MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus sanguinis SK36

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2059556 2059557 SSA_0001 SSA_0002 dnaA dnaN TRUE 0.894 159.000 0.328 1.000 Y NA
 2059557 2059558 SSA_0002 SSA_2390 dnaN   FALSE 0.183 128.000 0.009 NA   NA
 2059560 2059561 SSA_0005 SSA_0006   pth TRUE 0.941 73.000 0.184 1.000 Y NA
 2059561 2059562 SSA_0006 SSA_0008 pth trcF TRUE 0.978 -7.000 0.137 1.000 N NA
 2059562 2059563 SSA_0008 SSA_0009 trcF   TRUE 0.298 91.000 0.024 1.000 N NA
 2059563 2059564 SSA_0009 SSA_0010   divIC TRUE 0.967 -7.000 0.053 1.000 N NA
 2059564 2059565 SSA_0010 SSA_0011 divIC   TRUE 0.927 3.000 0.009 NA   NA
 2059565 2059566 SSA_0011 SSA_0012     TRUE 0.978 -7.000 0.105 NA   NA
 2059566 2059567 SSA_0012 SSA_0013   mesJ TRUE 0.946 -3.000 0.014 1.000 N NA
 2059567 2059568 SSA_0013 SSA_0014 mesJ hpt TRUE 0.981 -7.000 0.067 0.062 N NA
 2059568 2059569 SSA_0014 SSA_0015 hpt ftsH TRUE 0.933 18.000 0.192 1.000 N NA
 2059569 2059570 SSA_0015 SSA_2412 ftsH   FALSE 0.159 106.000 0.000 NA   NA
 2059570 2059571 SSA_2412 SSA_2413     TRUE 0.873 6.000 0.000 NA   NA
 2059571 2059572 SSA_2413 SSA_0016   comX FALSE 0.088 211.000 0.000 NA   NA
 2059572 2059573 SSA_0016 SSA_2400 comX   FALSE 0.064 267.000 0.000 NA   NA
 2059573 2059574 SSA_2400 SSA_2414     TRUE 0.294 62.000 0.000 NA   NA
 2059574 2059575 SSA_2414 SSA_2404     FALSE 0.123 127.000 0.000 NA   NA
 2059575 2059576 SSA_2404 SSA_2408     FALSE 0.132 119.000 0.000 NA   NA
 2059576 2059577 SSA_2408 SSA_2415     TRUE 0.881 4.000 0.000 NA   NA
 2059577 2059578 SSA_2415 SSA_2416     TRUE 0.789 17.000 0.000 NA   NA
 2059578 2059579 SSA_2416 SSA_2417     TRUE 0.542 33.000 0.000 NA   NA
 2059579 2059580 SSA_2417 SSA_2418     TRUE 0.873 6.000 0.000 NA   NA
 2059580 2059581 SSA_2418 SSA_2419     TRUE 0.789 17.000 0.000 NA   NA
 2059581 2059582 SSA_2419 SSA_2420     TRUE 0.809 15.000 0.000 NA   NA
 2059582 2059583 SSA_2420 SSA_2421     TRUE 0.869 8.000 0.000 NA   NA
 2059583 2059584 SSA_2421 SSA_2422     TRUE 0.560 32.000 0.000 NA   NA
 2059584 2059585 SSA_2422 SSA_2423     TRUE 0.723 20.000 0.000 NA   NA
 2059585 2059586 SSA_2423 SSA_2424     TRUE 0.873 6.000 0.000 NA   NA
 2059586 2059587 SSA_2424 SSA_2425     TRUE 0.818 14.000 0.000 NA   NA
 2059587 2059588 SSA_2425 SSA_2426     TRUE 0.827 13.000 0.000 NA   NA
 2059588 2059589 SSA_2426 SSA_2427     TRUE 0.723 20.000 0.000 NA   NA
 2059589 2059590 SSA_2427 SSA_2428     TRUE 0.873 6.000 0.000 NA   NA
