MicrobesOnline Operon Predictions for Yersinia pseudotuberculosis IP 31758

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3516765 3516766 YpsIP31758_0001 YpsIP31758_0002 mioC   TRUE 0.550 93.000 0.165 1.000 N NA
 3516768 3516769 YpsIP31758_0004 YpsIP31758_0005     TRUE 0.987 4.000 0.443 NA   NA
 3516770 3516771 YpsIP31758_0006 YpsIP31758_0007 kup rbsD FALSE 0.019 205.000 0.010 1.000 N NA
 3516771 3516772 YpsIP31758_0007 YpsIP31758_0008 rbsD rbsK TRUE 0.814 51.000 0.010 1.000 Y NA
 3516772 3516773 YpsIP31758_0008 YpsIP31758_0010 rbsK   TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3516774 3516775 YpsIP31758_0009 YpsIP31758_0011     TRUE 0.604 80.000 0.133 1.000   NA
 3516776 3516777 YpsIP31758_4189 YpsIP31758_4190 rrsA   FALSE 0.170 136.000 0.000 NA   NA
 3516777 3516778 YpsIP31758_4190 YpsIP31758_4191   rrlA FALSE 0.070 252.000 0.000 NA   NA
 3516778 3516779 YpsIP31758_4191 YpsIP31758_4192 rrlA rrfA FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   NA
 3516779 3516780 YpsIP31758_4192 YpsIP31758_0015 rrfA   FALSE 0.009 501.000 0.000 NA   NA
 3516781 3516782 YpsIP31758_0016 YpsIP31758_0017 mobB mobA TRUE 0.993 -3.000 0.064 0.004 Y NA
 3516783 3516784 YpsIP31758_0018 YpsIP31758_0019     TRUE 0.474 91.000 0.106 NA   NA
 3516784 3516785 YpsIP31758_0019 YpsIP31758_0020   dsbA TRUE 0.729 28.000 0.111 NA   NA
 3516785 3516786 YpsIP31758_0020 YpsIP31758_0021 dsbA polA FALSE 0.011 491.000 0.000 1.000   NA
 3516786 3516787 YpsIP31758_0021 YpsIP31758_4297 polA spf FALSE 0.161 149.000 0.000 NA   NA
 3516789 3516790 YpsIP31758_4298 YpsIP31758_0023     FALSE 0.164 145.000 0.000 NA   NA
 3516790 3516791 YpsIP31758_0023 YpsIP31758_0024   hemN FALSE 0.324 183.000 0.107 NA   NA
 3516792 3516793 YpsIP31758_0025 YpsIP31758_0026 ntrC ntrB TRUE 0.997 8.000 0.587 0.080 Y NA
 3516793 3516794 YpsIP31758_0026 YpsIP31758_0027 ntrB glnA FALSE 0.065 253.000 0.053 1.000 N NA
 3516795 3516796 YpsIP31758_0028 YpsIP31758_0029 typA   FALSE 0.024 323.000 0.007 1.000   NA
 3516796 3516797 YpsIP31758_0029 YpsIP31758_0030   rbn FALSE 0.231 97.000 0.031 1.000   NA
 3516797 3516798 YpsIP31758_0030 YpsIP31758_0031 rbn dtd TRUE 0.841 7.000 0.069 1.000   NA
 3516798 3516799 YpsIP31758_0031 YpsIP31758_0032 dtd   FALSE 0.233 186.000 0.065 1.000   NA
 3516800 3516801 YpsIP31758_0033 YpsIP31758_0034   yicE TRUE 0.668 147.000 0.257 NA   NA
 3516802 3516803 YpsIP31758_0035 YpsIP31758_0036   gltS FALSE 0.185 120.000 0.000 NA   NA
 3516804 3516805 YpsIP31758_0037 YpsIP31758_0038 recG trmH TRUE 0.890 1.000 0.076 1.000 N NA
 3516805 3516806 YpsIP31758_0038 YpsIP31758_0039 trmH spoT TRUE 0.845 6.000 0.095 1.000 N NA
 3516806 3516807 YpsIP31758_0039 YpsIP31758_0040 spoT rpoZ TRUE 0.981 20.000 0.291 1.000 Y NA
 3516807 3516808 YpsIP31758_0040 YpsIP31758_0041 rpoZ gmk TRUE 0.909 55.000 0.471 1.000 N NA
 3516812 3516813 YpsIP31758_0045 YpsIP31758_0046     FALSE 0.436 30.000 0.000 NA   NA
 3516813 3516814 YpsIP31758_0046 YpsIP31758_0047     FALSE 0.004 747.000 0.000 NA   NA
 3516814 3516815 YpsIP31758_0047 YpsIP31758_0048     FALSE 0.007 547.000 0.000 NA   NA
 3516815 3516816 YpsIP31758_0048 YpsIP31758_0049     TRUE 0.786 -43.000 0.000 NA   NA
 3516816 3516817 YpsIP31758_0049 YpsIP31758_0050     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3516817 3516818 YpsIP31758_0050 YpsIP31758_0051     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3516818 3516819 YpsIP31758_0051 YpsIP31758_0052     TRUE 0.990 0.000 0.375 NA   NA
 3516819 3516820 YpsIP31758_0052 YpsIP31758_0053     FALSE 0.190 114.000 0.000 NA   NA
 3516820 3516821 YpsIP31758_0053 YpsIP31758_0054     FALSE 0.208 97.000 0.000 NA   NA
 3516821 3516822 YpsIP31758_0054 YpsIP31758_0055     FALSE 0.078 190.000 0.010 NA   NA
 3516823 3516824 YpsIP31758_0056 YpsIP31758_0057 rph pyrE FALSE 0.287 167.000 0.108 1.000 N NA
 3516825 3516826 YpsIP31758_0058 YpsIP31758_0059   dut FALSE 0.204 122.000 0.060 1.000 N NA
 3516826 3516827 YpsIP31758_0059 YpsIP31758_0060 dut coaBC TRUE 0.962 -19.000 0.201 1.000 N NA
 3516828 3516829 YpsIP31758_0061 YpsIP31758_0062 radC rpmB FALSE 0.004 263.000 0.002 1.000 N NA
 3516829 3516830 YpsIP31758_0062 YpsIP31758_0063 rpmB rpmG TRUE 0.993 12.000 0.332 0.016 Y NA
 3516830 3516831 YpsIP31758_0063 YpsIP31758_0064 rpmG mutM FALSE 0.140 83.000 0.034 1.000 N NA
 3516832 3516833 YpsIP31758_0065 YpsIP31758_0066 coaD   TRUE 0.557 -3.000 0.023 NA N NA
 3516833 3516834 YpsIP31758_0066 YpsIP31758_0067   kdtA TRUE 0.986 1.000 0.083 NA Y NA
 3516834 3516835 YpsIP31758_0067 YpsIP31758_0068 kdtA rfaC FALSE 0.125 420.000 0.028 1.000 Y NA
 3516835 3516836 YpsIP31758_0068 YpsIP31758_0069 rfaC rfaF TRUE 0.997 0.000 0.205 0.001 Y NA
 3516836 3516837 YpsIP31758_0069 YpsIP31758_0070 rfaF rfaD TRUE 0.946 31.000 0.146 1.000 Y NA
 3516838 3516839 YpsIP31758_0071 YpsIP31758_0072 kbl tdh TRUE 0.982 10.000 0.547 1.000 N NA
 3516840 3516841 YpsIP31758_0073 YpsIP31758_0074     TRUE 0.726 24.000 0.088 1.000   NA
 3516841 3516842 YpsIP31758_0074 YpsIP31758_0075   gpmI TRUE 0.906 10.000 0.170 1.000 N NA
 3516843 3516844 YpsIP31758_0076 YpsIP31758_0077   grxC FALSE 0.128 119.000 0.048 NA N NA
 3516844 3516845 YpsIP31758_0077 YpsIP31758_0078 grxC secB FALSE 0.151 88.000 0.038 1.000 N NA
 3516845 3516846 YpsIP31758_0078 YpsIP31758_0079 secB gpsA TRUE 0.973 0.000 0.206 1.000 N NA
 3516846 3516847 YpsIP31758_0079 YpsIP31758_0080 gpsA cysE TRUE 0.537 266.000 0.429 1.000 N NA
 3516850 3516851 YpsIP31758_0083 YpsIP31758_0084 cpxA cpxR2 TRUE 0.999 -3.000 0.791 1.000 Y NA
 3516852 3516853 YpsIP31758_0085 YpsIP31758_0086     FALSE 0.005 678.000 0.000 NA   NA
 3516855 3516856 YpsIP31758_0088 YpsIP31758_0089 fieF pfkA FALSE 0.063 218.000 0.040 1.000 N NA
 3516856 3516857 YpsIP31758_0089 YpsIP31758_0090 pfkA   FALSE 0.080 221.000 0.049 1.000 N NA
 3516858 3516859 YpsIP31758_0091 YpsIP31758_0092     TRUE 0.755 118.000 0.000 0.081 Y NA
 3516859 3516860 YpsIP31758_0092 YpsIP31758_0093   ligK FALSE 0.159 66.000 0.000 1.000 N NA
 3516860 3516861 YpsIP31758_0093 YpsIP31758_0094 ligK   TRUE 0.991 -3.000 0.353 NA   NA
 3516863 3516864 YpsIP31758_0096 YpsIP31758_0097 tpiA   FALSE 0.261 129.000 0.058 NA   NA
 3516866 3516867 YpsIP31758_0099 YpsIP31758_0100 fpr glpX FALSE 0.331 155.000 0.117 1.000 N NA
 3516867 3516868 YpsIP31758_0100 YpsIP31758_0101 glpX glpK FALSE 0.023 269.000 0.025 1.000 N NA
 3516868 3516869 YpsIP31758_0101 YpsIP31758_0102 glpK glpF FALSE 0.027 177.000 0.013 1.000 N NA
 3516870 3516871 YpsIP31758_0103 YpsIP31758_0104     FALSE 0.136 175.000 0.000 NA   NA
 3516872 3516873 YpsIP31758_0105 YpsIP31758_0106     TRUE 0.996 -7.000 0.250 1.000 Y NA
 3516874 3516875 YpsIP31758_0107 YpsIP31758_0108     FALSE 0.136 175.000 0.000 NA   NA
 3516875 3516876 YpsIP31758_0108 YpsIP31758_0109     FALSE 0.040 306.000 0.000 NA   NA
 3516877 3516878 YpsIP31758_0110 YpsIP31758_0111 rraA menA TRUE 0.823 142.000 0.158 NA Y NA
 3516878 3516879 YpsIP31758_0111 YpsIP31758_0112 menA hslU FALSE 0.086 218.000 0.051 1.000 N NA
 3516879 3516880 YpsIP31758_0112 YpsIP31758_0113 hslU hslV TRUE 0.987 71.000 0.752 1.000 Y NA
 3516880 3516881 YpsIP31758_0113 YpsIP31758_0114 hslV ftsN FALSE 0.400 100.000 0.122 NA N NA
 3516881 3516882 YpsIP31758_0114 YpsIP31758_0115 ftsN cytR TRUE 0.738 66.000 0.245 NA N NA
 3516882 3516883 YpsIP31758_0115 YpsIP31758_0116 cytR priA FALSE 0.005 353.000 0.013 1.000 N NA
 3516884 3516885 YpsIP31758_0117 YpsIP31758_0118   rpmE FALSE 0.179 125.000 0.000 NA   NA
 3516886 3516887 YpsIP31758_0119 YpsIP31758_0120   metJ FALSE 0.027 349.000 0.000 NA   NA
 3516888 3516889 YpsIP31758_0121 YpsIP31758_0122 metB metL TRUE 0.997 3.000 0.428 1.000 Y NA
 3516889 3516890 YpsIP31758_0122 YpsIP31758_0123 metL metF FALSE 0.450 233.000 0.017 1.000 Y NA
 3516890 3516891 YpsIP31758_0123 YpsIP31758_0124 metF   FALSE 0.412 34.000 0.000 NA   NA
 3516892 3516893 YpsIP31758_0125 YpsIP31758_0126 ppc argE FALSE 0.019 374.000 0.053 1.000 N NA
 3516894 3516895 YpsIP31758_0127 YpsIP31758_0128 argC argB TRUE 0.814 166.000 0.097 0.003 Y NA
 3516895 3516896 YpsIP31758_0128 YpsIP31758_0129 argB argH TRUE 0.590 167.000 0.017 1.000 Y NA
 3516896 3516897 YpsIP31758_0129 YpsIP31758_0130 argH hasR FALSE 0.003 599.000 0.000 1.000 N NA
 3516897 3516898 YpsIP31758_0130 YpsIP31758_0131 hasR hasA FALSE 0.095 222.000 0.000 NA   NA
 3516898 3516899 YpsIP31758_0131 YpsIP31758_0132 hasA hasD FALSE 0.143 166.000 0.000 NA   NA
 3516899 3516900 YpsIP31758_0132 YpsIP31758_0133 hasD hasE TRUE 0.981 76.000 1.000 0.010   NA
 3516900 3516901 YpsIP31758_0133 YpsIP31758_0134 hasE   TRUE 0.957 65.000 0.667 0.010 N NA
 3516902 3516903 YpsIP31758_0135 YpsIP31758_0136     TRUE 0.740 94.000 0.204 0.006 N NA
 3516906 3516907 YpsIP31758_0139 YpsIP31758_0140     TRUE 0.978 13.000 0.508 NA   NA
 3516909 3516910 YpsIP31758_0142 YpsIP31758_0143 btuB murI TRUE 0.572 -55.000 0.025 1.000 N NA
 3516910 3516911 YpsIP31758_0143 YpsIP31758_4193 murI rrsB FALSE 0.011 457.000 0.000 NA   NA
 3516911 3516912 YpsIP31758_4193 YpsIP31758_4194 rrsB   FALSE 0.170 136.000 0.000 NA   NA
 3516912 3516913 YpsIP31758_4194 YpsIP31758_4195   rrlB FALSE 0.070 252.000 0.000 NA   NA
 3516913 3516914 YpsIP31758_4195 YpsIP31758_4196 rrlB rrfB FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   NA
 3516914 3516915 YpsIP31758_4196 YpsIP31758_4197 rrfB   FALSE 0.182 123.000 0.000 NA   NA
 3516915 3516916 YpsIP31758_4197 YpsIP31758_4198     TRUE 0.706 7.000 0.000 NA   NA
 3516916 3516917 YpsIP31758_4198 YpsIP31758_0147     FALSE 0.003 993.000 0.000 NA   NA
 3516917 3516918 YpsIP31758_0147 YpsIP31758_0148     TRUE 0.985 86.000 0.804 NA Y NA
 3516918 3516919 YpsIP31758_0148 YpsIP31758_0149     TRUE 0.991 33.000 0.506 0.013 Y NA
 3516919 3516920 YpsIP31758_0149 YpsIP31758_0151     TRUE 1.000 0.000 0.865 0.013 Y NA
 3516924 3516925 YpsIP31758_0154 YpsIP31758_0155 ilvB3 ilvM TRUE 0.999 -3.000 0.943 0.002   NA
 3516925 3516926 YpsIP31758_0155 YpsIP31758_0156 ilvM ilvE TRUE 0.885 23.000 0.205 1.000   NA
 3516926 3516927 YpsIP31758_0156 YpsIP31758_0157 ilvE ilvD TRUE 0.635 205.000 0.075 1.000 Y NA
 3516927 3516928 YpsIP31758_0157 YpsIP31758_0158 ilvD ilvA TRUE 0.978 6.000 0.106 1.000 Y NA
 3516929 3516930 YpsIP31758_0159 YpsIP31758_0160     FALSE 0.245 80.000 0.000 NA   NA
 3516930 3516931 YpsIP31758_0160 YpsIP31758_0161     TRUE 0.995 -16.000 0.667 NA   NA
 3516931 3516932 YpsIP31758_0161 YpsIP31758_0162   ilvY FALSE 0.030 337.000 0.000 NA   NA
 3516933 3516934 YpsIP31758_0163 YpsIP31758_0164 ilvC   FALSE 0.152 180.000 0.000 1.000   NA
 3516934 3516935 YpsIP31758_0164 YpsIP31758_0165     TRUE 0.851 2.000 0.000 1.000   NA
 3516936 3516937 YpsIP31758_0166 YpsIP31758_0167     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3516937 3516938 YpsIP31758_0167 YpsIP31758_0168     TRUE 0.982 50.000 1.000 1.000   NA
 3516938 3516939 YpsIP31758_0168 YpsIP31758_0169     TRUE 0.875 107.000 0.500 1.000   NA
 3516939 3516940 YpsIP31758_0169 YpsIP31758_0170     TRUE 0.988 28.000 0.500 1.000 Y NA
 3516940 3516941 YpsIP31758_0170 YpsIP31758_0171     TRUE 0.993 64.000 1.000 1.000 Y NA
 3516941 3516942 YpsIP31758_0171 YpsIP31758_0172     FALSE 0.002 792.000 0.000 1.000 N NA
 3516942 3516943 YpsIP31758_0172 YpsIP31758_0173   ppiC FALSE 0.095 239.000 0.000 1.000   NA
 3516943 3516944 YpsIP31758_0173 YpsIP31758_0174 ppiC   TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3516946 3516947 YpsIP31758_0176 YpsIP31758_0177   gppA TRUE 0.805 3.000 0.000 NA   NA
 3516947 3516948 YpsIP31758_0177 YpsIP31758_0178 gppA rhlB TRUE 0.982 4.000 0.406 1.000 N NA
 3516949 3516950 YpsIP31758_0179 YpsIP31758_0180 trx rho FALSE 0.018 480.000 0.087 1.000 N NA
 3516950 3516951 YpsIP31758_0180 YpsIP31758_0181 rho   FALSE 0.029 273.000 0.000 1.000 N NA
 3516951 3516952 YpsIP31758_0181 YpsIP31758_0182   wecA FALSE 0.005 479.000 0.000 1.000 N NA
 3516952 3516953 YpsIP31758_0182 YpsIP31758_0183 wecA   TRUE 0.997 18.000 0.735 0.004 Y NA
 3516953 3516954 YpsIP31758_0183 YpsIP31758_0184     TRUE 0.934 281.000 0.677 0.004 Y NA
 3516954 3516955 YpsIP31758_0184 YpsIP31758_0185     TRUE 0.998 -3.000 0.348 1.000 Y NA
 3516955 3516956 YpsIP31758_0185 YpsIP31758_0186   rfbB TRUE 0.997 -3.000 0.273 1.000 Y NA
 3516956 3516957 YpsIP31758_0186 YpsIP31758_0187 rfbB rfbA TRUE 0.935 295.000 0.739 0.004 Y NA
 3516957 3516958 YpsIP31758_0187 YpsIP31758_0188 rfbA wecD TRUE 0.954 -22.000 0.145 1.000   NA
 3516958 3516959 YpsIP31758_0188 YpsIP31758_0189 wecD   TRUE 0.980 2.000 0.248 1.000   NA
 3516959 3516960 YpsIP31758_0189 YpsIP31758_0190     TRUE 0.977 2.000 0.218 1.000   NA
 3516960 3516961 YpsIP31758_0190 YpsIP31758_0191   wecF TRUE 0.975 23.000 0.605 1.000   NA
 3516961 3516962 YpsIP31758_0191 YpsIP31758_0192 wecF   TRUE 0.997 -3.000 0.684 1.000   NA
 3516962 3516963 YpsIP31758_0192 YpsIP31758_0193     TRUE 0.906 9.000 0.126 1.000   NA
 3516963 3516964 YpsIP31758_0193 YpsIP31758_0194     FALSE 0.004 539.000 0.000 1.000 N NA
 3516964 3516965 YpsIP31758_0194 YpsIP31758_4199     FALSE 0.161 149.000 0.000 NA   NA
 3516965 3516966 YpsIP31758_4199 YpsIP31758_4200     FALSE 0.238 83.000 0.000 NA   NA
 3516966 3516967 YpsIP31758_4200 YpsIP31758_4201     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3516967 3516968 YpsIP31758_4201 YpsIP31758_4202     FALSE 0.254 74.000 0.000 NA   NA
 3516969 3516970 YpsIP31758_0195 YpsIP31758_0196 hemY   TRUE 0.990 3.000 0.144 1.000 Y NA
 3516970 3516971 YpsIP31758_0196 YpsIP31758_0197   hemD TRUE 0.990 31.000 0.600 1.000 Y NA
 3516971 3516972 YpsIP31758_0197 YpsIP31758_0198 hemD hemC TRUE 0.997 -3.000 0.205 0.002 Y NA
 3516976 3516977 YpsIP31758_0202 YpsIP31758_0203     FALSE 0.127 186.000 0.000 NA   NA
 3516978 3516979 YpsIP31758_0204 YpsIP31758_0205   dapF FALSE 0.023 183.000 0.021 NA N NA
 3516979 3516980 YpsIP31758_0205 YpsIP31758_0206 dapF   TRUE 0.703 65.000 0.175 NA   NA
 3516980 3516981 YpsIP31758_0206 YpsIP31758_0207   xerC TRUE 0.997 -3.000 0.714 NA   NA
 3516981 3516982 YpsIP31758_0207 YpsIP31758_0208 xerC   TRUE 0.990 0.000 0.367 1.000   NA
 3516982 3516983 YpsIP31758_0208 YpsIP31758_0209   uvrD TRUE 0.538 99.000 0.128 1.000   NA
 3516985 3516986 YpsIP31758_0211 YpsIP31758_0212     TRUE 0.507 26.000 0.042 NA   NA
 3516989 3516990 YpsIP31758_0215 YpsIP31758_0216 rarD   FALSE 0.467 87.000 0.099 NA   NA
 3516991 3516992 YpsIP31758_0217 YpsIP31758_0218   recQ FALSE 0.259 77.000 0.057 1.000 N NA
 3516992 3516993 YpsIP31758_0218 YpsIP31758_0219 recQ rhtC FALSE 0.145 107.000 0.043 1.000 N NA
 3516995 3516996 YpsIP31758_0221 YpsIP31758_0222 pldB   TRUE 0.956 35.000 0.524 1.000   NA
 3516996 3516997 YpsIP31758_0222 YpsIP31758_0223     FALSE 0.024 375.000 0.000 1.000   NA
 3516998 3516999 YpsIP31758_0224 YpsIP31758_0225 glpQ glpT TRUE 0.691 187.000 0.396 1.000 N NA
 3516999 3517000 YpsIP31758_0225 YpsIP31758_0226 glpT   FALSE 0.092 224.000 0.000 NA   NA
 3517001 3517002 YpsIP31758_0227 YpsIP31758_0228 glpA glpB TRUE 0.997 -10.000 0.650 0.001 N NA
 3517002 3517003 YpsIP31758_0228 YpsIP31758_0229 glpB glpC TRUE 0.964 45.000 0.547 0.001 N NA
 3517004 3517005 YpsIP31758_0230 YpsIP31758_0231     FALSE 0.286 130.000 0.066 NA   NA
 3517007 3517008 YpsIP31758_0233 YpsIP31758_0234 cadA   FALSE 0.242 414.000 0.325 0.094   NA
 3517009 3517010 YpsIP31758_0235 YpsIP31758_0236     FALSE 0.162 212.000 0.058 NA   NA
 3517011 3517012 YpsIP31758_0237 YpsIP31758_0238     TRUE 0.903 -10.000 0.063 NA   NA
 3517013 3517014 YpsIP31758_0239 YpsIP31758_0240 ftsY ftsE TRUE 0.876 6.000 0.117 1.000 N NA
 3517014 3517015 YpsIP31758_0240 YpsIP31758_0241 ftsE   TRUE 0.990 -10.000 0.121 1.000 Y NA
 3517015 3517016 YpsIP31758_0241 YpsIP31758_0242   rpoH FALSE 0.034 311.000 0.051 1.000 N NA
 3517018 3517019 YpsIP31758_0244 YpsIP31758_0245 livK livH TRUE 0.839 181.000 0.217 1.000 Y NA
 3517019 3517020 YpsIP31758_0245 YpsIP31758_0246 livH livM TRUE 0.999 -3.000 0.574 0.080 Y NA
 3517020 3517021 YpsIP31758_0246 YpsIP31758_0247 livM livG TRUE 0.999 -3.000 0.574 1.000 Y NA
 3517021 3517022 YpsIP31758_0247 YpsIP31758_0248 livG livF TRUE 0.996 45.000 0.967 0.031 Y NA
 3517022 3517023 YpsIP31758_0248 YpsIP31758_0249 livF   FALSE 0.090 228.000 0.000 NA   NA
 3517024 3517025 YpsIP31758_0250 YpsIP31758_0251     TRUE 0.953 141.000 1.000 NA   NA
 3517025 3517026 YpsIP31758_0251 YpsIP31758_0252     TRUE 0.939 62.000 0.600 NA   NA
 3517026 3517027 YpsIP31758_0252 YpsIP31758_0253     TRUE 0.993 -28.000 0.600 NA   NA
 3517027 3517028 YpsIP31758_0253 YpsIP31758_0254     TRUE 0.932 18.000 0.286 NA   NA
 3517028 3517029 YpsIP31758_0254 YpsIP31758_0255     FALSE 0.060 267.000 0.000 NA   NA
 3517030 3517031 YpsIP31758_0256 YpsIP31758_0257 ugpB ugpA TRUE 0.931 298.000 0.793 0.080 Y NA
 3517031 3517032 YpsIP31758_0257 YpsIP31758_0258 ugpA ugpE TRUE 0.998 -3.000 0.306 0.080 Y NA
 3517032 3517033 YpsIP31758_0258 YpsIP31758_0259 ugpE ugpC TRUE 0.993 7.000 0.272 0.080 Y NA
 3517033 3517034 YpsIP31758_0259 YpsIP31758_0260 ugpC ugpQ TRUE 0.702 -3.000 0.024 1.000 N NA
 3517034 3517035 YpsIP31758_0260 YpsIP31758_0261 ugpQ   FALSE 0.197 101.000 0.023 1.000   NA
 3517035 3517036 YpsIP31758_0261 YpsIP31758_0263     FALSE 0.054 354.000 0.000 0.094   NA
 3517040 3517041 YpsIP31758_0266 YpsIP31758_0267 udp   FALSE 0.088 127.000 0.030 1.000 N NA
 3517041 3517042 YpsIP31758_0267 YpsIP31758_0268     FALSE 0.212 350.000 0.000 1.000 Y NA
 3517042 3517043 YpsIP31758_0268 YpsIP31758_0269     FALSE 0.010 520.000 0.041 NA   NA
 3517043 3517044 YpsIP31758_0269 YpsIP31758_0270     FALSE 0.322 208.000 0.125 NA   NA
 3517044 3517045 YpsIP31758_0270 YpsIP31758_0271   ubiE FALSE 0.272 92.000 0.047 NA   NA
 3517045 3517046 YpsIP31758_0271 YpsIP31758_0272 ubiE   TRUE 0.792 32.000 0.145 1.000   NA
 3517046 3517047 YpsIP31758_0272 YpsIP31758_0273   ubiB TRUE 0.993 0.000 0.432 1.000   NA
 3517047 3517048 YpsIP31758_0273 YpsIP31758_0274 ubiB tatA1 FALSE 0.133 180.000 0.025 1.000   NA
 3517048 3517049 YpsIP31758_0274 YpsIP31758_0275 tatA1 tatB TRUE 0.986 4.000 0.130 1.000 Y NA
 3517049 3517050 YpsIP31758_0275 YpsIP31758_0276 tatB tatC TRUE 0.996 3.000 0.333 NA Y NA
 3517050 3517051 YpsIP31758_0276 YpsIP31758_0277 tatC tatD TRUE 0.549 56.000 0.121 NA N NA
 3517051 3517052 YpsIP31758_0277 YpsIP31758_0278 tatD hemB FALSE 0.301 15.000 0.031 NA N NA
 3517054 3517055 YpsIP31758_0280 YpsIP31758_0281 ubiD   TRUE 0.881 55.000 0.090 1.000 Y NA
 3517056 3517057 YpsIP31758_0282 YpsIP31758_0283 fadA fadB TRUE 0.996 12.000 0.607 1.000 Y NA
 3517058 3517059 YpsIP31758_0284 YpsIP31758_0285 pepQ   TRUE 0.962 0.000 0.127 1.000   NA
 3517059 3517060 YpsIP31758_0285 YpsIP31758_0286   trkH TRUE 0.830 40.000 0.202 1.000   NA
 3517060 3517061 YpsIP31758_0286 YpsIP31758_0287 trkH hemG TRUE 0.951 22.000 0.455 1.000 N NA
 3517061 3517062 YpsIP31758_0287 YpsIP31758_4203 hemG rrsC FALSE 0.010 475.000 0.000 NA   NA
 3517062 3517063 YpsIP31758_4203 YpsIP31758_4204 rrsC   FALSE 0.201 102.000 0.000 NA   NA
 3517063 3517064 YpsIP31758_4204 YpsIP31758_4205     FALSE 0.344 50.000 0.000 NA   NA
 3517064 3517065 YpsIP31758_4205 YpsIP31758_4206   rrlC FALSE 0.098 218.000 0.000 NA   NA
 3517065 3517066 YpsIP31758_4206 YpsIP31758_4300 rrlC rrf FALSE 0.194 110.000 0.000 NA   NA
 3517066 3517067 YpsIP31758_4300 YpsIP31758_4207 rrf   TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3517067 3517068 YpsIP31758_4207 YpsIP31758_4208   rrfC FALSE 0.390 38.000 0.000 NA   NA
 3517072 3517073 YpsIP31758_0294 YpsIP31758_0295 aceB aceA TRUE 0.914 47.000 0.118 1.000 Y NA
 3517073 3517074 YpsIP31758_0295 YpsIP31758_0296 aceA aceK FALSE 0.403 256.000 0.273 1.000 N NA
 3517077 3517078 YpsIP31758_0299 YpsIP31758_0300 shlA   TRUE 0.930 70.000 0.600 NA   NA
 3517078 3517079 YpsIP31758_0300 YpsIP31758_0301     FALSE 0.004 445.000 0.000 NA N NA
 3517080 3517081 YpsIP31758_0302 YpsIP31758_0303 pgi psiE FALSE 0.148 127.000 0.015 1.000   NA
 3517082 3517083 YpsIP31758_0304 YpsIP31758_0305 malG malF TRUE 0.998 14.000 0.814 0.080 Y NA
 3517083 3517084 YpsIP31758_0305 YpsIP31758_0306 malF malE2 TRUE 0.641 187.000 0.060 1.000 Y NA
 3517084 3517085 YpsIP31758_0306 YpsIP31758_0307 malE2   FALSE 0.007 567.000 0.000 NA   NA
 3517086 3517087 YpsIP31758_0308 YpsIP31758_0309 malK2 lamB TRUE 0.776 71.000 0.000 1.000 Y NA
 3517087 3517088 YpsIP31758_0309 YpsIP31758_0310 lamB malM FALSE 0.093 241.000 0.000 1.000   NA
 3517089 3517090 YpsIP31758_0311 YpsIP31758_0312     FALSE 0.337 52.000 0.000 NA   NA
 3517091 3517092 YpsIP31758_0313 YpsIP31758_0314     TRUE 0.962 68.000 0.821 NA   NA
 3517092 3517093 YpsIP31758_0314 YpsIP31758_0315     TRUE 0.990 7.000 0.627 NA   NA
 3517093 3517094 YpsIP31758_0315 YpsIP31758_0316     TRUE 0.995 0.000 0.552 NA   NA
 3517094 3517095 YpsIP31758_0316 YpsIP31758_0317     TRUE 0.988 21.000 0.863 NA   NA
 3517095 3517096 YpsIP31758_0317 YpsIP31758_0318     TRUE 0.863 126.000 0.510 NA   NA
 3517096 3517097 YpsIP31758_0318 YpsIP31758_0319     TRUE 0.998 0.000 0.862 NA   NA
 3517097 3517098 YpsIP31758_0319 YpsIP31758_0320     TRUE 0.996 3.000 0.765 NA   NA
 3517098 3517099 YpsIP31758_0320 YpsIP31758_0321     TRUE 0.996 0.000 0.673 NA   NA
 3517099 3517100 YpsIP31758_0321 YpsIP31758_0322   clpV2 TRUE 0.979 11.000 0.471 NA   NA
 3517100 3517101 YpsIP31758_0322 YpsIP31758_0323 clpV2   TRUE 0.899 -3.000 0.039 1.000   NA
 3517101 3517102 YpsIP31758_0323 YpsIP31758_0324     TRUE 0.909 -3.000 0.053 NA   NA
 3517102 3517103 YpsIP31758_0324 YpsIP31758_0325     TRUE 0.992 6.000 0.711 NA   NA
 3517103 3517104 YpsIP31758_0325 YpsIP31758_0326     TRUE 0.977 32.000 0.750 NA   NA
 3517104 3517105 YpsIP31758_0326 YpsIP31758_0327     TRUE 0.720 152.000 0.312 NA   NA
 3517105 3517106 YpsIP31758_0327 YpsIP31758_0328     TRUE 0.865 22.000 0.182 NA   NA
 3517106 3517107 YpsIP31758_0328 YpsIP31758_0329     TRUE 0.723 6.000 0.000 NA   NA
 3517107 3517108 YpsIP31758_0329 YpsIP31758_0330     TRUE 0.965 -7.000 0.143 NA   NA
 3517108 3517109 YpsIP31758_0330 YpsIP31758_0331     TRUE 0.672 10.000 0.000 NA   NA
 3517109 3517110 YpsIP31758_0331 YpsIP31758_0332     FALSE 0.012 455.000 0.000 NA   NA
 3517110 3517111 YpsIP31758_0332 YpsIP31758_0333     TRUE 0.965 -7.000 0.143 NA   NA
 3517111 3517112 YpsIP31758_0333 YpsIP31758_0334     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517113 3517114 YpsIP31758_0335 YpsIP31758_0336     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517114 3517115 YpsIP31758_0336 YpsIP31758_0337     TRUE 0.579 82.000 0.133 NA   NA
 3517116 3517117 YpsIP31758_0338 YpsIP31758_0339     TRUE 0.865 22.000 0.182 NA   NA
 3517117 3517118 YpsIP31758_0339 YpsIP31758_0340     TRUE 0.805 3.000 0.000 NA   NA
 3517118 3517119 YpsIP31758_0340 YpsIP31758_0341     FALSE 0.366 45.000 0.000 NA   NA
 3517122 3517123 YpsIP31758_0344 YpsIP31758_0345     TRUE 0.994 -3.000 0.455 NA   NA
 3517125 3517126 YpsIP31758_0346 YpsIP31758_0348     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3517126 3517127 YpsIP31758_0348 YpsIP31758_0349     TRUE 0.962 6.000 0.000 1.000 Y NA
 3517130 3517131 YpsIP31758_0352 YpsIP31758_0353     TRUE 0.891 15.000 0.169 1.000   NA
 3517131 3517132 YpsIP31758_0353 YpsIP31758_0354   ssuD TRUE 0.935 19.000 0.341 1.000 N NA
 3517132 3517133 YpsIP31758_0354 YpsIP31758_0355 ssuD   TRUE 0.925 12.000 0.226 1.000 N NA
 3517133 3517134 YpsIP31758_0355 YpsIP31758_0356     TRUE 0.998 -3.000 0.472 1.000 Y NA
 3517136 3517137 YpsIP31758_0358 YpsIP31758_0359     FALSE 0.041 317.000 0.000 1.000   NA
 3517138 3517139 YpsIP31758_0360 YpsIP31758_0361   htrB2 FALSE 0.159 152.000 0.000 NA   NA
 3517140 3517141 YpsIP31758_0362 YpsIP31758_0363     FALSE 0.169 137.000 0.000 NA   NA
 3517141 3517142 YpsIP31758_0363 YpsIP31758_0364     FALSE 0.114 202.000 0.000 NA   NA
 3517142 3517143 YpsIP31758_0364 YpsIP31758_0365     TRUE 0.957 204.000 0.714 NA Y NA
 3517143 3517144 YpsIP31758_0365 YpsIP31758_0366     TRUE 0.999 -7.000 0.667 0.013 Y NA
 3517144 3517145 YpsIP31758_0366 YpsIP31758_0367     TRUE 1.000 2.000 0.900 0.013 Y NA
 3517145 3517146 YpsIP31758_0367 YpsIP31758_0368     TRUE 0.854 19.000 0.184 1.000 N NA
 3517146 3517147 YpsIP31758_0368 YpsIP31758_0369     TRUE 0.965 -3.000 0.102 0.024 N NA
 3517152 3517153 YpsIP31758_0374 YpsIP31758_0375     TRUE 0.489 260.000 0.000 0.062 Y NA
 3517153 3517154 YpsIP31758_0375 YpsIP31758_0376     TRUE 0.489 260.000 0.000 0.062 Y NA
 3517157 3517158 YpsIP31758_0379 YpsIP31758_0380     FALSE 0.314 65.000 0.000 1.000   NA
 3517158 3517159 YpsIP31758_0380 YpsIP31758_0381     FALSE 0.324 192.000 0.105 1.000   NA
 3517159 3517160 YpsIP31758_0381 YpsIP31758_0382     FALSE 0.390 154.000 0.105 1.000   NA
 3517160 3517161 YpsIP31758_0382 YpsIP31758_0383     FALSE 0.126 90.000 0.000 1.000 N NA
 3517161 3517162 YpsIP31758_0383 YpsIP31758_0384     FALSE 0.275 66.000 0.000 NA   NA
 3517163 3517164 YpsIP31758_0385 YpsIP31758_0386 fis   TRUE 0.793 25.000 0.161 1.000 N NA
 3517164 3517165 YpsIP31758_0386 YpsIP31758_0387     FALSE 0.011 456.000 0.000 NA   NA
 3517165 3517166 YpsIP31758_0387 YpsIP31758_0388   prmA FALSE 0.396 37.000 0.000 NA   NA
 3517166 3517167 YpsIP31758_0388 YpsIP31758_0389 prmA panF FALSE 0.182 76.000 0.041 1.000 N NA
 3517167 3517168 YpsIP31758_0389 YpsIP31758_0390 panF   TRUE 0.996 -10.000 0.682 NA   NA
 3517168 3517169 YpsIP31758_0390 YpsIP31758_0391   accC FALSE 0.009 1607.000 0.103 NA   NA
 3517169 3517170 YpsIP31758_0391 YpsIP31758_0392 accC accB TRUE 0.992 12.000 0.275 0.001 Y NA
 3517170 3517171 YpsIP31758_0392 YpsIP31758_0393 accB aroQ TRUE 0.605 158.000 0.254 1.000 N NA
 3517171 3517172 YpsIP31758_0393 YpsIP31758_0394 aroQ   FALSE 0.041 271.000 0.006 1.000   NA
 3517172 3517173 YpsIP31758_0394 YpsIP31758_0395   yedY TRUE 0.998 0.000 0.790 0.046   NA
 3517173 3517174 YpsIP31758_0395 YpsIP31758_0396 yedY   FALSE 0.163 223.000 0.059 1.000   NA
 3517175 3517176 YpsIP31758_0397 YpsIP31758_0398   mreB FALSE 0.015 337.000 0.000 1.000 N NA
 3517176 3517177 YpsIP31758_0398 YpsIP31758_0399 mreB mreC TRUE 0.840 204.000 0.689 1.000 N NA
 3517177 3517178 YpsIP31758_0399 YpsIP31758_0400 mreC mreD TRUE 0.999 -3.000 0.550 0.002 Y NA
 3517178 3517179 YpsIP31758_0400 YpsIP31758_0401 mreD maf2 TRUE 0.892 14.000 0.206 NA N NA
 3517179 3517180 YpsIP31758_0401 YpsIP31758_0402 maf2 cafA TRUE 0.988 -10.000 0.417 NA N NA
 3517180 3517181 YpsIP31758_0402 YpsIP31758_0403 cafA   TRUE 0.778 94.000 0.296 NA   NA
 3517181 3517182 YpsIP31758_0403 YpsIP31758_0404     TRUE 0.991 -3.000 0.358 NA   NA
 3517182 3517183 YpsIP31758_0404 YpsIP31758_0405   tldD TRUE 0.947 12.000 0.259 NA   NA
 3517184 3517185 YpsIP31758_0406 YpsIP31758_0407     FALSE 0.386 304.000 0.000 0.016 Y NA
 3517185 3517186 YpsIP31758_0407 YpsIP31758_0408     TRUE 0.923 28.000 0.000 0.016 Y NA
 3517186 3517187 YpsIP31758_0408 YpsIP31758_0409     TRUE 0.929 25.000 0.000 0.016 Y NA
 3517187 3517188 YpsIP31758_0409 YpsIP31758_0410     FALSE 0.324 55.000 0.000 NA   NA
 3517188 3517189 YpsIP31758_0410 YpsIP31758_0411     FALSE 0.378 41.000 0.000 NA   NA
 3517189 3517190 YpsIP31758_0411 YpsIP31758_0412     TRUE 0.992 -3.000 0.400 NA   NA
 3517190 3517191 YpsIP31758_0412 YpsIP31758_0413     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3517191 3517192 YpsIP31758_0413 YpsIP31758_0414     FALSE 0.171 134.000 0.000 NA   NA
 3517192 3517193 YpsIP31758_0414 YpsIP31758_0415     TRUE 0.925 58.000 0.500 NA   NA
 3517193 3517194 YpsIP31758_0415 YpsIP31758_0416     FALSE 0.382 40.000 0.000 NA   NA
 3517194 3517195 YpsIP31758_0416 YpsIP31758_0417     FALSE 0.124 208.000 0.000 1.000   NA
 3517195 3517196 YpsIP31758_0417 YpsIP31758_0418   aaeR TRUE 0.486 262.000 0.000 0.055 Y NA
 3517197 3517198 YpsIP31758_0419 YpsIP31758_0420   aaeA TRUE 0.920 8.000 0.150 NA   NA
 3517198 3517199 YpsIP31758_0420 YpsIP31758_0421 aaeA aaeB TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 3517199 3517200 YpsIP31758_0421 YpsIP31758_0422 aaeB gabD FALSE 0.060 267.000 0.000 NA   NA
 3517200 3517201 YpsIP31758_0422 YpsIP31758_0423 gabD   FALSE 0.160 195.000 0.043 1.000   NA
 3517201 3517202 YpsIP31758_0423 YpsIP31758_0424     TRUE 0.977 5.000 0.329 NA   NA
 3517204 3517205 YpsIP31758_0426 YpsIP31758_0427 pmbA   FALSE 0.106 124.000 0.005 NA   NA
 3517205 3517206 YpsIP31758_0427 YpsIP31758_0428     FALSE 0.108 208.000 0.000 NA   NA
 3517207 3517208 YpsIP31758_0429 YpsIP31758_0430 rnk treC FALSE 0.013 353.000 0.000 1.000 N NA
 3517208 3517209 YpsIP31758_0430 YpsIP31758_0431 treC treB TRUE 0.974 111.000 0.650 1.000 Y NA
 3517209 3517210 YpsIP31758_0431 YpsIP31758_0432 treB treR FALSE 0.008 411.000 0.000 1.000 N NA
 3517210 3517211 YpsIP31758_0432 YpsIP31758_0433 treR   FALSE 0.085 234.000 0.000 NA   NA
 3517211 3517212 YpsIP31758_0433 YpsIP31758_0434     FALSE 0.043 299.000 0.000 NA   NA
 3517212 3517213 YpsIP31758_0434 YpsIP31758_0435   pyrI FALSE 0.241 138.000 0.084 NA N NA
 3517213 3517214 YpsIP31758_0435 YpsIP31758_0436 pyrI pyrB TRUE 0.989 12.000 0.197 0.001 Y NA
 3517214 3517215 YpsIP31758_0436 YpsIP31758_0437 pyrB   FALSE 0.015 338.000 0.000 1.000 N NA
 3517215 3517216 YpsIP31758_0437 YpsIP31758_0438     TRUE 0.978 -3.000 0.182 NA   NA
 3517216 3517217 YpsIP31758_0438 YpsIP31758_0439   ptsN FALSE 0.220 306.000 0.186 NA   NA
 3517217 3517218 YpsIP31758_0439 YpsIP31758_0440 ptsN   TRUE 0.910 118.000 0.728 NA N NA
 3517218 3517219 YpsIP31758_0440 YpsIP31758_0441   rpoN TRUE 0.981 24.000 0.820 NA N NA
 3517219 3517220 YpsIP31758_0441 YpsIP31758_0442 rpoN   TRUE 0.709 62.000 0.163 1.000   NA
 3517220 3517221 YpsIP31758_0442 YpsIP31758_0443   yhbN TRUE 0.987 7.000 0.543 NA   NA
 3517221 3517222 YpsIP31758_0443 YpsIP31758_0444 yhbN   TRUE 0.991 -16.000 0.459 NA   NA
 3517222 3517223 YpsIP31758_0444 YpsIP31758_0445   kdsC TRUE 0.996 -3.000 0.617 NA   NA
 3517223 3517224 YpsIP31758_0445 YpsIP31758_0446 kdsC kdsD FALSE 0.391 410.000 0.598 1.000   NA
 3517224 3517225 YpsIP31758_0446 YpsIP31758_0447 kdsD   TRUE 0.632 111.000 0.226 1.000 N NA
 3517226 3517227 YpsIP31758_0448 YpsIP31758_0449     TRUE 0.919 218.000 0.530 NA Y NA
 3517227 3517228 YpsIP31758_0449 YpsIP31758_0450     TRUE 0.990 5.000 0.562 NA   NA
 3517228 3517229 YpsIP31758_0450 YpsIP31758_0451   ttg2D TRUE 0.915 13.000 0.188 NA   NA
 3517229 3517230 YpsIP31758_0451 YpsIP31758_0452 ttg2D   TRUE 0.899 36.000 0.308 NA   NA
 3517230 3517231 YpsIP31758_0452 YpsIP31758_0453     TRUE 0.818 147.000 0.453 NA   NA
 3517231 3517232 YpsIP31758_0453 YpsIP31758_0454   murA TRUE 0.602 154.000 0.258 NA N NA
 3517233 3517234 YpsIP31758_0455 YpsIP31758_0456 degS degQ TRUE 0.951 90.000 0.262 0.003 Y NA
 3517234 3517235 YpsIP31758_0456 YpsIP31758_0457 degQ   FALSE 0.240 271.000 0.154 NA   NA
 3517236 3517237 YpsIP31758_0458 YpsIP31758_0459   rplM FALSE 0.019 314.000 0.003 NA   NA
 3517237 3517238 YpsIP31758_0459 YpsIP31758_0461 rplM rpsI TRUE 0.996 15.000 0.601 0.015 Y NA
 3517240 3517241 YpsIP31758_0462 YpsIP31758_0463 sspA sspB TRUE 0.995 6.000 0.831 NA   NA
 3517242 3517243 YpsIP31758_0464 YpsIP31758_0465   gltD FALSE 0.006 600.000 0.000 NA   NA
 3517243 3517244 YpsIP31758_0465 YpsIP31758_0466 gltD gltB TRUE 0.983 10.000 0.096 0.001 Y NA
 3517245 3517246 YpsIP31758_0467 YpsIP31758_0468     FALSE 0.167 139.000 0.000 NA   NA
 3517246 3517247 YpsIP31758_0468 YpsIP31758_0469     FALSE 0.165 284.000 0.113 1.000   NA
 3517249 3517250 YpsIP31758_0470 YpsIP31758_0471 elbB mtgA TRUE 0.928 -3.000 0.066 NA   NA
 3517251 3517252 YpsIP31758_0472 YpsIP31758_0473   gmhA2 TRUE 0.986 11.000 0.613 NA   NA
 3517252 3517253 YpsIP31758_0473 YpsIP31758_0474 gmhA2   FALSE 0.251 271.000 0.187 1.000 N NA
 3517253 3517254 YpsIP31758_0474 YpsIP31758_0475     TRUE 0.605 99.000 0.172 NA   NA
 3517255 3517256 YpsIP31758_0476 YpsIP31758_4302     FALSE 0.245 80.000 0.000 NA   NA
 3517259 3517260 YpsIP31758_0479 YpsIP31758_0480     FALSE 0.360 86.000 0.065 NA   NA
 3517260 3517261 YpsIP31758_0480 YpsIP31758_0481     FALSE 0.188 304.000 0.161 NA   NA
 3517261 3517262 YpsIP31758_0481 YpsIP31758_0482     TRUE 0.978 -3.000 0.185 NA   NA
 3517262 3517263 YpsIP31758_0482 YpsIP31758_0483     TRUE 0.965 3.000 0.185 NA   NA
 3517263 3517264 YpsIP31758_0483 YpsIP31758_0484     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3517264 3517265 YpsIP31758_0484 YpsIP31758_0485     TRUE 0.771 4.000 0.000 NA   NA
 3517265 3517266 YpsIP31758_0485 YpsIP31758_0486     TRUE 0.829 226.000 0.684 NA   NA
 3517266 3517267 YpsIP31758_0486 YpsIP31758_0487     TRUE 0.960 -3.000 0.118 NA   NA
 3517267 3517268 YpsIP31758_0487 YpsIP31758_0488     FALSE 0.054 278.000 0.000 NA   NA
 3517268 3517269 YpsIP31758_0488 YpsIP31758_0489     FALSE 0.115 201.000 0.000 NA   NA
 3517269 3517270 YpsIP31758_0489 YpsIP31758_0490     TRUE 0.550 263.000 0.433 1.000 N NA
 3517271 3517272 YpsIP31758_0491 YpsIP31758_0492 uxaC uxaB TRUE 0.681 199.000 0.095 1.000 Y NA
 3517272 3517273 YpsIP31758_0492 YpsIP31758_0493 uxaB uxaA TRUE 0.974 11.000 0.126 1.000 Y NA
 3517273 3517274 YpsIP31758_0493 YpsIP31758_0494 uxaA   FALSE 0.434 153.000 0.126 NA   NA
 3517277 3517278 YpsIP31758_0497 YpsIP31758_0498     FALSE 0.211 203.000 0.072 NA   NA
 3517278 3517279 YpsIP31758_0498 YpsIP31758_0499     FALSE 0.056 273.000 0.000 NA   NA
 3517281 3517282 YpsIP31758_0501 YpsIP31758_0502 fadH   FALSE 0.119 213.000 0.000 1.000   NA
 3517282 3517283 YpsIP31758_0502 YpsIP31758_0503     FALSE 0.021 391.000 0.000 1.000   NA
 3517283 3517284 YpsIP31758_0503 YpsIP31758_0504     TRUE 0.947 32.000 0.452 1.000   NA
 3517284 3517285 YpsIP31758_0504 YpsIP31758_0505     TRUE 0.997 0.000 0.789 NA   NA
 3517285 3517286 YpsIP31758_0505 YpsIP31758_0506     TRUE 0.935 102.000 0.750 NA   NA
 3517286 3517287 YpsIP31758_0506 YpsIP31758_0507     TRUE 0.964 2.000 0.164 NA   NA
 3517287 3517288 YpsIP31758_0507 YpsIP31758_0508     TRUE 0.839 33.000 0.200 NA   NA
 3517289 3517290 YpsIP31758_0509 YpsIP31758_0510     TRUE 0.850 45.000 0.000 1.000 Y NA
 3517290 3517291 YpsIP31758_0510 YpsIP31758_0511     FALSE 0.027 350.000 0.000 NA   NA
 3517291 3517292 YpsIP31758_0511 YpsIP31758_0512     FALSE 0.150 160.000 0.000 NA   NA
 3517292 3517293 YpsIP31758_0512 YpsIP31758_0513     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3517293 3517294 YpsIP31758_0513 YpsIP31758_0514     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3517294 3517295 YpsIP31758_0514 YpsIP31758_0515     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517295 3517296 YpsIP31758_0515 YpsIP31758_0516     FALSE 0.396 37.000 0.000 NA   NA
 3517296 3517297 YpsIP31758_0516 YpsIP31758_0517     FALSE 0.135 177.000 0.000 NA   NA
 3517297 3517298 YpsIP31758_0517 YpsIP31758_0518     FALSE 0.015 415.000 0.000 NA   NA
 3517298 3517299 YpsIP31758_0518 YpsIP31758_0519     FALSE 0.005 661.000 0.000 NA   NA
 3517299 3517300 YpsIP31758_0519 YpsIP31758_0520     TRUE 0.723 6.000 0.000 NA   NA
 3517300 3517301 YpsIP31758_0520 YpsIP31758_0521     FALSE 0.052 281.000 0.000 NA   NA
 3517302 3517303 YpsIP31758_0522 YpsIP31758_0523     FALSE 0.337 60.000 0.000 1.000   NA
 3517303 3517304 YpsIP31758_0523 YpsIP31758_0524     FALSE 0.142 102.000 0.016 NA   NA
 3517305 3517306 YpsIP31758_0525 YpsIP31758_0526     TRUE 0.751 83.000 0.030 1.000 Y NA
 3517306 3517307 YpsIP31758_0526 YpsIP31758_0527     FALSE 0.264 109.000 0.073 1.000 N NA
 3517307 3517308 YpsIP31758_0527 YpsIP31758_0528     FALSE 0.388 77.000 0.089 1.000 N NA
 3517308 3517309 YpsIP31758_0528 YpsIP31758_0529     TRUE 0.992 54.000 0.733 0.077 Y NA
 3517309 3517310 YpsIP31758_0529 YpsIP31758_0530     TRUE 0.993 0.000 0.105 0.077 Y NA
 3517310 3517311 YpsIP31758_0530 YpsIP31758_0531     TRUE 0.992 -3.000 0.375 NA   NA
 3517311 3517312 YpsIP31758_0531 YpsIP31758_0532     TRUE 0.899 51.000 0.375 NA   NA
 3517313 3517314 YpsIP31758_0533 YpsIP31758_0534     TRUE 0.903 170.000 0.750 NA   NA
 3517314 3517315 YpsIP31758_0534 YpsIP31758_0535     TRUE 0.997 -16.000 0.889 NA   NA
 3517315 3517316 YpsIP31758_0535 YpsIP31758_0536     TRUE 0.992 10.000 0.778 NA   NA
 3517316 3517317 YpsIP31758_0536 YpsIP31758_0537     TRUE 0.723 6.000 0.000 NA   NA
 3517318 3517319 YpsIP31758_0538 YpsIP31758_0539     TRUE 0.976 -7.000 0.222 1.000 N NA
 3517319 3517320 YpsIP31758_0539 YpsIP31758_0540     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3517320 3517321 YpsIP31758_0540 YpsIP31758_0541     FALSE 0.171 134.000 0.000 NA   NA
 3517321 3517322 YpsIP31758_0541 YpsIP31758_0542     TRUE 0.650 11.000 0.000 NA   NA
 3517322 3517323 YpsIP31758_0542 YpsIP31758_0543     FALSE 0.328 285.000 0.000 NA Y NA
 3517324 3517325 YpsIP31758_0544 YpsIP31758_0545     FALSE 0.065 260.000 0.000 NA   NA
 3517326 3517327 YpsIP31758_0546 YpsIP31758_0547     FALSE 0.233 86.000 0.000 NA   NA
 3517327 3517328 YpsIP31758_0547 YpsIP31758_0548     FALSE 0.007 427.000 0.000 1.000 N NA
 3517328 3517329 YpsIP31758_0548 YpsIP31758_0549     FALSE 0.036 335.000 0.000 1.000   NA
 3517329 3517330 YpsIP31758_0549 YpsIP31758_0550     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3517330 3517331 YpsIP31758_0550 YpsIP31758_0551     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3517331 3517332 YpsIP31758_0551 YpsIP31758_0552     FALSE 0.035 316.000 0.000 NA   NA
 3517333 3517334 YpsIP31758_4209 YpsIP31758_0553   rpoD FALSE 0.121 195.000 0.000 NA   NA
 3517334 3517335 YpsIP31758_0553 YpsIP31758_0554 rpoD dnaG TRUE 0.660 158.000 0.299 1.000 N NA
 3517335 3517336 YpsIP31758_0554 YpsIP31758_0555 dnaG rpsU FALSE 0.211 136.000 0.067 1.000 N NA
 3517339 3517340 YpsIP31758_0558 YpsIP31758_0559 folB uppP FALSE 0.159 274.000 0.128 1.000 N NA
 3517341 3517342 YpsIP31758_0560 YpsIP31758_0561 cca   FALSE 0.250 178.000 0.106 NA N NA
 3517343 3517344 YpsIP31758_0562 YpsIP31758_0563   glnE FALSE 0.214 172.000 0.053 1.000   NA
 3517344 3517345 YpsIP31758_0563 YpsIP31758_0564 glnE hldE FALSE 0.262 135.000 0.083 1.000 N NA
 3517345 3517346 YpsIP31758_0564 YpsIP31758_0565 hldE   FALSE 0.100 37.000 0.012 1.000 N NA
 3517348 3517349 YpsIP31758_0567 YpsIP31758_0568 ribB   FALSE 0.178 126.000 0.000 NA   NA
 3517349 3517350 YpsIP31758_0568 YpsIP31758_0569     FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3517350 3517351 YpsIP31758_0569 YpsIP31758_0570     FALSE 0.390 38.000 0.000 NA   NA
