MicrobesOnline Operon Predictions for Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3794830 3794831 CTLon_0002 CTLon_0003 nqrA   TRUE 0.833 22.000 0.086 NA   NA
 3794834 3794835 CTLon_0005 CTLon_0006 aspC   TRUE 0.801 -25.000 0.005 1.000 N NA
 3794836 3794837 CTLon_0007 CTLon_0008 recB recC TRUE 0.995 2.000 0.542 0.006 Y NA
 3794841 3794842 CTLon_0012 CTLon_0013     TRUE 0.694 -21.000 0.005 1.000   NA
 3794843 3794844 CTLon_0014 CTLon_0015     TRUE 0.948 0.000 1.000 NA   NA
 3794844 3794845 CTLon_0015 CTLon_0016     TRUE 0.887 -9.000 0.429 NA   NA
 3794845 3794846 CTLon_0016 CTLon_0017     TRUE 0.807 3.000 0.006 NA   NA
 3794846 3794847 CTLon_0017 CTLon_0018   recA FALSE 0.143 260.000 0.000 1.000 N NA
 3794847 3794848 CTLon_0018 CTLon_0019 recA   FALSE 0.058 286.000 0.000 1.000   NA
 3794848 3794849 CTLon_0019 CTLon_0020   recD TRUE 0.913 -3.000 0.023 1.000   NA
 3794849 3794850 CTLon_0020 CTLon_0021 recD   FALSE 0.298 66.000 0.008 NA   NA
 3794851 3794852 CTLon_0022 CTLon_0023     TRUE 0.856 9.000 0.009 NA   NA
 3794852 3794853 CTLon_0023 CTLon_0024   kdsA TRUE 0.849 -3.000 0.011 NA   NA
 3794854 3794855 CTLon_0108j CTLon_0025 tRNA-Arg   FALSE 0.013 107.000 0.000 NA   NA
 3794855 3794856 CTLon_0025 CTLon_0026     TRUE 0.948 0.000 1.000 NA   NA
 3794856 3794857 CTLon_0026 CTLon_0027   sfhB FALSE 0.111 82.000 0.002 NA   NA
 3794857 3794858 CTLon_0027 CTLon_0028 sfhB   FALSE 0.350 100.000 0.004 0.055   NA
 3794859 3794860 CTLon_0029 CTLon_0030 gyrA2 gyrB TRUE 0.992 15.000 0.110 0.006 Y NA
 3794861 3794862 CTLon_0031 CTLon_0032 hemA sycE FALSE 0.066 719.000 0.000 1.000   NA
 3794862 3794863 CTLon_0032 CTLon_0033 sycE   TRUE 0.923 4.000 0.146 NA   NA
 3794863 3794864 CTLon_0033 CTLon_0034     TRUE 0.622 44.000 0.171 NA   NA
 3794864 3794865 CTLon_0034 CTLon_0035     TRUE 0.855 27.000 0.857 NA   NA
 3794865 3794866 CTLon_0035 CTLon_0036     FALSE 0.173 19.000 0.000 NA   NA
 3794866 3794867 CTLon_0036 CTLon_0037     FALSE 0.163 20.000 0.000 NA   NA
 3794867 3794868 CTLon_0037 CTLon_0038   sctN TRUE 0.948 2.000 0.857 NA   NA
 3794868 3794869 CTLon_0038 CTLon_0039 sctN   TRUE 0.888 23.000 0.875 NA   NA
 3794869 3794870 CTLon_0039 CTLon_0040     TRUE 0.947 4.000 0.750 NA   NA
 3794870 3794871 CTLon_0040 CTLon_0041   sctQ TRUE 0.931 10.000 0.600 NA   NA
 3794871 3794872 CTLon_0041 CTLon_0042 sctQ pkn5 TRUE 0.463 135.000 0.583 1.000 N NA
 3794872 3794873 CTLon_0042 CTLon_0043 pkn5   TRUE 0.957 -3.000 0.208 1.000 N NA
 3794873 3794874 CTLon_0043 CTLon_0108an   tRNA-Thr FALSE 0.010 134.000 0.000 NA   NA
 3794875 3794876 CTLon_0044 CTLon_0045 aspC   TRUE 0.926 -10.000 0.848 1.000   NA
 3794876 3794877 CTLon_0045 CTLon_0108z   tRNA-Lys FALSE 0.014 105.000 0.000 NA   NA
 3794877 3794878 CTLon_0108z CTLon_0108q tRNA-Lys tRNA-Glu FALSE 0.189 17.000 0.000 NA   NA
 3794878 3794879 CTLon_0108q CTLon_0046 tRNA-Glu rrf FALSE 0.014 104.000 0.000 NA   NA
 3794879 3794880 CTLon_0046 CTLon_0047 rrf pyrH TRUE 0.965 -3.000 0.626 1.000 N NA
 3794880 3794881 CTLon_0047 CTLon_0048 pyrH tsf TRUE 0.961 13.000 0.416 1.000 N NA
 3794881 3794882 CTLon_0048 CTLon_0049 tsf rpsB TRUE 0.989 -3.000 0.748 1.000 Y NA
 3794882 3794883 CTLon_0049 CTLon_0108r rpsB tRNA-Gly FALSE 0.020 83.000 0.000 NA   NA
 3794883 3794884 CTLon_0108r CTLon_0050 tRNA-Gly ompA FALSE 0.009 231.000 0.000 NA   NA
 3794885 3794886 CTLon_0051 CTLon_0052 pbpB   TRUE 0.609 64.000 0.400 1.000   NA
 3794886 3794887 CTLon_0052 CTLon_0053     FALSE 0.060 342.000 0.000 1.000   NA
 3794887 3794888 CTLon_0053 CTLon_0054     TRUE 0.990 3.000 0.466 1.000 Y NA
 3794888 3794889 CTLon_0054 CTLon_0055     TRUE 0.990 4.000 0.482 1.000 Y NA
 3794889 3794890 CTLon_0055 CTLon_0056   sufS TRUE 0.943 -7.000 0.193 1.000 N NA
 3794890 3794891 CTLon_0056 CTLon_0057 sufS parB FALSE 0.214 136.000 0.002 1.000 N NA
 3794892 3794893 CTLon_0058 CTLon_0059 dppF dppD TRUE 0.962 -7.000 0.250 0.006   NA
 3794894 3794895 CTLon_0060 CTLon_0061     TRUE 0.951 3.000 0.937 NA   NA
 3794895 3794896 CTLon_0061 CTLon_0062   pgk FALSE 0.141 128.000 0.005 1.000   NA
 3794896 3794897 CTLon_0062 CTLon_0063 pgk   FALSE 0.010 260.000 0.000 NA   NA
 3794897 3794898 CTLon_0063 CTLon_0064     TRUE 0.620 51.000 0.333 NA   NA
 3794898 3794899 CTLon_0064 CTLon_0065     TRUE 0.492 86.000 1.000 NA   NA
 3794900 3794901 CTLon_0066 CTLon_0067 nth trmE TRUE 0.896 7.000 0.007 1.000   NA
 3794902 3794903 CTLon_0068 CTLon_0069 psdD   TRUE 0.527 66.000 0.052 1.000   NA
 3794903 3794904 CTLon_0069 CTLon_0070   secA FALSE 0.233 259.000 0.015 1.000   NA
 3794905 3794906 CTLon_0071 CTLon_0072   engA FALSE 0.161 77.000 0.005 NA   NA
 3794906 3794907 CTLon_0072 CTLon_0073 engA pcnB FALSE 0.181 116.000 0.006 1.000   NA
 3794907 3794908 CTLon_0073 CTLon_0074 pcnB clpX TRUE 0.901 15.000 0.006 1.000 N NA
 3794908 3794909 CTLon_0074 CTLon_0075 clpX clpP TRUE 0.988 10.000 0.352 1.000 Y NA
 3794909 3794910 CTLon_0075 CTLon_0076 clpP tig TRUE 0.695 167.000 0.351 1.000 Y NA
 3794910 3794911 CTLon_0076 CTLon_0108s tig tRNA-Gly FALSE 0.072 37.000 0.000 NA   NA
 3794912 3794913 CTLon_0077 CTLon_0078   mreB TRUE 0.949 5.000 0.009 1.000 N NA
 3794913 3794914 CTLon_0078 CTLon_0079 mreB pckA TRUE 0.938 -3.000 0.011 1.000 N NA
 3794914 3794915 CTLon_0079 CTLon_0080 pckA   FALSE 0.223 112.000 0.026 NA   NA
 3794915 3794916 CTLon_0080 CTLon_0081     TRUE 0.862 27.000 1.000 NA   NA
 3794917 10750538 CTLon_0082 CTLon_0082a ompB   FALSE 0.089 -77.000 0.000 NA   NA
 10750538 3794918 CTLon_0082a CTLon_0083   gpdA FALSE 0.010 134.000 0.000 NA   NA
 3794918 3794919 CTLon_0083 CTLon_0084 gpdA   TRUE 0.951 -3.000 0.044 1.000 N NA
 3794919 3794920 CTLon_0084 CTLon_0085     TRUE 0.892 12.000 0.044 NA   NA
 3794920 3794921 CTLon_0085 CTLon_0086   fliI TRUE 0.900 -7.000 0.500 NA   NA
 3794921 3794922 CTLon_0086 CTLon_0087 fliI   TRUE 0.502 74.000 0.667 NA   NA
 3794922 3794923 CTLon_0087 CTLon_0088   fliF TRUE 0.938 5.000 0.500 NA   NA
 3794923 3794924 CTLon_0088 CTLon_0089 fliF   FALSE 0.334 274.000 0.136 NA N NA
 3794924 3794925 CTLon_0089 CTLon_0090     TRUE 0.955 -3.000 0.138 1.000 N NA
 3794925 3794926 CTLon_0090 CTLon_0091   pgmA TRUE 0.856 -45.000 0.021 1.000 N NA
 3794927 3794928 CTLon_0092 CTLon_0093     FALSE 0.241 119.000 0.080 NA   NA
 3794928 3794929 CTLon_0093 CTLon_0094   birA TRUE 0.773 27.000 0.061 NA   NA
 3794930 3794931 CTLon_0095 CTLon_0096     TRUE 0.662 92.000 0.078 0.069 N NA
 3794931 3794932 CTLon_0096 CTLon_0097     TRUE 0.784 24.000 0.026 NA   NA
 3794932 3794933 CTLon_0097 CTLon_0098   serS TRUE 0.679 37.000 0.057 NA   NA
 3794934 3794935 CTLon_0099 CTLon_0100 ribD ribA TRUE 0.791 110.000 0.007 0.006 Y NA
 3794935 3794936 CTLon_0100 CTLon_0101 ribA ribH TRUE 0.970 -31.000 0.006 0.006 Y NA
 3794938 3794939 CTLon_0103 CTLon_0104   dagA FALSE 0.285 117.000 0.316 NA   NA
 3794939 3794940 CTLon_0104 CTLon_0105 dagA   TRUE 0.563 58.000 0.316 NA   NA
