MicrobesOnline Operon Predictions for Rickettsia africae ESF-5

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6958860 6958861 RAF_ORF0001 RAF_ORF0002   trxA TRUE 0.552 218.000 0.053 NA   NA
 6958861 6958862 RAF_ORF0002 RAF_ORF0003 trxA rfbE TRUE 0.994 11.000 0.778 1.000   NA
 6958862 6958863 RAF_ORF0003 RAF_ORF0004 rfbE rfbA TRUE 0.994 1.000 0.304 1.000 Y NA
 6958863 6958864 RAF_ORF0004 RAF_ORF0005 rfbA gltD TRUE 0.985 -3.000 0.088 1.000 N NA
 6958865 6958866 RAF_ORF0006 RAF_ORF0007     TRUE 0.825 22.000 0.000 1.000   NA
 6958866 6958867 RAF_ORF0007 RAF_ORF0008   lpxA TRUE 0.771 31.000 0.000 1.000   NA
 6958867 6958868 RAF_ORF0008 RAF_ORF0009 lpxA fabZ TRUE 0.990 8.000 0.264 1.000 N NA
 6958868 6958869 RAF_ORF0009 RAF_ORF0010 fabZ lpxD TRUE 0.884 196.000 0.212 1.000 N NA
 6958869 6958870 RAF_ORF0010 RAF_RNA01 lpxD   FALSE 0.010 508.000 0.000 NA   NA
 6958871 6958872 RAF_ORF0011 RAF_ORF0012 dus   FALSE 0.057 348.000 0.006 1.000   NA
 6958873 6958874 RAF_ORF0013 RAF_ORF0014   znuA TRUE 0.921 -12.000 0.008 NA   NA
 6958874 6958875 RAF_ORF0014 RAF_ORF0015 znuA pcnB TRUE 0.975 -3.000 0.023 1.000 N NA
 6958875 6958876 RAF_ORF0015 RAF_ORF0016 pcnB   FALSE 0.011 489.000 0.000 NA   NA
 6958876 6958877 RAF_ORF0016 RAF_ORF0018     TRUE 0.858 12.000 0.000 NA   NA
 6958878 6958879 RAF_ORF0019 RAF_RNA02 sca1   FALSE 0.400 110.000 0.000 NA   NA
 6958879 6958880 RAF_RNA02 RAF_ORF0020     FALSE 0.059 289.000 0.000 NA   NA
 6958880 6958881 RAF_ORF0020 RAF_ORF0021     FALSE 0.008 625.000 0.000 NA   NA
 6958882 6958883 RAF_ORF0022 RAF_ORF0023 atpF atpX TRUE 0.998 0.000 0.863 0.013 Y NA
 6958883 6958884 RAF_ORF0023 RAF_ORF0024 atpX atpE TRUE 0.984 19.000 0.278 0.013   NA
 6958884 6958885 RAF_ORF0024 RAF_ORF0025 atpE atpB TRUE 0.946 196.000 0.628 0.009   NA
 6958885 6958886 RAF_ORF0025 RAF_ORF0026 atpB   TRUE 0.985 5.000 0.195 NA   NA
 6958886 6958887 RAF_ORF0026 RAF_ORF0027   dsbG TRUE 0.723 111.000 0.043 NA   NA
 6958889 6958890 RAF_ORF0029 RAF_ORF0030   recF FALSE 0.023 426.000 0.000 1.000   NA
 6958890 6958891 RAF_ORF0030 RAF_ORF0031 recF folA FALSE 0.014 659.000 0.000 1.000 N NA
 6958891 6958892 RAF_ORF0031 RAF_ORF0032 folA folKP FALSE 0.246 214.000 0.000 NA   NA
 6958892 6958893 RAF_ORF0032 RAF_ORF0035 folKP   FALSE 0.012 466.000 0.000 NA   NA
 6958893 6958894 RAF_ORF0035 RAF_ORF0036     TRUE 0.915 58.000 0.250 NA   NA
 6958894 6958895 RAF_ORF0036 RAF_ORF0037     TRUE 0.536 169.000 0.000 NA   NA
 6958898 6958899 RAF_ORF0042 RAF_ORF0043 cvpA sca10 FALSE 0.010 504.000 0.000 NA   NA
 6958900 6958901 RAF_ORF0045 RAF_ORF0046     TRUE 0.985 10.000 0.250 NA   NA
 6958901 6958902 RAF_ORF0046 RAF_ORF0047     FALSE 0.430 77.000 0.000 NA   NA
 6958902 6958903 RAF_ORF0047 RAF_ORF0048   phbB FALSE 0.017 783.000 0.018 NA   NA
 6958903 6958904 RAF_ORF0048 RAF_ORF0049 phbB   FALSE 0.026 359.000 0.000 NA   NA
 6958906 6958907 RAF_ORF0053 RAF_ORF0054   gcp FALSE 0.507 127.000 0.004 NA   NA
 6958907 6958908 RAF_ORF0054 RAF_ORF0055 gcp aco1 TRUE 0.688 183.000 0.005 1.000 N NA
 6958908 6958909 RAF_ORF0055 RAF_ORF0056 aco1   TRUE 0.653 148.000 0.000 1.000 N NA
 6958910 6958911 RAF_ORF0057 RAF_ORF0058 rpsF rpsR TRUE 0.986 25.000 0.319 0.056 Y NA
 6958911 6958912 RAF_ORF0058 RAF_ORF0059 rpsR rplI TRUE 0.995 12.000 0.499 0.056 Y NA
 6958912 6958913 RAF_ORF0059 RAF_ORF0060 rplI tilS FALSE 0.121 299.000 0.002 0.091 N NA
 6958913 6958914 RAF_ORF0060 RAF_ORF0061 tilS ftsH TRUE 0.869 101.000 0.145 1.000 N NA
 6958914 6958915 RAF_ORF0061 RAF_ORF0062 ftsH   FALSE 0.473 89.000 0.000 1.000   NA
 6958915 6958916 RAF_ORF0062 RAF_ORF0063   sdhB FALSE 0.011 621.000 0.000 1.000   NA
 6958916 6958917 RAF_ORF0063 RAF_ORF0064 sdhB   TRUE 0.565 75.000 0.006 NA   NA
 6958918 6958919 RAF_ORF0065 RAF_ORF0066   lgt TRUE 0.978 -21.000 0.170 NA   NA
 6958920 6958921 RAF_ORF0067 RAF_ORF0068   yidC TRUE 0.711 184.000 0.008 1.000 N NA
 6958921 6958922 RAF_ORF0068 RAF_ORF0069 yidC pgsA TRUE 0.966 0.000 0.008 0.093 N NA
 6958926 6958927 RAF_ORF0073 RAF_ORF0074     FALSE 0.009 564.000 0.000 NA   NA
 6958929 6958930 RAF_ORF0076 RAF_ORF0077 tlc1 uhpC TRUE 0.975 59.000 0.875 NA N NA
 6958930 6958931 RAF_ORF0077 RAF_ORF0078 uhpC ndk TRUE 0.861 25.000 0.007 NA N NA
 6958931 6958932 RAF_ORF0078 RAF_ORF0079 ndk gidA TRUE 0.955 4.000 0.007 1.000 N NA
 6958932 6958933 RAF_ORF0079 RAF_ORF0080 gidA gidB TRUE 0.992 -19.000 0.466 1.000 N NA
 6958933 6958934 RAF_ORF0080 RAF_ORF0081 gidB soj TRUE 0.993 -3.000 0.339 1.000 N NA
 6958934 6958935 RAF_ORF0081 RAF_ORF0082 soj   TRUE 0.996 -13.000 0.827 1.000 N NA
 6958935 6958936 RAF_ORF0082 RAF_ORF0083   abcT1 FALSE 0.176 258.000 0.006 1.000   NA
 6958936 6958937 RAF_ORF0083 RAF_ORF0084 abcT1   TRUE 0.947 3.000 0.013 NA   NA
 6958937 6958938 RAF_ORF0084 RAF_ORF0085   kdsA TRUE 0.807 36.000 0.011 NA   NA
 6958938 6958939 RAF_ORF0085 RAF_ORF0086 kdsA   FALSE 0.007 728.000 0.000 NA   NA
 6958941 6958942 RAF_ORF0088 RAF_ORF0089 dgt argS TRUE 0.880 152.000 0.062 1.000 N NA
 6958942 6958943 RAF_ORF0089 RAF_ORF0090 argS   TRUE 0.654 173.000 0.008 NA   NA
 6958946 6958947 RAF_ORF0093 RAF_ORF0094     FALSE 0.028 353.000 0.000 NA   NA
 6958948 6958949 RAF_ORF0095 RAF_ORF0096 dcd secB TRUE 0.841 46.000 0.015 1.000 N NA
 6958949 6958950 RAF_ORF0096 RAF_ORF0097 secB czcR FALSE 0.379 219.000 0.005 1.000 N NA
 6958950 6958951 RAF_ORF0097 RAF_ORF0098 czcR   TRUE 0.973 4.000 0.038 1.000   NA
 6958952 6958953 RAF_ORF0099 RAF_ORF0100   pntB TRUE 0.832 55.000 0.047 NA   NA
 6958953 6958954 RAF_ORF0100 RAF_ORF0101 pntB ompW TRUE 0.845 141.000 0.046 1.000 N NA
 6958955 6958956 RAF_ORF0102 RAF_ORF0103 sam proP1 TRUE 0.993 -13.000 0.556 1.000 N NA
 6958956 6958957 RAF_ORF0103 RAF_RNA03 proP1   FALSE 0.009 581.000 0.000 NA   NA
 6958957 6958958 RAF_RNA03 RAF_ORF0104   secG FALSE 0.498 179.000 0.000 NA   NA
 6958960 6958961 RAF_ORF0106 RAF_ORF0107 cysS rpsB FALSE 0.265 247.000 0.000 1.000 Y NA
 6958961 6958962 RAF_ORF0107 RAF_ORF0108 rpsB tsf TRUE 0.960 197.000 0.748 1.000 Y NA
 6958962 6958963 RAF_ORF0108 RAF_ORF0109 tsf   FALSE 0.012 473.000 0.000 NA   NA
 6958964 6958965 RAF_ORF0110 RAF_ORF0111 kdtA   TRUE 0.985 -3.000 0.179 NA   NA
 6958965 6958966 RAF_ORF0111 RAF_ORF0112   aatA TRUE 0.838 151.000 0.062 NA   NA
 6958967 6958968 RAF_ORF0113 RAF_ORF0114   vacJ TRUE 0.975 5.000 0.049 1.000   NA
 6958968 6958969 RAF_ORF0114 RAF_ORF0115 vacJ   TRUE 0.960 20.000 0.070 NA N NA
 6958969 6958970 RAF_ORF0115 RAF_ORF0116   prs FALSE 0.011 483.000 0.000 NA   NA
 6958970 6958971 RAF_ORF0116 RAF_ORF0118 prs alr FALSE 0.084 266.000 0.000 NA   NA
 6958971 6958972 RAF_ORF0118 RAF_ORF0119 alr   TRUE 0.717 146.000 0.012 NA N NA
 6958972 6958973 RAF_ORF0119 RAF_ORF0120   mkl TRUE 0.930 154.000 0.178 NA Y NA
 6958973 6958974 RAF_ORF0120 RAF_ORF0121 mkl   TRUE 0.973 2.000 0.050 NA   NA
 6958975 6958976 RAF_ORF0122 RAF_ORF0123     FALSE 0.043 308.000 0.000 NA   NA
 6958977 6958978 RAF_ORF0124 RAF_ORF0125 rpmB rpmE TRUE 0.976 -3.000 0.009 0.054 Y NA
 6958978 6958979 RAF_ORF0125 RAF_RNA04 rpmE   FALSE 0.357 201.000 0.000 NA   NA
 6958979 6958980 RAF_RNA04 RAF_ORF0126     FALSE 0.034 331.000 0.000 NA   NA
 6958980 6958981 RAF_ORF0126 RAF_ORF0127   argB TRUE 0.958 -52.000 0.046 1.000   NA
 6958981 6958982 RAF_ORF0127 RAF_ORF0128 argB virB3 TRUE 0.912 13.000 0.004 NA N NA
 6958982 6958983 RAF_ORF0128 RAF_ORF0129 virB3 virB4-1 TRUE 0.961 90.000 0.789 NA Y NA
 6958983 6958984 RAF_ORF0129 RAF_ORF0130 virB4-1 virB6-1 TRUE 0.947 118.000 0.421 1.000 Y NA
 6958984 6958985 RAF_ORF0130 RAF_ORF0131 virB6-1 virB6-2 TRUE 0.863 -13.000 0.000 NA   NA
 6958985 6958986 RAF_ORF0131 RAF_ORF0133 virB6-2 virB6-3 TRUE 0.869 10.000 0.000 NA   NA
 6958986 6958987 RAF_ORF0133 RAF_ORF0134 virB6-3 virB6-4 TRUE 0.981 174.000 0.750 0.006 Y NA
 6958987 6958988 RAF_ORF0134 RAF_ORF0135 virB6-4 virB6-5 TRUE 0.986 153.000 0.875 0.006 Y NA
 6958988 6958989 RAF_ORF0135 RAF_ORF0136 virB6-5 pta FALSE 0.009 572.000 0.000 NA   NA
 6958989 6958990 RAF_ORF0136 RAF_ORF0138 pta ackA TRUE 0.882 6.000 0.000 NA   NA
 6958990 6958991 RAF_ORF0138 RAF_ORF0140 ackA trmD FALSE 0.007 727.000 0.000 NA   NA
 6958991 6958992 RAF_ORF0140 RAF_ORF0141 trmD rplS TRUE 0.993 18.000 0.567 1.000 Y NA
 6958994 6958995 RAF_ORF0143 RAF_ORF0144 secF nuoF TRUE 0.806 165.000 0.015 1.000 N NA
 6958995 6958996 RAF_ORF0144 RAF_ORF0145 nuoF lepB TRUE 0.795 184.000 0.021 1.000 N NA
 6958996 6958997 RAF_ORF0145 RAF_ORF0146 lepB rnc TRUE 0.962 0.000 0.010 1.000 N NA
 6958997 6958998 RAF_ORF0146 RAF_ORF0147 rnc era TRUE 0.985 -7.000 0.098 0.029   NA
 6958998 6958999 RAF_ORF0147 RAF_ORF0148 era ruvC TRUE 0.608 117.000 0.007 1.000   NA
 6958999 6959000 RAF_ORF0148 RAF_ORF0149 ruvC   TRUE 0.955 2.000 0.006 1.000 N NA
 6959001 6959002 RAF_ORF0150 RAF_ORF0151     TRUE 0.876 60.000 0.118 NA   NA
 6959002 6959003 RAF_ORF0151 RAF_ORF0152   mrp TRUE 0.970 -3.000 0.025 NA N NA
 6959004 6959005 RAF_ORF0153 RAF_ORF0154 hflK hflC2 TRUE 0.977 93.000 0.947 0.022 Y NA
