MicrobesOnline Operon Predictions for Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3650759 3650760 SACE_0001 SACE_0003 dnaA dnaN FALSE 0.246 1252.000 0.328 1.000 Y NA
 3650760 3650761 SACE_0003 SACE_0004 dnaN gnd2 TRUE 0.542 66.000 0.024 1.000 N NA
 3650761 3650762 SACE_0004 SACE_0005 gnd2 recF FALSE 0.286 159.000 0.029 1.000 N NA
 3650762 3650763 SACE_0005 SACE_0006 recF   FALSE 0.468 107.000 0.099 NA   NA
 3650763 3650764 SACE_0006 SACE_0008   gyrB FALSE 0.027 1443.000 0.022 NA   NA
 3650764 3650765 SACE_0008 SACE_0009 gyrB gyrA TRUE 0.895 155.000 0.306 0.000 Y NA
 3650765 3650766 SACE_0009 SACE_0010 gyrA   TRUE 0.591 55.000 0.053 NA   NA
 3650766 3650767 SACE_0010 SACE_8001     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3650767 3650768 SACE_8001 SACE_0011     FALSE 0.155 63.000 0.000 NA   NA
 3650768 3650769 SACE_0011 SACE_8002     FALSE 0.064 136.000 0.000 NA   NA
 3650771 3650772 SACE_0013 SACE_0014   mmpL10 FALSE 0.086 162.000 0.000 1.000   NA
 3650772 3650773 SACE_0014 SACE_0015 mmpL10   FALSE 0.203 77.000 0.000 1.000   NA
 3650773 3650774 SACE_0015 SACE_0016     FALSE 0.058 215.000 0.000 1.000 N NA
 3650776 3650777 SACE_0018 SACE_0019     FALSE 0.302 35.000 0.000 1.000   NA
 3650777 3650778 SACE_0019 SACE_0020     TRUE 0.921 -13.000 0.000 1.000   NA
 3650778 3650779 SACE_0020 SACE_0021     TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.025 Y NA
 3650779 3650780 SACE_0021 SACE_0022     TRUE 0.910 9.000 0.000 0.001   NA
 3650780 3650781 SACE_0022 SACE_0023     TRUE 0.939 2.000 0.000 0.025   NA
 3650781 3650782 SACE_0023 SACE_0024     TRUE 0.894 22.000 0.400 1.000   NA
 3650782 3650783 SACE_0024 SACE_0025     TRUE 0.996 -3.000 0.400 0.073   NA
 3650783 3650784 SACE_0025 SACE_0026   accA TRUE 0.987 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 3650784 3650785 SACE_0026 SACE_0027 accA   TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 3650785 3650786 SACE_0027 SACE_0028     TRUE 0.980 3.000 0.000 0.001 Y NA
 3650786 3650787 SACE_0028 SACE_0029     FALSE 0.105 155.000 0.000 1.000 N NA
 3650788 3650789 SACE_0030 SACE_0031     TRUE 0.971 3.000 0.308 1.000   NA
 3650789 3650790 SACE_0031 SACE_0032     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3650790 3650791 SACE_0032 SACE_0033     FALSE 0.042 181.000 0.000 NA   NA
 3650792 3650793 SACE_0034 SACE_0035     FALSE 0.433 149.000 0.114 1.000   NA
 3650794 3650795 SACE_0036 SACE_0037     FALSE 0.280 220.000 0.181 NA   NA
 3650796 3650797 SACE_0038 SACE_0039 srtB   TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3650797 3650798 SACE_0039 SACE_0040   pabA FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3650801 3650802 SACE_0043 SACE_0044   pknB FALSE 0.035 255.000 0.000 1.000   NA
 3650802 3650803 SACE_0044 SACE_0045 pknB pknA TRUE 0.926 59.000 0.426 0.004   NA
 3650803 3650804 SACE_0045 SACE_0046 pknA   TRUE 0.980 4.000 0.574 1.000 N NA
 3650804 3650805 SACE_0046 SACE_0047   ftsW2 TRUE 0.991 -3.000 0.250 1.000 N NA
 3650805 3650806 SACE_0047 SACE_0048 ftsW2   TRUE 0.972 0.000 0.145 1.000 N NA
 3650806 3650807 SACE_0048 SACE_0049     TRUE 0.988 -3.000 0.216 NA   NA
 3650807 3650808 SACE_0049 SACE_0050     TRUE 0.872 54.000 0.629 NA   NA
 3650810 3650811 SACE_0051 SACE_0052   phoD FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3650811 3650812 SACE_0052 SACE_0053 phoD   FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 3650812 3650813 SACE_0053 SACE_0054     FALSE 0.007 740.000 0.000 NA   NA
 3650814 3650815 SACE_0055 SACE_0056     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3650816 3650817 SACE_0057 SACE_0058     FALSE 0.113 144.000 0.000 1.000 N NA
 3650818 3650819 SACE_0059 SACE_0060     FALSE 0.036 196.000 0.000 NA   NA
 3650819 3650820 SACE_0060 SACE_0061     TRUE 0.643 57.000 0.086 NA   NA
 3650820 3650821 SACE_0061 SACE_0062     FALSE 0.008 545.000 0.000 NA   NA
 3650826 3650827 SACE_0067 SACE_0068     TRUE 0.952 14.000 0.667 NA   NA
 3650828 3650829 SACE_0069 SACE_0070     TRUE 0.642 131.000 0.444 NA   NA
 3650829 3650830 SACE_0070 SACE_0071     TRUE 0.496 146.000 0.222 NA   NA
 3650831 3650832 SACE_0072 SACE_0073 mphB   FALSE 0.010 423.000 0.000 NA   NA
 3650832 3650833 SACE_0073 SACE_0074     TRUE 0.984 -3.000 0.125 NA   NA
 3650833 3650834 SACE_0074 SACE_0075     TRUE 0.517 101.000 0.125 NA   NA
 3650835 3650836 SACE_0076 SACE_0077     TRUE 0.904 5.000 0.000 0.066 N NA
 3650836 3650837 SACE_0077 SACE_0078     TRUE 0.997 -7.000 0.085 0.073 Y NA
 3650837 3650838 SACE_0078 SACE_0079     TRUE 0.997 -3.000 0.083 0.073 Y NA
 3650838 3650839 SACE_0079 SACE_0080     TRUE 0.995 -3.000 0.229 0.066 N NA
 3650840 3650841 SACE_0081 SACE_0082     FALSE 0.023 241.000 0.000 NA   NA
 3650841 3650842 SACE_0082 SACE_0083     FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 3650842 3650843 SACE_0083 SACE_0084     FALSE 0.109 132.000 0.000 1.000   NA
 3650843 3650844 SACE_0084 SACE_0085     FALSE 0.136 106.000 0.000 1.000   NA
 3650844 3650845 SACE_0085 SACE_0086     FALSE 0.181 44.000 0.000 NA   NA
 3650847 3650848 SACE_0088 SACE_0089     FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3650848 3650849 SACE_0089 SACE_0090     FALSE 0.327 16.000 0.000 NA   NA
 3650849 3650850 SACE_0090 SACE_0091     TRUE 0.958 -3.000 0.007 NA   NA
 3650850 3650851 SACE_0091 SACE_0092     FALSE 0.024 236.000 0.000 NA   NA
 3650851 3650852 SACE_0092 SACE_0093     FALSE 0.032 209.000 0.000 NA   NA
 3650852 3650853 SACE_0093 SACE_0094     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 3650854 3650855 SACE_0095 SACE_0096 rkpK ggt1 FALSE 0.018 472.000 0.000 1.000 N NA
 3650855 3650856 SACE_0096 SACE_0097 ggt1   FALSE 0.066 201.000 0.000 1.000 N NA
 3650857 3650858 SACE_0098 SACE_0099 glxK   TRUE 0.911 15.000 0.240 1.000 N NA
 3650858 3650859 SACE_0099 SACE_0100     FALSE 0.266 166.000 0.000 0.073   NA
 3650859 3650860 SACE_0100 SACE_0101     FALSE 0.143 240.000 0.000 0.073   NA
 3650860 3650861 SACE_0101 SACE_0102     TRUE 0.998 -3.000 0.188 0.073 Y NA
 3650861 3650862 SACE_0102 SACE_0103     TRUE 0.871 -10.000 0.000 NA   NA
 3650865 3650866 SACE_0106 SACE_0107   msrA FALSE 0.389 22.000 0.000 1.000 N NA
 3650867 3650868 SACE_0108 SACE_0109     FALSE 0.037 194.000 0.000 NA   NA
 3650868 3650869 SACE_0109 SACE_0110   chb FALSE 0.033 206.000 0.000 NA   NA
 3650869 3650870 SACE_0110 SACE_8004 chb   FALSE 0.007 658.000 0.000 NA   NA
 3650870 3650871 SACE_8004 SACE_0111     FALSE 0.065 133.000 0.000 NA   NA
 3650872 3650873 SACE_0112 SACE_0113     FALSE 0.018 276.000 0.000 NA   NA
 3650873 3650874 SACE_0113 SACE_0114   mutM,fpg FALSE 0.321 104.000 0.024 NA   NA
 3650874 3650875 SACE_0114 SACE_0115 mutM,fpg   FALSE 0.298 145.000 0.024 1.000 N NA
 3650875 3650876 SACE_0115 SACE_0116     FALSE 0.165 208.000 0.012 1.000 N NA
 3650876 3650877 SACE_0116 SACE_0117     FALSE 0.107 272.000 0.018 1.000 N NA
 3650877 3650878 SACE_0117 SACE_0118     TRUE 0.987 -3.000 0.200 NA   NA
 3650878 3650879 SACE_0118 SACE_0119     FALSE 0.125 79.000 0.000 NA   NA
 3650879 3650880 SACE_0119 SACE_0120   clfB FALSE 0.017 291.000 0.000 NA   NA
 3650880 3650881 SACE_0120 SACE_0121 clfB   TRUE 0.989 -3.000 0.250 NA   NA
 3650883 3650884 SACE_0123 SACE_0124     TRUE 0.795 30.000 0.200 NA   NA
 3650886 3650887 SACE_0126 SACE_0127 glpQ1   TRUE 0.667 55.000 0.100 NA   NA
 3650887 3650888 SACE_0127 SACE_0128     FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 3650888 3650889 SACE_0128 SACE_0129     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3650890 3650891 SACE_0130 SACE_0131   arcA FALSE 0.077 324.000 0.008 1.000 N NA
 3650891 3650892 SACE_0131 SACE_0132 arcA   FALSE 0.066 132.000 0.000 NA   NA
 3650895 3650896 SACE_0135 SACE_0136   fahA TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 3650896 3650897 SACE_0136 SACE_0137 fahA sdrB TRUE 0.936 5.000 0.095 1.000 N NA
 3650898 3650899 SACE_0138 SACE_0139   yfiL TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 3650899 3650900 SACE_0139 SACE_0140 yfiL   TRUE 0.973 6.000 0.625 NA   NA
 3650900 3650901 SACE_0140 SACE_0141     TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 3650902 3650903 SACE_0142 SACE_0143   cydB TRUE 0.992 13.000 0.925 0.072 Y NA
 3650903 3650904 SACE_0143 SACE_0144 cydB cydCD TRUE 0.995 -3.000 0.151 1.000 Y NA
 3650904 3650905 SACE_0144 SACE_0145 cydCD   FALSE 0.067 463.000 0.000 0.068 N NA
 3650905 3650906 SACE_0145 SACE_0147     FALSE 0.006 1232.000 0.000 NA   NA
 3650907 3650908 SACE_0148 SACE_0149     FALSE 0.155 63.000 0.000 NA   NA
 3650911 3650912 SACE_0152 SACE_0153 pheA pgmB TRUE 0.984 -3.000 0.079 1.000 N NA
 3650913 3650914 SACE_0154 SACE_0155     TRUE 0.835 41.000 0.387 NA   NA
 3650915 3650916 SACE_0156 SACE_0157     TRUE 0.956 5.000 0.267 NA   NA
 3650916 3650917 SACE_0157 SACE_0158   serS FALSE 0.071 149.000 0.000 NA N NA
 3650922 3650923 SACE_0163 SACE_0164     FALSE 0.161 92.000 0.000 1.000   NA
 3650924 3650925 SACE_0165 SACE_0166 glf   TRUE 0.932 4.000 0.105 NA   NA
 3650925 3650926 SACE_0166 SACE_0167     TRUE 0.640 145.000 0.500 NA   NA
 3650926 3650927 SACE_0167 SACE_0168     TRUE 0.990 -7.000 0.136 1.000 N NA
 3650928 3650929 SACE_0169 SACE_0170     TRUE 0.866 -58.000 0.000 NA   NA
 3650931 3650932 SACE_0172 SACE_0173     FALSE 0.098 93.000 0.000 NA   NA
 3650933 3650934 SACE_0174 SACE_0175   phoD FALSE 0.031 230.000 0.000 NA N NA
 3650936 3650937 SACE_0177 SACE_0178   embC FALSE 0.035 257.000 0.000 1.000   NA
 3650937 3650938 SACE_0178 SACE_0179 embC embC FALSE 0.136 327.000 0.000 0.002   NA
 3650938 3650939 SACE_0179 SACE_0180 embC   TRUE 0.726 3.000 0.000 1.000   NA
 3650939 3650940 SACE_0180 SACE_0181     TRUE 0.987 -13.000 0.000 0.001   NA
 3650940 3650941 SACE_0181 SACE_0182     TRUE 0.986 -3.000 0.125 1.000   NA
 3650944 3650945 SACE_0185 SACE_0186   embB FALSE 0.015 322.000 0.000 NA   NA
 3650945 3650946 SACE_0186 SACE_0187 embB ohrA FALSE 0.109 131.000 0.000 1.000   NA
 3650948 3650949 SACE_0189 SACE_0190     TRUE 0.995 2.000 0.875 1.000 Y NA
 3650950 3650951 SACE_0191 SACE_0192     FALSE 0.212 31.000 0.000 NA   NA
 3650952 3650953 SACE_0193 SACE_0194     TRUE 0.990 -3.000 0.242 1.000   NA
 3650953 3650954 SACE_0194 SACE_0195     TRUE 0.903 27.000 0.000 0.001 Y NA
 3650956 3650957 SACE_0197 SACE_0198   embC FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 3650957 3650958 SACE_0198 SACE_0199 embC   FALSE 0.052 161.000 0.000 NA   NA
 3650958 3650959 SACE_0199 SACE_0200     TRUE 0.991 -3.000 0.303 NA   NA
 3650959 3650960 SACE_0200 SACE_0201     TRUE 0.964 14.000 0.273 NA Y NA
 3650963 3650964 SACE_0204 SACE_0205     FALSE 0.092 155.000 0.000 1.000   NA
 3650965 3650966 SACE_0206 SACE_0207     TRUE 0.995 -3.000 0.235 0.096   NA
 3650966 3650967 SACE_0207 SACE_0208     TRUE 0.929 -16.000 0.000 1.000 N NA
 3650968 3650969 SACE_0209 SACE_8005     FALSE 0.178 50.000 0.000 NA   NA
 3650971 3650972 SACE_0211 SACE_0212     FALSE 0.009 480.000 0.000 NA   NA
 3650972 3650973 SACE_0212 SACE_0213     FALSE 0.180 46.000 0.000 NA   NA
 3650973 3650974 SACE_0213 SACE_0214     FALSE 0.012 379.000 0.000 NA   NA
 3650975 3650976 SACE_0215 SACE_0216     FALSE 0.076 115.000 0.000 NA   NA
 3650976 3650977 SACE_0216 SACE_0217   hisC2 FALSE 0.148 67.000 0.000 NA   NA
 3650978 3650979 SACE_0218 SACE_0219   acsA TRUE 0.688 74.000 0.143 1.000 N NA
 3650979 3650980 SACE_0219 SACE_8006 acsA   FALSE 0.073 118.000 0.000 NA   NA
 3650980 3650981 SACE_8006 SACE_8007     FALSE 0.185 40.000 0.000 NA   NA
 3650981 3650982 SACE_8007 SACE_0220     FALSE 0.011 393.000 0.000 NA   NA
 3650982 3650983 SACE_0220 SACE_0221     FALSE 0.011 396.000 0.000 NA   NA
 3650983 3650984 SACE_0221 SACE_0222     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3650984 3650985 SACE_0222 SACE_0223     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3650985 3650986 SACE_0223 SACE_0224     FALSE 0.052 160.000 0.000 NA   NA
 3650986 3650987 SACE_0224 SACE_0225     FALSE 0.065 134.000 0.000 NA   NA
 3650988 3650989 SACE_0226 SACE_0227     FALSE 0.012 378.000 0.000 NA   NA
 3650991 3650992 SACE_0229 SACE_0230 cypA   FALSE 0.347 31.000 0.000 1.000 N NA
 3650992 3650993 SACE_0230 SACE_0231   tyrA FALSE 0.020 431.000 0.000 1.000 N NA
 3650994 3650995 SACE_0232 SACE_0233     TRUE 0.975 -3.000 0.053 NA   NA
 3650995 3650996 SACE_0233 SACE_0234     FALSE 0.078 183.000 0.000 1.000 N NA
 3650996 3650997 SACE_0234 SACE_8008     FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3650997 3650998 SACE_8008 SACE_0235     FALSE 0.021 253.000 0.000 NA   NA
 3650999 3651000 SACE_0236 SACE_0237     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651002 3651003 SACE_0239 SACE_0240 int   FALSE 0.008 541.000 0.000 NA   NA
 3651003 3651004 SACE_0240 SACE_0240a     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651004 3651005 SACE_0240a SACE_0241     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651005 3651006 SACE_0241 SACE_0242     FALSE 0.017 283.000 0.000 NA   NA
 3651006 3651007 SACE_0242 SACE_0244     FALSE 0.006 990.000 0.000 NA   NA
 3651007 3651008 SACE_0244 SACE_0245     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3651008 3651009 SACE_0245 SACE_0246     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3651009 3651010 SACE_0246 SACE_0247     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3651010 3651011 SACE_0247 SACE_0248     FALSE 0.008 582.000 0.000 NA   NA
 3651011 3651012 SACE_0248 SACE_0250     FALSE 0.006 1562.000 0.000 NA   NA
 3651013 3651014 SACE_0251 SACE_0252     FALSE 0.184 41.000 0.000 NA   NA
 3651016 3651017 SACE_0254 SACE_0255   recR TRUE 0.895 32.000 0.604 NA   NA
 3651017 3651018 SACE_0255 SACE_0256 recR   FALSE 0.016 348.000 0.000 NA N NA
 3651018 3651019 SACE_0256 SACE_0257     FALSE 0.034 222.000 0.000 NA N NA
 3651019 3651020 SACE_0257 SACE_0258     TRUE 0.757 157.000 0.072 0.065 Y NA
 3651020 3651021 SACE_0258 SACE_0259   appCC TRUE 0.991 14.000 0.779 0.065 Y NA
 3651021 3651022 SACE_0259 SACE_0260 appCC   TRUE 0.926 18.000 0.077 1.000 Y NA
 3651022 3651023 SACE_0260 SACE_0261     TRUE 0.938 121.000 0.542 0.001 Y NA
 3651023 3651024 SACE_0261 SACE_0262     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3651027 3651028 SACE_0265 SACE_0266     TRUE 0.767 24.000 0.000 1.000 Y NA
 3651028 3651029 SACE_0266 SACE_0267     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3651029 3651030 SACE_0267 SACE_0268     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651032 3651033 SACE_0270 SACE_0271     TRUE 0.868 -24.000 0.000 NA   NA
 3651036 3651037 SACE_0275 SACE_0276     FALSE 0.019 269.000 0.000 NA   NA
 3651040 3651041 SACE_0279 SACE_0280   tdsD FALSE 0.086 173.000 0.000 1.000 N NA
 3651041 3651042 SACE_0280 SACE_0281 tdsD   FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3651043 3651044 SACE_0282 SACE_0283 lysC,ask   TRUE 0.988 0.000 0.119 1.000 Y NA
 3651046 3651047 SACE_0285 SACE_0286     FALSE 0.107 135.000 0.000 1.000   NA
 3651048 3651049 SACE_0287 SACE_0288     TRUE 0.585 76.000 0.065 1.000   NA
 3651050 3651051 SACE_0289 SACE_0290     FALSE 0.071 150.000 0.000 NA N NA
 3651052 3651053 SACE_0291 SACE_0292     FALSE 0.170 97.000 0.000 1.000 N NA
 3651053 3651054 SACE_0292 SACE_0293   dnaK FALSE 0.359 180.000 0.125 1.000   NA
 3651055 3651056 SACE_0294 SACE_0295   iniA FALSE 0.027 225.000 0.000 NA   NA
 3651056 3651057 SACE_0295 SACE_0296 iniA   TRUE 0.997 -3.000 0.400 0.005   NA
 3651058 3651059 SACE_0297 SACE_0298     FALSE 0.401 21.000 0.000 1.000 N NA
 3651059 3651060 SACE_0298 SACE_0299     FALSE 0.011 392.000 0.000 NA   NA
 3651061 3651062 SACE_0300 SACE_0301     TRUE 0.871 -10.000 0.000 NA   NA
 3651063 3651064 SACE_0302 SACE_0303 katA   FALSE 0.015 484.000 0.000 1.000   NA
 3651066 3651067 SACE_0305 SACE_0306   bga FALSE 0.076 114.000 0.000 NA   NA
 3651068 3651069 SACE_0307 SACE_0308     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3651070 3651071 SACE_0309 SACE_0310     TRUE 0.629 70.000 0.069 1.000 N NA
 3651071 3651072 SACE_0310 SACE_8010     FALSE 0.016 295.000 0.000 NA   NA
 3651072 3651073 SACE_8010 SACE_0311     FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3651075 3651076 SACE_0313 SACE_0314   pon1 FALSE 0.040 206.000 0.000 NA N NA
 3651078 3651079 SACE_0316 SACE_0317     TRUE 0.999 -3.000 0.709 0.001 Y NA
 3651079 3651080 SACE_0317 SACE_0318     FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3651081 3651082 SACE_0319 SACE_0320     TRUE 0.963 2.000 0.208 NA   NA
 3651082 3651083 SACE_0320 SACE_0321     FALSE 0.143 372.000 0.188 NA   NA
 3651083 3651084 SACE_0321 SACE_0322     TRUE 0.858 75.000 0.800 NA   NA
 3651086 3651087 SACE_0324 SACE_0325     TRUE 0.986 0.000 0.123 0.023   NA
 3651088 3651089 SACE_0326 SACE_0327   dnaN FALSE 0.253 58.000 0.000 1.000   NA
 3651089 3651090 SACE_0327 SACE_0328 dnaN   FALSE 0.016 471.000 0.000 1.000   NA
 3651090 3651091 SACE_0328 SACE_0329     FALSE 0.011 941.000 0.000 1.000   NA
 3651091 3651092 SACE_0329 SACE_0330     FALSE 0.156 197.000 0.021 NA   NA
 3651093 3651094 SACE_0331 SACE_0332 nth   TRUE 0.967 -3.000 0.004 1.000 N NA
 3651094 3651095 SACE_0332 SACE_0333     TRUE 0.730 24.000 0.058 1.000   NA
 3651095 3651096 SACE_0333 SACE_0334     FALSE 0.146 100.000 0.000 1.000   NA
 3651097 3651098 SACE_0335 SACE_0336     TRUE 0.680 78.000 0.207 NA   NA
 3651098 3651099 SACE_0336 SACE_0337   acsA FALSE 0.346 188.000 0.120 1.000 N NA
 3651100 3651101 SACE_0338 SACE_0339     FALSE 0.109 131.000 0.000 1.000   NA
 3651102 3651103 SACE_0340 SACE_0341   ptlR TRUE 0.838 37.000 0.345 NA N NA
 3651103 3651104 SACE_0341 SACE_0342 ptlR   FALSE 0.191 89.000 0.000 1.000 N NA
 3651104 3651105 SACE_0342 SACE_0343     FALSE 0.382 23.000 0.000 1.000 N NA
 3651105 3651106 SACE_0343 SACE_0344   dapA TRUE 0.956 2.000 0.104 1.000 N NA
 3651106 3651107 SACE_0344 SACE_0345 dapA   TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000 N NA
 3651108 3651109 SACE_0346 SACE_0347     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3651109 3651110 SACE_0347 SACE_0348     FALSE 0.162 59.000 0.000 NA   NA
 3651110 3651111 SACE_0348 SACE_0349     TRUE 0.821 88.000 0.750 NA   NA
 3651112 3651113 SACE_0350 SACE_0351   estC FALSE 0.026 230.000 0.000 NA   NA
 3651113 3651114 SACE_0351 SACE_0352 estC murQ FALSE 0.277 43.000 0.000 1.000   NA
 3651114 3651115 SACE_0352 SACE_0353 murQ   TRUE 0.994 -3.000 0.103 0.004   NA
 3651116 3651117 SACE_0354 SACE_0355     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651118 3651119 SACE_0356 SACE_0357     FALSE 0.180 45.000 0.000 NA   NA
 3651121 3651122 SACE_0359 SACE_0360     FALSE 0.014 328.000 0.000 NA   NA
 3651122 3651123 SACE_0360 SACE_0361   blaA1 FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3651123 3651124 SACE_0361 SACE_0362 blaA1 ybbC,yzbB TRUE 0.803 39.000 0.267 NA   NA
 3651124 3651125 SACE_0362 SACE_0363 ybbC,yzbB nagA TRUE 0.795 30.000 0.200 NA   NA
 3651125 3651126 SACE_0363 SACE_0365 nagA   FALSE 0.011 1358.000 0.000 1.000 N NA
 3651127 3651128 SACE_0366 SACE_0367 minD2   TRUE 0.938 21.000 0.776 1.000 N NA
 3651128 3651129 SACE_0367 SACE_0368     TRUE 0.998 -6.000 0.659 NA Y NA
 3651129 3651130 SACE_0368 SACE_0369     FALSE 0.088 873.000 0.215 NA   NA
 3651130 3651131 SACE_0369 SACE_0370     TRUE 0.726 56.000 0.176 NA   NA
 3651131 3651132 SACE_0370 SACE_0371     FALSE 0.006 875.000 0.000 NA   NA
 3651132 3651133 SACE_0371 SACE_0372     FALSE 0.006 998.000 0.000 NA   NA
 3651135 3651136 SACE_0374 SACE_0375   hppA FALSE 0.010 417.000 0.000 NA   NA
 3651136 3651137 SACE_0375 SACE_0376 hppA   FALSE 0.180 170.000 0.013 NA   NA
 3651137 3651138 SACE_0376 SACE_0377   topA FALSE 0.050 368.000 0.008 NA   NA
 3651138 3651139 SACE_0377 SACE_0378 topA   FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3651139 3651140 SACE_0378 SACE_0379   holB FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3651141 3651142 SACE_0380 SACE_0381 kduD   FALSE 0.042 181.000 0.000 NA   NA
 3651143 3651144 SACE_8011 SACE_0382   cpdA FALSE 0.057 152.000 0.000 NA   NA
 3651148 3651149 SACE_0386 SACE_0387     FALSE 0.050 165.000 0.000 NA   NA
 3651151 3651152 SACE_0389 SACE_0390     TRUE 0.973 0.000 0.167 1.000 N NA
 3651154 3651155 SACE_0392 SACE_0393     FALSE 0.038 189.000 0.000 NA   NA
 3651155 3651156 SACE_0393 SACE_0394     FALSE 0.103 293.000 0.050 NA   NA
 3651156 3651157 SACE_0394 SACE_0395   hpt TRUE 0.812 84.000 0.137 0.031 N NA
 3651157 3651158 SACE_0395 SACE_0396 hpt ftsH FALSE 0.264 250.000 0.180 1.000 N NA
 3651158 3651159 SACE_0396 SACE_0397 ftsH folE TRUE 0.737 74.000 0.212 1.000 N NA
 3651159 3651160 SACE_0397 SACE_0398 folE folP TRUE 0.953 39.000 0.609 1.000 Y NA
 3651160 3651161 SACE_0398 SACE_0399 folP folX TRUE 0.998 -7.000 0.471 1.000 Y NA
 3651161 3651162 SACE_0399 SACE_0400 folX folK TRUE 0.904 22.000 0.075 1.000 Y NA
 3651164 3651165 SACE_0402 SACE_0403     FALSE 0.041 183.000 0.000 NA   NA
 3651165 3651166 SACE_0403 SACE_0404     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3651166 3651167 SACE_0404 SACE_0405     FALSE 0.105 229.000 0.012 NA   NA
 3651167 3651168 SACE_0405 SACE_0406   panC TRUE 0.609 71.000 0.067 1.000   NA
 3651168 3651169 SACE_0406 SACE_0407 panC panD TRUE 0.926 53.000 0.342 1.000 Y NA
 3651169 3651170 SACE_0407 SACE_0408 panD   TRUE 0.590 57.000 0.030 1.000 N NA
 3651170 3651171 SACE_0408 SACE_0409   lysS FALSE 0.415 90.000 0.015 1.000 N NA
 3651171 3651172 SACE_0409 SACE_0410 lysS lsr2 FALSE 0.453 168.000 0.247 NA   NA
 3651172 3651173 SACE_0410 SACE_0411 lsr2 fepD FALSE 0.009 482.000 0.000 NA   NA
 3651173 3651174 SACE_0411 SACE_0412 fepD fepG TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.063 Y NA
 3651174 3651175 SACE_0412 SACE_0413 fepG fepC TRUE 0.998 -3.000 0.750 1.000 Y NA
 3651175 3651176 SACE_0413 SACE_0414 fepC clpC FALSE 0.112 279.000 0.000 0.094 N NA
 3651178 3651179 SACE_0416 SACE_0417 ORFL4 tpase1 FALSE 0.331 438.000 0.250 1.000 Y NA
 3651183 3651184 SACE_0421 SACE_0422     FALSE 0.013 360.000 0.000 NA   NA
 3651185 3651186 SACE_0423 SACE_0424     TRUE 0.996 -3.000 0.429 0.094 N NA
 3651190 3651191 SACE_0428 SACE_0429     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3651191 3651192 SACE_0429 SACE_0430     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651192 3651193 SACE_0430 SACE_0431     FALSE 0.053 159.000 0.000 NA   NA
 3651193 3651194 SACE_0431 SACE_0432   mutY TRUE 0.869 4.000 0.003 1.000   NA
 3651194 3651195 SACE_0432 SACE_0433 mutY   TRUE 0.511 59.000 0.005 1.000 N NA
 3651197 3651198 SACE_0435 SACE_0436   radA TRUE 0.984 -3.000 0.126 NA   NA
 3651198 3651199 SACE_0436 SACE_0437 radA   FALSE 0.027 225.000 0.000 NA   NA
 3651200 3651201 SACE_0438 SACE_0439   ispD TRUE 0.706 28.000 0.068 NA N NA
 3651201 3651202 SACE_0439 SACE_0440 ispD ispF TRUE 0.997 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 3651202 3651203 SACE_0440 SACE_0441 ispF   FALSE 0.064 137.000 0.000 NA   NA
 3651203 3651204 SACE_0441 SACE_0442     FALSE 0.031 211.000 0.000 NA   NA
 3651204 3651205 SACE_0442 SACE_0443   cysS FALSE 0.253 133.000 0.003 1.000   NA
 3651205 3651206 SACE_0443 SACE_0444 cysS   TRUE 0.972 6.000 0.088 1.000 Y NA
 3651208 3651209 SACE_0446 SACE_0447 algI comA FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3651211 3651212 SACE_0449 SACE_0450     FALSE 0.054 158.000 0.000 NA   NA
 3651213 3651214 SACE_0451 SACE_0452   fhuC TRUE 0.998 -3.000 0.291 0.093 Y NA
 3651214 3651215 SACE_0452 SACE_0453 fhuC   TRUE 0.924 29.000 0.204 1.000 Y NA
 3651215 3651216 SACE_0453 SACE_0454     FALSE 0.250 178.000 0.033 1.000 N NA
 3651218 3651219 SACE_0456 SACE_0457 speE   FALSE 0.335 97.000 0.019 NA   NA
 3651219 3651220 SACE_0457 SACE_0458     FALSE 0.179 47.000 0.000 NA   NA
 3651220 3651221 SACE_0458 SACE_0459     TRUE 0.991 -3.000 0.333 NA   NA
 3651221 3651222 SACE_0459 SACE_0460     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651222 3651223 SACE_0460 SACE_0461     FALSE 0.042 180.000 0.000 NA   NA
 3651223 3651224 SACE_0461 SACE_0462   otsA TRUE 0.833 158.000 0.115 0.001 Y NA
 3651224 3651225 SACE_0462 SACE_0463 otsA   FALSE 0.088 327.000 0.047 NA   NA
 3651227 3651228 SACE_0464 SACE_0465 int   FALSE 0.011 399.000 0.000 NA   NA
 3651228 3651229 SACE_0465 SACE_0465a     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651229 3651230 SACE_0465a SACE_0466     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651230 3651231 SACE_0466 SACE_0467     FALSE 0.017 283.000 0.000 NA   NA
 3651231 3651232 SACE_0467 SACE_0468     FALSE 0.006 1091.000 0.000 NA   NA
 3651232 3651233 SACE_0468 SACE_0469     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3651233 3651234 SACE_0469 SACE_0470     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3651234 3651235 SACE_0470 SACE_0471     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3651243 3651244 SACE_0479 SACE_0480     TRUE 0.867 -27.000 0.000 NA   NA
 3651245 3651246 SACE_0481 SACE_0482     FALSE 0.010 441.000 0.000 NA   NA
 3651246 3651247 SACE_0482 SACE_0483   ectA FALSE 0.014 510.000 0.000 1.000   NA
 3651247 3651248 SACE_0483 SACE_0484 ectA ectB TRUE 0.889 134.000 0.793 0.000   NA
 3651248 3651249 SACE_0484 SACE_0485 ectB ectC TRUE 0.901 32.000 0.572 1.000   NA
 3651249 3651250 SACE_0485 SACE_0486 ectC ectD FALSE 0.256 221.000 0.105 1.000   NA
 3651254 3651255 SACE_0491 SACE_0492     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3651255 3651256 SACE_0492 SACE_0493     FALSE 0.061 143.000 0.000 NA   NA
 3651256 3651257 SACE_0493 SACE_0494   gcvH FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3651259 3651260 SACE_0496 SACE_0497     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3651262 3651263 SACE_0500 SACE_0501     FALSE 0.025 232.000 0.000 NA   NA
 3651267 3651268 SACE_0506 SACE_0507   ThiS TRUE 0.996 -9.000 0.625 1.000 N NA
 3651268 3651269 SACE_0507 SACE_0508 ThiS thiG TRUE 0.974 6.000 0.104 1.000 Y NA
 3651270 3651271 SACE_0509 SACE_0510   thiD FALSE 0.041 182.000 0.000 NA   NA
 3651271 3651272 SACE_0510 SACE_0511 thiD thiC TRUE 0.816 98.000 0.003 0.006 Y NA
 3651273 3651274 SACE_0512 SACE_0513     TRUE 0.531 72.000 0.000 0.071   NA
 3651276 3651277 SACE_0515 SACE_0516     TRUE 0.969 0.000 0.176 NA   NA
 3651277 3651278 SACE_0516 SACE_0517     FALSE 0.136 73.000 0.000 NA   NA
 3651278 3651279 SACE_0517 SACE_0518     FALSE 0.135 74.000 0.000 NA   NA
 3651280 3651281 SACE_0519 SACE_0520   pssA FALSE 0.295 151.000 0.025 1.000 N NA
 3651281 3651282 SACE_0520 SACE_0521 pssA psd TRUE 0.999 -3.000 0.466 0.002 Y NA
 3651282 3651283 SACE_0521 SACE_0522 psd   FALSE 0.011 1255.000 0.000 1.000 N NA
 3651283 3651284 SACE_0522 SACE_0523   moaA3 TRUE 0.702 66.000 0.125 1.000 N NA
 3651285 3651286 SACE_0524 SACE_0525     FALSE 0.134 246.000 0.049 NA   NA
 3651286 3651287 SACE_0525 SACE_0526   pknJ FALSE 0.370 404.000 0.286 1.000 Y NA
 3651287 3651288 SACE_0526 SACE_0527 pknJ groEL FALSE 0.051 569.000 0.000 0.093 N NA
 3651291 3651292 SACE_0530 SACE_0531     FALSE 0.122 81.000 0.000 NA   NA
 3651293 3651294 SACE_0532 SACE_0533     FALSE 0.206 76.000 0.000 1.000   NA
 3651294 3651295 SACE_0533 SACE_0534     TRUE 0.963 8.000 0.500 NA   NA
 3651295 3651296 SACE_0534 SACE_0535     TRUE 0.889 20.000 0.375 NA   NA
 3651296 3651297 SACE_0535 SACE_0536     FALSE 0.344 168.000 0.100 NA N NA
 3651297 3651298 SACE_0536 SACE_0537     TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.003 Y NA
 3651298 3651299 SACE_0537 SACE_0538     TRUE 0.999 -3.000 0.571 0.003 Y NA
 3651299 3651300 SACE_0538 SACE_0539     FALSE 0.314 283.000 0.467 NA   NA
 3651300 3651301 SACE_0539 SACE_0540     FALSE 0.038 189.000 0.000 NA   NA
 3651302 3651303 SACE_0541 SACE_0542 menC   FALSE 0.156 104.000 0.000 1.000 N NA
 3651303 3651304 SACE_0542 SACE_0543     TRUE 0.943 0.000 0.033 1.000   NA
 3651304 3651305 SACE_0543 SACE_0544     FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 3651305 3651306 SACE_0544 SACE_0545     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3651306 3651307 SACE_0545 SACE_0546     FALSE 0.384 144.000 0.000 0.008   NA
 3651310 3651311 SACE_0549 SACE_0550     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 3651311 3651312 SACE_0550 SACE_0551   mdlC FALSE 0.085 104.000 0.000 NA   NA
 3651312 3651313 SACE_0551 SACE_0552 mdlC   FALSE 0.009 480.000 0.000 NA   NA
 3651314 3651315 SACE_0553 SACE_0554     TRUE 0.993 2.000 0.500 1.000 Y NA
 3651315 3651316 SACE_0554 SACE_0555     TRUE 0.967 71.000 0.750 0.063 Y NA
 3651316 3651317 SACE_0555 SACE_0556     TRUE 0.959 26.000 0.625 NA Y NA
 3651318 3651319 SACE_0557 SACE_0558   cvnB7 FALSE 0.252 21.000 0.000 NA   NA
 3651319 3651320 SACE_0558 SACE_0559 cvnB7   FALSE 0.210 32.000 0.000 NA   NA
 3651320 3651321 SACE_0559 SACE_0560   cvnD6 TRUE 0.868 -19.000 0.000 NA   NA
 3651323 3651324 SACE_0562 SACE_0563     FALSE 0.182 216.000 0.056 NA   NA
 3651324 3651325 SACE_0563 SACE_0564   moaC TRUE 0.625 22.000 0.003 1.000 N NA
 3651325 3651326 SACE_0564 SACE_0565 moaC   TRUE 0.862 121.000 0.093 0.001 Y NA
 3651327 3651328 SACE_0567 SACE_0568   moaD2 FALSE 0.010 1477.000 0.000 1.000   NA
 3651328 3651329 SACE_0568 SACE_0569 moaD2 moaA TRUE 0.971 5.000 0.410 1.000   NA
 3651330 3651331 SACE_0570 SACE_0571     TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000 N NA
 3651331 3651332 SACE_0571 SACE_0572     TRUE 0.936 75.000 0.578 0.000 N NA
 3651332 3651333 SACE_0572 SACE_0573     TRUE 0.946 41.000 0.450 0.001 N NA
 3651333 3651334 SACE_0573 SACE_0574     TRUE 0.975 -3.000 0.028 1.000 N NA
 3651335 3651336 SACE_0575 SACE_0576     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3651336 3651337 SACE_0576 SACE_0577     FALSE 0.037 192.000 0.000 NA   NA
 3651338 3651339 SACE_0578 SACE_0579     FALSE 0.025 232.000 0.000 NA   NA
 3651339 3651340 SACE_0579 SACE_0580     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651340 3651341 SACE_0580 SACE_0581     FALSE 0.007 679.000 0.000 NA   NA
 3651341 3651342 SACE_0581 SACE_0582     TRUE 0.507 170.000 0.286 1.000   NA
 3651342 3651343 SACE_0582 SACE_0583     FALSE 0.181 44.000 0.000 NA   NA
 3651343 3651344 SACE_0583 SACE_0584     TRUE 0.870 -15.000 0.000 NA   NA
 3651345 3651346 SACE_0585 SACE_0586     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3651346 3651347 SACE_0586 SACE_0587     FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3651347 3651348 SACE_0587 SACE_0588     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651348 3651349 SACE_0588 SACE_0589     FALSE 0.243 22.000 0.000 NA   NA
 3651349 3651350 SACE_0589 SACE_0590     TRUE 0.939 20.000 0.833 NA   NA
 3651350 3651351 SACE_0590 SACE_0591     FALSE 0.010 439.000 0.000 NA   NA
 3651355 3651356 SACE_0595 SACE_0596     TRUE 0.484 104.000 0.103 NA   NA
 3651356 3651357 SACE_0596 SACE_0597     FALSE 0.314 112.000 0.024 NA N NA
 3651358 3651359 SACE_0598 SACE_0599     TRUE 0.987 -3.000 0.195 NA   NA
 3651359 3651360 SACE_0599 SACE_0600     FALSE 0.012 646.000 0.000 1.000   NA
 3651360 3651361 SACE_0600 SACE_0601     FALSE 0.012 713.000 0.000 1.000   NA
 3651361 3651362 SACE_0601 SACE_0602     TRUE 0.920 -16.000 0.000 1.000   NA
 3651362 3651363 SACE_0602 SACE_0603     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3651363 3651364 SACE_0603 SACE_0604   ilvB TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3651364 3651365 SACE_0604 SACE_0605 ilvB   TRUE 0.869 -16.000 0.000 NA   NA
 3651365 3651366 SACE_0605 SACE_0606   fabF TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651366 3651367 SACE_0606 SACE_0607 fabF   TRUE 0.987 -6.000 0.000 1.000 Y NA
 3651367 3651368 SACE_0607 SACE_0608     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3651370 3651371 SACE_0610 SACE_0611     TRUE 0.542 95.000 0.094 1.000   NA
 3651371 3651372 SACE_0611 SACE_0612     TRUE 0.838 26.000 0.208 1.000 N NA
 3651374 3651375 SACE_0614 SACE_0615     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3651375 3651376 SACE_0615 SACE_0616     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651376 3651377 SACE_0616 SACE_0617     FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3651377 3651378 SACE_0617 SACE_0618     TRUE 0.998 -3.000 0.625 1.000 Y NA
 3651380 3651381 SACE_0620 SACE_0621     TRUE 0.997 -3.000 0.300 1.000 Y NA
 3651381 3651382 SACE_0621 SACE_0622   fecC TRUE 0.997 -3.000 0.300 1.000 Y NA
 3651383 3651384 SACE_0623 SACE_0624   mocA FALSE 0.048 219.000 0.000 1.000   NA
 3651384 3651385 SACE_0624 SACE_0625 mocA   TRUE 0.583 65.000 0.000 0.062 N NA
 3651386 3651387 SACE_0626 SACE_0627     TRUE 0.844 5.000 0.012 NA   NA
 3651387 3651388 SACE_0627 SACE_0628     FALSE 0.015 315.000 0.000 NA   NA
 3651389 3651390 SACE_0629 SACE_0630   serC FALSE 0.018 280.000 0.000 NA   NA
 3651390 3651391 SACE_0630 SACE_0631 serC   FALSE 0.075 174.000 0.000 1.000   NA
 3651391 3651392 SACE_0631 SACE_0632   citA4 FALSE 0.245 61.000 0.000 1.000   NA
 3651392 3651393 SACE_0632 SACE_0633 citA4 citA TRUE 0.987 -12.000 0.000 0.001   NA
 3651394 3651395 SACE_0634 SACE_0635 ureA ureB TRUE 0.965 47.000 0.259 0.001 Y NA
 3651395 3651396 SACE_0635 SACE_0636 ureB ureC TRUE 0.999 -3.000 0.375 0.001 Y NA
 3651396 3651397 SACE_0636 SACE_0637 ureC ureF TRUE 0.979 0.000 0.016 0.003 N NA
 3651397 3651398 SACE_0637 SACE_0638 ureF ureG TRUE 0.999 -10.000 0.439 0.003 Y NA
 3651398 3651399 SACE_0638 SACE_0639 ureG ureD TRUE 0.991 4.000 0.115 0.003 Y NA
 3651401 3651402 SACE_0641 SACE_0642 pdxH   FALSE 0.206 171.000 0.027 NA   NA
 3651402 3651403 SACE_0642 SACE_0643     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3651403 3651404 SACE_0643 SACE_0644   yihR FALSE 0.331 35.000 0.000 1.000 N NA
 3651406 3651407 SACE_0646 SACE_0647   cscK TRUE 0.984 -3.000 0.094 1.000   NA
 3651407 3651408 SACE_0647 SACE_0649 cscK   FALSE 0.045 797.000 0.030 1.000 N NA
 3651409 3651410 SACE_0650 SACE_0651 cloP cypA TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3651410 3651411 SACE_0651 SACE_0652 cypA iroB FALSE 0.302 48.000 0.000 1.000 N NA
 3651411 3651412 SACE_0652 SACE_0653 iroB   FALSE 0.327 16.000 0.000 NA   NA
 3651412 3651413 SACE_0653 SACE_0654     FALSE 0.010 429.000 0.000 NA   NA
 3651413 3651414 SACE_0654 SACE_0655     TRUE 0.990 -3.000 0.292 NA   NA
 3651414 3651415 SACE_0655 SACE_0656   tnp9B FALSE 0.109 132.000 0.000 1.000   NA
 3651415 3651416 SACE_0656 SACE_0657 tnp9B   FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3651416 3651417 SACE_0657 SACE_0658   glpD FALSE 0.010 525.000 0.000 NA N NA
 3651417 3651418 SACE_0658 SACE_0659 glpD   FALSE 0.255 518.000 0.727 1.000   NA
 3651419 3651420 SACE_0660 SACE_0661     FALSE 0.015 546.000 0.000 1.000 N NA
 3651420 3651421 SACE_0661 SACE_0662     TRUE 0.996 -19.000 0.131 1.000 Y NA
 3651421 3651422 SACE_0662 SACE_0663     TRUE 0.986 -3.000 0.131 1.000   NA
 3651425 3651426 SACE_0666 SACE_0667     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3651426 3651427 SACE_0667 SACE_0668     FALSE 0.014 331.000 0.000 NA   NA
 3651427 3651428 SACE_0668 SACE_0669     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3651428 3651429 SACE_0669 SACE_0670     FALSE 0.048 168.000 0.000 NA   NA
 3651429 3651430 SACE_0670 SACE_0672     FALSE 0.007 711.000 0.000 NA   NA
 3651430 3651431 SACE_0672 SACE_0673     FALSE 0.041 236.000 0.000 1.000   NA
 3651431 3651432 SACE_0673 SACE_0674     FALSE 0.015 317.000 0.000 NA   NA
 3651435 3651436 SACE_0678 SACE_0679     TRUE 0.725 66.000 0.213 NA   NA
 3651436 3651437 SACE_0679 SACE_0680     FALSE 0.041 182.000 0.000 NA   NA
 3651437 3651438 SACE_0680 SACE_0681     TRUE 0.866 -108.000 0.000 NA   NA
 3651438 3651439 SACE_0681 SACE_0682     FALSE 0.160 621.000 0.400 1.000   NA
 3651440 3651441 SACE_0683 SACE_0684     FALSE 0.008 524.000 0.000 NA   NA
 3651443 3651444 SACE_0686 SACE_0687     TRUE 0.608 45.000 0.000 0.071   NA
 3651444 3651445 SACE_0687 SACE_0688     FALSE 0.034 262.000 0.000 1.000   NA
 3651445 3651446 SACE_0688 SACE_0689     TRUE 0.988 -3.000 0.214 NA   NA
 3651447 3651448 SACE_0690 SACE_0691   cvnB1 TRUE 0.731 83.000 0.333 NA   NA
 3651448 3651449 SACE_0691 SACE_0692 cvnB1 cvnC6 TRUE 0.827 68.000 0.500 NA   NA
 3651449 3651450 SACE_0692 SACE_0693 cvnC6 cvnD6 TRUE 0.995 -19.000 0.500 NA   NA
 3651451 3651452 SACE_0694 SACE_0695     FALSE 0.006 820.000 0.000 NA   NA
 3651452 3651453 SACE_0695 SACE_0696     FALSE 0.106 89.000 0.000 NA   NA
 3651453 3651454 SACE_0696 SACE_0697     FALSE 0.185 40.000 0.000 NA   NA
 3651455 3651456 SACE_0698 SACE_0699     FALSE 0.263 54.000 0.000 1.000   NA
 3651456 3651457 SACE_0699 SACE_0700     FALSE 0.111 128.000 0.000 1.000   NA
 3651458 3651459 SACE_0701 SACE_0702     FALSE 0.260 55.000 0.000 1.000   NA
 3651460 3651461 SACE_0703 SACE_0704     FALSE 0.327 16.000 0.000 NA   NA
 3651461 3651462 SACE_0704 SACE_0705     FALSE 0.164 100.000 0.000 1.000 N NA
 3651462 3651463 SACE_0705 SACE_0706     FALSE 0.041 236.000 0.000 1.000   NA
 3651463 3651464 SACE_0706 SACE_0707     FALSE 0.074 117.000 0.000 NA   NA
 3651464 3651465 SACE_0707 SACE_0708     FALSE 0.179 48.000 0.000 NA   NA
 3651465 3651466 SACE_0708 SACE_0709     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651466 3651467 SACE_0709 SACE_0711     FALSE 0.038 211.000 0.000 NA N NA
 3651467 3651468 SACE_0711 SACE_0712     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3651468 3651469 SACE_0712 SACE_0713   eryK FALSE 0.247 60.000 0.000 1.000   NA
 3651470 3651471 SACE_0714 SACE_0715 eryBVII eryCV TRUE 0.620 8.000 0.000 1.000   NA
 3651471 3651472 SACE_0715 SACE_0716 eryCV eryCIV TRUE 0.650 38.000 0.000 0.054   NA
 3651472 3651473 SACE_0716 SACE_0717 eryCIV eryBVI TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651473 3651474 SACE_0717 SACE_0718 eryBVI eryCVI FALSE 0.056 154.000 0.000 NA   NA
 3651474 3651475 SACE_0718 SACE_0719 eryCVI eryBV FALSE 0.266 53.000 0.000 1.000   NA
 3651475 3651476 SACE_0719 SACE_0720 eryBV eryBIV TRUE 0.962 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3651479 3651480 SACE_0723 SACE_0724 eryAII eryAIII TRUE 0.984 1.000 0.000 0.001 Y NA
 3651480 3651481 SACE_0724 SACE_0725 eryAIII eryCII TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3651481 3651482 SACE_0725 SACE_0726 eryCII eryCIII TRUE 0.570 11.000 0.000 1.000   NA
 3651482 3651483 SACE_0726 SACE_0727 eryCIII eryBII TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3651483 3651484 SACE_0727 SACE_0728 eryBII eryG FALSE 0.344 32.000 0.000 1.000 N NA
 3651485 3651486 SACE_0729 SACE_0730   eryF TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3651486 3651487 SACE_0730 SACE_0731 eryF eryBIII TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651490 3651491 SACE_0734 SACE_0735 eryCI   FALSE 0.024 234.000 0.000 NA   NA
 3651491 3651492 SACE_0735 SACE_0736     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3651492 3651493 SACE_0736 SACE_0737     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3651493 3651494 SACE_0737 SACE_0738     FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3651494 3651495 SACE_0738 SACE_0739     FALSE 0.061 143.000 0.000 NA   NA
 3651495 3651496 SACE_0739 SACE_0740     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 3651499 3651500 SACE_0743 SACE_0744     FALSE 0.111 87.000 0.000 NA   NA
 3651501 3651502 SACE_0745 SACE_0746     FALSE 0.368 388.000 0.250 1.000 Y NA
 3651502 3651503 SACE_0746 SACE_0747     FALSE 0.016 461.000 0.000 1.000   NA
 3651504 3651505 SACE_8013 SACE_0748     FALSE 0.049 167.000 0.000 NA   NA
 3651505 3651506 SACE_0748 SACE_0749     FALSE 0.013 358.000 0.000 NA   NA
 3651506 3651507 SACE_0749 SACE_0750     FALSE 0.384 93.000 0.009 1.000 N NA
 3651507 3651508 SACE_0750 SACE_0751   rpsR2 FALSE 0.034 280.000 0.000 1.000 N NA
 3651508 3651509 SACE_0751 SACE_0752 rpsR2 rpsN TRUE 0.979 8.000 0.024 0.011 Y NA
 3651509 3651510 SACE_0752 SACE_0753 rpsN rpmG TRUE 0.971 14.000 0.052 0.011 Y NA
 3651510 3651511 SACE_0753 SACE_0754 rpmG rpmB TRUE 0.997 0.000 0.332 0.011 Y NA
 3651512 3651513 SACE_0755 SACE_0756   rpmE2 TRUE 0.534 26.000 0.004 NA   NA
 3651513 3651514 SACE_0756 SACE_0757 rpmE2 rpmF TRUE 0.976 0.000 0.014 0.014   NA
 3651514 3651515 SACE_0757 SACE_0758 rpmF   FALSE 0.013 578.000 0.000 1.000   NA
 3651515 3651516 SACE_0758 SACE_0759     FALSE 0.201 78.000 0.000 1.000   NA
 3651516 3651517 SACE_0759 SACE_0760     FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3651517 3651518 SACE_0760 SACE_0761     FALSE 0.045 174.000 0.000 NA   NA
 3651518 3651519 SACE_0761 SACE_0762     TRUE 0.998 -3.000 0.310 0.069 Y NA
 3651519 3651520 SACE_0762 SACE_0763     FALSE 0.081 179.000 0.000 1.000 N NA
 3651520 3651521 SACE_0763 SACE_0764   galT TRUE 0.975 -3.000 0.030 1.000 N NA
 3651521 3651522 SACE_0764 SACE_0765 galT   FALSE 0.129 229.000 0.007 1.000 N NA
 3651522 3651523 SACE_0765 SACE_0766   moaB FALSE 0.188 524.000 0.423 1.000 N NA
 3651526 3651527 SACE_0769 SACE_0770 mscL   TRUE 0.541 92.000 0.116 NA   NA
 3651528 3651529 SACE_0771 SACE_0772     FALSE 0.016 302.000 0.000 NA   NA
 3651531 3651532 SACE_0774 SACE_0775 galU moeA1 FALSE 0.436 124.000 0.071 1.000 N NA
 3651532 3651533 SACE_0775 SACE_0776 moeA1 rimJ TRUE 0.967 7.000 0.427 1.000 N NA
 3651533 3651534 SACE_0776 SACE_0777 rimJ   FALSE 0.137 385.000 0.183 NA   NA
 3651534 3651535 SACE_0777 SACE_8014     FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3651535 3651536 SACE_8014 SACE_0778     FALSE 0.017 287.000 0.000 NA   NA
 3651536 3651537 SACE_0778 SACE_0779   tnp FALSE 0.155 63.000 0.000 NA   NA
 3651538 3651539 SACE_0780 SACE_0781     TRUE 0.871 -10.000 0.000 NA   NA
 3651545 3651546 SACE_0787 SACE_0788     TRUE 0.999 -3.000 0.909 0.020 Y NA
 3651547 3651548 SACE_0789 SACE_0790     TRUE 0.986 0.000 0.571 NA   NA
 3651552 3651553 SACE_0794 SACE_0795 lpsA2   TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3651554 3651555 SACE_0796 SACE_0797     TRUE 0.999 -10.000 0.455 0.091 Y NA
 3651555 3651556 SACE_0797 SACE_0798     FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3651557 3651558 SACE_0799 SACE_0800 metS tatD FALSE 0.425 80.000 0.020 NA N NA
 3651558 3651559 SACE_0800 SACE_0801 tatD   FALSE 0.009 474.000 0.000 NA   NA
 3651559 3651560 SACE_0801 SACE_0802   ksgA FALSE 0.077 280.000 0.002 1.000   NA
 3651560 3651561 SACE_0802 SACE_0804 ksgA   FALSE 0.014 672.000 0.000 1.000 N NA
 3651561 3651562 SACE_0804 SACE_0805     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 3651562 3651563 SACE_0805 SACE_0806     TRUE 0.814 65.000 0.065 NA Y NA
 3651563 3651564 SACE_0806 SACE_0807   ispE FALSE 0.222 134.000 0.003 NA N NA
 3651564 3651565 SACE_0807 SACE_0808 ispE   FALSE 0.256 259.000 0.045 0.091   NA
 3651565 3651566 SACE_0808 SACE_0809   pks16 FALSE 0.049 218.000 0.000 1.000   NA
 3651567 3651568 SACE_0810 SACE_0811 pth rplY TRUE 0.950 87.000 0.496 0.016 Y NA
 3651568 3651569 SACE_0811 SACE_0812 rplY   FALSE 0.015 367.000 0.000 NA N NA
 3651570 3651571 SACE_0813 SACE_0814     FALSE 0.046 171.000 0.000 NA   NA
 3651571 3651572 SACE_0814 SACE_0815     FALSE 0.170 97.000 0.000 1.000 N NA
 3651573 3651574 SACE_0816 SACE_0817 prsA glmU TRUE 0.542 48.000 0.005 1.000 N NA
 3651574 3651575 SACE_0817 SACE_0818 glmU   FALSE 0.031 298.000 0.000 1.000 N NA
 3651575 3651576 SACE_0818 SACE_8015     FALSE 0.085 105.000 0.000 NA   NA
 3651577 3651578 SACE_0819 SACE_0820     FALSE 0.422 99.000 0.030 1.000 N NA
 3651578 3651579 SACE_0820 SACE_0821     FALSE 0.336 174.000 0.000 1.000 Y NA
 3651579 3651580 SACE_0821 SACE_0822   pobA FALSE 0.034 283.000 0.000 1.000 N NA
 3651584 3651585 SACE_0826 SACE_0827 mfd   FALSE 0.031 297.000 0.000 1.000 N NA
 3651585 3651586 SACE_0827 SACE_0828     FALSE 0.014 326.000 0.000 NA   NA
 3651586 3651587 SACE_0828 SACE_0829     FALSE 0.466 9.000 0.000 NA   NA
 3651587 3651588 SACE_0829 SACE_0830     FALSE 0.252 21.000 0.000 NA   NA
 3651588 3651589 SACE_0830 SACE_0831     TRUE 0.869 -16.000 0.000 NA   NA
 3651589 3651590 SACE_0831 SACE_0832     FALSE 0.115 85.000 0.000 NA   NA
 3651590 3651591 SACE_0832 SACE_0833     FALSE 0.043 178.000 0.000 NA   NA
 3651591 3651592 SACE_0833 SACE_0834     FALSE 0.358 90.000 0.003 1.000   NA
 3651592 3651593 SACE_0834 SACE_0835     FALSE 0.047 170.000 0.000 NA   NA
 3651593 3651594 SACE_0835 SACE_0836     TRUE 0.588 74.000 0.000 NA Y NA
 3651596 3651597 SACE_0838 SACE_0839 eno   TRUE 0.926 3.000 0.043 1.000 N NA
 3651597 3651598 SACE_0839 SACE_0840     TRUE 0.964 3.000 0.252 NA   NA
 3651598 3651599 SACE_0840 SACE_0841     FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3651599 3651600 SACE_0841 SACE_0842     FALSE 0.018 275.000 0.000 NA   NA
 3651600 3651601 SACE_0842 SACE_0843     FALSE 0.015 372.000 0.000 NA N NA
 3651601 3651602 SACE_0843 SACE_0844   dppA1 FALSE 0.035 220.000 0.000 NA N NA
 3651602 3651603 SACE_0844 SACE_0845 dppA1   TRUE 0.942 75.000 0.333 0.062 Y NA
 3651603 3651604 SACE_0845 SACE_0846     TRUE 0.999 -7.000 0.444 0.062 Y NA
 3651604 3651605 SACE_0846 SACE_0847     TRUE 0.970 12.000 0.222 1.000 Y NA
 3651605 3651606 SACE_0847 SACE_0848     TRUE 0.999 -7.000 0.400 0.001 Y NA
 3651608 3651609 SACE_0850 SACE_0851 udgB   FALSE 0.013 348.000 0.000 NA   NA
 3651611 3651612 SACE_0853 SACE_0854     FALSE 0.033 206.000 0.000 NA   NA
 3651612 3651613 SACE_0854 SACE_0855     TRUE 0.986 3.000 1.000 NA   NA
 3651613 3651614 SACE_0855 SACE_8016     FALSE 0.057 153.000 0.000 NA   NA
 3651615 3651616 SACE_0856 SACE_0857     FALSE 0.010 439.000 0.000 NA   NA
 3651616 3651617 SACE_0857 SACE_0858     FALSE 0.007 671.000 0.000 NA   NA
 3651617 3651618 SACE_0858 SACE_0859     FALSE 0.008 552.000 0.000 NA   NA
 3651618 3651619 SACE_0859 SACE_0861     FALSE 0.006 1593.000 0.000 NA   NA
 3651619 3651620 SACE_0861 SACE_0862     FALSE 0.010 434.000 0.000 NA   NA
 3651621 3651622 SACE_0864 SACE_0865     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3651623 3651624 SACE_0866 SACE_0867   pkn6 FALSE 0.006 1005.000 0.000 NA   NA
 3651624 3651625 SACE_0867 SACE_0868 pkn6   TRUE 0.604 92.000 0.014 0.091 N NA
 3651625 3651626 SACE_0868 SACE_0869     TRUE 0.987 5.000 0.034 0.000 Y NA
 3651626 3651627 SACE_0869 SACE_0871     TRUE 0.997 -3.000 0.076 0.070 Y NA
 3651627 3651628 SACE_0871 SACE_0872     TRUE 0.636 120.000 0.025 0.001   NA
 3651629 3651630 SACE_0874 SACE_0875     FALSE 0.041 182.000 0.000 NA   NA
 3651630 3651631 SACE_0875 SACE_0876     FALSE 0.006 901.000 0.000 NA   NA
 3651631 3651632 SACE_0876 SACE_0877     FALSE 0.095 96.000 0.000 NA   NA
 3651632 3651633 SACE_0877 SACE_0878     TRUE 0.633 54.000 0.073 NA   NA
 3651635 3651636 SACE_0882 SACE_0883     FALSE 0.180 45.000 0.000 NA   NA
 3651636 3651637 SACE_0883 SACE_0884     TRUE 0.972 -3.000 0.043 NA   NA
 3651637 3651638 SACE_0884 SACE_0885     TRUE 0.512 71.000 0.043 NA   NA
 3651638 3651639 SACE_0885 SACE_0886     FALSE 0.009 465.000 0.000 NA   NA
 3651639 3651640 SACE_0886 SACE_0887     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651641 3651642 SACE_0888 SACE_0889     FALSE 0.009 454.000 0.000 NA   NA
 3651643 3651644 SACE_0890 SACE_0891     TRUE 0.548 84.000 0.000 NA Y NA
 3651644 3651645 SACE_0891 SACE_0892     FALSE 0.058 214.000 0.000 1.000 N NA
 3651646 3651647 SACE_0893 SACE_0894     TRUE 0.974 4.000 0.500 NA   NA
 3651649 3651650 SACE_0896 SACE_0897   fadA3 FALSE 0.017 289.000 0.000 NA   NA
 3651650 3651651 SACE_0897 SACE_0898 fadA3   FALSE 0.316 194.000 0.100 1.000 N NA
 3651652 3651653 SACE_0899 SACE_0900 cysM2   FALSE 0.084 106.000 0.000 NA   NA
 3651660 3651661 SACE_0907 SACE_0908 greA   FALSE 0.402 189.000 0.250 NA   NA
 3651662 3651663 SACE_0909 SACE_0910     TRUE 0.982 -3.000 0.099 NA   NA
 3651663 3651664 SACE_0910 SACE_0911   ligB FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3651664 3651665 SACE_0911 SACE_0912 ligB   FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3651665 3651666 SACE_0912 SACE_0913     FALSE 0.117 84.000 0.000 NA   NA
 3651666 3651667 SACE_0913 SACE_0914   guaB2 FALSE 0.035 198.000 0.000 NA   NA
