MicrobesOnline Operon Predictions for Clostridium perfringens D str. JGS1721

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6088824 6088825 CJD_2803 CJD_2802 tdk   FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6088825 6088826 CJD_2802 CJD_2801   prfA TRUE 0.792 57.000 0.060 1.000   NA
 6088826 6088827 CJD_2801 CJD_2800 prfA   TRUE 0.632 79.000 0.009 NA   NA
 6088827 6088828 CJD_2800 CJD_2799     TRUE 0.860 23.000 0.020 NA   NA
 6088828 6088829 CJD_2799 CJD_2798   rpiB FALSE 0.190 264.000 0.020 NA N NA
 6088829 6088830 CJD_2798 CJD_2797 rpiB upp TRUE 0.692 45.000 0.019 1.000 N NA
 6088830 6088831 CJD_2797 CJD_2796 upp mnaA FALSE 0.116 64.000 0.000 1.000 N NA
 6088831 6088832 CJD_2796 CJD_2795 mnaA   FALSE 0.305 268.000 0.083 1.000 N NA
 6088832 6088833 CJD_2795 CJD_2794     FALSE 0.005 682.000 0.000 NA   NA
 6088833 6088834 CJD_2794 CJD_2793   atpB FALSE 0.257 66.000 0.000 NA   NA
 6088834 6088835 CJD_2793 CJD_2792 atpB atpE TRUE 0.747 61.000 0.069 0.009   NA
 6088835 6088836 CJD_2792 CJD_2791 atpE atpF TRUE 0.880 100.000 0.643 0.008   NA
 6088836 6088837 CJD_2791 CJD_2790 atpF atpH TRUE 0.985 3.000 0.040 0.008 Y NA
 6088837 6088838 CJD_2790 CJD_2789 atpH atpA TRUE 0.996 11.000 0.864 0.008 Y NA
 6088838 6088839 CJD_2789 CJD_2788 atpA atpG TRUE 0.978 65.000 0.846 0.008 Y NA
 6088839 6088840 CJD_2788 CJD_2787 atpG atpD TRUE 0.995 14.000 0.724 0.008 Y NA
 6088840 6088841 CJD_2787 CJD_2786 atpD atpC TRUE 0.995 16.000 0.837 0.008 Y NA
 6088841 6088842 CJD_2786 CJD_2785 atpC   FALSE 0.122 182.000 0.000 NA   NA
 6088842 6088843 CJD_2785 CJD_2784   murA FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6088843 6088844 CJD_2784 CJD_2783 murA spoIID TRUE 0.856 112.000 0.243 1.000 N NA
 6088844 6088845 CJD_2783 CJD_2782 spoIID   FALSE 0.103 111.000 0.000 1.000 N NA
 6088845 6088846 CJD_2782 CJD_2781   spoIIID FALSE 0.188 77.000 0.000 1.000   NA
 6088846 6088847 CJD_2781 CJD_2780 spoIIID mbl TRUE 0.879 91.000 0.284 1.000   NA
 6088849 6088850 CJD_2778 CJD_2777     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6088850 6088851 CJD_2777 CJD_2776     FALSE 0.146 165.000 0.000 NA   NA
 6088851 6088852 CJD_2776 CJD_2775     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6088852 6088853 CJD_2775 CJD_2774     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6088853 6088854 CJD_2774 CJD_2773     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6088854 6088855 CJD_2773 CJD_2772     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6088855 6088856 CJD_2772 CJD_2771     FALSE 0.460 25.000 0.000 NA   NA
 6088856 6088857 CJD_2771 CJD_2770     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6088857 6088858 CJD_2770 CJD_2769   metK FALSE 0.010 430.000 0.000 NA   NA
 6088860 6088861 CJD_2767 CJD_2766     TRUE 0.941 18.000 0.069 NA   NA
 6088861 6088862 CJD_2766 CJD_2765     TRUE 0.875 -24.000 0.005 NA   NA
 6088862 6088863 CJD_2765 CJD_2764   yfiA FALSE 0.111 452.000 0.080 NA   NA
 6088863 6088864 CJD_2764 CJD_2763 yfiA secA FALSE 0.371 235.000 0.050 NA N NA
 6088864 6088865 CJD_2763 CJD_2762 secA prfB FALSE 0.094 377.000 0.048 1.000 N NA
 6088867 6088868 CJD_2760 CJD_2759     FALSE 0.017 346.000 0.000 NA   NA
 6088869 6088870 CJD_2758 CJD_2757 rimI   TRUE 0.965 0.000 0.127 1.000   NA
 6088870 6088871 CJD_2757 CJD_2756     TRUE 0.974 -6.000 0.217 NA   NA
 6088872 6088873 CJD_2755 CJD_2754     FALSE 0.039 262.000 0.000 NA   NA
 6088873 6088874 CJD_2754 CJD_2753     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6088874 6088875 CJD_2753 CJD_2752     FALSE 0.158 157.000 0.000 NA   NA
 6088875 6088876 CJD_2752 CJD_2751     FALSE 0.134 140.000 0.000 1.000   NA
 6088876 6088877 CJD_2751 CJD_2750     FALSE 0.024 278.000 0.000 1.000   NA
 6088877 6088878 CJD_2750 CJD_2749     TRUE 0.977 -10.000 0.330 NA   NA
 6088878 6088879 CJD_2749 CJD_2748     FALSE 0.382 212.000 0.021 NA   NA
 6088879 6088880 CJD_2748 CJD_2747   ptsG FALSE 0.056 171.000 0.000 1.000 N NA
 6088880 6088881 CJD_2747 CJD_2746 ptsG   FALSE 0.008 324.000 0.000 1.000 N NA
 6088881 6088882 CJD_2746 CJD_2745     FALSE 0.122 182.000 0.000 NA   NA
 6088882 6088883 CJD_2745 CJD_2744     FALSE 0.044 255.000 0.000 NA   NA
 6088883 6088884 CJD_2744 CJD_2743     TRUE 0.640 86.000 0.017 1.000   NA
 6088884 6088885 CJD_2743 CJD_2742     FALSE 0.144 166.000 0.000 NA   NA
 6088885 6088886 CJD_2742 CJD_2741     FALSE 0.238 105.000 0.000 NA   NA
 6088886 6088887 CJD_2741 CJD_2740     FALSE 0.127 146.000 0.000 1.000   NA
 6088889 6088890 CJD_2738 CJD_2737 pepD   FALSE 0.015 314.000 0.000 1.000   NA
 6088890 6088891 CJD_2737 CJD_2736     FALSE 0.039 262.000 0.000 NA   NA
 6088891 6088892 CJD_2736 CJD_2735   maf FALSE 0.069 226.000 0.000 NA   NA
 6088892 6088893 CJD_2735 CJD_2734 maf   TRUE 0.836 47.000 0.074 NA N NA
 6088893 6088894 CJD_2734 CJD_2733   mreB TRUE 0.887 20.000 0.040 1.000 N NA
 6088894 6088895 CJD_2733 CJD_2732 mreB mreC TRUE 0.981 4.000 0.689 1.000 N NA
 6088895 6088896 CJD_2732 CJD_2731 mreC mreD TRUE 0.970 16.000 0.550 0.004   NA
 6088896 6088897 CJD_2731 CJD_2730 mreD   TRUE 0.958 9.000 0.089 1.000   NA
 6088897 6088898 CJD_2730 CJD_2729   minC FALSE 0.319 247.000 0.060 1.000 N NA
 6088898 6088899 CJD_2729 CJD_2728 minC minD TRUE 0.989 29.000 0.368 1.000 Y NA
 6088899 6088900 CJD_2728 CJD_2727 minD minE TRUE 0.996 11.000 0.347 NA Y NA
 6088900 6088901 CJD_2727 CJD_2726 minE   TRUE 0.768 148.000 0.000 NA Y NA
 6088901 6088902 CJD_2726 CJD_2725     FALSE 0.161 153.000 0.000 NA   NA
 6088902 6088903 CJD_2725 CJD_2724     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6088903 6088904 CJD_2724 CJD_2723     TRUE 0.769 132.000 0.098 1.000   NA
 6088904 6088905 CJD_2723 CJD_2722     TRUE 0.978 -16.000 0.420 NA   NA
 6088905 6088906 CJD_2722 CJD_2721     TRUE 0.967 17.000 0.180 NA   NA
 6088906 6088907 CJD_2721 CJD_2720   rplU TRUE 0.891 126.000 0.018 0.027 Y NA
 6088907 6088908 CJD_2720 CJD_2719 rplU   TRUE 0.882 76.000 0.208 NA   NA
 6088908 6088909 CJD_2719 CJD_2718   rpmA TRUE 0.975 4.000 0.203 NA   NA
 6088909 6088910 CJD_2718 CJD_2717 rpmA obg TRUE 0.802 168.000 0.335 1.000   NA
 6088910 6088911 CJD_2717 CJD_2716 obg   TRUE 0.925 18.000 0.046 NA   NA
 6088911 6088912 CJD_2716 CJD_2715   nadD TRUE 0.969 2.000 0.150 NA N NA
 6088912 6088913 CJD_2715 CJD_2714 nadD   TRUE 0.995 3.000 0.199 1.000 Y NA
 6088913 6088914 CJD_2714 CJD_2713     TRUE 0.855 23.000 0.033 1.000 N NA
 6088914 6088915 CJD_2713 CJD_2712     TRUE 0.953 -3.000 0.093 1.000 N NA
 6088917 6088918 CJD_2710 CJD_2709   selD FALSE 0.177 144.000 0.000 NA   NA
 6088918 6088919 CJD_2709 CJD_2708 selD selA TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6088919 6088920 CJD_2708 CJD_2707 selA selB TRUE 0.972 1.000 0.569 0.001 N NA
 6088920 6088921 CJD_2707 CJD_2706 selB   FALSE 0.114 187.000 0.000 NA   NA
 6088921 6088922 CJD_2706 CJD_2705   rumA FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 6088922 6088923 CJD_2705 CJD_2704 rumA   FALSE 0.006 458.000 0.000 1.000   NA
 6088923 6088924 CJD_2704 CJD_2703     FALSE 0.087 2.000 0.000 0.004   NA
 6088926 6088927 CJD_2701 CJD_2700     FALSE 0.096 202.000 0.000 NA   NA
 6088927 6088928 CJD_2700 CJD_2699     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6088928 6088929 CJD_2699 CJD_2698     FALSE 0.136 172.000 0.000 NA   NA
 6088929 6088930 CJD_2698 CJD_2697     TRUE 0.640 1.000 0.000 NA   NA
 6088930 6088931 CJD_2697 CJD_2696     TRUE 0.959 18.000 0.131 NA   NA
 6088933 6088934 CJD_2694 CJD_2693     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6088934 6088935 CJD_2693 CJD_2692     FALSE 0.193 133.000 0.000 NA   NA
 6088935 6088936 CJD_2692 CJD_2691   virI FALSE 0.095 203.000 0.000 NA   NA
 6088936 6088937 CJD_2691 CJD_2690 virI virJ TRUE 0.996 -10.000 0.692 1.000 Y NA
 6088937 6088938 CJD_2690 CJD_2689 virJ   FALSE 0.221 117.000 0.000 NA   NA
 6088938 6088939 CJD_2689 CJD_2688     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6088939 6088940 CJD_2688 CJD_2687     FALSE 0.007 507.000 0.000 NA   NA
 6088942 6088943 CJD_2685 CJD_2684     TRUE 0.946 19.000 0.000 1.000 Y NA
 6088946 6088947 CJD_2682 CJD_2680     FALSE 0.038 267.000 0.000 NA   NA
 6088948 6088949 CJD_2679 CJD_2678     TRUE 0.953 5.000 0.000 0.019 Y NA
 6088949 6088950 CJD_2678 CJD_2677     FALSE 0.007 341.000 0.000 1.000 N NA
 6088950 6088951 CJD_2677 CJD_2676   modA FALSE 0.371 -15.000 0.000 1.000 N NA
 6088951 6088952 CJD_2676 CJD_2675 modA modB TRUE 0.995 4.000 0.430 0.001 Y NA
 6088952 6088953 CJD_2675 CJD_2674 modB moaC FALSE 0.159 39.000 0.000 1.000 N NA
 6088953 6088954 CJD_2674 CJD_2673 moaC   FALSE 0.179 94.000 0.000 1.000   NA
 6088954 6088955 CJD_2673 CJD_2672     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.090   NA
 6088955 6088956 CJD_2672 CJD_2671     FALSE 0.012 285.000 0.000 1.000 N NA
 6088956 6088957 CJD_2671 CJD_2670     TRUE 0.938 18.000 0.000 0.031 Y NA
 6088957 6088958 CJD_2670 CJD_2669     FALSE 0.241 319.000 0.000 1.000 Y NA
 6088960 6088961 CJD_2667 CJD_2666     TRUE 0.781 141.000 0.000 NA Y NA
 6088961 6088962 CJD_2666 CJD_2665     TRUE 0.873 49.000 0.000 NA Y NA
 6088962 6088963 CJD_2665 CJD_2664     FALSE 0.006 349.000 0.000 1.000 N NA
 6088963 6088964 CJD_2664 CJD_2663     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6088965 6088966 CJD_2662 CJD_2661 ytaF uvdE FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6088967 6088968 CJD_2660 CJD_2659   ybbB FALSE 0.050 246.000 0.000 NA   NA
 6088968 6088969 CJD_2659 CJD_2658 ybbB   TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6088969 6088970 CJD_2658 CJD_2657   gyrA TRUE 0.995 14.000 0.552 0.003 Y NA
 6088970 6088971 CJD_2657 CJD_2656 gyrA   TRUE 0.918 12.000 0.020 NA   NA
 6088971 6088972 CJD_2656 CJD_2655     FALSE 0.321 214.000 0.012 NA   NA
 6088972 6088973 CJD_2655 CJD_2654   recJ TRUE 0.860 12.000 0.002 1.000   NA
 6088975 6088976 CJD_2652 CJD_2651 murG   FALSE 0.257 207.000 0.006 1.000 N NA
 6088976 6088977 CJD_2651 CJD_2650   nifJ TRUE 0.905 105.000 0.016 0.035 Y NA
 6088977 6088978 CJD_2650 CJD_2649 nifJ   FALSE 0.002 727.000 0.000 1.000 N NA
 6088978 6088979 CJD_2649 CJD_2648     FALSE 0.215 120.000 0.000 NA   NA
 6088979 6088980 CJD_2648 CJD_2647     FALSE 0.006 586.000 0.000 NA   NA
 6088980 6088981 CJD_2647 CJD_2646     FALSE 0.087 210.000 0.000 NA   NA
 6088981 6088982 CJD_2646 CJD_2645     TRUE 0.777 84.000 0.055 NA   NA
 6088986 6088987 CJD_2641 CJD_2640 deoC   FALSE 0.039 201.000 0.000 1.000 N NA
 6088987 6088988 CJD_2640 CJD_2639   spoIIAA FALSE 0.502 134.000 0.014 1.000 N NA
 6088988 6088989 CJD_2639 CJD_2638 spoIIAA spoIIAB TRUE 0.995 14.000 0.669 0.002 Y NA
 6088989 6088990 CJD_2638 CJD_2637 spoIIAB sigF TRUE 0.975 18.000 0.842 1.000 N NA
 6088990 6088991 CJD_2637 CJD_2636 sigF spoVAC TRUE 0.753 138.000 0.078 NA   NA
 6088991 6088992 CJD_2636 CJD_2635 spoVAC spoVAD TRUE 0.980 6.000 0.386 NA   NA
 6088992 6088993 CJD_2635 CJD_2634 spoVAD spoVAE TRUE 0.906 65.000 0.386 NA   NA
 6088993 6088994 CJD_2634 CJD_2633 spoVAE   FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6088994 6088995 CJD_2633 CJD_2632   holA TRUE 0.901 44.000 0.163 NA   NA
 6088997 6088998 CJD_0916 CJD_0915     FALSE 0.001 401.000 0.000 0.032   NA
 6088998 6088999 CJD_0915 CJD_0914     FALSE 0.100 170.000 0.000 1.000   NA
 6088999 6089000 CJD_0914 CJD_0913   def FALSE 0.011 292.000 0.000 1.000 N NA
 6089000 6089001 CJD_0913 CJD_0912 def   FALSE 0.042 235.000 0.000 NA N NA
 6089003 6089004 CJD_0910 CJD_0909     TRUE 0.773 49.000 0.040 1.000   NA
 6089006 6089007 CJD_0907 CJD_0906     FALSE 0.101 169.000 0.000 1.000   NA
 6089009 6089010 CJD_0904 CJD_0903     FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6089010 6089011 CJD_0903 CJD_0902     FALSE 0.048 249.000 0.000 NA   NA
 6089011 6089012 CJD_0902 CJD_0901     FALSE 0.023 237.000 0.000 1.000 N NA
 6089012 6089013 CJD_0901 CJD_0900     FALSE 0.345 17.000 0.000 1.000 N NA
 6089015 6089016 CJD_0898 CJD_0897     FALSE 0.094 204.000 0.000 NA   NA
 6089016 6089017 CJD_0897 CJD_0896   cstA FALSE 0.197 131.000 0.000 NA   NA
 6089017 6089018 CJD_0896 CJD_0895 cstA   FALSE 0.003 457.000 0.000 1.000 N NA
 6089018 6089019 CJD_0895 CJD_0894     FALSE 0.003 527.000 0.000 1.000 N NA
 6089019 6089020 CJD_0894 CJD_0893     TRUE 0.960 26.000 0.600 NA N NA
 6089020 6089021 CJD_0893 CJD_0892   trx FALSE 0.016 308.000 0.000 NA N NA
 6089021 6089022 CJD_0892 CJD_0891 trx   FALSE 0.009 309.000 0.000 1.000 N NA
 6089022 6089023 CJD_0891 CJD_0890     TRUE 0.874 89.000 0.200 NA   NA
 6089023 6089024 CJD_0890 CJD_0889     TRUE 0.795 106.000 0.070 NA   NA
 6089026 6089027 CJD_0887 CJD_0886     FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6089027 6089028 CJD_0886 CJD_0885     FALSE 0.009 374.000 0.000 1.000   NA
 6089028 6089029 CJD_0885 CJD_0884     FALSE 0.032 104.000 0.000 0.061   NA
 6089029 6089030 CJD_0884 CJD_0883     FALSE 0.010 426.000 0.000 NA   NA
 6089030 6089031 CJD_0883 CJD_0882     FALSE 0.302 48.000 0.000 NA   NA
 6089031 6089032 CJD_0882 CJD_0881   splB FALSE 0.002 666.000 0.000 1.000 N NA
 6089032 6089033 CJD_0881 CJD_0880 splB   FALSE 0.066 204.000 0.000 1.000   NA
 6089033 6089034 CJD_0880 CJD_0879     FALSE 0.144 131.000 0.000 1.000   NA
 6089034 6089035 CJD_0879 CJD_0878     FALSE 0.045 188.000 0.000 1.000 N NA
 6089035 6089036 CJD_0878 CJD_0877     FALSE 0.009 455.000 0.000 NA   NA
 6089036 6089037 CJD_0877 CJD_0876     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6089037 6089038 CJD_0876 CJD_0875     FALSE 0.278 55.000 0.000 NA   NA
 6089038 6089039 CJD_0875 CJD_0874     FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6089039 6089040 CJD_0874 CJD_0873     FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6089040 6089041 CJD_0873 CJD_0872     FALSE 0.252 77.000 0.000 NA   NA
 6089041 6089042 CJD_0872 CJD_0871     FALSE 0.041 259.000 0.000 NA   NA
 6089043 6089044 CJD_0870 CJD_0869     FALSE 0.270 59.000 0.000 NA   NA
 6089045 6089046 CJD_0868 CJD_0867     FALSE 0.167 115.000 0.000 1.000   NA
 6089046 6089047 CJD_0867 CJD_0866     TRUE 0.983 -3.000 0.894 NA N NA
 6089047 6089048 CJD_0866 CJD_0865     FALSE 0.004 574.000 0.000 NA N NA
 6089048 6089049 CJD_0865 CJD_0864     FALSE 0.162 115.000 0.000 NA N NA
 6089049 6089050 CJD_0864 CJD_0863     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089050 6089051 CJD_0863 CJD_0862     FALSE 0.207 126.000 0.000 NA   NA
 6089051 6089052 CJD_0862 CJD_0861     FALSE 0.084 212.000 0.000 NA   NA
 6089052 6089053 CJD_0861 CJD_0860     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089053 6089054 CJD_0860 CJD_0859     FALSE 0.209 125.000 0.000 NA   NA
 6089054 6089055 CJD_0859 CJD_0858     FALSE 0.004 736.000 0.000 NA   NA
 6089057 6089058 CJD_0856 CJD_0855 aroQ aroK TRUE 0.834 67.000 0.000 1.000 Y NA
 6089058 6089059 CJD_0855 CJD_0854 aroK aroE TRUE 0.557 255.000 0.002 1.000 Y NA
 6089059 6089060 CJD_0854 CJD_0853 aroE   FALSE 0.058 824.000 0.000 1.000 Y NA
 6089060 6089061 CJD_0853 CJD_0852   aroC TRUE 0.776 170.000 0.004 0.003 Y NA
 6089061 6089062 CJD_0852 CJD_0851 aroC aroA TRUE 0.953 64.000 0.057 1.000 Y NA
 6089062 6089063 CJD_0851 CJD_0850 aroA aroB TRUE 0.732 249.000 0.051 1.000 Y NA
 6089063 6089064 CJD_0850 CJD_0849 aroB aroF TRUE 0.865 121.000 0.008 0.003 Y NA
 6089064 6089065 CJD_0849 CJD_0848 aroF   FALSE 0.144 166.000 0.000 NA   NA
 6089065 6089066 CJD_0848 CJD_0847     FALSE 0.131 175.000 0.000 NA   NA
 6089066 6089067 CJD_0847 CJD_0846     FALSE 0.011 400.000 0.000 NA   NA
 6089068 6089069 CJD_0845 CJD_0844 argG argH TRUE 0.974 94.000 0.278 1.000 Y NA
 6089070 6089071 CJD_0843 CJD_0842     FALSE 0.007 534.000 0.000 NA   NA
 6089073 6089074 CJD_0840 CJD_0839 purD purH TRUE 0.970 116.000 0.238 1.000 Y NA
 6089074 6089075 CJD_0839 CJD_0838 purH purN TRUE 0.960 13.000 0.000 1.000 Y NA
 6089075 6089076 CJD_0838 CJD_0837 purN purM TRUE 0.943 -12.000 0.000 0.002 Y NA
 6089076 6089077 CJD_0837 CJD_0836 purM purF TRUE 0.995 1.000 0.248 1.000 Y NA
 6089077 6089078 CJD_0836 CJD_0835 purF purC TRUE 0.776 250.000 0.082 1.000 Y NA
 6089078 6089079 CJD_0835 CJD_0834 purC purE TRUE 0.988 0.000 0.035 1.000 Y NA
 6089079 6089080 CJD_0834 CJD_0833 purE   FALSE 0.438 311.000 0.012 1.000 Y NA
 6089080 6089081 CJD_0833 CJD_0832   thiC FALSE 0.022 238.000 0.000 1.000 N NA
 6089081 6089082 CJD_0832 CJD_0831 thiC dut FALSE 0.003 502.000 0.000 1.000 N NA
 6089082 6089083 CJD_0831 CJD_0830 dut   FALSE 0.060 236.000 0.000 NA   NA
 6089083 6089084 CJD_0830 CJD_0829     FALSE 0.110 190.000 0.000 NA   NA
 6089084 6089085 CJD_0829 CJD_0828     FALSE 0.037 270.000 0.000 NA   NA
 6089085 6089086 CJD_0828 CJD_0827     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089086 6089087 CJD_0827 CJD_0826   birA FALSE 0.160 155.000 0.000 NA   NA
 6089087 6089088 CJD_0826 CJD_0825 birA   FALSE 0.101 198.000 0.000 NA   NA
 6089090 6089091 CJD_0823 CJD_0822     FALSE 0.323 42.000 0.000 NA   NA
 6089091 6089092 CJD_0822 CJD_0821     FALSE 0.354 35.000 0.000 NA   NA
 6089092 6089093 CJD_0821 CJD_0820     FALSE 0.119 185.000 0.000 NA   NA
 6089095 6089096 CJD_0818 CJD_0817     FALSE 0.007 511.000 0.000 NA   NA
 6089097 6089098 CJD_0816 CJD_0815     FALSE 0.005 719.000 0.000 NA   NA
 6089098 6089099 CJD_0815 CJD_0814     FALSE 0.014 322.000 0.000 1.000   NA
 6089100 6089101 CJD_0813 CJD_0812     TRUE 0.993 19.000 0.308 1.000 Y NA
 6089101 6089102 CJD_0812 CJD_0811     TRUE 0.816 139.000 0.154 NA   NA
 6089102 6089103 CJD_0811 CJD_0810     TRUE 0.835 108.000 0.115 NA   NA
 6089103 6089104 CJD_0810 CJD_0809     TRUE 0.870 97.000 0.431 0.015   NA
 6089104 6089105 CJD_0809 CJD_0808     TRUE 0.691 185.000 0.235 0.015   NA
 6089105 6089106 CJD_0808 CJD_0807     TRUE 0.946 25.000 0.214 1.000   NA
 6089108 6089109 CJD_0805 CJD_0804     TRUE 0.983 9.000 0.810 NA N NA
 6089109 6089110 CJD_0804 CJD_0803     FALSE 0.016 349.000 0.000 NA   NA
 6089110 6089111 CJD_0803 CJD_0802     FALSE 0.158 157.000 0.000 NA   NA
 6089111 6089112 CJD_0802 CJD_0801     TRUE 0.943 14.000 0.052 NA   NA
 6089112 6089113 CJD_0801 CJD_0800     TRUE 0.722 118.000 0.043 NA   NA
 6089113 6089114 CJD_0800 CJD_0799     FALSE 0.024 308.000 0.000 NA   NA
 6089115 6089116 CJD_1651 CJD_1652     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6089116 6089117 CJD_1652 CJD_1653   cobK FALSE 0.383 13.000 0.000 1.000 N NA
 6089117 6089118 CJD_1653 CJD_1654 cobK cobJ TRUE 0.992 19.000 0.423 0.016 Y NA
 6089118 6089119 CJD_1654 CJD_1655 cobJ cbiG TRUE 0.951 155.000 0.352 0.016 Y NA
 6089119 6089120 CJD_1655 CJD_1656 cbiG cobM TRUE 0.995 3.000 0.397 0.016 Y NA
 6089120 6089121 CJD_1656 CJD_1657 cobM cobI TRUE 0.975 51.000 0.291 0.016 Y NA
 6089121 6089122 CJD_1657 CJD_1658 cobI cbiT TRUE 0.952 0.000 0.000 0.016 Y NA
 6089122 6089123 CJD_1658 CJD_1659 cbiT cbiE TRUE 0.919 20.000 0.000 0.001 Y NA
 6089123 6089124 CJD_1659 CJD_1660 cbiE cbiD TRUE 0.948 28.000 0.008 0.016 Y NA
 6089124 6089125 CJD_1660 CJD_1661 cbiD cobH TRUE 0.990 18.000 0.168 0.016 Y NA
 6089125 6089126 CJD_1661 CJD_1662 cobH cbiK TRUE 0.962 0.000 0.000 1.000 Y NA
 6089128 6089129 CJD_1664 CJD_1665   entD FALSE 0.035 276.000 0.000 NA   NA
 6089129 6089130 CJD_1665 CJD_1666 entD   FALSE 0.013 382.000 0.000 NA   NA
 6089130 6089131 CJD_1666 CJD_1667     TRUE 0.954 34.000 0.933 NA   NA
 6089131 6089132 CJD_1667 CJD_1668     FALSE 0.005 508.000 0.000 1.000   NA
 6089132 6089133 CJD_1668 CJD_1669     FALSE 0.012 135.000 0.000 0.010   NA
 6089133 6089134 CJD_1669 CJD_1670   sodF FALSE 0.043 235.000 0.000 1.000   NA
 6089134 6089135 CJD_1670 CJD_1671 sodF   FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6089137 6089138 CJD_1673 CJD_1674   mgtE FALSE 0.390 31.000 0.000 NA   NA
 6089138 6089139 CJD_1674 CJD_1675 mgtE   TRUE 0.603 -28.000 0.000 NA   NA
 6089139 6089140 CJD_1675 CJD_1676     FALSE 0.006 561.000 0.000 NA   NA
 6089142 6089143 CJD_1678 CJD_1679     FALSE 0.305 47.000 0.000 NA   NA
 6089143 6089144 CJD_1679 CJD_1680     FALSE 0.217 119.000 0.000 NA   NA
 6089144 6089145 CJD_1680 CJD_1681     FALSE 0.111 189.000 0.000 NA   NA
 6089145 6089146 CJD_1681 CJD_1682     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6089146 6089147 CJD_1682 CJD_1683     FALSE 0.006 576.000 0.000 NA   NA
 6089147 6089148 CJD_1683 CJD_1684     FALSE 0.032 284.000 0.000 NA   NA
 6089148 6089149 CJD_1684 CJD_1685     FALSE 0.241 92.000 0.000 NA   NA
 6089149 6089150 CJD_1685 CJD_1686     FALSE 0.079 215.000 0.000 NA   NA
 6089150 6089151 CJD_1686 CJD_1687     TRUE 0.635 10.000 0.000 NA   NA
 6089151 6089152 CJD_1687 CJD_1688     FALSE 0.007 524.000 0.000 NA   NA
 6089152 6089153 CJD_1688 CJD_1689     FALSE 0.125 180.000 0.000 NA   NA
 6089153 6089154 CJD_1689 CJD_1690   gltA FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6089154 6089155 CJD_1690 CJD_1691 gltA   FALSE 0.081 -7.000 0.000 0.034 N NA
 6089155 6089156 CJD_1691 CJD_1692   adh1 TRUE 0.745 150.000 0.000 1.000 Y NA
 6089156 6089157 CJD_1692 CJD_1693 adh1   FALSE 0.007 329.000 0.000 1.000 N NA
 6089158 6089159 CJD_1694 CJD_1696     FALSE 0.264 62.000 0.000 NA   NA
 6089160 6089161 CJD_1697 CJD_1698     TRUE 0.903 115.000 0.564 NA   NA
 6089163 6089164 CJD_1700 CJD_1701 cas csn TRUE 0.983 1.000 0.546 NA   NA
 6089164 6089165 CJD_1701 CJD_1702 csn   FALSE 0.040 261.000 0.000 NA   NA
 6089165 6089166 CJD_1702 CJD_1703     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089166 6089167 CJD_1703 CJD_1704     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6089167 6089168 CJD_1704 CJD_1705     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089168 6089169 CJD_1705 CJD_1706     TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6089169 6089170 CJD_1706 CJD_1707     FALSE 0.211 122.000 0.000 NA   NA
 6089170 6089171 CJD_1707 CJD_1708     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6089171 6089172 CJD_1708 CJD_1709     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6089172 6089173 CJD_1709 CJD_1710     TRUE 0.777 76.000 0.052 NA   NA
 6089173 6089174 CJD_1710 CJD_1711     TRUE 0.835 178.000 0.740 NA   NA
 6089174 6089175 CJD_1711 CJD_1712     FALSE 0.122 182.000 0.000 NA   NA
 6089175 6089176 CJD_1712 CJD_1713     FALSE 0.026 298.000 0.000 NA   NA
 6089176 6089177 CJD_1713 CJD_1714     FALSE 0.045 253.000 0.000 NA   NA
 6089181 6089182 CJD_1718 CJD_1719 lacZ   FALSE 0.011 413.000 0.000 NA   NA
 6089182 6089183 CJD_1719 CJD_1720     FALSE 0.010 437.000 0.000 NA   NA
 6089183 6089184 CJD_1720 CJD_1721     FALSE 0.105 104.000 0.000 1.000 N NA
 6089184 6089185 CJD_1721 CJD_1722     FALSE 0.009 383.000 0.000 1.000   NA
 6089185 6089186 CJD_1722 CJD_1723     TRUE 0.962 12.000 0.094 NA   NA
 6089186 6089187 CJD_1723 CJD_1724     FALSE 0.005 647.000 0.000 NA   NA
 6089187 6089188 CJD_1724 CJD_1725     FALSE 0.063 232.000 0.000 NA   NA
 6089188 6089189 CJD_1725 CJD_1726     FALSE 0.038 267.000 0.000 NA   NA
 6089189 6089190 CJD_1726 CJD_1727     FALSE 0.006 558.000 0.000 NA   NA
 6089192 6089193 CJD_1729 CJD_1730     FALSE 0.012 387.000 0.000 NA   NA
 6089193 6089194 CJD_1730 CJD_1731     FALSE 0.308 46.000 0.000 NA   NA
 6089194 6089195 CJD_1731 CJD_1732     FALSE 0.017 302.000 0.000 1.000   NA
 6089197 6089198 CJD_1734 CJD_1735     FALSE 0.507 16.000 0.000 1.000   NA
 6089198 6089199 CJD_1735 CJD_1736     FALSE 0.343 27.000 0.000 1.000   NA
 6089201 6089202 CJD_1738 CJD_1739     TRUE 0.928 26.000 0.000 NA Y NA
 6089202 6089203 CJD_1739 CJD_1740     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6089203 6089204 CJD_1740 CJD_3339     FALSE 0.256 68.000 0.000 NA   NA
 6089204 6089205 CJD_3339 CJD_1741   xpt FALSE 0.019 328.000 0.000 NA   NA
 6089207 6089208 CJD_1743 CJD_1744   smpB FALSE 0.009 444.000 0.000 NA   NA
 6089208 6089209 CJD_1744 CJD_1745 smpB rnr FALSE 0.005 659.000 0.000 NA   NA
 6089211 6089212 CJD_3229 CJD_3228     FALSE 0.241 91.000 0.000 NA   NA
 6089213 6089214 CJD_3227 CJD_3226     FALSE 0.022 64.000 0.000 0.028   NA
 6089214 6089215 CJD_3226 CJD_3225   proB FALSE 0.108 87.000 0.000 1.000 N NA
 6089215 6089216 CJD_3225 CJD_3224 proB proA TRUE 0.994 3.000 0.281 0.002 Y NA
 6089216 6089217 CJD_3224 CJD_3223 proA   FALSE 0.106 102.000 0.000 1.000 N NA
 6089217 6089218 CJD_3223 CJD_3222     FALSE 0.008 313.000 0.000 1.000 N NA
 6089218 6089219 CJD_3222 CJD_3221     FALSE 0.191 69.000 0.000 1.000   NA
 6089221 6089222 CJD_3219 CJD_3218   carA FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6089222 6089223 CJD_3218 CJD_3217 carA carB TRUE 0.986 13.000 0.054 0.001 Y NA
 6089223 6089224 CJD_3217 CJD_3216 carB   FALSE 0.005 611.000 0.000 NA   NA
 6089224 6089225 CJD_3216 CJD_3215     FALSE 0.054 240.000 0.000 NA   NA
 6089227 6089228 CJD_3213 CJD_3212 murI   FALSE 0.060 236.000 0.000 NA   NA
 6089228 6089229 CJD_3212 CJD_3211     FALSE 0.053 241.000 0.000 NA   NA
 6089229 6089230 CJD_3211 CJD_3210     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6089230 6089231 CJD_3210 CJD_3209     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089232 6089233 CJD_3208 CJD_3207     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.079   NA
 6089234 6089235 CJD_3206 CJD_3205 cspA cspB FALSE 0.074 16.000 0.000 0.003   NA
 6089235 6089236 CJD_3205 CJD_3204 cspB cspC FALSE 0.088 3.000 0.000 0.003   NA
 6089236 6089237 CJD_3204 CJD_3203 cspC sleC FALSE 0.155 123.000 0.000 1.000   NA