 6959005 6959006 RAF_ORF0154 RAF_ORF0155 hflC2 htrA TRUE 0.961 38.000 0.084 0.022 Y NA
 6959006 6959007 RAF_ORF0155 RAF_ORF0156 htrA   TRUE 0.762 177.000 0.023 NA   NA
 6959007 6959008 RAF_ORF0156 RAF_ORF0157   sdhC TRUE 0.797 167.000 0.026 NA   NA
 6959008 6959009 RAF_ORF0157 RAF_ORF0158 sdhC sdhD TRUE 0.958 145.000 0.291 0.003 Y NA
 6959009 6959010 RAF_ORF0158 RAF_ORF0159 sdhD sdhA TRUE 0.975 134.000 0.705 0.006 Y NA
 6959010 6959011 RAF_ORF0159 RAF_ORF0160 sdhA yqiY TRUE 0.726 148.000 0.006 1.000 N NA
 6959011 6959012 RAF_ORF0160 RAF_ORF0161 yqiY rpsL TRUE 0.868 161.000 0.044 1.000 N NA
 6959012 6959013 RAF_ORF0161 RAF_ORF0162 rpsL rpsG TRUE 0.957 27.000 0.029 0.011 Y NA
 6959013 6959014 RAF_ORF0162 RAF_ORF0163 rpsG fusA TRUE 0.986 12.000 0.114 1.000 Y NA
 6959014 6959015 RAF_ORF0163 RAF_RNA05 fusA   TRUE 0.512 148.000 0.000 NA   NA
 6959015 6959016 RAF_RNA05 RAF_ORF0164   secE FALSE 0.377 197.000 0.000 NA   NA
 6959016 6959017 RAF_ORF0164 RAF_ORF0165 secE nusG TRUE 0.995 16.000 0.843 1.000 N NA
 6959017 6959018 RAF_ORF0165 RAF_ORF0166 nusG rplK TRUE 0.721 272.000 0.681 1.000 N NA
 6959018 6959019 RAF_ORF0166 RAF_ORF0167 rplK rplA TRUE 0.998 6.000 0.838 0.073 Y NA
 6959019 6959020 RAF_ORF0167 RAF_ORF0168 rplA rplJ TRUE 0.939 111.000 0.302 0.073 Y NA
 6959020 6959021 RAF_ORF0168 RAF_ORF0169 rplJ rplL TRUE 0.973 200.000 0.884 0.054 Y NA
 6959021 6959022 RAF_ORF0169 RAF_ORF0170 rplL rpoB FALSE 0.060 945.000 0.223 1.000   NA
 6959022 6959023 RAF_ORF0170 RAF_ORF0171 rpoB rpoC TRUE 0.819 258.000 0.851 0.003   NA
 6959025 6959026 RAF_ORF0173 RAF_ORF0174 pepA   TRUE 0.591 219.000 0.061 NA N NA
 6959026 6959027 RAF_ORF0174 RAF_ORF0175     TRUE 0.803 83.000 0.082 NA   NA
 6959027 6959028 RAF_ORF0175 RAF_ORF0176   aspS FALSE 0.479 91.000 0.005 NA   NA
 6959029 6959030 RAF_ORF0177 RAF_ORF0178     FALSE 0.022 384.000 0.000 NA   NA
 6959030 6959031 RAF_ORF0178 RAF_ORF0179   dapB TRUE 0.578 74.000 0.006 NA   NA
 6959031 6959032 RAF_ORF0179 RAF_ORF0180 dapB   TRUE 0.895 22.000 0.011 1.000   NA
 6959032 6959033 RAF_ORF0180 RAF_ORF0181   yqiX TRUE 0.986 -15.000 0.250 1.000   NA
 6959033 6959034 RAF_ORF0181 RAF_ORF0182 yqiX gatB FALSE 0.468 211.000 0.005 1.000 N NA
 6959034 6959035 RAF_ORF0182 RAF_ORF0183 gatB gatA TRUE 0.996 3.000 0.492 0.004 Y NA
 6959035 6959036 RAF_ORF0183 RAF_ORF0184 gatA gatC TRUE 0.997 3.000 0.643 0.004 Y NA
 6959036 6959037 RAF_ORF0184 RAF_ORF0185 gatC   FALSE 0.048 302.000 0.000 NA   NA
 6959037 6959038 RAF_ORF0185 RAF_ORF0186   rrf FALSE 0.039 315.000 0.000 NA   NA
 6959038 6959039 RAF_ORF0186 RAF_ORF0187 rrf pyrH TRUE 0.624 289.000 0.626 1.000 N NA
 6959039 6959040 RAF_ORF0187 RAF_ORF0188 pyrH mnhE TRUE 0.950 9.000 0.008 1.000 N NA
 6959040 6959041 RAF_ORF0188 RAF_ORF0189 mnhE emrB TRUE 0.987 -16.000 0.171 0.089 N NA
 6959043 6959044 RAF_ORF0191 RAF_ORF0192     TRUE 0.894 2.000 0.000 NA   NA
 6959044 6959045 RAF_ORF0192 RAF_RNA06     FALSE 0.015 450.000 0.000 NA   NA
 6959045 6959046 RAF_RNA06 RAF_ORF0193   omp1 TRUE 0.522 173.000 0.000 NA   NA
 6959046 6959047 RAF_ORF0193 RAF_ORF0194 omp1   FALSE 0.461 239.000 0.016 1.000 Y NA
 6959048 6959049 RAF_ORF0195 RAF_ORF0196 nusB rrmJ TRUE 0.670 135.000 0.010 NA N NA
 6959052 6959053 RAF_ORF0199 RAF_ORF0200     TRUE 0.938 0.000 0.008 NA   NA
 6959055 6959056 RAF_ORF0202 RAF_ORF0203   acrF FALSE 0.482 255.000 0.179 NA   NA
 6959057 6959058 RAF_ORF0204 RAF_ORF0205 hupA holB TRUE 0.866 155.000 0.020 1.000 Y NA
 6959058 6959059 RAF_ORF0205 RAF_ORF0206 holB ffh FALSE 0.443 207.000 0.000 1.000 N NA
 6959061 6959062 RAF_ORF0212 RAF_ORF0213 hemN   FALSE 0.180 222.000 0.000 NA   NA
 6959063 6959064 RAF_ORF0214 RAF_ORF0215 cmcI gltP FALSE 0.016 433.000 0.000 NA   NA
 6959064 6959065 RAF_ORF0215 RAF_ORF0216 gltP cutA TRUE 0.871 41.000 0.017 1.000 N NA
 6959065 6959066 RAF_ORF0216 RAF_ORF0217 cutA   TRUE 0.970 3.000 0.017 1.000 N NA
 6959066 6959067 RAF_ORF0217 RAF_ORF0218   sucB TRUE 0.752 68.000 0.013 1.000 N NA
 6959067 6959068 RAF_ORF0218 RAF_ORF0219 sucB sucA TRUE 0.977 165.000 0.667 1.000 Y NA
 6959068 6959069 RAF_ORF0219 RAF_ORF0220 sucA   TRUE 0.645 134.000 0.003 1.000 N NA
 6959069 6959070 RAF_ORF0220 RAF_ORF0221   recN TRUE 0.723 177.000 0.006 1.000 N NA
 6959070 6959071 RAF_ORF0221 RAF_ORF0222 recN comL TRUE 0.983 8.000 0.117 1.000   NA
 6959071 6959072 RAF_ORF0222 RAF_ORF0223 comL chaB FALSE 0.136 241.000 0.000 NA   NA
 6959072 6959073 RAF_ORF0223 RAF_ORF0224 chaB dnaJ TRUE 0.568 137.000 0.005 NA   NA
 6959073 6959074 RAF_ORF0224 RAF_ORF0225 dnaJ dnaK TRUE 0.938 129.000 0.236 0.007 Y NA
 6959077 6959078 RAF_ORF0228 RAF_ORF0229   holA TRUE 0.978 8.000 0.097 NA   NA
 6959078 6959079 RAF_ORF0229 RAF_ORF0230 holA coq7 TRUE 0.738 148.000 0.007 1.000 N NA
 6959079 6959080 RAF_ORF0230 RAF_ORF0231 coq7 coxC FALSE 0.020 476.000 0.000 1.000 N NA
 6959080 6959081 RAF_ORF0231 RAF_ORF0232 coxC virB2 TRUE 0.810 156.000 0.022 NA N NA
 6959084 6959085 RAF_ORF0235 RAF_ORF0237   pbpC FALSE 0.023 383.000 0.000 NA   NA
 6959087 6959088 RAF_ORF0241 RAF_ORF0242 uspA imp TRUE 0.983 10.000 0.200 NA   NA
 6959088 6959089 RAF_ORF0242 RAF_ORF0243 imp   TRUE 0.995 5.000 0.778 NA   NA
 6959089 6959090 RAF_ORF0243 RAF_ORF0244   fdxB TRUE 0.968 13.000 0.068 NA   NA
 6959090 6959091 RAF_ORF0244 RAF_ORF0245 fdxB hscA TRUE 0.893 64.000 0.091 1.000 N NA
 6959091 6959092 RAF_ORF0245 RAF_ORF0246 hscA hscB TRUE 0.996 -9.000 0.634 1.000 Y NA
 6959095 6959096 RAF_ORF0249 RAF_ORF0250 grxC1 atm1 FALSE 0.511 60.000 0.000 NA   NA
 6959096 6959097 RAF_ORF0250 RAF_ORF0253 atm1 gyrA FALSE 0.006 1466.000 0.000 NA   NA
 6959097 6959098 RAF_ORF0253 RAF_ORF0254 gyrA   FALSE 0.010 526.000 0.000 NA   NA
 6959098 6959099 RAF_ORF0254 RAF_ORF0256     FALSE 0.028 350.000 0.000 NA   NA
 6959099 6959100 RAF_ORF0256 RAF_ORF0257   def1 FALSE 0.015 454.000 0.000 NA   NA
 6959100 6959101 RAF_ORF0257 RAF_ORF0258 def1 fmt TRUE 0.974 -3.000 0.008 0.083 Y NA
 6959101 6959102 RAF_ORF0258 RAF_ORF0259 fmt   TRUE 0.534 170.000 0.000 NA   NA
 6959102 6959103 RAF_ORF0259 RAF_RNA07   rrl FALSE 0.092 259.000 0.000 NA   NA
 6959103 6959104 RAF_RNA07 RAF_RNA08 rrl rrf FALSE 0.071 278.000 0.000 NA   NA
 6959104 6959105 RAF_RNA08 RAF_ORF0260 rrf   FALSE 0.019 407.000 0.000 NA   NA
 6959106 6959107 RAF_ORF0262 RAF_ORF0263 n2B queA FALSE 0.296 215.000 0.000 1.000   NA
 6959108 6959109 RAF_ORF0264 RAF_ORF0265     FALSE 0.020 390.000 0.000 NA   NA
 6959111 6959112 RAF_ORF0267 RAF_ORF0268   cydA TRUE 0.945 152.000 0.500 NA   NA
 6959112 6959113 RAF_ORF0268 RAF_ORF0269 cydA cydB TRUE 0.990 8.000 0.095 0.051 Y NA
 6959113 6959114 RAF_ORF0269 RAF_ORF0270 cydB   FALSE 0.421 202.000 0.000 NA N NA
 6959114 6959115 RAF_ORF0270 RAF_ORF0271     TRUE 0.993 11.000 0.681 NA   NA
 6959115 6959116 RAF_ORF0271 RAF_ORF0272   lgtF TRUE 0.923 -7.000 0.007 NA   NA
 6959116 6959117 RAF_ORF0272 RAF_ORF0273 lgtF mpp TRUE 0.711 77.000 0.025 NA   NA
 6959117 6959118 RAF_ORF0273 RAF_ORF0274 mpp purC TRUE 0.734 154.000 0.011 1.000   NA
 6959118 6959119 RAF_ORF0274 RAF_ORF0275 purC   FALSE 0.018 410.000 0.000 NA   NA
 6959119 6959120 RAF_ORF0275 RAF_ORF0276   thrS FALSE 0.490 96.000 0.006 NA   NA
 6959120 6959121 RAF_ORF0276 RAF_ORF0277 thrS mdlB FALSE 0.009 565.000 0.000 NA   NA
 6959122 6959123 RAF_ORF0279 RAF_ORF0281     FALSE 0.016 444.000 0.000 NA   NA
 6959126 6959127 RAF_ORF0284 RAF_ORF0285 tolC   TRUE 0.984 2.000 0.146 NA   NA
 6959127 6959128 RAF_ORF0285 RAF_ORF0286     TRUE 0.609 217.000 0.073 NA   NA
 6959128 6959129 RAF_ORF0286 RAF_ORF0287   parE FALSE 0.485 210.000 0.016 NA   NA
 6959129 6959130 RAF_ORF0287 RAF_ORF0288 parE ctp TRUE 0.721 116.000 0.015 1.000 N NA
 6959130 6959131 RAF_ORF0288 RAF_ORF0289 ctp barA FALSE 0.357 215.000 0.000 1.000 N NA
 6959131 6959132 RAF_ORF0289 RAF_ORF0290 barA   TRUE 0.893 66.000 0.143 1.000   NA
 6959132 6959133 RAF_ORF0290 RAF_ORF0291     TRUE 0.991 13.000 0.583 NA   NA
 6959133 6959134 RAF_ORF0291 RAF_ORF0292     TRUE 0.907 23.000 0.022 NA   NA
 6959134 6959135 RAF_ORF0292 RAF_ORF0293   rplM TRUE 0.554 93.000 0.006 1.000   NA
 6959135 6959136 RAF_ORF0293 RAF_ORF0294 rplM rpsI TRUE 0.993 7.000 0.231 0.050 Y NA
 6959136 6959137 RAF_ORF0294 RAF_RNA09 rpsI   FALSE 0.157 234.000 0.000 NA   NA
 6959137 6959138 RAF_RNA09 RAF_ORF0295     FALSE 0.017 429.000 0.000 NA   NA
 6959138 6959139 RAF_ORF0295 RAF_ORF0296     FALSE 0.009 608.000 0.000 NA   NA
 6959140 6959141 RAF_ORF0297 RAF_ORF0298 nudH   TRUE 0.919 25.000 0.017 1.000 N NA
 6959142 6959143 RAF_ORF0299 RAF_ORF0300 efp suhB TRUE 0.564 222.000 0.047 1.000 N NA
 6959143 6959144 RAF_ORF0300 RAF_ORF0301 suhB   TRUE 0.561 72.000 0.005 NA   NA
 6959144 6959145 RAF_ORF0301 RAF_ORF0302   psd TRUE 0.853 34.000 0.018 NA   NA
 6959145 6959146 RAF_ORF0302 RAF_ORF0303 psd pssA TRUE 0.758 263.000 0.466 0.006 Y NA
 6959146 6959147 RAF_ORF0303 RAF_ORF0304 pssA emrA TRUE 0.965 9.000 0.013 0.069 N NA
 6959148 6959149 RAF_ORF0305 RAF_ORF0306   bolA1 TRUE 0.961 -3.000 0.022 NA   NA