 3794941 3794942 CTLon_0106 CTLon_0107     TRUE 0.906 -3.000 0.016 1.000   NA
 3794942 3794943 CTLon_0107 CTLon_0108   ftsK TRUE 0.926 4.000 0.016 1.000   NA
 3794943 3794944 CTLon_0108 CTLon_0108a ftsK tRNA-His FALSE 0.009 180.000 0.000 NA   NA
 3794945 3794946 CTLon_0108b CTLon_0108c 16S_rRNA 23S_rRNA FALSE 0.010 316.000 0.000 NA   NA
 3794946 3794947 CTLon_0108c CTLon_0108d 23S_rRNA 5S_rRNA FALSE 0.011 121.000 0.000 NA   NA
 3794948 3794949 CTLon_0109 CTLon_0110 dmpP   FALSE 0.209 143.000 0.007 NA N NA
 3794949 3794950 CTLon_0110 CTLon_0111     FALSE 0.276 105.000 0.007 NA N NA
 3794950 3794951 CTLon_0111 CTLon_0112   hctA FALSE 0.259 188.000 0.048 1.000   NA
 3794953 3794954 CTLon_0114 CTLon_0115 hemG hemN TRUE 0.993 -3.000 0.057 0.006 Y NA
 3794954 3794955 CTLon_0115 CTLon_0116 hemN hemE TRUE 0.978 -27.000 0.012 0.006 Y NA
 3794955 3794956 CTLon_0116 CTLon_0117 hemE mfd TRUE 0.917 13.000 0.006 1.000 N NA
 3794956 3794957 CTLon_0117 CTLon_0118 mfd alaS TRUE 0.827 -24.000 0.006 1.000 N NA
 3794958 3794959 CTLon_0108e CTLon_0108f 16S_rRNA 23S_rRNA FALSE 0.010 316.000 0.000 NA   NA
 3794959 3794960 CTLon_0108f CTLon_0108g 23S_rRNA 5S_rRNA FALSE 0.011 121.000 0.000 NA   NA
 3794960 3794961 CTLon_0108g CTLon_0119 5S_rRNA tktB FALSE 0.010 278.000 0.000 NA   NA
 3794964 3794965 CTLon_0122 CTLon_0123     TRUE 0.566 47.000 0.054 NA   NA
 3794965 3794966 CTLon_0123 CTLon_0124   groEL FALSE 0.421 81.000 0.027 1.000   NA
 3794966 3794967 CTLon_0124 CTLon_0108o groEL tRNA-Cys FALSE 0.022 78.000 0.000 NA   NA
 3794968 3794969 CTLon_0125 CTLon_0126 murF mraY TRUE 0.775 146.000 0.018 0.010 Y NA
 3794969 3794970 CTLon_0126 CTLon_0127 mraY murD TRUE 0.994 12.000 0.647 0.010 Y NA
 3794970 3794971 CTLon_0127 CTLon_0128 murD nlpD TRUE 0.976 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 3794971 3794972 CTLon_0128 CTLon_0129 nlpD ftsW TRUE 0.944 16.000 0.088 1.000 N NA
 3794972 3794973 CTLon_0129 CTLon_0130 ftsW murG TRUE 0.848 -91.000 0.037 1.000 N NA
 3794973 3794974 CTLon_0130 CTLon_0131 murG murC TRUE 0.989 5.000 0.270 1.000 Y NA
 3794975 3794976 CTLon_0132 CTLon_0133     FALSE 0.069 158.000 0.005 NA   NA
 3794977 3794978 CTLon_0134 CTLon_0135 rbsV miaA TRUE 0.961 4.000 0.040 1.000 N NA
 3794980 3794981 CTLon_0137 CTLon_0138     FALSE 0.011 454.000 0.000 NA   NA
 3794981 3794982 CTLon_0138 CTLon_0139   fabF TRUE 0.830 11.000 0.008 NA   NA
 3794982 3794983 CTLon_0139 CTLon_0140 fabF   TRUE 0.961 -3.000 0.333 1.000 N NA
 3794987 3794988 CTLon_0144 CTLon_0145   aas TRUE 0.992 8.000 0.032 0.051 Y NA
 3794988 3794989 CTLon_0145 CTLon_0146 aas bioF TRUE 0.775 43.000 0.032 1.000 N NA
 3794990 3794991 CTLon_0147 CTLon_0148 priA   TRUE 0.585 -45.000 0.007 NA   NA
 3794992 3794993 CTLon_0149 CTLon_0150   lysS FALSE 0.055 232.000 0.000 1.000   NA
 3794996 3794997 CTLon_0153 CTLon_0154 rnpA rnpA TRUE 0.949 13.000 0.787 1.000   NA
 3794998 3794999 CTLon_0155 CTLon_0156 rpmJ rpsN TRUE 0.901 24.000 0.013 0.061   NA
 3795000 3795001 CTLon_0157 CTLon_0158     FALSE 0.011 122.000 0.000 NA   NA
 3795003 3795004 CTLon_0160 CTLon_0161 uvrC mutS TRUE 0.720 82.000 0.006 1.000 Y NA
 3795005 3795006 CTLon_0162 CTLon_0163   dnaG FALSE 0.279 2.000 0.000 NA   NA
 3795006 3795007 CTLon_0163 CTLon_0164 dnaG   TRUE 0.442 85.000 0.625 NA   NA
 3795007 3795008 CTLon_0164 CTLon_0165     FALSE 0.269 127.000 0.333 NA   NA
 3795012 3795013 CTLon_0108p CTLon_0169 tRNA-Gln rplY FALSE 0.010 277.000 0.000 NA   NA
 3795013 3795014 CTLon_0169 CTLon_0170 rplY pth TRUE 0.993 8.000 0.496 0.091 Y NA
 3795014 3795015 CTLon_0170 CTLon_0171 pth rpsF TRUE 0.745 138.000 0.029 0.091 Y NA
 3795015 3795016 CTLon_0171 CTLon_0172 rpsF rpsR TRUE 0.989 17.000 0.319 0.060 Y NA
 3795016 3795017 CTLon_0172 CTLon_0173 rpsR rplI TRUE 0.988 21.000 0.499 0.060 Y NA
 3795017 3795018 CTLon_0173 CTLon_0174 rplI ispE TRUE 0.557 64.000 0.007 1.000 N NA
 3795019 3795020 CTLon_0175 CTLon_0176   ptr FALSE 0.226 179.000 0.250 NA   NA
 3795020 3795021 CTLon_0176 CTLon_0177 ptr plsB FALSE 0.219 52.000 0.000 1.000   NA
 3795021 3795022 CTLon_0177 CTLon_0178 plsB cafE TRUE 0.906 13.000 0.019 1.000   NA
 3795023 3795024 CTLon_0179 CTLon_0180     FALSE 0.093 -60.000 0.000 NA   NA
 3795024 3795025 CTLon_0180 CTLon_0181   rpmF FALSE 0.137 -16.000 0.000 NA   NA
 3795025 3795026 CTLon_0181 CTLon_0182 rpmF plsX TRUE 0.935 22.000 0.418 1.000 N NA
 3795026 3795027 CTLon_0182 CTLon_0183 plsX pmpD FALSE 0.129 220.000 0.005 1.000   NA
 3795027 3795028 CTLon_0183 CTLon_0184 pmpD   FALSE 0.009 201.000 0.000 NA   NA
 3795029 3795030 CTLon_0185 CTLon_0186     TRUE 0.904 21.000 1.000 NA   NA
 3795031 3795032 CTLon_0187 CTLon_0188   glmS TRUE 0.951 11.000 0.030 1.000 N NA
 3795032 3795033 CTLon_0188 CTLon_0189 glmS tyrP FALSE 0.292 103.000 0.003 1.000 N NA
 3795033 3795034 CTLon_0189 CTLon_0190 tyrP   TRUE 0.858 183.000 1.000 0.006 Y NA
 3795034 3795035 CTLon_0190 CTLon_0191     TRUE 0.662 42.000 0.250 NA   NA
 3795037 3795038 CTLon_0193 CTLon_0194 sucC sucD TRUE 0.993 15.000 0.467 0.003 Y NA
 3795038 3795039 CTLon_0194 CTLon_0195 sucD htrA FALSE 0.389 140.000 0.069 1.000 N NA
 3795039 3795040 CTLon_0195 CTLon_0196 htrA   FALSE 0.186 202.000 0.000 0.036   NA
 3795041 3795042 CTLon_0197 CTLon_0198 rmuC pssA TRUE 0.880 4.000 0.011 NA   NA
 3795043 3795044 CTLon_0199 CTLon_0200 nrdA nrdB TRUE 0.977 38.000 0.564 0.003 Y NA
 3795044 3795045 CTLon_0200 CTLon_0201 nrdB trmB FALSE 0.192 260.000 0.008 1.000   NA
 3795048 3795049 CTLon_0203 CTLon_0204 murB nusB FALSE 0.306 133.000 0.008 1.000 N NA
 3795050 3795051 CTLon_0205 CTLon_0206 infC rpmI TRUE 0.980 -13.000 0.652 1.000 Y NA
 3795051 3795052 CTLon_0206 CTLon_0207 rpmI rplT TRUE 0.991 19.000 0.928 0.060 Y NA
 3795052 3795053 CTLon_0207 CTLon_0208 rplT pheS TRUE 0.988 7.000 0.202 1.000 Y NA
 3795053 3795054 CTLon_0208 CTLon_0108aj pheS tRNA-Ser FALSE 0.273 1.000 0.000 NA   NA
 3795054 3795055 CTLon_0108aj CTLon_0209 tRNA-Ser   FALSE 0.009 226.000 0.000 NA   NA
 3795056 3795057 CTLon_0210 CTLon_0211     TRUE 0.975 3.000 0.631 0.065   NA
 3795058 3795059 CTLon_0212 CTLon_0213 tilS ftsH FALSE 0.388 161.000 0.145 1.000 N NA
 3795060 3795061 CTLon_0214 CTLon_0215 pnp rpsO TRUE 0.964 29.000 0.335 1.000 Y NA
 3795062 3795063 CTLon_0216 CTLon_0217     TRUE 0.649 32.000 0.013 NA   NA
 3795064 3795065 CTLon_0218 CTLon_0219     FALSE 0.332 135.000 1.000 NA   NA
 3795065 3795066 CTLon_0219 CTLon_0220     TRUE 0.938 13.000 1.000 NA   NA
 3795066 3795067 CTLon_0220 CTLon_0221     TRUE 0.853 28.000 1.000 NA   NA
 3795068 3795069 CTLon_0222 CTLon_0223     TRUE 0.892 19.000 0.571 NA   NA
 3795070 3795071 CTLon_0224 CTLon_0225 map   TRUE 0.846 33.000 0.429 NA N NA
 3795071 3795072 CTLon_0225 CTLon_0226     TRUE 0.973 17.000 0.042 NA Y NA
 3795072 3795073 CTLon_0226 CTLon_0227     FALSE 0.269 195.000 0.020 NA N NA
 3795075 3795076 CTLon_0229 CTLon_0230     FALSE 0.009 231.000 0.000 NA   NA