 3517352 3517353 YpsIP31758_0571 YpsIP31758_0572     TRUE 0.988 10.000 0.632 NA   NA
 3517353 3517354 YpsIP31758_0572 YpsIP31758_0573     TRUE 0.525 301.000 0.480 NA   NA
 3517355 3517356 YpsIP31758_0574 YpsIP31758_0575     TRUE 0.940 34.000 0.443 NA   NA
 3517356 3517357 YpsIP31758_0575 YpsIP31758_0576     TRUE 0.875 81.000 0.433 NA   NA
 3517357 3517358 YpsIP31758_0576 YpsIP31758_0577   yqiA TRUE 0.992 0.000 0.427 NA   NA
 3517358 3517359 YpsIP31758_0577 YpsIP31758_0578 yqiA parE TRUE 0.674 102.000 0.217 NA   NA
 3517359 3517360 YpsIP31758_0578 YpsIP31758_0579 parE   TRUE 0.495 4.000 0.022 1.000 N NA
 3517362 3517363 YpsIP31758_0581 YpsIP31758_0582 parC   FALSE 0.035 289.000 0.043 1.000 N NA
 3517363 3517364 YpsIP31758_0582 YpsIP31758_0583     FALSE 0.387 179.000 0.154 1.000 N NA
 3517367 3517368 YpsIP31758_0586 YpsIP31758_0587 dkgA   FALSE 0.017 425.000 0.000 1.000   NA
 3517370 3517371 YpsIP31758_0589 YpsIP31758_0590   metC1 TRUE 0.524 193.000 0.212 NA   NA
 3517372 3517373 YpsIP31758_0591 YpsIP31758_0592 exbB exbD TRUE 0.999 4.000 0.810 0.096 Y NA
 3517374 3517375 YpsIP31758_0593 YpsIP31758_0594     TRUE 0.960 25.000 0.500 NA   NA
 3517375 3517376 YpsIP31758_0594 YpsIP31758_0595     TRUE 0.970 -16.000 0.200 NA   NA
 3517376 3517377 YpsIP31758_0595 YpsIP31758_0596     TRUE 0.996 0.000 0.667 NA   NA
 3517377 3517378 YpsIP31758_0596 YpsIP31758_0597     TRUE 0.995 -16.000 0.273 1.000 Y NA
 3517378 3517379 YpsIP31758_0597 YpsIP31758_0598     TRUE 1.000 -3.000 0.909 0.015 Y NA
 3517379 3517380 YpsIP31758_0598 YpsIP31758_0599     TRUE 0.999 -3.000 0.800 1.000 Y NA
 3517380 3517381 YpsIP31758_0599 YpsIP31758_0600     TRUE 0.997 12.000 0.727 NA Y NA
 3517381 3517382 YpsIP31758_0600 YpsIP31758_0601     TRUE 0.557 298.000 0.182 NA Y NA
 3517382 3517383 YpsIP31758_0601 YpsIP31758_0602     TRUE 0.998 -3.000 0.889 NA   NA
 3517383 3517384 YpsIP31758_0602 YpsIP31758_0603     TRUE 0.813 52.000 0.222 NA   NA
 3517384 3517385 YpsIP31758_0603 YpsIP31758_0604     TRUE 0.889 88.000 0.500 NA   NA
 3517385 3517386 YpsIP31758_0604 YpsIP31758_0605     FALSE 0.095 222.000 0.000 NA   NA
 3517386 3517387 YpsIP31758_0605 YpsIP31758_0606     FALSE 0.006 577.000 0.000 NA   NA
 3517387 3517388 YpsIP31758_0606 YpsIP31758_0607   cusA TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3517390 3517391 YpsIP31758_0609 YpsIP31758_0610     FALSE 0.294 62.000 0.000 NA   NA
 3517391 3517392 YpsIP31758_0610 YpsIP31758_0611     TRUE 0.567 65.000 0.000 0.002   NA
 3517392 3517393 YpsIP31758_0611 YpsIP31758_0612     FALSE 0.004 900.000 0.000 NA   NA
 3517394 3517395 YpsIP31758_0613 YpsIP31758_0614     FALSE 0.288 307.000 0.000 1.000 Y NA
 3517395 3517396 YpsIP31758_0614 YpsIP31758_0615   papD TRUE 0.918 18.000 0.000 1.000 Y NA
 3517396 3517397 YpsIP31758_0615 YpsIP31758_0616 papD   TRUE 0.898 25.000 0.000 1.000 Y NA
 3517398 3517399 YpsIP31758_0617 YpsIP31758_0618     FALSE 0.010 484.000 0.000 NA   NA
 3517403 3517404 YpsIP31758_0622 YpsIP31758_0623 flhA2 flhB2 TRUE 0.997 -13.000 0.333 0.015 Y NA
 3517404 3517405 YpsIP31758_0623 YpsIP31758_0624 flhB2 fliR2 TRUE 1.000 0.000 1.000 1.000 Y NA
 3517405 3517406 YpsIP31758_0624 YpsIP31758_0625 fliR2 fliQ2 TRUE 0.994 7.000 0.281 0.004 Y NA
 3517406 3517407 YpsIP31758_0625 YpsIP31758_0626 fliQ2 fliP1 TRUE 0.997 2.000 0.263 0.015 Y NA
 3517407 3517408 YpsIP31758_0626 YpsIP31758_0627 fliP1 fliN2 TRUE 0.998 -3.000 0.368 1.000 Y NA
 3517408 3517409 YpsIP31758_0627 YpsIP31758_0628 fliN2   TRUE 0.957 -7.000 0.123 NA   NA
 3517410 3517411 YpsIP31758_0629 YpsIP31758_0630   fliE2 TRUE 0.972 17.000 0.576 1.000 N NA
 3517411 3517412 YpsIP31758_0630 YpsIP31758_0631 fliE2 fliF2 TRUE 0.999 10.000 1.000 0.012 Y NA
 3517412 3517413 YpsIP31758_0631 YpsIP31758_0632 fliF2 fliG2 TRUE 0.999 -28.000 0.970 0.012 Y NA
 3517413 3517414 YpsIP31758_0632 YpsIP31758_0633 fliG2 fliH1 TRUE 0.999 5.000 0.789 0.007 Y NA
 3517414 3517415 YpsIP31758_0633 YpsIP31758_0634 fliH1 fliI2 TRUE 0.999 -7.000 0.816 1.000 Y NA
 3517415 3517416 YpsIP31758_0634 YpsIP31758_0635 fliI2 fliJ2 TRUE 0.804 4.000 0.035 1.000   NA
 3517417 3517418 YpsIP31758_0636 YpsIP31758_0637     TRUE 0.993 7.000 0.585 0.004   NA
 3517418 3517419 YpsIP31758_0637 YpsIP31758_0638     FALSE 0.288 210.000 0.113 NA   NA
 3517420 3517421 YpsIP31758_0639 YpsIP31758_0640 flgB1 flgC2 TRUE 1.000 3.000 0.972 0.007 Y NA
 3517421 3517422 YpsIP31758_0640 YpsIP31758_0641 flgC2 flgD2 TRUE 0.999 3.000 0.914 NA Y NA
 3517422 3517423 YpsIP31758_0641 YpsIP31758_0642 flgD2 flgE2 TRUE 0.993 55.000 0.970 NA Y NA
 3517423 3517424 YpsIP31758_0642 YpsIP31758_0643 flgE2 flgF1 TRUE 1.000 0.000 1.000 0.008 Y NA
 3517424 3517425 YpsIP31758_0643 YpsIP31758_0644 flgF1 flgG1 TRUE 0.995 68.000 0.971 0.002 Y NA
 3517425 3517426 YpsIP31758_0644 YpsIP31758_0645 flgG1 flgH2 TRUE 0.997 35.000 0.941 0.012 Y NA
 3517426 3517427 YpsIP31758_0645 YpsIP31758_0646 flgH2 flgI1 TRUE 0.993 79.000 0.912 0.014 Y NA
 3517427 3517428 YpsIP31758_0646 YpsIP31758_0647 flgI1   TRUE 0.980 10.000 0.457 NA   NA
 3517428 3517429 YpsIP31758_0647 YpsIP31758_0648   flgK2 TRUE 0.855 103.000 0.457 NA   NA
 3517429 3517430 YpsIP31758_0648 YpsIP31758_0649 flgK2 flgL2 TRUE 0.978 32.000 0.576 0.002   NA
 3517430 3517431 YpsIP31758_0649 YpsIP31758_0650 flgL2   TRUE 0.987 12.000 0.667 NA   NA
 3517432 3517433 YpsIP31758_0651 YpsIP31758_0652     TRUE 0.995 -19.000 0.714 NA   NA
 3517434 3517435 YpsIP31758_0653 YpsIP31758_0654     FALSE 0.080 652.000 0.000 0.002 Y NA
 3517435 3517436 YpsIP31758_0654 YpsIP31758_0655   fliD1 TRUE 0.511 220.000 0.000 1.000 Y NA
 3517436 3517437 YpsIP31758_0655 YpsIP31758_0656 fliD1 fliS1 TRUE 0.999 10.000 0.865 0.004 Y NA
 3517437 3517438 YpsIP31758_0656 YpsIP31758_0657 fliS1   TRUE 0.882 2.000 0.054 NA   NA
 3517438 3517439 YpsIP31758_0657 YpsIP31758_0658   fliK2 TRUE 0.897 2.000 0.062 NA   NA
 3517439 3517440 YpsIP31758_0658 YpsIP31758_0659 fliK2   TRUE 0.921 26.000 0.296 1.000   NA
 3517440 3517441 YpsIP31758_0659 YpsIP31758_0660   fliA2 TRUE 0.976 6.000 0.333 1.000   NA
 3517441 3517442 YpsIP31758_0660 YpsIP31758_0661 fliA2 motA2 TRUE 0.966 16.000 0.500 1.000 N NA
 3517442 3517443 YpsIP31758_0661 YpsIP31758_0662 motA2 motB2 TRUE 0.999 0.000 0.846 1.000 Y NA
 3517443 3517444 YpsIP31758_0662 YpsIP31758_0663 motB2   FALSE 0.009 509.000 0.000 NA   NA
 3517444 3517445 YpsIP31758_0663 YpsIP31758_0664     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517446 3517447 YpsIP31758_0665 YpsIP31758_0666 pcP   FALSE 0.002 1306.000 0.000 1.000 N NA
 3517448 3517449 YpsIP31758_0667 YpsIP31758_0668     TRUE 0.990 13.000 0.842 1.000 N NA
 3517449 3517450 YpsIP31758_0668 YpsIP31758_0670     FALSE 0.441 29.000 0.000 NA   NA
 3517451 3517452 YpsIP31758_0669 YpsIP31758_0671     FALSE 0.004 699.000 0.000 NA   NA
 3517453 3517454 YpsIP31758_0672 YpsIP31758_0673     FALSE 0.004 807.000 0.000 NA   NA
 3517455 3517456 YpsIP31758_0674 YpsIP31758_0675     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3517456 3517457 YpsIP31758_0675 YpsIP31758_0676   yopM FALSE 0.083 327.000 0.000 0.015   NA
 3517457 3517458 YpsIP31758_0676 YpsIP31758_0677 yopM   FALSE 0.091 227.000 0.000 NA   NA
 3517459 3517460 YpsIP31758_0678 YpsIP31758_0679     FALSE 0.019 384.000 0.000 NA   NA
 3517460 3517461 YpsIP31758_0679 YpsIP31758_0680   pepT1 TRUE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 3517461 3517462 YpsIP31758_0680 YpsIP31758_0681 pepT1   FALSE 0.010 384.000 0.000 1.000 N NA
 3517462 3517463 YpsIP31758_0681 YpsIP31758_0682     FALSE 0.159 151.000 0.000 NA   NA
 3517463 3517464 YpsIP31758_0682 YpsIP31758_0683     FALSE 0.104 212.000 0.000 NA   NA
 3517464 3517465 YpsIP31758_0683 YpsIP31758_0684     TRUE 0.965 13.000 0.000 0.001 Y NA
 3517465 3517466 YpsIP31758_0684 YpsIP31758_0685     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517466 3517467 YpsIP31758_0685 YpsIP31758_0686     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517467 3517468 YpsIP31758_0686 YpsIP31758_0687     TRUE 0.988 -7.000 0.074 1.000 Y NA
 3517468 3517469 YpsIP31758_0687 YpsIP31758_0688     TRUE 0.836 -10.000 0.000 NA   NA
 3517469 3517470 YpsIP31758_0688 YpsIP31758_0689     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517470 3517471 YpsIP31758_0689 YpsIP31758_0690     TRUE 0.989 -7.000 0.000 0.007 Y NA
 3517472 3517473 YpsIP31758_0691 YpsIP31758_0692     FALSE 0.013 436.000 0.000 NA   NA
 3517474 3517475 YpsIP31758_0693 YpsIP31758_0694 gntP   FALSE 0.002 1026.000 0.000 1.000 N NA
 3517475 3517476 YpsIP31758_0694 YpsIP31758_0695     FALSE 0.070 658.000 0.000 0.011 Y NA
 3517476 3517477 YpsIP31758_0695 YpsIP31758_0696     FALSE 0.006 586.000 0.000 NA   NA
 3517477 3517478 YpsIP31758_0696 YpsIP31758_0697     FALSE 0.461 26.000 0.000 NA   NA
 3517478 3517479 YpsIP31758_0697 YpsIP31758_0698     TRUE 0.626 14.000 0.000 1.000   NA
 3517479 3517480 YpsIP31758_0698 YpsIP31758_0699     TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3517480 3517481 YpsIP31758_0699 YpsIP31758_0700     FALSE 0.181 124.000 0.000 NA   NA
 3517481 3517482 YpsIP31758_0700 YpsIP31758_0701     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517482 3517483 YpsIP31758_0701 YpsIP31758_0702     FALSE 0.173 131.000 0.000 NA   NA
 3517483 3517484 YpsIP31758_0702 YpsIP31758_0703     FALSE 0.080 241.000 0.000 NA   NA
 3517484 3517485 YpsIP31758_0703 YpsIP31758_0704     FALSE 0.055 275.000 0.000 NA   NA
 3517485 3517486 YpsIP31758_0704 YpsIP31758_0705     FALSE 0.007 545.000 0.000 NA   NA
 3517487 3517488 YpsIP31758_0706 YpsIP31758_0707     FALSE 0.027 282.000 0.000 1.000 N NA
 3517489 3517490 YpsIP31758_0708 YpsIP31758_0709   gph1 TRUE 0.804 162.000 0.444 1.000   NA
 3517491 3517492 YpsIP31758_0710 YpsIP31758_0711   iucD FALSE 0.432 72.000 0.100 1.000 N NA
 3517492 3517493 YpsIP31758_0711 YpsIP31758_0712 iucD iucC TRUE 0.998 -3.000 0.417 1.000 Y NA
 3517493 3517494 YpsIP31758_0712 YpsIP31758_0713 iucC iucB TRUE 0.986 -3.000 0.250 1.000   NA
 3517494 3517495 YpsIP31758_0713 YpsIP31758_0714 iucB iucA TRUE 0.994 -16.000 0.609 1.000   NA
 3517504 3517505 YpsIP31758_0723 YpsIP31758_0724     FALSE 0.268 68.000 0.000 NA   NA
 3517507 3517508 YpsIP31758_0726 YpsIP31758_0727     FALSE 0.373 43.000 0.000 NA   NA
 3517508 3517509 YpsIP31758_0727 YpsIP31758_0728     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3517509 3517510 YpsIP31758_0728 YpsIP31758_0729     TRUE 0.997 -3.000 0.750 NA   NA
 3517510 3517511 YpsIP31758_0729 YpsIP31758_0730     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517511 3517512 YpsIP31758_0730 YpsIP31758_0731     TRUE 0.771 4.000 0.000 NA   NA
 3517512 3517513 YpsIP31758_0731 YpsIP31758_0732   clpV1 FALSE 0.107 294.000 0.083 NA   NA
 3517513 3517514 YpsIP31758_0732 YpsIP31758_0733 clpV1   TRUE 0.964 -3.000 0.125 NA   NA
 3517514 3517515 YpsIP31758_0733 YpsIP31758_0734     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3517515 3517516 YpsIP31758_0734 YpsIP31758_0735     FALSE 0.004 804.000 0.000 NA   NA
 3517516 3517517 YpsIP31758_0735 YpsIP31758_0736     FALSE 0.329 54.000 0.000 NA   NA
 3517517 3517518 YpsIP31758_0736 YpsIP31758_0737     FALSE 0.006 601.000 0.000 NA   NA
 3517518 3517519 YpsIP31758_0737 YpsIP31758_0738     TRUE 0.552 16.000 0.000 NA   NA
 3517519 3517520 YpsIP31758_0738 YpsIP31758_0739     TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3517520 3517521 YpsIP31758_0739 YpsIP31758_0740     FALSE 0.211 96.000 0.000 NA   NA
 3517521 3517522 YpsIP31758_0740 YpsIP31758_0741     TRUE 0.885 54.000 0.000 0.008 Y NA
 3517522 3517523 YpsIP31758_0741 YpsIP31758_0742     FALSE 0.005 630.000 0.000 NA   NA
 3517523 3517524 YpsIP31758_0742 YpsIP31758_0743     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3517525 3517526 YpsIP31758_0744 YpsIP31758_0745     TRUE 0.796 -13.000 0.024 NA   NA
 3517526 3517527 YpsIP31758_0745 YpsIP31758_0746     FALSE 0.116 200.000 0.000 NA   NA
 3517527 3517528 YpsIP31758_0746 YpsIP31758_0747     TRUE 0.964 96.000 1.000 NA   NA
 3517528 3517529 YpsIP31758_0747 YpsIP31758_0748     TRUE 0.994 12.000 1.000 NA   NA
 3517529 3517530 YpsIP31758_0748 YpsIP31758_0749     FALSE 0.319 56.000 0.000 NA   NA
 3517532 3517533 YpsIP31758_0750 YpsIP31758_0752     TRUE 0.982 17.000 0.667 NA   NA
 3517533 3517534 YpsIP31758_0752 YpsIP31758_0753     FALSE 0.176 128.000 0.000 NA   NA
 3517534 3517535 YpsIP31758_0753 YpsIP31758_0754     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517535 3517536 YpsIP31758_0754 YpsIP31758_0755     FALSE 0.208 97.000 0.000 NA   NA
 3517536 3517537 YpsIP31758_0755 YpsIP31758_0756     FALSE 0.199 104.000 0.000 NA   NA
 3517537 3517538 YpsIP31758_0756 YpsIP31758_0757     FALSE 0.182 123.000 0.000 NA   NA
 3517538 3517539 YpsIP31758_0757 YpsIP31758_0758     TRUE 0.984 6.000 0.462 NA   NA
 3517539 3517540 YpsIP31758_0758 YpsIP31758_0759     FALSE 0.224 213.000 0.000 0.046   NA
 3517540 3517541 YpsIP31758_0759 YpsIP31758_0760     TRUE 0.745 108.000 0.286 NA   NA
 3517541 3517542 YpsIP31758_0760 YpsIP31758_0761     FALSE 0.015 415.000 0.000 NA   NA
 3517543 3517544 YpsIP31758_0762 YpsIP31758_0763     FALSE 0.197 107.000 0.000 NA   NA
 3517546 3517547 YpsIP31758_0765 YpsIP31758_0766     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3517547 3517548 YpsIP31758_0766 YpsIP31758_0767     FALSE 0.050 285.000 0.000 NA   NA
 3517548 3517549 YpsIP31758_0767 YpsIP31758_0768     FALSE 0.012 452.000 0.000 NA   NA
 3517551 3517552 YpsIP31758_0770 YpsIP31758_0771     TRUE 0.971 -3.000 0.125 0.058 N NA
 3517552 3517553 YpsIP31758_0771 YpsIP31758_0772     TRUE 1.000 -7.000 0.857 0.058 Y NA
 3517554 3517555 YpsIP31758_0773 YpsIP31758_0774     FALSE 0.005 657.000 0.000 NA   NA
 3517555 3517556 YpsIP31758_0774 YpsIP31758_0775     TRUE 0.829 2.000 0.000 NA   NA
 3517556 3517557 YpsIP31758_0775 YpsIP31758_0776     FALSE 0.039 308.000 0.000 NA   NA
 3517558 3517559 YpsIP31758_0777 YpsIP31758_0778     TRUE 0.983 45.000 1.000 NA   NA
 3517559 3517560 YpsIP31758_0778 YpsIP31758_0779     FALSE 0.178 126.000 0.000 NA   NA
 3517560 3517561 YpsIP31758_0779 YpsIP31758_0780     TRUE 0.997 -3.000 0.750 NA   NA
 3517561 3517562 YpsIP31758_0780 YpsIP31758_0781     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517562 3517563 YpsIP31758_0781 YpsIP31758_0782     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3517565 3517566 YpsIP31758_0784 YpsIP31758_0785     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517566 3517567 YpsIP31758_0785 YpsIP31758_0786     FALSE 0.187 118.000 0.000 NA   NA
 3517567 3517568 YpsIP31758_0786 YpsIP31758_0787     TRUE 0.706 7.000 0.000 NA   NA
 3517568 3517569 YpsIP31758_0787 YpsIP31758_0788     FALSE 0.036 315.000 0.000 NA   NA
 3517569 3517570 YpsIP31758_0788 YpsIP31758_0789     TRUE 0.964 3.000 0.182 NA   NA
 3517570 3517571 YpsIP31758_0789 YpsIP31758_0790     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3517571 3517572 YpsIP31758_0790 YpsIP31758_0791     FALSE 0.132 180.000 0.000 NA   NA
 3517572 3517573 YpsIP31758_0791 YpsIP31758_0792     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3517573 3517574 YpsIP31758_0792 YpsIP31758_0793     FALSE 0.010 477.000 0.000 NA   NA
 3517574 3517575 YpsIP31758_0793 YpsIP31758_0794     FALSE 0.150 160.000 0.000 NA   NA
 3517575 3517576 YpsIP31758_0794 YpsIP31758_0795     TRUE 0.996 -3.000 0.625 NA   NA
 3517576 3517577 YpsIP31758_0795 YpsIP31758_0796     TRUE 0.688 42.000 0.120 NA   NA
 3517577 3517578 YpsIP31758_0796 YpsIP31758_0797     TRUE 0.567 18.000 0.040 NA   NA
 3517578 3517579 YpsIP31758_0797 YpsIP31758_0798     TRUE 0.940 15.000 0.286 NA   NA
 3517579 3517580 YpsIP31758_0798 YpsIP31758_0799     FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3517580 3517581 YpsIP31758_0799 YpsIP31758_0800     FALSE 0.202 101.000 0.000 NA   NA
 3517581 3517582 YpsIP31758_0800 YpsIP31758_0801     TRUE 0.995 -36.000 0.750 NA   NA
 3517582 3517583 YpsIP31758_0801 YpsIP31758_0802     TRUE 0.996 -25.000 0.750 NA   NA
 3517583 3517584 YpsIP31758_0802 YpsIP31758_0803     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3517586 3517587 YpsIP31758_0805 YpsIP31758_0806     FALSE 0.213 95.000 0.000 NA   NA
 3517587 3517588 YpsIP31758_0806 YpsIP31758_0807     FALSE 0.285 64.000 0.000 NA   NA
 3517589 3517590 YpsIP31758_0808 YpsIP31758_0809     FALSE 0.203 397.000 0.000 0.058 Y NA
 3517590 3517591 YpsIP31758_0809 YpsIP31758_4210     FALSE 0.120 196.000 0.000 NA   NA
 3517592 3517593 YpsIP31758_0810 YpsIP31758_0811   speC TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3517593 3517594 YpsIP31758_0811 YpsIP31758_0812 speC   FALSE 0.002 581.000 0.000 NA N NA
 3517594 3517595 YpsIP31758_0812 YpsIP31758_0813     TRUE 0.984 46.000 0.545 NA Y NA
 3517595 3517596 YpsIP31758_0813 YpsIP31758_0814     TRUE 0.995 33.000 0.727 0.012 Y NA
 3517597 3517598 YpsIP31758_0815 YpsIP31758_0816     TRUE 0.992 -7.000 0.128 1.000 Y NA
 3517598 3517599 YpsIP31758_0816 YpsIP31758_0817     FALSE 0.016 300.000 0.000 NA N NA
 3517599 3517600 YpsIP31758_0817 YpsIP31758_0818     FALSE 0.107 307.000 0.128 NA N NA
 3517600 3517601 YpsIP31758_0818 YpsIP31758_0819   mutY FALSE 0.382 178.000 0.150 1.000 N NA
 3517602 3517603 YpsIP31758_0820 YpsIP31758_0821 trmB   TRUE 0.940 0.000 0.092 NA   NA
 3517603 3517604 YpsIP31758_0821 YpsIP31758_0822     TRUE 0.477 111.000 0.123 NA   NA
 3517604 3517605 YpsIP31758_0822 YpsIP31758_0823     FALSE 0.286 112.000 0.059 NA   NA
 3517605 3517606 YpsIP31758_0823 YpsIP31758_0824     FALSE 0.008 525.000 0.000 NA   NA
 3517607 3517608 YpsIP31758_0825 YpsIP31758_0826   rdgB TRUE 0.975 -7.000 0.218 1.000 N NA
 3517608 3517609 YpsIP31758_0826 YpsIP31758_0827 rdgB   FALSE 0.143 100.000 0.016 NA   NA
 3517609 3517610 YpsIP31758_0827 YpsIP31758_0828     TRUE 0.941 -3.000 0.081 NA   NA
 3517610 3517611 YpsIP31758_0828 YpsIP31758_0829   proC FALSE 0.155 288.000 0.117 NA   NA
 3517611 3517612 YpsIP31758_0829 YpsIP31758_0830 proC   FALSE 0.450 133.000 0.125 NA   NA
 3517614 3517615 YpsIP31758_0832 YpsIP31758_0833 aguA aguB TRUE 0.750 22.000 0.095 1.000   NA
 3517615 3517616 YpsIP31758_0833 YpsIP31758_0834 aguB   FALSE 0.094 180.000 0.004 1.000   NA
 3517616 3517617 YpsIP31758_0834 YpsIP31758_0835     TRUE 0.980 0.000 0.263 NA N NA
 3517617 3517618 YpsIP31758_0835 YpsIP31758_0836   gshB FALSE 0.372 116.000 0.120 NA N NA
 3517618 3517619 YpsIP31758_0836 YpsIP31758_0837 gshB rsmE TRUE 0.837 26.000 0.173 NA   NA
 3517619 3517620 YpsIP31758_0837 YpsIP31758_0838 rsmE   FALSE 0.195 109.000 0.000 NA   NA
 3517620 3517621 YpsIP31758_0838 YpsIP31758_0839   endA TRUE 0.803 -21.000 0.000 NA   NA
 3517621 3517622 YpsIP31758_0839 YpsIP31758_0840 endA sprT TRUE 0.683 98.000 0.210 1.000   NA
 3517622 3517623 YpsIP31758_0840 YpsIP31758_0841 sprT metK FALSE 0.135 192.000 0.030 1.000   NA
 3517624 3517625 YpsIP31758_0842 YpsIP31758_0843   speA FALSE 0.005 629.000 0.000 NA   NA
 3517625 3517626 YpsIP31758_0843 YpsIP31758_0844 speA   FALSE 0.019 160.000 0.006 1.000 N NA
 3517628 3517629 YpsIP31758_0846 YpsIP31758_0847   tkt FALSE 0.038 310.000 0.000 NA   NA
 3517629 3517630 YpsIP31758_0847 YpsIP31758_0848 tkt epd FALSE 0.152 397.000 0.000 1.000 Y NA
 3517630 3517631 YpsIP31758_0848 YpsIP31758_0849 epd pgk TRUE 0.842 103.000 0.070 0.006 Y NA
 3517631 3517632 YpsIP31758_0849 YpsIP31758_0850 pgk fbaA TRUE 0.812 120.000 0.056 0.006 Y NA
 3517632 3517633 YpsIP31758_0850 YpsIP31758_0851 fbaA   FALSE 0.003 624.000 0.038 NA N NA
 3517633 3517634 YpsIP31758_0851 YpsIP31758_0852   argO FALSE 0.101 245.000 0.049 NA   NA
 3517634 3517635 YpsIP31758_0852 YpsIP31758_0853 argO   FALSE 0.241 190.000 0.075 NA   NA
 3517637 3517638 YpsIP31758_0855 YpsIP31758_0856 rpiA2 serA FALSE 0.017 307.000 0.029 1.000 N NA
 3517639 3517640 YpsIP31758_0857 YpsIP31758_4304     FALSE 0.165 143.000 0.000 NA   NA
 3517640 3517641 YpsIP31758_4304 YpsIP31758_0858     FALSE 0.319 56.000 0.000 NA   NA
 3517642 3517643 YpsIP31758_0859 YpsIP31758_0860   pepP FALSE 0.384 88.000 0.073 NA   NA
 3517643 3517644 YpsIP31758_0860 YpsIP31758_0861 pepP ubiH FALSE 0.088 205.000 0.047 1.000 N NA
 3517644 3517645 YpsIP31758_0861 YpsIP31758_0862 ubiH   TRUE 0.960 173.000 0.474 0.001 Y NA
 3517645 3517646 YpsIP31758_0862 YpsIP31758_0863   gcvT FALSE 0.000 721.000 0.004 1.000 N NA
 3517646 3517647 YpsIP31758_0863 YpsIP31758_0864 gcvT gcvH TRUE 0.970 69.000 0.317 0.001 Y NA
 3517647 3517648 YpsIP31758_0864 YpsIP31758_0865 gcvH gcvP TRUE 0.822 212.000 0.249 1.000 Y NA
 3517648 3517649 YpsIP31758_0865 YpsIP31758_0866 gcvP   FALSE 0.106 209.000 0.000 NA   NA
 3517649 3517650 YpsIP31758_0866 YpsIP31758_0867     FALSE 0.425 32.000 0.000 NA   NA
 3517650 3517651 YpsIP31758_0867 YpsIP31758_0868     FALSE 0.003 1060.000 0.000 NA   NA
 3517651 3517652 YpsIP31758_0868 YpsIP31758_0869     FALSE 0.199 104.000 0.000 NA   NA
 3517652 3517653 YpsIP31758_0869 YpsIP31758_0870     FALSE 0.114 202.000 0.000 NA   NA
 3517653 3517654 YpsIP31758_0870 YpsIP31758_0871     FALSE 0.039 309.000 0.000 NA   NA
 3517656 3517657 YpsIP31758_0873 YpsIP31758_0874     TRUE 0.881 -19.000 0.061 NA   NA
 3517657 3517658 YpsIP31758_0874 YpsIP31758_0875   creB TRUE 0.892 0.000 0.051 NA   NA
 3517658 3517659 YpsIP31758_0875 YpsIP31758_0876 creB creC TRUE 0.995 25.000 0.776 1.000 Y NA
 3517659 3517660 YpsIP31758_0876 YpsIP31758_0877 creC   TRUE 0.766 85.000 0.311 NA N NA
 3517662 3517663 YpsIP31758_0879 YpsIP31758_0880 xerD dsbC TRUE 0.550 31.000 0.079 1.000 N NA
 3517663 3517664 YpsIP31758_0880 YpsIP31758_0881 dsbC recJ TRUE 0.803 7.000 0.082 1.000 N NA
 3517664 3517665 YpsIP31758_0881 YpsIP31758_0882 recJ prfB FALSE 0.059 179.000 0.028 1.000 N NA
 3517665 3517666 YpsIP31758_0882 YpsIP31758_0883 prfB lysS TRUE 0.986 10.000 0.162 0.048 Y NA
 3517666 3517667 YpsIP31758_0883 YpsIP31758_4211 lysS   FALSE 0.121 194.000 0.000 NA   NA
 3517667 3517668 YpsIP31758_4211 YpsIP31758_0884     FALSE 0.143 166.000 0.000 NA   NA
 3517669 3517670 YpsIP31758_0885 YpsIP31758_0886     FALSE 0.202 101.000 0.000 NA   NA
 3517671 3517672 YpsIP31758_0887 YpsIP31758_0888     FALSE 0.145 164.000 0.000 NA   NA
 3517672 3517673 YpsIP31758_0888 YpsIP31758_0889     TRUE 0.998 0.000 0.857 NA   NA
 3517675 3517676 YpsIP31758_0891 YpsIP31758_0892     TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3517677 3517678 YpsIP31758_0893 YpsIP31758_0894     FALSE 0.131 182.000 0.000 NA   NA
 3517678 3517679 YpsIP31758_0894 YpsIP31758_0895     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3517680 3517681 YpsIP31758_0896 YpsIP31758_0897     FALSE 0.012 479.000 0.000 1.000   NA
 3517683 3517684 YpsIP31758_0899 YpsIP31758_0900     FALSE 0.018 398.000 0.000 NA   NA
 3517684 3517685 YpsIP31758_0900 YpsIP31758_0901     TRUE 0.988 -30.000 0.429 NA   NA
 3517685 3517686 YpsIP31758_0901 YpsIP31758_0902     FALSE 0.006 606.000 0.000 NA   NA
 3517686 3517687 YpsIP31758_0902 YpsIP31758_0903     FALSE 0.099 217.000 0.000 NA   NA
 3517688 3517689 YpsIP31758_0904 YpsIP31758_0905     TRUE 0.916 0.000 0.065 NA   NA
 3517689 3517690 YpsIP31758_0905 YpsIP31758_0906     FALSE 0.012 443.000 0.000 NA   NA
 3517690 3517691 YpsIP31758_0906 YpsIP31758_0907     FALSE 0.020 376.000 0.000 NA   NA
 3517695 3517696 YpsIP31758_0911 YpsIP31758_0912 rbsC1 rbsA1 TRUE 0.962 47.000 0.200 0.012 Y NA
 3517696 3517697 YpsIP31758_0912 YpsIP31758_0913 rbsA1 malK1 FALSE 0.068 539.000 0.000 1.000 Y NA
 3517698 3517699 YpsIP31758_0914 YpsIP31758_0915 malE1   TRUE 0.977 160.000 0.815 1.000 Y NA
 3517699 3517700 YpsIP31758_0915 YpsIP31758_0916     TRUE 0.998 12.000 0.885 0.072 Y NA
 3517700 3517701 YpsIP31758_0916 YpsIP31758_0917     TRUE 0.993 5.000 0.308 1.000 Y NA
 3517701 3517702 YpsIP31758_0917 YpsIP31758_0918     TRUE 0.960 51.000 0.190 0.005 Y NA
 3517702 3517703 YpsIP31758_0918 YpsIP31758_0919     TRUE 0.843 112.000 0.143 1.000 Y NA
 3517705 3517706 YpsIP31758_0921 YpsIP31758_0922     TRUE 0.505 21.000 0.000 NA   NA
 3517707 3517708 YpsIP31758_0923 YpsIP31758_0924     FALSE 0.169 137.000 0.000 NA   NA
 3517712 3517713 YpsIP31758_0928 YpsIP31758_0929     TRUE 0.820 24.000 0.148 NA   NA
 3517713 3517714 YpsIP31758_0929 YpsIP31758_0930     TRUE 0.717 111.000 0.261 NA   NA
 3517714 3517715 YpsIP31758_0930 YpsIP31758_0931     TRUE 0.923 123.000 0.727 NA   NA
 3517715 3517716 YpsIP31758_0931 YpsIP31758_0932     TRUE 0.977 21.000 0.615 1.000   NA
 3517718 3517719 YpsIP31758_0933 YpsIP31758_0935   kduD2 TRUE 0.969 16.000 0.462 1.000   NA
 3517719 3517720 YpsIP31758_0935 YpsIP31758_0936 kduD2   FALSE 0.064 196.000 0.000 1.000 N NA
 3517720 3517721 YpsIP31758_0936 YpsIP31758_0937   agaF TRUE 0.986 3.000 0.104 1.000 Y NA
 3517721 3517722 YpsIP31758_0937 YpsIP31758_0938 agaF agaE TRUE 0.991 86.000 0.833 0.010 Y NA
 3517722 3517723 YpsIP31758_0938 YpsIP31758_0939 agaE agaW TRUE 1.000 -10.000 0.917 0.010 Y NA
 3517723 3517724 YpsIP31758_0939 YpsIP31758_0940 agaW agaV TRUE 0.996 47.000 0.909 0.010 Y NA
 3517724 3517725 YpsIP31758_0940 YpsIP31758_0941 agaV   TRUE 0.817 18.000 0.150 1.000 N NA
 3517725 3517726 YpsIP31758_0941 YpsIP31758_0942   agaZ TRUE 0.982 -3.000 0.240 1.000 N NA
 3517726 3517727 YpsIP31758_0942 YpsIP31758_0943 agaZ agaR TRUE 0.974 50.000 0.400 1.000 Y NA
 3517727 3517728 YpsIP31758_0943 YpsIP31758_0944 agaR   FALSE 0.051 283.000 0.000 NA   NA
 3517730 3517731 YpsIP31758_0946 YpsIP31758_0947     TRUE 0.852 109.000 0.444 1.000   NA
 3517731 3517732 YpsIP31758_0947 YpsIP31758_0948     TRUE 0.748 115.000 0.286 1.000   NA
 3517732 3517733 YpsIP31758_0948 YpsIP31758_0949     FALSE 0.006 603.000 0.000 NA   NA
 3517734 3517735 YpsIP31758_0950 YpsIP31758_0951     FALSE 0.004 743.000 0.000 NA   NA
 3517735 3517736 YpsIP31758_0951 YpsIP31758_0952     TRUE 0.943 68.000 0.667 NA   NA
 3517736 3517737 YpsIP31758_0952 YpsIP31758_0953   gspD TRUE 0.935 81.000 0.667 NA   NA
 3517737 3517738 YpsIP31758_0953 YpsIP31758_0954 gspD gspE TRUE 0.990 -3.000 0.012 0.003 Y NA
 3517738 3517739 YpsIP31758_0954 YpsIP31758_0955 gspE gspF TRUE 0.999 -13.000 0.653 0.003 Y NA
 3517739 3517740 YpsIP31758_0955 YpsIP31758_0956 gspF gspG TRUE 0.995 20.000 0.599 0.003 Y NA
 3517740 3517741 YpsIP31758_0956 YpsIP31758_0957 gspG gspI FALSE 0.019 585.000 0.029 0.003   NA
 3517741 3517742 YpsIP31758_0957 YpsIP31758_0958 gspI gspJ TRUE 0.997 -7.000 0.569 0.003   NA
 3517742 3517743 YpsIP31758_0958 YpsIP31758_0959 gspJ gspK TRUE 0.995 9.000 0.461 1.000 Y NA
 3517743 3517744 YpsIP31758_0959 YpsIP31758_0960 gspK gspL TRUE 0.998 5.000 0.537 0.085 Y NA
 3517744 3517745 YpsIP31758_0960 YpsIP31758_0961 gspL   TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517745 3517746 YpsIP31758_0961 YpsIP31758_0963     FALSE 0.407 35.000 0.000 NA   NA
 3517748 3517749 YpsIP31758_0964 YpsIP31758_0965     TRUE 0.926 57.000 0.500 NA   NA
 3517749 3517750 YpsIP31758_0965 YpsIP31758_0967   tsr FALSE 0.156 155.000 0.000 NA   NA
 3517751 3517752 YpsIP31758_0966 YpsIP31758_0968     TRUE 0.573 113.000 0.157 1.000   NA
 3517753 3517754 YpsIP31758_0969 YpsIP31758_0971     FALSE 0.011 369.000 0.000 1.000 N NA
 3517758 3517759 YpsIP31758_0974 YpsIP31758_4305     FALSE 0.074 248.000 0.000 NA   NA
 3517759 3517760 YpsIP31758_4305 YpsIP31758_0975   aas FALSE 0.198 106.000 0.000 NA   NA
 3517760 3517761 YpsIP31758_0975 YpsIP31758_0976 aas   TRUE 0.963 -3.000 0.124 NA   NA
 3517764 3517765 YpsIP31758_0979 YpsIP31758_0980 tas mutH FALSE 0.004 371.000 0.015 1.000 N NA
 3517766 3517767 YpsIP31758_0981 YpsIP31758_0982 nudH ptsP FALSE 0.209 13.000 0.012 1.000 N NA
 3517767 3517768 YpsIP31758_0982 YpsIP31758_0983 ptsP lgt FALSE 0.006 251.000 0.003 1.000 N NA
 3517768 3517769 YpsIP31758_0983 YpsIP31758_0984 lgt thyA TRUE 0.913 7.000 0.164 1.000 N NA
 3517769 3517770 YpsIP31758_0984 YpsIP31758_0985 thyA   FALSE 0.016 300.000 0.000 NA N NA
 3517770 3517771 YpsIP31758_0985 YpsIP31758_0986     TRUE 0.980 -9.000 0.000 NA Y NA
 3517771 3517772 YpsIP31758_0986 YpsIP31758_0987     TRUE 0.991 -3.000 0.373 NA   NA
 3517772 3517773 YpsIP31758_0987 YpsIP31758_0988     TRUE 0.993 -12.000 0.538 NA   NA
 3517773 3517774 YpsIP31758_0988 YpsIP31758_0989   recC FALSE 0.222 135.000 0.076 NA N NA
 3517774 3517775 YpsIP31758_0989 YpsIP31758_0990 recC ptrA FALSE 0.383 82.000 0.092 1.000 N NA
 3517775 3517776 YpsIP31758_0990 YpsIP31758_0991 ptrA recB TRUE 0.930 -3.000 0.092 1.000 N NA
 3517776 3517777 YpsIP31758_0991 YpsIP31758_0992 recB recD TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.001 Y NA
 3517780 3517781 YpsIP31758_4212 YpsIP31758_4213     FALSE 0.298 61.000 0.000 NA   NA
 3517781 3517782 YpsIP31758_4213 YpsIP31758_4214     FALSE 0.141 168.000 0.000 NA   NA
 3517783 3517784 YpsIP31758_0995 YpsIP31758_0996 mltA   FALSE 0.053 143.000 0.021 1.000 N NA
 3517785 3517786 YpsIP31758_0997 YpsIP31758_0998   csdA TRUE 0.618 136.000 0.122 0.002   NA
 3517786 3517787 YpsIP31758_0998 YpsIP31758_4306 csdA gcvB FALSE 0.011 463.000 0.000 NA   NA
 3517788 3517789 YpsIP31758_0999 YpsIP31758_1000 gcvA   FALSE 0.283 166.000 0.081 NA   NA
 3517789 3517790 YpsIP31758_1000 YpsIP31758_1001     TRUE 0.965 -7.000 0.144 NA   NA
 3517791 3517792 YpsIP31758_1002 YpsIP31758_1003 xni   FALSE 0.302 260.000 0.178 NA   NA
 3517792 3517793 YpsIP31758_1003 YpsIP31758_1004   queF FALSE 0.301 153.000 0.079 NA   NA
 3517794 3517795 YpsIP31758_1005 YpsIP31758_4307     FALSE 0.089 229.000 0.000 NA   NA
 3517795 3517796 YpsIP31758_4307 YpsIP31758_1006     FALSE 0.154 157.000 0.000 NA   NA
 3517796 3517797 YpsIP31758_1006 YpsIP31758_1007     TRUE 0.994 0.000 0.518 NA   NA
 3517797 3517798 YpsIP31758_1007 YpsIP31758_1008     TRUE 0.837 28.000 0.209 1.000 N NA
 3517799 3517800 YpsIP31758_1009 YpsIP31758_1010   dapD FALSE 0.189 124.000 0.035 NA   NA
 3517800 3517801 YpsIP31758_1010 YpsIP31758_1011 dapD glnD FALSE 0.251 175.000 0.097 1.000 N NA
 3517801 3517802 YpsIP31758_1011 YpsIP31758_1012 glnD map1 TRUE 0.774 60.000 0.243 1.000 N NA
 3517803 3517804 YpsIP31758_4308 YpsIP31758_1013   rpsB FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3517804 3517805 YpsIP31758_1013 YpsIP31758_1014 rpsB tsf TRUE 0.977 128.000 0.748 1.000 Y NA
 3517805 3517806 YpsIP31758_1014 YpsIP31758_1015 tsf pyrH TRUE 0.670 209.000 0.416 1.000 N NA
 3517806 3517807 YpsIP31758_1015 YpsIP31758_1016 pyrH frr TRUE 0.876 136.000 0.626 1.000 N NA
 3517807 3517808 YpsIP31758_1016 YpsIP31758_1017 frr dxr FALSE 0.051 214.000 0.032 1.000 N NA
 3517808 3517809 YpsIP31758_1017 YpsIP31758_1018 dxr uppS TRUE 0.491 223.000 0.025 1.000 Y NA
 3517809 3517810 YpsIP31758_1018 YpsIP31758_1019 uppS cdsA1 TRUE 0.993 10.000 0.400 1.000 Y NA
 3517810 3517811 YpsIP31758_1019 YpsIP31758_1020 cdsA1 rseP TRUE 0.561 29.000 0.080 1.000 N NA
 3517811 3517812 YpsIP31758_1020 YpsIP31758_1021 rseP   TRUE 0.954 37.000 0.204 1.000 Y NA
 3517812 3517813 YpsIP31758_1021 YpsIP31758_1022   skp TRUE 0.918 158.000 0.354 1.000 Y NA
 3517813 3517814 YpsIP31758_1022 YpsIP31758_1023 skp lpxD TRUE 0.999 4.000 0.814 1.000 Y NA
 3517814 3517815 YpsIP31758_1023 YpsIP31758_1024 lpxD fabZ TRUE 0.908 158.000 0.796 1.000 N NA
 3517815 3517816 YpsIP31758_1024 YpsIP31758_1025 fabZ lpxA TRUE 0.995 4.000 0.850 1.000 N NA
 3517816 3517817 YpsIP31758_1025 YpsIP31758_1026 lpxA lpxB TRUE 0.994 4.000 0.289 1.000 Y NA
 3517817 3517818 YpsIP31758_1026 YpsIP31758_1027 lpxB rnhB TRUE 0.974 -3.000 0.186 1.000 N NA
 3517818 3517819 YpsIP31758_1027 YpsIP31758_1028 rnhB dnaE TRUE 0.743 163.000 0.104 1.000 Y NA
 3517819 3517820 YpsIP31758_1028 YpsIP31758_1029 dnaE accA TRUE 0.818 13.000 0.122 1.000 N NA
 3517820 3517821 YpsIP31758_1029 YpsIP31758_1030 accA   FALSE 0.009 184.000 0.008 NA N NA
 3517821 3517822 YpsIP31758_1030 YpsIP31758_1031   tilS FALSE 0.046 29.000 0.015 NA N NA
 3517822 3517823 YpsIP31758_1031 YpsIP31758_1032 tilS   FALSE 0.007 256.000 0.005 1.000 N NA
 3517824 3517825 YpsIP31758_1033 YpsIP31758_1034     TRUE 0.973 -7.000 0.179 NA   NA
 3517826 3517827 YpsIP31758_1035 YpsIP31758_1036     TRUE 0.829 -21.000 0.034 1.000   NA
 3517827 3517828 YpsIP31758_1036 YpsIP31758_1037   cutF FALSE 0.213 85.000 0.027 NA   NA
 3517829 3517830 YpsIP31758_1038 YpsIP31758_1039 proS   FALSE 0.253 104.000 0.048 NA   NA
 3517830 3517831 YpsIP31758_1039 YpsIP31758_1040     TRUE 0.985 -3.000 0.247 NA   NA
 3517831 3517832 YpsIP31758_1040 YpsIP31758_1041   metQ TRUE 0.862 118.000 0.500 NA   NA
 3517832 3517833 YpsIP31758_1041 YpsIP31758_1042 metQ metI TRUE 0.966 64.000 0.411 NA Y NA
 3517833 3517834 YpsIP31758_1042 YpsIP31758_1043 metI metN TRUE 0.999 -7.000 0.584 1.000 Y NA
 3517835 3517836 YpsIP31758_1044 YpsIP31758_4215 gmhB rrsD FALSE 0.013 442.000 0.000 NA   NA
 3517836 3517837 YpsIP31758_4215 YpsIP31758_4216 rrsD   FALSE 0.181 124.000 0.000 NA   NA
 3517837 3517838 YpsIP31758_4216 YpsIP31758_4217   rrlD FALSE 0.070 252.000 0.000 NA   NA
 3517838 3517839 YpsIP31758_4217 YpsIP31758_4218 rrlD rrfD FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   NA
 3517839 3517840 YpsIP31758_4218 YpsIP31758_4219 rrfD   FALSE 0.182 123.000 0.000 NA   NA
 3517840 3517841 YpsIP31758_4219 YpsIP31758_1048   dkgB FALSE 0.013 435.000 0.000 NA   NA
 3517841 3517842 YpsIP31758_1048 YpsIP31758_1049 dkgB   FALSE 0.407 35.000 0.000 NA   NA
 3517842 3517843 YpsIP31758_1049 YpsIP31758_1050     FALSE 0.024 361.000 0.000 NA   NA
 3517844 3517845 YpsIP31758_1051 YpsIP31758_1052 mltD   TRUE 0.772 72.000 0.233 1.000   NA
 3517848 3517849 YpsIP31758_1055 YpsIP31758_4220 dnaQ   FALSE 0.192 112.000 0.000 NA   NA
 3517851 3517852 YpsIP31758_1057 YpsIP31758_1058     TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3517853 3517854 YpsIP31758_1059 YpsIP31758_1060 proX proW TRUE 0.992 48.000 0.695 0.071 Y NA
 3517854 3517855 YpsIP31758_1060 YpsIP31758_1061 proW proV TRUE 0.999 -7.000 0.630 1.000 Y NA
 3517855 3517856 YpsIP31758_1061 YpsIP31758_1062 proV   FALSE 0.002 676.000 0.000 1.000 N NA
 3517856 3517857 YpsIP31758_1062 YpsIP31758_1063     TRUE 0.935 89.000 0.190 0.002 Y NA
 3517857 3517858 YpsIP31758_1063 YpsIP31758_1064   nrdI TRUE 0.993 -18.000 0.216 NA Y NA
 3517858 3517859 YpsIP31758_1064 YpsIP31758_1065 nrdI nrdH TRUE 0.962 14.000 0.440 NA N NA
 3517860 3517861 YpsIP31758_1066 YpsIP31758_1067     FALSE 0.010 479.000 0.000 NA   NA
 3517862 3517863 YpsIP31758_1068 YpsIP31758_1069     TRUE 0.486 165.000 0.167 NA   NA
 3517864 3517865 YpsIP31758_1070 YpsIP31758_1071   yntA FALSE 0.002 789.000 0.000 1.000 N NA
 3517865 3517866 YpsIP31758_1071 YpsIP31758_1072 yntA yntB TRUE 1.000 0.000 1.000 0.071 Y NA
 3517866 3517867 YpsIP31758_1072 YpsIP31758_1073 yntB yntC TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.071 Y NA
 3517867 3517868 YpsIP31758_1073 YpsIP31758_1074 yntC yntD TRUE 0.998 0.000 1.000 1.000   NA
 3517868 3517869 YpsIP31758_1074 YpsIP31758_1075 yntD yntE TRUE 0.996 -7.000 0.500 0.028   NA
 3517871 3517872 YpsIP31758_1077 YpsIP31758_1078 ureA ureB TRUE 0.973 53.000 0.267 0.001 Y NA
 3517872 3517873 YpsIP31758_1078 YpsIP31758_1079 ureB ureC TRUE 0.955 90.000 0.267 0.001 Y NA
 3517873 3517874 YpsIP31758_1079 YpsIP31758_1080 ureC ureE FALSE 0.155 296.000 0.067 0.001 N NA
 3517874 3517875 YpsIP31758_1080 YpsIP31758_1081 ureE ureF TRUE 0.993 22.000 0.460 0.002 Y NA
 3517875 3517876 YpsIP31758_1081 YpsIP31758_1082 ureF ureG TRUE 0.824 126.000 0.064 0.002 Y NA
 3517876 3517877 YpsIP31758_1082 YpsIP31758_1083 ureG ureD TRUE 0.994 -3.000 0.095 0.002 Y NA
 3517877 3517878 YpsIP31758_1083 YpsIP31758_1084 ureD yut FALSE 0.025 379.000 0.065 1.000 N NA
 3517878 3517879 YpsIP31758_1084 YpsIP31758_1085 yut ureH FALSE 0.395 149.000 0.095 0.084 N NA
 3517882 3517883 YpsIP31758_1088 YpsIP31758_1089     TRUE 0.978 16.000 0.233 NA Y NA
 3517883 3517884 YpsIP31758_1089 YpsIP31758_1090     FALSE 0.197 107.000 0.000 NA   NA
 3517885 3517886 YpsIP31758_1091 YpsIP31758_1092 chbB chbC TRUE 0.991 11.000 0.250 0.007 Y NA
 3517886 3517887 YpsIP31758_1092 YpsIP31758_1093 chbC chbA TRUE 0.984 167.000 0.833 0.007 Y NA
 3517887 3517888 YpsIP31758_1093 YpsIP31758_1094 chbA chbR TRUE 0.961 49.000 0.727 1.000 N NA
 3517888 3517889 YpsIP31758_1094 YpsIP31758_1095 chbR chbG TRUE 0.822 52.000 0.222 1.000   NA
 3517890 3517891 YpsIP31758_1096 YpsIP31758_1097     FALSE 0.008 531.000 0.000 NA   NA
 3517892 3517893 YpsIP31758_1098 YpsIP31758_1099 seqA pgm TRUE 0.579 73.000 0.151 1.000 N NA
 3517893 3517894 YpsIP31758_1099 YpsIP31758_1100 pgm   FALSE 0.021 374.000 0.000 NA   NA
 3517895 3517896 YpsIP31758_1101 YpsIP31758_1102   kdpE TRUE 0.532 95.000 0.129 NA   NA
 3517896 3517897 YpsIP31758_1102 YpsIP31758_1103 kdpE kdpD FALSE 0.192 922.000 0.385 1.000 Y NA
 3517897 3517898 YpsIP31758_1103 YpsIP31758_1104 kdpD kdpC TRUE 0.817 10.000 0.100 1.000 N NA
 3517900 3517901 YpsIP31758_1106 YpsIP31758_1107 kdpB   TRUE 0.795 -28.000 0.000 NA   NA
 3517901 3517902 YpsIP31758_1107 YpsIP31758_1108   kdpA TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517903 3517904 YpsIP31758_1109 YpsIP31758_1110     FALSE 0.236 84.000 0.000 NA   NA
 3517904 3517905 YpsIP31758_1110 YpsIP31758_1111     FALSE 0.159 151.000 0.000 NA   NA
 3517905 3517906 YpsIP31758_1111 YpsIP31758_1112   phrB FALSE 0.152 106.000 0.019 NA   NA
 3517906 3517907 YpsIP31758_1112 YpsIP31758_1113 phrB cpdP FALSE 0.411 -9.000 0.008 1.000 N NA
 3517907 3517908 YpsIP31758_1113 YpsIP31758_1114 cpdP   FALSE 0.112 140.000 0.013 NA   NA
 3517908 3517909 YpsIP31758_1114 YpsIP31758_1115     FALSE 0.008 620.000 0.050 NA   NA
 3517909 3517910 YpsIP31758_1115 YpsIP31758_1116     TRUE 0.997 -6.000 0.379 NA Y NA
 3517910 3517911 YpsIP31758_1116 YpsIP31758_1117     TRUE 0.982 -3.000 0.211 NA   NA
 3517911 3517912 YpsIP31758_1117 YpsIP31758_1118     TRUE 0.646 85.000 0.173 NA   NA
 3517912 3517913 YpsIP31758_1118 YpsIP31758_1119     TRUE 0.998 -3.000 0.939 NA   NA
 3517913 3517914 YpsIP31758_1119 YpsIP31758_1120   pcp TRUE 0.964 10.000 0.300 NA   NA
 3517916 3517917 YpsIP31758_1122 YpsIP31758_1123 grcA   FALSE 0.153 179.000 0.000 1.000   NA
 3517917 3517918 YpsIP31758_1123 YpsIP31758_1124     TRUE 0.790 -34.000 0.000 NA   NA
 3517918 3517919 YpsIP31758_1124 YpsIP31758_1125     TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3517923 3517924 YpsIP31758_1129 YpsIP31758_1130 rpoE rseA TRUE 0.972 26.000 0.705 NA N NA