 6089239 6089240 CJD_3201 CJD_3200     TRUE 0.778 93.000 0.058 NA   NA
 6089240 6089241 CJD_3200 CJD_3199   comB TRUE 0.891 27.000 0.067 1.000   NA
 6089241 6089242 CJD_3199 CJD_3198 comB   FALSE 0.040 261.000 0.000 NA   NA
 6089242 6089243 CJD_3198 CJD_3197     FALSE 0.253 75.000 0.000 NA   NA
 6089243 6089244 CJD_3197 CJD_3196   glpF FALSE 0.253 76.000 0.000 NA   NA
 6089244 6089245 CJD_3196 CJD_3195 glpF glpP FALSE 0.152 42.000 0.000 1.000 N NA
 6089245 6089246 CJD_3195 CJD_3194 glpP glpK FALSE 0.294 20.000 0.000 1.000 N NA
 6089246 6089247 CJD_3194 CJD_3193 glpK   FALSE 0.404 166.000 0.006 1.000   NA
 6089247 6089248 CJD_3193 CJD_3192     TRUE 0.947 13.000 0.095 0.028   NA
 6089248 6089249 CJD_3192 CJD_3191     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089251 6089252 CJD_3189 CJD_3188   tenA FALSE 0.010 425.000 0.000 NA   NA
 6089252 6089253 CJD_3188 CJD_3187 tenA   TRUE 0.933 0.000 0.032 NA   NA
 6089253 6089254 CJD_3187 CJD_3186     FALSE 0.197 131.000 0.000 NA   NA
 6089254 6089255 CJD_3186 CJD_3185     FALSE 0.148 164.000 0.000 NA   NA
 6089259 6089260 CJD_3181 CJD_3180     FALSE 0.105 105.000 0.000 1.000 N NA
 6089260 6089261 CJD_3180 CJD_3179     TRUE 0.963 4.000 0.000 1.000 Y NA
 6089261 6089262 CJD_3179 CJD_3178     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6089262 6089263 CJD_3178 CJD_3177     FALSE 0.111 189.000 0.000 NA   NA
 6089265 6089266 CJD_3175 CJD_3174     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6089266 6089267 CJD_3174 CJD_3173   adhE FALSE 0.010 429.000 0.000 NA   NA
 6089267 6089268 CJD_3173 CJD_3172 adhE pepP FALSE 0.073 147.000 0.000 1.000 N NA
 6089268 6089269 CJD_3172 CJD_3171 pepP   FALSE 0.236 108.000 0.000 NA   NA
 6089269 6089270 CJD_3171 CJD_3170     TRUE 0.842 132.000 0.205 NA   NA
 6089270 6089271 CJD_3170 CJD_3169     FALSE 0.010 427.000 0.000 NA   NA
 6089272 6089273 CJD_3168 CJD_3167     FALSE 0.354 35.000 0.000 NA   NA
 6089274 6089275 CJD_3166 CJD_3165 metG metG TRUE 0.871 101.000 0.005 0.001 Y NA
 6089277 6089278 CJD_3163 CJD_3162     TRUE 0.837 19.000 0.004 NA   NA
 6089278 6089279 CJD_3162 CJD_3161     FALSE 0.051 244.000 0.000 NA   NA
 6089279 6089280 CJD_3161 CJD_3160     FALSE 0.132 141.000 0.000 1.000   NA
 6089280 6089281 CJD_3160 CJD_3159   ksgA TRUE 0.953 12.000 0.093 1.000 N NA
 6089281 6089282 CJD_3159 CJD_3158 ksgA   TRUE 0.595 100.000 0.006 NA   NA
 6089282 6089283 CJD_3158 CJD_3157     TRUE 0.840 149.000 0.312 NA   NA
 6089283 6089284 CJD_3157 CJD_3156   lgt TRUE 0.585 94.000 0.005 NA   NA
 6089284 6089285 CJD_3156 CJD_3155 lgt   TRUE 0.885 -10.000 0.006 NA   NA
 6089285 6089286 CJD_3155 CJD_3154     TRUE 0.926 21.000 0.067 NA   NA
 6089286 6089287 CJD_3154 CJD_3153     TRUE 0.558 147.000 0.029 1.000 N NA
 6089288 6089289 CJD_3152 CJD_3151     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089289 6089290 CJD_3151 CJD_3150     FALSE 0.041 260.000 0.000 NA   NA
 6089291 6089292 CJD_3149 CJD_3148 nrdD add FALSE 0.150 391.000 0.000 1.000 Y NA
 6089292 6089293 CJD_3148 CJD_3147 add   FALSE 0.005 383.000 0.000 1.000 N NA
 6089295 6089296 CJD_3145 CJD_3144 nrdG   FALSE 0.199 130.000 0.000 NA   NA
 6089296 6089297 CJD_3144 CJD_3143     FALSE 0.168 149.000 0.000 NA   NA
 6089302 6089303 CJD_3138 CJD_3137   punA TRUE 0.831 80.000 0.000 1.000 Y NA
 6089303 6089304 CJD_3137 CJD_3136 punA   FALSE 0.098 116.000 0.000 1.000 N NA
 6089304 6089305 CJD_3136 CJD_3135   murC FALSE 0.033 212.000 0.000 1.000 N NA
 6089306 6089307 CJD_3134 CJD_3133 purR   TRUE 0.791 111.000 0.099 1.000 N NA
 6089307 6089308 CJD_3133 CJD_3132   glmU TRUE 0.760 210.000 0.011 1.000 Y NA
 6089308 6089309 CJD_3132 CJD_3131 glmU prsA TRUE 0.789 57.000 0.069 1.000 N NA
 6089309 6089310 CJD_3131 CJD_3130 prsA   FALSE 0.344 272.000 0.123 1.000 N NA
 6089310 6089311 CJD_3130 CJD_3129     TRUE 0.996 0.000 0.653 1.000 Y NA
 6089311 6089312 CJD_3129 CJD_3128     FALSE 0.282 21.000 0.000 1.000 N NA
 6089312 6089313 CJD_3128 CJD_3127   pth FALSE 0.089 126.000 0.000 1.000 N NA
 6089313 6089314 CJD_3127 CJD_3126 pth mfd TRUE 0.906 31.000 0.137 1.000 N NA
 6089314 6089315 CJD_3126 CJD_3125 mfd   FALSE 0.484 149.000 0.016 1.000 N NA
 6089315 6089316 CJD_3125 CJD_3124   spoVT TRUE 0.600 195.000 0.088 NA N NA
 6089316 6089317 CJD_3124 CJD_3123 spoVT spoVB TRUE 0.685 183.000 0.108 NA   NA
 6089317 6089318 CJD_3123 CJD_3122 spoVB   TRUE 0.778 30.000 0.015 1.000   NA
 6089318 6089319 CJD_3122 CJD_3121     FALSE 0.077 217.000 0.000 NA   NA
 6089323 6089324 CJD_2500 CJD_2501   folC FALSE 0.103 111.000 0.000 1.000 N NA
 6089324 6089325 CJD_2501 CJD_2502 folC valS FALSE 0.088 297.000 0.006 1.000 N NA
 6089327 6089328 CJD_2504 CJD_2505   recX TRUE 0.549 6.000 0.000 1.000   NA
 6089328 6089329 CJD_2505 CJD_2506 recX   TRUE 0.899 6.000 0.015 1.000   NA
 6089330 6089331 CJD_2507 CJD_2508     TRUE 0.996 0.000 0.750 1.000 Y NA
 6089332 6089333 CJD_2509 CJD_2510 fabG   FALSE 0.105 106.000 0.000 1.000 N NA
 6089333 6089334 CJD_2510 CJD_2511   glyA FALSE 0.419 250.000 0.000 1.000 Y NA
 6089335 6089336 CJD_2512 CJD_2513     TRUE 0.640 1.000 0.000 NA   NA
 6089337 6089338 CJD_2514 CJD_2515   aspS FALSE 0.113 286.000 0.002 NA   NA
 6089338 6089339 CJD_2515 CJD_2516 aspS hisS TRUE 0.974 21.000 0.028 0.039 Y NA
 6089339 6089340 CJD_2516 CJD_2517 hisS   TRUE 0.889 32.000 0.111 1.000 N NA
 6089340 6089341 CJD_2517 CJD_2518     TRUE 0.924 -10.000 0.035 1.000   NA
 6089341 6089342 CJD_2518 CJD_2519   dtd TRUE 0.616 160.000 0.048 1.000   NA
 6089342 6089343 CJD_2519 CJD_2520 dtd relA TRUE 0.964 15.000 0.177 1.000 N NA
 6089343 6089344 CJD_2520 CJD_2521 relA apt TRUE 0.658 152.000 0.068 1.000 N NA
 6089344 6089345 CJD_2521 CJD_2522 apt   TRUE 0.678 44.000 0.010 1.000   NA
 6089345 6089346 CJD_2522 CJD_2523   secF FALSE 0.425 200.000 0.028 1.000   NA
 6089346 6089347 CJD_2523 CJD_2524 secF secD TRUE 0.995 -7.000 0.516 0.002 Y NA
 6089347 6089348 CJD_2524 CJD_2525 secD   TRUE 0.736 98.000 0.048 1.000   NA
 6089348 6089349 CJD_2525 CJD_2526     TRUE 0.915 70.000 0.540 NA   NA
 6089349 6089350 CJD_2526 CJD_2527   yajC FALSE 0.320 196.000 0.002 NA   NA
 6089350 6089351 CJD_2527 CJD_2528 yajC tgt TRUE 0.788 39.000 0.035 NA N NA
 6089351 6089352 CJD_2528 CJD_2529 tgt queA TRUE 0.958 24.000 0.014 0.001 Y NA
 6089352 6089353 CJD_2529 CJD_2530 queA ruvB TRUE 0.908 22.000 0.069 1.000 N NA
 6089353 6089354 CJD_2530 CJD_2531 ruvB ruvA TRUE 0.995 14.000 0.549 0.003 Y NA
 6089354 6089355 CJD_2531 CJD_2532 ruvA   FALSE 0.255 228.000 0.007 NA   NA
 6089355 6089356 CJD_2532 CJD_2533     FALSE 0.026 299.000 0.000 NA   NA
 6089356 6089357 CJD_2533 CJD_2534     FALSE 0.339 249.000 0.000 0.001 Y NA
 6089357 6089358 CJD_2534 CJD_2535     FALSE 0.018 249.000 0.000 1.000 N NA
 6089358 6089359 CJD_2535 CJD_2536   vhb FALSE 0.003 476.000 0.000 1.000 N NA
 6089359 6089360 CJD_2536 CJD_2537 vhb   FALSE 0.010 425.000 0.000 NA   NA
 6089360 6089361 CJD_2537 CJD_2538     TRUE 0.603 126.000 0.015 NA   NA
 6089361 6089362 CJD_2538 CJD_2539     TRUE 0.901 6.000 0.015 1.000   NA
 6089362 6089363 CJD_2539 CJD_2540     TRUE 0.967 15.000 0.176 1.000   NA
 6089363 6089364 CJD_2540 CJD_2541     FALSE 0.323 42.000 0.000 NA   NA
 6089364 6089365 CJD_2541 CJD_2542     FALSE 0.499 132.000 0.002 NA   NA
 6089368 6089369 CJD_2545 CJD_2546     FALSE 0.127 178.000 0.000 NA   NA
 6089369 6089370 CJD_2546 CJD_2547     FALSE 0.028 294.000 0.000 NA   NA
 6089371 6089372 CJD_2548 CJD_2549     FALSE 0.302 48.000 0.000 NA   NA
 6089373 6089374 CJD_2550 CJD_2551   potA TRUE 0.930 32.000 0.326 1.000 N NA
 6089374 6089375 CJD_2551 CJD_2552 potA potB TRUE 0.997 3.000 0.928 1.000 Y NA
 6089375 6089376 CJD_2552 CJD_2553 potB potC TRUE 0.995 -6.000 0.492 0.027 Y NA
 6089376 6089377 CJD_2553 CJD_2554 potC potD TRUE 0.992 2.000 0.131 0.027 Y NA
 6089380 6089381 CJD_2557 CJD_2558     FALSE 0.142 168.000 0.000 NA   NA
 6089384 6089385 CJD_2561 CJD_2562 asnA   FALSE 0.152 126.000 0.000 1.000   NA
 6089385 6089386 CJD_2562 CJD_2563     FALSE 0.172 112.000 0.000 1.000   NA
 6089386 6089387 CJD_2563 CJD_2564     TRUE 0.982 -7.000 0.869 1.000   NA
 6089387 6089388 CJD_2564 CJD_2565     FALSE 0.240 98.000 0.000 NA   NA
 6089389 6089390 CJD_2566 CJD_2567     FALSE 0.026 228.000 0.000 1.000 N NA
 6089390 6089391 CJD_2567 CJD_2568     FALSE 0.062 163.000 0.000 1.000 N NA
 6089391 6089392 CJD_2568 CJD_2569     TRUE 0.950 46.000 0.027 1.000 Y NA
 6089392 6089393 CJD_2569 CJD_2570     TRUE 0.995 -10.000 0.500 0.010 Y NA
 6089393 6089394 CJD_2570 CJD_2571     FALSE 0.092 121.000 0.000 1.000 N NA
 6089394 6089395 CJD_2571 CJD_2572     FALSE 0.152 121.000 0.000 NA N NA
 6089395 6089396 CJD_2572 CJD_2573     FALSE 0.210 123.000 0.000 NA   NA
 6089396 6089397 CJD_2573 CJD_2574     FALSE 0.183 140.000 0.000 NA   NA
 6089397 6089398 CJD_2574 CJD_2575     FALSE 0.270 59.000 0.000 NA   NA
 6089398 6089399 CJD_2575 CJD_2576     FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6089399 6089400 CJD_2576 CJD_2577   coaE TRUE 0.950 10.000 0.058 NA   NA
 6089400 6089401 CJD_2577 CJD_2578 coaE polA TRUE 0.932 17.000 0.068 1.000 N NA
 6089401 6089402 CJD_2578 CJD_2579 polA   FALSE 0.076 142.000 0.000 1.000 N NA
 6089403 6089404 CJD_2580 CJD_2581     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6089405 6089406 CJD_2582 CJD_2583     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6089406 6089407 CJD_2583 CJD_2584     FALSE 0.088 209.000 0.000 NA   NA
 6089407 6089408 CJD_2584 CJD_3352     FALSE 0.084 212.000 0.000 NA   NA
 6089408 6089409 CJD_3352 CJD_2585     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6089409 6089410 CJD_2585 CJD_2586     FALSE 0.150 163.000 0.000 NA   NA
 6089410 6089411 CJD_2586 CJD_2587     TRUE 0.951 18.000 0.095 NA   NA
 6089411 6089412 CJD_2587 CJD_2588     TRUE 0.967 19.000 0.262 NA   NA
 6089412 6089413 CJD_2588 CJD_2589     FALSE 0.007 511.000 0.000 NA   NA
 6089413 6089414 CJD_2589 CJD_2590     TRUE 0.978 0.000 0.283 NA   NA
 6089414 6089415 CJD_2590 CJD_2591     TRUE 0.925 14.000 0.028 NA   NA
 6089415 6089416 CJD_2591 CJD_2592   rpoD FALSE 0.316 237.000 0.026 NA   NA
 6089416 6089417 CJD_2592 CJD_2593 rpoD dnaG TRUE 0.933 27.000 0.209 1.000 N NA
 6089417 6089418 CJD_2593 CJD_2594 dnaG   TRUE 0.586 169.000 0.056 1.000 N NA
 6089419 6089420 CJD_2595 CJD_2596     FALSE 0.316 44.000 0.000 NA   NA
 6089421 6089422 CJD_2597 CJD_2598 ppdK   TRUE 0.642 101.000 0.019 1.000   NA
 6089422 6089423 CJD_2598 CJD_2599     TRUE 0.714 205.000 0.273 NA   NA
 6089423 6089424 CJD_2599 CJD_2600   recO TRUE 0.895 6.000 0.007 NA   NA
 6089424 6089425 CJD_2600 CJD_2601 recO era TRUE 0.829 76.000 0.108 1.000   NA
 6089425 6089426 CJD_2601 CJD_2602 era cdd TRUE 0.954 9.000 0.077 1.000   NA
 6089426 6089427 CJD_2602 CJD_2603 cdd   TRUE 0.634 44.000 0.008 1.000 N NA
 6089427 6089428 CJD_2603 CJD_2604     TRUE 0.783 28.000 0.009 NA   NA
 6089428 6089429 CJD_2604 CJD_2605     TRUE 0.974 2.000 0.182 NA   NA
 6089429 6089430 CJD_2605 CJD_2606     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6089431 6089432 CJD_0463 CJD_0462     FALSE 0.126 179.000 0.000 NA   NA
 6089432 6089433 CJD_0462 CJD_0461     FALSE 0.372 33.000 0.000 NA   NA
 6089433 6089434 CJD_0461 CJD_0460     FALSE 0.187 138.000 0.000 NA   NA
 6089434 6089435 CJD_0460 CJD_0459     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089435 6089436 CJD_0459 CJD_0458     FALSE 0.045 254.000 0.000 NA   NA
 6089436 6089437 CJD_0458 CJD_0456     FALSE 0.042 258.000 0.000 NA   NA
 6089437 6089438 CJD_0456 CJD_0455     FALSE 0.028 225.000 0.000 1.000 N NA
 6089438 6089439 CJD_0455 CJD_0454     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.077   NA
 6089441 6089442 CJD_0452 CJD_0451     TRUE 0.995 -7.000 0.846 0.007 Y NA
 6089442 6089443 CJD_0451 CJD_0450     FALSE 0.012 393.000 0.000 NA   NA
 6089443 6089444 CJD_0450 CJD_0449     FALSE 0.277 350.000 0.231 NA   NA
 6089444 6089445 CJD_0449 CJD_0448     FALSE 0.007 520.000 0.000 NA   NA
 6089445 6089446 CJD_0448 CJD_0446     FALSE 0.005 666.000 0.000 NA   NA
 6089446 6089447 CJD_0446 CJD_0445     FALSE 0.014 369.000 0.000 NA   NA
 6089447 6089448 CJD_0445 CJD_0444     TRUE 0.601 -31.000 0.000 NA   NA
 6089448 6089449 CJD_0444 CJD_0443     FALSE 0.004 779.000 0.000 NA   NA
 6089449 6089450 CJD_0443 CJD_0442     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6089450 6089451 CJD_0442 CJD_0441     FALSE 0.005 620.000 0.000 NA   NA
 6089451 6089452 CJD_0441 CJD_0440     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6089452 6089453 CJD_0440 CJD_0439     TRUE 0.996 -22.000 0.704 NA Y NA
 6089453 6089454 CJD_0439 CJD_0438     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6089454 6089455 CJD_0438 CJD_0437     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6089455 6089456 CJD_0437 CJD_0436     TRUE 0.983 0.000 0.667 NA   NA
 6089456 6089457 CJD_0436 CJD_0435     TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6089457 6089458 CJD_0435 CJD_0434     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089458 6089459 CJD_0434 CJD_0433     FALSE 0.241 91.000 0.000 NA   NA
 6089459 6089460 CJD_0433 CJD_0432     FALSE 0.076 193.000 0.000 1.000   NA
 6089460 6089461 CJD_0432 CJD_0431     FALSE 0.016 310.000 0.000 1.000   NA
 6089461 6089462 CJD_0431 CJD_0430     FALSE 0.256 68.000 0.000 NA   NA
 6089462 6089463 CJD_0430 CJD_0429     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6089463 6089464 CJD_0429 CJD_0428     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6089464 6089465 CJD_0428 CJD_0427     FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6089465 6089466 CJD_0427 CJD_0426     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6089466 6089467 CJD_0426 CJD_0425     FALSE 0.013 375.000 0.000 NA   NA
 6089467 6089468 CJD_0425 CJD_0424   rumA FALSE 0.005 731.000 0.000 NA   NA
 6089468 6089469 CJD_0424 CJD_0423 rumA   FALSE 0.010 300.000 0.000 1.000 N NA
 6089469 6089470 CJD_0423 CJD_0422   cls FALSE 0.002 627.000 0.000 1.000 N NA
 6089470 6089471 CJD_0422 CJD_0421 cls   FALSE 0.014 175.000 0.000 0.053   NA
 6089471 6089472 CJD_0421 CJD_0420     FALSE 0.024 307.000 0.000 NA   NA
 6089472 6089473 CJD_0420 CJD_0419   pyk FALSE 0.006 581.000 0.000 NA   NA
 6089473 6089474 CJD_0419 CJD_0418 pyk pfkA TRUE 0.889 94.000 0.011 0.006 Y NA
 6089474 6089475 CJD_0418 CJD_0417 pfkA   FALSE 0.027 711.000 0.029 1.000 N NA
 6089476 6089477 CJD_0416 CJD_0415     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6089478 6089479 CJD_0414 CJD_0413     FALSE 0.135 173.000 0.000 NA   NA
 6089479 6089480 CJD_0413 CJD_0412     TRUE 0.979 -21.000 0.470 NA   NA
 6089480 6089481 CJD_0412 CJD_0411     TRUE 0.977 -3.000 0.259 NA   NA
 6089481 6089482 CJD_0411 CJD_0410   murB FALSE 0.439 240.000 0.080 NA   NA
 6089482 6089483 CJD_0410 CJD_0409 murB uvrC FALSE 0.384 149.000 0.003 1.000 N NA
 6089483 6089484 CJD_0409 CJD_0408 uvrC   FALSE 0.385 157.000 0.005 1.000 N NA
 6089484 6089485 CJD_0408 CJD_0407     TRUE 0.974 1.000 0.285 1.000 N NA
 6089485 6089486 CJD_0407 CJD_0406     TRUE 0.953 14.000 0.070 NA   NA
 6089486 6089487 CJD_0406 CJD_0405   uvrA FALSE 0.070 335.000 0.002 NA   NA
 6089489 6089490 CJD_0403 CJD_0402     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6089490 6089491 CJD_0402 CJD_0401     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6089491 6089492 CJD_0401 CJD_0400     TRUE 0.942 15.000 0.053 NA   NA
 6089492 6089493 CJD_0400 CJD_0399     FALSE 0.176 145.000 0.000 NA   NA
 6089493 6089494 CJD_0399 CJD_0398     FALSE 0.059 166.000 0.000 1.000 N NA
 6089494 6089495 CJD_0398 CJD_0397     FALSE 0.083 132.000 0.000 1.000 N NA
 6089495 6089496 CJD_0397 CJD_0396     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6089496 6089497 CJD_0396 CJD_0395   recQ FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6089497 6089498 CJD_0395 CJD_0394 recQ ogt TRUE 0.862 49.000 0.000 1.000 Y NA
 6089498 6089499 CJD_0394 CJD_0393 ogt   FALSE 0.009 306.000 0.000 1.000 N NA
 6089499 6089500 CJD_0393 CJD_0392     FALSE 0.023 311.000 0.000 NA   NA
 6089500 6089501 CJD_0392 CJD_0391     TRUE 0.960 16.000 0.114 NA   NA
 6089503 6089504 CJD_0389 CJD_0388     TRUE 0.594 191.000 0.000 0.079 Y NA
 6089506 6089507 CJD_0386 CJD_0385 xpt   FALSE 0.006 557.000 0.000 NA   NA
 6089508 6089509 CJD_0384 CJD_0383     FALSE 0.240 97.000 0.000 NA   NA
 6089512 6089513 CJD_0379 CJD_0378     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6089515 6089516 CJD_0376 CJD_0375     TRUE 0.996 2.000 0.875 0.008 Y NA
 6089516 6089517 CJD_0375 CJD_0374     TRUE 0.995 13.000 0.875 0.010 Y NA
 6089517 6089518 CJD_0374 CJD_0373   lctP TRUE 0.967 95.000 0.148 1.000 Y NA
 6089518 6089519 CJD_0373 CJD_0372 lctP   FALSE 0.023 237.000 0.000 1.000 N NA
 6089519 6089520 CJD_0372 CJD_0371     FALSE 0.369 15.000 0.000 1.000 N NA
 6089520 6089521 CJD_0371 CJD_0370     FALSE 0.069 151.000 0.000 1.000 N NA
 6089521 6089522 CJD_0370 CJD_0369     FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6089522 6089523 CJD_0369 CJD_0368     TRUE 0.980 -7.000 0.426 NA   NA
 6089523 6089524 CJD_0368 CJD_0367     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6089524 6089525 CJD_0367 CJD_0366   uvrB FALSE 0.038 266.000 0.000 NA   NA
 6089525 6089526 CJD_0366 CJD_0365 uvrB   FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6089527 6089528 CJD_0586 CJD_0585     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6089528 6089529 CJD_0585 CJD_0584     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6089529 6089530 CJD_0584 CJD_0583     FALSE 0.144 166.000 0.000 NA   NA
 6089530 6089531 CJD_0583 CJD_0582     TRUE 0.603 -28.000 0.000 NA   NA
 6089531 6089532 CJD_0582 CJD_0581     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6089532 6089533 CJD_0581 CJD_0580     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6089533 6089534 CJD_0580 CJD_0579     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6089534 6089535 CJD_0579 CJD_0578     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6089535 6089536 CJD_0578 CJD_0577     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089536 6089537 CJD_0577 CJD_0576     FALSE 0.004 944.000 0.000 NA   NA
 6089537 6089538 CJD_0576 CJD_0575     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089538 6089539 CJD_0575 CJD_0574     FALSE 0.491 17.000 0.000 1.000   NA
 6089539 6089540 CJD_0574 CJD_0573     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6089540 6089541 CJD_0573 CJD_0572     TRUE 0.635 10.000 0.000 NA   NA
 6089541 6089542 CJD_0572 CJD_0571     TRUE 0.993 21.000 0.667 0.017 Y NA
 6089542 6089543 CJD_0571 CJD_0570     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6089543 6089544 CJD_0570 CJD_0569     FALSE 0.023 310.000 0.000 NA   NA
 6089544 6089545 CJD_0569 CJD_0568     TRUE 0.838 63.000 0.000 1.000 Y NA
 6089545 6089546 CJD_0568 CJD_0567     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089546 6089547 CJD_0567 CJD_0566     FALSE 0.272 58.000 0.000 NA   NA
 6089547 6089548 CJD_0566 CJD_0565     TRUE 0.982 18.000 0.047 0.017 Y NA
 6089548 6089549 CJD_0565 CJD_0564     TRUE 0.957 19.000 0.140 NA   NA
 6089549 6089550 CJD_0564 CJD_0563     TRUE 0.921 26.000 0.091 NA   NA
 6089550 6089551 CJD_0563 CJD_0562     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6089551 6089552 CJD_0562 CJD_0561     TRUE 0.945 -34.000 0.000 0.017 Y NA
 6089552 6089553 CJD_0561 CJD_0560     FALSE 0.418 21.000 0.000 1.000   NA
 6089553 6089554 CJD_0560 CJD_0559     TRUE 0.966 3.000 0.104 NA   NA
 6089556 6089557 CJD_0557 CJD_0556     FALSE 0.213 121.000 0.000 NA   NA
 6089557 6089558 CJD_0556 CJD_0555     FALSE 0.197 131.000 0.000 NA   NA
 6089558 6089559 CJD_0555 CJD_0554     TRUE 0.605 -25.000 0.000 NA   NA
 6089559 6089560 CJD_0554 CJD_0553     FALSE 0.316 30.000 0.000 1.000   NA
 6089560 6089561 CJD_0553 CJD_0552     FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6089561 6089562 CJD_0552 CJD_0551     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089562 6089563 CJD_0551 CJD_0550     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6089563 6089564 CJD_0550 CJD_0549     TRUE 0.909 131.000 0.023 1.000 Y NA
 6089564 6089565 CJD_0549 CJD_0548     FALSE 0.242 25.000 0.000 1.000 N NA
 6089565 6089566 CJD_0548 CJD_0547     FALSE 0.327 18.000 0.000 1.000 N NA
 6089566 6089567 CJD_0547 CJD_0546     FALSE 0.005 671.000 0.000 NA   NA
 6089569 6089570 CJD_0544 CJD_0543     TRUE 0.994 -25.000 0.200 1.000 Y NA
 6089570 6089571 CJD_0543 CJD_0542     FALSE 0.064 230.000 0.000 NA   NA
 6089571 6089572 CJD_0542 CJD_0541     FALSE 0.272 58.000 0.000 NA   NA
 6089572 6089573 CJD_0541 CJD_0540     FALSE 0.025 306.000 0.000 NA   NA
 6089575 6089576 CJD_0538 CJD_0537     FALSE 0.019 331.000 0.000 NA   NA
 6089576 6089577 CJD_0537 CJD_0536     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6089577 6089578 CJD_0536 CJD_0535     FALSE 0.136 172.000 0.000 NA   NA
 6089580 6089581 CJD_0533 CJD_0532     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6089581 6089582 CJD_0532 CJD_0531     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089582 6089583 CJD_0531 CJD_0530     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6089583 6089584 CJD_0530 CJD_0529     FALSE 0.176 34.000 0.000 1.000 N NA
 6089584 6089585 CJD_0529 CJD_0528     FALSE 0.037 268.000 0.000 NA   NA
 6089585 6089586 CJD_0528 CJD_0527     FALSE 0.110 190.000 0.000 NA   NA
 6089586 6089587 CJD_0527 CJD_0526     FALSE 0.020 290.000 0.000 1.000   NA
 6089587 6089588 CJD_0526 CJD_0525     TRUE 0.979 3.000 0.529 1.000 N NA
 6089588 6089589 CJD_0525 CJD_0524     TRUE 0.996 0.000 0.618 0.026 Y NA
 6089589 6089590 CJD_0524 CJD_0523     FALSE 0.035 277.000 0.000 NA   NA
 6089591 6089592 CJD_0522 CJD_0521     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6089593 6089594 CJD_0520 CJD_0519     FALSE 0.013 377.000 0.000 NA   NA
 6089594 6089595 CJD_0519 CJD_0518     FALSE 0.246 84.000 0.000 NA   NA
 6089595 6089596 CJD_0518 CJD_0517     FALSE 0.032 283.000 0.000 NA   NA
 6089598 6089599 CJD_0515 CJD_0514     FALSE 0.012 393.000 0.000 NA   NA
 6089599 6089600 CJD_0514 CJD_0513     FALSE 0.085 211.000 0.000 NA   NA
 6089600 6089601 CJD_0513 CJD_0512     FALSE 0.008 466.000 0.000 NA   NA
 6089603 6089604 CJD_0510 CJD_0509 trmB   FALSE 0.178 103.000 0.000 1.000   NA
 6089604 6089605 CJD_0509 CJD_0508     FALSE 0.054 215.000 0.000 NA N NA
 6089605 6089606 CJD_0508 CJD_0507     FALSE 0.173 97.000 0.000 NA N NA
 6089606 6089607 CJD_0507 CJD_0506     FALSE 0.005 647.000 0.000 NA   NA
 6089607 6089608 CJD_0506 CJD_0505     TRUE 0.983 11.000 0.610 NA   NA
 6089608 6089609 CJD_0505 CJD_0504     TRUE 0.809 259.000 0.167 1.000 Y NA
 6089609 6089610 CJD_0504 CJD_0503     FALSE 0.004 436.000 0.000 1.000 N NA
 6089610 6089611 CJD_0503 CJD_0502   hsp90 FALSE 0.061 164.000 0.000 1.000 N NA
 6089611 6089612 CJD_0502 CJD_0501 hsp90   FALSE 0.018 334.000 0.000 NA   NA
 6089612 6089613 CJD_0501 CJD_0500     FALSE 0.460 25.000 0.000 NA   NA
 6089613 6089614 CJD_0500 CJD_0499     FALSE 0.177 144.000 0.000 NA   NA
 6089614 6089615 CJD_0499 CJD_0498     FALSE 0.078 216.000 0.000 NA   NA
 6089615 6089616 CJD_0498 CJD_0497     FALSE 0.053 241.000 0.000 NA   NA
 6089616 6089617 CJD_0497 CJD_0496     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6089617 6089618 CJD_0496 CJD_0495     FALSE 0.124 148.000 0.000 1.000   NA
 6089618 6089619 CJD_0495 CJD_0494     FALSE 0.105 195.000 0.000 NA   NA
 6089619 6089620 CJD_0494 CJD_0493     FALSE 0.026 300.000 0.000 NA   NA
 6089620 6089621 CJD_0493 CJD_0492     FALSE 0.195 132.000 0.000 NA   NA
 6089621 6089622 CJD_0492 CJD_0491   brnQ FALSE 0.043 256.000 0.000 NA   NA
 6089622 6089623 CJD_0491 CJD_0490 brnQ   FALSE 0.005 734.000 0.000 NA   NA
 6089623 6089624 CJD_0490 CJD_0489     FALSE 0.089 208.000 0.000 NA   NA
 6089624 6089625 CJD_0489 CJD_0488     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089625 6089626 CJD_0488 CJD_0487     FALSE 0.069 226.000 0.000 NA   NA
 6089626 6089627 CJD_0487 CJD_0486     FALSE 0.274 34.000 0.000 NA N NA
 6089627 6089628 CJD_0486 CJD_0485     FALSE 0.107 90.000 0.000 1.000 N NA
 6089630 6089631 CJD_0483 CJD_0482 nadC nadB TRUE 0.987 -43.000 0.046 1.000 Y NA
 6089631 6089632 CJD_0482 CJD_0481 nadB nadA TRUE 0.989 5.000 0.042 1.000 Y NA
 6089632 6089633 CJD_0481 CJD_0480 nadA garR FALSE 0.009 307.000 0.000 1.000 N NA
 6089633 6089634 CJD_0480 CJD_0479 garR   FALSE 0.240 101.000 0.000 NA   NA
 6089634 6089635 CJD_0479 CJD_0478     FALSE 0.209 125.000 0.000 NA   NA
 6089636 6089637 CJD_0477 CJD_0476     FALSE 0.308 46.000 0.000 NA   NA
 6089638 6089639 CJD_0475 CJD_0474 deoB udp FALSE 0.272 178.000 0.007 0.037 N NA
 6089641 6089642 CJD_2017 CJD_2018     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6089643 6089644 CJD_2019 CJD_2020     FALSE 0.023 279.000 0.000 1.000   NA
 6089644 6089645 CJD_2020 CJD_2021     FALSE 0.026 268.000 0.000 1.000   NA
 6089645 6089646 CJD_2021 CJD_2022     FALSE 0.011 294.000 0.000 1.000 N NA
 6089646 6089647 CJD_2022 CJD_2023     TRUE 0.996 0.000 0.778 0.013 Y NA
 6089647 6089648 CJD_2023 CJD_2024     TRUE 0.960 158.000 0.778 0.013 Y NA
 6089648 6089649 CJD_2024 CJD_2025     TRUE 0.960 156.000 0.786 0.008 Y NA
 6089651 6089652 CJD_2027 CJD_2028     FALSE 0.129 177.000 0.000 NA   NA