 3651668 3651669 SACE_0915 SACE_0916     FALSE 0.012 367.000 0.000 NA   NA
 3651670 3651671 SACE_0917 SACE_0918     FALSE 0.016 303.000 0.000 NA   NA
 3651674 3651675 SACE_0921 SACE_0922     FALSE 0.203 77.000 0.000 1.000   NA
 3651675 3651676 SACE_0922 SACE_0923     FALSE 0.131 109.000 0.000 1.000   NA
 3651677 3651678 SACE_0924 SACE_0925     TRUE 0.998 -3.000 0.200 0.061 Y NA
 3651678 3651679 SACE_0925 SACE_0926     TRUE 0.998 -3.000 0.300 0.061 Y NA
 3651679 3651680 SACE_0926 SACE_0927   adh10 TRUE 0.912 12.000 0.154 1.000 N NA
 3651680 3651681 SACE_0927 SACE_0928 adh10   TRUE 0.603 11.000 0.000 1.000 N NA
 3651681 3651682 SACE_0928 SACE_0929   xylB TRUE 0.992 -3.000 0.029 1.000 Y NA
 3651683 3651684 SACE_0930 SACE_0931 fumC   FALSE 0.066 186.000 0.000 1.000   NA
 3651686 3651687 SACE_0933 SACE_0934   glpX FALSE 0.043 247.000 0.000 1.000 N NA
 3651687 3651688 SACE_0934 SACE_0935 glpX xseB FALSE 0.048 472.000 0.005 1.000 N NA
 3651688 3651689 SACE_0935 SACE_0936 xseB   TRUE 0.953 -3.000 0.002 NA   NA
 3651689 3651690 SACE_0936 SACE_0937   xseA TRUE 0.558 21.000 0.002 NA   NA
 3651690 3651691 SACE_0937 SACE_0938 xseA   FALSE 0.092 267.000 0.024 NA   NA
 3651694 3651695 SACE_0941 SACE_0942 rbsA rbsC TRUE 0.998 -3.000 0.857 1.000 Y NA
 3651695 3651696 SACE_0942 SACE_0943 rbsC   TRUE 0.957 34.000 0.714 NA Y NA
 3651696 3651697 SACE_0943 SACE_0944     FALSE 0.007 657.000 0.000 NA   NA
 3651698 3651699 SACE_0945 SACE_0946     TRUE 0.866 -45.000 0.000 NA   NA
 3651699 3651700 SACE_0946 SACE_0947   rbsR TRUE 0.552 5.000 0.000 NA   NA
 3651701 3651702 SACE_0948 SACE_0949     TRUE 0.821 89.000 0.154 1.000 Y NA
 3651702 3651703 SACE_0949 SACE_0950     FALSE 0.245 71.000 0.000 1.000 N NA
 3651705 3651706 SACE_0952 SACE_0953 sbcD sbcC TRUE 0.998 -3.000 0.669 1.000 Y NA
 3651707 3651708 SACE_0955 SACE_0956 alkA   FALSE 0.011 1359.000 0.000 1.000 N NA
 3651708 3651709 SACE_0956 SACE_0957     TRUE 0.959 9.000 0.000 0.019 Y NA
 3651709 3651710 SACE_0957 SACE_0958     TRUE 0.828 21.000 0.200 NA   NA
 3651711 3651712 SACE_0959 SACE_0960     FALSE 0.011 402.000 0.000 NA   NA
 3651715 3651716 SACE_0963 SACE_0965   merR2 FALSE 0.012 903.000 0.000 1.000 N NA
 3651718 3651719 SACE_0967 SACE_0968 gvpK gvpS1 TRUE 0.922 -7.000 0.000 1.000   NA
 3651719 3651720 SACE_0968 SACE_0969 gvpS1 gvpL2 TRUE 0.726 3.000 0.000 1.000   NA
 3651720 3651721 SACE_0969 SACE_0970 gvpL2 gvpJ TRUE 0.994 -7.000 0.333 1.000   NA
 3651721 3651722 SACE_0970 SACE_0971 gvpJ   TRUE 0.992 -3.000 0.333 1.000   NA
 3651722 3651723 SACE_0971 SACE_0972     TRUE 0.552 5.000 0.000 NA   NA
 3651723 3651724 SACE_0972 SACE_0973     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3651724 3651725 SACE_0973 SACE_0974   gvpA1 TRUE 0.994 -3.000 0.500 1.000   NA
 3651725 3651726 SACE_0974 SACE_0975 gvpA1   TRUE 0.503 7.000 0.000 NA   NA
 3651726 3651727 SACE_0975 SACE_0976     TRUE 0.870 -13.000 0.000 NA   NA
 3651727 3651728 SACE_0976 SACE_0977   bioF FALSE 0.011 406.000 0.000 NA   NA
 3651729 3651730 SACE_0978 SACE_0979 bioD aao FALSE 0.174 95.000 0.000 1.000 N NA
 3651732 3651733 SACE_0981 SACE_0982     TRUE 0.940 57.000 0.697 0.061 N NA
 3651733 3651734 SACE_0982 SACE_0983     TRUE 0.835 59.000 0.112 0.068 N NA
 3651734 3651735 SACE_0983 SACE_0984     FALSE 0.078 170.000 0.000 1.000   NA
 3651735 3651736 SACE_0984 SACE_0985     FALSE 0.016 297.000 0.000 NA   NA
 3651736 3651737 SACE_0985 SACE_0986     FALSE 0.210 32.000 0.000 NA   NA
 3651737 3651738 SACE_0986 SACE_0987     TRUE 0.534 186.000 0.500 NA   NA
 3651739 3651740 SACE_0988 SACE_0989   estC FALSE 0.245 61.000 0.000 1.000   NA
 3651740 3651741 SACE_0989 SACE_0990 estC   TRUE 0.972 0.000 0.167 1.000   NA
 3651741 3651742 SACE_0990 SACE_0991     TRUE 0.989 0.000 0.667 1.000   NA
 3651742 3651743 SACE_0991 SACE_0992     TRUE 0.999 -3.000 0.909 0.061 Y NA
 3651743 3651744 SACE_0992 SACE_0993     TRUE 0.972 23.000 0.364 0.061 Y NA
 3651744 3651745 SACE_0993 SACE_0994     FALSE 0.011 406.000 0.000 NA   NA
 3651745 3651746 SACE_0994 SACE_0995     TRUE 0.996 -3.000 0.810 NA   NA
 3651746 3651747 SACE_0995 SACE_0996     TRUE 0.993 -3.000 0.471 NA   NA
 3651748 3651749 SACE_0997 SACE_0998     TRUE 0.998 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 3651749 3651750 SACE_0998 SACE_0999     FALSE 0.014 647.000 0.000 1.000 N NA
 3651751 3651752 SACE_1000 SACE_1001     FALSE 0.009 470.000 0.000 NA   NA
 3651752 3651753 SACE_1001 SACE_1002   trpS FALSE 0.065 188.000 0.000 1.000   NA
 3651756 3651757 SACE_1005 SACE_1006 typA   FALSE 0.091 322.000 0.025 1.000 N NA
 3651757 3651758 SACE_1006 SACE_1007     TRUE 0.701 49.000 0.000 1.000 Y NA
 3651758 3651759 SACE_1007 SACE_1008     FALSE 0.114 125.000 0.000 1.000   NA
 3651759 3651760 SACE_1008 SACE_1009     TRUE 0.992 -3.000 0.387 NA   NA
 3651760 3651761 SACE_1009 SACE_1010     FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 3651761 3651762 SACE_1010 SACE_1011   dapC TRUE 0.975 -3.000 0.029 1.000 N NA
 3651763 3651764 SACE_1012 SACE_1013   dapD FALSE 0.428 89.000 0.042 NA   NA
 3651764 3651765 SACE_1013 SACE_1014 dapD   FALSE 0.040 186.000 0.000 NA   NA
 3651765 3651766 SACE_1014 SACE_1015     FALSE 0.012 385.000 0.000 NA   NA
 3651766 3651767 SACE_1015 SACE_1016     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3651767 3651768 SACE_1016 SACE_1017     TRUE 0.985 0.000 0.500 NA   NA
 3651771 3651772 SACE_1020 SACE_1021     TRUE 0.977 -3.000 0.063 NA   NA
 3651776 3651777 SACE_1025 SACE_1026     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3651777 3651778 SACE_1026 SACE_1027   tag TRUE 0.955 -3.000 0.004 NA   NA
 3651780 3651781 SACE_1029 SACE_1030   pepA FALSE 0.236 258.000 0.211 NA   NA
 3651784 3651785 SACE_1033 SACE_1034 tatB htrA TRUE 0.612 110.000 0.217 1.000 N NA
 3651785 3651786 SACE_1034 SACE_1035 htrA   FALSE 0.013 762.000 0.000 1.000 N NA
 3651786 3651787 SACE_1035 SACE_1036     FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3651787 3651788 SACE_1036 SACE_1037     TRUE 0.842 21.000 0.224 NA   NA
 3651791 3651792 SACE_1040 SACE_1041     TRUE 0.680 5.000 0.000 1.000   NA
 3651792 3651793 SACE_1041 SACE_1042     FALSE 0.086 162.000 0.000 1.000   NA
 3651793 3651794 SACE_1042 SACE_1043     FALSE 0.027 303.000 0.000 1.000   NA
 3651794 3651795 SACE_1043 SACE_1044     FALSE 0.017 282.000 0.000 NA   NA
 3651795 3651796 SACE_1044 SACE_1045     FALSE 0.091 718.000 0.211 NA   NA
 3651796 3651797 SACE_1045 SACE_1046     TRUE 0.996 0.000 0.252 0.061 Y NA
 3651797 3651798 SACE_1046 SACE_1047     TRUE 0.998 0.000 0.723 0.061 Y NA
 3651798 3651799 SACE_1047 SACE_1048     TRUE 0.989 6.000 0.191 0.061 Y NA
 3651800 3651801 SACE_1049 SACE_1050     FALSE 0.057 153.000 0.000 NA   NA
 3651801 3651802 SACE_1050 SACE_1051     FALSE 0.010 432.000 0.000 NA   NA
 3651802 3651803 SACE_1051 SACE_1052     FALSE 0.021 412.000 0.000 1.000 N NA
 3651804 3651805 SACE_1053 SACE_1054     TRUE 0.908 27.000 0.667 NA   NA
 3651805 3651806 SACE_1054 SACE_1055     FALSE 0.415 71.000 0.010 NA   NA
 3651806 3651807 SACE_1055 SACE_1056     TRUE 0.713 59.000 0.005 0.069   NA
 3651807 3651808 SACE_1056 SACE_1057     FALSE 0.111 87.000 0.000 NA   NA
 3651808 3651809 SACE_1057 SACE_1058     FALSE 0.098 93.000 0.000 NA   NA
 3651810 3651811 SACE_1059 SACE_1060   rhlE FALSE 0.179 204.000 0.041 NA   NA
 3651812 3651813 SACE_1061 SACE_1062     FALSE 0.008 565.000 0.000 NA   NA
 3651813 3651814 SACE_1062 SACE_1063     FALSE 0.464 164.000 0.241 NA   NA
 3651815 3651816 SACE_1064 SACE_1065     TRUE 0.545 71.000 0.056 NA   NA
 3651817 3651818 SACE_1066 SACE_1067     TRUE 0.930 18.000 0.500 1.000   NA
 3651820 3651821 SACE_1069 SACE_1070   moeB FALSE 0.301 229.000 0.236 NA   NA
 3651821 3651822 SACE_1070 SACE_1071 moeB   TRUE 0.592 116.000 0.273 NA   NA
 3651822 3651823 SACE_1071 SACE_1072     FALSE 0.064 136.000 0.000 NA   NA
 3651823 3651824 SACE_1072 SACE_1073     TRUE 0.870 -13.000 0.000 NA   NA
 3651824 3651825 SACE_1073 SACE_1074     TRUE 0.499 14.000 0.000 1.000   NA
 3651825 3651826 SACE_1074 SACE_1075     FALSE 0.294 53.000 0.000 1.000 N NA
 3651828 3651829 SACE_1077 SACE_1078     TRUE 0.999 -3.000 0.493 0.003 Y NA
 3651829 3651830 SACE_1078 SACE_1079     FALSE 0.065 134.000 0.000 NA   NA
 3651832 3651833 SACE_1081 SACE_1082     FALSE 0.181 44.000 0.000 NA   NA
 3651835 3651836 SACE_1084 SACE_1085     FALSE 0.018 280.000 0.000 NA   NA
 3651836 3651837 SACE_1085 SACE_1086     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3651837 3651838 SACE_1086 SACE_1087     FALSE 0.040 184.000 0.000 NA   NA
 3651838 3651839 SACE_1087 SACE_1088     FALSE 0.122 81.000 0.000 NA   NA
 3651839 3651840 SACE_1088 SACE_1089     FALSE 0.011 403.000 0.000 NA   NA
 3651840 3651841 SACE_1089 SACE_1090     TRUE 0.997 -3.000 0.480 0.003   NA
 3651841 3651842 SACE_1090 SACE_1091   nudC FALSE 0.111 128.000 0.000 1.000   NA
 3651842 3651843 SACE_1091 SACE_1092 nudC uvrD2 FALSE 0.106 403.000 0.000 1.000 Y NA
 3651843 3651844 SACE_1092 SACE_1093 uvrD2   FALSE 0.009 471.000 0.000 NA   NA
 3651844 3651845 SACE_1093 SACE_1094     FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3651845 3651846 SACE_1094 SACE_1095     FALSE 0.147 68.000 0.000 NA   NA
 3651847 3651848 SACE_1096 SACE_1097     FALSE 0.078 365.000 0.047 NA   NA
 3651853 3651854 SACE_1102 SACE_8017     FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3651854 3651855 SACE_8017 SACE_8018     FALSE 0.015 317.000 0.000 NA   NA
 3651857 3651858 SACE_1104 SACE_1105   prfB FALSE 0.274 104.000 0.005 NA   NA
 3651858 3651859 SACE_1105 SACE_1106 prfB ftsE FALSE 0.189 231.000 0.053 1.000 N NA
 3651859 3651860 SACE_1106 SACE_1107 ftsE ftsX TRUE 0.934 55.000 0.431 1.000 Y NA
 3651860 3651861 SACE_1107 SACE_1108 ftsX smpB TRUE 0.856 11.000 0.038 1.000 N NA
 3651861 3651862 SACE_1108 SACE_1109 smpB   TRUE 0.775 12.000 0.004 1.000   NA
 3651865 3651866 SACE_1113 SACE_1114     FALSE 0.090 158.000 0.000 1.000   NA
 3651866 3651867 SACE_1114 SACE_1115     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 3651868 3651869 SACE_1116 SACE_1117     FALSE 0.019 453.000 0.000 1.000 N NA
 3651869 3651870 SACE_1117 SACE_1118     FALSE 0.008 578.000 0.000 NA   NA
 3651870 3651871 SACE_1118 SACE_1119     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3651874 3651875 SACE_1121 SACE_1122     FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3651875 3651876 SACE_1122 SACE_1123     TRUE 0.924 5.000 0.100 NA   NA
 3651876 3651877 SACE_1123 SACE_1124     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651877 3651878 SACE_1124 SACE_1125   ssb FALSE 0.119 83.000 0.000 NA   NA
 3651878 3651879 SACE_1125 SACE_1126 ssb   FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3651879 3651880 SACE_1126 SACE_1127     FALSE 0.230 25.000 0.000 NA   NA
 3651880 3651881 SACE_1127 SACE_1128     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3651881 3651882 SACE_1128 SACE_1129     FALSE 0.023 240.000 0.000 NA   NA
 3651882 3651883 SACE_1129 SACE_1130     FALSE 0.095 96.000 0.000 NA   NA
 3651883 3651884 SACE_1130 SACE_1131     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651884 3651885 SACE_1131 SACE_1132     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3651885 3651886 SACE_1132 SACE_1133     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3651886 3651887 SACE_1133 SACE_1134     FALSE 0.088 102.000 0.000 NA   NA
 3651887 3651888 SACE_1134 SACE_1135     FALSE 0.180 46.000 0.000 NA   NA
 3651888 3651889 SACE_1135 SACE_1136     FALSE 0.174 53.000 0.000 NA   NA
 3651889 3651890 SACE_1136 SACE_1137     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3651890 3651891 SACE_1137 SACE_1138     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3651894 3651895 SACE_1141 SACE_1142     TRUE 0.512 54.000 0.005 1.000   NA
 3651897 3651898 SACE_1147 SACE_1148     FALSE 0.021 370.000 0.000 1.000   NA
 3651898 3651899 SACE_1148 SACE_1149     FALSE 0.021 373.000 0.000 1.000   NA
 3651899 3651900 SACE_1149 SACE_1150   cvnB11 TRUE 0.711 88.000 0.333 NA   NA
 3651900 3651901 SACE_1150 SACE_1151 cvnB11 cvnC9 TRUE 0.993 -3.000 0.429 NA   NA
 3651901 3651902 SACE_1151 SACE_1152 cvnC9 cvnD10 TRUE 0.991 -19.000 0.231 NA   NA
 3651902 3651903 SACE_1152 SACE_1153 cvnD10 cyp18 TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3651903 3651904 SACE_1153 SACE_1154 cyp18   FALSE 0.243 204.000 0.000 NA Y NA
 3651904 3651905 SACE_1154 SACE_1155     FALSE 0.020 258.000 0.000 NA   NA
 3651908 3651909 SACE_1158 SACE_1159 cyp23   FALSE 0.094 97.000 0.000 NA   NA
 3651909 3651910 SACE_1159 SACE_1160     FALSE 0.022 245.000 0.000 NA   NA
 3651910 3651911 SACE_1160 SACE_1161     TRUE 0.999 -3.000 0.444 0.002 Y NA
 3651911 3651912 SACE_1161 SACE_1162     TRUE 0.958 81.000 0.444 0.002 Y NA
 3651912 3651913 SACE_1162 SACE_1163     FALSE 0.065 447.000 0.000 0.066   NA
 3651913 3651914 SACE_1163 SACE_1164     FALSE 0.192 37.000 0.000 NA   NA
 3651914 3651915 SACE_1164 SACE_1165     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3651916 3651917 SACE_1166 SACE_1167     TRUE 0.970 0.000 0.182 NA   NA
 3651917 3651918 SACE_1167 SACE_1168     FALSE 0.013 364.000 0.000 NA   NA
 3651918 3651919 SACE_1168 SACE_1169     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3651919 3651920 SACE_1169 SACE_1170   sdhA TRUE 0.931 23.000 0.860 NA   NA
 3651920 3651921 SACE_1170 SACE_1171 sdhA sdhB1 TRUE 0.995 10.000 0.826 0.001 Y NA
 3651923 3651924 SACE_1173 SACE_1175     FALSE 0.007 631.000 0.000 NA   NA
 3651924 3651925 SACE_1175 SACE_1176     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3651925 3651926 SACE_1176 SACE_1178     FALSE 0.006 1033.000 0.000 NA   NA
 3651926 3651927 SACE_1178 SACE_1179     FALSE 0.037 193.000 0.000 NA   NA
 3651927 3651928 SACE_1179 SACE_1180     FALSE 0.196 36.000 0.000 NA   NA
 3651929 3651930 SACE_1181 SACE_1182     FALSE 0.212 74.000 0.000 1.000   NA
 3651931 3651932 SACE_1183 SACE_1184     FALSE 0.125 79.000 0.000 NA   NA
 3651932 3651933 SACE_1184 SACE_1185     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3651935 3651936 SACE_1187 SACE_1188 ctaD serB FALSE 0.116 140.000 0.000 1.000 N NA
 3651936 3651937 SACE_1188 SACE_1189 serB   FALSE 0.056 388.000 0.024 NA   NA
 3651938 3651939 SACE_1190 SACE_1191     TRUE 0.968 24.000 0.729 1.000 Y NA
 3651939 3651940 SACE_1191 SACE_1192   mmgA TRUE 0.983 -3.000 0.071 1.000 N NA
 3651940 3651941 SACE_1192 SACE_1193 mmgA fadD TRUE 0.932 71.000 0.576 1.000 Y NA
 3651941 3651942 SACE_1193 SACE_1194 fadD bioY TRUE 0.954 2.000 0.144 NA   NA
 3651946 3651947 SACE_1198 SACE_1199   pncA FALSE 0.099 146.000 0.000 1.000   NA
 3651947 3651948 SACE_1199 SACE_1200 pncA pncB TRUE 0.880 10.000 0.053 1.000 N NA
 3651949 3651950 SACE_1201 SACE_1202     TRUE 0.981 5.000 0.823 NA   NA
 3651950 3651951 SACE_1202 SACE_1203     TRUE 0.669 51.000 0.093 NA   NA
 3651951 3651952 SACE_1203 SACE_1204     FALSE 0.414 93.000 0.044 NA   NA
 3651952 3651953 SACE_1204 SACE_1205     TRUE 0.651 57.000 0.093 NA   NA
 3651953 3651954 SACE_1205 SACE_1206   cysM TRUE 0.674 38.000 0.052 1.000 N NA
 3651956 3651957 SACE_1208 SACE_1209   murI TRUE 0.972 -3.000 0.024 1.000   NA
 3651957 3651958 SACE_1209 SACE_1210 murI   TRUE 0.979 -3.000 0.054 1.000   NA
 3651958 3651959 SACE_1210 SACE_1211     FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3651959 3651960 SACE_1211 SACE_1212   rph FALSE 0.053 159.000 0.000 NA   NA
 3651960 3651961 SACE_1212 SACE_1213 rph   TRUE 0.991 -3.000 0.262 1.000 N NA
 3651964 3651965 SACE_1216 SACE_1217 bcp   FALSE 0.054 157.000 0.000 NA   NA
 3651966 3651967 SACE_1218 SACE_1219 poxB   FALSE 0.017 446.000 0.000 1.000   NA
 3651967 3651968 SACE_1219 SACE_1220     TRUE 0.654 1.000 0.000 NA   NA
 3651969 3651970 SACE_1221 SACE_1222     TRUE 0.988 -3.000 0.208 NA   NA
 3651970 3651971 SACE_1222 SACE_1223     FALSE 0.011 397.000 0.000 NA   NA
 3651972 3651973 SACE_1224 SACE_1225     TRUE 0.995 -7.000 0.000 0.019 Y NA
 3651973 3651974 SACE_1225 SACE_1227     FALSE 0.012 1089.000 0.000 1.000 N NA
 3651976 3651977 SACE_1229 SACE_1230 indA   TRUE 0.840 6.000 0.012 NA N NA
 3651977 3651978 SACE_1230 SACE_1231   ybeK TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA N NA
 3651978 3651979 SACE_1231 SACE_1232 ybeK allR FALSE 0.165 72.000 0.000 NA N NA
 3651979 3651980 SACE_1232 SACE_1233 allR hpcE FALSE 0.044 245.000 0.000 1.000 N NA
 3651980 3651981 SACE_1233 SACE_1234 hpcE   FALSE 0.108 133.000 0.000 1.000   NA
 3651983 3651984 SACE_1236 SACE_1237   pacB3 FALSE 0.136 106.000 0.000 1.000   NA
 3651984 3651985 SACE_1237 SACE_1238 pacB3   FALSE 0.007 619.000 0.000 NA   NA
 3651988 3651989 SACE_1241 SACE_1242   cyp25 FALSE 0.325 36.000 0.000 1.000 N NA
 3651989 3651990 SACE_1242 SACE_1243 cyp25 rppA TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3651990 3651991 SACE_1243 SACE_1244 rppA   FALSE 0.026 354.000 0.000 1.000 N NA
 3651993 3651994 SACE_1246 SACE_1247   bglC3 TRUE 0.996 -3.000 0.227 1.000 Y NA
 3651995 3651996 SACE_1248 SACE_1249     FALSE 0.105 137.000 0.000 1.000   NA
 3651997 3651998 SACE_1250 SACE_1251     FALSE 0.089 101.000 0.000 NA   NA
 3652000 3652001 SACE_1253 SACE_8020 dapA4   FALSE 0.031 213.000 0.000 NA   NA
 3652003 3652004 SACE_1255 SACE_1256 ydeS   FALSE 0.062 140.000 0.000 NA   NA
 3652004 3652005 SACE_1256 SACE_1257     FALSE 0.069 126.000 0.000 NA   NA
 3652005 3652006 SACE_1257 SACE_1258     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3652006 3652007 SACE_1258 SACE_1259     FALSE 0.141 71.000 0.000 NA   NA
 3652007 3652008 SACE_1259 SACE_1260   guaD FALSE 0.028 289.000 0.000 1.000   NA
 3652008 3652009 SACE_1260 SACE_1261 guaD   TRUE 0.498 140.000 0.154 1.000 N NA
 3652009 3652010 SACE_1261 SACE_1262   atzB TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3652010 3652011 SACE_1262 SACE_1263 atzB   TRUE 0.992 -3.000 0.292 1.000 N NA
 3652011 3652012 SACE_1263 SACE_1264     TRUE 0.999 -9.000 0.765 0.066 Y NA
 3652013 3652014 SACE_1265 SACE_1266     FALSE 0.034 222.000 0.000 NA N NA
 3652014 3652015 SACE_1266 SACE_1267     TRUE 0.670 61.000 0.000 1.000 Y NA
 3652015 3652016 SACE_1267 SACE_1268     TRUE 0.730 35.000 0.000 1.000 Y NA
 3652016 3652017 SACE_1268 SACE_1269     FALSE 0.044 244.000 0.000 1.000 N NA
 3652021 3652022 SACE_1273 SACE_1274     FALSE 0.047 170.000 0.000 NA   NA
 3652022 3652023 SACE_1274 SACE_1275     TRUE 0.987 5.000 0.088 0.060 Y NA
 3652023 3652024 SACE_1275 SACE_1276     TRUE 0.980 33.000 0.762 0.060 Y NA
 3652024 3652025 SACE_1276 SACE_1277     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3652025 3652026 SACE_1277 SACE_8101     FALSE 0.006 946.000 0.000 NA   NA
 3652026 3652027 SACE_8101 SACE_8103     FALSE 0.027 226.000 0.000 NA   NA
 3652028 3652029 SACE_8104 SACE_1280   ilvD FALSE 0.023 240.000 0.000 NA   NA
 3652030 3652031 SACE_1281 SACE_1282   nrdB FALSE 0.015 307.000 0.000 NA   NA
 3652031 3652032 SACE_1282 SACE_1283 nrdB nrdA TRUE 0.961 87.000 0.564 0.001 Y NA
 3652033 3652034 SACE_1284 SACE_1285 bglSf   FALSE 0.123 131.000 0.000 1.000 N NA
 3652034 3652035 SACE_1285 SACE_1286     TRUE 0.616 37.000 0.000 0.088   NA
 3652036 3652037 SACE_1287 SACE_1288     FALSE 0.073 118.000 0.000 NA   NA
 3652037 3652038 SACE_1288 SACE_1289     FALSE 0.007 609.000 0.000 NA   NA
 3652042 3652043 SACE_8022 SACE_1292   ornA FALSE 0.076 114.000 0.000 NA   NA
 3652043 3652044 SACE_1292 SACE_1293 ornA fadD12 FALSE 0.273 60.000 0.000 1.000 N NA
 3652044 3652045 SACE_1293 SACE_1294 fadD12   FALSE 0.021 254.000 0.000 NA   NA
 3652045 3652046 SACE_1294 SACE_1295     FALSE 0.032 208.000 0.000 NA   NA
 3652046 3652047 SACE_1295 SACE_1296     FALSE 0.070 124.000 0.000 NA   NA
 3652048 3652049 SACE_1297 SACE_1298 thiD   FALSE 0.376 24.000 0.000 1.000 N NA
 3652049 3652050 SACE_1298 SACE_1299     FALSE 0.125 79.000 0.000 NA   NA
 3652053 3652054 SACE_1302 SACE_1303     FALSE 0.385 13.000 0.000 NA   NA
 3652055 3652056 SACE_1304 SACE_1305     FALSE 0.025 356.000 0.000 1.000 N NA
 3652056 3652057 SACE_1305 SACE_1306   cdaPSI TRUE 0.984 -453.000 0.000 0.008   NA
 3652057 3652058 SACE_1306 SACE_1307 cdaPSI   FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3652058 3652059 SACE_1307 SACE_1308     TRUE 0.866 -63.000 0.000 NA   NA
 3652059 3652060 SACE_1308 SACE_1309     FALSE 0.062 163.000 0.000 NA N NA
 3652060 3652061 SACE_1309 SACE_1310   amo FALSE 0.085 123.000 0.000 NA N NA
 3652061 3652062 SACE_1310 SACE_1311 amo   FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 3652062 3652063 SACE_1311 SACE_1312   ctaB FALSE 0.160 60.000 0.000 NA   NA
 3652064 3652065 SACE_1313 SACE_1314     TRUE 0.997 -13.000 0.375 0.067   NA
 3652065 3652066 SACE_1314 SACE_1315     FALSE 0.072 121.000 0.000 NA   NA
 3652067 3652068 SACE_1316 SACE_1317 snp3   FALSE 0.058 202.000 0.000 1.000   NA
 3652068 3652069 SACE_1317 SACE_1318     FALSE 0.040 186.000 0.000 NA   NA
 3652070 3652071 SACE_1319 SACE_8023     FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 3652071 3652072 SACE_8023 SACE_1320     FALSE 0.065 135.000 0.000 NA   NA
 3652073 3652074 SACE_1321 SACE_1322     FALSE 0.062 194.000 0.000 1.000   NA
 3652074 3652075 SACE_1322 SACE_1323     FALSE 0.389 124.000 0.053 1.000   NA
 3652075 3652076 SACE_1323 SACE_1324     TRUE 0.729 15.000 0.005 1.000   NA
 3652076 3652077 SACE_1324 SACE_1325   gudB FALSE 0.065 188.000 0.000 1.000   NA
 3652077 3652078 SACE_1325 SACE_1326 gudB   TRUE 0.510 65.000 0.034 NA   NA
 3652078 3652079 SACE_1326 SACE_1327     TRUE 0.992 -7.000 0.305 NA   NA
 3652079 3652080 SACE_1327 SACE_1328     FALSE 0.049 166.000 0.000 NA   NA
 3652081 3652082 SACE_1329 SACE_1330     FALSE 0.065 135.000 0.000 NA   NA
 3652082 3652083 SACE_1330 SACE_1331   glbO FALSE 0.141 272.000 0.055 1.000   NA
 3652083 3652084 SACE_1331 SACE_1332 glbO   TRUE 0.701 42.000 0.083 1.000   NA
 3652084 3652085 SACE_1332 SACE_1333     FALSE 0.404 140.000 0.070 1.000 N NA
 3652088 3652089 SACE_1336 SACE_1337     TRUE 0.986 -13.000 0.118 NA   NA
 3652090 3652091 SACE_1338 SACE_1339     FALSE 0.082 166.000 0.000 1.000   NA
 3652092 3652093 SACE_1340 SACE_1341   aldA FALSE 0.047 221.000 0.000 1.000   NA
 3652093 3652094 SACE_1341 SACE_1342 aldA   FALSE 0.069 197.000 0.000 1.000 N NA
 3652095 3652096 SACE_1343 SACE_1344     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652096 3652097 SACE_1344 SACE_1345     FALSE 0.238 23.000 0.000 NA   NA
 3652097 3652098 SACE_1345 SACE_1346     TRUE 0.763 9.000 0.002 NA   NA
 3652098 3652099 SACE_1346 SACE_1347   blaB3 FALSE 0.024 236.000 0.000 NA   NA
 3652099 3652100 SACE_1347 SACE_1348 blaB3   TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3652101 3652102 SACE_1349 SACE_1350 rpi   TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3652102 3652103 SACE_1350 SACE_1351     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3652104 3652105 SACE_1352 SACE_1353     TRUE 0.855 68.000 0.667 NA   NA
 3652105 3652106 SACE_1353 SACE_1354     FALSE 0.247 60.000 0.000 1.000   NA
 3652106 3652107 SACE_1354 SACE_1355     FALSE 0.260 55.000 0.000 1.000   NA
 3652107 3652108 SACE_1355 SACE_8024     FALSE 0.009 478.000 0.000 NA   NA
 3652109 3652110 SACE_8025 SACE_1357     FALSE 0.030 216.000 0.000 NA   NA
 3652112 3652113 SACE_1359 SACE_1360 tig   FALSE 0.281 268.000 0.018 1.000 Y NA
 3652113 3652114 SACE_1360 SACE_1361     TRUE 0.980 21.000 0.341 0.001 Y NA
 3652114 3652115 SACE_1361 SACE_1362   clpX FALSE 0.339 251.000 0.039 1.000 Y NA
 3652115 3652116 SACE_1362 SACE_1363 clpX   FALSE 0.012 381.000 0.000 NA   NA
 3652117 3652118 SACE_1364 SACE_1365     FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3652118 3652119 SACE_1365 SACE_1366     FALSE 0.076 185.000 0.000 1.000 N NA
 3652120 3652121 SACE_1367 SACE_1368     FALSE 0.068 184.000 0.000 1.000   NA
 3652121 3652122 SACE_1368 SACE_1369     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652122 3652123 SACE_1369 SACE_1370     FALSE 0.067 129.000 0.000 NA   NA
 3652123 3652124 SACE_1370 SACE_1371     FALSE 0.127 78.000 0.000 NA   NA
 3652124 3652125 SACE_1371 SACE_1372     FALSE 0.144 111.000 0.000 1.000 N NA
 3652125 3652126 SACE_1372 SACE_1373     TRUE 0.994 -3.000 0.500 1.000 N NA
 3652126 3652127 SACE_1373 SACE_1374   penA,blaA TRUE 0.620 162.000 0.000 0.003 Y NA
 3652128 3652129 SACE_1375 SACE_1376   cypA FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 3652129 3652130 SACE_1376 SACE_1377 cypA   FALSE 0.013 361.000 0.000 NA   NA
 3652131 3652132 SACE_1378 SACE_1379     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652135 3652136 SACE_1382 SACE_1383     FALSE 0.039 187.000 0.000 NA   NA
 3652137 3652138 SACE_1384 SACE_1385 valS   FALSE 0.028 289.000 0.000 1.000   NA
 3652140 3652141 SACE_1387 SACE_1388 folC   TRUE 0.987 -3.000 0.188 NA   NA
 3652145 3652146 SACE_1392 SACE_1393     FALSE 0.018 276.000 0.000 NA   NA
 3652146 3652147 SACE_1393 SACE_1394     FALSE 0.072 121.000 0.000 NA   NA
 3652147 3652148 SACE_1394 SACE_1395     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3652149 3652150 SACE_1396 SACE_1397     FALSE 0.015 321.000 0.000 NA   NA
 3652150 3652151 SACE_1397 SACE_1398   sti1 FALSE 0.009 485.000 0.000 NA   NA
 3652152 3652153 SACE_1399 SACE_1400     FALSE 0.016 305.000 0.000 NA   NA
 3652153 3652154 SACE_1400 SACE_1401   ndk FALSE 0.133 216.000 0.002 1.000 N NA
 3652154 3652155 SACE_1401 SACE_1402 ndk   TRUE 0.838 6.000 0.002 1.000   NA
 3652155 3652156 SACE_1402 SACE_1403     FALSE 0.071 179.000 0.000 1.000   NA
 3652158 3652159 SACE_1405 SACE_1406     FALSE 0.326 169.000 0.098 NA   NA
 3652159 3652160 SACE_1406 SACE_1407     FALSE 0.127 78.000 0.000 NA   NA
 3652162 3652163 SACE_1409 SACE_1410   pnbA,estB TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3652163 3652164 SACE_1410 SACE_1411 pnbA,estB   TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652165 3652166 SACE_1412 SACE_1413 dmt   TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652167 3652168 SACE_1414 SACE_1415 rplU rpmA TRUE 0.991 15.000 0.667 0.010 Y NA
 3652168 3652169 SACE_1415 SACE_1416 rpmA obgE TRUE 0.770 79.000 0.335 1.000   NA
 3652169 3652170 SACE_1416 SACE_1417 obgE proB TRUE 0.859 20.000 0.206 1.000   NA
 3652170 3652171 SACE_1417 SACE_1418 proB   FALSE 0.224 78.000 0.000 1.000 N NA
 3652171 3652172 SACE_1418 SACE_1419     TRUE 0.888 44.000 0.667 NA N NA
 3652174 3652175 SACE_1421 SACE_1422     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3652177 3652178 SACE_1424 SACE_1425 proA   TRUE 0.570 11.000 0.000 1.000   NA
 3652178 3652179 SACE_1425 SACE_1426   cypA FALSE 0.163 91.000 0.000 1.000   NA
 3652179 3652180 SACE_1426 SACE_1427 cypA   TRUE 0.612 72.000 0.000 0.013 N NA
 3652180 3652181 SACE_1427 SACE_1428   nadD FALSE 0.261 65.000 0.000 1.000 N NA
 3652183 3652184 SACE_1430 SACE_1431     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3652184 3652185 SACE_1431 SACE_1432     FALSE 0.045 174.000 0.000 NA   NA
 3652185 3652186 SACE_1432 SACE_1433     TRUE 0.973 -3.000 0.045 NA   NA
 3652186 3652187 SACE_1433 SACE_1434     TRUE 0.780 41.000 0.224 NA   NA
 3652187 3652188 SACE_1434 SACE_1435     FALSE 0.028 790.000 0.014 NA   NA
 3652188 3652189 SACE_1435 SACE_1436     FALSE 0.215 255.000 0.130 1.000   NA
 3652193 3652194 SACE_1440 SACE_1441     FALSE 0.075 116.000 0.000 NA   NA
 3652194 3652195 SACE_1441 SACE_1442     FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3652195 3652196 SACE_1442 SACE_1443     FALSE 0.028 294.000 0.000 1.000   NA
 3652196 3652197 SACE_1443 SACE_1444     FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3652199 3652200 SACE_1446 SACE_1447 lepA   FALSE 0.209 75.000 0.000 1.000   NA
 3652202 3652203 SACE_1449 SACE_1450 aceA   FALSE 0.037 250.000 0.000 1.000   NA
 3652203 3652204 SACE_1450 SACE_1451     FALSE 0.260 55.000 0.000 1.000   NA
 3652205 3652206 SACE_1452 SACE_1453     FALSE 0.070 124.000 0.000 NA   NA
 3652206 3652207 SACE_1453 SACE_1454     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652207 3652208 SACE_1454 SACE_1455     FALSE 0.078 135.000 0.000 NA N NA
 3652209 3652210 SACE_1456 SACE_1457 mmsA2   FALSE 0.332 218.000 0.197 1.000 N NA
 3652210 3652211 SACE_1457 SACE_1458   echA9 TRUE 0.816 119.000 0.318 1.000 Y NA
 3652211 3652212 SACE_1458 SACE_1459 echA9 mmsB TRUE 0.527 97.000 0.000 1.000 Y NA
 3652212 3652213 SACE_1459 SACE_1460 mmsB   FALSE 0.056 154.000 0.000 NA   NA
 3652213 3652214 SACE_1460 SACE_1461     TRUE 0.789 22.000 0.143 NA   NA
 3652214 3652215 SACE_1461 SACE_1462     TRUE 0.613 54.000 0.062 NA   NA
 3652215 3652216 SACE_1462 SACE_1463     FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3652218 3652219 SACE_1465 SACE_1466     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3652220 3652221 SACE_1467 SACE_1468 draG1 draG3 TRUE 0.903 7.000 0.000 NA Y NA
 3652221 3652222 SACE_1468 SACE_1469 draG3   FALSE 0.029 218.000 0.000 NA   NA
 3652222 3652223 SACE_1469 SACE_1470     FALSE 0.019 271.000 0.000 NA   NA
 3652223 3652224 SACE_1470 SACE_1471     FALSE 0.049 167.000 0.000 NA   NA
 3652224 3652225 SACE_1471 SACE_1472     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3652225 3652226 SACE_1472 SACE_1473   cysN FALSE 0.386 148.000 0.075 1.000   NA
 3652226 3652227 SACE_1473 SACE_1474 cysN cysD TRUE 0.995 3.000 0.925 0.001 N NA
 3652227 3652228 SACE_1474 SACE_1475 cysD cysH TRUE 0.851 38.000 0.046 1.000 Y NA
 3652228 3652229 SACE_1475 SACE_1476 cysH nirA FALSE 0.305 161.000 0.041 1.000 N NA
 3652232 3652233 SACE_1479 SACE_1480 hrcA dnaJ1 TRUE 0.560 85.000 0.064 1.000 N NA
 3652233 3652234 SACE_1480 SACE_1481 dnaJ1 sdrD TRUE 0.936 2.000 0.073 NA   NA
 3652234 3652235 SACE_1481 SACE_1482 sdrD   FALSE 0.093 282.000 0.034 NA   NA
 3652235 3652236 SACE_1482 SACE_1483   phoH FALSE 0.268 169.000 0.032 1.000 N NA
 3652236 3652237 SACE_1483 SACE_1484 phoH   TRUE 0.993 -3.000 0.457 NA   NA
 3652237 3652238 SACE_1484 SACE_1485     TRUE 0.668 85.000 0.222 NA   NA
 3652238 3652239 SACE_1485 SACE_1486     TRUE 0.539 58.000 0.036 NA   NA
 3652239 3652240 SACE_1486 SACE_1487   era FALSE 0.112 256.000 0.037 NA   NA
 3652240 3652241 SACE_1487 SACE_1488 era   FALSE 0.350 129.000 0.000 0.061   NA
 3652241 3652242 SACE_1488 SACE_1489     TRUE 0.555 99.000 0.000 0.000   NA
 3652242 3652243 SACE_1489 SACE_1490     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3652245 3652246 SACE_1492 SACE_1493 recO   FALSE 0.296 36.000 0.000 1.000   NA
 3652246 3652247 SACE_1493 SACE_1494     FALSE 0.138 105.000 0.000 1.000   NA
 3652247 3652248 SACE_1494 SACE_1495     TRUE 0.963 -3.000 0.017 NA   NA
 3652248 3652249 SACE_1495 SACE_1496     FALSE 0.017 286.000 0.000 NA   NA
 3652249 3652250 SACE_1496 SACE_1497     TRUE 0.967 0.000 0.155 NA   NA
 3652251 3652252 SACE_1498 SACE_1499     TRUE 0.994 -3.000 0.207 0.097 N NA
 3652253 3652254 SACE_1500 SACE_1501 glyS   FALSE 0.209 137.000 0.004 NA   NA
 3652254 3652255 SACE_1501 SACE_1502   dgt TRUE 0.586 78.000 0.099 NA   NA
 3652255 3652256 SACE_1502 SACE_1503 dgt   FALSE 0.026 228.000 0.000 NA   NA
 3652256 3652257 SACE_1503 SACE_1504     FALSE 0.102 91.000 0.000 NA   NA
 3652259 3652260 SACE_1506 SACE_1507 dnaG   TRUE 0.574 21.000 0.004 NA   NA
 3652260 3652261 SACE_1507 SACE_1508   tam TRUE 0.560 31.000 0.017 NA   NA
 3652261 3652262 SACE_1508 SACE_8026 tam   FALSE 0.071 122.000 0.000 NA   NA
 3652262 3652263 SACE_8026 SACE_1509     FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3652263 3652264 SACE_1509 SACE_1510     FALSE 0.009 478.000 0.000 NA   NA
 3652264 3652265 SACE_1510 SACE_1511     FALSE 0.006 773.000 0.000 NA   NA
 3652267 3652268 SACE_1512 SACE_1513   add FALSE 0.069 182.000 0.000 1.000   NA
 3652269 3652270 SACE_1514 SACE_1515     TRUE 0.988 -3.000 0.213 NA   NA
 3652271 3652272 SACE_1516 SACE_1517     FALSE 0.020 258.000 0.000 NA   NA
 3652272 3652273 SACE_1517 SACE_1518     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652273 3652274 SACE_1518 SACE_1519     FALSE 0.040 186.000 0.000 NA   NA
 3652276 3652277 SACE_1521 SACE_1522     FALSE 0.193 199.000 0.046 NA   NA
 3652278 3652279 SACE_1523 SACE_1524 fabF acpM TRUE 0.992 -3.000 0.040 1.000 Y NA
 3652279 3652280 SACE_1524 SACE_1525 acpM   TRUE 0.936 63.000 0.109 0.003 Y NA
 3652280 3652281 SACE_1525 SACE_1526   fabD TRUE 0.995 -3.000 0.108 1.000 Y NA
 3652281 3652282 SACE_1526 SACE_1527 fabD   FALSE 0.217 412.000 0.441 NA N NA
 3652285 3652286 SACE_1530 SACE_1531     FALSE 0.258 56.000 0.000 1.000   NA
 3652288 3652289 SACE_1533 SACE_1534   ahpE TRUE 0.744 103.000 0.575 NA   NA
 3652289 3652290 SACE_1534 SACE_8028 ahpE   FALSE 0.085 104.000 0.000 NA   NA
 3652291 3652292 SACE_1535 SACE_1536     TRUE 0.918 3.000 0.037 1.000   NA
 3652293 3652294 SACE_1537 SACE_1538 galE   FALSE 0.117 122.000 0.000 1.000   NA
 3652294 3652295 SACE_1538 SACE_1539     FALSE 0.012 370.000 0.000 NA   NA
 3652296 3652297 SACE_1540 SACE_1541     TRUE 0.682 52.000 0.000 0.005   NA
 3652297 3652298 SACE_1541 SACE_1542     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3652299 3652300 SACE_1543 SACE_1544     FALSE 0.061 144.000 0.000 NA   NA
 3652301 3652302 SACE_1545 SACE_1546     FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3652305 3652306 SACE_1549 SACE_1550     TRUE 0.826 13.000 0.042 1.000   NA
 3652306 3652307 SACE_1550 SACE_1551   alpH TRUE 0.960 7.000 0.350 1.000   NA
 3652307 3652308 SACE_1551 SACE_1552 alpH   TRUE 0.997 3.000 0.551 0.000 Y NA
 3652308 3652309 SACE_1552 SACE_1553     FALSE 0.347 153.000 0.082 NA   NA
 3652309 3652310 SACE_1553 SACE_1554     FALSE 0.008 558.000 0.000 NA   NA
 3652310 3652311 SACE_1554 SACE_1555     FALSE 0.010 413.000 0.000 NA   NA
 3652313 3652314 SACE_1557 SACE_1558     FALSE 0.065 1008.000 0.000 0.001   NA
 3652315 3652316 SACE_1559 SACE_1560     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652316 3652317 SACE_1560 SACE_1561     TRUE 0.901 57.000 1.000 NA   NA
 3652317 3652318 SACE_1561 SACE_1562     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3652318 3652319 SACE_1562 SACE_1563     TRUE 0.993 -3.000 0.423 NA   NA
 3652319 3652320 SACE_1563 SACE_1564     FALSE 0.111 87.000 0.000 NA   NA
 3652321 3652322 SACE_1565 SACE_1566 kdgR lys1 FALSE 0.012 612.000 0.000 1.000   NA
 3652324 3652325 SACE_1568 SACE_1569     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3652326 3652327 SACE_1570 SACE_1571     TRUE 0.663 38.000 0.074 NA   NA
 3652327 3652328 SACE_1571 SACE_1572     TRUE 0.960 9.000 0.500 NA   NA
 3652328 3652329 SACE_1572 SACE_1573     TRUE 0.986 -3.000 0.174 NA   NA
 3652333 3652334 SACE_1577 SACE_1578     TRUE 0.607 53.000 0.057 NA   NA
 3652334 3652335 SACE_1578 SACE_1579     TRUE 0.588 30.000 0.019 NA N NA
 3652336 3652337 SACE_1580 SACE_1581   cobC FALSE 0.434 11.000 0.000 NA   NA
 3652337 3652338 SACE_1581 SACE_1582 cobC   TRUE 0.807 19.000 0.121 NA   NA
 3652338 3652339 SACE_1582 SACE_1583     TRUE 0.993 -3.000 0.468 NA   NA
 3652339 3652340 SACE_1583 SACE_1584     TRUE 0.993 -3.000 0.422 NA   NA
 3652340 3652341 SACE_1584 SACE_1585     FALSE 0.301 189.000 0.000 1.000 Y NA
 3652341 3652342 SACE_1585 SACE_1586     TRUE 0.956 17.000 0.231 1.000 Y NA
 3652342 3652343 SACE_1586 SACE_1587     TRUE 0.972 50.000 0.615 0.058 Y NA
 3652343 3652344 SACE_1587 SACE_1588     TRUE 0.999 -3.000 0.692 0.058 Y NA
 3652344 3652345 SACE_1588 SACE_1589     TRUE 0.983 8.000 0.348 1.000 Y NA
 3652345 3652346 SACE_1589 SACE_1590     TRUE 0.983 9.000 0.478 NA Y NA
 3652346 3652347 SACE_1590 SACE_1593     FALSE 0.006 1431.000 0.000 NA   NA
 3652347 3652348 SACE_1593 SACE_1594     TRUE 0.977 7.000 0.833 NA   NA
 3652348 3652349 SACE_1594 SACE_1595     TRUE 0.881 50.000 0.667 NA   NA
 3652349 3652350 SACE_1595 SACE_1596     TRUE 0.812 93.000 0.800 NA   NA
 3652350 3652351 SACE_1596 SACE_1597     TRUE 0.909 35.000 0.800 NA   NA
 3652351 3652352 SACE_1597 SACE_1598     TRUE 0.980 2.000 0.500 NA   NA
 3652352 3652353 SACE_1598 SACE_1599     TRUE 0.771 75.000 0.375 NA   NA
 3652353 3652354 SACE_1599 SACE_1600   rnr FALSE 0.018 275.000 0.000 NA   NA
 3652354 3652355 SACE_1600 SACE_1601 rnr   FALSE 0.174 88.000 0.000 1.000   NA
 3652355 3652356 SACE_1601 SACE_1602     FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3652356 3652357 SACE_1602 SACE_1603     FALSE 0.060 146.000 0.000 NA   NA
 3652358 3652359 SACE_1604 SACE_1605 panB pheC FALSE 0.099 160.000 0.000 1.000 N NA
 3652359 3652360 SACE_1605 SACE_1606 pheC   FALSE 0.180 92.000 0.000 1.000 N NA
 3652360 3652361 SACE_1606 SACE_1607     FALSE 0.050 229.000 0.000 1.000 N NA
 3652361 3652362 SACE_1607 SACE_1608     FALSE 0.012 661.000 0.000 1.000   NA
 3652362 3652363 SACE_1608 SACE_1609   helZ TRUE 0.992 -7.000 0.222 1.000   NA
 3652363 3652364 SACE_1609 SACE_1610 helZ nadE TRUE 0.670 28.000 0.000 0.086 N NA
 3652365 3652366 SACE_1611 SACE_1612     FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3652366 3652367 SACE_1612 SACE_1613   glnA2 FALSE 0.269 62.000 0.000 1.000 N NA
 3652367 3652368 SACE_1613 SACE_1614 glnA2   FALSE 0.211 83.000 0.000 1.000 N NA
 3652368 3652369 SACE_1614 SACE_8105     FALSE 0.007 626.000 0.000 NA   NA
 3652369 3652370 SACE_8105 SACE_8107     FALSE 0.027 226.000 0.000 NA   NA
 3652375 3652376 SACE_1618 SACE_1619   glnE TRUE 0.512 67.000 0.014 1.000 N NA
 3652376 3652377 SACE_1619 SACE_1620 glnE   FALSE 0.271 61.000 0.000 1.000 N NA
 3652377 3652378 SACE_1620 SACE_1622     FALSE 0.013 711.000 0.000 1.000 N NA
 3652381 3652382 SACE_1625 SACE_1626   lipA FALSE 0.420 102.000 0.059 NA   NA
 3652382 3652383 SACE_1626 SACE_1627 lipA   FALSE 0.472 67.000 0.003 1.000 N NA
 3652388 3652389 SACE_1632 SACE_1633     TRUE 0.914 12.000 0.167 1.000 N NA
 3652390 3652391 SACE_1634 SACE_1635     TRUE 0.906 15.000 0.286 NA   NA
 3652391 3652392 SACE_1635 SACE_1636   lipB FALSE 0.147 68.000 0.000 NA   NA
 3652392 3652393 SACE_1636 SACE_1637 lipB   TRUE 0.736 67.000 0.019 0.050   NA
 3652393 3652394 SACE_1637 SACE_1638   sucB FALSE 0.443 205.000 0.333 1.000   NA
 3652394 3652395 SACE_1638 SACE_1639 sucB dldH2 TRUE 0.912 71.000 0.379 1.000 Y NA
 3652397 3652398 SACE_1641 SACE_1642   pepB FALSE 0.208 84.000 0.000 1.000 N NA
 3652399 3652400 SACE_1643 SACE_1644     TRUE 0.503 7.000 0.000 NA   NA
 3652402 3652403 SACE_1646 SACE_1647     FALSE 0.117 122.000 0.000 1.000   NA
 3652403 3652404 SACE_1647 SACE_1648     TRUE 0.607 101.000 0.190 1.000   NA
 3652405 3652406 SACE_1649 SACE_1650 cobS cobT TRUE 0.825 111.000 0.039 0.006 Y NA
 3652406 3652407 SACE_1650 SACE_1651 cobT cobU TRUE 0.858 41.000 0.060 1.000 Y NA
 3652407 3652408 SACE_1651 SACE_1652 cobU   FALSE 0.432 82.000 0.006 1.000 N NA
 3652408 3652409 SACE_1652 SACE_1653     TRUE 0.724 67.000 0.214 NA   NA
 3652412 3652413 SACE_1656 SACE_1657 adoK   FALSE 0.164 100.000 0.000 1.000 N NA
 3652413 3652414 SACE_1657 SACE_1658   amlB FALSE 0.120 135.000 0.000 1.000 N NA
 3652415 3652416 SACE_1659 SACE_1660     TRUE 0.832 63.000 0.000 0.018 Y NA
 3652416 3652417 SACE_1660 SACE_1661     FALSE 0.069 197.000 0.000 1.000 N NA
 3652419 3652420 SACE_1663 SACE_1664     FALSE 0.039 243.000 0.000 1.000   NA
 3652420 3652421 SACE_1664 SACE_1665     TRUE 0.996 3.000 0.516 0.058 Y NA
 3652421 3652422 SACE_1665 SACE_1666     TRUE 0.982 20.000 0.552 0.058 Y NA
 3652423 3652424 SACE_1667 SACE_1668 malR aglA FALSE 0.141 113.000 0.000 1.000 N NA
 3652424 3652425 SACE_1668 SACE_1669 aglA   FALSE 0.131 109.000 0.000 1.000   NA
 3652426 3652427 SACE_1670 SACE_1671 glsA   FALSE 0.331 35.000 0.000 1.000 N NA
 3652427 3652428 SACE_1671 SACE_1672     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3652428 3652429 SACE_1672 SACE_1673     TRUE 0.993 -7.000 0.046 NA Y NA
 3652429 3652430 SACE_1673 SACE_1674     TRUE 0.676 40.000 0.000 NA Y NA
 3652431 3652432 SACE_1675 SACE_1676     FALSE 0.168 56.000 0.000 NA   NA
 3652434 3652435 SACE_1678 SACE_1679 ctaC   TRUE 0.821 44.000 0.342 NA   NA
 3652435 3652436 SACE_1679 SACE_1680     FALSE 0.061 143.000 0.000 NA   NA
 3652437 3652438 SACE_1681 SACE_1682 trpD   TRUE 0.638 20.000 0.019 NA   NA
 3652438 3652439 SACE_1682 SACE_1683     FALSE 0.091 99.000 0.000 NA   NA
 3652440 3652441 SACE_1684 SACE_1685 ctaE qcrC TRUE 0.805 65.000 0.000 0.064 Y NA
 3652441 3652442 SACE_1685 SACE_1686 qcrC   TRUE 0.998 -3.000 0.189 0.064 Y NA
 3652442 3652443 SACE_1686 SACE_1687   qcrB TRUE 0.999 -3.000 0.660 0.001 Y NA
 3652444 3652445 SACE_1688 SACE_1689     FALSE 0.115 85.000 0.000 NA   NA
 3652446 3652447 SACE_1690 SACE_1692     FALSE 0.007 642.000 0.000 NA   NA
 3652447 3652448 SACE_1692 SACE_1693     FALSE 0.053 159.000 0.000 NA   NA
 3652450 3652451 SACE_1695 SACE_1696     TRUE 0.608 26.000 0.026 NA   NA
 3652451 3652452 SACE_1696 SACE_1697     TRUE 0.487 111.000 0.130 NA   NA
 3652452 3652453 SACE_1697 SACE_1698   arsA TRUE 0.876 20.000 0.316 NA   NA
 3652453 3652454 SACE_1698 SACE_1699 arsA   TRUE 0.931 6.000 0.154 NA   NA
 3652454 3652455 SACE_1699 SACE_1700   glk TRUE 0.872 -6.000 0.000 NA   NA
 3652457 3652458 SACE_1702 SACE_1703     TRUE 0.690 44.000 0.075 1.000   NA
 3652458 3652459 SACE_1703 SACE_1704   pfkA TRUE 0.545 106.000 0.132 1.000   NA
 3652459 3652460 SACE_1704 SACE_1705 pfkA   FALSE 0.343 129.000 0.000 0.085 N NA
 3652460 3652461 SACE_1705 SACE_1706     TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.018 Y NA
 3652461 3652462 SACE_1706 SACE_1707     FALSE 0.026 312.000 0.000 1.000   NA
 3652462 3652463 SACE_1707 SACE_1708   aroG FALSE 0.091 156.000 0.000 1.000   NA
 3652464 3652465 SACE_1709 SACE_1710     FALSE 0.027 225.000 0.000 NA   NA
 3652466 3652467 SACE_1711 SACE_1712     FALSE 0.007 608.000 0.000 NA   NA
 3652468 3652469 SACE_1713 SACE_1714 crtI   TRUE 0.971 0.000 0.138 1.000 N NA
 3652470 3652471 SACE_1715 SACE_1716 metF   FALSE 0.132 75.000 0.000 NA   NA
 3652477 3652478 SACE_1722 SACE_1723     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652479 3652480 SACE_1724 SACE_1725     FALSE 0.013 355.000 0.000 NA   NA
 3652480 3652481 SACE_1725 SACE_1726     TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3652481 3652482 SACE_1726 SACE_1727     FALSE 0.023 244.000 0.000 NA   NA
 3652482 3652483 SACE_1727 SACE_1728     FALSE 0.047 169.000 0.000 NA   NA
 3652483 3652484 SACE_1728 SACE_1729     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3652484 3652485 SACE_1729 SACE_1730   lhr FALSE 0.054 209.000 0.000 1.000   NA
 3652485 3652486 SACE_1730 SACE_1731 lhr   FALSE 0.181 44.000 0.000 NA   NA
 3652491 3652492 SACE_1736 SACE_1737 recA   FALSE 0.113 1052.000 0.296 1.000   NA
 3652492 3652493 SACE_1737 SACE_1738     FALSE 0.128 111.000 0.000 1.000   NA
 3652494 3652495 SACE_1739 SACE_1740 kdgA edd TRUE 0.946 44.000 0.523 1.000 Y NA
 3652496 3652497 SACE_1741 SACE_1742     FALSE 0.020 259.000 0.000 NA   NA
 3652498 3652499 SACE_1743 SACE_1744 gluD   TRUE 0.999 -3.000 0.375 0.004 Y NA
 3652499 3652500 SACE_1744 SACE_1745   gluB1 TRUE 0.960 77.000 0.625 0.058 Y NA
 3652500 3652501 SACE_1745 SACE_1746 gluB1   TRUE 0.891 32.000 0.086 1.000 Y NA
 3652502 3652503 SACE_1747 SACE_1748     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3652503 3652504 SACE_1748 SACE_1749     FALSE 0.187 39.000 0.000 NA   NA
 3652506 3652507 SACE_1751 SACE_1752   miaA TRUE 0.595 59.000 0.043 1.000   NA
 3652507 3652508 SACE_1752 SACE_1753 miaA dapF TRUE 0.887 10.000 0.062 1.000 N NA
 3652508 3652509 SACE_1753 SACE_1754 dapF hflX TRUE 0.539 63.000 0.025 1.000   NA
 3652509 3652510 SACE_1754 SACE_1755 hflX   TRUE 0.516 48.000 0.003 1.000   NA
 3652511 3652512 SACE_1756 SACE_1757 tpase1   FALSE 0.183 42.000 0.000 NA   NA
 3652512 3652513 SACE_1757 SACE_1758     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3652513 3652514 SACE_1758 SACE_1759     TRUE 0.994 -13.000 0.000 0.065 Y NA
 3652514 3652515 SACE_1759 SACE_1760     FALSE 0.047 994.000 0.000 0.058 N NA
 3652516 3652517 SACE_1761 SACE_1763     FALSE 0.031 809.000 0.004 1.000   NA
 3652517 3652518 SACE_1763 SACE_1764     FALSE 0.410 224.000 0.032 0.001 N NA
 3652518 3652519 SACE_1764 SACE_1765     FALSE 0.180 86.000 0.000 1.000   NA
 3652521 3652522 SACE_1767 SACE_1768     TRUE 0.586 10.000 0.000 1.000   NA
 3652522 3652523 SACE_1768 SACE_1769     TRUE 0.814 49.000 0.250 1.000 N NA
 3652525 3652526 SACE_1771 SACE_1772 pepX   FALSE 0.122 117.000 0.000 1.000   NA
 3652526 3652527 SACE_1772 SACE_1773     FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3652528 3652529 SACE_1774 SACE_1775 galE galK TRUE 0.825 70.000 0.051 0.001 N NA
 3652529 3652530 SACE_1775 SACE_1776 galK   TRUE 0.966 -3.000 0.006 1.000   NA
 3652531 3652532 SACE_1777 SACE_1779 sseA acuC FALSE 0.040 750.000 0.017 1.000 N NA
 3652532 3652533 SACE_1779 SACE_1780 acuC   TRUE 0.819 23.000 0.150 1.000 N NA
 3652533 3652534 SACE_1780 SACE_1781     FALSE 0.011 398.000 0.000 NA   NA
 3652539 3652540 SACE_1786 SACE_1787 sigB   FALSE 0.072 345.000 0.008 1.000 N NA
 3652540 3652541 SACE_1787 SACE_1788     FALSE 0.259 132.000 0.004 1.000   NA
 3652542 3652543 SACE_1789 SACE_1790     FALSE 0.009 467.000 0.000 NA   NA
 3652545 3652546 SACE_1792 SACE_1793     TRUE 0.574 92.000 0.153 NA   NA
 3652548 3652549 SACE_1795 SACE_1796     FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 3652549 3652550 SACE_1796 SACE_1797   csd FALSE 0.450 10.000 0.000 NA   NA
 3652551 3652552 SACE_1798 SACE_1800     FALSE 0.006 789.000 0.000 NA   NA
 3652552 3652553 SACE_1800 SACE_1801   sigA FALSE 0.050 164.000 0.000 NA   NA
 3652553 3652554 SACE_1801 SACE_1802 sigA ppgK FALSE 0.409 242.000 0.075 1.000 Y NA
 3652559 3652560 SACE_1807 SACE_1808     TRUE 0.922 4.000 0.078 NA   NA
 3652560 3652561 SACE_1808 SACE_1809     FALSE 0.139 465.000 0.253 NA   NA
 3652561 3652562 SACE_1809 SACE_1810     FALSE 0.179 48.000 0.000 NA   NA
 3652563 3652564 SACE_1811 SACE_1812 trkA   TRUE 0.996 0.000 0.162 0.002 Y NA
 3652565 3652566 SACE_1813 SACE_1814     TRUE 0.981 -3.000 0.082 NA N NA
 3652566 3652567 SACE_1814 SACE_1815   dxs FALSE 0.093 257.000 0.014 NA N NA
 3652567 3652568 SACE_1815 SACE_1816 dxs   FALSE 0.026 229.000 0.000 NA   NA
 3652568 3652569 SACE_1816 SACE_1817     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3652569 3652570 SACE_1817 SACE_1818   cutS TRUE 0.972 26.000 0.889 1.000 Y NA
 3652571 3652572 SACE_1819 SACE_1820     FALSE 0.065 188.000 0.000 1.000   NA
 3652573 3652574 SACE_1821 SACE_1822   cotA,pig TRUE 0.992 -3.000 0.375 NA   NA
 3652575 3652576 SACE_1823 SACE_1824     TRUE 0.998 -3.000 0.812 NA Y NA
 3652576 3652577 SACE_1824 SACE_1826   tpase1 FALSE 0.008 712.000 0.000 NA N NA
 3652577 3652578 SACE_1826 SACE_1827 tpase1   FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3652578 3652579 SACE_1827 SACE_1828     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3652580 3652581 SACE_1830 SACE_1831     FALSE 0.141 71.000 0.000 NA   NA
 3652582 3652583 SACE_1832 SACE_1833     TRUE 0.563 115.000 0.017 0.058 N NA
 3652583 3652584 SACE_1833 SACE_1835     FALSE 0.006 981.000 0.000 NA   NA
 3652585 3652586 SACE_1836 SACE_1837 hemE hemG TRUE 0.979 12.000 0.049 0.001 Y NA
 3652586 3652587 SACE_1837 SACE_1838 hemG   TRUE 0.781 27.000 0.158 NA   NA
 3652587 3652588 SACE_1838 SACE_1839     FALSE 0.064 136.000 0.000 NA   NA
 3652590 3652591 SACE_1841 SACE_1842     FALSE 0.105 137.000 0.000 1.000   NA
 3652594 3652595 SACE_1845 SACE_1846 msrB   TRUE 0.527 71.000 0.048 NA   NA
 3652595 3652596 SACE_1846 SACE_1847     FALSE 0.210 32.000 0.000 NA   NA
 3652597 3652598 SACE_1848 SACE_1849 yfbT   TRUE 0.570 11.000 0.000 1.000   NA
 3652599 3652600 SACE_1850 SACE_1851     FALSE 0.015 319.000 0.000 NA   NA
 3652600 3652601 SACE_1851 SACE_1852     FALSE 0.145 69.000 0.000 NA   NA
 3652601 3652602 SACE_1852 SACE_1853     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3652602 3652603 SACE_1853 SACE_1854     FALSE 0.196 36.000 0.000 NA   NA
 3652605 3652606 SACE_1856 SACE_1857 ard slpD FALSE 0.013 356.000 0.000 NA   NA