 3517924 3517925 YpsIP31758_1130 YpsIP31758_1131 rseA rseB TRUE 0.999 0.000 0.856 NA Y NA
 3517925 3517926 YpsIP31758_1131 YpsIP31758_1132 rseB rseC TRUE 0.999 -3.000 0.609 NA Y NA
 3517928 3517929 YpsIP31758_1134 YpsIP31758_1135 lepA lepB TRUE 0.937 10.000 0.187 1.000   NA
 3517929 3517930 YpsIP31758_1135 YpsIP31758_1136 lepB rnc FALSE 0.093 352.000 0.117 1.000   NA
 3517930 3517931 YpsIP31758_1136 YpsIP31758_1137 rnc era TRUE 0.979 -3.000 0.127 0.044   NA
 3517931 3517932 YpsIP31758_1137 YpsIP31758_1138 era recO TRUE 0.879 10.000 0.109 1.000   NA
 3517932 3517933 YpsIP31758_1138 YpsIP31758_1139 recO pdxJ FALSE 0.442 159.000 0.166 1.000 N NA
 3517933 3517934 YpsIP31758_1139 YpsIP31758_1140 pdxJ acpS TRUE 0.986 0.000 0.326 1.000 N NA
 3517935 3517936 YpsIP31758_1141 YpsIP31758_1142     FALSE 0.237 162.000 0.056 1.000   NA
 3517937 3517938 YpsIP31758_1143 YpsIP31758_1144     FALSE 0.446 275.000 0.316 NA   NA
 3517938 3517939 YpsIP31758_1144 YpsIP31758_1145   tadA FALSE 0.260 71.000 0.062 NA N NA
 3517942 3517943 YpsIP31758_1148 YpsIP31758_1149     FALSE 0.034 323.000 0.000 NA   NA
 3517943 3517944 YpsIP31758_1149 YpsIP31758_4309     FALSE 0.006 580.000 0.000 NA   NA
 3517945 3517946 YpsIP31758_1150 YpsIP31758_1151     TRUE 0.935 4.000 0.132 NA   NA
 3517946 3517947 YpsIP31758_1151 YpsIP31758_1152     TRUE 0.940 -37.000 0.130 NA   NA
 3517947 3517948 YpsIP31758_1152 YpsIP31758_1153     TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3517948 3517949 YpsIP31758_1153 YpsIP31758_1154     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3517949 3517950 YpsIP31758_1154 YpsIP31758_1155   glnB TRUE 0.841 15.000 0.151 1.000 N NA
 3517951 3517952 YpsIP31758_1156 YpsIP31758_1157   hmp FALSE 0.011 464.000 0.000 NA   NA
 3517953 3517954 YpsIP31758_1158 YpsIP31758_1159 glyA   FALSE 0.191 113.000 0.000 NA   NA
 3517954 3517955 YpsIP31758_1159 YpsIP31758_1160   ail FALSE 0.187 118.000 0.000 NA   NA
 3517955 3517956 YpsIP31758_1160 YpsIP31758_1162 ail   FALSE 0.025 370.000 0.000 1.000   NA
 3517958 3517959 YpsIP31758_1163 YpsIP31758_1164     TRUE 0.964 -9.000 0.150 NA   NA
 3517961 3517962 YpsIP31758_1166 YpsIP31758_1167   iscR FALSE 0.363 156.000 0.126 1.000 N NA
 3517962 3517963 YpsIP31758_1167 YpsIP31758_1168 iscR iscS TRUE 0.897 54.000 0.424 1.000 N NA
 3517963 3517964 YpsIP31758_1168 YpsIP31758_1169 iscS iscU TRUE 0.936 31.000 0.448 1.000 N NA
 3517964 3517965 YpsIP31758_1169 YpsIP31758_1170 iscU iscA TRUE 0.644 270.000 0.359 0.002   NA
 3517965 3517966 YpsIP31758_1170 YpsIP31758_1171 iscA hscB TRUE 0.871 113.000 0.500 1.000   NA
 3517966 3517967 YpsIP31758_1171 YpsIP31758_1172 hscB hscA TRUE 0.926 243.000 0.634 1.000 Y NA
 3517967 3517968 YpsIP31758_1172 YpsIP31758_1173 hscA fdx TRUE 0.996 3.000 0.794 1.000 N NA
 3517968 3517969 YpsIP31758_1173 YpsIP31758_1174 fdx   TRUE 0.970 30.000 0.625 1.000   NA
 3517969 3517970 YpsIP31758_1174 YpsIP31758_1175   pepB TRUE 0.557 140.000 0.171 1.000   NA
 3517970 3517971 YpsIP31758_1175 YpsIP31758_1176 pepB sseB TRUE 0.770 79.000 0.253 NA   NA
 3517972 3517973 YpsIP31758_1177 YpsIP31758_1178     FALSE 0.181 124.000 0.000 NA   NA
 3517976 3517977 YpsIP31758_1181 YpsIP31758_1182   ndk FALSE 0.033 327.000 0.000 NA   NA
 3517977 3517978 YpsIP31758_1182 YpsIP31758_1183 ndk   FALSE 0.275 262.000 0.156 1.000   NA
 3517978 3517979 YpsIP31758_1183 YpsIP31758_1184   pilF FALSE 0.287 154.000 0.067 1.000   NA
 3517979 3517980 YpsIP31758_1184 YpsIP31758_1185 pilF   TRUE 0.965 -10.000 0.153 1.000   NA
 3517980 3517981 YpsIP31758_1185 YpsIP31758_1186   ispG TRUE 0.707 104.000 0.233 1.000   NA
 3517981 3517982 YpsIP31758_1186 YpsIP31758_1187 ispG hisS FALSE 0.426 209.000 0.207 1.000 N NA
 3517982 3517983 YpsIP31758_1187 YpsIP31758_1188 hisS   TRUE 0.941 14.000 0.259 1.000   NA
 3517983 3517984 YpsIP31758_1188 YpsIP31758_1189     TRUE 0.979 12.000 0.492 1.000   NA
 3517984 3517985 YpsIP31758_1189 YpsIP31758_1190     TRUE 0.604 148.000 0.203 1.000   NA
 3517985 3517986 YpsIP31758_1190 YpsIP31758_1191     FALSE 0.035 369.000 0.003 0.083   NA
 3517986 3517987 YpsIP31758_1191 YpsIP31758_1192     FALSE 0.458 49.000 0.055 NA   NA
 3517991 3517992 YpsIP31758_1196 YpsIP31758_1197 guaA   FALSE 0.425 32.000 0.000 NA   NA
 3517993 3517994 YpsIP31758_1198 YpsIP31758_1199     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3517994 3517995 YpsIP31758_1199 YpsIP31758_1200     FALSE 0.004 908.000 0.000 NA   NA
 3517995 3517996 YpsIP31758_1200 YpsIP31758_1201     FALSE 0.206 98.000 0.000 NA   NA
 3517996 3517997 YpsIP31758_1201 YpsIP31758_1202     TRUE 0.836 -10.000 0.000 NA   NA
 3517999 3518000 YpsIP31758_1204 YpsIP31758_1205     FALSE 0.128 185.000 0.000 NA   NA
 3518002 3518003 YpsIP31758_1207 YpsIP31758_4311     FALSE 0.012 451.000 0.000 NA   NA
 3518003 3518004 YpsIP31758_4311 YpsIP31758_1208     FALSE 0.201 102.000 0.000 NA   NA
 3518004 3518005 YpsIP31758_1208 YpsIP31758_1209     FALSE 0.026 298.000 0.008 NA   NA
 3518005 3518006 YpsIP31758_1209 YpsIP31758_1210   baeR FALSE 0.266 137.000 0.062 NA   NA
 3518006 3518007 YpsIP31758_1210 YpsIP31758_1211 baeR baeS TRUE 0.996 10.000 0.591 1.000 Y NA
 3518007 3518008 YpsIP31758_1211 YpsIP31758_1212 baeS mdtD TRUE 0.788 31.000 0.139 1.000   NA
 3518008 3518009 YpsIP31758_1212 YpsIP31758_1213 mdtD mdtC TRUE 0.939 34.000 0.438 NA   NA
 3518009 3518010 YpsIP31758_1213 YpsIP31758_1214 mdtC mdtB TRUE 0.990 -3.000 0.094 NA Y NA
 3518010 3518011 YpsIP31758_1214 YpsIP31758_1215 mdtB mdtA TRUE 0.998 0.000 1.000 1.000 N NA
 3518011 3518012 YpsIP31758_1215 YpsIP31758_1216 mdtA potA FALSE 0.008 416.000 0.000 1.000 N NA
 3518012 3518013 YpsIP31758_1216 YpsIP31758_1217 potA   FALSE 0.164 383.000 0.000 1.000 Y NA
 3518014 3518015 YpsIP31758_1218 YpsIP31758_1219 gabT potD TRUE 0.831 53.000 0.000 1.000 Y NA
 3518015 3518016 YpsIP31758_1219 YpsIP31758_1220 potD potC TRUE 0.885 47.000 0.000 0.070 Y NA
 3518016 3518017 YpsIP31758_1220 YpsIP31758_1221 potC potB TRUE 0.885 62.000 0.072 0.070 Y NA
 3518017 3518018 YpsIP31758_1221 YpsIP31758_1222 potB   FALSE 0.258 72.000 0.000 NA   NA
 3518019 3518020 YpsIP31758_1223 YpsIP31758_1224   mgtE FALSE 0.066 142.000 0.000 NA N NA
 3518020 3518021 YpsIP31758_1224 YpsIP31758_1225 mgtE   FALSE 0.296 52.000 0.024 NA   NA
 3518021 3518022 YpsIP31758_1225 YpsIP31758_1226   ppx FALSE 0.181 165.000 0.047 NA   NA
 3518022 3518023 YpsIP31758_1226 YpsIP31758_1227 ppx ppk TRUE 0.994 11.000 0.486 1.000 Y NA
 3518024 3518025 YpsIP31758_1228 YpsIP31758_1229 pstC1 pstA2 TRUE 0.994 0.000 0.489 1.000   NA
 3518025 3518026 YpsIP31758_1229 YpsIP31758_1230 pstA2 pstB2 TRUE 0.993 28.000 0.511 0.002 Y NA
 3518026 3518027 YpsIP31758_1230 YpsIP31758_1231 pstB2   FALSE 0.076 244.000 0.000 NA   NA
 3518028 3518029 YpsIP31758_1232 YpsIP31758_1233 speG purN FALSE 0.022 229.000 0.017 1.000 N NA
 3518029 3518030 YpsIP31758_1233 YpsIP31758_1234 purN purM TRUE 0.934 115.000 0.230 0.002 Y NA
 3518031 3518032 YpsIP31758_1235 YpsIP31758_1236 upp uraA TRUE 0.798 112.000 0.101 1.000 Y NA
 3518032 3518033 YpsIP31758_1236 YpsIP31758_1237 uraA hda FALSE 0.060 247.000 0.048 1.000 N NA
 3518034 3518035 YpsIP31758_1238 YpsIP31758_1239 arsC   TRUE 0.731 107.000 0.259 1.000   NA
 3518038 3518039 YpsIP31758_1242 YpsIP31758_1243     FALSE 0.135 178.000 0.000 NA   NA
 3518039 3518040 YpsIP31758_1243 YpsIP31758_1244     TRUE 0.841 -9.000 0.000 NA   NA
 3518041 3518042 YpsIP31758_1245 YpsIP31758_1246 bcp gcvR TRUE 0.902 3.000 0.102 1.000 N NA
 3518043 3518044 YpsIP31758_1247 YpsIP31758_1248 dapA   TRUE 0.913 18.000 0.032 NA Y NA
 3518044 3518045 YpsIP31758_1248 YpsIP31758_1249   purC FALSE 0.021 71.000 0.008 NA N NA
 3518045 3518046 YpsIP31758_1249 YpsIP31758_1250 purC   FALSE 0.067 220.000 0.004 1.000   NA
 3518046 3518047 YpsIP31758_1250 YpsIP31758_1251     FALSE 0.161 94.000 0.018 NA   NA
 3518047 3518048 YpsIP31758_1251 YpsIP31758_1252     TRUE 0.935 2.000 0.100 NA   NA
 3518049 3518050 YpsIP31758_1253 YpsIP31758_1254     TRUE 0.608 68.000 0.130 NA   NA
 3518050 3518051 YpsIP31758_1254 YpsIP31758_1255   dapE TRUE 0.979 -3.000 0.163 0.025 N NA
 3518051 3518052 YpsIP31758_1255 YpsIP31758_1256 dapE   TRUE 0.981 2.000 0.292 1.000 N NA
 3518052 3518053 YpsIP31758_1256 YpsIP31758_1257     FALSE 0.109 160.000 0.006 1.000   NA
 3518054 3518055 YpsIP31758_1258 YpsIP31758_1259     TRUE 0.984 95.000 0.688 0.070 Y NA
 3518055 3518056 YpsIP31758_1259 YpsIP31758_1260     TRUE 0.996 -7.000 0.585 0.070 N NA
 3518056 3518057 YpsIP31758_1260 YpsIP31758_1261     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3518059 3518060 YpsIP31758_1263 YpsIP31758_1264     TRUE 0.946 58.000 0.600 1.000   NA
 3518060 3518061 YpsIP31758_1264 YpsIP31758_1265     FALSE 0.080 241.000 0.000 NA   NA
 3518062 3518063 YpsIP31758_1266 YpsIP31758_1267     FALSE 0.049 289.000 0.000 NA   NA
 3518063 3518064 YpsIP31758_1267 YpsIP31758_1268   acrD FALSE 0.087 231.000 0.000 NA   NA
 3518067 3518068 YpsIP31758_1271 YpsIP31758_1272 napF napD TRUE 0.975 -10.000 0.209 NA   NA
 3518068 3518069 YpsIP31758_1272 YpsIP31758_1273 napD napA TRUE 0.998 -3.000 0.875 NA N NA
 3518069 3518070 YpsIP31758_1273 YpsIP31758_1274 napA napB TRUE 0.711 95.000 0.031 NA Y NA
 3518070 3518071 YpsIP31758_1274 YpsIP31758_1275 napB napC TRUE 0.987 28.000 0.490 NA Y NA
 3518071 3518072 YpsIP31758_1275 YpsIP31758_1276 napC   FALSE 0.170 185.000 0.070 1.000 N NA
 3518072 3518073 YpsIP31758_1276 YpsIP31758_1277   maeB FALSE 0.027 459.000 0.047 0.006 N NA
 3518073 3518074 YpsIP31758_1277 YpsIP31758_1278 maeB   FALSE 0.086 232.000 0.000 NA   NA
 3518075 3518076 YpsIP31758_1279 YpsIP31758_1280   hemF TRUE 0.796 0.000 0.016 NA   NA
 3518079 3518080 YpsIP31758_1283 YpsIP31758_1284     TRUE 0.969 -3.000 0.138 NA   NA
 3518080 3518081 YpsIP31758_1284 YpsIP31758_1285     TRUE 0.991 3.000 0.500 NA   NA
 3518081 3518082 YpsIP31758_1285 YpsIP31758_1286     FALSE 0.172 160.000 0.000 1.000   NA
 3518082 3518083 YpsIP31758_1286 YpsIP31758_1287     FALSE 0.011 471.000 0.000 NA   NA
 3518084 3518085 YpsIP31758_1288 YpsIP31758_1289     FALSE 0.009 505.000 0.000 NA   NA
 3518086 3518087 YpsIP31758_1290 YpsIP31758_1291     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3518087 3518088 YpsIP31758_1291 YpsIP31758_1292     TRUE 0.489 23.000 0.000 NA   NA
 3518089 3518090 YpsIP31758_1293 YpsIP31758_1294     FALSE 0.428 63.000 0.087 1.000 N NA
 3518091 3518092 YpsIP31758_1295 YpsIP31758_1296     TRUE 0.879 82.000 0.154 NA Y NA
 3518092 3518093 YpsIP31758_1296 YpsIP31758_1297     FALSE 0.351 189.000 0.154 NA N NA
 3518093 3518094 YpsIP31758_1297 YpsIP31758_1298     FALSE 0.003 611.000 0.000 1.000 N NA
 3518094 3518095 YpsIP31758_1298 YpsIP31758_1299   cysP FALSE 0.016 333.000 0.000 1.000 N NA
 3518095 3518096 YpsIP31758_1299 YpsIP31758_1300 cysP cysU TRUE 0.995 0.000 0.479 0.002 N NA
 3518096 3518097 YpsIP31758_1300 YpsIP31758_1301 cysU cysW TRUE 0.997 0.000 0.583 0.001 N NA
 3518097 3518098 YpsIP31758_1301 YpsIP31758_1302 cysW cysA TRUE 0.993 -10.000 0.180 1.000 Y NA
 3518098 3518099 YpsIP31758_1302 YpsIP31758_1303 cysA cysM FALSE 0.116 171.000 0.049 1.000 N NA
 3518100 3518101 YpsIP31758_1304 YpsIP31758_1305     TRUE 0.985 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3518101 3518102 YpsIP31758_1305 YpsIP31758_1306     FALSE 0.086 233.000 0.000 NA   NA
 3518103 3518104 YpsIP31758_1307 YpsIP31758_1308     TRUE 0.873 34.000 0.000 1.000 Y NA
 3518104 3518105 YpsIP31758_1308 YpsIP31758_1309     FALSE 0.235 337.000 0.000 1.000 Y NA
 3518105 3518106 YpsIP31758_1309 YpsIP31758_1310     FALSE 0.337 60.000 0.000 1.000   NA
 3518107 3518108 YpsIP31758_1311 YpsIP31758_1312     TRUE 0.984 4.000 0.439 1.000 N NA
 3518109 3518110 YpsIP31758_1313 YpsIP31758_1314 cpxR1   TRUE 0.967 26.000 0.216 1.000 Y NA
 3518111 3518112 YpsIP31758_1315 YpsIP31758_1316   ptsI TRUE 0.897 49.000 0.038 0.008 Y NA
 3518112 3518113 YpsIP31758_1316 YpsIP31758_1317 ptsI   TRUE 0.894 49.000 0.033 0.008 Y NA
 3518113 3518114 YpsIP31758_1317 YpsIP31758_1318   cysK FALSE 0.002 499.000 0.019 1.000 N NA
 3518114 3518115 YpsIP31758_1318 YpsIP31758_1319 cysK   TRUE 0.779 157.000 0.122 1.000 Y NA
 3518116 3518117 YpsIP31758_1320 YpsIP31758_1321 zipA ligA1 FALSE 0.048 91.000 0.013 1.000 N NA
 3518117 3518118 YpsIP31758_1321 YpsIP31758_1322 ligA1   FALSE 0.422 20.000 0.017 NA   NA
 3518119 3518120 YpsIP31758_1323 YpsIP31758_1324     FALSE 0.144 149.000 0.027 NA   NA
 3518120 3518121 YpsIP31758_1324 YpsIP31758_4221     FALSE 0.123 192.000 0.000 NA   NA
 3518121 3518122 YpsIP31758_4221 YpsIP31758_4222     FALSE 0.252 76.000 0.000 NA   NA
 3518122 3518123 YpsIP31758_4222 YpsIP31758_1325   gltX FALSE 0.087 231.000 0.000 NA   NA
 3518124 3518125 YpsIP31758_4223 YpsIP31758_4224     FALSE 0.396 37.000 0.000 NA   NA
 3518125 3518126 YpsIP31758_4224 YpsIP31758_4225     FALSE 0.370 44.000 0.000 NA   NA
 3518126 3518127 YpsIP31758_4225 YpsIP31758_4226     FALSE 0.118 198.000 0.000 NA   NA
 3518130 3518131 YpsIP31758_1328 YpsIP31758_1329     FALSE 0.250 171.000 0.071 NA   NA
 3518131 3518132 YpsIP31758_1329 YpsIP31758_1330     FALSE 0.135 155.000 0.050 1.000 N NA
 3518133 3518134 YpsIP31758_1331 YpsIP31758_1332   glk FALSE 0.168 181.000 0.048 NA   NA
 3518136 3518137 YpsIP31758_1334 YpsIP31758_1335     FALSE 0.014 226.000 0.009 1.000 N NA
 3518139 3518140 YpsIP31758_1337 YpsIP31758_1338     TRUE 0.994 -18.000 0.625 NA   NA
 3518140 3518141 YpsIP31758_1338 YpsIP31758_1339     TRUE 0.997 -3.000 0.740 NA   NA
 3518142 3518143 YpsIP31758_1340 YpsIP31758_1341     TRUE 0.993 -3.000 0.333 0.041   NA
 3518143 3518144 YpsIP31758_1341 YpsIP31758_1342     FALSE 0.009 537.000 0.000 1.000   NA
 3518144 3518145 YpsIP31758_1342 YpsIP31758_1343     TRUE 0.996 2.000 0.667 1.000   NA
 3518145 3518146 YpsIP31758_1343 YpsIP31758_1344     TRUE 0.996 12.000 0.500 0.041 Y NA
 3518150 3518151 YpsIP31758_1348 YpsIP31758_1349 fbpC fbpB TRUE 0.989 -3.000 0.275 0.069 N NA
 3518151 3518152 YpsIP31758_1349 YpsIP31758_1350 fbpB fbpA TRUE 0.993 56.000 0.824 0.069 Y NA
 3518153 3518154 YpsIP31758_1351 YpsIP31758_1352 mltB   FALSE 0.095 222.000 0.000 NA   NA
 3518154 3518155 YpsIP31758_1352 YpsIP31758_1353     FALSE 0.004 906.000 0.000 NA   NA
 3518156 3518157 YpsIP31758_1354 YpsIP31758_1355     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 3518157 3518158 YpsIP31758_1355 YpsIP31758_1356     TRUE 0.990 1.000 0.400 NA   NA
 3518158 3518159 YpsIP31758_1356 YpsIP31758_1357     TRUE 0.996 -3.000 0.600 NA   NA
 3518159 3518160 YpsIP31758_1357 YpsIP31758_1358     TRUE 0.970 40.000 0.714 NA   NA
 3518160 3518161 YpsIP31758_1358 YpsIP31758_1359     TRUE 0.992 7.000 0.714 NA   NA
 3518161 3518162 YpsIP31758_1359 YpsIP31758_1360     TRUE 0.963 99.000 1.000 NA   NA
 3518162 3518163 YpsIP31758_1360 YpsIP31758_1361     TRUE 0.998 0.000 0.833 NA   NA
 3518164 3518165 YpsIP31758_1362 YpsIP31758_1363     TRUE 0.911 211.000 1.000 1.000 N NA
 3518165 3518166 YpsIP31758_1363 YpsIP31758_1364     TRUE 0.985 157.000 1.000 1.000 Y NA
 3518166 3518167 YpsIP31758_1364 YpsIP31758_1365     TRUE 0.941 299.000 1.000 1.000 Y NA
 3518167 3518168 YpsIP31758_1365 YpsIP31758_1366     TRUE 0.999 -15.000 0.833 1.000 Y NA
 3518168 3518169 YpsIP31758_1366 YpsIP31758_1367     TRUE 0.918 106.000 0.667 NA   NA
 3518169 3518170 YpsIP31758_1367 YpsIP31758_1368     TRUE 0.984 24.000 0.800 NA   NA
 3518170 3518171 YpsIP31758_1368 YpsIP31758_1369     FALSE 0.469 333.000 0.500 NA   NA
 3518171 3518172 YpsIP31758_1369 YpsIP31758_1370     FALSE 0.469 274.000 0.333 NA   NA
 3518172 3518173 YpsIP31758_1370 YpsIP31758_1371     TRUE 0.996 4.000 0.833 NA   NA
 3518173 3518174 YpsIP31758_1371 YpsIP31758_1372     TRUE 0.988 -3.000 0.294 NA   NA
 3518174 3518175 YpsIP31758_1372 YpsIP31758_1373     TRUE 0.954 9.000 0.235 NA   NA
 3518175 3518176 YpsIP31758_1373 YpsIP31758_1374     FALSE 0.033 327.000 0.000 NA   NA
 3518176 3518177 YpsIP31758_1374 YpsIP31758_1375     TRUE 0.652 99.000 0.200 NA   NA
 3518177 3518178 YpsIP31758_1375 YpsIP31758_1376     TRUE 0.950 6.000 0.200 NA   NA
 3518178 3518179 YpsIP31758_1376 YpsIP31758_1377     TRUE 0.987 20.000 0.833 NA   NA
 3518179 3518180 YpsIP31758_1377 YpsIP31758_1378     TRUE 0.976 64.000 1.000 NA   NA
 3518180 3518181 YpsIP31758_1378 YpsIP31758_1379     FALSE 0.471 25.000 0.000 NA   NA
 3518182 3518183 YpsIP31758_1380 YpsIP31758_1381 phnA   FALSE 0.020 376.000 0.000 NA   NA
 3518183 3518184 YpsIP31758_1381 YpsIP31758_1382     TRUE 0.489 59.000 0.074 NA   NA
 3518186 3518187 YpsIP31758_1383 YpsIP31758_1384     FALSE 0.228 88.000 0.000 NA   NA
 3518187 3518188 YpsIP31758_1384 YpsIP31758_1385     TRUE 0.928 21.000 0.295 NA   NA
 3518189 3518190 YpsIP31758_1386 YpsIP31758_1387   ccmA FALSE 0.012 445.000 0.000 NA   NA
 3518190 3518191 YpsIP31758_1387 YpsIP31758_1388 ccmA ccmB TRUE 0.998 -30.000 0.503 0.002 Y NA
 3518191 3518192 YpsIP31758_1388 YpsIP31758_1389 ccmB ccmC TRUE 0.986 63.000 0.501 0.001 Y NA
 3518192 3518193 YpsIP31758_1389 YpsIP31758_1390 ccmC ccmD TRUE 0.772 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3518193 3518194 YpsIP31758_1390 YpsIP31758_1391 ccmD ccmE TRUE 0.772 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3518194 3518195 YpsIP31758_1391 YpsIP31758_1392 ccmE ccmF TRUE 0.997 -3.000 0.211 0.002 Y NA
 3518195 3518196 YpsIP31758_1392 YpsIP31758_1393 ccmF dsbE TRUE 1.000 -3.000 0.804 0.002 Y NA
 3518196 3518197 YpsIP31758_1393 YpsIP31758_1394 dsbE   TRUE 0.999 -3.000 0.578 NA Y NA
 3518197 3518198 YpsIP31758_1394 YpsIP31758_1395   ccmI TRUE 0.999 0.000 0.727 NA Y NA
 3518198 3518199 YpsIP31758_1395 YpsIP31758_1396 ccmI vacJ TRUE 0.831 36.000 0.239 NA N NA
 3518201 3518202 YpsIP31758_1398 YpsIP31758_1399   fadI FALSE 0.084 287.000 0.061 NA   NA
 3518202 3518203 YpsIP31758_1399 YpsIP31758_1400 fadI fadJ TRUE 0.963 81.000 0.430 1.000 Y NA
 3518203 3518204 YpsIP31758_1400 YpsIP31758_1401 fadJ   TRUE 0.532 18.000 0.000 NA   NA
 3518204 3518205 YpsIP31758_1401 YpsIP31758_1402   sixA FALSE 0.012 451.000 0.000 NA   NA
 3518207 3518208 YpsIP31758_1404 YpsIP31758_1405   aroC FALSE 0.356 77.000 0.081 1.000 N NA
 3518208 3518209 YpsIP31758_1405 YpsIP31758_1406 aroC   TRUE 0.485 6.000 0.025 1.000 N NA
 3518209 3518210 YpsIP31758_1406 YpsIP31758_1407     TRUE 0.951 4.000 0.160 1.000   NA
 3518210 3518211 YpsIP31758_1407 YpsIP31758_1408     TRUE 0.566 100.000 0.153 NA   NA
 3518211 3518212 YpsIP31758_1408 YpsIP31758_1409     TRUE 0.904 58.000 0.425 NA   NA
 3518217 3518218 YpsIP31758_1414 YpsIP31758_1415     FALSE 0.159 285.000 0.118 NA   NA
 3518219 3518220 YpsIP31758_1416 YpsIP31758_1417     TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3518220 3518221 YpsIP31758_1417 YpsIP31758_1418   pdxB FALSE 0.282 47.000 0.043 1.000 N NA
 3518221 3518222 YpsIP31758_1418 YpsIP31758_1419 pdxB   TRUE 0.801 170.000 0.097 0.010 Y NA
 3518222 3518223 YpsIP31758_1419 YpsIP31758_1420   truA FALSE 0.136 105.000 0.040 1.000 N NA
 3518223 3518224 YpsIP31758_1420 YpsIP31758_1421 truA   FALSE 0.168 157.000 0.038 NA   NA
 3518224 3518225 YpsIP31758_1421 YpsIP31758_1422   accD FALSE 0.066 231.000 0.020 NA   NA
 3518225 3518226 YpsIP31758_1422 YpsIP31758_1423 accD folC TRUE 0.544 249.000 0.383 1.000 N NA
 3518226 3518227 YpsIP31758_1423 YpsIP31758_1424 folC   TRUE 0.661 120.000 0.216 1.000   NA
 3518227 3518228 YpsIP31758_1424 YpsIP31758_1425   cvpA FALSE 0.128 312.000 0.116 1.000   NA
 3518228 3518229 YpsIP31758_1425 YpsIP31758_1426 cvpA purF TRUE 0.946 13.000 0.262 1.000   NA
 3518229 3518230 YpsIP31758_1426 YpsIP31758_1427 purF ubiX FALSE 0.064 262.000 0.056 1.000 N NA
 3518230 3518231 YpsIP31758_1427 YpsIP31758_1428 ubiX hisJ FALSE 0.004 504.000 0.000 1.000 N NA
 3518231 3518232 YpsIP31758_1428 YpsIP31758_1429 hisJ hisQ TRUE 0.989 96.000 0.833 0.068 Y NA
 3518232 3518233 YpsIP31758_1429 YpsIP31758_1430 hisQ hisM TRUE 1.000 -3.000 0.900 0.018 Y NA
 3518233 3518234 YpsIP31758_1430 YpsIP31758_1431 hisM hisP TRUE 0.995 14.000 0.643 1.000 Y NA
 3518236 3518237 YpsIP31758_1433 YpsIP31758_1434     FALSE 0.125 188.000 0.000 NA   NA
 3518240 3518241 YpsIP31758_1437 YpsIP31758_1438     TRUE 0.978 13.000 0.377 0.009   NA
 3518241 3518242 YpsIP31758_1438 YpsIP31758_1439     FALSE 0.289 63.000 0.000 NA   NA
 3518242 3518243 YpsIP31758_1439 YpsIP31758_1440   cmtB TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3518245 3518246 YpsIP31758_1442 YpsIP31758_1443 pta ackA TRUE 0.878 168.000 0.634 1.000   NA
 3518247 3518248 YpsIP31758_1444 YpsIP31758_1445     FALSE 0.130 400.000 0.221 NA   NA
 3518248 3518249 YpsIP31758_1445 YpsIP31758_1446     TRUE 0.744 165.000 0.375 NA   NA
 3518249 3518250 YpsIP31758_1446 YpsIP31758_1447     FALSE 0.194 292.000 0.136 1.000   NA
 3518250 3518251 YpsIP31758_1447 YpsIP31758_1448     FALSE 0.014 426.000 0.000 NA   NA
 3518252 3518253 YpsIP31758_1449 YpsIP31758_1450 yfbR   FALSE 0.390 151.000 0.104 1.000   NA
 3518253 3518254 YpsIP31758_1450 YpsIP31758_1451     FALSE 0.070 253.000 0.000 NA   NA
 3518255 3518256 YpsIP31758_1452 YpsIP31758_1453 lrhA   FALSE 0.163 146.000 0.000 NA   NA
 3518256 3518257 YpsIP31758_1453 YpsIP31758_1454   nuoA FALSE 0.018 398.000 0.000 NA   NA
 3518257 3518258 YpsIP31758_1454 YpsIP31758_1455 nuoA nuoB TRUE 0.964 102.000 0.377 0.002 Y NA
 3518258 3518259 YpsIP31758_1455 YpsIP31758_1456 nuoB nuoCD TRUE 0.982 143.000 0.691 0.002 Y NA
 3518259 3518260 YpsIP31758_1456 YpsIP31758_1457 nuoCD nuoE FALSE 0.271 67.000 0.000 NA   NA
 3518260 3518261 YpsIP31758_1457 YpsIP31758_1458 nuoE nuoF TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3518261 3518262 YpsIP31758_1458 YpsIP31758_1459 nuoF nuoG TRUE 0.929 87.000 0.180 0.004 Y NA
 3518262 3518263 YpsIP31758_1459 YpsIP31758_1460 nuoG nuoH TRUE 0.999 -3.000 0.664 0.004 Y NA
 3518263 3518264 YpsIP31758_1460 YpsIP31758_1461 nuoH nuoI TRUE 0.994 15.000 0.423 0.004 Y NA
 3518264 3518265 YpsIP31758_1461 YpsIP31758_1462 nuoI nuoJ TRUE 0.995 13.000 0.428 0.004 Y NA
 3518265 3518266 YpsIP31758_1462 YpsIP31758_1463 nuoJ nuoK TRUE 0.998 -3.000 0.269 0.002 Y NA
 3518266 3518267 YpsIP31758_1463 YpsIP31758_1464 nuoK nuoL TRUE 0.997 -3.000 0.211 0.004 Y NA
 3518267 3518268 YpsIP31758_1464 YpsIP31758_1465 nuoL nuoM TRUE 0.995 40.000 0.713 0.001 Y NA
 3518268 3518269 YpsIP31758_1465 YpsIP31758_1466 nuoM nuoN TRUE 0.997 7.000 0.437 0.001 Y NA
 3518269 3518270 YpsIP31758_1466 YpsIP31758_1467 nuoN   FALSE 0.051 238.000 0.011 NA   NA
 3518271 3518272 YpsIP31758_1468 YpsIP31758_1469   idnK TRUE 0.834 78.000 0.095 NA Y NA
 3518272 3518273 YpsIP31758_1469 YpsIP31758_1470 idnK idnO TRUE 0.526 49.000 0.095 1.000 N NA
 3518273 3518274 YpsIP31758_1470 YpsIP31758_1471 idnO   FALSE 0.010 484.000 0.000 NA   NA
 3518274 3518275 YpsIP31758_1471 YpsIP31758_1472     FALSE 0.146 163.000 0.000 NA   NA
 3518278 3518279 YpsIP31758_1475 YpsIP31758_1476   edd FALSE 0.003 579.000 0.000 1.000 N NA
 3518280 3518281 YpsIP31758_1477 YpsIP31758_1478     FALSE 0.099 217.000 0.000 NA   NA
 3518282 3518283 YpsIP31758_1479 YpsIP31758_1480   rhiA FALSE 0.007 555.000 0.000 NA   NA
 3518283 3518284 YpsIP31758_1480 YpsIP31758_1481 rhiA menF FALSE 0.008 533.000 0.000 NA   NA
 3518284 3518285 YpsIP31758_1481 YpsIP31758_1482 menF menD TRUE 0.820 228.000 0.281 1.000 Y NA
 3518285 3518286 YpsIP31758_1482 YpsIP31758_1483 menD   TRUE 0.991 -3.000 0.355 NA   NA
 3518286 3518287 YpsIP31758_1483 YpsIP31758_1484   menB TRUE 0.942 14.000 0.280 NA   NA
 3518287 3518288 YpsIP31758_1484 YpsIP31758_1485 menB menC TRUE 0.996 0.000 0.171 0.001 Y NA
 3518288 3518289 YpsIP31758_1485 YpsIP31758_1486 menC menE TRUE 0.988 -12.000 0.283 0.001 N NA
 3518289 3518290 YpsIP31758_1486 YpsIP31758_1487 menE   FALSE 0.159 66.000 0.000 1.000 N NA
 3518290 3518291 YpsIP31758_1487 YpsIP31758_1489     FALSE 0.086 233.000 0.000 NA   NA
 3518292 3518293 YpsIP31758_1488 YpsIP31758_1490     FALSE 0.246 79.000 0.000 NA   NA
 3518294 3518295 YpsIP31758_1491 YpsIP31758_1492     FALSE 0.005 797.000 0.000 1.000   NA
 3518296 3518297 YpsIP31758_1493 YpsIP31758_1494 glnQ glnP TRUE 0.987 -3.000 0.051 1.000 Y NA
 3518297 3518298 YpsIP31758_1494 YpsIP31758_1495 glnP glnH TRUE 0.938 35.000 0.103 0.086 Y NA
 3518298 3518299 YpsIP31758_1495 YpsIP31758_1496 glnH   FALSE 0.008 570.000 0.000 1.000   NA
 3518299 3518300 YpsIP31758_1496 YpsIP31758_1497     FALSE 0.040 320.000 0.000 1.000   NA
 3518300 3518301 YpsIP31758_1497 YpsIP31758_1498   tam FALSE 0.078 257.000 0.000 1.000   NA
 3518301 3518302 YpsIP31758_1498 YpsIP31758_1499 tam   TRUE 0.707 23.000 0.000 0.046   NA
 3518302 3518303 YpsIP31758_1499 YpsIP31758_1500     FALSE 0.453 16.000 0.016 NA   NA
 3518304 3518305 YpsIP31758_1501 YpsIP31758_1502 ompX   FALSE 0.018 316.000 0.000 1.000 N NA
 3518305 3518306 YpsIP31758_1502 YpsIP31758_1503     FALSE 0.082 238.000 0.000 NA   NA
 3518308 3518309 YpsIP31758_1505 YpsIP31758_1506     FALSE 0.005 670.000 0.000 NA   NA
 3518309 3518310 YpsIP31758_1506 YpsIP31758_1507   rbsB2 FALSE 0.324 175.000 0.125 1.000 N NA
 3518310 3518311 YpsIP31758_1507 YpsIP31758_1508 rbsB2 rbsA2 TRUE 0.932 57.000 0.125 0.011 Y NA
 3518311 3518312 YpsIP31758_1508 YpsIP31758_1509 rbsA2 rbsC2 TRUE 0.995 -3.000 0.111 0.011 Y NA
 3518313 3518314 YpsIP31758_1510 YpsIP31758_1511     FALSE 0.236 372.000 0.000 0.048 Y NA
 3518315 3518316 YpsIP31758_1512 YpsIP31758_1513     FALSE 0.265 69.000 0.000 NA   NA
 3518316 3518317 YpsIP31758_1513 YpsIP31758_1514     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3518317 3518318 YpsIP31758_1514 YpsIP31758_1515     FALSE 0.116 200.000 0.000 NA   NA
 3518318 3518319 YpsIP31758_1515 YpsIP31758_1516     TRUE 0.510 117.000 0.167 1.000 N NA
 3518319 3518320 YpsIP31758_1516 YpsIP31758_1517     FALSE 0.313 93.000 0.000 0.040 N NA
 3518320 3518321 YpsIP31758_1517 YpsIP31758_1518     FALSE 0.003 655.000 0.000 1.000 N NA
 3518321 3518322 YpsIP31758_1518 YpsIP31758_1519     TRUE 0.646 155.000 0.000 1.000 Y NA
 3518322 3518323 YpsIP31758_1519 YpsIP31758_1520     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3518323 3518324 YpsIP31758_1520 YpsIP31758_1521     FALSE 0.230 87.000 0.000 NA   NA
 3518324 3518325 YpsIP31758_1521 YpsIP31758_1522     FALSE 0.056 273.000 0.000 NA   NA
 3518325 3518326 YpsIP31758_1522 YpsIP31758_1523     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3518327 3518328 YpsIP31758_1524 YpsIP31758_1525   manB2 TRUE 0.715 100.000 0.000 1.000 Y NA
 3518328 3518329 YpsIP31758_1525 YpsIP31758_1526 manB2   FALSE 0.371 17.000 0.000 1.000 N NA
 3518330 3518331 YpsIP31758_1527 YpsIP31758_1528     TRUE 0.984 109.000 0.733 0.068 Y NA
 3518331 3518332 YpsIP31758_1528 YpsIP31758_1529     TRUE 0.999 1.000 0.711 0.068 Y NA
 3518332 3518333 YpsIP31758_1529 YpsIP31758_1530     TRUE 0.643 147.000 0.000 NA Y NA
 3518333 3518334 YpsIP31758_1530 YpsIP31758_1531     FALSE 0.455 27.000 0.000 NA   NA
 3518334 3518335 YpsIP31758_1531 YpsIP31758_1532     FALSE 0.182 123.000 0.000 NA   NA
 3518335 3518336 YpsIP31758_1532 YpsIP31758_1533     FALSE 0.386 39.000 0.000 NA   NA
 11466333 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4692.000 0.000 NA   NA
 11608696 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4692.000 0.000 NA   NA
 11751088 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4692.000 0.000 NA   NA
 11466334 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4720.000 0.000 NA   NA
 11608697 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4720.000 0.000 NA   NA
 11751089 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4720.000 0.000 NA   NA
 11466335 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4752.000 0.000 NA   NA
 11608698 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4752.000 0.000 NA   NA
 11751090 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4752.000 0.000 NA   NA
 11466336 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4780.000 0.000 NA   NA
 11608699 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4780.000 0.000 NA   NA
 11751091 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4780.000 0.000 NA   NA
 11466337 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4812.000 0.000 NA   NA
 11608700 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4812.000 0.000 NA   NA
 11751092 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4812.000 0.000 NA   NA
 11466338 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4840.000 0.000 NA   NA
 11608701 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4840.000 0.000 NA   NA
 11751093 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4840.000 0.000 NA   NA
 11466339 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4873.000 0.000 NA   NA
 11608702 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4873.000 0.000 NA   NA
 11751094 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4873.000 0.000 NA   NA
 11466340 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4901.000 0.000 NA   NA
 11608703 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4901.000 0.000 NA   NA
 11751095 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4901.000 0.000 NA   NA
 11466341 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4933.000 0.000 NA   NA
 11608704 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4933.000 0.000 NA   NA
 11751096 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4933.000 0.000 NA   NA
 11466342 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4961.000 0.000 NA   NA
 11608705 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4961.000 0.000 NA   NA
 11751097 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4961.000 0.000 NA   NA
 11466343 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4993.000 0.000 NA   NA
 11608706 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4993.000 0.000 NA   NA
 11751098 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 4993.000 0.000 NA   NA
 11466344 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5021.000 0.000 NA   NA
 11608707 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5021.000 0.000 NA   NA
 11751099 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5021.000 0.000 NA   NA
 11466345 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5053.000 0.000 NA   NA
 11608708 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5053.000 0.000 NA   NA
 11751100 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5053.000 0.000 NA   NA
 11466346 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5081.000 0.000 NA   NA
 11608709 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5081.000 0.000 NA   NA
 11751101 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5081.000 0.000 NA   NA
 11466347 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5113.000 0.000 NA   NA
 11608710 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5113.000 0.000 NA   NA
 11751102 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5113.000 0.000 NA   NA
 11466348 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5141.000 0.000 NA   NA
 11608711 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5141.000 0.000 NA   NA
 11751103 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5141.000 0.000 NA   NA
 11466349 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5173.000 0.000 NA   NA
 11608712 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5173.000 0.000 NA   NA
 11751104 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5173.000 0.000 NA   NA
 11466350 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5201.000 0.000 NA   NA
 11608713 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5201.000 0.000 NA   NA
 11751105 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5201.000 0.000 NA   NA
 11466351 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5233.000 0.000 NA   NA
 11608714 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5233.000 0.000 NA   NA
 11751106 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5233.000 0.000 NA   NA
 11466352 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5261.000 0.000 NA   NA
 11608715 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5261.000 0.000 NA   NA
 11751107 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5261.000 0.000 NA   NA
 11466353 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5293.000 0.000 NA   NA
 11608716 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5293.000 0.000 NA   NA
 11751108 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5293.000 0.000 NA   NA
 11466354 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5321.000 0.000 NA   NA
 11608717 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5321.000 0.000 NA   NA
 11751109 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5321.000 0.000 NA   NA
 11466355 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5354.000 0.000 NA   NA
 11608718 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5354.000 0.000 NA   NA
 11751110 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5354.000 0.000 NA   NA
 11466356 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5382.000 0.000 NA   NA
 11608719 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5382.000 0.000 NA   NA
 11751111 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5382.000 0.000 NA   NA
 11466357 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5415.000 0.000 NA   NA
 11608720 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5415.000 0.000 NA   NA
 11751112 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5415.000 0.000 NA   NA
 11466358 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5443.000 0.000 NA   NA
 11608721 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5443.000 0.000 NA   NA
 11751113 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5443.000 0.000 NA   NA
 11466359 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5476.000 0.000 NA   NA
 11608722 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5476.000 0.000 NA   NA
 11751114 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5476.000 0.000 NA   NA
 11466360 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5504.000 0.000 NA   NA
 11608723 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5504.000 0.000 NA   NA
 11751115 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5504.000 0.000 NA   NA
 11466361 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5536.000 0.000 NA   NA
 11608724 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5536.000 0.000 NA   NA
 11751116 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5536.000 0.000 NA   NA
 11466362 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5564.000 0.000 NA   NA
 11608725 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5564.000 0.000 NA   NA
 11751117 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5564.000 0.000 NA   NA
 11466363 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5596.000 0.000 NA   NA
 11608726 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5596.000 0.000 NA   NA
 11751118 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5596.000 0.000 NA   NA
 11466364 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5624.000 0.000 NA   NA
 11608727 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5624.000 0.000 NA   NA
 11751119 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5624.000 0.000 NA   NA
 11466365 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5656.000 0.000 NA   NA
 11608728 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5656.000 0.000 NA   NA
 11751120 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5656.000 0.000 NA   NA
 11466366 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5684.000 0.000 NA   NA
 11608729 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5684.000 0.000 NA   NA
 11751121 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5684.000 0.000 NA   NA
 11466367 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5716.000 0.000 NA   NA
 11608730 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5716.000 0.000 NA   NA
 11751122 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5716.000 0.000 NA   NA
 11466368 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5744.000 0.000 NA   NA
 11608731 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5744.000 0.000 NA   NA
 11751123 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5744.000 0.000 NA   NA
 11466369 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5776.000 0.000 NA   NA
 11608732 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5776.000 0.000 NA   NA
 11751124 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5776.000 0.000 NA   NA
 11466370 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5804.000 0.000 NA   NA
 11608733 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5804.000 0.000 NA   NA
 11751125 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5804.000 0.000 NA   NA
 11466371 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5836.000 0.000 NA   NA
 11608734 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5836.000 0.000 NA   NA
 11751126 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5836.000 0.000 NA   NA
 11466372 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5864.000 0.000 NA   NA
 11608735 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5864.000 0.000 NA   NA
 11751127 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5864.000 0.000 NA   NA
 11466373 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5896.000 0.000 NA   NA
 11608736 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5896.000 0.000 NA   NA
 11751128 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5896.000 0.000 NA   NA
 11466374 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5924.000 0.000 NA   NA
 11608737 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5924.000 0.000 NA   NA
 11751129 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5924.000 0.000 NA   NA
 11466375 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5956.000 0.000 NA   NA