 6959150 6959151 RAF_ORF0307 RAF_ORF0308   murC FALSE 0.322 221.000 0.006 NA N NA
 6959151 6959152 RAF_ORF0308 RAF_ORF0309 murC murB TRUE 0.900 96.000 0.108 0.013 Y NA
 6959152 6959153 RAF_ORF0309 RAF_ORF0310 murB ddlB TRUE 0.697 244.000 0.135 0.013 Y NA
 6959153 6959154 RAF_ORF0310 RAF_ORF0311 ddlB ftsQ TRUE 0.994 -3.000 0.372 NA Y NA
 6959154 6959155 RAF_ORF0311 RAF_ORF0312 ftsQ ftsA TRUE 0.864 128.000 0.137 NA N NA
 6959156 6959157 RAF_ORF0313 RAF_ORF0314   cycM TRUE 0.944 -16.000 0.014 NA N NA
 6959159 6959160 RAF_ORF0316 RAF_ORF0317 lpxC   FALSE 0.037 364.000 0.005 NA   NA
 6959161 6959162 RAF_ORF0318 RAF_ORF0319 rne coxW FALSE 0.203 246.000 0.000 1.000 N NA
 6959162 6959163 RAF_ORF0319 RAF_ORF0320 coxW rluA1 TRUE 0.963 13.000 0.022 1.000 N NA
 6959163 6959164 RAF_ORF0320 RAF_ORF0321 rluA1 pbpE TRUE 0.954 155.000 0.412 1.000 N NA
 6959164 6959165 RAF_ORF0321 RAF_ORF0322 pbpE xth1 TRUE 0.877 147.000 0.063 1.000 N NA
 6959165 6959166 RAF_ORF0322 RAF_ORF0323 xth1 pdhA TRUE 0.929 23.000 0.018 1.000 N NA
 6959166 6959167 RAF_ORF0323 RAF_ORF0324 pdhA pdhB TRUE 0.974 164.000 0.456 0.003 Y NA
 6959169 6959170 RAF_ORF0326 RAF_ORF0327 hlpA icd TRUE 0.868 182.000 0.062 1.000 N NA
 6959170 6959171 RAF_ORF0327 RAF_ORF0328 icd   TRUE 0.839 115.000 0.069 1.000 N NA
 6959171 6959172 RAF_ORF0328 RAF_ORF0329   mnhB TRUE 0.926 64.000 0.184 NA Y NA
 6959172 6959173 RAF_ORF0329 RAF_ORF0330 mnhB ccmB TRUE 0.987 -7.000 0.292 NA   NA
 6959173 6959174 RAF_ORF0330 RAF_ORF0331 ccmB   TRUE 0.948 75.000 0.700 NA   NA
 6959174 6959175 RAF_ORF0331 RAF_ORF0332   petA TRUE 0.991 22.000 0.875 NA   NA
 6959175 6959176 RAF_ORF0332 RAF_ORF0333 petA petB TRUE 0.982 7.000 0.021 0.004 Y NA
 6959176 6959177 RAF_ORF0333 RAF_ORF0334 petB fbcH FALSE 0.319 491.000 0.630 0.004 Y NA
 6959177 6959178 RAF_ORF0334 RAF_ORF0335 fbcH   FALSE 0.074 276.000 0.000 NA   NA
 6959178 6959179 RAF_ORF0335 RAF_ORF0337   hspC1 FALSE 0.487 67.000 0.000 NA   NA
 6959180 6959181 RAF_ORF0338 RAF_ORF0343   prfB TRUE 0.869 10.000 0.000 NA   NA
 6959182 6959183 RAF_ORF0344 RAF_RNA10 lepA   FALSE 0.388 92.000 0.000 NA   NA
 6959185 6959186 RAF_ORF0346 RAF_ORF0348     FALSE 0.005 1705.000 0.000 NA   NA
 6959186 6959187 RAF_ORF0348 RAF_ORF0349   spoT1 FALSE 0.033 335.000 0.000 NA   NA
 6959187 6959188 RAF_ORF0349 RAF_ORF0350 spoT1   FALSE 0.040 314.000 0.000 NA   NA
 6959189 6959190 RAF_ORF0351 RAF_ORF0352 rodA ptrB TRUE 0.772 156.000 0.010 1.000 N NA
 6959190 6959191 RAF_ORF0352 RAF_ORF0353 ptrB nuoL3 TRUE 0.958 179.000 0.538 1.000 N NA
 6959191 6959192 RAF_ORF0353 RAF_ORF0354 nuoL3 vapB1 FALSE 0.019 398.000 0.000 NA   NA
 6959192 6959193 RAF_ORF0354 RAF_ORF0355 vapB1 nuoL2 TRUE 0.816 187.000 0.070 NA   NA
 6959193 6959194 RAF_ORF0355 RAF_ORF0356 nuoL2 nuoN2 TRUE 0.923 147.000 0.067 0.009 Y NA
 6959194 6959195 RAF_ORF0356 RAF_ORF0357 nuoN2 mnhC TRUE 0.996 -3.000 0.426 0.024 Y NA
 6959195 6959196 RAF_ORF0357 RAF_ORF0358 mnhC virB9-1 TRUE 0.814 79.000 0.065 NA N NA
 6959196 6959197 RAF_ORF0358 RAF_ORF0359 virB9-1 virB8-1 TRUE 0.995 2.000 0.455 NA Y NA
 6959198 6959199 RAF_ORF0360 RAF_ORF0361   virB8-2 TRUE 0.939 50.000 0.316 NA   NA
 6959199 6959200 RAF_ORF0361 RAF_ORF0362 virB8-2 virB9-2 TRUE 0.989 -13.000 0.421 NA   NA
 6959200 6959201 RAF_ORF0362 RAF_ORF0363 virB9-2 virB10 TRUE 0.926 184.000 0.421 NA   NA
 6959201 6959202 RAF_ORF0363 RAF_ORF0364 virB10 virB11 TRUE 0.995 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 6959202 6959203 RAF_ORF0364 RAF_ORF0365 virB11 virD4 TRUE 0.964 155.000 0.405 1.000 Y NA
 6959203 6959204 RAF_ORF0365 RAF_ORF0366 virD4 gppA TRUE 0.982 2.000 0.054 1.000 N NA
 6959205 6959206 RAF_ORF0367 RAF_ORF0368     TRUE 0.659 38.000 0.000 NA   NA
 6959206 6959207 RAF_ORF0368 RAF_ORF0369     FALSE 0.014 459.000 0.000 NA   NA
 6959210 6959211 RAF_ORF0372 RAF_ORF0373     TRUE 0.994 -37.000 0.875 NA   NA
 6959211 6959212 RAF_ORF0373 RAF_ORF0374   cysQ TRUE 0.972 3.000 0.048 NA   NA
 6959213 6959214 RAF_ORF0375 RAF_ORF0376 mutS lacA TRUE 0.661 173.000 0.000 1.000 N NA
 6959215 6959216 RAF_ORF0377 RAF_ORF0378 nlpD1   TRUE 0.940 1.000 0.009 NA   NA
 6959216 6959217 RAF_ORF0378 RAF_ORF0379   thyX FALSE 0.391 91.000 0.000 NA   NA
 6959217 6959218 RAF_ORF0379 RAF_ORF0380 thyX tolB TRUE 0.735 75.000 0.014 1.000 N NA
 6959222 6959223 RAF_ORF0384 RAF_ORF0385 trmU atrC1 TRUE 0.722 131.000 0.014 1.000 N NA
 6959223 6959224 RAF_ORF0385 RAF_ORF0386 atrC1 hisS TRUE 0.752 150.000 0.008 1.000 N NA
 6959224 6959225 RAF_ORF0386 RAF_ORF0387 hisS   FALSE 0.016 433.000 0.000 NA   NA
 6959225 6959226 RAF_ORF0387 RAF_ORF0388     FALSE 0.471 72.000 0.000 NA   NA
 6959227 6959228 RAF_ORF0389 RAF_ORF0390     FALSE 0.462 74.000 0.000 NA   NA
 6959228 6959229 RAF_ORF0390 RAF_ORF0391     FALSE 0.013 461.000 0.000 NA   NA
 6959230 6959231 RAF_ORF0392 RAF_ORF0393 tolQ tolR TRUE 0.989 0.000 0.059 0.034 Y NA
 6959231 6959232 RAF_ORF0393 RAF_ORF0394 tolR   TRUE 0.984 -10.000 0.240 NA   NA
 6959232 6959233 RAF_ORF0394 RAF_ORF0395   spoT2 FALSE 0.006 974.000 0.000 NA   NA
 6959234 6959235 RAF_ORF0396 RAF_ORF0397 proP2   TRUE 0.925 139.000 0.273 0.079   NA
 6959235 6959236 RAF_ORF0397 RAF_ORF0398   aprD TRUE 0.926 185.000 0.267 0.011   NA
 6959236 6959237 RAF_ORF0398 RAF_ORF0399 aprD asd TRUE 0.940 11.000 0.011 1.000   NA
 6959237 6959238 RAF_ORF0399 RAF_ORF0400 asd pkcI TRUE 0.959 -7.000 0.012 1.000 N NA
 6959238 6959239 RAF_ORF0400 RAF_ORF0401 pkcI   TRUE 0.609 188.000 0.010 NA   NA
 6959240 6959241 RAF_ORF0402 RAF_ORF0403 hslV hslU TRUE 0.997 -3.000 0.752 1.000 Y NA
 6959241 6959242 RAF_ORF0403 RAF_ORF0404 hslU   FALSE 0.089 263.000 0.000 NA   NA
 6959242 6959243 RAF_ORF0404 RAF_ORF0407     FALSE 0.012 474.000 0.000 NA   NA
 6959243 6959244 RAF_ORF0407 RAF_ORF0408   lpxB TRUE 0.900 10.000 0.003 NA   NA
 6959246 6959247 RAF_ORF0410 RAF_ORF0411   cyaY TRUE 0.654 140.000 0.012 NA   NA
 6959247 6959248 RAF_ORF0411 RAF_ORF0412 cyaY   FALSE 0.467 138.000 0.000 NA   NA
 6959248 6959249 RAF_ORF0412 RAF_ORF0413     FALSE 0.007 768.000 0.000 NA   NA
 6959249 6959250 RAF_ORF0413 RAF_ORF0414     TRUE 0.938 163.000 0.375 NA   NA
 6959250 6959251 RAF_ORF0414 RAF_ORF0415     FALSE 0.011 495.000 0.000 NA   NA
 6959252 6959253 RAF_ORF0416 RAF_ORF0417 gltX1 topA TRUE 0.632 109.000 0.007 1.000 N NA
 6959253 6959254 RAF_ORF0417 RAF_ORF0418 topA dprA TRUE 0.718 29.000 0.000 NA   NA
 6959254 6959255 RAF_ORF0418 RAF_ORF0420 dprA tdpX1 FALSE 0.009 607.000 0.000 NA   NA
 6959255 6959256 RAF_ORF0420 RAF_ORF0421 tdpX1 hflC1 TRUE 0.788 76.000 0.014 1.000 Y NA
 6959256 6959257 RAF_ORF0421 RAF_ORF0422 hflC1   FALSE 0.033 365.000 0.000 1.000   NA
 6959258 6959259 RAF_ORF0423 RAF_ORF0424     FALSE 0.127 258.000 0.000 1.000   NA
 6959259 6959260 RAF_ORF0424 RAF_ORF0425     TRUE 0.605 171.000 0.000 1.000   NA
 6959260 6959261 RAF_ORF0425 RAF_ORF0426   capD TRUE 0.933 183.000 0.271 0.002   NA
 6959261 6959262 RAF_ORF0426 RAF_ORF0427 capD rffE TRUE 0.985 -7.000 0.148 1.000   NA
 6959262 6959263 RAF_ORF0427 RAF_ORF0428 rffE   TRUE 0.830 -40.000 0.000 NA   NA
 6959263 6959264 RAF_ORF0428 RAF_ORF0429     TRUE 0.835 16.000 0.000 NA   NA
 6959264 6959265 RAF_ORF0429 RAF_ORF0430     FALSE 0.008 674.000 0.000 NA   NA
 6959266 6959267 RAF_ORF0431 RAF_ORF0432     TRUE 0.890 87.000 0.312 NA   NA
 6959267 6959268 RAF_ORF0432 RAF_ORF0433     TRUE 0.979 10.000 0.129 NA   NA
 6959274 6959275 RAF_ORF0439 RAF_ORF0440 asmA rimM FALSE 0.127 283.000 0.007 NA N NA
 6959276 6959277 RAF_ORF0441 RAF_ORF0442   xseB TRUE 0.901 14.000 0.007 NA   NA
 6959277 6959278 RAF_ORF0442 RAF_ORF0443 xseB   TRUE 0.659 38.000 0.000 NA   NA
 6959278 6959279 RAF_ORF0443 RAF_ORF0445     FALSE 0.402 88.000 0.000 NA   NA
 6959280 6959281 RAF_ORF0446 RAF_ORF0447 mpg   FALSE 0.069 294.000 0.002 NA   NA
 6959281 6959282 RAF_ORF0447 RAF_ORF0448   nuoE TRUE 0.923 -7.000 0.007 NA   NA
 6959282 6959283 RAF_ORF0448 RAF_ORF0449 nuoE nuoD FALSE 0.315 426.000 0.355 0.010 Y NA
 6959283 6959284 RAF_ORF0449 RAF_ORF0450 nuoD nuoC TRUE 0.996 6.000 0.483 0.023 Y NA
 6959284 6959285 RAF_ORF0450 RAF_ORF0451 nuoC nuoB TRUE 0.993 -22.000 0.328 0.008 Y NA
 6959285 6959286 RAF_ORF0451 RAF_ORF0452 nuoB nuoA TRUE 0.996 5.000 0.507 0.008 Y NA
 6959286 6959287 RAF_ORF0452 RAF_ORF0453 nuoA rfaL TRUE 0.766 131.000 0.031 NA N NA
 6959287 6959288 RAF_ORF0453 RAF_ORF0454 rfaL   TRUE 0.977 1.000 0.066 NA   NA
 6959289 6959290 RAF_ORF0455 RAF_RNA11     FALSE 0.333 203.000 0.000 NA   NA
 6959290 6959291 RAF_RNA11 RAF_ORF0459   xerD TRUE 0.776 22.000 0.000 NA   NA
 6959291 6959292 RAF_ORF0459 RAF_ORF0460 xerD   TRUE 0.560 84.000 0.008 NA   NA
 6959292 6959293 RAF_ORF0460 RAF_ORF0461     TRUE 0.920 94.000 0.571 NA   NA
 6959295 6959296 RAF_ORF0463 RAF_ORF0464 cutE ampD1 FALSE 0.013 690.000 0.000 1.000 N NA
 6959296 6959297 RAF_ORF0464 RAF_ORF0465 ampD1   FALSE 0.015 452.000 0.000 NA   NA
 6959297 6959298 RAF_ORF0465 RAF_ORF0466     TRUE 0.988 -73.000 0.545 NA   NA