 6089654 6089655 CJD_2030 CJD_2031 dut   FALSE 0.191 135.000 0.000 NA   NA
 6089655 6089656 CJD_2031 CJD_2032     FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6089658 6089659 CJD_2034 CJD_2035     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6089661 6089662 CJD_2037 CJD_2038     FALSE 0.217 119.000 0.000 NA   NA
 6089664 6089665 CJD_2040 CJD_2041     FALSE 0.252 77.000 0.000 NA   NA
 6089665 6089666 CJD_2041 CJD_2042     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6089666 6089667 CJD_2042 CJD_2043     FALSE 0.042 258.000 0.000 NA   NA
 6089667 6089668 CJD_2043 CJD_2045     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6089668 6089669 CJD_2045 CJD_2046     TRUE 0.995 2.000 0.270 1.000 Y NA
 6089669 6089670 CJD_2046 CJD_2047     TRUE 0.996 -25.000 0.646 NA Y NA
 6089670 6089671 CJD_2047 CJD_2048     FALSE 0.049 247.000 0.000 NA   NA
 6089671 6089672 CJD_2048 CJD_2049     FALSE 0.092 205.000 0.000 NA   NA
 6089672 6089673 CJD_2049 CJD_2050     FALSE 0.239 104.000 0.000 NA   NA
 6089675 6089676 CJD_2052 CJD_2053     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6089676 6089677 CJD_2053 CJD_2054     FALSE 0.033 280.000 0.000 NA   NA
 6089678 6089679 CJD_2055 CJD_2056     TRUE 0.978 17.000 0.569 NA   NA
 6089680 6089681 CJD_2057 CJD_2058     FALSE 0.020 325.000 0.000 NA   NA
 6089681 6089682 CJD_2058 CJD_2059   virS FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6089682 6089683 CJD_2059 CJD_2060 virS   TRUE 0.965 -6.000 0.000 NA Y NA
 6089683 6089684 CJD_2060 CJD_2061     FALSE 0.079 139.000 0.000 1.000 N NA
 6089684 6089685 CJD_2061 CJD_2062     FALSE 0.240 97.000 0.000 NA   NA
 6089685 6089686 CJD_2062 CJD_2063     FALSE 0.071 224.000 0.000 NA   NA
 6089689 6089690 CJD_2066 CJD_2068     FALSE 0.085 211.000 0.000 NA   NA
 6089691 6089692 CJD_2069 CJD_2070     FALSE 0.002 292.000 0.000 0.026   NA
 6089692 6089693 CJD_2070 CJD_2071   topB FALSE 0.015 313.000 0.000 1.000   NA
 6089693 6089694 CJD_2071 CJD_2072 topB   FALSE 0.240 97.000 0.000 NA   NA
 6089694 6089695 CJD_2072 CJD_2073     TRUE 0.974 10.000 0.196 NA   NA
 6089695 6089696 CJD_2073 CJD_2074     FALSE 0.177 144.000 0.000 NA   NA
 6089696 6089697 CJD_2074 CJD_2075     FALSE 0.089 208.000 0.000 NA   NA
 6089697 6089698 CJD_2075 CJD_2076     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6089698 6089699 CJD_2076 CJD_2077     TRUE 0.965 15.000 0.130 NA   NA
 6089699 6089700 CJD_2077 CJD_2078     FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6089700 6089701 CJD_2078 CJD_2079     FALSE 0.053 241.000 0.000 NA   NA
 6089701 6089702 CJD_2079 CJD_2080     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6089702 6089703 CJD_2080 CJD_2081   gdhA FALSE 0.023 310.000 0.000 NA   NA
 6089703 6089704 CJD_2081 CJD_2082 gdhA   FALSE 0.008 483.000 0.000 NA   NA
 6089706 6089707 CJD_2084 CJD_2085     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6089709 6089710 CJD_2087 CJD_2088     FALSE 0.354 35.000 0.000 NA   NA
 6089710 6089711 CJD_2088 CJD_2090     FALSE 0.005 620.000 0.000 NA   NA
 6089711 6089712 CJD_2090 CJD_2091     FALSE 0.074 220.000 0.000 NA   NA
 6089714 6089715 CJD_2093 CJD_2094     FALSE 0.068 227.000 0.000 NA   NA
 6089715 6089716 CJD_2094 CJD_2095     TRUE 0.994 -7.000 0.174 1.000 Y NA
 6089716 6089717 CJD_2095 CJD_2096   scrR TRUE 0.834 40.000 0.070 1.000 N NA
 6089717 6089718 CJD_2096 CJD_2097 scrR   TRUE 0.637 132.000 0.042 1.000 N NA
 6089718 6089719 CJD_2097 CJD_2098     FALSE 0.020 324.000 0.000 NA   NA
 6089719 6089720 CJD_2098 CJD_2099     FALSE 0.007 512.000 0.000 NA   NA
 6089720 6089721 CJD_2099 CJD_2100     TRUE 0.993 13.000 0.200 0.026 Y NA
 6089721 6089722 CJD_2100 CJD_2101     TRUE 0.975 1.000 0.455 0.026   NA
 6089724 6089725 CJD_2103 CJD_2104     TRUE 0.613 -13.000 0.000 NA   NA
 6089725 6089726 CJD_2104 CJD_2105     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6089726 6089727 CJD_2105 CJD_2106   bioD FALSE 0.027 227.000 0.000 1.000 N NA
 6089727 6089728 CJD_2106 CJD_2107 bioD bioB TRUE 0.983 3.000 0.025 0.002 Y NA
 6089728 6089729 CJD_2107 CJD_2108 bioB   TRUE 0.892 18.000 0.018 NA   NA
 6089729 6089730 CJD_2108 CJD_2109     FALSE 0.013 386.000 0.000 NA   NA
 6089730 6089731 CJD_2109 CJD_2110     FALSE 0.015 356.000 0.000 NA   NA
 6089731 6089732 CJD_2110 CJD_2111     FALSE 0.327 18.000 0.000 1.000 N NA
 6089734 6089735 CJD_2113 CJD_2114     FALSE 0.060 211.000 0.000 1.000   NA
 6089735 6089736 CJD_2114 CJD_2115   pulA FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6089738 6089739 CJD_2118 CJD_2119     FALSE 0.235 109.000 0.000 NA   NA
 6089739 6089740 CJD_2119 CJD_2120     FALSE 0.105 195.000 0.000 NA   NA
 6089741 6089742 CJD_0243 CJD_0242     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6089742 6089743 CJD_0242 CJD_0241     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6089743 6089744 CJD_0241 CJD_0240     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6089744 6089745 CJD_0240 CJD_0239     TRUE 0.603 -28.000 0.000 NA   NA
 6089745 6089746 CJD_0239 CJD_0238     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6089746 6089747 CJD_0238 CJD_0237     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6089747 6089748 CJD_0237 CJD_0236     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6089748 6089749 CJD_0236 CJD_0235     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089750 6089751 CJD_0234 CJD_0233     FALSE 0.031 253.000 0.000 1.000   NA
 6089752 6089753 CJD_0232 CJD_0231     FALSE 0.007 546.000 0.000 NA   NA
 6089753 6089754 CJD_0231 CJD_0230     FALSE 0.002 256.000 0.000 0.025   NA
 6089754 6089755 CJD_0230 CJD_0229     FALSE 0.000 527.000 0.000 0.003   NA
 6089755 6089756 CJD_0229 CJD_0228     FALSE 0.017 255.000 0.000 1.000 N NA
 6089756 6089757 CJD_0228 CJD_0227   cbiO FALSE 0.003 467.000 0.000 1.000 N NA
 6089757 6089758 CJD_0227 CJD_0226 cbiO cbiQ TRUE 0.988 15.000 0.082 0.002 Y NA
 6089758 6089759 CJD_0226 CJD_0225 cbiQ cbiN TRUE 0.995 -16.000 0.804 0.002 Y NA
 6089759 6089760 CJD_0225 CJD_0224 cbiN cbiM TRUE 0.996 0.000 0.861 0.013 Y NA
 6089760 6089761 CJD_0224 CJD_0223 cbiM nagH FALSE 0.003 879.000 0.000 1.000   NA
 6089763 6089764 CJD_0221 CJD_0220     TRUE 0.902 191.000 0.081 NA Y NA
 6089764 6089765 CJD_0220 CJD_0219     TRUE 0.955 156.000 0.189 NA Y NA
 6089765 6089766 CJD_0219 CJD_0218     TRUE 0.841 110.000 0.148 NA N NA
 6089766 6089767 CJD_0218 CJD_0217   nanA TRUE 0.954 103.000 0.074 1.000 Y NA
 6089767 6089768 CJD_0217 CJD_0216 nanA nanE FALSE 0.163 37.000 0.000 1.000 N NA
 6089768 6089769 CJD_0216 CJD_0215 nanE   FALSE 0.012 286.000 0.000 1.000 N NA
 6089770 6089771 CJD_0214 CJD_0213     TRUE 0.948 3.000 0.049 NA   NA
 6089771 6089772 CJD_0213 CJD_0212     TRUE 0.942 5.000 0.042 NA   NA
 6089773 6089774 CJD_0211 CJD_0210   luxS FALSE 0.006 348.000 0.000 1.000 N NA
 6089774 6089775 CJD_0210 CJD_0209 luxS   TRUE 0.557 85.000 0.010 1.000 N NA
 6089775 6089776 CJD_0209 CJD_0208   metC TRUE 0.990 -13.000 0.101 0.012 Y NA
 6089776 6089777 CJD_0208 CJD_0207 metC   TRUE 0.645 64.000 0.021 1.000 N NA
 6089779 6089780 CJD_0205 CJD_0204 colA argR FALSE 0.005 545.000 0.000 1.000   NA
 6089780 6089781 CJD_0204 CJD_0203 argR arcC FALSE 0.113 73.000 0.000 1.000 N NA
 6089781 6089782 CJD_0203 CJD_0202 arcC arcD TRUE 0.841 61.000 0.000 1.000 Y NA
 6089782 6089783 CJD_0202 CJD_0201 arcD argF TRUE 0.757 145.000 0.000 1.000 Y NA
 6089783 6089784 CJD_0201 CJD_0200 argF arcA TRUE 0.926 108.000 0.022 1.000 Y NA
 6089784 6089785 CJD_0200 CJD_0199 arcA   FALSE 0.002 552.000 0.000 1.000 N NA
 6089785 6089786 CJD_0199 CJD_0198     FALSE 0.064 159.000 0.000 1.000 N NA
 6089786 6089787 CJD_0198 CJD_0197     FALSE 0.004 1059.000 0.000 NA   NA
 6089787 6089788 CJD_0197 CJD_0196     FALSE 0.103 196.000 0.000 NA   NA
 6089788 6089789 CJD_0196 CJD_0195     FALSE 0.005 593.000 0.000 NA   NA
 6089791 6089792 CJD_0193 CJD_0192     FALSE 0.253 76.000 0.000 NA   NA
 6089792 6089793 CJD_0192 CJD_0191     FALSE 0.032 284.000 0.000 NA   NA
 6089793 6089794 CJD_0191 CJD_0190     FALSE 0.008 475.000 0.000 NA   NA
 6089794 6089795 CJD_0190 CJD_0189     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6089795 6089796 CJD_0189 CJD_0188     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6089796 6089797 CJD_0188 CJD_0187     TRUE 0.553 4.000 0.000 1.000   NA
 6089797 6089798 CJD_0187 CJD_0186     FALSE 0.004 631.000 0.000 1.000   NA
 6089798 6089799 CJD_0186 CJD_0185     TRUE 0.841 61.000 0.000 1.000 Y NA
 6089799 6089800 CJD_0185 CJD_0184   uxaC TRUE 0.798 121.000 0.000 1.000 Y NA
 6089800 6089801 CJD_0184 CJD_0183 uxaC uxuA TRUE 0.877 29.000 0.000 0.001 Y NA
 6089801 6089802 CJD_0183 CJD_0182 uxuA   TRUE 0.823 91.000 0.000 1.000 Y NA
 6089802 6089803 CJD_0182 CJD_0181     FALSE 0.077 15.000 0.000 0.049 N NA
 6089803 6089804 CJD_0181 CJD_0180     FALSE 0.044 190.000 0.000 1.000 N NA
 6089804 6089805 CJD_0180 CJD_0179     FALSE 0.075 143.000 0.000 1.000 N NA
 6089805 6089806 CJD_0179 CJD_0178     TRUE 0.837 64.000 0.000 1.000 Y NA
 6089806 6089807 CJD_0178 CJD_0177     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6089807 6089808 CJD_0177 CJD_0176     FALSE 0.029 291.000 0.000 NA   NA
 6089808 6089809 CJD_0176 CJD_0175     FALSE 0.012 396.000 0.000 NA   NA
 6089809 6089810 CJD_0175 CJD_0174     FALSE 0.006 566.000 0.000 NA   NA
 6089813 6089814 CJD_0171 CJD_0170     TRUE 0.962 21.000 0.250 NA   NA
 6089815 6089816 CJD_0321 CJD_0326     FALSE 0.037 269.000 0.000 NA   NA
 6089820 6089821 CJD_0333 CJD_0334     FALSE 0.005 651.000 0.000 NA   NA
 6089823 6089824 CJD_0336 CJD_1224     FALSE 0.097 201.000 0.000 NA   NA
 6089824 6089825 CJD_1224 CJD_1225     FALSE 0.007 514.000 0.000 NA   NA
 6089827 6089828 CJD_1227 CJD_1228     FALSE 0.030 287.000 0.000 NA   NA
 6089831 6089832 CJD_1835 CJD_1836     FALSE 0.006 555.000 0.000 NA   NA
 6089832 6089833 CJD_1836 CJD_1837     TRUE 0.905 81.000 0.400 NA   NA
 6089833 6089834 CJD_1837 CJD_1838     TRUE 0.985 2.000 1.000 NA   NA
 6089834 6089835 CJD_1838 CJD_1839     FALSE 0.172 147.000 0.000 NA   NA
 6089835 6089836 CJD_1839 CJD_1840     TRUE 0.601 -31.000 0.000 NA   NA
 6089836 6089837 CJD_1840 CJD_1841     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6089837 6089838 CJD_1841 CJD_1842     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6089840 6089841 CJD_1844 CJD_1845     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6089841 6089842 CJD_1845 CJD_1846     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6089842 6089843 CJD_1846 CJD_1847     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6089845 6089846 CJD_1849 CJD_1850     TRUE 0.935 53.000 1.000 NA   NA
 6089846 6089847 CJD_1850 CJD_1851     TRUE 0.979 0.000 0.333 NA   NA
 6089847 6089848 CJD_1851 CJD_1852     TRUE 0.984 2.000 0.667 NA   NA
 6089848 6089849 CJD_1852 CJD_1853     FALSE 0.299 49.000 0.000 NA   NA
 6089849 6089850 CJD_1853 CJD_1854     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6089850 6089851 CJD_1854 CJD_1855     FALSE 0.274 57.000 0.000 NA   NA
 6089851 6089852 CJD_1855 CJD_1856     FALSE 0.253 72.000 0.000 NA   NA
 6089852 6089853 CJD_1856 CJD_1857     FALSE 0.266 61.000 0.000 NA   NA
 6089853 6089854 CJD_1857 CJD_1858     FALSE 0.252 78.000 0.000 NA   NA
 6089854 6089855 CJD_1858 CJD_1859     FALSE 0.241 93.000 0.000 NA   NA
 6089855 6089856 CJD_1859 CJD_1860     FALSE 0.007 520.000 0.000 NA   NA
 6089856 6089857 CJD_1860 CJD_1861     FALSE 0.025 301.000 0.000 NA   NA
 6089857 6089858 CJD_1861 CJD_1862     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089858 6089859 CJD_1862 CJD_1863     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6089859 6089860 CJD_1863 CJD_1864     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6089860 6089861 CJD_1864 CJD_1865     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 6089861 6089862 CJD_1865 CJD_1866     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6089862 6089863 CJD_1866 CJD_1867     FALSE 0.193 133.000 0.000 NA   NA
 6089863 6089864 CJD_1867 CJD_1868     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6089864 6089865 CJD_1868 CJD_1869     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089865 6089866 CJD_1869 CJD_1870     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6089866 6089867 CJD_1870 CJD_1871     FALSE 0.089 208.000 0.000 NA   NA
 6089867 6089868 CJD_1871 CJD_1872     FALSE 0.099 200.000 0.000 NA   NA
 6089868 6089869 CJD_1872 CJD_1873     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6089869 6089870 CJD_1873 CJD_1874     FALSE 0.201 129.000 0.000 NA   NA
 6089870 6089871 CJD_1874 CJD_1875     FALSE 0.217 119.000 0.000 NA   NA
 6089874 6089875 CJD_1878 CJD_1879     FALSE 0.006 568.000 0.000 NA   NA
 6089875 6089876 CJD_1879 CJD_1880     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6089876 6089877 CJD_1880 CJD_1881     FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6089877 6089878 CJD_1881 CJD_1882     FALSE 0.172 147.000 0.000 NA   NA
 6089880 6089881 CJD_1884 CJD_1885     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6089881 6089882 CJD_1885 CJD_1886     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089882 6089883 CJD_1886 CJD_1887     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6089883 6089884 CJD_1887 CJD_1888     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6089884 6089885 CJD_1888 CJD_1889     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.070   NA
 6089886 6089887 CJD_1890 CJD_1891     FALSE 0.246 84.000 0.000 NA   NA
 6089887 6089888 CJD_1891 CJD_1892     FALSE 0.004 1155.000 0.000 NA   NA
 6089888 6089889 CJD_1892 CJD_1893     FALSE 0.007 542.000 0.000 NA   NA
 6089889 6089890 CJD_1893 CJD_1894     FALSE 0.000 921.000 0.000 0.039   NA
 6089890 6089891 CJD_1894 CJD_1895     TRUE 0.979 -16.000 0.429 NA   NA
 6089891 6089892 CJD_1895 CJD_1896     FALSE 0.004 755.000 0.000 NA   NA
 6089892 6089893 CJD_1896 CJD_1897     FALSE 0.259 64.000 0.000 NA   NA
 6089894 6089895 CJD_1898 CJD_1899     FALSE 0.460 25.000 0.000 NA   NA
 6089896 6089897 CJD_1900 CJD_1901     FALSE 0.240 98.000 0.000 NA   NA
 6089897 6089898 CJD_1901 CJD_1902     FALSE 0.006 588.000 0.000 NA   NA
 6089900 6089901 CJD_1904 CJD_1905     FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 6089901 6089902 CJD_1905 CJD_1906     FALSE 0.006 555.000 0.000 NA   NA
 6089902 6089903 CJD_1906 CJD_1907     FALSE 0.032 284.000 0.000 NA   NA
 6089903 6089904 CJD_1907 CJD_1908     TRUE 0.995 -28.000 0.240 NA Y NA
 6089904 6089905 CJD_1908 CJD_1909     TRUE 0.958 -21.000 0.000 1.000 Y NA
 6089905 6089906 CJD_1909 CJD_1910     FALSE 0.004 930.000 0.000 NA   NA
 6089906 6089907 CJD_1910 CJD_1911     FALSE 0.066 228.000 0.000 NA   NA
 6089907 6089908 CJD_1911 CJD_1912     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6089908 6089909 CJD_1912 CJD_1913     FALSE 0.099 200.000 0.000 NA   NA
 6089911 6089912 CJD_1915 CJD_1916     FALSE 0.254 70.000 0.000 NA   NA
 6089912 6089913 CJD_1916 CJD_1917     FALSE 0.213 121.000 0.000 NA   NA
 6089913 6089914 CJD_1917 CJD_1918     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6089915 6089916 CJD_1919 CJD_1920     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6089916 6089917 CJD_1920 CJD_1921     FALSE 0.242 90.000 0.000 NA   NA
 6089918 6089919 CJD_1922 CJD_1923     FALSE 0.088 209.000 0.000 NA   NA
 6089919 6089920 CJD_1923 CJD_1924     TRUE 0.762 159.000 0.235 0.070   NA
 6089920 6089921 CJD_1924 CJD_1925     FALSE 0.008 493.000 0.000 NA   NA
 6089921 6089922 CJD_1925 CJD_1926     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6089924 6089925 CJD_1928 CJD_1929     FALSE 0.060 236.000 0.000 NA   NA
 6089925 6089926 CJD_1929 CJD_1930     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6089926 6089927 CJD_1930 CJD_1931     FALSE 0.005 652.000 0.000 NA   NA
 6089927 6089928 CJD_1931 CJD_1932     FALSE 0.232 112.000 0.000 NA   NA
 6089928 6089929 CJD_1932 CJD_1933     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6089929 6089930 CJD_1933 CJD_1934     FALSE 0.199 130.000 0.000 NA   NA
 6089930 6089931 CJD_1934 CJD_1935     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6089931 6089932 CJD_1935 CJD_1936     FALSE 0.040 261.000 0.000 NA   NA
 6089932 6089933 CJD_1936 CJD_1937     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6089933 6089934 CJD_1937 CJD_1938     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6089934 6089935 CJD_1938 CJD_1939     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6089935 6089936 CJD_1939 CJD_1940     FALSE 0.288 51.000 0.000 NA   NA
 6089936 6089937 CJD_1940 CJD_1941     FALSE 0.299 49.000 0.000 NA   NA
 6089937 6089938 CJD_1941 CJD_1942     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6089938 6089939 CJD_1942 CJD_1943     TRUE 0.640 1.000 0.000 NA   NA
 6089939 6089940 CJD_1943 CJD_1944     FALSE 0.015 364.000 0.000 NA   NA
 6089940 6089941 CJD_1944 CJD_1945     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6089941 6089942 CJD_1945 CJD_1946     FALSE 0.402 30.000 0.000 NA   NA
 6089942 6089943 CJD_1946 CJD_1947     FALSE 0.053 242.000 0.000 NA   NA
 6089945 6089946 CJD_1099 CJD_1098     FALSE 0.012 387.000 0.000 NA   NA
 6089946 6089947 CJD_1098 CJD_1097     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6089948 6089949 CJD_1096 CJD_1095     FALSE 0.311 45.000 0.000 NA   NA
 6089950 6089951 CJD_1094 CJD_1093     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6089951 6089952 CJD_1093 CJD_1092     TRUE 0.984 4.000 0.759 NA   NA
 6089952 6089953 CJD_1092 CJD_1091     FALSE 0.020 326.000 0.000 NA   NA
 6089953 6089954 CJD_1091 CJD_1090     FALSE 0.158 157.000 0.000 NA   NA
 6089954 6089955 CJD_1090 CJD_1089     FALSE 0.019 330.000 0.000 NA   NA
 6089955 6089956 CJD_1089 CJD_1088     FALSE 0.004 959.000 0.000 NA   NA
 6089957 6089958 CJD_1087 CJD_1086     FALSE 0.012 392.000 0.000 NA   NA
 6089962 6089963 CJD_1082 CJD_1081     FALSE 0.378 32.000 0.000 NA   NA
 6089964 6089965 CJD_1080 CJD_1079     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6089965 6089966 CJD_1079 CJD_1078     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6089966 6089967 CJD_1078 CJD_1077     FALSE 0.100 199.000 0.000 NA   NA
 6089970 6089971 CJD_1074 CJD_1073     FALSE 0.004 791.000 0.000 NA   NA
 6089972 6089973 CJD_1072 CJD_1071     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6089973 6089974 CJD_1071 CJD_1070     FALSE 0.053 241.000 0.000 NA   NA
 6089974 6089975 CJD_1070 CJD_1069     FALSE 0.125 180.000 0.000 NA   NA
 6089975 6089976 CJD_1069 CJD_1068     FALSE 0.009 442.000 0.000 NA   NA
 6089976 6089977 CJD_1068 CJD_1067     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6089977 6089978 CJD_1067 CJD_1066     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6089978 6089979 CJD_1066 CJD_1065     FALSE 0.242 89.000 0.000 NA   NA
 6089979 6089980 CJD_1065 CJD_1064     FALSE 0.029 292.000 0.000 NA   NA
 6089980 6089981 CJD_1064 CJD_1063     FALSE 0.010 367.000 0.000 1.000   NA
 6089981 6089982 CJD_1063 CJD_1062     FALSE 0.009 368.000 0.000 NA N NA
 6089982 6089983 CJD_1062 CJD_1061     TRUE 0.997 3.000 0.759 NA Y NA
 6089983 6089984 CJD_1061 CJD_1060     TRUE 0.921 51.000 0.552 NA N NA
 6089984 6089985 CJD_1060 CJD_1059     TRUE 0.996 2.000 0.385 NA Y NA
 6089985 6089986 CJD_1059 CJD_1058     TRUE 0.863 147.000 0.487 NA   NA
 6089986 6089987 CJD_1058 CJD_1057     TRUE 0.744 208.000 0.459 NA   NA
 6089987 6089988 CJD_1057 CJD_1056   eutT TRUE 0.979 10.000 0.452 NA N NA
 6089988 6089989 CJD_1056 CJD_1055 eutT eutM TRUE 0.892 78.000 0.357 NA N NA
 6089989 6089990 CJD_1055 CJD_1054 eutM   FALSE 0.015 355.000 0.000 NA   NA
 6089990 6089991 CJD_1054 CJD_1052     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6089991 6089992 CJD_1052 CJD_1051   eutL TRUE 0.978 13.000 0.468 NA N NA
 6089992 6089993 CJD_1051 CJD_1050 eutL   TRUE 0.993 22.000 0.617 1.000 Y NA
 6089993 6089994 CJD_1050 CJD_1049     TRUE 0.989 17.000 0.119 0.001 Y NA
 6089994 6089995 CJD_1049 CJD_1048   eutA TRUE 0.995 19.000 0.600 NA Y NA
 6089995 6089996 CJD_1048 CJD_1047 eutA   FALSE 0.053 216.000 0.000 NA N NA
 6089996 6089997 CJD_1047 CJD_1046     TRUE 0.996 4.000 0.388 NA Y NA
 6089997 6089998 CJD_1046 CJD_1045   eutP TRUE 0.831 18.000 0.009 1.000 N NA
 6089998 6089999 CJD_1045 CJD_1044 eutP eutS TRUE 0.963 4.000 0.000 1.000 Y NA
 6089999 6090000 CJD_1044 CJD_1043 eutS   FALSE 0.006 354.000 0.000 1.000 N NA
 6090000 6090001 CJD_1043 CJD_1042     FALSE 0.037 268.000 0.000 NA   NA
 6090001 6090002 CJD_1042 CJD_1041     FALSE 0.014 368.000 0.000 NA   NA
 6090002 6090003 CJD_1041 CJD_1040     FALSE 0.241 91.000 0.000 NA   NA
 6090004 6090005 CJD_1039 CJD_1038     FALSE 0.014 323.000 0.000 1.000   NA
 6090006 6090007 CJD_1037 CJD_1036     TRUE 0.984 -3.000 0.833 NA   NA
 6090007 6090008 CJD_1036 CJD_1035     FALSE 0.282 53.000 0.000 NA   NA
 6090009 6090010 CJD_1034 CJD_1033     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090015 6090016 CJD_1028 CJD_1027     FALSE 0.178 104.000 0.000 1.000   NA
 6090016 6090017 CJD_1027 CJD_1026     FALSE 0.239 102.000 0.000 NA   NA
 6090017 6090018 CJD_1026 CJD_1025     FALSE 0.175 146.000 0.000 NA   NA
 6090019 6090020 CJD_1024 CJD_1023     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090024 6090025 CJD_1019 CJD_1018   alr FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6090026 6090027 CJD_1017 CJD_1016     FALSE 0.041 260.000 0.000 NA   NA
 6090027 6090028 CJD_1016 CJD_1015     FALSE 0.012 341.000 0.000 1.000   NA
 6090028 6090029 CJD_1015 CJD_1014     FALSE 0.176 107.000 0.000 1.000   NA
 6090029 6090030 CJD_1014 CJD_1013     FALSE 0.111 189.000 0.000 NA   NA
 6090030 6090031 CJD_1013 CJD_1012     FALSE 0.044 255.000 0.000 NA   NA
 6090031 6090032 CJD_1012 CJD_1011   glxK FALSE 0.002 660.000 0.000 1.000 N NA
 6090032 6090033 CJD_1011 CJD_1010 glxK   TRUE 0.839 224.000 0.078 1.000 Y NA
 6090033 6090034 CJD_1010 CJD_1009     TRUE 0.825 148.000 0.290 NA N NA
 6090034 6090035 CJD_1009 CJD_1008     FALSE 0.015 314.000 0.000 NA N NA
 6090037 6090038 CJD_1006 CJD_1005     FALSE 0.007 526.000 0.000 NA   NA
 6090039 6090040 CJD_0587 CJD_0588     FALSE 0.256 67.000 0.000 NA   NA
 6090040 6090041 CJD_0588 CJD_0589     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6090041 6090042 CJD_0589 CJD_0590     FALSE 0.012 389.000 0.000 NA   NA
 6090043 6090044 CJD_0591 CJD_0592     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6090044 6090045 CJD_0592 CJD_0593     FALSE 0.020 322.000 0.000 NA   NA
 6090045 6090046 CJD_0593 CJD_0594     FALSE 0.003 542.000 0.000 1.000 N NA
 6090046 6090047 CJD_0594 CJD_0595     FALSE 0.377 14.000 0.000 1.000 N NA
 6090047 6090048 CJD_0595 CJD_0596     FALSE 0.069 198.000 0.000 NA N NA
 6090048 6090049 CJD_0596 CJD_0597     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6090049 6090050 CJD_0597 CJD_0598     FALSE 0.054 217.000 0.000 1.000   NA
 6090050 6090051 CJD_0598 CJD_0599     TRUE 0.959 14.000 0.000 1.000 Y NA
 6090051 6090052 CJD_0599 CJD_0600     FALSE 0.064 230.000 0.000 NA   NA
 6090052 6090053 CJD_0600 CJD_0601     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6090053 6090054 CJD_0601 CJD_0602   mviN TRUE 0.928 9.000 0.034 1.000   NA
 6090054 6090055 CJD_0602 CJD_0603 mviN   TRUE 0.635 10.000 0.000 NA   NA
 6090055 6090056 CJD_0603 CJD_0604     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6090056 6090057 CJD_0604 CJD_0605     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6090057 6090058 CJD_0605 CJD_0606     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090058 6090059 CJD_0606 CJD_0607     TRUE 0.613 -13.000 0.000 NA   NA
 6090059 6090060 CJD_0607 CJD_0608     FALSE 0.358 221.000 0.032 NA N NA
 6090060 6090061 CJD_0608 CJD_0609   galU FALSE 0.003 856.000 0.000 NA N NA
 6090061 6090062 CJD_0609 CJD_0610 galU   FALSE 0.010 369.000 0.000 1.000   NA
 6090062 6090063 CJD_0610 CJD_0611     FALSE 0.010 420.000 0.000 NA   NA
 6090063 6090064 CJD_0611 CJD_0612   galE FALSE 0.252 78.000 0.000 NA   NA
 6090064 6090065 CJD_0612 CJD_0613 galE galU FALSE 0.330 282.000 0.000 1.000 Y NA
 6090065 6090066 CJD_0613 CJD_0614 galU   FALSE 0.019 328.000 0.000 NA   NA
 6090066 6090067 CJD_0614 CJD_0615     FALSE 0.019 333.000 0.000 NA   NA
 6090067 6090068 CJD_0615 CJD_0616     FALSE 0.029 291.000 0.000 NA   NA
 6090070 6090071 CJD_0618 CJD_0619 sipW   FALSE 0.281 54.000 0.000 NA   NA
 6090071 6090072 CJD_0619 CJD_0620     FALSE 0.302 48.000 0.000 NA   NA
 6090072 6090073 CJD_0620 CJD_0621     TRUE 0.981 3.000 0.400 NA   NA
 6090073 6090074 CJD_0621 CJD_0622     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6090074 6090075 CJD_0622 CJD_0623     FALSE 0.033 280.000 0.000 NA   NA
 6090075 6090076 CJD_0623 CJD_0625     TRUE 0.963 5.000 0.000 1.000 Y NA
 6090076 6090077 CJD_0625 CJD_0626     FALSE 0.091 178.000 0.000 1.000   NA
 6090077 6090078 CJD_0626 CJD_0627     FALSE 0.010 369.000 0.000 1.000   NA
 6090078 6090079 CJD_0627 CJD_0628     TRUE 0.619 175.000 0.000 0.007 Y NA
 6090079 6090080 CJD_0628 CJD_0629     TRUE 0.791 169.000 0.595 0.012   NA
 6090080 6090081 CJD_0629 CJD_0630     FALSE 0.010 356.000 0.000 1.000   NA
 6090083 6090084 CJD_0632 CJD_0633     TRUE 0.995 -7.000 0.933 0.006 Y NA
 6090084 6090085 CJD_0633 CJD_0634     FALSE 0.007 511.000 0.000 NA   NA