 11608738 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5956.000 0.000 NA   NA
 11751130 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5956.000 0.000 NA   NA
 11466376 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5984.000 0.000 NA   NA
 11608739 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5984.000 0.000 NA   NA
 11751131 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 5984.000 0.000 NA   NA
 11466377 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6016.000 0.000 NA   NA
 11608740 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6016.000 0.000 NA   NA
 11751132 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6016.000 0.000 NA   NA
 11466378 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6044.000 0.000 NA   NA
 11608741 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6044.000 0.000 NA   NA
 11751133 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6044.000 0.000 NA   NA
 11466379 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6076.000 0.000 NA   NA
 11608742 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6076.000 0.000 NA   NA
 11751134 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6076.000 0.000 NA   NA
 11466380 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6104.000 0.000 NA   NA
 11608743 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6104.000 0.000 NA   NA
 11751135 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6104.000 0.000 NA   NA
 11466381 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6137.000 0.000 NA   NA
 11608744 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6137.000 0.000 NA   NA
 11751136 3518334   YpsIP31758_1531     FALSE NA 6137.000 0.000 NA   NA
 3518338 3518339 YpsIP31758_1535 YpsIP31758_1536 cas1   TRUE 0.997 -3.000 0.707 NA   NA
 3518339 3518340 YpsIP31758_1536 YpsIP31758_1537     TRUE 0.847 156.000 0.528 NA   NA
 3518340 3518341 YpsIP31758_1537 YpsIP31758_1538     TRUE 0.998 -3.000 0.895 NA   NA
 3518341 3518342 YpsIP31758_1538 YpsIP31758_1539     TRUE 0.986 18.000 0.787 NA   NA
 3518342 3518343 YpsIP31758_1539 YpsIP31758_1540     TRUE 0.978 11.000 0.468 NA   NA
 3518344 3518345 YpsIP31758_1541 YpsIP31758_1542     TRUE 0.990 11.000 0.714 1.000   NA
 3518345 3518346 YpsIP31758_1542 YpsIP31758_1543     TRUE 0.877 47.000 0.286 1.000   NA
 3518352 3518353 YpsIP31758_1549 YpsIP31758_1550     FALSE 0.028 344.000 0.000 NA   NA
 3518353 3518354 YpsIP31758_1550 YpsIP31758_1551     FALSE 0.007 560.000 0.000 NA   NA
 3518355 3518356 YpsIP31758_1552 YpsIP31758_1553 mdoG mdoH TRUE 0.926 38.000 0.469 NA N NA
 3518356 3518357 YpsIP31758_1553 YpsIP31758_1554 mdoH   TRUE 0.761 33.000 0.135 NA   NA
 3518358 3518359 YpsIP31758_1555 YpsIP31758_1556   htrB1 FALSE 0.006 739.000 0.000 0.076 N NA
 3518359 3518360 YpsIP31758_1556 YpsIP31758_1557 htrB1   FALSE 0.006 583.000 0.000 NA   NA
 3518361 3518362 YpsIP31758_1558 YpsIP31758_1559     FALSE 0.126 187.000 0.000 NA   NA
 3518362 3518363 YpsIP31758_1559 YpsIP31758_1560     FALSE 0.370 44.000 0.000 NA   NA
 3518363 3518364 YpsIP31758_1560 YpsIP31758_1561     FALSE 0.160 149.000 0.033 NA   NA
 3518365 3518366 YpsIP31758_1562 YpsIP31758_1563     FALSE 0.120 344.000 0.143 NA   NA
 3518366 3518367 YpsIP31758_1563 YpsIP31758_1564   solA FALSE 0.031 267.000 0.000 1.000 N NA
 3518367 3518368 YpsIP31758_1564 YpsIP31758_1565 solA   FALSE 0.072 251.000 0.000 NA   NA
 3518368 3518369 YpsIP31758_1565 YpsIP31758_1566   dinI FALSE 0.009 506.000 0.000 NA   NA
 3518369 3518370 YpsIP31758_1566 YpsIP31758_1567 dinI pyrC FALSE 0.035 313.000 0.031 NA   NA
 3518375 3518376 YpsIP31758_1572 YpsIP31758_1573     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3518376 3518377 YpsIP31758_1573 YpsIP31758_1574   rpmF TRUE 0.983 13.000 0.599 NA   NA
 3518377 3518378 YpsIP31758_1574 YpsIP31758_1575 rpmF plsX TRUE 0.924 34.000 0.418 1.000 N NA
 3518378 3518379 YpsIP31758_1575 YpsIP31758_1576 plsX fabH TRUE 0.996 7.000 0.380 0.003 Y NA
 3518379 3518380 YpsIP31758_1576 YpsIP31758_1577 fabH fabD TRUE 0.967 38.000 0.182 0.003 Y NA
 3518380 3518381 YpsIP31758_1577 YpsIP31758_1578 fabD fabG TRUE 0.994 14.000 0.432 0.003 Y NA
 3518381 3518382 YpsIP31758_1578 YpsIP31758_1579 fabG acpP TRUE 0.941 154.000 0.321 0.003 Y NA
 3518382 3518383 YpsIP31758_1579 YpsIP31758_1580 acpP fabF TRUE 0.942 95.000 0.346 1.000 Y NA
 3518383 3518384 YpsIP31758_1580 YpsIP31758_1581 fabF pabC FALSE 0.171 362.000 0.187 0.026 N NA
 3518384 3518385 YpsIP31758_1581 YpsIP31758_1582 pabC   TRUE 0.635 117.000 0.204 NA   NA
 3518385 3518386 YpsIP31758_1582 YpsIP31758_1583   tmk TRUE 0.975 -10.000 0.209 NA   NA
 3518386 3518387 YpsIP31758_1583 YpsIP31758_1584 tmk holB TRUE 0.974 0.000 0.211 1.000 N NA
 3518387 3518388 YpsIP31758_1584 YpsIP31758_1585 holB   TRUE 0.957 15.000 0.110 NA Y NA
 3518388 3518389 YpsIP31758_1585 YpsIP31758_1586   ptsG FALSE 0.003 305.000 0.004 NA N NA
 3518389 3518390 YpsIP31758_1586 YpsIP31758_1587 ptsG   FALSE 0.010 381.000 0.000 1.000 N NA
 3518390 3518391 YpsIP31758_1587 YpsIP31758_1588   hinT FALSE 0.012 174.000 0.003 1.000 N NA
 3518391 3518392 YpsIP31758_1588 YpsIP31758_1589 hinT   TRUE 0.498 35.000 0.051 NA   NA
 3518392 3518393 YpsIP31758_1589 YpsIP31758_1590     TRUE 0.947 41.000 0.516 NA   NA
 3518393 3518394 YpsIP31758_1590 YpsIP31758_1591   thiK TRUE 0.982 -19.000 0.310 NA   NA
 3518394 3518395 YpsIP31758_1591 YpsIP31758_1592 thiK nagZ FALSE 0.325 71.000 0.069 1.000 N NA
 3518395 3518396 YpsIP31758_1592 YpsIP31758_1593 nagZ   FALSE 0.363 128.000 0.091 NA   NA
 3518396 3518397 YpsIP31758_1593 YpsIP31758_1594   ndh FALSE 0.034 374.000 0.057 NA   NA
 3518397 3518398 YpsIP31758_1594 YpsIP31758_1595 ndh   FALSE 0.008 526.000 0.000 NA   NA
 3518398 3518399 YpsIP31758_1595 YpsIP31758_1596     TRUE 0.697 8.000 0.000 NA   NA
 3518399 3518400 YpsIP31758_1596 YpsIP31758_1597     FALSE 0.038 311.000 0.000 NA   NA
 3518401 3518402 YpsIP31758_1598 YpsIP31758_1599 mfd   FALSE 0.187 118.000 0.000 NA   NA
 3518403 3518404 YpsIP31758_1600 YpsIP31758_1601 lolC lolD TRUE 0.976 -7.000 0.175 0.081 N NA
 3518404 3518405 YpsIP31758_1601 YpsIP31758_1602 lolD lolE TRUE 0.964 0.000 0.125 0.081 N NA
 3518405 3518406 YpsIP31758_1602 YpsIP31758_1603 lolE nagK TRUE 0.887 19.000 0.225 1.000 N NA
 3518406 3518407 YpsIP31758_1603 YpsIP31758_1604 nagK   TRUE 0.910 49.000 0.119 1.000 Y NA
 3518407 3518408 YpsIP31758_1604 YpsIP31758_1605   pepT2 FALSE 0.008 330.000 0.019 1.000 N NA
 3518409 3518410 YpsIP31758_1606 YpsIP31758_1607   phoQ TRUE 0.860 84.000 0.408 NA   NA
 3518410 3518411 YpsIP31758_1607 YpsIP31758_1608 phoQ phoP TRUE 0.999 6.000 0.940 1.000 Y NA
 3518411 3518412 YpsIP31758_1608 YpsIP31758_1609 phoP   FALSE 0.121 211.000 0.000 1.000   NA
 3518412 3518413 YpsIP31758_1609 YpsIP31758_1610   purB FALSE 0.090 179.000 0.002 1.000   NA
 3518413 3518414 YpsIP31758_1610 YpsIP31758_1611 purB   TRUE 0.536 61.000 0.093 NA   NA
 3518414 3518415 YpsIP31758_1611 YpsIP31758_1612   trmU TRUE 0.740 58.000 0.180 NA   NA
 3518415 3518416 YpsIP31758_1612 YpsIP31758_1613 trmU   FALSE 0.381 187.000 0.158 1.000 N NA
 3518416 3518417 YpsIP31758_1613 YpsIP31758_1614   rluE TRUE 0.968 -7.000 0.182 1.000 N NA
 3518419 3518420 YpsIP31758_1616 YpsIP31758_1617     FALSE 0.065 260.000 0.000 NA   NA
 3518420 3518421 YpsIP31758_1617 YpsIP31758_1618     TRUE 0.472 120.000 0.125 NA   NA
 3518421 3518422 YpsIP31758_1618 YpsIP31758_1619     FALSE 0.002 920.000 0.000 1.000 N NA
 3518423 3518424 YpsIP31758_1620 YpsIP31758_1621     FALSE 0.310 58.000 0.000 NA   NA
 3518424 3518425 YpsIP31758_1621 YpsIP31758_1622   appA FALSE 0.039 307.000 0.000 NA   NA
 3518426 3518427 YpsIP31758_1623 YpsIP31758_1624     FALSE 0.041 303.000 0.000 NA   NA
 3518427 3518428 YpsIP31758_1624 YpsIP31758_1625     FALSE 0.265 92.000 0.045 NA   NA
 3518428 3518429 YpsIP31758_1625 YpsIP31758_1626     FALSE 0.062 263.000 0.000 NA   NA
 3518429 3518430 YpsIP31758_1626 YpsIP31758_1627     FALSE 0.240 82.000 0.000 NA   NA
 3518430 3518431 YpsIP31758_1627 YpsIP31758_1628     FALSE 0.051 284.000 0.000 NA   NA
 3518431 3518432 YpsIP31758_1628 YpsIP31758_1629   lacZ FALSE 0.008 408.000 0.000 1.000 N NA
 10161674 3518433 YpsIP31758_5000 YpsIP31758_1630   dsrB FALSE 0.261 215.000 0.105 NA   NA
 3518435 3518436 YpsIP31758_1632 YpsIP31758_1633   mgtA FALSE 0.032 405.000 0.065 NA   NA
 3518436 3518437 YpsIP31758_1633 YpsIP31758_1634 mgtA flhD FALSE 0.004 1188.000 0.000 1.000   NA
 3518437 3518438 YpsIP31758_1634 YpsIP31758_1635 flhD flhC TRUE 0.985 4.000 0.250 0.001   NA
 3518438 3518439 YpsIP31758_1635 YpsIP31758_1636 flhC motA1 TRUE 0.722 205.000 0.408 1.000   NA
 3518439 3518440 YpsIP31758_1636 YpsIP31758_1637 motA1 motB1 TRUE 0.998 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 3518440 3518441 YpsIP31758_1637 YpsIP31758_1638 motB1 cheA TRUE 0.998 11.000 0.913 1.000 Y NA
 3518441 3518442 YpsIP31758_1638 YpsIP31758_1639 cheA cheW TRUE 0.957 163.000 0.447 0.003 Y NA
 3518442 3518443 YpsIP31758_1639 YpsIP31758_1640 cheW   FALSE 0.006 620.000 0.000 NA   NA
 3518443 3518444 YpsIP31758_1640 YpsIP31758_1641     FALSE 0.265 69.000 0.000 NA   NA
 3518444 3518445 YpsIP31758_1641 YpsIP31758_1642   tar FALSE 0.080 241.000 0.000 NA   NA
 3518445 3518446 YpsIP31758_1642 YpsIP31758_1643 tar   TRUE 0.949 184.000 0.429 0.002 Y NA
 3518446 3518447 YpsIP31758_1643 YpsIP31758_1644   cheR TRUE 0.748 227.000 0.188 1.000 Y NA
 3518447 3518448 YpsIP31758_1644 YpsIP31758_1645 cheR cheB TRUE 0.989 0.000 0.087 1.000 Y NA
 3518448 3518449 YpsIP31758_1645 YpsIP31758_1646 cheB cheY TRUE 0.946 101.000 0.286 0.011 Y NA
 3518449 3518450 YpsIP31758_1646 YpsIP31758_1647 cheY cheZ TRUE 0.992 10.000 0.333 1.000 Y NA
 3518452 3518453 YpsIP31758_1649 YpsIP31758_1650     FALSE 0.012 357.000 0.000 1.000 N NA
 3518453 3518454 YpsIP31758_1650 YpsIP31758_1651     FALSE 0.203 100.000 0.000 NA   NA
 3518455 3518456 YpsIP31758_1652 YpsIP31758_1653 alr1   FALSE 0.018 392.000 0.000 NA   NA
 3518457 3518458 YpsIP31758_1654 YpsIP31758_1656     FALSE 0.018 393.000 0.000 NA   NA
 3518460 3518461 YpsIP31758_1657 YpsIP31758_1658     FALSE 0.062 263.000 0.000 NA   NA
 3518461 3518462 YpsIP31758_1658 YpsIP31758_1659     FALSE 0.026 352.000 0.000 NA   NA
 3518463 3518464 YpsIP31758_1660 YpsIP31758_1661     FALSE 0.108 208.000 0.000 NA   NA
 3518466 3518467 YpsIP31758_1663 YpsIP31758_1664     TRUE 0.990 70.000 0.879 NA Y NA
 3518467 3518468 YpsIP31758_1664 YpsIP31758_1665     TRUE 0.862 31.000 0.219 NA   NA
 3518468 3518469 YpsIP31758_1665 YpsIP31758_1666     TRUE 0.997 -6.000 0.714 NA   NA
 3518469 3518470 YpsIP31758_1666 YpsIP31758_1667     TRUE 0.801 45.000 0.192 NA   NA
 3518470 3518471 YpsIP31758_1667 YpsIP31758_1668     FALSE 0.010 481.000 0.000 NA   NA
 3518471 3518472 YpsIP31758_1668 YpsIP31758_1669     TRUE 0.996 -31.000 0.840 NA   NA
 3518473 3518474 YpsIP31758_1670 YpsIP31758_1671   proQ TRUE 0.785 96.000 0.081 NA Y NA
 3518474 3518475 YpsIP31758_1671 YpsIP31758_1672 proQ prc TRUE 0.916 20.000 0.304 NA N NA
 3518475 3518476 YpsIP31758_1672 YpsIP31758_1673 prc   FALSE 0.090 143.000 0.000 1.000 N NA
 3518476 3518477 YpsIP31758_1673 YpsIP31758_1674     FALSE 0.004 532.000 0.000 1.000 N NA
 3518477 3518478 YpsIP31758_1674 YpsIP31758_1675     FALSE 0.002 658.000 0.000 1.000 N NA
 3518478 3518479 YpsIP31758_1675 YpsIP31758_1676     TRUE 0.972 161.000 0.750 1.000 Y NA
 3518479 3518480 YpsIP31758_1676 YpsIP31758_1677     TRUE 0.985 82.000 0.750 1.000 Y NA
 3518480 3518481 YpsIP31758_1677 YpsIP31758_1678     TRUE 0.994 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 3518481 3518482 YpsIP31758_1678 YpsIP31758_1679     TRUE 0.994 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 3518483 3518484 YpsIP31758_1680 YpsIP31758_1681     FALSE 0.160 150.000 0.000 NA   NA
 3518485 3518486 YpsIP31758_1682 YpsIP31758_1683 ogl   FALSE 0.136 187.000 0.059 1.000 N NA
 3518486 3518487 YpsIP31758_1683 YpsIP31758_1684     FALSE 0.010 386.000 0.000 1.000 N NA
 3518488 3518489 YpsIP31758_1685 YpsIP31758_1686     FALSE 0.275 204.000 0.102 NA   NA
 3518489 3518490 YpsIP31758_1686 YpsIP31758_1687   kdgM2 FALSE 0.009 498.000 0.000 NA   NA
 3518490 3518491 YpsIP31758_1687 YpsIP31758_1688 kdgM2 togB FALSE 0.099 298.000 0.000 0.064   NA
 3518491 3518492 YpsIP31758_1688 YpsIP31758_1689 togB togA TRUE 0.966 16.000 0.101 0.064 Y NA
 3518492 3518493 YpsIP31758_1689 YpsIP31758_1690 togA togN TRUE 0.976 14.000 0.131 0.064 Y NA
 3518493 3518494 YpsIP31758_1690 YpsIP31758_1691 togN togM TRUE 1.000 -7.000 0.917 0.064 Y NA
 3518494 3518495 YpsIP31758_1691 YpsIP31758_1692 togM   TRUE 0.841 41.000 0.217 1.000   NA
 3518495 3518496 YpsIP31758_1692 YpsIP31758_1693   kduD1 FALSE 0.032 345.000 0.000 1.000   NA
 3518496 3518497 YpsIP31758_1693 YpsIP31758_1694 kduD1 kduI TRUE 0.614 92.000 0.192 1.000 N NA
 3518499 3518500 YpsIP31758_1695 YpsIP31758_1697     FALSE 0.141 169.000 0.000 NA   NA
 3518502 3518503 YpsIP31758_1698 YpsIP31758_1700     FALSE 0.441 29.000 0.000 NA   NA
 3518503 3518504 YpsIP31758_1700 YpsIP31758_1701     FALSE 0.471 25.000 0.000 NA   NA
 3518504 3518505 YpsIP31758_1701 YpsIP31758_1702   yfeD FALSE 0.268 68.000 0.000 NA   NA
 3518505 3518506 YpsIP31758_1702 YpsIP31758_1703 yfeD yfeC TRUE 0.999 -3.000 0.525 0.006 Y NA
 3518506 3518507 YpsIP31758_1703 YpsIP31758_1704 yfeC yfeB TRUE 1.000 0.000 0.857 0.094 Y NA
 3518507 3518508 YpsIP31758_1704 YpsIP31758_1705 yfeB yfeA TRUE 0.999 -3.000 0.894 1.000 Y NA
 3518511 3518512 YpsIP31758_1708 YpsIP31758_1709     TRUE 0.787 -42.000 0.000 NA   NA
 3518512 3518513 YpsIP31758_1709 YpsIP31758_1710     FALSE 0.037 313.000 0.000 NA   NA
 3518515 3518516 YpsIP31758_1712 YpsIP31758_1713 thrS infC TRUE 0.990 4.000 0.186 1.000 Y NA
 3518516 3518517 YpsIP31758_1713 YpsIP31758_1714 infC rpmI TRUE 0.976 97.000 0.652 1.000 Y NA
 3518517 3518518 YpsIP31758_1714 YpsIP31758_1715 rpmI rplT TRUE 0.996 38.000 0.928 0.012 Y NA
 3518518 3518519 YpsIP31758_1715 YpsIP31758_1716 rplT pheS FALSE 0.224 499.000 0.202 1.000 Y NA
 3518519 3518520 YpsIP31758_1716 YpsIP31758_1717 pheS pheT TRUE 0.997 14.000 0.574 0.001 Y NA
 3518520 3518521 YpsIP31758_1717 YpsIP31758_1718 pheT ihfA TRUE 0.948 5.000 0.208 1.000 N NA
 3518521 3518522 YpsIP31758_1718 YpsIP31758_1719 ihfA   FALSE 0.031 334.000 0.000 NA   NA
 3518522 3518523 YpsIP31758_1719 YpsIP31758_1720   btuC FALSE 0.111 227.000 0.044 NA   NA
 3518523 3518524 YpsIP31758_1720 YpsIP31758_1721 btuC btuE FALSE 0.387 70.000 0.084 1.000 N NA
 3518524 3518525 YpsIP31758_1721 YpsIP31758_1722 btuE btuD FALSE 0.334 25.000 0.036 1.000 N NA
 3518525 3518526 YpsIP31758_1722 YpsIP31758_1723 btuD arnB FALSE 0.082 350.000 0.129 1.000 N NA
 3518526 3518527 YpsIP31758_1723 YpsIP31758_1724 arnB   TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3518527 3518528 YpsIP31758_1724 YpsIP31758_1725     TRUE 0.781 -769.000 0.000 NA   NA
 3518528 3518529 YpsIP31758_1725 YpsIP31758_1727   arnA FALSE 0.035 257.000 0.000 1.000 N NA
 3518529 3518530 YpsIP31758_1727 YpsIP31758_1728 arnA   TRUE 0.998 -3.000 0.447 1.000 Y NA
 3518530 3518531 YpsIP31758_1728 YpsIP31758_1729   arnT TRUE 0.887 -3.000 0.061 1.000 N NA
 3518531 3518532 YpsIP31758_1729 YpsIP31758_1730 arnT   TRUE 0.985 -3.000 0.227 1.000   NA
 3518532 3518533 YpsIP31758_1730 YpsIP31758_1731     TRUE 0.996 -3.000 0.613 NA   NA
 3518533 3518534 YpsIP31758_1731 YpsIP31758_1732     FALSE 0.233 280.000 0.161 NA   NA
 3518534 3518535 YpsIP31758_1732 YpsIP31758_1733     FALSE 0.274 125.000 0.091 NA N NA
 3518535 3518536 YpsIP31758_1733 YpsIP31758_1734     FALSE 0.179 64.000 0.006 NA   NA
 3518537 3518538 YpsIP31758_1735 YpsIP31758_1736 aroH   TRUE 0.518 157.000 0.165 1.000   NA
 3518540 3518541 YpsIP31758_4312 YpsIP31758_1738 rprA   FALSE 0.061 265.000 0.000 NA   NA
 3518542 3518543 YpsIP31758_1739 YpsIP31758_1740   ydiI FALSE 0.359 154.000 0.129 NA N NA
 3518543 3518544 YpsIP31758_1740 YpsIP31758_1741 ydiI sufA FALSE 0.006 616.000 0.000 NA   NA
 3518544 3518545 YpsIP31758_1741 YpsIP31758_1742 sufA sufB TRUE 0.610 15.000 0.041 NA   NA
 3518545 3518546 YpsIP31758_1742 YpsIP31758_1743 sufB sufC TRUE 0.929 185.000 0.466 1.000 Y NA
 3518546 3518547 YpsIP31758_1743 YpsIP31758_1744 sufC sufD TRUE 0.997 -25.000 0.482 1.000 Y NA
 3518547 3518548 YpsIP31758_1744 YpsIP31758_1745 sufD sufS TRUE 0.975 -3.000 0.193 1.000 N NA
 3518548 3518549 YpsIP31758_1745 YpsIP31758_1746 sufS sufE TRUE 0.657 89.000 0.183 NA   NA
 3518549 3518550 YpsIP31758_1746 YpsIP31758_1747 sufE   FALSE 0.157 271.000 0.103 NA   NA
 3518551 3518552 YpsIP31758_1748 YpsIP31758_1749 lpp pykF FALSE 0.017 321.000 0.000 1.000 N NA
 3518552 3518553 YpsIP31758_1749 YpsIP31758_4228 pykF   FALSE 0.006 574.000 0.000 NA   NA
 3518553 3518554 YpsIP31758_4228 YpsIP31758_4229     FALSE 0.161 149.000 0.000 NA   NA
 3518554 3518555 YpsIP31758_4229 YpsIP31758_4230     FALSE 0.310 58.000 0.000 NA   NA
 3518555 3518556 YpsIP31758_4230 YpsIP31758_1750   mdtK FALSE 0.079 242.000 0.000 NA   NA
 3518558 3518559 YpsIP31758_1752 YpsIP31758_1753 cfa   FALSE 0.005 480.000 0.000 1.000 N NA
 3518561 3518562 YpsIP31758_1755 YpsIP31758_1756   sodB FALSE 0.004 527.000 0.000 1.000 N NA
 3518562 3518563 YpsIP31758_1756 YpsIP31758_1757 sodB   FALSE 0.002 361.000 0.015 NA N NA
 3518565 3518566 YpsIP31758_1759 YpsIP31758_1760 rnt gloA FALSE 0.452 112.000 0.136 1.000 N NA
 3518566 3518567 YpsIP31758_1760 YpsIP31758_1761 gloA   FALSE 0.013 439.000 0.000 NA   NA
 3518567 3518568 YpsIP31758_1761 YpsIP31758_1762     FALSE 0.125 188.000 0.000 NA   NA
 3518568 3518569 YpsIP31758_1762 YpsIP31758_1763     TRUE 0.806 88.000 0.362 1.000 N NA
 3518569 3518570 YpsIP31758_1763 YpsIP31758_1764     FALSE 0.272 243.000 0.128 1.000   NA
 3518571 3518572 YpsIP31758_1765 YpsIP31758_1766     FALSE 0.210 132.000 0.045 NA   NA
 3518572 3518573 YpsIP31758_1766 YpsIP31758_1767   slyA FALSE 0.004 798.000 0.000 1.000   NA
 3518574 3518575 YpsIP31758_1768 YpsIP31758_1769   pcp2 FALSE 0.073 177.000 0.000 1.000 N NA
 3518576 3518577 YpsIP31758_1770 YpsIP31758_1771 anmK   FALSE 0.329 55.000 0.034 NA   NA
 3518577 3518578 YpsIP31758_1771 YpsIP31758_1772   pdxH FALSE 0.222 91.000 0.034 NA   NA
 3518578 3518579 YpsIP31758_1772 YpsIP31758_1773 pdxH tyrS FALSE 0.125 182.000 0.054 1.000 N NA
 3518579 3518580 YpsIP31758_1773 YpsIP31758_1774 tyrS   FALSE 0.109 155.000 0.041 1.000 N NA
 3518581 3518582 YpsIP31758_1775 YpsIP31758_1776     FALSE 0.128 245.000 0.062 NA   NA
 3518582 3518583 YpsIP31758_1776 YpsIP31758_1777     FALSE 0.075 246.000 0.000 NA   NA
 3518583 3518584 YpsIP31758_1777 YpsIP31758_1778     FALSE 0.068 256.000 0.000 NA   NA
 3518584 3518585 YpsIP31758_1778 YpsIP31758_1779     FALSE 0.005 646.000 0.000 NA   NA
 3518585 3518586 YpsIP31758_1779 YpsIP31758_1780   sapF FALSE 0.018 390.000 0.000 NA   NA
 3518586 3518587 YpsIP31758_1780 YpsIP31758_1781 sapF sapD TRUE 0.999 0.000 0.684 0.024 Y NA
 3518587 3518588 YpsIP31758_1781 YpsIP31758_1782 sapD sapC TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 3518588 3518589 YpsIP31758_1782 YpsIP31758_1783 sapC sapB TRUE 0.997 -13.000 0.284 0.063 Y NA
 3518589 3518590 YpsIP31758_1783 YpsIP31758_1784 sapB sapA TRUE 0.989 -3.000 0.264 0.063 N NA
 3518593 3518594 YpsIP31758_1786 YpsIP31758_1787 pspA pspB TRUE 0.905 162.000 0.739 NA   NA
 3518594 3518595 YpsIP31758_1787 YpsIP31758_1788 pspB pspC TRUE 0.998 0.000 0.913 NA   NA
 3518595 3518596 YpsIP31758_1788 YpsIP31758_1789 pspC pspD TRUE 0.632 85.000 0.167 NA   NA
 3518596 3518597 YpsIP31758_1789 YpsIP31758_1790 pspD   TRUE 0.859 -19.000 0.052 NA   NA
 3518597 3518598 YpsIP31758_1790 YpsIP31758_1791     TRUE 0.998 -3.000 0.791 NA   NA
 3518599 3518600 YpsIP31758_1792 YpsIP31758_1793     TRUE 0.893 62.000 0.412 NA   NA
 3518605 3518606 YpsIP31758_1798 YpsIP31758_1799 mppA zntB FALSE 0.021 243.000 0.019 1.000 N NA
 3518607 3518608 YpsIP31758_1800 YpsIP31758_1801     FALSE 0.019 312.000 0.000 1.000 N NA
 3518608 3518609 YpsIP31758_1801 YpsIP31758_1802     FALSE 0.021 271.000 0.000 NA N NA
 3518609 3518610 YpsIP31758_1802 YpsIP31758_1803     FALSE 0.018 285.000 0.000 NA N NA
 3518614 3518615 YpsIP31758_1807 YpsIP31758_1808 hslJ ldhA FALSE 0.073 70.000 0.024 NA N NA
 3518616 3518617 YpsIP31758_1809 YpsIP31758_1810     TRUE 0.918 -3.000 0.057 NA   NA
 3518617 3518618 YpsIP31758_1810 YpsIP31758_1811     TRUE 0.991 10.000 0.726 NA   NA
 3518622 3518623 YpsIP31758_1815 YpsIP31758_1816 hrpA   FALSE 0.045 297.000 0.000 NA   NA
 3518623 3518624 YpsIP31758_1816 YpsIP31758_1817     TRUE 0.939 -3.000 0.077 NA   NA
 3518625 3518626 YpsIP31758_1818 YpsIP31758_1819   asr FALSE 0.031 334.000 0.000 NA   NA
 3518627 3518628 YpsIP31758_1820 YpsIP31758_1821     TRUE 0.976 26.000 0.676 NA   NA
 3518628 3518629 YpsIP31758_1821 YpsIP31758_1822     FALSE 0.007 564.000 0.000 NA   NA
 3518630 3518631 YpsIP31758_1823 YpsIP31758_1824     FALSE 0.002 839.000 0.000 1.000 N NA
 3518631 3518632 YpsIP31758_1824 YpsIP31758_1825   rstB TRUE 0.748 94.000 0.300 1.000 N NA
 3518632 3518633 YpsIP31758_1825 YpsIP31758_1826 rstB rstA TRUE 0.994 0.000 0.181 1.000 Y NA
 3518635 3518636 YpsIP31758_1828 YpsIP31758_1829     FALSE 0.227 270.000 0.143 NA   NA
 3518637 3518638 YpsIP31758_1830 YpsIP31758_1831 pntA pntB TRUE 0.991 73.000 0.745 0.001 Y NA
 3518639 3518640 YpsIP31758_1832 YpsIP31758_1833 uspE fnr TRUE 0.967 135.000 0.619 1.000 Y NA
 3518640 3518641 YpsIP31758_1833 YpsIP31758_1834 fnr ogt FALSE 0.170 73.000 0.038 1.000 N NA
 3518642 3518643 YpsIP31758_1835 YpsIP31758_1836     FALSE 0.007 547.000 0.000 NA   NA
 3518643 3518644 YpsIP31758_1836 YpsIP31758_1837     FALSE 0.163 146.000 0.033 NA   NA
 3518645 3518646 YpsIP31758_1838 YpsIP31758_1839   ilvB2 TRUE 0.997 2.000 0.649 0.002   NA
 3518646 3518647 YpsIP31758_1839 YpsIP31758_1840 ilvB2 ivbL TRUE 0.661 110.000 0.216 NA   NA
 3518649 3518650 YpsIP31758_1842 YpsIP31758_1843     TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 3518650 3518651 YpsIP31758_1843 YpsIP31758_1844     TRUE 0.907 5.000 0.111 NA   NA
 3518652 3518653 YpsIP31758_1845 YpsIP31758_1846   amn FALSE 0.198 105.000 0.000 NA   NA
 3518654 3518655 YpsIP31758_1847 YpsIP31758_1848     TRUE 0.996 10.000 0.520 1.000 Y NA
 3518655 3518656 YpsIP31758_1848 YpsIP31758_1849     TRUE 0.998 4.000 0.520 0.063 Y NA
 3518657 3518658 YpsIP31758_1850 YpsIP31758_1851   rbsA3 TRUE 0.998 -3.000 0.786 NA   NA
 3518658 3518659 YpsIP31758_1851 YpsIP31758_1852 rbsA3 rbsC3 TRUE 0.998 27.000 1.000 0.010 Y NA
 3518659 3518660 YpsIP31758_1852 YpsIP31758_1853 rbsC3 rbsB3 TRUE 0.973 199.000 0.727 0.010 Y NA
 3518660 3518661 YpsIP31758_1853 YpsIP31758_1854 rbsB3   FALSE 0.164 144.000 0.000 NA   NA
 3518661 3518662 YpsIP31758_1854 YpsIP31758_1855     FALSE 0.285 64.000 0.000 NA   NA
 3518662 3518663 YpsIP31758_1855 YpsIP31758_1856   nhaC TRUE 0.749 145.000 0.385 1.000 N NA
 3518663 3518664 YpsIP31758_1856 YpsIP31758_1857 nhaC   TRUE 0.925 -13.000 0.115 1.000 N NA
 3518664 3518665 YpsIP31758_1857 YpsIP31758_1858   ypmA FALSE 0.004 711.000 0.000 NA   NA
 3518667 3518668 YpsIP31758_1860 YpsIP31758_1861     FALSE 0.159 151.000 0.000 NA   NA
 3518670 3518671 YpsIP31758_1863 YpsIP31758_1864     FALSE 0.216 114.000 0.000 1.000   NA
 3518671 3518672 YpsIP31758_1864 YpsIP31758_1865     FALSE 0.085 227.000 0.029 NA   NA
 3518672 3518673 YpsIP31758_1865 YpsIP31758_1866     TRUE 0.755 214.000 0.500 NA   NA
 3518673 3518674 YpsIP31758_1866 YpsIP31758_1867     FALSE 0.181 182.000 0.053 NA   NA
 3518675 3518676 YpsIP31758_1868 YpsIP31758_1869 bioD1 mlc TRUE 0.657 224.000 0.455 NA N NA
 3518676 3518677 YpsIP31758_1869 YpsIP31758_1870 mlc   TRUE 0.916 179.000 0.408 NA Y NA
 3518678 3518679 YpsIP31758_1871 YpsIP31758_1872   tus FALSE 0.096 206.000 0.018 1.000   NA
 3518681 3518682 YpsIP31758_1874 YpsIP31758_1875 manA   TRUE 0.843 240.000 0.778 NA   NA
 3518682 3518683 YpsIP31758_1875 YpsIP31758_1876     FALSE 0.029 341.000 0.000 NA   NA
 3518685 3518686 YpsIP31758_1878 YpsIP31758_1879 add   FALSE 0.329 54.000 0.000 NA   NA
 3518687 3518688 YpsIP31758_1880 YpsIP31758_1881     FALSE 0.121 194.000 0.000 NA   NA
 3518688 3518689 YpsIP31758_1881 YpsIP31758_1882   araC TRUE 0.719 128.000 0.276 1.000   NA
 3518689 3518690 YpsIP31758_1882 YpsIP31758_1883 araC araH FALSE 0.344 235.000 0.196 1.000 N NA
 3518690 3518691 YpsIP31758_1883 YpsIP31758_1884 araH araG TRUE 0.993 18.000 0.451 0.010 Y NA
 3518691 3518692 YpsIP31758_1884 YpsIP31758_1885 araG araF TRUE 0.991 98.000 0.917 0.010 Y NA
 3518693 3518694 YpsIP31758_1886 YpsIP31758_1887 araB araA FALSE 0.189 84.000 0.046 1.000 N NA
 3518694 3518695 YpsIP31758_1887 YpsIP31758_1888 araA   TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3518696 3518697 YpsIP31758_1889 YpsIP31758_1890     TRUE 0.997 2.000 0.255 0.008 Y NA
 3518697 3518698 YpsIP31758_1890 YpsIP31758_1891     TRUE 0.959 45.000 0.170 0.008 Y NA
 3518699 3518700 YpsIP31758_1892 YpsIP31758_1893     FALSE 0.198 105.000 0.000 NA   NA
 3518700 3518701 YpsIP31758_1893 YpsIP31758_1894     TRUE 0.512 128.000 0.148 NA   NA
 3518701 3518702 YpsIP31758_1894 YpsIP31758_1895     TRUE 0.999 0.000 0.564 0.037 Y NA
 3518702 3518703 YpsIP31758_1895 YpsIP31758_1896     TRUE 0.999 -7.000 0.537 0.011 Y NA
 3518705 3518706 YpsIP31758_1898 YpsIP31758_1899     TRUE 0.999 10.000 0.924 0.037 Y NA
 3518706 3518707 YpsIP31758_1899 YpsIP31758_1900     TRUE 1.000 -3.000 0.908 0.037 Y NA
 3518707 3518708 YpsIP31758_1900 YpsIP31758_1901   nth TRUE 0.944 -3.000 0.109 1.000 N NA
 3518709 3518710 YpsIP31758_1902 YpsIP31758_1903     TRUE 0.915 38.000 0.103 1.000 Y NA
 3518711 3518712 YpsIP31758_1904 YpsIP31758_1905 rnb   FALSE 0.013 350.000 0.000 1.000 N NA
 3518712 3518713 YpsIP31758_1905 YpsIP31758_1907     TRUE 0.965 -7.000 0.143 NA   NA
 3518714 3518715 YpsIP31758_1906 YpsIP31758_1908     TRUE 0.706 7.000 0.000 NA   NA
 3518719 3518720 YpsIP31758_1912 YpsIP31758_1913   pyrF TRUE 0.811 0.000 0.045 1.000 N NA
 3518722 3518723 YpsIP31758_1915 YpsIP31758_1916     TRUE 0.989 7.000 0.576 1.000   NA
 3518723 3518724 YpsIP31758_1916 YpsIP31758_1917     FALSE 0.434 181.000 0.143 1.000   NA
 3518724 3518725 YpsIP31758_1917 YpsIP31758_1918     FALSE 0.173 131.000 0.000 NA   NA
 3518727 3518728 YpsIP31758_1920 YpsIP31758_1921 acnA   FALSE 0.023 364.000 0.000 NA   NA
 3518728 3518729 YpsIP31758_1921 YpsIP31758_1922   cysB FALSE 0.030 337.000 0.000 NA   NA
 3518729 3518730 YpsIP31758_1922 YpsIP31758_1923 cysB topA FALSE 0.002 397.000 0.008 1.000 N NA
 3518733 3518734 YpsIP31758_1926 YpsIP31758_1927   cobO TRUE 0.498 17.000 0.050 1.000 N NA
 3518735 3518736 YpsIP31758_1928 YpsIP31758_1929 rluB   FALSE 0.183 408.000 0.075 NA Y NA
 3518736 3518737 YpsIP31758_1929 YpsIP31758_1930     TRUE 0.931 17.000 0.281 NA   NA
 3518738 3518739 YpsIP31758_1931 YpsIP31758_1932 trpL trpE FALSE 0.160 116.000 0.023 NA   NA
 3518739 3518740 YpsIP31758_1932 YpsIP31758_1933 trpE trpG TRUE 0.999 0.000 0.703 0.001 Y NA
 3518740 3518741 YpsIP31758_1933 YpsIP31758_1934 trpG trpD TRUE 0.961 12.000 0.083 1.000 Y NA
 3518741 3518742 YpsIP31758_1934 YpsIP31758_1935 trpD trpC TRUE 0.994 4.000 0.293 1.000 Y NA
 3518742 3518743 YpsIP31758_1935 YpsIP31758_1936 trpC trpB TRUE 0.924 135.000 0.221 0.001 Y NA
 3518743 3518744 YpsIP31758_1936 YpsIP31758_1937 trpB trpA TRUE 1.000 0.000 0.947 0.001 Y NA
 3518744 3518745 YpsIP31758_1937 YpsIP31758_1938 trpA   TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3518745 3518746 YpsIP31758_1938 YpsIP31758_1939     FALSE 0.132 180.000 0.000 NA   NA
 3518747 3518748 YpsIP31758_1940 YpsIP31758_1941     FALSE 0.195 109.000 0.000 NA   NA
 3518751 3518752 YpsIP31758_1944 YpsIP31758_1945 ispZ   TRUE 0.575 80.000 0.167 NA N NA
 3518754 3518755 YpsIP31758_1947 YpsIP31758_1948     FALSE 0.082 238.000 0.000 NA   NA
 3518756 3518757 YpsIP31758_1949 YpsIP31758_1950     FALSE 0.188 117.000 0.000 NA   NA
 3518757 3518758 YpsIP31758_1950 YpsIP31758_1951     TRUE 0.799 -25.000 0.000 NA   NA
 3518758 3518759 YpsIP31758_1951 YpsIP31758_1952     FALSE 0.014 429.000 0.000 NA   NA
 3518760 3518761 YpsIP31758_1953 YpsIP31758_1954 cls   TRUE 0.602 165.000 0.231 NA   NA
 3518762 3518763 YpsIP31758_1955 YpsIP31758_1956   oppF FALSE 0.006 571.000 0.000 NA   NA
 3518763 3518764 YpsIP31758_1956 YpsIP31758_1957 oppF oppD TRUE 0.999 -3.000 0.420 0.001 Y NA
 3518764 3518765 YpsIP31758_1957 YpsIP31758_1958 oppD oppC TRUE 0.995 12.000 0.554 1.000 Y NA
 3518765 3518766 YpsIP31758_1958 YpsIP31758_1959 oppC oppB TRUE 0.998 19.000 0.870 0.062 Y NA
 3518766 3518767 YpsIP31758_1959 YpsIP31758_1960 oppB oppA TRUE 0.906 87.000 0.151 0.062 Y NA
 3518772 3518773 YpsIP31758_1965 YpsIP31758_1966   hns FALSE 0.068 256.000 0.000 NA   NA
 3518773 3518774 YpsIP31758_1966 YpsIP31758_1967 hns   FALSE 0.317 155.000 0.000 0.049   NA
 3518775 3518776 YpsIP31758_1968 YpsIP31758_1969     FALSE 0.020 307.000 0.000 1.000 N NA
 3518777 3518778 YpsIP31758_1970 YpsIP31758_1971   purU TRUE 0.692 84.000 0.200 NA   NA
 3518778 3518779 YpsIP31758_1971 YpsIP31758_4231 purU   FALSE 0.163 147.000 0.000 NA   NA
 3518779 3518780 YpsIP31758_4231 YpsIP31758_4232     FALSE 0.285 64.000 0.000 NA   NA
 3518781 3518782 YpsIP31758_1974 YpsIP31758_1975     FALSE 0.021 372.000 0.000 NA   NA
 3518783 3518784 YpsIP31758_1976 YpsIP31758_1977 xth nudG FALSE 0.211 98.000 0.056 1.000 N NA
 3518785 3518786 YpsIP31758_1978 YpsIP31758_1979   topB TRUE 0.963 -3.000 0.123 NA   NA
 3518786 3518787 YpsIP31758_1979 YpsIP31758_1980 topB selD FALSE 0.214 62.000 0.041 1.000 N NA
 3518787 3518788 YpsIP31758_1980 YpsIP31758_1981 selD   FALSE 0.048 225.000 0.033 1.000 N NA
 3518789 3518790 YpsIP31758_1982 YpsIP31758_1983 sppA ansA FALSE 0.372 117.000 0.113 1.000 N NA
 3518790 3518791 YpsIP31758_1983 YpsIP31758_1984 ansA pncA FALSE 0.453 15.000 0.040 1.000 N NA
 3518792 3518793 YpsIP31758_1985 YpsIP31758_1986   msrB TRUE 0.740 71.000 0.216 NA   NA
 3518798 3518799 YpsIP31758_1991 YpsIP31758_1992     TRUE 0.902 150.000 0.683 NA   NA
 3518799 3518800 YpsIP31758_1992 YpsIP31758_1993     FALSE 0.122 108.000 0.007 NA   NA
 3518802 3518803 YpsIP31758_1995 YpsIP31758_1996     FALSE 0.061 265.000 0.000 NA   NA
 3518807 3518808 YpsIP31758_2000 YpsIP31758_2001 nhaB dsbB TRUE 0.826 221.000 0.723 1.000 N NA
 3518810 3518811 YpsIP31758_2003 YpsIP31758_2004     FALSE 0.461 17.000 0.019 NA   NA
 3518811 3518812 YpsIP31758_2004 YpsIP31758_2005     TRUE 0.709 4.000 0.019 NA   NA
 3518813 3518814 YpsIP31758_2006 YpsIP31758_2007     FALSE 0.393 103.000 0.088 NA   NA
 3518814 3518815 YpsIP31758_2007 YpsIP31758_2008     FALSE 0.175 71.000 0.046 NA N NA
 3518815 3518816 YpsIP31758_2008 YpsIP31758_2009     TRUE 0.772 138.000 0.363 NA   NA
 3518817 3518818 YpsIP31758_2010 YpsIP31758_2011 minC minD TRUE 0.988 25.000 0.466 1.000 Y NA
 3518818 3518819 YpsIP31758_2011 YpsIP31758_2012 minD minE TRUE 0.998 4.000 0.618 NA Y NA
 3518820 3518821 YpsIP31758_2013 YpsIP31758_2014 rnd fadD FALSE 0.317 160.000 0.115 1.000 N NA
 3518821 3518822 YpsIP31758_2014 YpsIP31758_2015 fadD   FALSE 0.024 643.000 0.169 1.000 N NA
 3518822 3518823 YpsIP31758_2015 YpsIP31758_2016     FALSE 0.061 155.000 0.024 1.000 N NA
 3518823 3518824 YpsIP31758_2016 YpsIP31758_2017     FALSE 0.371 72.000 0.082 1.000 N NA
 3518826 3518827 YpsIP31758_2019 YpsIP31758_2020 mdtI mdtJ TRUE 0.999 -13.000 0.869 0.073 Y NA
 3518827 3518828 YpsIP31758_2020 YpsIP31758_2021 mdtJ eda FALSE 0.002 688.000 0.000 1.000 N NA
 3518828 3518829 YpsIP31758_2021 YpsIP31758_2022 eda zwf FALSE 0.458 242.000 0.034 1.000 Y NA
 3518830 3518831 YpsIP31758_2023 YpsIP31758_2024   pykA FALSE 0.016 330.000 0.000 1.000 N NA
 3518832 3518833 YpsIP31758_2025 YpsIP31758_2026 msbB   FALSE 0.405 267.000 0.299 1.000 N NA
 3518833 3518834 YpsIP31758_2026 YpsIP31758_2027   znuA TRUE 0.772 21.000 0.131 1.000 N NA
 3518835 3518836 YpsIP31758_2028 YpsIP31758_2029 znuC znuB TRUE 0.999 -3.000 0.755 0.091 Y NA
 3518837 3518838 YpsIP31758_2030 YpsIP31758_2031 ruvB ruvA TRUE 0.970 163.000 0.549 0.001 Y NA
 3518838 3518839 YpsIP31758_2031 YpsIP31758_2032 ruvA ruvC TRUE 0.838 307.000 0.451 0.009 Y NA
 3518839 3518840 YpsIP31758_2032 YpsIP31758_2033 ruvC   TRUE 0.576 209.000 0.277 NA   NA
 3518840 3518841 YpsIP31758_2033 YpsIP31758_2034     FALSE 0.318 58.000 0.035 NA   NA
 3518841 3518842 YpsIP31758_2034 YpsIP31758_2035   aspS TRUE 0.832 0.000 0.050 1.000 N NA
 3518843 3518844 YpsIP31758_2036 YpsIP31758_2037     FALSE 0.381 180.000 0.126 NA   NA
 3518844 3518845 YpsIP31758_2037 YpsIP31758_2038     FALSE 0.270 191.000 0.089 NA   NA
 3518845 3518846 YpsIP31758_2038 YpsIP31758_2039     TRUE 0.989 -3.000 0.315 NA   NA
 3518847 3518848 YpsIP31758_2040 YpsIP31758_2041 cutC   FALSE 0.134 232.000 0.057 NA   NA
 3518848 3518849 YpsIP31758_2041 YpsIP31758_2042     TRUE 0.505 21.000 0.000 NA   NA
 3518851 3518852 YpsIP31758_2044 YpsIP31758_2045     TRUE 0.984 42.000 1.000 NA   NA
 3518852 3518853 YpsIP31758_2045 YpsIP31758_2046   mviN FALSE 0.009 493.000 0.000 NA   NA
 3518853 3518854 YpsIP31758_2046 YpsIP31758_2047 mviN   FALSE 0.056 267.000 0.022 1.000   NA
 3518854 3518855 YpsIP31758_2047 YpsIP31758_2048     TRUE 0.946 -7.000 0.103 NA   NA
 3518855 3518856 YpsIP31758_2048 YpsIP31758_2049   rimJ TRUE 0.890 8.000 0.116 NA   NA
 3518857 3518858 YpsIP31758_2050 YpsIP31758_2051     FALSE 0.097 417.000 0.196 NA   NA
 3518859 3518860 YpsIP31758_2052 YpsIP31758_2053     TRUE 0.934 37.000 0.417 1.000   NA
 3518862 3518863 YpsIP31758_2054 YpsIP31758_2055     TRUE 0.952 14.000 0.375 NA N NA
 3518864 3518865 YpsIP31758_2056 YpsIP31758_2057     TRUE 0.998 -3.000 0.400 0.062 Y NA
 3518865 3518866 YpsIP31758_2057 YpsIP31758_2058     TRUE 0.999 -3.000 0.440 0.062 Y NA
 3518866 3518867 YpsIP31758_2058 YpsIP31758_2059     TRUE 0.974 20.000 0.480 0.062   NA
 3518867 3518868 YpsIP31758_2059 YpsIP31758_2060     FALSE 0.049 301.000 0.000 1.000   NA
 3518868 3518869 YpsIP31758_2060 YpsIP31758_4234     FALSE 0.166 141.000 0.000 NA   NA
 3518869 3518870 YpsIP31758_4234 YpsIP31758_2061     FALSE 0.004 843.000 0.000 NA   NA
 3518871 3518872 YpsIP31758_2062 YpsIP31758_2063 kdsA   FALSE 0.435 96.000 0.089 1.000   NA
 3518872 3518873 YpsIP31758_2063 YpsIP31758_2064     TRUE 0.979 -3.000 0.195 NA   NA
 3518873 3518874 YpsIP31758_2064 YpsIP31758_2065     TRUE 0.567 64.000 0.109 NA   NA
 3518874 3518875 YpsIP31758_2065 YpsIP31758_2066   prfA TRUE 0.997 0.000 0.229 0.040 Y NA
 3518875 3518876 YpsIP31758_2066 YpsIP31758_2067 prfA hemA TRUE 0.842 33.000 0.171 0.040 N NA
 3518877 3518878 YpsIP31758_2068 YpsIP31758_2069 lolB ispE TRUE 0.953 2.000 0.157 1.000 N NA
 3518878 3518879 YpsIP31758_2069 YpsIP31758_2070 ispE prs FALSE 0.026 341.000 0.053 1.000 N NA
 3518879 3518880 YpsIP31758_2070 YpsIP31758_2072 prs   FALSE 0.206 98.000 0.000 NA   NA
 3518881 3518882 YpsIP31758_2071 YpsIP31758_2073     FALSE 0.226 89.000 0.000 NA   NA
 3518883 3518884 YpsIP31758_2074 YpsIP31758_2075 pth ychF TRUE 0.830 165.000 0.184 1.000 Y NA
 3518884 3518885 YpsIP31758_2075 YpsIP31758_2076 ychF   FALSE 0.119 213.000 0.000 1.000   NA
 3518885 3518886 YpsIP31758_2076 YpsIP31758_2077     TRUE 0.935 18.000 0.286 1.000   NA
 3518887 3518888 YpsIP31758_2078 YpsIP31758_2079     FALSE 0.460 8.000 0.034 NA N NA
 3518888 3518889 YpsIP31758_2079 YpsIP31758_2080     TRUE 0.964 -3.000 0.125 NA   NA
 3518889 3518890 YpsIP31758_2080 YpsIP31758_2081     FALSE 0.113 203.000 0.000 NA   NA
 3518890 3518891 YpsIP31758_2081 YpsIP31758_2082     FALSE 0.123 191.000 0.000 NA   NA
 3518891 3518892 YpsIP31758_2082 YpsIP31758_2083     FALSE 0.077 243.000 0.000 NA   NA
 3518893 3518894 YpsIP31758_2084 YpsIP31758_2085     TRUE 0.998 12.000 0.793 0.001 Y NA
 3518894 3518895 YpsIP31758_2085 YpsIP31758_2086     FALSE 0.063 277.000 0.000 1.000   NA
 3518895 3518896 YpsIP31758_2086 YpsIP31758_2087     TRUE 0.727 55.000 0.154 1.000   NA
 3518896 3518897 YpsIP31758_2087 YpsIP31758_2088     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3518897 3518898 YpsIP31758_2088 YpsIP31758_2089     FALSE 0.245 80.000 0.000 NA   NA
 3518898 3518899 YpsIP31758_2089 YpsIP31758_2090     FALSE 0.004 792.000 0.000 NA   NA
 3518899 3518900 YpsIP31758_2090 YpsIP31758_2091     TRUE 0.723 6.000 0.000 NA   NA
 3518900 3518901 YpsIP31758_2091 YpsIP31758_2092     TRUE 0.824 -13.000 0.000 NA   NA
 3518901 3518902 YpsIP31758_2092 YpsIP31758_2093     FALSE 0.029 341.000 0.000 NA   NA
 3518902 3518903 YpsIP31758_2093 YpsIP31758_2094     FALSE 0.385 105.000 0.000 0.042   NA
 3518904 3518905 YpsIP31758_2095 YpsIP31758_2096     FALSE 0.086 247.000 0.000 1.000   NA
 3518906 3518907 YpsIP31758_2097 YpsIP31758_2098     TRUE 0.523 64.000 0.000 0.013   NA
 3518907 3518908 YpsIP31758_2098 YpsIP31758_2099     FALSE 0.140 170.000 0.000 NA   NA
 3518909 3518910 YpsIP31758_2100 YpsIP31758_2101     TRUE 0.974 -3.000 0.167 NA   NA
 3518910 3518911 YpsIP31758_2101 YpsIP31758_2102     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3518911 3518912 YpsIP31758_2102 YpsIP31758_2103     TRUE 0.872 0.000 0.000 1.000   NA
 3518914 3518915 YpsIP31758_2104 YpsIP31758_2106     TRUE 0.995 -3.000 0.550 NA   NA
 3518915 3518916 YpsIP31758_2106 YpsIP31758_2107     TRUE 0.964 -7.000 0.133 1.000   NA
 3518916 3518917 YpsIP31758_2107 YpsIP31758_2108     TRUE 0.887 14.000 0.200 NA N NA
 3518919 3518920 YpsIP31758_2110 YpsIP31758_2111   hutF TRUE 0.918 0.000 0.067 NA   NA
 3518921 3518922 YpsIP31758_2112 YpsIP31758_2113 hutC hutI FALSE 0.018 211.000 0.010 1.000 N NA
 3518922 3518923 YpsIP31758_2113 YpsIP31758_2114 hutI hutG TRUE 0.757 -3.000 0.031 1.000 N NA
 3518926 3518927 YpsIP31758_2117 YpsIP31758_2118 astE astB TRUE 0.843 61.000 0.063 1.000 Y NA
 3518927 3518928 YpsIP31758_2118 YpsIP31758_2119 astB astD TRUE 0.911 24.000 0.306 1.000 N NA
 3518928 3518929 YpsIP31758_2119 YpsIP31758_2120 astD astA TRUE 0.599 12.000 0.051 1.000 N NA
 3518929 3518930 YpsIP31758_2120 YpsIP31758_2121 astA argM TRUE 0.981 33.000 0.400 1.000 Y NA
 3518930 3518931 YpsIP31758_2121 YpsIP31758_2122 argM   FALSE 0.073 637.000 0.000 0.014 Y NA
 3518932 3518933 YpsIP31758_2123 YpsIP31758_2124 narX chaA FALSE 0.010 567.000 0.000 0.072 N NA
 3518934 3518935 YpsIP31758_2125 YpsIP31758_2126     FALSE 0.446 60.000 0.065 NA   NA