 6959298 6959299 RAF_ORF0466 RAF_ORF0467     TRUE 0.993 -3.000 0.455 1.000   NA
 6959300 6959301 RAF_ORF0468 RAF_ORF0469     TRUE 0.536 57.000 0.000 NA   NA
 6959301 6959302 RAF_ORF0469 RAF_ORF0471   dsbB FALSE 0.006 877.000 0.000 NA   NA
 6959303 6959304 RAF_ORF0472 RAF_ORF0473 lysS   TRUE 0.746 134.000 0.021 1.000   NA
 6959304 6959305 RAF_ORF0473 RAF_ORF0474   tme TRUE 0.854 140.000 0.071 1.000   NA
 6959306 6959307 RAF_ORF0475 RAF_ORF0476     TRUE 0.833 -34.000 0.000 NA   NA
 6959309 6959310 RAF_ORF0478 RAF_ORF0481   mdh FALSE 0.022 384.000 0.000 NA   NA
 6959312 6959313 RAF_ORF0483 RAF_ORF0484 tlc2 pyrG FALSE 0.425 209.000 0.000 1.000 N NA
 6959313 6959314 RAF_ORF0484 RAF_ORF0485 pyrG kdsB TRUE 0.972 3.000 0.019 1.000 N NA
 6959315 6959316 RAF_RNA12 RAF_RNA13     TRUE 0.843 15.000 0.000 NA   NA
 6959316 6959317 RAF_RNA13 RAF_ORF0486     FALSE 0.062 286.000 0.000 NA   NA
 6959319 6959320 RAF_ORF0488 RAF_ORF0489   folE TRUE 0.981 -7.000 0.092 1.000   NA
 6959320 6959321 RAF_ORF0489 RAF_ORF0490 folE proS TRUE 0.804 165.000 0.008 0.057 N NA
 6959321 6959322 RAF_ORF0490 RAF_ORF0491 proS   FALSE 0.313 213.000 0.000 1.000   NA
 6959322 6959323 RAF_ORF0491 RAF_ORF0492     TRUE 0.732 191.000 0.034 NA   NA
 6959323 6959324 RAF_ORF0492 RAF_ORF0493   ruvA TRUE 0.926 5.000 0.007 NA   NA
 6959324 6959325 RAF_ORF0493 RAF_ORF0494 ruvA   FALSE 0.008 635.000 0.000 NA   NA
 6959325 6959326 RAF_ORF0494 RAF_ORF0495   ruvB TRUE 0.519 76.000 0.004 NA   NA
 6959326 6959327 RAF_ORF0495 RAF_ORF0496 ruvB msbA1 TRUE 0.951 -7.000 0.007 1.000 N NA
 6959327 6959328 RAF_ORF0496 RAF_ORF0497 msbA1 ampG4 TRUE 0.576 194.000 0.010 NA   NA
 6959328 6959329 RAF_ORF0497 RAF_ORF0498 ampG4 dacF TRUE 0.952 177.000 0.625 NA   NA
 6959330 6959331 RAF_ORF0499 RAF_ORF0500 rlpA osmY TRUE 0.950 -22.000 0.029 NA   NA
 6959331 6959332 RAF_ORF0500 RAF_ORF0501 osmY ispZ FALSE 0.296 233.000 0.014 NA   NA
 6959332 6959333 RAF_ORF0501 RAF_ORF0502 ispZ   TRUE 0.926 30.000 0.027 1.000 N NA
 6959333 6959334 RAF_ORF0502 RAF_ORF0503     TRUE 0.993 10.000 0.629 NA   NA
 6959334 6959335 RAF_ORF0503 RAF_ORF0504     FALSE 0.429 191.000 0.000 NA   NA
 6959336 6959337 RAF_ORF0505 RAF_ORF0506   tlpA TRUE 0.677 208.000 0.026 1.000 N NA
 6959337 6959338 RAF_ORF0506 RAF_ORF0507 tlpA sppA1 TRUE 0.896 165.000 0.042 1.000 Y NA
 6959338 6959339 RAF_ORF0507 RAF_ORF0508 sppA1 dut TRUE 0.960 2.000 0.008 1.000 N NA
 6959339 6959340 RAF_ORF0508 RAF_ORF0509 dut mltE1 FALSE 0.404 218.000 0.006 1.000 N NA
 6959340 6959341 RAF_ORF0509 RAF_ORF0510 mltE1   TRUE 0.724 87.000 0.041 NA   NA
 6959341 6959342 RAF_ORF0510 RAF_ORF0511   mccF TRUE 0.928 194.000 0.571 NA   NA
 6959345 6959346 RAF_ORF0514 RAF_ORF0515   coxA TRUE 0.603 198.000 0.012 1.000   NA
 6959346 6959347 RAF_ORF0515 RAF_ORF0516 coxA   TRUE 0.911 6.000 0.000 1.000   NA
 6959347 6959348 RAF_ORF0516 RAF_ORF0517   coxB FALSE 0.500 193.000 0.000 1.000   NA
 6959348 6959349 RAF_ORF0517 RAF_ORF0518 coxB tagD TRUE 0.616 184.000 0.000 1.000 N NA
 6959350 6959351 RAF_ORF0519 RAF_ORF0520 nlpD2 lspA TRUE 0.854 194.000 0.031 0.032 Y NA
 6959351 6959352 RAF_ORF0520 RAF_ORF0521 lspA   TRUE 0.831 153.000 0.054 NA   NA
 6959352 6959353 RAF_ORF0521 RAF_ORF0522   murD TRUE 0.641 171.000 0.006 NA   NA
 6959353 6959354 RAF_ORF0522 RAF_ORF0523 murD ftsW TRUE 0.934 132.000 0.297 0.009 N NA
 6959354 6959355 RAF_ORF0523 RAF_ORF0524 ftsW murG TRUE 0.996 -3.000 0.647 1.000 N NA
 6959355 6959356 RAF_ORF0524 RAF_ORF0525 murG   FALSE 0.019 396.000 0.000 NA   NA
 6959357 6959358 RAF_ORF0526 RAF_ORF0532   mfp FALSE 0.049 301.000 0.000 NA   NA
 6959358 6959359 RAF_ORF0532 RAF_ORF0534 mfp   FALSE 0.014 459.000 0.000 NA   NA
 6959359 6959360 RAF_ORF0534 RAF_ORF0536     FALSE 0.018 417.000 0.000 NA   NA
 6959360 6959361 RAF_ORF0536 RAF_ORF0537     TRUE 0.986 0.000 0.182 NA   NA
 6959361 6959362 RAF_ORF0537 RAF_ORF0538     TRUE 0.646 40.000 0.000 NA   NA
 6959362 6959363 RAF_ORF0538 RAF_ORF0539     FALSE 0.443 133.000 0.000 NA   NA
 6959364 6959365 RAF_ORF0540 RAF_ORF0541 dapF   TRUE 0.980 -25.000 0.109 1.000 N NA
 6959365 6959366 RAF_ORF0541 RAF_ORF0542   pheS FALSE 0.370 241.000 0.007 1.000 Y NA
 6959366 6959367 RAF_ORF0542 RAF_ORF0543 pheS pheT TRUE 0.997 -3.000 0.574 0.002 Y NA
 6959367 6959368 RAF_ORF0543 RAF_ORF0544 pheT dnaN TRUE 0.965 5.000 0.015 1.000 N NA
 6959368 6959369 RAF_ORF0544 RAF_ORF0545 dnaN   FALSE 0.033 361.000 0.002 NA   NA
 6959369 6959370 RAF_ORF0545 RAF_ORF0546   leuS TRUE 0.766 129.000 0.051 NA   NA
 6959371 6959372 RAF_ORF0547 RAF_ORF0548 rnd2   TRUE 0.755 151.000 0.015 1.000   NA
 6959372 6959373 RAF_ORF0548 RAF_ORF0549   cdsA TRUE 0.962 -3.000 0.011 1.000 N NA
 6959373 6959374 RAF_ORF0549 RAF_ORF0550 cdsA uppS TRUE 0.991 -40.000 0.400 1.000 Y NA
 6959374 6959375 RAF_ORF0550 RAF_ORF0551 uppS envZ TRUE 0.718 146.000 0.006 1.000 N NA
 6959375 6959376 RAF_ORF0551 RAF_ORF0552 envZ ompR TRUE 0.994 -25.000 0.592 1.000 Y NA
 6959377 6959378 RAF_ORF0553 RAF_ORF0554 ilvE dapA TRUE 0.902 186.000 0.087 1.000 Y NA
 6959378 6959379 RAF_ORF0554 RAF_ORF0555 dapA smpB TRUE 0.958 -3.000 0.008 1.000 N NA
 6959379 6959380 RAF_ORF0555 RAF_ORF0556 smpB dsbA TRUE 0.748 133.000 0.007 1.000 Y NA
 6959381 6959382 RAF_ORF0557 RAF_ORF0558 sucD sucC TRUE 0.959 176.000 0.256 0.002 Y NA
 6959382 6959383 RAF_ORF0558 RAF_ORF0559 sucC   TRUE 0.787 33.000 0.006 NA   NA
 6959383 6959384 RAF_ORF0559 RAF_ORF0560     TRUE 0.984 -43.000 0.400 NA   NA
 6959384 6959385 RAF_ORF0560 RAF_ORF0561   cytB TRUE 0.536 161.000 0.000 NA   NA
 6959385 6959386 RAF_ORF0561 RAF_ORF0563 cytB   TRUE 0.527 155.000 0.000 NA   NA
 6959386 6959387 RAF_ORF0563 RAF_ORF0564     TRUE 0.687 88.000 0.018 1.000   NA
 6959387 6959388 RAF_ORF0564 RAF_ORF0565     FALSE 0.014 459.000 0.000 NA   NA
 6959388 6959389 RAF_ORF0565 RAF_ORF0566     TRUE 0.806 19.000 0.000 NA   NA
 6959389 6959390 RAF_ORF0566 RAF_ORF0567   rbfA FALSE 0.507 177.000 0.000 NA   NA
 6959390 6959391 RAF_ORF0567 RAF_ORF0568 rbfA   TRUE 0.932 -3.000 0.007 NA   NA
 6959392 6959393 RAF_ORF0569 RAF_ORF0570   recR TRUE 0.622 148.000 0.006 NA   NA
 6959395 6959396 RAF_ORF0572 RAF_ORF0573   gpsA TRUE 0.793 140.000 0.029 1.000   NA
 6959396 6959397 RAF_ORF0573 RAF_ORF0574 gpsA   FALSE 0.217 225.000 0.000 1.000   NA
 6959397 6959398 RAF_ORF0574 RAF_ORF0575     TRUE 0.849 69.000 0.096 NA   NA
 6959398 6959399 RAF_ORF0575 RAF_ORF0576   trxB1 FALSE 0.463 202.000 0.007 NA   NA
 6959399 6959400 RAF_ORF0576 RAF_ORF0577 trxB1   FALSE 0.192 220.000 0.000 NA   NA
 6959400 6959401 RAF_ORF0577 RAF_ORF0578   gabD FALSE 0.008 655.000 0.000 NA   NA
 6959401 6959402 RAF_ORF0578 RAF_ORF0579 gabD lgtD FALSE 0.014 496.000 0.000 NA N NA
 6959402 6959403 RAF_ORF0579 RAF_ORF0580 lgtD uvrD TRUE 0.660 78.000 0.012 NA N NA
 6959403 6959404 RAF_ORF0580 RAF_ORF0581 uvrD   TRUE 0.586 66.000 0.005 NA   NA
 6959404 6959405 RAF_ORF0581 RAF_ORF0582     FALSE 0.015 450.000 0.000 NA   NA
 6959407 6959408 RAF_ORF0584 RAF_ORF0585 lon1 sca3 FALSE 0.006 1506.000 0.000 NA   NA
 6959409 6959410 RAF_ORF0586 RAF_RNA14     FALSE 0.413 194.000 0.000 NA   NA
 6959411 6959412 RAF_ORF0587 RAF_ORF0588   yhbH TRUE 0.673 117.000 0.020 NA   NA
 6959412 6959413 RAF_ORF0588 RAF_ORF0589 yhbH paaY TRUE 0.949 0.000 0.013 NA   NA
 6959414 6959415 RAF_ORF0590 RAF_ORF0591 folD trxB2 TRUE 0.809 137.000 0.026 1.000 N NA
 6959416 6959417 RAF_ORF0592 RAF_ORF0595 fimD   FALSE 0.436 132.000 0.000 NA   NA
 6959417 6959418 RAF_ORF0595 RAF_ORF0596   nrdA FALSE 0.006 1362.000 0.000 NA   NA
 6959418 6959419 RAF_ORF0596 RAF_ORF0597 nrdA   FALSE 0.462 74.000 0.000 NA   NA
 6959419 6959420 RAF_ORF0597 RAF_ORF0598   nrdB FALSE 0.020 392.000 0.000 NA   NA
 6959420 6959421 RAF_ORF0598 RAF_ORF0599 nrdB   TRUE 0.826 143.000 0.065 NA   NA
 6959421 6959422 RAF_ORF0599 RAF_ORF0600     FALSE 0.006 992.000 0.000 NA   NA
 6959423 6959424 RAF_ORF0602 RAF_ORF0603 miaA exoC FALSE 0.025 527.000 0.007 1.000 N NA
 6959424 6959425 RAF_ORF0603 RAF_ORF0604 exoC abcT2 TRUE 0.727 171.000 0.009 1.000   NA
 6959425 6959426 RAF_ORF0604 RAF_ORF0605 abcT2   TRUE 0.934 188.000 0.543 NA   NA
 6959426 6959427 RAF_ORF0605 RAF_ORF0606     TRUE 0.974 -31.000 0.144 NA   NA
 6959427 6959428 RAF_ORF0606 RAF_ORF0607   kpsF TRUE 0.980 6.000 0.115 NA   NA
 6959428 6959429 RAF_ORF0607 RAF_ORF0608 kpsF pnp TRUE 0.589 200.000 0.006 1.000 N NA
 6959429 6959430 RAF_ORF0608 RAF_ORF0609 pnp rpsO TRUE 0.958 148.000 0.335 1.000 Y NA
 6959430 6959431 RAF_ORF0609 RAF_ORF0610 rpsO truB TRUE 0.970 36.000 0.211 1.000 Y NA
 6959432 6959433 RAF_ORF0611 RAF_ORF0612 tlc4 sca4 FALSE 0.071 278.000 0.000 NA   NA
 6959437 6959438 RAF_ORF0616 RAF_ORF0617   def2 FALSE 0.075 293.000 0.004 NA   NA
 6959438 6959439 RAF_ORF0617 RAF_ORF0618 def2   FALSE 0.330 211.000 0.000 NA N NA
 6959439 6959440 RAF_ORF0618 RAF_ORF0619     TRUE 0.906 62.000 0.250 NA   NA
 6959441 6959442 RAF_ORF0620 RAF_ORF0621 addA   FALSE 0.151 236.000 0.000 NA   NA