 6090085 6090086 CJD_0634 CJD_0635     FALSE 0.044 255.000 0.000 NA   NA
 6090086 6090087 CJD_0635 CJD_0636     FALSE 0.381 309.000 0.385 1.000   NA
 6090087 6090088 CJD_0636 CJD_0637     FALSE 0.010 297.000 0.000 1.000 N NA
 6090088 6090089 CJD_0637 CJD_0638     TRUE 0.997 0.000 1.000 1.000 Y NA
 6090089 6090090 CJD_0638 CJD_0639     FALSE 0.251 81.000 0.000 NA   NA
 6090090 6090091 CJD_0639 CJD_0640     FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 6090091 6090092 CJD_0640 CJD_0641     FALSE 0.008 465.000 0.000 NA   NA
 6090092 6090093 CJD_0641 CJD_0642     FALSE 0.007 527.000 0.000 NA   NA
 6090093 6090094 CJD_0642 CJD_0643     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6090094 6090095 CJD_0643 CJD_0644     FALSE 0.251 80.000 0.000 NA   NA
 6090095 6090096 CJD_0644 CJD_0645     FALSE 0.052 243.000 0.000 NA   NA
 6090096 6090097 CJD_0645 CJD_0646     FALSE 0.085 211.000 0.000 NA   NA
 6090097 6090098 CJD_0646 CJD_0647     FALSE 0.023 311.000 0.000 NA   NA
 6090098 6090099 CJD_0647 CJD_0648     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6090099 6090100 CJD_0648 CJD_0649     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6090102 6090103 CJD_0651 CJD_0652     FALSE 0.011 405.000 0.000 NA   NA
 6090103 6090104 CJD_0652 CJD_0653     FALSE 0.015 313.000 0.000 NA N NA
 6090105 6090106 CJD_0654 CJD_0655     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6090107 6090108 CJD_0656 CJD_0657   speD FALSE 0.008 322.000 0.000 1.000 N NA
 6090108 6090109 CJD_0657 CJD_0658 speD   TRUE 0.989 18.000 0.091 1.000 Y NA
 6090109 6090110 CJD_0658 CJD_0659   speE TRUE 0.994 15.000 0.237 1.000 Y NA
 6090110 6090111 CJD_0659 CJD_0660 speE speB TRUE 0.991 -13.000 0.077 1.000 Y NA
 6090113 6090114 CJD_0662 CJD_0663     FALSE 0.175 146.000 0.000 NA   NA
 6090116 6090117 CJD_0666 CJD_0667     FALSE 0.148 164.000 0.000 NA   NA
 6090117 6090118 CJD_0667 CJD_0668     FALSE 0.004 1003.000 0.000 NA   NA
 6090118 6090119 CJD_0668 CJD_0669     TRUE 0.976 -7.000 0.793 0.069 N NA
 6090119 6090120 CJD_0669 CJD_0670     FALSE 0.020 243.000 0.000 1.000 N NA
 6090120 6090121 CJD_0670 CJD_0671     TRUE 0.979 -7.000 0.400 NA   NA
 6090123 6090124 CJD_1207 CJD_1208     FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 6090124 6090125 CJD_1208 CJD_1209     FALSE 0.390 31.000 0.000 NA   NA
 6090125 6090126 CJD_1209 CJD_1210     FALSE 0.009 450.000 0.000 NA   NA
 6090126 6090127 CJD_1210 CJD_1211     TRUE 0.744 152.000 0.095 NA   NA
 6090127 6090128 CJD_1211 CJD_1212     FALSE 0.142 168.000 0.000 NA   NA
 6090128 6090129 CJD_1212 CJD_1213     FALSE 0.131 175.000 0.000 NA   NA
 6090129 6090130 CJD_1213 CJD_1214     FALSE 0.020 326.000 0.000 NA   NA
 6090132 6090133 CJD_1216 CJD_0063     FALSE 0.152 161.000 0.000 NA   NA
 6090133 6090134 CJD_0063 CJD_0064     TRUE 0.600 -39.000 0.000 NA   NA
 6090134 6090135 CJD_0064 CJD_0065     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6090135 6090136 CJD_0065 CJD_0066     FALSE 0.012 282.000 0.000 1.000 N NA
 6090136 6090137 CJD_0066 CJD_0067     TRUE 0.787 88.000 0.000 0.023 Y NA
 6090137 6090138 CJD_0067 CJD_0068     TRUE 0.952 -3.000 0.000 0.023 Y NA
 6090138 6090139 CJD_0068 CJD_0069   plc FALSE 0.433 20.000 0.000 1.000   NA
 6090139 6090140 CJD_0069 CJD_0070 plc   TRUE 0.532 13.000 0.000 1.000   NA
 6090140 6090141 CJD_0070 CJD_0071     TRUE 0.919 81.000 0.667 NA   NA
 6090141 6090142 CJD_0071 CJD_0072     FALSE 0.254 70.000 0.000 NA   NA
 6090144 6090145 CJD_0074 CJD_1229 lgt   FALSE 0.030 290.000 0.000 NA   NA
 6090145 6090146 CJD_1229 CJD_1230     FALSE 0.008 478.000 0.000 NA   NA
 6090146 6090147 CJD_1230 CJD_0078   brnQ FALSE 0.005 591.000 0.000 NA   NA
 6090148 6090149 CJD_0079 CJD_0080 folA dnaX TRUE 0.891 216.000 0.164 1.000 Y NA
 6090149 6090150 CJD_0080 CJD_0081 dnaX   TRUE 0.981 31.000 0.195 0.007 Y NA
 6090150 6090151 CJD_0081 CJD_0082   recR FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6090151 6090152 CJD_0082 CJD_0083 recR   FALSE 0.004 1170.000 0.000 NA   NA
 6090153 6090154 CJD_0084 CJD_0085 bofA   FALSE 0.124 181.000 0.000 NA   NA
 6090154 6090155 CJD_0085 CJD_0086     FALSE 0.005 726.000 0.000 NA   NA
 6090155 6090156 CJD_0086 CJD_0087     FALSE 0.062 235.000 0.000 NA   NA
 6090158 6090159 CJD_0089 CJD_0090     FALSE 0.044 255.000 0.000 NA   NA
 6090159 6090160 CJD_0090 CJD_1244     FALSE 0.161 154.000 0.000 NA   NA
 6090160 6090161 CJD_1244 CJD_1245     FALSE 0.033 281.000 0.000 NA   NA
 6090161 6090162 CJD_1245 CJD_0093   mtnN TRUE 0.996 4.000 0.606 1.000 Y NA
 6090162 6090163 CJD_0093 CJD_0094 mtnN   FALSE 0.048 248.000 0.000 NA   NA
 6090163 6090164 CJD_0094 CJD_0095     TRUE 0.917 97.000 0.750 NA   NA
 6090164 6090165 CJD_0095 CJD_1249     TRUE 0.894 96.000 0.333 NA   NA
 6090165 6090166 CJD_1249 CJD_0097     FALSE 0.103 196.000 0.000 NA   NA
 6090166 6090167 CJD_0097 CJD_0098     FALSE 0.029 220.000 0.000 1.000 N NA
 6090169 6090170 CJD_1255 CJD_1256     FALSE 0.008 497.000 0.000 NA   NA
 6090170 6090171 CJD_1256 CJD_1257     FALSE 0.017 346.000 0.000 NA   NA
 6090171 6090172 CJD_1257 CJD_1258     FALSE 0.060 236.000 0.000 NA   NA
 6090172 6090173 CJD_1258 CJD_1259     FALSE 0.006 582.000 0.000 NA   NA
 6090173 6090174 CJD_1259 CJD_1260     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6090174 6090175 CJD_1260 CJD_1261   mgtA FALSE 0.005 591.000 0.000 NA   NA
 6090175 6090176 CJD_1261 CJD_1262 mgtA   FALSE 0.016 110.000 0.000 0.045 N NA
 6090176 6090177 CJD_1262 CJD_1263     FALSE 0.025 273.000 0.000 1.000   NA
 6090179 6090180 CJD_1265 CJD_1266     FALSE 0.091 178.000 0.000 1.000   NA
 6090182 6090183 CJD_1268 CJD_1269     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6090183 6090184 CJD_1269 CJD_1270     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090184 6090185 CJD_1270 CJD_1271     FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6090185 6090186 CJD_1271 CJD_1272     FALSE 0.054 217.000 0.000 1.000   NA
 6090186 6090187 CJD_1272 CJD_1273     FALSE 0.113 70.000 0.000 1.000 N NA
 6090187 6090188 CJD_1273 CJD_1274     FALSE 0.033 280.000 0.000 NA   NA
 6090188 6090189 CJD_1274 CJD_1275     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6090189 6090190 CJD_1275 CJD_1276     FALSE 0.252 78.000 0.000 NA   NA
 6090190 6090191 CJD_1276 CJD_1277     FALSE 0.129 177.000 0.000 NA   NA
 6090191 6090192 CJD_1277 CJD_1278     FALSE 0.065 229.000 0.000 NA   NA
 6090192 6090193 CJD_1278 CJD_1279     FALSE 0.007 187.000 0.000 0.045 N NA
 6090193 6090194 CJD_1279 CJD_1280     TRUE 0.992 20.000 0.500 0.013 Y NA
 6090194 6090195 CJD_1280 CJD_1281     FALSE 0.007 338.000 0.000 1.000 N NA
 6090195 6090196 CJD_1281 CJD_1282     TRUE 0.975 14.000 1.000 0.001   NA
 6090196 6090197 CJD_1282 CJD_1283     TRUE 0.960 20.000 0.600 0.001   NA
 6090197 6090198 CJD_1283 CJD_1284     TRUE 0.980 17.000 0.714 NA   NA
 6090198 6090199 CJD_1284 CJD_1285     TRUE 0.981 -7.000 0.500 NA   NA
 6090199 6090200 CJD_1285 CJD_1287     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6090200 6090201 CJD_1287 CJD_1289     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6090201 6090202 CJD_1289 CJD_1949     TRUE 0.742 79.000 0.037 NA   NA
 6090202 6090203 CJD_1949 CJD_1950     FALSE 0.002 584.000 0.000 1.000 N NA
 6090204 6090205 CJD_0245 CJD_0246 rrl rrf FALSE 0.220 118.000 0.000 NA   NA
 6090205 6090206 CJD_0246 CJD_0247 rrf   TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6090206 6090207 CJD_0247 CJD_0248     FALSE 0.007 514.000 0.000 NA   NA
 6090207 6090208 CJD_0248 CJD_0249     FALSE 0.008 490.000 0.000 NA   NA
 6090208 6090209 CJD_0249 CJD_0250     FALSE 0.004 1582.000 0.000 NA   NA
 6090211 6090212 CJD_0252 CJD_0253     FALSE 0.240 101.000 0.000 NA   NA
 6090212 6090213 CJD_0253 CJD_0254     FALSE 0.183 140.000 0.000 NA   NA
 6090213 6090214 CJD_0254 CJD_0255     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 6090214 6090215 CJD_0255 CJD_0256     FALSE 0.008 483.000 0.000 NA   NA
 6090216 6090217 CJD_0257 CJD_0258     FALSE 0.006 574.000 0.000 NA   NA
 6090217 6090218 CJD_0258 CJD_0259     TRUE 0.613 -13.000 0.000 NA   NA
 6090219 6090220 CJD_0260 CJD_0261   sbcC TRUE 0.980 -13.000 0.669 NA N NA
 6090220 6090221 CJD_0261 CJD_0262 sbcC ackA FALSE 0.007 405.000 0.000 NA N NA
 6090223 6090224 CJD_0264 CJD_0265     FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6090224 6090225 CJD_0265 CJD_0266     TRUE 0.981 2.000 0.400 NA   NA
 6090225 6090226 CJD_0266 CJD_0267     TRUE 0.924 14.000 0.036 NA N NA
 6090226 6090227 CJD_0267 CJD_0268     TRUE 0.996 -13.000 0.877 1.000 Y NA
 6090227 6090228 CJD_0268 CJD_0269     TRUE 0.996 1.000 0.657 1.000 Y NA
 6090228 6090229 CJD_0269 CJD_0270     TRUE 0.913 -6.000 0.047 0.097 N NA
 6090229 6090230 CJD_0270 CJD_0271     TRUE 0.995 1.000 0.576 0.006 Y NA
 6090230 6090231 CJD_0271 CJD_0272     TRUE 0.904 -13.000 0.015 NA   NA
 6090231 6090232 CJD_0272 CJD_0273     TRUE 0.954 -16.000 0.077 NA   NA
 6090232 6090233 CJD_0273 CJD_0274     FALSE 0.205 127.000 0.000 NA   NA
 6090233 6090234 CJD_0274 CJD_0275     FALSE 0.311 45.000 0.000 NA   NA
 6090234 6090235 CJD_0275 CJD_0276     FALSE 0.003 519.000 0.000 1.000 N NA
 6090236 6090237 CJD_0277 CJD_0278     TRUE 0.688 201.000 0.500 0.023 N NA
 6090237 6090238 CJD_0278 CJD_0279     TRUE 0.979 -19.000 0.500 NA   NA
 6090238 6090239 CJD_0279 CJD_0280     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090239 6090240 CJD_0280 CJD_0281     TRUE 0.959 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 6090241 6090242 CJD_0282 CJD_0283     FALSE 0.045 253.000 0.000 NA   NA
 6090244 6090245 CJD_0285 CJD_0286     FALSE 0.011 418.000 0.000 NA   NA
 6090245 6090246 CJD_0286 CJD_0287     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090247 6090248 CJD_0288 CJD_0289     FALSE 0.104 163.000 0.000 NA N NA
 6090248 6090249 CJD_0289 CJD_0290     TRUE 0.995 -28.000 0.240 NA Y NA
 6090249 6090250 CJD_0290 CJD_0291     FALSE 0.264 62.000 0.000 NA   NA
 6090250 6090251 CJD_0291 CJD_0292     FALSE 0.010 432.000 0.000 NA   NA
 6090251 6090252 CJD_0292 CJD_0293     TRUE 0.972 -7.000 0.375 0.068   NA
 6090252 6090253 CJD_0293 CJD_0294     FALSE 0.108 163.000 0.000 1.000   NA
 6090253 6090254 CJD_0294 CJD_0295     FALSE 0.030 288.000 0.000 NA   NA
 6090254 6090255 CJD_0295 CJD_0296     FALSE 0.039 265.000 0.000 NA   NA
 6090256 6090257 CJD_0297 CJD_0298     FALSE 0.471 18.000 0.000 1.000   NA
 6090257 6090258 CJD_0298 CJD_0299     TRUE 0.996 -12.000 0.625 1.000 Y NA
 6090258 6090259 CJD_0299 CJD_0300     FALSE 0.471 18.000 0.000 1.000   NA
 6090259 6090260 CJD_0300 CJD_0301     FALSE 0.036 272.000 0.000 NA   NA
 6090260 6090261 CJD_0301 CJD_0302     FALSE 0.022 316.000 0.000 NA   NA
 6090263 6090264 CJD_0304 CJD_0305     TRUE 0.983 13.000 0.828 NA   NA
 6090266 6090267 CJD_0307 CJD_0308     FALSE 0.049 184.000 0.000 1.000 N NA
 6090267 6090268 CJD_0308 CJD_0309     FALSE 0.391 -3.000 0.000 1.000 N NA
 6090268 6090269 CJD_0309 CJD_0310     FALSE 0.015 364.000 0.000 NA   NA
 6090270 6090271 CJD_0311 CJD_0312     FALSE 0.075 219.000 0.000 NA   NA
 6090271 6090272 CJD_0312 CJD_0313   ung FALSE 0.180 142.000 0.000 NA   NA
 6090275 6090276 CJD_0316 CJD_0317   rrs FALSE 0.011 411.000 0.000 NA   NA
 6090276 6090277 CJD_0317 CJD_0319 rrs rrl FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6090279 6090280 CJD_1335 CJD_1336 lacZ   FALSE 0.009 375.000 0.000 1.000   NA
 6090280 6090281 CJD_1336 CJD_1337     FALSE 0.005 537.000 0.000 1.000   NA
 6090282 6090283 CJD_1338 CJD_1339     FALSE 0.007 420.000 0.000 1.000   NA
 6090284 6090285 CJD_1340 CJD_1341     FALSE 0.213 121.000 0.000 NA   NA
 6090285 6090286 CJD_1341 CJD_1342     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6090286 6090287 CJD_1342 CJD_1343     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6090287 6090288 CJD_1343 CJD_1344     FALSE 0.324 41.000 0.000 NA   NA
 6090290 6090291 CJD_1346 CJD_1347     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6090291 6090292 CJD_1347 CJD_1348     FALSE 0.253 76.000 0.000 NA   NA
 6090292 6090293 CJD_1348 CJD_1349     FALSE 0.045 254.000 0.000 NA   NA
 6090293 6090294 CJD_1349 CJD_1350     FALSE 0.130 176.000 0.000 NA   NA
 6090294 6090295 CJD_1350 CJD_1351     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6090295 6090296 CJD_1351 CJD_1352     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6090296 6090297 CJD_1352 CJD_1353     TRUE 0.613 -13.000 0.000 NA   NA
 6090297 6090298 CJD_1353 CJD_1354     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6090298 6090299 CJD_1354 CJD_1355     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090299 6090300 CJD_1355 CJD_1356     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090300 6090301 CJD_1356 CJD_1357     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090301 6090302 CJD_1357 CJD_1358     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090302 6090303 CJD_1358 CJD_1359     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090303 6090304 CJD_1359 CJD_1360     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090304 6090305 CJD_1360 CJD_1361     FALSE 0.311 45.000 0.000 NA   NA
 6090305 6090306 CJD_1361 CJD_1362     FALSE 0.006 590.000 0.000 NA   NA
 6090306 6090307 CJD_1362 CJD_1363     FALSE 0.017 347.000 0.000 NA   NA
 6090307 6090308 CJD_1363 CJD_1364     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090308 6090309 CJD_1364 CJD_1365     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090309 6090310 CJD_1365 CJD_1366     FALSE 0.226 115.000 0.000 NA   NA
 6090310 6090311 CJD_1366 CJD_1367     TRUE 0.905 62.000 0.333 NA   NA
 6090311 6090312 CJD_1367 CJD_1368     TRUE 0.971 17.000 0.250 NA   NA
 6090312 6090313 CJD_1368 CJD_1369     TRUE 0.982 -7.000 0.615 NA   NA
 6090313 6090314 CJD_1369 CJD_1370     TRUE 0.983 3.000 0.533 NA   NA
 6090314 6090315 CJD_1370 CJD_1371     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6090315 6090316 CJD_1371 CJD_1372     TRUE 0.610 -16.000 0.000 NA   NA
 6090316 6090317 CJD_1372 CJD_1373     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090317 6090318 CJD_1373 CJD_1374     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090318 6090319 CJD_1374 CJD_1375     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090319 6090320 CJD_1375 CJD_1376     FALSE 0.305 47.000 0.000 NA   NA
 6090320 6090321 CJD_1376 CJD_1377     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6090321 6090322 CJD_1377 CJD_1378     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090322 6090323 CJD_1378 CJD_1379     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6090323 6090324 CJD_1379 CJD_1380     TRUE 0.599 -40.000 0.000 NA   NA
 6090324 6090325 CJD_1380 CJD_1381     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090325 6090326 CJD_1381 CJD_1382     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6090326 6090327 CJD_1382 CJD_1383     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090327 6090328 CJD_1383 CJD_1384     FALSE 0.026 300.000 0.000 NA   NA
 6090328 6090329 CJD_1384 CJD_1385     FALSE 0.240 100.000 0.000 NA   NA
 6090329 6090330 CJD_1385 CJD_1386     FALSE 0.022 313.000 0.000 NA   NA
 6090332 6090333 CJD_1388 CJD_1389     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6090333 6090334 CJD_1389 CJD_1390     FALSE 0.308 46.000 0.000 NA   NA
 6090334 6090335 CJD_1390 CJD_1391     FALSE 0.018 334.000 0.000 NA   NA
 6090335 6090336 CJD_1391 CJD_1392     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090336 6090337 CJD_1392 CJD_1393     FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 6090338 6090339 CJD_1394 CJD_1395     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6090341 6090342 CJD_1397 CJD_1398     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6090342 6090343 CJD_1398 CJD_1399     FALSE 0.022 317.000 0.000 NA   NA
 6090344 6090345 CJD_1400 CJD_1401     FALSE 0.148 164.000 0.000 NA   NA
 6090346 6090347 CJD_1402 CJD_1404     FALSE 0.021 321.000 0.000 NA   NA
 6090347 6090348 CJD_1404 CJD_1405     FALSE 0.070 150.000 0.000 1.000 N NA
 6090349 6090350 CJD_1406 CJD_1407     FALSE 0.220 118.000 0.000 NA   NA
 6090351 6090352 CJD_1408 CJD_1409   spoVAF FALSE 0.144 131.000 0.000 1.000   NA
 6090352 6090353 CJD_1409 CJD_1410 spoVAF   FALSE 0.064 230.000 0.000 NA   NA
 6090354 6090355 CJD_1411 CJD_1412     FALSE 0.048 224.000 0.000 NA N NA
 6090355 6090356 CJD_1412 CJD_1413   sdhB FALSE 0.287 32.000 0.000 NA N NA
 6090356 6090357 CJD_1413 CJD_1414 sdhB sdhA TRUE 0.990 4.000 0.098 0.001 Y NA
 6090363 6090364 CJD_1421 CJD_1422     FALSE 0.021 320.000 0.000 NA   NA
 6090364 6090365 CJD_1422 CJD_1423     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090365 6090366 CJD_1423 CJD_1424   gltX FALSE 0.005 668.000 0.000 NA   NA
 6090366 6090367 CJD_1424 CJD_1425 gltX   TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090368 6090369 CJD_0011 CJD_0013 rrs rrl FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6090369 6090370 CJD_0013 CJD_0014 rrl rrf FALSE 0.240 95.000 0.000 NA   NA
 6090370 6090371 CJD_0014 CJD_0015 rrf   TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6090371 6090372 CJD_0015 CJD_0016     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090372 6090373 CJD_0016 CJD_A0682     FALSE 0.036 272.000 0.000 NA   NA
 6090373 6090374 CJD_A0682 CJD_A0683     FALSE 0.038 267.000 0.000 NA   NA
 6090374 6090375 CJD_A0683 CJD_A0684     FALSE 0.036 243.000 0.000 1.000   NA
 6090375 6090376 CJD_A0684 CJD_A0685     TRUE 0.978 13.000 0.370 NA   NA
 6090376 6090377 CJD_A0685 CJD_A0686   serS FALSE 0.016 352.000 0.000 NA   NA
 6090377 6090378 CJD_A0686 CJD_A0687 serS   FALSE 0.129 177.000 0.000 NA   NA
 6090378 6090379 CJD_A0687 CJD_0023     FALSE 0.182 141.000 0.000 NA   NA
 6090379 6090380 CJD_0023 CJD_0024     FALSE 0.378 32.000 0.000 NA   NA
 6090380 6090381 CJD_0024 CJD_A0688     FALSE 0.041 260.000 0.000 NA   NA
 6090381 6090382 CJD_A0688 CJD_0026     FALSE 0.236 108.000 0.000 NA   NA
 6090382 6090383 CJD_0026 CJD_0027     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090383 6090384 CJD_0027 CJD_A0689     FALSE 0.015 363.000 0.000 NA   NA
 6090386 6090387 CJD_A0691 CJD_A0692 addB addA TRUE 0.994 -10.000 0.408 0.004 Y NA
 6090393 6090394 CJD_0037 CJD_A0698     FALSE 0.139 170.000 0.000 NA   NA
 6090396 6090397 CJD_A0700 CJD_0041     FALSE 0.278 55.000 0.000 NA   NA
 6090398 6090399 CJD_A0701 CJD_A0702     FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6090399 6090400 CJD_A0702 CJD_A0703     FALSE 0.004 1020.000 0.000 NA   NA
 6090401 6090402 CJD_A0704 CJD_A0705     FALSE 0.087 210.000 0.000 NA   NA
 6090402 6090403 CJD_A0705 CJD_A0706     FALSE 0.201 129.000 0.000 NA   NA
 6090403 6090404 CJD_A0706 CJD_A0707     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6090404 6090405 CJD_A0707 CJD_A0708     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090405 6090406 CJD_A0708 CJD_A0709     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6090406 6090407 CJD_A0709 CJD_A0710     FALSE 0.031 285.000 0.000 NA   NA
 6090407 6090408 CJD_A0710 CJD_A0711     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6090408 6090409 CJD_A0711 CJD_A0712     FALSE 0.012 395.000 0.000 NA   NA
 6090409 6090410 CJD_A0712 CJD_A0713     FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6090410 6090411 CJD_A0713 CJD_A0714     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6090411 6090412 CJD_A0714 CJD_A0715     FALSE 0.239 104.000 0.000 NA   NA
 6090412 6090413 CJD_A0715 CJD_A0716     TRUE 0.613 -13.000 0.000 NA   NA
 6090413 6090414 CJD_A0716 CJD_A0717     TRUE 0.606 -22.000 0.000 NA   NA
 6090414 6090415 CJD_A0717 CJD_A0718     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6090415 6090416 CJD_A0718 CJD_A0719     FALSE 0.305 47.000 0.000 NA   NA
 6090416 6090417 CJD_A0719 CJD_A0720     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6090417 6090418 CJD_A0720 CJD_A0721     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090418 6090419 CJD_A0721 CJD_A0722     FALSE 0.007 540.000 0.000 NA   NA
 6090419 6090420 CJD_A0722 CJD_A0723     TRUE 0.879 3.000 0.005 1.000   NA
 6090420 6090421 CJD_A0723 CJD_A0724     FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6090421 6090422 CJD_A0724 CJD_A0725     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6090422 6090423 CJD_A0725 CJD_A0726     FALSE 0.235 110.000 0.000 NA   NA
 6090425 6090426 CJD_A0728 CJD_A0729     FALSE 0.095 203.000 0.000 NA   NA
 6090426 6090427 CJD_A0729 CJD_A0730     TRUE 0.952 20.000 0.132 NA   NA
 6090427 6090428 CJD_A0730 CJD_A0731     TRUE 0.977 3.000 0.227 NA   NA
 6090428 6090429 CJD_A0731 CJD_A0732     TRUE 0.960 13.000 0.091 NA   NA
 6090429 6090430 CJD_A0732 CJD_A0733   lgt FALSE 0.038 267.000 0.000 NA   NA
 6090430 6090431 CJD_A0733 CJD_0075 lgt   FALSE 0.047 250.000 0.000 NA   NA
 6090431 6090432 CJD_0075 CJD_3320   srpB FALSE 0.226 115.000 0.000 NA   NA
 6090432 6090433 CJD_3320 CJD_A0734 srpB   FALSE 0.079 215.000 0.000 NA   NA
 6090437 6090438 CJD_A0738 CJD_A0739     TRUE 0.822 112.000 0.100 NA   NA
 6090438 6090439 CJD_A0739 CJD_A0740   recR TRUE 0.912 98.000 0.604 NA   NA
 6090439 6090440 CJD_A0740 CJD_A0741 recR   FALSE 0.486 226.000 0.071 NA   NA
 6090440 6090441 CJD_A0741 CJD_A0742     TRUE 0.977 16.000 0.417 NA   NA
 6090441 6090442 CJD_A0742 CJD_A0743     FALSE 0.035 275.000 0.000 NA   NA
 6090442 6090443 CJD_A0743 CJD_A0744     FALSE 0.165 151.000 0.000 NA   NA
 6090443 6090444 CJD_A0744 CJD_A0745     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6090444 6090445 CJD_A0745 CJD_A0746     FALSE 0.148 164.000 0.000 NA   NA
 6090445 6090446 CJD_A0746 CJD_A0747     TRUE 0.958 69.000 0.110 0.043 Y NA
 6090446 6090447 CJD_A0747 CJD_A0748     TRUE 0.703 148.000 0.072 1.000   NA
 6090447 6090448 CJD_A0748 CJD_A0749     FALSE 0.014 368.000 0.000 NA   NA
 6090448 6090449 CJD_A0749 CJD_A0750     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6090451 6090452 CJD_A0752 CJD_A0753     FALSE 0.112 291.000 0.007 NA N NA
 6090452 6090453 CJD_A0753 CJD_A0754     FALSE 0.460 25.000 0.000 NA   NA
 6090453 6090454 CJD_A0754 CJD_A0755     FALSE 0.140 169.000 0.000 NA   NA
 6090454 6090455 CJD_A0755 CJD_A0756     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6090455 6090456 CJD_A0756 CJD_A0757     FALSE 0.014 372.000 0.000 NA   NA
 6090456 6090457 CJD_A0757 CJD_0100   rrs FALSE 0.266 61.000 0.000 NA   NA
 6090457 6090458 CJD_0100 CJD_0102 rrs rrl FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6090460 6090461 CJD_A0439 CJD_A0440     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6090461 6090462 CJD_A0440 CJD_A0441     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6090463 6090464 CJD_A0443 CJD_A0444     FALSE 0.062 235.000 0.000 NA   NA
 6090465 6090466 CJD_A0445 CJD_A0446     FALSE 0.011 417.000 0.000 NA   NA
 6090466 6090467 CJD_A0446 CJD_A0448     FALSE 0.017 345.000 0.000 NA   NA
 6090467 6090468 CJD_A0448 CJD_A0449     FALSE 0.033 282.000 0.000 NA   NA
 6090469 6090470 CJD_A0450 CJD_A0451     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6090471 6090472 CJD_A0452 CJD_A0453     FALSE 0.008 488.000 0.000 NA   NA
 6090472 6090473 CJD_A0453 CJD_A0454     FALSE 0.240 101.000 0.000 NA   NA
 6090473 6090474 CJD_A0454 CJD_A0455     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6090474 6090475 CJD_A0455 CJD_A0456     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6090475 6090476 CJD_A0456 CJD_A0457     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6090476 6090477 CJD_A0457 CJD_A0458     FALSE 0.004 1008.000 0.000 NA   NA
 6090477 6090478 CJD_A0458 CJD_A0459     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6090478 6090479 CJD_A0459 CJD_A0460     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090479 6090480 CJD_A0460 CJD_A0461     FALSE 0.019 329.000 0.000 NA   NA
 6090480 6090481 CJD_A0461 CJD_A0462     FALSE 0.002 555.000 0.000 1.000 N NA
 6090481 6090482 CJD_A0462 CJD_A0463     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6090482 6090483 CJD_A0463 CJD_A0464     FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6090483 6090484 CJD_A0464 CJD_A0465     FALSE 0.005 675.000 0.000 NA   NA
 6090484 6090485 CJD_A0465 CJD_A0466     TRUE 0.926 58.000 0.667 NA   NA
 6090485 6090486 CJD_A0466 CJD_A0467     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6090486 6090487 CJD_A0467 CJD_A0468     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6090487 6090488 CJD_A0468 CJD_A0469     FALSE 0.266 61.000 0.000 NA   NA
 6090488 6090489 CJD_A0469 CJD_A0470     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090489 6090490 CJD_A0470 CJD_A0471     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6090490 6090491 CJD_A0471 CJD_A0472     FALSE 0.077 15.000 0.000 0.002   NA
 6090491 6090492 CJD_A0472 CJD_A0473     TRUE 0.565 63.000 0.014 0.062   NA
 6090494 6090495 CJD_A0475 CJD_A0476     TRUE 0.640 1.000 0.000 NA   NA
 6090495 6090496 CJD_A0476 CJD_A0477     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6090496 6090497 CJD_A0477 CJD_A0478     FALSE 0.259 64.000 0.000 NA   NA