 2059590 2059591 SSA_2428 SSA_2429     TRUE 0.703 21.000 0.000 NA   NA
 2059591 2059592 SSA_2429 SSA_2430     TRUE 0.521 34.000 0.000 NA   NA
 2059592 2059593 SSA_2430 SSA_2431     TRUE 0.859 10.000 0.000 NA   NA
 2059593 2059594 SSA_2431 SSA_0017   mreC FALSE 0.252 73.000 0.000 NA   NA
 2059594 2059595 SSA_0017 SSA_0018 mreC mreD TRUE 0.994 2.000 0.550 0.004   NA
 2059595 2059596 SSA_0018 SSA_0019 mreD pcsB TRUE 0.301 97.000 0.021 NA   NA
 2059596 2059597 SSA_0019 SSA_0020 pcsB prsA TRUE 0.326 125.000 0.107 NA   NA
 2059597 2059598 SSA_0020 SSA_0021 prsA   FALSE 0.053 313.000 0.000 NA   NA
 2059598 2059599 SSA_0021 SSA_0022   srtB TRUE 0.695 95.000 0.500 NA   NA
 2059599 2059600 SSA_0022 SSA_0023 srtB aspC FALSE 0.103 181.000 0.000 NA   NA
 2059600 2059601 SSA_0023 SSA_0025 aspC recO TRUE 0.949 -7.000 0.012 1.000 N NA
 2059601 2059602 SSA_0025 SSA_0026 recO plsX TRUE 0.904 6.000 0.011 1.000 N NA
 2059602 2059603 SSA_0026 SSA_0027 plsX acp TRUE 0.997 3.000 0.017 0.008 Y NA
 2059603 2059604 SSA_0027 SSA_0028 acp purC FALSE 0.162 161.000 0.017 1.000 N NA
 2059604 2059605 SSA_0028 SSA_0030 purC purL TRUE 0.987 20.000 0.043 1.000 Y NA
 2059605 2059606 SSA_0030 SSA_0031 purL purF TRUE 0.858 95.000 0.024 1.000 Y NA
 2059606 2059607 SSA_0031 SSA_0032 purF purM TRUE 0.961 60.000 0.248 1.000 Y NA
 2059607 2059608 SSA_0032 SSA_0033 purM purN TRUE 0.997 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 2059608 2059609 SSA_0033 SSA_0034 purN   TRUE 0.610 27.000 0.000 NA   NA
 2059609 2059610 SSA_0034 SSA_0035   purH TRUE 0.881 4.000 0.000 NA   NA
 2059612 2059613 SSA_0037 SSA_0039 purD purE TRUE 0.628 299.000 0.044 1.000 Y NA
 2059613 2059614 SSA_0039 SSA_0040 purE purK TRUE 0.998 -13.000 0.008 0.001 Y NA
 2059614 2059615 SSA_0040 SSA_0041 purK   FALSE 0.065 263.000 0.000 NA   NA
 2059615 2059616 SSA_0041 SSA_0042     TRUE 0.924 4.000 0.011 NA   NA
 2059616 2059617 SSA_0042 SSA_0043     FALSE 0.088 210.000 0.000 NA   NA
 2059617 2059618 SSA_0043 SSA_0044     TRUE 0.827 13.000 0.000 NA   NA
 2059618 2059619 SSA_0044 SSA_0045     FALSE 0.113 156.000 0.000 NA   NA
 2059619 2059620 SSA_0045 SSA_0046   purB TRUE 0.643 25.000 0.000 1.000   NA
 2059621 2059622 SSA_0047 SSA_0048     TRUE 0.981 -3.000 0.150 1.000   NA
 2059623 2059624 SSA_0049 SSA_0050     TRUE 0.998 11.000 0.316 0.002 Y NA
 2059624 2059625 SSA_0050 SSA_0051     TRUE 0.972 0.000 0.099 1.000   NA
 2059627 2059628 SSA_0053 SSA_0054     TRUE 0.998 -3.000 0.190 1.000 Y NA
 2059628 2059629 SSA_0054 SSA_0055     TRUE 0.997 26.000 0.810 0.022 Y NA