 3652607 3652608 SACE_1858 SACE_1859     FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3652609 3652610 SACE_1860 SACE_1861   ligC TRUE 0.619 10.000 0.000 1.000 N NA
 3652610 3652611 SACE_1861 SACE_1862 ligC   FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3652611 3652612 SACE_1862 SACE_1863     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652612 3652613 SACE_1863 SACE_1864     TRUE 0.552 5.000 0.000 NA   NA
 3652613 3652614 SACE_1864 SACE_1865     TRUE 0.992 -3.000 0.417 NA   NA
 3652614 3652615 SACE_1865 SACE_1866     TRUE 0.483 127.000 0.167 NA   NA
 3652615 3652616 SACE_1866 SACE_1867     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3652616 3652617 SACE_1867 SACE_1868     TRUE 0.846 37.000 0.400 NA   NA
 3652617 3652618 SACE_1868 SACE_1869     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3652618 3652619 SACE_1869 SACE_1870   sigT TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3652619 3652620 SACE_1870 SACE_1871 sigT ribD TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3652621 3652622 SACE_1872 SACE_1873     FALSE 0.022 246.000 0.000 NA   NA
 3652623 3652624 SACE_1874 SACE_1875   rocD FALSE 0.073 190.000 0.000 1.000 N NA
 3652625 3652626 SACE_1876 SACE_1877     FALSE 0.024 237.000 0.000 NA   NA
 3652627 3652628 SACE_1878 SACE_1879     FALSE 0.198 79.000 0.000 1.000   NA
 3652629 3652630 SACE_1880 SACE_1881     FALSE 0.020 258.000 0.000 NA   NA
 3652630 3652631 SACE_1881 SACE_1882     TRUE 0.996 -7.000 0.111 1.000 Y NA
 3652631 3652632 SACE_1882 SACE_1883     TRUE 0.858 56.000 0.111 NA Y NA
 3652634 3652635 SACE_1885 SACE_1886     FALSE 0.136 73.000 0.000 NA   NA
 3652639 3652640 SACE_1890 SACE_1891     TRUE 0.997 0.000 0.450 0.057 Y NA
 3652640 3652641 SACE_1891 SACE_1892     TRUE 0.999 -7.000 0.818 0.057 Y NA
 3652641 3652642 SACE_1892 SACE_1893     TRUE 0.882 12.000 0.000 1.000 Y NA
 3652642 3652643 SACE_1893 SACE_1895     FALSE 0.012 677.000 0.000 1.000   NA
 3652643 3652644 SACE_1895 SACE_1896     FALSE 0.230 25.000 0.000 NA   NA
 3652644 3652645 SACE_1896 SACE_1897   afsR FALSE 0.021 253.000 0.000 NA   NA
 3652646 3652647 SACE_1898 SACE_1899     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3652647 3652648 SACE_1899 SACE_1900     FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 3652648 3652649 SACE_1900 SACE_1901     FALSE 0.022 251.000 0.000 NA   NA
 3652651 3652652 SACE_1903 SACE_1904     FALSE 0.027 225.000 0.000 NA   NA
 3652652 3652653 SACE_1904 SACE_1905     FALSE 0.193 81.000 0.000 1.000   NA
 3652658 3652659 SACE_1910 SACE_1911   fadE7 TRUE 0.723 63.000 0.143 1.000 N NA
 3652659 3652660 SACE_1911 SACE_1912 fadE7 aprA FALSE 0.024 331.000 0.000 1.000   NA
 3652661 3652662 SACE_1913 SACE_1914 fabG3   FALSE 0.304 44.000 0.000 1.000 N NA
 3652663 3652664 SACE_1915 SACE_1916     TRUE 0.751 19.000 0.000 0.057   NA
 3652666 3652667 SACE_1918 SACE_1919     TRUE 0.855 47.000 0.000 0.018 Y NA
 3652667 3652668 SACE_1919 SACE_1920     FALSE 0.357 22.000 0.000 1.000   NA
 3652668 3652669 SACE_1920 SACE_1921     FALSE 0.042 232.000 0.000 1.000   NA
 3652669 3652670 SACE_1921 SACE_1922   ackA TRUE 0.989 -3.000 0.179 1.000 N NA
 3652670 3652671 SACE_1922 SACE_1923 ackA   FALSE 0.174 53.000 0.000 NA   NA
 3652671 3652672 SACE_1923 SACE_1924     TRUE 0.853 35.000 0.400 NA   NA
 3652673 3652674 SACE_1925 SACE_1926     FALSE 0.021 254.000 0.000 NA   NA
 3652674 3652675 SACE_1926 SACE_1927     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3652675 3652676 SACE_1927 SACE_1928     TRUE 0.987 -3.000 0.182 NA   NA
 3652676 3652677 SACE_1928 SACE_1929     FALSE 0.124 115.000 0.000 1.000   NA
 3652678 3652679 SACE_1930 SACE_1931     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3652679 3652680 SACE_1931 SACE_1932     TRUE 0.710 52.000 0.100 1.000   NA
 3652680 3652681 SACE_1932 SACE_1933     FALSE 0.152 65.000 0.000 NA   NA
 3652682 3652683 SACE_1934 SACE_1935   gcl FALSE 0.071 180.000 0.000 1.000   NA
 3652683 3652684 SACE_1935 SACE_1936 gcl   FALSE 0.421 18.000 0.000 1.000   NA
 3652685 3652686 SACE_1937 SACE_1938 gltP1   FALSE 0.109 88.000 0.000 NA   NA
 3652686 3652687 SACE_1938 SACE_1939     FALSE 0.078 111.000 0.000 NA   NA
 3652688 3652689 SACE_1940 SACE_1941 lacZ2   FALSE 0.022 248.000 0.000 NA   NA
 3652692 3652693 SACE_1944 SACE_1945     FALSE 0.085 174.000 0.000 1.000 N NA
 3652694 3652695 SACE_1946 SACE_1947     TRUE 0.622 75.000 0.000 1.000 Y NA
 3652696 3652697 SACE_1948 SACE_1949     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3652697 3652698 SACE_1949 SACE_1950     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 3652700 3652701 SACE_1952 SACE_1953   cvnA5 FALSE 0.017 490.000 0.000 1.000 N NA
 3652701 3652702 SACE_1953 SACE_1954 cvnA5 cvnB11 TRUE 0.920 20.000 0.600 NA   NA
 3652702 3652703 SACE_1954 SACE_1955 cvnB11   TRUE 0.969 10.000 0.750 NA   NA
 3652703 3652704 SACE_1955 SACE_1956   cvnD6 TRUE 0.897 23.000 0.500 NA   NA
 3652705 3652706 SACE_1957 SACE_1958 tnaA   TRUE 0.728 39.000 0.143 NA   NA
 3652706 3652707 SACE_1958 SACE_8029     FALSE 0.006 929.000 0.000 NA   NA
 3652707 3652708 SACE_8029 SACE_1960     FALSE 0.178 50.000 0.000 NA   NA
 3652709 3652710 SACE_1961 SACE_8030     FALSE 0.046 172.000 0.000 NA   NA
 3652710 3652711 SACE_8030 SACE_8031     FALSE 0.180 46.000 0.000 NA   NA
 3652711 3652712 SACE_8031 SACE_8032     TRUE 0.636 2.000 0.000 NA   NA
 3652715 3652716 SACE_1964 SACE_1965     FALSE 0.168 56.000 0.000 NA   NA
 3652717 3652718 SACE_1966 SACE_1967     FALSE 0.172 96.000 0.000 1.000 N NA
 3652718 3652719 SACE_1967 SACE_1968     FALSE 0.298 51.000 0.000 1.000 N NA
 3652719 3652720 SACE_1968 SACE_1969     FALSE 0.153 64.000 0.000 NA   NA
 3652722 3652723 SACE_1971 SACE_1972     TRUE 0.990 -3.000 0.273 NA   NA
 3652724 3652725 SACE_1973 SACE_1974     FALSE 0.233 24.000 0.000 NA   NA
 3652725 3652726 SACE_1974 SACE_1975     FALSE 0.022 246.000 0.000 NA   NA
 3652726 3652727 SACE_1975 SACE_1976     TRUE 0.997 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 3652729 3652730 SACE_1978 SACE_1979     FALSE 0.123 255.000 0.024 1.000 N NA
 3652733 3652734 SACE_1982 SACE_1983     FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3652737 3652738 SACE_1986 SACE_1987 coaA,panK,rts   FALSE 0.065 202.000 0.000 1.000 N NA
 3652739 3652740 SACE_1988 SACE_1989   cya TRUE 0.997 -19.000 0.200 1.000 Y NA
 3652740 3652741 SACE_1989 SACE_1990 cya   FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3652741 3652742 SACE_1990 SACE_1991     FALSE 0.016 300.000 0.000 NA   NA
 3652742 3652743 SACE_1991 SACE_1992     TRUE 0.920 25.000 0.633 1.000 N NA
 3652749 3652750 SACE_1998 SACE_1999     FALSE 0.035 276.000 0.000 1.000 N NA
 3652750 3652751 SACE_1999 SACE_2000     TRUE 0.836 45.000 0.000 0.064 Y NA
 3652753 3652754 SACE_2002 SACE_2003     TRUE 0.654 1.000 0.000 NA   NA
 3652754 3652755 SACE_2003 SACE_2004   thrS FALSE 0.105 155.000 0.000 1.000 N NA
 3652755 3652756 SACE_2004 SACE_2005 thrS   TRUE 0.659 93.000 0.208 1.000 N NA
 3652756 3652757 SACE_2005 SACE_2006     TRUE 0.741 91.000 0.000 0.049 Y NA
 3652757 3652758 SACE_2006 SACE_2007     FALSE 0.177 93.000 0.000 1.000 N NA
 3652760 3652761 SACE_2009 SACE_2010 pdx1   FALSE 0.039 261.000 0.000 1.000 N NA
 3652761 3652762 SACE_2010 SACE_2011     FALSE 0.373 128.000 0.000 0.057 N NA
 3652762 3652763 SACE_2011 SACE_2012     TRUE 0.768 53.000 0.224 NA   NA
 3652765 3652766 SACE_2014 SACE_2015     TRUE 0.995 -3.000 0.675 NA   NA
 3652766 3652767 SACE_2015 SACE_2016   ansP,yncF FALSE 0.008 565.000 0.000 NA   NA
 3652767 3652768 SACE_2016 SACE_2017 ansP,yncF   FALSE 0.392 15.000 0.000 NA N NA
 3652768 3652769 SACE_2017 SACE_2018     TRUE 0.611 50.000 0.055 NA   NA
 3652771 3652772 SACE_2020 SACE_2021   rubC FALSE 0.013 355.000 0.000 NA   NA
 3652772 3652773 SACE_2021 SACE_2022 rubC ruvA TRUE 0.999 -3.000 0.451 0.007 Y NA
 3652773 3652774 SACE_2022 SACE_2023 ruvA ruvB TRUE 0.980 35.000 0.549 0.001 Y NA
 3652774 3652775 SACE_2023 SACE_2024 ruvB   FALSE 0.081 410.000 0.063 NA N NA
 3652775 3652776 SACE_2024 SACE_2025   secD FALSE 0.202 415.000 0.062 NA Y NA
 3652776 3652777 SACE_2025 SACE_2026 secD   TRUE 0.996 3.000 0.336 0.000 Y NA
 3652777 3652778 SACE_2026 SACE_2027   apt TRUE 0.978 -3.000 0.044 1.000 N NA
 3652778 3652779 SACE_2027 SACE_2028 apt relA FALSE 0.290 175.000 0.051 1.000 N NA
 3652780 3652781 SACE_2029 SACE_2030     FALSE 0.060 145.000 0.000 NA   NA
 3652782 3652783 SACE_2031 SACE_2032   hisS TRUE 0.650 43.000 0.051 1.000   NA
 3652783 3652784 SACE_2032 SACE_2033 hisS   TRUE 0.958 -3.000 0.007 NA   NA
 3652786 3652787 SACE_2035 SACE_2037     FALSE 0.006 894.000 0.000 NA   NA
 3652789 3652790 SACE_2041 SACE_2043 aspS   FALSE 0.024 1101.000 0.009 NA   NA
 3652790 3652791 SACE_2043 SACE_2044     FALSE 0.018 273.000 0.000 NA   NA
 3652791 3652792 SACE_2044 SACE_2045     FALSE 0.011 401.000 0.000 NA   NA
 3652792 3652793 SACE_2045 SACE_2046   cynT FALSE 0.109 88.000 0.000 NA   NA
 3652793 3652794 SACE_2046 SACE_2047 cynT ychM TRUE 0.796 128.000 0.286 1.000 Y NA
 3652794 3652795 SACE_2047 SACE_2048 ychM   FALSE 0.325 36.000 0.000 1.000 N NA
 3652795 3652796 SACE_2048 SACE_2049   serA FALSE 0.016 531.000 0.000 1.000 N NA
 3652796 3652797 SACE_2049 SACE_2050 serA   FALSE 0.090 100.000 0.000 NA   NA
 3652797 3652798 SACE_2050 SACE_2051     TRUE 0.908 6.000 0.083 NA   NA
 3652798 3652799 SACE_2051 SACE_2052   alaS TRUE 0.563 67.000 0.057 NA   NA
 3652799 3652800 SACE_2052 SACE_2053 alaS   TRUE 0.555 99.000 0.103 1.000 N NA
 3652800 3652801 SACE_2053 SACE_2054     TRUE 0.517 66.000 0.039 NA   NA
 3652801 3652802 SACE_2054 SACE_2055   aroE TRUE 0.996 -13.000 0.667 NA   NA
 3652803 3652804 SACE_2056 SACE_2057   tnp FALSE 0.049 166.000 0.000 NA   NA
 3652804 3652805 SACE_2057 SACE_2058 tnp ptsH FALSE 0.235 74.000 0.000 1.000 N NA
 3652805 3652806 SACE_2058 SACE_2059 ptsH   TRUE 0.961 46.000 0.231 0.002 Y NA
 3652806 3652807 SACE_2059 SACE_2060     TRUE 0.989 -3.000 0.188 1.000 N NA
 3652808 3652809 SACE_2061 SACE_2062     TRUE 0.999 -3.000 0.368 0.001 Y NA
 3652811 3652812 SACE_2064 SACE_2065   aroF FALSE 0.474 70.000 0.009 1.000   NA
 3652812 3652813 SACE_2065 SACE_2066 aroF aroK TRUE 0.983 0.000 0.041 1.000 Y NA
 3652813 3652814 SACE_2066 SACE_2067 aroK aroB TRUE 0.893 44.000 0.147 1.000 Y NA
 3652814 3652815 SACE_2067 SACE_2068 aroB   TRUE 0.997 -3.000 0.052 0.002 Y NA
 3652815 3652816 SACE_2068 SACE_2069     FALSE 0.018 407.000 0.000 1.000   NA
 3652822 3652823 SACE_2074 SACE_2075 pepQ efp TRUE 0.668 84.000 0.160 1.000 N NA
 3652823 3652824 SACE_2075 SACE_2076 efp   TRUE 0.652 67.000 0.078 1.000 N NA
 3652826 3652827 SACE_2078 SACE_2079   pyrB TRUE 0.991 0.000 0.247 1.000 Y NA
 3652827 3652828 SACE_2079 SACE_2080 pyrB pyrC TRUE 0.997 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 3652828 3652829 SACE_2080 SACE_2081 pyrC   TRUE 0.946 0.000 0.057 NA   NA
 3652829 3652830 SACE_2081 SACE_2082   carA TRUE 0.974 -3.000 0.050 NA   NA
 3652830 3652831 SACE_2082 SACE_2083 carA carB TRUE 0.997 0.000 0.345 0.000 Y NA
 3652831 3652832 SACE_2083 SACE_2084 carB pyrF TRUE 0.994 -3.000 0.075 1.000 Y NA
 3652834 3652835 SACE_2086 SACE_2087 padI   TRUE 0.982 5.000 0.250 NA Y NA
 3652835 3652836 SACE_2087 SACE_2088     TRUE 0.878 27.000 0.444 NA   NA
 3652836 3652837 SACE_2088 SACE_2089     TRUE 0.636 2.000 0.000 NA   NA
 3652837 3652838 SACE_2089 SACE_2090     FALSE 0.102 91.000 0.000 NA   NA
 3652838 3652839 SACE_2090 SACE_2091     FALSE 0.114 143.000 0.000 1.000 N NA
 3652839 3652840 SACE_2091 SACE_2092     FALSE 0.138 72.000 0.000 NA   NA
 3652842 3652843 SACE_2094 SACE_2095     FALSE 0.044 176.000 0.000 NA   NA
 3652843 3652844 SACE_2095 SACE_2096     FALSE 0.385 13.000 0.000 NA   NA
 3652844 3652845 SACE_2096 SACE_2097     FALSE 0.138 72.000 0.000 NA   NA
 3652845 3652846 SACE_2097 SACE_2099   mihF FALSE 0.006 993.000 0.000 NA   NA
 3652846 3652847 SACE_2099 SACE_2100 mihF gmk FALSE 0.474 96.000 0.054 1.000   NA
 3652847 3652848 SACE_2100 SACE_2101 gmk   FALSE 0.441 233.000 0.471 1.000 N NA
 3652848 3652849 SACE_2101 SACE_2102   dfp TRUE 0.813 33.000 0.192 1.000 N NA
 3652849 3652850 SACE_2102 SACE_2103 dfp metK TRUE 0.681 117.000 0.059 1.000 Y NA
 3652853 3652854 SACE_2106 SACE_2107     FALSE 0.086 162.000 0.000 1.000   NA
 3652857 3652858 SACE_2110 SACE_2111   ggt2 FALSE 0.012 628.000 0.000 1.000   NA
 3652858 3652859 SACE_2111 SACE_2112 ggt2 def FALSE 0.069 196.000 0.000 1.000 N NA
 3652859 3652860 SACE_2112 SACE_2113 def fmt TRUE 0.989 2.000 0.031 0.015 Y NA
 3652860 3652861 SACE_2113 SACE_2114 fmt   TRUE 0.804 126.000 0.305 1.000 Y NA
 3652861 3652862 SACE_2114 SACE_2115   codA TRUE 0.611 78.000 0.000 1.000 Y NA
 3652863 3652864 SACE_2116 SACE_2117     FALSE 0.178 49.000 0.000 NA   NA
 3652865 3652866 SACE_2118 SACE_2119     FALSE 0.120 135.000 0.000 1.000 N NA
 3652866 3652867 SACE_2119 SACE_2120   rpe FALSE 0.128 125.000 0.000 1.000 N NA
 3652867 3652868 SACE_2120 SACE_2121 rpe ribG TRUE 0.886 6.000 0.028 1.000 N NA
 3652868 3652869 SACE_2121 SACE_2122 ribG ribC TRUE 0.983 10.000 0.456 1.000 Y NA
 3652869 3652870 SACE_2122 SACE_2123 ribC ribA TRUE 0.992 -3.000 0.029 1.000 Y NA
 3652870 3652871 SACE_2123 SACE_2124 ribA ribH TRUE 0.997 -3.000 0.041 0.003 Y NA
 3652871 3652872 SACE_2124 SACE_2125 ribH   TRUE 0.957 -3.000 0.005 NA   NA
 3652872 3652873 SACE_2125 SACE_2126     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3652876 3652877 SACE_2129 SACE_2130     TRUE 0.707 25.000 0.048 1.000   NA
 3652877 3652878 SACE_2130 SACE_2131     TRUE 0.893 32.000 0.500 1.000   NA
 3652880 3652881 SACE_2133 SACE_2134     FALSE 0.024 235.000 0.000 NA   NA
 3652881 3652882 SACE_2134 SACE_2135     TRUE 0.996 -7.000 0.100 1.000 Y NA
 3652883 3652884 SACE_2136 SACE_2137 pyrD   FALSE 0.025 233.000 0.000 NA   NA
 3652884 3652885 SACE_2137 SACE_2138   uvrC FALSE 0.043 179.000 0.000 NA   NA
 3652885 3652886 SACE_2138 SACE_2139 uvrC   TRUE 0.979 -3.000 0.073 NA   NA
 3652886 3652887 SACE_2139 SACE_2140     TRUE 0.990 -3.000 0.259 NA   NA
 3652887 3652888 SACE_2140 SACE_2141   whiA TRUE 0.994 -9.000 0.470 NA   NA
 3652890 3652891 SACE_2143 SACE_2144 gap pgk TRUE 0.948 29.000 0.055 0.002 Y NA
 3652891 3652892 SACE_2144 SACE_2145 pgk tpiA,tpi TRUE 0.978 3.000 0.075 1.000 Y NA
 3652892 3652893 SACE_2145 SACE_2146 tpiA,tpi secG TRUE 0.487 98.000 0.064 1.000   NA
 3652893 3652894 SACE_2146 SACE_2147 secG   FALSE 0.377 105.000 0.027 1.000   NA
 3652896 3652897 SACE_2149 SACE_2150 menG   FALSE 0.096 110.000 0.000 NA N NA
 3652897 3652898 SACE_2150 SACE_2151   trkA TRUE 0.984 20.000 0.447 0.002 Y NA
 3652898 3652899 SACE_2151 SACE_2152 trkA   FALSE 0.030 281.000 0.000 1.000   NA
 3652902 3652903 SACE_2155 SACE_2156 devB opcA TRUE 0.899 36.000 0.179 NA Y NA
 3652903 3652904 SACE_2156 SACE_2157 opcA zwf,zwf2 TRUE 0.994 -3.000 0.104 NA Y NA
 3652904 3652905 SACE_2157 SACE_2158 zwf,zwf2 pgiA TRUE 0.980 -3.000 0.061 1.000   NA
 3652905 3652906 SACE_2158 SACE_2159 pgiA tal FALSE 0.099 256.000 0.007 1.000   NA
 3652906 3652907 SACE_2159 SACE_2160 tal tkt TRUE 0.918 15.000 0.026 1.000 Y NA
 3652909 3652910 SACE_2162 SACE_2163     FALSE 0.132 75.000 0.000 NA   NA
 3652910 3652911 SACE_2163 SACE_2164   qor FALSE 0.023 242.000 0.000 NA   NA
 3652912 3652913 SACE_2165 SACE_2166     TRUE 0.975 -3.000 0.054 NA   NA
 3652913 3652914 SACE_2166 SACE_2167     FALSE 0.010 442.000 0.000 NA   NA
 3652915 3652916 SACE_2168 SACE_2169 ctaA   FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 3652916 3652917 SACE_2169 SACE_2170     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3652917 3652918 SACE_2170 SACE_2171     TRUE 0.844 78.000 0.743 NA   NA
 3652918 3652919 SACE_2171 SACE_2172     TRUE 0.936 12.000 0.357 NA   NA
 3652920 3652921 SACE_2173 SACE_2174   sufB TRUE 0.985 -3.000 0.100 1.000 N NA
 3652921 3652922 SACE_2174 SACE_2175 sufB sufD TRUE 0.996 2.000 0.266 0.001 Y NA
 3652922 3652923 SACE_2175 SACE_2176 sufD   TRUE 0.941 48.000 0.482 1.000 Y NA
 3652923 3652924 SACE_2176 SACE_2177   csdB TRUE 0.498 111.000 0.093 1.000 N NA
 3652924 3652925 SACE_2177 SACE_2178 csdB   TRUE 0.938 11.000 0.249 1.000 N NA
 3652925 3652926 SACE_2178 SACE_2179     TRUE 0.747 36.000 0.152 NA   NA
 3652927 3652928 SACE_2180 SACE_2181 add   FALSE 0.041 234.000 0.000 1.000   NA
 3652928 3652929 SACE_2181 SACE_2182     TRUE 0.492 90.000 0.000 0.048   NA
 3652929 3652930 SACE_2182 SACE_2183     FALSE 0.016 528.000 0.000 1.000 N NA
 3652930 3652931 SACE_2183 SACE_2184     FALSE 0.013 722.000 0.000 1.000 N NA
 3652932 3652933 SACE_2185 SACE_2186     TRUE 0.990 -10.000 0.214 NA   NA
 3652933 3652934 SACE_2186 SACE_2187     FALSE 0.008 576.000 0.000 NA   NA
 3652934 3652935 SACE_2187 SACE_2188     FALSE 0.276 225.000 0.191 NA   NA
 3652935 3652936 SACE_2188 SACE_2189   echA14 FALSE 0.399 160.000 0.150 NA   NA
 3652938 3652939 SACE_2191 SACE_2192     FALSE 0.022 251.000 0.000 NA   NA
 3652939 3652940 SACE_2192 SACE_2193     FALSE 0.023 241.000 0.000 NA   NA
 3652940 3652941 SACE_2193 SACE_2194     TRUE 0.992 4.000 0.214 0.056 Y NA
 3652941 3652942 SACE_2194 SACE_2195     TRUE 0.999 -3.000 0.714 0.056 Y NA
 3652942 3652943 SACE_2195 SACE_2196     TRUE 0.992 -3.000 0.333 1.000   NA
 3652944 3652945 SACE_2197 SACE_2198     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652945 3652946 SACE_2198 SACE_2199     FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3652946 3652947 SACE_2199 SACE_2200     FALSE 0.185 40.000 0.000 NA   NA
 3652950 3652951 SACE_2203 SACE_2204     TRUE 0.976 7.000 0.810 NA   NA
 3652951 3652952 SACE_2204 SACE_2205     TRUE 0.919 -30.000 0.000 1.000   NA
 3652952 3652953 SACE_2205 SACE_2206     FALSE 0.457 16.000 0.000 1.000   NA
 3652953 3652954 SACE_2206 SACE_2207     FALSE 0.274 47.000 0.000 1.000   NA
 3652954 3652955 SACE_2207 SACE_2208     FALSE 0.062 142.000 0.000 NA   NA
 3652955 3652956 SACE_2208 SACE_2209     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3652956 3652957 SACE_2209 SACE_2210     FALSE 0.187 39.000 0.000 NA   NA
 3652957 3652958 SACE_2210 SACE_2211   draG1 FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3652962 3652963 SACE_2215 SACE_2216     TRUE 0.995 -3.000 0.645 1.000   NA
 3652963 3652964 SACE_2216 SACE_2218     FALSE 0.037 248.000 0.000 1.000   NA
 3652966 3652967 SACE_2220 SACE_2221     FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3652967 3652968 SACE_2221 SACE_2222     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3652969 3652970 SACE_2223 SACE_2224     TRUE 0.978 38.000 0.762 0.056 Y NA
 3652970 3652971 SACE_2224 SACE_2225     TRUE 0.999 -7.000 0.800 0.062 Y NA
 3652974 3652975 SACE_2228 SACE_2229     TRUE 0.871 -12.000 0.000 NA   NA
 3652975 3652976 SACE_2229 SACE_2230     FALSE 0.120 118.000 0.000 1.000   NA
 3652977 3652978 SACE_2231 SACE_2232   chiB FALSE 0.187 90.000 0.000 1.000 N NA
 3652978 3652979 SACE_2232 SACE_2233 chiB   FALSE 0.011 406.000 0.000 NA   NA
 3652979 3652980 SACE_2233 SACE_2234     FALSE 0.018 276.000 0.000 NA   NA
 3652981 3652982 SACE_2235 SACE_2236     TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3652982 3652983 SACE_2236 SACE_2237   hisE TRUE 0.668 62.000 0.000 1.000 Y NA
 3652983 3652984 SACE_2237 SACE_2238 hisE hisG TRUE 0.954 28.000 0.081 0.002 Y NA
 3652984 3652985 SACE_2238 SACE_2239 hisG   TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3652985 3652986 SACE_2239 SACE_2240     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3652987 3652988 SACE_2241 SACE_2242     TRUE 0.738 18.000 0.047 NA   NA
 3652989 3652990 SACE_2243 SACE_2244     TRUE 0.688 84.000 0.201 1.000   NA
 3652992 3652993 SACE_2246 SACE_2247     FALSE 0.303 141.000 0.022 1.000 N NA
 3652995 3652996 SACE_2249 SACE_2250     TRUE 0.680 155.000 0.706 NA   NA
 3652996 3652997 SACE_2250 SACE_2251   prcB TRUE 0.514 198.000 0.512 NA   NA
 3652997 3652998 SACE_2251 SACE_2252 prcB prcA TRUE 0.975 77.000 0.797 0.000 Y NA
 3653000 3653001 SACE_2254 SACE_2255     FALSE 0.015 310.000 0.000 NA   NA
 3653001 3653002 SACE_2255 SACE_2256     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3653004 3653005 SACE_2258 SACE_2259     FALSE 0.093 98.000 0.000 NA   NA
 3653005 3653006 SACE_2259 SACE_2260     TRUE 0.998 -3.000 0.767 NA Y NA
 3653006 3653007 SACE_2260 SACE_2261     FALSE 0.280 19.000 0.000 NA   NA
 3653007 3653008 SACE_2261 SACE_2262     FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3653008 3653009 SACE_2262 SACE_2263     TRUE 0.859 20.000 0.012 NA Y NA
 3653009 3653010 SACE_2263 SACE_2264     TRUE 0.590 70.000 0.070 NA N NA
 3653010 3653011 SACE_2264 SACE_2265   helY FALSE 0.318 218.000 0.174 1.000 N NA
 3653011 3653012 SACE_2265 SACE_2266 helY   FALSE 0.346 107.000 0.035 NA   NA
 3653012 3653013 SACE_2266 SACE_2267     FALSE 0.168 56.000 0.000 NA   NA
 3653013 3653014 SACE_2267 SACE_2268     FALSE 0.229 68.000 0.000 1.000   NA
 3653014 3653015 SACE_2268 SACE_2269   blaB2 TRUE 0.716 21.000 0.040 1.000   NA
 3653016 3653017 SACE_2270 SACE_2271   ptsA FALSE 0.254 68.000 0.000 1.000 N NA
 3653018 3653019 SACE_2272 SACE_2273   fruB TRUE 0.994 -3.000 0.077 1.000 Y NA
 3653019 3653020 SACE_2273 SACE_2274 fruB fruA TRUE 0.991 -3.000 0.012 1.000 Y NA
 3653020 3653021 SACE_2274 SACE_2275 fruA   TRUE 0.998 -3.000 0.073 0.001 Y NA
 3653021 3653022 SACE_2275 SACE_2276     FALSE 0.314 548.000 0.036 0.002 Y NA
 3653022 3653023 SACE_2276 SACE_2277   sacC,sacL TRUE 0.840 16.000 0.000 1.000 Y NA
 3653023 3653024 SACE_2277 SACE_2279 sacC,sacL   FALSE 0.011 1228.000 0.000 1.000 N NA
 3653024 3653025 SACE_2279 SACE_2280     TRUE 0.770 30.000 0.102 1.000 N NA
 3653025 3653026 SACE_2280 SACE_2281   ubiE TRUE 0.544 12.000 0.000 1.000   NA
 3653026 3653027 SACE_2281 SACE_2282 ubiE   FALSE 0.098 93.000 0.000 NA   NA
 3653027 3653028 SACE_2282 SACE_2283     TRUE 0.991 -36.000 0.250 NA   NA
 3653030 3653031 SACE_2285 SACE_2286     FALSE 0.332 136.000 0.037 1.000   NA
 3653031 3653032 SACE_2286 SACE_2287     FALSE 0.016 294.000 0.000 NA   NA
 3653032 3653033 SACE_2287 SACE_2288   ppmB FALSE 0.028 223.000 0.000 NA   NA
 3653033 3653034 SACE_2288 SACE_2289 ppmB   TRUE 0.749 72.000 0.007 1.000 Y NA
 3653035 3653036 SACE_2290 SACE_2291     FALSE 0.036 485.000 0.009 NA   NA
 3653036 3653037 SACE_2291 SACE_2292   glpQ4 FALSE 0.429 106.000 0.050 1.000   NA
 3653038 3653039 SACE_2293 SACE_2294     FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3653040 3653041 SACE_2295 SACE_2296 xerD dapE2 FALSE 0.166 99.000 0.000 1.000 N NA
 3653042 3653043 SACE_8033 SACE_2299     FALSE 0.005 2194.000 0.000 NA   NA
 3653043 3653044 SACE_2299 SACE_2300     FALSE 0.007 708.000 0.000 NA   NA
 3653044 3653045 SACE_2300 SACE_2301     TRUE 0.899 9.000 0.105 NA   NA
 3653048 3653049 SACE_2305 SACE_2306     FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3653049 3653050 SACE_2306 SACE_2307     FALSE 0.073 408.000 0.000 0.063   NA
 3653050 3653051 SACE_2307 SACE_2308     FALSE 0.160 60.000 0.000 NA   NA
 3653051 3653052 SACE_2308 SACE_2309     FALSE 0.006 1542.000 0.000 NA   NA
 3653053 3653054 SACE_2310 SACE_2311     TRUE 0.969 3.000 0.333 NA   NA
 3653055 3653056 SACE_2312 SACE_2313   tnp9B FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3653056 3653057 SACE_2313 SACE_2314 tnp9B   FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3653058 3653059 SACE_2315 SACE_2316     FALSE 0.084 164.000 0.000 1.000   NA
 3653059 3653060 SACE_2316 SACE_2317     FALSE 0.018 273.000 0.000 NA   NA
 3653061 3653062 SACE_2318 SACE_2319     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3653062 3653063 SACE_2319 SACE_2320     FALSE 0.192 37.000 0.000 NA   NA
 3653064 3653065 SACE_2322 SACE_2323     TRUE 0.945 0.000 0.000 0.063   NA
 3653065 3653066 SACE_2323 SACE_2324     TRUE 0.563 66.000 0.000 0.063   NA
 3653066 3653067 SACE_2324 SACE_2325   tnpA FALSE 0.111 287.000 0.000 0.063   NA
 3653067 3653068 SACE_2325 SACE_2326 tnpA tnpA TRUE 0.984 -15.000 0.000 0.014   NA
 3653069 3653070 SACE_2327 SACE_2328 matC   FALSE 0.266 53.000 0.000 1.000   NA
 3653071 3653072 SACE_2329 SACE_2330 yybE   FALSE 0.183 91.000 0.000 1.000 N NA
 3653072 3653073 SACE_2330 SACE_2331   citE3 TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3653074 3653075 SACE_2332 SACE_2333     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653079 3653080 SACE_2337 SACE_2338     FALSE 0.070 123.000 0.000 NA   NA
 3653082 3653083 SACE_2340 SACE_2341     TRUE 0.903 5.000 0.000 0.060   NA
 3653084 3653085 SACE_2342 SACE_2343     TRUE 0.955 39.000 0.667 1.000 Y NA
 3653085 3653086 SACE_2343 SACE_2344     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653086 3653087 SACE_2344 SACE_2345     TRUE 0.680 5.000 0.000 1.000   NA
 3653087 3653088 SACE_2345 SACE_2346     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3653089 3653090 SACE_2347 SACE_2348 rubS   FALSE 0.085 105.000 0.000 NA   NA
 3653090 3653091 SACE_2348 SACE_2349     FALSE 0.014 335.000 0.000 NA   NA
 3653093 3653094 SACE_2351 SACE_2352     FALSE 0.066 580.000 0.000 0.014   NA
 3653094 3653095 SACE_2352 SACE_2353     FALSE 0.010 452.000 0.000 NA   NA
 3653095 3653096 SACE_2353 SACE_2354     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 3653097 3653098 SACE_2355 SACE_2356     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3653098 3653099 SACE_2356 SACE_2357   yrbE4B TRUE 0.919 5.000 0.000 NA Y NA
 3653099 3653100 SACE_2357 SACE_2358 yrbE4B   TRUE 0.981 -3.000 0.000 NA Y NA
 3653100 3653101 SACE_2358 SACE_2359     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 3653101 3653102 SACE_2359 SACE_2360   mce5C TRUE 0.880 36.000 0.000 0.003 Y NA
 3653102 3653103 SACE_2360 SACE_2361 mce5C   TRUE 0.986 0.000 0.000 0.003 Y NA
 3653103 3653104 SACE_2361 SACE_2362   mce5E TRUE 0.998 0.000 0.667 0.003 Y NA
 3653104 3653105 SACE_2362 SACE_2363 mce5E   TRUE 0.986 0.000 0.000 0.003 Y NA
 3653105 3653106 SACE_2363 SACE_2364     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3653106 3653107 SACE_2364 SACE_2365     FALSE 0.152 65.000 0.000 NA   NA
 3653107 3653108 SACE_2365 SACE_2366     FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3653110 3653111 SACE_2368 SACE_2369     FALSE 0.056 154.000 0.000 NA   NA
 3653111 3653112 SACE_2369 SACE_2370     FALSE 0.031 275.000 0.000 1.000   NA
 3653113 3653114 SACE_2371 SACE_2372 tnp9B   FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3653116 3653117 SACE_2374 SACE_2375   acsA FALSE 0.032 269.000 0.000 1.000   NA
 3653117 3653118 SACE_2375 SACE_2376 acsA adk FALSE 0.261 65.000 0.000 1.000 N NA
 3653118 3653119 SACE_2376 SACE_2377 adk thcA TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000 N NA
 3653120 3653121 SACE_2378 SACE_2379     FALSE 0.074 175.000 0.000 1.000   NA
 3653121 3653122 SACE_2379 SACE_2380     TRUE 0.832 66.000 0.409 1.000 N NA
 3653122 3653123 SACE_2380 SACE_2381     TRUE 0.999 -7.000 0.600 0.018 Y NA
 3653124 3653125 SACE_2382 SACE_2383     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653125 3653126 SACE_2383 SACE_2384     FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 3653126 3653127 SACE_2384 SACE_2385     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653127 3653128 SACE_2385 SACE_2386     TRUE 0.742 63.000 0.186 1.000   NA
 3653129 3653130 SACE_2387 SACE_2388     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3653130 3653131 SACE_2388 SACE_2389   pqqE FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3653131 3653132 SACE_2389 SACE_2390 pqqE lldD1 TRUE 0.727 117.000 0.548 1.000   NA
 3653132 3653133 SACE_2390 SACE_2391 lldD1   FALSE 0.155 913.000 0.464 1.000   NA
 3653133 3653134 SACE_2391 SACE_2392     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653134 3653135 SACE_2392 SACE_2393     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA N NA
 3653137 3653138 SACE_2396 SACE_2397     FALSE 0.009 463.000 0.000 NA   NA
 3653138 3653139 SACE_2397 SACE_2398   prsA FALSE 0.007 650.000 0.000 NA   NA
 3653139 3653140 SACE_2398 SACE_2400 prsA   FALSE 0.059 1221.000 0.000 0.002   NA
 3653141 3653142 SACE_2401 SACE_2402     FALSE 0.027 342.000 0.000 1.000 N NA
 3653142 3653143 SACE_2402 SACE_2403     FALSE 0.198 87.000 0.000 1.000 N NA
 3653143 3653144 SACE_2403 SACE_2404     FALSE 0.151 97.000 0.000 1.000   NA
 3653144 3653145 SACE_2404 SACE_2405     TRUE 0.967 0.000 0.120 1.000   NA
 3653145 3653146 SACE_2405 SACE_2406   phdB TRUE 0.988 2.000 0.053 0.099 Y NA
 3653146 3653147 SACE_2406 SACE_2407 phdB phdB TRUE 0.995 6.000 0.456 0.002 Y NA
 3653147 3653148 SACE_2407 SACE_2408 phdB   TRUE 0.789 54.000 0.052 0.099 N NA
 3653148 3653149 SACE_2408 SACE_2409   uspA3 FALSE 0.126 127.000 0.000 1.000 N NA
 3653149 3653150 SACE_2409 SACE_2410 uspA3   TRUE 0.491 16.000 0.000 1.000 N NA
 3653150 3653151 SACE_2410 SACE_2411     FALSE 0.015 315.000 0.000 NA   NA
 3653152 3653153 SACE_2412 SACE_2413     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653154 3653155 SACE_2414 SACE_2415     FALSE 0.385 13.000 0.000 NA   NA
 3653155 3653156 SACE_2415 SACE_2416   uspA3 FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3653156 3653157 SACE_2416 SACE_2417 uspA3   TRUE 0.675 130.000 0.000 0.006 Y NA
 3653157 3653158 SACE_2417 SACE_2418     FALSE 0.151 97.000 0.000 1.000   NA
 3653159 3653160 SACE_2419 SACE_2420     FALSE 0.050 164.000 0.000 NA   NA
 3653162 3653163 SACE_2422 SACE_2423   pncB FALSE 0.385 13.000 0.000 NA   NA
 3653163 3653164 SACE_2423 SACE_2424 pncB   FALSE 0.117 139.000 0.000 1.000 N NA
 3653164 3653165 SACE_2424 SACE_2425     FALSE 0.111 148.000 0.000 1.000 N NA
 3653165 3653166 SACE_2425 SACE_2426     FALSE 0.024 234.000 0.000 NA   NA
 3653166 3653167 SACE_2426 SACE_2427     FALSE 0.210 32.000 0.000 NA   NA
 3653167 3653168 SACE_2427 SACE_2428     FALSE 0.021 256.000 0.000 NA   NA
 3653168 3653169 SACE_2428 SACE_2429     TRUE 0.505 163.000 0.300 NA   NA
 3653169 3653170 SACE_2429 SACE_2430     TRUE 0.750 59.000 0.222 NA   NA
 3653170 3653171 SACE_2430 SACE_2431     TRUE 0.618 86.000 0.167 NA   NA
 3653172 3653173 SACE_2432 SACE_2433     TRUE 0.986 0.000 0.466 1.000   NA
 3653174 3653175 SACE_2434 SACE_2435     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3653175 3653176 SACE_2435 SACE_2436   uspA3 TRUE 0.831 69.000 0.000 0.006 Y NA
 3653176 3653177 SACE_2436 SACE_2437 uspA3   FALSE 0.386 20.000 0.000 1.000   NA
 3653179 3653180 SACE_2439 SACE_2440 pvdS1   FALSE 0.013 577.000 0.000 1.000   NA
 3653180 3653181 SACE_2440 SACE_2441   acdA2 FALSE 0.250 59.000 0.000 1.000   NA
 3653182 3653183 SACE_2442 SACE_2443   uspA3 TRUE 0.896 25.000 0.000 0.006 Y NA
 3653183 3653184 SACE_2443 SACE_2444 uspA3 uspA1 TRUE 0.952 12.000 0.000 0.006 Y NA
 3653184 3653185 SACE_2444 SACE_2445 uspA1   FALSE 0.241 72.000 0.000 1.000 N NA
 3653185 3653186 SACE_2445 SACE_2446     TRUE 0.687 6.000 0.000 1.000 N NA
 3653186 3653187 SACE_2446 SACE_2447     TRUE 0.928 -40.000 0.000 1.000 N NA
 3653188 3653189 SACE_2448 SACE_2449     FALSE 0.217 72.000 0.000 1.000   NA
 3653189 3653190 SACE_2449 SACE_2450     FALSE 0.156 94.000 0.000 1.000   NA
 3653190 3653191 SACE_2450 SACE_2451   uspA3 FALSE 0.150 108.000 0.000 1.000 N NA
 3653197 3653198 SACE_2457 SACE_2458 uspA3   FALSE 0.104 138.000 0.000 1.000   NA
 3653199 3653200 SACE_2459 SACE_2460     FALSE 0.063 139.000 0.000 NA   NA
 3653200 3653201 SACE_2460 SACE_2461     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3653201 3653202 SACE_2461 SACE_2462     FALSE 0.132 75.000 0.000 NA   NA
 3653203 3653204 SACE_2463 SACE_2464     FALSE 0.010 451.000 0.000 NA   NA
 3653205 3653206 SACE_2465 SACE_2466 uspA3   TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.006 Y NA
 3653206 3653207 SACE_2466 SACE_2467   ctpF FALSE 0.166 99.000 0.000 1.000 N NA
 3653207 3653208 SACE_2467 SACE_2469 ctpF   FALSE 0.013 674.000 0.000 1.000 N NA
 3653208 3653209 SACE_2469 SACE_2470     FALSE 0.168 98.000 0.000 1.000 N NA
 3653209 3653210 SACE_2470 SACE_2471     FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3653210 3653211 SACE_2471 SACE_2472     FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3653211 3653212 SACE_2472 SACE_2473     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3653212 3653213 SACE_2473 SACE_2474   copC FALSE 0.302 35.000 0.000 1.000   NA
 3653213 3653214 SACE_2474 SACE_2475 copC   FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3653215 3653216 SACE_2477 SACE_2478     FALSE 0.016 452.000 0.000 1.000   NA
 3653216 3653217 SACE_2478 SACE_2479     FALSE 0.221 71.000 0.000 1.000   NA
 3653217 3653218 SACE_2479 SACE_2480     FALSE 0.011 403.000 0.000 NA   NA
 3653218 3653219 SACE_2480 SACE_2481     FALSE 0.017 286.000 0.000 NA   NA
 3653219 3653220 SACE_2481 SACE_2482     FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3653220 3653221 SACE_2482 SACE_2483     FALSE 0.257 28.000 0.000 NA N NA
 3653221 3653222 SACE_2483 SACE_2487     FALSE 0.014 638.000 0.000 1.000 N NA
 3653222 3653223 SACE_2487 SACE_2488     FALSE 0.008 563.000 0.000 NA   NA
 3653223 3653224 SACE_2488 SACE_2489     FALSE 0.010 424.000 0.000 NA   NA
 3653224 3653225 SACE_2489 SACE_2490     FALSE 0.025 361.000 0.000 1.000 N NA
 3653226 3653227 SACE_2491 SACE_2492     FALSE 0.029 218.000 0.000 NA   NA
 3653227 3653228 SACE_2492 SACE_2493     FALSE 0.016 304.000 0.000 NA   NA
 3653228 3653229 SACE_2493 SACE_2494     TRUE 0.986 3.000 0.259 NA Y NA
 3653229 3653230 SACE_2494 SACE_2495     FALSE 0.023 272.000 0.000 NA N NA
 3653232 3653233 SACE_2497 SACE_2498     FALSE 0.196 36.000 0.000 NA   NA
 3653233 3653234 SACE_2498 SACE_2499     FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3653234 3653235 SACE_2499 SACE_2500     FALSE 0.030 216.000 0.000 NA   NA
 3653237 3653238 SACE_2502 SACE_2503     TRUE 0.503 7.000 0.000 NA   NA
 3653238 3653239 SACE_2503 SACE_2504     FALSE 0.039 187.000 0.000 NA   NA
 3653239 3653240 SACE_2504 SACE_2505     FALSE 0.062 140.000 0.000 NA   NA
 3653241 3653242 SACE_2506 SACE_2507   csbX FALSE 0.108 309.000 0.000 0.057   NA
 3653243 3653244 SACE_2508 SACE_2509     FALSE 0.248 31.000 0.000 NA N NA
 3653244 3653245 SACE_2509 SACE_2510     FALSE 0.062 141.000 0.000 NA   NA
 3653246 3653247 SACE_2511 SACE_2512     FALSE 0.050 165.000 0.000 NA   NA
 3653248 3653249 SACE_2513 SACE_2514     FALSE 0.019 270.000 0.000 NA   NA
 3653251 3653252 SACE_2516 SACE_2517     FALSE 0.183 42.000 0.000 NA   NA
 3653252 3653253 SACE_2517 SACE_2518     FALSE 0.007 671.000 0.000 NA   NA
 3653255 3653256 SACE_2521 SACE_2522     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3653256 3653257 SACE_2522 SACE_2523   ureD FALSE 0.048 187.000 0.000 NA N NA
 3653257 3653258 SACE_2523 SACE_2524 ureD ureG TRUE 0.770 186.000 0.115 0.003 Y NA
 3653258 3653259 SACE_2524 SACE_2525 ureG ureF TRUE 0.980 23.000 0.439 0.003 Y NA
 3653259 3653260 SACE_2525 SACE_2526 ureF ureC TRUE 0.969 4.000 0.032 0.003 N NA
 3653260 3653261 SACE_2526 SACE_2527 ureC ureA TRUE 0.999 -7.000 0.875 0.001 Y NA
 3653263 3653264 SACE_2529 SACE_2530     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3653264 3653265 SACE_2530 SACE_2531     TRUE 0.661 52.000 0.000 NA Y NA
 3653265 3653266 SACE_2531 SACE_2532     TRUE 0.626 64.000 0.000 0.014   NA
 3653266 3653267 SACE_2532 SACE_2533   greA TRUE 0.976 -3.000 0.000 0.062   NA
 3653270 3653271 SACE_2536 SACE_2538     FALSE 0.006 1215.000 0.000 NA   NA
 3653271 3653272 SACE_2538 SACE_2539     FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3653272 3653273 SACE_2539 SACE_2540     FALSE 0.043 179.000 0.000 NA   NA
 3653273 3653274 SACE_2540 SACE_2541     TRUE 0.867 -42.000 0.000 NA   NA
 3653276 3653277 SACE_2543 SACE_2544 pnbA proP FALSE 0.012 368.000 0.000 NA   NA
 3653280 3653281 SACE_2547 SACE_2548   dapA2 FALSE 0.107 314.000 0.040 1.000 N NA
 3653282 3653283 SACE_2549 SACE_2550     FALSE 0.012 377.000 0.000 NA   NA
 3653285 3653286 SACE_2552 SACE_2553     FALSE 0.018 279.000 0.000 NA   NA
 3653286 3653287 SACE_2553 SACE_2554     FALSE 0.024 234.000 0.000 NA   NA
 3653287 3653288 SACE_2554 SACE_2555     FALSE 0.007 658.000 0.000 NA   NA
 3653288 3653289 SACE_2555 SACE_2556   tnp11a(ISCg11a) FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3653290 3653291 SACE_2557 SACE_2558     FALSE 0.287 38.000 0.000 1.000   NA
 3653294 3653295 SACE_2561 SACE_2562   tnp9B FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3653295 3653296 SACE_2562 SACE_2563 tnp9B   FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3653301 3653302 SACE_2568 SACE_2569     FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3653305 3653306 SACE_2572 SACE_2573     FALSE 0.010 451.000 0.000 NA   NA
 11518653 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9141.000 0.000 NA   NA
 11661016 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9141.000 0.000 NA   NA
 11803408 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9141.000 0.000 NA   NA
 11518654 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9164.000 0.000 NA   NA
 11661017 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9164.000 0.000 NA   NA
 11803409 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9164.000 0.000 NA   NA
 11518655 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9213.000 0.000 NA   NA
 11661018 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9213.000 0.000 NA   NA
 11803410 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9213.000 0.000 NA   NA
 11518656 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9236.000 0.000 NA   NA
 11661019 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9236.000 0.000 NA   NA
 11803411 3653296   SACE_2563     FALSE NA 9236.000 0.000 NA   NA
 3653309 3653310 SACE_2576 SACE_2577 tnp9B   FALSE 0.011 881.000 0.000 1.000   NA
 3653310 3653311 SACE_2577 SACE_2578     FALSE 0.203 34.000 0.000 NA   NA
 3653311 3653312 SACE_2578 SACE_2579     FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 3653312 3653313 SACE_2579 SACE_2580     FALSE 0.327 16.000 0.000 NA   NA
 3653313 3653314 SACE_2580 SACE_2581     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3653314 3653315 SACE_2581 SACE_2582     TRUE 0.924 35.000 0.400 0.098 N NA
 3653315 3653316 SACE_2582 SACE_2583     FALSE 0.308 41.000 0.000 1.000 N NA
 3653316 3653317 SACE_2583 SACE_2584     TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000 N NA
 3653318 3653319 SACE_2585 SACE_2586     FALSE 0.059 690.000 0.000 NA Y NA
 3653319 3653320 SACE_2586 SACE_2587     FALSE 0.038 213.000 0.000 NA N NA
 3653320 3653321 SACE_2587 SACE_2588     FALSE 0.022 390.000 0.000 1.000 N NA
 3653321 3653322 SACE_2588 SACE_2589     FALSE 0.293 159.000 0.000 0.062   NA
 3653323 3653324 SACE_2590 SACE_2591     FALSE 0.183 42.000 0.000 NA   NA
 3653324 3653325 SACE_2591 SACE_2592     FALSE 0.006 800.000 0.000 NA   NA
 3653325 3653326 SACE_2592 SACE_2593     FALSE 0.076 139.000 0.000 NA N NA
 3653326 3653327 SACE_2593 SACE_2594     FALSE 0.180 46.000 0.000 NA   NA
 3653328 3653329 SACE_2595 SACE_2596     TRUE 0.634 9.000 0.000 1.000 N NA
 3653330 3653331 SACE_2597 SACE_2598     FALSE 0.022 248.000 0.000 NA   NA
 3653331 3653332 SACE_2598 SACE_2599   csbX FALSE 0.028 221.000 0.000 NA   NA
 3653333 3653334 SACE_2600 SACE_2601     FALSE 0.064 411.000 0.000 0.098   NA
 3653334 3653335 SACE_2601 SACE_2602     FALSE 0.011 734.000 0.000 1.000   NA
 3653336 3653337 SACE_2604 SACE_2605 tpase1   TRUE 0.992 0.000 0.250 1.000 Y NA
 3653339 3653340 SACE_2612 SACE_2613     TRUE 0.755 92.000 0.500 NA   NA
 3653341 3653342 SACE_2614 SACE_2615   iscS TRUE 0.939 11.000 0.333 NA   NA
 3653343 3653344 SACE_2616 SACE_2617   stcD FALSE 0.148 109.000 0.000 1.000 N NA
 3653344 3653345 SACE_2617 SACE_2618 stcD   FALSE 0.187 90.000 0.000 1.000 N NA
 3653345 3653346 SACE_2618 SACE_2619     TRUE 0.668 62.000 0.000 1.000 Y NA
 3653346 3653347 SACE_2619 SACE_2620     TRUE 0.573 174.000 0.000 0.007 Y NA
 3653349 3653350 SACE_2623 SACE_2624     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3653352 3653353 SACE_2626 SACE_2627     TRUE 0.931 -9.000 0.000 1.000 N NA
 3653353 3653354 SACE_2627 SACE_2628     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3653354 3653355 SACE_2628 SACE_2629     TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.021 Y NA
 3653355 3653356 SACE_2629 SACE_2630     TRUE 0.877 36.000 0.000 0.005 Y NA
 3653356 3653357 SACE_2630 SACE_2631   cypA TRUE 0.687 55.000 0.000 1.000 Y NA
 3653358 3653359 SACE_2632 SACE_2633 ehpF   TRUE 0.939 0.000 0.000 0.098   NA
 3653359 3653360 SACE_2633 SACE_2634     FALSE 0.008 588.000 0.000 NA   NA
 3653361 3653362 SACE_2635 SACE_2636     TRUE 0.903 6.000 0.052 1.000   NA
 3653362 3653363 SACE_2636 SACE_2637     TRUE 0.808 38.000 0.052 0.098 N NA
 3653363 3653364 SACE_2637 SACE_2638   dgoK TRUE 0.999 -9.000 0.750 1.000 Y NA
 3653365 3653366 SACE_2639 SACE_2640     FALSE 0.011 776.000 0.000 1.000   NA
 3653366 3653367 SACE_2640 SACE_2641   pncA FALSE 0.014 544.000 0.000 1.000   NA
 3653367 3653368 SACE_2641 SACE_2643 pncA   FALSE 0.051 163.000 0.000 NA   NA
 3653370 3653371 SACE_2645 SACE_2646     TRUE 0.827 58.000 0.429 NA   NA
 3653375 3653376 SACE_2650 SACE_2651     TRUE 0.974 6.000 0.549 1.000   NA
 3653376 3653377 SACE_2651 SACE_2652     FALSE 0.015 479.000 0.000 1.000   NA
 3653377 3653378 SACE_2652 SACE_2653     FALSE 0.296 36.000 0.000 1.000   NA
 3653378 3653379 SACE_2653 SACE_2654     FALSE 0.018 408.000 0.000 1.000   NA
 3653379 3653380 SACE_2654 SACE_2655     TRUE 0.995 -3.000 0.250 0.062   NA
 3653381 3653382 SACE_2656 SACE_2657     FALSE 0.008 557.000 0.000 NA   NA
 3653382 3653383 SACE_2657 SACE_2658     FALSE 0.007 650.000 0.000 NA   NA
 3653383 3653384 SACE_2658 SACE_2659     FALSE 0.046 224.000 0.000 1.000   NA
 3653384 3653385 SACE_2659 SACE_2660     FALSE 0.007 731.000 0.000 NA   NA
 3653387 3653388 SACE_2662 SACE_2663     FALSE 0.180 86.000 0.000 1.000   NA
 3653389 3653390 SACE_2664 SACE_2665     FALSE 0.009 495.000 0.000 NA   NA
 3653390 3653391 SACE_2665 SACE_2666     FALSE 0.058 150.000 0.000 NA   NA
 3653391 3653392 SACE_2666 SACE_2667   cysS FALSE 0.016 298.000 0.000 NA   NA
 3653393 3653394 SACE_2668 SACE_2669     TRUE 0.998 -3.000 0.353 0.054 Y NA
 3653394 3653395 SACE_2669 SACE_2670     TRUE 0.871 44.000 0.137 0.054 N NA
 3653395 3653396 SACE_2670 SACE_2671     TRUE 0.755 27.000 0.000 1.000 Y NA
 3653396 3653397 SACE_2671 SACE_2672     TRUE 0.903 75.000 0.067 0.017 Y NA
 3653397 3653398 SACE_2672 SACE_2673     FALSE 0.153 96.000 0.000 1.000   NA
 3653400 3653401 SACE_2676 SACE_2677     FALSE 0.117 84.000 0.000 NA   NA
 3653401 3653402 SACE_2677 SACE_2678     FALSE 0.006 991.000 0.000 NA   NA
 3653403 3653404 SACE_2679 SACE_2680     FALSE 0.008 506.000 0.000 NA   NA
 3653406 3653407 SACE_2682 SACE_2683     TRUE 0.918 -31.000 0.000 1.000   NA
 3653408 3653409 SACE_2684 SACE_2685     TRUE 0.996 -7.000 0.700 1.000   NA
 3653411 3653412 SACE_2687 SACE_2688     FALSE 0.006 851.000 0.000 NA   NA
 3653412 3653413 SACE_2688 SACE_2689   trpE FALSE 0.026 228.000 0.000 NA   NA
 3653414 3653415 SACE_2690 SACE_2691     FALSE 0.033 288.000 0.000 1.000 N NA
 3653415 3653416 SACE_2691 SACE_2692     FALSE 0.028 223.000 0.000 NA   NA
 3653416 3653417 SACE_2692 SACE_2693     FALSE 0.350 190.000 0.188 NA   NA
 3653417 3653418 SACE_2693 SACE_2694   dhbE TRUE 0.998 -3.000 0.429 0.098 Y NA
 3653418 3653419 SACE_2694 SACE_2695 dhbE   TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.098 Y NA
 3653419 3653420 SACE_2695 SACE_2696     TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.003 Y NA
 3653422 3653423 SACE_2698 SACE_2699     FALSE 0.196 80.000 0.000 1.000   NA
 3653423 3653424 SACE_2699 SACE_2700     FALSE 0.071 122.000 0.000 NA   NA
 3653424 3653425 SACE_2700 SACE_2701     FALSE 0.026 254.000 0.000 NA N NA
 3653425 3653426 SACE_2701 SACE_2702     TRUE 0.995 -3.000 0.750 NA N NA
 3653426 3653427 SACE_2702 SACE_2703     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3653427 3653428 SACE_2703 SACE_2704   pip FALSE 0.088 102.000 0.000 NA   NA
 3653432 3653433 SACE_2709 SACE_2710     FALSE 0.009 483.000 0.000 NA   NA
 3653433 3653434 SACE_2710 SACE_2711     FALSE 0.152 65.000 0.000 NA   NA
 3653435 3653436 SACE_2712 SACE_2713     FALSE 0.021 252.000 0.000 NA   NA
 3653436 3653437 SACE_2713 SACE_2714     FALSE 0.010 431.000 0.000 NA   NA
 3653438 3653439 SACE_2715 SACE_2716     TRUE 0.636 2.000 0.000 NA   NA
 3653439 3653440 SACE_2716 SACE_2717     FALSE 0.019 266.000 0.000 NA   NA
 3653441 3653442 SACE_2718 SACE_2719     FALSE 0.050 165.000 0.000 NA   NA
 3653442 3653443 SACE_2719 SACE_2720     FALSE 0.034 201.000 0.000 NA   NA
 3653444 3653445 SACE_2721 SACE_2722     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653447 3653448 SACE_2724 SACE_2725     FALSE 0.209 160.000 0.018 NA   NA
 3653448 3653449 SACE_2725 SACE_2726     FALSE 0.019 265.000 0.000 NA   NA
 3653449 3653450 SACE_2726 SACE_2727     TRUE 0.996 -30.000 0.288 0.060   NA
 3653452 3653453 SACE_2729 SACE_2730     FALSE 0.034 202.000 0.000 NA   NA
 3653453 3653454 SACE_2730 SACE_2731     FALSE 0.040 184.000 0.000 NA   NA
 3653454 3653455 SACE_2731 SACE_2732     FALSE 0.009 494.000 0.000 NA   NA
 3653457 3653458 SACE_2734 SACE_2735   fabG FALSE 0.191 89.000 0.000 1.000 N NA
 3653458 3653459 SACE_2735 SACE_2736 fabG fadA6 TRUE 0.702 48.000 0.000 1.000 Y NA
 3653459 3653460 SACE_2736 SACE_2737 fadA6   FALSE 0.138 72.000 0.000 NA   NA
 3653462 3653463 SACE_2739 SACE_2740   echA12 FALSE 0.245 71.000 0.000 1.000 N NA
 3653463 3653464 SACE_2740 SACE_2741 echA12   TRUE 0.969 5.000 0.455 NA   NA
 3653464 3653465 SACE_2741 SACE_2742     TRUE 0.995 -7.000 0.500 NA   NA
 3653465 3653466 SACE_2742 SACE_2743   fadE22 TRUE 0.979 12.000 0.500 NA Y NA
 3653466 3653467 SACE_2743 SACE_2744 fadE22   TRUE 0.996 -3.000 1.000 1.000   NA
 3653467 3653468 SACE_2744 SACE_2745   fadE21 TRUE 0.901 59.000 0.833 1.000   NA
 3653468 3653469 SACE_2745 SACE_2746 fadE21 fabG TRUE 0.998 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 3653469 3653470 SACE_2746 SACE_2747 fabG   TRUE 0.998 -3.000 0.375 0.059 Y NA
 3653470 3653471 SACE_2747 SACE_2748     TRUE 0.996 -3.000 0.061 0.097 Y NA
 3653471 3653472 SACE_2748 SACE_2749     FALSE 0.180 45.000 0.000 NA   NA
 3653472 3653473 SACE_2749 SACE_2750     FALSE 0.070 123.000 0.000 NA   NA
 3653473 3653474 SACE_2750 SACE_2751     TRUE 0.989 -3.000 0.200 1.000   NA
 3653477 3653478 SACE_2754 SACE_2755 tnp9B   FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3653478 3653479 SACE_2755 SACE_2756     FALSE 0.019 310.000 0.000 NA N NA
 3653479 3653480 SACE_2756 SACE_2757     FALSE 0.462 95.000 0.000 0.058 N NA
 3653481 3653482 SACE_2758 SACE_2759     FALSE 0.192 37.000 0.000 NA   NA
 3653483 3653484 SACE_2760 SACE_2761     FALSE 0.162 101.000 0.000 1.000 N NA
 3653486 3653487 SACE_2763 SACE_2764     TRUE 0.991 -3.000 0.286 NA N NA
 3653490 3653491 SACE_2767 SACE_2768     FALSE 0.030 215.000 0.000 NA   NA
 3653493 3653494 SACE_2770 SACE_2771     FALSE 0.007 631.000 0.000 NA   NA
 3653494 3653495 SACE_2771 SACE_2772     FALSE 0.150 98.000 0.000 1.000   NA
 3653496 3653497 SACE_2773 SACE_2774     FALSE 0.079 169.000 0.000 1.000   NA
 3653497 3653498 SACE_2774 SACE_2775     TRUE 0.980 -3.000 0.000 0.020   NA
 3653498 3653499 SACE_2775 SACE_2776     FALSE 0.022 359.000 0.000 1.000   NA
 3653501 3653502 SACE_2778 SACE_2779 acd   TRUE 0.533 14.000 0.000 1.000 N NA
 3653502 3653503 SACE_2779 SACE_2780     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3653504 3653505 SACE_2781 SACE_2782     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3653506 3653507 SACE_2783 SACE_2784     TRUE 0.919 45.000 0.400 0.058   NA
 3653507 3653508 SACE_2784 SACE_2785   lao2 TRUE 0.931 33.000 0.400 0.058   NA
 3653513 3653514 SACE_2790 SACE_2791     FALSE 0.056 155.000 0.000 NA   NA
 3653514 3653515 SACE_2791 SACE_2792     FALSE 0.151 107.000 0.000 1.000 N NA