 3795076 3795077 CTLon_0230 CTLon_0231     FALSE 0.062 40.000 0.000 NA   NA
 3795078 3795079 CTLon_0232 CTLon_0233   cpa FALSE 0.389 110.000 0.400 1.000   NA
 3795079 3795080 CTLon_0233 CTLon_0234 cpa ispH TRUE 0.456 95.000 0.400 1.000   NA
 3795081 3795082 CTLon_0235 CTLon_0236 copD2 copB2 TRUE 0.941 12.000 1.000 NA   NA
 3795082 3795083 CTLon_0236 CTLon_0237 copB2 lcrH TRUE 0.842 28.000 0.833 NA   NA
 3795083 3795084 CTLon_0237 CTLon_0238 lcrH   TRUE 0.816 -78.000 0.833 NA   NA
 3795087 3795088 CTLon_0240 CTLon_0241   glgB TRUE 0.916 15.000 0.636 NA   NA
 3795089 3795090 CTLon_0242 CTLon_0243     FALSE 0.239 227.000 0.000 0.003   NA
 3795090 3795091 CTLon_0243 CTLon_0244   pmpE FALSE 0.345 177.000 0.667 1.000   NA
 3795091 3795092 CTLon_0244 CTLon_0245 pmpE pmpF TRUE 0.979 3.000 0.667 0.017   NA
 3795093 3795094 CTLon_0246 CTLon_0247 pmpG pmpH TRUE 0.933 31.000 1.000 0.017   NA
 3795094 3795095 CTLon_0247 CTLon_0248 pmpH   FALSE 0.011 415.000 0.000 NA   NA
 3795099 3795100 CTLon_0252 CTLon_0253 gatC gatA TRUE 0.995 12.000 0.643 0.004 Y NA
 3795100 3795101 CTLon_0253 CTLon_0254 gatA gatB TRUE 0.995 2.000 0.492 0.004 Y NA
 3795102 3795103 CTLon_0255 CTLon_0256     FALSE 0.303 128.000 0.667 NA   NA
 3795107 3795108 CTLon_0260 CTLon_0261 htrB   FALSE 0.239 132.000 0.222 NA   NA
 3795108 3795109 CTLon_0261 CTLon_0262     TRUE 0.869 -3.000 0.018 NA   NA
 3795110 3795111 CTLon_0263 CTLon_0264 cydA cydB TRUE 0.994 12.000 0.622 0.024 Y NA
 3795113 3795114 CTLon_0266 CTLon_0267     FALSE 0.288 186.000 0.750 NA   NA
 3795117 3795118 CTLon_0270 CTLon_0271 lepB   FALSE 0.241 186.000 0.333 NA   NA
 3795119 3795120 CTLon_0272 CTLon_0273 rpmE prfA TRUE 0.511 188.000 0.005 1.000 Y NA
 3795120 3795121 CTLon_0273 CTLon_0274 prfA   TRUE 0.962 -16.000 0.009 1.000 Y NA
 3795121 3795122 CTLon_0274 CTLon_0275   ffh TRUE 0.906 -3.000 0.005 1.000 N NA
 3795122 3795123 CTLon_0275 CTLon_0276 ffh rpsP TRUE 0.945 -9.000 0.361 1.000 N NA
 3795123 3795124 CTLon_0276 CTLon_0277 rpsP trmD TRUE 0.980 16.000 0.033 1.000 Y NA
 3795124 3795125 CTLon_0277 CTLon_0278 trmD rplS TRUE 0.973 26.000 0.567 1.000 Y NA
 3795125 3795126 CTLon_0278 CTLon_0279 rplS rnhB TRUE 0.669 64.000 0.066 1.000 N NA
 3795126 3795127 CTLon_0279 CTLon_0280 rnhB gmk TRUE 0.860 -9.000 0.003 1.000 N NA
 3795127 3795128 CTLon_0280 CTLon_0281 gmk   TRUE 0.637 -7.000 0.003 NA   NA
 3795128 3795129 CTLon_0281 CTLon_0282   metG TRUE 0.852 0.000 0.008 NA   NA
 3795130 3795131 CTLon_0283 CTLon_0284 recD   FALSE 0.010 248.000 0.000 NA   NA
 3795133 3795134 CTLon_0286 CTLon_0287     FALSE 0.035 61.000 0.000 NA   NA
 3795134 3795135 CTLon_0287 CTLon_0108m   tRNA-Asn FALSE 0.030 64.000 0.000 NA   NA
 3795135 3795136 CTLon_0108m CTLon_0288 tRNA-Asn   FALSE 0.030 64.000 0.000 NA   NA
 3795136 3795137 CTLon_0288 CTLon_0289   dcd TRUE 0.798 22.000 0.021 NA   NA
 3795138 3795139 CTLon_0290 CTLon_0291   ruvB FALSE 0.058 42.000 0.000 NA   NA
 3795139 3795140 CTLon_0291 CTLon_0292 ruvB   TRUE 0.843 2.000 0.007 NA   NA
 3795141 3795142 CTLon_0293 CTLon_0294     FALSE 0.351 117.000 0.261 1.000   NA
 3795143 3795144 CTLon_0295 CTLon_0296 ssb   FALSE 0.351 343.000 0.013 1.000 N NA
 3795144 3795145 CTLon_0296 CTLon_0297   hct2 FALSE 0.233 138.000 0.017 1.000   NA
 3795145 3795146 CTLon_0297 CTLon_0298 hct2   FALSE 0.289 155.000 0.006 0.051   NA
 3795146 3795147 CTLon_0298 CTLon_0299     FALSE 0.274 95.000 0.007 1.000   NA
 3795147 3795148 CTLon_0299 CTLon_0300     FALSE 0.263 91.000 0.014 NA   NA
 3795149 3795150 CTLon_0301 CTLon_0302     TRUE 0.749 36.000 0.400 NA   NA
 3795150 3795151 CTLon_0302 CTLon_0303   hemN FALSE 0.187 62.000 0.002 NA   NA
 3795151 3795152 CTLon_0303 CTLon_0304 hemN   TRUE 0.762 -10.000 0.008 NA   NA
 3795153 3795154 CTLon_0305 CTLon_0306 sucA sucB TRUE 0.991 4.000 0.667 1.000 Y NA
 3795155 3795156 CTLon_0307 CTLon_0308   gcpE TRUE 0.857 9.000 0.009 NA   NA
 3795156 3795157 CTLon_0308 CTLon_0309 gcpE   FALSE 0.059 152.000 0.002 NA   NA
 3795157 3795158 CTLon_0309 CTLon_0310   fer FALSE 0.371 80.000 0.065 NA   NA
 3795158 3795159 CTLon_0310 CTLon_0108ah fer tRNA-Pro FALSE 0.067 38.000 0.000 NA   NA
 3795160 3795161 CTLon_0311 CTLon_0312 flhA fliA FALSE 0.426 108.000 0.025 1.000 N NA
 3795161 3795162 CTLon_0312 CTLon_0313 fliA tyrS FALSE 0.291 159.000 0.008 1.000 N NA
 3795162 3795163 CTLon_0313 CTLon_0314 tyrS gnd TRUE 0.946 10.000 0.014 1.000 N NA
 3795164 3795165 CTLon_0315 CTLon_0316 lepA   FALSE 0.193 186.000 0.002 1.000 N NA
 3795165 3795166 CTLon_0316 CTLon_0317     FALSE 0.011 353.000 0.000 NA   NA
 3795167 3795168 CTLon_0318 CTLon_0319     TRUE 0.987 -7.000 0.898 1.000 Y NA
 3795168 3795169 CTLon_0319 CTLon_0320     TRUE 0.984 1.000 0.012 1.000 Y NA
 3795169 3795170 CTLon_0320 CTLon_0321     TRUE 0.986 -10.000 0.012 0.005 Y NA
 3795170 3795171 CTLon_0321 CTLon_0322   dxr TRUE 0.848 27.000 0.008 1.000 N NA
 3795171 3795172 CTLon_0322 CTLon_0323 dxr   FALSE 0.335 196.000 0.568 1.000   NA
 3795173 3795174 CTLon_0324 CTLon_0325   recF FALSE 0.099 158.000 0.006 NA   NA
 3795174 3795175 CTLon_0325 CTLon_0326 recF dnaN TRUE 0.989 0.000 0.318 1.000 Y NA
 3795177 3795178 CTLon_0328 CTLon_0329 apbE folD TRUE 0.958 -30.000 0.025 1.000 Y NA
 3795178 3795179 CTLon_0329 CTLon_0330 folD   FALSE 0.240 118.000 0.011 1.000   NA
 3795180 3795181 CTLon_0331 CTLon_0332 ltuB   TRUE 0.757 33.000 0.333 NA   NA
 3795181 3795182 CTLon_0332 CTLon_0333     TRUE 0.922 10.000 0.333 NA   NA
 3795182 3795183 CTLon_0333 CTLon_0334     TRUE 0.940 -3.000 1.000 NA   NA
 3795184 3795185 CTLon_0335 CTLon_0336     FALSE 0.291 172.000 0.038 NA N NA
 3795185 3795186 CTLon_0336 CTLon_0337   rpmB FALSE 0.185 120.000 0.005 NA N NA
 3795186 3795187 CTLon_0337 CTLon_0338 rpmB malQ FALSE 0.224 149.000 0.005 1.000 N NA
 3795187 3795188 CTLon_0338 CTLon_0339 malQ scc1 TRUE 0.957 4.000 0.600 1.000   NA
 3795188 3795189 CTLon_0339 CTLon_0340 scc1 copN TRUE 0.879 38.000 0.240 0.011   NA
 3795189 3795190 CTLon_0340 CTLon_0341 copN lcrD TRUE 0.904 18.000 0.188 1.000   NA
 3795190 3795191 CTLon_0341 CTLon_0342 lcrD sctU TRUE 0.994 0.000 0.219 0.015 Y NA
 3795193 3795194 CTLon_0344 CTLon_0345 ribF truB TRUE 0.894 -43.000 0.308 1.000 N NA
 3795194 3795195 CTLon_0345 CTLon_0346 truB rbfA TRUE 0.940 38.000 0.111 1.000 Y NA
 3795195 3795196 CTLon_0346 CTLon_0347 rbfA infA TRUE 0.990 7.000 0.530 1.000 Y NA
 3795196 3795197 CTLon_0347 CTLon_0348 infA nusA TRUE 0.898 -43.000 0.342 1.000 N NA
 3795197 3795198 CTLon_0348 CTLon_0349 nusA rpsA FALSE 0.434 118.000 0.006 0.047 N NA
 3795199 3795200 CTLon_0350 CTLon_0351 trxB acpS TRUE 0.945 6.000 0.008 1.000 N NA
 3795202 3795203 CTLon_0353 CTLon_0354     TRUE 0.688 35.000 0.009 1.000   NA
 3795207 3795208 CTLon_0358 CTLon_0359     FALSE 0.219 54.000 0.002 NA   NA
 3795209 3795210 CTLon_0360 CTLon_0361   hsp60_1 FALSE 0.270 129.000 0.400 NA   NA