 3518935 3518936 YpsIP31758_2126 YpsIP31758_2127     FALSE 0.013 439.000 0.000 NA   NA
 3518936 3518937 YpsIP31758_2127 YpsIP31758_2128     FALSE 0.007 539.000 0.000 NA   NA
 3518937 3518938 YpsIP31758_2128 YpsIP31758_2129   pgaC TRUE 0.972 -3.000 0.154 NA   NA
 3518938 3518939 YpsIP31758_2129 YpsIP31758_2130 pgaC pgaB TRUE 0.903 -10.000 0.087 1.000 N NA
 3518939 3518940 YpsIP31758_2130 YpsIP31758_2131 pgaB pgaA TRUE 0.988 13.000 0.696 1.000   NA
 3518940 3518941 YpsIP31758_2131 YpsIP31758_2132 pgaA   FALSE 0.006 669.000 0.000 1.000   NA
 3518941 3518942 YpsIP31758_2132 YpsIP31758_2133   tehB FALSE 0.220 141.000 0.071 1.000 N NA
 3518942 3518943 YpsIP31758_2133 YpsIP31758_2134 tehB   FALSE 0.185 173.000 0.071 1.000 N NA
 3518943 3518944 YpsIP31758_2134 YpsIP31758_2135   resA TRUE 0.979 0.000 0.176 0.011 N NA
 3518944 3518945 YpsIP31758_2135 YpsIP31758_2136 resA   TRUE 0.891 -10.000 0.078 1.000 N NA
 3518945 3518946 YpsIP31758_2136 YpsIP31758_2137     TRUE 0.943 4.000 0.175 1.000 N NA
 3518946 3518947 YpsIP31758_2137 YpsIP31758_2138     TRUE 0.982 41.000 0.878 0.098 N NA
 3518947 3518948 YpsIP31758_2138 YpsIP31758_2139     TRUE 0.994 3.000 0.625 1.000   NA
 3518948 3518949 YpsIP31758_2139 YpsIP31758_2140     FALSE 0.444 301.000 0.386 NA   NA
 3518949 3518950 YpsIP31758_2140 YpsIP31758_2141     TRUE 0.717 204.000 0.133 NA Y NA
 3518950 3518951 YpsIP31758_2141 YpsIP31758_2142     FALSE 0.003 600.000 0.000 1.000 N NA
 3518951 3518952 YpsIP31758_2142 YpsIP31758_2143     FALSE 0.090 111.000 0.028 1.000 N NA
 3518952 3518953 YpsIP31758_2143 YpsIP31758_2144     FALSE 0.012 452.000 0.000 NA   NA
 3518960 3518961 YpsIP31758_2151 YpsIP31758_2152     TRUE 0.891 66.000 0.417 1.000   NA
 3518961 3518962 YpsIP31758_2152 YpsIP31758_2153     FALSE 0.096 220.000 0.000 NA   NA
 3518962 3518963 YpsIP31758_2153 YpsIP31758_2154     FALSE 0.471 25.000 0.000 NA   NA
 3518965 3518966 YpsIP31758_2156 YpsIP31758_2157     TRUE 0.925 65.000 0.600 1.000 N NA
 3518966 3518967 YpsIP31758_2157 YpsIP31758_2158   cat2 TRUE 0.943 23.000 0.417 1.000 N NA
 3518967 3518968 YpsIP31758_2158 YpsIP31758_2159 cat2   FALSE 0.340 51.000 0.000 NA   NA
 3518968 3518969 YpsIP31758_2159 YpsIP31758_2160     FALSE 0.005 654.000 0.000 NA   NA
 3518969 3518970 YpsIP31758_2160 YpsIP31758_2161     TRUE 0.787 116.000 0.037 0.010 Y NA
 3518972 3518973 YpsIP31758_2163 YpsIP31758_2164     TRUE 0.870 93.000 0.154 1.000 Y NA
 3518973 3518974 YpsIP31758_2164 YpsIP31758_2165     TRUE 0.971 76.000 0.500 1.000 Y NA
 3518974 3518975 YpsIP31758_2165 YpsIP31758_2166     TRUE 0.930 88.000 0.667 NA   NA
 3518975 3518976 YpsIP31758_2166 YpsIP31758_2167     TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 3518976 3518977 YpsIP31758_2167 YpsIP31758_4235     FALSE 0.039 307.000 0.000 NA   NA
 3518977 3518978 YpsIP31758_4235 YpsIP31758_2168     FALSE 0.306 59.000 0.000 NA   NA
 3518979 3518980 YpsIP31758_2169 YpsIP31758_2170     TRUE 0.925 25.000 0.000 0.061 Y NA
 3518980 3518981 YpsIP31758_2170 YpsIP31758_2171     TRUE 0.988 -7.000 0.000 0.061 Y NA
 3518981 3518982 YpsIP31758_2171 YpsIP31758_2172     TRUE 0.831 71.000 0.000 0.061 Y NA
 3518982 3518983 YpsIP31758_2172 YpsIP31758_2173     TRUE 0.476 30.000 0.000 1.000   NA
 3518984 3518985 YpsIP31758_2174 YpsIP31758_2175     FALSE 0.171 135.000 0.000 NA   NA
 3518987 3518988 YpsIP31758_2177 YpsIP31758_2178     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3518989 3518990 YpsIP31758_2179 YpsIP31758_2180     FALSE 0.355 48.000 0.000 NA   NA
 3518990 3518991 YpsIP31758_2180 YpsIP31758_2181     FALSE 0.275 66.000 0.000 NA   NA
 3518991 3518992 YpsIP31758_2181 YpsIP31758_2182     TRUE 0.807 -19.000 0.000 NA   NA
 3518993 3518994 YpsIP31758_2183 YpsIP31758_2184     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 3518994 3518995 YpsIP31758_2184 YpsIP31758_2185     TRUE 0.542 17.000 0.000 NA   NA
 3518995 3518996 YpsIP31758_2185 YpsIP31758_2186     FALSE 0.013 435.000 0.000 NA   NA
 3518996 3518997 YpsIP31758_2186 YpsIP31758_2187     FALSE 0.017 405.000 0.000 NA   NA
 3518997 3518998 YpsIP31758_2187 YpsIP31758_2188     TRUE 0.994 12.000 1.000 NA   NA
 3518998 3518999 YpsIP31758_2188 YpsIP31758_2189     TRUE 0.980 54.000 1.000 NA   NA
 3518999 3519000 YpsIP31758_2189 YpsIP31758_2190     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3519000 3519001 YpsIP31758_2190 YpsIP31758_2191     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3519001 3519002 YpsIP31758_2191 YpsIP31758_2192     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3519002 3519003 YpsIP31758_2192 YpsIP31758_2193     TRUE 0.985 -3.000 0.250 NA   NA
 3519003 3519004 YpsIP31758_2193 YpsIP31758_2194     FALSE 0.253 75.000 0.000 NA   NA
 3519004 3519005 YpsIP31758_2194 YpsIP31758_2195     FALSE 0.004 785.000 0.000 NA   NA
 3519005 3519006 YpsIP31758_2195 YpsIP31758_2196     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3519007 3519008 YpsIP31758_2197 YpsIP31758_2198     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3519008 3519009 YpsIP31758_2198 YpsIP31758_2199     TRUE 0.970 12.000 0.400 NA   NA
 3519009 3519010 YpsIP31758_2199 YpsIP31758_2200     TRUE 0.991 -7.000 0.400 NA   NA
 3519010 3519011 YpsIP31758_2200 YpsIP31758_2201     TRUE 0.998 0.000 1.000 NA   NA
 3519011 3519012 YpsIP31758_2201 YpsIP31758_2202     TRUE 0.866 74.000 0.400 NA   NA
 3519012 3519013 YpsIP31758_2202 YpsIP31758_2203     TRUE 0.987 8.000 0.571 NA   NA
 3519013 3519014 YpsIP31758_2203 YpsIP31758_2204     TRUE 0.986 -7.000 0.286 NA   NA
 3519014 3519015 YpsIP31758_2204 YpsIP31758_2205     TRUE 0.998 0.000 1.000 NA   NA
 3519015 3519016 YpsIP31758_2205 YpsIP31758_2206     TRUE 0.994 0.000 0.500 NA   NA
 3519016 3519017 YpsIP31758_2206 YpsIP31758_2207     FALSE 0.005 675.000 0.000 NA   NA
 3519017 3519018 YpsIP31758_2207 YpsIP31758_2208     FALSE 0.037 313.000 0.000 NA   NA
 3519020 3519021 YpsIP31758_2210 YpsIP31758_2211     FALSE 0.177 127.000 0.000 NA   NA
 3519021 3519022 YpsIP31758_2211 YpsIP31758_2212     TRUE 0.697 8.000 0.000 NA   NA
 3519023 3519024 YpsIP31758_2213 YpsIP31758_2214     FALSE 0.240 82.000 0.000 NA   NA
 3519025 3519026 YpsIP31758_2215 YpsIP31758_2216     FALSE 0.340 51.000 0.000 NA   NA
 3519026 3519027 YpsIP31758_2216 YpsIP31758_2217     TRUE 0.998 3.000 1.000 NA   NA
 3519027 3519028 YpsIP31758_2217 YpsIP31758_2218     TRUE 0.996 7.000 1.000 NA   NA
 3519028 3519029 YpsIP31758_2218 YpsIP31758_2219     TRUE 0.998 -16.000 1.000 NA   NA
 3519029 3519030 YpsIP31758_2219 YpsIP31758_2220     TRUE 0.998 0.000 1.000 NA   NA
 3519030 3519031 YpsIP31758_2220 YpsIP31758_2221     TRUE 0.805 3.000 0.000 NA   NA
 3519031 3519032 YpsIP31758_2221 YpsIP31758_2222     TRUE 0.902 0.000 0.056 NA   NA
 3519032 3519033 YpsIP31758_2222 YpsIP31758_2223     TRUE 0.731 12.000 0.056 NA   NA
 3519033 3519034 YpsIP31758_2223 YpsIP31758_2224     TRUE 0.953 -67.000 0.167 NA   NA
 3519034 3519035 YpsIP31758_2224 YpsIP31758_2225     TRUE 0.900 3.000 0.074 NA   NA
 3519036 3519037 YpsIP31758_2226 YpsIP31758_2227     TRUE 0.994 -10.000 0.600 NA N NA
 3519038 3519039 YpsIP31758_2228 YpsIP31758_2229     TRUE 0.771 4.000 0.000 NA   NA
 3519039 3519040 YpsIP31758_2229 YpsIP31758_2230     TRUE 0.995 3.000 0.667 NA   NA
 3519040 3519041 YpsIP31758_2230 YpsIP31758_2231     TRUE 0.995 -3.000 0.500 NA   NA
 3519042 3519043 YpsIP31758_2232 YpsIP31758_2233     FALSE 0.171 134.000 0.000 NA   NA
 3519043 3519044 YpsIP31758_2233 YpsIP31758_2234     FALSE 0.366 45.000 0.000 NA   NA
 3519045 3519046 YpsIP31758_2235 YpsIP31758_2236     FALSE 0.074 248.000 0.000 NA   NA
 3519047 3519048 YpsIP31758_2237 YpsIP31758_2238     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3519049 3519050 YpsIP31758_2239 YpsIP31758_2240     FALSE 0.048 290.000 0.000 NA   NA
 3519050 3519051 YpsIP31758_2240 YpsIP31758_2241     FALSE 0.003 1527.000 0.000 NA   NA
 3519053 3519054 YpsIP31758_2243 YpsIP31758_2244     FALSE 0.465 90.000 0.000 0.007   NA
 3519054 3519055 YpsIP31758_2244 YpsIP31758_2245     TRUE 0.973 -3.000 0.158 NA   NA
 3519055 3519056 YpsIP31758_2245 YpsIP31758_2246     FALSE 0.076 244.000 0.000 NA   NA
 3519056 3519057 YpsIP31758_2246 YpsIP31758_2247     TRUE 0.875 34.000 0.250 NA   NA
 3519058 3519059 YpsIP31758_2248 YpsIP31758_2249     FALSE 0.029 341.000 0.000 NA   NA
 3519059 3519060 YpsIP31758_2249 YpsIP31758_2250     TRUE 0.836 -10.000 0.000 NA   NA
 3519061 3519062 YpsIP31758_4236 YpsIP31758_4237     TRUE 0.672 10.000 0.000 NA   NA
 3519062 3519063 YpsIP31758_4237 YpsIP31758_4238     FALSE 0.337 52.000 0.000 NA   NA
 3519063 3519064 YpsIP31758_4238 YpsIP31758_2251   pgsA FALSE 0.164 145.000 0.000 NA   NA
 3519064 3519065 YpsIP31758_2251 YpsIP31758_2252 pgsA uvrC TRUE 0.761 59.000 0.227 1.000 N NA
 3519065 3519066 YpsIP31758_2252 YpsIP31758_2253 uvrC uvrY TRUE 0.954 -7.000 0.086 0.015 N NA
 3519067 3519068 YpsIP31758_2254 YpsIP31758_2255     FALSE 0.347 128.000 0.085 NA   NA
 3519069 3519070 YpsIP31758_2256 YpsIP31758_2257     FALSE 0.029 341.000 0.000 NA   NA
 3519070 3519071 YpsIP31758_2257 YpsIP31758_2258     FALSE 0.455 27.000 0.000 NA   NA
 3519071 3519072 YpsIP31758_2258 YpsIP31758_4239     FALSE 0.008 537.000 0.000 NA   NA
 3519076 3519077 YpsIP31758_2262 YpsIP31758_2263     TRUE 0.992 11.000 0.378 NA Y NA
 3519077 3519078 YpsIP31758_2263 YpsIP31758_2264   efeU TRUE 0.979 30.000 0.356 NA Y NA
 3519078 3519079 YpsIP31758_2264 YpsIP31758_2265 efeU putP FALSE 0.013 351.000 0.000 1.000 N NA
 3519079 3519080 YpsIP31758_2265 YpsIP31758_2266 putP   FALSE 0.436 30.000 0.000 NA   NA
 3519081 3519082 YpsIP31758_2267 YpsIP31758_2268   putA FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3519082 3519083 YpsIP31758_2268 YpsIP31758_2269 putA   FALSE 0.007 554.000 0.000 NA   NA
 3519083 3519084 YpsIP31758_2269 YpsIP31758_2270     TRUE 0.910 0.000 0.061 NA   NA
 3519085 3519086 YpsIP31758_2271 YpsIP31758_2272     FALSE 0.275 66.000 0.000 NA   NA
 3519086 3519087 YpsIP31758_2272 YpsIP31758_2273     TRUE 0.990 3.000 0.150 1.000 Y NA
 3519087 3519088 YpsIP31758_2273 YpsIP31758_2274   fliY TRUE 0.992 0.000 0.100 0.076 Y NA
 3519092 3519093 YpsIP31758_2278 YpsIP31758_2279 fliZ   TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3519093 3519094 YpsIP31758_2279 YpsIP31758_2280   fliA1 FALSE 0.238 83.000 0.000 NA   NA
 3519094 3519095 YpsIP31758_2280 YpsIP31758_2281 fliA1   FALSE 0.014 347.000 0.000 1.000 N NA
 3519096 3519097 YpsIP31758_2282 YpsIP31758_2283   fliD2 FALSE 0.144 165.000 0.000 NA   NA
 3519097 3519098 YpsIP31758_2283 YpsIP31758_2284 fliD2 fliS2 TRUE 0.993 11.000 0.284 0.003 Y NA
 3519098 3519099 YpsIP31758_2284 YpsIP31758_2285 fliS2 fliT TRUE 0.966 11.000 0.324 1.000   NA
 3519099 3519100 YpsIP31758_2285 YpsIP31758_2286 fliT   FALSE 0.049 301.000 0.000 1.000   NA
 3519100 3519101 YpsIP31758_2286 YpsIP31758_2287     FALSE 0.013 354.000 0.000 1.000 N NA
 3519101 3519102 YpsIP31758_2287 YpsIP31758_2288     FALSE 0.168 161.000 0.006 0.024 N NA
 3519104 3519105 YpsIP31758_2290 YpsIP31758_2291 fliF1 fliG1 TRUE 0.997 -3.000 0.220 0.009 Y NA
 3519105 3519106 YpsIP31758_2291 YpsIP31758_2292 fliG1 fliH2 TRUE 0.988 -7.000 0.007 0.006 Y NA
 3519106 3519107 YpsIP31758_2292 YpsIP31758_2293 fliH2 fliI1 TRUE 0.994 0.000 0.115 0.006 Y NA
 3519107 3519108 YpsIP31758_2293 YpsIP31758_2294 fliI1 fliJ1 TRUE 0.832 111.000 0.073 0.011 Y NA
 3519108 3519109 YpsIP31758_2294 YpsIP31758_2295 fliJ1 fliK1 TRUE 0.998 -3.000 0.317 0.009 Y NA
 3519109 3519110 YpsIP31758_2295 YpsIP31758_2296 fliK1   FALSE 0.471 25.000 0.000 NA   NA
 3519110 3519111 YpsIP31758_2296 YpsIP31758_2297     TRUE 0.650 11.000 0.000 NA   NA
 3519111 3519112 YpsIP31758_2297 YpsIP31758_2298   fliL TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3519112 3519113 YpsIP31758_2298 YpsIP31758_2299 fliL fliM TRUE 0.999 6.000 0.957 0.001 Y NA
 3519113 3519114 YpsIP31758_2299 YpsIP31758_2300 fliM fliN1 TRUE 0.996 -3.000 0.137 0.001 Y NA
 3519114 3519115 YpsIP31758_2300 YpsIP31758_2301 fliN1 fliO TRUE 0.998 0.000 0.443 1.000 Y NA
 3519115 3519116 YpsIP31758_2301 YpsIP31758_2302 fliO fliP2 TRUE 0.995 -3.000 0.203 1.000 Y NA
 3519116 3519117 YpsIP31758_2302 YpsIP31758_2303 fliP2 fliQ1 TRUE 0.989 106.000 0.827 0.012 Y NA
 3519117 3519118 YpsIP31758_2303 YpsIP31758_2304 fliQ1 fliR1 TRUE 0.989 3.000 0.069 0.003 Y NA
 3519118 3519119 YpsIP31758_2304 YpsIP31758_2305 fliR1   FALSE 0.016 434.000 0.000 1.000   NA
 3519120 3519121 YpsIP31758_2306 YpsIP31758_2307     TRUE 0.833 49.000 0.000 NA Y NA
 3519121 3519122 YpsIP31758_2307 YpsIP31758_2308     TRUE 0.995 3.000 0.286 1.000 Y NA
 3519122 3519123 YpsIP31758_2308 YpsIP31758_2309     TRUE 0.778 66.000 0.000 NA Y NA
 3519123 3519124 YpsIP31758_2309 YpsIP31758_2310     TRUE 0.995 43.000 1.000 NA Y NA
 3519124 3519125 YpsIP31758_2310 YpsIP31758_2311     FALSE 0.185 148.000 0.000 1.000   NA
 3519127 3519128 YpsIP31758_2313 YpsIP31758_2314 flgL1 flgK1 TRUE 0.881 139.000 0.142 0.002 Y NA
 3519128 3519129 YpsIP31758_2314 YpsIP31758_2315 flgK1   FALSE 0.162 148.000 0.000 NA   NA
 3519129 3519130 YpsIP31758_2315 YpsIP31758_2316   flgJ FALSE 0.014 425.000 0.000 NA   NA
 3519130 3519131 YpsIP31758_2316 YpsIP31758_2317 flgJ flgI2 TRUE 0.990 0.000 0.048 0.011 Y NA
 3519131 3519132 YpsIP31758_2317 YpsIP31758_2318 flgI2 flgH1 TRUE 0.967 15.000 0.085 0.011 Y NA
 3519132 3519133 YpsIP31758_2318 YpsIP31758_2319 flgH1 flgG2 TRUE 0.943 102.000 0.268 0.009 Y NA
 3519133 3519134 YpsIP31758_2319 YpsIP31758_2320 flgG2 flgF2 TRUE 0.991 26.000 0.420 0.001 Y NA
 3519134 3519135 YpsIP31758_2320 YpsIP31758_2321 flgF2 flgE1 TRUE 0.961 22.000 0.095 0.006 Y NA
 3519135 3519136 YpsIP31758_2321 YpsIP31758_2322 flgE1 flgD1 TRUE 0.545 202.000 0.000 NA Y NA
 3519136 3519137 YpsIP31758_2322 YpsIP31758_2323 flgD1 flgC1 TRUE 0.974 15.000 0.186 NA Y NA
 3519137 3519138 YpsIP31758_2323 YpsIP31758_2324 flgC1 flgB2 TRUE 0.999 6.000 0.824 0.006 Y NA
 3519141 3519142 YpsIP31758_2327 YpsIP31758_2328 flgM flgN TRUE 0.991 19.000 0.361 0.003 Y NA
 3519144 3519145 YpsIP31758_2330 YpsIP31758_2331     FALSE 0.022 370.000 0.000 NA   NA
 3519146 3519147 YpsIP31758_2332 YpsIP31758_2333 flhE flhA1 TRUE 0.958 0.000 0.053 0.003   NA
 3519147 3519148 YpsIP31758_2333 YpsIP31758_2334 flhA1 flhB1 TRUE 0.998 0.000 0.287 0.012 Y NA
 3519149 3519150 YpsIP31758_2335 YpsIP31758_2336     TRUE 0.998 -6.000 0.800 NA   NA
 3519150 3519151 YpsIP31758_2336 YpsIP31758_4314     FALSE 0.093 223.000 0.000 NA   NA
 3519152 3519153 YpsIP31758_4315 YpsIP31758_2337     FALSE 0.147 162.000 0.000 NA   NA
 3519153 3519154 YpsIP31758_2337 YpsIP31758_2338   copD TRUE 0.929 97.000 0.704 NA   NA
 3519154 3519155 YpsIP31758_2338 YpsIP31758_2339 copD copC TRUE 0.994 3.000 0.613 1.000   NA
 3519157 3519158 YpsIP31758_2341 YpsIP31758_2342     FALSE 0.088 230.000 0.000 NA   NA
 3519162 3519163 YpsIP31758_2346 YpsIP31758_2347 ptrB   FALSE 0.038 310.000 0.000 NA   NA
 3519163 3519164 YpsIP31758_2347 YpsIP31758_2348     FALSE 0.249 107.000 0.048 NA   NA
 3519164 3519165 YpsIP31758_2348 YpsIP31758_2349     TRUE 0.483 40.000 0.053 NA   NA
 3519165 3519166 YpsIP31758_2349 YpsIP31758_2350   dbpA FALSE 0.148 94.000 0.014 NA   NA
 3519169 3519170 YpsIP31758_2353 YpsIP31758_2354 pabB   TRUE 0.963 -3.000 0.116 1.000   NA
 3519170 3519171 YpsIP31758_2354 YpsIP31758_2355   sdaA FALSE 0.082 728.000 0.409 1.000   NA
 3519172 3519173 YpsIP31758_2356 YpsIP31758_2357 hpaC hpaB TRUE 0.945 21.000 0.226 0.001   NA
 3519173 3519174 YpsIP31758_2357 YpsIP31758_2358 hpaB hpaX FALSE 0.155 68.000 0.000 1.000 N NA
 3519174 3519175 YpsIP31758_2358 YpsIP31758_2359 hpaX hpaI TRUE 0.959 26.000 0.175 1.000 Y NA
 3519175 3519176 YpsIP31758_2359 YpsIP31758_2360 hpaI hpaH TRUE 0.972 11.000 0.439 1.000 N NA
 3519176 3519177 YpsIP31758_2360 YpsIP31758_2361 hpaH hpaF TRUE 0.984 -6.000 0.282 1.000 N NA
 3519177 3519178 YpsIP31758_2361 YpsIP31758_2362 hpaF hpaD TRUE 0.932 25.000 0.330 1.000   NA
 3519178 3519179 YpsIP31758_2362 YpsIP31758_2363 hpaD hpaE TRUE 0.809 119.000 0.378 1.000   NA
 3519179 3519180 YpsIP31758_2363 YpsIP31758_2364 hpaE hpaG2 TRUE 0.996 -3.000 0.510 0.041 N NA
 3519180 3519181 YpsIP31758_2364 YpsIP31758_2365 hpaG2 hpaG1 TRUE 0.999 -3.000 0.618 0.001 Y NA
 3519184 3519185 YpsIP31758_2368 YpsIP31758_2369     TRUE 0.849 92.000 0.064 0.008 Y NA
 3519185 3519186 YpsIP31758_2369 YpsIP31758_2370     TRUE 0.998 16.000 0.939 0.008 Y NA
 3519186 3519187 YpsIP31758_2370 YpsIP31758_2371     TRUE 0.886 200.000 0.755 NA   NA
 3519187 3519188 YpsIP31758_2371 YpsIP31758_2372     FALSE 0.014 429.000 0.000 NA   NA
 3519190 3519191 YpsIP31758_2374 YpsIP31758_2375     FALSE 0.095 222.000 0.000 NA   NA
 3519194 3519195 YpsIP31758_2378 YpsIP31758_2379     FALSE 0.007 569.000 0.000 NA   NA
 3519195 3519196 YpsIP31758_2379 YpsIP31758_2380   pagP FALSE 0.012 452.000 0.000 NA   NA
 3519197 3519198 YpsIP31758_2381 YpsIP31758_2382 aroP1   TRUE 0.658 237.000 0.429 NA   NA
 3519198 3519199 YpsIP31758_2382 YpsIP31758_2383     TRUE 0.837 109.000 0.429 NA   NA
 3519199 3519200 YpsIP31758_2383 YpsIP31758_2384     FALSE 0.207 263.000 0.125 NA   NA
 3519205 3519206 YpsIP31758_2389 YpsIP31758_2390     FALSE 0.216 103.000 0.021 0.088 N NA
 3519206 3519207 YpsIP31758_2390 YpsIP31758_2391     FALSE 0.083 237.000 0.000 NA   NA
 3519207 3519208 YpsIP31758_2391 YpsIP31758_2392     FALSE 0.018 390.000 0.000 NA   NA
 3519208 3519209 YpsIP31758_2392 YpsIP31758_4240     FALSE 0.135 177.000 0.000 NA   NA
 3519211 3519212 YpsIP31758_2394 YpsIP31758_2395 lacY agaN FALSE 0.279 78.000 0.000 1.000   NA
 3519212 3519213 YpsIP31758_2395 YpsIP31758_2396 agaN   TRUE 0.542 17.000 0.000 NA   NA
 3519214 3519215 YpsIP31758_2397 YpsIP31758_2398     TRUE 0.836 -10.000 0.000 NA   NA
 3519216 3519217 YpsIP31758_2399 YpsIP31758_2400     TRUE 0.985 124.000 0.947 NA Y NA
 3519217 3519218 YpsIP31758_2400 YpsIP31758_2401     TRUE 0.997 20.000 0.905 NA Y NA
 3519218 3519219 YpsIP31758_2401 YpsIP31758_2402     FALSE 0.034 258.000 0.000 1.000 N NA
 3519219 3519220 YpsIP31758_2402 YpsIP31758_4241     FALSE 0.012 445.000 0.000 NA   NA
 3519221 3519222 YpsIP31758_2403 YpsIP31758_2404     FALSE 0.224 90.000 0.000 NA   NA
 3519223 3519224 YpsIP31758_2405 YpsIP31758_2406     TRUE 0.702 36.000 0.136 1.000 N NA
 3519227 3519228 YpsIP31758_2409 YpsIP31758_2410 lldD   FALSE 0.023 297.000 0.000 1.000 N NA
 3519228 3519229 YpsIP31758_2410 YpsIP31758_2411     TRUE 0.918 32.000 0.290 0.023 N NA
 3519229 3519230 YpsIP31758_2411 YpsIP31758_2412     TRUE 0.978 48.000 0.333 0.040 Y NA
 3519233 3519234 YpsIP31758_2415 YpsIP31758_2416     FALSE 0.005 684.000 0.000 NA   NA
 3519235 3519236 YpsIP31758_2417 YpsIP31758_2418     FALSE 0.060 266.000 0.000 NA   NA
 3519236 3519237 YpsIP31758_2418 YpsIP31758_2419     TRUE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 3519239 3519240 YpsIP31758_2421 YpsIP31758_2422     FALSE 0.006 459.000 0.000 1.000 N NA
 3519241 3519242 YpsIP31758_2423 YpsIP31758_2424 rbsA7 rbsC4 TRUE 1.000 -3.000 0.952 0.009 Y NA
 3519242 3519243 YpsIP31758_2424 YpsIP31758_2425 rbsC4   FALSE 0.066 258.000 0.000 NA   NA
 3519245 3519246 YpsIP31758_2427 YpsIP31758_2428 hisL hisG FALSE 0.090 307.000 0.003 0.003   NA
 3519246 3519247 YpsIP31758_2428 YpsIP31758_2429 hisG hisD TRUE 0.993 4.000 0.171 0.003 Y NA
 3519247 3519248 YpsIP31758_2429 YpsIP31758_2430 hisD hisC TRUE 0.997 3.000 0.294 0.003 Y NA
 3519248 3519249 YpsIP31758_2430 YpsIP31758_2431 hisC hisB TRUE 0.998 -3.000 0.341 0.003 Y NA
 3519249 3519250 YpsIP31758_2431 YpsIP31758_2432 hisB hisH TRUE 0.995 0.000 0.128 0.003 Y NA
 3519250 3519251 YpsIP31758_2432 YpsIP31758_2433 hisH hisA TRUE 0.993 6.000 0.210 0.003 Y NA
 3519251 3519252 YpsIP31758_2433 YpsIP31758_2434 hisA hisF TRUE 0.998 -18.000 0.433 0.003 Y NA
 3519252 3519253 YpsIP31758_2434 YpsIP31758_2435 hisF hisI TRUE 0.999 -6.000 0.430 0.003 Y NA
 3519254 3519255 YpsIP31758_2436 YpsIP31758_2437 gnd   FALSE 0.007 431.000 0.000 1.000 N NA
 3519255 3519256 YpsIP31758_2437 YpsIP31758_2438   galU TRUE 0.923 66.000 0.111 0.000 Y NA
 3519257 3519258 YpsIP31758_2439 YpsIP31758_2440   fhuE TRUE 0.760 230.000 0.455 0.002 N NA
 3519258 3519259 YpsIP31758_2440 YpsIP31758_2441 fhuE fepB TRUE 0.949 90.000 0.364 1.000 Y NA
 3519259 3519260 YpsIP31758_2441 YpsIP31758_2442 fepB fepD TRUE 0.998 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 3519260 3519261 YpsIP31758_2442 YpsIP31758_2443 fepD fepG TRUE 0.999 -13.000 0.818 0.057 Y NA
 3519261 3519262 YpsIP31758_2443 YpsIP31758_2444 fepG fepC TRUE 0.991 27.000 0.583 1.000 Y NA
 3519263 3519264 YpsIP31758_2445 YpsIP31758_2446     TRUE 0.707 -3.000 0.000 NA N NA
 3519264 3519265 YpsIP31758_2446 YpsIP31758_2447     TRUE 0.674 0.000 0.000 NA N NA
 3519265 3519266 YpsIP31758_2447 YpsIP31758_2448     TRUE 0.964 35.000 0.667 1.000 N NA
 3519266 3519267 YpsIP31758_2448 YpsIP31758_2449   fhuF FALSE 0.159 151.000 0.000 NA   NA
 3519269 3519270 YpsIP31758_2451 YpsIP31758_2452   dcd FALSE 0.114 187.000 0.057 NA N NA
 3519270 3519271 YpsIP31758_2452 YpsIP31758_2453 dcd udk TRUE 0.802 105.000 0.098 1.000 Y NA
 3519271 3519272 YpsIP31758_2453 YpsIP31758_2454 udk   FALSE 0.178 245.000 0.073 0.084 N NA
 3519275 3519276 YpsIP31758_2457 YpsIP31758_2458     TRUE 0.876 18.000 0.177 NA   NA
 3519276 3519277 YpsIP31758_2458 YpsIP31758_2459     FALSE 0.036 314.000 0.000 NA   NA
 3519277 3519278 YpsIP31758_2459 YpsIP31758_2460     FALSE 0.168 242.000 0.000 0.067   NA
 3519278 3519279 YpsIP31758_2460 YpsIP31758_2461     TRUE 0.991 -3.000 0.340 1.000   NA
 3519279 3519280 YpsIP31758_2461 YpsIP31758_2462   cdd FALSE 0.141 346.000 0.198 1.000 N NA
 3519280 3519281 YpsIP31758_2462 YpsIP31758_2463 cdd   FALSE 0.007 356.000 0.022 1.000 N NA
 3519281 3519282 YpsIP31758_2463 YpsIP31758_2464     FALSE 0.065 281.000 0.045 NA   NA
 3519283 3519284 YpsIP31758_2465 YpsIP31758_2466 mglC mglA TRUE 0.997 21.000 0.905 1.000 Y NA
 3519284 3519285 YpsIP31758_2466 YpsIP31758_2467 mglA mglB TRUE 0.789 230.000 0.250 NA Y NA
 3519285 3519286 YpsIP31758_2467 YpsIP31758_2468 mglB   FALSE 0.015 421.000 0.000 NA   NA
 3519286 3519287 YpsIP31758_2468 YpsIP31758_2469     FALSE 0.158 154.000 0.000 NA   NA
 3519287 3519288 YpsIP31758_2469 YpsIP31758_2470   folE TRUE 0.962 55.000 0.719 NA   NA
 3519288 3519289 YpsIP31758_2470 YpsIP31758_2471 folE   TRUE 0.597 184.000 0.250 NA   NA
 3519290 3519291 YpsIP31758_2472 YpsIP31758_2473     TRUE 0.675 276.000 0.636 1.000 N NA
 3519291 3519292 YpsIP31758_2473 YpsIP31758_2474   fghA TRUE 0.923 21.000 0.273 1.000   NA
 3519294 3519295 YpsIP31758_2476 YpsIP31758_2477     TRUE 0.992 2.000 0.500 NA   NA
 3519295 3519296 YpsIP31758_2477 YpsIP31758_2478     TRUE 0.907 2.000 0.094 1.000 N NA
 3519296 3519297 YpsIP31758_2478 YpsIP31758_2479     TRUE 0.860 10.000 0.094 1.000   NA
 3519297 3519298 YpsIP31758_2479 YpsIP31758_2480   moeA FALSE 0.009 535.000 0.000 1.000   NA
 3519298 3519299 YpsIP31758_2480 YpsIP31758_2481 moeA moeB TRUE 0.998 2.000 0.323 0.002 Y NA
 3519300 3519301 YpsIP31758_2482 YpsIP31758_2483     FALSE 0.098 218.000 0.000 NA   NA
 3519303 3519304 YpsIP31758_2485 YpsIP31758_2486     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3519304 3519305 YpsIP31758_2486 YpsIP31758_2487     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3519305 3519306 YpsIP31758_2487 YpsIP31758_2488     TRUE 0.996 -25.000 0.750 NA   NA
 3519306 3519307 YpsIP31758_2488 YpsIP31758_2489     TRUE 0.995 -36.000 0.750 NA   NA
 3519307 3519308 YpsIP31758_2489 YpsIP31758_2490     FALSE 0.219 92.000 0.000 NA   NA
 3519308 3519309 YpsIP31758_2490 YpsIP31758_2491     TRUE 0.805 3.000 0.000 NA   NA
 3519309 3519310 YpsIP31758_2491 YpsIP31758_2492     TRUE 0.532 18.000 0.000 NA   NA
 3519310 3519311 YpsIP31758_2492 YpsIP31758_2493     FALSE 0.366 45.000 0.000 NA   NA
 3519311 3519312 YpsIP31758_2493 YpsIP31758_2494     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3519312 3519313 YpsIP31758_2494 YpsIP31758_2495     FALSE 0.271 82.000 0.000 1.000   NA
 3519313 3519314 YpsIP31758_2495 YpsIP31758_2496     TRUE 0.996 -3.000 0.625 NA   NA
 3519318 3519319 YpsIP31758_2500 YpsIP31758_2501     TRUE 0.552 16.000 0.000 NA   NA
 3519319 3519320 YpsIP31758_2501 YpsIP31758_2502     FALSE 0.158 154.000 0.000 NA   NA
 3519320 3519321 YpsIP31758_2502 YpsIP31758_2503     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3519321 3519322 YpsIP31758_2503 YpsIP31758_2504     TRUE 0.959 16.000 0.400 NA   NA
 3519322 3519323 YpsIP31758_2504 YpsIP31758_2505     TRUE 0.942 3.000 0.125 NA   NA
 3519323 3519324 YpsIP31758_2505 YpsIP31758_2506     FALSE 0.107 294.000 0.083 NA   NA
 3519324 3519325 YpsIP31758_2506 YpsIP31758_2507     TRUE 0.771 4.000 0.000 NA   NA
 3519325 3519326 YpsIP31758_2507 YpsIP31758_2508     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3519326 3519327 YpsIP31758_2508 YpsIP31758_2509     TRUE 0.997 -3.000 0.750 NA   NA
 3519327 3519328 YpsIP31758_2509 YpsIP31758_2510     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3519328 3519329 YpsIP31758_2510 YpsIP31758_2511     FALSE 0.373 43.000 0.000 NA   NA
 3519329 3519330 YpsIP31758_2511 YpsIP31758_2512     FALSE 0.003 989.000 0.000 NA   NA
 3519330 3519331 YpsIP31758_2512 YpsIP31758_2513     FALSE 0.232 99.000 0.000 1.000   NA
 3519331 3519332 YpsIP31758_2513 YpsIP31758_2514     FALSE 0.390 38.000 0.000 NA   NA
 3519332 3519333 YpsIP31758_2514 YpsIP31758_2515     FALSE 0.230 87.000 0.000 NA   NA
 3519333 3519334 YpsIP31758_2515 YpsIP31758_2516     TRUE 0.986 3.000 0.051 0.038 Y NA
 3519334 3519335 YpsIP31758_2516 YpsIP31758_2517     TRUE 0.993 2.000 0.120 0.022 Y NA
 3519335 3519336 YpsIP31758_2517 YpsIP31758_2518     TRUE 0.991 -7.000 0.120 1.000 Y NA
 3519336 3519337 YpsIP31758_2518 YpsIP31758_2519     TRUE 0.986 16.000 0.333 1.000 Y NA
 3519337 3519338 YpsIP31758_2519 YpsIP31758_2520     TRUE 0.983 2.000 0.056 1.000 Y NA
 3519338 3519339 YpsIP31758_2520 YpsIP31758_2521     TRUE 0.986 -10.000 0.083 NA Y NA
 3519339 3519340 YpsIP31758_2521 YpsIP31758_2522     FALSE 0.061 264.000 0.000 NA   NA
 3519341 3519342 YpsIP31758_2523 YpsIP31758_2524     FALSE 0.158 154.000 0.000 NA   NA
 3519343 3519344 YpsIP31758_2525 YpsIP31758_2526     FALSE 0.023 364.000 0.000 NA   NA
 3519344 3519345 YpsIP31758_2526 YpsIP31758_2527     TRUE 0.799 -25.000 0.000 NA   NA
 3519345 3519346 YpsIP31758_2527 YpsIP31758_4242     FALSE 0.221 91.000 0.000 NA   NA
 3519346 3519347 YpsIP31758_4242 YpsIP31758_2528     FALSE 0.333 53.000 0.000 NA   NA
 3519350 3519351 YpsIP31758_2531 YpsIP31758_2532   hspQ TRUE 0.539 61.000 0.094 NA   NA
 3519353 3519354 YpsIP31758_2534 YpsIP31758_2535   mgsA FALSE 0.193 179.000 0.055 NA   NA
 3519356 3519357 YpsIP31758_2537 YpsIP31758_2538   yccS TRUE 0.673 30.000 0.090 NA   NA
 3519361 3519362 YpsIP31758_4316 YpsIP31758_2542   ompA FALSE 0.133 179.000 0.000 NA   NA
 3519362 3519363 YpsIP31758_2542 YpsIP31758_2543 ompA   FALSE 0.091 139.000 0.000 1.000 N NA
 3519365 3519366 YpsIP31758_2545 YpsIP31758_2546   fabA TRUE 0.787 69.000 0.290 1.000 N NA
 3519366 3519367 YpsIP31758_2546 YpsIP31758_2547 fabA   FALSE 0.042 700.000 0.000 1.000 Y NA
 3519368 3519369 YpsIP31758_2548 YpsIP31758_2549   pqiB TRUE 0.995 -3.000 0.531 NA   NA
 3519369 3519370 YpsIP31758_2549 YpsIP31758_2550 pqiB pqiA TRUE 0.997 -13.000 0.819 NA   NA
 3519370 3519371 YpsIP31758_2550 YpsIP31758_2551 pqiA uup FALSE 0.247 129.000 0.054 NA   NA
 3519371 3519372 YpsIP31758_2551 YpsIP31758_2552 uup   TRUE 0.837 6.000 0.061 1.000   NA
 3519374 3519375 YpsIP31758_2554 YpsIP31758_2555   pyrD FALSE 0.261 183.000 0.081 NA   NA
 3519375 3519376 YpsIP31758_2555 YpsIP31758_2556 pyrD pepN FALSE 0.001 663.000 0.014 1.000 N NA
 3519377 3519378 YpsIP31758_2557 YpsIP31758_2558 pncB asnS FALSE 0.005 499.000 0.034 1.000 N NA
 3519378 3519379 YpsIP31758_2558 YpsIP31758_2559 asnS ompF FALSE 0.023 298.000 0.000 1.000 N NA
 3519379 3519380 YpsIP31758_2559 YpsIP31758_2560 ompF   FALSE 0.035 257.000 0.000 1.000 N NA
 3519381 3519382 YpsIP31758_2561 YpsIP31758_2562     TRUE 0.528 61.000 0.089 NA   NA
 3519382 3519383 YpsIP31758_2562 YpsIP31758_2563     TRUE 0.635 224.000 0.372 NA   NA
 3519385 3519386 YpsIP31758_2565 YpsIP31758_2566 mukB mukE TRUE 1.000 -3.000 0.786 0.001 Y NA
 3519386 3519387 YpsIP31758_2566 YpsIP31758_2567 mukE mukF TRUE 0.992 -19.000 0.196 NA Y NA
 3519387 3519388 YpsIP31758_2567 YpsIP31758_2568 mukF   TRUE 0.987 -3.000 0.325 NA N NA
 3519390 3519391 YpsIP31758_2570 YpsIP31758_2571   kdsB FALSE 0.019 363.000 0.023 NA   NA
 3519391 3519392 YpsIP31758_2571 YpsIP31758_2572 kdsB   TRUE 0.987 -3.000 0.265 NA   NA
 3519392 3519393 YpsIP31758_2572 YpsIP31758_2573     FALSE 0.160 150.000 0.000 NA   NA
 3519393 3519394 YpsIP31758_2573 YpsIP31758_2574     FALSE 0.050 285.000 0.000 NA   NA
 3519396 3519397 YpsIP31758_2576 YpsIP31758_2577 lpxK msbA TRUE 0.977 -3.000 0.205 1.000 N NA
 3519397 3519398 YpsIP31758_2577 YpsIP31758_2578 msbA comEC TRUE 0.731 36.000 0.075 0.066   NA
 3519398 3519399 YpsIP31758_2578 YpsIP31758_2579 comEC ihfB FALSE 0.005 562.000 0.003 1.000   NA
 3519399 3519400 YpsIP31758_2579 YpsIP31758_2580 ihfB rpsA TRUE 0.814 61.000 0.292 1.000 N NA
 3519400 3519401 YpsIP31758_2580 YpsIP31758_2581 rpsA cmk TRUE 0.603 174.000 0.281 1.000 N NA
 3519401 3519402 YpsIP31758_2581 YpsIP31758_2582 cmk aroA FALSE 0.194 313.000 0.209 1.000 N NA
 3519402 3519403 YpsIP31758_2582 YpsIP31758_2583 aroA serC TRUE 0.603 178.000 0.033 1.000 Y NA
 3519403 3519404 YpsIP31758_2583 YpsIP31758_2584 serC   FALSE 0.023 367.000 0.000 NA   NA
 3519404 3519405 YpsIP31758_2584 YpsIP31758_2585     TRUE 0.505 21.000 0.000 NA   NA
 3519405 3519406 YpsIP31758_2585 YpsIP31758_2586   ansB FALSE 0.041 319.000 0.000 1.000   NA
 3519407 3519408 YpsIP31758_2587 YpsIP31758_2588     FALSE 0.005 697.000 0.000 NA   NA
 3519408 3519409 YpsIP31758_2588 YpsIP31758_2589   pflB TRUE 0.691 56.000 0.172 1.000 N NA
 3519412 3519413 YpsIP31758_2592 YpsIP31758_2593   serS FALSE 0.046 231.000 0.000 1.000 N NA
 3519413 3519414 YpsIP31758_2593 YpsIP31758_2594 serS rarA FALSE 0.193 242.000 0.078 0.083 N NA
 3519414 3519415 YpsIP31758_2594 YpsIP31758_2595 rarA lolA TRUE 0.895 11.000 0.167 1.000 N NA
 3519415 3519416 YpsIP31758_2595 YpsIP31758_2596 lolA ftsK TRUE 0.609 190.000 0.305 1.000 N NA
 3519416 3519417 YpsIP31758_2596 YpsIP31758_2597 ftsK lrp TRUE 0.747 123.000 0.345 1.000 N NA
 3519420 3519421 YpsIP31758_2600 YpsIP31758_2601 cydD cydC TRUE 0.999 3.000 0.631 0.005 Y NA
 3519423 3519424 YpsIP31758_2603 YpsIP31758_2604 aat infA FALSE 0.044 166.000 0.020 1.000 N NA
 3519424 3519425 YpsIP31758_2604 YpsIP31758_2605 infA   FALSE 0.065 259.000 0.000 NA   NA
 3519426 3519427 YpsIP31758_2606 YpsIP31758_2607 clpA clpS TRUE 0.969 26.000 0.596 NA   NA
 3519427 3519428 YpsIP31758_2607 YpsIP31758_2608 clpS   TRUE 0.791 -31.000 0.000 NA   NA
 3519430 3519431 YpsIP31758_2610 YpsIP31758_2611 macB macA TRUE 0.998 0.000 0.789 0.089 N NA
 3519432 3519433 YpsIP31758_2612 YpsIP31758_2613     FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3519435 3519436 YpsIP31758_2615 YpsIP31758_2616     FALSE 0.289 63.000 0.000 NA   NA
 3519436 3519437 YpsIP31758_2616 YpsIP31758_2617   hcp FALSE 0.104 203.000 0.028 NA   NA
 3519437 3519438 YpsIP31758_2617 YpsIP31758_2618 hcp hcr TRUE 0.843 114.000 0.085 0.010 Y NA
 3519438 3519439 YpsIP31758_2618 YpsIP31758_2619 hcr poxB FALSE 0.042 144.000 0.017 1.000 N NA
 3519439 3519440 YpsIP31758_2619 YpsIP31758_2620 poxB ltaE FALSE 0.109 443.000 0.031 1.000 Y NA
 3519440 3519441 YpsIP31758_2620 YpsIP31758_2621 ltaE   TRUE 0.910 -3.000 0.074 1.000 N NA
 3519441 3519442 YpsIP31758_2621 YpsIP31758_2622     TRUE 0.796 100.000 0.022 0.003 Y NA
 3519442 3519443 YpsIP31758_2622 YpsIP31758_2623     TRUE 0.597 97.000 0.167 NA   NA
 3519443 3519444 YpsIP31758_2623 YpsIP31758_2624     FALSE 0.101 170.000 0.018 NA   NA
 3519444 3519445 YpsIP31758_2624 YpsIP31758_2625   artP FALSE 0.323 295.000 0.000 1.000 Y NA
 3519445 3519446 YpsIP31758_2625 YpsIP31758_2626 artP artI TRUE 0.983 21.000 0.323 1.000 Y NA
 3519446 3519447 YpsIP31758_2626 YpsIP31758_2627 artI artQ TRUE 0.990 12.000 0.260 0.070 Y NA
 3519447 3519448 YpsIP31758_2627 YpsIP31758_2628 artQ artM TRUE 0.999 0.000 0.714 0.015 Y NA
 3519448 3519449 YpsIP31758_2628 YpsIP31758_2629 artM   TRUE 0.552 16.000 0.000 NA   NA
 3519450 3519451 YpsIP31758_2630 YpsIP31758_2631     TRUE 0.964 -3.000 0.125 NA   NA
 3519451 3519452 YpsIP31758_2631 YpsIP31758_2632     TRUE 0.987 -7.000 0.312 NA   NA
 3519452 3519453 YpsIP31758_2632 YpsIP31758_2633     TRUE 0.851 -12.000 0.000 1.000   NA
 3519453 3519454 YpsIP31758_2633 YpsIP31758_2634     TRUE 0.985 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3519454 3519455 YpsIP31758_2634 YpsIP31758_2635     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3519455 3519456 YpsIP31758_2635 YpsIP31758_2636     FALSE 0.008 413.000 0.000 1.000 N NA
 3519456 3519457 YpsIP31758_2636 YpsIP31758_2637     FALSE 0.029 341.000 0.000 NA   NA
 3519457 3519458 YpsIP31758_2637 YpsIP31758_2638     FALSE 0.359 47.000 0.000 NA   NA
 3519460 3519461 YpsIP31758_2640 YpsIP31758_2641 rumB   TRUE 0.529 84.000 0.119 NA   NA
 3519461 3519462 YpsIP31758_2641 YpsIP31758_2642   potI TRUE 0.703 125.000 0.264 NA   NA
 3519462 3519463 YpsIP31758_2642 YpsIP31758_2643 potI potH TRUE 0.999 -3.000 0.528 0.056 Y NA
 3519463 3519464 YpsIP31758_2643 YpsIP31758_2644 potH potG TRUE 0.996 25.000 0.857 1.000 Y NA
 3519464 3519465 YpsIP31758_2644 YpsIP31758_2645 potG potF TRUE 0.965 171.000 0.679 1.000 Y NA
 3519465 3519466 YpsIP31758_2645 YpsIP31758_2646 potF   FALSE 0.008 532.000 0.000 NA   NA
 3519466 3519467 YpsIP31758_2646 YpsIP31758_2647     TRUE 0.582 142.000 0.194 NA   NA
 3519468 3519469 YpsIP31758_2648 YpsIP31758_2649 grxA   FALSE 0.019 410.000 0.000 1.000   NA
 3519469 3519470 YpsIP31758_2649 YpsIP31758_4317   rybB FALSE 0.217 93.000 0.000 NA   NA
 3519470 3519471 YpsIP31758_4317 YpsIP31758_2650 rybB   FALSE 0.150 160.000 0.000 NA   NA
 3519471 3519472 YpsIP31758_2650 YpsIP31758_2651     TRUE 0.973 0.000 0.106 0.009   NA
 3519472 3519473 YpsIP31758_2651 YpsIP31758_2652   deoC2 FALSE 0.077 258.000 0.000 1.000   NA
 3519473 3519474 YpsIP31758_2652 YpsIP31758_2653 deoC2   FALSE 0.041 230.000 0.030 1.000 N NA
 3519476 3519477 YpsIP31758_2655 YpsIP31758_2656   sdaC FALSE 0.275 66.000 0.000 NA   NA
 3519478 3519479 YpsIP31758_2657 YpsIP31758_2658     TRUE 0.795 -28.000 0.000 NA   NA
 3519479 3519480 YpsIP31758_2658 YpsIP31758_2659     FALSE 0.097 219.000 0.000 NA   NA
 3519480 3519481 YpsIP31758_2659 YpsIP31758_2660     FALSE 0.016 335.000 0.000 1.000 N NA
 3519481 3519482 YpsIP31758_2660 YpsIP31758_2661     TRUE 0.991 -3.000 0.096 1.000 Y NA
 3519482 3519483 YpsIP31758_2661 YpsIP31758_2662     TRUE 0.997 -3.000 0.323 NA Y NA
 3519483 3519484 YpsIP31758_2662 YpsIP31758_2663     FALSE 0.373 228.000 0.174 NA   NA
 3519485 3519486 YpsIP31758_2664 YpsIP31758_2665     FALSE 0.112 205.000 0.056 1.000 N NA
 3519487 3519488 YpsIP31758_2666 YpsIP31758_2667     FALSE 0.405 260.000 0.000 1.000 Y NA
 3519488 3519489 YpsIP31758_2667 YpsIP31758_2668     TRUE 0.999 -3.000 0.833 1.000 Y NA
 3519489 3519490 YpsIP31758_2668 YpsIP31758_2669     TRUE 0.790 195.000 0.175 1.000 Y NA
 3519490 3519491 YpsIP31758_2669 YpsIP31758_2670   lysP FALSE 0.033 262.000 0.000 1.000 N NA
 3519491 3519492 YpsIP31758_2670 YpsIP31758_2671 lysP   FALSE 0.194 110.000 0.000 NA   NA
 3519492 3519493 YpsIP31758_2671 YpsIP31758_2672     TRUE 0.829 2.000 0.000 NA   NA
 3519493 3519494 YpsIP31758_2672 YpsIP31758_2673     FALSE 0.017 405.000 0.000 NA   NA
 3519495 3519496 YpsIP31758_2674 YpsIP31758_2675   nfo FALSE 0.165 164.000 0.040 NA   NA
 3519497 3519498 YpsIP31758_2676 YpsIP31758_2677     TRUE 0.752 84.000 0.000 1.000 Y NA
 3519498 3519499 YpsIP31758_2677 YpsIP31758_2678     TRUE 0.803 127.000 0.400 NA   NA
 3519499 3519500 YpsIP31758_2678 YpsIP31758_2679     FALSE 0.007 545.000 0.000 NA   NA
 3519500 3519501 YpsIP31758_2679 YpsIP31758_2680     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 3519501 3519502 YpsIP31758_2680 YpsIP31758_2681   fruA FALSE 0.017 325.000 0.000 1.000 N NA
 3519502 3519503 YpsIP31758_2681 YpsIP31758_2682 fruA fruK TRUE 0.994 15.000 0.562 1.000 Y NA
 3519503 3519504 YpsIP31758_2682 YpsIP31758_2683 fruK   TRUE 0.992 -3.000 0.112 1.000 Y NA
 3519508 3519509 YpsIP31758_2687 YpsIP31758_2688     TRUE 0.978 36.000 0.375 1.000 Y NA
 3519509 3519510 YpsIP31758_2688 YpsIP31758_2689     TRUE 0.938 109.000 0.375 NA Y NA
 3519510 3519511 YpsIP31758_2689 YpsIP31758_2690   rpiA1 TRUE 0.684 116.000 0.000 NA Y NA
 3519511 3519512 YpsIP31758_2690 YpsIP31758_2691 rpiA1   TRUE 0.913 20.000 0.000 1.000 Y NA
 3519512 3519513 YpsIP31758_2691 YpsIP31758_2692     TRUE 0.810 4.000 0.065 1.000 N NA
 3519514 3519515 YpsIP31758_2693 YpsIP31758_2694     TRUE 0.783 12.000 0.017 0.038   NA
 3519515 3519516 YpsIP31758_2694 YpsIP31758_2695     TRUE 0.755 11.000 0.000 0.038 N NA
 3519518 3519519 YpsIP31758_2697 YpsIP31758_2698 mtr   TRUE 0.501 104.000 0.153 1.000 N NA
 3519520 3519521 YpsIP31758_2699 YpsIP31758_2700 uxuA   TRUE 0.785 -48.000 0.000 NA   NA
 3519522 3519523 YpsIP31758_2701 YpsIP31758_2702     FALSE 0.421 179.000 0.143 NA   NA
 3519525 3519526 YpsIP31758_2704 YpsIP31758_2705     FALSE 0.033 324.000 0.000 NA   NA
 3519526 3519527 YpsIP31758_2705 YpsIP31758_2706     TRUE 0.832 59.000 0.275 NA   NA
 3519527 3519528 YpsIP31758_2706 YpsIP31758_2707     FALSE 0.013 442.000 0.000 NA   NA
 3519530 3519531 YpsIP31758_2709 YpsIP31758_2710   rtn FALSE 0.051 284.000 0.000 NA   NA
 3519531 3519532 YpsIP31758_2710 YpsIP31758_2711 rtn   TRUE 0.822 82.000 0.394 NA N NA
 3519532 3519533 YpsIP31758_2711 YpsIP31758_2712     TRUE 0.995 10.000 0.848 0.055   NA
 3519533 3519534 YpsIP31758_2712 YpsIP31758_2713     TRUE 0.998 0.000 0.833 0.055   NA
 3519534 3519535 YpsIP31758_2713 YpsIP31758_2714     TRUE 0.997 2.000 0.758 1.000   NA
 3519536 3519537 YpsIP31758_2715 YpsIP31758_2716     FALSE 0.016 414.000 0.000 NA   NA
 3519537 3519538 YpsIP31758_2716 YpsIP31758_2717   bcr FALSE 0.016 413.000 0.000 NA   NA