 3653517 3653518 SACE_2794 SACE_2795     TRUE 0.944 21.000 0.069 0.097 Y NA
 3653518 3653519 SACE_2795 SACE_2796     FALSE 0.307 42.000 0.000 1.000 N NA
 3653520 3653521 SACE_2797 SACE_2798     FALSE 0.009 494.000 0.000 NA   NA
 3653521 3653522 SACE_2798 SACE_2799     FALSE 0.067 130.000 0.000 NA   NA
 3653524 3653525 SACE_2801 SACE_2802     FALSE 0.032 208.000 0.000 NA   NA
 3653525 3653526 SACE_2802 SACE_2803     FALSE 0.168 56.000 0.000 NA   NA
 3653526 3653527 SACE_2803 SACE_2806     FALSE 0.006 1266.000 0.000 NA   NA
 3653527 3653528 SACE_2806 SACE_2807     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653530 3653531 SACE_2809 SACE_2810     FALSE 0.035 198.000 0.000 NA   NA
 3653533 3653534 SACE_2812 SACE_2813     FALSE 0.009 488.000 0.000 NA   NA
 3653534 3653535 SACE_2813 SACE_2814     FALSE 0.010 434.000 0.000 NA   NA
 3653535 3653536 SACE_2814 SACE_2815     FALSE 0.010 430.000 0.000 NA   NA
 3653537 3653538 SACE_2816 SACE_2817 map   FALSE 0.054 157.000 0.000 NA   NA
 3653539 3653540 SACE_2818 SACE_2819     FALSE 0.117 84.000 0.000 NA   NA
 3653540 3653541 SACE_2819 SACE_2820     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3653541 3653542 SACE_2820 SACE_2821     TRUE 0.994 -3.000 0.625 NA   NA
 3653542 3653543 SACE_2821 SACE_2822   vanK TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3653543 3653544 SACE_2822 SACE_2823 vanK   FALSE 0.047 234.000 0.000 1.000 N NA
 3653547 3653548 SACE_2826 SACE_2827     FALSE 0.029 288.000 0.000 1.000   NA
 3653548 3653549 SACE_2827 SACE_2828     TRUE 0.819 50.000 0.286 1.000   NA
 3653551 3653552 SACE_2830 SACE_2831     FALSE 0.184 41.000 0.000 NA   NA
 3653553 3653554 SACE_2832 SACE_2833     TRUE 0.993 3.000 0.733 1.000 Y NA
 3653556 3653557 SACE_2835 SACE_2836   lexA FALSE 0.008 520.000 0.000 NA   NA
 3653558 3653559 SACE_2837 SACE_2838   fdxB FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3653559 3653560 SACE_2838 SACE_2839 fdxB fprC TRUE 0.990 -3.000 0.044 0.059   NA
 3653560 3653561 SACE_2839 SACE_2840 fprC   FALSE 0.011 408.000 0.000 NA   NA
 3653561 3653562 SACE_2840 SACE_2841     FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3653562 3653563 SACE_2841 SACE_2842   cyp7 FALSE 0.357 22.000 0.000 1.000   NA
 3653564 3653565 SACE_2843 SACE_2844     FALSE 0.027 306.000 0.000 1.000   NA
 3653565 3653566 SACE_2844 SACE_2845     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653566 3653567 SACE_2845 SACE_2846     FALSE 0.136 73.000 0.000 NA   NA
 3653567 3653568 SACE_2846 SACE_2847     FALSE 0.045 227.000 0.000 1.000   NA
 3653568 3653569 SACE_2847 SACE_2848   iclR FALSE 0.054 209.000 0.000 1.000   NA
 3653570 3653571 SACE_2849 SACE_2850     TRUE 0.726 3.000 0.000 1.000   NA
 3653571 3653572 SACE_2850 SACE_2851     TRUE 0.985 3.000 0.714 1.000 N NA
 3653572 3653573 SACE_2851 SACE_2852   caiD TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3653575 3653576 SACE_2854 SACE_2855     FALSE 0.054 158.000 0.000 NA   NA
 3653577 3653578 SACE_2856 SACE_2857     FALSE 0.041 182.000 0.000 NA   NA
 3653579 3653580 SACE_2859 SACE_2860     FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3653581 3653582 SACE_2861 SACE_2862     FALSE 0.091 99.000 0.000 NA   NA
 3653582 3653583 SACE_2862 SACE_2863     FALSE 0.185 40.000 0.000 NA   NA
 3653583 3653584 SACE_2863 SACE_2864     FALSE 0.059 213.000 0.000 1.000 N NA
 3653584 3653585 SACE_2864 SACE_2865   aroD FALSE 0.120 135.000 0.000 1.000 N NA
 3653587 3653588 SACE_2867 SACE_2868 rifI shnQ TRUE 0.970 2.000 0.005 1.000 Y NA
 3653588 3653589 SACE_2868 SACE_2869 shnQ rifN TRUE 0.966 -3.000 0.002 1.000 N NA
 3653590 3653591 SACE_2870 SACE_2871 rifK rifL TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653591 3653592 SACE_2871 SACE_2872 rifL rifM TRUE 0.996 -7.000 0.667 1.000   NA
 3653592 3653593 SACE_2872 SACE_2873 rifM   FALSE 0.071 180.000 0.000 1.000   NA
 3653595 3653596 SACE_2875 SACE_2876   gdmF TRUE 0.840 16.000 0.000 1.000 Y NA
 3653596 3653597 SACE_2876 SACE_2877 gdmF gdmM TRUE 0.989 0.000 0.600 1.000 N NA
 3653597 3653598 SACE_2877 SACE_2878 gdmM tcmO TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653599 3653600 SACE_2879 SACE_2880     FALSE 0.057 152.000 0.000 NA   NA
 3653600 3653601 SACE_2880 SACE_2881   wrbA FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3653602 3653603 SACE_2882 SACE_2883     FALSE 0.017 338.000 0.000 NA N NA
 3653603 3653604 SACE_2883 SACE_2884   ribA FALSE 0.012 445.000 0.000 NA N NA
 3653604 3653605 SACE_2884 SACE_2885 ribA toxC TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653605 3653606 SACE_2885 SACE_2886 toxC   FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3653606 3653607 SACE_2886 SACE_2887   ribD FALSE 0.449 60.000 0.009 NA   NA
 3653607 3653608 SACE_2887 SACE_2888 ribD   FALSE 0.111 147.000 0.000 1.000 N NA
 3653608 3653609 SACE_2888 SACE_2889   cysE TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3653610 3653611 SACE_2890 SACE_2891 nysRI   FALSE 0.063 438.000 0.000 0.089   NA
 3653612 3653613 SACE_2892 SACE_2893 ebrB cysK FALSE 0.011 835.000 0.000 1.000   NA
 3653613 3653614 SACE_2893 SACE_2894 cysK   TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653614 3653615 SACE_2894 SACE_2895     TRUE 0.973 -3.000 0.000 0.097   NA
 3653615 3653616 SACE_2895 SACE_2896     FALSE 0.301 49.000 0.000 1.000 N NA
 3653616 3653617 SACE_2896 SACE_2897     FALSE 0.303 46.000 0.000 1.000 N NA
 3653617 3653618 SACE_2897 SACE_2898     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653618 3653619 SACE_2898 SACE_2899   fscRIV FALSE 0.279 42.000 0.000 1.000   NA
 3653619 3653620 SACE_2899 SACE_2900 fscRIV   FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3653620 3653621 SACE_2900 SACE_2901     FALSE 0.040 185.000 0.000 NA   NA
 3653621 3653622 SACE_2901 SACE_2902     FALSE 0.174 53.000 0.000 NA   NA
 3653623 3653624 SACE_2903 SACE_2904     TRUE 0.913 30.000 0.667 1.000   NA
 3653624 3653625 SACE_2904 SACE_2905   iolH FALSE 0.330 163.000 0.000 NA Y NA
 3653625 3653626 SACE_2905 SACE_2906 iolH   TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653626 3653627 SACE_2906 SACE_2907     FALSE 0.180 46.000 0.000 NA   NA
 3653627 3653628 SACE_2907 SACE_2908     TRUE 0.893 40.000 0.727 NA   NA
 3653628 3653629 SACE_2908 SACE_2909     FALSE 0.019 402.000 0.000 1.000   NA
 3653630 3653631 SACE_2910 SACE_2911     FALSE 0.151 97.000 0.000 1.000   NA
 3653631 3653632 SACE_2911 SACE_2912     FALSE 0.141 103.000 0.000 1.000   NA
 3653633 3653634 SACE_2913 SACE_2914     FALSE 0.024 238.000 0.000 NA   NA
 3653634 3653635 SACE_2914 SACE_2915   thcA TRUE 0.958 0.000 0.097 NA   NA
 3653637 3653638 SACE_2917 SACE_2918 argG   FALSE 0.008 542.000 0.000 NA   NA
 3653638 3653639 SACE_2918 SACE_2919     FALSE 0.060 146.000 0.000 NA   NA
 3653639 3653640 SACE_2919 SACE_2920     FALSE 0.026 230.000 0.000 NA   NA
 3653640 3653641 SACE_2920 SACE_2921     FALSE 0.048 168.000 0.000 NA   NA
 3653644 3653645 SACE_2924 SACE_2925     FALSE 0.084 106.000 0.000 NA   NA
 3653645 3653646 SACE_2925 SACE_2926     FALSE 0.008 511.000 0.000 NA   NA
 3653648 3653649 SACE_2928 SACE_2929     TRUE 0.715 107.000 0.500 NA   NA
 3653649 3653650 SACE_2929 SACE_2930     TRUE 0.977 3.000 0.500 NA   NA
 3653650 3653651 SACE_2930 SACE_2931     FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3653651 3653652 SACE_2931 SACE_2932     FALSE 0.200 35.000 0.000 NA   NA
 3653655 3653656 SACE_2935 SACE_2936     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3653657 3653658 SACE_2937 SACE_2938     FALSE 0.200 35.000 0.000 NA   NA
 3653659 3653660 SACE_2939 SACE_2940     TRUE 0.849 65.000 0.500 1.000   NA
 3653664 3653665 SACE_2944 SACE_2945     TRUE 0.995 -7.000 0.000 0.003 Y NA
 3653665 3653666 SACE_2945 SACE_2946     TRUE 0.992 -7.000 0.250 1.000   NA
 3653670 3653671 SACE_2950 SACE_2951 clpC clpC TRUE 0.968 -3.000 0.010 1.000   NA
 3653671 3653672 SACE_2951 SACE_2952 clpC pfpI FALSE 0.023 339.000 0.000 1.000   NA
 3653672 3653673 SACE_2952 SACE_2953 pfpI racX FALSE 0.098 148.000 0.000 1.000   NA
 3653674 3653675 SACE_2954 SACE_2955   cydA FALSE 0.061 144.000 0.000 NA   NA
 3653675 3653676 SACE_2955 SACE_2956 cydA cydB TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.059 Y NA
 3653676 3653677 SACE_2956 SACE_2957 cydB   FALSE 0.077 113.000 0.000 NA   NA
 3653677 3653678 SACE_2957 SACE_2958     FALSE 0.052 160.000 0.000 NA   NA
 3653678 3653679 SACE_2958 SACE_2959     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3653679 3653680 SACE_2959 SACE_2960     FALSE 0.020 260.000 0.000 NA   NA
 3653681 3653682 SACE_2961 SACE_2962     TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3653682 3653683 SACE_2962 SACE_2963   soxA2 TRUE 0.750 29.000 0.000 1.000 Y NA
 3653683 3653684 SACE_2963 SACE_2964 soxA2   FALSE 0.082 177.000 0.000 1.000 N NA
 3653685 3653686 SACE_2965 SACE_2966 dhlB   FALSE 0.024 329.000 0.000 1.000   NA
 3653687 3653688 SACE_2967 SACE_2968 cspA   FALSE 0.055 207.000 0.000 1.000   NA
 3653691 3653692 SACE_2971 SACE_2972     TRUE 0.868 -21.000 0.000 NA   NA
 3653693 3653694 SACE_2973 SACE_2974   iorA FALSE 0.084 176.000 0.000 1.000 N NA
 3653694 3653695 SACE_2974 SACE_2975 iorA iorB TRUE 0.979 70.000 0.833 0.000 Y NA
 3653696 3653697 SACE_2976 SACE_2977     FALSE 0.098 93.000 0.000 NA   NA
 3653697 3653698 SACE_2977 SACE_2978     TRUE 0.653 90.000 0.222 NA N NA
 3653700 3653701 SACE_2980 SACE_2981 iolG   FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3653701 3653702 SACE_2981 SACE_2982     FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 3653702 3653703 SACE_2982 SACE_2983   tnp FALSE 0.060 145.000 0.000 NA   NA
 3653703 3653704 SACE_2983 SACE_2984 tnp   FALSE 0.012 1090.000 0.000 1.000 N NA
 3653704 3653705 SACE_2984 SACE_2985     FALSE 0.317 31.000 0.000 1.000   NA
 3653705 3653706 SACE_2985 SACE_2986     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3653706 3653707 SACE_2986 SACE_2987     TRUE 0.686 37.000 0.000 NA Y NA
 3653707 3653708 SACE_2987 SACE_2988     TRUE 0.944 33.000 0.390 1.000 Y NA
 3653708 3653709 SACE_2988 SACE_2989     TRUE 0.919 52.000 0.348 NA Y NA
 3653709 3653710 SACE_2989 SACE_2990     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3653710 3653711 SACE_2990 SACE_2991     FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3653711 3653712 SACE_2991 SACE_2992     TRUE 0.521 63.000 0.013 1.000 N NA
 3653712 3653713 SACE_2992 SACE_2993     TRUE 0.979 -3.000 0.051 1.000   NA
 3653713 3653714 SACE_2993 SACE_2994     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653714 3653715 SACE_2994 SACE_2995     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3653715 3653716 SACE_2995 SACE_2996     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3653716 3653717 SACE_2996 SACE_2997     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3653717 3653718 SACE_2997 SACE_2998     TRUE 0.982 -3.000 0.076 1.000   NA
 3653718 3653719 SACE_2998 SACE_2999     FALSE 0.201 78.000 0.000 1.000   NA
 3653719 3653720 SACE_2999 SACE_3000   iolE2 FALSE 0.090 117.000 0.000 NA N NA
 3653720 3653721 SACE_3000 SACE_3001 iolE2   FALSE 0.188 61.000 0.000 NA N NA
 3653721 3653722 SACE_3001 SACE_3002     FALSE 0.016 300.000 0.000 NA   NA
 3653722 3653723 SACE_3002 SACE_3003     TRUE 0.990 0.000 0.800 NA   NA
 3653723 3653724 SACE_3003 SACE_3004     FALSE 0.111 87.000 0.000 NA   NA
 3653724 3653725 SACE_3004 SACE_3005     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653726 3653727 SACE_3006 SACE_3007     TRUE 0.871 -12.000 0.000 NA   NA
 3653727 3653728 SACE_3007 SACE_3008     FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3653731 3653732 SACE_3011 SACE_3012     FALSE 0.074 117.000 0.000 NA   NA
 3653734 3653735 SACE_3014 SACE_3015 nrps4   TRUE 0.791 133.000 0.333 0.007   NA
 3653735 3653736 SACE_3015 SACE_3016     TRUE 0.969 23.000 0.750 1.000 Y NA
 3653736 3653737 SACE_3016 SACE_3017   arcB4 TRUE 0.996 -3.000 0.800 1.000 N NA
 3653737 3653738 SACE_3017 SACE_3018 arcB4 phaB FALSE 0.087 172.000 0.000 1.000 N NA
 3653740 3653741 SACE_3020 SACE_3021     FALSE 0.037 194.000 0.000 NA   NA
 3653741 3653742 SACE_3021 SACE_3022     FALSE 0.007 713.000 0.000 NA   NA
 3653742 3653743 SACE_3022 SACE_3023   tnp9B FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3653743 3653744 SACE_3023 SACE_3024 tnp9B   TRUE 0.525 89.000 0.000 0.013   NA
 3653745 3653746 SACE_3025 SACE_3026     FALSE 0.017 444.000 0.000 1.000   NA
 3653746 3653747 SACE_3026 SACE_3027     FALSE 0.024 370.000 0.000 1.000 N NA
 3653747 3653748 SACE_3027 SACE_3028     FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 3653749 3653750 SACE_3029 SACE_3030     FALSE 0.296 52.000 0.000 1.000 N NA
 3653750 3653751 SACE_3030 SACE_3031     FALSE 0.015 321.000 0.000 NA   NA
 3653751 3653752 SACE_3031 SACE_3032     FALSE 0.078 111.000 0.000 NA   NA
 3653752 3653753 SACE_3032 SACE_3033     FALSE 0.020 420.000 0.000 1.000 N NA
 3653753 3653754 SACE_3033 SACE_3034     TRUE 0.637 145.000 0.400 1.000 N NA
 3653754 3653755 SACE_3034 SACE_3035     TRUE 0.865 58.000 0.500 1.000 N NA
 3653755 3653756 SACE_3035 SACE_3036     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653757 3653758 SACE_3037 SACE_3038     TRUE 0.994 12.000 0.800 0.004 Y NA
 3653759 3653760 SACE_3039 SACE_3040     FALSE 0.022 392.000 0.000 1.000 N NA
 3653760 3653761 SACE_3040 SACE_3041     TRUE 0.993 2.000 0.667 0.046 N NA
 3653761 3653762 SACE_3041 SACE_3042   matC FALSE 0.114 143.000 0.000 1.000 N NA
 3653763 3653764 SACE_3043 SACE_3044     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3653764 3653765 SACE_3044 SACE_3045     FALSE 0.233 24.000 0.000 NA   NA
 3653766 3653767 SACE_3046 SACE_3047     FALSE 0.013 359.000 0.000 NA   NA
 3653767 3653768 SACE_3047 SACE_3048     TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3653771 3653772 SACE_3051 SACE_3052     FALSE 0.191 82.000 0.000 1.000   NA
 3653772 3653773 SACE_3052 SACE_3053     FALSE 0.140 114.000 0.000 1.000 N NA
 3653773 3653774 SACE_3053 SACE_3054   paaL FALSE 0.037 248.000 0.000 1.000   NA
 3653774 3653775 SACE_3054 SACE_3055 paaL   TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653776 3653777 SACE_3056 SACE_3057     TRUE 0.783 22.000 0.095 1.000   NA
 3653777 3653778 SACE_3057 SACE_3058     FALSE 0.047 170.000 0.000 NA   NA
 3653778 3653779 SACE_3058 SACE_3059   hupD1 TRUE 0.989 -3.000 0.250 NA   NA
 3653781 3653782 SACE_3061 SACE_3062     TRUE 0.986 22.000 0.625 0.000 Y NA
 3653782 3653783 SACE_3062 SACE_3063     FALSE 0.327 16.000 0.000 NA   NA
 3653783 3653784 SACE_3063 SACE_3064     TRUE 0.925 4.000 0.087 NA   NA
 3653784 3653785 SACE_3064 SACE_3065     TRUE 0.889 17.000 0.261 NA   NA
 3653785 3653786 SACE_3065 SACE_3066     TRUE 0.982 -3.000 0.105 NA   NA
 3653786 3653787 SACE_3066 SACE_3067     TRUE 0.991 -3.000 0.316 NA   NA
 3653787 3653788 SACE_3067 SACE_3068     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3653788 3653789 SACE_3068 SACE_3069   gmhA FALSE 0.072 120.000 0.000 NA   NA
 3653789 3653790 SACE_3069 SACE_3070 gmhA   TRUE 0.992 -3.000 0.417 NA   NA
 3653790 3653791 SACE_3070 SACE_3071   gmhA TRUE 0.959 6.000 0.357 NA   NA
 3653791 3653792 SACE_3071 SACE_3072 gmhA hybG TRUE 0.792 23.000 0.143 NA N NA
 3653792 3653793 SACE_3072 SACE_3073 hybG   TRUE 0.934 11.000 0.025 NA Y NA
 3653793 3653794 SACE_3073 SACE_3074     TRUE 0.997 -3.000 0.353 1.000 Y NA
 3653794 3653795 SACE_3074 SACE_3075   hypA1 TRUE 0.838 11.000 0.029 1.000   NA
 3653795 3653796 SACE_3075 SACE_3076 hypA1   TRUE 0.991 4.000 0.545 0.003   NA
 3653803 3653804 SACE_3083 SACE_3084   echA5 FALSE 0.132 122.000 0.000 1.000 N NA
 3653804 3653805 SACE_3084 SACE_3085 echA5 fadE8 TRUE 0.857 31.000 0.031 1.000 Y NA
 3653805 3653806 SACE_3085 SACE_3086 fadE8   TRUE 0.989 -16.000 0.127 1.000 N NA
 3653807 3653808 SACE_3087 SACE_3088     FALSE 0.018 273.000 0.000 NA   NA
 3653809 3653810 SACE_3089 SACE_3090   helZ2 TRUE 0.983 0.000 0.364 1.000   NA
 3653811 3653812 SACE_3091 SACE_3092   xdhB TRUE 0.999 -3.000 0.577 0.059 Y NA
 3653812 3653813 SACE_3092 SACE_3093 xdhB xdhA TRUE 0.999 -3.000 0.423 0.001 Y NA
 3653813 3653814 SACE_3093 SACE_3094 xdhA   FALSE 0.050 229.000 0.000 1.000 N NA
 3653814 3653815 SACE_3094 SACE_3095     FALSE 0.058 214.000 0.000 1.000 N NA
 3653815 3653816 SACE_3095 SACE_3096     TRUE 0.951 9.000 0.308 1.000   NA
 3653816 3653817 SACE_3096 SACE_3097     FALSE 0.023 241.000 0.000 NA   NA
 3653818 3653819 SACE_3098 SACE_3099     FALSE 0.030 311.000 0.000 1.000 N NA
 3653819 3653820 SACE_3099 SACE_3100     FALSE 0.219 28.000 0.000 NA   NA
 3653820 3653821 SACE_3100 SACE_3101   atsD TRUE 0.623 53.000 0.065 NA   NA
 3653822 3653823 SACE_3102 SACE_3103   dnaK TRUE 0.935 28.000 1.000 1.000   NA
 3653823 3653824 SACE_3103 SACE_3104 dnaK   TRUE 0.989 -3.000 0.250 NA   NA
 3653824 3653825 SACE_3104 SACE_3105     TRUE 0.958 4.000 0.250 NA   NA
 3653826 3653827 SACE_3106 SACE_3107     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653827 3653828 SACE_3107 SACE_3108     TRUE 0.991 0.000 1.000 NA   NA
 3653828 3653829 SACE_3108 SACE_3109     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3653829 3653830 SACE_3109 SACE_3110     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3653830 3653831 SACE_3110 SACE_3111   dnaK TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3653831 3653832 SACE_3111 SACE_3112 dnaK   TRUE 0.922 -7.000 0.000 1.000   NA
 3653834 3653835 SACE_3114 SACE_3115   yqhE FALSE 0.127 112.000 0.000 1.000   NA
 3653835 3653836 SACE_3115 SACE_3116 yqhE   TRUE 0.920 -15.000 0.000 1.000   NA
 3653836 3653837 SACE_3116 SACE_3117     FALSE 0.008 508.000 0.000 NA   NA
 3653837 3653838 SACE_3117 SACE_3118     FALSE 0.096 95.000 0.000 NA   NA
 3653839 3653840 SACE_3119 SACE_3120 hisD2   FALSE 0.362 27.000 0.000 1.000 N NA
 3653840 3653841 SACE_3120 SACE_3121     FALSE 0.070 123.000 0.000 NA   NA
 3653841 3653842 SACE_3121 SACE_3122     FALSE 0.179 47.000 0.000 NA   NA
 3653844 3653845 SACE_3124 SACE_3125     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3653845 3653846 SACE_3125 SACE_3126   fadE13 FALSE 0.157 62.000 0.000 NA   NA
 3653846 3653847 SACE_3126 SACE_3127 fadE13   FALSE 0.206 76.000 0.000 1.000   NA
 3653849 3653850 SACE_3129 SACE_3130     FALSE 0.083 165.000 0.000 1.000   NA
 3653853 3653854 SACE_3133 SACE_3134 fadE10   TRUE 0.680 84.000 0.019 0.058 N NA
 3653855 3653856 SACE_3135 SACE_3136     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA N NA
 3653858 3653859 SACE_3138 SACE_3139   agaB2 FALSE 0.007 644.000 0.000 NA   NA
 3653859 3653860 SACE_3139 SACE_3140 agaB2   FALSE 0.077 171.000 0.000 1.000   NA
 3653862 3653863 SACE_3142 SACE_3143 mdlC   TRUE 0.707 83.000 0.211 1.000 N NA
 3653863 3653864 SACE_3143 SACE_3144   mdlD TRUE 0.848 38.000 0.333 1.000 N NA
 3653865 3653866 SACE_3145 SACE_3146 fprC hcaC2 TRUE 0.995 -3.000 0.208 0.057   NA
 3653867 3653868 SACE_3147 SACE_3148     TRUE 0.979 0.000 0.250 1.000   NA
 3653868 3653869 SACE_3148 SACE_3149     FALSE 0.233 66.000 0.000 1.000   NA
 3653869 3653870 SACE_3149 SACE_3150     FALSE 0.377 126.000 0.000 0.057 N NA
 3653872 3653873 SACE_3153 SACE_3154   accC3 TRUE 0.974 15.000 0.176 0.095 Y NA
 3653873 3653874 SACE_3154 SACE_3155 accC3   FALSE 0.008 520.000 0.000 NA   NA
 3653875 3653876 SACE_3156 SACE_3157     FALSE 0.044 229.000 0.000 1.000   NA
 3653876 3653877 SACE_3157 SACE_3158     FALSE 0.017 443.000 0.000 1.000   NA
 3653877 3653878 SACE_3158 SACE_3159     TRUE 0.991 -28.000 0.250 NA   NA
 3653878 3653879 SACE_3159 SACE_3160     TRUE 0.784 62.000 0.316 NA   NA
 3653886 3653887 SACE_3168 SACE_3169     FALSE 0.009 481.000 0.000 NA   NA
 3653887 3653888 SACE_3169 SACE_3170     TRUE 0.771 72.000 0.286 1.000   NA
 3653888 3653889 SACE_3170 SACE_3171     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653889 3653890 SACE_3171 SACE_3172     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653891 3653892 SACE_3173 SACE_3174     FALSE 0.025 322.000 0.000 1.000   NA
 3653893 3653894 SACE_3175 SACE_3176 yrhK   FALSE 0.021 255.000 0.000 NA   NA
 3653895 3653896 SACE_3177 SACE_3178 cps2I   TRUE 0.794 18.000 0.000 NA Y NA
 3653897 3653898 SACE_3179 SACE_3180     FALSE 0.056 154.000 0.000 NA   NA
 3653898 3653899 SACE_3180 SACE_3181     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653900 3653901 SACE_3182 SACE_3183     TRUE 0.601 9.000 0.000 1.000   NA
 3653901 3653902 SACE_3183 SACE_3184     TRUE 0.928 3.000 0.053 1.000   NA
 3653903 3653904 SACE_3185 SACE_3186 wzz   FALSE 0.160 60.000 0.000 NA   NA
 3653905 3653906 SACE_3187 SACE_3188     FALSE 0.010 418.000 0.000 NA   NA
 3653906 3653907 SACE_3188 SACE_3189     FALSE 0.200 35.000 0.000 NA   NA
 3653907 3653908 SACE_3189 SACE_3190     FALSE 0.059 147.000 0.000 NA   NA
 3653910 3653911 SACE_3193 SACE_3194     TRUE 0.668 7.000 0.000 1.000 N NA
 3653911 3653912 SACE_3194 SACE_3195     FALSE 0.015 317.000 0.000 NA   NA
 3653912 3653913 SACE_3195 SACE_3196   leuB TRUE 0.866 -45.000 0.000 NA   NA
 3653913 3653914 SACE_3196 SACE_3197 leuB proY TRUE 0.676 59.000 0.000 1.000 Y NA
 3653914 3653915 SACE_3197 SACE_3198 proY hutC FALSE 0.017 492.000 0.000 1.000 N NA
 3653915 3653916 SACE_3198 SACE_3199 hutC   FALSE 0.036 272.000 0.000 1.000 N NA
 3653916 3653917 SACE_3199 SACE_3200     FALSE 0.018 280.000 0.000 NA   NA
 3653918 3653919 SACE_3201 SACE_3202     FALSE 0.098 93.000 0.000 NA   NA
 3653919 3653920 SACE_3202 SACE_3203     TRUE 0.518 105.000 0.143 NA   NA
 3653920 3653921 SACE_3203 SACE_3204     FALSE 0.054 221.000 0.000 1.000 N NA
 3653922 3653923 SACE_3205 SACE_3206     FALSE 0.045 173.000 0.000 NA   NA
 3653923 3653924 SACE_3206 SACE_3207     TRUE 0.970 -3.000 0.034 NA   NA
 3653924 3653925 SACE_3207 SACE_3208     TRUE 0.977 -3.000 0.000 0.057   NA
 3653925 3653926 SACE_3208 SACE_3209     TRUE 0.988 -3.000 0.154 1.000 N NA
 3653926 3653927 SACE_3209 SACE_3210     TRUE 0.940 0.000 0.040 NA N NA
 3653927 3653928 SACE_3210 SACE_3211     TRUE 0.971 -3.000 0.040 NA   NA
 3653929 3653930 SACE_3212 SACE_3213     TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.016 Y NA
 3653930 3653931 SACE_3213 SACE_3214     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3653931 3653932 SACE_3214 SACE_3215     TRUE 0.992 -3.000 0.333 1.000 N NA
 3653932 3653933 SACE_3215 SACE_3216     TRUE 0.823 117.000 0.333 1.000 Y NA
 3653933 3653934 SACE_3216 SACE_3217     TRUE 0.943 8.000 0.051 0.095   NA
 3653934 3653935 SACE_3217 SACE_3218     TRUE 0.778 39.000 0.034 0.095   NA
 3653935 3653936 SACE_3218 SACE_3219     TRUE 0.991 -3.000 0.051 0.045   NA
 3653940 3653941 SACE_3223 SACE_3224     FALSE 0.011 756.000 0.000 1.000   NA
 3653941 3653942 SACE_3224 SACE_3225     TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3653942 3653943 SACE_3225 SACE_3226     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653943 3653944 SACE_3226 SACE_3227     TRUE 0.636 2.000 0.000 NA   NA
 3653944 3653945 SACE_3227 SACE_3228     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3653945 3653946 SACE_3228 SACE_3229     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3653947 3653948 SACE_3230 SACE_3231 add yqiA FALSE 0.340 33.000 0.000 1.000 N NA
 3653949 3653950 SACE_3232 SACE_3233     FALSE 0.304 44.000 0.000 1.000 N NA
 3653950 3653951 SACE_3233 SACE_3234   rbsK FALSE 0.351 30.000 0.000 1.000 N NA
 3653951 3653952 SACE_3234 SACE_3235 rbsK   FALSE 0.291 37.000 0.000 1.000   NA
 3653953 3653954 SACE_3236 SACE_3237     FALSE 0.147 68.000 0.000 NA   NA
 3653957 3653958 SACE_3240 SACE_3241   accD2 TRUE 0.672 95.000 0.250 1.000   NA
 3653958 3653959 SACE_3241 SACE_3242 accD2   TRUE 0.994 14.000 0.875 0.001 Y NA
 3653959 3653960 SACE_3242 SACE_3243   fadE12 TRUE 0.961 41.000 0.812 1.000 Y NA
 3653960 3653961 SACE_3243 SACE_3244 fadE12   FALSE 0.245 71.000 0.000 1.000 N NA
 3653963 3653964 SACE_3246 SACE_3247     FALSE 0.115 85.000 0.000 NA   NA
 3653964 3653965 SACE_3247 SACE_3248     FALSE 0.451 124.000 0.081 1.000 N NA
 3653965 3653966 SACE_3248 SACE_3249   soxA TRUE 0.992 -3.000 0.324 1.000   NA
 3653966 3653967 SACE_3249 SACE_3250 soxA   TRUE 0.996 -3.000 0.278 0.058   NA
 3653967 3653968 SACE_3250 SACE_3251   dapA1 TRUE 0.979 -3.000 0.053 1.000   NA
 3653968 3653969 SACE_3251 SACE_3252 dapA1   TRUE 0.974 2.000 0.027 1.000 Y NA
 3653971 3653972 SACE_3254 SACE_3255   arsR FALSE 0.193 81.000 0.000 1.000   NA
 3653972 3653973 SACE_3255 SACE_3256 arsR iolE FALSE 0.032 227.000 0.000 NA N NA
 3653973 3653974 SACE_3256 SACE_3257 iolE   TRUE 0.852 13.000 0.000 NA Y NA
 3653974 3653975 SACE_3257 SACE_3258     FALSE 0.049 184.000 0.000 NA N NA
 3653975 3653976 SACE_3258 SACE_3259     FALSE 0.016 519.000 0.000 1.000 N NA
 3653976 3653977 SACE_3259 SACE_3260     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3653977 3653978 SACE_3260 SACE_3261     FALSE 0.050 164.000 0.000 NA   NA
 3653978 3653979 SACE_3261 SACE_3262     TRUE 0.500 132.000 0.200 NA   NA
 3653979 3653980 SACE_3262 SACE_3263     FALSE 0.102 91.000 0.000 NA   NA
 3653981 3653982 SACE_3264 SACE_3265     FALSE 0.007 667.000 0.000 NA   NA
 3653982 3653983 SACE_3265 SACE_3266     FALSE 0.023 243.000 0.000 NA   NA
 3653986 3653987 SACE_3269 SACE_3270 crtB   TRUE 0.898 3.000 0.009 1.000 N NA
 3653987 3653988 SACE_3270 SACE_3271   crtU TRUE 0.993 -12.000 0.265 1.000   NA
 3653988 3653989 SACE_3271 SACE_3272 crtU crtV TRUE 0.849 76.000 0.224 0.057   NA
 3653989 3653990 SACE_3272 SACE_3273 crtV corA FALSE 0.170 272.000 0.000 1.000 Y NA
 3653990 3653991 SACE_3273 SACE_3274 corA aglA FALSE 0.032 270.000 0.000 1.000   NA
 3653993 3653994 SACE_3276 SACE_3277 idhA2   TRUE 0.985 -3.000 0.100 1.000   NA
 3653994 3653995 SACE_3277 SACE_3278     FALSE 0.032 229.000 0.000 NA N NA
 3653995 3653996 SACE_3278 SACE_3279     TRUE 0.994 2.000 0.800 NA Y NA
 3653997 3653998 SACE_3280 SACE_3281     FALSE 0.196 36.000 0.000 NA   NA
 3654003 3654004 SACE_3286 SACE_3287 yurI   FALSE 0.105 155.000 0.000 1.000 N NA
 3654004 3654005 SACE_3287 SACE_3288     FALSE 0.021 254.000 0.000 NA   NA
 3654006 3654007 SACE_3289 SACE_3290     FALSE 0.030 312.000 0.000 1.000 N NA
 3654012 3654013 SACE_3295 SACE_3296   proP FALSE 0.189 83.000 0.000 1.000   NA
 3654017 3654018 SACE_3300 SACE_3301     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3654019 3654020 SACE_3302 SACE_3303     FALSE 0.058 215.000 0.000 1.000 N NA
 3654021 3654022 SACE_3304 SACE_3305 clpX2   FALSE 0.024 327.000 0.000 1.000   NA
 3654023 3654024 SACE_3306 SACE_3307     FALSE 0.067 130.000 0.000 NA   NA
 3654024 3654025 SACE_3307 SACE_3308   cypA FALSE 0.113 126.000 0.000 1.000   NA
 3654026 3654027 SACE_3309 SACE_3310     FALSE 0.115 85.000 0.000 NA   NA
 3654028 3654029 SACE_3311 SACE_3312     TRUE 0.750 200.000 0.667 NA Y NA
 3654029 3654030 SACE_3312 SACE_3313     TRUE 0.949 42.000 0.667 0.017   NA
 3654031 3654032 SACE_3314 SACE_3315     FALSE 0.015 317.000 0.000 NA   NA
 3654032 3654033 SACE_3315 SACE_3316     FALSE 0.024 235.000 0.000 NA   NA
 3654034 3654035 SACE_3317 SACE_3318     FALSE 0.034 201.000 0.000 NA   NA
 3654035 3654036 SACE_3318 SACE_3319     FALSE 0.024 234.000 0.000 NA   NA
 3654046 3654047 SACE_3329 SACE_3330 bioA2   FALSE 0.146 110.000 0.000 1.000 N NA
 3654047 3654048 SACE_3330 SACE_3331   recQ FALSE 0.170 97.000 0.000 1.000 N NA
 3654048 3654049 SACE_3331 SACE_3332 recQ   TRUE 0.928 -42.000 0.000 1.000 N NA
 3654049 3654050 SACE_3332 SACE_3333     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654050 3654051 SACE_3333 SACE_3334     FALSE 0.011 391.000 0.000 NA   NA
 3654051 3654052 SACE_3334 SACE_3335     FALSE 0.010 447.000 0.000 NA   NA
 3654053 3654054 SACE_3336 SACE_3337     FALSE 0.060 198.000 0.000 1.000   NA
 3654055 3654056 SACE_3338 SACE_3339     FALSE 0.157 62.000 0.000 NA   NA
 3654056 3654057 SACE_3339 SACE_3340     TRUE 0.980 -3.000 0.083 NA   NA
 3654057 3654058 SACE_3340 SACE_3341     TRUE 0.983 -3.000 0.109 NA   NA
 3654059 3654060 SACE_3342 SACE_3343   resD TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3654060 3654061 SACE_3343 SACE_3344 resD   TRUE 0.983 4.000 0.191 1.000 Y NA
 3654064 3654065 SACE_3347 SACE_3348     FALSE 0.243 22.000 0.000 NA   NA
 3654065 3654066 SACE_3348 SACE_3349     FALSE 0.065 135.000 0.000 NA   NA
 3654068 3654069 SACE_3351 SACE_3352     FALSE 0.183 42.000 0.000 NA   NA
 3654070 3654071 SACE_3353 SACE_3354     FALSE 0.241 72.000 0.000 1.000 N NA
 3654072 3654073 SACE_3355 SACE_3356     FALSE 0.088 412.000 0.000 0.016   NA
 3654077 3654078 SACE_3360 SACE_3361     FALSE 0.162 101.000 0.000 1.000 N NA
 3654078 3654079 SACE_3361 SACE_3362     FALSE 0.421 18.000 0.000 1.000   NA
 3654079 3654080 SACE_3362 SACE_3363     FALSE 0.029 286.000 0.000 1.000   NA
 3654081 3654082 SACE_3364 SACE_3365   cpo,cpoF FALSE 0.019 268.000 0.000 NA   NA
 3654084 3654085 SACE_3367 SACE_3368     TRUE 0.991 -3.000 0.235 1.000 N NA
 3654085 3654086 SACE_3368 SACE_3369     TRUE 0.867 -36.000 0.000 NA   NA
 3654086 3654087 SACE_3369 SACE_3370     TRUE 0.985 -9.000 0.095 NA   NA
 3654087 3654088 SACE_3370 SACE_3371   fabG FALSE 0.058 168.000 0.000 NA N NA
 3654089 3654090 SACE_3372 SACE_3373     TRUE 0.995 -3.000 0.800 NA   NA
 3654090 3654091 SACE_3373 SACE_3374     TRUE 0.991 -3.000 0.333 NA   NA
 3654091 3654092 SACE_3374 SACE_3375     TRUE 0.815 66.000 0.375 1.000   NA
 3654094 3654095 SACE_3377 SACE_3378 megL   FALSE 0.172 96.000 0.000 1.000 N NA
 3654095 3654096 SACE_3378 SACE_3379     FALSE 0.052 225.000 0.000 1.000 N NA
 3654096 3654097 SACE_3379 SACE_3380     FALSE 0.114 380.000 0.000 1.000 Y NA
 3654097 3654098 SACE_3380 SACE_3381   uspA3 TRUE 0.934 16.000 0.000 0.006 Y NA
 3654098 3654099 SACE_3381 SACE_3382 uspA3   FALSE 0.054 158.000 0.000 NA   NA
 3654103 3654104 SACE_3386 SACE_3387 uspA1 baiB FALSE 0.020 417.000 0.000 1.000 N NA
 3654104 3654105 SACE_3387 SACE_3388 baiB   FALSE 0.089 118.000 0.000 NA N NA
 3654105 3654106 SACE_3388 SACE_3389     TRUE 0.786 101.000 0.714 NA N NA
 3654111 3654112 SACE_3394 SACE_3395     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3654112 3654113 SACE_3395 SACE_3396     FALSE 0.075 116.000 0.000 NA   NA
 3654115 3654116 SACE_3398 SACE_3399 pccB   FALSE 0.168 56.000 0.000 NA   NA
 3654116 3654117 SACE_3399 SACE_3400     FALSE 0.035 199.000 0.000 NA   NA
 3654119 3654120 SACE_3402 SACE_3403   gatA FALSE 0.461 118.000 0.000 1.000 Y NA
 3654121 3654122 SACE_3404 SACE_3405     FALSE 0.211 83.000 0.000 1.000 N NA
 3654124 3654125 SACE_3407 SACE_3408     FALSE 0.203 77.000 0.000 1.000   NA
 3654126 3654127 SACE_3409 SACE_3410     TRUE 0.503 89.000 0.000 0.045   NA
 3654128 3654129 SACE_3411 SACE_3412     FALSE 0.047 223.000 0.000 1.000   NA
 3654132 3654133 SACE_3415 SACE_3416     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3654133 3654134 SACE_3416 SACE_3417     FALSE 0.014 502.000 0.000 1.000   NA
 3654134 3654135 SACE_3417 SACE_3418     TRUE 0.853 29.000 0.286 1.000   NA
 3654135 3654136 SACE_3418 SACE_3419   pydB TRUE 0.567 65.000 0.031 1.000 N NA
 3654136 3654137 SACE_3419 SACE_3420 pydB   TRUE 0.824 16.000 0.087 NA N NA
 3654137 3654138 SACE_3420 SACE_3421     FALSE 0.034 201.000 0.000 NA   NA
 3654141 3654142 SACE_3424 SACE_3425     FALSE 0.014 334.000 0.000 NA   NA
 3654142 3654143 SACE_3425 SACE_3426     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3654148 3654149 SACE_3431 SACE_3432     FALSE 0.008 513.000 0.000 NA   NA
 3654149 3654150 SACE_3432 SACE_3433     FALSE 0.064 190.000 0.000 1.000   NA
 3654152 3654153 SACE_3435 SACE_3436     FALSE 0.129 77.000 0.000 NA   NA
 3654153 3654154 SACE_3436 SACE_3438     FALSE 0.006 1026.000 0.000 NA   NA
 3654155 3654156 SACE_3439 SACE_3440     FALSE 0.047 169.000 0.000 NA   NA
 3654156 3654157 SACE_3440 SACE_3441     FALSE 0.385 13.000 0.000 NA   NA
 3654158 3654159 SACE_3442 SACE_3443     TRUE 0.954 8.000 0.000 0.086 Y NA
 3654165 3654166 SACE_3449 SACE_3450     FALSE 0.354 29.000 0.000 1.000 N NA
 3654168 3654169 SACE_3452 SACE_3453     FALSE 0.011 409.000 0.000 NA   NA
 3654169 3654170 SACE_3453 SACE_3454     FALSE 0.217 72.000 0.000 1.000   NA
 3654172 3654173 SACE_3456 SACE_3457   rhtB FALSE 0.036 197.000 0.000 NA   NA
 3654175 3654176 SACE_3459 SACE_3460 ygbK pdxA TRUE 0.985 -3.000 0.152 NA   NA
 3654176 3654177 SACE_3460 SACE_3461 pdxA   FALSE 0.047 235.000 0.000 1.000 N NA
 3654177 3654178 SACE_3461 SACE_3462   srl TRUE 0.899 10.000 0.000 1.000 Y NA
 3654178 3654179 SACE_3462 SACE_3463 srl   FALSE 0.065 135.000 0.000 NA   NA
 3654179 3654180 SACE_3463 SACE_3464     FALSE 0.017 287.000 0.000 NA   NA
 3654180 3654181 SACE_3464 SACE_3465   ilvB1 FALSE 0.150 108.000 0.000 1.000 N NA
 3654181 3654182 SACE_3465 SACE_3466 ilvB1 fabH5 FALSE 0.205 53.000 0.000 NA N NA
 3654188 3654189 SACE_3472 SACE_3473     TRUE 0.869 -18.000 0.000 NA   NA
 3654189 3654190 SACE_3473 SACE_3474     TRUE 0.510 15.000 0.000 1.000 N NA
 3654191 3654192 SACE_3475 SACE_3476     TRUE 0.985 -3.000 0.000 0.001   NA
 3654192 3654193 SACE_3476 SACE_3477     FALSE 0.161 92.000 0.000 1.000   NA
 3654193 3654194 SACE_3477 SACE_3478     FALSE 0.047 234.000 0.000 1.000 N NA
 3654194 3654195 SACE_3478 SACE_3479     FALSE 0.026 352.000 0.000 1.000 N NA
 3654196 3654197 SACE_3480 SACE_3481     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3654198 3654199 SACE_3482 SACE_3483     FALSE 0.109 132.000 0.000 1.000   NA
 3654200 3654201 SACE_3484 SACE_3485 ureA ureC TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 3654201 3654202 SACE_3485 SACE_3486 ureC   TRUE 0.586 10.000 0.000 1.000   NA
 3654202 3654203 SACE_3486 SACE_3487     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3654203 3654204 SACE_3487 SACE_3488     FALSE 0.116 141.000 0.000 1.000 N NA
 3654204 3654205 SACE_3488 SACE_3489     FALSE 0.061 1024.000 0.000 1.000 Y NA
 3654205 3654206 SACE_3489 SACE_3490     TRUE 0.758 91.000 0.000 0.011 Y NA
 3654208 3654209 SACE_3492 SACE_3493     FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 3654209 3654210 SACE_3493 SACE_3494     FALSE 0.015 311.000 0.000 NA   NA
 3654212 3654213 SACE_3496 SACE_3497     FALSE 0.294 53.000 0.000 1.000 N NA
 3654215 3654216 SACE_3499 SACE_3500     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3654216 3654217 SACE_3500 SACE_3501   pat TRUE 0.987 -10.000 0.091 1.000   NA
 3654220 3654221 SACE_3504 SACE_3505     FALSE 0.174 88.000 0.000 1.000   NA
 3654221 3654222 SACE_3505 SACE_3506     TRUE 0.997 -3.000 0.387 0.000   NA
 3654222 3654223 SACE_3506 SACE_3507     TRUE 0.997 -3.000 0.403 1.000 Y NA
 3654225 3654226 SACE_3509 SACE_3510 pcaR pcaC TRUE 0.780 31.000 0.133 1.000   NA
 3654226 3654227 SACE_3510 SACE_3511 pcaC catD2 TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3654227 3654228 SACE_3511 SACE_3512 catD2 pcaB TRUE 0.969 -3.000 0.014 1.000   NA
 3654228 3654229 SACE_3512 SACE_3513 pcaB pcaG TRUE 0.941 12.000 0.314 1.000 N NA
 3654229 3654230 SACE_3513 SACE_3514 pcaG pcaH TRUE 0.998 0.000 0.782 0.000 Y NA
 3654230 3654231 SACE_3514 SACE_3515 pcaH catJ TRUE 0.522 75.000 0.029 1.000 N NA
 3654231 3654232 SACE_3515 SACE_3516 catJ catI TRUE 0.999 -3.000 0.739 0.000 Y NA
 3654234 3654235 SACE_3518 SACE_3519   adh FALSE 0.260 27.000 0.000 NA N NA
 3654235 3654236 SACE_3519 SACE_3520 adh   FALSE 0.022 362.000 0.000 1.000   NA
 3654236 3654237 SACE_3520 SACE_3521     FALSE 0.117 122.000 0.000 1.000   NA
 3654237 3654238 SACE_3521 SACE_3522     FALSE 0.023 240.000 0.000 NA   NA
 3654240 3654241 SACE_3524 SACE_3525     FALSE 0.177 87.000 0.000 1.000   NA
 3654241 3654242 SACE_3525 SACE_3526     TRUE 0.989 -3.000 0.200 1.000   NA
 3654243 3654244 SACE_3527 SACE_3528     TRUE 0.977 -9.000 0.023 1.000   NA
 3654244 3654245 SACE_3528 SACE_3529   cysQ TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3654245 3654246 SACE_3529 SACE_3530 cysQ   TRUE 0.983 0.000 0.333 1.000 N NA
 3654246 3654247 SACE_3530 SACE_3531   cysN TRUE 0.995 0.000 0.500 0.001 N NA
 3654247 3654248 SACE_3531 SACE_3532 cysN   FALSE 0.023 243.000 0.000 NA   NA
 3654250 3654251 SACE_3534 SACE_3535     FALSE 0.138 72.000 0.000 NA   NA
 3654253 3654254 SACE_3537 SACE_3538     FALSE 0.027 224.000 0.000 NA   NA
 3654255 3654256 SACE_3539 SACE_3540 crtB   FALSE 0.097 94.000 0.000 NA   NA
 3654256 3654257 SACE_3540 SACE_3541     FALSE 0.007 665.000 0.000 NA   NA
 3654257 3654258 SACE_3541 SACE_3542   paaK TRUE 0.760 25.000 0.075 1.000 N NA
 3654259 3654260 SACE_3543 SACE_3544   paaA1 TRUE 0.988 -3.000 0.017 0.056   NA
 3654260 3654261 SACE_3544 SACE_3545 paaA1 paaB TRUE 0.997 -7.000 0.920 NA   NA
 3654261 3654262 SACE_3545 SACE_3546 paaB   TRUE 0.886 68.000 0.943 NA   NA
 3654262 3654263 SACE_3546 SACE_3547   paaD TRUE 0.996 -3.000 0.919 NA   NA
 3654263 3654264 SACE_3547 SACE_3548 paaD   TRUE 0.981 2.000 0.571 NA   NA
 3654265 3654266 SACE_3549 SACE_3550     FALSE 0.421 18.000 0.000 1.000   NA
 3654266 3654267 SACE_3550 SACE_3551     FALSE 0.151 97.000 0.000 1.000   NA
 3654267 3654268 SACE_3551 SACE_3552     TRUE 0.998 -3.000 0.569 0.000 N NA
 3654269 3654270 SACE_3553 SACE_3554     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3654270 3654271 SACE_3554 SACE_3555     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3654271 3654272 SACE_3555 SACE_3556     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3654276 3654277 SACE_3559 SACE_3560   selD FALSE 0.275 46.000 0.000 1.000   NA
 3654277 3654278 SACE_3560 SACE_3561 selD   FALSE 0.276 44.000 0.000 1.000   NA
 3654278 3654279 SACE_3561 SACE_3562     TRUE 0.504 109.000 0.000 0.001   NA
 3654279 3654280 SACE_3562 SACE_3563     TRUE 0.975 6.000 0.111 0.001   NA
 3654280 3654281 SACE_3563 SACE_3564     TRUE 0.978 6.000 0.806 NA   NA
 3654282 3654283 SACE_3565 SACE_3566   fadE24 TRUE 0.864 208.000 0.604 0.006 Y NA
 3654284 3654285 SACE_3567 SACE_3568     TRUE 0.995 -3.000 0.609 NA N NA
 3654285 3654286 SACE_3568 SACE_3569     TRUE 0.990 0.000 0.688 1.000   NA
 3654288 3654289 SACE_3571 SACE_3572     FALSE 0.010 430.000 0.000 NA   NA
 3654291 3654292 SACE_3574 SACE_3575     TRUE 0.996 -3.000 0.796 1.000   NA
 3654295 3654296 SACE_3578 SACE_3579   tnp FALSE 0.070 123.000 0.000 NA   NA
 3654296 3654297 SACE_3579 SACE_3580 tnp fadE25 FALSE 0.264 64.000 0.000 1.000 N NA
 3654298 3654299 SACE_3581 SACE_3582     FALSE 0.013 585.000 0.000 1.000   NA
 3654299 3654300 SACE_3582 SACE_3583     FALSE 0.141 103.000 0.000 1.000   NA
 3654300 3654301 SACE_3583 SACE_3584     TRUE 0.657 94.000 0.222 1.000   NA
 3654304 3654305 SACE_3587 SACE_3588     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654305 3654306 SACE_3588 SACE_3589     FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 3654307 3654308 SACE_3590 SACE_3591 bacA   TRUE 0.565 76.000 0.071 NA N NA
 3654308 3654309 SACE_3591 SACE_3592     TRUE 0.870 -13.000 0.000 NA   NA
 3654310 3654311 SACE_3593 SACE_3594     TRUE 0.872 -6.000 0.000 NA   NA
 3654312 3654313 SACE_3595 SACE_3596     FALSE 0.008 522.000 0.000 NA   NA
 3654315 3654316 SACE_3598 SACE_3599 map2   FALSE 0.069 197.000 0.000 1.000 N NA
 3654317 3654318 SACE_3600 SACE_3601     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3654319 3654320 SACE_3602 SACE_3603     FALSE 0.049 166.000 0.000 NA   NA
 3654320 3654321 SACE_3603 SACE_3604   aacC1 TRUE 0.530 106.000 0.000 0.000   NA
 3654322 3654323 SACE_3605 SACE_3606     TRUE 0.779 34.000 0.148 1.000   NA
 3654323 3654324 SACE_3606 SACE_3607   masA TRUE 0.946 6.000 0.174 1.000 N NA
 3654324 3654325 SACE_3607 SACE_3608 masA gcn3 TRUE 0.968 -3.000 0.006 1.000 N NA
 3654327 3654328 SACE_3610 SACE_3611     FALSE 0.129 77.000 0.000 NA   NA
 3654330 3654331 SACE_3613 SACE_3614     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3654333 3654334 SACE_3616 SACE_3617     TRUE 0.870 -15.000 0.000 NA   NA
 3654334 3654335 SACE_3617 SACE_3618     FALSE 0.052 161.000 0.000 NA   NA
 3654338 3654339 SACE_3621 SACE_3622     FALSE 0.130 88.000 0.000 NA N NA
 3654339 3654340 SACE_3622 SACE_3623     TRUE 0.790 130.000 0.250 0.001   NA
 3654340 3654341 SACE_3623 SACE_3624     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654341 3654342 SACE_3624 SACE_3625     FALSE 0.006 804.000 0.000 NA   NA
 3654347 3654348 SACE_3630 SACE_3631     FALSE 0.068 127.000 0.000 NA   NA
 3654349 3654350 SACE_3632 SACE_3633     FALSE 0.344 136.000 0.000 0.058   NA
 3654350 3654351 SACE_3633 SACE_3634     FALSE 0.281 184.000 0.000 0.013   NA
 3654351 3654352 SACE_3634 SACE_3635     TRUE 0.739 24.000 0.000 0.013   NA
 3654352 3654353 SACE_3635 SACE_3636     FALSE 0.123 116.000 0.000 1.000   NA
 3654353 3654354 SACE_3636 SACE_3637     FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 3654356 3654357 SACE_3639 SACE_3640     FALSE 0.163 91.000 0.000 1.000   NA
 3654357 3654358 SACE_3640 SACE_3641   matC FALSE 0.071 149.000 0.000 NA N NA
 3654361 3654362 SACE_3644 SACE_3645 thrS2   FALSE 0.064 190.000 0.000 1.000   NA
 3654363 3654364 SACE_3646 SACE_3647     FALSE 0.090 100.000 0.000 NA   NA
 3654364 3654365 SACE_3647 SACE_3648     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3654367 3654368 SACE_3650 SACE_3651   tnpA FALSE 0.050 165.000 0.000 NA   NA
 3654370 3654371 SACE_3653 SACE_3654     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3654372 3654373 SACE_3655 SACE_3656   pcrA FALSE 0.128 270.000 0.000 0.058   NA
 3654373 3654374 SACE_3656 SACE_3657 pcrA   FALSE 0.401 21.000 0.000 1.000 N NA
 3654374 3654375 SACE_3657 SACE_3658     FALSE 0.084 176.000 0.000 1.000 N NA
 3654375 3654376 SACE_3658 SACE_3659   hsp18 FALSE 0.142 83.000 0.000 NA N NA
 3654379 3654380 SACE_3662 SACE_3663 estC   FALSE 0.156 94.000 0.000 1.000   NA
 3654380 3654381 SACE_3663 SACE_3664     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654382 3654383 SACE_3665 SACE_3666     FALSE 0.362 116.000 0.000 0.092 N NA
 3654384 3654385 SACE_3667 SACE_3668     FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3654385 3654386 SACE_3668 SACE_3669     TRUE 0.998 -109.000 0.118 0.016 Y NA
 3654388 3654389 SACE_3671 SACE_3672     TRUE 0.964 26.000 0.778 0.019   NA
 3654390 3654391 SACE_3673 SACE_3674   mdh FALSE 0.109 150.000 0.000 1.000 N NA
 3654392 3654393 SACE_3675 SACE_3676   alkA1 FALSE 0.115 124.000 0.000 1.000   NA
 3654393 3654394 SACE_3676 SACE_3677 alkA1 ogt1 TRUE 0.981 13.000 0.093 0.001 Y NA
 3654395 3654396 SACE_3678 SACE_3679   terC TRUE 0.606 3.000 0.000 NA   NA
 3654396 3654397 SACE_3679 SACE_3680 terC   FALSE 0.036 195.000 0.000 NA   NA
 3654397 3654398 SACE_3680 SACE_3681   fabG FALSE 0.127 78.000 0.000 NA   NA
 3654398 3654399 SACE_3681 SACE_3682 fabG   TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3654399 3654400 SACE_3682 SACE_3683     TRUE 0.922 -7.000 0.000 1.000   NA
 3654400 3654401 SACE_3683 SACE_3684     FALSE 0.266 53.000 0.000 1.000   NA
 3654402 3654403 SACE_3685 SACE_3686   pecS FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3654406 3654407 SACE_3689 SACE_3690     FALSE 0.219 28.000 0.000 NA   NA
 3654407 3654408 SACE_3690 SACE_3691   pyrE FALSE 0.200 35.000 0.000 NA   NA
 3654409 3654410 SACE_3692 SACE_3693     FALSE 0.373 107.000 0.000 0.092   NA
 3654410 3654411 SACE_3693 SACE_3694     FALSE 0.117 122.000 0.000 1.000   NA
 3654416 3654417 SACE_3699 SACE_3700   otsB2 FALSE 0.090 100.000 0.000 NA   NA
 3654417 3654418 SACE_3700 SACE_3701 otsB2 uvrA2 FALSE 0.014 601.000 0.000 1.000 N NA
 3654418 3654419 SACE_3701 SACE_3702 uvrA2   TRUE 0.562 152.000 0.355 NA   NA
 3654419 3654420 SACE_3702 SACE_3703     TRUE 0.962 11.000 0.652 NA   NA
 3654421 3654422 SACE_3706 SACE_3707     FALSE 0.138 72.000 0.000 NA   NA
 3654423 3654424 SACE_3708 SACE_3709     FALSE 0.078 112.000 0.000 NA   NA
 3654424 3654425 SACE_3709 SACE_3710   aprA FALSE 0.029 284.000 0.000 1.000   NA
 3654425 3654426 SACE_3710 SACE_3711 aprA tnp FALSE 0.030 312.000 0.000 1.000 N NA
 3654426 3654427 SACE_3711 SACE_3712 tnp   FALSE 0.014 536.000 0.000 1.000   NA
 3654427 3654428 SACE_3712 SACE_3713     TRUE 0.988 -3.000 0.222 NA   NA
 3654430 3654431 SACE_3715 SACE_3716     FALSE 0.109 88.000 0.000 NA   NA
 3654431 3654432 SACE_3716 SACE_3717     TRUE 0.810 35.000 0.241 NA N NA
 3654432 3654433 SACE_3717 SACE_3718     TRUE 0.700 30.000 0.048 1.000 N NA
 3654434 3654435 SACE_3719 SACE_3720     FALSE 0.036 197.000 0.000 NA   NA
 3654436 3654437 SACE_3721 SACE_3722     TRUE 0.865 15.000 0.111 1.000   NA
 3654437 3654438 SACE_3722 SACE_3723     TRUE 0.992 -3.000 0.400 NA   NA
 3654438 3654439 SACE_3723 SACE_3725     FALSE 0.006 928.000 0.000 NA   NA
 3654439 3654440 SACE_3725 SACE_3726     FALSE 0.261 65.000 0.000 1.000 N NA
 3654442 3654443 SACE_3728 SACE_3729     FALSE 0.076 114.000 0.000 NA   NA
 3654443 3654444 SACE_3729 SACE_3730   galE1 FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 3654445 3654446 SACE_3731 SACE_3732     FALSE 0.073 177.000 0.000 1.000   NA
 3654446 3654447 SACE_3732 SACE_3733     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3654447 3654448 SACE_3733 SACE_3734     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654453 3654454 SACE_3739 SACE_3740     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3654455 3654456 SACE_3741 SACE_3742     FALSE 0.247 60.000 0.000 1.000   NA
 3654456 3654457 SACE_3742 SACE_3743     TRUE 0.906 24.000 0.600 NA   NA
 3654457 3654458 SACE_3743 SACE_3744     TRUE 0.947 19.000 1.000 NA   NA
 3654458 3654459 SACE_3744 SACE_3745     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3654462 3654463 SACE_3748 SACE_3749     FALSE 0.300 50.000 0.000 1.000 N NA
 3654467 3654468 SACE_3753 SACE_3754   acnA1 FALSE 0.087 171.000 0.000 1.000 N NA
 3654468 3654469 SACE_3754 SACE_3755 acnA1   FALSE 0.142 234.000 0.000 0.092   NA
 3654469 3654470 SACE_3755 SACE_3756   clpA FALSE 0.340 25.000 0.000 1.000   NA
 3654470 3654471 SACE_3756 SACE_3757 clpA   FALSE 0.073 177.000 0.000 1.000   NA
 3654471 3654472 SACE_3757 SACE_3758     FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3654472 3654473 SACE_3758 SACE_3759     FALSE 0.007 590.000 0.000 NA   NA
 3654473 3654474 SACE_3759 SACE_3760     FALSE 0.091 99.000 0.000 NA   NA
 3654476 3654477 SACE_3762 SACE_3763     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3654479 3654480 SACE_3765 SACE_3766   gabT2 FALSE 0.033 224.000 0.000 NA N NA
 3654482 3654483 SACE_3768 SACE_3769     TRUE 0.807 60.000 0.353 NA N NA
 3654483 3654484 SACE_3769 SACE_3770     TRUE 0.655 220.000 0.471 NA Y NA
 3654484 3654485 SACE_3770 SACE_3771     TRUE 0.803 14.000 0.053 NA   NA
 3654486 3654487 SACE_3772 SACE_3773     TRUE 0.985 0.000 0.389 1.000 N NA
 3654490 3654491 SACE_3776 SACE_3777     FALSE 0.294 53.000 0.000 1.000 N NA
 3654492 3654493 SACE_3778 SACE_3779     TRUE 0.627 138.000 0.000 0.051 Y NA
 3654493 3654494 SACE_3779 SACE_3780     TRUE 0.992 -3.000 0.400 NA   NA
 3654495 3654496 SACE_3781 SACE_3782     TRUE 0.912 40.000 0.259 NA Y NA
 3654496 3654497 SACE_3782 SACE_3783     FALSE 0.466 75.000 0.032 NA   NA
 3654499 3654500 SACE_3785 SACE_3786 hemH inhA FALSE 0.352 133.000 0.038 1.000 N NA
 3654500 3654501 SACE_3786 SACE_3787 inhA fabG1 TRUE 0.891 74.000 0.078 0.092 Y NA
 3654503 3654504 SACE_3789 SACE_3790 gnl   FALSE 0.049 218.000 0.000 1.000   NA
 3654506 3654507 SACE_3792 SACE_3793     FALSE 0.239 34.000 0.000 NA N NA
 3654507 3654508 SACE_3793 SACE_3794     TRUE 0.989 0.000 0.760 NA   NA
 3654508 3654509 SACE_3794 SACE_3795     TRUE 0.959 15.000 0.920 NA   NA
 3654509 3654510 SACE_3795 SACE_3796   mob FALSE 0.006 850.000 0.000 NA   NA
 3654510 3654511 SACE_3796 SACE_3797 mob   FALSE 0.113 86.000 0.000 NA   NA
 3654511 3654512 SACE_3797 SACE_3798     FALSE 0.045 173.000 0.000 NA   NA
 3654513 3654514 SACE_3799 SACE_3800 narK   TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3654514 3654515 SACE_3800 SACE_3801   nirB TRUE 0.989 -3.000 0.200 1.000   NA
 3654515 3654516 SACE_3801 SACE_3802 nirB nirB TRUE 0.995 -3.000 0.143 0.001   NA