 6959442 6959443 RAF_ORF0621 RAF_ORF0622   ppdK FALSE 0.111 254.000 0.000 NA   NA
 6959444 6959445 RAF_RNA15 RAF_ORF0623 rnpB   FALSE 0.407 112.000 0.000 NA   NA
 6959447 6959448 RAF_ORF0625 RAF_ORF0626 bioY2 folC FALSE 0.426 202.000 0.004 NA   NA
 6959448 6959449 RAF_ORF0626 RAF_ORF0627 folC sodB TRUE 0.790 171.000 0.013 1.000 N NA
 6959449 6959450 RAF_ORF0627 RAF_ORF0628 sodB rssA FALSE 0.033 334.000 0.000 NA   NA
 6959450 6959451 RAF_ORF0628 RAF_ORF0632 rssA birA TRUE 0.776 22.000 0.000 NA   NA
 6959451 6959452 RAF_ORF0632 RAF_ORF0633 birA   FALSE 0.016 437.000 0.000 NA   NA
 6959452 6959453 RAF_ORF0633 RAF_ORF0634     TRUE 0.987 -3.000 0.240 NA   NA
 6959453 6959454 RAF_ORF0634 RAF_ORF0635     TRUE 0.968 15.000 0.080 NA   NA
 6959454 6959455 RAF_ORF0635 RAF_ORF0636     TRUE 0.992 4.000 0.500 NA   NA
 6959455 6959456 RAF_ORF0636 RAF_ORF0637     TRUE 0.981 -13.000 0.194 NA   NA
 6959456 6959457 RAF_ORF0637 RAF_ORF0638   infC TRUE 0.633 151.000 0.007 NA   NA
 6959457 6959458 RAF_ORF0638 RAF_ORF0639 infC pdhC TRUE 0.666 135.000 0.005 1.000 N NA
 6959458 6959459 RAF_ORF0639 RAF_ORF0640 pdhC prfA TRUE 0.652 133.000 0.005 1.000 N NA
 6959460 6959461 RAF_ORF0641 RAF_ORF0642     TRUE 0.983 -10.000 0.080 0.002   NA
 6959462 6959463 RAF_ORF0643 RAF_ORF0644 recJ   TRUE 0.792 44.000 0.005 1.000 N NA
 6959463 6959464 RAF_ORF0644 RAF_ORF0645   rho FALSE 0.038 385.000 0.000 1.000 N NA
 6959464 6959465 RAF_ORF0645 RAF_ORF0646 rho sppA2 TRUE 0.637 125.000 0.005 1.000 N NA
 6959465 6959466 RAF_ORF0646 RAF_ORF0647 sppA2 himD TRUE 0.988 3.000 0.142 1.000 N NA
 6959466 6959467 RAF_ORF0647 RAF_ORF0648 himD   FALSE 0.007 765.000 0.000 NA   NA
 6959467 6959468 RAF_ORF0648 RAF_ORF0649     FALSE 0.032 338.000 0.000 NA   NA
 6959468 6959469 RAF_ORF0649 RAF_ORF0650   traD_F FALSE 0.041 309.000 0.000 NA   NA
 6959470 6959471 RAF_ORF0651 RAF_ORF0652   spoT15 TRUE 0.822 -61.000 0.000 NA   NA
 6959471 6959472 RAF_ORF0652 RAF_ORF0653 spoT15 spoT13 FALSE 0.009 581.000 0.000 NA   NA
 6959472 6959473 RAF_ORF0653 RAF_ORF0655 spoT13 spoT6 FALSE 0.408 87.000 0.000 NA   NA
 6959473 6959474 RAF_ORF0655 RAF_ORF0657 spoT6   FALSE 0.111 254.000 0.000 NA   NA
 6959476 6959477 RAF_ORF0660 RAF_RNA16     FALSE 0.471 139.000 0.000 NA   NA
 6959478 6959479 RAF_ORF0661 RAF_ORF0662   cmk FALSE 0.173 224.000 0.000 NA   NA
 6959479 6959480 RAF_ORF0662 RAF_ORF0663 cmk rpsA TRUE 0.618 256.000 0.281 1.000 N NA
 6959480 6959481 RAF_ORF0663 RAF_ORF0664 rpsA clpP TRUE 0.671 115.000 0.009 1.000 N NA
 6959481 6959482 RAF_ORF0664 RAF_RNA17 clpP   TRUE 0.534 159.000 0.000 NA   NA
 6959482 6959483 RAF_RNA17 RAF_ORF0665   fni FALSE 0.007 701.000 0.000 NA   NA
 6959484 6959485 RAF_ORF0666 RAF_ORF0667     TRUE 0.688 34.000 0.000 NA   NA
 6959485 6959486 RAF_ORF0667 RAF_ORF0668     TRUE 0.891 -3.000 0.000 NA   NA
 6959486 6959487 RAF_ORF0668 RAF_ORF0669     FALSE 0.399 195.000 0.000 NA   NA
 6959488 6959489 RAF_ORF0670 RAF_ORF0671     FALSE 0.056 293.000 0.000 NA   NA
 6959489 6959490 RAF_ORF0671 RAF_ORF0672     FALSE 0.449 188.000 0.000 NA   NA
 6959490 6959491 RAF_ORF0672 RAF_ORF0674   iscR FALSE 0.012 464.000 0.000 NA   NA
 6959491 6959492 RAF_ORF0674 RAF_ORF0675 iscR spl1 TRUE 0.989 -3.000 0.168 1.000 N NA
 6959492 6959493 RAF_ORF0675 RAF_ORF0676 spl1 iscS TRUE 0.877 103.000 0.052 0.002 Y NA
 6959493 6959494 RAF_ORF0676 RAF_ORF0677 iscS iscU TRUE 0.954 152.000 0.448 1.000 N NA
 6959494 6959495 RAF_ORF0677 RAF_ORF0678 iscU iscA2 TRUE 0.974 4.000 0.056 NA   NA
 6959497 6959498 RAF_ORF0680 RAF_ORF0681 potE pepP TRUE 0.924 142.000 0.136 1.000 Y NA
 6959498 6959499 RAF_ORF0681 RAF_RNA18 pepP   FALSE 0.511 60.000 0.000 NA   NA
 6959500 6959501 RAF_RNA19 RAF_ORF0682   ispB TRUE 0.879 7.000 0.000 NA   NA
 6959501 6959502 RAF_ORF0682 RAF_ORF0683 ispB   TRUE 0.934 -13.000 0.014 NA   NA
 6959502 6959503 RAF_ORF0683 RAF_ORF0684   tlc3 TRUE 0.945 194.000 0.778 NA   NA
 6959503 6959504 RAF_ORF0684 RAF_ORF0685 tlc3 rfaJ FALSE 0.476 69.000 0.000 NA   NA
 6959505 6959506 RAF_ORF0687 RAF_ORF0688   ampG1 FALSE 0.032 343.000 0.000 NA   NA
 6959506 6959507 RAF_ORF0688 RAF_ORF0689 ampG1 lysE FALSE 0.009 595.000 0.000 NA   NA
 6959507 6959508 RAF_ORF0689 RAF_ORF0690 lysE   TRUE 0.949 -52.000 0.026 1.000   NA
 6959508 6959509 RAF_ORF0690 RAF_ORF0691     TRUE 0.959 -16.000 0.045 NA   NA
 6959509 6959510 RAF_ORF0691 RAF_ORF0692     TRUE 0.964 -7.000 0.036 NA   NA
 6959513 6959514 RAF_ORF0695 RAF_ORF0696   plsC TRUE 0.903 53.000 0.092 NA N NA
 6959515 6959516 RAF_ORF0697 RAF_RNA20 trpS   FALSE 0.511 60.000 0.000 NA   NA
 6959517 6959518 RAF_ORF0698 RAF_ORF0699   hemC FALSE 0.006 811.000 0.000 NA   NA
 6959518 6959519 RAF_ORF0699 RAF_ORF0700 hemC mccF2 TRUE 0.918 -3.000 0.000 NA N NA
 6959519 6959520 RAF_ORF0700 RAF_ORF0701 mccF2 putP FALSE 0.011 660.000 0.000 NA N NA
 6959520 6959521 RAF_ORF0701 RAF_ORF0702 putP   FALSE 0.007 699.000 0.000 NA   NA
 6959521 6959522 RAF_ORF0702 RAF_ORF0703     TRUE 0.818 18.000 0.000 NA   NA
 6959522 6959523 RAF_ORF0703 RAF_ORF0704     FALSE 0.037 321.000 0.000 NA   NA
 6959524 6959525 RAF_ORF0705 RAF_ORF0706   rnd TRUE 0.940 10.000 0.015 NA   NA
 6959526 6959527 RAF_ORF0707 RAF_ORF0708   lpdA2 FALSE 0.170 269.000 0.004 1.000 N NA
 6959527 6959528 RAF_ORF0708 RAF_ORF0709 lpdA2   TRUE 0.732 153.000 0.012 1.000   NA
 6959528 6959529 RAF_ORF0709 RAF_ORF0710     FALSE 0.351 215.000 0.008 NA   NA
 6959529 6959530 RAF_ORF0710 RAF_ORF0711   dam1 FALSE 0.388 92.000 0.000 NA   NA
 6959530 6959531 RAF_ORF0711 RAF_ORF0712 dam1   FALSE 0.013 463.000 0.000 NA   NA
 6959531 6959532 RAF_ORF0712 RAF_ORF0713     FALSE 0.045 307.000 0.000 NA   NA
 6959532 6959533 RAF_ORF0713 RAF_ORF0714   mltE2 TRUE 0.983 5.000 0.146 NA   NA
 6959533 6959534 RAF_ORF0714 RAF_ORF0715 mltE2   FALSE 0.053 295.000 0.000 NA   NA
 6959535 6959536 RAF_ORF0716 RAF_ORF0717 rpmJ   TRUE 0.569 209.000 0.024 NA   NA
 6959536 6959537 RAF_ORF0717 RAF_ORF0718   glmU TRUE 0.935 -3.000 0.008 NA   NA
 6959537 6959538 RAF_ORF0718 RAF_RNA21 glmU   FALSE 0.111 254.000 0.000 NA   NA
 6959539 6959540 RAF_ORF0719 RAF_ORF0720     FALSE 0.005 1841.000 0.000 NA   NA
 6959540 6959541 RAF_ORF0720 RAF_ORF0721   mazG TRUE 0.863 -13.000 0.000 NA   NA
 6959541 6959542 RAF_ORF0721 RAF_ORF0722 mazG   FALSE 0.487 81.000 0.003 NA   NA
 6959544 6959545 RAF_ORF0724 RAF_ORF0725     FALSE 0.030 346.000 0.000 NA   NA
 6959547 6959548 RAF_ORF0727 RAF_ORF0728   hemB TRUE 0.625 89.000 0.017 NA   NA
 6959551 6959552 RAF_ORF0733 RAF_ORF0734 ubiX dnaB FALSE 0.042 367.000 0.000 1.000 N NA
 6959554 6959555 RAF_ORF0736 RAF_ORF0737 rluA2   TRUE 0.832 47.000 0.034 NA   NA
 6959555 6959556 RAF_ORF0737 RAF_ORF0738     TRUE 0.953 5.000 0.017 NA   NA
 6959556 6959557 RAF_ORF0738 RAF_ORF0739   radA TRUE 0.711 146.000 0.005 1.000 N NA
 6959557 6959558 RAF_ORF0739 RAF_ORF0740 radA   TRUE 0.929 -3.000 0.007 NA   NA
 6959558 6959559 RAF_ORF0740 RAF_ORF0741   recO TRUE 0.559 121.000 0.008 NA   NA
 6959559 6959560 RAF_ORF0741 RAF_ORF0742 recO   FALSE 0.027 449.000 0.000 1.000 N NA
 6959561 6959562 RAF_ORF0743 RAF_ORF0744   infB FALSE 0.006 848.000 0.000 NA   NA
 6959562 6959563 RAF_ORF0744 RAF_ORF0745 infB nusA TRUE 0.735 240.000 0.342 1.000 N NA
 6959563 6959564 RAF_ORF0745 RAF_ORF0746 nusA   TRUE 0.993 11.000 0.759 NA   NA
 6959564 6959565 RAF_ORF0746 RAF_ORF0747     FALSE 0.006 1122.000 0.000 NA   NA
 6959567 6959568 RAF_ORF0749 RAF_ORF0750 tlyA tyrS TRUE 0.848 159.000 0.008 0.030 Y NA
 6959568 6959569 RAF_ORF0750 RAF_ORF0751 tyrS   FALSE 0.491 87.000 0.004 NA   NA
 6959569 6959570 RAF_ORF0751 RAF_ORF0752     TRUE 0.990 6.000 0.400 NA   NA
 6959571 6959572 RAF_ORF0753 RAF_RNA22     FALSE 0.006 1281.000 0.000 NA   NA
 6959573 6959574 RAF_ORF0754 RAF_ORF0755     FALSE 0.013 460.000 0.000 NA   NA
 6959574 6959575 RAF_ORF0755 RAF_ORF0756     FALSE 0.007 766.000 0.000 NA   NA
 6959575 6959576 RAF_ORF0756 RAF_ORF0757   proP8 FALSE 0.386 93.000 0.000 NA   NA
 6959576 6959577 RAF_ORF0757 RAF_ORF0758 proP8   FALSE 0.426 122.000 0.000 NA   NA
 6959579 6959580 RAF_ORF0760 RAF_ORF0765 fadB comF2 FALSE 0.402 88.000 0.000 NA   NA
 6959580 6959581 RAF_ORF0765 RAF_ORF0766 comF2 comF1 TRUE 0.878 -7.000 0.000 NA   NA
 6959581 6959582 RAF_ORF0766 RAF_ORF0767 comF1   TRUE 0.613 44.000 0.000 NA   NA
 6959582 6959583 RAF_ORF0767 RAF_ORF0770     FALSE 0.435 190.000 0.000 NA   NA
 6959583 6959584 RAF_ORF0770 RAF_ORF0771   ubiH FALSE 0.502 178.000 0.000 NA   NA
 6959584 6959585 RAF_ORF0771 RAF_ORF0772 ubiH   TRUE 0.972 -28.000 0.057 1.000 N NA
 6959586 6959587 RAF_ORF0773 RAF_ORF0774 ntrX   TRUE 0.836 -31.000 0.000 NA   NA
 6959588 6959589 RAF_ORF0775 RAF_ORF0776   pbpA1 FALSE 0.007 676.000 0.000 NA   NA
 6959589 6959590 RAF_ORF0776 RAF_ORF0777 pbpA1   TRUE 0.975 -10.000 0.091 NA   NA
 6959590 6959591 RAF_ORF0777 RAF_ORF0778   pbpA2 FALSE 0.009 619.000 0.000 NA   NA
 6959591 6959592 RAF_ORF0778 RAF_ORF0779 pbpA2 ftsL FALSE 0.139 344.000 0.065 NA   NA