 6090497 6090498 CJD_A0478 CJD_A0479     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6090498 6090499 CJD_A0479 CJD_A0480     TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6090499 6090500 CJD_A0480 CJD_A0481     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090500 6090501 CJD_A0481 CJD_A0482     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090501 6090502 CJD_A0482 CJD_A0483     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090502 6090503 CJD_A0483 CJD_A0484     FALSE 0.253 72.000 0.000 NA   NA
 6090503 6090504 CJD_A0484 CJD_A0485     FALSE 0.009 441.000 0.000 NA   NA
 6090504 6090505 CJD_A0485 CJD_A0486     FALSE 0.004 640.000 0.000 1.000   NA
 6090505 6090506 CJD_A0486 CJD_A0487     FALSE 0.070 200.000 0.000 1.000   NA
 6090506 6090507 CJD_A0487 CJD_A0488     FALSE 0.256 68.000 0.000 NA   NA
 6090507 6090508 CJD_A0488 CJD_A0489     FALSE 0.316 44.000 0.000 NA   NA
 6090510 6090511 CJD_A0491 CJD_A0492     FALSE 0.179 97.000 0.000 1.000   NA
 6090514 6090515 CJD_A0495 CJD_A0496     TRUE 0.608 -21.000 0.000 NA   NA
 6090516 6090517 CJD_A0497 CJD_A0498     FALSE 0.030 287.000 0.000 NA   NA
 6090517 6090518 CJD_A0498 CJD_A0499     FALSE 0.256 67.000 0.000 NA   NA
 6090519 6090520 CJD_A0500 CJD_A0501     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090521 6090522 CJD_A0502 CJD_A0503     FALSE 0.002 993.000 0.000 1.000 N NA
 6090522 6090523 CJD_A0503 CJD_A0504     FALSE 0.321 43.000 0.000 NA   NA
 6090524 6090525 CJD_A0505 CJD_A0506     FALSE 0.103 196.000 0.000 NA   NA
 6090526 6090527 CJD_A0507 CJD_A0508     FALSE 0.082 213.000 0.000 NA   NA
 6090527 6090528 CJD_A0508 CJD_A0509     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6090528 6090529 CJD_A0509 CJD_A0510     FALSE 0.008 477.000 0.000 NA   NA
 6090529 6090530 CJD_A0510 CJD_A0511     TRUE 0.546 0.000 0.000 1.000   NA
 6090530 6090531 CJD_A0511 CJD_A0512     FALSE 0.067 203.000 0.000 1.000   NA
 6090531 6090532 CJD_A0512 CJD_A0513     FALSE 0.029 291.000 0.000 NA   NA
 6090532 6090533 CJD_A0513 CJD_A0514     TRUE 0.601 -31.000 0.000 NA   NA
 6090534 6090535 CJD_A0515 CJD_A0516     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6090535 6090536 CJD_A0516 CJD_A0517     FALSE 0.239 103.000 0.000 NA   NA
 6090536 6090537 CJD_A0517 CJD_A0518     FALSE 0.006 585.000 0.000 NA   NA
 6090538 6090539 CJD_A0519 CJD_A0520     FALSE 0.004 1765.000 0.000 NA   NA
 6090539 6090540 CJD_A0520 CJD_A0521     FALSE 0.082 213.000 0.000 NA   NA
 6090540 6090541 CJD_A0521 CJD_A0522     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6090542 6090543 CJD_A0523 CJD_A0524     TRUE 0.985 0.000 1.000 NA   NA
 6090543 6090544 CJD_A0524 CJD_A0525     FALSE 0.168 149.000 0.000 NA   NA
 6090545 6090546 CJD_2933 CJD_2932     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090546 6090547 CJD_2932 CJD_2931     FALSE 0.259 64.000 0.000 NA   NA
 6090547 6090548 CJD_2931 CJD_2930     FALSE 0.321 43.000 0.000 NA   NA
 6090548 6090549 CJD_2930 CJD_2929     FALSE 0.192 134.000 0.000 NA   NA
 6090549 6090550 CJD_2929 CJD_2927     FALSE 0.018 337.000 0.000 NA   NA
 6090552 6090553 CJD_2925 CJD_2924     FALSE 0.266 61.000 0.000 NA   NA
 6090553 6090554 CJD_2924 CJD_2923     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6090556 6090557 CJD_2921 CJD_2920     FALSE 0.165 151.000 0.000 NA   NA
 6090557 6090558 CJD_2920 CJD_2919     FALSE 0.002 697.000 0.000 1.000 N NA
 6090558 6090559 CJD_2919 CJD_2918     FALSE 0.022 238.000 0.000 1.000 N NA
 6090559 6090560 CJD_2918 CJD_2917     FALSE 0.065 229.000 0.000 NA   NA
 6090560 6090561 CJD_2917 CJD_2916     FALSE 0.012 390.000 0.000 NA   NA
 6090561 6090562 CJD_2916 CJD_2915     FALSE 0.181 88.000 0.000 1.000   NA
 6090562 6090563 CJD_2915 CJD_2914     TRUE 0.733 136.000 0.000 0.034 Y NA
 6090563 6090564 CJD_2914 CJD_2913   cadA TRUE 0.971 16.000 0.364 1.000 N NA
 6090564 6090565 CJD_2913 CJD_2912 cadA   FALSE 0.006 466.000 0.000 1.000   NA
 6090565 6090566 CJD_2912 CJD_2911   crt FALSE 0.027 263.000 0.000 1.000   NA
 6090566 6090567 CJD_2911 CJD_2910 crt bcd TRUE 0.977 47.000 0.162 1.000 Y NA
 6090567 6090568 CJD_2910 CJD_2909 bcd   TRUE 0.962 19.000 0.545 0.024 N NA
 6090568 6090569 CJD_2909 CJD_2908     TRUE 0.992 22.000 0.714 0.008 Y NA
 6090569 6090570 CJD_2908 CJD_2907   hbd TRUE 0.846 114.000 0.216 1.000 N NA
 6090570 6090571 CJD_2907 CJD_2906 hbd   FALSE 0.018 251.000 0.000 1.000 N NA
 6090571 6090572 CJD_2906 CJD_2905     FALSE 0.131 142.000 0.000 1.000   NA
 6090572 6090573 CJD_2905 CJD_2904     FALSE 0.053 242.000 0.000 NA   NA
 6090573 6090574 CJD_2904 CJD_2903     TRUE 0.903 10.000 0.012 NA   NA
 6090575 6090576 CJD_2902 CJD_2901     FALSE 0.151 162.000 0.000 NA   NA
 6090577 6090578 CJD_2900 CJD_2899 groS groEL TRUE 0.981 55.000 0.674 0.089 Y NA
 6090578 6090579 CJD_2899 CJD_2898 groEL   FALSE 0.005 665.000 0.000 NA   NA
 6090579 6090580 CJD_2898 CJD_2897     FALSE 0.035 277.000 0.000 NA   NA
 6090580 6090581 CJD_2897 CJD_2896     TRUE 0.934 70.000 0.025 1.000 Y NA
 6090581 6090582 CJD_2896 CJD_2895     TRUE 0.986 27.000 0.141 1.000 Y NA
 6090582 6090583 CJD_2895 CJD_2894     TRUE 0.892 25.000 0.047 NA   NA
 6090583 6090584 CJD_2894 CJD_2893     FALSE 0.270 59.000 0.000 NA   NA
 6090584 6090585 CJD_2893 CJD_2892     TRUE 0.960 16.000 0.000 NA Y NA
 6090585 6090586 CJD_2892 CJD_2891     TRUE 0.841 83.000 0.000 NA Y NA
 6090586 6090587 CJD_2891 CJD_2890     TRUE 0.962 15.000 0.111 NA   NA
 6090587 6090588 CJD_2890 CJD_2889     TRUE 0.982 -10.000 0.667 NA   NA
 6090588 6090589 CJD_2889 CJD_2888     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6090589 6090590 CJD_2888 CJD_2887     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6090590 6090591 CJD_2887 CJD_2886     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6090591 6090592 CJD_2886 CJD_2885     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6090592 6090593 CJD_2885 CJD_2884   guaB FALSE 0.005 711.000 0.000 NA   NA
 6090593 6090594 CJD_2884 CJD_2883 guaB guaA TRUE 0.960 106.000 0.190 0.001 Y NA
 6090596 6090597 CJD_2881 CJD_2880     TRUE 0.796 75.000 0.000 0.021 Y NA
 6090597 6090598 CJD_2880 CJD_2879     TRUE 0.995 15.000 0.667 0.021 Y NA
 6090598 6090599 CJD_2879 CJD_2878     TRUE 0.959 14.000 0.000 1.000 Y NA
 6090599 6090600 CJD_2878 CJD_2877     TRUE 0.948 1.000 0.000 0.001 Y NA
 6090600 6090601 CJD_2877 CJD_2876     FALSE 0.096 202.000 0.000 NA   NA
 6090601 6090602 CJD_2876 CJD_2875   pgi FALSE 0.402 30.000 0.000 NA   NA
 6090602 6090603 CJD_2875 CJD_2874 pgi   FALSE 0.417 198.000 0.018 NA   NA
 6090603 6090604 CJD_2874 CJD_2873     FALSE 0.014 373.000 0.000 NA   NA
 6090604 6090605 CJD_2873 CJD_2872     FALSE 0.013 374.000 0.000 NA   NA
 6090605 6090606 CJD_2872 CJD_2871     FALSE 0.004 553.000 0.000 1.000   NA
 6090606 6090607 CJD_2871 CJD_2870     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090607 6090608 CJD_2870 CJD_2869     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6090608 6090609 CJD_2869 CJD_2868   pcrA FALSE 0.084 212.000 0.000 NA   NA
 6090609 6090610 CJD_2868 CJD_2867 pcrA ligA TRUE 0.951 38.000 0.039 0.012 Y NA
 6090612 6090613 CJD_2865 CJD_2864     FALSE 0.004 1406.000 0.000 NA   NA
 6090615 6090616 CJD_2862 CJD_2861 rph   TRUE 0.973 2.000 0.262 1.000 N NA
 6090616 6090617 CJD_2861 CJD_2860     TRUE 0.539 12.000 0.000 1.000   NA
 6090618 6090619 CJD_1004 CJD_1003     FALSE 0.146 165.000 0.000 NA   NA
 6090619 6090620 CJD_1003 CJD_1002     FALSE 0.063 208.000 0.000 1.000   NA
 6090622 6090623 CJD_1000 CJD_0999     FALSE 0.045 24.000 0.000 0.003   NA
 6090623 6090624 CJD_0999 CJD_0998     FALSE 0.331 28.000 0.000 1.000   NA
 6090624 6090625 CJD_0998 CJD_0997     TRUE 0.995 16.000 1.000 0.021 Y NA
 6090625 6090626 CJD_0997 CJD_0996     TRUE 0.977 90.000 0.750 0.021 Y NA
 6090626 6090627 CJD_0996 CJD_0995     FALSE 0.112 79.000 0.000 1.000 N NA
 6090627 6090628 CJD_0995 CJD_0994     TRUE 0.894 27.000 0.000 0.012 Y NA
 6090628 6090629 CJD_0994 CJD_0993     FALSE 0.111 159.000 0.000 1.000   NA
 6090629 6090630 CJD_0993 CJD_0992     TRUE 0.527 -10.000 0.000 1.000   NA
 6090630 6090631 CJD_0992 CJD_0991   cloSI FALSE 0.025 272.000 0.000 1.000   NA
 6090631 6090632 CJD_0991 CJD_0990 cloSI   FALSE 0.039 262.000 0.000 NA   NA
 6090632 6090633 CJD_0990 CJD_0989     FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6090633 6090634 CJD_0989 CJD_0988     TRUE 0.962 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 6090634 6090635 CJD_0988 CJD_0987     FALSE 0.045 188.000 0.000 1.000 N NA
 6090635 6090636 CJD_0987 CJD_0986   arsC FALSE 0.345 17.000 0.000 1.000 N NA
 6090636 6090637 CJD_0986 CJD_0985 arsC arsR FALSE 0.094 119.000 0.000 1.000 N NA
 6090637 6090638 CJD_0985 CJD_0984 arsR   FALSE 0.014 368.000 0.000 NA   NA
 6090638 6090639 CJD_0984 CJD_0982     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6090639 6090640 CJD_0982 CJD_0981     FALSE 0.029 292.000 0.000 NA   NA
 6090640 6090641 CJD_0981 CJD_0980     TRUE 0.994 0.000 0.375 0.005 Y NA
 6090641 6090642 CJD_0980 CJD_0979     FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6090642 6090643 CJD_0979 CJD_0978     FALSE 0.201 129.000 0.000 NA   NA
 6090643 6090644 CJD_0978 CJD_0977     FALSE 0.004 794.000 0.000 NA   NA
 6090644 6090645 CJD_0977 CJD_0976     FALSE 0.035 275.000 0.000 NA   NA
 6090645 6090646 CJD_0976 CJD_0975     FALSE 0.043 256.000 0.000 NA   NA
 6090646 6090647 CJD_0975 CJD_0974     FALSE 0.009 458.000 0.000 NA   NA
 6090647 6090648 CJD_0974 CJD_0973     FALSE 0.069 226.000 0.000 NA   NA
 6090648 6090649 CJD_0973 CJD_0972     FALSE 0.013 385.000 0.000 NA   NA
 6090649 6090650 CJD_0972 CJD_0971     TRUE 0.836 172.000 0.583 NA   NA
 6090650 6090651 CJD_0971 CJD_0970     TRUE 0.993 20.000 0.812 0.011 Y NA
 6090651 6090652 CJD_0970 CJD_0969     TRUE 0.982 51.000 0.943 0.011 Y NA
 6090652 6090653 CJD_0969 CJD_0968     FALSE 0.014 326.000 0.000 1.000   NA
 6090653 6090654 CJD_0968 CJD_0967   ddl FALSE 0.125 147.000 0.000 1.000   NA
 6090654 6090655 CJD_0967 CJD_0966 ddl   FALSE 0.039 201.000 0.000 1.000 N NA
 6090657 6090658 CJD_0964 CJD_0963     FALSE 0.009 312.000 0.000 1.000 N NA
 6090658 6090659 CJD_0963 CJD_0962     TRUE 0.936 164.000 0.121 1.000 Y NA
 6090659 6090660 CJD_0962 CJD_0961     TRUE 0.994 4.000 0.217 0.021 Y NA
 6090660 6090661 CJD_0961 CJD_0960     TRUE 0.981 99.000 0.889 1.000 Y NA
 6090665 6090666 CJD_0956 CJD_0955     FALSE 0.051 245.000 0.000 NA   NA
 6090666 6090667 CJD_0955 CJD_0954     FALSE 0.010 295.000 0.000 1.000 N NA
 6090667 6090668 CJD_0954 CJD_0953     FALSE 0.120 184.000 0.000 NA   NA
 6090668 6090669 CJD_0953 CJD_0952     FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6090671 6090672 CJD_0950 CJD_0949     FALSE 0.122 182.000 0.000 NA   NA
 6090674 6090675 CJD_0947 CJD_0946     FALSE 0.019 247.000 0.000 1.000 N NA
 6090675 6090676 CJD_0946 CJD_0945     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6090676 6090677 CJD_0945 CJD_0944     FALSE 0.244 86.000 0.000 NA   NA
 6090677 6090678 CJD_0944 CJD_0943     FALSE 0.239 103.000 0.000 NA   NA
 6090678 6090679 CJD_0943 CJD_0942     FALSE 0.185 139.000 0.000 NA   NA
 6090679 6090680 CJD_0942 CJD_0941     FALSE 0.076 218.000 0.000 NA   NA
 6090680 6090681 CJD_0941 CJD_0940     FALSE 0.321 43.000 0.000 NA   NA
 6090681 6090682 CJD_0940 CJD_0939   panE FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6090682 6090683 CJD_0939 CJD_0938 panE   FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6090683 6090684 CJD_0938 CJD_0936     FALSE 0.008 490.000 0.000 NA   NA
 6090685 6090686 CJD_2344 CJD_2345   pilT FALSE 0.252 78.000 0.000 NA   NA
 6090686 6090687 CJD_2345 CJD_2346 pilT   FALSE 0.447 181.000 0.025 1.000 N NA
 6090687 6090688 CJD_2346 CJD_2347     TRUE 0.802 63.000 0.087 1.000 N NA
 6090688 6090689 CJD_2347 CJD_2348   udk TRUE 0.551 113.000 0.012 1.000 N NA
 6090689 6090690 CJD_2348 CJD_2349 udk   TRUE 0.956 0.000 0.100 1.000 N NA
 6090690 6090691 CJD_2349 CJD_2350     TRUE 0.968 6.000 0.146 1.000   NA
 6090691 6090692 CJD_2350 CJD_2351     TRUE 0.942 16.000 0.067 1.000   NA
 6090692 6090693 CJD_2351 CJD_2352   typA TRUE 0.509 143.000 0.012 1.000   NA
 6090693 6090694 CJD_2352 CJD_2353 typA   FALSE 0.415 157.000 0.004 1.000   NA
 6090694 6090695 CJD_2353 CJD_2354     TRUE 0.887 71.000 0.289 1.000   NA
 6090695 6090696 CJD_2354 CJD_2355     TRUE 0.959 21.000 0.211 NA   NA
 6090696 6090697 CJD_2355 CJD_2356     TRUE 0.935 16.000 0.047 NA   NA
 6090697 6090698 CJD_2356 CJD_2357   alaS FALSE 0.003 449.000 0.000 1.000 N NA
 6090698 6090699 CJD_2357 CJD_2358 alaS   FALSE 0.032 592.000 0.015 NA   NA
 6090699 6090700 CJD_2358 CJD_2359     TRUE 0.947 26.000 0.209 NA   NA
 6090700 6090701 CJD_2359 CJD_2360   trmU FALSE 0.137 280.000 0.006 NA   NA
 6090701 6090702 CJD_2360 CJD_2361 trmU   TRUE 0.898 25.000 0.073 1.000 N NA
 6090702 6090703 CJD_2361 CJD_2362   iscS TRUE 0.923 3.000 0.035 1.000 N NA
 6090703 6090704 CJD_2362 CJD_2363 iscS   TRUE 0.963 -7.000 0.125 NA N NA
 6090704 6090705 CJD_2363 CJD_2364     FALSE 0.141 130.000 0.000 NA N NA
 6090705 6090706 CJD_2364 CJD_2365     FALSE 0.043 193.000 0.000 1.000 N NA
 6090706 6090707 CJD_2365 CJD_2366     FALSE 0.083 186.000 0.000 1.000   NA
 6090707 6090708 CJD_2366 CJD_2367   moaA TRUE 0.919 3.000 0.042 0.022   NA
 6090708 6090709 CJD_2367 CJD_2368 moaA   FALSE 0.203 226.000 0.016 0.003   NA
 6090709 6090710 CJD_2368 CJD_2369     FALSE 0.015 118.000 0.000 0.003   NA
 6090710 6090711 CJD_2369 CJD_2370   moeA TRUE 0.826 45.000 0.000 0.003 Y NA
 6090711 6090712 CJD_2370 CJD_2371 moeA mobB FALSE 0.159 339.000 0.000 0.003 Y NA
 6090712 6090713 CJD_2371 CJD_2372 mobB noxA FALSE 0.241 91.000 0.000 NA   NA
 6090713 6090714 CJD_2372 CJD_2373 noxA narB TRUE 0.976 2.000 0.222 NA   NA
 6090714 6090715 CJD_2373 CJD_2374 narB narA TRUE 0.989 13.000 0.039 NA Y NA
 6090715 6090716 CJD_2374 CJD_2375 narA   FALSE 0.030 287.000 0.000 NA   NA
 6090716 6090717 CJD_2375 CJD_2376     FALSE 0.072 222.000 0.000 NA   NA
 6090717 6090718 CJD_2376 CJD_2377     TRUE 0.939 32.000 0.381 1.000   NA
 6090718 6090719 CJD_2377 CJD_2378     FALSE 0.246 247.000 0.032 1.000 N NA
 6090720 6090721 CJD_2379 CJD_2380     FALSE 0.305 47.000 0.000 NA   NA
 6090722 6090723 CJD_2381 CJD_2382 scpB scpA TRUE 0.982 -7.000 0.570 NA   NA
 6090723 6090724 CJD_2382 CJD_2383 scpA dacF FALSE 0.130 279.000 0.004 NA   NA
 6090724 6090725 CJD_2383 CJD_2384 dacF pdp FALSE 0.018 252.000 0.000 1.000 N NA
 6090725 6090726 CJD_2384 CJD_2385 pdp xerD FALSE 0.019 247.000 0.000 1.000 N NA
 6090726 6090727 CJD_2385 CJD_2386 xerD   TRUE 0.737 50.000 0.021 NA   NA
 6090727 6090728 CJD_2386 CJD_2387     TRUE 0.658 134.000 0.033 NA   NA
 6090728 6090729 CJD_2387 CJD_2388     FALSE 0.264 62.000 0.000 NA   NA
 6090729 6090730 CJD_2388 CJD_2389   spo0A FALSE 0.252 77.000 0.000 NA   NA
 6090730 6090731 CJD_2389 CJD_2390 spo0A   TRUE 0.798 174.000 0.393 1.000   NA
 6090731 6090732 CJD_2390 CJD_2391   recN TRUE 0.645 177.000 0.079 1.000   NA
 6090732 6090733 CJD_2391 CJD_2392 recN argR TRUE 0.944 16.000 0.086 1.000 N NA
 6090733 6090734 CJD_2392 CJD_2393 argR   TRUE 0.927 23.000 0.117 1.000 N NA
 6090734 6090735 CJD_2393 CJD_2394     TRUE 0.817 85.000 0.120 1.000 N NA
 6090735 6090736 CJD_2394 CJD_2395   dxs TRUE 0.967 12.000 0.189 1.000 N NA
 6090736 6090737 CJD_2395 CJD_2396 dxs ispA TRUE 0.982 21.000 0.048 1.000 Y NA
 6090737 6090738 CJD_2396 CJD_2397 ispA xseB TRUE 0.931 -10.000 0.053 1.000 N NA
 6090738 6090739 CJD_2397 CJD_2398 xseB xseA TRUE 0.992 19.000 0.412 0.001 Y NA
 6090739 6090740 CJD_2398 CJD_2399 xseA folD TRUE 0.931 2.000 0.045 1.000 N NA
 6090740 6090741 CJD_2399 CJD_2400 folD nusB TRUE 0.745 49.000 0.039 1.000 N NA
 6090741 6090742 CJD_2400 CJD_2401 nusB asp FALSE 0.217 119.000 0.000 NA   NA
 6090742 6090743 CJD_2401 CJD_2403 asp spoIIIAH FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6090743 6090744 CJD_2403 CJD_2404 spoIIIAH   TRUE 0.958 26.000 0.407 NA   NA
 6090744 6090745 CJD_2404 CJD_2405   spoIIIAF TRUE 0.983 15.000 0.907 NA   NA
 6090745 6090746 CJD_2405 CJD_2406 spoIIIAF   TRUE 0.985 8.000 0.918 NA   NA
 6090746 6090747 CJD_2406 CJD_2407     TRUE 0.984 11.000 0.864 NA   NA
 6090747 6090748 CJD_2407 CJD_2408     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6090748 6090749 CJD_2408 CJD_2409     FALSE 0.253 76.000 0.000 NA   NA
 6090749 6090750 CJD_2409 CJD_2410     TRUE 0.873 147.000 0.604 NA   NA
 6090750 6090751 CJD_2410 CJD_2411     FALSE 0.071 199.000 0.000 1.000   NA
 6090751 6090752 CJD_2411 CJD_2412   efp FALSE 0.169 114.000 0.000 1.000   NA
 6090752 6090753 CJD_2412 CJD_2413 efp   FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6090753 6090754 CJD_2413 CJD_2414     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6090754 6090755 CJD_2414 CJD_2415     TRUE 0.599 -40.000 0.000 NA   NA
 6090755 6090756 CJD_2415 CJD_2416     TRUE 0.605 -25.000 0.000 NA   NA
 6090756 6090757 CJD_2416 CJD_2417     FALSE 0.305 47.000 0.000 NA   NA
 6090757 6090758 CJD_2417 CJD_2418     FALSE 0.268 60.000 0.000 NA   NA
 6090758 6090759 CJD_2418 CJD_2419     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6090759 6090760 CJD_2419 CJD_2420     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090760 6090761 CJD_2420 CJD_2421     TRUE 0.993 -13.000 0.135 1.000 Y NA
 6090761 6090762 CJD_2421 CJD_2422     FALSE 0.240 100.000 0.000 NA   NA
 6090762 6090763 CJD_2422 CJD_2423   dapF TRUE 0.855 17.000 0.003 NA   NA
 6090765 6090766 CJD_2425 CJD_2426   pyrR TRUE 0.804 20.000 0.008 1.000 N NA
 6090766 6090767 CJD_2426 CJD_2427 pyrR   TRUE 0.934 4.000 0.048 1.000 N NA
 6090767 6090768 CJD_2427 CJD_2428     FALSE 0.442 138.000 0.002 NA N NA
 6090768 6090769 CJD_2428 CJD_2429     TRUE 0.982 13.000 0.579 NA   NA
 6090769 6090770 CJD_2429 CJD_2430     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6090771 6090772 CJD_0732 CJD_0734 rrs rrl FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6090772 6090773 CJD_0734 CJD_0735 rrl rrf FALSE 0.220 118.000 0.000 NA   NA
 6090773 6090774 CJD_0735 CJD_0736 rrf   TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6090774 6090775 CJD_0736 CJD_0737   sfsA FALSE 0.004 1023.000 0.000 NA   NA
 6090775 6090776 CJD_0737 CJD_0738 sfsA   FALSE 0.012 394.000 0.000 NA   NA
 6090776 6090777 CJD_0738 CJD_0739   lysA FALSE 0.008 410.000 0.000 1.000   NA
 6090777 6090778 CJD_0739 CJD_0740 lysA   FALSE 0.009 457.000 0.000 NA   NA
 6090778 6090779 CJD_0740 CJD_0741     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6090779 6090780 CJD_0741 CJD_0742   ftsH FALSE 0.043 25.000 0.000 0.027 N NA
 6090780 6090781 CJD_0742 CJD_0743 ftsH   TRUE 0.650 226.000 0.583 0.087   NA
 6090781 6090782 CJD_0743 CJD_0744     FALSE 0.006 456.000 0.000 1.000   NA
 6090782 6090783 CJD_0744 CJD_0745     FALSE 0.390 31.000 0.000 NA   NA
 6090783 6090784 CJD_0745 CJD_0746     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6090784 6090785 CJD_0746 CJD_0747     FALSE 0.076 218.000 0.000 NA   NA
 6090785 6090786 CJD_0747 CJD_0748     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6090786 6090787 CJD_0748 CJD_0749     FALSE 0.046 252.000 0.000 NA   NA
 6090789 6090790 CJD_0751 CJD_0752     FALSE 0.076 142.000 0.000 1.000 N NA
 6090793 6090794 CJD_0755 CJD_0756   prfC FALSE 0.015 261.000 0.000 1.000 N NA
 6090794 6090795 CJD_0756 CJD_0757 prfC   FALSE 0.080 214.000 0.000 NA   NA
 6090796 6090797 CJD_0758 CJD_0759     FALSE 0.342 37.000 0.000 NA   NA
 6090797 6090798 CJD_0759 CJD_0760     TRUE 0.926 1.000 0.023 NA   NA
 6090798 6090799 CJD_0760 CJD_0761   rfbA FALSE 0.288 51.000 0.000 NA   NA
 6090799 6090800 CJD_0761 CJD_0762 rfbA rfbC TRUE 0.993 13.000 0.139 1.000 Y NA
 6090800 6090801 CJD_0762 CJD_0763 rfbC rfbD TRUE 0.990 14.000 0.062 1.000 Y NA
 6090801 6090802 CJD_0763 CJD_0764 rfbD rfbB TRUE 0.914 150.000 0.088 0.001 Y NA
 6090802 6090803 CJD_0764 CJD_0765 rfbB   TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6090803 6090804 CJD_0765 CJD_0766     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6090804 6090805 CJD_0766 CJD_0767     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6090805 6090806 CJD_0767 CJD_0768     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6090806 6090807 CJD_0768 CJD_0769     FALSE 0.268 60.000 0.000 NA   NA
 6090807 6090808 CJD_0769 CJD_0770     FALSE 0.405 22.000 0.000 1.000   NA
 6090808 6090809 CJD_0770 CJD_0771     FALSE 0.378 32.000 0.000 NA   NA
 6090809 6090810 CJD_0771 CJD_0772     FALSE 0.051 245.000 0.000 NA   NA
 6090810 6090811 CJD_0772 CJD_0773     FALSE 0.092 205.000 0.000 NA   NA
 6090811 6090812 CJD_0773 CJD_0774     TRUE 0.937 26.000 0.167 1.000   NA
 6090812 6090813 CJD_0774 CJD_0775     TRUE 0.775 147.000 0.133 1.000   NA
 6090814 6090815 CJD_0776 CJD_0777     FALSE 0.220 118.000 0.000 NA   NA
 6090815 6090816 CJD_0777 CJD_0778   brnQ FALSE 0.020 289.000 0.000 NA N NA
 6090817 6090818 CJD_0779 CJD_0780 trpS   FALSE 0.018 338.000 0.000 NA   NA
 6090818 6090819 CJD_0780 CJD_0781     FALSE 0.240 99.000 0.000 NA   NA
 6090819 6090820 CJD_0781 CJD_0782   pstS FALSE 0.060 211.000 0.000 1.000   NA
 6090820 6090821 CJD_0782 CJD_0783 pstS pstS FALSE 0.472 224.000 0.000 0.030 Y NA
 6090821 6090822 CJD_0783 CJD_0784 pstS pstC TRUE 0.908 82.000 0.005 1.000 Y NA
 6090822 6090823 CJD_0784 CJD_0785 pstC pstA TRUE 0.993 3.000 0.219 0.001 Y NA
 6090823 6090824 CJD_0785 CJD_0786 pstA pstB TRUE 0.992 18.000 0.428 0.001 Y NA
 6090824 6090825 CJD_0786 CJD_0787 pstB phoU TRUE 0.971 25.000 0.016 NA Y NA
 6090825 6090826 CJD_0787 CJD_0788 phoU   FALSE 0.107 160.000 0.000 NA N NA
 6090827 6090828 CJD_0789 CJD_0790     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6090829 6090830 CJD_2989 CJD_2988   rplM FALSE 0.172 147.000 0.000 NA   NA
 6090830 6090831 CJD_2988 CJD_2987 rplM rpsI TRUE 0.989 27.000 0.601 0.012 Y NA
 6090831 6090832 CJD_2987 CJD_2986 rpsI   FALSE 0.005 365.000 0.000 1.000 N NA
 6090832 6090833 CJD_2986 CJD_2985   cwlD FALSE 0.371 191.000 0.018 1.000 N NA
 6090835 6090836 CJD_2983 CJD_2982 drrA   TRUE 0.996 -22.000 0.857 1.000 Y NA
 6090836 6090837 CJD_2982 CJD_2981     FALSE 0.056 172.000 0.000 1.000 N NA
 6090837 6090838 CJD_2981 CJD_2980   nrdA FALSE 0.012 284.000 0.000 1.000 N NA
 6090838 6090839 CJD_2980 CJD_2979 nrdA nrdB TRUE 0.969 96.000 0.393 0.001 Y NA
 6090839 6090840 CJD_2979 CJD_2978 nrdB rpsD FALSE 0.004 402.000 0.000 1.000 N NA
 6090842 6090843 CJD_2976 CJD_2975 ptsI iadA FALSE 0.060 165.000 0.000 1.000 N NA
 6090843 6090844 CJD_2975 CJD_2974 iadA trx FALSE 0.164 117.000 0.000 1.000   NA
 6090844 6090845 CJD_2974 CJD_2973 trx   FALSE 0.343 27.000 0.000 1.000   NA
 6090846 6090847 CJD_2972 CJD_2971     TRUE 0.873 71.000 0.167 NA   NA
 6090848 6090849 CJD_2970 CJD_2969     TRUE 0.979 -33.000 0.502 NA   NA
 6090849 6090850 CJD_2969 CJD_2968     TRUE 0.824 76.000 0.083 NA   NA
 6090850 6090851 CJD_2968 CJD_2967   ptb FALSE 0.430 183.000 0.013 NA   NA
 6090851 6090852 CJD_2967 CJD_2966 ptb buk TRUE 0.990 25.000 0.275 1.000 Y NA
 6090852 6090853 CJD_2966 CJD_2965 buk hydA FALSE 0.049 226.000 0.000 1.000   NA
 6090853 6090854 CJD_2965 CJD_2964 hydA   FALSE 0.053 219.000 0.000 1.000   NA
 6090854 6090855 CJD_2964 CJD_2963     TRUE 0.903 35.000 0.122 NA   NA
 6090855 6090856 CJD_2963 CJD_2962     FALSE 0.009 457.000 0.000 NA   NA
 6090856 6090857 CJD_2962 CJD_2961     TRUE 0.974 87.000 0.273 1.000 Y NA
 6090857 6090858 CJD_2961 CJD_2960     TRUE 0.996 2.000 0.818 0.020 Y NA
 6090858 6090859 CJD_2960 CJD_2959     FALSE 0.010 295.000 0.000 1.000 N NA
 6090859 6090860 CJD_2959 CJD_2958     FALSE 0.251 24.000 0.000 1.000 N NA
 6090860 6090861 CJD_2958 CJD_2957   malQ TRUE 0.919 22.000 0.000 0.021 Y NA
 6090861 6090862 CJD_2957 CJD_2956 malQ glgP TRUE 0.950 -7.000 0.000 0.021 Y NA
 6090862 6090863 CJD_2956 CJD_2955 glgP   FALSE 0.192 351.000 0.000 1.000 Y NA
 6090863 6090864 CJD_2955 CJD_2954     FALSE 0.221 117.000 0.000 NA   NA
 6090864 6090865 CJD_2954 CJD_2953     TRUE 0.620 140.000 0.025 NA   NA
 6090865 6090866 CJD_2953 CJD_2952     FALSE 0.257 66.000 0.000 NA   NA
 6090866 6090867 CJD_2952 CJD_2951     FALSE 0.139 170.000 0.000 NA   NA
 6090867 6090868 CJD_2951 CJD_2950     TRUE 0.956 -37.000 0.000 1.000 Y NA
 6090868 6090869 CJD_2950 CJD_2949     FALSE 0.009 310.000 0.000 1.000 N NA
 6090873 6090874 CJD_3358 CJD_2945   glmS FALSE 0.246 84.000 0.000 NA   NA
 6090874 6090875 CJD_2945 CJD_2944 glmS   TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6090875 6090876 CJD_2944 CJD_2943     FALSE 0.082 213.000 0.000 NA   NA
 6090876 6090877 CJD_2943 CJD_2942     FALSE 0.049 226.000 0.000 1.000   NA
 6090877 6090878 CJD_2942 CJD_2941     FALSE 0.173 96.000 0.000 NA N NA
 6090880 6090881 CJD_2939 CJD_2938     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6090881 6090882 CJD_2938 CJD_2937     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6090882 6090883 CJD_2937 CJD_2936     FALSE 0.026 300.000 0.000 NA   NA
 6090886 6090887 CJD_2277 CJD_2278 rpsB codY FALSE 0.013 383.000 0.000 NA   NA
 6090887 6090888 CJD_2278 CJD_2279 codY topA TRUE 0.557 142.000 0.025 1.000 N NA
 6090888 6090889 CJD_2279 CJD_2280 topA dprA TRUE 0.981 45.000 0.238 1.000 Y NA
 6090889 6090890 CJD_2280 CJD_2281 dprA   TRUE 0.937 1.000 0.053 1.000 N NA
 6090892 6090893 CJD_2283 CJD_2284 rnhB   TRUE 0.963 16.000 0.148 1.000   NA
 6090895 6090896 CJD_2286 CJD_2287 rplS trmD TRUE 0.976 121.000 0.567 1.000 Y NA