 3654516 3654517 SACE_3802 SACE_3803 nirB nirD TRUE 0.995 -3.000 0.122 0.001 N NA
 3654517 3654518 SACE_3803 SACE_3804 nirD   TRUE 0.977 -3.000 0.039 1.000 N NA
 3654518 3654519 SACE_3804 SACE_3805     TRUE 0.990 -21.000 0.173 1.000   NA
 3654521 3654522 SACE_3807 SACE_3808   ctpI FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3654522 3654523 SACE_3808 SACE_3809 ctpI   FALSE 0.064 137.000 0.000 NA   NA
 3654526 3654527 SACE_3812 SACE_3813     FALSE 0.024 238.000 0.000 NA   NA
 3654527 3654528 SACE_3813 SACE_3814   dinP TRUE 0.630 73.000 0.000 1.000 Y NA
 3654530 3654531 SACE_3816 SACE_3817     FALSE 0.031 231.000 0.000 NA N NA
 3654532 3654533 SACE_3818 SACE_3819     FALSE 0.013 355.000 0.000 NA   NA
 3654533 3654534 SACE_3819 SACE_3820   yjhP FALSE 0.180 45.000 0.000 NA   NA
 3654534 3654535 SACE_3820 SACE_3821 yjhP   FALSE 0.273 49.000 0.000 1.000   NA
 3654536 3654537 SACE_3822 SACE_3823     FALSE 0.135 74.000 0.000 NA   NA
 3654537 3654538 SACE_3823 SACE_3824   cbiN TRUE 0.650 103.000 0.316 NA   NA
 3654538 3654539 SACE_3824 SACE_3825 cbiN   TRUE 0.960 11.000 0.597 NA   NA
 3654539 3654540 SACE_3825 SACE_3826   gshA TRUE 0.897 18.000 0.337 NA   NA
 3654541 3654542 SACE_3827 SACE_3828     FALSE 0.126 127.000 0.000 1.000 N NA
 3654542 3654543 SACE_3828 SACE_3829     FALSE 0.040 186.000 0.000 NA   NA
 3654545 3654546 SACE_3831 SACE_3832     FALSE 0.040 184.000 0.000 NA   NA
 3654546 3654547 SACE_3832 SACE_3833     TRUE 0.987 -3.000 0.002 0.044   NA
 3654547 3654548 SACE_3833 SACE_3834   pkn29 FALSE 0.092 155.000 0.000 1.000   NA
 3654548 3654549 SACE_3834 SACE_3835 pkn29   FALSE 0.153 64.000 0.000 NA   NA
 3654550 3654551 SACE_3836 SACE_3837     FALSE 0.061 195.000 0.000 1.000   NA
 3654551 3654552 SACE_3837 SACE_3838     TRUE 0.998 -3.000 0.489 1.000 Y NA
 3654552 3654553 SACE_3838 SACE_3839     TRUE 0.943 1.000 0.080 NA   NA
 3654553 3654554 SACE_3839 SACE_3840     TRUE 0.980 -3.000 0.079 NA   NA
 3654554 3654555 SACE_3840 SACE_3841     FALSE 0.032 209.000 0.000 NA   NA
 3654555 3654556 SACE_3841 SACE_3842   gcvP1 FALSE 0.145 69.000 0.000 NA   NA
 3654556 3654557 SACE_3842 SACE_3843 gcvP1   FALSE 0.057 382.000 0.002 1.000 N NA
 3654557 3654558 SACE_3843 SACE_3844     FALSE 0.128 244.000 0.043 NA   NA
 3654558 3654559 SACE_3844 SACE_3845     FALSE 0.045 392.000 0.005 NA   NA
 3654559 3654560 SACE_3845 SACE_3846   gcvH TRUE 0.578 117.000 0.242 NA N NA
 3654560 3654561 SACE_3846 SACE_3847 gcvH pgsA FALSE 0.346 113.000 0.019 1.000 N NA
 3654564 3654565 SACE_3850 SACE_3851   hexA FALSE 0.112 127.000 0.000 1.000   NA
 3654566 3654567 SACE_3852 SACE_3853 dhbB dhbE TRUE 0.960 12.000 0.581 1.000   NA
 3654567 3654568 SACE_3853 SACE_3854 dhbE dhbC TRUE 0.980 13.000 0.511 1.000 Y NA
 3654568 3654569 SACE_3854 SACE_3855 dhbC dhbA,entA TRUE 0.909 42.000 0.210 1.000 Y NA
 3654569 3654570 SACE_3855 SACE_3856 dhbA,entA accD3 FALSE 0.359 166.000 0.000 1.000 Y NA
 3654570 3654571 SACE_3856 SACE_3857 accD3 fadD36 TRUE 0.971 10.000 0.176 1.000 Y NA
 3654571 3654572 SACE_3857 SACE_3858 fadD36   TRUE 0.645 59.000 0.059 1.000 N NA
 3654573 3654574 SACE_3859 SACE_3860     FALSE 0.077 113.000 0.000 NA   NA
 3654574 3654575 SACE_3860 SACE_3861   katE FALSE 0.141 71.000 0.000 NA   NA
 3654575 3654576 SACE_3861 SACE_3862 katE   FALSE 0.121 134.000 0.000 1.000 N NA
 3654578 3654579 SACE_3864 SACE_3865     TRUE 0.535 77.000 0.044 1.000   NA
 3654579 3654580 SACE_3865 SACE_3866     TRUE 0.868 64.000 0.608 1.000   NA
 3654580 3654581 SACE_3866 SACE_3867     TRUE 0.992 -3.000 0.419 NA   NA
 3654581 3654582 SACE_3867 SACE_3868     FALSE 0.030 216.000 0.000 NA   NA
 3654582 3654583 SACE_3868 SACE_3869     FALSE 0.162 59.000 0.000 NA   NA
 3654584 3654585 SACE_3870 SACE_3871 glcD2   FALSE 0.017 482.000 0.000 1.000 N NA
 3654585 3654586 SACE_3871 SACE_3872     FALSE 0.054 221.000 0.000 1.000 N NA
 3654586 3654587 SACE_3872 SACE_3873   dghA FALSE 0.026 352.000 0.000 1.000 N NA
 3654588 3654589 SACE_3874 SACE_3875     FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3654589 3654590 SACE_3875 SACE_3876     FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3654591 3654592 SACE_3877 SACE_3878     FALSE 0.235 74.000 0.000 1.000 N NA
 3654592 3654593 SACE_3878 SACE_3879   arcB1 FALSE 0.278 201.000 0.000 1.000 Y NA
 3654594 3654595 SACE_3880 SACE_3881 aldH   TRUE 0.976 -3.000 0.033 1.000 N NA
 3654595 3654596 SACE_3881 SACE_3882   gdhA1 TRUE 0.499 105.000 0.000 1.000 Y NA
 3654596 3654597 SACE_3882 SACE_3883 gdhA1   TRUE 0.946 9.000 0.250 1.000 N NA
 3654597 3654598 SACE_3883 SACE_3884     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3654600 3654601 SACE_3886 SACE_3887   chiC FALSE 0.069 182.000 0.000 1.000   NA
 3654602 3654603 SACE_3888 SACE_3889 corA   FALSE 0.099 160.000 0.000 1.000 N NA
 3654606 3654607 SACE_3892 SACE_3893     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3654607 3654608 SACE_3893 SACE_3894     TRUE 0.930 2.000 0.060 NA   NA
 3654609 3654610 SACE_3895 SACE_3896 metF   FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 3654610 3654611 SACE_3896 SACE_3897   sahH FALSE 0.014 328.000 0.000 NA   NA
 3654611 3654612 SACE_3897 SACE_3898 sahH metH TRUE 0.495 60.000 0.003 1.000 N NA
 3654612 3654613 SACE_3898 SACE_3899 metH adoK TRUE 0.512 57.000 0.004 1.000 N NA
 3654613 3654614 SACE_3899 SACE_3900 adoK metK FALSE 0.024 364.000 0.000 1.000 N NA
 3654614 3654615 SACE_3900 SACE_3901 metK   FALSE 0.345 98.000 0.003 1.000 N NA
 3654615 3654616 SACE_3901 SACE_3902     FALSE 0.040 1136.000 0.000 0.091 N NA
 3654617 3654618 SACE_3903 SACE_3904   yihR TRUE 0.605 70.000 0.000 0.015   NA
 3654618 3654619 SACE_3904 SACE_3905 yihR   FALSE 0.227 69.000 0.000 1.000   NA
 3654619 3654620 SACE_3905 SACE_3906     TRUE 0.918 -42.000 0.000 1.000   NA
 3654623 3654624 SACE_3909 SACE_3910     TRUE 0.993 -22.000 0.037 1.000 Y NA
 3654624 3654625 SACE_3910 SACE_3911     FALSE 0.187 90.000 0.000 1.000 N NA
 3654625 3654626 SACE_3911 SACE_3912     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3654626 3654627 SACE_3912 SACE_3913     FALSE 0.127 89.000 0.000 NA N NA
 3654627 3654628 SACE_3913 SACE_3914   ydhD TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654628 3654629 SACE_3914 SACE_3915 ydhD   TRUE 0.570 11.000 0.000 1.000   NA
 3654629 3654630 SACE_3915 SACE_3916     TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3654630 3654631 SACE_3916 SACE_3917     TRUE 0.882 12.000 0.000 1.000 Y NA
 3654631 3654632 SACE_3917 SACE_3918     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3654632 3654633 SACE_3918 SACE_3919     TRUE 0.990 -3.000 0.217 1.000   NA
 3654633 3654634 SACE_3919 SACE_3920     FALSE 0.457 16.000 0.000 1.000   NA
 3654634 3654635 SACE_3920 SACE_3921     FALSE 0.164 100.000 0.000 1.000 N NA
 3654638 3654639 SACE_3924 SACE_3925     TRUE 0.636 2.000 0.000 NA   NA
 3654640 3654641 SACE_3926 SACE_3927   korA TRUE 0.999 -3.000 0.832 0.000 Y NA
 3654641 3654642 SACE_3927 SACE_3928 korA cyp51 FALSE 0.424 108.000 0.000 0.056 N NA
 3654642 3654643 SACE_3928 SACE_3929 cyp51 lipB,yfiP FALSE 0.019 392.000 0.000 1.000   NA
 3654644 3654645 SACE_3930 SACE_3931     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3654645 3654646 SACE_3931 SACE_3932     FALSE 0.016 301.000 0.000 NA   NA
 3654646 3654647 SACE_3932 SACE_3933     FALSE 0.151 107.000 0.000 1.000 N NA
 3654648 3654649 SACE_3934 SACE_3935     TRUE 0.965 -3.000 0.021 NA   NA
 3654649 3654650 SACE_3935 SACE_3936     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3654650 3654651 SACE_3936 SACE_3937     TRUE 0.975 -3.000 0.000 0.091 N NA
 3654651 3654652 SACE_3937 SACE_3938   hpcE TRUE 0.987 0.000 0.182 0.091 N NA
 3654652 3654653 SACE_3938 SACE_3939 hpcE   FALSE 0.310 40.000 0.000 1.000 N NA
 3654653 3654654 SACE_3939 SACE_3940     FALSE 0.025 233.000 0.000 NA   NA
 3654656 3654657 SACE_3942 SACE_3943 fahA   TRUE 0.980 -3.000 0.085 NA   NA
 3654657 3654658 SACE_3943 SACE_3944   hmgA TRUE 0.964 -3.000 0.019 NA   NA
 3654658 3654659 SACE_3944 SACE_3945 hmgA   FALSE 0.306 43.000 0.000 1.000 N NA
 3654659 3654660 SACE_3945 SACE_3946     FALSE 0.200 35.000 0.000 NA   NA
 3654660 3654661 SACE_3946 SACE_3947     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654663 3654664 SACE_3949 SACE_3950     FALSE 0.031 213.000 0.000 NA   NA
 3654664 3654665 SACE_3950 SACE_3951     FALSE 0.141 71.000 0.000 NA   NA
 3654666 3654667 SACE_3952 SACE_3953 pdhA2 pdhB1 TRUE 0.986 21.000 0.667 0.002 Y NA
 3654667 3654668 SACE_3953 SACE_3954 pdhB1 bkdC2 TRUE 0.998 -7.000 0.143 0.091 Y NA
 3654669 3654670 SACE_3955 SACE_3956     FALSE 0.139 104.000 0.000 1.000   NA
 3654672 3654673 SACE_3958 SACE_3959 glpD   TRUE 0.996 -3.000 0.727 1.000   NA
 3654674 3654675 SACE_3960 SACE_3961     TRUE 0.962 2.000 0.148 1.000 N NA
 3654678 3654679 SACE_3964 SACE_3965     FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3654679 3654680 SACE_3965 SACE_3966     TRUE 0.994 0.000 0.400 1.000 Y NA
 3654682 3654683 SACE_3968 SACE_3969     FALSE 0.027 306.000 0.000 1.000   NA
 3654683 3654684 SACE_3969 SACE_3970     FALSE 0.119 137.000 0.000 1.000 N NA
 3654684 3654685 SACE_3970 SACE_3971     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3654687 3654688 SACE_3973 SACE_3974     FALSE 0.189 38.000 0.000 NA   NA
 3654688 3654689 SACE_3974 SACE_3975     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654690 3654691 SACE_3976 SACE_3977     FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3654691 3654692 SACE_3977 SACE_3978     TRUE 0.658 54.000 0.091 NA   NA
 3654692 3654693 SACE_3978 SACE_3979     FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3654695 3654696 SACE_3981 SACE_3982     FALSE 0.169 55.000 0.000 NA   NA
 3654697 3654698 SACE_3983 SACE_3984     FALSE 0.177 87.000 0.000 1.000   NA
 3654698 3654699 SACE_3984 SACE_3985     FALSE 0.087 160.000 0.000 1.000   NA
 3654700 3654701 SACE_3986 SACE_3987     FALSE 0.106 136.000 0.000 1.000   NA
 3654702 3654703 SACE_3988 SACE_3989     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654703 3654704 SACE_3989 SACE_3990     TRUE 0.784 73.000 0.333 1.000   NA
 3654706 3654707 SACE_3992 SACE_3993     FALSE 0.111 148.000 0.000 1.000 N NA
 3654707 3654708 SACE_3993 SACE_3994   fadA TRUE 0.942 29.000 0.333 1.000 Y NA
 3654708 3654709 SACE_3994 SACE_3995 fadA   FALSE 0.089 170.000 0.000 1.000 N NA
 3654709 3654710 SACE_3995 SACE_3996     FALSE 0.012 366.000 0.000 NA   NA
 3654710 3654711 SACE_3996 SACE_3997     FALSE 0.019 272.000 0.000 NA   NA
 3654711 3654712 SACE_3997 SACE_3998   gltB TRUE 0.997 -7.000 0.014 0.001 Y NA
 3654712 3654713 SACE_3998 SACE_3999 gltB   FALSE 0.009 454.000 0.000 NA   NA
 3654713 3654714 SACE_3999 SACE_4000     FALSE 0.010 444.000 0.000 NA   NA
 3654718 3654719 SACE_4004 SACE_4005 bglC fadE3 FALSE 0.042 251.000 0.000 1.000 N NA
 3654719 3654720 SACE_4005 SACE_4006 fadE3 paaH2 TRUE 0.911 8.000 0.000 1.000 Y NA
 3654720 3654721 SACE_4006 SACE_4007 paaH2   TRUE 0.924 73.000 0.500 1.000 Y NA
 3654721 3654722 SACE_4007 SACE_4008   catI TRUE 0.998 -7.000 0.130 0.001 Y NA
 3654723 3654724 SACE_4009 SACE_4010     FALSE 0.061 209.000 0.000 1.000 N NA
 3654724 3654725 SACE_4010 SACE_4011   catF TRUE 0.784 25.000 0.100 1.000 N NA
 3654726 3654727 SACE_4012 SACE_4013     FALSE 0.316 38.000 0.000 1.000 N NA
 3654727 3654728 SACE_4013 SACE_4014     FALSE 0.324 29.000 0.000 1.000   NA
 3654728 3654729 SACE_4014 SACE_4015   echA6 FALSE 0.279 42.000 0.000 1.000   NA
 3654729 3654730 SACE_4015 SACE_4016 echA6   TRUE 0.601 9.000 0.000 1.000   NA
 3654730 3654731 SACE_4016 SACE_4017     FALSE 0.310 33.000 0.000 1.000   NA
 3654731 3654732 SACE_4017 SACE_4018     TRUE 0.998 -3.000 0.222 0.002 Y NA
 3654732 3654733 SACE_4018 SACE_4019     TRUE 0.998 -3.000 0.158 0.002 Y NA
 3654733 3654734 SACE_4019 SACE_4020     TRUE 0.998 -3.000 0.158 0.002 Y NA
 3654735 3654736 SACE_4021 SACE_4022     FALSE 0.155 63.000 0.000 NA   NA
 3654736 3654737 SACE_4022 SACE_4023   gatA FALSE 0.351 30.000 0.000 1.000 N NA
 3654737 3654738 SACE_4023 SACE_4024 gatA   TRUE 0.709 5.000 0.000 1.000 N NA
 3654738 3654739 SACE_4024 SACE_4025   amfT FALSE 0.129 343.000 0.000 1.000 Y NA
 3654739 3654740 SACE_4025 SACE_4026 amfT   FALSE 0.325 36.000 0.000 1.000 N NA
 3654740 3654741 SACE_4026 SACE_4027     FALSE 0.084 106.000 0.000 NA   NA
 3654741 3654742 SACE_4027 SACE_4028     FALSE 0.122 81.000 0.000 NA   NA
 3654742 3654743 SACE_4028 SACE_4029     TRUE 0.889 32.000 0.000 0.003 Y NA
 3654744 3654745 SACE_4030 SACE_4031   phzM FALSE 0.033 263.000 0.000 1.000   NA
 3654745 3654746 SACE_4031 SACE_4032 phzM   FALSE 0.126 113.000 0.000 1.000   NA
 3654746 3654747 SACE_4032 SACE_4033     TRUE 0.971 2.000 0.013 1.000 Y NA
 3654747 3654748 SACE_4033 SACE_4034     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3654748 3654749 SACE_4034 SACE_4035   pobA FALSE 0.401 21.000 0.000 1.000 N NA
 3654750 3654751 SACE_4036 SACE_4037 pabAB   TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3654751 3654752 SACE_4037 SACE_4038   fadD TRUE 0.875 31.000 0.000 0.044 Y NA
 3654752 3654753 SACE_4038 SACE_4039 fadD   FALSE 0.013 363.000 0.000 NA   NA
 3654753 3654754 SACE_4039 SACE_4040     FALSE 0.073 118.000 0.000 NA   NA
 3654754 3654755 SACE_4040 SACE_4041   fprD FALSE 0.241 188.000 0.000 0.055   NA
 3654755 3654756 SACE_4041 SACE_4042 fprD   FALSE 0.053 210.000 0.000 1.000   NA
 3654756 3654757 SACE_4042 SACE_4043     FALSE 0.150 66.000 0.000 NA   NA
 3654759 3654760 SACE_4045 SACE_4046     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654761 3654762 SACE_4047 SACE_4048     FALSE 0.007 605.000 0.000 NA   NA
 3654762 3654763 SACE_4048 SACE_4049     FALSE 0.013 363.000 0.000 NA   NA
 3654763 3654764 SACE_4049 SACE_4050     FALSE 0.057 153.000 0.000 NA   NA
 3654764 3654765 SACE_4050 SACE_4051     FALSE 0.280 19.000 0.000 NA   NA
 3654765 3654766 SACE_4051 SACE_4052     FALSE 0.021 253.000 0.000 NA   NA
 3654767 3654768 SACE_4053 SACE_4054     FALSE 0.024 328.000 0.000 1.000   NA
 3654768 3654769 SACE_4054 SACE_4055     FALSE 0.146 110.000 0.000 1.000 N NA
 3654769 3654770 SACE_4055 SACE_4056     TRUE 0.699 1.000 0.000 NA N NA
 3654770 3654771 SACE_4056 SACE_4057     FALSE 0.264 26.000 0.000 NA N NA
 3654772 3654773 SACE_4058 SACE_4059     FALSE 0.132 75.000 0.000 NA   NA
 3654773 3654774 SACE_4059 SACE_4060     FALSE 0.138 72.000 0.000 NA   NA
 3654774 3654775 SACE_4060 SACE_4061     TRUE 0.951 51.000 0.167 0.006 Y NA
 3654775 3654776 SACE_4061 SACE_4062   msuD TRUE 0.640 35.000 0.029 1.000 N NA
 3654777 3654778 SACE_4063 SACE_4064     FALSE 0.186 62.000 0.000 NA N NA
 3654779 3654780 SACE_4065 SACE_4066     FALSE 0.111 129.000 0.000 1.000   NA
 3654780 3654781 SACE_4066 SACE_4067   narI FALSE 0.127 126.000 0.000 1.000 N NA
 3654781 3654782 SACE_4067 SACE_4068 narI narJ TRUE 0.998 -3.000 0.088 0.001 Y NA
 3654782 3654783 SACE_4068 SACE_4069 narJ narH TRUE 0.998 0.000 0.571 0.001 Y NA
 3654783 3654784 SACE_4069 SACE_4070 narH narG TRUE 0.998 0.000 0.800 0.000 Y NA
 3654785 3654786 SACE_4071 SACE_4072   tnp FALSE 0.157 62.000 0.000 NA   NA
 3654788 3654789 SACE_4074 SACE_4075     FALSE 0.036 197.000 0.000 NA   NA
 3654795 3654796 SACE_4081 SACE_4082     TRUE 0.875 13.000 0.095 1.000   NA
 3654801 3654802 SACE_4087 SACE_4088     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 3654802 3654803 SACE_4088 SACE_4089     TRUE 0.930 5.000 0.000 1.000 Y NA
 3654803 3654804 SACE_4089 SACE_4090     FALSE 0.419 20.000 0.000 1.000 N NA
 3654804 3654805 SACE_4090 SACE_4091     FALSE 0.021 252.000 0.000 NA   NA
 3654807 3654808 SACE_4094 SACE_4095     TRUE 0.596 82.000 0.000 1.000 Y NA
 3654808 3654809 SACE_4095 SACE_4096     FALSE 0.043 231.000 0.000 1.000   NA
 3654810 3654811 SACE_4097 SACE_4098 phrB   FALSE 0.294 53.000 0.000 1.000 N NA
 3654811 3654812 SACE_4098 SACE_4099     TRUE 0.996 -3.000 0.680 1.000 N NA
 3654812 3654813 SACE_4099 SACE_4100     TRUE 0.986 -3.000 0.160 NA   NA
 3654814 3654815 SACE_4101 SACE_4102 bglA   FALSE 0.241 63.000 0.000 1.000   NA
 3654815 3654816 SACE_4102 SACE_4103   rhaB FALSE 0.015 495.000 0.000 1.000   NA
 3654816 3654817 SACE_4103 SACE_4104 rhaB   TRUE 0.805 40.000 0.225 1.000   NA
 3654817 3654818 SACE_4104 SACE_4105   xylA TRUE 0.670 123.000 0.402 1.000   NA
 3654821 3654822 SACE_4108 SACE_4109     FALSE 0.091 115.000 0.000 NA N NA
 3654825 3654826 SACE_4112 SACE_4113 ehpG ehpF FALSE 0.210 32.000 0.000 NA   NA
 3654826 3654827 SACE_4113 SACE_4114 ehpF aroH FALSE 0.023 243.000 0.000 NA   NA
 3654829 3654830 SACE_4116 SACE_4117 aofH sfbB FALSE 0.090 169.000 0.000 1.000 N NA
 3654831 3654832 SACE_4118 SACE_4119     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654834 3654835 SACE_4121 SACE_4122     FALSE 0.031 274.000 0.000 1.000   NA
 3654835 3654836 SACE_4122 SACE_4124     FALSE 0.007 747.000 0.000 NA   NA
 3654837 3654838 SACE_4125 SACE_4126 fadE1   TRUE 0.986 13.000 0.833 1.000 Y NA
 3654838 3654839 SACE_4126 SACE_4127     TRUE 0.949 12.000 0.085 0.043 N NA
 3654842 3654843 SACE_4130 SACE_4131     TRUE 0.883 47.000 0.118 1.000 Y NA
 3654843 3654844 SACE_4131 SACE_4132     TRUE 0.753 3.000 0.000 1.000 N NA
 3654844 3654845 SACE_4132 SACE_4133     TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3654845 3654846 SACE_4133 SACE_4134     FALSE 0.206 76.000 0.000 1.000   NA
 3654846 3654847 SACE_4134 SACE_4135     TRUE 0.751 2.000 0.000 1.000   NA
 3654847 3654848 SACE_4135 SACE_4136     FALSE 0.176 228.000 0.000 0.055   NA
 3654849 3654850 SACE_4137 SACE_4138     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3654850 3654851 SACE_4138 SACE_4139     TRUE 0.978 3.000 0.000 0.006 Y NA
 3654851 3654852 SACE_4139 SACE_4140     TRUE 0.890 29.000 0.000 0.005 Y NA
 3654852 3654853 SACE_4140 SACE_4141     TRUE 0.925 18.000 0.000 0.005 Y NA
 3654853 3654854 SACE_4141 SACE_4142     TRUE 0.776 22.000 0.000 1.000 Y NA
 3654854 3654855 SACE_4142 SACE_4143     TRUE 0.719 106.000 0.000 0.009 Y NA
 3654855 3654856 SACE_4143 SACE_4144     FALSE 0.232 409.000 0.000 0.009 Y NA
 3654856 3654857 SACE_4144 SACE_4145     FALSE 0.015 486.000 0.000 1.000   NA
 3654858 3654859 SACE_4146 SACE_4147 benE   FALSE 0.070 124.000 0.000 NA   NA
 3654859 3654860 SACE_4147 SACE_4148     FALSE 0.034 202.000 0.000 NA   NA
 3654860 3654861 SACE_4148 SACE_4149     FALSE 0.039 188.000 0.000 NA   NA
 3654861 3654862 SACE_4149 SACE_4150   lao2 TRUE 0.904 9.000 0.000 1.000 Y NA
 3654862 3654863 SACE_4150 SACE_4151 lao2   FALSE 0.180 230.000 0.000 0.055 N NA
 3654863 3654864 SACE_4151 SACE_4152     FALSE 0.331 27.000 0.000 1.000   NA
 3654867 3654868 SACE_4155 SACE_4156     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654868 3654869 SACE_4156 SACE_4157     FALSE 0.179 48.000 0.000 NA   NA
 3654869 3654870 SACE_4157 SACE_4158     FALSE 0.027 224.000 0.000 NA   NA
 3654870 3654871 SACE_4158 SACE_4159     FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 3654871 3654872 SACE_4159 SACE_4160     TRUE 0.816 109.000 0.045 0.050 Y NA
 3654872 3654873 SACE_4160 SACE_4161     TRUE 0.999 -3.000 0.918 0.050 Y NA
 3654873 3654874 SACE_4161 SACE_4162     TRUE 0.998 -3.000 0.157 0.050 Y NA
 3654874 3654875 SACE_4162 SACE_4163   adh1 TRUE 0.930 -13.000 0.000 1.000 N NA
 3654876 3654877 SACE_4164 SACE_4165     FALSE 0.034 283.000 0.000 1.000 N NA
 3654877 3654878 SACE_4165 SACE_4166     FALSE 0.135 86.000 0.000 NA N NA
 3654878 3654879 SACE_4166 SACE_4167   fadH TRUE 0.982 -3.000 0.093 NA N NA
 3654879 3654880 SACE_4167 SACE_4168 fadH   FALSE 0.019 267.000 0.000 NA   NA
 3654880 3654881 SACE_4168 SACE_4169     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3654881 3654882 SACE_4169 SACE_4170     FALSE 0.241 72.000 0.000 1.000 N NA
 3654882 3654883 SACE_4170 SACE_4171     TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3654883 3654884 SACE_4171 SACE_4172     TRUE 0.741 28.000 0.077 1.000   NA
 3654885 3654886 SACE_4173 SACE_4174     TRUE 0.983 -16.000 0.079 NA   NA
 3654886 3654887 SACE_4174 SACE_4175     FALSE 0.109 88.000 0.000 NA   NA
 3654887 3654888 SACE_4175 SACE_4176     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3654888 3654889 SACE_4176 SACE_4177     FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 3654889 3654890 SACE_4177 SACE_4178     TRUE 0.548 165.000 0.400 NA   NA
 3654891 3654892 SACE_4179 SACE_4180     FALSE 0.060 198.000 0.000 1.000   NA
 3654892 3654893 SACE_4180 SACE_4181     FALSE 0.271 51.000 0.000 1.000   NA
 3654894 3654895 SACE_4182 SACE_4183     FALSE 0.122 81.000 0.000 NA   NA
 3654897 3654898 SACE_4185 SACE_4186     FALSE 0.007 755.000 0.000 NA   NA
 3654900 3654901 SACE_4188 SACE_4189     FALSE 0.066 131.000 0.000 NA   NA
 3654901 3654902 SACE_4189 SACE_4190     TRUE 0.986 -190.000 0.000 0.002   NA
 3654903 3654904 SACE_4191 SACE_4192     TRUE 0.920 18.000 0.000 0.016 Y NA
 3654904 3654905 SACE_4192 SACE_4193     FALSE 0.008 503.000 0.000 NA   NA
 3654905 3654906 SACE_4193 SACE_4194     FALSE 0.011 396.000 0.000 NA   NA
 3654906 3654907 SACE_4194 SACE_4195     FALSE 0.432 132.000 0.000 1.000 Y NA
 3654907 3654908 SACE_4195 SACE_4196   rsbW FALSE 0.122 264.000 0.000 0.074   NA
 3654908 3654909 SACE_4196 SACE_4197 rsbW sig1 TRUE 0.995 -3.000 0.667 1.000   NA
 3654909 3654910 SACE_4197 SACE_4198 sig1   FALSE 0.108 401.000 0.000 1.000 Y NA
 3654910 3654911 SACE_4198 SACE_4199     FALSE 0.068 127.000 0.000 NA   NA
 3654911 3654912 SACE_4199 SACE_4200   prsR TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3654913 3654914 SACE_4201 SACE_4202     TRUE 0.965 20.000 0.500 1.000 Y NA
 3654914 3654915 SACE_4202 SACE_4203   gbsA TRUE 0.959 14.000 0.667 1.000 N NA
 3654915 3654916 SACE_4203 SACE_4204 gbsA   FALSE 0.257 181.000 0.000 0.054   NA
 3654916 3654917 SACE_4204 SACE_4205   cypD FALSE 0.020 384.000 0.000 1.000   NA
 3654919 3654920 SACE_4207 SACE_4208     FALSE 0.031 212.000 0.000 NA   NA
 3654921 3654922 SACE_4209 SACE_4210     FALSE 0.021 409.000 0.000 1.000 N NA
 3654922 3654923 SACE_4210 SACE_4211   tetM FALSE 0.065 204.000 0.000 1.000 N NA
 3654923 3654924 SACE_4211 SACE_4212 tetM   FALSE 0.045 240.000 0.000 1.000 N NA
 3654924 3654925 SACE_4212 SACE_4213     TRUE 0.976 -3.000 0.040 1.000   NA
 3654925 3654926 SACE_4213 SACE_4214     TRUE 0.771 48.000 0.016 0.054   NA
 3654929 3654930 SACE_4217 SACE_4218     FALSE 0.060 198.000 0.000 1.000   NA
 3654930 3654931 SACE_4218 SACE_4219     TRUE 0.922 -7.000 0.000 1.000   NA
 3654931 3654932 SACE_4219 SACE_4220     FALSE 0.102 91.000 0.000 NA   NA
 3654937 3654938 SACE_4225 SACE_4226   serA FALSE 0.107 280.000 0.000 0.090   NA
 3654938 3654939 SACE_4226 SACE_4227 serA   TRUE 0.979 -3.000 0.072 NA   NA
 3654940 3654941 SACE_4228 SACE_4229     FALSE 0.014 337.000 0.000 NA   NA
 3654942 3654943 SACE_4230 SACE_4231     TRUE 0.888 68.000 1.000 NA   NA
 3654943 3654944 SACE_4231 SACE_4232   ramA TRUE 0.828 96.000 1.000 NA   NA
 3654944 3654945 SACE_4232 SACE_4233 ramA ramB TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.003 Y NA
 3654950 3654951 SACE_4238 SACE_4239     TRUE 0.630 45.000 0.000 0.057   NA
 3654953 3654954 SACE_4241 SACE_4242     FALSE 0.022 247.000 0.000 NA   NA
 3654954 3654955 SACE_4242 SACE_4243   pteC FALSE 0.180 45.000 0.000 NA   NA
 3654955 3654956 SACE_4243 SACE_4244 pteC   FALSE 0.200 35.000 0.000 NA   NA
 3654957 3654958 SACE_4245 SACE_4246     FALSE 0.015 498.000 0.000 1.000   NA
 3654962 3654963 SACE_4250 SACE_4251     TRUE 0.944 8.000 0.273 NA   NA
 3654964 3654965 SACE_4252 SACE_4253   xylR FALSE 0.029 319.000 0.000 1.000 N NA
 3654966 3654967 SACE_4254 SACE_4255     TRUE 0.893 63.000 0.028 0.050 Y NA
 3654967 3654968 SACE_4255 SACE_4256     TRUE 0.999 -3.000 0.723 0.050 Y NA
 3654968 3654969 SACE_4256 SACE_4257   aglA TRUE 0.716 38.000 0.000 1.000 Y NA
 3654969 3654970 SACE_4257 SACE_4258 aglA   TRUE 0.716 38.000 0.000 1.000 Y NA
 3654972 3654973 SACE_4260 SACE_4261 lldP,lctP glcD TRUE 0.962 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3654976 3654977 SACE_4264 SACE_4265     FALSE 0.009 484.000 0.000 NA   NA
 3654977 3654978 SACE_4265 SACE_4266     TRUE 0.810 17.000 0.000 0.013   NA
 3654981 3654982 SACE_4269 SACE_4270     TRUE 0.982 -3.000 0.103 NA   NA
 3654982 3654983 SACE_4270 SACE_4271     TRUE 0.845 18.000 0.172 NA   NA
 3654984 3654985 SACE_4272 SACE_4273     FALSE 0.020 263.000 0.000 NA   NA
 3654985 3654986 SACE_4273 SACE_4274     FALSE 0.062 140.000 0.000 NA   NA
 3654986 3654987 SACE_4274 SACE_4275     FALSE 0.047 235.000 0.000 1.000 N NA
 3654987 3654988 SACE_4275 SACE_4276     FALSE 0.249 70.000 0.000 1.000 N NA
 3654988 3654989 SACE_4276 SACE_4277     FALSE 0.243 330.000 0.000 0.074 Y NA
 3654990 3654991 SACE_4278 SACE_4279     FALSE 0.059 199.000 0.000 1.000   NA
 3654991 3654992 SACE_4279 SACE_4280     TRUE 0.785 21.000 0.000 1.000 Y NA
 3654992 3654993 SACE_4280 SACE_4281   arcB4 FALSE 0.344 32.000 0.000 1.000 N NA
 3654993 3654994 SACE_4281 SACE_4282 arcB4 cysK3 TRUE 0.946 60.000 0.667 1.000 Y NA
 3654995 3654996 SACE_4283 SACE_4284 penP   FALSE 0.062 141.000 0.000 NA   NA
 3654996 3654997 SACE_4284 SACE_4285     FALSE 0.233 24.000 0.000 NA   NA
 3654997 3654998 SACE_4285 SACE_4286     TRUE 0.994 -15.000 0.000 0.019 Y NA
 3654998 3654999 SACE_4286 SACE_4287     FALSE 0.296 347.000 0.000 0.002 Y NA
 3654999 3655000 SACE_4287 SACE_4288     TRUE 0.746 101.000 0.000 0.003 Y NA
 3655004 3655005 SACE_4292 SACE_4293     FALSE 0.055 207.000 0.000 1.000   NA
 3655005 3655006 SACE_4293 SACE_4294   bam TRUE 0.986 -84.000 0.000 0.002   NA
 3655006 3655007 SACE_4294 SACE_4295 bam   FALSE 0.276 44.000 0.000 1.000   NA
 3655009 3655010 SACE_4297 SACE_4298     FALSE 0.059 148.000 0.000 NA   NA
 3655010 3655011 SACE_4298 SACE_4299     FALSE 0.025 231.000 0.000 NA   NA
 3655012 3655013 SACE_4300 SACE_4301     TRUE 0.979 0.000 0.312 NA   NA
 3655013 3655014 SACE_4301 SACE_4302     FALSE 0.310 33.000 0.000 1.000   NA
 3655016 3655017 SACE_4304 SACE_4305     FALSE 0.327 28.000 0.000 1.000   NA
 3655017 3655018 SACE_4305 SACE_4306   pteA1 TRUE 0.992 -3.000 0.333 1.000   NA
 3655020 3655021 SACE_4308 SACE_4309     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655021 3655022 SACE_4309 SACE_4310     FALSE 0.014 328.000 0.000 NA   NA
 3655022 3655023 SACE_4310 SACE_4311   lldD2 TRUE 0.594 59.000 0.061 NA   NA
 3655023 3655024 SACE_4311 SACE_4312 lldD2   FALSE 0.064 205.000 0.000 1.000 N NA
 3655027 3655028 SACE_4315 SACE_4316     FALSE 0.098 93.000 0.000 NA   NA
 3655028 3655029 SACE_4316 SACE_4317     FALSE 0.070 124.000 0.000 NA   NA
 3655029 3655030 SACE_4317 SACE_4318     FALSE 0.187 39.000 0.000 NA   NA
 3655032 3655033 SACE_4320 SACE_4321     FALSE 0.203 34.000 0.000 NA   NA
 3655034 3655035 SACE_4322 SACE_4323     TRUE 0.637 7.000 0.000 1.000   NA
 3655036 3655037 SACE_4324 SACE_4325     FALSE 0.335 94.000 0.016 NA   NA
 3655037 3655038 SACE_4325 SACE_4326   ispH TRUE 0.984 -19.000 0.065 1.000   NA
 3655038 3655039 SACE_4326 SACE_4327 ispH shc1 TRUE 0.987 -3.000 0.136 1.000 N NA
 3655039 3655040 SACE_4327 SACE_4328 shc1   TRUE 0.984 -3.000 0.085 1.000 N NA
 3655040 3655041 SACE_4328 SACE_4329   hopC TRUE 0.978 -3.000 0.046 1.000   NA
 3655041 3655042 SACE_4329 SACE_4330 hopC hopD TRUE 0.787 27.000 0.130 1.000   NA
 3655042 3655043 SACE_4330 SACE_4331 hopD hopE TRUE 0.999 -24.000 0.216 0.000 Y NA
 3655044 3655045 SACE_4332 SACE_4333     TRUE 0.922 -7.000 0.000 1.000   NA
 3655045 3655046 SACE_4333 SACE_4334   odc TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3655046 3655047 SACE_4334 SACE_4335 odc speD TRUE 0.993 -7.000 0.014 1.000 Y NA
 3655047 3655048 SACE_4335 SACE_4336 speD   TRUE 0.562 89.000 0.000 1.000 Y NA
 3655049 3655050 SACE_4337 SACE_4338     FALSE 0.085 104.000 0.000 NA   NA
 3655054 3655055 SACE_4342 SACE_4343   adhA7 FALSE 0.293 21.000 0.000 NA N NA
 3655055 3655056 SACE_4343 SACE_4344 adhA7   TRUE 0.821 87.000 0.600 1.000 N NA
 3655056 3655057 SACE_4344 SACE_4345     TRUE 0.861 18.000 0.167 1.000   NA
 3655057 3655058 SACE_4345 SACE_4346     TRUE 0.869 -16.000 0.000 NA   NA
 3655058 3655059 SACE_4346 SACE_4347     TRUE 0.888 34.000 0.588 NA   NA
 3655059 3655060 SACE_4347 SACE_4348   lacI FALSE 0.034 262.000 0.000 1.000   NA
 3655061 3655062 SACE_4349 SACE_4350     FALSE 0.055 218.000 0.000 1.000 N NA
 3655062 3655063 SACE_4350 SACE_4351     TRUE 0.999 -3.000 0.812 0.001 Y NA
 3655064 3655065 SACE_4352 SACE_4353     FALSE 0.025 233.000 0.000 NA   NA
 3655065 3655066 SACE_4353 SACE_4354     FALSE 0.038 1048.000 0.000 0.090   NA
 3655069 3655070 SACE_4357 SACE_4358     FALSE 0.042 251.000 0.000 1.000 N NA
 3655070 3655071 SACE_4358 SACE_4359     TRUE 0.907 39.000 0.714 1.000 N NA
 3655071 3655072 SACE_4359 SACE_4360     TRUE 0.996 -3.000 0.714 1.000 N NA
 3655072 3655073 SACE_4360 SACE_4361     FALSE 0.088 102.000 0.000 NA   NA
 3655074 3655075 SACE_4362 SACE_4363     FALSE 0.106 89.000 0.000 NA   NA
 3655077 3655078 SACE_4365 SACE_4366     TRUE 0.979 -3.000 0.077 NA   NA
 3655081 3655082 SACE_4369 SACE_4370     TRUE 0.656 144.000 0.000 0.004 Y NA
 3655082 3655083 SACE_4370 SACE_4371     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3655083 3655084 SACE_4371 SACE_4372     FALSE 0.095 96.000 0.000 NA   NA
 3655085 3655086 SACE_4373 SACE_4374     TRUE 0.996 -3.000 0.200 1.000 Y NA
 3655086 3655087 SACE_4374 SACE_4375     TRUE 0.725 36.000 0.000 1.000 Y NA
 3655087 3655088 SACE_4375 SACE_4376     FALSE 0.019 458.000 0.000 1.000 N NA
 3655088 3655089 SACE_4376 SACE_4377     FALSE 0.469 88.000 0.000 0.083 N NA
 3655089 3655090 SACE_4377 SACE_4378   benB TRUE 0.693 224.000 0.672 0.055 N NA
 3655090 3655091 SACE_4378 SACE_4379 benB benA TRUE 0.990 12.000 0.953 0.000 N NA
 3655092 3655093 SACE_4380 SACE_4381     TRUE 0.993 -3.000 0.346 1.000 N NA
 3655093 3655094 SACE_4381 SACE_4382   catA1 TRUE 0.855 29.000 0.269 1.000 N NA
 3655094 3655095 SACE_4382 SACE_4383 catA1 catC TRUE 0.962 32.000 0.692 1.000 Y NA
 3655099 3655100 SACE_4387 SACE_4388 mocA   FALSE 0.231 67.000 0.000 1.000   NA
 3655101 3655102 SACE_4389 SACE_4390 lanM2   FALSE 0.148 67.000 0.000 NA   NA
 3655102 3655103 SACE_4390 SACE_4391   fprB FALSE 0.049 166.000 0.000 NA   NA
 3655103 3655104 SACE_4391 SACE_4392 fprB   TRUE 0.978 5.000 0.625 1.000   NA
 3655104 3655105 SACE_4392 SACE_4393     FALSE 0.023 243.000 0.000 NA   NA
 3655105 3655106 SACE_4393 SACE_4394   menG FALSE 0.091 99.000 0.000 NA   NA
 3655107 3655108 SACE_4395 SACE_4396 idnD zwf3 FALSE 0.138 105.000 0.000 1.000   NA
 3655109 3655110 SACE_4397 SACE_4398     FALSE 0.047 169.000 0.000 NA   NA
 3655110 3655111 SACE_4398 SACE_4399     TRUE 0.992 -10.000 0.231 1.000 N NA
 3655111 3655112 SACE_4399 SACE_4400     FALSE 0.451 143.000 0.107 1.000 N NA
 3655117 3655118 SACE_4405 SACE_4406     FALSE 0.058 150.000 0.000 NA   NA
 3655119 3655120 SACE_4407 SACE_4408     FALSE 0.070 123.000 0.000 NA   NA
 3655120 3655121 SACE_4408 SACE_4409     FALSE 0.064 205.000 0.000 1.000 N NA
 3655124 3655125 SACE_4412 SACE_4413     FALSE 0.010 443.000 0.000 NA   NA
 3655125 3655126 SACE_4413 SACE_4414     TRUE 0.951 30.000 0.533 NA Y NA
 3655126 3655127 SACE_4414 SACE_4415     TRUE 0.938 68.000 0.618 1.000 Y NA
 3655128 3655129 SACE_4416 SACE_4417     TRUE 0.976 -3.000 0.057 NA   NA
 3655129 3655130 SACE_4417 SACE_4418     FALSE 0.178 50.000 0.000 NA   NA
 3655132 3655133 SACE_4420 SACE_4421     FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3655134 3655135 SACE_4422 SACE_4423     FALSE 0.090 100.000 0.000 NA   NA
 3655135 3655136 SACE_4423 SACE_4424     TRUE 0.511 107.000 0.000 0.001   NA
 3655136 3655137 SACE_4424 SACE_4425   pqqE TRUE 0.998 -7.000 0.361 0.001   NA
 3655140 3655141 SACE_4428 SACE_4429     FALSE 0.072 121.000 0.000 NA   NA
 3655141 3655142 SACE_4429 SACE_4430     FALSE 0.008 512.000 0.000 NA   NA
 3655142 3655143 SACE_4430 SACE_4431     TRUE 0.581 79.000 0.062 1.000 N NA
 3655143 3655144 SACE_4431 SACE_4432     TRUE 0.994 -3.000 0.094 1.000 Y NA
 3655144 3655145 SACE_4432 SACE_4433     TRUE 0.967 17.000 0.389 1.000 Y NA
 3655145 3655146 SACE_4433 SACE_4434     TRUE 0.998 -3.000 0.900 1.000 Y NA
 3655146 3655147 SACE_4434 SACE_4435     TRUE 0.901 13.000 0.150 1.000 N NA
 3655147 3655148 SACE_4435 SACE_4436     FALSE 0.023 240.000 0.000 NA   NA
 3655148 3655149 SACE_4436 SACE_4437     FALSE 0.015 312.000 0.000 NA   NA
 3655149 3655150 SACE_4437 SACE_4438   ybjJ FALSE 0.041 254.000 0.000 1.000 N NA
 3655151 3655152 SACE_4439 SACE_4440     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3655153 3655154 SACE_4441 SACE_4442     FALSE 0.177 87.000 0.000 1.000   NA
 3655154 3655155 SACE_4442 SACE_4443     TRUE 0.979 0.000 0.250 1.000   NA
 3655155 3655156 SACE_4443 SACE_4444     FALSE 0.024 238.000 0.000 NA   NA
 3655158 3655159 SACE_4446 SACE_4447 pqqC pqqB TRUE 0.880 3.000 0.018 NA   NA
 3655159 3655160 SACE_4447 SACE_4448 pqqB   FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 3655160 3655161 SACE_4448 SACE_4449   exaA TRUE 0.873 33.000 0.400 1.000   NA
 3655161 3655162 SACE_4449 SACE_4450 exaA   TRUE 0.877 11.000 0.064 1.000   NA
 3655162 3655163 SACE_4450 SACE_4451     FALSE 0.007 727.000 0.000 NA   NA
 3655166 3655167 SACE_4454 SACE_4455     TRUE 0.603 104.000 0.182 1.000 N NA
 3655168 3655169 SACE_4456 SACE_4457     FALSE 0.011 391.000 0.000 NA   NA
 3655170 3655171 SACE_4458 SACE_4459     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3655171 3655172 SACE_4459 SACE_4460     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3655178 3655179 SACE_4466 SACE_4467   yagS TRUE 0.996 -3.000 0.045 0.055 Y NA
 3655179 3655180 SACE_4467 SACE_4468 yagS   TRUE 0.992 11.000 0.400 0.001 Y NA
 3655180 3655181 SACE_4468 SACE_4469     FALSE 0.086 173.000 0.000 1.000 N NA
 3655181 3655182 SACE_4469 SACE_4470     FALSE 0.218 80.000 0.000 1.000 N NA
 3655183 3655184 SACE_4471 SACE_4472     FALSE 0.184 41.000 0.000 NA   NA
 3655184 3655185 SACE_4472 SACE_4473     TRUE 0.539 83.000 0.000 0.043   NA
 3655185 3655186 SACE_4473 SACE_4474   qor FALSE 0.476 15.000 0.000 1.000   NA
 3655186 3655187 SACE_4474 SACE_4475 qor   FALSE 0.454 18.000 0.000 1.000 N NA
 3655187 3655188 SACE_4475 SACE_4476     TRUE 0.630 146.000 0.000 0.019 Y NA
 3655188 3655189 SACE_4476 SACE_4477   bioF TRUE 0.799 18.000 0.000 0.019 N NA
 3655190 3655191 SACE_4478 SACE_4479 cdaR   FALSE 0.013 357.000 0.000 NA   NA
 3655191 3655192 SACE_4479 SACE_4480     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655192 3655193 SACE_4480 SACE_4481     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3655193 3655194 SACE_4481 SACE_4482     TRUE 0.990 -3.000 0.286 NA   NA
 3655195 3655196 SACE_4483 SACE_4484     FALSE 0.052 161.000 0.000 NA   NA
 3655196 3655197 SACE_4484 SACE_4485   blaB4 FALSE 0.023 344.000 0.000 1.000   NA
 3655198 3655199 SACE_4486 SACE_4487 hcaC2   FALSE 0.018 479.000 0.000 1.000 N NA
 3655200 3655201 SACE_4488 SACE_4489     FALSE 0.042 180.000 0.000 NA   NA
 3655201 3655202 SACE_4489 SACE_4490     TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3655202 3655203 SACE_4490 SACE_4491   soxG FALSE 0.025 359.000 0.000 1.000 N NA
 3655203 3655204 SACE_4491 SACE_4492 soxG soxA TRUE 0.988 -7.000 0.000 0.001   NA
 3655204 3655205 SACE_4492 SACE_4493 soxA soxD TRUE 0.985 -3.000 0.000 0.001   NA
 3655205 3655206 SACE_4493 SACE_4494 soxD soxB TRUE 0.991 11.000 0.333 0.001 Y NA
 3655206 3655207 SACE_4494 SACE_4495 soxB glyA2 TRUE 0.962 0.000 0.000 1.000 Y NA
 3655208 3655209 SACE_4496 SACE_4497     TRUE 0.807 102.000 0.200 1.000 Y NA
 3655209 3655210 SACE_4497 SACE_4498   folD TRUE 0.987 -3.000 0.128 1.000 N NA
 3655210 3655211 SACE_4498 SACE_4499 folD folP TRUE 0.977 8.000 0.003 0.003 Y NA
 3655213 3655214 SACE_4501 SACE_4502 sdaA   TRUE 0.971 11.000 0.750 1.000 N NA
 3655214 3655215 SACE_4502 SACE_4503     FALSE 0.025 233.000 0.000 NA   NA
 3655215 3655216 SACE_4503 SACE_4504     FALSE 0.011 400.000 0.000 NA   NA
 3655217 3655218 SACE_4505 SACE_4506     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3655218 3655219 SACE_4506 SACE_4507     FALSE 0.072 120.000 0.000 NA   NA
 3655219 3655220 SACE_4507 SACE_4508     FALSE 0.081 167.000 0.000 1.000   NA
 3655220 3655221 SACE_4508 SACE_4509     TRUE 0.988 17.000 0.500 0.001 Y NA
 3655221 3655222 SACE_4509 SACE_4510   oxyS FALSE 0.031 304.000 0.000 1.000 N NA
 3655222 3655223 SACE_4510 SACE_4511 oxyS fprC FALSE 0.275 46.000 0.000 1.000   NA
 3655223 3655224 SACE_4511 SACE_4512 fprC hcaC2 TRUE 0.995 -3.000 0.208 0.054   NA
 3655225 3655226 SACE_4513 SACE_4514     FALSE 0.236 198.000 0.000 0.054 N NA
 3655226 3655227 SACE_4514 SACE_4515     FALSE 0.008 506.000 0.000 NA   NA
 3655227 3655228 SACE_4515 SACE_4516     FALSE 0.157 62.000 0.000 NA   NA
 3655228 3655229 SACE_4516 SACE_4517     FALSE 0.067 129.000 0.000 NA   NA
 3655230 3655231 SACE_4518 SACE_4519     FALSE 0.256 57.000 0.000 1.000   NA
 3655233 3655234 SACE_4521 SACE_4522     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3655235 3655236 SACE_4523 SACE_4524 adpA   FALSE 0.026 314.000 0.000 1.000   NA
 3655236 3655237 SACE_4524 SACE_4525     FALSE 0.030 280.000 0.000 1.000   NA
 3655237 3655238 SACE_4525 SACE_4526     TRUE 0.894 23.000 0.417 1.000   NA
 3655238 3655239 SACE_4526 SACE_4527     TRUE 0.692 130.000 0.600 NA   NA
 3655239 3655240 SACE_4527 SACE_4528     TRUE 0.916 11.000 0.200 NA   NA
 3655240 3655241 SACE_4528 SACE_4529     TRUE 0.709 92.000 0.375 NA   NA
 3655241 3655242 SACE_4529 SACE_4530     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 3655242 3655243 SACE_4530 SACE_4531     FALSE 0.241 205.000 0.000 NA Y NA
 3655243 3655244 SACE_4531 SACE_4532     TRUE 0.709 5.000 0.000 1.000 N NA
 3655246 3655247 SACE_4534 SACE_4535     FALSE 0.067 130.000 0.000 NA   NA
 3655249 3655250 SACE_4537 SACE_4538 iolG   FALSE 0.444 110.000 0.089 NA   NA
 3655250 3655251 SACE_4538 SACE_4539   iolT TRUE 0.733 25.000 0.000 NA Y NA
 3655252 3655253 SACE_4540 SACE_4541     TRUE 0.800 18.000 0.000 0.009   NA
 3655255 3655256 SACE_4543 SACE_4544     TRUE 0.586 69.000 0.045 1.000 N NA
 3655256 3655257 SACE_4544 SACE_4545     FALSE 0.092 167.000 0.000 1.000 N NA
 3655259 3655260 SACE_4547 SACE_4548   pdxA FALSE 0.472 91.000 0.040 1.000 N NA
 3655260 3655261 SACE_4548 SACE_4549 pdxA   TRUE 0.985 5.000 0.235 0.000   NA
 3655262 3655263 SACE_4550 SACE_4551     TRUE 0.996 4.000 0.714 0.049 Y NA
 3655263 3655264 SACE_4551 SACE_4552     TRUE 0.998 -3.000 0.194 0.049 Y NA
 3655264 3655265 SACE_4552 SACE_4553     TRUE 0.995 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 3655265 3655266 SACE_4553 SACE_4554     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 3655266 3655267 SACE_4554 SACE_4555     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3655267 3655268 SACE_4555 SACE_4556     TRUE 0.688 157.000 0.625 1.000 N NA
 3655268 3655269 SACE_4556 SACE_4557     TRUE 0.992 -3.000 0.046 NA Y NA
 3655269 3655270 SACE_4557 SACE_4558   serA TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA N NA
 3655270 3655271 SACE_4558 SACE_4559 serA   FALSE 0.397 98.000 0.020 1.000 N NA
 3655271 3655272 SACE_4559 SACE_4560     FALSE 0.025 316.000 0.000 1.000   NA
 3655273 3655274 SACE_4561 SACE_4562   rhf TRUE 0.645 49.000 0.000 0.055 N NA
 3655275 3655276 SACE_4563 SACE_4564   avtA TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3655276 3655277 SACE_4564 SACE_4565 avtA ilvB1 TRUE 0.797 20.000 0.000 1.000 Y NA
 3655277 3655278 SACE_4565 SACE_4566 ilvB1   FALSE 0.160 60.000 0.000 NA   NA
 3655278 3655279 SACE_4566 SACE_4567   fabH5 TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655279 3655280 SACE_4567 SACE_4568 fabH5   FALSE 0.117 84.000 0.000 NA   NA
 3655280 3655281 SACE_4568 SACE_4569     TRUE 0.931 4.000 0.000 0.006   NA
 3655281 3655282 SACE_4569 SACE_4570   pksG TRUE 0.544 12.000 0.000 1.000   NA
 3655282 3655283 SACE_4570 SACE_4571 pksG echA7 TRUE 0.994 -18.000 0.047 1.000 Y NA
 3655283 3655284 SACE_4571 SACE_4572 echA7   TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.089 Y NA
 3655286 3655287 SACE_4574 SACE_4575 pteA1 pksF TRUE 0.980 -3.000 0.000 0.019   NA
 3655287 3655288 SACE_4575 SACE_4576 pksF   FALSE 0.127 112.000 0.000 1.000   NA
 3655288 3655289 SACE_4576 SACE_4577     FALSE 0.054 158.000 0.000 NA   NA
 3655291 3655292 SACE_4579 SACE_4580     TRUE 0.915 19.000 0.500 NA   NA
 3655293 3655294 SACE_4581 SACE_4582 citE3   TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655294 3655295 SACE_4582 SACE_4583     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655295 3655296 SACE_4583 SACE_4584     FALSE 0.125 114.000 0.000 1.000   NA
 3655296 3655297 SACE_4584 SACE_4585     TRUE 0.996 0.000 0.900 0.003   NA
 3655297 3655298 SACE_4585 SACE_4586     FALSE 0.088 159.000 0.000 1.000   NA
 3655298 3655299 SACE_4586 SACE_4587     FALSE 0.390 174.000 0.130 1.000 N NA
 3655300 3655301 SACE_4588 SACE_4589     FALSE 0.304 44.000 0.000 1.000 N NA
 3655303 3655304 SACE_4591 SACE_4592   msmE TRUE 0.946 0.000 0.031 1.000 N NA
 3655304 3655305 SACE_4592 SACE_4593 msmE malF TRUE 0.972 62.000 0.677 0.049 Y NA
 3655305 3655306 SACE_4593 SACE_4594 malF lacG TRUE 0.999 -3.000 0.825 0.049 Y NA
 3655306 3655307 SACE_4594 SACE_4595 lacG   FALSE 0.019 264.000 0.000 NA   NA
 3655307 3655308 SACE_4595 SACE_4596     FALSE 0.011 402.000 0.000 NA   NA
 3655308 3655309 SACE_4596 SACE_4597     FALSE 0.049 217.000 0.000 1.000   NA
 3655309 3655310 SACE_4597 SACE_4598     FALSE 0.302 47.000 0.000 1.000 N NA
 3655312 3655313 SACE_4600 SACE_4601     TRUE 0.900 18.000 0.060 0.053   NA
 3655313 3655314 SACE_4601 SACE_4602     FALSE 0.154 77.000 0.000 NA N NA
 3655315 3655316 SACE_4603 SACE_4604   dapA TRUE 0.776 68.000 0.250 1.000 N NA
 3655317 3655318 SACE_4605 SACE_4606 serA gudP FALSE 0.401 21.000 0.000 1.000 N NA
 3655319 3655320 SACE_4607 SACE_4608 opuD   FALSE 0.016 521.000 0.000 1.000 N NA
 3655320 3655321 SACE_4608 SACE_4609     TRUE 0.811 101.000 0.750 1.000 N NA
 3655321 3655322 SACE_4609 SACE_4610     FALSE 0.031 211.000 0.000 NA   NA
 3655323 3655324 SACE_4611 SACE_4612     FALSE 0.049 167.000 0.000 NA   NA
 3655325 3655326 SACE_4613 SACE_4614     FALSE 0.144 101.000 0.000 1.000   NA
 3655327 3655328 SACE_4615 SACE_4616   mauE TRUE 0.654 38.000 0.000 0.051   NA
 3655328 3655329 SACE_4616 SACE_4617 mauE mauD FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3655330 3655331 SACE_4618 SACE_4619     TRUE 0.998 0.000 0.500 0.001 Y NA
 3655331 3655332 SACE_4619 SACE_4620     TRUE 0.998 -13.000 0.222 0.054 Y NA
 3655333 3655334 SACE_4621 SACE_4622     FALSE 0.021 281.000 0.000 NA N NA
 3655334 3655335 SACE_4622 SACE_4623     FALSE 0.200 55.000 0.000 NA N NA
 3655339 3655340 SACE_4627 SACE_4628 rpmJ   FALSE 0.023 240.000 0.000 NA   NA
 3655341 3655342 SACE_4629 SACE_4630     FALSE 0.192 37.000 0.000 NA   NA
 3655343 3655344 SACE_4631 SACE_4632     TRUE 0.984 8.000 0.403 1.000 Y NA
 3655344 3655345 SACE_4632 SACE_4633     TRUE 0.959 41.000 0.278 0.049 Y NA
 3655345 3655346 SACE_4633 SACE_4634   livG TRUE 0.996 -3.000 0.200 1.000 Y NA
 3655346 3655347 SACE_4634 SACE_4635 livG   TRUE 0.998 -10.000 0.133 0.016 Y NA
 3655347 3655348 SACE_4635 SACE_4636     FALSE 0.345 24.000 0.000 1.000   NA
 3655348 3655349 SACE_4636 SACE_4637     TRUE 0.996 -3.000 0.800 1.000   NA
 3655349 3655350 SACE_4637 SACE_4638     TRUE 0.977 -3.000 0.063 NA   NA
 3655350 3655351 SACE_4638 SACE_4639     FALSE 0.280 19.000 0.000 NA   NA
 3655351 3655352 SACE_4639 SACE_4640     FALSE 0.035 200.000 0.000 NA   NA
 3655353 3655354 SACE_4641 SACE_4642 lmrB   FALSE 0.011 401.000 0.000 NA   NA
 3655354 3655355 SACE_4642 SACE_4643     FALSE 0.028 222.000 0.000 NA   NA
 3655356 3655357 SACE_4644 SACE_4645   hisC2 FALSE 0.026 347.000 0.000 1.000 N NA
 3655357 3655358 SACE_4645 SACE_4646 hisC2 ptlB TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3655358 3655359 SACE_4646 SACE_4647 ptlB   TRUE 0.936 60.000 0.500 1.000 Y NA
 3655359 3655360 SACE_4647 SACE_4648     TRUE 0.994 -3.000 0.500 1.000   NA
 3655360 3655361 SACE_4648 SACE_4649   ubiH TRUE 0.993 -3.000 0.400 1.000   NA
 3655365 3655366 SACE_4653 SACE_4654     TRUE 0.631 71.000 0.000 0.003   NA
 3655366 3655367 SACE_4654 SACE_4655     FALSE 0.011 410.000 0.000 NA   NA
 3655368 3655369 SACE_4656 SACE_4657 iolH iolG TRUE 0.970 -3.000 0.036 NA   NA
 3655369 3655370 SACE_4657 SACE_4658 iolG iolT TRUE 0.631 37.000 0.036 1.000   NA
 3655370 3655371 SACE_4658 SACE_4659 iolT iolE TRUE 0.701 49.000 0.000 1.000 Y NA
 3655372 3655373 SACE_4660 SACE_4661     FALSE 0.111 129.000 0.000 1.000   NA
 3655373 3655374 SACE_4661 SACE_4662     FALSE 0.123 116.000 0.000 1.000   NA
 3655375 3655376 SACE_4663 SACE_4665     FALSE 0.050 1199.000 0.000 NA Y NA
 3655377 3655378 SACE_4666 SACE_4667     FALSE 0.049 167.000 0.000 NA   NA
 3655378 3655379 SACE_4667 SACE_4668   katG TRUE 0.994 -7.000 0.057 1.000 Y NA
 3655379 3655380 SACE_4668 SACE_4669 katG   FALSE 0.070 195.000 0.000 1.000 N NA
 3655381 3655382 SACE_4670 SACE_4671     FALSE 0.102 91.000 0.000 NA   NA
 3655383 3655384 SACE_4672 SACE_4673 mmsA1   FALSE 0.382 23.000 0.000 1.000 N NA
 3655384 3655385 SACE_4673 SACE_4674     FALSE 0.087 171.000 0.000 1.000 N NA
 3655386 3655387 SACE_4675 SACE_4676     TRUE 0.602 59.000 0.000 0.056   NA
 3655387 3655388 SACE_4676 SACE_4677     FALSE 0.460 93.000 0.000 0.056   NA
 3655388 3655389 SACE_4677 SACE_4678     FALSE 0.068 183.000 0.000 1.000   NA
 3655390 3655391 SACE_4679 SACE_4680     FALSE 0.091 99.000 0.000 NA   NA
 3655392 3655393 SACE_4681 SACE_4682     FALSE 0.097 149.000 0.000 1.000   NA
 3655394 3655395 SACE_4683 SACE_4684 bioB bioA TRUE 0.993 4.000 0.176 0.000 Y NA
 3655395 3655396 SACE_4684 SACE_4685 bioA bioF TRUE 0.996 -3.000 0.033 0.015 Y NA
 3655396 3655397 SACE_4685 SACE_4686 bioF   FALSE 0.076 115.000 0.000 NA   NA
 3655399 3655400 SACE_4688 SACE_4689     FALSE 0.013 356.000 0.000 NA   NA
 3655401 3655402 SACE_4690 SACE_4691     FALSE 0.034 260.000 0.000 1.000   NA
 3655402 3655403 SACE_4691 SACE_4692   folE2 FALSE 0.019 444.000 0.000 1.000 N NA
 3655405 3655406 SACE_4694 SACE_4695     FALSE 0.068 184.000 0.000 1.000   NA
 3655407 3655408 SACE_4696 SACE_4697     FALSE 0.167 90.000 0.000 1.000   NA
 3655409 3655410 SACE_4698 SACE_4699     FALSE 0.031 211.000 0.000 NA   NA
 3655411 3655412 SACE_4700 SACE_4701   proP TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3655412 3655413 SACE_4701 SACE_4702 proP dadA2 FALSE 0.316 38.000 0.000 1.000 N NA
 3655417 3655418 SACE_4706 SACE_4707     FALSE 0.106 89.000 0.000 NA   NA
 3655421 3655422 SACE_4710 SACE_4711   abgT FALSE 0.213 44.000 0.000 NA N NA
 3655425 3655426 SACE_4714 SACE_4715     FALSE 0.027 224.000 0.000 NA   NA
 3655431 3655432 SACE_4720 SACE_4721     FALSE 0.040 184.000 0.000 NA   NA
 3655432 3655433 SACE_4721 SACE_4722     FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 3655433 3655434 SACE_4722 SACE_4723     FALSE 0.054 157.000 0.000 NA   NA
 3655434 3655435 SACE_4723 SACE_4724     TRUE 0.992 -3.000 0.375 NA   NA
 3655435 3655436 SACE_4724 SACE_4725     FALSE 0.016 294.000 0.000 NA   NA
 3655436 3655437 SACE_4725 SACE_4726     TRUE 0.965 0.000 0.143 NA   NA
 3655437 3655438 SACE_4726 SACE_4727     TRUE 0.956 0.000 0.086 NA   NA
 3655438 3655439 SACE_4727 SACE_4728     TRUE 0.998 0.000 0.600 0.016 Y NA
 3655443 3655444 SACE_4732 SACE_4733     FALSE 0.147 80.000 0.000 NA N NA
 3655445 3655446 SACE_4734 SACE_4735 hadL   TRUE 0.620 8.000 0.000 1.000   NA
 3655448 3655449 SACE_4737 SACE_4738   lysS FALSE 0.314 32.000 0.000 1.000   NA
 3655449 3655450 SACE_4738 SACE_4739 lysS   FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 3655450 3655451 SACE_4739 SACE_4740     FALSE 0.017 284.000 0.000 NA   NA
 3655452 3655453 SACE_4741 SACE_4742   ubiE FALSE 0.174 88.000 0.000 1.000   NA
 3655453 3655454 SACE_4742 SACE_4743 ubiE   FALSE 0.052 160.000 0.000 NA   NA