 3795210 3795211 CTLon_0361 CTLon_0362 hsp60_1 groES TRUE 0.970 39.000 0.412 0.015 Y NA
 3795211 3795212 CTLon_0362 CTLon_0363 groES pepF FALSE 0.390 172.000 0.188 1.000 N NA
 3795213 3795214 CTLon_0364 CTLon_0365 clpB   TRUE 0.776 26.000 0.009 1.000   NA
 3795214 3795215 CTLon_0365 CTLon_0366   incD FALSE 0.009 186.000 0.000 NA   NA
 3795215 3795216 CTLon_0366 CTLon_0367 incD incE TRUE 0.582 67.000 1.000 NA   NA
 3795216 3795217 CTLon_0367 CTLon_0368 incE incF TRUE 0.952 5.000 1.000 NA   NA
 3795217 3795218 CTLon_0368 CTLon_0369 incF incG TRUE 0.488 87.000 1.000 NA   NA
 3795219 3795220 CTLon_0370 CTLon_0371 incA   FALSE 0.010 127.000 0.000 NA   NA
 3795221 3795222 CTLon_0372 CTLon_0373 araD efp TRUE 0.873 -13.000 0.007 1.000 N NA
 3795222 3795223 CTLon_0373 CTLon_0374 efp accB TRUE 0.953 13.000 0.120 1.000 N NA
 3795223 3795224 CTLon_0374 CTLon_0375 accB accC TRUE 0.993 4.000 0.011 0.003 Y NA
 3795224 3795225 CTLon_0375 CTLon_0376 accC rplM FALSE 0.138 223.000 0.000 1.000 N NA
 3795225 3795226 CTLon_0376 CTLon_0377 rplM rpsI TRUE 0.984 26.000 0.601 0.055 Y NA
 3795227 3795228 CTLon_0378 CTLon_0379   adk TRUE 0.460 96.000 0.014 1.000 N NA
 3795229 3795230 CTLon_0380 CTLon_0381     TRUE 0.990 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 3795231 3795232 CTLon_0382 CTLon_0383     TRUE 0.907 -3.000 0.017 1.000   NA
 3795232 3795233 CTLon_0383 CTLon_0384     FALSE 0.412 78.000 0.017 1.000   NA
 3795234 3795235 CTLon_0385 CTLon_0386     TRUE 0.568 58.000 0.333 NA   NA
 3795235 3795236 CTLon_0386 CTLon_0387     FALSE 0.187 90.000 0.007 NA   NA
 3795236 3795237 CTLon_0387 CTLon_0388     TRUE 0.621 19.000 0.004 NA   NA
 3795237 3795238 CTLon_0388 CTLon_0389     TRUE 0.833 -22.000 0.012 NA N NA
 3795240 3795241 CTLon_0391 CTLon_0392     FALSE 0.120 184.000 0.008 NA   NA
 3795241 3795242 CTLon_0392 CTLon_0108ao   tRNA-Thr FALSE 0.025 69.000 0.000 NA   NA
 3795242 3795243 CTLon_0108ao CTLon_0108ar tRNA-Thr tRNA-Tyr FALSE 0.248 11.000 0.000 NA   NA
 3795243 3795244 CTLon_0108ar CTLon_0393 tRNA-Tyr   FALSE 0.009 166.000 0.000 NA   NA
 3795244 3795245 CTLon_0393 CTLon_0394     TRUE 0.951 2.000 1.000 NA   NA
 3795245 3795246 CTLon_0394 CTLon_0395     TRUE 0.948 0.000 1.000 NA   NA
 3795246 3795247 CTLon_0395 CTLon_0396   pkn1 FALSE 0.193 186.000 0.044 NA   NA
 3795247 3795248 CTLon_0396 CTLon_0397 pkn1 dnlJ TRUE 0.872 11.000 0.006 1.000   NA
 3795248 3795249 CTLon_0397 CTLon_0398 dnlJ   FALSE 0.164 98.000 0.006 NA   NA
 3795250 3795251 CTLon_0399 CTLon_0400 mhpA   FALSE 0.305 200.000 0.857 NA   NA
 3795252 3795253 CTLon_0401 CTLon_0402 rpmG   TRUE 0.575 36.000 0.006 1.000   NA
 3795253 3795254 CTLon_0402 CTLon_0403     TRUE 0.991 5.000 0.545 1.000 Y NA
 3795255 3795256 CTLon_0404 CTLon_0405     FALSE 0.009 186.000 0.000 NA   NA
 3795256 3795257 CTLon_0405 CTLon_0406     FALSE 0.017 93.000 0.000 NA   NA
 3795257 3795258 CTLon_0406 CTLon_0407     TRUE 0.633 514.000 0.000 0.022 Y NA
 3795258 3795259 CTLon_0407 CTLon_0408     FALSE 0.011 126.000 0.000 NA   NA
 3795259 3795260 CTLon_0408 CTLon_0409     FALSE 0.011 610.000 0.000 NA   NA
 3795260 3795261 CTLon_0409 CTLon_0410     FALSE 0.191 -7.000 0.000 NA   NA
 3795261 3795262 CTLon_0410 CTLon_0411     FALSE 0.010 140.000 0.000 NA   NA
 3795263 3795264 CTLon_0412 CTLon_0413     FALSE 0.043 53.000 0.000 NA   NA
 3795264 3795265 CTLon_0413 CTLon_0414     FALSE 0.010 282.000 0.000 NA   NA
 3795265 3795266 CTLon_0414 CTLon_0415     FALSE 0.025 69.000 0.000 NA   NA
 3795266 3795267 CTLon_0415 CTLon_0416   trpR FALSE 0.040 56.000 0.000 NA   NA
 3795267 3795268 CTLon_0416 CTLon_0417 trpR trpB FALSE 0.153 349.000 0.000 1.000 N NA
 3795268 3795269 CTLon_0417 CTLon_0418 trpB trpA TRUE 0.991 -7.000 0.146 0.003 Y NA
 3795270 3795271 CTLon_0419 CTLon_0420     FALSE 0.062 40.000 0.000 NA   NA
 3795271 3795272 CTLon_0420 CTLon_0421     FALSE 0.048 46.000 0.000 NA   NA
 3795274 3795275 CTLon_0423 CTLon_0424 dsbB dsbG TRUE 0.983 -3.000 0.308 NA Y NA
 3795277 3795278 CTLon_0426 CTLon_0427     FALSE 0.217 144.000 0.111 NA   NA
 3795278 3795279 CTLon_0427 CTLon_0108t   tRNA-Ile FALSE 0.067 38.000 0.000 NA   NA
 3795279 3795280 CTLon_0108t CTLon_0108i tRNA-Ile tRNA-Ala FALSE 0.279 6.000 0.000 NA   NA
 3795280 3795281 CTLon_0108i CTLon_0428 tRNA-Ala   FALSE 0.011 119.000 0.000 NA   NA
 3795282 3795283 CTLon_0429 CTLon_0430 kdsB pyrG TRUE 0.879 -24.000 0.018 1.000 N NA
 3795283 3795284 CTLon_0430 CTLon_0431 pyrG   TRUE 0.865 -13.000 0.006 1.000 N NA
 3795284 3795285 CTLon_0431 CTLon_0432   zwf FALSE 0.256 117.000 0.004 1.000 N NA
 3795285 3795286 CTLon_0432 CTLon_0433 zwf devB TRUE 0.964 25.000 0.021 1.000 Y NA
 3795287 3795288 CTLon_0434 CTLon_0435 dnaX tdk TRUE 0.955 14.000 0.254 1.000 N NA
 3795288 3795289 CTLon_0435 CTLon_0436 tdk gyrA TRUE 0.938 2.000 0.007 1.000 N NA
 3795289 3795290 CTLon_0436 CTLon_0437 gyrA gyrB2 TRUE 0.993 15.000 0.306 0.005 Y NA
 3795290 3795291 CTLon_0437 CTLon_0438 gyrB2   TRUE 0.903 3.000 0.028 NA   NA
 3795291 3795292 CTLon_0438 CTLon_0439     FALSE 0.107 147.000 0.006 NA   NA
 3795292 3795293 CTLon_0439 CTLon_0440   tgt FALSE 0.014 104.000 0.000 NA   NA
 3795293 3795294 CTLon_0440 CTLon_0441 tgt mgtE FALSE 0.227 127.000 0.003 1.000 N NA
 3795294 3795295 CTLon_0441 CTLon_0442 mgtE   FALSE 0.011 440.000 0.000 NA   NA
 3795296 3795297 CTLon_0443 CTLon_0444   gcp FALSE 0.128 76.000 0.002 NA   NA
 3795297 3795298 CTLon_0444 CTLon_0445 gcp oppA3 TRUE 0.790 -36.000 0.006 1.000 N NA
 3795298 3795299 CTLon_0445 CTLon_0446 oppA3 oppB TRUE 0.785 159.000 0.091 0.022 Y NA
 3795299 3795300 CTLon_0446 CTLon_0447 oppB oppC TRUE 0.976 32.000 0.273 0.022 Y NA
 3795300 3795301 CTLon_0447 CTLon_0448 oppC oppD TRUE 0.979 -7.000 0.044 1.000 Y NA
 3795301 3795302 CTLon_0448 CTLon_0449 oppD oppF TRUE 0.991 15.000 0.044 0.005 Y NA
 3795302 3795303 CTLon_0449 CTLon_0450 oppF   FALSE 0.010 312.000 0.000 NA   NA
 3795303 3795304 CTLon_0450 CTLon_0451     TRUE 0.762 30.000 0.217 NA   NA
 3795304 3795305 CTLon_0451 CTLon_0452   pfkA TRUE 0.929 20.000 0.088 1.000 N NA
 3795305 3795306 CTLon_0452 CTLon_0453 pfkA   TRUE 0.935 9.000 0.088 1.000   NA
 3795306 3795307 CTLon_0453 CTLon_0454   pfkA_2 TRUE 0.907 -18.000 0.857 1.000   NA
 3795308 3795309 CTLon_0108ab CTLon_0108ac tRNA-Met tRNA-Met FALSE 0.173 19.000 0.000 NA   NA
 3795309 3795310 CTLon_0108ac CTLon_0455 tRNA-Met gseA FALSE 0.111 27.000 0.000 NA   NA
 3795310 3795311 CTLon_0455 CTLon_0456 gseA leuS TRUE 0.910 -3.000 0.006 1.000 N NA
 3795313 3795314 CTLon_0458 CTLon_0459     TRUE 0.790 20.000 0.012 NA   NA
 3795314 3795315 CTLon_0459 CTLon_0460   rpiA TRUE 0.779 -10.000 0.011 NA   NA
 3795315 3795316 CTLon_0460 CTLon_0461 rpiA   FALSE 0.106 95.000 0.003 NA   NA
 3795317 3795318 CTLon_0462 CTLon_0463 dhnA xasA TRUE 0.968 14.000 1.000 1.000 N NA
 3795318 3795319 CTLon_0463 CTLon_0464 xasA   TRUE 0.481 94.000 0.250 NA N NA