 6090896 6090897 CJD_2287 CJD_2288 trmD rimM TRUE 0.996 -10.000 0.672 1.000 Y NA
 6090897 6090898 CJD_2288 CJD_2289 rimM   TRUE 0.901 56.000 0.324 1.000   NA
 6090898 6090899 CJD_2289 CJD_2290   rpsP TRUE 0.922 44.000 0.385 1.000   NA
 6090899 6090900 CJD_2290 CJD_2291 rpsP ffh TRUE 0.928 34.000 0.361 1.000 N NA
 6090900 6090901 CJD_2291 CJD_2292 ffh   TRUE 0.968 12.000 0.151 1.000   NA
 6090901 6090902 CJD_2292 CJD_2293   ftsY TRUE 0.647 177.000 0.081 1.000   NA
 6090902 6090903 CJD_2293 CJD_2294 ftsY smc TRUE 0.953 14.000 0.165 0.013 N NA
 6090903 6090904 CJD_2294 CJD_2295 smc   FALSE 0.374 205.000 0.027 1.000 N NA
 6090904 6090905 CJD_2295 CJD_2296   rnc TRUE 0.990 -21.000 0.064 1.000 Y NA
 6090905 6090906 CJD_2296 CJD_2297 rnc acpP TRUE 0.756 99.000 0.068 1.000 N NA
 6090906 6090907 CJD_2297 CJD_2298 acpP plsX TRUE 0.921 77.000 0.034 0.003 Y NA
 6090907 6090908 CJD_2298 CJD_2299 plsX rpmF TRUE 0.901 57.000 0.418 1.000 N NA
 6090908 6090909 CJD_2299 CJD_2300 rpmF   TRUE 0.980 16.000 0.599 NA   NA
 6090909 6090910 CJD_2300 CJD_2301   ackA TRUE 0.771 114.000 0.061 NA   NA
 6090910 6090911 CJD_2301 CJD_2302 ackA pta TRUE 0.966 91.000 0.137 1.000 Y NA
 6090912 6090913 CJD_2303 CJD_2305   ylbJ TRUE 0.745 65.000 0.036 NA   NA
 6090914 6090915 CJD_2304 CJD_2306   coaD TRUE 0.911 9.000 0.015 NA   NA
 6090915 6090916 CJD_2306 CJD_2307 coaD   TRUE 0.920 2.000 0.034 1.000 N NA
 6090916 6090917 CJD_2307 CJD_2308   recG TRUE 0.927 65.000 0.016 1.000 Y NA
 6090917 6090918 CJD_2308 CJD_2309 recG   TRUE 0.636 152.000 0.048 1.000   NA
 6090918 6090919 CJD_2309 CJD_2310     TRUE 0.981 14.000 0.567 NA   NA
 6090921 6090922 CJD_2312 CJD_2313   rpe TRUE 0.967 2.000 0.166 1.000 N NA
 6090922 6090923 CJD_2313 CJD_2314 rpe rsgA TRUE 0.973 0.000 0.213 1.000   NA
 6090923 6090924 CJD_2314 CJD_2315 rsgA   TRUE 0.549 237.000 0.196 1.000   NA
 6090924 6090925 CJD_2315 CJD_2316     TRUE 0.997 2.000 0.704 1.000 Y NA
 6090925 6090926 CJD_2316 CJD_2317     TRUE 0.959 13.000 0.105 1.000   NA
 6090926 6090927 CJD_2317 CJD_2318   sun TRUE 0.910 32.000 0.135 1.000   NA
 6090927 6090928 CJD_2318 CJD_2319 sun   TRUE 0.957 11.000 0.076 NA   NA
 6090928 6090929 CJD_2319 CJD_2320   fmt TRUE 0.916 18.000 0.035 NA   NA
 6090929 6090930 CJD_2320 CJD_2321 fmt def TRUE 0.976 20.000 0.033 0.020 Y NA
 6090930 6090931 CJD_2321 CJD_2322 def priA TRUE 0.834 14.000 0.003 1.000 N NA
 6090931 6090932 CJD_2322 CJD_2323 priA coaBC TRUE 0.863 39.000 0.099 1.000 N NA
 6090932 6090933 CJD_2323 CJD_2324 coaBC rpoZ TRUE 0.881 6.000 0.013 1.000 N NA
 6090933 6090934 CJD_2324 CJD_2325 rpoZ gmk TRUE 0.911 -19.000 0.035 1.000 N NA
 6090934 6090935 CJD_2325 CJD_2326 gmk   TRUE 0.969 -7.000 0.143 NA   NA
 6090935 6090936 CJD_2326 CJD_2327     TRUE 0.971 14.000 0.189 NA   NA
 6090936 6090937 CJD_2327 CJD_2328     FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6090937 6090938 CJD_2328 CJD_2329     FALSE 0.030 257.000 0.000 1.000   NA
 6090938 6090939 CJD_2329 CJD_2330   spoIVA FALSE 0.016 351.000 0.000 NA   NA
 6090939 6090940 CJD_2330 CJD_2331 spoIVA   FALSE 0.177 329.000 0.060 NA   NA
 6090940 6090941 CJD_2331 CJD_2332     TRUE 0.951 5.000 0.068 1.000   NA
 6090941 6090942 CJD_2332 CJD_2333     TRUE 0.949 3.000 0.061 1.000   NA
 6090942 6090943 CJD_2333 CJD_2334     FALSE 0.007 326.000 0.000 1.000 N NA
 6090943 6090944 CJD_2334 CJD_2335     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6090944 6090945 CJD_2335 CJD_2336   nrdR FALSE 0.478 166.000 0.013 NA   NA
 6090945 6090946 CJD_2336 CJD_2337 nrdR   TRUE 0.656 50.000 0.005 NA   NA
 6090946 6090947 CJD_2337 CJD_2338   sigG TRUE 0.622 141.000 0.026 NA   NA
 6090947 6090948 CJD_2338 CJD_2339 sigG sigE TRUE 0.976 75.000 0.602 0.008 Y NA
 6090948 6090949 CJD_2339 CJD_2340 sigE spoIIGA TRUE 0.982 14.000 0.856 1.000   NA
 6090949 6090950 CJD_2340 CJD_2341 spoIIGA   FALSE 0.339 38.000 0.000 NA   NA
 6090950 6090951 CJD_2341 CJD_2342   ftsZ FALSE 0.048 248.000 0.000 NA   NA
 6090951 6090952 CJD_2342 CJD_2343 ftsZ   TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6090953 6090954 CJD_1148 CJD_1150     FALSE 0.133 174.000 0.000 NA   NA
 6090957 6090958 CJD_1152 CJD_1153     FALSE 0.096 202.000 0.000 NA   NA
 6090958 6090959 CJD_1153 CJD_1154     TRUE 0.868 22.000 0.021 NA   NA
 6090962 6090963 CJD_1157 CJD_1158     FALSE 0.253 74.000 0.000 NA   NA
 6090963 6090964 CJD_1158 CJD_1159     FALSE 0.012 388.000 0.000 NA   NA
 6090964 6090965 CJD_1159 CJD_1160     FALSE 0.092 205.000 0.000 NA   NA
 6090965 6090966 CJD_1160 CJD_1161     FALSE 0.007 528.000 0.000 NA   NA
 6090966 6090967 CJD_1161 CJD_1162     TRUE 0.825 30.000 0.023 NA   NA
 6090967 6090968 CJD_1162 CJD_1163     TRUE 0.984 -7.000 0.015 1.000 Y NA
 6090968 6090969 CJD_1163 CJD_1164     FALSE 0.141 134.000 0.000 1.000   NA
 6090970 6090971 CJD_1165 CJD_1166     FALSE 0.215 120.000 0.000 NA   NA
 6090974 6090975 CJD_1169 CJD_1170     FALSE 0.020 325.000 0.000 NA   NA
 6090975 6090976 CJD_1170 CJD_1171     FALSE 0.217 119.000 0.000 NA   NA
 6090976 6090977 CJD_1171 CJD_1172     FALSE 0.007 505.000 0.000 NA   NA
 6090977 6090978 CJD_1172 CJD_1173   cotJB TRUE 0.966 13.000 0.125 NA   NA
 6090978 6090979 CJD_1173 CJD_1174 cotJB cotJC TRUE 0.950 13.000 0.062 NA   NA
 6090981 6090982 CJD_1176 CJD_1177     FALSE 0.035 276.000 0.000 NA   NA
 6090982 6090983 CJD_1177 CJD_1178     FALSE 0.378 32.000 0.000 NA   NA
 6090983 6090984 CJD_1178 CJD_1179     FALSE 0.004 580.000 0.000 1.000   NA
 6090984 6090985 CJD_1179 CJD_1180     FALSE 0.084 212.000 0.000 NA   NA
 6090985 6090986 CJD_1180 CJD_1181     FALSE 0.015 354.000 0.000 NA   NA
 6090986 6090987 CJD_1181 CJD_1182     FALSE 0.008 485.000 0.000 NA   NA
 6090987 6090988 CJD_1182 CJD_1183     FALSE 0.007 428.000 0.000 1.000   NA
 6090991 6090992 CJD_1186 CJD_1187     TRUE 0.614 240.000 0.625 1.000 N NA
 6090993 6090994 CJD_1188 CJD_1189     FALSE 0.324 41.000 0.000 NA   NA
 6090997 6090998 CJD_1192 CJD_1193     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6090998 6090999 CJD_1193 CJD_1194     FALSE 0.158 157.000 0.000 NA   NA
 6091000 6091001 CJD_1195 CJD_1196     FALSE 0.009 443.000 0.000 NA   NA
 6091001 6091002 CJD_1196 CJD_1197     TRUE 0.981 -7.000 0.500 NA   NA
 6091002 6091003 CJD_1197 CJD_1198     TRUE 0.984 -6.000 1.000 NA   NA
 6091003 6091004 CJD_1198 CJD_1199     TRUE 0.982 5.000 0.500 NA   NA
 6091004 6091005 CJD_1199 CJD_1200     TRUE 0.944 35.000 0.500 NA   NA
 6091008 6091009 CJD_0104 CJD_0105 rrl rrf FALSE 0.282 53.000 0.000 NA   NA
 6091009 6091010 CJD_0105 CJD_0106 rrf   TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6091010 6091011 CJD_0106 CJD_0107   fusA FALSE 0.005 656.000 0.000 NA   NA
 6091011 6091012 CJD_0107 CJD_0108 fusA   FALSE 0.070 410.000 0.021 NA   NA
 6091012 6091013 CJD_0108 CJD_0109     FALSE 0.046 252.000 0.000 NA   NA
 6091013 6091014 CJD_0109 CJD_0110     FALSE 0.003 542.000 0.000 1.000 N NA
 6091014 6091015 CJD_0110 CJD_0111     FALSE 0.007 333.000 0.000 1.000 N NA
 6091017 6091018 CJD_0113 CJD_0114     TRUE 0.976 7.000 0.375 1.000 N NA
 6091018 6091019 CJD_0114 CJD_0115     TRUE 0.995 14.000 0.250 1.000 Y NA
 6091019 6091020 CJD_0115 CJD_0116     TRUE 0.995 14.000 0.241 1.000 Y NA
 6091020 6091021 CJD_0116 CJD_0117   iolD TRUE 0.953 17.000 0.128 1.000 N NA
 6091021 6091022 CJD_0117 CJD_0118 iolD   TRUE 0.852 76.000 0.140 1.000   NA
 6091022 6091023 CJD_0118 CJD_0119   iolE TRUE 0.814 119.000 0.125 1.000   NA
 6091023 6091024 CJD_0119 CJD_0120 iolE   TRUE 0.769 82.000 0.059 1.000   NA
 6091024 6091025 CJD_0120 CJD_0121     TRUE 0.828 88.000 0.118 1.000   NA
 6091025 6091026 CJD_0121 CJD_0122     FALSE 0.009 372.000 0.000 1.000   NA
 6091026 6091027 CJD_0122 CJD_0123     FALSE 0.025 231.000 0.000 1.000 N NA
 6091027 6091028 CJD_0123 CJD_0124     TRUE 0.976 103.000 0.667 0.039 Y NA
 6091028 6091029 CJD_0124 CJD_0125     TRUE 0.821 104.000 0.000 1.000 Y NA
 6091031 6091032 CJD_0127 CJD_0128 gldA   TRUE 0.870 26.000 0.053 1.000 N NA
 6091032 6091033 CJD_0128 CJD_0129     FALSE 0.180 361.000 0.000 1.000 Y NA
 6091033 6091034 CJD_0129 CJD_0130     FALSE 0.035 277.000 0.000 NA   NA
 6091036 6091037 CJD_0132 CJD_0133     FALSE 0.178 143.000 0.000 NA   NA
 6091037 6091038 CJD_0133 CJD_0134     FALSE 0.089 208.000 0.000 NA   NA
 6091038 6091039 CJD_0134 CJD_0135     TRUE 0.833 112.000 0.118 NA   NA
 6091040 6091041 CJD_0136 CJD_0137     FALSE 0.004 770.000 0.000 NA   NA
 6091043 6091044 CJD_0139 CJD_0140     TRUE 0.861 106.000 0.165 NA   NA
 6091045 6091046 CJD_0141 CJD_0142     FALSE 0.170 148.000 0.000 NA   NA
 6091046 6091047 CJD_0142 CJD_0143     FALSE 0.032 284.000 0.000 NA   NA
 6091048 6091049 CJD_0144 CJD_0145     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6091049 6091050 CJD_0145 CJD_0146     TRUE 0.972 12.000 0.167 NA   NA
 6091051 6091052 CJD_0147 CJD_0148     FALSE 0.183 140.000 0.000 NA   NA
 6091052 6091053 CJD_0148 CJD_0149     TRUE 0.962 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 6091053 6091054 CJD_0149 CJD_0150     FALSE 0.000 797.000 0.000 0.084 N NA
 6091054 6091055 CJD_0150 CJD_0151     TRUE 0.527 -10.000 0.000 1.000   NA
 6091058 6091059 CJD_3053 CJD_3054     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6091059 6091060 CJD_3054 CJD_3055     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6091060 6091061 CJD_3055 CJD_3056     FALSE 0.011 404.000 0.000 NA   NA
 6091061 6091062 CJD_3056 CJD_3057     TRUE 0.603 -28.000 0.000 NA   NA
 6091062 6091063 CJD_3057 CJD_3058     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6091063 6091064 CJD_3058 CJD_3059     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6091064 6091065 CJD_3059 CJD_3060     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6091065 6091066 CJD_3060 CJD_3061     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6091066 6091067 CJD_3061 CJD_3062   nagB FALSE 0.080 214.000 0.000 NA   NA
 6091067 6091068 CJD_3062 CJD_3063 nagB   FALSE 0.391 -3.000 0.000 1.000 N NA
 6091069 6091070 CJD_3064 CJD_3065     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6091071 6091072 CJD_3066 CJD_3067 gapN   FALSE 0.345 17.000 0.000 1.000 N NA
 6091072 6091073 CJD_3067 CJD_3068   trxB TRUE 0.963 3.000 0.000 1.000 Y NA
 6091073 6091074 CJD_3068 CJD_3069 trxB clpC FALSE 0.343 277.000 0.000 1.000 Y NA
 6091074 6091075 CJD_3069 CJD_3070 clpC   TRUE 0.925 25.000 0.129 1.000 N NA
 6091075 6091076 CJD_3070 CJD_3071     TRUE 0.982 -16.000 0.848 NA   NA
 6091076 6091077 CJD_3071 CJD_3072     TRUE 0.974 20.000 0.681 NA   NA
 6091079 6091080 CJD_3074 CJD_3075     FALSE 0.162 118.000 0.000 1.000   NA
 6091080 6091081 CJD_3075 CJD_3076     FALSE 0.442 169.000 0.007 NA   NA
 6091081 6091082 CJD_3076 CJD_3077     TRUE 0.980 3.000 0.372 NA   NA
 6091082 6091083 CJD_3077 CJD_3078     TRUE 0.862 22.000 0.018 NA   NA
 6091083 6091084 CJD_3078 CJD_3079     FALSE 0.158 157.000 0.000 NA   NA
 6091084 6091085 CJD_3079 CJD_3080     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6091085 6091086 CJD_3080 CJD_3081     FALSE 0.034 246.000 0.000 NA N NA
 6091086 6091087 CJD_3081 CJD_3082     TRUE 0.956 18.000 0.120 NA   NA
 6091090 6091091 CJD_3085 CJD_3086     TRUE 0.713 92.000 0.039 NA N NA
 6091092 6091093 CJD_3087 CJD_3088     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6091093 6091094 CJD_3088 CJD_3089     FALSE 0.015 360.000 0.000 NA   NA
 6091094 6091095 CJD_3089 CJD_3090   rrf FALSE 0.006 580.000 0.000 NA   NA
 6091095 6091096 CJD_3090 CJD_3091 rrf   TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6091096 6091097 CJD_3091 CJD_3092   rrf TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6091097 6091098 CJD_3092 CJD_3093 rrf rrl FALSE 0.288 51.000 0.000 NA   NA
 6091098 6091099 CJD_3093 CJD_3096 rrl   FALSE 0.240 100.000 0.000 NA   NA
 6091099 6091100 CJD_3096 CJD_3097     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6091100 6091101 CJD_3097 CJD_3098   rrs FALSE 0.153 160.000 0.000 NA   NA
 6091101 6091102 CJD_3098 CJD_3099 rrs murD FALSE 0.008 502.000 0.000 NA   NA
 6091104 6091105 CJD_3101 CJD_3102     FALSE 0.173 92.000 0.000 NA N NA
 6091105 6091106 CJD_3102 CJD_3103     FALSE 0.092 174.000 0.000 NA N NA
 6091106 6091107 CJD_3103 CJD_3104   glyS FALSE 0.045 188.000 0.000 1.000 N NA
 6091107 6091108 CJD_3104 CJD_3105 glyS   FALSE 0.009 458.000 0.000 NA   NA
 6091108 6091109 CJD_3105 CJD_3106   lysS FALSE 0.089 208.000 0.000 NA   NA
 6091109 6091110 CJD_3106 CJD_3107 lysS greA TRUE 0.909 26.000 0.098 1.000 N NA
 6091110 6091111 CJD_3107 CJD_3108 greA   FALSE 0.157 279.000 0.022 1.000 N NA
 6091111 6091112 CJD_3108 CJD_3109     TRUE 0.937 7.000 0.054 1.000 N NA
 6091112 6091113 CJD_3109 CJD_3110   fhs FALSE 0.293 203.000 0.011 1.000 N NA
 6091113 6091114 CJD_3110 CJD_3111 fhs ftsH FALSE 0.006 202.000 0.000 0.083 N NA
 6091114 6091115 CJD_3111 CJD_3112 ftsH hpt TRUE 0.853 75.000 0.180 1.000 N NA
 6091115 6091116 CJD_3112 CJD_3113 hpt tilS TRUE 0.956 3.000 0.137 0.028 N NA
 6091116 6091117 CJD_3113 CJD_3114 tilS spoIIE FALSE 0.372 217.000 0.041 1.000 N NA
 6091117 6091118 CJD_3114 CJD_3115 spoIIE   FALSE 0.020 323.000 0.000 NA   NA
 6091118 6091119 CJD_3115 CJD_3116     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6091119 6091120 CJD_3116 CJD_3117     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6091120 6091121 CJD_3117 CJD_3118     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6091122 6091123 CJD_2133 CJD_2134     FALSE 0.129 177.000 0.000 NA   NA
 6091123 6091124 CJD_2134 CJD_2135     FALSE 0.221 117.000 0.000 NA   NA
 6091124 6091125 CJD_2135 CJD_2136   pspA FALSE 0.027 296.000 0.000 NA   NA
 6091125 6091126 CJD_2136 CJD_2137 pspA   FALSE 0.244 86.000 0.000 NA   NA
 6091126 6091127 CJD_2137 CJD_2138     FALSE 0.088 209.000 0.000 NA   NA
 6091128 6091129 CJD_2139 CJD_2140     FALSE 0.207 126.000 0.000 NA   NA
 6091130 6091131 CJD_2142 CJD_2143     FALSE 0.008 397.000 0.000 1.000   NA
 6091131 6091132 CJD_2143 CJD_2144     FALSE 0.125 147.000 0.000 1.000   NA
 6091132 6091133 CJD_2144 CJD_2145     FALSE 0.000 821.000 0.000 0.019   NA
 6091133 6091134 CJD_2145 CJD_2146     TRUE 0.978 0.000 0.720 0.019   NA
 6091134 6091135 CJD_2146 CJD_2147     TRUE 0.978 -10.000 0.438 1.000   NA
 6091135 6091136 CJD_2147 CJD_2148     TRUE 0.608 141.000 0.030 1.000   NA
 6091136 6091137 CJD_2148 CJD_2149     FALSE 0.004 556.000 0.000 1.000   NA
 6091137 6091138 CJD_2149 CJD_2150     FALSE 0.016 258.000 0.000 1.000 N NA
 6091138 6091139 CJD_2150 CJD_2151     TRUE 0.980 0.000 0.530 1.000   NA
 6091139 6091140 CJD_2151 CJD_2152     TRUE 0.851 146.000 0.435 1.000   NA
 6091142 6091143 CJD_2154 CJD_2155     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6091143 6091144 CJD_2155 CJD_2156     FALSE 0.180 142.000 0.000 NA   NA
 6091144 6091145 CJD_2156 CJD_2157   glgB TRUE 0.977 100.000 1.000 0.009 Y NA
 6091145 6091146 CJD_2157 CJD_2158 glgB   FALSE 0.251 80.000 0.000 NA   NA
 6091147 6091148 CJD_2159 CJD_2160     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6091149 6091150 CJD_2161 CJD_2162     FALSE 0.017 348.000 0.000 NA   NA
 6091150 6091151 CJD_2162 CJD_2163     FALSE 0.009 456.000 0.000 NA   NA
 6091151 6091152 CJD_2163 CJD_2164   axe1 FALSE 0.240 96.000 0.000 NA   NA
 6091153 6091154 CJD_2165 CJD_2166     FALSE 0.148 164.000 0.000 NA   NA
 6091155 6091156 CJD_2167 CJD_2168     TRUE 0.640 1.000 0.000 NA   NA
 6091156 6091157 CJD_2168 CJD_2169     FALSE 0.136 172.000 0.000 NA   NA
 6091157 6091158 CJD_2169 CJD_2170     FALSE 0.232 112.000 0.000 NA   NA
 6091158 6091159 CJD_2170 CJD_2171   thiH TRUE 0.954 30.000 0.023 0.004 Y NA
 6091159 6091160 CJD_2171 CJD_2172 thiH thiG TRUE 0.993 13.000 0.277 0.004 Y NA
 6091160 6091161 CJD_2172 CJD_2173 thiG thiF TRUE 0.920 129.000 0.054 0.021 Y NA
 6091161 6091162 CJD_2173 CJD_2174 thiF thiS TRUE 0.965 76.000 0.115 1.000 Y NA
 6091162 6091163 CJD_2174 CJD_2175 thiS   FALSE 0.013 277.000 0.000 1.000 N NA
 6091163 6091164 CJD_2175 CJD_2176     FALSE 0.013 334.000 0.000 1.000   NA
 6091164 6091165 CJD_2176 CJD_2177     FALSE 0.321 43.000 0.000 NA   NA
 6091165 6091166 CJD_2177 CJD_2178   msrB FALSE 0.272 58.000 0.000 NA   NA
 6091166 6091167 CJD_2178 CJD_2179 msrB   FALSE 0.253 76.000 0.000 NA   NA
 6091170 6091171 CJD_2182 CJD_2183     FALSE 0.053 241.000 0.000 NA   NA
 6091173 6091174 CJD_2185 CJD_2186     FALSE 0.201 129.000 0.000 NA   NA
 6091174 6091175 CJD_2186 CJD_2187     FALSE 0.090 207.000 0.000 NA   NA
 6091177 6091178 CJD_2189 CJD_2190     TRUE 0.954 16.000 0.083 NA   NA
 6091178 6091179 CJD_2190 CJD_2191     TRUE 0.927 17.000 0.042 NA   NA
 6091179 6091180 CJD_2191 CJD_2192     FALSE 0.006 564.000 0.000 NA   NA
 6091182 6091183 CJD_2194 CJD_2195     FALSE 0.037 269.000 0.000 NA   NA
 6091184 6091185 CJD_2196 CJD_2197     FALSE 0.012 390.000 0.000 NA   NA
 6091186 6091187 CJD_2198 CJD_2199     FALSE 0.164 375.000 0.000 1.000 Y NA
 6091187 6091188 CJD_2199 CJD_2200     TRUE 0.573 139.000 0.021 NA N NA
 6091188 6091189 CJD_2200 CJD_2201   rbsC TRUE 0.994 22.000 0.847 NA Y NA
 6091189 6091190 CJD_2201 CJD_2202 rbsC rbsA TRUE 0.996 14.000 0.504 1.000 Y NA
 6091190 6091191 CJD_2202 CJD_2203 rbsA rbsD TRUE 0.976 87.000 0.337 1.000 Y NA
 6091191 6091192 CJD_2203 CJD_2204 rbsD rbsK TRUE 0.986 3.000 0.020 1.000 Y NA
 6091192 6091193 CJD_2204 CJD_2205 rbsK def FALSE 0.078 140.000 0.000 1.000 N NA
 6091193 6091194 CJD_2205 CJD_2206 def   FALSE 0.159 156.000 0.000 NA   NA
 6091194 6091195 CJD_2206 CJD_2207     FALSE 0.048 248.000 0.000 NA   NA
 6091195 6091196 CJD_2207 CJD_2208     FALSE 0.175 146.000 0.000 NA   NA
 6091196 6091197 CJD_2208 CJD_2209     FALSE 0.056 215.000 0.000 1.000   NA
 6091197 6091198 CJD_2209 CJD_2210     TRUE 0.994 3.000 0.238 0.005 Y NA
 6091198 6091199 CJD_2210 CJD_2211     TRUE 0.995 -7.000 0.776 0.005 Y NA
 6091199 6091200 CJD_2211 CJD_2212     TRUE 0.993 17.000 0.462 0.005 Y NA
 6091200 6091201 CJD_2212 CJD_2213     TRUE 0.994 -13.000 0.487 0.005 Y NA
 6091201 6091202 CJD_2213 CJD_2214     TRUE 0.993 13.000 0.258 0.005 Y NA
 6091202 6091203 CJD_2214 CJD_2215     TRUE 0.930 31.000 0.489 0.005   NA
 6091203 6091204 CJD_2215 CJD_2216     TRUE 0.906 55.000 0.848 0.005   NA
 6091204 6091205 CJD_2216 CJD_2217     TRUE 0.951 -13.000 0.132 0.005   NA
 6091205 6091206 CJD_2217 CJD_2218     FALSE 0.024 277.000 0.000 1.000   NA
 6091206 6091207 CJD_2218 CJD_2219     TRUE 0.945 -100.000 0.063 NA   NA
 6091207 6091208 CJD_2219 CJD_2220     TRUE 0.842 147.000 0.300 NA   NA
 6091210 6091211 CJD_2223 CJD_2224     FALSE 0.235 110.000 0.000 NA   NA
 6091211 6091212 CJD_2224 CJD_2225     TRUE 0.883 12.000 0.009 1.000   NA
 6091215 6091216 CJD_2228 CJD_2229     TRUE 0.741 107.000 0.043 NA   NA
 6091220 6091221 CJD_2233 CJD_2234   feoB FALSE 0.339 38.000 0.000 NA   NA
 6091222 6091223 CJD_2431 CJD_2432     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6091223 6091224 CJD_2432 CJD_2433     TRUE 0.663 100.000 0.017 NA   NA
 6091224 6091225 CJD_2433 CJD_2434   sbp TRUE 0.953 13.000 0.070 NA   NA
 6091225 6091226 CJD_2434 CJD_2435 sbp   TRUE 0.953 13.000 0.070 NA   NA
 6091226 6091227 CJD_2435 CJD_2436     TRUE 0.901 14.000 0.014 NA   NA
 6091227 6091228 CJD_2436 CJD_2437   spoVE FALSE 0.487 158.000 0.015 NA N NA
 6091228 6091229 CJD_2437 CJD_2438 spoVE mraY TRUE 0.650 28.000 0.014 0.003 N NA
 6091229 6091230 CJD_2438 CJD_2439 mraY murF TRUE 0.928 50.000 0.024 0.003 Y NA
 6091230 6091231 CJD_2439 CJD_2440 murF murE TRUE 0.994 13.000 0.328 0.002 Y NA
 6091231 6091232 CJD_2440 CJD_2441 murE spoVD TRUE 0.974 95.000 0.265 1.000 Y NA
 6091232 6091233 CJD_2441 CJD_2442 spoVD   TRUE 0.632 188.000 0.096 1.000   NA
 6091233 6091234 CJD_2442 CJD_2443   mraW TRUE 0.597 72.000 0.008 1.000   NA
 6091238 6091239 CJD_2447 CJD_2448     FALSE 0.315 29.000 0.000 NA N NA
 6091239 6091240 CJD_2448 CJD_2449     TRUE 0.966 0.000 0.000 NA Y NA
 6091240 6091241 CJD_2449 CJD_2450     TRUE 0.883 16.000 0.015 1.000   NA
 6091241 6091242 CJD_2450 CJD_2451     FALSE 0.021 321.000 0.000 NA   NA
 6091242 6091243 CJD_2451 CJD_2452     FALSE 0.159 156.000 0.000 NA   NA
 6091243 6091244 CJD_2452 CJD_2453     FALSE 0.008 403.000 0.000 1.000   NA
 6091244 6091245 CJD_2453 CJD_2454     FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 6091245 6091246 CJD_2454 CJD_2455     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6091246 6091247 CJD_2455 CJD_2456     FALSE 0.060 236.000 0.000 NA   NA
 6091247 6091248 CJD_2456 CJD_2457     TRUE 0.963 4.000 0.000 1.000 Y NA
 6091248 6091249 CJD_2457 CJD_2458     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6091249 6091250 CJD_2458 CJD_2459   spoVD FALSE 0.055 239.000 0.000 NA   NA
 6091250 6091251 CJD_2459 CJD_2460 spoVD   FALSE 0.015 263.000 0.000 1.000 N NA
 6091251 6091252 CJD_2460 CJD_2461     TRUE 0.945 14.000 0.078 1.000 N NA
 6091252 6091253 CJD_2461 CJD_2462     FALSE 0.242 89.000 0.000 NA   NA
 6091255 6091256 CJD_2464 CJD_2465   pheT FALSE 0.251 81.000 0.000 NA   NA
 6091256 6091257 CJD_2465 CJD_2466 pheT pheS TRUE 0.990 24.000 0.574 0.001 Y NA
 6091257 6091258 CJD_2466 CJD_2467 pheS   FALSE 0.140 614.000 0.006 1.000 Y NA
 6091258 6091259 CJD_2467 CJD_2468     TRUE 0.813 26.000 0.022 1.000 N NA
 6091259 6091260 CJD_2468 CJD_2469     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6091260 6091261 CJD_2469 CJD_2471   rplT FALSE 0.065 229.000 0.000 NA   NA
 6091261 6091262 CJD_2471 CJD_2472 rplT rpmI TRUE 0.989 30.000 0.928 0.011 Y NA
 6091262 6091263 CJD_2472 CJD_2473 rpmI   FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6091264 6091265 CJD_1593 CJD_1594     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6091265 6091266 CJD_1594 CJD_1595     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6091266 6091267 CJD_1595 CJD_1596     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6091267 6091268 CJD_1596 CJD_1597     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6091268 6091269 CJD_1597 CJD_1598     FALSE 0.024 307.000 0.000 NA   NA
 6091269 6091270 CJD_1598 CJD_1599     FALSE 0.288 51.000 0.000 NA   NA
 6091270 6091271 CJD_1599 CJD_1600     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6091271 6091272 CJD_1600 CJD_1601     FALSE 0.199 130.000 0.000 NA   NA
 6091272 6091273 CJD_1601 CJD_1602     FALSE 0.088 209.000 0.000 NA   NA
 6091275 6091276 CJD_1604 CJD_1605     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6091276 6091277 CJD_1605 CJD_1606     FALSE 0.026 40.000 0.000 0.019   NA
 6091277 6091278 CJD_1606 CJD_1607     FALSE 0.241 44.000 0.000 1.000   NA
 6091278 6091279 CJD_1607 CJD_1608     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6091281 6091282 CJD_1609 CJD_1611     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6091282 6091283 CJD_1611 CJD_1612     FALSE 0.018 337.000 0.000 NA   NA
 6091283 6091284 CJD_1612 CJD_1613     FALSE 0.079 215.000 0.000 NA   NA
 6091284 6091285 CJD_1613 CJD_1614     FALSE 0.251 80.000 0.000 NA   NA
 6091285 6091286 CJD_1614 CJD_1615     FALSE 0.240 101.000 0.000 NA   NA
 6091286 6091287 CJD_1615 CJD_1616     FALSE 0.281 54.000 0.000 NA   NA
 6091287 6091288 CJD_1616 CJD_1617     FALSE 0.238 105.000 0.000 NA   NA
 6091288 6091289 CJD_1617 CJD_1618     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6091289 6091290 CJD_1618 CJD_1619     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6091290 6091291 CJD_1619 CJD_1620     FALSE 0.354 35.000 0.000 NA   NA
 6091291 6091292 CJD_1620 CJD_1621     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6091292 6091293 CJD_1621 CJD_1622     FALSE 0.030 287.000 0.000 NA   NA
 6091295 6091296 CJD_1625 CJD_1626     FALSE 0.311 45.000 0.000 NA   NA
 6091296 6091297 CJD_1626 CJD_1627     TRUE 0.608 -19.000 0.000 NA   NA
 6091297 6091298 CJD_1627 CJD_1628     FALSE 0.233 111.000 0.000 NA   NA
 6091298 6091299 CJD_1628 CJD_1629     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6091299 6091300 CJD_1629 CJD_1630     FALSE 0.029 292.000 0.000 NA   NA
 6091300 6091301 CJD_1630 CJD_1631     FALSE 0.100 199.000 0.000 NA   NA
 6091301 6091302 CJD_1631 CJD_1633     FALSE 0.224 116.000 0.000 NA   NA
 6091302 6091303 CJD_1633 CJD_1634     FALSE 0.151 162.000 0.000 NA   NA
 6091303 6091304 CJD_1634 CJD_1635     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6091304 6091305 CJD_1635 CJD_1636     FALSE 0.240 98.000 0.000 NA   NA
 6091305 6091306 CJD_1636 CJD_1637     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.055   NA
 6091306 6091307 CJD_1637 CJD_1638   spoVB FALSE 0.182 85.000 0.000 1.000   NA
 6091307 6091308 CJD_1638 CJD_1639 spoVB   TRUE 0.943 22.000 0.137 1.000   NA
 6091308 6091309 CJD_1639 CJD_1640     TRUE 0.813 62.000 0.078 1.000   NA
 6091309 6091310 CJD_1640 CJD_1641     FALSE 0.064 206.000 0.000 1.000   NA
 6091312 6091313 CJD_1643 CJD_1644     FALSE 0.241 93.000 0.000 NA   NA
 6091316 6091317 CJD_1461 CJD_1462 cobT   TRUE 0.975 38.000 0.104 1.000 Y NA
 6091317 6091318 CJD_1462 CJD_1463   cobS TRUE 0.991 -16.000 0.092 1.000 Y NA
 6091318 6091319 CJD_1463 CJD_1464 cobS   TRUE 0.923 14.000 0.026 NA   NA
 6091319 6091320 CJD_1464 CJD_1465     TRUE 0.981 5.000 0.434 NA   NA
 6091320 6091321 CJD_1465 CJD_1466   cobB TRUE 0.956 3.000 0.094 1.000 N NA
 6091321 6091322 CJD_1466 CJD_1467 cobB   TRUE 0.845 -3.000 0.017 0.010 N NA