 3655456 3655457 SACE_4745 SACE_4746     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 3655457 3655458 SACE_4746 SACE_4747     FALSE 0.090 100.000 0.000 NA   NA
 3655458 3655459 SACE_4747 SACE_4748     FALSE 0.037 192.000 0.000 NA   NA
 3655461 3655462 SACE_4750 SACE_4751     FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3655462 3655463 SACE_4751 SACE_4752     FALSE 0.189 38.000 0.000 NA   NA
 3655464 3655465 SACE_4753 SACE_4754   acoA TRUE 0.688 74.000 0.022 0.088   NA
 3655465 3655466 SACE_4754 SACE_4755 acoA acoB TRUE 0.990 18.000 0.804 0.002 Y NA
 3655466 3655467 SACE_4755 SACE_4756 acoB acoC TRUE 0.979 1.000 0.375 1.000   NA
 3655467 3655468 SACE_4756 SACE_4757 acoC   FALSE 0.016 475.000 0.000 1.000   NA
 3655469 3655470 SACE_4758 SACE_4759     FALSE 0.233 66.000 0.000 1.000   NA
 3655470 3655471 SACE_4759 SACE_4760   rocF FALSE 0.155 95.000 0.000 1.000   NA
 3655471 3655472 SACE_4760 SACE_4761 rocF   TRUE 0.993 -31.000 0.040 0.008   NA
 3655472 3655473 SACE_4761 SACE_4762     TRUE 0.503 7.000 0.000 NA   NA
 3655475 3655476 SACE_4764 SACE_4765   dak TRUE 0.892 11.000 0.000 1.000 Y NA
 3655476 3655477 SACE_4765 SACE_4766 dak gnuT,gntP TRUE 0.892 11.000 0.000 1.000 Y NA
 3655477 3655478 SACE_4766 SACE_4767 gnuT,gntP   FALSE 0.058 215.000 0.000 1.000 N NA
 3655478 3655479 SACE_4767 SACE_4768     FALSE 0.101 106.000 0.000 NA N NA
 3655480 3655481 SACE_4769 SACE_4770     FALSE 0.032 208.000 0.000 NA   NA
 3655482 3655483 SACE_4771 SACE_4772     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3655483 3655484 SACE_4772 SACE_4773     TRUE 0.989 -3.000 0.200 1.000   NA
 3655485 3655486 SACE_4774 SACE_4775     FALSE 0.299 271.000 0.000 0.081 Y NA
 3655488 3655489 SACE_4777 SACE_4778     FALSE 0.017 291.000 0.000 NA   NA
 3655492 3655493 SACE_4781 SACE_4782   nha FALSE 0.072 191.000 0.000 1.000 N NA
 3655493 3655494 SACE_4782 SACE_4783 nha   FALSE 0.016 295.000 0.000 NA   NA
 3655495 3655496 SACE_4784 SACE_4785     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3655497 3655498 SACE_4786 SACE_4787     FALSE 0.013 358.000 0.000 NA   NA
 3655499 3655500 SACE_4788 SACE_4789     FALSE 0.008 501.000 0.000 NA   NA
 3655500 3655501 SACE_4789 SACE_4790     TRUE 0.998 -3.000 0.545 1.000 Y NA
 3655501 3655502 SACE_4790 SACE_4791     FALSE 0.224 78.000 0.000 1.000 N NA
 3655502 3655503 SACE_4791 SACE_4794     FALSE 0.006 1160.000 0.000 NA   NA
 3655507 3655508 SACE_4799 SACE_4800     FALSE 0.095 96.000 0.000 NA   NA
 3655510 3655511 SACE_4802 SACE_4803     FALSE 0.031 274.000 0.000 1.000   NA
 3655512 3655513 SACE_4804 SACE_4805     FALSE 0.108 151.000 0.000 1.000 N NA
 3655513 3655514 SACE_4805 SACE_4806     FALSE 0.050 164.000 0.000 NA   NA
 3655516 3655517 SACE_4808 SACE_4809     TRUE 0.979 -3.000 0.073 NA   NA
 3655517 3655518 SACE_4809 SACE_4810     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3655518 3655519 SACE_4810 SACE_4811     FALSE 0.327 16.000 0.000 NA   NA
 3655519 3655520 SACE_4811 SACE_4812   rhsA FALSE 0.018 280.000 0.000 NA   NA
 3655521 3655522 SACE_4813 SACE_4814     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 3655522 3655523 SACE_4814 SACE_4815     FALSE 0.057 566.000 0.000 0.055   NA
 3655523 3655524 SACE_4815 SACE_4816     FALSE 0.320 30.000 0.000 1.000   NA
 3655524 3655525 SACE_4816 SACE_4817     FALSE 0.450 10.000 0.000 NA   NA
 3655525 3655526 SACE_4817 SACE_4818   cypA TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3655527 3655528 SACE_4819 SACE_4820     TRUE 0.993 -3.000 0.429 1.000   NA
 3655528 3655529 SACE_4820 SACE_4821     TRUE 0.991 -3.000 0.286 1.000   NA
 3655529 3655530 SACE_4821 SACE_4822   oppB TRUE 0.995 -3.000 0.636 1.000   NA
 3655530 3655531 SACE_4822 SACE_4823 oppB ophB TRUE 0.998 0.000 0.818 0.049 Y NA
 3655531 3655532 SACE_4823 SACE_4824 ophB   TRUE 0.910 146.000 0.556 0.049 Y NA
 3655534 3655535 SACE_4826 SACE_4827     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3655536 3655537 SACE_4828 SACE_4829     FALSE 0.034 282.000 0.000 1.000 N NA
 3655537 3655538 SACE_4829 SACE_4830     TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.049 Y NA
 3655538 3655539 SACE_4830 SACE_4831   lacG TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.049 Y NA
 3655539 3655540 SACE_4831 SACE_4832 lacG   TRUE 0.544 12.000 0.000 1.000   NA
 3655544 3655545 SACE_4836 SACE_4837     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3655548 3655549 SACE_4840 SACE_4841     FALSE 0.068 544.000 0.000 NA Y NA
 3655549 3655550 SACE_4841 SACE_4842     FALSE 0.013 839.000 0.000 1.000 N NA
 3655550 3655551 SACE_4842 SACE_4843     FALSE 0.021 371.000 0.000 1.000   NA
 3655552 3655553 SACE_4844 SACE_4845     FALSE 0.016 297.000 0.000 NA   NA
 3655554 3655555 SACE_4846 SACE_4847 ygcS   TRUE 0.928 -43.000 0.000 1.000 N NA
 3655556 3655557 SACE_4848 SACE_4849 hutH2   FALSE 0.059 149.000 0.000 NA   NA
 3655557 3655558 SACE_4849 SACE_4850     FALSE 0.067 130.000 0.000 NA   NA
 3655558 3655559 SACE_4850 SACE_4850a     FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3655563 3655564 SACE_4854 SACE_4855     FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3655564 3655565 SACE_4855 SACE_4856     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655565 3655566 SACE_4856 SACE_4857   ydeG TRUE 0.982 -132.000 0.000 0.049   NA
 3655566 3655567 SACE_4857 SACE_4858 ydeG   FALSE 0.038 245.000 0.000 1.000   NA
 3655569 3655570 SACE_4860 SACE_4861     FALSE 0.296 36.000 0.000 1.000   NA
 3655570 3655571 SACE_4861 SACE_4862     FALSE 0.012 641.000 0.000 1.000   NA
 3655572 3655573 SACE_4863 SACE_4864     FALSE 0.013 360.000 0.000 NA   NA
 3655575 3655576 SACE_4866 SACE_4867     FALSE 0.061 143.000 0.000 NA   NA
 3655578 3655579 SACE_4869 SACE_4870     TRUE 0.867 -28.000 0.000 NA   NA
 3655579 3655580 SACE_4870 SACE_4871     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3655580 3655581 SACE_4871 SACE_4872     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3655581 3655582 SACE_4872 SACE_4873     TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.054 Y NA
 3655582 3655583 SACE_4873 SACE_4874     TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.002 Y NA
 3655583 3655584 SACE_4874 SACE_4875     TRUE 0.876 22.000 0.286 1.000 N NA
 3655584 3655585 SACE_4875 SACE_4876   gctB TRUE 0.533 14.000 0.000 1.000 N NA
 3655585 3655586 SACE_4876 SACE_4877 gctB gctA TRUE 0.998 -3.000 0.067 0.001 Y NA
 3655586 3655587 SACE_4877 SACE_4878 gctA   TRUE 0.990 -3.000 0.222 1.000 N NA
 3655587 3655588 SACE_4878 SACE_4879     FALSE 0.382 23.000 0.000 1.000 N NA
 3655588 3655589 SACE_4879 SACE_4880     TRUE 0.808 19.000 0.000 1.000 Y NA
 3655589 3655590 SACE_4880 SACE_4881     TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.016 Y NA
 3655590 3655591 SACE_4881 SACE_4882     TRUE 0.709 41.000 0.000 1.000 Y NA
 3655591 3655592 SACE_4882 SACE_4883     TRUE 0.989 6.000 0.179 0.049 Y NA
 3655592 3655593 SACE_4883 SACE_4884   pucR FALSE 0.045 192.000 0.000 NA N NA
 3655593 3655594 SACE_4884 SACE_4885 pucR   FALSE 0.038 210.000 0.000 NA N NA
 3655594 3655595 SACE_4885 SACE_4886     FALSE 0.012 386.000 0.000 NA   NA
 3655595 3655596 SACE_4886 SACE_4887     FALSE 0.044 176.000 0.000 NA   NA
 3655596 3655597 SACE_4887 SACE_4888     FALSE 0.007 694.000 0.000 NA   NA
 3655597 3655598 SACE_4888 SACE_4889     FALSE 0.009 481.000 0.000 NA   NA
 3655599 3655600 SACE_4890 SACE_4891     TRUE 0.940 1.000 0.000 0.049   NA
 3655600 3655601 SACE_4891 SACE_4892     FALSE 0.233 66.000 0.000 1.000   NA
 3655601 3655602 SACE_4892 SACE_4893     FALSE 0.011 958.000 0.000 1.000   NA
 3655602 3655603 SACE_4893 SACE_4894     FALSE 0.073 177.000 0.000 1.000   NA
 3655603 3655604 SACE_4894 SACE_4895     FALSE 0.020 379.000 0.000 1.000   NA
 3655604 3655605 SACE_4895 SACE_4896     TRUE 0.536 108.000 0.174 NA   NA
 3655605 3655606 SACE_4896 SACE_4897     TRUE 0.894 20.000 0.400 NA   NA
 3655607 3655608 SACE_4898 SACE_4899     FALSE 0.007 597.000 0.000 NA   NA
 3655610 3655611 SACE_4901 SACE_4902     FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3655611 3655612 SACE_4902 SACE_4903     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3655612 3655613 SACE_4903 SACE_4904     FALSE 0.012 676.000 0.000 1.000   NA
 3655613 3655614 SACE_4904 SACE_4905     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3655615 3655616 SACE_4906 SACE_4907     FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3655616 3655617 SACE_4907 SACE_4908     TRUE 0.717 43.000 0.136 NA   NA
 3655617 3655618 SACE_4908 SACE_4909     FALSE 0.385 13.000 0.000 NA   NA
 3655619 3655620 SACE_4910 SACE_4911 nirB nirB TRUE 0.920 26.000 0.143 0.001   NA
 3655620 3655621 SACE_4911 SACE_4912 nirB   TRUE 0.989 -3.000 0.200 1.000   NA
 3655621 3655622 SACE_4912 SACE_4913     FALSE 0.024 239.000 0.000 NA   NA
 3655623 3655624 SACE_4914 SACE_4915     FALSE 0.006 1035.000 0.000 NA   NA
 3655624 3655625 SACE_4915 SACE_4916     FALSE 0.111 87.000 0.000 NA   NA
 3655625 3655626 SACE_4916 SACE_4917     FALSE 0.011 403.000 0.000 NA   NA
 3655626 3655627 SACE_4917 SACE_4918     FALSE 0.145 69.000 0.000 NA   NA
 3655628 3655629 SACE_4919 SACE_4920 prnA   FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3655629 3655630 SACE_4920 SACE_4921   pltG TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3655632 3655633 SACE_4923 SACE_4924     FALSE 0.009 467.000 0.000 NA   NA
 3655633 3655634 SACE_4924 SACE_4925     FALSE 0.183 42.000 0.000 NA   NA
 3655634 3655635 SACE_4925 SACE_4926     FALSE 0.164 226.000 0.000 0.087 N NA
 3655635 3655636 SACE_4926 SACE_4927     FALSE 0.206 418.000 0.000 0.053 Y NA
 3655636 3655637 SACE_4927 SACE_4928     TRUE 0.577 69.000 0.000 0.053   NA
 3655637 3655638 SACE_4928 SACE_4929     FALSE 0.062 515.000 0.000 0.054   NA
 3655638 3655639 SACE_4929 SACE_4930     FALSE 0.014 605.000 0.000 1.000 N NA
 3655639 3655640 SACE_4930 SACE_4931     FALSE 0.007 589.000 0.000 NA   NA
 3655640 3655641 SACE_4931 SACE_4932     FALSE 0.009 468.000 0.000 NA   NA
 3655641 3655642 SACE_4932 SACE_4933     FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3655644 3655645 SACE_4935 SACE_4936 kdgK   TRUE 0.996 -3.000 0.222 1.000 Y NA
 3655645 3655646 SACE_4936 SACE_4937     TRUE 0.708 21.000 0.000 0.087 N NA
 3655646 3655647 SACE_4937 SACE_4938   ydfJ FALSE 0.136 106.000 0.000 1.000   NA
 3655647 3655648 SACE_4938 SACE_4939 ydfJ idnD FALSE 0.274 48.000 0.000 1.000   NA
 3655648 3655649 SACE_4939 SACE_4940 idnD   TRUE 0.680 35.000 0.000 0.053 N NA
 3655651 3655652 SACE_4942 SACE_4943     FALSE 0.020 262.000 0.000 NA   NA
 3655653 3655654 SACE_4944 SACE_4945     FALSE 0.008 499.000 0.000 NA   NA
 3655654 3655655 SACE_4945 SACE_4946     FALSE 0.041 183.000 0.000 NA   NA
 3655656 3655657 SACE_4947 SACE_4948     FALSE 0.180 45.000 0.000 NA   NA
 3655658 3655659 SACE_4949 SACE_4950     FALSE 0.350 253.000 0.000 0.052 Y NA
 3655661 3655662 SACE_4952 SACE_4953     FALSE 0.011 714.000 0.000 1.000   NA
 3655662 3655663 SACE_4953 SACE_4954     TRUE 0.866 -106.000 0.000 NA   NA
 3655663 3655664 SACE_4954 SACE_4955     FALSE 0.011 403.000 0.000 NA   NA
 3655664 3655665 SACE_4955 SACE_4956     FALSE 0.018 273.000 0.000 NA   NA
 3655665 3655666 SACE_4956 SACE_4957     FALSE 0.006 877.000 0.000 NA   NA
 3655666 3655667 SACE_4957 SACE_4959     FALSE 0.013 361.000 0.000 NA   NA
 3655667 3655668 SACE_4959 SACE_4960     FALSE 0.008 549.000 0.000 NA   NA
 3655669 3655670 SACE_4961 SACE_4962     FALSE 0.041 183.000 0.000 NA   NA
 3655670 3655671 SACE_4962 SACE_4963     FALSE 0.006 1125.000 0.000 NA   NA
 3655671 3655672 SACE_4963 SACE_4964     FALSE 0.008 559.000 0.000 NA   NA
 3655672 3655673 SACE_4964 SACE_4965     FALSE 0.013 362.000 0.000 NA   NA
 3655674 3655675 SACE_4966 SACE_4968 aglA2 glpQ,ybeD FALSE 0.007 595.000 0.000 NA   NA
 3655675 3655676 SACE_4968 SACE_4969 glpQ,ybeD   FALSE 0.014 325.000 0.000 NA   NA
 3655676 3655677 SACE_4969 SACE_4970     FALSE 0.008 526.000 0.000 NA   NA
 3655677 3655678 SACE_4970 SACE_4971     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3655680 3655681 SACE_4973 SACE_4974     FALSE 0.007 727.000 0.000 NA   NA
 3655682 3655683 SACE_4975 SACE_4976     FALSE 0.067 130.000 0.000 NA   NA
 3655684 3655685 SACE_4977 SACE_4978     FALSE 0.153 64.000 0.000 NA   NA
 3655686 3655687 SACE_4979 SACE_4980     FALSE 0.145 69.000 0.000 NA   NA
 3655688 3655689 SACE_4981 SACE_4982     TRUE 0.932 18.000 0.500 1.000 N NA
 3655690 3655691 SACE_4983 SACE_4984     FALSE 0.052 160.000 0.000 NA   NA
 3655691 3655692 SACE_4984 SACE_4985     FALSE 0.010 415.000 0.000 NA   NA
 3655694 3655695 SACE_4987 SACE_4988   ctaE FALSE 0.013 705.000 0.000 1.000 N NA
 3655695 3655696 SACE_4988 SACE_4989 ctaE   FALSE 0.020 258.000 0.000 NA   NA
 3655696 3655697 SACE_4989 SACE_4990     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655697 3655698 SACE_4990 SACE_4991     TRUE 0.834 33.000 0.250 1.000   NA
 3655700 3655701 SACE_4993 SACE_4994     FALSE 0.012 372.000 0.000 NA   NA
 3655701 3655702 SACE_4994 SACE_4995     FALSE 0.009 492.000 0.000 NA   NA
 3655703 3655704 SACE_4996 SACE_4997     FALSE 0.065 134.000 0.000 NA   NA
 3655704 3655705 SACE_4997 SACE_4998     FALSE 0.013 364.000 0.000 NA   NA
 3655705 3655706 SACE_4998 SACE_4999     FALSE 0.041 182.000 0.000 NA   NA
 3655707 3655708 SACE_5000 SACE_5001 dnaK   FALSE 0.012 375.000 0.000 NA   NA
 3655708 3655709 SACE_5001 SACE_5002     FALSE 0.007 597.000 0.000 NA   NA
 3655709 3655710 SACE_5002 SACE_5003     FALSE 0.030 307.000 0.000 1.000 N NA
 3655710 3655711 SACE_5003 SACE_5004     FALSE 0.024 239.000 0.000 NA   NA
 3655711 3655712 SACE_5004 SACE_5005     FALSE 0.192 37.000 0.000 NA   NA
 3655712 3655713 SACE_5005 SACE_5006     FALSE 0.047 169.000 0.000 NA   NA
 3655713 3655714 SACE_5006 SACE_5007     FALSE 0.028 292.000 0.000 1.000   NA
 3655714 3655715 SACE_5007 SACE_5008     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3655715 3655716 SACE_5008 SACE_5009     FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3655717 3655718 SACE_5010 SACE_5011     FALSE 0.236 65.000 0.000 1.000   NA
 3655719 3655720 SACE_5012 SACE_5013     FALSE 0.007 642.000 0.000 NA   NA
 3655720 3655721 SACE_5013 SACE_5014   prt1 TRUE 0.563 55.000 0.043 NA   NA
 3655722 3655723 SACE_5016 SACE_5017   acdA FALSE 0.011 954.000 0.000 1.000   NA
 3655723 3655724 SACE_5017 SACE_5021 acdA   FALSE 0.005 1990.000 0.000 NA   NA
 3655727 3655728 SACE_5024 SACE_5025     FALSE 0.137 117.000 0.000 1.000 N NA
 3655728 3655729 SACE_5025 SACE_5026     TRUE 0.973 10.000 0.200 1.000 Y NA
 3655729 3655730 SACE_5026 SACE_5027     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3655733 3655734 SACE_5030 SACE_5031     FALSE 0.024 335.000 0.000 1.000   NA
 3655735 3655736 SACE_5032 SACE_5033     FALSE 0.007 671.000 0.000 NA   NA
 3655736 3655737 SACE_5033 SACE_5034     TRUE 0.908 19.000 0.450 NA   NA
 3655737 3655738 SACE_5034 SACE_5035     FALSE 0.016 296.000 0.000 NA   NA
 3655738 3655739 SACE_5035 SACE_5036     FALSE 0.064 136.000 0.000 NA   NA
 3655739 3655740 SACE_5036 SACE_5037     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3655740 3655741 SACE_5037 SACE_5038     FALSE 0.014 392.000 0.000 NA N NA
 3655743 3655744 SACE_5040 SACE_5041     TRUE 0.820 18.000 0.000 1.000 Y NA
 3655744 3655745 SACE_5041 SACE_5042     FALSE 0.344 32.000 0.000 1.000 N NA
 3655745 3655746 SACE_5042 SACE_5043     TRUE 0.865 35.000 0.000 0.048 Y NA
 3655746 3655747 SACE_5043 SACE_5044     TRUE 0.980 -3.000 0.000 0.048 N NA
 3655747 3655748 SACE_5044 SACE_5045   prpD2 FALSE 0.331 27.000 0.000 1.000   NA
 3655750 3655751 SACE_5047 SACE_5048 pcaR ligI FALSE 0.029 285.000 0.000 1.000   NA
 3655751 3655752 SACE_5048 SACE_5049 ligI   TRUE 0.802 63.000 0.088 0.087   NA
 3655752 3655753 SACE_5049 SACE_5050     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655753 3655754 SACE_5050 SACE_5051   dctA FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3655754 3655755 SACE_5051 SACE_5052 dctA   FALSE 0.011 397.000 0.000 NA   NA
 3655755 3655756 SACE_5052 SACE_5053     FALSE 0.040 184.000 0.000 NA   NA
 3655756 3655757 SACE_5053 SACE_5054   mtlD FALSE 0.081 359.000 0.000 0.087   NA
 3655757 3655758 SACE_5054 SACE_5055 mtlD hrmI TRUE 0.838 108.000 0.333 1.000 Y NA
 3655758 3655759 SACE_5055 SACE_5056 hrmI   FALSE 0.279 58.000 0.000 1.000 N NA
 3655760 3655761 SACE_5057 SACE_5058     FALSE 0.071 192.000 0.000 1.000 N NA
 3655761 3655762 SACE_5058 SACE_5059     TRUE 0.891 24.000 0.059 1.000 Y NA
 3655762 3655763 SACE_5059 SACE_5060     TRUE 0.998 -3.000 0.889 NA Y NA
 3655763 3655764 SACE_5060 SACE_5061     TRUE 0.994 0.000 0.556 NA Y NA
 3655765 3655766 SACE_5062 SACE_5063     FALSE 0.147 68.000 0.000 NA   NA
 3655767 3655768 SACE_5064 SACE_5066     FALSE 0.006 1248.000 0.000 NA   NA
 3655769 3655770 SACE_5067 SACE_5068     FALSE 0.013 347.000 0.000 NA   NA
 3655770 3655771 SACE_5068 SACE_5069   racX TRUE 0.645 27.000 0.019 1.000 N NA
 3655771 3655772 SACE_5069 SACE_5070 racX   TRUE 0.931 -7.000 0.000 1.000 N NA
 3655773 3655774 SACE_5071 SACE_5072 aspA   FALSE 0.014 342.000 0.000 NA   NA
 3655775 3655776 SACE_5073 SACE_5074   embC FALSE 0.012 673.000 0.000 1.000   NA
 3655777 3655778 SACE_5075 SACE_5076     FALSE 0.006 1093.000 0.000 NA   NA
 3655779 3655780 SACE_5077 SACE_5078     FALSE 0.146 110.000 0.000 1.000 N NA
 3655780 3655781 SACE_5078 SACE_5079     FALSE 0.008 516.000 0.000 NA   NA
 3655781 3655782 SACE_5079 SACE_5080     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655782 3655783 SACE_5080 SACE_5083     FALSE 0.006 1703.000 0.000 NA   NA
 3655783 3655784 SACE_5083 SACE_5084     TRUE 0.783 17.000 0.000 0.055   NA
 3655784 3655785 SACE_5084 SACE_5085     FALSE 0.009 481.000 0.000 NA   NA
 3655785 3655786 SACE_5085 SACE_5086     FALSE 0.006 1331.000 0.000 NA   NA
 3655787 3655788 SACE_5087 SACE_5088     FALSE 0.006 1318.000 0.000 NA   NA
 3655788 3655789 SACE_5088 SACE_5089     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3655789 3655790 SACE_5089 SACE_5090     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655790 3655791 SACE_5090 SACE_5091     FALSE 0.236 210.000 0.000 0.009   NA
 3655791 3655792 SACE_5091 SACE_5092     TRUE 0.900 8.000 0.000 0.009   NA
 3655792 3655793 SACE_5092 SACE_5094     FALSE 0.163 259.000 0.000 0.009   NA
 3655794 3655795 SACE_5095 SACE_5099     FALSE 0.005 4091.000 0.000 NA   NA
 11518658 3655790   SACE_5090     FALSE NA 6910.000 0.000 NA   NA
 11661021 3655790   SACE_5090     FALSE NA 6910.000 0.000 NA   NA
 11803413 3655790   SACE_5090     FALSE NA 6910.000 0.000 NA   NA
 11518659 3655790   SACE_5090     FALSE NA 6946.000 0.000 NA   NA
 11661022 3655790   SACE_5090     FALSE NA 6946.000 0.000 NA   NA
 11803414 3655790   SACE_5090     FALSE NA 6946.000 0.000 NA   NA
 11518660 3655790   SACE_5090     FALSE NA 6983.000 0.000 NA   NA
 11661023 3655790   SACE_5090     FALSE NA 6983.000 0.000 NA   NA
 11803415 3655790   SACE_5090     FALSE NA 6983.000 0.000 NA   NA
 11518661 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7019.000 0.000 NA   NA
 11661024 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7019.000 0.000 NA   NA
 11803416 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7019.000 0.000 NA   NA
 11518662 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7056.000 0.000 NA   NA
 11661025 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7056.000 0.000 NA   NA
 11803417 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7056.000 0.000 NA   NA
 11518663 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7092.000 0.000 NA   NA
 11661026 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7092.000 0.000 NA   NA
 11803418 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7092.000 0.000 NA   NA
 11518664 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7129.000 0.000 NA   NA
 11661027 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7129.000 0.000 NA   NA
 11803419 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7129.000 0.000 NA   NA
 11518665 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7165.000 0.000 NA   NA
 11661028 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7165.000 0.000 NA   NA
 11803420 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7165.000 0.000 NA   NA
 11518666 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7202.000 0.000 NA   NA
 11661029 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7202.000 0.000 NA   NA
 11803421 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7202.000 0.000 NA   NA
 11518667 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7238.000 0.000 NA   NA
 11661030 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7238.000 0.000 NA   NA
 11803422 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7238.000 0.000 NA   NA
 11518668 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7276.000 0.000 NA   NA
 11661031 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7276.000 0.000 NA   NA
 11803423 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7276.000 0.000 NA   NA
 11518669 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7312.000 0.000 NA   NA
 11661032 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7312.000 0.000 NA   NA
 11803424 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7312.000 0.000 NA   NA
 11518670 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7348.000 0.000 NA   NA
 11661033 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7348.000 0.000 NA   NA
 11803425 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7348.000 0.000 NA   NA
 11518671 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7384.000 0.000 NA   NA
 11661034 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7384.000 0.000 NA   NA
 11803426 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7384.000 0.000 NA   NA
 11518672 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7425.000 0.000 NA   NA
 11661035 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7425.000 0.000 NA   NA
 11803427 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7425.000 0.000 NA   NA
 11518673 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7461.000 0.000 NA   NA
 11661036 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7461.000 0.000 NA   NA
 11803428 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7461.000 0.000 NA   NA
 11518674 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7496.000 0.000 NA   NA
 11661037 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7496.000 0.000 NA   NA
 11803429 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7496.000 0.000 NA   NA
 11518675 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7532.000 0.000 NA   NA
 11661038 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7532.000 0.000 NA   NA
 11803430 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7532.000 0.000 NA   NA
 11518676 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7568.000 0.000 NA   NA
 11661039 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7568.000 0.000 NA   NA
 11803431 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7568.000 0.000 NA   NA
 11518677 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7604.000 0.000 NA   NA
 11661040 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7604.000 0.000 NA   NA
 11803432 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7604.000 0.000 NA   NA
 11518678 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7641.000 0.000 NA   NA
 11661041 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7641.000 0.000 NA   NA
 11803433 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7641.000 0.000 NA   NA
 11518679 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7677.000 0.000 NA   NA
 11661042 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7677.000 0.000 NA   NA
 11803434 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7677.000 0.000 NA   NA
 11518680 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7715.000 0.000 NA   NA
 11661043 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7715.000 0.000 NA   NA
 11803435 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7715.000 0.000 NA   NA
 11518681 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7751.000 0.000 NA   NA
 11661044 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7751.000 0.000 NA   NA
 11803436 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7751.000 0.000 NA   NA
 11518682 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7787.000 0.000 NA   NA
 11661045 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7787.000 0.000 NA   NA
 11803437 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7787.000 0.000 NA   NA
 11518683 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7823.000 0.000 NA   NA
 11661046 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7823.000 0.000 NA   NA
 11803438 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7823.000 0.000 NA   NA
 11518684 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7864.000 0.000 NA   NA
 11661047 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7864.000 0.000 NA   NA
 11803439 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7864.000 0.000 NA   NA
 11518685 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7900.000 0.000 NA   NA
 11661048 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7900.000 0.000 NA   NA
 11803440 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7900.000 0.000 NA   NA
 11518686 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7935.000 0.000 NA   NA
 11661049 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7935.000 0.000 NA   NA
 11803441 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7935.000 0.000 NA   NA
 11518687 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7971.000 0.000 NA   NA
 11661050 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7971.000 0.000 NA   NA
 11803442 3655790   SACE_5090     FALSE NA 7971.000 0.000 NA   NA
 11518688 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8007.000 0.000 NA   NA
 11661051 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8007.000 0.000 NA   NA
 11803443 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8007.000 0.000 NA   NA
 11518689 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8043.000 0.000 NA   NA
 11661052 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8043.000 0.000 NA   NA
 11803444 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8043.000 0.000 NA   NA
 11518690 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8080.000 0.000 NA   NA
 11661053 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8080.000 0.000 NA   NA
 11803445 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8080.000 0.000 NA   NA
 11518691 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8116.000 0.000 NA   NA
 11661054 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8116.000 0.000 NA   NA
 11803446 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8116.000 0.000 NA   NA
 11518692 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8152.000 0.000 NA   NA
 11661055 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8152.000 0.000 NA   NA
 11803447 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8152.000 0.000 NA   NA
 11518693 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8188.000 0.000 NA   NA
 11661056 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8188.000 0.000 NA   NA
 11803448 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8188.000 0.000 NA   NA
 11518694 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8229.000 0.000 NA   NA
 11661057 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8229.000 0.000 NA   NA
 11803449 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8229.000 0.000 NA   NA
 11518695 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8265.000 0.000 NA   NA
 11661058 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8265.000 0.000 NA   NA
 11803450 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8265.000 0.000 NA   NA
 11518696 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8306.000 0.000 NA   NA
 11661059 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8306.000 0.000 NA   NA
 11803451 3655790   SACE_5090     FALSE NA 8306.000 0.000 NA   NA
 3655796 3655797 SACE_5100 SACE_5101     TRUE 0.986 6.000 0.433 NA Y NA
 3655797 3655798 SACE_5101 SACE_5102     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3655798 3655799 SACE_5102 SACE_5103     FALSE 0.230 25.000 0.000 NA   NA
 3655800 3655801 SACE_5105 SACE_5106 ISTB   FALSE 0.368 388.000 0.250 1.000 Y NA
 3655801 3655802 SACE_5106 SACE_5109     FALSE 0.048 1823.000 0.000 NA Y NA
 3655802 3655803 SACE_5109 SACE_5110     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3655803 3655804 SACE_5110 SACE_5111     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3655804 3655805 SACE_5111 SACE_5112     TRUE 0.724 89.000 0.375 NA   NA
 3655805 3655806 SACE_5112 SACE_5113     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655806 3655807 SACE_5113 SACE_5116     FALSE 0.005 1883.000 0.000 NA   NA
 3655808 3655809 SACE_5117 SACE_5118     FALSE 0.233 24.000 0.000 NA   NA
 3655809 3655810 SACE_5118 SACE_5119     FALSE 0.450 10.000 0.000 NA   NA
 3655811 3655812 SACE_5120 SACE_5121     TRUE 0.996 -3.000 0.250 0.052   NA
 3655812 3655813 SACE_5121 SACE_5122     FALSE 0.006 841.000 0.000 NA   NA
 3655815 3655816 SACE_5126 SACE_5127     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3655816 3655817 SACE_5127 SACE_5128   pglZ FALSE 0.166 57.000 0.000 NA   NA
 3655817 3655818 SACE_5128 SACE_5129 pglZ pglY TRUE 0.995 -3.000 0.800 NA   NA
 3655818 3655819 SACE_5129 SACE_5130 pglY   TRUE 0.985 -3.000 0.150 NA   NA
 3655819 3655820 SACE_5130 SACE_5131     TRUE 0.993 -3.000 0.100 0.052   NA
 3655821 3655822 SACE_5132 SACE_5133     FALSE 0.021 368.000 0.000 1.000   NA
 3655825 3655826 SACE_5135 SACE_5137     FALSE 0.053 854.000 0.000 0.040   NA
 3655828 3655829 SACE_5139 SACE_5140     FALSE 0.038 191.000 0.000 NA   NA
 3655829 3655830 SACE_5140 SACE_5141     FALSE 0.266 53.000 0.000 1.000   NA
 3655830 3655831 SACE_5141 SACE_5142     FALSE 0.122 117.000 0.000 1.000   NA
 3655831 3655832 SACE_5142 SACE_5143     TRUE 0.979 15.000 0.500 0.000 N NA
 3655832 3655833 SACE_5143 SACE_5144     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3655834 3655835 SACE_5145 SACE_5146     FALSE 0.008 530.000 0.000 NA   NA
 3655835 3655836 SACE_5146 SACE_5147   embC FALSE 0.120 135.000 0.000 1.000 N NA
 3655837 3655838 SACE_5148 SACE_5149     FALSE 0.014 631.000 0.000 1.000 N NA
 3655840 3655841 SACE_5151 SACE_5153     FALSE 0.006 916.000 0.000 NA   NA
 3655841 3655842 SACE_5153 SACE_5154   bga2 FALSE 0.114 125.000 0.000 1.000   NA
 3655842 3655843 SACE_5154 SACE_5155 bga2   TRUE 0.996 -3.000 0.200 1.000 Y NA
 3655843 3655844 SACE_5155 SACE_5156     TRUE 0.998 0.000 0.667 0.046 Y NA
 3655844 3655845 SACE_5156 SACE_5157     TRUE 0.967 72.000 0.667 0.046 Y NA
 3655845 3655846 SACE_5157 SACE_5158   dapAch1 TRUE 0.729 4.000 0.000 1.000 N NA
 3655847 3655848 SACE_5159 SACE_5160 nanH   TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3655852 3655853 SACE_5164 SACE_5165 sixA   FALSE 0.155 76.000 0.000 NA N NA
 3655853 3655854 SACE_5165 SACE_5166     FALSE 0.101 106.000 0.000 NA N NA
 3655854 3655855 SACE_5166 SACE_5167     TRUE 0.972 8.000 0.596 1.000 N NA
 3655857 3655858 SACE_5169 SACE_5170   ansP TRUE 0.709 5.000 0.000 1.000 N NA
 3655858 3655859 SACE_5170 SACE_5171 ansP   TRUE 0.705 33.000 0.000 NA Y NA
 3655861 3655862 SACE_5173 SACE_5174   iroB FALSE 0.272 205.000 0.000 1.000 Y NA
 3655864 3655865 SACE_5176 SACE_5177     FALSE 0.059 148.000 0.000 NA   NA
 3655866 3655867 SACE_5178 SACE_5179   ssuD1 FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3655869 3655870 SACE_5181 SACE_5182     FALSE 0.126 113.000 0.000 1.000   NA
 3655870 3655871 SACE_5182 SACE_5183     FALSE 0.115 85.000 0.000 NA   NA
 3655873 3655874 SACE_5185 SACE_5186 mmsA3   FALSE 0.354 29.000 0.000 1.000 N NA
 3655874 3655875 SACE_5186 SACE_5187     FALSE 0.261 65.000 0.000 1.000 N NA
 3655875 3655876 SACE_5187 SACE_5188     TRUE 0.778 30.000 0.128 1.000   NA
 3655876 3655877 SACE_5188 SACE_5189   iolC TRUE 0.821 25.000 0.179 1.000   NA
 3655878 3655879 SACE_5191 SACE_5192   iolE FALSE 0.042 250.000 0.000 1.000 N NA
 3655879 3655880 SACE_5192 SACE_5193 iolE iolG TRUE 0.888 16.000 0.200 1.000   NA
 3655880 3655881 SACE_5193 SACE_5194 iolG   FALSE 0.238 64.000 0.000 1.000   NA
 3655881 3655882 SACE_5194 SACE_5195     TRUE 0.992 6.000 0.889 1.000 Y NA
 3655884 3655885 SACE_5198 SACE_5199     TRUE 0.866 -43.000 0.000 NA   NA
 3655888 3655889 SACE_5202 SACE_5203   iolF,yxdF FALSE 0.059 199.000 0.000 1.000   NA
 3655889 3655890 SACE_5203 SACE_5204 iolF,yxdF   FALSE 0.143 112.000 0.000 1.000 N NA
 3655890 3655891 SACE_5204 SACE_5205     FALSE 0.101 143.000 0.000 1.000   NA
 3655892 3655893 SACE_5206 SACE_5208 nupX embC FALSE 0.146 100.000 0.000 1.000   NA
 3655893 3655894 SACE_5208 SACE_5209 embC   FALSE 0.125 114.000 0.000 1.000   NA
 3655894 3655895 SACE_5209 SACE_5210   idi FALSE 0.071 192.000 0.000 1.000 N NA
 3655895 3655896 SACE_5210 SACE_5211 idi idsA2 FALSE 0.380 163.000 0.000 0.002 N NA
 3655899 3655900 SACE_5214 SACE_5215   fucA FALSE 0.016 460.000 0.000 1.000   NA
 3655900 3655901 SACE_5215 SACE_5216 fucA   TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3655901 3655902 SACE_5216 SACE_5217   dak TRUE 0.590 251.000 0.400 1.000 Y NA
 3655902 3655903 SACE_5217 SACE_5218 dak eryA TRUE 0.996 -3.000 0.200 1.000 Y NA
 3655903 3655904 SACE_5218 SACE_5219 eryA serA TRUE 0.993 -3.000 0.381 1.000 N NA
 3655904 3655905 SACE_5219 SACE_5220 serA   TRUE 0.830 52.000 0.095 0.083   NA
 3655906 3655907 SACE_5221 SACE_5222   csbX FALSE 0.013 770.000 0.000 1.000 N NA
 3655908 3655909 SACE_5224 SACE_5225   csbB FALSE 0.189 38.000 0.000 NA   NA
 3655909 3655910 SACE_5225 SACE_5226 csbB   FALSE 0.021 253.000 0.000 NA   NA
 3655912 3655913 SACE_5228 SACE_5229     FALSE 0.054 157.000 0.000 NA   NA
 3655913 3655914 SACE_5229 SACE_5230     FALSE 0.012 369.000 0.000 NA   NA
 3655914 3655915 SACE_5230 SACE_5231     TRUE 0.999 -6.000 1.000 0.015 Y NA
 3655915 3655916 SACE_5231 SACE_5232   engA TRUE 0.668 79.000 0.002 0.046   NA
 3655916 3655917 SACE_5232 SACE_5233 engA plsC TRUE 0.664 22.000 0.021 1.000   NA
 3655917 3655918 SACE_5233 SACE_5234 plsC cmk TRUE 0.889 6.000 0.030 1.000 N NA
 3655919 3655920 SACE_5235 SACE_5236     TRUE 0.876 127.000 0.700 1.000 Y NA
 3655921 3655922 SACE_5237 SACE_5238   scpB TRUE 0.991 -7.000 0.224 NA N NA
 3655922 3655923 SACE_5238 SACE_5239 scpB scpA FALSE 0.261 387.000 0.570 NA   NA
 3655923 3655924 SACE_5239 SACE_5240 scpA   TRUE 0.962 -3.000 0.014 NA   NA
 3655924 3655925 SACE_5240 SACE_5241     TRUE 0.723 53.000 0.158 NA   NA
 3655925 3655926 SACE_5241 SACE_5242   xerD FALSE 0.270 190.000 0.058 1.000 N NA
 3655926 3655927 SACE_5242 SACE_5243 xerD nudF TRUE 0.993 -3.000 0.063 1.000 Y NA
 3655927 3655928 SACE_5243 SACE_5244 nudF pyrG FALSE 0.056 808.000 0.055 1.000 N NA
 3655928 3655929 SACE_5244 SACE_5245 pyrG   FALSE 0.034 258.000 0.000 1.000   NA
 3655929 3655930 SACE_5245 SACE_5246     FALSE 0.011 400.000 0.000 NA   NA
 3655930 3655931 SACE_5246 SACE_5247     TRUE 0.995 -3.000 0.798 NA   NA
 3655931 3655932 SACE_5247 SACE_5248   recN TRUE 0.635 103.000 0.049 0.068   NA
 3655932 3655933 SACE_5248 SACE_5249 recN   FALSE 0.418 151.000 0.094 1.000 N NA
 3655933 3655934 SACE_5249 SACE_5250   tlyA TRUE 0.886 12.000 0.120 NA N NA
 3655934 3655935 SACE_5250 SACE_5251 tlyA   FALSE 0.078 112.000 0.000 NA   NA
 3655935 3655936 SACE_5251 SACE_5252     FALSE 0.057 152.000 0.000 NA   NA
 3655936 3655937 SACE_5252 SACE_5253     TRUE 0.601 9.000 0.000 1.000   NA
 3655937 3655938 SACE_5253 SACE_8109     FALSE 0.034 201.000 0.000 NA   NA
 3655938 3655939 SACE_8109 SACE_8110     FALSE 0.069 126.000 0.000 NA   NA
 3655940 3655941 SACE_8112 SACE_5254   tyrS,tyr FALSE 0.008 584.000 0.000 NA   NA
 3655941 3655942 SACE_5254 SACE_5255 tyrS,tyr alkA TRUE 0.700 38.000 0.067 1.000 N NA
 3655942 3655943 SACE_5255 SACE_5256 alkA argH TRUE 0.658 25.000 0.020 1.000 N NA
 3655943 3655944 SACE_5256 SACE_5257 argH argR TRUE 0.557 51.000 0.012 1.000 N NA
 3655944 3655945 SACE_5257 SACE_5258 argR argF TRUE 0.757 30.000 0.088 1.000 N NA
 3655945 3655946 SACE_5258 SACE_5259 argF argD TRUE 0.866 54.000 0.091 1.000 Y NA
 3655946 3655947 SACE_5259 SACE_5260 argD argB TRUE 0.988 0.000 0.105 1.000 Y NA
 3655947 3655948 SACE_5260 SACE_5261 argB argJ TRUE 0.998 -3.000 0.239 0.001 Y NA
 3655948 3655949 SACE_5261 SACE_5262 argJ   TRUE 0.954 -3.000 0.003 NA   NA
 3655949 3655950 SACE_5262 SACE_5263     TRUE 0.954 -3.000 0.003 NA   NA
 3655950 3655951 SACE_5263 SACE_5264     FALSE 0.100 159.000 0.000 1.000 N NA
 3655951 3655952 SACE_5264 SACE_5265   argR TRUE 0.911 17.000 0.000 0.076 Y NA
 3655952 3655953 SACE_5265 SACE_5266 argR   TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3655956 3655957 SACE_5270 SACE_5271     FALSE 0.336 26.000 0.000 1.000   NA
 3655957 3655958 SACE_5271 SACE_5272     FALSE 0.317 31.000 0.000 1.000   NA
 3655959 3655960 SACE_5273 SACE_5274     FALSE 0.153 64.000 0.000 NA   NA
 3655960 3655961 SACE_5274 SACE_5275     TRUE 0.696 40.000 0.000 0.005   NA
 3655961 3655962 SACE_5275 SACE_5276   pheT FALSE 0.028 296.000 0.000 1.000   NA
 3655962 3655963 SACE_5276 SACE_5277 pheT pheS TRUE 0.976 58.000 0.574 0.000 Y NA
 3655963 3655964 SACE_5277 SACE_5278 pheS tsnR FALSE 0.319 252.000 0.026 1.000 Y NA
 3655964 3655965 SACE_5278 SACE_5279 tsnR rplT TRUE 0.794 147.000 0.057 0.007 Y NA
 3655965 3655966 SACE_5279 SACE_5280 rplT rpmI TRUE 0.957 109.000 0.928 0.008 Y NA
 3655966 3655967 SACE_5280 SACE_5281 rpmI infC TRUE 0.879 117.000 0.652 1.000 Y NA
 3655968 3655969 SACE_5282 SACE_5283     FALSE 0.070 124.000 0.000 NA   NA
 3655970 3655971 SACE_5284 SACE_5285 staP   FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3655972 3655973 SACE_5286 SACE_5287   chiC FALSE 0.014 517.000 0.000 1.000   NA
 3655973 3655974 SACE_5287 SACE_5288 chiC   FALSE 0.021 369.000 0.000 1.000   NA
 3655975 3655976 SACE_5289 SACE_5290     FALSE 0.010 1055.000 0.000 1.000   NA
 3655976 3655977 SACE_5290 SACE_5291   dhaK TRUE 0.796 21.000 0.000 0.001   NA
 3655978 3655979 SACE_5292 SACE_5293 gylR   FALSE 0.014 664.000 0.000 1.000 N NA
 3655979 3655980 SACE_5293 SACE_5294     FALSE 0.115 85.000 0.000 NA   NA
 3655981 3655982 SACE_5295 SACE_5296 atpB   FALSE 0.077 171.000 0.000 1.000   NA
 3655982 3655983 SACE_5296 SACE_5297     FALSE 0.045 174.000 0.000 NA   NA
 3655983 3655984 SACE_5297 SACE_5298   kdgR TRUE 0.981 0.000 0.348 NA N NA
 3655985 3655986 SACE_5299 SACE_5300     FALSE 0.238 23.000 0.000 NA   NA
 3655986 3655987 SACE_5300 SACE_5301     FALSE 0.147 68.000 0.000 NA   NA
 3655987 3655988 SACE_5301 SACE_5302     TRUE 0.732 33.000 0.074 1.000 N NA
 3655988 3655989 SACE_5302 SACE_5303     FALSE 0.386 136.000 0.000 NA Y NA
 3655990 3655991 SACE_5304 SACE_5305     FALSE 0.385 13.000 0.000 NA   NA
 3655991 3655992 SACE_5305 SACE_5306   chlB2 FALSE 0.007 631.000 0.000 NA   NA
 3655993 3655994 SACE_5307 SACE_5308 chlB3 chlB1 TRUE 0.705 72.000 0.200 NA N NA
 3655994 3655995 SACE_5308 SACE_5309 chlB1 cyp20 TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3656001 3656002 SACE_5315 SACE_5316     FALSE 0.146 407.000 0.188 1.000   NA
 3656002 3656003 SACE_5316 SACE_5317     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3656004 3656005 SACE_5318 SACE_5319     FALSE 0.179 48.000 0.000 NA   NA
 3656005 3656006 SACE_5319 SACE_5320     TRUE 0.503 7.000 0.000 NA   NA
 3656007 3656008 SACE_5321 SACE_5322   rstP FALSE 0.076 172.000 0.000 1.000   NA
 3656009 3656010 SACE_5323 SACE_5324     FALSE 0.185 40.000 0.000 NA   NA
 3656010 3656011 SACE_5324 SACE_5325     FALSE 0.100 145.000 0.000 1.000   NA
 3656013 3656014 SACE_5327 SACE_5328     FALSE 0.162 59.000 0.000 NA   NA
 3656014 3656015 SACE_5328 SACE_5329     FALSE 0.050 164.000 0.000 NA   NA
 3656017 3656018 SACE_5331 SACE_5333     FALSE 0.006 1076.000 0.000 NA   NA
 3656022 3656023 SACE_5337 SACE_5338     FALSE 0.050 165.000 0.000 NA   NA
 3656026 3656027 SACE_5341 SACE_5342     FALSE 0.109 88.000 0.000 NA   NA
 3656028 3656029 SACE_5343 SACE_5344     FALSE 0.012 368.000 0.000 NA   NA
 3656029 3656030 SACE_5344 SACE_5345     FALSE 0.050 165.000 0.000 NA   NA
 3656031 3656032 SACE_5346 SACE_5347     FALSE 0.010 1024.000 0.000 1.000   NA
 3656032 3656033 SACE_5347 SACE_5348     FALSE 0.217 72.000 0.000 1.000   NA
 3656034 3656035 SACE_5349 SACE_5350     FALSE 0.026 229.000 0.000 NA   NA
 3656035 3656036 SACE_5350 SACE_5351     FALSE 0.254 170.000 0.000 0.076   NA
 3656036 3656037 SACE_5351 SACE_5352     TRUE 0.773 74.000 0.286 1.000 N NA
 3656037 3656038 SACE_5352 SACE_5353   aldC TRUE 0.905 101.000 0.839 0.050 N NA
 3656038 3656039 SACE_5353 SACE_5354 aldC   TRUE 0.854 51.000 0.419 1.000   NA
 3656039 3656040 SACE_5354 SACE_5355   glnA4 TRUE 0.990 -19.000 0.157 1.000   NA
 3656042 3656043 SACE_5357 SACE_5358     FALSE 0.016 302.000 0.000 NA   NA
 3656043 3656044 SACE_5358 SACE_5359     TRUE 0.982 5.000 0.944 NA   NA
 3656044 3656045 SACE_5359 SACE_5360     TRUE 0.995 -3.000 0.762 NA   NA
 3656046 3656047 SACE_5361 SACE_5362     TRUE 0.999 -3.000 0.826 0.093 Y NA
 3656047 3656048 SACE_5362 SACE_5363     FALSE 0.012 377.000 0.000 NA   NA
 3656050 3656051 SACE_5365 SACE_5366     FALSE 0.043 177.000 0.000 NA   NA
 3656054 3656055 SACE_5369 SACE_5370     FALSE 0.020 263.000 0.000 NA   NA
 3656056 3656057 SACE_5371 SACE_5372 gbsA   FALSE 0.091 168.000 0.000 1.000 N NA
 3656057 3656058 SACE_5372 SACE_5373     TRUE 0.771 23.000 0.000 1.000 Y NA
 3656059 3656060 SACE_5374 SACE_5375     FALSE 0.026 229.000 0.000 NA   NA
 3656060 3656061 SACE_5375 SACE_5376   glxR FALSE 0.012 382.000 0.000 NA   NA
 3656062 3656063 SACE_5377 SACE_5378     FALSE 0.021 253.000 0.000 NA   NA
 3656063 3656064 SACE_5378 SACE_5379     TRUE 0.984 -3.000 0.095 1.000   NA
 3656064 3656065 SACE_5379 SACE_5380   fadE31 TRUE 0.976 2.000 0.333 1.000   NA
 3656065 3656066 SACE_5380 SACE_5381 fadE31 fabG3 TRUE 0.611 78.000 0.000 1.000 Y NA
 3656066 3656067 SACE_5381 SACE_5382 fabG3 fadE16 TRUE 0.995 -3.000 0.107 1.000 Y NA
 3656067 3656068 SACE_5382 SACE_5383 fadE16 fadE21 TRUE 0.999 -3.000 0.833 0.006 Y NA
 3656068 3656069 SACE_5383 SACE_5384 fadE21   TRUE 0.892 11.000 0.000 1.000 Y NA
 3656070 3656071 SACE_5385 SACE_5386     FALSE 0.179 47.000 0.000 NA   NA
 3656071 3656072 SACE_5386 SACE_5387     TRUE 0.999 -7.000 0.915 NA Y NA
 3656074 3656075 SACE_5389 SACE_5390     FALSE 0.100 159.000 0.000 1.000 N NA
 3656075 3656076 SACE_5390 SACE_5391     TRUE 0.548 111.000 0.154 1.000   NA
 3656076 3656077 SACE_5391 SACE_5392   fabG TRUE 0.915 18.000 0.091 0.049   NA
 3656077 3656078 SACE_5392 SACE_5393 fabG   TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.082 Y NA
 3656079 3656080 SACE_5394 SACE_5395 chiA   FALSE 0.047 170.000 0.000 NA   NA
 3656080 3656081 SACE_5395 SACE_5396     TRUE 0.809 43.000 0.300 NA   NA
 3656083 3656084 SACE_5399 SACE_5400     TRUE 0.995 -3.000 0.750 NA   NA
 3656084 3656085 SACE_5400 SACE_5401     FALSE 0.014 344.000 0.000 NA   NA
 3656085 3656086 SACE_5401 SACE_5402     FALSE 0.019 271.000 0.000 NA   NA
 3656086 3656087 SACE_5402 SACE_5403     FALSE 0.073 118.000 0.000 NA   NA
 3656087 3656088 SACE_5403 SACE_5404     FALSE 0.077 171.000 0.000 1.000   NA
 3656088 3656089 SACE_5404 SACE_5405     FALSE 0.054 222.000 0.000 1.000 N NA
 3656089 3656090 SACE_5405 SACE_5406     TRUE 0.945 0.000 0.000 0.082 N NA
 3656090 3656091 SACE_5406 SACE_5407   adc TRUE 0.993 -15.000 0.300 1.000 N NA
 3656091 3656092 SACE_5407 SACE_5408 adc   FALSE 0.312 39.000 0.000 1.000 N NA
 3656092 3656093 SACE_5408 SACE_5409   gcdH2 TRUE 0.916 7.000 0.000 1.000 Y NA
 3656093 3656094 SACE_5409 SACE_5410 gcdH2   FALSE 0.075 174.000 0.000 1.000   NA
 3656094 3656095 SACE_5410 SACE_5411     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3656095 3656096 SACE_5411 SACE_5412     FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3656096 3656097 SACE_5412 SACE_5413     FALSE 0.052 179.000 0.000 NA N NA
 3656098 3656099 SACE_5414 SACE_5415     FALSE 0.068 127.000 0.000 NA   NA
 3656101 3656102 SACE_5418 SACE_5420     FALSE 0.008 533.000 0.000 NA   NA
 3656102 3656103 SACE_5420 SACE_5421   uvrB FALSE 0.016 295.000 0.000 NA   NA
 3656104 3656105 SACE_5422 SACE_5423     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3656105 3656106 SACE_5423 SACE_5424     TRUE 0.632 150.000 0.500 NA   NA
 3656106 3656107 SACE_5424 SACE_5425     FALSE 0.052 160.000 0.000 NA   NA
 3656109 3656110 SACE_5427 SACE_5428 dadA2   TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3656114 3656115 SACE_5432 SACE_5433     TRUE 0.830 29.000 0.048 0.082   NA
 3656115 3656116 SACE_5433 SACE_5434     FALSE 0.174 53.000 0.000 NA   NA
 3656116 3656117 SACE_5434 SACE_5435     TRUE 0.980 -3.000 0.087 NA   NA
 3656118 3656119 SACE_5436 SACE_5437   polA FALSE 0.135 190.000 0.002 NA N NA
 3656121 3656122 SACE_5439 SACE_5440     FALSE 0.122 133.000 0.000 1.000 N NA
 3656124 3656125 SACE_5442 SACE_5443     FALSE 0.096 313.000 0.000 0.076   NA
 3656126 3656127 SACE_5444 SACE_5445   degU FALSE 0.038 264.000 0.000 1.000 N NA
 3656127 3656128 SACE_5445 SACE_5446 degU   FALSE 0.150 724.000 0.000 0.026 Y NA
 3656129 3656130 SACE_5447 SACE_5448     FALSE 0.007 710.000 0.000 NA   NA
 3656130 3656131 SACE_5448 SACE_5449     FALSE 0.033 206.000 0.000 NA   NA
 3656131 3656132 SACE_5449 SACE_5450     FALSE 0.115 1032.000 0.000 0.092 Y NA
 3656132 3656133 SACE_5450 SACE_5451   ansP,yncF FALSE 0.059 213.000 0.000 1.000 N NA
 3656133 3656134 SACE_5451 SACE_5452 ansP,yncF bglB2 FALSE 0.016 520.000 0.000 1.000 N NA
 3656134 3656135 SACE_5452 SACE_5453 bglB2 lacG TRUE 0.904 9.000 0.000 1.000 Y NA
 3656135 3656136 SACE_5453 SACE_5454 lacG   TRUE 0.624 144.000 0.000 0.046 Y NA
 3656136 3656137 SACE_5454 SACE_5455   cebE TRUE 0.892 22.000 0.000 0.046 Y NA
 3656139 3656140 SACE_5457 SACE_5458     TRUE 0.870 -15.000 0.000 NA   NA
 3656140 3656141 SACE_5458 SACE_5459     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3656141 3656142 SACE_5459 SACE_5460     FALSE 0.135 74.000 0.000 NA   NA
 3656144 3656145 SACE_5462 SACE_5463     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3656145 3656146 SACE_5463 SACE_5480     FALSE 0.009 497.000 0.000 NA   NA
 3656148 3656149 SACE_5482 SACE_5483     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3656149 3656150 SACE_5483 SACE_5510     FALSE 0.013 360.000 0.000 NA   NA
 3656150 3656151 SACE_5510 SACE_5511     FALSE 0.064 137.000 0.000 NA   NA
 3656151 3656152 SACE_5511 SACE_5512     FALSE 0.183 42.000 0.000 NA   NA
 3656152 3656153 SACE_5512 SACE_5513     FALSE 0.010 427.000 0.000 NA   NA
 3656153 3656154 SACE_5513 SACE_5514     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3656154 3656155 SACE_5514 SACE_5515     FALSE 0.210 32.000 0.000 NA   NA
 3656155 3656156 SACE_5515 SACE_5516     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3656156 3656157 SACE_5516 SACE_5517     TRUE 0.861 43.000 0.500 NA   NA
 3656158 3656159 SACE_5518 SACE_5519     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3656159 3656160 SACE_5519 SACE_5520     FALSE 0.044 229.000 0.000 1.000   NA
 3656160 3656161 SACE_5520 SACE_5521     FALSE 0.066 432.000 0.000 0.075   NA
 3656162 3656163 SACE_5522 SACE_5523     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3656163 3656164 SACE_5523 SACE_5524     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3656164 3656165 SACE_5524 SACE_5526     FALSE 0.009 466.000 0.000 NA   NA
 3656165 3656166 SACE_5526 SACE_5527     FALSE 0.013 361.000 0.000 NA   NA