 3519538 3519539 YpsIP31758_2717 YpsIP31758_2718 bcr rsuA TRUE 0.485 104.000 0.145 1.000 N NA
 3519540 3519541 YpsIP31758_2719 YpsIP31758_2720   rplY FALSE 0.219 162.000 0.024 0.011 N NA
 3519543 3519544 YpsIP31758_2722 YpsIP31758_2723     TRUE 0.484 28.000 0.040 NA   NA
 3519544 3519545 YpsIP31758_2723 YpsIP31758_4243     FALSE 0.199 104.000 0.000 NA   NA
 3519545 3519546 YpsIP31758_4243 YpsIP31758_2724     FALSE 0.350 49.000 0.000 NA   NA
 3519546 3519547 YpsIP31758_2724 YpsIP31758_2725     FALSE 0.024 357.000 0.000 NA   NA
 3519547 3519548 YpsIP31758_2725 YpsIP31758_2726     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3519548 3519549 YpsIP31758_2726 YpsIP31758_2727     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3519549 3519550 YpsIP31758_2727 YpsIP31758_2728     FALSE 0.006 587.000 0.000 NA   NA
 3519551 3519552 YpsIP31758_2729 YpsIP31758_2730     FALSE 0.080 291.000 0.000 0.017 N NA
 3519552 3519553 YpsIP31758_2730 YpsIP31758_2731     FALSE 0.044 298.000 0.000 NA   NA
 3519553 3519554 YpsIP31758_2731 YpsIP31758_2732     FALSE 0.208 97.000 0.000 NA   NA
 3519554 3519555 YpsIP31758_2732 YpsIP31758_2733     TRUE 0.995 -3.000 0.500 NA   NA
 3519555 3519556 YpsIP31758_2733 YpsIP31758_2734     TRUE 0.997 4.000 1.000 NA   NA
 3519556 3519557 YpsIP31758_2734 YpsIP31758_2735     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 3519557 3519558 YpsIP31758_2735 YpsIP31758_2736     TRUE 0.992 16.000 1.000 NA   NA
 3519558 3519559 YpsIP31758_2736 YpsIP31758_2737     TRUE 0.937 -3.000 0.074 NA   NA
 3519559 3519560 YpsIP31758_2737 YpsIP31758_2738     FALSE 0.106 282.000 0.074 NA   NA
 3519560 3519561 YpsIP31758_2738 YpsIP31758_2739     TRUE 0.911 121.000 0.667 NA   NA
 3519561 3519562 YpsIP31758_2739 YpsIP31758_2740     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 3519562 3519563 YpsIP31758_2740 YpsIP31758_2741     TRUE 0.990 22.000 1.000 NA   NA
 3519563 3519564 YpsIP31758_2741 YpsIP31758_2742     TRUE 0.995 -3.000 0.500 NA   NA
 3519564 3519565 YpsIP31758_2742 YpsIP31758_2743     TRUE 0.987 5.000 0.500 NA   NA
 3519565 3519566 YpsIP31758_2743 YpsIP31758_2744     FALSE 0.362 46.000 0.000 NA   NA
 3519566 3519567 YpsIP31758_2744 YpsIP31758_2745     FALSE 0.066 258.000 0.000 NA   NA
 3519567 3519568 YpsIP31758_2745 YpsIP31758_2746     TRUE 0.997 -24.000 0.400 1.000 Y NA
 3519568 3519569 YpsIP31758_2746 YpsIP31758_2747     TRUE 0.957 6.000 0.015 1.000 Y NA
 3519569 3519570 YpsIP31758_2747 YpsIP31758_2748     TRUE 0.472 33.000 0.044 NA   NA
 3519570 3519571 YpsIP31758_2748 YpsIP31758_2749     FALSE 0.105 211.000 0.000 NA   NA
 3519572 3519573 YpsIP31758_2750 YpsIP31758_2751     FALSE 0.126 206.000 0.000 1.000   NA
 3519573 3519574 YpsIP31758_2751 YpsIP31758_2752     FALSE 0.148 161.000 0.000 NA   NA
 3519574 3519575 YpsIP31758_2752 YpsIP31758_2753     FALSE 0.015 422.000 0.000 NA   NA
 3519580 3519581 YpsIP31758_2757 YpsIP31758_4244     FALSE 0.243 81.000 0.000 NA   NA
 3519581 3519582 YpsIP31758_4244 YpsIP31758_4245     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3519582 3519583 YpsIP31758_4245 YpsIP31758_2759     FALSE 0.059 270.000 0.000 NA   NA
 3519586 3519587 YpsIP31758_4318 YpsIP31758_2762 micF   FALSE 0.004 698.000 0.000 NA   NA
 3519587 3519588 YpsIP31758_2762 YpsIP31758_2763     FALSE 0.114 99.000 0.000 1.000 N NA
 3519588 3519589 YpsIP31758_2763 YpsIP31758_2764   rcsB TRUE 0.983 3.000 0.080 1.000 Y NA
 3519590 3519591 YpsIP31758_2765 YpsIP31758_2766 rcsC   FALSE 0.236 84.000 0.000 NA   NA
 3519591 3519592 YpsIP31758_2766 YpsIP31758_2767   gyrA TRUE 0.805 3.000 0.000 NA   NA
 3519593 3519594 YpsIP31758_2768 YpsIP31758_2769 ubiG nrdA FALSE 0.005 494.000 0.000 1.000 N NA
 3519594 3519595 YpsIP31758_2769 YpsIP31758_2770 nrdA   TRUE 0.990 162.000 1.000 0.001 Y NA
 3519595 3519596 YpsIP31758_2770 YpsIP31758_2771     TRUE 0.640 4.000 0.034 1.000 N NA
 3519596 3519597 YpsIP31758_2771 YpsIP31758_2772   eco FALSE 0.355 35.000 0.023 NA   NA
 3519603 3519604 YpsIP31758_2778 YpsIP31758_2779     FALSE 0.035 412.000 0.000 0.087   NA
 3519604 3519605 YpsIP31758_2779 YpsIP31758_2780     FALSE 0.401 125.000 0.103 NA   NA
 3519606 3519607 YpsIP31758_2781 YpsIP31758_2782 adiA adiC TRUE 0.944 70.000 0.286 1.000 Y NA
 3519607 3519608 YpsIP31758_2782 YpsIP31758_2783 adiC   FALSE 0.135 454.000 0.000 0.087 Y NA
 3519608 3519609 YpsIP31758_2783 YpsIP31758_2784     TRUE 0.999 -3.000 0.542 1.000 Y NA
 3519609 3519610 YpsIP31758_2784 YpsIP31758_2785     TRUE 0.998 -3.000 0.489 1.000 Y NA
 3519610 3519611 YpsIP31758_2785 YpsIP31758_2786     TRUE 0.633 261.000 0.521 1.000 N NA
 3519613 3519614 YpsIP31758_2788 YpsIP31758_2789     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3519614 3519615 YpsIP31758_2789 YpsIP31758_2790     FALSE 0.190 115.000 0.000 NA   NA
 3519615 3519616 YpsIP31758_2790 YpsIP31758_2791     TRUE 0.956 94.000 0.731 0.021   NA
 3519616 3519617 YpsIP31758_2791 YpsIP31758_2792     TRUE 0.998 -3.000 0.823 1.000   NA
 3519617 3519618 YpsIP31758_2792 YpsIP31758_2793     TRUE 0.999 0.000 0.758 0.055 Y NA
 3519618 3519619 YpsIP31758_2793 YpsIP31758_2794   urtA TRUE 0.960 178.000 0.654 1.000 Y NA
 3519619 3519620 YpsIP31758_2794 YpsIP31758_2795 urtA   FALSE 0.011 469.000 0.000 NA   NA
 3519620 3519621 YpsIP31758_2795 YpsIP31758_2796     FALSE 0.076 245.000 0.000 NA   NA
 3519621 3519622 YpsIP31758_2796 YpsIP31758_2797   phnE TRUE 0.998 3.000 0.491 0.000 Y NA
 3519622 3519623 YpsIP31758_2797 YpsIP31758_2798 phnE phnD TRUE 0.984 87.000 0.568 0.001 Y NA
 3519623 3519624 YpsIP31758_2798 YpsIP31758_2799 phnD phnC TRUE 0.993 37.000 0.589 0.002 Y NA
 3519624 3519625 YpsIP31758_2799 YpsIP31758_2800 phnC   FALSE 0.121 208.000 0.032 1.000   NA
 3519625 3519626 YpsIP31758_2800 YpsIP31758_2801     FALSE 0.367 185.000 0.125 NA   NA
 3519626 3519627 YpsIP31758_2801 YpsIP31758_2802     FALSE 0.165 142.000 0.000 NA   NA
 3519633 3519634 YpsIP31758_2808 YpsIP31758_2809     FALSE 0.043 300.000 0.000 NA   NA
 3519634 3519635 YpsIP31758_2809 YpsIP31758_2810     FALSE 0.020 378.000 0.000 NA   NA
 3519636 3519637 YpsIP31758_2811 YpsIP31758_2812     TRUE 0.796 52.000 0.236 1.000 N NA
 3519637 3519638 YpsIP31758_2812 YpsIP31758_2813     TRUE 0.979 14.000 0.545 1.000   NA
 3519638 3519639 YpsIP31758_2813 YpsIP31758_2814     TRUE 0.992 5.000 0.547 0.081   NA
 3519639 3519640 YpsIP31758_2814 YpsIP31758_2815     TRUE 0.987 13.000 0.609 0.005 N NA
 3519641 3519642 YpsIP31758_2816 YpsIP31758_2817     TRUE 0.650 11.000 0.000 NA   NA
 3519644 3519645 YpsIP31758_2819 YpsIP31758_2820   zraR FALSE 0.014 348.000 0.000 1.000 N NA
 3519645 3519646 YpsIP31758_2820 YpsIP31758_2821 zraR   TRUE 0.986 -13.000 0.000 0.011 Y NA
 3519648 3519649 YpsIP31758_2823 YpsIP31758_2824 xapB xapA FALSE 0.422 139.000 0.111 1.000   NA
 3519654 3519655 YpsIP31758_2829 YpsIP31758_2830 betI betB TRUE 0.901 58.000 0.459 1.000 N NA
 3519655 3519656 YpsIP31758_2830 YpsIP31758_2831 betB betA TRUE 0.971 23.000 0.634 1.000 N NA
 3519657 3519658 YpsIP31758_2832 YpsIP31758_2833   moaE FALSE 0.144 143.000 0.025 NA   NA
 3519658 3519659 YpsIP31758_2833 YpsIP31758_2834 moaE moaD TRUE 0.999 0.000 0.501 0.002 Y NA
 3519659 3519660 YpsIP31758_2834 YpsIP31758_2835 moaD moaC TRUE 0.997 -3.000 0.175 0.002 Y NA
 3519660 3519661 YpsIP31758_2835 YpsIP31758_2836 moaC moaA TRUE 0.646 223.000 0.039 0.002 Y NA
 3519663 3519664 YpsIP31758_2838 YpsIP31758_2839   uvrB FALSE 0.020 311.000 0.003 NA   NA
 3519666 3519667 YpsIP31758_2841 YpsIP31758_2842 bioD2 bioC TRUE 0.991 -7.000 0.054 0.002 Y NA
 3519667 3519668 YpsIP31758_2842 YpsIP31758_2843 bioC bioF TRUE 0.994 -16.000 0.133 0.002 Y NA
 3519668 3519669 YpsIP31758_2843 YpsIP31758_2844 bioF bioB TRUE 0.996 0.000 0.168 0.002 Y NA
 3519673 3519674 YpsIP31758_2848 YpsIP31758_2849 modC modB TRUE 0.999 -6.000 0.537 0.001 Y NA
 3519674 3519675 YpsIP31758_2849 YpsIP31758_2850 modB modA TRUE 0.999 0.000 0.627 0.001 Y NA
 3519675 3519676 YpsIP31758_2850 YpsIP31758_2851 modA   FALSE 0.161 235.000 0.072 NA   NA
 3519677 3519678 YpsIP31758_2852 YpsIP31758_2853 modE modF FALSE 0.338 110.000 0.028 0.081   NA
 3519678 3519679 YpsIP31758_2853 YpsIP31758_2854 modF   FALSE 0.062 216.000 0.009 NA   NA
 3519679 3519680 YpsIP31758_2854 YpsIP31758_2855   galE FALSE 0.024 360.000 0.000 NA   NA
 3519680 3519681 YpsIP31758_2855 YpsIP31758_2856 galE galT TRUE 0.867 10.000 0.053 0.001 N NA
 3519681 3519682 YpsIP31758_2856 YpsIP31758_2857 galT galK TRUE 0.994 -3.000 0.370 0.001 N NA
 3519682 3519683 YpsIP31758_2857 YpsIP31758_2858 galK galM TRUE 0.994 -6.000 0.083 0.001 Y NA
 3519683 3519684 YpsIP31758_2858 YpsIP31758_2859 galM psiF FALSE 0.047 293.000 0.000 NA   NA
 3519689 3519690 YpsIP31758_2864 YpsIP31758_2865 pnuC nadA TRUE 0.673 122.000 0.023 1.000 Y NA
 3519690 3519691 YpsIP31758_2865 YpsIP31758_4246 nadA   FALSE 0.022 369.000 0.000 NA   NA
 3519691 3519692 YpsIP31758_4246 YpsIP31758_4247     FALSE 0.208 97.000 0.000 NA   NA
 3519692 3519693 YpsIP31758_4247 YpsIP31758_4248     FALSE 0.208 97.000 0.000 NA   NA
 3519693 3519694 YpsIP31758_4248 YpsIP31758_4249     FALSE 0.208 97.000 0.000 NA   NA
 3519694 3519695 YpsIP31758_4249 YpsIP31758_4250     FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3519695 3519696 YpsIP31758_4250 YpsIP31758_4251     FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3519696 3519697 YpsIP31758_4251 YpsIP31758_4252     FALSE 0.449 28.000 0.000 NA   NA
 3519697 3519698 YpsIP31758_4252 YpsIP31758_4253     FALSE 0.455 27.000 0.000 NA   NA
 3519698 3519699 YpsIP31758_4253 YpsIP31758_2866   ygbF FALSE 0.124 190.000 0.000 NA   NA
 3519699 3519700 YpsIP31758_2866 YpsIP31758_2867 ygbF pal TRUE 0.854 10.000 0.088 1.000   NA
 3519700 3519701 YpsIP31758_2867 YpsIP31758_2868 pal tolB TRUE 0.941 51.000 0.592 1.000 N NA
 3519701 3519702 YpsIP31758_2868 YpsIP31758_2869 tolB tolA FALSE 0.137 120.000 0.051 NA N NA
 3519702 3519703 YpsIP31758_2869 YpsIP31758_2870 tolA tolR FALSE 0.358 112.000 0.114 NA N NA
 3519703 3519704 YpsIP31758_2870 YpsIP31758_2871 tolR tolQ TRUE 0.996 13.000 0.556 0.069 Y NA
 3519704 3519705 YpsIP31758_2871 YpsIP31758_2872 tolQ ybgC TRUE 0.995 0.000 0.593 1.000   NA
 3519705 3519706 YpsIP31758_2872 YpsIP31758_2873 ybgC   FALSE 0.368 132.000 0.095 NA   NA
 3519706 3519707 YpsIP31758_2873 YpsIP31758_2874     TRUE 0.986 -10.000 0.310 NA   NA
 3519707 3519708 YpsIP31758_2874 YpsIP31758_2875   cydB TRUE 0.885 13.000 0.149 NA   NA
 3519708 3519709 YpsIP31758_2875 YpsIP31758_2876 cydB cydA TRUE 0.991 15.000 0.348 0.032 Y NA
 3519709 3519710 YpsIP31758_2876 YpsIP31758_2877 cydA   FALSE 0.002 806.000 0.000 1.000 N NA
 3519710 3519711 YpsIP31758_2877 YpsIP31758_2878   sucD FALSE 0.079 163.000 0.000 1.000 N NA
 3519711 3519712 YpsIP31758_2878 YpsIP31758_2879 sucD sucC TRUE 1.000 0.000 0.806 0.000 Y NA
 3519712 3519713 YpsIP31758_2879 YpsIP31758_2880 sucC sucB TRUE 0.838 113.000 0.136 1.000 Y NA
 3519713 3519714 YpsIP31758_2880 YpsIP31758_2881 sucB sucA TRUE 0.992 30.000 0.667 1.000 Y NA
 3519714 3519715 YpsIP31758_2881 YpsIP31758_2882 sucA sdhB FALSE 0.248 356.000 0.067 1.000 Y NA
 3519715 3519716 YpsIP31758_2882 YpsIP31758_2883 sdhB sdhA TRUE 0.991 50.000 0.604 0.002 Y NA
 3519716 3519717 YpsIP31758_2883 YpsIP31758_2884 sdhA sdhD TRUE 0.999 1.000 0.705 0.002 Y NA
 3519717 3519718 YpsIP31758_2884 YpsIP31758_2885 sdhD sdhC TRUE 0.999 -6.000 0.453 0.000 Y NA
 3519721 3519722 YpsIP31758_2888 YpsIP31758_2889   recN TRUE 0.584 87.000 0.170 1.000 N NA
 3519722 3519723 YpsIP31758_2889 YpsIP31758_2890 recN   FALSE 0.161 114.000 0.049 1.000 N NA
 3519724 3519725 YpsIP31758_2891 YpsIP31758_2892     TRUE 0.957 -7.000 0.124 NA   NA
 3519726 3519727 YpsIP31758_2893 YpsIP31758_4254 smpB   FALSE 0.350 49.000 0.000 NA   NA
 3519727 3519728 YpsIP31758_4254 YpsIP31758_2895     FALSE 0.121 194.000 0.000 NA   NA
 3519728 3519729 YpsIP31758_2895 YpsIP31758_2896     TRUE 0.576 49.000 0.000 0.043   NA
 3519729 3519730 YpsIP31758_2896 YpsIP31758_2897     FALSE 0.003 949.000 0.000 NA   NA
 3519730 3519731 YpsIP31758_2897 YpsIP31758_2898     FALSE 0.035 316.000 0.000 NA   NA
 3519731 3519732 YpsIP31758_2898 YpsIP31758_2899     FALSE 0.282 332.000 0.276 1.000   NA
 3519732 3519733 YpsIP31758_2899 YpsIP31758_2900     FALSE 0.172 133.000 0.000 NA   NA
 3519733 3519734 YpsIP31758_2900 YpsIP31758_2901   fldA FALSE 0.256 73.000 0.000 NA   NA
 3519734 3519735 YpsIP31758_2901 YpsIP31758_2902 fldA   FALSE 0.088 367.000 0.156 1.000 N NA
 3519740 3519741 YpsIP31758_2907 YpsIP31758_2908 glnS nagE FALSE 0.026 215.000 0.018 1.000 N NA
 3519742 3519743 YpsIP31758_2909 YpsIP31758_2910 nagB nagA TRUE 0.995 20.000 0.557 0.001 Y NA
 3519743 3519744 YpsIP31758_2910 YpsIP31758_2911 nagA nagC TRUE 0.993 17.000 0.571 1.000 Y NA
 3519744 3519745 YpsIP31758_2911 YpsIP31758_2912 nagC nagD TRUE 0.821 73.000 0.070 1.000 Y NA
 3519745 3519746 YpsIP31758_2912 YpsIP31758_2913 nagD asnB FALSE 0.013 355.000 0.000 1.000 N NA
 3519746 3519747 YpsIP31758_2913 YpsIP31758_4255 asnB   FALSE 0.011 457.000 0.000 NA   NA
 3519747 3519748 YpsIP31758_4255 YpsIP31758_4256     TRUE 0.723 6.000 0.000 NA   NA
 3519748 3519749 YpsIP31758_4256 YpsIP31758_4257     FALSE 0.441 29.000 0.000 NA   NA
 3519749 3519750 YpsIP31758_4257 YpsIP31758_4258     FALSE 0.238 83.000 0.000 NA   NA
 3519750 3519751 YpsIP31758_4258 YpsIP31758_4259     FALSE 0.431 31.000 0.000 NA   NA
 3519751 3519752 YpsIP31758_4259 YpsIP31758_4260     TRUE 0.771 4.000 0.000 NA   NA
 3519754 3519755 YpsIP31758_2915 YpsIP31758_2916 miaB   FALSE 0.188 327.000 0.220 1.000 N NA
 3519755 3519756 YpsIP31758_2916 YpsIP31758_2917     TRUE 0.994 -3.000 0.457 NA   NA
 3519756 3519757 YpsIP31758_2917 YpsIP31758_2918   corC TRUE 0.532 118.000 0.150 NA   NA
 3519757 3519758 YpsIP31758_2918 YpsIP31758_2919 corC lnt TRUE 0.985 8.000 0.557 1.000 N NA
 3519758 3519759 YpsIP31758_2919 YpsIP31758_2920 lnt gltI FALSE 0.002 797.000 0.000 1.000 N NA
 3519759 3519760 YpsIP31758_2920 YpsIP31758_2921 gltI gltJ TRUE 0.837 174.000 0.150 0.054 Y NA
 3519760 3519761 YpsIP31758_2921 YpsIP31758_2922 gltJ gltK TRUE 1.000 0.000 0.933 0.015 Y NA
 3519761 3519762 YpsIP31758_2922 YpsIP31758_2923 gltK gltL TRUE 0.997 0.000 0.379 1.000 Y NA
 3519764 3519765 YpsIP31758_2925 YpsIP31758_2926   leuS FALSE 0.306 59.000 0.000 NA   NA
 3519765 3519766 YpsIP31758_2926 YpsIP31758_2927 leuS rlpB TRUE 0.867 15.000 0.182 NA N NA
 3519766 3519767 YpsIP31758_2927 YpsIP31758_2928 rlpB holA TRUE 0.974 -3.000 0.199 NA N NA
 3519767 3519768 YpsIP31758_2928 YpsIP31758_2929 holA nadD TRUE 0.787 -10.000 0.045 1.000 N NA
 3519769 3519770 YpsIP31758_2930 YpsIP31758_2931     FALSE 0.098 218.000 0.000 NA   NA
 3519770 3519771 YpsIP31758_2931 YpsIP31758_2932     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3519771 3519772 YpsIP31758_2932 YpsIP31758_2933     FALSE 0.333 53.000 0.000 NA   NA
 3519772 3519773 YpsIP31758_2933 YpsIP31758_2934     TRUE 0.998 -16.000 1.000 NA   NA
 3519773 3519774 YpsIP31758_2934 YpsIP31758_2935     TRUE 0.998 -3.000 0.833 NA   NA
 3519774 3519775 YpsIP31758_2935 YpsIP31758_2936     TRUE 0.997 -18.000 0.833 NA   NA
 3519775 3519776 YpsIP31758_2936 YpsIP31758_2937     TRUE 0.997 4.000 1.000 NA   NA
 3519776 3519777 YpsIP31758_2937 YpsIP31758_2938     TRUE 0.997 2.000 0.800 NA   NA
 3519777 3519778 YpsIP31758_2938 YpsIP31758_2939     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3519778 3519779 YpsIP31758_2939 YpsIP31758_2940     FALSE 0.280 65.000 0.000 NA   NA
 3519779 3519780 YpsIP31758_2940 YpsIP31758_2941     TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3519780 3519781 YpsIP31758_2941 YpsIP31758_2942     TRUE 0.786 -46.000 0.000 NA   NA
 3519781 3519782 YpsIP31758_2942 YpsIP31758_2943     TRUE 0.985 -3.000 0.250 NA   NA
 3519782 3519783 YpsIP31758_2943 YpsIP31758_2944     TRUE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 3519783 3519784 YpsIP31758_2944 YpsIP31758_2945     FALSE 0.008 534.000 0.000 NA   NA
 3519785 3519786 YpsIP31758_2946 YpsIP31758_2947 int   FALSE 0.253 75.000 0.000 NA   NA
 3519786 3519787 YpsIP31758_2947 YpsIP31758_2948     TRUE 0.978 4.000 0.307 NA   NA
 3519787 3519788 YpsIP31758_2948 YpsIP31758_2949   mrdA FALSE 0.232 82.000 0.031 NA   NA
 3519788 3519789 YpsIP31758_2949 YpsIP31758_2950 mrdA mrdB FALSE 0.080 213.000 0.046 1.000 N NA
 3519789 3519790 YpsIP31758_2950 YpsIP31758_2951 mrdB   FALSE 0.447 10.000 0.035 NA N NA
 3519790 3519791 YpsIP31758_2951 YpsIP31758_2952     TRUE 0.605 403.000 0.475 NA Y NA
 3519791 3519792 YpsIP31758_2952 YpsIP31758_2953     FALSE 0.240 198.000 0.081 NA   NA
 3519792 3519793 YpsIP31758_2953 YpsIP31758_2954   lipB TRUE 0.490 212.000 0.219 NA   NA
 3519793 3519794 YpsIP31758_2954 YpsIP31758_2955 lipB lipA TRUE 0.928 193.000 0.319 0.000 Y NA
 3519800 3519801 YpsIP31758_2961 YpsIP31758_2962     FALSE 0.250 77.000 0.000 NA   NA
 3519806 3519807 YpsIP31758_2967 YpsIP31758_2968     TRUE 0.984 10.000 0.199 1.000 Y NA
 3519807 3519808 YpsIP31758_2968 YpsIP31758_2969     TRUE 0.795 99.000 0.086 1.000 Y NA
 3519808 3519809 YpsIP31758_2969 YpsIP31758_2970     TRUE 0.498 55.000 0.064 1.000   NA
 3519809 3519810 YpsIP31758_2970 YpsIP31758_2971   rbsC5 TRUE 0.860 24.000 0.176 1.000   NA
 3519810 3519811 YpsIP31758_2971 YpsIP31758_2972 rbsC5 rbsA4 TRUE 0.995 12.000 0.444 0.009 Y NA
 3519811 3519812 YpsIP31758_2972 YpsIP31758_2973 rbsA4 rbsB4 TRUE 0.992 49.000 0.667 0.009 Y NA
 3519812 3519813 YpsIP31758_2973 YpsIP31758_2974 rbsB4   TRUE 0.892 90.000 0.500 1.000   NA
 3519813 3519814 YpsIP31758_2974 YpsIP31758_2975     FALSE 0.148 161.000 0.000 NA   NA
 3519814 3519815 YpsIP31758_2975 YpsIP31758_2976     TRUE 0.815 -16.000 0.000 NA   NA
 3519815 3519816 YpsIP31758_2976 YpsIP31758_2977   mmsA TRUE 0.739 14.000 0.093 1.000 N NA
 3519817 3519818 YpsIP31758_2978 YpsIP31758_2979     FALSE 0.009 540.000 0.000 1.000   NA
 3519818 3519819 YpsIP31758_2979 YpsIP31758_2980   pbpC TRUE 0.635 57.000 0.116 1.000   NA
 3519822 3519823 YpsIP31758_2983 YpsIP31758_2984     TRUE 0.482 24.000 0.000 NA   NA
 3519824 3519825 YpsIP31758_2985 YpsIP31758_2986     FALSE 0.008 535.000 0.000 NA   NA
 3519825 3519826 YpsIP31758_2986 YpsIP31758_2987     FALSE 0.302 60.000 0.000 NA   NA
 3519827 3519828 YpsIP31758_2988 YpsIP31758_2989     FALSE 0.221 91.000 0.000 NA   NA
 3519828 3519829 YpsIP31758_2989 YpsIP31758_2990     FALSE 0.431 31.000 0.000 NA   NA
 3519830 3519831 YpsIP31758_2991 YpsIP31758_2992     FALSE 0.401 36.000 0.000 NA   NA
 3519831 3519832 YpsIP31758_2992 YpsIP31758_2993     TRUE 0.920 -7.000 0.068 NA   NA
 3519832 3519833 YpsIP31758_2993 YpsIP31758_2994     FALSE 0.155 156.000 0.000 NA   NA
 3519834 3519835 YpsIP31758_2995 YpsIP31758_2996     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3519835 3519836 YpsIP31758_2996 YpsIP31758_2997     FALSE 0.407 35.000 0.000 NA   NA
 3519837 3519838 YpsIP31758_2998 YpsIP31758_2999     TRUE 0.966 26.000 0.438 0.022   NA
 3519839 3519840 YpsIP31758_3000 YpsIP31758_3001     FALSE 0.003 1722.000 0.000 NA   NA
 3519840 3519841 YpsIP31758_3001 YpsIP31758_3002     TRUE 0.886 -18.000 0.063 NA   NA
 3519841 3519842 YpsIP31758_3002 YpsIP31758_3003     TRUE 0.996 -7.000 0.285 NA Y NA
 3519842 3519843 YpsIP31758_3003 YpsIP31758_3004     TRUE 0.987 -3.000 0.054 NA Y NA
 3519843 3519844 YpsIP31758_3004 YpsIP31758_3005   cdsA2 TRUE 0.954 10.000 0.238 1.000   NA
 3519844 3519845 YpsIP31758_3005 YpsIP31758_3006 cdsA2   TRUE 0.986 -7.000 0.179 0.002   NA
 3519845 3519846 YpsIP31758_3006 YpsIP31758_3007     FALSE 0.386 39.000 0.000 NA   NA
 3519846 3519847 YpsIP31758_3007 YpsIP31758_3008     FALSE 0.375 42.000 0.000 NA   NA
 3519848 3519849 YpsIP31758_3009 YpsIP31758_3010     FALSE 0.097 219.000 0.000 NA   NA
 3519849 3519850 YpsIP31758_3010 YpsIP31758_3011     TRUE 0.818 -15.000 0.000 NA   NA
 3519852 3519853 YpsIP31758_3012 YpsIP31758_3013 folD   TRUE 0.701 15.000 0.055 1.000   NA
 3519855 3519856 YpsIP31758_3015 YpsIP31758_3016 ppiB lpxH TRUE 0.949 11.000 0.237 1.000   NA
 3519856 3519857 YpsIP31758_3016 YpsIP31758_3017 lpxH purE FALSE 0.038 296.000 0.016 1.000   NA
 3519857 3519858 YpsIP31758_3017 YpsIP31758_3018 purE purK TRUE 0.996 -3.000 0.136 0.000 Y NA
 3519859 3519860 YpsIP31758_3019 YpsIP31758_3020     TRUE 0.999 -3.000 0.535 1.000 Y NA
 3519861 3519862 YpsIP31758_3021 YpsIP31758_3022     FALSE 0.043 387.000 0.072 1.000   NA
 3519862 3519863 YpsIP31758_3022 YpsIP31758_3023     TRUE 0.566 77.000 0.118 1.000   NA
 3519863 3519864 YpsIP31758_3023 YpsIP31758_3024     TRUE 0.658 195.000 0.075 1.000 Y NA
 3519864 3519865 YpsIP31758_3024 YpsIP31758_3025     TRUE 0.995 3.000 0.313 NA Y NA
 3519867 3519868 YpsIP31758_3027 YpsIP31758_3028     FALSE 0.040 272.000 0.018 NA   NA
 3519870 3519871 YpsIP31758_3029 YpsIP31758_3030 ybaK   FALSE 0.130 183.000 0.000 NA   NA
 3519871 3519872 YpsIP31758_3030 YpsIP31758_3031     TRUE 0.791 -31.000 0.000 NA   NA
 3519874 3519875 YpsIP31758_3033 YpsIP31758_3034 fsr   TRUE 0.559 235.000 0.000 0.063 Y NA
 3519876 3519877 YpsIP31758_3035 YpsIP31758_3036 gsk wzz FALSE 0.059 204.000 0.000 1.000 N NA
 3519877 3519878 YpsIP31758_3036 YpsIP31758_3037 wzz manB1 FALSE 0.216 48.000 0.000 1.000 N NA
 3519878 3519879 YpsIP31758_3037 YpsIP31758_3038 manB1   TRUE 0.655 5.000 0.049 NA N NA
 3519879 3519880 YpsIP31758_3038 YpsIP31758_3039   manC TRUE 0.982 3.000 0.073 NA Y NA
 3519880 3519881 YpsIP31758_3039 YpsIP31758_3040 manC fcl TRUE 0.602 173.000 0.028 1.000 Y NA
 3519881 3519882 YpsIP31758_3040 YpsIP31758_3041 fcl gmd TRUE 0.994 6.000 0.254 0.006 Y NA
 3519882 3519883 YpsIP31758_3041 YpsIP31758_3042 gmd   TRUE 0.924 16.000 0.000 1.000 Y NA
 3519883 3519884 YpsIP31758_3042 YpsIP31758_3043   wzy FALSE 0.073 249.000 0.000 NA   NA
 3519884 3519885 YpsIP31758_3043 YpsIP31758_3044 wzy   TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3519885 3519886 YpsIP31758_3044 YpsIP31758_3045     FALSE 0.138 172.000 0.000 NA   NA
 3519886 3519887 YpsIP31758_3045 YpsIP31758_3046     TRUE 0.650 11.000 0.000 NA   NA
 3519887 3519888 YpsIP31758_3046 YpsIP31758_3047   wbyH FALSE 0.117 199.000 0.000 NA   NA
 3519888 3519889 YpsIP31758_3047 YpsIP31758_3048 wbyH prt TRUE 0.647 1.000 0.000 NA N NA
 3519889 3519890 YpsIP31758_3048 YpsIP31758_3049 prt ddhC TRUE 0.906 37.000 0.000 0.021 Y NA
 3519890 3519891 YpsIP31758_3049 YpsIP31758_3050 ddhC ddhB TRUE 0.978 18.000 0.247 1.000 Y NA
 3519891 3519892 YpsIP31758_3050 YpsIP31758_3051 ddhB ddhA TRUE 0.998 -97.000 0.624 1.000 Y NA
 3519892 3519893 YpsIP31758_3051 YpsIP31758_3052 ddhA ddhD FALSE 0.273 38.000 0.038 1.000 N NA
 3519893 3519894 YpsIP31758_3052 YpsIP31758_3053 ddhD hemH FALSE 0.003 598.000 0.000 1.000 N NA
 3519894 3519895 YpsIP31758_3053 YpsIP31758_3054 hemH adk FALSE 0.038 90.000 0.008 1.000 N NA
 3519895 3519896 YpsIP31758_3054 YpsIP31758_3055 adk htpG FALSE 0.128 227.000 0.035 0.079 N NA
 3519896 3519897 YpsIP31758_3055 YpsIP31758_3056 htpG   FALSE 0.471 25.000 0.000 NA   NA
 3519897 3519898 YpsIP31758_3056 YpsIP31758_3057   recR TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3519898 3519899 YpsIP31758_3057 YpsIP31758_3058 recR   TRUE 0.995 0.000 0.604 NA   NA
 3519899 3519900 YpsIP31758_3058 YpsIP31758_3059   dnaX TRUE 0.904 56.000 0.411 NA   NA
 3519900 3519901 YpsIP31758_3059 YpsIP31758_3060 dnaX apt FALSE 0.009 656.000 0.088 1.000 N NA
 3519902 3519903 YpsIP31758_3061 YpsIP31758_3062   priC FALSE 0.117 199.000 0.000 NA   NA
 3519903 3519904 YpsIP31758_3062 YpsIP31758_3063 priC   TRUE 0.800 171.000 0.474 NA   NA
 3519905 3519906 YpsIP31758_3064 YpsIP31758_3065 kefA   FALSE 0.036 296.000 0.054 NA N NA
 3519906 3519907 YpsIP31758_3065 YpsIP31758_3066   acrR TRUE 0.679 13.000 0.075 NA N NA
 3519908 3519909 YpsIP31758_3067 YpsIP31758_3068 acrA acrB TRUE 0.965 17.000 0.500 1.000 N NA
 3519909 3519910 YpsIP31758_3068 YpsIP31758_3069 acrB   FALSE 0.019 186.000 0.008 1.000 N NA
 3519910 3519911 YpsIP31758_3069 YpsIP31758_3070   rpmJ TRUE 0.861 16.000 0.083 0.010   NA
 3519911 3519912 YpsIP31758_3070 YpsIP31758_3071 rpmJ   FALSE 0.004 874.000 0.000 1.000   NA
 3519912 3519913 YpsIP31758_3071 YpsIP31758_3072     TRUE 0.773 159.000 0.400 NA   NA
 3519913 3519914 YpsIP31758_3072 YpsIP31758_3073     TRUE 0.555 49.000 0.080 NA   NA
 3519919 3519920 YpsIP31758_3077 YpsIP31758_3078 amt glnK TRUE 0.733 37.000 0.156 1.000 N NA
 3519920 3519921 YpsIP31758_3078 YpsIP31758_3079 glnK mdlB FALSE 0.005 435.000 0.028 1.000 N NA
 3519921 3519922 YpsIP31758_3079 YpsIP31758_3080 mdlB mdlA TRUE 1.000 -7.000 0.911 0.005 Y NA
 3519922 3519923 YpsIP31758_3080 YpsIP31758_3081 mdlA   TRUE 0.561 102.000 0.179 1.000 N NA
 3519926 3519927 YpsIP31758_3084 YpsIP31758_3085   queC FALSE 0.041 297.000 0.019 1.000   NA
 3519928 3519929 YpsIP31758_3086 YpsIP31758_3087     FALSE 0.030 354.000 0.000 1.000   NA
 3519929 3519930 YpsIP31758_3087 YpsIP31758_3088     FALSE 0.091 140.000 0.000 1.000 N NA
 3519930 3519931 YpsIP31758_3088 YpsIP31758_3089   hupB FALSE 0.032 301.000 0.046 1.000 N NA
 3519931 3519932 YpsIP31758_3089 YpsIP31758_3090 hupB lon FALSE 0.011 218.000 0.005 1.000 N NA
 3519932 3519933 YpsIP31758_3090 YpsIP31758_3091 lon clpX TRUE 0.851 195.000 0.201 0.079 Y NA
 3519933 3519934 YpsIP31758_3091 YpsIP31758_3092 clpX clpP TRUE 0.883 206.000 0.352 1.000 Y NA
 3519934 3519935 YpsIP31758_3092 YpsIP31758_3093 clpP tig FALSE 0.403 462.000 0.351 1.000 Y NA
 3519935 3519936 YpsIP31758_3093 YpsIP31758_3094 tig bolA FALSE 0.005 417.000 0.000 NA N NA
 3519937 3519938 YpsIP31758_3095 YpsIP31758_3096     TRUE 0.651 117.000 0.256 NA N NA
 3519938 3519939 YpsIP31758_3096 YpsIP31758_3097     FALSE 0.047 292.000 0.000 NA   NA
 3519939 3519940 YpsIP31758_3097 YpsIP31758_3098   cyoA FALSE 0.022 370.000 0.000 NA   NA
 3519940 3519941 YpsIP31758_3098 YpsIP31758_3099 cyoA cyoB TRUE 0.993 5.000 0.204 0.004 Y NA
 3519941 3519942 YpsIP31758_3099 YpsIP31758_3100 cyoB cyoC TRUE 0.999 -10.000 0.697 0.032 Y NA
 3519942 3519943 YpsIP31758_3100 YpsIP31758_3101 cyoC cyoD TRUE 0.999 0.000 0.485 0.032 Y NA
 3519943 3519944 YpsIP31758_3101 YpsIP31758_3102 cyoD cyoE TRUE 0.864 14.000 0.118 0.063 N NA
 3519944 3519945 YpsIP31758_3102 YpsIP31758_3103 cyoE   FALSE 0.022 484.000 0.061 0.063 N NA
 3519947 3519948 YpsIP31758_3105 YpsIP31758_3106   panE FALSE 0.178 126.000 0.000 NA   NA
 3519948 3519949 YpsIP31758_3106 YpsIP31758_3107 panE   TRUE 0.951 -37.000 0.155 NA   NA
 3519950 3519951 YpsIP31758_3108 YpsIP31758_3109 thiI   FALSE 0.206 98.000 0.000 NA   NA
 3519952 3519953 YpsIP31758_3110 YpsIP31758_3111 xseB ispA TRUE 0.607 5.000 0.035 1.000 N NA
 3519953 3519954 YpsIP31758_3111 YpsIP31758_3112 ispA dxs TRUE 0.664 172.000 0.060 1.000 Y NA
 3519955 3519956 YpsIP31758_3113 YpsIP31758_3114   thiL TRUE 0.973 -7.000 0.206 1.000 N NA
 3519956 3519957 YpsIP31758_3114 YpsIP31758_3115 thiL nusB FALSE 0.383 241.000 0.225 1.000 N NA
 3519957 3519958 YpsIP31758_3115 YpsIP31758_3116 nusB ribH TRUE 0.931 21.000 0.347 1.000 N NA
 3519958 3519959 YpsIP31758_3116 YpsIP31758_3117 ribH ribD TRUE 0.785 136.000 0.034 0.001 Y NA
 3519959 3519960 YpsIP31758_3117 YpsIP31758_3118 ribD nrdR TRUE 0.651 132.000 0.277 NA N NA
 3519960 3519961 YpsIP31758_3118 YpsIP31758_3119 nrdR   FALSE 0.261 71.000 0.000 NA   NA
 3519961 3519962 YpsIP31758_3119 YpsIP31758_3120   secF FALSE 0.070 253.000 0.000 NA   NA
 3519962 3519963 YpsIP31758_3120 YpsIP31758_3121 secF secD TRUE 0.990 11.000 0.206 0.000 Y NA
 3519963 3519964 YpsIP31758_3121 YpsIP31758_3122 secD yajC TRUE 0.892 28.000 0.045 NA Y NA
 3519964 3519965 YpsIP31758_3122 YpsIP31758_3123 yajC tgt TRUE 0.730 112.000 0.325 NA N NA
 3519965 3519966 YpsIP31758_3123 YpsIP31758_3124 tgt queA TRUE 0.968 93.000 0.360 0.000 Y NA
 3519967 3519968 YpsIP31758_3125 YpsIP31758_3126 acpH   FALSE 0.024 339.000 0.014 1.000   NA
 3519968 3519969 YpsIP31758_3126 YpsIP31758_3127     FALSE 0.079 163.000 0.000 1.000 N NA
 3519969 3519970 YpsIP31758_3127 YpsIP31758_3128   ggt FALSE 0.007 428.000 0.000 1.000 N NA
 3519970 3519971 YpsIP31758_3128 YpsIP31758_3130 ggt   FALSE 0.170 136.000 0.000 NA   NA
 3519972 3519973 YpsIP31758_3129 YpsIP31758_3131   malZ FALSE 0.173 155.000 0.031 1.000   NA
 3519973 3519974 YpsIP31758_3131 YpsIP31758_3132 malZ proY FALSE 0.018 578.000 0.123 1.000 N NA
 3519974 3519975 YpsIP31758_3132 YpsIP31758_3133 proY brnQ TRUE 0.951 76.000 0.261 0.063 Y NA
 3519975 3519976 YpsIP31758_3133 YpsIP31758_3134 brnQ   FALSE 0.005 474.000 0.000 1.000 N NA
 3519976 3519977 YpsIP31758_3134 YpsIP31758_3135   phoR TRUE 0.820 22.000 0.168 1.000 N NA
 3519977 3519978 YpsIP31758_3135 YpsIP31758_3136 phoR phoB TRUE 0.990 25.000 0.453 0.052 Y NA
 3519978 3519979 YpsIP31758_3136 YpsIP31758_3137 phoB   FALSE 0.436 30.000 0.000 NA   NA
 3519980 3519981 YpsIP31758_3138 YpsIP31758_3139 sbcD sbcC TRUE 0.998 -3.000 0.669 0.001 N NA
 3519984 3519985 YpsIP31758_3142 YpsIP31758_3143   aroL FALSE 0.006 497.000 0.016 NA   NA
 3519985 3519986 YpsIP31758_3143 YpsIP31758_3144 aroL   FALSE 0.039 247.000 0.000 1.000 N NA
 3519986 3519987 YpsIP31758_3144 YpsIP31758_3145     FALSE 0.002 731.000 0.000 1.000 N NA
 3519987 3519988 YpsIP31758_3145 YpsIP31758_3146     TRUE 0.789 -36.000 0.000 NA   NA
 3519988 3519989 YpsIP31758_3146 YpsIP31758_3147     FALSE 0.310 58.000 0.000 NA   NA
 3519989 3519990 YpsIP31758_3147 YpsIP31758_3148     FALSE 0.165 198.000 0.053 NA   NA
 3519990 3519991 YpsIP31758_3148 YpsIP31758_3149   proA FALSE 0.011 337.000 0.000 NA N NA
 3519991 3519992 YpsIP31758_3149 YpsIP31758_3150 proA proB TRUE 0.972 10.000 0.026 0.001 Y NA
 3519992 3519993 YpsIP31758_3150 YpsIP31758_3151 proB crl TRUE 0.625 177.000 0.262 NA   NA
 3519993 3519994 YpsIP31758_3151 YpsIP31758_3152 crl yafA TRUE 0.549 60.000 0.095 NA   NA
 3519994 3519995 YpsIP31758_3152 YpsIP31758_3153 yafA gpt FALSE 0.442 127.000 0.120 NA   NA
 3520001 3520002 YpsIP31758_3159 YpsIP31758_3160     TRUE 0.975 13.000 0.481 NA   NA
 3520002 3520003 YpsIP31758_3160 YpsIP31758_3161   nqrF TRUE 0.956 26.000 0.519 1.000 N NA
 3520003 3520004 YpsIP31758_3161 YpsIP31758_3162 nqrF nqrE2 TRUE 0.996 16.000 0.551 0.002 Y NA
 3520004 3520005 YpsIP31758_3162 YpsIP31758_3163 nqrE2 nqrD TRUE 0.991 7.000 0.188 0.002 Y NA
 3520005 3520006 YpsIP31758_3163 YpsIP31758_3164 nqrD nqrC TRUE 0.998 -7.000 0.312 0.002 Y NA
 3520006 3520007 YpsIP31758_3164 YpsIP31758_3165 nqrC nqrB TRUE 0.999 -10.000 0.603 0.002 Y NA
 3520007 3520008 YpsIP31758_3165 YpsIP31758_3166 nqrB nqrA TRUE 0.999 4.000 0.854 0.002 Y NA
 3520009 3520010 YpsIP31758_3167 YpsIP31758_3169     FALSE 0.101 215.000 0.000 NA   NA
 3520011 3520012 YpsIP31758_3168 YpsIP31758_3170   gmhA1 TRUE 0.547 203.000 0.229 1.000   NA
 3520014 3520015 YpsIP31758_3172 YpsIP31758_3173     TRUE 0.851 2.000 0.000 1.000   NA
 3520015 3520016 YpsIP31758_3173 YpsIP31758_3174     FALSE 0.441 155.000 0.125 1.000   NA
 3520016 3520017 YpsIP31758_3174 YpsIP31758_3175     TRUE 0.806 41.000 0.188 NA   NA
 3520018 3520019 YpsIP31758_3176 YpsIP31758_3177     FALSE 0.195 109.000 0.000 NA   NA
 3520022 3520023 YpsIP31758_3180 YpsIP31758_3181     TRUE 0.678 125.000 0.231 1.000   NA
 3520023 3520024 YpsIP31758_3181 YpsIP31758_3182     TRUE 0.971 -3.000 0.174 1.000 N NA
 3520025 3520026 YpsIP31758_3183 YpsIP31758_3184     TRUE 0.896 -12.000 0.055 1.000   NA
 3520027 3520028 YpsIP31758_3185 YpsIP31758_3186     TRUE 0.990 0.000 0.108 1.000 Y NA
 3520028 3520029 YpsIP31758_3186 YpsIP31758_3187     TRUE 0.896 32.000 0.054 1.000 Y NA
 3520029 3520030 YpsIP31758_3187 YpsIP31758_3188     TRUE 0.998 -19.000 0.532 1.000 Y NA
 3520030 3520031 YpsIP31758_3188 YpsIP31758_3189     TRUE 0.999 -3.000 0.433 0.014 Y NA
 3520031 3520032 YpsIP31758_3189 YpsIP31758_3190     TRUE 0.998 13.000 0.765 0.053 Y NA
 3520032 3520033 YpsIP31758_3190 YpsIP31758_3191     FALSE 0.013 352.000 0.000 1.000 N NA
 3520033 3520034 YpsIP31758_3191 YpsIP31758_3192     FALSE 0.258 72.000 0.000 NA   NA
 3520035 3520036 YpsIP31758_3193 YpsIP31758_3194     TRUE 0.962 -3.000 0.122 NA   NA
 3520036 3520037 YpsIP31758_3194 YpsIP31758_3195     TRUE 0.854 29.000 0.203 NA   NA
 3520037 3520038 YpsIP31758_3195 YpsIP31758_3196     TRUE 0.805 3.000 0.000 NA   NA
 3520038 3520039 YpsIP31758_3196 YpsIP31758_3197     FALSE 0.355 48.000 0.000 NA   NA
 3520039 3520040 YpsIP31758_3197 YpsIP31758_3198     FALSE 0.145 160.000 0.060 NA N NA
 3520040 3520041 YpsIP31758_3198 YpsIP31758_3199     TRUE 0.998 -3.000 0.915 NA   NA
 3520041 3520042 YpsIP31758_3199 YpsIP31758_3200   mprA FALSE 0.233 172.000 0.065 NA   NA
 3520042 3520043 YpsIP31758_3200 YpsIP31758_3201 mprA emrA FALSE 0.045 384.000 0.107 1.000 N NA
 3520043 3520044 YpsIP31758_3201 YpsIP31758_3202 emrA emrB TRUE 0.978 39.000 0.875 1.000 N NA
 3520046 3520047 YpsIP31758_3204 YpsIP31758_3205 trxC   FALSE 0.286 170.000 0.084 NA   NA
 3520047 3520048 YpsIP31758_3205 YpsIP31758_3206     TRUE 0.836 43.000 0.222 NA   NA
 3520048 3520049 YpsIP31758_3206 YpsIP31758_3207   pssA FALSE 0.438 173.000 0.121 0.036 N NA
 3520049 3520050 YpsIP31758_3207 YpsIP31758_3208 pssA   TRUE 0.524 62.000 0.089 NA   NA
 3520051 3520052 YpsIP31758_4262 YpsIP31758_4263 rrfE rrlE FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   NA
 3520052 3520053 YpsIP31758_4263 YpsIP31758_4264 rrlE   FALSE 0.098 218.000 0.000 NA   NA
 3520053 3520054 YpsIP31758_4264 YpsIP31758_4265     FALSE 0.344 50.000 0.000 NA   NA
 3520054 3520055 YpsIP31758_4265 YpsIP31758_4266   rrsE FALSE 0.224 90.000 0.000 NA   NA
 3520055 3520056 YpsIP31758_4266 YpsIP31758_3212 rrsE clpB FALSE 0.009 517.000 0.000 NA   NA
 3520056 3520057 YpsIP31758_3212 YpsIP31758_3213 clpB   FALSE 0.405 130.000 0.108 NA   NA
 3520057 3520058 YpsIP31758_3213 YpsIP31758_3214   rluD TRUE 0.966 2.000 0.168 NA   NA
 3520059 3520060 YpsIP31758_3215 YpsIP31758_3216     FALSE 0.013 355.000 0.004 NA   NA
 3520060 3520061 YpsIP31758_3216 YpsIP31758_3217   pheL FALSE 0.173 132.000 0.000 NA   NA
 3520061 3520062 YpsIP31758_3217 YpsIP31758_3218 pheL pheA FALSE 0.132 180.000 0.000 NA   NA
 3520063 3520064 YpsIP31758_3219 YpsIP31758_3220 tyrA aroF TRUE 0.934 13.000 0.023 1.000 Y NA
 3520065 3520066 YpsIP31758_3221 YpsIP31758_3222   dcuB FALSE 0.016 433.000 0.000 1.000   NA
 3520066 3520067 YpsIP31758_3222 YpsIP31758_3223 dcuB   FALSE 0.034 323.000 0.000 NA   NA
 3520068 3520069 YpsIP31758_3224 YpsIP31758_3225   rplS FALSE 0.080 161.000 0.000 1.000 N NA
 3520069 3520070 YpsIP31758_3225 YpsIP31758_3226 rplS trmD TRUE 0.975 81.000 0.567 1.000 Y NA
 3520070 3520071 YpsIP31758_3226 YpsIP31758_3227 trmD rimM TRUE 0.991 39.000 0.672 1.000 Y NA
 3520071 3520072 YpsIP31758_3227 YpsIP31758_3228 rimM rpsP TRUE 0.989 22.000 0.342 0.010 Y NA
 3520075 3520076 YpsIP31758_3231 YpsIP31758_3232     TRUE 0.810 96.000 0.349 NA   NA
 3520079 3520080 YpsIP31758_3234 YpsIP31758_3235 gshA   TRUE 0.546 44.000 0.071 NA   NA
 3520080 3520081 YpsIP31758_3235 YpsIP31758_3236     TRUE 0.929 -3.000 0.067 NA   NA
 3520081 3520082 YpsIP31758_3236 YpsIP31758_4267     FALSE 0.035 319.000 0.000 NA   NA
 3520082 3520083 YpsIP31758_4267 YpsIP31758_4268     FALSE 0.246 79.000 0.000 NA   NA
 3520083 3520084 YpsIP31758_4268 YpsIP31758_4269     FALSE 0.248 78.000 0.000 NA   NA
 3520084 3520085 YpsIP31758_4269 YpsIP31758_4270     FALSE 0.319 56.000 0.000 NA   NA
 3520085 3520086 YpsIP31758_4270 YpsIP31758_4271     TRUE 0.706 7.000 0.000 NA   NA
 3520086 3520087 YpsIP31758_4271 YpsIP31758_3237   csrA FALSE 0.024 362.000 0.000 NA   NA
 3520087 3520088 YpsIP31758_3237 YpsIP31758_3238 csrA alaS FALSE 0.021 250.000 0.020 1.000 N NA
 3520088 3520089 YpsIP31758_3238 YpsIP31758_3239 alaS recX FALSE 0.354 140.000 0.085 1.000   NA
 3520089 3520090 YpsIP31758_3239 YpsIP31758_3240 recX recA FALSE 0.067 634.000 0.296 1.000   NA
 3520090 3520091 YpsIP31758_3240 YpsIP31758_3241 recA   FALSE 0.358 115.000 0.082 NA   NA
 3520092 3520093 YpsIP31758_3242 YpsIP31758_3243     FALSE 0.294 62.000 0.000 NA   NA
 3520093 3520094 YpsIP31758_3243 YpsIP31758_3245     FALSE 0.382 40.000 0.000 NA   NA
 3520095 3520096 YpsIP31758_3244 YpsIP31758_3246     FALSE 0.230 87.000 0.000 NA   NA
 3520096 3520097 YpsIP31758_3246 YpsIP31758_3247     TRUE 0.764 21.000 0.127 1.000 N NA
 3520097 3520098 YpsIP31758_3247 YpsIP31758_3248     TRUE 0.992 3.000 0.596 1.000 N NA
 3520098 3520099 YpsIP31758_3248 YpsIP31758_3249     TRUE 1.000 -7.000 0.860 0.001 Y NA
 3520099 3520100 YpsIP31758_3249 YpsIP31758_3250   rbsC6 TRUE 0.556 239.000 0.075 1.000 Y NA
 3520100 3520101 YpsIP31758_3250 YpsIP31758_3251 rbsC6 rbsA5 TRUE 1.000 -3.000 0.793 0.008 Y NA
 3520101 3520102 YpsIP31758_3251 YpsIP31758_3252 rbsA5   TRUE 0.986 0.000 0.292 NA   NA
 3520102 3520103 YpsIP31758_3252 YpsIP31758_3253   rbsB5 TRUE 0.761 93.000 0.280 NA   NA
 3520104 3520105 YpsIP31758_3254 YpsIP31758_3255 katG   FALSE 0.411 77.000 0.000 0.004 N NA
 3520105 3520106 YpsIP31758_3255 YpsIP31758_3256     TRUE 0.738 147.000 0.000 0.031 Y NA
 3520106 3520107 YpsIP31758_3256 YpsIP31758_3257     FALSE 0.289 63.000 0.000 NA   NA
 3520108 3520109 YpsIP31758_3258 YpsIP31758_3259   dmsC FALSE 0.430 160.000 0.125 1.000   NA
 3520109 3520110 YpsIP31758_3259 YpsIP31758_3260 dmsC dmsB TRUE 0.993 2.000 0.500 1.000   NA
 3520110 3520111 YpsIP31758_3260 YpsIP31758_3261 dmsB dmsA TRUE 0.976 12.000 0.103 0.031 Y NA
 3520111 3520112 YpsIP31758_3261 YpsIP31758_3262 dmsA araD2 FALSE 0.002 732.000 0.000 1.000 N NA
 3520112 3520113 YpsIP31758_3262 YpsIP31758_3263 araD2   FALSE 0.054 278.000 0.000 NA   NA
 3520114 3520115 YpsIP31758_3264 YpsIP31758_3265     TRUE 0.868 158.000 0.235 NA Y NA
 3520115 3520116 YpsIP31758_3265 YpsIP31758_3266     TRUE 0.983 149.000 0.941 NA Y NA
 3520116 3520117 YpsIP31758_3266 YpsIP31758_3267     TRUE 0.999 -7.000 0.941 1.000 Y NA
 3520117 3520118 YpsIP31758_3267 YpsIP31758_3268     TRUE 0.998 13.000 0.938 0.053 Y NA
 3520118 3520119 YpsIP31758_3268 YpsIP31758_3269     TRUE 0.777 242.000 0.250 1.000 Y NA
 3520119 3520120 YpsIP31758_3269 YpsIP31758_3270   lyxK TRUE 0.999 11.000 1.000 0.016 Y NA
 3520120 3520121 YpsIP31758_3270 YpsIP31758_3271 lyxK   FALSE 0.009 398.000 0.000 1.000 N NA
 3520121 3520122 YpsIP31758_3271 YpsIP31758_3272     FALSE 0.130 183.000 0.000 NA   NA