 6091324 6091325 CJD_1469 CJD_1470     TRUE 0.989 -13.000 0.061 1.000 Y NA
 6091325 6091326 CJD_1470 CJD_1471     TRUE 0.993 5.000 0.119 1.000 Y NA
 6091326 6091327 CJD_1471 CJD_1472     TRUE 0.931 10.000 0.030 NA   NA
 6091327 6091328 CJD_1472 CJD_1473   cobQ TRUE 0.887 10.000 0.005 NA   NA
 6091328 6091329 CJD_1473 CJD_1474 cobQ   FALSE 0.013 276.000 0.000 1.000 N NA
 6091329 6091330 CJD_1474 CJD_1475     FALSE 0.179 93.000 0.000 1.000   NA
 6091330 6091331 CJD_1475 CJD_1476     FALSE 0.065 229.000 0.000 NA   NA
 6091331 6091332 CJD_1476 CJD_1477     FALSE 0.072 222.000 0.000 NA   NA
 6091332 6091333 CJD_1477 CJD_1478   mtnN FALSE 0.028 294.000 0.000 NA   NA
 6091334 6091335 CJD_1479 CJD_1480   cfa FALSE 0.152 161.000 0.000 NA   NA
 6091336 6091337 CJD_1481 CJD_1482     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6091337 6091338 CJD_1482 CJD_1483     FALSE 0.023 311.000 0.000 NA   NA
 6091338 6091339 CJD_1483 CJD_1484     FALSE 0.109 191.000 0.000 NA   NA
 6091339 6091340 CJD_1484 CJD_1485   hisK FALSE 0.120 184.000 0.000 NA   NA
 6091341 6091342 CJD_1486 CJD_1487   nadE FALSE 0.010 360.000 0.000 1.000   NA
 6091343 6091344 CJD_1488 CJD_1489     TRUE 0.993 20.000 0.313 NA Y NA
 6091344 6091345 CJD_1489 CJD_1490     FALSE 0.051 180.000 0.000 1.000 N NA
 6091345 6091346 CJD_1490 CJD_1491   rnfG FALSE 0.025 231.000 0.000 1.000 N NA
 6091346 6091347 CJD_1491 CJD_1492 rnfG rnfE TRUE 0.987 18.000 0.091 0.021 Y NA
 6091347 6091348 CJD_1492 CJD_1493 rnfE rnfA TRUE 0.983 31.000 0.237 0.021 Y NA
 6091348 6091349 CJD_1493 CJD_1494 rnfA rnfB TRUE 0.992 17.000 0.221 0.021 Y NA
 6091349 6091350 CJD_1494 CJD_1495 rnfB   FALSE 0.116 64.000 0.000 1.000 N NA
 6091350 6091351 CJD_1495 CJD_1496     FALSE 0.003 460.000 0.000 1.000 N NA
 6091351 6091352 CJD_1496 CJD_1497   fabH TRUE 0.957 2.000 0.098 1.000 N NA
 6091352 6091353 CJD_1497 CJD_1498 fabH fabD TRUE 0.769 97.000 0.000 0.003 Y NA
 6091353 6091354 CJD_1498 CJD_1499 fabD fabG TRUE 0.992 4.000 0.149 0.003 Y NA
 6091354 6091355 CJD_1499 CJD_1500 fabG fabF TRUE 0.994 15.000 0.236 1.000 Y NA
 6091355 6091356 CJD_1500 CJD_1501 fabF accB TRUE 0.991 12.000 0.074 1.000 Y NA
 6091356 6091357 CJD_1501 CJD_1502 accB fabZ TRUE 0.986 3.000 0.047 0.003 Y NA
 6091357 6091358 CJD_1502 CJD_1503 fabZ accC TRUE 0.989 12.000 0.045 1.000 Y NA
 6091358 6091359 CJD_1503 CJD_1504 accC accD TRUE 0.989 -7.000 0.090 0.001 Y NA
 6091359 6091360 CJD_1504 CJD_1505 accD accA TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6091361 6091362 CJD_2845 CJD_2844     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6091362 6091363 CJD_2844 CJD_2842   rrl FALSE 0.240 100.000 0.000 NA   NA
 6091363 6091364 CJD_2842 CJD_2841 rrl   FALSE 0.281 54.000 0.000 NA   NA
 6091364 6091365 CJD_2841 CJD_2840     FALSE 0.021 321.000 0.000 NA   NA
 6091365 6091366 CJD_2840 CJD_2839     TRUE 0.952 181.000 0.472 1.000 Y NA
 6091366 6091367 CJD_2839 CJD_2838     TRUE 0.973 17.000 0.323 NA   NA
 6091369 6091370 CJD_2836 CJD_2835     TRUE 0.961 32.000 0.023 1.000 Y NA
 6091371 6091372 CJD_2834 CJD_2833     TRUE 0.955 9.000 0.079 1.000   NA
 6091373 6091374 CJD_2832 CJD_2831 gcp   TRUE 0.870 15.000 0.004 NA   NA
 6091374 6091375 CJD_2831 CJD_2830     TRUE 0.861 117.000 0.200 NA   NA
 6091375 6091376 CJD_2830 CJD_2829     FALSE 0.025 230.000 0.000 1.000 N NA
 6091376 6091377 CJD_2829 CJD_2828     FALSE 0.062 163.000 0.000 1.000 N NA
 6091378 6091379 CJD_2827 CJD_2826     FALSE 0.274 35.000 0.000 1.000   NA
 6091380 6091381 CJD_2825 CJD_2824     TRUE 0.681 193.000 0.131 NA   NA
 6091383 6091384 CJD_2822 CJD_2821     TRUE 0.979 8.000 0.357 NA   NA
 6091384 6091385 CJD_2821 CJD_2820     TRUE 0.981 16.000 0.800 NA   NA
 6091388 6091389 CJD_2817 CJD_2816     TRUE 0.541 -3.000 0.000 1.000   NA
 6091390 6091391 CJD_2815 CJD_2814     FALSE 0.004 759.000 0.000 NA   NA
 6091391 6091392 CJD_2814 CJD_2813   cphB TRUE 0.820 100.000 0.109 1.000   NA
 6091392 6091393 CJD_2813 CJD_2812 cphB cphA TRUE 0.977 -13.000 0.605 1.000 N NA
 6091393 6091394 CJD_2812 CJD_2811 cphA ispE FALSE 0.457 136.000 0.016 0.080 N NA
 6091394 6091395 CJD_2811 CJD_2810 ispE   TRUE 0.635 70.000 0.009 NA   NA
 6091395 6091396 CJD_2810 CJD_2809     TRUE 0.660 46.000 0.005 NA   NA
 6091396 6091397 CJD_2809 CJD_2808     TRUE 0.829 23.000 0.011 NA   NA
 6091397 6091398 CJD_2808 CJD_2807   pyrG FALSE 0.008 495.000 0.000 NA   NA
 6091398 6091399 CJD_2807 CJD_2806 pyrG rho FALSE 0.039 265.000 0.000 NA   NA
 6091400 6091401 CJD_2805 CJD_2804   rpmE FALSE 0.235 109.000 0.000 NA   NA
 6091402 6091403 CJD_1101 CJD_1102     FALSE 0.185 139.000 0.000 NA   NA
 6091403 6091404 CJD_1102 CJD_1103     FALSE 0.274 57.000 0.000 NA   NA
 6091406 6091407 CJD_1105 CJD_1106     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6091408 6091409 CJD_1107 CJD_1108 fmt   FALSE 0.082 213.000 0.000 NA   NA
 6091409 6091410 CJD_1108 CJD_1109     FALSE 0.240 95.000 0.000 NA   NA
 6091410 6091411 CJD_1109 CJD_1110     FALSE 0.011 404.000 0.000 NA   NA
 6091411 6091412 CJD_1110 CJD_1111   feoB FALSE 0.025 306.000 0.000 NA   NA
 6091412 6091413 CJD_1111 CJD_1112 feoB feoA TRUE 0.986 18.000 0.050 1.000 Y NA
 6091414 6091415 CJD_1113 CJD_1114     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6091415 6091416 CJD_1114 CJD_1115     FALSE 0.433 20.000 0.000 1.000   NA
 6091416 6091417 CJD_1115 CJD_1116     FALSE 0.110 160.000 0.000 1.000   NA
 6091417 6091418 CJD_1116 CJD_1117     FALSE 0.044 255.000 0.000 NA   NA
 6091418 6091419 CJD_1117 CJD_1118     FALSE 0.078 216.000 0.000 NA   NA
 6091419 6091420 CJD_1118 CJD_1119     FALSE 0.019 327.000 0.000 NA   NA
 6091420 6091421 CJD_1119 CJD_1120     FALSE 0.002 282.000 0.000 0.054 N NA
 6091421 6091422 CJD_1120 CJD_1121     TRUE 0.992 5.000 0.122 0.054 Y NA
 6091422 6091423 CJD_1121 CJD_1122     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6091423 6091424 CJD_1122 CJD_1123     FALSE 0.243 88.000 0.000 NA   NA
 6091424 6091425 CJD_1123 CJD_1124     FALSE 0.073 221.000 0.000 NA   NA
 6091425 6091426 CJD_1124 CJD_1125     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6091426 6091427 CJD_1125 CJD_1126     FALSE 0.105 195.000 0.000 NA   NA
 6091427 6091428 CJD_1126 CJD_1127     FALSE 0.179 97.000 0.000 1.000   NA
 6091429 6091430 CJD_1128 CJD_1129     FALSE 0.224 116.000 0.000 NA   NA
 6091431 6091432 CJD_1130 CJD_1131     FALSE 0.018 338.000 0.000 NA   NA
 6091432 6091433 CJD_1131 CJD_1132     FALSE 0.009 442.000 0.000 NA   NA
 6091433 6091434 CJD_1132 CJD_1133     FALSE 0.021 320.000 0.000 NA   NA
 6091434 6091435 CJD_1133 CJD_1134     FALSE 0.213 121.000 0.000 NA   NA
 6091438 6091439 CJD_1137 CJD_1138     TRUE 0.524 257.000 0.462 1.000 N NA
 6091443 6091444 CJD_1141 CJD_1143     FALSE 0.022 317.000 0.000 NA   NA
 6091445 6091446 CJD_1144 CJD_1145     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6091446 6091447 CJD_1145 CJD_1146     FALSE 0.009 456.000 0.000 NA   NA
 6091447 6091448 CJD_1146 CJD_1147     FALSE 0.009 457.000 0.000 NA   NA
 6091449 6091450 CJD_1545 CJD_1544     FALSE 0.041 259.000 0.000 NA   NA
 6091450 6091451 CJD_1544 CJD_1543     TRUE 0.768 105.000 0.064 1.000   NA
 6091451 6091452 CJD_1543 CJD_1542   miaA TRUE 0.900 44.000 0.192 1.000   NA
 6091452 6091453 CJD_1542 CJD_1541 miaA mutL TRUE 0.928 18.000 0.097 0.079 N NA
 6091453 6091454 CJD_1541 CJD_1540 mutL mutS TRUE 0.984 27.000 0.220 0.002 Y NA
 6091454 6091455 CJD_1540 CJD_1539 mutS pflA FALSE 0.015 262.000 0.000 1.000 N NA
 6091455 6091456 CJD_1539 CJD_1538 pflA pflB FALSE 0.030 287.000 0.000 NA   NA
 6091456 6091457 CJD_1538 CJD_1536 pflB   FALSE 0.014 369.000 0.000 NA   NA
 6091457 6091458 CJD_1536 CJD_1535     TRUE 0.950 18.000 0.000 1.000 Y NA
 6091458 6091459 CJD_1535 CJD_1534   citX FALSE 0.153 41.000 0.000 1.000 N NA
 6091459 6091460 CJD_1534 CJD_1533 citX citF FALSE 0.309 19.000 0.000 1.000 N NA
 6091460 6091461 CJD_1533 CJD_1532 citF citE FALSE 0.087 4.000 0.000 0.001 N NA
 6091461 6091462 CJD_1532 CJD_1531 citE citD TRUE 0.968 -12.000 0.537 0.001 N NA
 6091462 6091463 CJD_1531 CJD_1530 citD citC TRUE 0.984 24.000 0.077 1.000 Y NA
 6091464 6091465 CJD_1529 CJD_1528 citG   FALSE 0.138 49.000 0.000 1.000 N NA
 6091466 6091467 CJD_1527 CJD_1526     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6091467 6091468 CJD_1526 CJD_1525     FALSE 0.009 449.000 0.000 NA   NA
 6091468 6091469 CJD_1525 CJD_1524     FALSE 0.007 528.000 0.000 NA   NA
 6091471 6091472 CJD_1522 CJD_1521 ppcA miaB FALSE 0.006 456.000 0.000 1.000   NA
 6091473 6091474 CJD_1520 CJD_1519     FALSE 0.120 184.000 0.000 NA   NA
 6091475 6091476 CJD_1518 CJD_1517     FALSE 0.016 351.000 0.000 NA   NA
 6091478 6091479 CJD_1515 CJD_1514   ispH FALSE 0.103 110.000 0.000 1.000 N NA
 6091479 6091480 CJD_1514 CJD_1513 ispH cmk TRUE 0.948 2.000 0.070 1.000 N NA
 6091480 6091481 CJD_1513 CJD_1512 cmk   TRUE 0.698 122.000 0.039 NA   NA
 6091481 6091482 CJD_1512 CJD_1511     TRUE 0.588 217.000 0.124 NA   NA
 6091482 6091483 CJD_1511 CJD_1510     FALSE 0.378 32.000 0.000 NA   NA
 6091483 6091484 CJD_1510 CJD_1509   rluB TRUE 0.897 6.000 0.008 NA   NA
 6091487 6091488 CJD_2267 CJD_2266     FALSE 0.426 233.000 0.059 NA   NA
 6091488 6091489 CJD_2266 CJD_2265   nusA TRUE 0.975 20.000 0.759 NA   NA
 6091489 6091490 CJD_2265 CJD_2264 nusA   TRUE 0.990 28.000 0.323 NA Y NA
 6091490 6091491 CJD_2264 CJD_2263     TRUE 0.977 -7.000 0.408 NA N NA
 6091491 6091492 CJD_2263 CJD_2262   infB TRUE 0.987 31.000 0.223 NA Y NA
 6091492 6091493 CJD_2262 CJD_2261 infB rbfA TRUE 0.993 22.000 0.530 1.000 Y NA
 6091493 6091494 CJD_2261 CJD_2260 rbfA   TRUE 0.971 4.000 0.173 1.000   NA
 6091494 6091495 CJD_2260 CJD_2259   truB TRUE 0.974 4.000 0.221 1.000   NA
 6091495 6091496 CJD_2259 CJD_2258 truB ribF TRUE 0.975 4.000 0.308 1.000 N NA
 6091496 6091497 CJD_2258 CJD_2257 ribF rpsO TRUE 0.797 116.000 0.119 1.000 N NA
 6091497 6091498 CJD_2257 CJD_2256 rpsO pnpA TRUE 0.976 92.000 0.335 1.000 Y NA
 6091498 6091499 CJD_2256 CJD_2255 pnpA   FALSE 0.500 135.000 0.003 NA   NA
 6091499 6091500 CJD_2255 CJD_2254     TRUE 0.968 14.000 0.148 NA   NA
 6091500 6091501 CJD_2254 CJD_2253   clpP TRUE 0.746 54.000 0.045 1.000 N NA
 6091501 6091502 CJD_2253 CJD_2252 clpP ftsK TRUE 0.653 132.000 0.047 1.000 N NA
 6091502 6091503 CJD_2252 CJD_2251 ftsK   TRUE 0.680 69.000 0.031 1.000 N NA
 6091503 6091504 CJD_2251 CJD_2250   pgsA TRUE 0.959 -16.000 0.132 1.000 N NA
 6091504 6091505 CJD_2250 CJD_2249 pgsA recA FALSE 0.190 136.000 0.000 NA   NA
 6091505 6091506 CJD_2249 CJD_2248 recA   FALSE 0.006 550.000 0.000 NA   NA
 6091506 6091507 CJD_2248 CJD_2247   spoVS FALSE 0.334 218.000 0.016 NA   NA
 6091507 6091508 CJD_2247 CJD_2246 spoVS aspB FALSE 0.161 153.000 0.000 NA   NA
 6091508 6091509 CJD_2246 CJD_2245 aspB   TRUE 0.708 95.000 0.047 1.000 N NA
 6091509 6091510 CJD_2245 CJD_2244   purB FALSE 0.137 243.000 0.002 1.000 N NA
 6091510 6091511 CJD_2244 CJD_2243 purB   FALSE 0.012 283.000 0.000 1.000 N NA
 6091513 6091514 CJD_2241 CJD_2240     FALSE 0.066 204.000 0.000 1.000   NA
 6091514 6091515 CJD_2240 CJD_2239     FALSE 0.104 166.000 0.000 1.000   NA
 6091518 6091519 CJD_2236 CJD_2235     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6091520 6091521 CJD_3318 CJD_3317 rpmH rnpA TRUE 0.921 61.000 0.787 1.000   NA
 6091521 6091522 CJD_3317 CJD_3316 rnpA   TRUE 0.980 -28.000 0.540 NA   NA
 6091522 6091523 CJD_3316 CJD_3315   oxaA TRUE 0.944 34.000 0.461 NA   NA
 6091523 6091524 CJD_3315 CJD_3314 oxaA   TRUE 0.913 42.000 0.254 1.000   NA
 6091524 6091525 CJD_3314 CJD_3313   trmE FALSE 0.208 342.000 0.116 1.000   NA
 6091525 6091526 CJD_3313 CJD_3312 trmE gidA TRUE 0.972 15.000 0.266 1.000   NA
 6091526 6091527 CJD_3312 CJD_3311 gidA gidB TRUE 0.786 177.000 0.466 1.000 N NA
 6091527 6091528 CJD_3311 CJD_3310 gidB soj TRUE 0.520 251.000 0.339 1.000 N NA
 6091528 6091529 CJD_3310 CJD_3309 soj   TRUE 0.981 1.000 0.827 1.000 N NA
 6091529 6091530 CJD_3309 CJD_3308     TRUE 0.806 49.000 0.047 NA   NA
 6091531 6091532 CJD_3307 CJD_3306 yyaC   TRUE 0.820 50.000 0.058 NA   NA
 6091534 6091535 CJD_3304 CJD_3303 ytvI   TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6091535 6091536 CJD_3303 CJD_3302     TRUE 0.994 12.000 0.148 1.000 Y NA
 6091537 6091538 CJD_3301 CJD_3300     TRUE 0.903 33.000 0.105 NA   NA
 6091538 6091539 CJD_3300 CJD_3299     TRUE 0.898 37.000 0.121 NA   NA
 6091539 6091540 CJD_3299 CJD_3298   rpsF TRUE 0.628 141.000 0.028 NA   NA
 6091540 6091541 CJD_3298 CJD_3297 rpsF ssb FALSE 0.377 14.000 0.000 1.000 N NA
 6091541 6091542 CJD_3297 CJD_3296 ssb rpsR FALSE 0.194 31.000 0.000 1.000 N NA
 6091542 6091543 CJD_3296 CJD_3295 rpsR   FALSE 0.160 283.000 0.015 NA   NA
 6091543 6091544 CJD_3295 CJD_3294     TRUE 0.955 18.000 0.116 NA   NA
 6091544 6091545 CJD_3294 CJD_3293     TRUE 0.929 33.000 0.210 NA   NA
 6091545 6091546 CJD_3293 CJD_3292   rplI TRUE 0.961 2.000 0.119 1.000 N NA
 6091546 6091547 CJD_3292 CJD_3291 rplI   TRUE 0.893 16.000 0.024 1.000 N NA
 6091547 6091548 CJD_3291 CJD_3290   dnaB FALSE 0.067 416.000 0.053 0.078 N NA
 6091548 6091549 CJD_3290 CJD_3289 dnaB proC FALSE 0.052 178.000 0.000 1.000 N NA
 6091549 6091550 CJD_3289 CJD_3288 proC   FALSE 0.011 288.000 0.000 1.000 N NA
 6091550 6091551 CJD_3288 CJD_3287     TRUE 0.827 47.000 0.000 0.009 Y NA
 6091551 6091552 CJD_3287 CJD_3286     TRUE 0.950 0.000 0.000 0.009 Y NA
 6091552 6091553 CJD_3286 CJD_3285     TRUE 0.629 173.000 0.000 0.009 Y NA
 6091553 6091554 CJD_3285 CJD_3284     FALSE 0.481 17.000 0.000 NA N NA
 6091554 6091555 CJD_3284 CJD_3283     FALSE 0.133 137.000 0.000 NA N NA
 6091556 6091557 CJD_3282 CJD_3281     FALSE 0.294 20.000 0.000 1.000 N NA
 6091557 6091558 CJD_3281 CJD_3280   sdhA FALSE 0.023 236.000 0.000 1.000 N NA
 6091558 6091559 CJD_3280 CJD_3279 sdhA sdhB TRUE 0.948 1.000 0.000 0.001 Y NA
 6091560 6091561 CJD_3278 CJD_3277 purA   FALSE 0.087 128.000 0.000 1.000 N NA
 6091561 6091562 CJD_3277 CJD_3276     FALSE 0.235 110.000 0.000 NA   NA
 6091566 6091567 CJD_0019 CJD_0020     TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6091567 6091568 CJD_0020 CJD_0021   serS FALSE 0.120 184.000 0.000 NA   NA
 6091568 6091569 CJD_0021 CJD_0022 serS   FALSE 0.034 247.000 0.000 1.000   NA
 6091569 6091570 CJD_0022 CJD_0025     FALSE 0.013 377.000 0.000 NA   NA
 6091575 6091576 CJD_0032 CJD_0033   yhaM TRUE 0.995 14.000 0.431 0.021 Y NA
 6091577 6091578 CJD_0034 CJD_0035   pepT FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6091578 6091579 CJD_0035 CJD_0036 pepT   TRUE 0.975 -3.000 0.349 1.000 N NA
 6091579 6091580 CJD_0036 CJD_0038     FALSE 0.096 174.000 0.000 1.000   NA
 6091580 6091581 CJD_0038 CJD_0039   psd FALSE 0.009 380.000 0.000 1.000   NA
 6091581 6091582 CJD_0039 CJD_0040 psd   FALSE 0.023 237.000 0.000 1.000 N NA
 6091584 6091585 CJD_1979 CJD_1980     FALSE 0.017 307.000 0.000 1.000   NA
 6091586 6091587 CJD_1981 CJD_1982     FALSE 0.486 205.000 0.044 NA   NA
 6091587 6091588 CJD_1982 CJD_1983     FALSE 0.053 241.000 0.000 NA   NA
 6091589 6091590 CJD_1984 CJD_1985   pcp TRUE 0.931 0.000 0.029 NA   NA
 6091590 6091591 CJD_1985 CJD_1986 pcp   TRUE 0.931 36.000 0.300 NA   NA
 6091591 6091592 CJD_1986 CJD_1987     TRUE 0.984 13.000 0.939 NA   NA
 6091592 6091593 CJD_1987 CJD_1988   clpB FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6091594 6091595 CJD_1816 CJD_1815     FALSE 0.058 237.000 0.000 NA   NA
 6091595 6091596 CJD_1815 CJD_1814     TRUE 0.894 81.000 0.286 NA   NA
 6091596 6091597 CJD_1814 CJD_1813     FALSE 0.241 92.000 0.000 NA   NA
 6091599 6091600 CJD_1811 CJD_1810   rnz FALSE 0.170 113.000 0.000 1.000   NA
 6091600 6091601 CJD_1810 CJD_1809 rnz   FALSE 0.184 84.000 0.000 1.000   NA
 6091601 6091602 CJD_1809 CJD_1808     FALSE 0.004 1012.000 0.000 NA   NA
 6091602 6091603 CJD_1808 CJD_1807     FALSE 0.011 402.000 0.000 NA   NA
 6091605 6091606 CJD_1805 CJD_1804     FALSE 0.144 166.000 0.000 NA   NA
 6091606 6091607 CJD_1804 CJD_1803     FALSE 0.187 138.000 0.000 NA   NA
 6091610 6091611 CJD_1800 CJD_1799 fba   FALSE 0.240 95.000 0.000 NA   NA
 6091611 6091612 CJD_1799 CJD_1798     TRUE 0.969 -3.000 0.137 NA   NA
 6091614 6091615 CJD_1796 CJD_1795 galT galK TRUE 0.767 87.000 0.000 0.001 Y NA
 6091617 6091618 CJD_1793 CJD_1792 mglC mglA TRUE 0.996 -28.000 0.905 1.000 Y NA
 6091618 6091619 CJD_1792 CJD_1791 mglA   FALSE 0.253 75.000 0.000 NA   NA
 6091620 6091621 CJD_3235 CJD_3236     FALSE 0.201 129.000 0.000 NA   NA
 6091621 6091622 CJD_3236 CJD_3237     TRUE 0.971 23.000 0.833 NA   NA
 6091622 6091623 CJD_3237 CJD_3238     FALSE 0.016 353.000 0.000 NA   NA
 6091623 6091624 CJD_3238 CJD_3239     FALSE 0.080 214.000 0.000 NA   NA
 6091624 6091625 CJD_3239 CJD_3240     FALSE 0.189 137.000 0.000 NA   NA
 6091625 6091626 CJD_3240 CJD_3241     FALSE 0.210 124.000 0.000 NA   NA
 6091626 6091627 CJD_3241 CJD_3242     FALSE 0.045 253.000 0.000 NA   NA
 6091629 6091630 CJD_3244 CJD_3245     FALSE 0.051 244.000 0.000 NA   NA
 6091632 6091633 CJD_3247 CJD_3248     FALSE 0.133 174.000 0.000 NA   NA
 6091633 6091634 CJD_3248 CJD_3249     FALSE 0.014 365.000 0.000 NA   NA
 6091634 6091635 CJD_3249 CJD_3250     FALSE 0.051 245.000 0.000 NA   NA
 6091635 6091636 CJD_3250 CJD_3251     FALSE 0.063 231.000 0.000 NA   NA
 6091636 6091637 CJD_3251 CJD_3252     FALSE 0.237 106.000 0.000 NA   NA
 6091637 6091638 CJD_3252 CJD_3253     TRUE 0.854 144.000 0.357 NA   NA
 6091638 6091639 CJD_3253 CJD_3254     TRUE 0.902 16.000 0.016 NA   NA
 6091639 6091640 CJD_3254 CJD_3255   murA TRUE 0.902 23.000 0.058 1.000   NA
 6091641 6091642 CJD_3256 CJD_3257     TRUE 0.541 195.000 0.049 NA   NA
 6091642 6091643 CJD_3257 CJD_3258     TRUE 0.897 56.000 0.220 NA   NA
 6091643 6091644 CJD_3258 CJD_3259     TRUE 0.749 166.000 0.129 NA   NA
 6091646 6091647 CJD_3261 CJD_3262     TRUE 0.988 -3.000 0.033 NA Y NA
 6091648 6091649 CJD_3263 CJD_3264     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6091649 6091650 CJD_3264 CJD_3265     TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6091650 6091651 CJD_3265 CJD_3266     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6091651 6091652 CJD_3266 CJD_3267     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6091652 6091653 CJD_3267 CJD_3268     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6091653 6091654 CJD_3268 CJD_3269     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6091654 6091655 CJD_3269 CJD_3270     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6091655 6091656 CJD_3270 CJD_3271     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6091656 6091657 CJD_3271 CJD_3272     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6091657 6091658 CJD_3272 CJD_3273     FALSE 0.101 198.000 0.000 NA   NA
 6091661 6091662 CJD_A0549 CJD_A0550     FALSE 0.082 213.000 0.000 NA   NA
 6091662 6091663 CJD_A0550 CJD_A0551     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6091664 6091665 CJD_A0552 CJD_A0553     TRUE 0.985 0.000 1.000 NA   NA
 6091665 6091666 CJD_A0553 CJD_A0554     FALSE 0.168 149.000 0.000 NA   NA
 6091667 6091668 CJD_A0555 CJD_A0556     FALSE 0.257 66.000 0.000 NA   NA
 6091668 6091669 CJD_A0556 CJD_A0557     FALSE 0.010 432.000 0.000 NA   NA
 6091669 6091670 CJD_A0557 CJD_A0558     FALSE 0.256 68.000 0.000 NA   NA
 6091670 6091671 CJD_A0558 CJD_A0560     FALSE 0.259 64.000 0.000 NA   NA
 6091671 6091672 CJD_A0560 CJD_A0561     FALSE 0.137 171.000 0.000 NA   NA
 6091672 6091673 CJD_A0561 CJD_A0562     FALSE 0.146 165.000 0.000 NA   NA
 6091673 6091674 CJD_A0562 CJD_A0563     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6091674 6091675 CJD_A0563 CJD_A0564     FALSE 0.004 914.000 0.000 NA   NA
 6091676 6091677 CJD_A0565 CJD_A0566     FALSE 0.202 345.000 0.000 1.000 Y NA
 6091679 6091680 CJD_A0568 CJD_A0569     FALSE 0.272 58.000 0.000 NA   NA
 6091680 6091681 CJD_A0569 CJD_A0570     FALSE 0.378 32.000 0.000 NA   NA
 6091683 6091684 CJD_A0572 CJD_A0573     FALSE 0.191 135.000 0.000 NA   NA
 6091684 6091685 CJD_A0573 CJD_A0574     FALSE 0.080 214.000 0.000 NA   NA
 6091685 6091686 CJD_A0574 CJD_A0575     FALSE 0.107 192.000 0.000 NA   NA
 6091687 6091688 CJD_A0576 CJD_A0577     FALSE 0.017 341.000 0.000 NA   NA
 6091688 6091689 CJD_A0577 CJD_A0578     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6091689 6091690 CJD_A0578 CJD_A0579     FALSE 0.015 354.000 0.000 NA   NA
 6091690 6091691 CJD_A0579 CJD_A0580     FALSE 0.124 181.000 0.000 NA   NA
 6091693 6091694 CJD_0731 CJD_0729 rrl rrs FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6091694 6091695 CJD_0729 CJD_0728 rrs   FALSE 0.008 459.000 0.000 NA   NA
 6091695 6091696 CJD_0728 CJD_0727     FALSE 0.020 290.000 0.000 1.000   NA
 6091696 6091697 CJD_0727 CJD_0726     FALSE 0.010 305.000 0.000 1.000 N NA
 6091697 6091698 CJD_0726 CJD_0725     FALSE 0.005 378.000 0.000 1.000 N NA
 6091701 6091702 CJD_0722 CJD_0721   fruK TRUE 0.996 0.000 0.721 1.000 Y NA
 6091702 6091703 CJD_0721 CJD_0720 fruK fruA TRUE 0.997 4.000 0.816 1.000 Y NA
 6091704 6091705 CJD_0719 CJD_0718     TRUE 0.989 -7.000 0.041 NA Y NA
 6091705 6091706 CJD_0718 CJD_0717     FALSE 0.021 286.000 0.000 NA N NA
 6091706 6091707 CJD_0717 CJD_0716     FALSE 0.062 163.000 0.000 1.000 N NA
 6091707 6091708 CJD_0716 CJD_0715     TRUE 0.958 -10.000 0.087 NA   NA
 6091708 6091709 CJD_0715 CJD_0714     FALSE 0.060 236.000 0.000 NA   NA
 6091709 6091710 CJD_0714 CJD_0713     TRUE 0.995 2.000 0.512 0.018 Y NA
 6091710 6091711 CJD_0713 CJD_0712     TRUE 0.972 79.000 0.366 0.018 Y NA
 6091711 6091712 CJD_0712 CJD_0711     FALSE 0.067 153.000 0.000 1.000 N NA
 6091712 6091713 CJD_0711 CJD_0710     TRUE 0.948 13.000 0.000 0.011 Y NA
 6091713 6091714 CJD_0710 CJD_0709     FALSE 0.008 392.000 0.000 1.000   NA
 6091714 6091715 CJD_0709 CJD_0708     FALSE 0.028 293.000 0.000 NA   NA
 6091715 6091716 CJD_0708 CJD_0707     FALSE 0.005 662.000 0.000 NA   NA
 6091717 6091718 CJD_1304 CJD_1305   hpkA TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6091720 6091721 CJD_1307 CJD_1308     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6091721 6091722 CJD_1308 CJD_1309     FALSE 0.133 174.000 0.000 NA   NA
 6091722 6091723 CJD_1309 CJD_1310     FALSE 0.054 217.000 0.000 1.000   NA
 6091723 6091724 CJD_1310 CJD_1311     FALSE 0.034 211.000 0.000 1.000 N NA
 6091724 6091725 CJD_1311 CJD_1312     TRUE 0.906 56.000 0.286 NA   NA
 6091725 6091726 CJD_1312 CJD_1313     TRUE 0.976 11.000 0.231 NA   NA
 6091727 6091728 CJD_1314 CJD_1315     FALSE 0.239 102.000 0.000 NA   NA
 6091728 6091729 CJD_1315 CJD_1316     FALSE 0.107 192.000 0.000 NA   NA
 6091732 6091733 CJD_1319 CJD_1320     FALSE 0.065 229.000 0.000 NA   NA
 6091733 6091734 CJD_1320 CJD_1321     FALSE 0.185 83.000 0.000 1.000   NA
 6091734 6091735 CJD_1321 CJD_1322     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.052   NA
 6091735 6091736 CJD_1322 CJD_1323   kdpA FALSE 0.004 422.000 0.000 1.000 N NA
 6091736 6091737 CJD_1323 CJD_1324 kdpA kdpB TRUE 0.990 14.000 0.112 0.001 Y NA
 6091737 6091738 CJD_1324 CJD_1325 kdpB kdpC TRUE 0.995 15.000 0.877 0.001 Y NA
 6091738 6091739 CJD_1325 CJD_1326 kdpC kdpD FALSE 0.083 12.000 0.000 0.054 N NA
 6091739 6091740 CJD_1326 CJD_1327 kdpD kdpE TRUE 0.991 -25.000 0.081 1.000 Y NA
 6091740 6091741 CJD_1327 CJD_1328 kdpE   TRUE 0.552 2.000 0.000 1.000   NA
 6091741 6091742 CJD_1328 CJD_1329     FALSE 0.052 243.000 0.000 NA   NA
 6091744 6091745 CJD_1331 CJD_1332     FALSE 0.233 111.000 0.000 NA   NA
 6091747 6091748 CJD_1770 CJD_1769   plsD FALSE 0.339 38.000 0.000 NA   NA
 6091748 6091749 CJD_1769 CJD_1768 plsD nth TRUE 0.870 12.000 0.011 1.000 N NA
 6091751 6091752 CJD_1766 CJD_1765   ddl FALSE 0.014 120.000 0.000 0.076 N NA
 6091752 6091753 CJD_1765 CJD_1764 ddl   TRUE 0.832 74.000 0.000 1.000 Y NA
 6091753 6091754 CJD_1764 CJD_1763     TRUE 0.790 165.000 0.333 1.000 N NA
 6091754 6091755 CJD_1763 CJD_1762     FALSE 0.010 158.000 0.000 0.016   NA
 6091755 6091756 CJD_1762 CJD_1761     FALSE 0.180 89.000 0.000 1.000   NA
 6091756 6091757 CJD_1761 CJD_1760     TRUE 0.904 15.000 0.016 NA   NA
 6091757 6091758 CJD_1760 CJD_1759     FALSE 0.241 91.000 0.000 NA   NA
 6091758 6091759 CJD_1759 CJD_1757     FALSE 0.005 602.000 0.000 NA   NA
 6091759 6091760 CJD_1757 CJD_1756     TRUE 0.981 -19.000 0.639 NA   NA
 6091760 6091761 CJD_1756 CJD_1755   rpoN FALSE 0.046 252.000 0.000 NA   NA
 6091761 6091762 CJD_1755 CJD_1754 rpoN   TRUE 0.768 227.000 0.034 1.000 Y NA
 6091762 6091763 CJD_1754 CJD_1753   gap TRUE 0.755 92.000 0.067 1.000 N NA
 6091763 6091764 CJD_1753 CJD_1752 gap pgk TRUE 0.829 144.000 0.005 0.004 Y NA
 6091764 6091765 CJD_1752 CJD_1751 pgk tpiA TRUE 0.832 244.000 0.141 1.000 Y NA
 6091765 6091766 CJD_1751 CJD_1750 tpiA gpmI TRUE 0.960 125.000 0.138 1.000 Y NA
 6091766 6091767 CJD_1750 CJD_1749 gpmI   FALSE 0.002 572.000 0.000 1.000 N NA
 6091767 6091768 CJD_1749 CJD_1748     FALSE 0.099 200.000 0.000 NA   NA
 6091768 6091769 CJD_1748 CJD_1747   eno FALSE 0.014 367.000 0.000 NA   NA
 6091769 6091770 CJD_1747 CJD_1746 eno   FALSE 0.004 1450.000 0.000 NA   NA
 6091771 6091772 CJD_A0365 CJD_A0369 rrs rrl FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6091772 6091773 CJD_A0369 CJD_A0370 rrl rrf FALSE 0.240 95.000 0.000 NA   NA