 3656170 3656171 SACE_5535 SACE_5537     FALSE 0.006 891.000 0.000 NA   NA
 3656171 3656172 SACE_5537 SACE_5538   fabF TRUE 0.951 34.000 0.500 1.000 Y NA
 3656172 3656173 SACE_5538 SACE_5539 fabF   TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3656173 3656174 SACE_5539 SACE_5540     TRUE 0.839 31.000 0.013 0.002   NA
 3656175 3656176 SACE_5541 SACE_5542   bkdA TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3656176 3656177 SACE_5542 SACE_5543 bkdA pdhB1 TRUE 0.999 -3.000 0.357 0.002 Y NA
 3656177 3656178 SACE_5543 SACE_5544 pdhB1 bkdC2 TRUE 0.994 2.000 0.321 0.082 Y NA
 3656178 3656179 SACE_5544 SACE_5545 bkdC2 aroH FALSE 0.032 294.000 0.000 1.000 N NA
 3656179 3656180 SACE_5545 SACE_5546 aroH   FALSE 0.067 130.000 0.000 NA   NA
 3656182 3656183 SACE_5548 SACE_5549     FALSE 0.017 285.000 0.000 NA   NA
 3656183 3656184 SACE_5549 SACE_5550     FALSE 0.017 282.000 0.000 NA   NA
 3656184 3656185 SACE_5550 SACE_5551   poxB FALSE 0.044 176.000 0.000 NA   NA
 3656185 3656186 SACE_5551 SACE_5552 poxB   FALSE 0.291 37.000 0.000 1.000   NA
 3656187 3656188 SACE_5553 SACE_5554     TRUE 0.719 39.000 0.130 NA   NA
 3656192 3656193 SACE_5558 SACE_5559     FALSE 0.200 35.000 0.000 NA   NA
 3656193 3656194 SACE_5559 SACE_5560     FALSE 0.160 60.000 0.000 NA   NA
 3656194 3656195 SACE_5560 SACE_5561   phoU FALSE 0.039 187.000 0.000 NA   NA
 3656196 3656197 SACE_5562 SACE_5563 pimH   FALSE 0.125 79.000 0.000 NA   NA
 3656197 3656198 SACE_5563 SACE_5564     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3656199 3656200 SACE_5565 SACE_5566 rkpK   TRUE 0.654 75.000 0.000 0.000   NA
 3656200 3656201 SACE_5566 SACE_5567     FALSE 0.271 51.000 0.000 1.000   NA
 3656201 3656202 SACE_5567 SACE_5568     TRUE 0.993 -3.000 0.152 0.081   NA
 3656202 3656203 SACE_5568 SACE_5569     TRUE 0.814 30.000 0.196 1.000   NA
 3656203 3656204 SACE_5569 SACE_5570     TRUE 0.982 -3.000 0.065 1.000 N NA
 3656204 3656205 SACE_5570 SACE_5571     TRUE 0.975 -3.000 0.027 1.000 N NA
 3656205 3656206 SACE_5571 SACE_5572     TRUE 0.980 -3.000 0.000 0.017   NA
 3656206 3656207 SACE_5572 SACE_5573     TRUE 0.726 3.000 0.000 1.000   NA
 3656207 3656208 SACE_5573 SACE_5574     TRUE 0.983 -3.000 0.087 1.000   NA
 3656208 3656209 SACE_5574 SACE_5575     TRUE 0.993 -3.000 0.406 1.000   NA
 3656210 3656211 SACE_5576 SACE_5577     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3656211 3656212 SACE_5577 SACE_5578     FALSE 0.212 31.000 0.000 NA   NA
 3656213 3656214 SACE_5579 SACE_5580     FALSE 0.023 244.000 0.000 NA   NA
 3656215 3656216 SACE_5581 SACE_5582     FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3656216 3656217 SACE_5582 SACE_5583   whiB3 FALSE 0.058 151.000 0.000 NA   NA
 3656217 3656218 SACE_5583 SACE_5584 whiB3   FALSE 0.058 151.000 0.000 NA   NA
 3656219 3656220 SACE_5585 SACE_5586     FALSE 0.187 39.000 0.000 NA   NA
 3656223 3656224 SACE_5589 SACE_5590     FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3656226 3656227 SACE_5592 SACE_5593     FALSE 0.089 101.000 0.000 NA   NA
 3656228 3656229 SACE_5594 SACE_5595     FALSE 0.049 167.000 0.000 NA   NA
 3656229 3656230 SACE_5595 SACE_5596     FALSE 0.096 95.000 0.000 NA   NA
 3656231 3656232 SACE_5597 SACE_5598     FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3656233 3656234 SACE_5599 SACE_5600     FALSE 0.014 340.000 0.000 NA   NA
 3656235 3656236 SACE_5601 SACE_5602     FALSE 0.211 48.000 0.000 NA N NA
 3656238 3656239 SACE_5604 SACE_5605     FALSE 0.172 96.000 0.000 1.000 N NA
 3656243 3656244 SACE_5609 SACE_5610 padAd2   FALSE 0.023 352.000 0.000 1.000   NA
 3656245 3656246 SACE_5611 SACE_5612 soxG soxA TRUE 0.999 -22.000 0.857 0.001 Y NA
 3656246 3656247 SACE_5612 SACE_5613 soxA soxD TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.001 Y NA
 3656247 3656248 SACE_5613 SACE_5614 soxD soxB TRUE 0.913 22.000 0.000 0.001 Y NA
 3656249 3656250 SACE_5615 SACE_5616     FALSE 0.018 463.000 0.000 1.000 N NA
 3656250 3656251 SACE_5616 SACE_5617     TRUE 0.778 94.000 0.000 0.001 Y NA
 3656251 3656252 SACE_5617 SACE_5618   metF TRUE 0.949 13.000 0.078 1.000 Y NA
 3656252 3656253 SACE_5618 SACE_5619 metF fhs FALSE 0.312 174.000 0.062 1.000 N NA
 3656253 3656254 SACE_5619 SACE_5620 fhs   FALSE 0.081 167.000 0.000 1.000   NA
 3656257 3656258 SACE_5623 SACE_5624   uspA1 FALSE 0.076 115.000 0.000 NA   NA
 3656258 3656259 SACE_5624 SACE_5625 uspA1   FALSE 0.056 154.000 0.000 NA   NA
 3656259 3656260 SACE_5625 SACE_5626     FALSE 0.280 19.000 0.000 NA   NA
 3656261 3656262 SACE_5627 SACE_5628     FALSE 0.047 170.000 0.000 NA   NA
 3656263 3656264 SACE_5629 SACE_5630     FALSE 0.033 207.000 0.000 NA   NA
 3656264 3656265 SACE_5630 SACE_5631     FALSE 0.179 48.000 0.000 NA   NA
 3656265 3656266 SACE_5631 SACE_5632   ilvB4 FALSE 0.097 94.000 0.000 NA   NA
 3656266 3656267 SACE_5632 SACE_5633 ilvB4   TRUE 0.899 42.000 0.167 1.000 Y NA
 3656268 3656269 SACE_5634 SACE_5635     TRUE 0.865 -162.000 0.000 NA   NA
 3656269 3656270 SACE_5635 SACE_5636     FALSE 0.078 112.000 0.000 NA   NA
 3656270 3656271 SACE_5636 SACE_5637     FALSE 0.012 371.000 0.000 NA   NA
 3656271 3656272 SACE_5637 SACE_5638   mutA FALSE 0.109 88.000 0.000 NA   NA
 3656272 3656273 SACE_5638 SACE_5639 mutA mutB TRUE 0.998 -3.000 0.220 0.000 Y NA
 3656273 3656274 SACE_5639 SACE_5640 mutB   TRUE 0.975 3.000 0.366 1.000 N NA
 3656274 3656275 SACE_5640 SACE_5641     TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000 N NA
 3656275 3656276 SACE_5641 SACE_5642     FALSE 0.084 164.000 0.000 1.000   NA
 3656278 3656279 SACE_5644 SACE_5645     FALSE 0.091 99.000 0.000 NA   NA
 3656279 3656280 SACE_5645 SACE_5646     TRUE 0.980 -7.000 0.053 NA   NA
 3656283 3656284 SACE_5649 SACE_5650     FALSE 0.034 201.000 0.000 NA   NA
 3656284 3656285 SACE_5650 SACE_5651     FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 3656285 3656286 SACE_5651 SACE_5652     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3656288 3656289 SACE_5654 SACE_5655     FALSE 0.102 91.000 0.000 NA   NA
 3656289 3656290 SACE_5655 SACE_5656     FALSE 0.119 83.000 0.000 NA   NA
 3656290 3656291 SACE_5656 SACE_5657     FALSE 0.006 1753.000 0.000 NA   NA
 3656291 3656292 SACE_5657 SACE_5658   rbsR FALSE 0.006 993.000 0.000 NA   NA
 3656293 3656294 SACE_5659 SACE_5660   rbsC TRUE 0.998 -7.000 0.435 1.000 Y NA
 3656294 3656295 SACE_5660 SACE_5661 rbsC   FALSE 0.012 370.000 0.000 NA   NA
 3656296 3656297 SACE_5662 SACE_5663     FALSE 0.007 600.000 0.000 NA   NA
 3656297 3656298 SACE_5663 SACE_5664     FALSE 0.090 157.000 0.000 1.000   NA
 3656298 3656299 SACE_5664 SACE_5665     FALSE 0.013 353.000 0.000 NA   NA
 3656300 3656301 SACE_5666 SACE_5667     FALSE 0.143 112.000 0.000 1.000 N NA
 3656303 3656304 SACE_5669 SACE_5670     FALSE 0.204 85.000 0.000 1.000 N NA
 3656304 3656305 SACE_5670 SACE_5671     FALSE 0.022 247.000 0.000 NA   NA
 3656305 3656306 SACE_5671 SACE_5672     FALSE 0.070 123.000 0.000 NA   NA
 3656307 3656308 SACE_5673 SACE_5674     FALSE 0.010 413.000 0.000 NA   NA
 3656308 3656309 SACE_5674 SACE_5675     TRUE 0.847 151.000 0.254 0.081 Y NA
 3656309 3656310 SACE_5675 SACE_5676     TRUE 0.901 162.000 0.456 0.002 Y NA
 3656310 3656311 SACE_5676 SACE_5677   pdhD TRUE 0.550 91.000 0.000 1.000 Y NA
 3656311 3656312 SACE_5677 SACE_5678 pdhD   FALSE 0.015 483.000 0.000 1.000   NA
 3656312 3656313 SACE_5678 SACE_5679     FALSE 0.021 255.000 0.000 NA   NA
 3656314 3656315 SACE_5680 SACE_5681     FALSE 0.022 250.000 0.000 NA   NA
 3656317 3656318 SACE_5683 SACE_5684     TRUE 0.976 -3.000 0.057 NA   NA
 3656318 3656319 SACE_5684 SACE_5685   rsbW FALSE 0.058 151.000 0.000 NA   NA
 3656319 3656320 SACE_5685 SACE_5686 rsbW sig1 TRUE 0.995 -3.000 0.667 1.000   NA
 3656325 3656326 SACE_5692 SACE_5693     TRUE 0.995 -3.000 0.167 NA Y NA
 3656326 3656327 SACE_5693 SACE_5694     FALSE 0.072 121.000 0.000 NA   NA
 3656327 3656328 SACE_5694 SACE_5695     TRUE 0.522 45.000 0.021 NA   NA
 3656328 3656329 SACE_5695 SACE_5696     TRUE 0.846 6.000 0.021 NA   NA
 3656329 3656330 SACE_5696 SACE_5697     FALSE 0.049 166.000 0.000 NA   NA
 3656330 3656331 SACE_5697 SACE_5698     FALSE 0.046 171.000 0.000 NA   NA
 3656331 3656332 SACE_5698 SACE_5699     FALSE 0.068 128.000 0.000 NA   NA
 3656333 3656334 SACE_5700 SACE_5701   gcvT FALSE 0.015 496.000 0.000 1.000   NA
 3656334 3656335 SACE_5701 SACE_5702 gcvT glyA2 TRUE 0.807 38.000 0.004 1.000 Y NA
 3656335 3656336 SACE_5702 SACE_5703 glyA2   FALSE 0.159 283.000 0.000 1.000 Y NA
 3656336 3656337 SACE_5703 SACE_5704     FALSE 0.029 217.000 0.000 NA   NA
 3656338 3656339 SACE_5705 SACE_5706     FALSE 0.168 56.000 0.000 NA   NA
 3656339 3656340 SACE_5706 SACE_5707   leuA2 FALSE 0.183 42.000 0.000 NA   NA
 3656344 3656345 SACE_5711 SACE_5712     FALSE 0.032 208.000 0.000 NA   NA
 3656345 3656346 SACE_5712 SACE_5713   dacC,pbp FALSE 0.023 352.000 0.000 1.000   NA
 3656347 3656348 SACE_5714 SACE_5715     TRUE 0.868 -24.000 0.000 NA   NA
 3656351 3656352 SACE_5718 SACE_5719   tesB FALSE 0.008 499.000 0.000 NA   NA
 3656352 3656353 SACE_5719 SACE_5720 tesB pyk3 TRUE 0.706 89.000 0.250 1.000 N NA
 3656354 3656355 SACE_5721 SACE_5722     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3656355 3656356 SACE_5722 SACE_5723     FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3656360 3656361 SACE_5727 SACE_5728     FALSE 0.117 84.000 0.000 NA   NA
 3656361 3656362 SACE_5728 SACE_5729     FALSE 0.027 224.000 0.000 NA   NA
 3656362 3656363 SACE_5729 SACE_5730     FALSE 0.022 245.000 0.000 NA   NA
 3656365 3656366 SACE_5732 SACE_5733     FALSE 0.015 312.000 0.000 NA   NA
 3656366 3656367 SACE_5733 SACE_5734     FALSE 0.374 104.000 0.043 NA   NA
 3656368 3656369 SACE_5735 SACE_5736   embA FALSE 0.007 737.000 0.000 NA   NA
 3656372 3656373 SACE_5739 SACE_5740     FALSE 0.252 21.000 0.000 NA   NA
 3656374 3656375 SACE_5741 SACE_5742   gltB TRUE 0.998 -7.000 0.034 0.001 Y NA
 3656376 3656377 SACE_5743 SACE_5744     TRUE 0.992 0.000 0.255 1.000 Y NA
 3656377 3656378 SACE_5744 SACE_5745     TRUE 0.995 -3.000 0.153 1.000 Y NA
 3656379 3656380 SACE_5746 SACE_5747 lgt   FALSE 0.022 248.000 0.000 NA   NA
 3656380 3656381 SACE_5747 SACE_5748   trpA FALSE 0.007 599.000 0.000 NA   NA
 3656381 3656382 SACE_5748 SACE_5749 trpA trpB TRUE 0.998 -3.000 0.153 0.000 Y NA
 3656382 3656383 SACE_5749 SACE_5750 trpB trpC TRUE 0.853 119.000 0.070 0.001 Y NA
 3656383 3656384 SACE_5750 SACE_5751 trpC   TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3656384 3656385 SACE_5751 SACE_5752     FALSE 0.063 139.000 0.000 NA   NA
 3656385 3656386 SACE_5752 SACE_5753   trpE TRUE 0.996 -22.000 0.690 NA   NA
 3656388 3656389 SACE_5755 SACE_5756 hisI hisF TRUE 0.999 -3.000 0.430 0.002 Y NA
 3656391 3656392 SACE_5758 SACE_5759 slpD hisA FALSE 0.010 430.000 0.000 NA   NA
 3656392 3656393 SACE_5759 SACE_5760 hisA   FALSE 0.006 951.000 0.000 NA   NA
 3656393 3656394 SACE_5760 SACE_5761   hisH FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3656394 3656395 SACE_5761 SACE_5762 hisH   FALSE 0.075 187.000 0.000 1.000 N NA
 3656395 3656396 SACE_5762 SACE_5763     TRUE 0.990 9.000 0.200 0.001 Y NA
 3656397 3656398 SACE_5764 SACE_5765 soxR   FALSE 0.130 110.000 0.000 1.000   NA
 3656399 3656400 SACE_5766 SACE_5767     TRUE 0.998 -3.000 0.333 0.091 Y NA
 3656401 3656402 SACE_5768 SACE_5769 dctA   FALSE 0.019 268.000 0.000 NA   NA
 3656402 3656403 SACE_5769 SACE_5770     TRUE 0.837 43.000 0.400 NA   NA
 3656403 3656404 SACE_5770 SACE_5771     FALSE 0.464 208.000 0.000 0.045 Y NA
 3656404 3656405 SACE_5771 SACE_5772     TRUE 0.869 -16.000 0.000 NA   NA
 3656406 3656407 SACE_5773 SACE_5774     FALSE 0.044 175.000 0.000 NA   NA
 3656407 3656408 SACE_5774 SACE_5775   plcN TRUE 0.918 -124.000 0.000 1.000   NA
 3656408 3656409 SACE_5775 SACE_5776 plcN hisB FALSE 0.027 341.000 0.000 1.000 N NA
 3656409 3656410 SACE_5776 SACE_5777 hisB   TRUE 0.999 -3.000 0.341 0.002 Y NA
 3656410 3656411 SACE_5777 SACE_5778   hisD TRUE 0.877 110.000 0.112 0.002 Y NA
 3656412 3656413 SACE_5779 SACE_5780 cpt   FALSE 0.102 442.000 0.000 0.001   NA
 3656413 3656414 SACE_5780 SACE_5782     FALSE 0.011 853.000 0.000 1.000   NA
 3656414 3656415 SACE_5782 SACE_5783     FALSE 0.177 87.000 0.000 1.000   NA
 3656415 3656416 SACE_5783 SACE_5784     FALSE 0.031 212.000 0.000 NA   NA
 3656417 3656418 SACE_5785 SACE_5786     FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3656418 3656419 SACE_5786 SACE_5787     TRUE 0.998 -6.000 0.094 0.014 Y NA
 3656419 3656420 SACE_5787 SACE_5788     TRUE 0.997 -3.000 0.312 1.000 Y NA
 3656420 3656421 SACE_5788 SACE_5789     TRUE 0.999 -7.000 0.667 0.045 Y NA
 3656421 3656422 SACE_5789 SACE_5790     TRUE 0.999 -3.000 0.733 0.045 Y NA
 3656427 3656428 SACE_5795 SACE_5796     FALSE 0.014 342.000 0.000 NA   NA
 3656428 3656429 SACE_5796 SACE_5797     TRUE 0.791 57.000 0.300 NA   NA
 3656429 3656430 SACE_5797 SACE_5798     TRUE 0.696 77.000 0.222 NA   NA
 3656430 3656431 SACE_5798 SACE_5799     TRUE 0.769 33.000 0.167 NA   NA
 3656432 3656433 SACE_5800 SACE_5801   nadC FALSE 0.019 272.000 0.000 NA   NA
 3656433 3656434 SACE_5801 SACE_5802 nadC nadB TRUE 0.998 -3.000 0.223 0.001 Y NA
 3656434 3656435 SACE_5802 SACE_5803 nadB nadA TRUE 0.998 -3.000 0.210 0.001 Y NA
 3656436 3656437 SACE_5804 SACE_5805     FALSE 0.339 101.000 0.007 1.000   NA
 3656437 3656438 SACE_5805 SACE_5806     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3656438 3656439 SACE_5806 SACE_5807     FALSE 0.030 216.000 0.000 NA   NA
 3656439 3656440 SACE_5807 SACE_5808     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3656442 3656443 SACE_5810 SACE_5811   merR2 FALSE 0.051 162.000 0.000 NA   NA
 3656446 3656447 SACE_5814 SACE_5815 cypA dnaE FALSE 0.107 152.000 0.000 1.000 N NA
 3656450 3656451 SACE_5818 SACE_5819 pntAA pntAb TRUE 0.996 1.000 0.829 0.000   NA
 3656451 3656452 SACE_5819 SACE_5820 pntAb pntB TRUE 0.997 -3.000 0.321 0.000   NA
 3656452 3656453 SACE_5820 SACE_5821 pntB   FALSE 0.127 112.000 0.000 1.000   NA
 3656454 3656455 SACE_5822 SACE_5823   rlu FALSE 0.150 66.000 0.000 NA   NA
 3656455 3656456 SACE_5823 SACE_5824 rlu lspA TRUE 0.983 -3.000 0.073 1.000 N NA
 3656456 3656457 SACE_5824 SACE_5825 lspA   TRUE 0.605 39.000 0.024 1.000 N NA
 3656457 3656458 SACE_5825 SACE_5826     FALSE 0.021 253.000 0.000 NA   NA
 3656458 3656459 SACE_5826 SACE_5827     FALSE 0.252 21.000 0.000 NA   NA
 3656459 3656460 SACE_5827 SACE_5828   ileS FALSE 0.180 86.000 0.000 1.000   NA
 3656460 3656461 SACE_5828 SACE_5829 ileS   FALSE 0.010 435.000 0.000 NA   NA
 3656461 3656462 SACE_5829 SACE_5830     TRUE 0.521 94.000 0.104 NA   NA
 3656462 3656463 SACE_5830 SACE_5831     TRUE 0.685 54.000 0.114 NA   NA
 3656463 3656464 SACE_5831 SACE_5832     FALSE 0.434 152.000 0.165 NA   NA
 3656464 3656465 SACE_5832 SACE_5833     TRUE 0.835 71.000 0.581 NA   NA
 3656465 3656466 SACE_5833 SACE_5834     TRUE 0.977 -3.000 0.061 NA   NA
 3656466 3656467 SACE_5834 SACE_5835   ftsZ FALSE 0.338 157.000 0.082 NA   NA
 3656468 3656469 SACE_5836 SACE_5837     TRUE 0.810 70.000 0.000 0.048 Y NA
 3656470 3656471 SACE_5838 SACE_5839     FALSE 0.137 85.000 0.000 NA N NA
 3656471 3656472 SACE_5839 SACE_5840     TRUE 0.924 161.000 0.857 0.045 Y NA
 3656472 3656473 SACE_5840 SACE_5841     TRUE 0.999 -3.000 0.857 0.045 Y NA
 3656473 3656474 SACE_5841 SACE_5842     FALSE 0.086 418.000 0.000 0.045 N NA
 3656474 3656475 SACE_5842 SACE_5843     FALSE 0.010 435.000 0.000 NA   NA
 3656477 3656478 SACE_5845 SACE_5846 nos   FALSE 0.181 44.000 0.000 NA   NA
 3656478 3656479 SACE_5846 SACE_5847     FALSE 0.093 98.000 0.000 NA   NA
 3656481 3656482 SACE_5849 SACE_5850 ftsQ murC FALSE 0.249 425.000 0.134 NA Y NA
 3656482 3656483 SACE_5850 SACE_5851 murC murG TRUE 0.997 -3.000 0.270 1.000 Y NA
 3656483 3656484 SACE_5851 SACE_5852 murG ftsW TRUE 0.988 -3.000 0.167 1.000 N NA
 3656484 3656485 SACE_5852 SACE_5853 ftsW murD TRUE 0.967 8.000 0.081 0.002 N NA
 3656485 3656486 SACE_5853 SACE_5854 murD mraY TRUE 0.855 220.000 0.647 0.003 Y NA
 3656486 3656487 SACE_5854 SACE_5855 mraY murF TRUE 0.997 -3.000 0.071 0.003 Y NA
 3656487 3656488 SACE_5855 SACE_5856 murF murE TRUE 0.952 84.000 0.367 0.001 Y NA
 3656491 3656492 SACE_5859 SACE_5860 yfaV   TRUE 0.986 -3.000 0.104 1.000 N NA
 3656495 3656496 SACE_5863 SACE_5864 pcaR ftsI FALSE 0.310 40.000 0.000 1.000 N NA
 3656496 3656497 SACE_5864 SACE_5865 ftsI   TRUE 0.965 0.000 0.144 NA   NA
 3656497 3656498 SACE_5865 SACE_5866   mraW TRUE 0.968 -3.000 0.028 NA   NA
 3656498 3656499 SACE_5866 SACE_5867 mraW   FALSE 0.404 259.000 0.635 NA   NA
 3656500 3656501 SACE_5869 SACE_5870 moxR1   TRUE 0.985 3.000 0.867 NA   NA
 3656501 3656502 SACE_5870 SACE_5871     TRUE 0.907 39.000 0.837 NA   NA
 3656503 3656504 SACE_5872 SACE_5873     FALSE 0.078 306.000 0.027 NA   NA
 3656505 3656506 SACE_5874 SACE_5875 parA end8 FALSE 0.244 168.000 0.019 1.000 N NA
 3656507 3656508 SACE_5876 SACE_5877 ycdG   FALSE 0.009 496.000 0.000 NA   NA
 3656508 3656509 SACE_5877 SACE_5878     FALSE 0.152 65.000 0.000 NA   NA
 3656509 3656510 SACE_5878 SACE_5879     FALSE 0.115 600.000 0.260 NA   NA
 3656510 3656511 SACE_5879 SACE_5880     FALSE 0.361 193.000 0.208 NA   NA
 3656511 3656512 SACE_5880 SACE_5881     TRUE 0.964 -3.000 0.018 NA   NA
 3656512 3656513 SACE_5881 SACE_5882     TRUE 0.711 65.000 0.132 1.000 N NA
 3656514 3656515 SACE_5883 SACE_5884     TRUE 0.520 192.000 0.000 0.010 Y NA
 3656515 3656516 SACE_5884 SACE_5885     FALSE 0.276 44.000 0.000 1.000   NA
 3656516 3656517 SACE_5885 SACE_5886     FALSE 0.017 288.000 0.000 NA   NA
 3656517 3656518 SACE_5886 SACE_5887   lldD2 FALSE 0.071 122.000 0.000 NA   NA
 3656519 3656520 SACE_5888 SACE_5889     FALSE 0.011 401.000 0.000 NA   NA
 3656520 3656521 SACE_5889 SACE_5890     FALSE 0.089 101.000 0.000 NA   NA
 3656522 3656523 SACE_5891 SACE_5892 plsC   FALSE 0.010 431.000 0.000 NA   NA
 3656523 3656524 SACE_5892 SACE_5893     FALSE 0.066 132.000 0.000 NA   NA
 3656526 3656527 SACE_5895 SACE_5896     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3656527 3656528 SACE_5896 SACE_5897     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3656529 3656530 SACE_5898 SACE_5899   dapA TRUE 0.995 -3.000 0.550 1.000   NA
 3656530 3656531 SACE_5899 SACE_5900 dapA   FALSE 0.162 209.000 0.034 NA   NA
 3656531 3656532 SACE_5900 SACE_5901   pkaI TRUE 0.577 38.000 0.034 NA   NA
 3656532 3656533 SACE_5901 SACE_5902 pkaI thyX FALSE 0.099 160.000 0.000 1.000 N NA
 3656534 3656535 SACE_5903 SACE_5904     TRUE 0.939 13.000 0.429 NA   NA
 3656537 3656538 SACE_5906 SACE_5907     FALSE 0.469 86.000 0.051 NA   NA
 3656539 3656540 SACE_5908 SACE_5909     FALSE 0.012 386.000 0.000 NA   NA
 3656540 3656541 SACE_5909 SACE_5910     TRUE 0.741 113.000 0.667 NA   NA
 3656541 3656542 SACE_5910 SACE_5911     FALSE 0.009 464.000 0.000 NA   NA
 3656542 3656543 SACE_5911 SACE_5912   dapB TRUE 0.765 1.000 0.000 1.000   NA
 3656543 3656544 SACE_5912 SACE_5913 dapB pepR TRUE 0.580 57.000 0.032 1.000   NA
 3656544 3656545 SACE_5913 SACE_5914 pepR   FALSE 0.357 197.000 0.171 1.000   NA
 3656545 3656546 SACE_5914 SACE_5915   rpsO FALSE 0.308 243.000 0.011 1.000 Y NA
 3656546 3656547 SACE_5915 SACE_5916 rpsO   TRUE 0.505 157.000 0.003 1.000 Y NA
 3656547 3656548 SACE_5916 SACE_5917     FALSE 0.101 143.000 0.000 1.000   NA
 3656548 3656549 SACE_5917 SACE_5918   ribF FALSE 0.040 237.000 0.000 1.000   NA
 3656549 3656550 SACE_5918 SACE_5919 ribF   TRUE 0.605 81.000 0.083 1.000 N NA
 3656554 3656555 SACE_5923 SACE_5924   rbfA FALSE 0.418 172.000 0.173 1.000   NA
 3656555 3656556 SACE_5924 SACE_5925 rbfA   TRUE 0.695 49.000 0.113 NA   NA
 3656556 3656557 SACE_5925 SACE_5926   infB TRUE 0.628 69.000 0.102 NA   NA
 3656557 3656558 SACE_5926 SACE_5927 infB nusA FALSE 0.164 543.000 0.342 1.000 N NA
 3656558 3656559 SACE_5927 SACE_5928 nusA   TRUE 0.995 -3.000 0.759 NA   NA
 3656560 3656561 SACE_5929 SACE_5930     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3656562 3656563 SACE_5931 SACE_5932     FALSE 0.382 95.000 0.034 NA   NA
 3656565 3656566 SACE_5934 SACE_5935     TRUE 0.683 102.000 0.294 1.000 N NA
 3656566 3656567 SACE_5935 SACE_5936   proS,pro FALSE 0.029 313.000 0.000 1.000 N NA
 3656568 3656569 SACE_5937 SACE_5938     FALSE 0.182 43.000 0.000 NA   NA
 3656569 3656570 SACE_5938 SACE_5939   bioI FALSE 0.129 77.000 0.000 NA   NA
 3656570 3656571 SACE_5939 SACE_5940 bioI   FALSE 0.230 25.000 0.000 NA   NA
 3656571 3656572 SACE_5940 SACE_5941     FALSE 0.015 314.000 0.000 NA   NA
 3656572 3656573 SACE_5941 SACE_5942     FALSE 0.082 388.000 0.000 0.065 N NA
 3656573 3656574 SACE_5942 SACE_5943     FALSE 0.049 217.000 0.000 1.000   NA
 3656574 3656575 SACE_5943 SACE_5944   cobL TRUE 0.749 30.000 0.091 1.000   NA
 3656575 3656576 SACE_5944 SACE_5945 cobL cobM TRUE 0.997 -3.000 0.065 0.005 Y NA
 3656576 3656577 SACE_5945 SACE_5946 cobM   FALSE 0.127 126.000 0.000 1.000 N NA
 3656577 3656578 SACE_5946 SACE_5947     FALSE 0.219 28.000 0.000 NA   NA
 3656578 3656579 SACE_5947 SACE_5948     FALSE 0.125 79.000 0.000 NA   NA
 3656582 3656583 SACE_5951 SACE_5952   cobH TRUE 0.975 15.000 0.096 0.005 Y NA
 3656583 3656584 SACE_5952 SACE_5953 cobH   TRUE 0.991 -3.000 0.255 1.000 N NA
 3656586 3656587 SACE_5956 SACE_5957     FALSE 0.100 92.000 0.000 NA   NA
 3656587 3656588 SACE_5957 SACE_5958   nicT2 FALSE 0.160 102.000 0.000 1.000 N NA
 3656590 3656591 SACE_5960 SACE_5961 cobJ   TRUE 0.996 -3.000 0.008 0.005 Y NA
 3656591 3656592 SACE_5961 SACE_5962     TRUE 0.891 64.000 0.004 0.005 Y NA
 3656592 3656593 SACE_5962 SACE_5963   cobB TRUE 0.726 155.000 0.004 0.005 Y NA
 3656593 3656594 SACE_5963 SACE_5964 cobB   TRUE 0.998 -6.000 0.114 0.005 Y NA
 3656594 3656595 SACE_5964 SACE_5965   chlI FALSE 0.452 260.000 0.024 0.065 Y NA
 3656595 3656596 SACE_5965 SACE_5966 chlI   FALSE 0.013 591.000 0.000 1.000   NA
 3656596 3656597 SACE_5966 SACE_5967     FALSE 0.023 347.000 0.000 1.000   NA
 3656601 3656602 SACE_5971 SACE_5972     FALSE 0.032 289.000 0.000 1.000 N NA
 3656602 3656603 SACE_5972 SACE_5973     TRUE 0.615 48.000 0.000 0.080 N NA
 3656603 3656604 SACE_5973 SACE_5974   kdgK TRUE 0.998 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 3656605 3656606 SACE_5975 SACE_5978   mtr FALSE 0.032 1550.000 0.034 NA   NA
 3656606 3656607 SACE_5978 SACE_5979 mtr gdh FALSE 0.074 188.000 0.000 1.000 N NA
 3656610 3656611 SACE_5982 SACE_5983   cobQ FALSE 0.434 11.000 0.000 NA   NA
 3656612 3656613 SACE_5984 SACE_5985     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 3656613 3656614 SACE_5985 SACE_5986     TRUE 0.995 -16.000 0.500 NA   NA
 3656614 3656615 SACE_5986 SACE_5987     FALSE 0.450 10.000 0.000 NA   NA
 3656616 3656617 SACE_5988 SACE_5989   map TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3656617 3656618 SACE_5989 SACE_5990 map   FALSE 0.453 97.000 0.042 1.000 N NA
 3656618 3656619 SACE_5990 SACE_5991     FALSE 0.263 215.000 0.100 1.000   NA
 3656619 3656620 SACE_5991 SACE_5992   ispG FALSE 0.069 365.000 0.018 1.000   NA
 3656620 3656621 SACE_5992 SACE_5993 ispG   FALSE 0.148 290.000 0.072 1.000 N NA
 3656621 3656622 SACE_5993 SACE_5994   dxr TRUE 0.955 1.000 0.088 1.000 N NA
 3656623 3656624 SACE_5995 SACE_5996     FALSE 0.022 245.000 0.000 NA   NA
 3656624 3656625 SACE_5996 SACE_5997   hur FALSE 0.057 153.000 0.000 NA   NA
 3656625 3656626 SACE_5997 SACE_5998 hur   FALSE 0.006 1154.000 0.000 NA   NA
 3656627 3656628 SACE_5999 SACE_6000 repSA   FALSE 0.011 392.000 0.000 NA   NA
 3656628 3656629 SACE_6000 SACE_6001     FALSE 0.029 218.000 0.000 NA   NA
 3656629 3656630 SACE_6001 SACE_6002     FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3656630 3656631 SACE_6002 SACE_6003     FALSE 0.014 333.000 0.000 NA   NA
 3656631 3656632 SACE_6003 SACE_6004     FALSE 0.018 277.000 0.000 NA   NA
 3656632 3656633 SACE_6004 SACE_6005     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3656633 3656634 SACE_6005 SACE_6006     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3656634 3656635 SACE_6006 SACE_6007     FALSE 0.008 514.000 0.000 NA   NA
 3656635 3656636 SACE_6007 SACE_6014     FALSE 0.005 7450.000 0.000 NA   NA
 3656636 3656637 SACE_6014 SACE_6015     FALSE 0.107 152.000 0.000 1.000 N NA
 3656637 3656638 SACE_6015 SACE_6016     FALSE 0.056 217.000 0.000 1.000 N NA
 3656638 3656639 SACE_6016 SACE_6017   speB TRUE 0.825 0.000 0.000 1.000 N NA
 3656639 3656640 SACE_6017 SACE_6018 speB lao2 TRUE 0.537 94.000 0.000 1.000 Y NA
 3656640 3656641 SACE_6018 SACE_6019 lao2   FALSE 0.310 40.000 0.000 1.000 N NA
 3656641 3656642 SACE_6019 SACE_6020     FALSE 0.022 278.000 0.000 NA N NA
 3656642 3656643 SACE_6020 SACE_6021     TRUE 0.808 17.000 0.000 NA Y NA
 3656646 3656647 SACE_6024 SACE_6025 ogt tagA1 TRUE 0.978 0.000 0.008 1.000 Y NA
 3656649 3656650 SACE_6027 SACE_6028 sitA   TRUE 0.998 -3.000 0.894 1.000 Y NA
 3656650 3656651 SACE_6028 SACE_6029     TRUE 0.963 86.000 0.857 0.065 Y NA
 3656651 3656652 SACE_6029 SACE_6030     FALSE 0.126 127.000 0.000 1.000 N NA
 3656655 3656656 SACE_6033 SACE_6034   cdsA TRUE 0.918 0.000 0.002 1.000   NA
 3656656 3656657 SACE_6034 SACE_6035 cdsA frr TRUE 0.717 37.000 0.076 1.000 N NA
 3656657 3656658 SACE_6035 SACE_6036 frr pyrH TRUE 0.833 85.000 0.626 1.000 N NA
 3656658 3656659 SACE_6036 SACE_6037 pyrH tsf TRUE 0.508 198.000 0.416 1.000 N NA
 3656659 3656660 SACE_6037 SACE_6038 tsf rpsB TRUE 0.769 208.000 0.748 1.000 Y NA
 3656662 3656663 SACE_6040 SACE_6041 whiG xerC TRUE 0.673 26.000 0.028 1.000 N NA
 3656663 3656664 SACE_6041 SACE_6043 xerC   FALSE 0.119 1153.000 0.037 1.000 Y NA
 3656664 3656665 SACE_6043 SACE_6044     TRUE 0.923 0.000 0.002 1.000 N NA
 3656665 3656666 SACE_6044 SACE_6045     TRUE 0.903 2.000 0.004 1.000 N NA
 3656666 3656667 SACE_6045 SACE_6046     FALSE 0.038 748.000 0.036 NA   NA
 3656667 3656668 SACE_6046 SACE_6047   rnhB TRUE 0.670 34.000 0.067 NA   NA
 3656668 3656669 SACE_6047 SACE_6048 rnhB lepB FALSE 0.435 75.000 0.002 1.000 N NA
 3656669 3656670 SACE_6048 SACE_6049 lepB rplS FALSE 0.076 185.000 0.000 1.000 N NA
 3656670 3656671 SACE_6049 SACE_6050 rplS trmD TRUE 0.760 193.000 0.567 1.000 Y NA
 3656671 3656672 SACE_6050 SACE_6051 trmD rimM TRUE 0.947 61.000 0.672 1.000 Y NA
 3656672 3656673 SACE_6051 SACE_6052 rimM   TRUE 0.955 8.000 0.324 1.000   NA
 3656673 3656674 SACE_6052 SACE_6053   rpsP TRUE 0.993 -3.000 0.385 1.000   NA
 3656674 3656675 SACE_6053 SACE_6054 rpsP   FALSE 0.043 178.000 0.000 NA   NA
 3656675 3656676 SACE_6054 SACE_6055     FALSE 0.060 146.000 0.000 NA   NA
 3656676 3656677 SACE_6055 SACE_6056     FALSE 0.047 170.000 0.000 NA   NA
 3656677 3656678 SACE_6056 SACE_6057   ffh TRUE 0.698 21.000 0.025 1.000 N NA
 3656678 3656679 SACE_6057 SACE_6058 ffh deaD FALSE 0.078 182.000 0.000 1.000 N NA
 3656679 3656680 SACE_6058 SACE_6059 deaD   FALSE 0.016 294.000 0.000 NA   NA
 3656680 3656681 SACE_6059 SACE_6060   celA FALSE 0.014 324.000 0.000 NA   NA
 3656681 3656682 SACE_6060 SACE_6061 celA glnB FALSE 0.016 459.000 0.000 1.000   NA
 3656682 3656683 SACE_6061 SACE_6062 glnB amt TRUE 0.987 -3.000 0.133 1.000 N NA
 3656683 3656684 SACE_6062 SACE_6063 amt   FALSE 0.410 123.000 0.000 NA Y NA
 3656684 3656685 SACE_6063 SACE_6064     FALSE 0.215 42.000 0.000 NA N NA
 3656685 3656686 SACE_6064 SACE_6065     FALSE 0.120 136.000 0.000 1.000 N NA
 3656686 3656687 SACE_6065 SACE_6066   ftsY FALSE 0.081 178.000 0.000 1.000 N NA
 3656688 3656689 SACE_6067 SACE_6068 anmK   TRUE 0.970 -13.000 0.013 NA N NA
 3656692 3656693 SACE_6071 SACE_6072 smc acyP FALSE 0.372 106.000 0.021 1.000 N NA
 3656694 3656695 SACE_6073 SACE_6074     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3656696 3656697 SACE_6075 SACE_6076   frcK FALSE 0.067 130.000 0.000 NA   NA
 3656697 3656698 SACE_6076 SACE_6077 frcK   TRUE 0.789 1.000 0.000 1.000 N NA
 3656702 3656703 SACE_6081 SACE_6082     TRUE 0.985 2.000 0.750 NA   NA
 3656703 3656704 SACE_6082 SACE_6083     FALSE 0.450 10.000 0.000 NA   NA
 3656704 3656705 SACE_6083 SACE_6084     FALSE 0.409 12.000 0.000 NA   NA
 3656705 3656706 SACE_6084 SACE_6085   kdpE FALSE 0.066 132.000 0.000 NA   NA
 3656706 3656707 SACE_6085 SACE_6086 kdpE kdpD TRUE 0.983 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 3656707 3656708 SACE_6086 SACE_6087 kdpD kdpC FALSE 0.391 187.000 0.009 0.049 N NA
 3656708 3656709 SACE_6087 SACE_6088 kdpC kdpB TRUE 0.996 8.000 0.877 0.001 Y NA
 3656709 3656710 SACE_6088 SACE_6089 kdpB kdpA TRUE 0.998 -3.000 0.124 0.001 Y NA
 3656710 3656711 SACE_6089 SACE_6090 kdpA   TRUE 0.990 0.000 0.152 0.001   NA
 3656712 3656713 SACE_6091 SACE_6092     FALSE 0.069 196.000 0.000 1.000 N NA
 3656714 3656715 SACE_6093 SACE_6094 gde,yknA phoR FALSE 0.164 100.000 0.000 1.000 N NA
 3656715 3656716 SACE_6094 SACE_6095 phoR   TRUE 0.990 9.000 0.824 1.000 Y NA
 3656716 3656717 SACE_6095 SACE_6096     FALSE 0.413 101.000 0.029 1.000 N NA
 3656717 3656718 SACE_6096 SACE_6097     TRUE 0.997 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 3656718 3656719 SACE_6097 SACE_6098     FALSE 0.013 346.000 0.000 NA   NA
 3656719 3656720 SACE_6098 SACE_6099   mutM,fpg FALSE 0.095 96.000 0.000 NA   NA
 3656720 3656721 SACE_6099 SACE_6100 mutM,fpg rnc TRUE 0.911 7.000 0.068 1.000 N NA
 3656721 3656722 SACE_6100 SACE_6101 rnc rpmF TRUE 0.603 63.000 0.044 1.000 N NA
 3656722 3656723 SACE_6101 SACE_6102 rpmF   TRUE 0.980 3.000 0.599 NA   NA
 3656725 3656726 SACE_6104 SACE_6105     FALSE 0.076 185.000 0.000 1.000 N NA
 3656726 3656727 SACE_6105 SACE_6106   coaD FALSE 0.146 110.000 0.000 1.000 N NA
 3656727 3656728 SACE_6106 SACE_6107 coaD   TRUE 0.640 134.000 0.367 1.000 N NA
 3656730 3656731 SACE_6109 SACE_6110     TRUE 0.871 -3.000 0.000 NA N NA
 3656731 3656732 SACE_6110 SACE_6111     FALSE 0.033 205.000 0.000 NA   NA
 3656735 3656736 SACE_6114 SACE_6115     FALSE 0.252 21.000 0.000 NA   NA
 3656736 3656737 SACE_6115 SACE_6116     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3656737 3656738 SACE_6116 SACE_6117     FALSE 0.135 74.000 0.000 NA   NA
 3656739 3656740 SACE_6118 SACE_6119 pyc recG FALSE 0.060 507.000 0.000 0.065 N NA
 3656740 3656741 SACE_6119 SACE_6120 recG   FALSE 0.029 218.000 0.000 NA   NA
 3656741 3656742 SACE_6120 SACE_6121     TRUE 0.720 53.000 0.154 NA   NA
 3656742 3656743 SACE_6121 SACE_6122   dak3 FALSE 0.116 123.000 0.000 1.000   NA
 3656745 3656746 SACE_6124 SACE_6125   ung FALSE 0.019 269.000 0.000 NA   NA
 3656749 3656750 SACE_6128 SACE_6129     TRUE 0.609 119.000 0.329 NA   NA
 3656751 3656752 SACE_6130 SACE_6131 ddl   TRUE 0.562 37.000 0.004 1.000 N NA
 3656754 3656755 SACE_6133 SACE_6134 cdo2   FALSE 0.021 254.000 0.000 NA   NA
 3656755 3656756 SACE_6134 SACE_6135     FALSE 0.179 47.000 0.000 NA   NA
 3656756 3656757 SACE_6135 SACE_6136     FALSE 0.178 50.000 0.000 NA   NA
 3656757 3656758 SACE_6136 SACE_6137   gpdA2 TRUE 0.906 13.000 0.167 1.000 N NA
 3656758 3656759 SACE_6137 SACE_6138 gpdA2 plsC TRUE 0.856 41.000 0.380 1.000 N NA
 3656760 3656761 SACE_6139 SACE_6140   ppk FALSE 0.344 100.000 0.026 NA   NA
 3656761 3656762 SACE_6140 SACE_6141 ppk   TRUE 0.753 3.000 0.000 1.000 N NA
 3656763 3656764 SACE_6142 SACE_6143   leuD FALSE 0.207 230.000 0.066 1.000 N NA
 3656764 3656765 SACE_6143 SACE_6144 leuD leuC TRUE 0.982 27.000 0.477 0.000 Y NA
 3656769 3656770 SACE_8038 SACE_8039     FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3656770 3656771 SACE_8039 SACE_6147     FALSE 0.042 181.000 0.000 NA   NA
 3656771 3656772 SACE_6147 SACE_6148   gltX FALSE 0.254 173.000 0.035 1.000   NA
 3656774 3656775 SACE_6150 SACE_6151   leuA2 FALSE 0.214 180.000 0.016 1.000 N NA
 3656775 3656776 SACE_6151 SACE_6152 leuA2   FALSE 0.027 337.000 0.000 1.000 N NA
 3656776 3656777 SACE_6152 SACE_6153     TRUE 0.977 -3.000 0.061 NA   NA
 3656777 3656778 SACE_6153 SACE_6154   leuB FALSE 0.054 158.000 0.000 NA   NA
 3656778 3656779 SACE_6154 SACE_6155 leuB serA FALSE 0.247 337.000 0.039 1.000 Y NA
 3656779 3656780 SACE_6155 SACE_6156 serA   FALSE 0.038 190.000 0.000 NA   NA
 3656780 3656781 SACE_6156 SACE_6157   ilvC FALSE 0.015 310.000 0.000 NA   NA
 3656781 3656782 SACE_6157 SACE_6158 ilvC ilvH TRUE 0.874 104.000 0.071 0.001 Y NA
 3656782 3656783 SACE_6158 SACE_6159 ilvH ilvB TRUE 0.993 8.000 0.380 0.001 Y NA
 3656784 3656785 SACE_6160 SACE_6161   ilvD FALSE 0.143 192.000 0.009 NA   NA
 3656787 3656788 SACE_6163 SACE_6164     FALSE 0.150 66.000 0.000 NA   NA
 3656788 3656789 SACE_6164 SACE_6165     FALSE 0.106 89.000 0.000 NA   NA
 3656789 3656790 SACE_6165 SACE_6166     FALSE 0.097 94.000 0.000 NA   NA
 3656790 3656791 SACE_6166 SACE_6167     FALSE 0.113 86.000 0.000 NA   NA
 3656793 3656794 SACE_6169 SACE_6170     FALSE 0.196 36.000 0.000 NA   NA
 3656795 3656796 SACE_6171 SACE_6172 gatB   FALSE 0.296 18.000 0.000 NA   NA
 3656796 3656797 SACE_6172 SACE_6173   gatA FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3656797 3656798 SACE_6173 SACE_6174 gatA gatC TRUE 0.998 0.000 0.643 0.001 Y NA
 3656800 3656801 SACE_6176 SACE_6177   ligA TRUE 0.804 9.000 0.002 1.000   NA
 3656801 3656802 SACE_6177 SACE_6178 ligA   FALSE 0.008 577.000 0.000 NA   NA
 3656802 3656803 SACE_6178 SACE_6179     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3656803 3656804 SACE_6179 SACE_6180     FALSE 0.129 77.000 0.000 NA   NA
 3656804 3656805 SACE_6180 SACE_6181     FALSE 0.450 10.000 0.000 NA   NA
 3656805 3656806 SACE_6181 SACE_6182     FALSE 0.106 89.000 0.000 NA   NA
 3656806 3656807 SACE_6182 SACE_6183   fadD5 FALSE 0.020 382.000 0.000 1.000   NA
 3656811 3656812 SACE_6187 SACE_6188 trmU   TRUE 0.720 46.000 0.094 1.000 N NA
 3656812 3656813 SACE_6188 SACE_6189   ebrB FALSE 0.404 123.000 0.053 1.000 N NA
 3656813 3656814 SACE_6189 SACE_6190 ebrB plsC7 FALSE 0.061 209.000 0.000 1.000 N NA
 3656814 3656815 SACE_6190 SACE_6191 plsC7   TRUE 0.928 12.000 0.286 NA   NA
 3656818 3656819 SACE_6194 SACE_6195   rnhA,dasF,herA,rnh,sdrA FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3656820 3656821 SACE_6196 SACE_6197 fixB fixA TRUE 0.985 33.000 0.877 0.006 Y NA
 3656822 3656823 SACE_6198 SACE_6199     FALSE 0.466 9.000 0.000 NA   NA
 3656823 3656824 SACE_6199 SACE_6200     FALSE 0.246 214.000 0.082 1.000   NA
 3656827 3656828 SACE_6203 SACE_6204 hrpA   FALSE 0.110 130.000 0.000 1.000   NA
 3656828 3656829 SACE_6204 SACE_6205     FALSE 0.011 410.000 0.000 NA   NA
 3656829 3656830 SACE_6205 SACE_6206     FALSE 0.189 158.000 0.006 NA   NA
 3656830 3656831 SACE_6206 SACE_6207   echA TRUE 0.899 44.000 0.292 0.079   NA
 3656831 3656832 SACE_6207 SACE_6208 echA   FALSE 0.416 113.000 0.048 1.000 N NA
 3656833 3656834 SACE_6209 SACE_6210 cdo2   TRUE 0.993 -3.000 0.429 NA   NA
 3656834 3656835 SACE_6210 SACE_6211     FALSE 0.020 257.000 0.000 NA   NA
 3656835 3656836 SACE_6211 SACE_6212     FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3656836 3656837 SACE_6212 SACE_6213     FALSE 0.009 498.000 0.000 NA   NA
 3656845 3656846 SACE_6221 SACE_6222     FALSE 0.018 275.000 0.000 NA   NA
 3656847 3656848 SACE_6223 SACE_6224   cutA FALSE 0.113 86.000 0.000 NA   NA
 3656848 3656849 SACE_6224 SACE_6225 cutA   FALSE 0.139 104.000 0.000 1.000   NA
 3656850 3656851 SACE_6226 SACE_6227   manA TRUE 0.985 -3.000 0.095 1.000 N NA
 3656851 3656852 SACE_6227 SACE_6228 manA   TRUE 0.595 62.000 0.045 1.000   NA
 3656852 3656853 SACE_6228 SACE_6229     TRUE 0.968 0.000 0.121 1.000   NA
 3656853 3656854 SACE_6229 SACE_6230     TRUE 0.879 51.000 0.562 1.000   NA
 3656854 3656855 SACE_6230 SACE_6231     FALSE 0.052 212.000 0.000 1.000   NA
 3656856 3656857 SACE_6232 SACE_6233     FALSE 0.024 234.000 0.000 NA   NA
 3656859 3656860 SACE_6235 SACE_6236   fadA4 FALSE 0.115 85.000 0.000 NA   NA
 3656860 3656861 SACE_6236 SACE_6237 fadA4   FALSE 0.020 262.000 0.000 NA   NA
 3656863 3656864 SACE_6239 SACE_6240     FALSE 0.058 151.000 0.000 NA   NA
 3656866 3656867 SACE_6242 SACE_6243     FALSE 0.480 60.000 0.019 NA   NA
 3656867 3656868 SACE_6243 SACE_6244     FALSE 0.233 210.000 0.092 NA   NA
 3656868 3656869 SACE_6244 SACE_6245     FALSE 0.136 73.000 0.000 NA   NA
 3656869 3656870 SACE_6245 SACE_6246     FALSE 0.062 141.000 0.000 NA   NA
 3656870 3656871 SACE_6246 SACE_6247   dak2 TRUE 0.994 -3.000 0.442 1.000   NA
 3656871 3656872 SACE_6247 SACE_6248 dak2   TRUE 0.945 21.000 0.242 0.001   NA
 3656872 3656873 SACE_6248 SACE_6249     FALSE 0.014 613.000 0.000 1.000 N NA
 3656875 3656876 SACE_6251 SACE_6252     TRUE 0.942 15.000 0.588 NA   NA
 3656876 3656877 SACE_6252 SACE_6254     FALSE 0.010 1319.000 0.000 1.000   NA
 3656881 3656882 SACE_6258 SACE_6259     TRUE 0.972 9.000 0.800 NA   NA
 3656882 3656883 SACE_6259 SACE_6260   aglA FALSE 0.009 498.000 0.000 NA   NA
 3656883 3656884 SACE_6260 SACE_6261 aglA   FALSE 0.435 19.000 0.000 1.000 N NA
 3656885 3656886 SACE_6262 SACE_6263     TRUE 0.994 6.000 0.556 0.044 Y NA
 3656886 3656887 SACE_6263 SACE_6264     TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.044 Y NA
 3656887 3656888 SACE_6264 SACE_6265     FALSE 0.260 55.000 0.000 1.000   NA
 3656889 3656890 SACE_6266 SACE_6267     TRUE 0.951 28.000 0.431 1.000 Y NA
 3656890 3656891 SACE_6267 SACE_6268     TRUE 0.998 -3.000 0.184 0.003 Y NA
 3656891 3656892 SACE_6268 SACE_6269     TRUE 0.990 13.000 0.522 0.044 Y NA
 3656892 3656893 SACE_6269 SACE_6270   murA,murZ FALSE 0.105 154.000 0.000 1.000 N NA
 3656895 3656896 SACE_6272 SACE_6273     FALSE 0.185 40.000 0.000 NA   NA
 3656896 3656897 SACE_6273 SACE_6274     FALSE 0.183 42.000 0.000 NA   NA
 3656897 3656898 SACE_6274 SACE_6275     TRUE 0.723 29.000 0.000 0.010   NA
 3656900 3656901 SACE_6277 SACE_6278     FALSE 0.049 167.000 0.000 NA   NA
 3656901 3656902 SACE_6278 SACE_6279   atpC TRUE 0.668 28.000 0.054 NA   NA
 3656902 3656903 SACE_6279 SACE_6280 atpC atpD TRUE 0.904 204.000 0.837 0.001 Y NA
 3656903 3656904 SACE_6280 SACE_6281 atpD atpG TRUE 0.976 69.000 0.724 0.001 Y NA
 3656904 3656905 SACE_6281 SACE_6282 atpG atpA TRUE 0.995 12.000 0.846 0.001 Y NA
 3656905 3656906 SACE_6282 SACE_6283 atpA atpH TRUE 0.979 69.000 0.864 0.001 Y NA
 3656906 3656907 SACE_6283 SACE_6284 atpH atpF TRUE 0.961 21.000 0.067 0.001 Y NA
 3656907 3656908 SACE_6284 SACE_6285 atpF atpE TRUE 0.890 47.000 0.121 0.001   NA
 3656908 3656909 SACE_6285 SACE_6286 atpE atpB TRUE 0.948 59.000 0.628 0.001   NA
 3656909 3656910 SACE_6286 SACE_6287 atpB   FALSE 0.022 246.000 0.000 NA   NA
 3656910 3656911 SACE_6287 SACE_6288   rfe TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3656911 3656912 SACE_6288 SACE_6289 rfe   FALSE 0.242 275.000 0.248 NA N NA
 3656914 3656915 SACE_6291 SACE_6292   prfA TRUE 0.841 62.000 0.069 1.000 Y NA
 3656915 3656916 SACE_6292 SACE_6293 prfA rpmE TRUE 0.775 98.000 0.110 1.000 Y NA
 3656918 3656919 SACE_6295 SACE_6296 rho1 thrB FALSE 0.046 904.000 0.000 0.065 N NA
 3656919 3656920 SACE_6296 SACE_6297 thrB thrC TRUE 0.996 -3.000 0.221 1.000 Y NA
 3656920 3656921 SACE_6297 SACE_6298 thrC thrA TRUE 0.996 -3.000 0.194 1.000 Y NA
 3656921 3656922 SACE_6298 SACE_6299 thrA lysA TRUE 0.872 37.000 0.071 1.000 Y NA
 3656922 3656923 SACE_6299 SACE_6300 lysA argS TRUE 0.876 12.000 0.071 1.000 N NA
 3656924 3656925 SACE_6301 SACE_6302     TRUE 0.712 108.000 0.500 NA   NA
 3656927 3656928 SACE_8040 SACE_6305     FALSE 0.006 1035.000 0.000 NA   NA
 3656928 3656929 SACE_6305 SACE_6306   rhtB FALSE 0.182 64.000 0.000 NA N NA
 3656929 3656930 SACE_6306 SACE_6307 rhtB   FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3656933 3656934 SACE_6310 SACE_6311     TRUE 0.916 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3656936 3656937 SACE_6313 SACE_6314     FALSE 0.046 171.000 0.000 NA   NA
 3656938 3656939 SACE_6315 SACE_6316     TRUE 0.510 158.000 0.217 1.000 N NA
 3656939 3656940 SACE_6316 SACE_6317   lacC FALSE 0.358 28.000 0.000 1.000 N NA
 3656940 3656941 SACE_6317 SACE_6318 lacC agaY TRUE 0.998 -22.000 0.455 1.000 Y NA
 3656941 3656942 SACE_6318 SACE_6319 agaY sugI TRUE 0.668 62.000 0.000 1.000 Y NA
 3656942 3656943 SACE_6319 SACE_6320 sugI   FALSE 0.015 500.000 0.000 1.000   NA
 3656944 3656945 SACE_6321 SACE_6322     TRUE 0.676 126.000 0.438 1.000   NA
 3656945 3656946 SACE_6322 SACE_6323     TRUE 0.986 27.000 1.000 0.044 Y NA
 3656946 3656947 SACE_6323 SACE_6324     TRUE 0.999 -3.000 0.417 0.044 Y NA
 3656947 3656948 SACE_6324 SACE_6325     FALSE 0.092 306.000 0.025 1.000   NA
 3656948 3656949 SACE_6325 SACE_6326     TRUE 0.979 -66.000 0.038 1.000   NA
 3656949 3656950 SACE_6326 SACE_6327     TRUE 0.997 -3.000 1.000 1.000 N NA
 3656950 3656951 SACE_6327 SACE_6328     TRUE 0.946 63.000 1.000 0.079 N NA
 3656951 3656952 SACE_6328 SACE_6329     FALSE 0.463 191.000 0.375 NA   NA
 3656952 3656953 SACE_6329 SACE_6330     FALSE 0.030 216.000 0.000 NA   NA
 3656954 3656955 SACE_6331 SACE_6332     FALSE 0.030 216.000 0.000 NA   NA
 3656956 3656957 SACE_6333 SACE_6334     TRUE 0.988 -3.000 0.214 NA   NA
 3656958 3656959 SACE_6336 SACE_6337   cvnB1 TRUE 0.816 46.000 0.333 NA   NA
 3656959 3656960 SACE_6337 SACE_6338 cvnB1   TRUE 0.963 8.000 0.500 NA   NA
 3656960 3656961 SACE_6338 SACE_6339   cvnD6 TRUE 0.796 80.000 0.500 NA   NA
 3656962 3656963 SACE_6340 SACE_6341     FALSE 0.285 56.000 0.000 1.000 N NA
 3656964 3656965 SACE_6342 SACE_6343     FALSE 0.143 70.000 0.000 NA   NA
 3656965 3656966 SACE_6343 SACE_6344   yhjB TRUE 0.993 -3.000 0.429 NA   NA
 3656967 3656968 SACE_6345 SACE_6346     FALSE 0.241 63.000 0.000 1.000   NA
 3656968 3656969 SACE_6346 SACE_6347     FALSE 0.209 75.000 0.000 1.000   NA
 3656969 3656970 SACE_6347 SACE_6348   blaA2 FALSE 0.015 600.000 0.000 1.000 N NA
 3656971 3656972 SACE_6349 SACE_6350 metE   FALSE 0.109 88.000 0.000 NA   NA
 3656973 3656974 SACE_6351 SACE_6352   pon1 FALSE 0.012 659.000 0.000 1.000   NA
 3656976 3656977 SACE_6354 SACE_6355     FALSE 0.137 85.000 0.000 NA N NA
 3656977 3656978 SACE_6355 SACE_6356     TRUE 0.619 10.000 0.000 1.000 N NA
 3656980 3656981 SACE_6358 SACE_6359     FALSE 0.075 116.000 0.000 NA   NA
 3656982 3656983 SACE_6360 SACE_6361     FALSE 0.044 176.000 0.000 NA   NA
 3656984 3656985 SACE_6362 SACE_6363 fadB fadA TRUE 0.967 8.000 0.087 1.000 Y NA
 3656985 3656986 SACE_6363 SACE_6364 fadA glcF FALSE 0.035 278.000 0.000 1.000 N NA
 3656986 3656987 SACE_6364 SACE_6365 glcF   TRUE 0.995 0.000 0.153 0.047 Y NA
 3656987 3656988 SACE_6365 SACE_6366   glcD TRUE 0.994 0.000 0.079 0.012 Y NA
 3656988 3656989 SACE_6366 SACE_6367 glcD   FALSE 0.014 327.000 0.000 NA   NA
 3656989 3656990 SACE_6367 SACE_6368     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3656990 3656991 SACE_6368 SACE_6369     FALSE 0.280 41.000 0.000 1.000   NA
 3656991 3656992 SACE_6369 SACE_6370     TRUE 0.729 4.000 0.000 1.000 N NA
 3656993 3656994 SACE_6371 SACE_6372     FALSE 0.046 237.000 0.000 1.000 N NA
 3656996 3656997 SACE_6374 SACE_6375 sti1   FALSE 0.012 378.000 0.000 NA   NA
 3656997 3656998 SACE_6375 SACE_6376     FALSE 0.230 25.000 0.000 NA   NA
 3656999 3657000 SACE_6377 SACE_6378 sdaA gcvH TRUE 0.876 30.000 0.054 1.000 Y NA
 3657001 3657002 SACE_6379 SACE_6380   ald FALSE 0.028 242.000 0.000 NA N NA
 3657002 3657003 SACE_6380 SACE_6381 ald   FALSE 0.008 550.000 0.000 NA   NA
 3657003 3657004 SACE_6381 SACE_6382     FALSE 0.367 138.000 0.077 NA   NA
 3657004 3657005 SACE_6382 SACE_6383     TRUE 0.994 0.000 0.615 0.064   NA
 3657005 3657006 SACE_6383 SACE_6384     FALSE 0.341 345.000 0.250 0.064   NA
 3657006 3657007 SACE_6384 SACE_6385   kgd FALSE 0.070 381.000 0.019 1.000 N NA
 3657011 3657012 SACE_6389 SACE_6390 tdh kbl TRUE 0.985 1.000 0.547 1.000 N NA
 3657012 3657013 SACE_6390 SACE_6391 kbl   FALSE 0.443 90.000 0.026 1.000 N NA
 3657013 3657014 SACE_6391 SACE_6392     FALSE 0.019 400.000 0.000 1.000   NA
 3657015 3657016 SACE_6393 SACE_6394 ssfR   TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3657016 3657017 SACE_6394 SACE_6395     TRUE 0.506 129.000 0.200 NA   NA
 3657017 3657018 SACE_6395 SACE_6396     FALSE 0.369 21.000 0.000 1.000   NA
 3657019 3657020 SACE_6397 SACE_6398     TRUE 0.848 63.000 0.571 NA   NA
 3657020 3657021 SACE_6398 SACE_6399     FALSE 0.113 86.000 0.000 NA   NA
 3657021 3657022 SACE_6399 SACE_6400     FALSE 0.040 185.000 0.000 NA   NA
 3657023 3657024 SACE_6401 SACE_6402   sig49 TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3657024 3657025 SACE_6402 SACE_6403 sig49 hutI FALSE 0.014 656.000 0.000 1.000 N NA
 3657025 3657026 SACE_6403 SACE_6404 hutI   TRUE 0.671 95.000 0.233 1.000 N NA
 3657026 3657027 SACE_6404 SACE_6405     TRUE 0.949 5.000 0.160 1.000 N NA
 3657027 3657028 SACE_6405 SACE_6406   hutU TRUE 0.566 228.000 0.237 1.000 Y NA
 3657028 3657029 SACE_6406 SACE_6407 hutU hutH TRUE 0.933 50.000 0.039 0.000 Y NA
 3657031 3657032 SACE_6409 SACE_6410     TRUE 0.988 7.000 0.667 0.044 N NA
 3657032 3657033 SACE_6410 SACE_6411     TRUE 0.999 -3.000 0.918 0.044 Y NA
 3657033 3657034 SACE_6411 SACE_6412     TRUE 0.997 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 3657036 3657037 SACE_6414 SACE_6415     FALSE 0.020 423.000 0.000 1.000 N NA
 3657039 3657040 SACE_6417 SACE_6418 pteG   FALSE 0.111 129.000 0.000 1.000   NA
 3657041 3657042 SACE_6419 SACE_6420 sodN   FALSE 0.015 486.000 0.000 1.000   NA
 3657042 3657043 SACE_6420 SACE_6421   thiJ FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3657043 3657044 SACE_6421 SACE_6422 thiJ entD FALSE 0.280 19.000 0.000 NA   NA
 3657044 3657045 SACE_6422 SACE_6423 entD   TRUE 0.854 17.000 0.125 1.000   NA
 3657047 3657048 SACE_6425 SACE_6426   whiB1 FALSE 0.038 245.000 0.000 1.000   NA
 3657049 3657050 SACE_6427 SACE_6428     TRUE 0.931 4.000 0.102 NA   NA
 3657050 3657051 SACE_6428 SACE_6429     FALSE 0.078 363.000 0.046 NA   NA
 3657051 3657052 SACE_6429 SACE_6430   sigR TRUE 0.996 -3.000 0.808 NA   NA
 3657054 3657055 SACE_6432 SACE_6433     TRUE 0.968 -3.000 0.029 NA   NA
 3657055 3657056 SACE_6433 SACE_6434     FALSE 0.327 16.000 0.000 NA   NA
 3657057 3657058 SACE_6435 SACE_6436 aroA   TRUE 0.956 0.000 0.063 1.000   NA
 3657058 3657059 SACE_6436 SACE_6437     FALSE 0.386 73.000 0.004 NA   NA
 3657060 3657061 SACE_6438 SACE_6439     TRUE 0.835 27.000 0.264 NA   NA
 3657063 3657064 SACE_8113 SACE_8114     FALSE 0.069 126.000 0.000 NA   NA
 3657067 3657068 SACE_6442 SACE_6443 secA1   FALSE 0.332 169.000 0.094 NA N NA
 3657068 3657069 SACE_6443 SACE_6444     FALSE 0.100 351.000 0.072 NA   NA
 3657069 3657070 SACE_6444 SACE_6445   lpqB FALSE 0.022 245.000 0.000 NA   NA
 3657070 3657071 SACE_6445 SACE_6446 lpqB mtrB TRUE 0.840 9.000 0.038 NA   NA
 3657071 3657072 SACE_6446 SACE_6447 mtrB mtrA TRUE 0.779 206.000 0.772 1.000 Y NA
 3657072 3657073 SACE_6447 SACE_6448 mtrA tmk FALSE 0.088 322.000 0.021 1.000 N NA
 3657076 3657077 SACE_6451 SACE_6452     FALSE 0.025 321.000 0.000 1.000   NA
 3657077 3657078 SACE_6452 SACE_6453     TRUE 0.899 65.000 0.250 1.000 Y NA
 3657079 3657080 SACE_6455 SACE_6456     FALSE 0.265 187.000 0.000 0.048 N NA
 3657080 3657081 SACE_6456 SACE_6457   manA FALSE 0.222 266.000 0.150 1.000 N NA
 3657081 3657082 SACE_6457 SACE_6458 manA   FALSE 0.461 142.000 0.174 NA   NA
 3657082 3657083 SACE_6458 SACE_6459     TRUE 0.818 7.000 0.013 NA   NA
 3657083 3657084 SACE_6459 SACE_6460   manB TRUE 0.542 68.000 0.050 NA   NA
 3657084 3657085 SACE_6460 SACE_6461 manB   TRUE 0.593 159.000 0.460 NA   NA
 3657087 3657088 SACE_6463 SACE_6464   whiB2 FALSE 0.088 102.000 0.000 NA   NA
 3657089 3657090 SACE_6465 SACE_6466     TRUE 0.527 28.000 0.004 NA   NA
 3657090 3657091 SACE_6466 SACE_6467     TRUE 0.992 -3.000 0.371 NA   NA
 3657091 3657092 SACE_6467 SACE_6468     TRUE 0.535 96.000 0.092 1.000   NA
 3657093 3657094 SACE_6469 SACE_6470   manB TRUE 0.688 62.000 0.095 1.000 N NA
 3657096 3657097 SACE_6472 SACE_6473 wbbL   FALSE 0.480 110.000 0.119 NA   NA