 3795319 3795320 CTLon_0464 CTLon_0465   surE FALSE 0.173 131.000 0.015 NA   NA
 3795320 3795321 CTLon_0465 CTLon_0466 surE ubiA FALSE 0.179 112.000 0.006 1.000   NA
 3795321 3795322 CTLon_0466 CTLon_0467 ubiA   TRUE 0.983 -3.000 0.029 1.000 Y NA
 3795323 3795324 CTLon_0468 CTLon_0108n   tRNA-Asp FALSE 0.135 24.000 0.000 NA   NA
 3795324 3795325 CTLon_0108n CTLon_0108at tRNA-Asp tRNA-Val FALSE 0.266 8.000 0.000 NA   NA
 3795325 3795326 CTLon_0108at CTLon_0469 tRNA-Val   FALSE 0.012 113.000 0.000 NA   NA
 3795326 3795327 CTLon_0469 CTLon_0470     FALSE 0.111 27.000 0.000 NA   NA
 3795327 3795328 CTLon_0470 CTLon_0471     FALSE 0.010 142.000 0.000 NA   NA
 3795328 3795329 CTLon_0471 CTLon_0472     FALSE 0.011 392.000 0.000 NA   NA
 3795329 3795330 CTLon_0472 CTLon_0473     FALSE 0.013 108.000 0.000 NA   NA
 3795330 3795331 CTLon_0473 CTLon_0474     FALSE 0.015 99.000 0.000 NA   NA
 3795331 3795332 CTLon_0474 CTLon_0475     FALSE 0.341 129.000 1.000 NA   NA
 3795332 3795333 CTLon_0475 CTLon_0476     FALSE 0.010 281.000 0.000 NA   NA
 3795333 3795334 CTLon_0476 CTLon_0477     FALSE 0.321 150.000 1.000 NA   NA
 3795335 3795336 CTLon_0478 CTLon_0479     FALSE 0.297 184.000 0.273 1.000   NA
 3795336 3795337 CTLon_0479 CTLon_0480   incB FALSE 0.312 105.000 0.273 NA   NA
 3795337 3795338 CTLon_0480 CTLon_0481 incB incC TRUE 0.537 77.000 1.000 NA   NA
 3795338 3795339 CTLon_0481 CTLon_0482 incC   TRUE 0.613 58.000 0.667 NA   NA
 3795339 3795340 CTLon_0482 CTLon_0483     TRUE 0.765 29.000 0.182 NA   NA
 3795341 3795342 CTLon_0484 CTLon_0485 acpP fabG TRUE 0.744 369.000 0.007 0.012 Y NA
 3795342 3795343 CTLon_0485 CTLon_0486 fabG fabD TRUE 0.991 -3.000 0.019 0.012 Y NA
 3795343 3795344 CTLon_0486 CTLon_0487 fabD fabH TRUE 0.986 17.000 0.009 0.012 Y NA
 3795345 3795346 CTLon_0488 CTLon_0489 recR   FALSE 0.235 374.000 0.003 1.000 N NA
 3795346 3795347 CTLon_0489 CTLon_0490   ompH TRUE 0.860 67.000 0.175 1.000 Y NA
 3795347 3795348 CTLon_0490 CTLon_0491 ompH lpxD TRUE 0.954 28.000 0.018 1.000 Y NA
 3795350 3795351 CTLon_0493 CTLon_0494 pdhA pdhB TRUE 0.993 -7.000 0.456 0.002 Y NA
 3795351 3795352 CTLon_0494 CTLon_0495 pdhB pdhC TRUE 0.989 5.000 0.254 1.000 Y NA
 3795355 3795356 CTLon_0498 CTLon_0499 dnaA oxaA TRUE 0.684 77.000 0.714 1.000 N NA
 3795356 3795357 CTLon_0499 CTLon_0500 oxaA lgt FALSE 0.275 310.000 0.006 1.000 N NA
 3795358 3795359 CTLon_0501 CTLon_0502     TRUE 0.939 4.000 0.500 NA   NA
 3795361 3795362 CTLon_0504 CTLon_0505     TRUE 0.885 -10.000 0.545 NA   NA
 3795363 3795364 CTLon_0506 CTLon_0507     TRUE 0.960 6.000 0.041 1.000 N NA
 3795365 3795366 CTLon_0508 CTLon_0509   dnaQ TRUE 0.903 9.000 0.050 NA   NA
 3795366 3795367 CTLon_0509 CTLon_0510 dnaQ   TRUE 0.882 -3.000 0.031 NA   NA
 3795367 3795368 CTLon_0510 CTLon_0511     TRUE 0.837 -7.000 0.019 NA   NA
 3795369 3795370 CTLon_0512 CTLon_0513   accA TRUE 0.845 -34.000 0.010 1.000 N NA
 3795370 3795371 CTLon_0513 CTLon_0514 accA   FALSE 0.139 133.000 0.008 NA   NA
 3795371 3795372 CTLon_0514 CTLon_0515   ihfA FALSE 0.257 118.000 0.182 NA   NA
 3795372 3795373 CTLon_0515 CTLon_0516 ihfA amiA FALSE 0.138 220.000 0.000 1.000 N NA
 3795373 3795374 CTLon_0516 CTLon_0517 amiA murE TRUE 0.941 -85.000 0.014 1.000 Y NA
 3795374 3795375 CTLon_0517 CTLon_0518 murE pbp TRUE 0.660 323.000 0.022 1.000 Y NA
 3795375 3795376 CTLon_0518 CTLon_0519 pbp   TRUE 0.839 -13.000 0.135 NA   NA
 3795376 3795377 CTLon_0519 CTLon_0520   mraW TRUE 0.834 0.000 0.007 NA   NA
 3795378 3795379 CTLon_0521 CTLon_0522     TRUE 0.925 7.000 0.286 NA   NA
 3795379 3795380 CTLon_0522 CTLon_0523   dnaA2 FALSE 0.056 242.000 0.000 1.000   NA
 3795380 3795381 CTLon_0523 CTLon_0524 dnaA2   TRUE 0.528 52.000 0.006 NA N NA
 3795383 3795384 CTLon_0526 CTLon_0527 nqrB nqrC TRUE 0.995 4.000 0.093 0.002 Y NA
 3795384 3795385 CTLon_0527 CTLon_0528 nqrC nqrD TRUE 0.987 -10.000 0.034 0.007 Y NA
 3795385 3795386 CTLon_0528 CTLon_0529 nqrD nqrE TRUE 0.994 6.000 0.034 0.007 Y NA
 3795387 3795388 CTLon_0530 CTLon_0531 gcsH   TRUE 0.927 20.000 0.857 1.000   NA
 3795388 3795389 CTLon_0531 CTLon_0532     FALSE 0.247 195.000 0.032 1.000   NA
 3795389 3795390 CTLon_0532 CTLon_0533   lplA TRUE 0.979 6.000 0.032 0.021 N NA
 3795394 3795395 CTLon_0537 CTLon_0538     TRUE 0.556 57.000 0.231 NA   NA
 3795395 3795396 CTLon_0538 CTLon_0539   ptsN_2 TRUE 0.995 3.000 0.231 0.002 Y NA
 3795396 3795397 CTLon_0539 CTLon_0540 ptsN_2 dut TRUE 0.945 2.000 0.008 1.000 N NA
 3795397 3795398 CTLon_0540 CTLon_0541 dut accD TRUE 0.775 37.000 0.008 1.000 N NA
 3795398 3795399 CTLon_0541 CTLon_0542 accD sodM TRUE 0.526 71.000 0.009 1.000 N NA
 3795399 3795400 CTLon_0542 CTLon_0543 sodM mrsA FALSE 0.398 132.000 0.067 1.000 N NA
 3795400 3795401 CTLon_0543 CTLon_0544 mrsA   FALSE 0.176 152.000 0.022 NA   NA
 3795402 3795403 CTLon_0545 CTLon_0546 rnc radA TRUE 0.869 -16.000 0.007 1.000 N NA
 3795403 3795404 CTLon_0546 CTLon_0547 radA hemC TRUE 0.694 44.000 0.007 1.000 N NA
 3795404 3795405 CTLon_0547 CTLon_0548 hemC   FALSE 0.011 394.000 0.000 NA   NA
 3795406 3795407 CTLon_0549 CTLon_0550 pknD valS TRUE 0.907 15.000 0.006 1.000 N NA
 3795407 3795408 CTLon_0550 CTLon_0551 valS   FALSE 0.109 127.000 0.006 NA   NA
 3795408 3795409 CTLon_0551 CTLon_0552   atpK TRUE 0.694 -79.000 0.030 NA   NA
 3795409 3795410 CTLon_0552 CTLon_0553 atpK atpI TRUE 0.844 62.000 0.848 0.002   NA
 3795410 3795411 CTLon_0553 CTLon_0554 atpI atpD TRUE 0.994 6.000 0.270 0.010 Y NA
 3795411 3795412 CTLon_0554 CTLon_0555 atpD atpB TRUE 0.991 -15.000 0.903 0.010 Y NA
 3795412 3795413 CTLon_0555 CTLon_0556 atpB atpA TRUE 0.996 3.000 0.806 0.010 Y NA
 3795413 3795414 CTLon_0556 CTLon_0557 atpA   TRUE 0.913 -6.000 0.633 NA   NA
 3795414 3795415 CTLon_0557 CTLon_0558   atpE FALSE 0.277 167.000 0.667 NA   NA
 3795417 3795418 CTLon_0560 CTLon_0561   tal TRUE 0.753 45.000 0.667 1.000   NA
 3795418 3795419 CTLon_0561 CTLon_0562 tal rpoC FALSE 0.300 112.000 0.006 1.000 N NA
 3795419 3795420 CTLon_0562 CTLon_0563 rpoC rpoB TRUE 0.990 25.000 0.851 0.002 Y NA
 3795420 3795421 CTLon_0563 CTLon_0564 rpoB rplL TRUE 0.436 361.000 0.223 1.000 N NA
 3795421 3795422 CTLon_0564 CTLon_0565 rplL rplJ TRUE 0.981 32.000 0.884 0.050 Y NA
 3795422 3795423 CTLon_0565 CTLon_0566 rplJ rplA TRUE 0.985 22.000 0.302 0.066 Y NA
 3795423 3795424 CTLon_0566 CTLon_0567 rplA rplK TRUE 0.987 23.000 0.838 0.066 Y NA
 3795424 3795425 CTLon_0567 CTLon_0568 rplK nusG TRUE 0.558 106.000 0.681 1.000 N NA
 3795425 3795426 CTLon_0568 CTLon_0569 nusG secE TRUE 0.976 4.000 0.843 1.000 N NA
 3795426 3795427 CTLon_0569 CTLon_0108aq secE tRNA-Trp FALSE 0.094 30.000 0.000 NA   NA
 3795427 3795428 CTLon_0108aq CTLon_0570 tRNA-Trp tufA FALSE 0.060 41.000 0.000 NA   NA
 3795428 3795429 CTLon_0570 CTLon_0108ap tufA tRNA-Thr FALSE 0.048 46.000 0.000 NA   NA
 3795429 3795430 CTLon_0108ap CTLon_0571 tRNA-Thr infA2 FALSE 0.009 231.000 0.000 NA   NA