 6959592 6959593 RAF_ORF0779 RAF_ORF0780 ftsL mraW TRUE 0.977 7.000 0.089 NA   NA
 6959593 6959594 RAF_ORF0780 RAF_ORF0781 mraW mraZ TRUE 0.994 0.000 0.635 NA   NA
 6959595 6959596 RAF_ORF0782 RAF_ORF0783   panF FALSE 0.008 649.000 0.000 NA   NA
 6959597 6959598 RAF_ORF0784 RAF_ORF0785 uvrC   TRUE 0.621 175.000 0.006 NA   NA
 6959598 6959599 RAF_ORF0785 RAF_ORF0786     TRUE 0.761 190.000 0.048 NA   NA
 6959599 6959600 RAF_ORF0786 RAF_ORF0787     FALSE 0.436 132.000 0.000 NA   NA
 6959600 6959601 RAF_ORF0787 RAF_ORF0789   dat FALSE 0.147 238.000 0.000 NA   NA
 6959601 6959602 RAF_ORF0789 RAF_ORF0790 dat   FALSE 0.006 949.000 0.000 NA   NA
 6959602 6959603 RAF_ORF0790 RAF_ORF0793     TRUE 0.589 46.000 0.000 NA   NA
 6959603 6959604 RAF_ORF0793 RAF_RNA23     FALSE 0.013 460.000 0.000 NA   NA
 6959604 6959605 RAF_RNA23 RAF_ORF0794     TRUE 0.672 37.000 0.000 NA   NA
 6959605 6959606 RAF_ORF0794 RAF_ORF0795     FALSE 0.036 326.000 0.000 NA   NA
 6959606 6959607 RAF_ORF0795 RAF_ORF0796   secA FALSE 0.006 1061.000 0.000 NA   NA
 6959609 6959610 RAF_ORF0798 RAF_ORF0799 acpS rpoZ TRUE 0.962 1.000 0.009 1.000 N NA
 6959610 6959611 RAF_ORF0799 RAF_ORF0800 rpoZ murA TRUE 0.686 189.000 0.008 1.000 N NA
 6959611 6959612 RAF_ORF0800 RAF_ORF0801 murA gyrB TRUE 0.593 92.000 0.004 1.000 N NA
 6959613 6959614 RAF_ORF0802 RAF_RNA24     TRUE 0.527 155.000 0.000 NA   NA
 6959614 6959615 RAF_RNA24 RAF_ORF0803   mgtE FALSE 0.086 265.000 0.000 NA   NA
 6959618 6959619 RAF_ORF0806 RAF_ORF0807 proP9 proP9_2 FALSE 0.391 100.000 0.000 NA   NA
 6959620 6959621 RAF_RNA25 RAF_ORF0809   yajC FALSE 0.011 487.000 0.000 NA   NA
 6959621 6959622 RAF_ORF0809 RAF_ORF0810 yajC secD TRUE 0.953 -16.000 0.009 NA Y NA
 6959622 6959623 RAF_ORF0810 RAF_ORF0811 secD   TRUE 0.630 245.000 0.263 1.000   NA
 6959623 6959624 RAF_ORF0811 RAF_ORF0812     TRUE 0.986 -7.000 0.250 NA   NA
 6959624 6959625 RAF_ORF0812 RAF_ORF0813   ccmE TRUE 0.892 -22.000 0.005 NA   NA
 6959625 6959626 RAF_ORF0813 RAF_ORF0814 ccmE ppa TRUE 0.715 126.000 0.013 1.000 N NA
 6959626 6959627 RAF_ORF0814 RAF_ORF0815 ppa mviN FALSE 0.417 211.000 0.006 1.000   NA
 6959627 6959628 RAF_ORF0815 RAF_ORF0816 mviN traX TRUE 0.922 -19.000 0.012 NA   NA
 6959628 6959629 RAF_ORF0816 RAF_ORF0817 traX   TRUE 0.933 74.000 0.500 NA   NA
 6959630 6959631 RAF_ORF0818 RAF_ORF0819 recG   FALSE 0.078 273.000 0.000 NA   NA
 6959632 6959633 RAF_ORF0820 RAF_ORF0821 scoA scoB TRUE 0.992 4.000 0.125 0.002 Y NA
 6959633 6959634 RAF_ORF0821 RAF_ORF0822 scoB   FALSE 0.326 204.000 0.000 NA   NA
 6959635 6959636 RAF_ORF0824 RAF_ORF0825 rickA mraY1 FALSE 0.467 110.000 0.003 NA   NA
 6959636 6959637 RAF_ORF0825 RAF_ORF0826 mraY1 murF TRUE 0.855 195.000 0.037 0.010 Y NA
 6959637 6959638 RAF_ORF0826 RAF_ORF0827 murF murE TRUE 0.811 209.000 0.051 0.006 Y NA
 6959638 6959639 RAF_ORF0827 RAF_ORF0828 murE mfd TRUE 0.734 147.000 0.007 1.000 N NA
 6959639 6959640 RAF_ORF0828 RAF_ORF0829 mfd   TRUE 0.971 12.000 0.078 NA   NA
 6959641 6959642 RAF_ORF0830 RAF_ORF0831 pspE dnaA TRUE 0.951 1.000 0.008 NA N NA
 6959643 6959644 RAF_ORF0832 RAF_ORF0834     FALSE 0.007 746.000 0.000 NA   NA
 6959646 6959647 RAF_ORF0836 RAF_ORF0839 bcr1   FALSE 0.013 461.000 0.000 NA   NA
 6959647 6959648 RAF_ORF0839 RAF_ORF0841   ychF FALSE 0.013 460.000 0.000 NA   NA
 6959648 6959649 RAF_ORF0841 RAF_ORF0842 ychF   TRUE 0.917 -3.000 0.000 1.000   NA
 6959649 6959650 RAF_ORF0842 RAF_ORF0843   pth FALSE 0.017 462.000 0.000 1.000   NA
 6959650 6959651 RAF_ORF0843 RAF_ORF0844 pth rplY TRUE 0.546 323.000 0.496 0.062 Y NA
 6959651 6959652 RAF_ORF0844 RAF_ORF0845 rplY nrdG FALSE 0.014 746.000 0.002 1.000 N NA
 6959653 6959654 RAF_ORF0846 RAF_ORF0847 rpmI rplT TRUE 0.996 20.000 0.928 0.038 Y NA
 6959654 6959655 RAF_ORF0847 RAF_ORF0848 rplT rpmH TRUE 0.660 83.000 0.007 0.038   NA
 6959655 6959656 RAF_ORF0848 RAF_ORF0849 rpmH rnpA TRUE 0.991 20.000 0.787 1.000   NA
 6959657 6959658 RAF_ORF0850 RAF_ORF0851     FALSE 0.005 1595.000 0.000 NA   NA
 6959658 6959659 RAF_ORF0851 RAF_ORF0852   corA FALSE 0.213 218.000 0.000 NA   NA
 6959659 6959660 RAF_ORF0852 RAF_ORF0853 corA   FALSE 0.007 689.000 0.000 NA   NA
 6959660 6959661 RAF_ORF0853 RAF_RNA26   rrs FALSE 0.006 876.000 0.000 NA   NA
 6959661 6959662 RAF_RNA26 RAF_ORF0854 rrs   FALSE 0.035 327.000 0.000 NA   NA
 6959662 6959663 RAF_ORF0854 RAF_ORF0856   ntrY FALSE 0.386 93.000 0.000 NA   NA
 6959663 6959664 RAF_ORF0856 RAF_ORF0857 ntrY rpsU FALSE 0.032 367.000 0.000 1.000   NA
 6959665 6959666 RAF_ORF0858 RAF_ORF0859   ileS FALSE 0.008 991.000 0.000 1.000   NA
 6959666 6959667 RAF_ORF0859 RAF_ORF0860 ileS   FALSE 0.012 464.000 0.000 NA   NA
 6959667 6959668 RAF_ORF0860 RAF_ORF0861     FALSE 0.006 1062.000 0.000 NA   NA
 6959669 6959670 RAF_ORF0862 RAF_ORF0863 accC pccB TRUE 0.898 98.000 0.157 1.000 Y NA
 6959671 6959672 RAF_ORF0864 RAF_ORF0865   aas FALSE 0.154 235.000 0.000 NA   NA
 6959673 6959674 RAF_ORF0866 RAF_ORF0867 tfoX znuB TRUE 0.952 -3.000 0.016 NA   NA
 6959675 6959676 RAF_ORF0868 RAF_ORF0869 ubiG gltX2 FALSE 0.127 299.000 0.008 1.000 N NA
 6959676 6959677 RAF_ORF0869 RAF_ORF0870 gltX2   TRUE 0.940 -3.000 0.010 NA   NA
 6959678 6959679 RAF_ORF0871 RAF_ORF0872 groEL groES TRUE 0.955 28.000 0.050 1.000 Y NA
 6959679 6959680 RAF_ORF0872 RAF_ORF0873 groES   FALSE 0.279 210.000 0.000 NA   NA
 6959680 6959681 RAF_ORF0873 RAF_ORF0876     TRUE 0.688 34.000 0.000 NA   NA
 6959681 6959682 RAF_ORF0876 RAF_ORF0877   rph FALSE 0.007 702.000 0.000 NA   NA
 6959683 6959684 RAF_ORF0878 RAF_ORF0879 grpE perM TRUE 0.732 129.000 0.034 NA   NA
 6959684 6959685 RAF_ORF0879 RAF_ORF0880 perM   TRUE 0.985 16.000 0.362 NA   NA
 6959685 6959686 RAF_ORF0880 RAF_ORF0881     FALSE 0.043 308.000 0.000 NA   NA
 6959689 6959690 RAF_RNA27 RAF_ORF0886   rpsT FALSE 0.388 97.000 0.000 NA   NA
 6959690 6959691 RAF_ORF0886 RAF_ORF0887 rpsT rplQ TRUE 0.951 19.000 0.008 0.038 Y NA
 6959691 6959692 RAF_ORF0887 RAF_ORF0888 rplQ rpoA TRUE 0.996 11.000 0.873 1.000 N NA
 6959692 6959693 RAF_ORF0888 RAF_ORF0889 rpoA rpsK TRUE 0.985 19.000 0.308 1.000 N NA
 6959693 6959694 RAF_ORF0889 RAF_ORF0890 rpsK rpsM TRUE 0.994 25.000 0.810 0.038 Y NA
 6959694 6959695 RAF_ORF0890 RAF_ORF0891 rpsM adk TRUE 0.811 59.000 0.017 1.000 N NA
 6959695 6959696 RAF_ORF0891 RAF_ORF0892 adk secY TRUE 0.985 16.000 0.241 1.000 N NA
 6959696 6959697 RAF_ORF0892 RAF_ORF0893 secY rplO TRUE 0.996 4.000 0.730 1.000 N NA
 6959697 6959698 RAF_ORF0893 RAF_ORF0894 rplO rpmD TRUE 0.996 14.000 0.653 0.007 Y NA
 6959698 6959699 RAF_ORF0894 RAF_ORF0895 rpmD rpsE TRUE 0.994 24.000 0.789 0.051 Y NA
 6959699 6959700 RAF_ORF0895 RAF_ORF0896 rpsE rplR TRUE 0.996 18.000 0.814 0.051 Y NA
 6959700 6959701 RAF_ORF0896 RAF_ORF0897 rplR rplF TRUE 0.996 16.000 0.815 0.038 Y NA
 6959701 6959702 RAF_ORF0897 RAF_ORF0898 rplF rpsH TRUE 0.997 9.000 0.808 0.038 Y NA
 6959702 6959703 RAF_ORF0898 RAF_ORF0899 rpsH rpsN TRUE 0.989 20.000 0.295 0.038 Y NA
 6959703 6959704 RAF_ORF0899 RAF_ORF0900 rpsN rplE TRUE 0.991 18.000 0.309 0.038 Y NA
 6959704 6959705 RAF_ORF0900 RAF_ORF0901 rplE rplX TRUE 0.989 0.000 0.057 0.038 Y NA
 6959705 6959706 RAF_ORF0901 RAF_ORF0902 rplX rplN TRUE 0.990 1.000 0.071 0.051 Y NA
 6959706 6959707 RAF_ORF0902 RAF_ORF0903 rplN rpsQ TRUE 0.976 75.000 0.791 0.051 Y NA
 6959707 6959708 RAF_ORF0903 RAF_ORF0904 rpsQ rpmC TRUE 0.997 -13.000 0.828 0.038 Y NA
 6959708 6959709 RAF_ORF0904 RAF_ORF0905 rpmC rplP TRUE 0.997 -7.000 0.802 0.038 Y NA
 6959709 6959710 RAF_ORF0905 RAF_ORF0906 rplP rpsC TRUE 0.997 15.000 0.828 0.051 Y NA
 6959710 6959711 RAF_ORF0906 RAF_ORF0907 rpsC rplV TRUE 0.992 2.000 0.109 0.051 Y NA
 6959711 6959712 RAF_ORF0907 RAF_ORF0908 rplV rpsS TRUE 0.990 9.000 0.119 0.051 Y NA
 6959712 6959713 RAF_ORF0908 RAF_ORF0909 rpsS rplB TRUE 0.994 25.000 0.820 0.051 Y NA
 6959713 6959714 RAF_ORF0909 RAF_ORF0910 rplB rplW TRUE 0.998 1.000 0.849 1.000 Y NA
 6959714 6959715 RAF_ORF0910 RAF_ORF0911 rplW rplD TRUE 0.996 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 6959715 6959716 RAF_ORF0911 RAF_ORF0912 rplD rplC TRUE 0.956 111.000 0.486 0.038 Y NA
 6959716 6959717 RAF_ORF0912 RAF_ORF0913 rplC rpsJ TRUE 0.995 1.000 0.307 0.051 Y NA
 6959717 6959718 RAF_ORF0913 RAF_ORF0914 rpsJ tuf TRUE 0.761 242.000 0.318 1.000 Y NA
 6959718 6959719 RAF_ORF0914 RAF_RNA28 tuf   FALSE 0.388 92.000 0.000 NA   NA
 6959719 6959720 RAF_RNA28 RAF_RNA29     FALSE 0.459 136.000 0.000 NA   NA
 6959721 6959722 RAF_ORF0915 RAF_ORF0916     FALSE 0.449 100.000 0.002 NA   NA
 6959722 6959723 RAF_ORF0916 RAF_ORF0917   fumC TRUE 0.930 -3.000 0.007 NA   NA
 6959723 6959724 RAF_ORF0917 RAF_ORF0918 fumC   TRUE 0.573 97.000 0.007 NA N NA
 6959724 6959725 RAF_ORF0918 RAF_ORF0919     TRUE 0.883 -6.000 0.000 NA   NA
 6959725 6959726 RAF_ORF0919 RAF_ORF0920   ftsZ TRUE 0.553 181.000 0.002 NA   NA
 6959726 6959727 RAF_ORF0920 RAF_ORF0921 ftsZ   FALSE 0.095 274.000 0.002 NA   NA
 6959727 6959728 RAF_ORF0921 RAF_ORF0922   ecoT TRUE 0.696 94.000 0.034 NA   NA