 2059629 2059630 SSA_0055 SSA_0056     TRUE 0.997 -13.000 0.000 0.022 Y NA
 2059630 2059631 SSA_0056 SSA_0057     TRUE 0.993 12.000 0.000 0.022 Y NA
 2059631 2059632 SSA_0057 SSA_0060   agaS FALSE 0.083 311.000 0.022 1.000 N NA
 2059632 2059633 SSA_0060 SSA_0061 agaS   TRUE 0.887 15.000 0.033 1.000 N NA
 2059633 2059634 SSA_0061 SSA_0062   galM TRUE 0.967 25.000 0.000 1.000 Y NA
 2059634 2059635 SSA_0062 SSA_0063 galM ruvB FALSE 0.027 557.000 0.000 1.000 N NA
 2059635 2059636 SSA_0063 SSA_0064 ruvB   TRUE 0.947 -3.000 0.004 NA   NA
 2059636 2059637 SSA_0064 SSA_0065     FALSE 0.061 276.000 0.000 NA   NA
 2059637 2059638 SSA_0065 SSA_0066     TRUE 0.930 5.000 0.019 NA   NA
 2059638 2059639 SSA_0066 SSA_0067     TRUE 0.990 -10.000 0.351 NA   NA
 2059639 2059640 SSA_0067 SSA_0068   adhE FALSE 0.043 304.000 0.000 1.000 N NA
 2059640 2059641 SSA_0068 SSA_0069 adhE   FALSE 0.063 269.000 0.000 NA   NA
 2059641 2059642 SSA_0069 SSA_0070   axe1 FALSE 0.137 116.000 0.000 NA   NA
 2059642 2059643 SSA_0070 SSA_0071 axe1 nanE FALSE 0.034 376.000 0.000 1.000 N NA
 2059643 2059644 SSA_0071 SSA_0072 nanE   TRUE 0.987 14.000 0.000 1.000 Y NA
 2059644 2059645 SSA_0072 SSA_0073     TRUE 0.968 24.000 0.000 NA Y NA
 2059645 2059646 SSA_0073 SSA_0074     TRUE 0.991 18.000 0.060 NA Y NA
 2059646 2059647 SSA_0074 SSA_0075     TRUE 0.960 68.000 0.180 0.043 Y NA
 2059647 2059648 SSA_0075 SSA_0076     TRUE 0.999 0.000 0.300 0.043 Y NA
 2059648 2059649 SSA_0076 SSA_0077     TRUE 0.845 58.000 0.636 1.000   NA
 2059649 2059650 SSA_0077 SSA_0078     TRUE 0.653 63.000 0.182 1.000   NA
 2059650 2059651 SSA_0078 SSA_0079   glk TRUE 0.709 34.000 0.054 1.000 N NA
 2059651 2059652 SSA_0079 SSA_0080 glk blpT TRUE 0.636 46.000 0.054 NA   NA
 2059654 2059655 SSA_0083 SSA_0085   ntpI TRUE 0.966 -10.000 0.029 NA   NA
 2059655 2059656 SSA_0085 SSA_0086 ntpI ntpK TRUE 0.778 134.000 0.848 0.005   NA
 2059656 2059657 SSA_0086 SSA_0087 ntpK ntpE TRUE 0.965 11.000 0.045 0.005   NA
 2059657 2059658 SSA_0087 SSA_0088 ntpE ntpC TRUE 0.972 11.000 0.097 0.005   NA
 2059658 2059659 SSA_0088 SSA_0089 ntpC ntpG TRUE 0.999 -13.000 0.487 0.005 Y NA
 2059659 2059660 SSA_0089 SSA_0090 ntpG   TRUE 0.909 8.000 0.017 1.000 N NA
 2059660 2059661 SSA_0090 SSA_0091   ntpA TRUE 0.338 84.000 0.030 1.000 N NA
 2059661 2059662 SSA_0091 SSA_0092 ntpA ntpB TRUE 1.000 -13.000 0.776 0.005 Y NA
 2059662 2059663 SSA_0092 SSA_0093 ntpB ntpD TRUE 0.999 -3.000 0.238 0.005 Y NA
 2059663 2059664 SSA_0093 SSA_0094 ntpD   FALSE 0.041 436.000 0.000 1.000   NA