 3795431 3795432 CTLon_0572 CTLon_0573     TRUE 0.893 -3.000 0.054 NA   NA
 3795433 3795434 CTLon_0574 CTLon_0576     FALSE 0.009 190.000 0.000 NA   NA
 3795437 3795438 CTLon_0578 CTLon_0579 tpiS xseA TRUE 0.922 14.000 0.007 1.000 N NA
 3795438 3795439 CTLon_0579 CTLon_0580 xseA xseB TRUE 0.954 -16.000 0.412 0.002   NA
 3795439 3795440 CTLon_0580 CTLon_0581 xseB   TRUE 0.835 7.000 0.007 NA   NA
 3795440 3795441 CTLon_0581 CTLon_0582   dxs TRUE 0.852 -3.000 0.011 NA   NA
 3795441 3795442 CTLon_0582 CTLon_0583 dxs pykF FALSE 0.317 97.000 0.004 1.000 N NA
 3795442 3795443 CTLon_0583 CTLon_0584 pykF uvrA TRUE 0.814 23.000 0.002 1.000 N NA
 3795443 3795444 CTLon_0584 CTLon_0585 uvrA dnaX FALSE 0.423 218.000 0.000 1.000 Y NA
 3795444 3795445 CTLon_0585 CTLon_0586 dnaX   TRUE 0.896 -7.000 0.411 NA   NA
 3795446 3795447 CTLon_0587 CTLon_0588 ptsI ptsH TRUE 0.993 0.000 0.026 0.005 Y NA
 3795447 3795448 CTLon_0588 CTLon_0589 ptsH   FALSE 0.161 138.000 0.013 NA   NA
 3795448 3795449 CTLon_0589 CTLon_0590     FALSE 0.038 57.000 0.000 NA   NA
 3795451 3795452 CTLon_0592 CTLon_0593   dnaJ TRUE 0.871 35.000 0.333 1.000 N NA
 3795452 3795453 CTLon_0593 CTLon_0594 dnaJ rpsU TRUE 0.846 29.000 0.412 1.000   NA
 3795453 3795454 CTLon_0594 CTLon_0595 rpsU   FALSE 0.153 198.000 0.006 1.000   NA
 3795455 3795456 CTLon_0596 CTLon_0597 lon   FALSE 0.218 102.000 0.012 NA   NA
 3795456 3795457 CTLon_0597 CTLon_0598     FALSE 0.010 343.000 0.000 NA   NA
 3795457 3795458 CTLon_0598 CTLon_0599   xerC FALSE 0.328 62.000 0.004 1.000   NA
 3795458 3795459 CTLon_0599 CTLon_0600 xerC   TRUE 0.535 54.000 0.010 1.000   NA
 3795459 3795460 CTLon_0600 CTLon_0601     TRUE 0.636 36.000 0.017 NA   NA
 3795460 3795461 CTLon_0601 CTLon_0602     TRUE 0.854 -18.000 0.017 NA N NA
 3795461 3795462 CTLon_0602 CTLon_0603     TRUE 0.934 7.000 0.500 NA   NA
 3795463 3795464 CTLon_0604 CTLon_0605 secG def FALSE 0.199 156.000 0.002 1.000 N NA
 3795464 3795465 CTLon_0605 CTLon_0606 def ksgA TRUE 0.437 275.000 0.000 1.000 Y NA
 3795465 3795466 CTLon_0606 CTLon_0607 ksgA   TRUE 0.797 16.000 0.005 1.000   NA
 3795466 3795467 CTLon_0607 CTLon_0608     FALSE 0.372 305.000 0.667 1.000   NA
 3795468 3795469 CTLon_0108ak CTLon_0609 tRNA-Ser   FALSE 0.009 156.000 0.000 NA   NA
 3795469 3795470 CTLon_0609 CTLon_0610     FALSE 0.119 26.000 0.000 NA   NA
 3795471 3795472 CTLon_0611 CTLon_0612     FALSE 0.010 252.000 0.000 NA   NA
 3795472 3795473 CTLon_0612 CTLon_0613   dapA FALSE 0.157 162.000 0.014 NA   NA
 3795473 3795474 CTLon_0613 CTLon_0614 dapA lysC TRUE 0.984 10.000 0.021 1.000 Y NA
 3795474 3795475 CTLon_0614 CTLon_0615 lysC asd TRUE 0.978 -7.000 0.022 1.000 Y NA
 3795475 3795476 CTLon_0615 CTLon_0616 asd dapB TRUE 0.986 10.000 0.005 0.059 Y NA
 3795476 3795477 CTLon_0616 CTLon_0617 dapB   FALSE 0.009 177.000 0.000 NA   NA
 3795478 3795479 CTLon_0618 CTLon_0619 aroA aroL TRUE 0.927 -58.000 0.006 1.000 Y NA
 3795479 3795480 CTLon_0619 CTLon_0620 aroL aroC TRUE 0.966 -7.000 0.006 1.000 Y NA
 3795480 3795481 CTLon_0620 CTLon_0621 aroC aroB TRUE 0.993 -3.000 0.110 0.005 Y NA
 3795481 3795482 CTLon_0621 CTLon_0622 aroB aroE TRUE 0.978 -19.000 0.007 0.005 Y NA
 3795482 3795483 CTLon_0622 CTLon_0623 aroE   TRUE 0.653 42.000 0.214 NA   NA
 3795483 3795484 CTLon_0623 CTLon_0624     FALSE 0.243 141.000 0.300 NA   NA
 3795484 3795485 CTLon_0624 CTLon_0625     FALSE 0.025 69.000 0.000 NA   NA
 3795485 3795486 CTLon_0625 CTLon_0626     FALSE 0.200 16.000 0.000 NA   NA
 3795486 3795487 CTLon_0626 CTLon_0627     TRUE 0.600 172.000 0.011 1.000 Y NA
 3795488 3795489 CTLon_0628 CTLon_0629 mdhC ltuA FALSE 0.133 190.000 0.009 NA   NA
 3795489 3795490 CTLon_0629 CTLon_0630 ltuA pgi FALSE 0.260 115.000 0.133 NA   NA
 3795490 3795491 CTLon_0630 CTLon_0631 pgi   FALSE 0.139 113.000 0.002 1.000   NA
 3795491 3795492 CTLon_0631 CTLon_0632   phnP TRUE 0.880 13.000 0.008 1.000   NA
 3795492 3795493 CTLon_0632 CTLon_0633 phnP artJ TRUE 0.635 29.000 0.005 1.000   NA
 3795493 3795494 CTLon_0633 CTLon_0634 artJ aroG TRUE 0.853 69.000 0.200 1.000 Y NA
 3795494 3795495 CTLon_0634 CTLon_0635 aroG   FALSE 0.010 137.000 0.000 NA   NA
 3795497 3795498 CTLon_0637 CTLon_0638     TRUE 0.621 15.000 0.000 1.000   NA
 3795498 3795499 CTLon_0638 CTLon_0639     TRUE 0.852 -3.000 0.011 NA   NA
 3795502 3795503 CTLon_0642 CTLon_0643   dapL FALSE 0.199 108.000 0.012 NA   NA
 3795503 3795504 CTLon_0643 CTLon_0644 dapL   TRUE 0.901 8.000 0.037 NA   NA
 3795506 3795507 CTLon_0646 CTLon_0647 proS   TRUE 0.516 69.000 0.007 1.000 N NA
 3795507 3795508 CTLon_0647 CTLon_0648   grpE TRUE 0.959 -3.000 0.286 1.000 N NA
 3795508 3795509 CTLon_0648 CTLon_0649 grpE dnaK TRUE 0.983 26.000 0.224 0.013 Y NA
 3795509 3795510 CTLon_0649 CTLon_0650 dnaK vacB FALSE 0.222 293.000 0.003 1.000 N NA
 3795510 3795511 CTLon_0650 CTLon_0651 vacB   FALSE 0.010 256.000 0.000 NA   NA
 3795512 3795513 CTLon_0652 CTLon_0653   sucB TRUE 0.906 32.000 0.857 1.000 N NA
 3795513 3795514 CTLon_0653 CTLon_0654 sucB gltT TRUE 0.735 246.000 0.714 1.000 Y NA
 3795514 3795515 CTLon_0654 CTLon_0655 gltT   TRUE 0.940 -3.000 0.013 1.000 N NA
 3795515 3795516 CTLon_0655 CTLon_0656     FALSE 0.225 166.000 0.006 1.000 N NA
 3795516 3795517 CTLon_0656 CTLon_0657     TRUE 0.850 -12.000 0.213 NA   NA
 3795517 3795518 CTLon_0657 CTLon_0658   ribC TRUE 0.793 -3.000 0.006 NA   NA
 3795519 3795520 CTLon_0659 CTLon_0660   dksA TRUE 0.903 14.000 0.009 NA N NA
 3795520 3795521 CTLon_0660 CTLon_0661 dksA lspA TRUE 0.960 6.000 0.038 1.000 N NA
 3795521 3795522 CTLon_0661 CTLon_0662 lspA   TRUE 0.628 102.000 0.038 0.053 N NA
 3795522 3795523 CTLon_0662 CTLon_0663   pcnB FALSE 0.137 216.000 0.000 1.000 N NA
 3795523 3795524 CTLon_0663 CTLon_0664 pcnB lpxB TRUE 0.629 61.000 0.010 1.000 N NA
 3795524 3795525 CTLon_0664 CTLon_0665 lpxB pmpA FALSE 0.076 107.000 0.000 1.000   NA
 3795525 3795526 CTLon_0665 CTLon_0666 pmpA pmpB FALSE 0.206 139.000 0.000 0.014   NA
 3795526 3795527 CTLon_0666 CTLon_0667 pmpB pmpC TRUE 0.564 176.000 1.000 0.014   NA
 3795529 3795530 CTLon_0668 CTLon_0669     TRUE 0.988 -3.000 0.509 1.000 Y NA
 3795530 3795531 CTLon_0669 CTLon_0670     TRUE 0.983 -9.000 0.616 1.000 Y NA
 3795532 3795533 CTLon_0671 CTLon_0672   rpmA TRUE 0.472 90.000 0.335 1.000   NA
 3795533 3795534 CTLon_0672 CTLon_0673 rpmA rplU TRUE 0.980 31.000 0.667 0.048 Y NA
 3795534 3795535 CTLon_0673 CTLon_0108ad rplU tRNA-Phe FALSE 0.010 317.000 0.000 NA   NA
 3795536 3795537 CTLon_0674ae CTLon_0675af     FALSE 0.173 185.000 0.024 NA   NA
 3795537 3795538 CTLon_0675af CTLon_0676     TRUE 0.907 17.000 0.667 NA   NA
 3795538 3795539 CTLon_0676 CTLon_0677     TRUE 0.759 14.000 0.006 NA   NA
 3795539 3795540 CTLon_0677 CTLon_0678     FALSE 0.237 133.000 0.222 NA   NA
 3795540 3795541 CTLon_0678 CTLon_0679   rsbV FALSE 0.078 189.000 0.006 NA   NA