 6959729 6959730 RAF_ORF0923 RAF_ORF0924   ampG2 FALSE 0.057 348.000 0.011 NA   NA
 6959730 6959731 RAF_ORF0924 RAF_ORF0925 ampG2 rhlE FALSE 0.027 356.000 0.000 NA   NA
 6959731 6959732 RAF_ORF0925 RAF_ORF0926 rhlE cspA FALSE 0.026 514.000 0.000 1.000 Y NA
 6959733 6959734 RAF_ORF0927 RAF_RNA30     FALSE 0.504 147.000 0.000 NA   NA
 6959735 6959736 RAF_ORF0928 RAF_ORF0929 ksgA   TRUE 0.686 154.000 0.006 1.000   NA
 6959736 6959737 RAF_ORF0929 RAF_ORF0930   ostA TRUE 0.854 156.000 0.051 1.000   NA
 6959738 6959739 RAF_ORF0931 RAF_ORF0932   xseA FALSE 0.012 472.000 0.000 NA   NA
 6959739 6959740 RAF_ORF0932 RAF_ORF0933 xseA   TRUE 0.927 6.000 0.002 1.000   NA
 6959740 6959741 RAF_ORF0933 RAF_ORF0934   xth2 FALSE 0.037 354.000 0.000 1.000   NA
 6959741 6959742 RAF_ORF0934 RAF_ORF0935 xth2   TRUE 0.819 196.000 0.138 NA   NA
 6959742 6959743 RAF_ORF0935 RAF_ORF0936     TRUE 0.923 4.000 0.005 NA   NA
 6959744 6959745 RAF_ORF0937 RAF_ORF0938     FALSE 0.006 931.000 0.000 NA   NA
 6959745 6959746 RAF_ORF0938 RAF_ORF0940   ubiB FALSE 0.007 717.000 0.000 NA   NA
 6959746 6959747 RAF_ORF0940 RAF_ORF0941 ubiB ubiE TRUE 0.891 148.000 0.115 1.000   NA
 6959748 6959749 RAF_ORF0942 RAF_ORF0943 mutM manC FALSE 0.448 75.000 0.000 NA   NA
 6959749 6959750 RAF_ORF0943 RAF_ORF0946 manC   FALSE 0.422 119.000 0.000 NA   NA
 6959750 6959751 RAF_ORF0946 RAF_ORF0947     FALSE 0.023 382.000 0.000 NA   NA
 6959752 6959753 RAF_ORF0948 RAF_ORF0950   tatD FALSE 0.006 1324.000 0.000 NA   NA
 6959753 6959754 RAF_ORF0950 RAF_ORF0951 tatD metG TRUE 0.930 53.000 0.221 NA N NA
 6959754 6959755 RAF_ORF0951 RAF_ORF0952 metG tmk1 TRUE 0.958 -3.000 0.008 1.000 N NA
 6959758 6959759 RAF_ORF0955 RAF_ORF0957   valS TRUE 0.613 44.000 0.000 NA   NA
 6959759 6959760 RAF_ORF0957 RAF_ORF0958 valS   TRUE 0.649 154.000 0.002 NA N NA
 6959760 6959761 RAF_ORF0958 RAF_ORF0959     TRUE 0.958 90.000 0.750 NA Y NA
 6959763 6959764 RAF_ORF0962 RAF_ORF0963     FALSE 0.431 130.000 0.000 NA   NA
 6959764 6959765 RAF_ORF0963 RAF_ORF0965     FALSE 0.038 318.000 0.000 NA   NA
 6959767 6959768 RAF_ORF0971 RAF_ORF0973     FALSE 0.430 77.000 0.000 NA   NA
 6959769 6959770 RAF_ORF0974 RAF_ORF0975 clpX rimJ TRUE 0.830 38.000 0.006 1.000 N NA
 6959770 6959771 RAF_ORF0975 RAF_ORF0976 rimJ exsB TRUE 0.634 160.000 0.005 NA   NA
 6959771 6959772 RAF_ORF0976 RAF_ORF0977 exsB   TRUE 0.917 -3.000 0.004 NA   NA
 6959773 6959774 RAF_RNA31 RAF_ORF0978   msbA2 FALSE 0.346 202.000 0.000 NA   NA
 6959774 6959775 RAF_ORF0978 RAF_ORF0979 msbA2   FALSE 0.047 303.000 0.000 NA   NA
 6959775 6959776 RAF_ORF0979 RAF_ORF0980   bcr2 FALSE 0.008 667.000 0.000 NA   NA
 6959776 6959777 RAF_ORF0980 RAF_ORF0981 bcr2   TRUE 0.768 182.000 0.020 NA N NA
 6959777 6959778 RAF_ORF0981 RAF_ORF0982   lolD TRUE 0.995 -7.000 0.620 1.000 N NA
 6959778 6959779 RAF_ORF0982 RAF_ORF0983 lolD   FALSE 0.370 219.000 0.009 1.000   NA
 6959779 6959780 RAF_ORF0983 RAF_ORF0984     TRUE 0.623 75.000 0.012 NA   NA
 6959780 6959781 RAF_ORF0984 RAF_ORF0985   ccmF TRUE 0.968 -7.000 0.028 NA N NA
 6959782 6959783 RAF_ORF0986 RAF_ORF0990   ompB FALSE 0.019 407.000 0.000 NA   NA
 6959783 6959784 RAF_ORF0990 RAF_ORF0991 ompB spoT11 FALSE 0.027 392.000 0.000 1.000   NA
 6959784 6959785 RAF_ORF0991 RAF_ORF0992 spoT11   FALSE 0.033 365.000 0.000 1.000   NA
 6959785 6959786 RAF_ORF0992 RAF_ORF0993     TRUE 0.939 4.000 0.005 1.000   NA
 6959786 6959787 RAF_ORF0993 RAF_ORF0994   himA TRUE 0.940 189.000 0.535 1.000   NA
 6959787 6959788 RAF_ORF0994 RAF_ORF0995 himA   TRUE 0.642 148.000 0.008 NA   NA
 6959790 6959791 RAF_ORF0997 RAF_ORF0998 htrB lpxK TRUE 0.976 -25.000 0.044 1.000 Y NA
 6959791 6959792 RAF_ORF0998 RAF_ORF0999 lpxK   TRUE 0.966 4.000 0.006 1.000 Y NA
 6959792 6959793 RAF_ORF0999 RAF_ORF1000   comJ TRUE 0.895 0.000 0.000 NA   NA
 6959793 6959794 RAF_ORF1000 RAF_ORF1002 comJ   FALSE 0.052 296.000 0.000 NA   NA
 6959794 6959795 RAF_ORF1002 RAF_ORF1003   ligA FALSE 0.482 114.000 0.003 NA   NA
 6959795 6959796 RAF_ORF1003 RAF_ORF1004 ligA   FALSE 0.394 102.000 0.000 NA   NA
 6959796 6959797 RAF_ORF1004 RAF_ORF1005   tgt TRUE 0.636 48.000 0.003 NA   NA
 6959801 6959802 RAF_ORF1012 RAF_ORF1013     TRUE 0.937 171.000 0.400 NA   NA
 6959802 6959803 RAF_ORF1013 RAF_ORF1014     FALSE 0.043 308.000 0.000 NA   NA
 6959803 6959804 RAF_ORF1014 RAF_ORF1015     TRUE 0.961 25.000 0.199 NA   NA
 6959804 6959805 RAF_ORF1015 RAF_ORF1016   rnhA TRUE 0.955 -12.000 0.012 1.000 N NA
 6959805 6959806 RAF_ORF1016 RAF_ORF1017 rnhA   TRUE 0.947 0.000 0.012 NA   NA
 6959806 6959807 RAF_ORF1017 RAF_RNA32   ssrA FALSE 0.388 196.000 0.000 NA   NA
 6959808 6959809 RAF_ORF1018 RAF_ORF1019   coaE TRUE 0.923 -6.000 0.006 NA   NA
 6959809 6959810 RAF_ORF1019 RAF_ORF1020 coaE dnaQ TRUE 0.982 -12.000 0.092 1.000 N NA
 6959810 6959811 RAF_ORF1020 RAF_ORF1021 dnaQ surf1 TRUE 0.587 127.000 0.010 NA   NA
 6959811 6959812 RAF_ORF1021 RAF_ORF1022 surf1   TRUE 0.784 56.000 0.023 NA   NA
 6959814 6959815 RAF_ORF1024 RAF_ORF1025 fabD   FALSE 0.006 886.000 0.000 NA   NA
 6959815 6959816 RAF_ORF1025 RAF_RNA33     FALSE 0.487 67.000 0.000 NA   NA
 6959817 6959818 RAF_ORF1026 RAF_ORF1027     FALSE 0.005 3276.000 0.000 NA   NA
 6959818 6959819 RAF_ORF1027 RAF_ORF1033   paaJ FALSE 0.006 797.000 0.000 NA   NA
 6959819 6959820 RAF_ORF1033 RAF_ORF1034 paaJ phbC TRUE 0.613 44.000 0.000 NA   NA
 6959822 6959823 RAF_ORF1038 RAF_ORF1039   tlyC FALSE 0.008 672.000 0.000 NA   NA
 6959823 6959824 RAF_ORF1039 RAF_ORF1040 tlyC   TRUE 0.977 17.000 0.222 NA   NA
 6959824 6959825 RAF_ORF1040 RAF_ORF1041     TRUE 0.772 27.000 0.002 NA   NA
 6959825 6959826 RAF_ORF1041 RAF_ORF1042     TRUE 0.876 89.000 0.292 NA   NA
 6959826 6959827 RAF_ORF1042 RAF_ORF1043   lipA FALSE 0.443 133.000 0.000 NA   NA
 6959827 6959828 RAF_ORF1043 RAF_ORF1044 lipA glyA TRUE 0.955 -7.000 0.009 1.000 N NA
 6959828 6959829 RAF_ORF1044 RAF_ORF1045 glyA   TRUE 0.851 115.000 0.182 NA   NA
 6959829 6959830 RAF_ORF1045 RAF_ORF1046   grxC2 TRUE 0.951 156.000 0.538 NA   NA
 6959834 6959835 RAF_ORF1051 RAF_ORF1053     FALSE 0.437 76.000 0.000 NA   NA
 6959838 6959839 RAF_ORF1056 RAF_ORF1057 pgpA rplU TRUE 0.604 89.000 0.004 1.000 N NA
 6959839 6959840 RAF_ORF1057 RAF_ORF1058 rplU rpmA TRUE 0.992 25.000 0.667 0.036 Y NA
 6959840 6959841 RAF_ORF1058 RAF_ORF1059 rpmA lysC FALSE 0.117 281.000 0.000 1.000 N NA
 6959841 6959842 RAF_ORF1059 RAF_ORF1060 lysC   FALSE 0.081 287.000 0.000 1.000   NA
 6959842 6959843 RAF_ORF1060 RAF_ORF1061     TRUE 0.874 9.000 0.000 NA   NA
 6959844 6959845 RAF_ORF1063 RAF_ORF1065   proP5 FALSE 0.394 102.000 0.000 NA   NA
 6959845 6959846 RAF_ORF1065 RAF_ORF1066 proP5   FALSE 0.166 228.000 0.000 NA   NA
 6959846 6959847 RAF_ORF1066 RAF_ORF1067     TRUE 0.890 -22.000 0.005 NA   NA
 6959847 6959848 RAF_ORF1067 RAF_ORF1068     TRUE 0.937 3.000 0.008 NA   NA
 6959848 6959849 RAF_ORF1068 RAF_ORF1069     TRUE 0.976 7.000 0.077 NA   NA
 6959849 6959850 RAF_ORF1069 RAF_ORF1070     TRUE 0.982 4.000 0.115 NA   NA
 6959851 6959852 RAF_ORF1071 RAF_ORF1072 trmE   FALSE 0.021 386.000 0.000 NA   NA
 6959853 6959854 RAF_ORF1073 RAF_ORF1075     FALSE 0.316 206.000 0.000 NA   NA
 6959855 6959856 RAF_ORF1077 RAF_ORF1078 recA fabG TRUE 0.953 -7.000 0.008 1.000 N NA
 6959856 6959857 RAF_ORF1078 RAF_ORF1079 fabG acpP TRUE 0.968 164.000 0.321 0.005 Y NA
 6959857 6959858 RAF_ORF1079 RAF_ORF1080 acpP fabF TRUE 0.965 33.000 0.106 1.000 Y NA
 6959858 6959859 RAF_ORF1080 RAF_ORF1081 fabF uup FALSE 0.089 282.000 0.000 1.000   NA
 6959859 6959860 RAF_ORF1081 RAF_ORF1082 uup   TRUE 0.605 68.000 0.007 NA   NA
 6959861 6959862 RAF_ORF1083 RAF_ORF1086   gmk FALSE 0.436 132.000 0.000 NA   NA
 6959862 6959863 RAF_ORF1086 RAF_ORF1087 gmk   TRUE 0.670 141.000 0.008 1.000   NA
 6959863 6959864 RAF_ORF1087 RAF_ORF1088   mreC FALSE 0.138 255.000 0.000 1.000   NA
 6959864 6959865 RAF_ORF1088 RAF_ORF1089 mreC mreB TRUE 0.996 3.000 0.689 1.000 N NA
 6959865 6959866 RAF_ORF1089 RAF_ORF1090 mreB   FALSE 0.399 211.000 0.005 1.000   NA
 6959866 6959867 RAF_ORF1090 RAF_RNA34     TRUE 0.630 42.000 0.000 NA   NA
 6959867 6959868 RAF_RNA34 RAF_ORF1091   pal FALSE 0.040 310.000 0.000 NA   NA
 6959870 6959871 RAF_ORF1093 RAF_ORF1094 fabH rpmF TRUE 0.961 8.000 0.014 1.000 N NA
 6959872 6959873 RAF_ORF1095 RAF_ORF1096 smpA ftsY TRUE 0.544 204.000 0.005 1.000 N NA
 6959873 6959874 RAF_ORF1096 RAF_ORF1097 ftsY polA TRUE 0.742 166.000 0.005 1.000 N NA
 6959874 6959875 RAF_ORF1097 RAF_ORF1098 polA metK FALSE 0.493 180.000 0.000 NA   NA
 6959875 6959876 RAF_ORF1098 RAF_ORF1101 metK   FALSE 0.462 74.000 0.000 NA   NA
 6959877 6959878 RAF_ORF1103 RAF_ORF1104 dnaE udg TRUE 0.654 117.000 0.007 1.000 N NA
 6959879 6959880 RAF_ORF1105 RAF_ORF1106   ampG3 TRUE 0.937 27.000 0.079 NA   NA
 6959880 6959881 RAF_ORF1106 RAF_ORF1107 ampG3 tatC TRUE 0.772 67.000 0.033 NA   NA
 6959881 6959882 RAF_ORF1107 RAF_ORF1108 tatC serS TRUE 0.971 -22.000 0.065 NA N NA