 2059664 2059665 SSA_0094 SSA_0095   thrC FALSE 0.199 113.000 0.003 1.000   NA
 2059665 2059666 SSA_0095 SSA_0097 thrC norN FALSE 0.180 109.000 0.006 1.000 N NA
 2059666 2059667 SSA_0097 SSA_0098 norN   TRUE 0.989 -3.000 0.364 1.000   NA
 2059669 2059670 SSA_0100 SSA_0101 polA   FALSE 0.090 274.000 0.005 NA   NA
 2059670 2059671 SSA_0101 SSA_0102     TRUE 0.927 2.000 0.004 NA   NA
 2059673 2059674 SSA_0104 SSA_0105 tgt   TRUE 0.557 26.000 0.000 1.000 N NA
 2059674 2059675 SSA_0105 SSA_0106   rpsJ FALSE 0.034 373.000 0.000 1.000 N NA
 2059675 2059676 SSA_0106 SSA_0107 rpsJ rplC TRUE 0.971 85.000 0.467 0.036 Y NA
 2059676 2059677 SSA_0107 SSA_0108 rplC rplD TRUE 0.996 25.000 0.544 0.027 Y NA
 2059677 2059678 SSA_0108 SSA_0109 rplD rplW TRUE 0.999 0.000 0.307 0.027 Y NA
 2059678 2059679 SSA_0109 SSA_0110 rplW rplB TRUE 0.999 18.000 0.849 0.032 Y NA
 2059679 2059680 SSA_0110 SSA_0111 rplB rpsS TRUE 0.982 86.000 0.820 0.036 Y NA
 2059680 2059681 SSA_0111 SSA_0112 rpsS rplV TRUE 0.999 12.000 0.769 0.036 Y NA
 2059681 2059682 SSA_0112 SSA_0113 rplV rpsC TRUE 0.999 13.000 0.719 0.036 Y NA
 2059682 2059683 SSA_0113 SSA_0114 rpsC rplP TRUE 0.999 4.000 0.828 0.036 Y NA
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 2059684 2059685 SSA_0115 SSA_0116 rpmC rpsQ TRUE 0.997 24.000 0.828 0.027 Y NA
 2059685 2059686 SSA_0116 SSA_0117 rpsQ rplN TRUE 0.997 26.000 0.791 0.036 Y NA
 2059686 2059687 SSA_0117 SSA_0118 rplN rplX TRUE 0.983 77.000 0.810 0.036 Y NA
 2059687 2059688 SSA_0118 SSA_0119 rplX rplE TRUE 0.997 24.000 0.758 0.027 Y NA
 2059688 2059689 SSA_0119 SSA_2391 rplE rpsN TRUE 0.998 18.000 0.496 0.027 Y NA
 2059689 2059690 SSA_2391 SSA_0120 rpsN rpsH TRUE 0.935 181.000 0.473 0.027 Y NA
 2059690 2059691 SSA_0120 SSA_0121 rpsH   FALSE 0.113 167.000 0.000 NA   NA
 2059691 2059692 SSA_0121 SSA_0122   rplF TRUE 0.276 65.000 0.000 NA   NA
 2059692 2059693 SSA_0122 SSA_0123 rplF rplR TRUE 0.982 85.000 0.815 0.027 Y NA
 2059693 2059694 SSA_0123 SSA_0124 rplR rpsE TRUE 0.998 18.000 0.814 0.036 Y NA
 2059694 2059695 SSA_0124 SSA_0125 rpsE rpmD TRUE 0.999 14.000 0.789 0.036 Y NA
 2059695 2059696 SSA_0125 SSA_0126 rpmD rplO TRUE 0.960 155.000 0.653 0.004 Y NA
 2059696 2059697 SSA_0126 SSA_0127 rplO secY TRUE 0.982 13.000 0.730 1.000 N NA
 2059697 2059698 SSA_0127 SSA_0128 secY adk TRUE 0.373 174.000 0.241 1.000 N NA
 2059698 2059699 SSA_0128 SSA_0129 adk infA FALSE 0.265 118.000 0.059 1.000 N NA
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