 3795541 3795542 CTLon_0679 CTLon_0680 rsbV   FALSE 0.232 178.000 0.286 NA   NA
 3795542 3795543 CTLon_0680 CTLon_0681     FALSE 0.143 197.000 0.011 NA   NA
 3795543 3795544 CTLon_0681 CTLon_0682     TRUE 0.798 -27.000 0.205 NA   NA
 3795544 3795545 CTLon_0682 CTLon_0683   ubiE TRUE 0.605 -64.000 0.008 NA   NA
 3795546 3795547 CTLon_0684 CTLon_0685   dapF FALSE 0.351 61.000 0.008 NA   NA
 3795547 3795548 CTLon_0685 CTLon_0686 dapF clpP TRUE 0.793 -31.000 0.006 1.000 N NA
 3795548 3795549 CTLon_0686 CTLon_0687 clpP glyA TRUE 0.953 12.000 0.051 1.000 N NA
 3795550 3795551 CTLon_0688 CTLon_0689   ispF FALSE 0.292 103.000 0.003 1.000 N NA
 3795552 3795553 CTLon_0690 CTLon_0691   rpsJ TRUE 0.885 17.000 0.006 1.000 N NA
 3795553 3795554 CTLon_0691 CTLon_0692 rpsJ fusA TRUE 0.980 8.000 0.007 1.000 Y NA
 3795554 3795555 CTLon_0692 CTLon_0693 fusA rpsG TRUE 0.902 42.000 0.008 1.000 Y NA
 3795555 3795556 CTLon_0693 CTLon_0694 rpsG rpsL TRUE 0.949 50.000 0.029 0.009 Y NA
 3795557 3795558 CTLon_0695 CTLon_0696   tsp FALSE 0.240 158.000 0.025 1.000   NA
 3795559 3795560 CTLon_0697 CTLon_0698 crpA omcB FALSE 0.283 178.000 0.200 1.000   NA
 3795560 3795561 CTLon_0698 CTLon_0699 omcB omcA TRUE 0.572 147.000 0.600 0.002   NA
 3795563 3795564 CTLon_0701 CTLon_0702 gltX euo FALSE 0.057 271.000 0.000 1.000   NA
 3795564 3795565 CTLon_0702 CTLon_0703 euo recJ FALSE 0.063 404.000 0.000 1.000   NA
 3795565 3795566 CTLon_0703 CTLon_0704a recJ secF FALSE 0.209 118.000 0.007 1.000   NA
 3795566 10750539 CTLon_0704a CTLon_0704 secF   FALSE 0.090 -68.000 0.000 NA   NA
 10750539 3795567 CTLon_0704 CTLon_0705     FALSE 0.011 420.000 0.000 NA   NA
 3795568 3795569 CTLon_0706 CTLon_0707 uppS cdsA TRUE 0.990 6.000 0.400 1.000 Y NA
 3795569 3795570 CTLon_0707 CTLon_0708 cdsA cmk TRUE 0.932 -3.000 0.008 1.000 N NA
 3795570 3795571 CTLon_0708 CTLon_0709 cmk plsC TRUE 0.932 -3.000 0.008 1.000 N NA
 3795571 3795572 CTLon_0709 CTLon_0710 plsC argS TRUE 0.900 15.000 0.006 1.000 N NA
 3795575 3795576 CTLon_0713 CTLon_0714     FALSE 0.057 183.000 0.002 NA   NA
 3795576 3795577 CTLon_0714 CTLon_0715   prfB TRUE 0.976 -3.000 0.006 1.000 Y NA
 3795578 3795579 CTLon_0716 CTLon_0717     TRUE 0.644 58.000 0.316 1.000   NA
 3795579 3795580 CTLon_0717 CTLon_0718   ispD TRUE 0.842 -10.000 0.010 1.000   NA
 3795580 3795581 CTLon_0718 CTLon_0719 ispD truA TRUE 0.934 9.000 0.007 1.000 N NA
 3795583 3795584 CTLon_0721 CTLon_0108v   tRNA-Leu FALSE 0.010 130.000 0.000 NA   NA
 3795584 3795585 CTLon_0108v CTLon_0722 tRNA-Leu   FALSE 0.020 82.000 0.000 NA   NA
 3795585 3795586 CTLon_0722 CTLon_0723   atoS TRUE 0.789 -22.000 0.057 NA   NA
 3795586 3795587 CTLon_0723 CTLon_0724 atoS atoC TRUE 0.951 43.000 0.019 0.019 Y NA
 3795587 3795588 CTLon_0724 CTLon_0108k atoC tRNA-Arg FALSE 0.027 67.000 0.000 NA   NA
 3795588 3795589 CTLon_0108k CTLon_0725 tRNA-Arg   FALSE 0.019 87.000 0.000 NA   NA
 3795589 3795590 CTLon_0725 CTLon_0726   recO TRUE 0.611 -30.000 0.007 NA   NA
 3795591 3795592 CTLon_0727 CTLon_0108x   tRNA-Leu FALSE 0.010 131.000 0.000 NA   NA
 3795593 3795594 CTLon_0728 CTLon_0729     TRUE 0.845 6.000 0.007 NA   NA
 3795596 3795597 CTLon_0731 CTLon_0732 pheT   TRUE 0.785 -3.000 0.006 NA   NA
 3795597 3795598 CTLon_0732 CTLon_0733     TRUE 0.842 19.000 0.038 NA   NA
 3795599 3795600 CTLon_0734 CTLon_0735 oppC2 oppB2 TRUE 0.994 2.000 0.400 0.019 Y NA
 3795600 3795601 CTLon_0735 CTLon_0736 oppB2 oppA4 TRUE 0.960 45.000 0.318 0.019 Y NA
 3795601 3795602 CTLon_0736 CTLon_0737 oppA4   FALSE 0.162 606.000 0.000 1.000 N NA
 3795602 3795603 CTLon_0737 CTLon_0738     FALSE 0.283 162.000 0.714 NA   NA
 3795605 3795606 CTLon_0740 CTLon_0741   hemZ FALSE 0.054 157.000 0.000 1.000   NA
 3795606 3795607 CTLon_0741 CTLon_0742 hemZ fliY TRUE 0.895 22.000 0.011 1.000 N NA
 3795607 3795608 CTLon_0742 CTLon_0743 fliY   TRUE 0.607 46.000 0.005 1.000 N NA
 3795608 3795609 CTLon_0743 CTLon_0744     TRUE 0.880 -3.000 0.008 1.000   NA
 3795609 3795610 CTLon_0744 CTLon_0745   glgC FALSE 0.427 89.000 0.070 1.000   NA
 3795612 3795613 CTLon_0747 CTLon_0748 rho   TRUE 0.940 -3.000 0.013 1.000 N NA
 3795613 3795614 CTLon_0748 CTLon_0749   polA TRUE 0.944 -6.000 0.068 1.000 N NA
 3795614 3795615 CTLon_0749 CTLon_0750 polA sohB TRUE 0.888 17.000 0.006 1.000 N NA
 3795615 3795616 CTLon_0750 CTLon_0751 sohB   FALSE 0.318 140.000 0.011 1.000 N NA
 3795616 3795617 CTLon_0751 CTLon_0752   pgsA FALSE 0.275 212.000 0.000 0.051 N NA
 3795617 3795618 CTLon_0752 CTLon_0108am pgsA tRNA-Ser FALSE 0.009 182.000 0.000 NA   NA
 3795618 3795619 CTLon_0108am CTLon_0753 tRNA-Ser   FALSE 0.011 126.000 0.000 NA   NA
 3795620 3795621 CTLon_0754 CTLon_0755 dnaB gidA FALSE 0.148 295.000 0.000 1.000 N NA
 3795621 3795622 CTLon_0755 CTLon_0756 gidA lplA TRUE 0.892 -10.000 0.008 1.000 N NA
 3795623 3795624 CTLon_0757 CTLon_0758 ndk ruvA FALSE 0.242 160.000 0.006 1.000 N NA
 3795624 3795625 CTLon_0758 CTLon_0759 ruvA ruvC TRUE 0.990 20.000 0.451 0.011 Y NA
 3795625 3795626 CTLon_0759 CTLon_0760 ruvC   FALSE 0.126 108.000 0.006 NA   NA
 3795626 3795627 CTLon_0760 CTLon_0108y   tRNA-Leu FALSE 0.009 190.000 0.000 NA   NA
 3795627 3795628 CTLon_0108y CTLon_0761 tRNA-Leu   FALSE 0.011 120.000 0.000 NA   NA
 3795628 3795629 CTLon_0761 CTLon_0762   gapA TRUE 0.906 11.000 0.128 NA   NA
 3795629 3795630 CTLon_0762 CTLon_0763 gapA rplQ TRUE 0.644 44.000 0.006 1.000 N NA
 3795630 3795631 CTLon_0763 CTLon_0764 rplQ rpoA TRUE 0.973 9.000 0.873 1.000 N NA
 3795631 3795632 CTLon_0764 CTLon_0765 rpoA rpsK TRUE 0.935 21.000 0.308 1.000 N NA
 3795632 3795633 CTLon_0765 CTLon_0766 rpsK rpsM TRUE 0.989 22.000 0.810 0.046 Y NA
 3795633 3795634 CTLon_0766 CTLon_0767 rpsM secY TRUE 0.671 56.000 0.011 1.000 N NA
 3795634 3795635 CTLon_0767 CTLon_0768 secY rplO TRUE 0.939 23.000 0.730 1.000 N NA
 3795635 3795636 CTLon_0768 CTLon_0769 rplO rpsE TRUE 0.988 -7.000 0.148 0.061 Y NA
 3795636 3795637 CTLon_0769 CTLon_0770 rpsE rplR TRUE 0.992 15.000 0.814 0.061 Y NA
 3795637 3795638 CTLon_0770 CTLon_0771 rplR rplF TRUE 0.989 22.000 0.815 0.046 Y NA
 3795638 3795639 CTLon_0771 CTLon_0772 rplF rpsH TRUE 0.984 28.000 0.808 0.046 Y NA
 3795639 3795640 CTLon_0772 CTLon_0773 rpsH rplE TRUE 0.988 18.000 0.059 0.046 Y NA
 3795640 3795641 CTLon_0773 CTLon_0774 rplE rplX TRUE 0.995 2.000 0.758 0.046 Y NA
 3795641 3795642 CTLon_0774 CTLon_0775 rplX rplN TRUE 0.993 13.000 0.810 0.061 Y NA
 3795642 3795643 CTLon_0775 CTLon_0776 rplN rpsQ TRUE 0.991 17.000 0.791 0.061 Y NA
 3795643 3795644 CTLon_0776 CTLon_0777 rpsQ rpmC TRUE 0.966 -7.000 0.828 0.046   NA
 3795644 3795645 CTLon_0777 CTLon_0778 rpmC rplP TRUE 0.979 2.000 0.802 0.046   NA
 3795645 3795646 CTLon_0778 CTLon_0779 rplP rpsC TRUE 0.978 33.000 0.828 0.061 Y NA
 3795646 3795647 CTLon_0779 CTLon_0780 rpsC rplV TRUE 0.994 10.000 0.719 0.061 Y NA
 3795647 3795648 CTLon_0780 CTLon_0781 rplV rpsS TRUE 0.990 19.000 0.769 0.061 Y NA
