0.000	0.042		NA
5500540	5500541	OTT_0098	OTT_0099			TRUE	0.850	0.000	0.000	NA		NA
5500541	5500542	OTT_0099	OTT_0100			TRUE	0.993	-88.000	0.125	NA		NA
5500542	5500543	OTT_0100	OTT_0101			FALSE	0.101	199.000	0.000	NA		NA
5500543	5500544	OTT_0101	OTT_0102			TRUE	0.858	-3.000	0.000	NA		NA
5500544	5500545	OTT_0102	OTT_0103			TRUE	0.840	86.000	0.667	NA		NA
5500545	5500546	OTT_0103	OTT_0104			TRUE	0.988	1.000	0.400	NA		NA
5500546	5500547	OTT_0104	OTT_0105			FALSE	0.111	289.000	0.000	NA		NA
5500547	5500548	OTT_0105	OTT_0106			FALSE	0.114	265.000	0.000	NA		NA
5500548	5500549	OTT_0106	OTT_0107			FALSE	0.096	188.000	0.000	NA		NA
5500549	5500550	OTT_0107	OTT_0108			TRUE	0.857	32.000	0.000	0.026		NA
5500550	5500551	OTT_0108	OTT_0109			TRUE	0.866	6.000	0.000	NA		NA
5500551	5500552	OTT_0109	OTT_0110			TRUE	0.925	61.000	0.333	NA		NA
5500552	5500553	OTT_0110	OTT_0111			FALSE	0.057	685.000	0.000	NA		NA
5500553	5500554	OTT_0111	OTT_0112			FALSE	0.057	681.000	0.000	NA		NA
5500554	5500555	OTT_0112	OTT_0113			TRUE	0.855	1.000	0.000	NA		NA
5500555	5500556	OTT_0113	OTT_0114			TRUE	0.924	-70.000	0.000	NA		NA
5500556	5500557	OTT_0114	OTT_0115			FALSE	0.094	379.000	0.000	NA		NA
5500558	5500559	OTT_0116	OTT_0117			TRUE	0.623	52.000	0.000	NA		NA
5500559	5500560	OTT_0117	OTT_0118			FALSE	0.104	331.000	0.000	NA		NA
5500560	5500561	OTT_0118	OTT_0119			TRUE	0.734	42.000	0.000	NA		NA
5500562	5500563	OTT_0120	OTT_0121			FALSE	0.111	324.000	0.000	1.000		NA
5500566	5500567	OTT_0124	OTT_0125			FALSE	0.113	136.000	0.000	NA		NA
5500567	5500568	OTT_0125	OTT_0126			FALSE	0.141	122.000	0.000	NA		NA
5500568	5500569	OTT_0126	OTT_0127			TRUE	0.746	42.000	0.000	1.000		NA
5500569	5500570	OTT_0127	OTT_0128			TRUE	0.990	19.000	0.070	0.036		NA
5500570	5500571	OTT_0128	OTT_0129			TRUE	0.987	23.000	0.070	0.036		NA
5500571	5500572	OTT_0129	OTT_0130			TRUE	0.734	42.000	0.000	NA		NA
5500572	5500573	OTT_0130	OTT_0131			FALSE	0.123	129.000	0.000	NA		NA
5500573	5500574	OTT_0131	OTT_0132			FALSE	0.117	228.000	0.000	NA		NA
5500576	5500577	OTT_0134	OTT_0135			TRUE	0.803	37.000	0.000	NA		NA
5500577	5500578	OTT_0135	OTT_0136			TRUE	0.677	47.000	0.000	NA		NA
5500578	5500579	OTT_0136	OTT_0137			TRUE	0.790	38.000	0.000	NA		NA
5500579	5500580	OTT_0137	OTT_0138			FALSE	0.109	300.000	0.000	NA		NA
5500580	5500581	OTT_0138	OTT_0139			FALSE	0.104	153.000	0.000	NA		NA
5500581	5500582	OTT_0139	OTT_0140			TRUE	0.994	-91.000	0.125	NA		NA
5500582	5500583	OTT_0140	OTT_0141			TRUE	0.850	0.000	0.000	NA		NA
5500583	5500584	OTT_0141	OTT_0142			TRUE	0.827	30.000	0.000	NA		NA
5500584	5500585	OTT_0142	OTT_0143			TRUE	0.850	0.000	0.000	NA		NA
5500585	5500586	OTT_0143	OTT_0144			FALSE	0.076	494.000	0.000	NA		NA
5500587	5500588	OTT_0145	OTT_0146			FALSE	0.106	320.000	0.000	NA		NA
5500590	5500591	OTT_0148	OTT_0149			FALSE	0.141	122.000	0.000	NA		NA
5500592	5500593	OTT_0150	OTT_0151			FALSE	0.090	411.000	0.000	NA		NA
5500593	5500594	OTT_0151	OTT_0152			FALSE	0.114	220.000	0.000	NA		NA
5500594	5500595	OTT_0152	OTT_0153			FALSE	0.109	211.000	0.000	NA		NA
5500595	5500596	OTT_0153	OTT_0154			TRUE	0.790	38.000	0.000	NA		NA
5500596	5500597	OTT_0154	OTT_0155			FALSE	0.124	237.000	0.000	1.000		NA
5500597	5500598	OTT_0155	OTT_0156			TRUE	0.445	64.000	0.000	NA		NA
5500598	5500599	OTT_0156	OTT_0157			FALSE	0.123	129.000	0.000	NA		NA
5500600	5500601	OTT_0158	OTT_0159			FALSE	0.040	1078.000	0.000	NA		NA
5500601	5500602	OTT_0159	OTT_0160			TRUE	0.882	12.000	0.000	NA		NA
5500602	5500603	OTT_0160	OTT_0161			FALSE	0.080	470.000	0.000	NA		NA
5500603	5500604	OTT_0161	OTT_0162			FALSE	0.041	1048.000	0.000	NA		NA
5500604	5500605	OTT_0162	OTT_0163			FALSE	0.065	605.000	0.000	NA		NA
5500605	5500606	OTT_0163	OTT_0164		trpS	FALSE	0.036	1209.000	0.000	NA		NA
5500607	5500608	OTT_0165	OTT_0166			FALSE	0.088	415.000	0.000	NA		NA
5500608	5500609	OTT_0166	OTT_0167			TRUE	0.871	9.000	0.000	NA		NA
5500611	5500612	OTT_0169	OTT_0170			FALSE	0.035	1292.000	0.000	NA		NA
5500612	5500613	OTT_0170	OTT_RNA003			TRUE	0.568	55.000	0.000	NA		NA
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