 3520122 3520123 YpsIP31758_3272 YpsIP31758_3273   map2 TRUE 0.993 -3.000 0.410 NA   NA
 3520124 3520125 YpsIP31758_3274 YpsIP31758_3275     FALSE 0.418 33.000 0.000 NA   NA
 3520125 3520126 YpsIP31758_3275 YpsIP31758_3276     FALSE 0.014 433.000 0.000 NA   NA
 3520126 3520127 YpsIP31758_3276 YpsIP31758_3277     FALSE 0.035 319.000 0.000 NA   NA
 3520128 3520129 YpsIP31758_3278 YpsIP31758_3279     FALSE 0.163 65.000 0.000 1.000 N NA
 3520129 3520130 YpsIP31758_3279 YpsIP31758_3280     FALSE 0.015 424.000 0.000 NA   NA
 3520130 3520131 YpsIP31758_3280 YpsIP31758_3281     FALSE 0.004 721.000 0.000 NA   NA
 3520131 3520132 YpsIP31758_3281 YpsIP31758_3282   arsB FALSE 0.133 85.000 0.000 1.000 N NA
 3520135 3520136 YpsIP31758_3285 YpsIP31758_3286     TRUE 0.993 7.000 0.211 0.000 Y NA
 3520136 3520137 YpsIP31758_3286 YpsIP31758_3287     FALSE 0.243 87.000 0.058 1.000 N NA
 3520137 3520138 YpsIP31758_3287 YpsIP31758_3288     FALSE 0.404 64.000 0.000 0.022 N NA
 3520140 3520141 YpsIP31758_3290 YpsIP31758_3291     FALSE 0.016 413.000 0.000 NA   NA
 3520143 3520144 YpsIP31758_3293 YpsIP31758_3294 rpoS nlpD TRUE 0.636 55.000 0.142 1.000 N NA
 3520144 3520145 YpsIP31758_3294 YpsIP31758_3295 nlpD pcm FALSE 0.091 122.000 0.030 1.000 N NA
 3520145 3520146 YpsIP31758_3295 YpsIP31758_3296 pcm surE TRUE 0.991 -6.000 0.353 1.000   NA
 3520146 3520147 YpsIP31758_3296 YpsIP31758_3297 surE truD TRUE 0.975 -22.000 0.235 1.000   NA
 3520147 3520148 YpsIP31758_3297 YpsIP31758_3298 truD ispF TRUE 0.923 11.000 0.173 1.000   NA
 3520148 3520149 YpsIP31758_3298 YpsIP31758_3299 ispF ispD TRUE 0.940 139.000 0.419 1.000 Y NA
 3520149 3520150 YpsIP31758_3299 YpsIP31758_3300 ispD ftsB TRUE 0.948 4.000 0.185 1.000 N NA
 3520150 3520151 YpsIP31758_3300 YpsIP31758_3301 ftsB   FALSE 0.033 314.000 0.028 NA   NA
 3520151 3520152 YpsIP31758_3301 YpsIP31758_3302   cysC TRUE 0.501 191.000 0.198 NA   NA
 3520152 3520153 YpsIP31758_3302 YpsIP31758_3303 cysC cysN TRUE 0.997 2.000 0.340 1.000 Y NA
 3520153 3520154 YpsIP31758_3303 YpsIP31758_3304 cysN cysD TRUE 0.934 93.000 0.574 0.000 N NA
 3520154 3520155 YpsIP31758_3304 YpsIP31758_3305 cysD cysG2 TRUE 0.993 11.000 0.417 1.000 Y NA
 3520155 3520156 YpsIP31758_3305 YpsIP31758_3306 cysG2   FALSE 0.042 302.000 0.000 NA   NA
 3520157 3520158 YpsIP31758_3307 YpsIP31758_3308     FALSE 0.361 175.000 0.118 NA   NA
 3520159 3520160 YpsIP31758_3309 YpsIP31758_3310 cysH cysI TRUE 0.947 -3.000 0.116 1.000 N NA
 3520160 3520161 YpsIP31758_3310 YpsIP31758_3311 cysI   TRUE 1.000 0.000 0.791 0.000 Y NA
 3520163 3520164 YpsIP31758_3313 YpsIP31758_3314     TRUE 0.524 19.000 0.000 NA   NA
 3520164 3520165 YpsIP31758_3314 YpsIP31758_3315   sodC TRUE 0.815 -16.000 0.000 NA   NA
 3520165 3520166 YpsIP31758_3315 YpsIP31758_3316 sodC eno FALSE 0.011 372.000 0.000 1.000 N NA
 3520166 3520167 YpsIP31758_3316 YpsIP31758_3317 eno pyrG FALSE 0.300 81.000 0.068 1.000 N NA
 3520167 3520168 YpsIP31758_3317 YpsIP31758_3318 pyrG   FALSE 0.105 212.000 0.025 1.000   NA
 3520168 3520169 YpsIP31758_3318 YpsIP31758_3319   relA FALSE 0.169 181.000 0.040 1.000   NA
 3520169 3520170 YpsIP31758_3319 YpsIP31758_3320 relA   TRUE 0.672 10.000 0.000 NA   NA
 3520170 3520171 YpsIP31758_3320 YpsIP31758_3321     TRUE 0.552 16.000 0.000 NA   NA
 3520173 3520174 YpsIP31758_3323 YpsIP31758_3324 degP   FALSE 0.229 198.000 0.101 1.000 N NA
 3520175 3520176 YpsIP31758_3325 YpsIP31758_3326 mtnN btuF TRUE 0.895 0.000 0.073 1.000 N NA
 3520176 3520177 YpsIP31758_3326 YpsIP31758_3327 btuF   TRUE 0.979 0.000 0.213 NA   NA
 3520178 3520179 YpsIP31758_3328 YpsIP31758_3329   clcA FALSE 0.165 136.000 0.031 NA   NA
 3520181 3520182 YpsIP31758_3331 YpsIP31758_3332 fhuB fhuD TRUE 0.998 -18.000 0.500 1.000 Y NA
 3520182 3520183 YpsIP31758_3332 YpsIP31758_3333 fhuD fhuC TRUE 0.739 159.000 0.094 1.000 Y NA
 3520183 3520184 YpsIP31758_3333 YpsIP31758_3334 fhuC mrcB FALSE 0.017 322.000 0.000 1.000 N NA
 3520184 3520185 YpsIP31758_3334 YpsIP31758_3335 mrcB hrpB TRUE 0.635 109.000 0.158 0.011 N NA
 3520186 3520187 YpsIP31758_3336 YpsIP31758_3337 ligT sfsA TRUE 0.865 -10.000 0.045 NA   NA
 3520187 3520188 YpsIP31758_3337 YpsIP31758_3338 sfsA dksA FALSE 0.451 170.000 0.151 NA   NA
 3520188 3520189 YpsIP31758_3338 YpsIP31758_3339 dksA gluQ FALSE 0.295 280.000 0.231 1.000 N NA
 3520189 3520190 YpsIP31758_3339 YpsIP31758_3340 gluQ pcnB TRUE 0.860 89.000 0.131 1.000 Y NA
 3520190 3520191 YpsIP31758_3340 YpsIP31758_3341 pcnB folK TRUE 0.946 8.000 0.234 1.000 N NA
 3520193 3520194 YpsIP31758_3343 YpsIP31758_3344 panB panC TRUE 0.972 88.000 0.395 0.000 Y NA
 3520194 3520195 YpsIP31758_3344 YpsIP31758_3345 panC panD TRUE 0.497 411.000 0.342 1.000 Y NA
 3520198 3520199 YpsIP31758_3348 YpsIP31758_3349     TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.078 Y NA
 3520201 3520202 YpsIP31758_3351 YpsIP31758_3352 hpt cueO FALSE 0.018 211.000 0.010 1.000 N NA
 3520203 3520204 YpsIP31758_3353 YpsIP31758_3354   speE TRUE 0.790 117.000 0.354 NA   NA
 3520204 3520205 YpsIP31758_3354 YpsIP31758_3355 speE speD TRUE 0.892 78.000 0.162 1.000 Y NA
 3520208 3520209 YpsIP31758_3358 YpsIP31758_3359   acnB FALSE 0.082 299.000 0.068 NA   NA
 3520209 3520210 YpsIP31758_3359 YpsIP31758_3360 acnB lpdA FALSE 0.064 560.000 0.000 1.000 Y NA
 3520210 3520211 YpsIP31758_3360 YpsIP31758_3361 lpdA   FALSE 0.177 127.000 0.000 NA   NA
 3520211 3520212 YpsIP31758_3361 YpsIP31758_3362   aceF TRUE 0.532 18.000 0.000 NA   NA
 3520212 3520213 YpsIP31758_3362 YpsIP31758_3363 aceF aceE TRUE 0.981 14.000 0.220 1.000 Y NA
 3520213 3520214 YpsIP31758_3363 YpsIP31758_3364 aceE pdhR TRUE 0.562 196.000 0.276 1.000 N NA
 3520215 3520216 YpsIP31758_3365 YpsIP31758_3366   aroP2 FALSE 0.054 278.000 0.000 NA   NA
 3520217 3520218 YpsIP31758_3367 YpsIP31758_3368   ampD TRUE 0.703 273.000 0.249 1.000 Y NA
 3520219 3520220 YpsIP31758_3369 YpsIP31758_3370 nadC pilA FALSE 0.008 203.000 0.015 NA N NA
 3520220 3520221 YpsIP31758_3370 YpsIP31758_3371 pilA   TRUE 0.998 -7.000 0.556 NA Y NA
 3520221 3520222 YpsIP31758_3371 YpsIP31758_3372     TRUE 0.999 -3.000 0.571 1.000 Y NA
 3520224 3520225 YpsIP31758_3374 YpsIP31758_3375 coaE   TRUE 0.957 -3.000 0.110 NA   NA
 3520225 3520226 YpsIP31758_3375 YpsIP31758_3376   yacG TRUE 0.665 208.000 0.356 NA   NA
 3520227 3520228 YpsIP31758_3377 YpsIP31758_3378 mutT secA FALSE 0.004 295.000 0.003 1.000 N NA
 3520228 3520229 YpsIP31758_3378 YpsIP31758_3379 secA secM FALSE 0.410 78.000 0.065 1.000   NA
 3520231 3520232 YpsIP31758_3381 YpsIP31758_3382 lpxC ftsZ FALSE 0.467 100.000 0.134 1.000 N NA
 3520232 3520233 YpsIP31758_3382 YpsIP31758_3383 ftsZ ftsA TRUE 0.968 73.000 0.460 1.000 Y NA
 3520233 3520234 YpsIP31758_3383 YpsIP31758_3384 ftsA ftsQ TRUE 0.924 27.000 0.389 NA N NA
 3520234 3520235 YpsIP31758_3384 YpsIP31758_3385 ftsQ   TRUE 0.997 2.000 0.372 NA Y NA
 3520235 3520236 YpsIP31758_3385 YpsIP31758_3386   murC TRUE 0.995 -7.000 0.153 0.003 Y NA
 3520236 3520237 YpsIP31758_3386 YpsIP31758_3387 murC murG TRUE 0.917 111.000 0.283 1.000 Y NA
 3520237 3520238 YpsIP31758_3387 YpsIP31758_3388 murG ftsW TRUE 0.996 -3.000 0.647 1.000 N NA
 3520238 3520239 YpsIP31758_3388 YpsIP31758_3389 ftsW murD TRUE 0.991 0.000 0.297 0.002 N NA
 3520239 3520240 YpsIP31758_3389 YpsIP31758_3390 murD mraY TRUE 0.999 3.000 0.647 0.003 Y NA
 3520240 3520241 YpsIP31758_3390 YpsIP31758_3391 mraY murF TRUE 0.998 -6.000 0.309 0.003 Y NA
 3520241 3520242 YpsIP31758_3391 YpsIP31758_3392 murF murE TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 3520242 3520243 YpsIP31758_3392 YpsIP31758_3393 murE   TRUE 0.983 -13.000 0.059 1.000 Y NA
 3520243 3520244 YpsIP31758_3393 YpsIP31758_3394   ftsL TRUE 0.531 66.000 0.124 1.000 N NA
 3520244 3520245 YpsIP31758_3394 YpsIP31758_3395 ftsL mraW TRUE 0.980 -3.000 0.227 1.000 N NA
 3520245 3520246 YpsIP31758_3395 YpsIP31758_3396 mraW mraZ TRUE 0.994 3.000 0.635 NA   NA
 3520248 3520249 YpsIP31758_3398 YpsIP31758_3399     FALSE 0.094 133.000 0.000 1.000 N NA
 3520249 3520250 YpsIP31758_3399 YpsIP31758_3400   ilvN FALSE 0.014 451.000 0.063 1.000 N NA
 3520250 3520251 YpsIP31758_3400 YpsIP31758_3401 ilvN ilvB1 TRUE 0.998 3.000 0.371 0.001 Y NA
 3520251 3520252 YpsIP31758_3401 YpsIP31758_3402 ilvB1   FALSE 0.006 460.000 0.000 1.000 N NA
 3520252 3520253 YpsIP31758_3402 YpsIP31758_3403     FALSE 0.006 553.000 0.050 1.000 N NA
 3520254 3520255 YpsIP31758_3404 YpsIP31758_3405 leuL leuA FALSE 0.467 86.000 0.010 0.001   NA
 3520255 3520256 YpsIP31758_3405 YpsIP31758_3406 leuA leuB TRUE 0.993 3.000 0.126 0.001 Y NA
 3520256 3520257 YpsIP31758_3406 YpsIP31758_3407 leuB leuC TRUE 0.997 2.000 0.275 0.001 Y NA
 3520257 3520258 YpsIP31758_3407 YpsIP31758_3408 leuC leuD TRUE 0.992 15.000 0.309 0.000 Y NA
 3520260 3520261 YpsIP31758_3410 YpsIP31758_3411   sgrR FALSE 0.171 135.000 0.000 NA   NA
 3520261 3520262 YpsIP31758_3411 YpsIP31758_3412 sgrR   FALSE 0.003 940.000 0.000 NA   NA
 3520264 3520265 YpsIP31758_3415 YpsIP31758_3416 thiP thiQ TRUE 0.994 -13.000 0.522 0.014 N NA
 3520267 3520268 YpsIP31758_3418 YpsIP31758_3419 polB rapA FALSE 0.205 461.000 0.098 0.041 Y NA
 3520269 3520270 YpsIP31758_3420 YpsIP31758_3421     TRUE 0.990 22.000 1.000 NA   NA
 3520270 3520271 YpsIP31758_3421 YpsIP31758_3422     TRUE 0.989 9.000 0.615 NA   NA
 3520271 3520272 YpsIP31758_3422 YpsIP31758_3423     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3520272 3520273 YpsIP31758_3423 YpsIP31758_3424     FALSE 0.185 120.000 0.000 NA   NA
 3520273 3520274 YpsIP31758_3424 YpsIP31758_3425     TRUE 0.996 -7.000 0.667 NA   NA
 3520274 3520275 YpsIP31758_3425 YpsIP31758_3426     TRUE 0.723 6.000 0.000 NA   NA
 3520275 3520276 YpsIP31758_3426 YpsIP31758_3427     TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3520276 3520277 YpsIP31758_3427 YpsIP31758_3428     FALSE 0.461 26.000 0.000 NA   NA
 3520277 3520278 YpsIP31758_3428 YpsIP31758_3429     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3520278 3520279 YpsIP31758_3429 YpsIP31758_3430     FALSE 0.199 104.000 0.000 NA   NA
 3520279 3520280 YpsIP31758_3430 YpsIP31758_3431     TRUE 0.987 3.000 0.400 NA   NA
 3520280 3520281 YpsIP31758_3431 YpsIP31758_3432     TRUE 0.994 -7.000 0.533 NA   NA
 3520281 3520282 YpsIP31758_3432 YpsIP31758_3433     TRUE 0.957 33.000 0.533 NA   NA
 3520282 3520283 YpsIP31758_3433 YpsIP31758_3434     TRUE 0.946 74.000 0.714 NA   NA
 3520283 3520284 YpsIP31758_3434 YpsIP31758_3435     TRUE 0.823 163.000 0.500 NA   NA
 3520284 3520285 YpsIP31758_3435 YpsIP31758_3436     TRUE 0.991 9.000 0.700 NA   NA
 3520285 3520286 YpsIP31758_3436 YpsIP31758_3437     TRUE 0.995 11.000 1.000 NA   NA
 3520287 3520288 YpsIP31758_3438 YpsIP31758_3439   rluA FALSE 0.003 1223.000 0.000 NA   NA
 3520290 3520291 YpsIP31758_3441 YpsIP31758_3442 imp surA TRUE 0.655 68.000 0.182 1.000 N NA
 3520291 3520292 YpsIP31758_3442 YpsIP31758_3443 surA pdxA TRUE 0.992 -16.000 0.561 1.000 N NA
 3520292 3520293 YpsIP31758_3443 YpsIP31758_3444 pdxA ksgA TRUE 0.971 -7.000 0.197 1.000 N NA
 3520293 3520294 YpsIP31758_3444 YpsIP31758_3445 ksgA apaG TRUE 0.668 14.000 0.078 NA N NA
 3520294 3520295 YpsIP31758_3445 YpsIP31758_3446 apaG   TRUE 0.910 17.000 0.267 NA N NA
 3520296 3520297 YpsIP31758_3447 YpsIP31758_3448     FALSE 0.009 487.000 0.000 NA   NA
 3520297 3520298 YpsIP31758_3448 YpsIP31758_3449   folA FALSE 0.099 217.000 0.000 NA   NA
 3520298 3520299 YpsIP31758_3449 YpsIP31758_3450 folA   FALSE 0.372 150.000 0.104 NA   NA
 3520299 3520300 YpsIP31758_3450 YpsIP31758_3451     TRUE 0.996 -9.000 0.704 NA   NA
 3520302 3520303 YpsIP31758_3453 YpsIP31758_3454 carB carA TRUE 0.992 16.000 0.345 0.000 Y NA
 3520303 3520304 YpsIP31758_3454 YpsIP31758_3455 carA dapB FALSE 0.094 473.000 0.034 1.000 Y NA
 3520304 3520305 YpsIP31758_3455 YpsIP31758_3456 dapB   FALSE 0.019 389.000 0.000 NA   NA
 3520305 3520306 YpsIP31758_3456 YpsIP31758_3457   ispH FALSE 0.268 68.000 0.000 NA   NA
 3520306 3520307 YpsIP31758_3457 YpsIP31758_3458 ispH   TRUE 0.993 -19.000 0.626 1.000 N NA
 3520307 3520308 YpsIP31758_3458 YpsIP31758_3459   lspA TRUE 0.601 68.000 0.154 1.000 N NA
 3520308 3520309 YpsIP31758_3459 YpsIP31758_3460 lspA ileS TRUE 0.810 0.000 0.045 1.000 N NA
 3520309 3520310 YpsIP31758_3460 YpsIP31758_3461 ileS ribF TRUE 0.862 32.000 0.254 1.000 N NA
 3520312 3520313 YpsIP31758_3463 YpsIP31758_3464 nhaR nhaA TRUE 0.687 130.000 0.292 1.000 N NA
 3520313 3520314 YpsIP31758_3464 YpsIP31758_3465 nhaA dnaJ FALSE 0.024 243.000 0.022 1.000 N NA
 3520314 3520315 YpsIP31758_3465 YpsIP31758_3466 dnaJ dnaK TRUE 0.936 112.000 0.236 0.002 Y NA
 3520316 3520317 YpsIP31758_3467 YpsIP31758_3468     FALSE 0.056 290.000 0.000 1.000   NA
 3520318 3520319 YpsIP31758_3469 YpsIP31758_3470     FALSE 0.116 128.000 0.039 1.000 N NA
 3520319 3520320 YpsIP31758_3470 YpsIP31758_3471     FALSE 0.233 86.000 0.000 NA   NA
 3520320 3520321 YpsIP31758_3471 YpsIP31758_3472   tal FALSE 0.370 44.000 0.000 NA   NA
 3520323 3520324 YpsIP31758_3474 YpsIP31758_3475 thrC thrB TRUE 0.992 4.000 0.233 1.000 Y NA
 3520324 3520325 YpsIP31758_3475 YpsIP31758_3476 thrB thrA TRUE 0.989 3.000 0.133 1.000 Y NA
 3520325 3520326 YpsIP31758_3476 YpsIP31758_3477 thrA thrL FALSE 0.242 119.000 0.043 1.000   NA
 3520332 3520333 YpsIP31758_3482 YpsIP31758_3484     FALSE 0.293 237.000 0.167 1.000 N NA
 3520334 3520335 YpsIP31758_3485 YpsIP31758_3486     FALSE 0.023 366.000 0.000 NA   NA
 3520335 3520336 YpsIP31758_3486 YpsIP31758_3487     TRUE 0.915 21.000 0.259 NA   NA
 3520336 3520337 YpsIP31758_3487 YpsIP31758_3488     TRUE 0.964 6.000 0.290 1.000 N NA
 3520337 3520338 YpsIP31758_3488 YpsIP31758_3489     FALSE 0.094 183.000 0.005 1.000   NA
 3520339 3520340 YpsIP31758_3490 YpsIP31758_3491     FALSE 0.176 157.000 0.000 1.000   NA
 3520340 3520341 YpsIP31758_3491 YpsIP31758_3492   radA FALSE 0.048 159.000 0.021 1.000 N NA
 3520341 3520342 YpsIP31758_3492 YpsIP31758_3493 radA serB FALSE 0.081 103.000 0.024 1.000 N NA
 3520344 3520345 YpsIP31758_3495 YpsIP31758_3496 deoD deoB TRUE 0.788 125.000 0.414 1.000 N NA
 3520345 3520346 YpsIP31758_3496 YpsIP31758_3497 deoB deoA TRUE 0.765 132.000 0.398 1.000 N NA
 3520346 3520347 YpsIP31758_3497 YpsIP31758_3498 deoA deoC1 TRUE 0.915 121.000 0.286 1.000 Y NA
 3520347 3520348 YpsIP31758_3498 YpsIP31758_3499 deoC1   FALSE 0.052 621.000 0.000 1.000 Y NA
 3520348 3520349 YpsIP31758_3499 YpsIP31758_3500     FALSE 0.002 535.000 0.027 NA N NA
 3520349 3520350 YpsIP31758_3500 YpsIP31758_3501     TRUE 0.519 37.000 0.057 NA   NA
 3520350 3520351 YpsIP31758_3501 YpsIP31758_3502     TRUE 0.722 77.000 0.211 NA   NA
 3520351 3520352 YpsIP31758_3502 YpsIP31758_3503   osmY FALSE 0.431 167.000 0.140 NA   NA
 3520352 3520353 YpsIP31758_3503 YpsIP31758_3504 osmY prfC FALSE 0.032 328.000 0.000 NA   NA
 3520353 3520354 YpsIP31758_3504 YpsIP31758_3505 prfC rimI FALSE 0.139 178.000 0.026 1.000   NA
 3520354 3520355 YpsIP31758_3505 YpsIP31758_3506 rimI holD TRUE 0.936 -55.000 0.121 1.000   NA
 3520356 3520357 YpsIP31758_3507 YpsIP31758_4272     FALSE 0.066 258.000 0.000 NA   NA
 3520357 3520358 YpsIP31758_4272 YpsIP31758_4273     FALSE 0.211 96.000 0.000 NA   NA
 3520358 3520359 YpsIP31758_4273 YpsIP31758_4274     FALSE 0.191 113.000 0.000 NA   NA
 3520362 3520363 YpsIP31758_3510 YpsIP31758_3511   pemA FALSE 0.102 214.000 0.000 NA   NA
 3520363 3520364 YpsIP31758_3511 YpsIP31758_3512 pemA   FALSE 0.001 1497.000 0.000 NA N NA
 3520364 3520365 YpsIP31758_3512 YpsIP31758_3513     TRUE 0.967 0.000 0.185 NA N NA
 3520365 3520366 YpsIP31758_3513 YpsIP31758_3514     FALSE 0.337 52.000 0.000 NA   NA
 3520366 3520367 YpsIP31758_3514 YpsIP31758_3515     FALSE 0.004 810.000 0.000 NA   NA
 3520367 3520368 YpsIP31758_3515 YpsIP31758_3516     TRUE 0.900 48.000 0.105 NA Y NA
 3520370 3520371 YpsIP31758_3518 YpsIP31758_3519     TRUE 0.488 171.000 0.200 1.000 N NA
 3520372 3520373 YpsIP31758_3520 YpsIP31758_3521   lsrA FALSE 0.194 110.000 0.000 NA   NA
 3520373 3520374 YpsIP31758_3521 YpsIP31758_3522 lsrA lsrC TRUE 0.999 -6.000 0.818 1.000 Y NA
 3520374 3520375 YpsIP31758_3522 YpsIP31758_3523 lsrC lsrD TRUE 0.999 -3.000 0.788 0.052 Y NA
 3520375 3520376 YpsIP31758_3523 YpsIP31758_3524 lsrD lsrB TRUE 0.993 45.000 0.844 NA Y NA
 3520376 3520377 YpsIP31758_3524 YpsIP31758_3525 lsrB   TRUE 0.847 56.000 0.062 NA Y NA
 3520377 3520378 YpsIP31758_3525 YpsIP31758_3526     FALSE 0.295 65.000 0.028 1.000   NA
 3520378 3520379 YpsIP31758_3526 YpsIP31758_3527     FALSE 0.034 323.000 0.000 NA   NA
 3520381 3520382 YpsIP31758_3529 YpsIP31758_3530 frwC frwB FALSE 0.424 564.000 0.400 0.005 Y NA
 3520382 3520383 YpsIP31758_3530 YpsIP31758_3532 frwB   TRUE 0.817 93.000 0.000 0.005 Y NA
 3520384 3520385 YpsIP31758_3531 YpsIP31758_3533     TRUE 0.851 2.000 0.000 1.000   NA
 3520386 3520387 YpsIP31758_3534 YpsIP31758_3535     TRUE 0.971 29.000 0.637 NA   NA
 3520387 3520388 YpsIP31758_3535 YpsIP31758_3536     FALSE 0.014 344.000 0.000 1.000 N NA
 3520388 3520389 YpsIP31758_3536 YpsIP31758_3537     TRUE 0.984 2.000 0.017 0.041 Y NA
 3520389 3520390 YpsIP31758_3537 YpsIP31758_3538     TRUE 0.978 10.000 0.059 0.000 Y NA
 3520391 3520392 YpsIP31758_3539 YpsIP31758_3540     FALSE 0.163 146.000 0.000 NA   NA
 3520392 3520393 YpsIP31758_3540 YpsIP31758_4275     FALSE 0.118 198.000 0.000 NA   NA
 3520393 3520394 YpsIP31758_4275 YpsIP31758_3541     FALSE 0.199 104.000 0.000 NA   NA
 3520394 3520395 YpsIP31758_3541 YpsIP31758_3542     TRUE 0.997 0.000 0.631 0.061   NA
 3520396 3520397 YpsIP31758_3543 YpsIP31758_3544 pepA holC TRUE 0.806 151.000 0.494 1.000 N NA
 3520397 3520398 YpsIP31758_3544 YpsIP31758_3545 holC valS TRUE 0.747 13.000 0.089 1.000 N NA
 3520398 3520399 YpsIP31758_3545 YpsIP31758_3546 valS   TRUE 0.624 143.000 0.008 1.000 Y NA
 3520399 3520400 YpsIP31758_3546 YpsIP31758_3547     FALSE 0.344 50.000 0.000 NA   NA
 3520404 3520405 YpsIP31758_3551 YpsIP31758_3552     TRUE 0.963 96.000 0.400 0.052 Y NA
 3520405 3520406 YpsIP31758_3552 YpsIP31758_3553     TRUE 0.992 19.000 0.441 0.052 Y NA
 3520406 3520407 YpsIP31758_3553 YpsIP31758_3554     TRUE 0.997 -7.000 0.324 1.000 Y NA
 3520407 3520408 YpsIP31758_3554 YpsIP31758_3555     TRUE 0.999 -13.000 0.550 0.020 Y NA
 3520408 3520409 YpsIP31758_3555 YpsIP31758_3556   nrdD FALSE 0.007 434.000 0.000 1.000 N NA
 3520409 3520410 YpsIP31758_3556 YpsIP31758_3557 nrdD nrdG TRUE 0.714 207.000 0.464 1.000 N NA
 3520412 3520413 YpsIP31758_3559 YpsIP31758_3560 phnF phnG TRUE 0.995 1.000 0.691 1.000 N NA
 3520413 3520414 YpsIP31758_3560 YpsIP31758_3561 phnG phnH TRUE 1.000 0.000 0.967 0.002 Y NA
 3520414 3520415 YpsIP31758_3561 YpsIP31758_3562 phnH phnI TRUE 1.000 0.000 0.960 0.002 Y NA
 3520415 3520416 YpsIP31758_3562 YpsIP31758_3563 phnI phnJ TRUE 0.999 -7.000 0.880 1.000 Y NA
 3520416 3520417 YpsIP31758_3563 YpsIP31758_3564 phnJ phnK TRUE 0.999 3.000 0.883 1.000 Y NA
 3520417 3520418 YpsIP31758_3564 YpsIP31758_3565 phnK phnL TRUE 0.879 389.000 0.859 0.020 Y NA
 3520418 3520419 YpsIP31758_3565 YpsIP31758_3566 phnL phnM TRUE 0.997 -3.000 0.320 1.000 Y NA
 3520419 3520420 YpsIP31758_3566 YpsIP31758_3567 phnM   TRUE 0.995 0.000 0.235 NA Y NA
 3520420 3520421 YpsIP31758_3567 YpsIP31758_3568   phnP TRUE 0.977 -9.000 0.214 NA   NA
 3520422 3520423 YpsIP31758_3569 YpsIP31758_3570     FALSE 0.256 152.000 0.056 1.000   NA
 3520423 3520424 YpsIP31758_3570 YpsIP31758_3571     FALSE 0.196 129.000 0.032 1.000   NA
 3520424 3520425 YpsIP31758_3571 YpsIP31758_3572     TRUE 0.940 15.000 0.273 1.000   NA
 3520425 3520426 YpsIP31758_3572 YpsIP31758_3573     TRUE 0.993 12.000 0.364 0.052 Y NA
 3520426 3520427 YpsIP31758_3573 YpsIP31758_3574     TRUE 0.995 19.000 0.611 0.052 Y NA
 3520427 3520428 YpsIP31758_3574 YpsIP31758_3575     TRUE 0.998 8.000 0.611 0.052 Y NA
 3520429 3520430 YpsIP31758_3576 YpsIP31758_3577     TRUE 0.970 24.000 0.400 0.001   NA
 3520430 3520431 YpsIP31758_3577 YpsIP31758_3578     FALSE 0.104 228.000 0.000 1.000   NA
 3520432 3520433 YpsIP31758_3579 YpsIP31758_3580     TRUE 0.988 -6.000 0.295 1.000   NA
 3520434 3520435 YpsIP31758_3581 YpsIP31758_3582     FALSE 0.194 110.000 0.000 NA   NA
 3520435 3520436 YpsIP31758_3582 YpsIP31758_3583     TRUE 0.999 12.000 0.948 0.002 Y NA
 3520437 3520438 YpsIP31758_3584 YpsIP31758_3585 oprM   TRUE 0.990 2.000 0.367 0.052 N NA
 3520438 3520439 YpsIP31758_3585 YpsIP31758_3586     TRUE 0.920 4.000 0.133 1.000 N NA
 3520441 3520442 YpsIP31758_3588 YpsIP31758_3589     FALSE 0.013 435.000 0.000 NA   NA
 3520442 3520443 YpsIP31758_3589 YpsIP31758_3590     TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3520443 3520444 YpsIP31758_3590 YpsIP31758_3591   nlpI FALSE 0.193 187.000 0.053 1.000   NA
 3520444 3520445 YpsIP31758_3591 YpsIP31758_3592 nlpI pnp FALSE 0.333 125.000 0.071 1.000   NA
 3520447 3520448 YpsIP31758_3593 YpsIP31758_4326 rpsO   TRUE 0.783 -56.000 0.000 NA   NA
 3520448 3520449 YpsIP31758_4326 YpsIP31758_3594   truB FALSE 0.302 60.000 0.000 NA   NA
 3520449 3520450 YpsIP31758_3594 YpsIP31758_3595 truB rbfA TRUE 0.997 0.000 0.318 1.000 Y NA
 3520450 3520451 YpsIP31758_3595 YpsIP31758_3596 rbfA   TRUE 0.977 66.000 0.530 1.000 Y NA
 3520451 3520452 YpsIP31758_3596 YpsIP31758_3597   nusA TRUE 0.921 25.000 0.342 1.000 N NA
 3520452 3520453 YpsIP31758_3597 YpsIP31758_3598 nusA   TRUE 0.983 22.000 0.759 NA   NA
 3520453 3520454 YpsIP31758_3598 YpsIP31758_4276     FALSE 0.100 216.000 0.000 NA   NA
 3520454 3520455 YpsIP31758_4276 YpsIP31758_4277     FALSE 0.302 60.000 0.000 NA   NA
 3520455 3520456 YpsIP31758_4277 YpsIP31758_3599     FALSE 0.219 92.000 0.000 NA   NA
 3520456 3520457 YpsIP31758_3599 YpsIP31758_3600   glmM FALSE 0.021 223.000 0.016 1.000 N NA
 3520457 3520458 YpsIP31758_3600 YpsIP31758_3601 glmM folP TRUE 0.947 10.000 0.260 1.000 N NA
 3520458 3520459 YpsIP31758_3601 YpsIP31758_3602 folP hflB TRUE 0.734 120.000 0.325 1.000 N NA
 3520459 3520460 YpsIP31758_3602 YpsIP31758_3603 hflB rrmJ TRUE 0.648 57.000 0.152 1.000 N NA
 3520463 3520464 YpsIP31758_3606 YpsIP31758_3607 dacB basR TRUE 0.852 6.000 0.101 1.000 N NA
 3520464 3520465 YpsIP31758_3607 YpsIP31758_3608 basR basS TRUE 0.998 -3.000 0.381 1.000 Y NA
 3520466 3520467 YpsIP31758_3609 YpsIP31758_3610     TRUE 0.805 1.000 0.015 1.000   NA
 3520467 3520468 YpsIP31758_3610 YpsIP31758_3611   rpmA FALSE 0.208 88.000 0.019 1.000   NA
 3520468 3520469 YpsIP31758_3611 YpsIP31758_3612 rpmA rplU TRUE 0.996 20.000 0.667 0.010 Y NA
 3520474 3520475 YpsIP31758_3617 YpsIP31758_3618 argR   FALSE 0.019 389.000 0.000 NA   NA
 3520476 3520477 YpsIP31758_3619 YpsIP31758_3620   mpl FALSE 0.230 87.000 0.000 NA   NA
 3520478 3520479 YpsIP31758_3621 YpsIP31758_3622 fbp ppa FALSE 0.083 200.000 0.043 1.000 N NA
 3520480 3520481 YpsIP31758_3623 YpsIP31758_3624     TRUE 0.959 3.000 0.167 NA   NA
 3520481 3520482 YpsIP31758_3624 YpsIP31758_3625     TRUE 0.996 -3.000 0.575 NA   NA
 3520483 3520484 YpsIP31758_3626 YpsIP31758_3627 msrA   FALSE 0.064 278.000 0.042 NA   NA
 3520488 3520489 YpsIP31758_3631 YpsIP31758_3632 cpdB   FALSE 0.060 129.000 0.030 NA N NA
 3520491 3520492 YpsIP31758_3634 YpsIP31758_3635     FALSE 0.207 140.000 0.047 NA   NA
 3520493 3520494 YpsIP31758_3636 YpsIP31758_3637 rplI rpsR TRUE 0.989 40.000 0.499 0.010 Y NA
 3520494 3520495 YpsIP31758_3637 YpsIP31758_3638 rpsR priB TRUE 0.903 5.000 0.128 1.000 N NA
 3520495 3520496 YpsIP31758_3638 YpsIP31758_3639 priB rpsF TRUE 0.865 9.000 0.122 1.000 N NA
 3520496 3520497 YpsIP31758_3639 YpsIP31758_3640 rpsF   FALSE 0.016 367.000 0.005 1.000   NA
 3520497 3520498 YpsIP31758_3640 YpsIP31758_3641     FALSE 0.150 160.000 0.000 NA   NA
 3520500 3520501 YpsIP31758_3643 YpsIP31758_3644     FALSE 0.002 408.000 0.005 1.000 N NA
 3520503 3520504 YpsIP31758_3646 YpsIP31758_3647 rnr nsrR FALSE 0.457 241.000 0.038 NA Y NA
 3520504 3520505 YpsIP31758_3647 YpsIP31758_3648 nsrR purA FALSE 0.001 389.000 0.010 NA N NA
 3520505 3520506 YpsIP31758_3648 YpsIP31758_3649 purA   FALSE 0.267 100.000 0.051 NA   NA
 3520506 3520507 YpsIP31758_3649 YpsIP31758_3650   hflC TRUE 0.864 64.000 0.348 NA   NA
 3520507 3520508 YpsIP31758_3650 YpsIP31758_3651 hflC hflK TRUE 0.999 4.000 0.947 0.010 Y NA
 3520508 3520509 YpsIP31758_3651 YpsIP31758_3652 hflK hflX FALSE 0.471 241.000 0.184 0.060   NA
 3520509 3520510 YpsIP31758_3652 YpsIP31758_3653 hflX hfq TRUE 0.561 99.000 0.141 1.000   NA
 3520510 3520511 YpsIP31758_3653 YpsIP31758_3654 hfq miaA TRUE 0.881 117.000 0.531 1.000   NA
 3520511 3520512 YpsIP31758_3654 YpsIP31758_3655 miaA mutL TRUE 0.979 -7.000 0.188 0.076 N NA
 3520512 3520513 YpsIP31758_3655 YpsIP31758_3656 mutL   TRUE 0.707 16.000 0.092 1.000 N NA
 3520513 3520514 YpsIP31758_3656 YpsIP31758_3657     FALSE 0.395 140.000 0.109 NA   NA
 3520514 3520515 YpsIP31758_3657 YpsIP31758_3658     TRUE 0.871 11.000 0.118 NA   NA
 3520517 3520518 YpsIP31758_3659 YpsIP31758_4278     FALSE 0.100 216.000 0.000 NA   NA
 3520518 3520519 YpsIP31758_4278 YpsIP31758_4279     FALSE 0.268 68.000 0.000 NA   NA
 3520519 3520520 YpsIP31758_4279 YpsIP31758_4280     FALSE 0.221 91.000 0.000 NA   NA
 3520520 3520521 YpsIP31758_4280 YpsIP31758_3661   orn FALSE 0.069 255.000 0.000 NA   NA
 3520522 3520523 YpsIP31758_3662 YpsIP31758_3663 rsgA psd FALSE 0.036 448.000 0.095 1.000   NA
 3520523 3520524 YpsIP31758_3663 YpsIP31758_3664 psd   TRUE 0.698 42.000 0.148 1.000 N NA
 3520525 3520526 YpsIP31758_3665 YpsIP31758_3666 genX   FALSE 0.150 160.000 0.000 NA   NA
 3520527 3520528 YpsIP31758_3667 YpsIP31758_3668 frdA frdB TRUE 0.999 -7.000 0.470 0.002 Y NA
 3520528 3520529 YpsIP31758_3668 YpsIP31758_3669 frdB frdC TRUE 0.994 17.000 0.454 0.002 Y NA
 3520529 3520530 YpsIP31758_3669 YpsIP31758_3670 frdC frdD TRUE 0.998 17.000 0.787 0.002 Y NA
 3520531 3520532 YpsIP31758_3671 YpsIP31758_3672 sugE efp FALSE 0.039 247.000 0.000 1.000 N NA
 3520534 3520535 YpsIP31758_3674 YpsIP31758_3675   groL FALSE 0.005 625.000 0.000 NA   NA
 3520535 3520536 YpsIP31758_3675 YpsIP31758_3676 groL groS TRUE 0.992 47.000 0.631 0.005 Y NA
 3520536 3520537 YpsIP31758_3676 YpsIP31758_3677 groS fxsA FALSE 0.089 255.000 0.040 1.000   NA
 3520538 3520539 YpsIP31758_3678 YpsIP31758_3679 aspA dcuA FALSE 0.178 120.000 0.023 1.000   NA
 3520539 3520540 YpsIP31758_3679 YpsIP31758_3680 dcuA cutA FALSE 0.096 185.000 0.007 1.000   NA
 3520540 3520541 YpsIP31758_3680 YpsIP31758_3681 cutA dsbD TRUE 0.887 -24.000 0.092 1.000 N NA
 3520542 3520543 YpsIP31758_3682 YpsIP31758_3683 fdhF   TRUE 0.932 23.000 0.231 0.030   NA
 3520543 3520544 YpsIP31758_3683 YpsIP31758_3684     TRUE 0.917 23.000 0.222 0.009 N NA
 3520545 3520546 YpsIP31758_3685 YpsIP31758_4281     FALSE 0.164 144.000 0.000 NA   NA
 3520547 3520548 YpsIP31758_3686 YpsIP31758_3687     TRUE 0.878 42.000 0.286 NA   NA
 3520550 3520551 YpsIP31758_3689 YpsIP31758_3690     TRUE 0.844 110.000 0.444 NA   NA
 3520552 3520553 YpsIP31758_3691 YpsIP31758_3692     FALSE 0.431 31.000 0.000 NA   NA
 3520553 3520554 YpsIP31758_3692 YpsIP31758_3693     TRUE 0.552 16.000 0.000 NA   NA
 3520554 3520555 YpsIP31758_3693 YpsIP31758_3694     FALSE 0.081 240.000 0.000 NA   NA
 3520555 3520556 YpsIP31758_3694 YpsIP31758_3695     FALSE 0.174 130.000 0.000 NA   NA
 3520556 3520557 YpsIP31758_3695 YpsIP31758_3696     FALSE 0.192 112.000 0.000 NA   NA
 3520560 3520561 YpsIP31758_3699 YpsIP31758_3700     TRUE 0.951 0.000 0.111 NA   NA
 3520561 3520562 YpsIP31758_3700 YpsIP31758_3701     TRUE 0.975 21.000 0.611 NA   NA
 3520562 3520563 YpsIP31758_3701 YpsIP31758_3702     TRUE 0.992 -3.000 0.385 NA   NA
 3520564 3520565 YpsIP31758_3703 YpsIP31758_3704     FALSE 0.004 886.000 0.000 1.000   NA
 3520566 3520567 YpsIP31758_3705 YpsIP31758_3706     TRUE 0.975 0.000 0.188 NA   NA
 3520567 3520568 YpsIP31758_3706 YpsIP31758_3707     TRUE 0.967 13.000 0.400 NA   NA
 3520568 3520569 YpsIP31758_3707 YpsIP31758_3708     TRUE 0.986 -3.000 0.263 NA   NA
 3520569 3520570 YpsIP31758_3708 YpsIP31758_3709     TRUE 0.973 -3.000 0.158 NA   NA
 3520570 3520571 YpsIP31758_3709 YpsIP31758_3710     TRUE 0.993 -3.000 0.429 NA   NA
 3520571 3520572 YpsIP31758_3710 YpsIP31758_3711     TRUE 0.991 10.000 0.714 NA   NA
 3520572 3520573 YpsIP31758_3711 YpsIP31758_3712     TRUE 0.989 16.000 0.833 NA   NA
 3520573 3520574 YpsIP31758_3712 YpsIP31758_3713     TRUE 0.995 0.000 0.556 NA   NA
 3520574 3520575 YpsIP31758_3713 YpsIP31758_3714     FALSE 0.008 521.000 0.000 NA   NA
 3520575 3520576 YpsIP31758_3714 YpsIP31758_3715     FALSE 0.187 118.000 0.000 NA   NA
 3520576 3520577 YpsIP31758_3715 YpsIP31758_3716     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3520577 3520578 YpsIP31758_3716 YpsIP31758_3717     FALSE 0.184 121.000 0.000 NA   NA
 3520578 3520579 YpsIP31758_3717 YpsIP31758_3718     TRUE 0.996 0.000 0.667 NA   NA
 3520579 3520580 YpsIP31758_3718 YpsIP31758_3719     TRUE 0.923 59.000 0.500 NA   NA
 3520580 3520581 YpsIP31758_3719 YpsIP31758_3720     TRUE 0.998 -3.000 0.800 NA   NA
 3520581 3520582 YpsIP31758_3720 YpsIP31758_3721     TRUE 0.996 -21.000 0.800 NA   NA
 3520582 3520583 YpsIP31758_3721 YpsIP31758_3722     TRUE 0.842 92.000 0.400 NA   NA
 3520583 3520584 YpsIP31758_3722 YpsIP31758_3723     TRUE 0.996 -10.000 0.667 NA   NA
 3520585 3520586 YpsIP31758_3724 YpsIP31758_3725     FALSE 0.294 62.000 0.000 NA   NA
 3520587 3520588 YpsIP31758_3726 YpsIP31758_3727     TRUE 0.882 94.000 0.500 NA   NA
 3520588 3520589 YpsIP31758_3727 YpsIP31758_3728     TRUE 0.995 4.000 0.750 NA   NA
 3520589 3520590 YpsIP31758_3728 YpsIP31758_3729   pilS TRUE 0.992 -3.000 0.400 NA   NA
 3520590 3520591 YpsIP31758_3729 YpsIP31758_3730 pilS pilR TRUE 0.988 15.000 0.800 NA   NA
 3520591 3520592 YpsIP31758_3730 YpsIP31758_3731 pilR   TRUE 0.999 2.000 0.750 1.000 Y NA
 3520592 3520593 YpsIP31758_3731 YpsIP31758_3732   pilP1 TRUE 0.992 10.000 0.750 NA   NA
 3520593 3520594 YpsIP31758_3732 YpsIP31758_3733 pilP1   TRUE 0.996 -13.000 0.750 NA   NA
 3520594 3520595 YpsIP31758_3733 YpsIP31758_3734     TRUE 0.996 3.000 0.750 NA   NA
 3520595 3520596 YpsIP31758_3734 YpsIP31758_3735     TRUE 0.988 14.000 0.750 NA   NA
 3520596 3520597 YpsIP31758_3735 YpsIP31758_3736     TRUE 0.984 2.000 0.300 NA   NA
 3520597 3520598 YpsIP31758_3736 YpsIP31758_3737     FALSE 0.168 138.000 0.000 NA   NA
 3520598 3520599 YpsIP31758_3737 YpsIP31758_3738     TRUE 0.960 -3.000 0.116 NA   NA
 3520599 3520600 YpsIP31758_3738 YpsIP31758_3739     FALSE 0.139 171.000 0.000 NA   NA
 3520600 3520601 YpsIP31758_3739 YpsIP31758_3740     FALSE 0.113 203.000 0.000 NA   NA
 3520601 3520602 YpsIP31758_3740 YpsIP31758_3741     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3520602 3520603 YpsIP31758_3741 YpsIP31758_3742     FALSE 0.128 185.000 0.000 NA   NA
 3520603 3520604 YpsIP31758_3742 YpsIP31758_3743     TRUE 0.770 160.000 0.400 NA   NA
 3520604 3520605 YpsIP31758_3743 YpsIP31758_3744     FALSE 0.083 236.000 0.000 NA   NA
 3520605 3520606 YpsIP31758_3744 YpsIP31758_3745     TRUE 0.844 69.000 0.333 NA   NA
 3520606 3520607 YpsIP31758_3745 YpsIP31758_3746     TRUE 0.990 -3.000 0.333 NA   NA
 3520607 3520608 YpsIP31758_3746 YpsIP31758_3747   dnaB2 TRUE 0.924 29.000 0.250 0.040   NA
 3520608 3520609 YpsIP31758_3747 YpsIP31758_3748 dnaB2   TRUE 0.927 -7.000 0.100 1.000 N NA
 3520609 3520610 YpsIP31758_3748 YpsIP31758_3749     FALSE 0.008 561.000 0.000 1.000   NA
 3520610 3520611 YpsIP31758_3749 YpsIP31758_3750     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3520612 3520613 YpsIP31758_3751 YpsIP31758_3752   rhaT FALSE 0.004 880.000 0.000 1.000   NA
 3520614 3520615 YpsIP31758_3753 YpsIP31758_3754 rhaR rhaS TRUE 0.985 134.000 0.800 0.013 Y NA
 3520616 3520617 YpsIP31758_3755 YpsIP31758_3756 rhaB rhaA TRUE 0.998 -3.000 0.387 1.000 Y NA
 3520617 3520618 YpsIP31758_3756 YpsIP31758_3757 rhaA rhaD TRUE 0.984 13.000 0.247 1.000 Y NA
 3520618 3520619 YpsIP31758_3757 YpsIP31758_3758 rhaD fucO FALSE 0.460 67.000 0.041 0.005 N NA
 3520619 3520620 YpsIP31758_3758 YpsIP31758_3759 fucO rhaU TRUE 0.721 14.000 0.063 NA   NA
 3520623 3520624 YpsIP31758_3762 YpsIP31758_3763   tyrB FALSE 0.008 527.000 0.000 NA   NA
 3520624 3520625 YpsIP31758_3763 YpsIP31758_3764 tyrB alr2 FALSE 0.428 186.000 0.181 1.000 N NA
 3520625 3520626 YpsIP31758_3764 YpsIP31758_3765 alr2 dnaB1 TRUE 0.753 97.000 0.317 1.000 N NA
 3520628 3520629 YpsIP31758_3767 YpsIP31758_3768 pspG dusA FALSE 0.017 525.000 0.070 NA   NA
 3520631 3520632 YpsIP31758_3770 YpsIP31758_3771 lexA dgkA FALSE 0.442 125.000 0.141 1.000 N NA
 3520634 3520635 YpsIP31758_3773 YpsIP31758_3774 ubiA ubiC TRUE 0.863 166.000 0.248 NA Y NA
 3520637 3520638 YpsIP31758_3776 YpsIP31758_3777     FALSE 0.049 289.000 0.000 NA   NA
 3520640 3520641 YpsIP31758_3779 YpsIP31758_3780     FALSE 0.003 1093.000 0.000 NA   NA
 3520641 3520642 YpsIP31758_3780 YpsIP31758_3781     FALSE 0.275 66.000 0.000 NA   NA
 3520642 3520643 YpsIP31758_3781 YpsIP31758_3782     TRUE 0.963 123.000 0.571 NA Y NA
 3520643 3520644 YpsIP31758_3782 YpsIP31758_3783     FALSE 0.072 251.000 0.000 NA   NA
 3520644 3520645 YpsIP31758_3783 YpsIP31758_3784   terE FALSE 0.004 713.000 0.000 NA   NA
 3520645 3520646 YpsIP31758_3784 YpsIP31758_3785 terE terD TRUE 0.926 184.000 0.310 0.002 Y NA
 3520646 3520647 YpsIP31758_3785 YpsIP31758_3786 terD terC FALSE 0.166 64.000 0.000 1.000 N NA
 3520647 3520648 YpsIP31758_3786 YpsIP31758_3787 terC terB TRUE 0.901 22.000 0.000 NA Y NA
 3520648 3520649 YpsIP31758_3787 YpsIP31758_3788 terB terA TRUE 0.839 33.000 0.200 NA   NA
 3520649 3520650 YpsIP31758_3788 YpsIP31758_3789 terA terZ TRUE 0.961 0.000 0.054 0.002   NA
 3520651 3520652 YpsIP31758_3790 YpsIP31758_3791     TRUE 0.937 12.000 0.217 1.000   NA
 3520652 3520653 YpsIP31758_3791 YpsIP31758_3792     TRUE 0.959 -7.000 0.126 NA   NA
 3520653 3520654 YpsIP31758_3792 YpsIP31758_3793     TRUE 0.987 -7.000 0.296 NA   NA
 3520654 3520655 YpsIP31758_3793 YpsIP31758_3794     TRUE 0.992 0.000 0.420 NA   NA
 3520655 3520656 YpsIP31758_3794 YpsIP31758_3795     FALSE 0.018 397.000 0.000 NA   NA
 3520656 3520657 YpsIP31758_3795 YpsIP31758_3796     FALSE 0.036 315.000 0.000 NA   NA
 3520657 3520658 YpsIP31758_3796 YpsIP31758_3797     FALSE 0.015 341.000 0.000 1.000 N NA
 3520658 3520659 YpsIP31758_3797 YpsIP31758_3798     TRUE 0.959 -3.000 0.135 1.000 N NA
 3520659 3520660 YpsIP31758_3798 YpsIP31758_3799     FALSE 0.402 34.000 0.054 1.000 N NA
 3520660 3520661 YpsIP31758_3799 YpsIP31758_3800   hemP FALSE 0.020 86.000 0.015 NA N NA
 3520661 3520662 YpsIP31758_3800 YpsIP31758_3801 hemP hmuR TRUE 0.644 131.000 0.023 NA Y NA
 3520662 3520663 YpsIP31758_3801 YpsIP31758_3802 hmuR hmuS TRUE 0.744 119.000 0.064 1.000 Y NA
 3520663 3520664 YpsIP31758_3802 YpsIP31758_3803 hmuS hmuT TRUE 0.998 -3.000 0.384 1.000 Y NA
 3520664 3520665 YpsIP31758_3803 YpsIP31758_3804 hmuT hmuU TRUE 0.999 -3.000 0.852 1.000 Y NA
 3520665 3520666 YpsIP31758_3804 YpsIP31758_3805 hmuU hmuV TRUE 0.995 -7.000 0.220 1.000 Y NA
 3520667 3520668 YpsIP31758_3806 YpsIP31758_3807 metC2   TRUE 0.851 46.000 0.043 NA Y NA
 3520670 3520671 YpsIP31758_3809 YpsIP31758_3810     TRUE 0.998 -3.000 0.844 NA   NA
 3520671 3520672 YpsIP31758_3810 YpsIP31758_3811     FALSE 0.025 380.000 0.045 NA   NA
 3520672 3520673 YpsIP31758_3811 YpsIP31758_3812   epaR TRUE 0.998 -13.000 0.406 0.059 Y NA
 3520673 3520674 YpsIP31758_3812 YpsIP31758_3813 epaR   TRUE 0.999 2.000 0.516 0.059 Y NA
 3520674 3520675 YpsIP31758_3813 YpsIP31758_3814   epaP TRUE 0.986 9.000 0.136 0.010 Y NA
 3520675 3520676 YpsIP31758_3814 YpsIP31758_3815 epaP epaO TRUE 0.839 127.000 0.154 1.000 Y NA
 3520676 3520677 YpsIP31758_3815 YpsIP31758_3816 epaO   TRUE 0.973 -22.000 0.231 NA   NA
 3520677 3520678 YpsIP31758_3816 YpsIP31758_3817     TRUE 0.998 -19.000 1.000 NA   NA
 3520678 3520679 YpsIP31758_3817 YpsIP31758_3818     TRUE 0.977 -3.000 0.176 NA   NA
 3520679 3520680 YpsIP31758_3818 YpsIP31758_3819     TRUE 0.999 -13.000 0.647 0.006 Y NA
 3520680 3520681 YpsIP31758_3819 YpsIP31758_3820     TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3520681 3520682 YpsIP31758_3820 YpsIP31758_3821     TRUE 0.995 -3.000 0.538 NA   NA
 3520684 3520685 YpsIP31758_3822 YpsIP31758_3824     TRUE 0.995 -3.000 0.407 0.010   NA
 3520685 3520686 YpsIP31758_3824 YpsIP31758_3825     TRUE 0.831 104.000 0.407 NA   NA
 3520686 3520687 YpsIP31758_3825 YpsIP31758_3826   eprI TRUE 0.997 -3.000 0.650 NA   NA
 3520687 3520688 YpsIP31758_3826 YpsIP31758_3827 eprI   TRUE 0.916 10.000 0.150 1.000   NA
 3520688 3520689 YpsIP31758_3827 YpsIP31758_3828     FALSE 0.223 107.000 0.000 1.000   NA
 3520689 3520690 YpsIP31758_3828 YpsIP31758_3829     TRUE 0.842 19.000 0.146 NA   NA
 3520690 3520691 YpsIP31758_3829 YpsIP31758_3830     TRUE 0.982 2.000 0.268 NA   NA
 3520691 3520692 YpsIP31758_3830 YpsIP31758_3831     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3520693 3520694 YpsIP31758_3832 YpsIP31758_3833     TRUE 0.997 14.000 0.688 0.008 Y NA
 3520696 3520697 YpsIP31758_3835 YpsIP31758_3836 acsA   TRUE 0.691 57.000 0.147 NA   NA
 3520697 3520698 YpsIP31758_3836 YpsIP31758_3837   actP TRUE 0.997 -3.000 0.733 NA   NA
 3520701 3520702 YpsIP31758_4282 YpsIP31758_4283 rrfF rrlF FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   NA
 3520702 3520703 YpsIP31758_4283 YpsIP31758_4284 rrlF   FALSE 0.072 251.000 0.000 NA   NA
 3520703 3520704 YpsIP31758_4284 YpsIP31758_4285   rrsF FALSE 0.181 124.000 0.000 NA   NA
 3520705 3520706 YpsIP31758_3843 YpsIP31758_3844 purH purD TRUE 0.944 60.000 0.238 1.000 Y NA
 3520707 3520708 YpsIP31758_3845 YpsIP31758_3846   hupA TRUE 0.988 2.000 0.375 NA   NA
 3520708 3520709 YpsIP31758_3846 YpsIP31758_3847 hupA   TRUE 0.700 189.000 0.355 NA   NA
 3520709 3520710 YpsIP31758_3847 YpsIP31758_3848   nfi TRUE 0.588 46.000 0.086 NA   NA
 3520710 3520711 YpsIP31758_3848 YpsIP31758_3849 nfi hemE FALSE 0.135 66.000 0.028 1.000 N NA
 3520711 3520712 YpsIP31758_3849 YpsIP31758_3850 hemE   FALSE 0.186 119.000 0.000 NA   NA
 3520712 3520713 YpsIP31758_3850 YpsIP31758_3851     FALSE 0.217 93.000 0.000 NA   NA
 3520714 3520715 YpsIP31758_3852 YpsIP31758_3853 rsd thiC FALSE 0.010 375.000 0.000 1.000 N NA