 6959882 6959883 RAF_ORF1108 RAF_ORF1109 serS virB4-2 FALSE 0.041 345.000 0.000 NA N NA
 6959883 6959884 RAF_ORF1109 RAF_ORF1110 virB4-2   TRUE 0.917 136.000 0.375 NA   NA
 6959884 6959885 RAF_ORF1110 RAF_ORF1111   terC TRUE 0.972 5.000 0.051 NA   NA
 6959885 6959886 RAF_ORF1111 RAF_ORF1112 terC   TRUE 0.894 44.000 0.037 0.059   NA
 6959886 6959887 RAF_ORF1112 RAF_ORF1113     TRUE 0.960 86.000 0.857 1.000   NA
 6959887 6959888 RAF_ORF1113 RAF_ORF1114     TRUE 0.911 6.000 0.000 1.000   NA
 6959888 6959889 RAF_ORF1114 RAF_ORF1115   nuoJ TRUE 0.808 33.000 0.000 1.000 N NA
 6959889 6959890 RAF_ORF1115 RAF_ORF1116 nuoJ nuoK TRUE 0.994 -25.000 0.484 0.006 Y NA
 6959890 6959891 RAF_ORF1116 RAF_ORF1117 nuoK nuoL1 TRUE 0.995 -9.000 0.451 0.017 Y NA
 6959891 6959892 RAF_ORF1117 RAF_ORF1118 nuoL1 nuoM TRUE 0.959 154.000 0.251 0.006 Y NA
 6959892 6959893 RAF_ORF1118 RAF_ORF1119 nuoM ccmA FALSE 0.061 330.000 0.000 1.000 N NA
 6959894 6959895 RAF_ORF1120 RAF_ORF1121 nuoI nuoH TRUE 0.966 187.000 0.500 0.017 Y NA
 6959895 6959896 RAF_ORF1121 RAF_ORF1122 nuoH nuoG TRUE 0.963 122.000 0.515 0.017 Y NA
 6959896 6959897 RAF_ORF1122 RAF_ORF1123 nuoG   TRUE 0.961 3.000 0.021 NA   NA
 6959897 6959898 RAF_ORF1123 RAF_ORF1124   acnA TRUE 0.676 169.000 0.008 NA   NA
 6959898 6959899 RAF_ORF1124 RAF_ORF1125 acnA atpC TRUE 0.766 182.000 0.005 1.000 Y NA
 6959899 6959900 RAF_ORF1125 RAF_ORF1126 atpC atpD TRUE 0.985 58.000 0.837 0.005 Y NA
 6959900 6959901 RAF_ORF1126 RAF_ORF1127 atpD atpG TRUE 0.981 173.000 0.724 0.005 Y NA
 6959901 6959902 RAF_ORF1127 RAF_ORF1128 atpG atpA TRUE 0.980 133.000 0.846 0.005 Y NA
 6959902 6959903 RAF_ORF1128 RAF_ORF1129 atpA atpH TRUE 0.975 97.000 0.864 0.008 Y NA
 6959903 6959904 RAF_ORF1129 RAF_ORF1130 atpH lpdA1 TRUE 0.813 162.000 0.007 1.000 Y NA
 6959904 6959905 RAF_ORF1130 RAF_ORF1131 lpdA1   TRUE 0.785 151.000 0.014 1.000 N NA
 6959907 6959908 RAF_ORF1134 RAF_ORF1136 blaD mrcA TRUE 0.538 162.000 0.000 NA   NA
 6959908 6959909 RAF_ORF1136 RAF_ORF1137 mrcA miaB TRUE 0.951 4.000 0.005 1.000 N NA
 6959909 6959910 RAF_ORF1137 RAF_ORF1138 miaB   FALSE 0.018 421.000 0.000 NA   NA
 6959910 6959911 RAF_ORF1138 RAF_ORF1140     FALSE 0.010 519.000 0.000 NA   NA
 6959911 6959912 RAF_ORF1140 RAF_ORF1141     FALSE 0.043 308.000 0.000 NA   NA
 6959912 6959913 RAF_ORF1141 RAF_ORF1142   kefB TRUE 0.936 -31.000 0.021 NA   NA
 6959913 6959914 RAF_ORF1142 RAF_ORF1143 kefB   TRUE 0.933 -3.000 0.008 NA   NA
 6959916 6959917 RAF_ORF1145 RAF_ORF1155 sca13 sca9 FALSE 0.046 306.000 0.000 NA   NA
 6959918 6959919 RAF_RNA35 RAF_ORF1156   infA TRUE 0.818 18.000 0.000 NA   NA
 6959919 6959920 RAF_ORF1156 RAF_ORF1157 infA maf TRUE 0.984 12.000 0.207 NA N NA
 6959921 6959922 RAF_ORF1158 RAF_ORF1159 dksA xerC TRUE 0.864 168.000 0.040 1.000 N NA
 6959924 6959925 RAF_ORF1161 RAF_ORF1162 pldA phaC TRUE 0.515 150.000 0.000 NA   NA
 6959925 6959926 RAF_ORF1162 RAF_ORF1164 phaC ubiD FALSE 0.424 121.000 0.000 NA   NA
 6959926 6959927 RAF_ORF1164 RAF_ORF1165 ubiD surA TRUE 0.763 154.000 0.015 NA N NA
 6959927 6959928 RAF_ORF1165 RAF_ORF1166 surA ompA FALSE 0.413 194.000 0.000 NA   NA
 6959928 6959929 RAF_ORF1166 RAF_ORF1167 ompA ftsK FALSE 0.011 638.000 0.000 1.000   NA
 6959929 6959930 RAF_ORF1167 RAF_ORF1168 ftsK   TRUE 0.674 169.000 0.000 1.000 N NA
 6959931 6959932 RAF_ORF1169 RAF_ORF1170 map radC FALSE 0.116 250.000 0.000 NA   NA
 6959932 6959933 RAF_ORF1170 RAF_ORF1172 radC mraY2 TRUE 0.878 -7.000 0.000 NA   NA
 6959933 6959934 RAF_ORF1172 RAF_ORF1173 mraY2   TRUE 0.962 -3.000 0.023 NA   NA
 6959935 6959936 RAF_ORF1174 RAF_ORF1175     FALSE 0.327 247.000 0.000 0.004 Y NA
 6959936 6959937 RAF_ORF1175 RAF_ORF1176   fdxA TRUE 0.619 284.000 0.545 1.000 N NA
 6959937 6959938 RAF_ORF1176 RAF_ORF1177 fdxA ccmC TRUE 0.969 5.000 0.018 1.000 N NA
 6959938 6959939 RAF_ORF1177 RAF_ORF1178 ccmC   TRUE 0.942 15.000 0.010 1.000 N NA
 6959939 6959940 RAF_ORF1178 RAF_ORF1179     TRUE 0.964 -19.000 0.023 1.000 N NA
 6959941 6959942 RAF_ORF1180 RAF_ORF1181 omp   TRUE 0.815 131.000 0.085 NA   NA
 6959942 6959943 RAF_ORF1181 RAF_ORF1182   znuC TRUE 0.691 140.000 0.016 NA   NA
 6959944 6959945 RAF_ORF1183 RAF_ORF1185     FALSE 0.021 388.000 0.000 NA   NA
 6959945 6959946 RAF_ORF1185 RAF_ORF1186   uvrA FALSE 0.008 645.000 0.000 NA   NA
 6959947 6959948 RAF_ORF1187 RAF_ORF1188 ssb   TRUE 0.858 12.000 0.000 NA   NA
 6959948 6959949 RAF_ORF1188 RAF_ORF1189     TRUE 0.637 41.000 0.000 NA   NA
 6959950 6959951 RAF_ORF1190 RAF_RNA36     FALSE 0.006 866.000 0.000 NA   NA
 6959952 6959953 RAF_ORF1191 RAF_ORF1192   htpG TRUE 0.638 144.000 0.008 NA   NA
 6959953 6959954 RAF_ORF1192 RAF_ORF1193 htpG hemA TRUE 0.741 179.000 0.008 1.000 N NA
 6959954 6959955 RAF_ORF1193 RAF_ORF1194 hemA tig FALSE 0.010 1655.000 0.000 1.000 N NA
 6959956 6959957 RAF_ORF1195 RAF_ORF1196 obg gltA TRUE 0.668 55.000 0.002 1.000   NA
 6959957 6959958 RAF_ORF1196 RAF_ORF1197 gltA   FALSE 0.013 701.000 0.000 1.000 N NA
 6959959 6959960 RAF_ORF1198 RAF_ORF1199     FALSE 0.010 553.000 0.000 NA   NA
 6959960 6959961 RAF_ORF1199 RAF_ORF1201   hemK FALSE 0.163 229.000 0.000 NA   NA
 6959962 6959963 RAF_ORF1202 RAF_ORF1203   glyS TRUE 0.968 -3.000 0.013 NA Y NA
 6959963 6959964 RAF_ORF1203 RAF_ORF1204 glyS glyQ TRUE 0.997 -3.000 0.651 0.002 Y NA
 6959964 6959965 RAF_ORF1204 RAF_ORF1205 glyQ vapC3 TRUE 0.765 32.000 0.003 NA   NA
 6959965 6959966 RAF_ORF1205 RAF_ORF1206 vapC3   TRUE 0.984 -3.000 0.154 NA   NA
 6959966 6959967 RAF_ORF1206 RAF_ORF1207     TRUE 0.512 148.000 0.000 NA   NA
 6959967 6959968 RAF_ORF1207 RAF_ORF1208   proP6 TRUE 0.701 33.000 0.000 NA   NA
 6959968 6959969 RAF_ORF1208 RAF_ORF1211 proP6   FALSE 0.227 216.000 0.000 NA   NA
 6959969 6959970 RAF_ORF1211 RAF_ORF1212     TRUE 0.995 10.000 1.000 NA   NA
 6959970 6959971 RAF_ORF1212 RAF_ORF1213     TRUE 0.935 75.000 0.556 NA   NA
 6959973 6959974 RAF_ORF1215 RAF_ORF1216 truA rpoD TRUE 0.617 96.000 0.006 1.000 N NA
 6959974 6959975 RAF_ORF1216 RAF_ORF1217 rpoD dnaG TRUE 0.957 45.000 0.299 1.000 N NA
 6959975 6959976 RAF_ORF1217 RAF_ORF1218 dnaG sec59 TRUE 0.955 5.000 0.008 1.000 N NA
 6959978 6959979 RAF_ORF1220 RAF_ORF1221 pntA2 pntA1 TRUE 0.997 -3.000 0.829 0.003   NA
 6959980 6959981 RAF_ORF1222 RAF_RNA37 lolA ffs TRUE 0.745 25.000 0.000 NA   NA
 6959981 6959982 RAF_RNA37 RAF_ORF1223 ffs dnaX TRUE 0.580 47.000 0.000 NA   NA
 6959982 6959983 RAF_ORF1223 RAF_ORF1224 dnaX   TRUE 0.981 20.000 0.411 NA   NA
 6959984 6959985 RAF_ORF1225 RAF_ORF1226     FALSE 0.006 1188.000 0.000 NA   NA
 6959985 6959986 RAF_ORF1226 RAF_ORF1227   glnQ TRUE 0.815 206.000 0.250 NA   NA
 6959986 6959987 RAF_ORF1227 RAF_ORF1228 glnQ phnP TRUE 0.965 4.000 0.019 1.000   NA
 6959988 6959989 RAF_ORF1229 RAF_ORF1230   dinJ TRUE 0.739 94.000 0.053 NA   NA
 6959989 6959990 RAF_ORF1230 RAF_ORF1231 dinJ   FALSE 0.386 95.000 0.000 NA   NA
 6959990 6959991 RAF_ORF1231 RAF_ORF1232     FALSE 0.398 109.000 0.000 NA   NA
 6959992 6959993 RAF_ORF1233 RAF_RNA38 holC   TRUE 0.672 37.000 0.000 NA   NA
 6959993 6959994 RAF_RNA38 RAF_ORF1234   dapE FALSE 0.423 79.000 0.000 NA   NA
 6959994 6959995 RAF_ORF1234 RAF_ORF1235 dapE   TRUE 0.628 54.000 0.000 1.000   NA
 6959995 6959996 RAF_ORF1235 RAF_ORF1236     FALSE 0.409 113.000 0.000 NA   NA
 6959996 6959997 RAF_ORF1236 RAF_ORF1237     FALSE 0.409 113.000 0.000 NA   NA
 6959997 6959998 RAF_ORF1237 RAF_ORF1240     TRUE 0.871 -9.000 0.000 NA   NA
 6960000 6960001 RAF_ORF1242 RAF_ORF1243   lipB TRUE 0.932 -3.000 0.007 NA   NA
 6960001 6960002 RAF_ORF1243 RAF_ORF1244 lipB ampD2 TRUE 0.950 -3.000 0.004 1.000 N NA
 6960002 6960003 RAF_ORF1244 RAF_RNA39 ampD2   FALSE 0.147 238.000 0.000 NA   NA
 6960003 6960004 RAF_RNA39 RAF_ORF1245   rpsP FALSE 0.465 185.000 0.000 NA   NA
 6960004 6960005 RAF_ORF1245 RAF_ORF1246 rpsP rpmG TRUE 0.958 17.000 0.008 0.034 Y NA
 6960005 6960006 RAF_ORF1246 RAF_ORF1247 rpmG mutL FALSE 0.340 222.000 0.004 1.000 N NA
 6960006 6960007 RAF_ORF1247 RAF_ORF1248 mutL   TRUE 0.917 -3.000 0.004 NA   NA
 6960010 6960011 RAF_ORF1253 RAF_ORF1254 proP7 hemF TRUE 0.954 -16.000 0.014 1.000 N NA
 6960012 6960013 RAF_ORF1255 RAF_ORF1257     FALSE 0.018 421.000 0.000 NA   NA
 6960013 6960014 RAF_ORF1257 RAF_ORF1258   hemH TRUE 0.959 12.000 0.043 NA   NA
 6960014 6960015 RAF_ORF1258 RAF_ORF1259 hemH hemE TRUE 0.984 -43.000 0.131 1.000 Y NA
 6958849 6958850 RAF_pORF1260 RAF_pORF1261     TRUE 0.646 40.000 0.000 NA   NA
 6958850 6958851 RAF_pORF1261 RAF_pORF1262     TRUE 0.533 158.000 0.000 NA   NA
 6958852 6958853 RAF_pORF1263 RAF_pORF1264     TRUE 0.522 173.000 0.000 NA   NA
 6958853 6958854 RAF_pORF1264 RAF_pORF1265     TRUE 0.613 44.000 0.000 NA   NA
 6958854 6958855 RAF_pORF1265 RAF_pORF1266     TRUE 0.701 33.000 0.000 NA   NA
 6958855 6958856 RAF_pORF1266 RAF_pORF1267     FALSE 0.007 720.000 0.000 NA   NA
 6958856 6958857 RAF_pORF1267 RAF_pORF1268   sca12 TRUE 0.515 150.000 0.000 NA   NA