 3657097 3657098 SACE_6473 SACE_6474     TRUE 0.876 170.000 0.435 0.016 Y NA
 3657099 3657100 SACE_6475 SACE_6476     FALSE 0.006 890.000 0.000 NA   NA
 3657100 3657101 SACE_6476 SACE_6477     TRUE 0.997 -7.000 0.294 0.016   NA
 3657101 3657102 SACE_6477 SACE_6478     FALSE 0.020 261.000 0.000 NA   NA
 3657103 3657104 SACE_6479 SACE_6480 rfbD aveBII TRUE 0.997 0.000 0.429 0.002 Y NA
 3657105 3657106 SACE_6481 SACE_6482     TRUE 0.838 67.000 0.107 NA Y NA
 3657106 3657107 SACE_6482 SACE_6483     TRUE 0.913 20.000 0.517 NA   NA
 3657108 3657109 SACE_6484 SACE_6485   purE FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 3657109 3657110 SACE_6485 SACE_6486 purE purK TRUE 0.953 53.000 0.141 0.000 Y NA
 3657110 3657111 SACE_6486 SACE_6487 purK   FALSE 0.059 149.000 0.000 NA   NA
 3657112 3657113 SACE_6488 SACE_6489     TRUE 0.732 58.000 0.150 1.000   NA
 3657114 3657115 SACE_6490 SACE_6491     TRUE 0.994 3.000 0.848 1.000 Y NA
 3657117 3657118 SACE_6493 SACE_6494     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 3657118 3657119 SACE_6494 SACE_6495     TRUE 0.486 8.000 0.000 NA   NA
 3657119 3657120 SACE_6495 SACE_6496     TRUE 0.953 -3.000 0.002 NA   NA
 3657122 3657123 SACE_6498 SACE_6499   hmgL FALSE 0.189 38.000 0.000 NA   NA
 3657123 3657124 SACE_6499 SACE_6500 hmgL   FALSE 0.148 207.000 0.024 NA   NA
 3657124 3657125 SACE_6500 SACE_6501     FALSE 0.373 103.000 0.041 NA   NA
 3657125 3657126 SACE_6501 SACE_6502   celD FALSE 0.040 255.000 0.000 1.000 N NA
 3657127 3657128 SACE_6503 SACE_6504     FALSE 0.419 20.000 0.000 1.000 N NA
 3657128 3657129 SACE_6504 SACE_6505     FALSE 0.136 106.000 0.000 1.000   NA
 3657131 3657132 SACE_6507 SACE_6508     FALSE 0.024 266.000 0.000 NA N NA
 3657132 3657133 SACE_6508 SACE_6509     FALSE 0.116 141.000 0.000 1.000 N NA
 3657133 3657134 SACE_6509 SACE_6510     TRUE 0.634 31.000 0.044 NA   NA
 3657134 3657135 SACE_6510 SACE_6511     FALSE 0.087 103.000 0.000 NA   NA
 3657135 3657136 SACE_6511 SACE_6512     TRUE 0.645 190.000 1.000 NA   NA
 3657136 3657137 SACE_6512 SACE_6513     TRUE 0.983 5.000 1.000 NA   NA
 3657137 3657138 SACE_6513 SACE_6514     TRUE 0.872 -6.000 0.000 NA   NA
 3657139 3657140 SACE_6515 SACE_6516     FALSE 0.221 79.000 0.000 1.000 N NA
 3657141 3657142 SACE_6517 SACE_6518 glpF glpK TRUE 0.812 30.000 0.174 1.000 N NA
 3657143 3657144 SACE_6519 SACE_6520     FALSE 0.012 385.000 0.000 NA   NA
 3657144 3657145 SACE_6520 SACE_6521     FALSE 0.051 163.000 0.000 NA   NA
 3657145 3657146 SACE_6521 SACE_6522     FALSE 0.024 235.000 0.000 NA   NA
 3657146 3657147 SACE_6522 SACE_6523     FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 3657147 3657148 SACE_6523 SACE_6524     FALSE 0.118 121.000 0.000 1.000   NA
 3657151 3657152 SACE_6527 SACE_6528     FALSE 0.070 124.000 0.000 NA   NA
 3657153 3657154 SACE_6529 SACE_6530     TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3657156 3657157 SACE_6533 SACE_6534     FALSE 0.008 518.000 0.000 NA   NA
 3657157 3657158 SACE_6534 SACE_6535     TRUE 0.884 48.000 0.132 0.003   NA
 3657158 3657159 SACE_6535 SACE_6536     FALSE 0.011 402.000 0.000 NA   NA
 3657159 3657160 SACE_6536 SACE_6537   hur FALSE 0.018 274.000 0.000 NA   NA
 3657162 3657163 SACE_6539 SACE_6540     TRUE 0.985 -3.000 0.106 1.000   NA
 3657163 3657164 SACE_6540 SACE_6541     TRUE 0.975 4.000 0.109 0.045   NA
 3657164 3657165 SACE_6541 SACE_6542     TRUE 0.989 11.000 0.913 1.000 Y NA
 3657165 3657166 SACE_6542 SACE_6543     TRUE 0.999 -3.000 0.870 0.003 Y NA
 3657166 3657167 SACE_6543 SACE_6544     TRUE 0.998 -3.000 0.833 NA Y NA
 3657167 3657168 SACE_6544 SACE_6545     TRUE 0.993 -3.000 0.062 NA Y NA
 3657169 3657170 SACE_6546 SACE_6547   deoD,punA FALSE 0.275 189.000 0.060 1.000 N NA
 3657170 3657171 SACE_6547 SACE_6548 deoD,punA pmmB TRUE 0.971 2.000 0.235 1.000 N NA
 3657173 3657174 SACE_6550 SACE_6551     FALSE 0.022 250.000 0.000 NA   NA
 3657174 3657175 SACE_6551 SACE_6552     TRUE 0.866 -109.000 0.000 NA   NA
 3657175 3657176 SACE_6552 SACE_6553     FALSE 0.009 477.000 0.000 NA   NA
 3657177 3657178 SACE_6554 SACE_6555     FALSE 0.027 225.000 0.000 NA   NA
 3657178 3657179 SACE_6555 SACE_6556     TRUE 0.701 15.000 0.013 NA   NA
 3657179 3657180 SACE_6556 SACE_6557     TRUE 0.921 -9.000 0.000 1.000   NA
 3657180 3657181 SACE_6557 SACE_6558     TRUE 0.756 103.000 0.000 0.001 Y NA
 3657181 3657182 SACE_6558 SACE_6559   upp FALSE 0.013 708.000 0.000 1.000 N NA
 3657182 3657183 SACE_6559 SACE_6560 upp   FALSE 0.109 131.000 0.000 1.000   NA
 3657185 3657186 SACE_6562 SACE_6563 fdhA   FALSE 0.063 139.000 0.000 NA   NA
 3657187 3657188 SACE_6564 SACE_6565 deoC   TRUE 0.974 2.000 0.277 1.000 N NA
 3657188 3657189 SACE_6565 SACE_6566     TRUE 0.928 29.000 0.207 0.001   NA
 3657190 3657191 SACE_6567 SACE_6568     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657191 3657192 SACE_6568 SACE_6569     FALSE 0.018 323.000 0.000 NA N NA
 3657194 3657195 SACE_6571 SACE_6572   ssfR FALSE 0.304 263.000 0.000 0.088 Y NA
 3657195 3657196 SACE_6572 SACE_6573 ssfR add FALSE 0.043 246.000 0.000 1.000 N NA
 3657198 3657199 SACE_6575 SACE_6576 deoA cdd TRUE 0.897 60.000 0.221 1.000 Y NA
 3657199 3657200 SACE_6576 SACE_6577 cdd   TRUE 0.565 71.000 0.046 1.000   NA
 3657200 3657201 SACE_6577 SACE_6578     TRUE 0.998 -3.000 0.720 0.043   NA
 3657201 3657202 SACE_6578 SACE_6579     TRUE 0.980 -3.000 0.058 1.000   NA
 3657202 3657203 SACE_6579 SACE_6580     TRUE 0.615 126.000 0.300 1.000   NA
 3657204 3657205 SACE_6582 SACE_6583 sdhC   TRUE 0.994 2.000 0.157 0.000 Y NA
 3657205 3657206 SACE_6583 SACE_6584   sdhA TRUE 0.974 73.000 0.705 0.001 Y NA
 3657206 3657207 SACE_6584 SACE_6585 sdhA sdhB TRUE 0.998 0.000 0.604 0.001 Y NA
 3657209 3657210 SACE_6587 SACE_6588     FALSE 0.180 92.000 0.000 1.000 N NA
 3657210 3657211 SACE_6588 SACE_6589   ydeS TRUE 0.993 -3.000 0.364 1.000 N NA
 3657211 3657212 SACE_6589 SACE_6590 ydeS   FALSE 0.401 21.000 0.000 1.000 N NA
 3657213 3657214 SACE_6591 SACE_6592   trpS FALSE 0.461 93.000 0.045 1.000   NA
 3657214 3657215 SACE_6592 SACE_6593 trpS   FALSE 0.010 434.000 0.000 NA   NA
 3657215 3657216 SACE_6593 SACE_6594   fbiC FALSE 0.017 291.000 0.000 NA   NA
 3657220 3657221 SACE_6598 SACE_6599     FALSE 0.012 626.000 0.000 1.000   NA
 3657221 3657222 SACE_6599 SACE_6600     FALSE 0.010 1209.000 0.000 1.000   NA
 3657222 3657223 SACE_6600 SACE_6601     FALSE 0.193 170.000 0.003 1.000   NA
 3657223 3657224 SACE_6601 SACE_6602     FALSE 0.352 142.000 0.000 0.049   NA
 3657224 3657225 SACE_6602 SACE_6604     FALSE 0.010 1168.000 0.000 1.000   NA
 3657225 3657226 SACE_6604 SACE_6605     TRUE 0.998 -3.000 0.846 1.000 Y NA
 3657227 3657228 SACE_6606 SACE_6607     FALSE 0.044 176.000 0.000 NA   NA
 3657228 3657229 SACE_6607 SACE_6608     FALSE 0.420 182.000 0.250 NA   NA
 3657229 3657230 SACE_6608 SACE_6609     TRUE 0.771 75.000 0.375 NA   NA
 3657230 3657231 SACE_6609 SACE_6610     FALSE 0.009 453.000 0.000 NA   NA
 3657231 3657232 SACE_6610 SACE_6611   ctpA FALSE 0.356 167.000 0.000 1.000 Y NA
 3657232 3657233 SACE_6611 SACE_6612 ctpA   FALSE 0.037 194.000 0.000 NA   NA
 3657235 3657236 SACE_6614 SACE_6615     TRUE 0.923 17.000 0.375 1.000 N NA
 3657236 3657237 SACE_6615 SACE_6616     FALSE 0.078 112.000 0.000 NA   NA
 3657238 3657239 SACE_6617 SACE_6618 tnp9B   FALSE 0.177 51.000 0.000 NA   NA
 3657239 3657240 SACE_6618 SACE_6619     FALSE 0.110 99.000 0.000 NA N NA
 3657241 3657242 SACE_6620 SACE_6621     FALSE 0.198 79.000 0.000 1.000   NA
 3657242 3657243 SACE_6621 SACE_6622     FALSE 0.106 89.000 0.000 NA   NA
 3657244 3657245 SACE_6623 SACE_6624   ctpA FALSE 0.194 88.000 0.000 1.000 N NA
 3657247 3657248 SACE_6626 SACE_6627     TRUE 0.991 14.000 0.667 0.014 Y NA
 3657248 3657249 SACE_6627 SACE_6628     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3657249 3657250 SACE_6628 SACE_6629   spaF TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657252 3657253 SACE_6631 SACE_6632     FALSE 0.118 121.000 0.000 1.000   NA
 3657253 3657254 SACE_6632 SACE_8041     FALSE 0.015 319.000 0.000 NA   NA
 3657254 3657255 SACE_8041 SACE_6633     FALSE 0.117 84.000 0.000 NA   NA
 3657255 3657256 SACE_6633 SACE_6634     FALSE 0.119 83.000 0.000 NA   NA
 3657259 3657260 SACE_6637 SACE_6638     FALSE 0.077 113.000 0.000 NA   NA
 3657260 3657261 SACE_6638 SACE_6639     FALSE 0.032 209.000 0.000 NA   NA
 3657263 3657264 SACE_6641 SACE_6642     FALSE 0.052 160.000 0.000 NA   NA
 3657265 3657266 SACE_6643 SACE_6644     TRUE 0.998 -3.000 0.176 0.000 Y NA
 3657266 3657267 SACE_6644 SACE_6645     TRUE 0.998 -3.000 0.176 0.000 Y NA
 3657267 3657268 SACE_6645 SACE_6646     TRUE 0.614 31.000 0.018 1.000   NA
 3657268 3657269 SACE_6646 SACE_6647     TRUE 0.973 0.000 0.170 1.000   NA
 3657271 3657272 SACE_6649 SACE_6650     FALSE 0.217 29.000 0.000 NA   NA
 3657272 3657273 SACE_6650 SACE_6651   folD TRUE 0.849 45.000 0.453 NA   NA
 3657273 3657274 SACE_6651 SACE_6652 folD   TRUE 0.862 7.000 0.040 NA   NA
 3657274 3657275 SACE_6652 SACE_6653     FALSE 0.180 45.000 0.000 NA   NA
 3657277 3657278 SACE_6655 SACE_6656     FALSE 0.037 192.000 0.000 NA   NA
 3657280 3657281 SACE_6658 SACE_6659     FALSE 0.024 239.000 0.000 NA   NA
 3657281 3657282 SACE_6659 SACE_6660   dnaE2 FALSE 0.034 260.000 0.000 1.000   NA
 3657282 3657283 SACE_6660 SACE_6661 dnaE2   TRUE 0.579 451.000 0.357 0.002 Y NA
 3657283 3657284 SACE_6661 SACE_6662     TRUE 0.911 6.000 0.089 NA   NA
 3657286 3657287 SACE_6664 SACE_6665 purH purN TRUE 0.996 -3.000 0.225 1.000 Y NA
 3657287 3657288 SACE_6665 SACE_6666 purN   TRUE 0.507 72.000 0.044 NA   NA
 3657288 3657289 SACE_6666 SACE_6667     FALSE 0.060 145.000 0.000 NA   NA
 3657289 3657290 SACE_6667 SACE_6668     FALSE 0.017 281.000 0.000 NA   NA
 3657290 3657291 SACE_6668 SACE_6669   sucC TRUE 0.989 4.000 0.044 0.000 Y NA
 3657291 3657292 SACE_6669 SACE_6670 sucC   FALSE 0.031 210.000 0.000 NA   NA
 3657292 3657293 SACE_6670 SACE_6671     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3657296 3657297 SACE_6674 SACE_6675     FALSE 0.434 13.000 0.000 NA N NA
 3657297 3657298 SACE_6675 SACE_6676     TRUE 0.745 0.000 0.000 NA N NA
 3657298 3657299 SACE_6676 SACE_6677     FALSE 0.180 46.000 0.000 NA   NA
 3657299 3657300 SACE_6677 SACE_6678     FALSE 0.033 206.000 0.000 NA   NA
 3657304 3657305 SACE_6682 SACE_6683     FALSE 0.008 528.000 0.000 NA   NA
 3657306 3657307 SACE_6684 SACE_6685     TRUE 0.782 18.000 0.048 1.000 N NA
 3657308 3657309 SACE_6686 SACE_6687     FALSE 0.082 108.000 0.000 NA   NA
 3657309 3657310 SACE_6687 SACE_6688     FALSE 0.189 38.000 0.000 NA   NA
 3657310 3657311 SACE_6688 SACE_6689     FALSE 0.009 495.000 0.000 NA   NA
 3657311 3657312 SACE_6689 SACE_6690     FALSE 0.009 484.000 0.000 NA   NA
 3657312 3657313 SACE_6690 SACE_6691     FALSE 0.446 231.000 0.000 0.002 Y NA
 3657316 3657317 SACE_6694 SACE_6695     TRUE 0.890 121.000 0.797 1.000 Y NA
 3657318 3657319 SACE_6696 SACE_6697     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3657319 3657320 SACE_6697 SACE_6698     FALSE 0.019 265.000 0.000 NA   NA
 3657323 3657324 SACE_6701 SACE_6702 guaA   FALSE 0.100 159.000 0.000 1.000 N NA
 3657324 3657325 SACE_6702 SACE_6703     TRUE 0.555 223.000 0.750 1.000 N NA
 3657329 3657330 SACE_6707 SACE_6708 guaB3   TRUE 0.791 165.000 0.056 0.000 Y NA
 3657332 3657333 SACE_6710 SACE_6711   sigD FALSE 0.021 256.000 0.000 NA   NA
 3657333 3657334 SACE_6711 SACE_6712 sigD   FALSE 0.146 591.000 0.000 0.071 Y NA
 3657334 3657335 SACE_6712 SACE_6713     FALSE 0.066 437.000 0.000 0.071   NA
 3657335 3657336 SACE_6713 SACE_6714   groEL1 FALSE 0.012 682.000 0.000 1.000   NA
 3657336 3657337 SACE_6714 SACE_6715 groEL1 groES TRUE 0.939 116.000 0.592 0.003 Y NA
 3657339 3657340 SACE_6717 SACE_6718     FALSE 0.075 116.000 0.000 NA   NA
 3657340 3657341 SACE_6718 SACE_6719     FALSE 0.014 339.000 0.000 NA   NA
 3657342 3657343 SACE_6720 SACE_6721 phoD   FALSE 0.069 125.000 0.000 NA   NA
 3657344 3657345 SACE_6722 SACE_6723 estC gcp FALSE 0.236 65.000 0.000 1.000   NA
 3657345 3657346 SACE_6723 SACE_6724 gcp rimI TRUE 0.980 -3.000 0.056 1.000   NA
 3657346 3657347 SACE_6724 SACE_6725 rimI   TRUE 0.755 21.000 0.062 1.000   NA
 3657347 3657348 SACE_6725 SACE_6726   lacZ FALSE 0.112 146.000 0.000 1.000 N NA
 3657348 3657349 SACE_6726 SACE_6727 lacZ   FALSE 0.021 404.000 0.000 1.000 N NA
 3657349 3657350 SACE_6727 SACE_6728   glxK FALSE 0.060 607.000 0.049 1.000 N NA
 3657350 3657351 SACE_6728 SACE_6729 glxK gcl FALSE 0.229 192.000 0.043 1.000   NA
 3657351 3657352 SACE_6729 SACE_6730 gcl   FALSE 0.138 336.000 0.097 1.000   NA
 3657352 3657353 SACE_6730 SACE_6731     TRUE 0.901 29.000 0.500 1.000 N NA
 3657354 3657355 SACE_6732 SACE_6733     TRUE 0.859 5.000 0.021 NA   NA
 3657355 3657356 SACE_6733 SACE_6734     FALSE 0.017 427.000 0.000 1.000   NA
 3657356 3657357 SACE_6734 SACE_6735     TRUE 0.983 -3.000 0.080 1.000   NA
 3657357 3657358 SACE_6735 SACE_6736     TRUE 0.855 8.000 0.024 1.000   NA
 3657358 3657359 SACE_6736 SACE_6737   pbuX2 FALSE 0.032 289.000 0.000 1.000 N NA
 3657359 3657360 SACE_6737 SACE_6738 pbuX2   FALSE 0.057 153.000 0.000 NA   NA
 3657360 3657361 SACE_6738 SACE_6739     FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 3657362 3657363 SACE_6740 SACE_6741     FALSE 0.063 138.000 0.000 NA   NA
 3657363 3657364 SACE_6741 SACE_6742     TRUE 0.872 -7.000 0.000 NA   NA
 3657367 3657368 SACE_6745 SACE_6746     FALSE 0.423 98.000 0.000 0.087 N NA
 3657368 3657369 SACE_6746 SACE_6747     FALSE 0.130 76.000 0.000 NA   NA
 3657369 3657370 SACE_6747 SACE_6748     FALSE 0.017 282.000 0.000 NA   NA
 3657370 3657371 SACE_6748 SACE_6749     FALSE 0.238 23.000 0.000 NA   NA
 3657371 3657372 SACE_6749 SACE_6750     FALSE 0.014 523.000 0.000 1.000   NA
 3657372 3657373 SACE_6750 SACE_6751     TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3657373 3657374 SACE_6751 SACE_6752     TRUE 0.974 7.000 0.722 NA   NA
 3657374 3657375 SACE_6752 SACE_6753     TRUE 0.978 -3.000 0.067 NA   NA
 3657375 3657376 SACE_6753 SACE_6754     FALSE 0.090 100.000 0.000 NA   NA
 3657377 3657378 SACE_6755 SACE_6756   aceB,mas TRUE 0.775 90.000 0.444 1.000 N NA
 3657379 3657380 SACE_6757 SACE_6758     FALSE 0.046 239.000 0.000 1.000 N NA
 3657383 3657384 SACE_6761 SACE_6762     FALSE 0.214 30.000 0.000 NA   NA
 3657384 3657385 SACE_6762 SACE_6763     TRUE 0.525 6.000 0.000 NA   NA
 3657385 3657386 SACE_6763 SACE_6764   alr FALSE 0.313 143.000 0.027 1.000 N NA
 3657386 3657387 SACE_6764 SACE_6765 alr   FALSE 0.155 226.000 0.042 NA N NA
 3657387 3657388 SACE_6765 SACE_6767   acpS TRUE 0.482 92.000 0.066 NA N NA
 3657388 3657389 SACE_6767 SACE_6768 acpS glmS TRUE 0.890 8.000 0.048 1.000 N NA
 3657393 3657394 SACE_6772 SACE_6773     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3657394 3657395 SACE_6773 SACE_6774     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657395 3657396 SACE_6774 SACE_6775     FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 3657396 3657397 SACE_6775 SACE_6776     FALSE 0.135 74.000 0.000 NA   NA
 3657397 3657398 SACE_6776 SACE_6777     FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3657398 3657399 SACE_6777 SACE_6778     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3657399 3657400 SACE_6778 SACE_6779   glmM FALSE 0.175 52.000 0.000 NA   NA
 3657400 3657401 SACE_6779 SACE_6780 glmM rpsI FALSE 0.384 150.000 0.068 1.000 N NA
 3657401 3657402 SACE_6780 SACE_6781 rpsI rplM TRUE 0.983 24.000 0.601 0.007 Y NA
 3657402 3657403 SACE_6781 SACE_6782 rplM   FALSE 0.010 421.000 0.000 NA   NA
 3657403 3657404 SACE_6782 SACE_6783     FALSE 0.136 73.000 0.000 NA   NA
 3657404 3657405 SACE_6783 SACE_6784   hscA FALSE 0.008 548.000 0.000 NA   NA
 3657405 3657406 SACE_6784 SACE_6785 hscA   FALSE 0.014 338.000 0.000 NA   NA
 3657406 3657407 SACE_6785 SACE_6786     FALSE 0.148 67.000 0.000 NA   NA
 3657407 3657408 SACE_6786 SACE_6787     FALSE 0.230 25.000 0.000 NA   NA
 3657408 3657409 SACE_6787 SACE_6788     FALSE 0.006 862.000 0.000 NA   NA
 3657410 3657411 SACE_6790 SACE_6791     FALSE 0.039 187.000 0.000 NA   NA
 3657413 3657414 SACE_6793 SACE_6794   mycP1 TRUE 0.876 54.000 0.667 NA   NA
 3657415 3657416 SACE_6795 SACE_6796 engXCA   TRUE 0.986 3.000 1.000 NA   NA
 3657416 3657417 SACE_6796 SACE_6797     FALSE 0.057 153.000 0.000 NA   NA
 3657418 3657419 SACE_6798 SACE_6799     TRUE 0.995 -3.000 0.667 NA   NA
 3657420 3657421 SACE_6800 SACE_6801   truA FALSE 0.012 374.000 0.000 NA   NA
 3657421 3657422 SACE_6801 SACE_6802 truA rplQ TRUE 0.918 21.000 0.102 1.000 Y NA
 3657422 3657423 SACE_6802 SACE_6803 rplQ   TRUE 0.916 51.000 0.873 1.000 N NA
 3657423 3657424 SACE_6803 SACE_6804   rpsD TRUE 0.688 146.000 0.549 1.000 N NA
 3657424 3657425 SACE_6804 SACE_6805 rpsD rpsK TRUE 0.981 24.000 0.509 0.009 Y NA
 3657425 3657426 SACE_6805 SACE_6806 rpsK rpsM TRUE 0.985 26.000 0.810 0.007 Y NA
 3657426 3657427 SACE_6806 SACE_6807 rpsM rpmJ TRUE 0.647 175.000 0.194 0.007   NA
 3657427 3657428 SACE_6807 SACE_6808 rpmJ infA TRUE 0.807 53.000 0.257 1.000   NA
 3657429 3657430 SACE_6809 SACE_6810     TRUE 0.597 177.000 0.000 0.001 Y NA
 3657431 3657432 SACE_6811 SACE_6812   adk TRUE 0.932 20.000 0.606 1.000 N NA
 3657432 3657433 SACE_6812 SACE_6813 adk secY FALSE 0.215 218.000 0.057 1.000 N NA
 3657433 3657434 SACE_6813 SACE_6814 secY   FALSE 0.007 621.000 0.000 NA   NA
 3657434 3657435 SACE_6814 SACE_6815     FALSE 0.164 58.000 0.000 NA   NA
 3657435 3657436 SACE_6815 SACE_6816     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3657436 3657437 SACE_6816 SACE_6817   rplO FALSE 0.008 509.000 0.000 NA   NA
 3657437 3657438 SACE_6817 SACE_6818 rplO rpmD TRUE 0.997 3.000 0.653 0.001 Y NA
 3657438 3657439 SACE_6818 SACE_6819 rpmD rpsE TRUE 0.997 3.000 0.789 0.009 Y NA
 3657439 3657440 SACE_6819 SACE_6820 rpsE rplR TRUE 0.983 34.000 0.814 0.009 Y NA
 3657440 3657441 SACE_6820 SACE_6821 rplR rplF TRUE 0.997 3.000 0.815 0.007 Y NA
 3657441 3657442 SACE_6821 SACE_6822 rplF rpsH TRUE 0.991 17.000 0.808 0.007 Y NA
 3657442 3657443 SACE_6822 SACE_6823 rpsH rpsN TRUE 0.818 223.000 0.473 0.007 Y NA
 3657443 3657444 SACE_6823 SACE_6824 rpsN rplE TRUE 0.995 5.000 0.496 0.007 Y NA
 3657444 3657445 SACE_6824 SACE_6825 rplE rplX TRUE 0.997 3.000 0.758 0.007 Y NA
 3657445 3657446 SACE_6825 SACE_6826 rplX rplN TRUE 0.998 0.000 0.810 0.009 Y NA
 3657446 3657447 SACE_6826 SACE_6827 rplN rpsQ TRUE 0.935 143.000 0.791 0.009 Y NA
 3657447 3657448 SACE_6827 SACE_6828 rpsQ rpmC TRUE 0.999 -3.000 0.828 0.007 Y NA
 3657448 3657449 SACE_6828 SACE_6829 rpmC rplP TRUE 0.998 0.000 0.802 0.007 Y NA
 3657449 3657450 SACE_6829 SACE_6830 rplP rpsC TRUE 0.997 4.000 0.828 0.009 Y NA
 3657450 3657451 SACE_6830 SACE_6831 rpsC rplV TRUE 0.998 0.000 0.719 0.009 Y NA
 3657451 3657452 SACE_6831 SACE_6832 rplV rpsS TRUE 0.961 91.000 0.769 0.009 Y NA
 3657452 3657453 SACE_6832 SACE_6833 rpsS rplB TRUE 0.989 19.000 0.820 0.009 Y NA
 3657453 3657454 SACE_6833 SACE_6834 rplB rplW TRUE 0.984 33.000 0.849 0.007 Y NA
 3657454 3657455 SACE_6834 SACE_6835 rplW rplD TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.007 Y NA
 3657455 3657456 SACE_6835 SACE_6836 rplD rplC TRUE 0.997 0.000 0.361 0.007 Y NA
 3657456 3657457 SACE_6836 SACE_6837 rplC rpsJ TRUE 0.985 18.000 0.467 0.009 Y NA
 3657457 3657458 SACE_6837 SACE_6838 rpsJ tufA FALSE 0.307 556.000 0.318 1.000 Y NA
 3657458 3657459 SACE_6838 SACE_6839 tufA fusA TRUE 0.921 129.000 0.400 0.001 Y NA
 3657459 3657460 SACE_6839 SACE_6840 fusA rpsG TRUE 0.927 76.000 0.579 1.000 Y NA
 3657460 3657461 SACE_6840 SACE_6841 rpsG rpsL TRUE 0.998 0.000 0.620 0.001 Y NA
 3657461 3657462 SACE_6841 SACE_6842 rpsL   FALSE 0.008 506.000 0.000 NA   NA
 3657462 3657463 SACE_6842 SACE_6843     FALSE 0.152 65.000 0.000 NA   NA
 3657463 3657464 SACE_6843 SACE_6844     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657464 3657465 SACE_6844 SACE_6845     TRUE 0.770 20.000 0.000 NA Y NA
 3657465 3657466 SACE_6845 SACE_6846   draG TRUE 0.697 35.000 0.000 NA Y NA
 3657466 3657467 SACE_6846 SACE_6847 draG   FALSE 0.067 129.000 0.000 NA   NA
 3657467 3657468 SACE_6847 SACE_6848     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657468 3657469 SACE_6848 SACE_6849     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3657473 3657474 SACE_6853 SACE_6854   rpoB TRUE 0.961 109.000 0.851 0.000 Y NA
 3657476 3657477 SACE_6856 SACE_6857     FALSE 0.184 41.000 0.000 NA   NA
 3657477 3657478 SACE_6857 SACE_6858     FALSE 0.189 38.000 0.000 NA   NA
 3657478 3657479 SACE_6858 SACE_6859   mce4E TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 3657479 3657480 SACE_6859 SACE_6860 mce4E mce4D TRUE 0.987 0.000 0.000 0.002 Y NA
 3657480 3657481 SACE_6860 SACE_6861 mce4D mce5C TRUE 0.984 21.000 0.500 0.002 Y NA
 3657481 3657482 SACE_6861 SACE_6862 mce5C mce5B TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.002 Y NA
 3657482 3657483 SACE_6862 SACE_6863 mce5B mce5A TRUE 0.999 -3.000 0.375 0.002 Y NA
 3657483 3657484 SACE_6863 SACE_6864 mce5A yrbE4B TRUE 0.997 -3.000 0.333 NA Y NA
 3657484 3657485 SACE_6864 SACE_6865 yrbE4B   TRUE 0.957 36.000 0.750 NA Y NA
 3657485 3657486 SACE_6865 SACE_6866     TRUE 0.973 -3.000 0.038 NA N NA
 3657486 3657487 SACE_6866 SACE_6867   rplL FALSE 0.109 250.000 0.006 1.000 N NA
 3657487 3657488 SACE_6867 SACE_6868 rplL rplJ TRUE 0.920 100.000 0.884 1.000 Y NA
 3657490 3657491 SACE_6870 SACE_6871 rplA rplK TRUE 0.968 85.000 0.838 0.009 Y NA
 3657491 3657492 SACE_6871 SACE_6872 rplK nusG TRUE 0.718 151.000 0.681 1.000 N NA
 3657492 3657493 SACE_6872 SACE_6873 nusG   TRUE 0.873 81.000 0.843 1.000 N NA
 3657493 3657494 SACE_6873 SACE_8042     FALSE 0.212 31.000 0.000 NA   NA
 3657496 3657497 SACE_6875 SACE_6876     TRUE 0.994 -3.000 0.148 0.046   NA
 3657497 3657498 SACE_6876 SACE_6877   rpmG FALSE 0.018 472.000 0.000 1.000 N NA
 3657498 3657499 SACE_6877 SACE_8043 rpmG   FALSE 0.162 59.000 0.000 NA   NA
 3657499 3657500 SACE_8043 SACE_8044     FALSE 0.135 74.000 0.000 NA   NA
 3657500 3657501 SACE_8044 SACE_6878     FALSE 0.119 83.000 0.000 NA   NA
 3657501 3657502 SACE_6878 SACE_6879     FALSE 0.029 321.000 0.000 1.000 N NA
 3657502 3657503 SACE_6879 SACE_6880     FALSE 0.155 63.000 0.000 NA   NA
 3657503 3657504 SACE_6880 SACE_6881     FALSE 0.187 39.000 0.000 NA   NA
 3657504 3657505 SACE_6881 SACE_8045     FALSE 0.009 496.000 0.000 NA   NA
 3657506 3657507 SACE_6882 SACE_6883   rfbA TRUE 0.489 37.000 0.005 NA   NA
 3657508 3657509 SACE_6884 SACE_6885     FALSE 0.085 174.000 0.000 1.000 N NA
 3657511 3657512 SACE_6887 SACE_6888     FALSE 0.016 306.000 0.000 NA   NA
 3657512 3657513 SACE_6888 SACE_6889   nuoN TRUE 0.753 49.000 0.142 1.000 N NA
 3657513 3657514 SACE_6889 SACE_6890 nuoN nuoM TRUE 0.995 3.000 0.257 0.001 Y NA
 3657514 3657515 SACE_6890 SACE_6891 nuoM nuoL TRUE 0.961 71.000 0.373 0.001 Y NA
 3657515 3657516 SACE_6891 SACE_6892 nuoL nuoK TRUE 0.988 20.000 0.790 0.003 Y NA
 3657516 3657517 SACE_6892 SACE_6893 nuoK nuoJ TRUE 0.999 -3.000 0.306 0.001 Y NA
 3657517 3657518 SACE_6893 SACE_6894 nuoJ nuoI TRUE 0.998 -3.000 0.210 0.003 Y NA
 3657518 3657519 SACE_6894 SACE_6895 nuoI nuoH TRUE 0.999 -13.000 0.221 0.003 Y NA
 3657519 3657520 SACE_6895 SACE_6896 nuoH nuoG TRUE 0.998 -3.000 0.151 0.003 Y NA
 3657520 3657521 SACE_6896 SACE_6897 nuoG nuoF TRUE 0.999 -3.000 0.753 0.003 Y NA
 3657521 3657522 SACE_6897 SACE_6898 nuoF nuoE TRUE 0.988 9.000 0.163 0.003 Y NA
 3657522 3657523 SACE_6898 SACE_6899 nuoE nuoD TRUE 0.990 6.000 0.161 0.003 Y NA
 3657523 3657524 SACE_6899 SACE_6900 nuoD nuoC TRUE 0.965 44.000 0.299 0.003 Y NA
 3657524 3657525 SACE_6900 SACE_6901 nuoC nuoB TRUE 0.996 6.000 0.691 0.001 Y NA
 3657525 3657526 SACE_6901 SACE_6902 nuoB nuoA TRUE 0.980 29.000 0.498 0.001 Y NA
 3657526 3657527 SACE_6902 SACE_6903 nuoA   TRUE 0.663 163.000 0.140 1.000 Y NA
 3657527 3657528 SACE_6903 SACE_6904   ubiE FALSE 0.041 898.000 0.026 1.000 N NA
 3657528 3657529 SACE_6904 SACE_6905 ubiE   FALSE 0.127 237.000 0.013 1.000 N NA
 3657531 3657532 SACE_6908 SACE_6909   paaC,ydbP FALSE 0.049 167.000 0.000 NA   NA
 3657532 3657533 SACE_6909 SACE_6910 paaC,ydbP   FALSE 0.014 343.000 0.000 NA   NA
 3657535 3657536 SACE_6912 SACE_6913   menD FALSE 0.255 144.000 0.008 1.000   NA
 3657539 3657540 SACE_6916 SACE_6917 menE menA FALSE 0.453 119.000 0.075 1.000 N NA
 3657540 3657541 SACE_6917 SACE_6918 menA   FALSE 0.158 61.000 0.000 NA   NA
 3657542 3657543 SACE_6919 SACE_6920     FALSE 0.238 23.000 0.000 NA   NA
 3657543 3657544 SACE_6920 SACE_6921     FALSE 0.203 34.000 0.000 NA   NA
 3657544 3657545 SACE_6921 SACE_6922     FALSE 0.385 13.000 0.000 NA   NA
 3657545 3657546 SACE_6922 SACE_6923     FALSE 0.015 308.000 0.000 NA   NA
 3657546 3657547 SACE_6923 SACE_6924     FALSE 0.187 39.000 0.000 NA   NA
 3657547 3657548 SACE_6924 SACE_6925     FALSE 0.196 36.000 0.000 NA   NA
 3657552 3657553 SACE_6929 SACE_6930   ccsB FALSE 0.046 238.000 0.000 1.000 N NA
 3657553 3657554 SACE_6930 SACE_6931 ccsB   TRUE 0.981 0.000 0.049 NA Y NA
 3657554 3657555 SACE_6931 SACE_6932   ccdA TRUE 0.981 0.000 0.049 NA Y NA
 3657555 3657556 SACE_6932 SACE_6933 ccdA ccsX FALSE 0.161 281.000 0.000 1.000 Y NA
 3657556 3657557 SACE_6933 SACE_6934 ccsX   TRUE 0.846 9.000 0.035 NA N NA
 3657557 3657558 SACE_6934 SACE_6935   hemL TRUE 0.988 -3.000 0.204 NA N NA
 3657558 3657559 SACE_6935 SACE_6936 hemL   FALSE 0.207 156.000 0.013 NA   NA
 3657559 3657560 SACE_6936 SACE_6937     FALSE 0.366 14.000 0.000 NA   NA
 3657560 3657561 SACE_6937 SACE_6938     FALSE 0.036 196.000 0.000 NA   NA
 3657561 3657562 SACE_6938 SACE_6939     TRUE 0.870 -13.000 0.000 NA   NA
 3657562 3657563 SACE_6939 SACE_6940     FALSE 0.119 83.000 0.000 NA   NA
 3657563 3657564 SACE_6940 SACE_6941     FALSE 0.033 206.000 0.000 NA   NA
 3657564 3657565 SACE_6941 SACE_6942     FALSE 0.088 102.000 0.000 NA   NA
 3657565 3657566 SACE_6942 SACE_6943   hemB TRUE 0.868 -21.000 0.000 NA   NA
 3657566 3657567 SACE_6943 SACE_6944 hemB hemD FALSE 0.289 1079.000 0.429 1.000 Y NA
 3657567 3657568 SACE_6944 SACE_6945 hemD hemC TRUE 0.904 19.000 0.044 1.000 Y NA
 3657568 3657569 SACE_6945 SACE_6946 hemC hemA TRUE 0.998 -3.000 0.178 0.001 Y NA
 3657569 3657570 SACE_6946 SACE_6947 hemA   TRUE 0.992 -3.000 0.048 0.021   NA
 3657570 3657571 SACE_6947 SACE_6949     FALSE 0.040 1174.000 0.054 NA   NA
 3657571 3657572 SACE_6949 SACE_6950     FALSE 0.445 72.000 0.022 NA   NA
 3657573 3657574 SACE_6951 SACE_6952   serB FALSE 0.110 149.000 0.000 1.000 N NA
 3657575 3657576 SACE_6953 SACE_6954   clpA FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3657576 3657577 SACE_6954 SACE_6955 clpA   FALSE 0.019 437.000 0.000 1.000 N NA
 3657577 3657578 SACE_6955 SACE_6956   galE TRUE 0.930 26.000 0.796 1.000 N NA
 3657578 3657579 SACE_6956 SACE_6957 galE   FALSE 0.255 300.000 0.356 NA   NA
 3657579 3657580 SACE_6957 SACE_6958     FALSE 0.368 180.000 0.178 NA   NA
 3657580 3657581 SACE_6958 SACE_6959   proC FALSE 0.024 336.000 0.000 1.000   NA
 3657583 3657584 SACE_6961 SACE_6962     FALSE 0.263 146.000 0.025 NA N NA
 3657584 3657585 SACE_6962 SACE_6963     FALSE 0.050 164.000 0.000 NA   NA
 3657585 3657586 SACE_6963 SACE_6964   ppx1 TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657586 3657587 SACE_6964 SACE_6965 ppx1 regX3 FALSE 0.036 998.000 0.033 NA N NA
 3657587 3657588 SACE_6965 SACE_6966 regX3   TRUE 0.997 -3.000 0.437 1.000 Y NA
 3657588 3657589 SACE_6966 SACE_6967   gpmA FALSE 0.223 288.000 0.196 1.000 N NA
 3657589 3657590 SACE_6967 SACE_6968 gpmA   FALSE 0.198 87.000 0.000 1.000 N NA
 3657590 3657591 SACE_6968 SACE_6969     FALSE 0.008 568.000 0.000 NA   NA
 3657591 3657592 SACE_6969 SACE_6970     FALSE 0.349 90.000 0.015 NA   NA
 3657592 3657593 SACE_6970 SACE_6971     TRUE 0.994 -3.000 0.541 NA   NA
 3657593 3657594 SACE_6971 SACE_6972     FALSE 0.059 213.000 0.000 1.000 N NA
 3657594 3657595 SACE_6972 SACE_6973     TRUE 0.982 -126.000 0.000 0.042   NA
 3657599 3657600 SACE_6977 SACE_6978   murB FALSE 0.404 84.000 0.006 1.000   NA
 3657601 3657602 SACE_6979 SACE_6980     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3657602 3657603 SACE_6980 SACE_6981     FALSE 0.267 20.000 0.000 NA   NA
 3657603 3657604 SACE_6981 SACE_6982   purU FALSE 0.414 90.000 0.039 NA   NA
 3657606 3657607 SACE_6984 SACE_6985     TRUE 0.942 2.000 0.091 NA   NA
 3657608 3657609 SACE_6986 SACE_6987     FALSE 0.226 26.000 0.000 NA   NA
 3657609 3657610 SACE_6987 SACE_6988     TRUE 0.963 0.000 0.127 NA   NA
 3657610 3657611 SACE_6988 SACE_6989   tolA TRUE 0.789 53.000 0.270 NA   NA
 3657611 3657612 SACE_6989 SACE_6990 tolA   TRUE 0.953 6.000 0.282 NA   NA
 3657612 3657613 SACE_6990 SACE_6991     FALSE 0.009 456.000 0.000 NA   NA
 3657613 3657614 SACE_6991 SACE_6992     FALSE 0.280 19.000 0.000 NA   NA
 3657618 3657619 SACE_6996 SACE_6997     TRUE 0.986 -3.000 0.167 NA   NA
 3657619 3657620 SACE_6997 SACE_6998     FALSE 0.015 320.000 0.000 NA   NA
 3657620 3657621 SACE_6998 SACE_6999     TRUE 0.773 85.000 0.400 1.000   NA
 3657625 3657626 SACE_7003 SACE_7004     FALSE 0.123 80.000 0.000 NA   NA
 3657626 3657627 SACE_7004 SACE_7006     FALSE 0.011 863.000 0.000 1.000   NA
 3657628 3657629 SACE_7007 SACE_7008     FALSE 0.013 352.000 0.000 NA   NA
 3657631 3657632 SACE_7010 SACE_7011     FALSE 0.008 527.000 0.000 NA   NA
 3657632 3657633 SACE_7011 SACE_7012     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3657633 3657634 SACE_7012 SACE_7013     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3657634 3657635 SACE_7013 SACE_7014     FALSE 0.178 50.000 0.000 NA   NA
 3657635 3657636 SACE_7014 SACE_7015     FALSE 0.280 19.000 0.000 NA   NA
 3657636 3657637 SACE_7015 SACE_7016     FALSE 0.179 47.000 0.000 NA   NA
 3657637 3657638 SACE_7016 SACE_7017     FALSE 0.171 54.000 0.000 NA   NA
 3657638 3657639 SACE_7017 SACE_7018     FALSE 0.200 35.000 0.000 NA   NA
 3657639 3657640 SACE_7018 SACE_7019     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3657640 3657641 SACE_7019 SACE_7020     FALSE 0.102 91.000 0.000 NA   NA
 3657641 3657642 SACE_7020 SACE_7021     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3657642 3657643 SACE_7021 SACE_7022     FALSE 0.233 24.000 0.000 NA   NA
 3657643 3657644 SACE_7022 SACE_7023     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657644 3657645 SACE_7023 SACE_7024     FALSE 0.102 142.000 0.000 1.000   NA
 3657645 3657646 SACE_7024 SACE_7025     FALSE 0.219 28.000 0.000 NA   NA
 3657646 3657647 SACE_7025 SACE_7026     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3657647 3657648 SACE_7026 SACE_7027     FALSE 0.113 86.000 0.000 NA   NA
 3657648 3657649 SACE_7027 SACE_7028     FALSE 0.192 37.000 0.000 NA   NA
 3657649 3657650 SACE_7028 SACE_7029     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3657650 3657651 SACE_7029 SACE_7030     FALSE 0.207 33.000 0.000 NA   NA
 3657651 3657652 SACE_7030 SACE_7031     TRUE 0.991 -3.000 0.333 NA   NA
 3657652 3657653 SACE_7031 SACE_7032   int TRUE 0.978 12.000 0.500 0.048   NA
 3657654 3657655 SACE_8046 SACE_8047     FALSE 0.212 31.000 0.000 NA   NA
 3657655 3657656 SACE_8047 SACE_8048     FALSE 0.314 17.000 0.000 NA   NA
 3657656 3657657 SACE_8048 SACE_7033   cprA FALSE 0.012 367.000 0.000 NA   NA
 3657657 3657658 SACE_7033 SACE_7034 cprA   FALSE 0.020 263.000 0.000 NA   NA
 3657659 3657660 SACE_7035 SACE_7036     FALSE 0.017 434.000 0.000 1.000   NA
 3657661 3657662 SACE_7037 SACE_7038 acdH   TRUE 0.987 2.000 0.190 1.000 Y NA
 3657662 3657663 SACE_7038 SACE_7039   accD1 TRUE 0.903 34.000 0.136 1.000 Y NA
 3657664 3657665 SACE_7040 SACE_7041   ctaD FALSE 0.158 103.000 0.000 1.000 N NA
 3657665 3657666 SACE_7041 SACE_7042 ctaD   FALSE 0.056 217.000 0.000 1.000 N NA
 3657666 3657667 SACE_7042 SACE_7043     TRUE 0.823 57.000 0.000 0.062 Y NA
 3657671 3657672 SACE_7047 SACE_7048     FALSE 0.198 79.000 0.000 1.000   NA
 3657673 3657674 SACE_7049 SACE_7050     FALSE 0.247 60.000 0.000 1.000   NA
 3657674 3657675 SACE_7050 SACE_7051     FALSE 0.016 471.000 0.000 1.000   NA
 3657678 3657679 SACE_7054 SACE_7055     FALSE 0.012 378.000 0.000 NA   NA
 3657683 3657684 SACE_7059 SACE_7060 yesE,yeeL   TRUE 0.988 -12.000 0.120 1.000   NA
 3657684 3657685 SACE_7060 SACE_7061     FALSE 0.011 410.000 0.000 NA   NA
 3657685 3657686 SACE_7061 SACE_7062     FALSE 0.185 40.000 0.000 NA   NA
 3657686 3657687 SACE_7062 SACE_7063     TRUE 0.960 9.000 0.000 0.013 Y NA
 3657689 3657690 SACE_7065 SACE_7066 agaB2   FALSE 0.421 18.000 0.000 1.000   NA
 3657690 3657691 SACE_7066 SACE_7067   aroH FALSE 0.156 94.000 0.000 1.000   NA
 3657691 3657692 SACE_7067 SACE_7068 aroH   FALSE 0.096 163.000 0.000 1.000 N NA
 3657694 3657695 SACE_7070 SACE_7071     FALSE 0.113 86.000 0.000 NA   NA
 3657695 3657696 SACE_7071 SACE_7072     FALSE 0.016 299.000 0.000 NA   NA
 3657698 3657699 SACE_7074 SACE_7075     FALSE 0.153 64.000 0.000 NA   NA
 3657700 3657701 SACE_7076 SACE_7077     FALSE 0.060 145.000 0.000 NA   NA
 3657703 3657704 SACE_7079 SACE_7080     FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 3657706 3657707 SACE_8049 SACE_7083     FALSE 0.048 168.000 0.000 NA   NA
 3657710 3657711 SACE_7086 SACE_7087     TRUE 0.737 11.000 0.002 NA   NA
 3657711 3657712 SACE_7087 SACE_7088     FALSE 0.014 326.000 0.000 NA   NA
 3657712 3657713 SACE_7088 SACE_7090     FALSE 0.007 1265.000 0.000 NA N NA
 3657713 3657714 SACE_7090 SACE_7091     FALSE 0.097 109.000 0.000 NA N NA
 3657714 3657715 SACE_7091 SACE_7092     FALSE 0.057 152.000 0.000 NA   NA
 3657715 3657716 SACE_7092 SACE_7093     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3657719 3657720 SACE_7096 SACE_7097 pstB pstA TRUE 0.987 16.000 0.373 0.001 Y NA
 3657720 3657721 SACE_7097 SACE_7098 pstA   TRUE 0.997 -3.000 0.063 0.001 Y NA
 3657721 3657722 SACE_7098 SACE_7099   phoS2 TRUE 0.635 262.000 0.111 0.001 Y NA
 3657722 3657723 SACE_7099 SACE_7100 phoS2 mshD FALSE 0.042 233.000 0.000 1.000   NA
 3657723 3657724 SACE_7100 SACE_7101 mshD glnR FALSE 0.413 180.000 0.196 1.000   NA
 3657725 3657726 SACE_7102 SACE_7103     TRUE 0.536 89.000 0.097 NA   NA
 3657726 3657727 SACE_7103 SACE_7104   trxA4 TRUE 0.992 -3.000 0.371 NA   NA
 3657727 3657728 SACE_7104 SACE_7105 trxA4   FALSE 0.009 467.000 0.000 NA   NA
 3657728 3657729 SACE_7105 SACE_7106   cysA3 TRUE 0.742 30.000 0.114 NA   NA
 3657729 3657730 SACE_7106 SACE_7107 cysA3   TRUE 0.981 3.000 0.557 1.000   NA
 3657732 3657733 SACE_7109 SACE_7110     FALSE 0.222 27.000 0.000 NA   NA
 3657735 3657736 SACE_7112 SACE_7113     TRUE 0.862 9.000 0.036 1.000   NA
 3657736 3657737 SACE_7113 SACE_7114     FALSE 0.329 107.000 0.011 1.000   NA
 3657737 3657738 SACE_7114 SACE_7115   amfC TRUE 0.667 68.000 0.143 NA   NA
 3657738 3657739 SACE_7115 SACE_7116 amfC   TRUE 0.749 53.000 0.200 NA   NA
 3657739 3657740 SACE_7116 SACE_7117     FALSE 0.135 86.000 0.000 NA N NA
 3657744 3657745 SACE_7122 SACE_7123     FALSE 0.109 88.000 0.000 NA   NA
 3657746 3657747 SACE_7124 SACE_7125 purM purF TRUE 0.764 140.000 0.248 1.000 Y NA
 3657747 3657748 SACE_7125 SACE_7126 purF   FALSE 0.065 133.000 0.000 NA   NA
 3657748 3657749 SACE_7126 SACE_7127     FALSE 0.007 606.000 0.000 NA   NA
 3657751 3657752 SACE_7129 SACE_7130     FALSE 0.344 15.000 0.000 NA   NA
 3657754 3657755 SACE_7132 SACE_7133   aprE FALSE 0.027 301.000 0.000 1.000   NA
 3657755 3657756 SACE_7133 SACE_7134 aprE   FALSE 0.022 250.000 0.000 NA   NA
 3657757 3657758 SACE_7135 SACE_7136     FALSE 0.009 480.000 0.000 NA   NA
 3657760 3657761 SACE_7138 SACE_7139     FALSE 0.238 23.000 0.000 NA   NA
 3657764 3657765 SACE_7142 SACE_7143 purL purQ TRUE 0.999 -3.000 0.346 0.000 Y NA
 3657765 3657766 SACE_7143 SACE_7144 purQ purS TRUE 0.999 -3.000 0.656 0.000 Y NA
 3657767 3657768 SACE_7145 SACE_7146     FALSE 0.070 123.000 0.000 NA   NA
 3657768 3657769 SACE_7146 SACE_7147     TRUE 0.625 74.000 0.087 1.000   NA
 3657770 3657771 SACE_7148 SACE_7149     FALSE 0.077 113.000 0.000 NA   NA
 3657771 3657772 SACE_7149 SACE_7150   purC FALSE 0.150 182.000 0.006 NA   NA
 3657773 3657774 SACE_7151 SACE_7152     FALSE 0.068 127.000 0.000 NA   NA
 3657775 3657776 SACE_7153 SACE_7154 purB,adsL   FALSE 0.012 1045.000 0.000 1.000 N NA
 3657777 3657778 SACE_7155 SACE_7156     FALSE 0.085 105.000 0.000 NA   NA
 3657778 3657779 SACE_7156 SACE_7157     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 3657780 3657781 SACE_7158 SACE_7159     TRUE 0.723 43.000 0.103 1.000   NA
 3657781 3657782 SACE_7159 SACE_7160     FALSE 0.010 426.000 0.000 NA   NA
 3657782 3657783 SACE_7160 SACE_7161     TRUE 0.943 15.000 0.600 NA   NA
 3657784 3657785 SACE_7162 SACE_7163 ltaE   TRUE 0.704 42.000 0.086 1.000   NA
 3657786 3657787 SACE_7164 SACE_7165   aspB FALSE 0.045 174.000 0.000 NA   NA
 3657787 3657788 SACE_7165 SACE_7166 aspB   FALSE 0.016 292.000 0.000 NA   NA
 3657788 3657789 SACE_7166 SACE_7167     FALSE 0.450 10.000 0.000 NA   NA
 3657789 3657790 SACE_7167 SACE_7168   purD FALSE 0.028 220.000 0.000 NA   NA
 3657791 3657792 SACE_7169 SACE_7170 glpQ nha FALSE 0.123 131.000 0.000 1.000 N NA
 3657793 3657794 SACE_7171 SACE_7172     FALSE 0.057 153.000 0.000 NA   NA
 3657794 3657795 SACE_7172 SACE_7173   purA FALSE 0.139 115.000 0.000 1.000 N NA
 3657796 3657797 SACE_7174 SACE_7175     FALSE 0.062 141.000 0.000 NA   NA
 3657799 3657800 SACE_7177 SACE_7178     FALSE 0.117 84.000 0.000 NA   NA
 3657801 3657802 SACE_7179 SACE_7180   fba,fda FALSE 0.415 95.000 0.047 NA   NA
 3657802 3657803 SACE_7180 SACE_7181 fba,fda   FALSE 0.032 209.000 0.000 NA   NA
 3657804 3657805 SACE_7182 SACE_7183   nagC4 FALSE 0.184 257.000 0.000 1.000 Y NA
 3657805 3657806 SACE_7183 SACE_7184 nagC4 nagA TRUE 0.996 -3.000 0.214 1.000 Y NA
 3657806 3657807 SACE_7184 SACE_7185 nagA   FALSE 0.073 119.000 0.000 NA   NA
 3657807 3657808 SACE_7185 SACE_7186     FALSE 0.064 136.000 0.000 NA   NA
 3657809 3657810 SACE_7187 SACE_7188     TRUE 0.704 0.000 0.000 NA   NA
 3657810 3657811 SACE_7188 SACE_7189   pyrE FALSE 0.243 22.000 0.000 NA   NA
 3657811 3657812 SACE_7189 SACE_7190 pyrE   TRUE 0.674 23.000 0.028 1.000   NA
 3657812 3657813 SACE_7190 SACE_7191     TRUE 0.867 33.000 0.438 NA   NA
 3657813 3657814 SACE_7191 SACE_7192     FALSE 0.104 90.000 0.000 NA   NA
 3657814 3657815 SACE_7192 SACE_7193     FALSE 0.089 101.000 0.000 NA   NA
 3657815 3657816 SACE_7193 SACE_7194     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657816 3657817 SACE_7194 SACE_7195   ytrA TRUE 0.619 10.000 0.000 1.000 N NA
 3657817 3657818 SACE_7195 SACE_7196 ytrA   FALSE 0.248 195.000 0.000 0.042   NA
 3657818 3657819 SACE_7196 SACE_7197     FALSE 0.054 535.000 0.000 0.069   NA
 3657821 3657822 SACE_7199 SACE_7200 clpB   FALSE 0.061 196.000 0.000 1.000   NA
 3657822 3657823 SACE_7200 SACE_7201     TRUE 0.895 12.000 0.000 0.000   NA
 3657823 3657824 SACE_7201 SACE_7202     TRUE 0.982 -75.000 0.000 0.044   NA
 3657824 3657825 SACE_7202 SACE_7203     TRUE 0.804 0.000 0.000 1.000   NA
 3657825 3657826 SACE_7203 SACE_7204     FALSE 0.165 592.000 0.000 0.042 Y NA
 3657826 3657827 SACE_7204 SACE_7205     FALSE 0.042 232.000 0.000 1.000   NA
 3657829 3657830 SACE_7207 SACE_7208 hspR dnaJ TRUE 0.934 4.000 0.074 1.000 N NA
 3657830 3657831 SACE_7208 SACE_7209 dnaJ grpE TRUE 0.953 25.000 0.068 0.003 Y NA
 3657831 3657832 SACE_7209 SACE_7210 grpE dnaK TRUE 0.938 51.000 0.074 0.003 Y NA
 3657832 3657833 SACE_7210 SACE_7211 dnaK   FALSE 0.018 274.000 0.000 NA   NA
 3657835 3657836 SACE_7213 SACE_7214 ybjK   TRUE 0.905 -3.000 0.000 1.000   NA
 3657840 3657841 SACE_7218 SACE_7219     FALSE 0.077 113.000 0.000 NA   NA
 3657843 3657844 SACE_7221 SACE_7222     FALSE 0.009 486.000 0.000 NA   NA
 3657844 3657845 SACE_7222 SACE_7223     FALSE 0.018 413.000 0.000 1.000   NA
 3657845 3657846 SACE_7223 SACE_7224   dcd FALSE 0.029 314.000 0.000 1.000 N NA
 3657849 3657850 SACE_7226 SACE_7227     FALSE 0.060 146.000 0.000 NA   NA
 3657850 3657851 SACE_7227 SACE_7228     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657853 3657854 SACE_7230 SACE_7231     FALSE 0.212 31.000 0.000 NA   NA
 3657855 3657856 SACE_7232 SACE_7233     FALSE 0.061 143.000 0.000 NA   NA
 3657857 3657858 SACE_7234 SACE_7235     FALSE 0.093 98.000 0.000 NA   NA
 3657859 3657860 SACE_7236 SACE_7237     TRUE 0.585 73.000 0.000 0.046 N NA
 3657860 3657861 SACE_7237 SACE_7238     TRUE 0.979 -3.000 0.077 NA   NA
 3657861 3657862 SACE_7238 SACE_7239     TRUE 0.890 8.000 0.077 NA   NA
 3657862 3657863 SACE_7239 SACE_7240     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657863 3657864 SACE_7240 SACE_7241   tipA FALSE 0.280 19.000 0.000 NA   NA
 3657870 3657871 SACE_7247 SACE_7248     FALSE 0.434 11.000 0.000 NA   NA
 3657871 3657872 SACE_7248 SACE_7249     FALSE 0.014 329.000 0.000 NA   NA
 3657872 3657873 SACE_7249 SACE_7250     TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.013 Y NA
 3657874 3657875 SACE_7251 SACE_7252 phnL   TRUE 0.969 12.000 0.811 1.000   NA
 3657875 3657876 SACE_7252 SACE_7253     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3657876 3657877 SACE_7253 SACE_7254     FALSE 0.058 150.000 0.000 NA   NA
 3657878 3657879 SACE_7255 SACE_7256 nos   FALSE 0.022 355.000 0.000 1.000   NA
 3657879 3657880 SACE_7256 SACE_7257     FALSE 0.098 225.000 0.004 NA   NA
 3657882 3657883 SACE_7259 SACE_7260     TRUE 0.971 2.000 0.300 NA   NA
 3657883 3657884 SACE_7260 SACE_7261     FALSE 0.071 179.000 0.000 1.000   NA
 3657884 3657885 SACE_7261 SACE_7262     FALSE 0.233 66.000 0.000 1.000   NA
 3657885 3657886 SACE_7262 SACE_7263     TRUE 0.992 11.000 0.500 0.013 Y NA
 3657887 3657888 SACE_7264 SACE_7265     TRUE 0.879 36.000 0.556 NA   NA
 3657888 3657889 SACE_7265 SACE_7266     FALSE 0.019 265.000 0.000 NA   NA
 3657889 3657890 SACE_7266 SACE_7267     TRUE 0.752 137.000 0.800 1.000   NA
 3657890 3657891 SACE_7267 SACE_7268     TRUE 0.844 26.000 0.235 1.000   NA
 3657893 3657894 SACE_7270 SACE_7271     TRUE 0.846 -3.000 0.000 NA   NA
 3657894 3657895 SACE_7271 SACE_7272     FALSE 0.078 111.000 0.000 NA   NA
 3657895 3657896 SACE_7272 SACE_7273     FALSE 0.120 82.000 0.000 NA   NA
 3657896 3657897 SACE_7273 SACE_7274   pckA FALSE 0.012 377.000 0.000 NA   NA
 3657897 3657898 SACE_7274 SACE_7275 pckA   FALSE 0.016 294.000 0.000 NA   NA
 3657899 3657900 SACE_7276 SACE_7277 slpE   FALSE 0.072 178.000 0.000 1.000   NA
 3657900 3657901 SACE_7277 SACE_7278     TRUE 0.997 3.000 0.818 0.042 Y NA
 3657901 3657902 SACE_7278 SACE_7279     TRUE 0.998 0.000 0.857 0.042 Y NA
 3657904 3657905 SACE_7281 SACE_7282     FALSE 0.150 66.000 0.000 NA   NA
 3657905 3657906 SACE_7282 SACE_7283     FALSE 0.055 156.000 0.000 NA   NA
 3657906 3657907 SACE_7283 SACE_7284     FALSE 0.081 395.000 0.062 NA   NA
 3657907 3657908 SACE_7284 SACE_7285     TRUE 0.979 12.000 0.406 1.000 Y NA
 3657908 3657909 SACE_7285 SACE_7286     TRUE 0.908 109.000 0.304 0.042 Y NA
 3657910 3657911 SACE_7287 SACE_7288     FALSE 0.021 253.000 0.000 NA   NA
 3657912 3657913 SACE_7289 SACE_7290   nosF TRUE 0.808 27.000 0.208 NA   NA
 3657913 3657914 SACE_7290 SACE_7291 nosF dapE FALSE 0.123 131.000 0.000 1.000 N NA
 3657914 3657915 SACE_7291 SACE_7292 dapE   FALSE 0.145 69.000 0.000 NA   NA
 3657915 3657916 SACE_7292 SACE_7293     TRUE 0.576 4.000 0.000 NA   NA
 3657917 3657918 SACE_7294 SACE_7295   pdhB2 TRUE 0.998 0.000 0.917 0.002 Y NA
 3657918 3657919 SACE_7295 SACE_7296 pdhB2 bkdC1 TRUE 0.993 12.000 0.860 0.075 Y NA
 3657920 3657921 SACE_7297 SACE_7298 tnp   FALSE 0.153 64.000 0.000 NA   NA
 3657921 3657922 SACE_7298 SACE_7299     FALSE 0.077 113.000 0.000 NA   NA
 3657922 3657923 SACE_7299 SACE_7300     FALSE 0.130 76.000 0.000 NA   NA
 3657925 3657926 SACE_7302 SACE_7303   fabG TRUE 0.751 2.000 0.000 1.000   NA
 3657929 3657930 SACE_7306 SACE_7307     TRUE 0.996 -7.000 0.800 NA   NA
 3657930 3657931 SACE_7307 SACE_7308     FALSE 0.033 207.000 0.000 NA   NA
 3657931 3657932 SACE_7308 SACE_7309     FALSE 0.013 350.000 0.000 NA   NA
 3657932 3657933 SACE_7309 SACE_7310     FALSE 0.064 136.000 0.000 NA   NA
 3657934 3657935 SACE_7311 SACE_7312     FALSE 0.042 181.000 0.000 NA   NA
 3657935 3657936 SACE_7312 SACE_7313     FALSE 0.035 200.000 0.000 NA   NA
 3657936 3657937 SACE_7313 SACE_7314     TRUE 0.994 -3.000 0.607 NA   NA
 3657938 3657939 SACE_7315 SACE_7316     FALSE 0.095 96.000 0.000 NA   NA
 3657941 3657942 SACE_7318 SACE_7319   groES2 TRUE 0.585 51.000 0.027 1.000   NA
 3657942 3657943 SACE_7319 SACE_7320 groES2   FALSE 0.075 141.000 0.000 NA N NA
 3657944 3657945 SACE_7321 SACE_7322     FALSE 0.065 133.000 0.000 NA   NA
 3657946 3657947 SACE_7323 SACE_7324   ppsII FALSE 0.389 22.000 0.000 1.000 N NA
 3657947 3657948 SACE_7324 SACE_7325 ppsII   TRUE 0.570 11.000 0.000 1.000   NA
 3657949 3657950 SACE_7326 SACE_7328     FALSE 0.006 1334.000 0.000 NA   NA
 3657950 3657951 SACE_7328 SACE_7330     FALSE 0.006 1603.000 0.000 NA   NA
 3657953 3657954 SACE_7332 SACE_7333     FALSE 0.337 130.000 0.000 0.069   NA
 3657956 3657957 SACE_7335 SACE_7336 hemK1   FALSE 0.035 275.000 0.000 1.000 N NA
 3657957 3657958 SACE_7336 SACE_7337     TRUE 0.872 33.000 0.000 0.042 Y NA
 3657959 3657960 SACE_7338 SACE_7339     TRUE 0.544 12.000 0.000 1.000   NA
 3657961 3657962 SACE_7340 SACE_7341     FALSE 0.280 19.000 0.000 NA   NA
 3657963 3657964 SACE_7342 SACE_7343     FALSE 0.221 71.000 0.000 1.000   NA
 3657966 3657967 SACE_7345 SACE_7346     FALSE 0.072 120.000 0.000 NA   NA
 3657968 3657969 SACE_7347 SACE_7348 dnaB rplI FALSE 0.041 617.000 0.012 1.000 N NA
 3657969 3657970 SACE_7348 SACE_7349 rplI rpsR TRUE 0.982 21.000 0.499 0.007 Y NA
 3657970 3657971 SACE_7349 SACE_7350 rpsR ssb TRUE 0.608 51.000 0.030 1.000 N NA
 3657971 3657972 SACE_7350 SACE_7351 ssb rpsF TRUE 0.486 84.000 0.029 1.000 N NA
 3657972 3657973 SACE_7351 SACE_7352 rpsF   FALSE 0.165 162.000 0.002 NA   NA
 3657974 3657975 SACE_7353 SACE_7354 end   FALSE 0.328 89.000 0.006 NA   NA
 3657976 3657977 SACE_7355 SACE_7356   pbp1A FALSE 0.413 105.000 0.061 NA   NA
 3657977 3657978 SACE_7356 SACE_7357 pbp1A   FALSE 0.085 104.000 0.000 NA   NA
 3657979 3657980 SACE_7358 SACE_7359   ino1 TRUE 0.919 21.000 0.608 NA N NA
 3657983 3657984 SACE_7362 SACE_7363     FALSE 0.027 226.000 0.000 NA   NA
 3657987 3657988 SACE_7366 SACE_7367     TRUE 0.998 -3.000 0.906 1.000 Y NA
 3657993 3657994 SACE_7372 SACE_7373   leuS FALSE 0.082 177.000 0.000 1.000 N NA
 3657994 3657995 SACE_7373 SACE_7374 leuS   FALSE 0.062 194.000 0.000 1.000   NA
 3657997 3657998 SACE_7376 SACE_7377   pcnA FALSE 0.246 144.000 0.017 NA N NA
 3657999 3658000 SACE_7378 SACE_7379     TRUE 0.898 18.000 0.351 NA   NA
 3658000 3658001 SACE_7379 SACE_7380     TRUE 0.812 64.000 0.411 NA   NA
 3658001 3658002 SACE_7380 SACE_7381     TRUE 0.483 97.000 0.086 NA   NA
 3658002 3658003 SACE_7381 SACE_7382   sigT FALSE 0.277 181.000 0.082 NA   NA
 3658003 3658004 SACE_7382 SACE_7383 sigT   TRUE 0.794 48.000 0.265 NA   NA
 3658004 3658005 SACE_7383 SACE_7384   trxB FALSE 0.152 192.000 0.015 NA   NA
 3658005 3658006 SACE_7384 SACE_7385 trxB trxB TRUE 0.937 33.000 0.025 0.001 Y NA
 3658006 3658007 SACE_7385 SACE_7386 trxB cwlM FALSE 0.232 310.000 0.237 1.000 N NA
 3658009 3658010 SACE_7388 SACE_7389 avtA ddlA TRUE 0.671 99.000 0.053 0.061 N NA
 3658011 3658012 SACE_7390 SACE_7391 parB parA TRUE 0.639 198.000 0.827 1.000 N NA
 3658012 3658013 SACE_7391 SACE_7392 parA gidB TRUE 0.676 111.000 0.339 1.000 N NA
 3658013 3658014 SACE_7392 SACE_7393 gidB   FALSE 0.076 504.000 0.070 1.000   NA
 3658014 3658015 SACE_7393 SACE_7394     TRUE 0.574 34.000 0.008 1.000   NA
 3658015 3658016 SACE_7394 SACE_7395   ytjA TRUE 0.826 5.000 0.004 NA   NA
 3658016 3658017 SACE_7395 SACE_7396 ytjA rnpA TRUE 0.722 108.000 0.540 NA   NA
 3658017 3658018 SACE_7396 SACE_7397 rnpA rpmH TRUE 0.894 59.000 0.787 1.000   NA