 3520715 3520716 YpsIP31758_3853 YpsIP31758_3854 thiC thiE TRUE 0.968 14.000 0.063 0.002 Y NA
 3520716 3520717 YpsIP31758_3854 YpsIP31758_3855 thiE thiF TRUE 0.995 -10.000 0.242 1.000 Y NA
 3520717 3520718 YpsIP31758_3855 YpsIP31758_3856 thiF thiG TRUE 0.585 214.000 0.005 0.020 Y NA
 3520718 3520719 YpsIP31758_3856 YpsIP31758_3857 thiG thiH TRUE 0.998 -7.000 0.277 0.002 Y NA
 3520720 3520721 YpsIP31758_3858 YpsIP31758_3859   rpoC FALSE 0.200 180.000 0.000 0.040 N NA
 3520721 3520722 YpsIP31758_3859 YpsIP31758_3860 rpoC rpoB TRUE 0.965 129.000 0.851 0.001   NA
 3520722 3520723 YpsIP31758_3860 YpsIP31758_3861 rpoB rplL FALSE 0.212 343.000 0.223 1.000   NA
 3520723 3520724 YpsIP31758_3861 YpsIP31758_3862 rplL rplJ TRUE 0.994 67.000 0.884 0.010 Y NA
 3520724 3520725 YpsIP31758_3862 YpsIP31758_3863 rplJ rplA TRUE 0.634 365.000 0.302 0.013 Y NA
 3520725 3520726 YpsIP31758_3863 YpsIP31758_3864 rplA rplK TRUE 0.999 4.000 0.838 0.013 Y NA
 3520726 3520727 YpsIP31758_3864 YpsIP31758_3865 rplK nusG TRUE 0.852 191.000 0.681 1.000 N NA
 3520727 3520728 YpsIP31758_3865 YpsIP31758_3866 nusG secE TRUE 0.997 2.000 0.843 1.000 N NA
 3520728 3520729 YpsIP31758_3866 YpsIP31758_3867 secE tuf2 FALSE 0.011 251.000 0.009 1.000 N NA
 3520729 3520730 YpsIP31758_3867 YpsIP31758_4286 tuf2   FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   NA
 3520730 3520731 YpsIP31758_4286 YpsIP31758_4287     TRUE 0.723 6.000 0.000 NA   NA
 3520731 3520732 YpsIP31758_4287 YpsIP31758_4288     FALSE 0.160 150.000 0.000 NA   NA
 3520732 3520733 YpsIP31758_4288 YpsIP31758_4289     TRUE 0.532 18.000 0.000 NA   NA
 3520737 3520738 YpsIP31758_3871 YpsIP31758_3872 birA murB TRUE 0.978 -3.000 0.211 1.000 N NA
 3520738 3520739 YpsIP31758_3872 YpsIP31758_4290 murB rrfG FALSE 0.011 462.000 0.000 NA   NA
 3520739 3520740 YpsIP31758_4290 YpsIP31758_4291 rrfG rrlG FALSE 0.196 108.000 0.000 NA   NA
 3520740 3520741 YpsIP31758_4291 YpsIP31758_4292 rrlG   FALSE 0.098 218.000 0.000 NA   NA
 3520741 3520742 YpsIP31758_4292 YpsIP31758_4293     FALSE 0.344 50.000 0.000 NA   NA
 3520742 3520743 YpsIP31758_4293 YpsIP31758_4294   rrsG FALSE 0.224 90.000 0.000 NA   NA
 3520745 3520746 YpsIP31758_3877 YpsIP31758_3878 aroE rimN TRUE 0.784 9.000 0.087 NA N NA
 3520746 3520747 YpsIP31758_3878 YpsIP31758_3879 rimN   TRUE 0.941 2.000 0.137 NA N NA
 3520747 3520748 YpsIP31758_3879 YpsIP31758_3880   smg TRUE 0.899 41.000 0.331 NA   NA
 3520748 3520749 YpsIP31758_3880 YpsIP31758_3881 smg dprA TRUE 0.938 -28.000 0.124 NA   NA
 3520750 3520751 YpsIP31758_3882 YpsIP31758_3883 def fmt TRUE 0.941 25.000 0.058 0.014 Y NA
 3520751 3520752 YpsIP31758_3883 YpsIP31758_3884 fmt rsmB TRUE 0.934 94.000 0.305 1.000 Y NA
 3520752 3520753 YpsIP31758_3884 YpsIP31758_3885 rsmB trkA FALSE 0.053 56.000 0.007 1.000 N NA
 3520753 3520754 YpsIP31758_3885 YpsIP31758_3886 trkA mscL FALSE 0.023 139.000 0.007 1.000 N NA
 3520755 3520756 YpsIP31758_3887 YpsIP31758_3888   zntR TRUE 0.711 88.000 0.219 NA   NA
 3520756 3520757 YpsIP31758_3888 YpsIP31758_3889 zntR rplQ FALSE 0.001 447.000 0.005 1.000 N NA
 3520757 3520758 YpsIP31758_3889 YpsIP31758_3890 rplQ rpoA TRUE 0.977 41.000 0.873 1.000 N NA
 3520758 3520759 YpsIP31758_3890 YpsIP31758_3891 rpoA rpsD TRUE 0.959 26.000 0.549 1.000 N NA
 3520759 3520760 YpsIP31758_3891 YpsIP31758_3892 rpsD rpsK TRUE 0.991 31.000 0.509 0.013 Y NA
 3520760 3520761 YpsIP31758_3892 YpsIP31758_3893 rpsK rpsM TRUE 0.998 17.000 0.810 0.010 Y NA
 3520761 3520762 YpsIP31758_3893 YpsIP31758_3894 rpsM secY FALSE 0.008 298.000 0.011 1.000 N NA
 3520762 3520763 YpsIP31758_3894 YpsIP31758_3895 secY rplO TRUE 0.991 8.000 0.730 1.000 N NA
 3520763 3520764 YpsIP31758_3895 YpsIP31758_3896 rplO rpmD TRUE 0.999 4.000 0.653 0.002 Y NA
 3520764 3520765 YpsIP31758_3896 YpsIP31758_3897 rpmD rpsE TRUE 0.999 3.000 0.789 0.013 Y NA
 3520765 3520766 YpsIP31758_3897 YpsIP31758_3898 rpsE rplR TRUE 0.998 15.000 0.814 0.013 Y NA
 3520766 3520767 YpsIP31758_3898 YpsIP31758_3899 rplR rplF TRUE 0.999 10.000 0.815 0.010 Y NA
 3520767 3520768 YpsIP31758_3899 YpsIP31758_3900 rplF rpsH TRUE 0.998 15.000 0.808 0.010 Y NA
 3520768 3520769 YpsIP31758_3900 YpsIP31758_3901 rpsH rpsN TRUE 0.989 34.000 0.473 0.010 Y NA
 3520769 3520770 YpsIP31758_3901 YpsIP31758_3902 rpsN rplE TRUE 0.995 14.000 0.496 0.010 Y NA
 3520770 3520771 YpsIP31758_3902 YpsIP31758_3903 rplE rplX TRUE 0.998 15.000 0.758 0.010 Y NA
 3520771 3520772 YpsIP31758_3903 YpsIP31758_3904 rplX rplN TRUE 0.998 11.000 0.810 0.013 Y NA
 3520772 3520773 YpsIP31758_3904 YpsIP31758_3905 rplN   FALSE 0.018 317.000 0.000 1.000 N NA
 3520773 3520774 YpsIP31758_3905 YpsIP31758_3906   rpsQ FALSE 0.197 54.000 0.000 1.000 N NA
 3520774 3520775 YpsIP31758_3906 YpsIP31758_3907 rpsQ rpmC TRUE 1.000 0.000 0.828 0.010 Y NA
 3520775 3520776 YpsIP31758_3907 YpsIP31758_3908 rpmC rplP TRUE 0.999 0.000 0.802 0.010 Y NA
 3520776 3520777 YpsIP31758_3908 YpsIP31758_3909 rplP rpsC TRUE 0.998 13.000 0.828 0.013 Y NA
 3520777 3520778 YpsIP31758_3909 YpsIP31758_3910 rpsC rplV TRUE 0.997 18.000 0.719 0.013 Y NA
 3520778 3520779 YpsIP31758_3910 YpsIP31758_3911 rplV rpsS TRUE 0.997 15.000 0.769 0.013 Y NA
 3520779 3520780 YpsIP31758_3911 YpsIP31758_3912 rpsS rplB TRUE 0.998 15.000 0.820 0.013 Y NA
 3520780 3520781 YpsIP31758_3912 YpsIP31758_3913 rplB rplW TRUE 0.998 17.000 0.849 0.012 Y NA
 3520781 3520782 YpsIP31758_3913 YpsIP31758_3914 rplW rplD TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.010 Y NA
 3520782 3520783 YpsIP31758_3914 YpsIP31758_3915 rplD rplC TRUE 0.994 17.000 0.486 0.010 Y NA
 3520783 3520784 YpsIP31758_3915 YpsIP31758_3916 rplC rpsJ TRUE 0.982 33.000 0.307 0.013 Y NA
 3520784 3520785 YpsIP31758_3916 YpsIP31758_3917 rpsJ bfr FALSE 0.008 414.000 0.000 1.000 N NA
 3520785 3520786 YpsIP31758_3917 YpsIP31758_3918 bfr tuf1 FALSE 0.008 412.000 0.000 1.000 N NA
 3520786 3520787 YpsIP31758_3918 YpsIP31758_3919 tuf1 fusA TRUE 0.840 72.000 0.005 0.001 Y NA
 3520787 3520788 YpsIP31758_3919 YpsIP31758_3920 fusA rpsG TRUE 0.972 94.000 0.579 1.000 Y NA
 3520788 3520789 YpsIP31758_3920 YpsIP31758_3921 rpsG rpsL TRUE 0.984 97.000 0.620 0.002 Y NA
 3520789 3520790 YpsIP31758_3921 YpsIP31758_3922 rpsL tusB FALSE 0.155 138.000 0.058 NA N NA
 3520790 3520791 YpsIP31758_3922 YpsIP31758_3923 tusB tusC TRUE 0.996 20.000 0.804 NA Y NA
 3520791 3520792 YpsIP31758_3923 YpsIP31758_3924 tusC tusD TRUE 0.999 0.000 0.790 NA Y NA
 3520792 3520793 YpsIP31758_3924 YpsIP31758_3925 tusD   TRUE 0.980 0.000 0.220 NA   NA
 3520793 3520794 YpsIP31758_3925 YpsIP31758_3926     TRUE 0.501 254.000 0.310 NA   NA
 3520796 3520797 YpsIP31758_3928 YpsIP31758_3929 slyD   FALSE 0.344 95.000 0.060 1.000   NA
 3520797 3520798 YpsIP31758_3929 YpsIP31758_3930   kefB TRUE 0.961 16.000 0.400 1.000   NA
 3520798 3520799 YpsIP31758_3930 YpsIP31758_3931 kefB kefG TRUE 0.997 4.000 0.927 1.000   NA
 3520800 3520801 YpsIP31758_3932 YpsIP31758_3933     FALSE 0.131 135.000 0.020 NA   NA
 3520801 3520802 YpsIP31758_3933 YpsIP31758_3934     FALSE 0.290 93.000 0.053 NA   NA
 3520803 3520804 YpsIP31758_3935 YpsIP31758_3936 tauD tauC TRUE 0.978 -3.000 0.214 1.000 N NA
 3520804 3520805 YpsIP31758_3936 YpsIP31758_3937 tauC tauB TRUE 0.999 -3.000 0.728 1.000 Y NA
 3520805 3520806 YpsIP31758_3937 YpsIP31758_3938 tauB tauA TRUE 0.953 9.000 0.023 1.000 Y NA
 3520806 3520807 YpsIP31758_3938 YpsIP31758_3939 tauA   FALSE 0.060 203.000 0.000 1.000 N NA
 3520808 3520809 YpsIP31758_3940 YpsIP31758_3941     TRUE 0.983 -3.000 0.222 NA   NA
 3520809 3520810 YpsIP31758_3941 YpsIP31758_3942     TRUE 0.715 149.000 0.303 NA   NA
 3520811 3520812 YpsIP31758_3943 YpsIP31758_3944     FALSE 0.198 105.000 0.000 NA   NA
 3520813 3520814 YpsIP31758_3945 YpsIP31758_3946 crp   TRUE 0.520 80.000 0.111 NA   NA
 3520815 3520816 YpsIP31758_3947 YpsIP31758_3948 argD pabA TRUE 0.760 133.000 0.088 1.000 Y NA
 3520816 3520817 YpsIP31758_3948 YpsIP31758_3949 pabA   FALSE 0.056 244.000 0.007 1.000   NA
 3520817 3520818 YpsIP31758_3949 YpsIP31758_3950   ppiA FALSE 0.039 326.000 0.000 1.000   NA
 3520819 3520820 YpsIP31758_3951 YpsIP31758_3952 celF   FALSE 0.360 270.000 0.267 1.000 N NA
 3520824 3520825 YpsIP31758_3956 YpsIP31758_3957 nirB nirD TRUE 0.999 -3.000 0.829 0.000 N NA
 3520825 3520826 YpsIP31758_3957 YpsIP31758_3958 nirD fnt TRUE 0.867 191.000 0.283 1.000 Y NA
 3520826 3520827 YpsIP31758_3958 YpsIP31758_3959 fnt cysG1 FALSE 0.340 63.000 0.065 1.000 N NA
 3520828 3520829 YpsIP31758_3960 YpsIP31758_3961 trpS gph2 TRUE 0.950 2.000 0.118 1.000   NA
 3520829 3520830 YpsIP31758_3961 YpsIP31758_3962 gph2 rpe TRUE 0.902 -7.000 0.050 1.000   NA
 3520830 3520831 YpsIP31758_3962 YpsIP31758_3963 rpe dam FALSE 0.038 303.000 0.053 1.000 N NA
 3520831 3520832 YpsIP31758_3963 YpsIP31758_3964 dam   TRUE 0.740 84.000 0.234 NA   NA
 3520832 3520833 YpsIP31758_3964 YpsIP31758_3965   aroB FALSE 0.054 254.000 0.022 NA   NA
 3520833 3520834 YpsIP31758_3965 YpsIP31758_3966 aroB aroK TRUE 0.937 57.000 0.208 1.000 Y NA
 3520834 3520835 YpsIP31758_3966 YpsIP31758_3967 aroK hofQ FALSE 0.247 349.000 0.319 1.000 N NA
 3520835 3520836 YpsIP31758_3967 YpsIP31758_3968 hofQ   FALSE 0.207 205.000 0.072 NA   NA
 3520836 3520837 YpsIP31758_3968 YpsIP31758_3969     TRUE 0.857 20.000 0.167 NA   NA
 3520837 3520838 YpsIP31758_3969 YpsIP31758_3970     TRUE 0.972 -7.000 0.174 NA   NA
 3520838 3520839 YpsIP31758_3970 YpsIP31758_3971     TRUE 0.998 0.000 0.870 NA   NA
 3520842 3520843 YpsIP31758_3974 YpsIP31758_3975     FALSE 0.447 144.000 0.122 1.000   NA
 3520843 3520844 YpsIP31758_3975 YpsIP31758_3976   hslR TRUE 0.591 29.000 0.056 1.000   NA
 3520844 3520845 YpsIP31758_3976 YpsIP31758_3977 hslR hslO FALSE 0.380 163.000 0.140 1.000 N NA
 3520845 3520846 YpsIP31758_3977 YpsIP31758_3978 hslO pckA FALSE 0.097 197.000 0.048 1.000 N NA
 3520847 3520848 YpsIP31758_3979 YpsIP31758_3980 envZ ompR TRUE 0.999 -3.000 0.584 1.000 Y NA
 3520848 3520849 YpsIP31758_3980 YpsIP31758_3981 ompR greB TRUE 0.794 136.000 0.067 0.039 Y NA
 3520852 3520853 YpsIP31758_3984 YpsIP31758_3985 feoA feoB TRUE 0.886 92.000 0.177 1.000 Y NA
 3520853 3520854 YpsIP31758_3985 YpsIP31758_3986 feoB   TRUE 0.940 36.000 0.455 NA   NA
 3520855 3520856 YpsIP31758_3987 YpsIP31758_3988   bioH FALSE 0.089 170.000 0.010 NA   NA
 3520857 3520858 YpsIP31758_3989 YpsIP31758_3990     TRUE 0.480 60.000 0.066 1.000   NA
 3520858 3520859 YpsIP31758_3990 YpsIP31758_3991     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3520860 3520861 YpsIP31758_3992 YpsIP31758_3993 malQ malP TRUE 0.980 13.000 0.137 0.015 Y NA
 3520862 3520863 YpsIP31758_3994 YpsIP31758_3995 malT glpE FALSE 0.010 374.000 0.000 1.000 N NA
 3520863 3520864 YpsIP31758_3995 YpsIP31758_3996 glpE   TRUE 0.959 18.000 0.405 1.000   NA
 3520864 3520865 YpsIP31758_3996 YpsIP31758_3997   glpR TRUE 0.835 35.000 0.190 1.000   NA
 3520866 3520867 YpsIP31758_3998 YpsIP31758_3999     FALSE 0.140 170.000 0.000 NA   NA
 3520869 3520870 YpsIP31758_4001 YpsIP31758_4002   glgP TRUE 0.672 10.000 0.000 NA   NA
 3520870 3520871 YpsIP31758_4002 YpsIP31758_4003 glgP glgA TRUE 0.857 170.000 0.228 1.000 Y NA
 3520871 3520872 YpsIP31758_4003 YpsIP31758_4004 glgA glgC TRUE 0.859 211.000 0.307 1.000 Y NA
 3520872 3520873 YpsIP31758_4004 YpsIP31758_4005 glgC glgX TRUE 0.987 10.000 0.228 1.000 Y NA
 3520873 3520874 YpsIP31758_4005 YpsIP31758_4006 glgX glgB TRUE 0.991 2.000 0.069 0.003 Y NA
 3520876 3520877 YpsIP31758_4008 YpsIP31758_4009     FALSE 0.003 1678.000 0.000 NA   NA
 3520877 3520878 YpsIP31758_4009 YpsIP31758_4010     FALSE 0.153 158.000 0.000 NA   NA
 3520878 3520879 YpsIP31758_4010 YpsIP31758_4011     TRUE 0.706 7.000 0.000 NA   NA
 3520879 3520880 YpsIP31758_4011 YpsIP31758_4012     TRUE 0.650 11.000 0.000 NA   NA
 3520880 3520881 YpsIP31758_4012 YpsIP31758_4013   asd FALSE 0.015 417.000 0.000 NA   NA
 3520882 3520883 YpsIP31758_4014 YpsIP31758_4015     FALSE 0.101 215.000 0.000 NA   NA
 3520884 3520885 YpsIP31758_4016 YpsIP31758_4017     FALSE 0.198 106.000 0.000 NA   NA
 3520885 3520886 YpsIP31758_4017 YpsIP31758_4018     FALSE 0.197 107.000 0.000 NA   NA
 3520886 3520887 YpsIP31758_4018 YpsIP31758_4019     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3520887 3520888 YpsIP31758_4019 YpsIP31758_4020   gntK FALSE 0.030 340.000 0.000 NA   NA
 3520890 3520891 YpsIP31758_4022 YpsIP31758_4023     FALSE 0.361 129.000 0.091 NA   NA
 3520891 3520892 YpsIP31758_4023 YpsIP31758_4329     FALSE 0.095 222.000 0.000 NA   NA
 3520894 3520895 YpsIP31758_4025 YpsIP31758_4026     TRUE 0.982 10.000 0.180 NA Y NA
 3520895 3520896 YpsIP31758_4026 YpsIP31758_4027     TRUE 0.808 26.000 0.149 NA   NA
 3520896 3520897 YpsIP31758_4027 YpsIP31758_4028   rbsB6 TRUE 0.485 75.000 0.095 NA   NA
 3520897 3520898 YpsIP31758_4028 YpsIP31758_4029 rbsB6 rbsC7 TRUE 0.924 31.000 0.238 0.008   NA
 3520898 3520899 YpsIP31758_4029 YpsIP31758_4030 rbsC7 rbsA6 TRUE 0.945 -7.000 0.000 0.008   NA
 3520904 3520905 YpsIP31758_4035 YpsIP31758_4036   gdhA FALSE 0.039 247.000 0.000 1.000 N NA
 3520905 3520906 YpsIP31758_4036 YpsIP31758_4037 gdhA   FALSE 0.038 250.000 0.000 1.000 N NA
 3520911 3520912 YpsIP31758_4042 YpsIP31758_4043     TRUE 0.829 2.000 0.000 NA   NA
 3520912 3520913 YpsIP31758_4043 YpsIP31758_4044     FALSE 0.077 243.000 0.000 NA   NA
 3520913 3520914 YpsIP31758_4044 YpsIP31758_4045     TRUE 0.784 -52.000 0.000 NA   NA
 3520914 3520915 YpsIP31758_4045 YpsIP31758_4046     FALSE 0.275 66.000 0.000 NA   NA
 3520915 3520916 YpsIP31758_4046 YpsIP31758_4047   prlC FALSE 0.017 419.000 0.000 1.000   NA
 3520917 3520918 YpsIP31758_4048 YpsIP31758_4049   gor FALSE 0.346 168.000 0.100 1.000   NA
 3520918 3520919 YpsIP31758_4049 YpsIP31758_4050 gor   FALSE 0.021 271.000 0.000 NA N NA
 3520919 3520920 YpsIP31758_4050 YpsIP31758_4051     TRUE 0.599 178.000 0.290 NA N NA
 3520920 3520921 YpsIP31758_4051 YpsIP31758_4052     TRUE 0.989 11.000 0.295 1.000 Y NA
 3520922 3520923 YpsIP31758_4053 YpsIP31758_4054     TRUE 0.829 2.000 0.000 NA   NA
 3520923 3520924 YpsIP31758_4054 YpsIP31758_4055     FALSE 0.228 88.000 0.000 NA   NA
 3520925 3520926 YpsIP31758_4056 YpsIP31758_4057     TRUE 0.796 4.000 0.033 1.000   NA
 3520927 3520928 YpsIP31758_4058 YpsIP31758_4059     FALSE 0.015 305.000 0.000 NA N NA
 3520929 3520930 YpsIP31758_4060 YpsIP31758_4061 dmpI   TRUE 0.697 8.000 0.000 NA   NA
 3520930 3520931 YpsIP31758_4061 YpsIP31758_4062   kdgK FALSE 0.145 164.000 0.000 NA   NA
 3520932 3520933 YpsIP31758_4063 YpsIP31758_4064   dctA FALSE 0.063 365.000 0.088 1.000   NA
 3520933 3520934 YpsIP31758_4064 YpsIP31758_4065 dctA   FALSE 0.012 472.000 0.000 1.000   NA
 3520934 3520935 YpsIP31758_4065 YpsIP31758_4066     TRUE 0.699 125.000 0.250 1.000   NA
 3520937 3520938 YpsIP31758_4068 YpsIP31758_4069 kdgM1   FALSE 0.012 641.000 0.000 0.079   NA
 3520938 3520939 YpsIP31758_4069 YpsIP31758_4070   bcsZ FALSE 0.089 145.000 0.000 1.000 N NA
 3520939 3520940 YpsIP31758_4070 YpsIP31758_4071 bcsZ dppF FALSE 0.103 118.000 0.000 1.000 N NA
 3520940 3520941 YpsIP31758_4071 YpsIP31758_4072 dppF dppD TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.001 Y NA
 3520941 3520942 YpsIP31758_4072 YpsIP31758_4073 dppD dppC TRUE 0.994 14.000 0.560 1.000 Y NA
 3520942 3520943 YpsIP31758_4073 YpsIP31758_4074 dppC dppB TRUE 0.998 11.000 0.779 0.050 Y NA
 3520943 3520944 YpsIP31758_4074 YpsIP31758_4075 dppB dppA TRUE 0.536 283.000 0.087 0.050 Y NA
 3520944 3520945 YpsIP31758_4075 YpsIP31758_4076 dppA   FALSE 0.002 669.000 0.000 NA N NA
 3520945 3520946 YpsIP31758_4076 YpsIP31758_4077     TRUE 0.609 201.000 0.286 NA   NA
 3520946 3520947 YpsIP31758_4077 YpsIP31758_4295     FALSE 0.037 312.000 0.000 NA   NA
 3520947 3520948 YpsIP31758_4295 YpsIP31758_4078   uhpC FALSE 0.189 116.000 0.000 NA   NA
 3520948 3520949 YpsIP31758_4078 YpsIP31758_4079 uhpC uhpB TRUE 0.969 95.000 1.000 0.058 N NA
 3520949 3520950 YpsIP31758_4079 YpsIP31758_4080 uhpB uhpA TRUE 0.996 -3.000 0.148 0.010 Y NA
 3520950 3520951 YpsIP31758_4080 YpsIP31758_4081 uhpA eptB FALSE 0.437 116.000 0.103 1.000   NA
 3520951 3520952 YpsIP31758_4081 YpsIP31758_4082 eptB   FALSE 0.008 529.000 0.000 NA   NA
 3520954 3520955 YpsIP31758_4084 YpsIP31758_4085   hutH FALSE 0.213 332.000 0.006 1.000 Y NA
 3520955 3520956 YpsIP31758_4085 YpsIP31758_4086 hutH hutU TRUE 0.998 -3.000 0.315 0.000 Y NA
 3520957 3520958 YpsIP31758_4087 YpsIP31758_4088     TRUE 0.997 -3.000 0.800 1.000 N NA
 3520958 3520959 YpsIP31758_4088 YpsIP31758_4089     TRUE 0.768 83.000 0.250 1.000   NA
 3520959 3520960 YpsIP31758_4089 YpsIP31758_4090     TRUE 0.960 2.000 0.138 1.000   NA
 3520960 3520961 YpsIP31758_4090 YpsIP31758_4091     FALSE 0.004 523.000 0.000 1.000 N NA
 3520961 3520962 YpsIP31758_4091 YpsIP31758_4092     TRUE 0.992 10.000 0.356 1.000 Y NA
 3520962 3520963 YpsIP31758_4092 YpsIP31758_4093     TRUE 0.999 -10.000 0.870 0.050 Y NA
 3520963 3520964 YpsIP31758_4093 YpsIP31758_4095     TRUE 0.999 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 3520965 3520966 YpsIP31758_4094 YpsIP31758_4096     FALSE 0.366 45.000 0.000 NA   NA
 3520966 3520967 YpsIP31758_4096 YpsIP31758_4097     FALSE 0.084 235.000 0.000 NA   NA
 3520967 3520968 YpsIP31758_4097 YpsIP31758_4296     FALSE 0.147 162.000 0.000 NA   NA
 3520968 3520969 YpsIP31758_4296 YpsIP31758_4098   xylR FALSE 0.174 130.000 0.000 NA   NA
 3520969 3520970 YpsIP31758_4098 YpsIP31758_4099 xylR   TRUE 0.523 90.000 0.146 1.000 N NA
 3520970 3520971 YpsIP31758_4099 YpsIP31758_4100   xylG TRUE 0.998 -13.000 0.469 1.000 Y NA
 3520971 3520972 YpsIP31758_4100 YpsIP31758_4101 xylG xylF TRUE 0.951 208.000 0.518 0.008 Y NA
 3520973 3520974 YpsIP31758_4102 YpsIP31758_4103 xylA xylB TRUE 0.664 124.000 0.020 1.000 Y NA
 3520975 3520976 YpsIP31758_4104 YpsIP31758_4105     TRUE 0.947 39.000 0.500 1.000   NA
 3520976 3520977 YpsIP31758_4105 YpsIP31758_4106     TRUE 0.960 111.000 0.500 1.000 Y NA
 3520977 3520978 YpsIP31758_4106 YpsIP31758_4107     TRUE 0.971 76.000 0.500 1.000 Y NA
 3520981 3520982 YpsIP31758_4110 YpsIP31758_4111 mdfA   FALSE 0.010 473.000 0.000 NA   NA
 3520985 3520986 YpsIP31758_4114 YpsIP31758_4115 selB selA TRUE 0.997 -3.000 0.569 0.000 N NA
 3520986 3520987 YpsIP31758_4115 YpsIP31758_4116 selA fdhE FALSE 0.172 196.000 0.083 NA N NA
 3520987 3520988 YpsIP31758_4116 YpsIP31758_4117 fdhE fdoI TRUE 0.966 0.000 0.182 NA N NA
 3520988 3520989 YpsIP31758_4117 YpsIP31758_4118 fdoI   TRUE 1.000 -3.000 0.944 0.001 Y NA
 3520989 3520990 YpsIP31758_4118 YpsIP31758_4119   fdoG TRUE 0.998 13.000 0.833 0.001 Y NA
 3520991 3520992 YpsIP31758_4120 YpsIP31758_4121   sodA FALSE 0.006 435.000 0.029 1.000 N NA
 3520992 3520993 YpsIP31758_4121 YpsIP31758_4122 sodA   FALSE 0.014 344.000 0.000 1.000 N NA
 3520993 3520994 YpsIP31758_4122 YpsIP31758_4123     FALSE 0.168 138.000 0.000 NA   NA
 3520994 3520995 YpsIP31758_4123 YpsIP31758_4124     FALSE 0.008 532.000 0.000 NA   NA
 3520996 3520997 YpsIP31758_4125 YpsIP31758_4126   mtlR FALSE 0.132 249.000 0.067 NA   NA
 3520997 3520998 YpsIP31758_4126 YpsIP31758_4127 mtlR mtlD FALSE 0.457 207.000 0.230 NA N NA
 3520998 3520999 YpsIP31758_4127 YpsIP31758_4128 mtlD mtlA TRUE 0.909 137.000 0.292 1.000 Y NA
 3520999 3521000 YpsIP31758_4128 YpsIP31758_4129 mtlA   FALSE 0.010 482.000 0.000 NA   NA
 3521000 3521001 YpsIP31758_4129 YpsIP31758_4130   glyS FALSE 0.005 472.000 0.003 NA   NA
 3521001 3521002 YpsIP31758_4130 YpsIP31758_4131 glyS glyQ TRUE 0.998 10.000 0.651 0.000 Y NA
 3521003 3521004 YpsIP31758_4132 YpsIP31758_4133 tag   TRUE 0.880 -3.000 0.028 1.000   NA
 3521004 3521005 YpsIP31758_4133 YpsIP31758_4134     FALSE 0.240 82.000 0.000 NA   NA
 3521005 3521006 YpsIP31758_4134 YpsIP31758_4135     FALSE 0.155 156.000 0.000 NA   NA
 3521008 3521009 YpsIP31758_4137 YpsIP31758_4138 tkrA malS FALSE 0.025 289.000 0.000 1.000 N NA
 3521009 3521010 YpsIP31758_4138 YpsIP31758_4139 malS   FALSE 0.016 414.000 0.000 NA   NA
 3521010 3521011 YpsIP31758_4139 YpsIP31758_4140     FALSE 0.011 456.000 0.000 NA   NA
 3521012 3521013 YpsIP31758_4141 YpsIP31758_4142   ibpB FALSE 0.041 373.000 0.069 NA   NA
 3521013 3521014 YpsIP31758_4142 YpsIP31758_4143 ibpB ibpA FALSE 0.462 281.000 0.099 NA Y NA
 3521017 3521018 YpsIP31758_4146 YpsIP31758_4147     TRUE 0.997 -6.000 0.316 1.000 Y NA
 3521018 3521019 YpsIP31758_4147 YpsIP31758_4148     FALSE 0.390 38.000 0.000 NA   NA
 3521020 3521021 YpsIP31758_4149 YpsIP31758_4150   gyrB FALSE 0.155 216.000 0.003 0.073   NA
 3521021 3521022 YpsIP31758_4150 YpsIP31758_4151 gyrB   TRUE 0.985 20.000 0.249 0.003 Y NA
 3521022 3521023 YpsIP31758_4151 YpsIP31758_4152   dnaN TRUE 0.897 173.000 0.318 1.000 Y NA
 3521023 3521024 YpsIP31758_4152 YpsIP31758_4153 dnaN dnaA TRUE 0.994 5.000 0.328 1.000 Y NA
 3521025 3521026 YpsIP31758_4154 YpsIP31758_4155 rpmH rnpA TRUE 0.986 19.000 0.787 1.000   NA
 3521026 3521027 YpsIP31758_4155 YpsIP31758_4157 rnpA   FALSE 0.192 224.000 0.105 1.000 N NA
 3521029 3521030 YpsIP31758_4158 YpsIP31758_4159 trmE   FALSE 0.058 207.000 0.003 NA   NA
 3521031 3521032 YpsIP31758_4160 YpsIP31758_4161     FALSE 0.085 234.000 0.000 NA   NA
 3521034 3521035 YpsIP31758_4163 YpsIP31758_4164     TRUE 0.997 2.000 0.282 0.013 Y NA
 3521035 3521036 YpsIP31758_4164 YpsIP31758_4165     TRUE 0.898 183.000 0.263 0.049 Y NA
 3521036 3521037 YpsIP31758_4165 YpsIP31758_4166     FALSE 0.036 220.000 0.000 NA N NA
 3521037 3521038 YpsIP31758_4166 YpsIP31758_4167   phoU FALSE 0.011 335.000 0.000 NA N NA
 3521038 3521039 YpsIP31758_4167 YpsIP31758_4168 phoU pstB1 TRUE 0.938 88.000 0.317 NA Y NA
 3521039 3521040 YpsIP31758_4168 YpsIP31758_4169 pstB1 pstA1 TRUE 0.982 81.000 0.526 0.002 Y NA
 3521040 3521041 YpsIP31758_4169 YpsIP31758_4170 pstA1 pstC2 TRUE 0.999 2.000 0.537 0.002 Y NA
 3521041 3521042 YpsIP31758_4170 YpsIP31758_4171 pstC2 pstS TRUE 0.784 230.000 0.145 0.002 Y NA
 3521044 3521045 YpsIP31758_4173 YpsIP31758_4174 glmS glmU TRUE 0.606 201.000 0.055 1.000 Y NA
 3521045 3521046 YpsIP31758_4174 YpsIP31758_4175 glmU atpC FALSE 0.007 621.000 0.067 1.000 N NA
 3521046 3521047 YpsIP31758_4175 YpsIP31758_4176 atpC atpD TRUE 0.997 22.000 0.837 0.003 Y NA
 3521047 3521048 YpsIP31758_4176 YpsIP31758_4177 atpD atpG TRUE 0.981 156.000 0.724 0.003 Y NA
 3521048 3521049 YpsIP31758_4177 YpsIP31758_4178 atpG atpA TRUE 0.994 62.000 0.846 0.003 Y NA
 3521049 3521050 YpsIP31758_4178 YpsIP31758_4179 atpA atpH TRUE 0.998 15.000 0.864 0.003 Y NA
 3521050 3521051 YpsIP31758_4179 YpsIP31758_4180 atpH atpF TRUE 0.988 15.000 0.242 0.003 Y NA
 3521051 3521052 YpsIP31758_4180 YpsIP31758_4181 atpF atpE TRUE 0.990 62.000 0.666 0.003 Y NA
 3521052 3521053 YpsIP31758_4181 YpsIP31758_4182 atpE atpB TRUE 0.990 50.000 0.557 0.003 Y NA
 3521053 3521054 YpsIP31758_4182 YpsIP31758_4183 atpB atpI TRUE 0.973 56.000 0.291 0.003 Y NA
 3521054 3521055 YpsIP31758_4183 YpsIP31758_4184 atpI gidB FALSE 0.000 667.000 0.005 1.000 N NA
 3521055 3521056 YpsIP31758_4184 YpsIP31758_4185 gidB   FALSE 0.355 48.000 0.000 NA   NA
 3521056 3521057 YpsIP31758_4185 YpsIP31758_4186   gidA TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3521057 3516765 YpsIP31758_4186 YpsIP31758_0001 gidA mioC FALSE 0.010 381.000 0.000 1.000 N NA
 3516564 3516565 YpsIP31758_A0041 YpsIP31758_A0042     FALSE 0.053 280.000 0.000 NA   NA
 3516565 3516566 YpsIP31758_A0042 YpsIP31758_A0043     TRUE 0.993 -12.000 0.514 NA   NA
 3516566 3516567 YpsIP31758_A0043 YpsIP31758_A0044     FALSE 0.003 938.000 0.000 NA   NA
 3516567 3516568 YpsIP31758_A0044 YpsIP31758_A0045     FALSE 0.054 278.000 0.000 NA   NA
 3516569 3516570 YpsIP31758_A0046 YpsIP31758_A0047     TRUE 0.572 18.000 0.000 1.000   NA
 3516570 3516571 YpsIP31758_A0047 YpsIP31758_A0048     TRUE 0.993 13.000 0.500 NA Y NA
 3516571 3516572 YpsIP31758_A0048 YpsIP31758_A0049     TRUE 0.999 3.000 1.000 NA Y NA
 3516572 3516573 YpsIP31758_A0049 YpsIP31758_A0050     TRUE 0.982 -7.000 0.000 NA Y NA
 3516573 3516574 YpsIP31758_A0050 YpsIP31758_A0051     TRUE 0.985 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3516574 3516575 YpsIP31758_A0051 YpsIP31758_A0052     TRUE 0.998 15.000 1.000 NA Y NA
 3516575 3516576 YpsIP31758_A0052 YpsIP31758_A0053     TRUE 0.805 3.000 0.000 NA   NA
 3516576 3516577 YpsIP31758_A0053 YpsIP31758_A0054     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3516577 3516578 YpsIP31758_A0054 YpsIP31758_A0055     TRUE 0.913 18.000 0.000 NA Y NA
 3516578 3516579 YpsIP31758_A0055 YpsIP31758_A0056     TRUE 0.869 163.000 0.250 NA Y NA
 3516579 3516580 YpsIP31758_A0056 YpsIP31758_A0057     TRUE 0.737 53.000 0.167 NA   NA
 3516580 3516581 YpsIP31758_A0057 YpsIP31758_A0058     FALSE 0.186 119.000 0.000 NA   NA
 3516581 3516582 YpsIP31758_A0058 YpsIP31758_A0059     TRUE 0.489 23.000 0.000 NA   NA
 3516582 3516583 YpsIP31758_A0059 YpsIP31758_A0060     TRUE 0.953 13.000 0.300 NA   NA
 3516583 3516584 YpsIP31758_A0060 YpsIP31758_A0061     TRUE 0.989 10.000 0.667 NA   NA
 3516584 3516585 YpsIP31758_A0061 YpsIP31758_A0062   pilP2 TRUE 0.996 -13.000 0.750 NA   NA
 3516585 3516586 YpsIP31758_A0062 YpsIP31758_A0063 pilP2   TRUE 0.997 -3.000 0.750 NA   NA
 3516586 3516587 YpsIP31758_A0063 YpsIP31758_A0064     TRUE 0.999 -7.000 0.600 1.000 Y NA
 3516587 3516588 YpsIP31758_A0064 YpsIP31758_A0065     TRUE 0.978 17.000 0.600 NA   NA
 3516588 3516589 YpsIP31758_A0065 YpsIP31758_A0066     TRUE 0.865 16.000 0.154 NA   NA
 3516589 3516590 YpsIP31758_A0066 YpsIP31758_A0001     TRUE 0.890 13.000 0.154 NA   NA
 3516590 3516591 YpsIP31758_A0001 YpsIP31758_A0002     FALSE 0.085 234.000 0.000 NA   NA
 3516591 3516592 YpsIP31758_A0002 YpsIP31758_A0003     TRUE 0.743 5.000 0.000 NA   NA
 3516592 3516593 YpsIP31758_A0003 YpsIP31758_A0004     TRUE 0.990 12.000 0.750 NA   NA
 3516593 3516594 YpsIP31758_A0004 YpsIP31758_A0005     TRUE 0.968 19.000 0.500 NA   NA
 3516594 3516595 YpsIP31758_A0005 YpsIP31758_A0006     FALSE 0.471 25.000 0.000 NA   NA
 3516595 3516596 YpsIP31758_A0006 YpsIP31758_A0007     FALSE 0.412 34.000 0.000 NA   NA
 3516596 3516597 YpsIP31758_A0007 YpsIP31758_A0008     FALSE 0.172 133.000 0.000 NA   NA
 3516597 3516598 YpsIP31758_A0008 YpsIP31758_A0009     FALSE 0.243 81.000 0.000 NA   NA
 3516599 3516600 YpsIP31758_A0010 YpsIP31758_A0011     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3516601 3516602 YpsIP31758_A0012 YpsIP31758_A0013     FALSE 0.011 462.000 0.000 NA   NA
 3516602 3516603 YpsIP31758_A0013 YpsIP31758_A0014     FALSE 0.025 354.000 0.000 NA   NA
 3516603 3516604 YpsIP31758_A0014 YpsIP31758_A0015     FALSE 0.382 40.000 0.000 NA   NA
 3516605 3516606 YpsIP31758_A0016 YpsIP31758_A0017     FALSE 0.280 65.000 0.000 NA   NA
 3516606 3516607 YpsIP31758_A0017 YpsIP31758_A0018     TRUE 0.650 11.000 0.000 NA   NA
 3516608 3516609 YpsIP31758_A0019 YpsIP31758_A0021     FALSE 0.145 164.000 0.000 NA   NA
 3516610 3516611 YpsIP31758_A0020 YpsIP31758_A0022     TRUE 0.983 -7.000 0.250 NA   NA
 3516611 3516612 YpsIP31758_A0022 YpsIP31758_A0023     TRUE 0.944 6.000 0.182 NA   NA
 3516612 3516613 YpsIP31758_A0023 YpsIP31758_A0024     TRUE 0.982 36.000 1.000 NA N NA
 3516613 3516614 YpsIP31758_A0024 YpsIP31758_A0025     TRUE 0.993 -3.000 0.143 NA Y NA
 3516614 3516615 YpsIP31758_A0025 YpsIP31758_A0026     TRUE 0.991 -3.000 0.350 NA   NA
 3516615 3516616 YpsIP31758_A0026 YpsIP31758_A0027     TRUE 0.654 38.000 0.100 NA   NA
 3516616 3516617 YpsIP31758_A0027 YpsIP31758_A0028     TRUE 0.489 23.000 0.000 NA   NA
 3516618 3516619 YpsIP31758_A0029 YpsIP31758_A0030     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3516619 3516620 YpsIP31758_A0030 YpsIP31758_A0031     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3516622 3516623 YpsIP31758_A0033 YpsIP31758_A0034     FALSE 0.049 288.000 0.000 NA   NA
 3516623 3516624 YpsIP31758_A0034 YpsIP31758_A0035     FALSE 0.418 33.000 0.000 NA   NA
 3516625 3516626 YpsIP31758_A0036 YpsIP31758_A0037     FALSE 0.190 114.000 0.000 NA   NA
 3516626 3516627 YpsIP31758_A0037 YpsIP31758_A0038     TRUE 0.922 -3.000 0.083 1.000 N NA
 3516627 3516628 YpsIP31758_A0038 YpsIP31758_A0040     FALSE 0.131 182.000 0.000 NA   NA
 3516628 3516564 YpsIP31758_A0040 YpsIP31758_A0041     FALSE 0.003 1043.000 0.000 NA   NA
 3516629 3516630 YpsIP31758_B0002 YpsIP31758_B0003     FALSE 0.215 94.000 0.000 NA   NA
 3516630 3516631 YpsIP31758_B0003 YpsIP31758_B0004     FALSE 0.006 605.000 0.000 NA   NA
 3516631 3516632 YpsIP31758_B0004 YpsIP31758_B0005     TRUE 0.515 20.000 0.000 NA   NA
 3516632 3516633 YpsIP31758_B0005 YpsIP31758_B0006     TRUE 0.995 3.000 0.667 NA   NA
 3516633 3516634 YpsIP31758_B0006 YpsIP31758_B0007     TRUE 0.650 11.000 0.000 NA   NA
 3516634 3516635 YpsIP31758_B0007 YpsIP31758_B0008     FALSE 0.245 80.000 0.000 NA   NA
 3516635 3516636 YpsIP31758_B0008 YpsIP31758_B0009     TRUE 0.608 15.000 0.000 1.000   NA
 3516637 3516638 YpsIP31758_B0010 YpsIP31758_B0011     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3516639 3516640 YpsIP31758_B0012 YpsIP31758_B0013     FALSE 0.168 138.000 0.000 NA   NA
 3516640 3516641 YpsIP31758_B0013 YpsIP31758_B0014     TRUE 0.552 16.000 0.000 NA   NA
 3516641 3516642 YpsIP31758_B0014 YpsIP31758_B0015     TRUE 0.949 91.000 0.800 NA   NA
 3516642 3516643 YpsIP31758_B0015 YpsIP31758_B0016   pilP3 TRUE 0.994 -13.000 0.600 NA   NA
 3516643 3516644 YpsIP31758_B0016 YpsIP31758_B0017 pilP3   TRUE 0.977 28.000 0.714 NA   NA
 3516644 3516645 YpsIP31758_B0017 YpsIP31758_B0018     TRUE 0.993 49.000 0.857 1.000 Y NA
 3516645 3516646 YpsIP31758_B0018 YpsIP31758_B0019     TRUE 0.977 24.000 0.667 NA   NA
 3516646 3516647 YpsIP31758_B0019 YpsIP31758_B0020     TRUE 0.967 38.000 0.667 NA   NA
 3516647 3516648 YpsIP31758_B0020 YpsIP31758_B0021     TRUE 0.968 19.000 0.500 NA   NA
 3516648 3516649 YpsIP31758_B0021 YpsIP31758_B0022     FALSE 0.004 711.000 0.000 NA   NA
 3516653 3516654 YpsIP31758_B0026 YpsIP31758_B0027     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3516654 3516655 YpsIP31758_B0027 YpsIP31758_B0028     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3516655 3516656 YpsIP31758_B0028 YpsIP31758_B0029     FALSE 0.275 66.000 0.000 NA   NA
 3516656 3516657 YpsIP31758_B0029 YpsIP31758_B0030     FALSE 0.407 35.000 0.000 NA   NA
 3516657 3516658 YpsIP31758_B0030 YpsIP31758_B0031     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3516658 3516659 YpsIP31758_B0031 YpsIP31758_B0032     TRUE 0.795 -28.000 0.000 NA   NA
 3516659 3516660 YpsIP31758_B0032 YpsIP31758_B0033     FALSE 0.396 37.000 0.000 NA   NA
 3516660 3516661 YpsIP31758_B0033 YpsIP31758_B0034     FALSE 0.417 251.000 0.000 NA Y NA
 3516661 3516662 YpsIP31758_B0034 YpsIP31758_B0035     FALSE 0.254 74.000 0.000 NA   NA
 3516664 3516665 YpsIP31758_B0037 YpsIP31758_B0038     TRUE 0.836 -10.000 0.000 NA   NA
 3516665 3516666 YpsIP31758_B0038 YpsIP31758_B0039     TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3516666 3516667 YpsIP31758_B0039 YpsIP31758_B0040     TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3516667 3516668 YpsIP31758_B0040 YpsIP31758_B0041     FALSE 0.057 272.000 0.000 NA   NA
 3516668 3516669 YpsIP31758_B0041 YpsIP31758_B0042     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3516671 3516672 YpsIP31758_B0044 YpsIP31758_B0045     FALSE 0.003 1074.000 0.000 NA   NA
 3516672 3516673 YpsIP31758_B0045 YpsIP31758_B0046     FALSE 0.425 32.000 0.000 NA   NA
 3516674 3516675 YpsIP31758_B0047 YpsIP31758_B0048     FALSE 0.078 257.000 0.000 1.000   NA
 3516675 3516676 YpsIP31758_B0048 YpsIP31758_B0049     FALSE 0.117 199.000 0.000 NA   NA
 3516676 3516677 YpsIP31758_B0049 YpsIP31758_B0050     TRUE 0.989 2.000 0.400 NA   NA
 3516677 3516678 YpsIP31758_B0050 YpsIP31758_B0051     TRUE 0.805 3.000 0.000 NA   NA
 3516679 3516680 YpsIP31758_B0052 YpsIP31758_B0053     TRUE 0.829 3.000 0.000 1.000   NA
 3516680 3516681 YpsIP31758_B0053 YpsIP31758_B0054     FALSE 0.084 235.000 0.000 NA   NA
 3516681 3516682 YpsIP31758_B0054 YpsIP31758_B0055     TRUE 0.963 -7.000 0.136 NA   NA
 3516682 3516683 YpsIP31758_B0055 YpsIP31758_B0056     FALSE 0.009 500.000 0.000 NA   NA
 3516683 3516684 YpsIP31758_B0056 YpsIP31758_B0057     FALSE 0.143 166.000 0.000 NA   NA
 3516684 3516685 YpsIP31758_B0057 YpsIP31758_B0058     FALSE 0.174 130.000 0.000 NA   NA
 3516685 3516686 YpsIP31758_B0058 YpsIP31758_B0059     TRUE 0.795 -28.000 0.000 NA   NA
 3516686 3516687 YpsIP31758_B0059 YpsIP31758_B0060     FALSE 0.062 263.000 0.000 NA   NA
 3516687 3516688 YpsIP31758_B0060 YpsIP31758_B0061     FALSE 0.023 367.000 0.000 NA   NA
 3516688 3516689 YpsIP31758_B0061 YpsIP31758_B0062     FALSE 0.004 713.000 0.000 NA   NA
 3516689 3516690 YpsIP31758_B0062 YpsIP31758_B0063     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3516690 3516691 YpsIP31758_B0063 YpsIP31758_B0064     FALSE 0.202 101.000 0.000 NA   NA
 3516691 3516692 YpsIP31758_B0064 YpsIP31758_B0065     TRUE 0.672 10.000 0.000 NA   NA
 3516692 3516693 YpsIP31758_B0065 YpsIP31758_B0066     FALSE 0.116 200.000 0.000 NA   NA
 3516693 3516694 YpsIP31758_B0066 YpsIP31758_B0067     TRUE 0.689 9.000 0.000 NA   NA
 3516695 3516696 YpsIP31758_B0068 YpsIP31758_B0069     FALSE 0.009 489.000 0.000 NA   NA
 3516696 3516697 YpsIP31758_B0069 YpsIP31758_B0070     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA   NA
 3516697 3516698 YpsIP31758_B0070 YpsIP31758_B0071     FALSE 0.144 165.000 0.000 NA   NA
 3516698 3516699 YpsIP31758_B0071 YpsIP31758_B0072     FALSE 0.027 349.000 0.000 NA   NA
 3516699 3516700 YpsIP31758_B0072 YpsIP31758_B0073     FALSE 0.003 2643.000 0.000 NA   NA
 3516700 3516701 YpsIP31758_B0073 YpsIP31758_B0074     FALSE 0.064 261.000 0.000 NA   NA
 3516701 3516702 YpsIP31758_B0074 YpsIP31758_B0075     FALSE 0.017 404.000 0.000 NA   NA
 3516702 3516703 YpsIP31758_B0075 YpsIP31758_B0076     FALSE 0.003 1270.000 0.000 NA   NA
 3516703 3516704 YpsIP31758_B0076 YpsIP31758_B0077     FALSE 0.023 367.000 0.000 NA   NA
 3516704 3516705 YpsIP31758_B0077 YpsIP31758_B0078     FALSE 0.014 430.000 0.000 NA   NA
 3516705 3516706 YpsIP31758_B0078 YpsIP31758_B0079     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 3516706 3516707 YpsIP31758_B0079 YpsIP31758_B0080     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3516708 3516709 YpsIP31758_B0081 YpsIP31758_B0082     FALSE 0.013 438.000 0.000 NA   NA
 3516710 3516711 YpsIP31758_B0083 YpsIP31758_B0084     FALSE 0.007 565.000 0.000 NA   NA
 3516712 3516713 YpsIP31758_B0085 YpsIP31758_B0086     FALSE 0.014 428.000 0.000 NA   NA
 3516713 3516714 YpsIP31758_B0086 YpsIP31758_B0087     TRUE 0.836 -10.000 0.000 NA   NA
 3516714 3516715 YpsIP31758_B0087 YpsIP31758_B0088     TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA   NA
 3516715 3516716 YpsIP31758_B0088 YpsIP31758_B0089     TRUE 0.853 0.000 0.000 NA   NA
 3516717 3516718 YpsIP31758_B0090 YpsIP31758_B0091     FALSE 0.047 292.000 0.000 NA   NA
 3516720 3516721 YpsIP31758_B0093 YpsIP31758_B0094     FALSE 0.005 632.000 0.000 NA   NA
 3516722 3516723 YpsIP31758_B0095 YpsIP31758_B0096     FALSE 0.226 89.000 0.000 NA   NA
 3516726 3516727 YpsIP31758_B0099 YpsIP31758_B0100     TRUE 0.631 12.000 0.000 NA   NA
 3516727 3516728 YpsIP31758_B0100 YpsIP31758_B0101     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3516728 3516729 YpsIP31758_B0101 YpsIP31758_B0102     FALSE 0.086 232.000 0.000 NA   NA
 3516729 3516730 YpsIP31758_B0102 YpsIP31758_B0103     TRUE 0.837 1.000 0.000 NA   NA
 3516730 3516731 YpsIP31758_B0103 YpsIP31758_B0104     FALSE 0.261 71.000 0.000 NA   NA
 3516731 3516732 YpsIP31758_B0104 YpsIP31758_B0105     TRUE 0.588 14.000 0.000 NA   NA
 3516732 3516733 YpsIP31758_B0105 YpsIP31758_B0106     FALSE 0.122 193.000 0.000 NA   NA
 3516733 3516734 YpsIP31758_B0106 YpsIP31758_B0107     FALSE 0.003 1174.000 0.000 NA   NA
 3516734 3516735 YpsIP31758_B0107 YpsIP31758_B0108     TRUE 0.992 6.000 0.667 NA   NA
 3516735 3516736 YpsIP31758_B0108 YpsIP31758_B0109     FALSE 0.027 350.000 0.000 NA   NA
 3516736 3516737 YpsIP31758_B0109 YpsIP31758_B0110     FALSE 0.198 106.000 0.000 NA   NA
 3516737 3516738 YpsIP31758_B0110 YpsIP31758_B0111     TRUE 0.990 0.000 0.357 NA   NA
 3516738 3516739 YpsIP31758_B0111 YpsIP31758_B0112     TRUE 0.569 15.000 0.000 NA   NA
 3516740 3516741 YpsIP31758_B0113 YpsIP31758_B0114     FALSE 0.025 355.000 0.000 NA   NA
 3516741 3516742 YpsIP31758_B0114 YpsIP31758_B0115     TRUE 0.829 2.000 0.000 NA   NA
 3516742 3516743 YpsIP31758_B0115 YpsIP31758_B0116     TRUE 0.931 53.000 0.500 NA   NA
 3516743 3516744 YpsIP31758_B0116 YpsIP31758_B0117     TRUE 0.650 11.000 0.000 NA   NA
 3516744 3516745 YpsIP31758_B0117 YpsIP31758_B0118     TRUE 0.650 11.000 0.000 NA   NA
 3516745 3516746 YpsIP31758_B0118 YpsIP31758_B0119     FALSE 0.009 500.000 0.000 NA   NA
 3516746 3516747 YpsIP31758_B0119 YpsIP31758_B0120     TRUE 0.609 13.000 0.000 NA   NA
 3516747 3516748 YpsIP31758_B0120 YpsIP31758_B0121     FALSE 0.118 198.000 0.000 NA   NA
 3516748 3516749 YpsIP31758_B0121 YpsIP31758_B0122     TRUE 0.720 44.000 0.133 NA   NA
 3516749 3516750 YpsIP31758_B0122 YpsIP31758_B0123     FALSE 0.234 98.000 0.000 1.000   NA
 3516750 3516751 YpsIP31758_B0123 YpsIP31758_B0124     FALSE 0.213 95.000 0.000 NA   NA
 3516751 3516752 YpsIP31758_B0124 YpsIP31758_B0125     FALSE 0.333 53.000 0.000 NA   NA
 3516752 3516753 YpsIP31758_B0125 YpsIP31758_B0126     TRUE 0.524 19.000 0.000 NA   NA
 3516753 3516754 YpsIP31758_B0126 YpsIP31758_B0127     FALSE 0.250 77.000 0.000 NA   NA
 3516754 3516755 YpsIP31758_B0127 YpsIP31758_B0128     FALSE 0.004 752.000 0.000 NA   NA
 3516755 3516756 YpsIP31758_B0128 YpsIP31758_B0129     FALSE 0.004 757.000 0.000 NA   NA
 3516756 3516757 YpsIP31758_B0129 YpsIP31758_B0130     FALSE 0.190 114.000 0.000 NA   NA
 3516757 3516758 YpsIP31758_B0130 YpsIP31758_B0131     FALSE 0.086 232.000 0.000 NA   NA
 3516758 3516759 YpsIP31758_B0131 YpsIP31758_B0132     FALSE 0.021 374.000 0.000 NA   NA
 3516759 3516760 YpsIP31758_B0132 YpsIP31758_B0133     TRUE 0.505 21.000 0.000 NA   NA
 3516762 3516763 YpsIP31758_B0135 YpsIP31758_B0136     FALSE 0.003 1127.000 0.000 NA   NA