 3795648 3795649 CTLon_0781 CTLon_0782 rpsS rplB TRUE 0.995 6.000 0.820 0.061 Y NA
 3795649 3795650 CTLon_0782 CTLon_0783 rplB rplW TRUE 0.979 24.000 0.849 1.000 Y NA
 3795650 3795651 CTLon_0783 CTLon_0784 rplW rplD TRUE 0.977 16.000 0.013 1.000 Y NA
 3795651 3795652 CTLon_0784 CTLon_0785 rplD rplC TRUE 0.991 9.000 0.020 0.046 Y NA
 3795652 3795653 CTLon_0785 CTLon_0786 rplC   FALSE 0.011 435.000 0.000 NA   NA
 3795653 3795654 CTLon_0786 CTLon_0787   fmt FALSE 0.082 166.000 0.006 NA   NA
 3795654 3795655 CTLon_0787 CTLon_0788 fmt lpxA TRUE 0.884 -10.000 0.007 1.000 N NA
 3795655 3795656 CTLon_0788 CTLon_0789 lpxA fabZ TRUE 0.952 12.000 0.048 1.000 N NA
 3795656 3795657 CTLon_0789 CTLon_0790 fabZ lpxC TRUE 0.939 -3.000 0.012 1.000 N NA
 3795657 3795658 CTLon_0790 CTLon_0791 lpxC cutE TRUE 0.721 99.000 0.012 1.000 Y NA
 3795658 3795659 CTLon_0791 CTLon_0792 cutE   TRUE 0.600 64.000 0.072 NA N NA
 3795659 3795660 CTLon_0792 CTLon_0793   dnaQ2 FALSE 0.323 136.000 0.072 NA N NA
 3795660 3795661 CTLon_0793 CTLon_0794 dnaQ2   TRUE 0.842 4.000 0.007 NA   NA
 3795661 3795662 CTLon_0794 CTLon_0795     TRUE 0.713 -21.000 0.010 NA   NA
 3795663 3795664 CTLon_0108w CTLon_0796 tRNA-Leu trxA FALSE 0.009 174.000 0.000 NA   NA
 3795665 3795666 CTLon_0797 CTLon_0798   mip TRUE 0.809 16.000 0.000 1.000 N NA
 3795666 3795667 CTLon_0798 CTLon_0799 mip aspS FALSE 0.241 137.000 0.006 1.000 N NA
 3795667 3795668 CTLon_0799 CTLon_0800 aspS hisS TRUE 0.976 -19.000 0.009 0.055 Y NA
 3795669 3795670 CTLon_0801 CTLon_0802 uhpC dnaE TRUE 0.918 14.000 0.007 1.000 N NA
 3795672 3795673 CTLon_0804 CTLon_0805     TRUE 0.866 25.000 0.750 NA   NA
 3795673 3795674 CTLon_0805 CTLon_0806   rsbW TRUE 0.896 -13.000 0.875 NA   NA
 3795676 3795677 CTLon_0808 CTLon_0809 dacC   FALSE 0.270 133.000 0.455 NA   NA
 3795677 3795678 CTLon_0809 CTLon_0810     TRUE 0.873 -3.000 0.020 NA   NA
 3795678 3795679 CTLon_0810 CTLon_0811   brnQ FALSE 0.224 150.000 0.008 NA N NA
 3795679 3795680 CTLon_0811 CTLon_0812 brnQ   TRUE 0.439 174.000 0.545 1.000 N NA
 3795680 3795681 CTLon_0812 CTLon_0813     FALSE 0.267 179.000 0.600 NA   NA
 3795681 3795682 CTLon_0813 CTLon_0814   lpdA FALSE 0.009 209.000 0.000 NA   NA
 3795682 3795683 CTLon_0814 CTLon_0815 lpdA lipA TRUE 0.934 -3.000 0.009 1.000 N NA
 3795683 3795684 CTLon_0815 CTLon_0816 lipA sctJ FALSE 0.293 104.000 0.004 1.000 N NA
 3795684 3795685 CTLon_0816 CTLon_0817 sctJ   TRUE 0.948 1.000 0.875 NA   NA
 3795685 3795686 CTLon_0817 CTLon_0818   sctL FALSE 0.281 276.000 0.556 NA   NA
 3795686 3795687 CTLon_0818 CTLon_0819 sctL sctR TRUE 0.988 13.000 0.700 1.000 Y NA
 3795687 3795688 CTLon_0819 CTLon_0820 sctR sctS TRUE 0.994 12.000 0.700 0.012 Y NA
 3795688 3795689 CTLon_0820 CTLon_0821 sctS sctT TRUE 0.991 7.000 0.875 1.000 Y NA
 3795690 3795691 CTLon_0822 CTLon_0823     TRUE 0.477 90.000 1.000 NA   NA
 3795691 3795692 CTLon_0823 CTLon_0824     TRUE 0.942 6.000 0.667 NA   NA
 3795692 3795693 CTLon_0824 CTLon_0825     TRUE 0.876 -15.000 0.667 NA   NA
 3795693 3795694 CTLon_0825 CTLon_0826   gspG TRUE 0.870 -16.000 0.667 NA   NA
 3795694 3795695 CTLon_0826 CTLon_0827 gspG gspF TRUE 0.829 63.000 0.030 NA Y NA
 3795695 3795696 CTLon_0827 CTLon_0828 gspF gspE TRUE 0.984 12.000 0.035 1.000 Y NA
 3795696 3795697 CTLon_0828 CTLon_0829 gspE gspD TRUE 0.976 -16.000 0.467 1.000 Y NA
 3795697 3795698 CTLon_0829 CTLon_0830 gspD   TRUE 0.933 1.000 0.467 NA   NA
 3795698 3795699 CTLon_0830 CTLon_0831   pepP FALSE 0.171 129.000 0.014 NA   NA
 3795699 3795700 CTLon_0831 CTLon_0832 pepP mutL TRUE 0.932 11.000 0.007 1.000 N NA
 3795701 3795702 CTLon_0833 CTLon_0834 scc2   TRUE 0.890 17.000 0.333 NA   NA
 3795702 3795703 CTLon_0834 CTLon_0835   copB TRUE 0.787 37.000 0.857 NA   NA
 3795703 3795704 CTLon_0835 CTLon_0836 copB copD TRUE 0.931 31.000 0.750 0.009   NA
 3795706 3795707 CTLon_0838 CTLon_0839 thrS minD FALSE 0.404 452.000 0.035 1.000 N NA
 3795707 3795708 CTLon_0839 CTLon_0840 minD gp6D TRUE 0.950 5.000 0.875 NA   NA
 3795708 3795709 CTLon_0840 CTLon_0841 gp6D   TRUE 0.836 -34.000 0.750 NA   NA
 3795709 3795710 CTLon_0841 CTLon_0842   trpS FALSE 0.189 179.000 0.039 NA   NA
 3795710 3795711 CTLon_0842 CTLon_0843 trpS uvrB TRUE 0.908 25.000 0.006 0.055 N NA
 3795711 3795712 CTLon_0843 CTLon_0844 uvrB eno FALSE 0.237 162.000 0.006 1.000 N NA
 3795712 3795713 CTLon_0844 CTLon_0845 eno rbsU FALSE 0.262 127.000 0.006 1.000 N NA
 3795713 3795714 CTLon_0845 CTLon_0846 rbsU   FALSE 0.397 125.000 0.750 1.000   NA
 3795715 3795716 CTLon_0847 CTLon_0848   sdhB FALSE 0.256 97.000 0.019 NA   NA
 3795716 3795717 CTLon_0848 CTLon_0849 sdhB sdhA TRUE 0.919 79.000 0.231 0.002 Y NA
 3795717 3795718 CTLon_0849 CTLon_0850 sdhA   FALSE 0.237 -3.000 0.000 NA   NA
 3795718 3795719 CTLon_0850 CTLon_0851     FALSE 0.009 147.000 0.000 NA   NA
 3795719 3795720 CTLon_0851 CTLon_0852   dsdD FALSE 0.372 85.000 0.008 NA N NA
 3795721 3795722 CTLon_0853 CTLon_0854 exbB   TRUE 0.993 -3.000 0.583 0.030 Y NA
 3795722 3795723 CTLon_0854 CTLon_0855     TRUE 0.938 3.000 0.500 NA   NA
 3795723 3795724 CTLon_0855 CTLon_0856   tolB TRUE 0.941 0.000 0.750 NA   NA
 3795724 3795725 CTLon_0856 CTLon_0857 tolB pal TRUE 0.967 -3.000 0.750 1.000 N NA
 3795725 3795726 CTLon_0857 CTLon_0858 pal   TRUE 0.923 -10.000 0.750 1.000   NA
 3795726 3795727 CTLon_0858 CTLon_0859     TRUE 0.520 71.000 0.750 NA   NA
 3795728 3795729 CTLon_0860 CTLon_0108l ahpC tRNA-Arg FALSE 0.127 25.000 0.000 NA   NA
 3795729 3795730 CTLon_0108l CTLon_0861 tRNA-Arg groEL2 FALSE 0.012 111.000 0.000 NA   NA
 3795730 3795731 CTLon_0861 CTLon_0862 groEL2   FALSE 0.385 80.000 0.128 NA   NA
 3795733 3795734 CTLon_0864 CTLon_0865   ung TRUE 0.833 -15.000 0.140 NA   NA
 3795735 3795736 CTLon_0866 CTLon_0867 uvrD rpoN TRUE 0.955 4.000 0.015 1.000 N NA
 3795737 3795738 CTLon_0868 CTLon_0869     TRUE 0.893 -3.000 0.055 NA   NA
 3795738 3795739 CTLon_0869 CTLon_0870   folA TRUE 0.728 -28.000 0.017 NA   NA
 3795739 3795740 CTLon_0870 CTLon_0871 folA folP TRUE 0.982 -3.000 0.015 1.000 Y NA
 3795740 3795741 CTLon_0871 CTLon_0872 folP folX TRUE 0.984 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 3795741 3795742 CTLon_0872 CTLon_0873 folX rpoD TRUE 0.925 19.000 0.030 1.000 N NA
 3795742 3795743 CTLon_0873 CTLon_0874 rpoD   TRUE 0.593 149.000 0.857 0.004   NA
 3795744 3795745 CTLon_0875 CTLon_0876 rpsT   FALSE 0.071 233.000 0.004 NA   NA
 3795748 3795749 CTLon_0879 CTLon_0880     FALSE 0.009 228.000 0.000 NA   NA
 3795749 3795750 CTLon_0880 CTLon_0881     FALSE 0.013 107.000 0.000 NA   NA
 3795750 3795751 CTLon_0881 CTLon_0882   mviN FALSE 0.129 244.000 0.008 NA   NA
 3795755 3795756 CTLon_0886 CTLon_0887 ispA glmU TRUE 0.616 56.000 0.054 1.000   NA
 3795756 3795757 CTLon_0887 CTLon_0888 glmU   TRUE 0.668 53.000 0.250 1.000   NA
 3795758 3795759 CTLon_0889 CTLon_0108ag   tRNA-Pro FALSE 0.015 100.000 0.000 NA   NA