 6091773 6091774 CJD_A0370 CJD_A0371 rrf   TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6091774 6091775 CJD_A0371 CJD_A0372     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6091775 6091776 CJD_A0372 CJD_A0373     FALSE 0.004 772.000 0.000 NA   NA
 6091776 6091777 CJD_A0373 CJD_A0374     FALSE 0.205 127.000 0.000 NA   NA
 6091777 6091778 CJD_A0374 CJD_A0375   glgB FALSE 0.018 335.000 0.000 NA   NA
 6091778 6091779 CJD_A0375 CJD_A0376 glgB   TRUE 0.873 43.000 0.000 1.000 Y NA
 6091779 6091780 CJD_A0376 CJD_A0377     TRUE 0.984 30.000 0.143 1.000 Y NA
 6091780 6091781 CJD_A0377 CJD_A0378     TRUE 0.963 96.000 0.186 0.018 Y NA
 6091781 6091782 CJD_A0378 CJD_A0379     FALSE 0.278 55.000 0.000 NA   NA
 6091782 6091783 CJD_A0379 CJD_A0380   glgC FALSE 0.066 228.000 0.000 NA   NA
 6091783 6091784 CJD_A0380 CJD_A0381 glgC glgD TRUE 0.984 30.000 0.309 0.001 Y NA
 6091784 6091785 CJD_A0381 CJD_A0382 glgD   FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6091787 6091788 CJD_A0384 CJD_A0386   rrs FALSE 0.004 771.000 0.000 NA   NA
 6091788 6091789 CJD_A0386 CJD_A0390 rrs rrl FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6091790 6091791 CJD_1561 CJD_1562     FALSE 0.011 352.000 0.000 1.000   NA
 6091795 6091796 CJD_1566 CJD_1567     FALSE 0.299 49.000 0.000 NA   NA
 6091796 6091797 CJD_1567 CJD_1568   pyrE FALSE 0.156 158.000 0.000 NA   NA
 6091797 6091798 CJD_1568 CJD_1569 pyrE pyrD TRUE 0.922 150.000 0.060 1.000 Y NA
 6091798 6091799 CJD_1569 CJD_1570 pyrD pyrK TRUE 0.968 20.000 0.592 1.000 N NA
 6091799 6091800 CJD_1570 CJD_1571 pyrK pyrF TRUE 0.889 25.000 0.112 0.002 N NA
 6091800 6091801 CJD_1571 CJD_1572 pyrF pyrC TRUE 0.991 10.000 0.064 1.000 Y NA
 6091801 6091802 CJD_1572 CJD_1573 pyrC   TRUE 0.887 22.000 0.032 NA   NA
 6091802 6091803 CJD_1573 CJD_1574   pyrB TRUE 0.975 5.000 0.197 NA   NA
 6091803 6091804 CJD_1574 CJD_1575 pyrB   FALSE 0.004 410.000 0.000 1.000 N NA
 6091804 6091805 CJD_1575 CJD_1576     FALSE 0.306 235.000 0.036 1.000 N NA
 6091805 6091806 CJD_1576 CJD_1577     FALSE 0.013 279.000 0.000 1.000 N NA
 6091806 6091807 CJD_1577 CJD_1578     TRUE 0.978 -3.000 0.667 0.051   NA
 6091807 6091808 CJD_1578 CJD_1579     FALSE 0.186 82.000 0.000 1.000   NA
 6091808 6091809 CJD_1579 CJD_1580   manA FALSE 0.016 260.000 0.000 1.000 N NA
 6091810 6091811 CJD_1581 CJD_1582     TRUE 0.977 18.000 0.796 1.000   NA
 6091811 6091812 CJD_1582 CJD_1583     FALSE 0.046 251.000 0.000 NA   NA
 6091812 6091813 CJD_1583 CJD_1584     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6091816 6091817 CJD_1587 CJD_1588     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6091817 6091818 CJD_1588 CJD_1589     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6091818 6091819 CJD_1589 CJD_1590     FALSE 0.009 456.000 0.000 NA   NA
 6091820 6091821 CJD_1591 CJD_1592     FALSE 0.012 391.000 0.000 NA   NA
 6091823 6091824 CJD_1427 CJD_1428 aspD   FALSE 0.195 132.000 0.000 NA   NA
 6091825 6091826 CJD_1429 CJD_1430   hprK TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6091826 6091827 CJD_1430 CJD_1431 hprK   FALSE 0.311 45.000 0.000 NA   NA
 6091827 6091828 CJD_1431 CJD_1432     FALSE 0.005 612.000 0.000 NA   NA
 6091828 6091829 CJD_1432 CJD_1433     FALSE 0.256 67.000 0.000 NA   NA
 6091829 6091830 CJD_1433 CJD_1434     FALSE 0.107 193.000 0.000 NA   NA
 6091830 6091831 CJD_1434 CJD_1435   mgsA FALSE 0.058 169.000 0.000 1.000 N NA
 6091831 6091832 CJD_1435 CJD_1436 mgsA   FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6091832 6091833 CJD_1436 CJD_1437     FALSE 0.207 126.000 0.000 NA   NA
 6091833 6091834 CJD_1437 CJD_1438     FALSE 0.246 84.000 0.000 NA   NA
 6091834 6091835 CJD_1438 CJD_1439     FALSE 0.316 44.000 0.000 NA   NA
 6091836 6091837 CJD_1440 CJD_1441     FALSE 0.092 205.000 0.000 NA   NA
 6091838 6091839 CJD_1442 CJD_1443 pabA pabB TRUE 0.995 6.000 0.250 1.000 Y NA
 6091839 6091840 CJD_1443 CJD_1444 pabB   TRUE 0.982 18.000 0.027 1.000 Y NA
 6091840 6091841 CJD_1444 CJD_1445   folE TRUE 0.981 15.000 0.011 1.000 Y NA
 6091841 6091842 CJD_1445 CJD_1446 folE   TRUE 0.914 25.000 0.081 1.000   NA
 6091842 6091843 CJD_1446 CJD_1447   folP TRUE 0.979 13.000 0.533 1.000   NA
 6091843 6091844 CJD_1447 CJD_1448 folP folBK TRUE 0.979 13.000 0.019 0.002 Y NA
 6091846 6091847 CJD_1450 CJD_1452     FALSE 0.016 353.000 0.000 NA   NA
 6091850 6091851 CJD_1453 CJD_1455   crcB TRUE 0.905 20.000 0.038 NA   NA
 6091853 6091854 CJD_A0391 CJD_A0392     FALSE 0.151 162.000 0.000 NA   NA
 6091854 6091855 CJD_A0392 CJD_A0393     TRUE 0.604 -27.000 0.000 NA   NA
 6091856 6091857 CJD_A0394 CJD_A0395     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6091857 6091858 CJD_A0395 CJD_A0396     FALSE 0.258 65.000 0.000 NA   NA
 6091858 6091859 CJD_A0396 CJD_A0397     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6091860 6091861 CJD_A0398 CJD_A0399     FALSE 0.140 169.000 0.000 NA   NA
 6091861 6091862 CJD_A0399 CJD_A0400     FALSE 0.176 145.000 0.000 NA   NA
 6091863 6091864 CJD_A0401 CJD_A0402     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6091864 6091865 CJD_A0402 CJD_A0403     FALSE 0.240 97.000 0.000 NA   NA
 6091865 6091866 CJD_A0403 CJD_A0404     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6091866 6091867 CJD_A0404 CJD_A0405     FALSE 0.148 164.000 0.000 NA   NA
 6091868 6091869 CJD_A0406 CJD_A0407     FALSE 0.078 216.000 0.000 NA   NA
 6091869 6091870 CJD_A0407 CJD_A0408     FALSE 0.066 228.000 0.000 NA   NA
 6091870 6091871 CJD_A0408 CJD_A0409     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6091871 6091872 CJD_A0409 CJD_A0410     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6091872 6091873 CJD_A0410 CJD_A0411     FALSE 0.016 351.000 0.000 NA   NA
 6091873 6091874 CJD_A0411 CJD_A0412     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6091874 6091875 CJD_A0412 CJD_A0413     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6091875 6091876 CJD_A0413 CJD_A0414     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6091876 6091877 CJD_A0414 CJD_A0415     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6091877 6091878 CJD_A0415 CJD_A0416     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6091878 6091879 CJD_A0416 CJD_A0417     FALSE 0.109 191.000 0.000 NA   NA
 6091879 6091880 CJD_A0417 CJD_A0418     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6091880 6091881 CJD_A0418 CJD_A0419     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6091881 6091882 CJD_A0419 CJD_A0420     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6091883 6091884 CJD_A0526 CJD_A0527     FALSE 0.048 248.000 0.000 NA   NA
 6091884 6091885 CJD_A0527 CJD_A0528     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6091885 6091886 CJD_A0528 CJD_A0529     FALSE 0.190 70.000 0.000 1.000   NA
 6091886 6091887 CJD_A0529 CJD_A0530     FALSE 0.180 89.000 0.000 1.000   NA
 6091887 6091888 CJD_A0530 CJD_A0531     FALSE 0.130 143.000 0.000 1.000   NA
 6091888 6091889 CJD_A0531 CJD_A0532     FALSE 0.016 160.000 0.000 0.050   NA
 6091890 6091891 CJD_A0533 CJD_A0534     FALSE 0.074 220.000 0.000 NA   NA
 6091891 6091892 CJD_A0534 CJD_A0535     TRUE 0.984 4.000 0.889 1.000   NA
 6091892 6091893 CJD_A0535 CJD_A0536     FALSE 0.014 368.000 0.000 NA   NA
 6091893 6091894 CJD_A0536 CJD_A0537     FALSE 0.008 484.000 0.000 NA   NA
 6091894 6091895 CJD_A0537 CJD_A0538     FALSE 0.245 85.000 0.000 NA   NA
 6091895 6091896 CJD_A0538 CJD_A0539     FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6091897 6091898 CJD_A0540 CJD_A0541     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6091898 6091899 CJD_A0541 CJD_A0542     FALSE 0.187 138.000 0.000 NA   NA
 6091900 6091901 CJD_A0543 CJD_A0544     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6091901 6091902 CJD_A0544 CJD_A0545     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6091903 6091904 CJD_A0546 CJD_A0547     FALSE 0.062 235.000 0.000 NA   NA
 6091906 6091907 CJD_0674 CJD_0675   treR FALSE 0.039 265.000 0.000 NA   NA
 6091909 6091910 CJD_0677 CJD_0678   ribD FALSE 0.004 567.000 0.000 1.000   NA
 6091910 6091911 CJD_0678 CJD_0679 ribD ribE TRUE 0.994 19.000 0.456 1.000 Y NA
 6091911 6091912 CJD_0679 CJD_0680 ribE ribA TRUE 0.913 153.000 0.051 1.000 Y NA
 6091912 6091913 CJD_0680 CJD_0681 ribA ribE TRUE 0.915 127.000 0.054 0.001 Y NA
 6091914 6091915 CJD_0682 CJD_0683     FALSE 0.239 104.000 0.000 NA   NA
 6091916 6091917 CJD_0684 CJD_0685     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6091917 6091918 CJD_0685 CJD_0686     FALSE 0.354 35.000 0.000 NA   NA
 6091918 6091919 CJD_0686 CJD_0687     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6091919 6091920 CJD_0687 CJD_0688     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6091920 6091921 CJD_0688 CJD_0689     TRUE 0.603 -28.000 0.000 NA   NA
 6091921 6091922 CJD_0689 CJD_0690     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6091922 6091923 CJD_0690 CJD_0691     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6091923 6091924 CJD_0691 CJD_0692     FALSE 0.103 196.000 0.000 NA   NA
 6091924 6091925 CJD_0692 CJD_0693     FALSE 0.256 67.000 0.000 NA   NA
 6091925 6091926 CJD_0693 CJD_0694     FALSE 0.299 49.000 0.000 NA   NA
 6091926 6091927 CJD_0694 CJD_0695     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6091927 6091928 CJD_0695 CJD_0696     FALSE 0.027 297.000 0.000 NA   NA
 6091928 6091929 CJD_0696 CJD_0697     FALSE 0.224 116.000 0.000 NA   NA
 6091929 6091930 CJD_0697 CJD_0698     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6091930 6091931 CJD_0698 CJD_0699     FALSE 0.168 149.000 0.000 NA   NA
 6091931 6091932 CJD_0699 CJD_0700     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6091932 6091933 CJD_0700 CJD_0701     FALSE 0.236 108.000 0.000 NA   NA
 6091933 6091934 CJD_0701 CJD_0702     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6091934 6091935 CJD_0702 CJD_0703     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6091935 6091936 CJD_0703 CJD_0704     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6091936 6091937 CJD_0704 CJD_0705     FALSE 0.241 44.000 0.000 1.000   NA
 6091937 6091938 CJD_0705 CJD_0706     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6091939 6091940 CJD_A0328 CJD_A0329     FALSE 0.103 196.000 0.000 NA   NA
 6091940 6091941 CJD_A0329 CJD_A0330     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6091941 6091942 CJD_A0330 CJD_A0331     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6091942 6091943 CJD_A0331 CJD_A0332     FALSE 0.026 298.000 0.000 NA   NA
 6091943 6091944 CJD_A0332 CJD_A0333     FALSE 0.224 116.000 0.000 NA   NA
 6091944 6091945 CJD_A0333 CJD_A0334     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6091945 6091946 CJD_A0334 CJD_A0335     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6091946 6091947 CJD_A0335 CJD_A0336     FALSE 0.236 108.000 0.000 NA   NA
 6091947 6091948 CJD_A0336 CJD_A0337     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6091948 6091949 CJD_A0337 CJD_A0338     FALSE 0.213 121.000 0.000 NA   NA
 6091949 6091950 CJD_A0338 CJD_A0339     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6091950 6091951 CJD_A0339 CJD_A0340     FALSE 0.241 44.000 0.000 1.000   NA
 6091951 6091952 CJD_A0340 CJD_A0341     FALSE 0.026 40.000 0.000 0.018   NA
 6091952 6091953 CJD_A0341 CJD_A0342     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6091953 6091954 CJD_A0342 CJD_A0343     FALSE 0.084 212.000 0.000 NA   NA
 6091954 6091955 CJD_A0343 CJD_A0344     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6091955 6091956 CJD_A0344 CJD_A0345     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6091956 6091957 CJD_A0345 CJD_A0346     FALSE 0.131 175.000 0.000 NA   NA
 6091957 6091958 CJD_A0346 CJD_A0347     FALSE 0.390 31.000 0.000 NA   NA
 6091958 6091959 CJD_A0347 CJD_A0348     FALSE 0.241 93.000 0.000 NA   NA
 6091959 6091960 CJD_A0348 CJD_A0349     FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6091960 6091961 CJD_A0349 CJD_A0350     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6091961 6091962 CJD_A0350 CJD_A0351     FALSE 0.047 250.000 0.000 NA   NA
 6091962 6091963 CJD_A0351 CJD_A0352     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6091963 6091964 CJD_A0352 CJD_A0353     FALSE 0.237 106.000 0.000 NA   NA
 6091964 6091965 CJD_A0353 CJD_A0354     FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6091965 6091966 CJD_A0354 CJD_A0355     TRUE 0.543 19.000 0.000 NA   NA
 6091966 6091967 CJD_A0355 CJD_A0356     FALSE 0.288 51.000 0.000 NA   NA
 6091967 6091968 CJD_A0356 CJD_A0357     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6091968 6091969 CJD_A0357 CJD_A0358     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6091969 6091970 CJD_A0358 CJD_A0359     FALSE 0.244 86.000 0.000 NA   NA
 6091970 6091971 CJD_A0359 CJD_A0360     FALSE 0.311 45.000 0.000 NA   NA
 6091971 6091972 CJD_A0360 CJD_A0361     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6091972 6091973 CJD_A0361 CJD_A0362     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6091973 6091974 CJD_A0362 CJD_A0363     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6091976 6091977 CJD_0339 CJD_0340     TRUE 0.939 3.000 0.078 0.003   NA
 6091977 6091978 CJD_0340 CJD_0341     FALSE 0.424 174.000 0.006 NA   NA
 6091978 6091979 CJD_0341 CJD_0342     FALSE 0.019 331.000 0.000 NA   NA
 6091982 6091983 CJD_1218 CJD_1219     TRUE 0.855 83.000 0.156 1.000   NA
 6091984 6091985 CJD_1220 CJD_1221     TRUE 0.810 115.000 0.000 1.000 Y NA
 6091985 6091986 CJD_1221 CJD_1222     TRUE 0.526 14.000 0.000 1.000   NA
 6091986 6091987 CJD_1222 CJD_1223     FALSE 0.060 19.000 0.000 0.011   NA
 6091987 6091988 CJD_1223 CJD_0329     TRUE 0.526 14.000 0.000 1.000   NA
 6091988 6091989 CJD_0329 CJD_0328     FALSE 0.064 18.000 0.000 0.073 N NA
 6091989 6091990 CJD_0328 CJD_0327     FALSE 0.003 455.000 0.000 1.000 N NA
 6091992 6091993 CJD_0325 CJD_0324   rrf TRUE 0.633 11.000 0.000 NA   NA
 6091993 6091994 CJD_0324 CJD_0323 rrf rrl FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6091994 6091995 CJD_0323 CJD_0320 rrl rrs FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6091996 6091997 CJD_0364 CJD_0363     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6091997 6091998 CJD_0363 CJD_0362     TRUE 0.586 89.000 0.015 1.000 N NA
 6091998 6091999 CJD_0362 CJD_0361     TRUE 0.996 -10.000 0.431 1.000 Y NA
 6091999 6092000 CJD_0361 CJD_0360     FALSE 0.091 206.000 0.000 NA   NA
 6092000 6092001 CJD_0360 CJD_0358     FALSE 0.068 227.000 0.000 NA   NA
 6092001 6092002 CJD_0358 CJD_0357     TRUE 0.992 0.000 0.180 0.001 Y NA
 6092002 6092003 CJD_0357 CJD_0356     FALSE 0.046 438.000 0.019 1.000 N NA
 6092003 6092004 CJD_0356 CJD_0355     TRUE 0.920 6.000 0.019 NA   NA
 6092004 6092005 CJD_0355 CJD_0354     FALSE 0.050 246.000 0.000 NA   NA
 6092005 6092006 CJD_0354 CJD_0353     TRUE 0.809 61.000 0.064 NA   NA
 6092006 6092007 CJD_0353 CJD_0352   acpS TRUE 0.901 -13.000 0.020 NA N NA
 6092007 6092008 CJD_0352 CJD_0351 acpS   TRUE 0.736 49.000 0.020 NA   NA
 6092009 6092010 CJD_0350 CJD_0349     FALSE 0.003 504.000 0.000 1.000 N NA
 6092014 6092015 CJD_0345 CJD_0344     FALSE 0.168 111.000 0.000 NA N NA
 6092017 6092018 CJD_A0248 CJD_A0249     TRUE 0.615 -12.000 0.000 NA   NA
 6092018 6092019 CJD_A0249 CJD_A0250     FALSE 0.027 295.000 0.000 NA   NA
 6092019 6092020 CJD_A0250 CJD_A0251     FALSE 0.336 39.000 0.000 NA   NA
 6092020 6092021 CJD_A0251 CJD_A0252     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6092021 6092022 CJD_A0252 CJD_A0253     TRUE 0.909 63.000 0.400 NA   NA
 6092022 6092023 CJD_A0253 CJD_A0254     TRUE 0.985 2.000 1.000 NA   NA
 6092023 6092024 CJD_A0254 CJD_A0255     TRUE 0.983 15.000 1.000 NA   NA
 6092024 6092025 CJD_A0255 CJD_A0256     TRUE 0.924 83.000 1.000 NA   NA
 6092025 6092026 CJD_A0256 CJD_A0257     TRUE 0.980 3.000 0.333 NA   NA
 6092026 6092027 CJD_A0257 CJD_A0258     TRUE 0.984 5.000 0.667 NA   NA
 6092027 6092028 CJD_A0258 CJD_A0259     TRUE 0.919 59.000 0.500 NA   NA
 6092028 6092029 CJD_A0259 CJD_A0260     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6092029 6092030 CJD_A0260 CJD_A0261     FALSE 0.010 432.000 0.000 NA   NA
 6092030 6092031 CJD_A0261 CJD_A0262     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6092031 6092032 CJD_A0262 CJD_A0263     FALSE 0.082 213.000 0.000 NA   NA
 6092032 6092033 CJD_A0263 CJD_A0264     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6092033 6092034 CJD_A0264 CJD_A0265     FALSE 0.246 84.000 0.000 NA   NA
 6092034 6092035 CJD_A0265 CJD_A0266     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6092035 6092036 CJD_A0266 CJD_A0267     FALSE 0.026 40.000 0.000 0.017   NA
 6092036 6092037 CJD_A0267 CJD_A0268     FALSE 0.241 44.000 0.000 1.000   NA
 6092037 6092038 CJD_A0268 CJD_A0269     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6092038 6092039 CJD_A0269 CJD_A0270     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6092039 6092040 CJD_A0270 CJD_A0271     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6092040 6092041 CJD_A0271 CJD_A0272     FALSE 0.040 261.000 0.000 NA   NA
 6092041 6092042 CJD_A0272 CJD_A0273     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6092042 6092043 CJD_A0273 CJD_A0274     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6092043 6092044 CJD_A0274 CJD_A0275     FALSE 0.224 116.000 0.000 NA   NA
 6092044 6092045 CJD_A0275 CJD_A0276     FALSE 0.027 297.000 0.000 NA   NA
 6092045 6092046 CJD_A0276 CJD_A0277     FALSE 0.114 187.000 0.000 NA   NA
 6092046 6092047 CJD_A0277 CJD_A0278     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6092047 6092048 CJD_A0278 CJD_A0279     FALSE 0.103 196.000 0.000 NA   NA
 6092051 6092052 CJD_A0223 CJD_A0224     FALSE 0.023 311.000 0.000 NA   NA
 6092052 6092053 CJD_A0224 CJD_A0225     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6092053 6092054 CJD_A0225 CJD_A0226     FALSE 0.240 98.000 0.000 NA   NA
 6092055 6092056 CJD_A0227 CJD_A0228     FALSE 0.228 114.000 0.000 NA   NA
 6092056 6092057 CJD_A0228 CJD_A0229     FALSE 0.111 189.000 0.000 NA   NA
 6092057 6092058 CJD_A0229 CJD_A0230     FALSE 0.288 51.000 0.000 NA   NA
 6092058 6092059 CJD_A0230 CJD_A0231     FALSE 0.299 49.000 0.000 NA   NA
 6092059 6092060 CJD_A0231 CJD_A0232     FALSE 0.235 109.000 0.000 NA   NA
 6092060 6092061 CJD_A0232 CJD_A0233     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 6092061 6092062 CJD_A0233 CJD_A0234     TRUE 0.615 -12.000 0.000 NA   NA
 6092062 6092063 CJD_A0234 CJD_A0235     FALSE 0.027 295.000 0.000 NA   NA
 6092063 6092064 CJD_A0235 CJD_A0236     FALSE 0.336 39.000 0.000 NA   NA
 6092064 6092065 CJD_A0236 CJD_A0237     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6092065 6092066 CJD_A0237 CJD_A0238     FALSE 0.238 105.000 0.000 NA   NA
 6092066 6092067 CJD_A0238 CJD_A0239     FALSE 0.261 63.000 0.000 NA   NA
 6092067 6092068 CJD_A0239 CJD_A0240     TRUE 0.985 2.000 1.000 NA   NA
 6092068 6092069 CJD_A0240 CJD_A0241     TRUE 0.983 15.000 1.000 NA   NA
 6092069 6092070 CJD_A0241 CJD_A0242     TRUE 0.924 83.000 1.000 NA   NA
 6092070 6092071 CJD_A0242 CJD_A0243     TRUE 0.980 3.000 0.333 NA   NA
 6092071 6092072 CJD_A0243 CJD_A0244     TRUE 0.984 5.000 0.667 NA   NA
 6092072 6092073 CJD_A0244 CJD_A0245     TRUE 0.919 59.000 0.500 NA   NA
 6092073 6092074 CJD_A0245 CJD_A0246     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6092074 6092075 CJD_A0246 CJD_A0247     FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6092076 6092077 CJD_2607 CJD_2608   yqfC TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6092077 6092078 CJD_2608 CJD_2609 yqfC   FALSE 0.331 236.000 0.029 NA   NA
 6092078 6092079 CJD_2609 CJD_2610   rpsU TRUE 0.851 50.000 0.150 0.017   NA
 6092079 6092080 CJD_2610 CJD_2611 rpsU   TRUE 0.759 120.000 0.071 1.000   NA
 6092080 6092081 CJD_2611 CJD_2612     TRUE 0.678 69.000 0.051 0.018 N NA
 6092081 6092082 CJD_2612 CJD_2613     TRUE 0.972 0.000 0.163 NA   NA
 6092082 6092083 CJD_2613 CJD_2614   prmA TRUE 0.956 23.000 0.227 NA   NA
 6092083 6092084 CJD_2614 CJD_2615 prmA   FALSE 0.027 226.000 0.000 1.000 N NA
 6092084 6092085 CJD_2615 CJD_2616     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6092085 6092086 CJD_2616 CJD_2617     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6092086 6092087 CJD_2617 CJD_2618     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6092087 6092088 CJD_2618 CJD_2619   dnaJ FALSE 0.008 179.000 0.000 0.072 N NA
 6092088 6092089 CJD_2619 CJD_2620 dnaJ dnaK FALSE 0.035 114.000 0.000 0.072   NA
 6092089 6092090 CJD_2620 CJD_2621 dnaK   FALSE 0.054 240.000 0.000 NA   NA
 6092090 6092091 CJD_2621 CJD_2622   grpE FALSE 0.274 57.000 0.000 NA   NA
 6092091 6092092 CJD_2622 CJD_2623 grpE hrcA TRUE 0.930 31.000 0.286 1.000 N NA
 6092092 6092093 CJD_2623 CJD_2624 hrcA   TRUE 0.512 197.000 0.062 1.000 N NA
 6092093 6092094 CJD_2624 CJD_2625     FALSE 0.014 270.000 0.000 1.000 N NA
 6092094 6092095 CJD_2625 CJD_2626   lepA FALSE 0.002 259.000 0.000 0.017 N NA
 6092095 6092096 CJD_2626 CJD_2627 lepA   TRUE 0.520 121.000 0.002 NA   NA
 6092096 6092097 CJD_2627 CJD_2628     TRUE 0.769 55.000 0.038 NA   NA
 6092097 6092098 CJD_2628 CJD_2629   gpr TRUE 0.863 149.000 0.521 NA   NA
 6092100 6092101 CJD_3025 CJD_3024   rpsJ FALSE 0.005 696.000 0.000 NA   NA
 6092101 6092102 CJD_3024 CJD_3023 rpsJ rplC TRUE 0.974 83.000 0.467 0.013 Y NA
 6092102 6092103 CJD_3023 CJD_3022 rplC rplD TRUE 0.990 25.000 0.544 0.010 Y NA
 6092103 6092104 CJD_3022 CJD_3021 rplD rplW TRUE 0.994 0.000 0.307 0.010 Y NA
 6092104 6092105 CJD_3021 CJD_3020 rplW rplB TRUE 0.981 55.000 0.849 0.013 Y NA
 6092105 6092106 CJD_3020 CJD_3019 rplB rpsS TRUE 0.978 71.000 0.820 0.013 Y NA
 6092106 6092107 CJD_3019 CJD_3018 rpsS rplV TRUE 0.989 28.000 0.769 0.013 Y NA
 6092107 6092108 CJD_3018 CJD_3017 rplV rpsC TRUE 0.993 21.000 0.719 0.013 Y NA
 6092108 6092109 CJD_3017 CJD_3016 rpsC rplP TRUE 0.988 31.000 0.828 0.013 Y NA
 6092109 6092110 CJD_3016 CJD_3015 rplP rpmC TRUE 0.996 0.000 0.802 0.010 Y NA
 6092110 6092111 CJD_3015 CJD_3014 rpmC rpsQ TRUE 0.992 22.000 0.828 0.010 Y NA
 6092111 6092112 CJD_3014 CJD_3013 rpsQ rplN TRUE 0.988 31.000 0.791 0.013 Y NA
 6092112 6092113 CJD_3013 CJD_3012 rplN rplX TRUE 0.979 24.000 0.071 0.013 Y NA
 6092113 6092114 CJD_3012 CJD_3011 rplX rplE TRUE 0.977 23.000 0.057 0.010 Y NA
 6092114 6092115 CJD_3011 CJD_3010 rplE rpsN TRUE 0.994 17.000 0.496 0.010 Y NA
 6092115 6092116 CJD_3010 CJD_3009 rpsN rpsH TRUE 0.984 34.000 0.473 0.010 Y NA
 6092116 6092117 CJD_3009 CJD_3008 rpsH rplF TRUE 0.976 97.000 0.808 0.010 Y NA
 6092117 6092118 CJD_3008 CJD_3007 rplF rplR TRUE 0.988 31.000 0.815 0.010 Y NA
 6092118 6092119 CJD_3007 CJD_3006 rplR rpsE TRUE 0.993 21.000 0.814 0.013 Y NA
 6092119 6092120 CJD_3006 CJD_3005 rpsE rpmD TRUE 0.995 12.000 0.789 0.013 Y NA
 6092120 6092121 CJD_3005 CJD_3004 rpmD rplO TRUE 0.985 34.000 0.653 0.002 Y NA
 6092121 6092122 CJD_3004 CJD_3003 rplO secY TRUE 0.981 3.000 0.730 1.000 N NA
 6092122 6092123 CJD_3003 CJD_3002 secY adk TRUE 0.937 27.000 0.241 1.000 N NA
 6092123 6092124 CJD_3002 CJD_3001 adk map TRUE 0.973 0.000 0.290 1.000 N NA
 6092124 6092125 CJD_3001 CJD_3000 map   TRUE 0.870 89.000 0.185 NA   NA
 6092125 6092126 CJD_3000 CJD_2999   infA TRUE 0.962 8.000 0.090 NA   NA
 6092126 6092127 CJD_2999 CJD_2998 infA rpmJ TRUE 0.973 13.000 0.257 1.000   NA
 6092127 6092128 CJD_2998 CJD_2997 rpmJ rpsM FALSE 0.478 237.000 0.194 0.010   NA
 6092128 6092129 CJD_2997 CJD_2996 rpsM rpsK TRUE 0.995 17.000 0.810 0.010 Y NA
 6092129 6092130 CJD_2996 CJD_2995 rpsK rpsD TRUE 0.990 24.000 0.509 0.013 Y NA
 6092130 6092131 CJD_2995 CJD_2994 rpsD rpoA TRUE 0.895 85.000 0.549 1.000 N NA
 6092131 6092132 CJD_2994 CJD_2993 rpoA rplQ TRUE 0.977 17.000 0.873 1.000 N NA
 6092132 6092133 CJD_2993 CJD_2992 rplQ   FALSE 0.099 422.000 0.074 1.000 N NA
 6092133 6092134 CJD_2992 CJD_2991     TRUE 0.995 -15.000 0.713 0.011 Y NA
 6092134 6092135 CJD_2991 CJD_2990     TRUE 0.995 16.000 0.304 1.000 Y NA
 6092137 6092138 CJD_2005 CJD_2004     TRUE 0.606 -22.000 0.000 NA   NA
 6092138 6092139 CJD_2004 CJD_2003   fnt FALSE 0.089 208.000 0.000 NA   NA
 6092139 6092140 CJD_2003 CJD_2002 fnt   FALSE 0.075 219.000 0.000 NA   NA
 6092140 6092141 CJD_2002 CJD_2001     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6092141 6092142 CJD_2001 CJD_2000     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6092142 6092143 CJD_2000 CJD_1999   asrB TRUE 0.977 -7.000 0.750 0.017   NA
 6092143 6092144 CJD_1999 CJD_1998 asrB arsC TRUE 0.995 14.000 0.720 0.017 Y NA
 6092144 6092145 CJD_1998 CJD_1997 arsC hemA FALSE 0.004 416.000 0.000 1.000 N NA
 6092145 6092146 CJD_1997 CJD_1996 hemA   TRUE 0.983 -36.000 0.018 1.000 Y NA
 6092146 6092147 CJD_1996 CJD_1995   hemC TRUE 0.923 58.000 0.009 1.000 Y NA
 6092147 6092148 CJD_1995 CJD_1994 hemC hemD TRUE 0.987 9.000 0.031 1.000 Y NA
 6092148 6092149 CJD_1994 CJD_1993 hemD hemB TRUE 0.951 57.000 0.044 1.000 Y NA
 6092149 6092150 CJD_1993 CJD_1992 hemB hemL TRUE 0.915 65.000 0.026 0.001 Y NA
 6092150 6092151 CJD_1992 CJD_1991 hemL   FALSE 0.039 201.000 0.000 1.000 N NA
 6092152 6092153 CJD_1990 CJD_1989 cls   FALSE 0.251 80.000 0.000 NA   NA
 6092154 6092155 CJD_A0205 CJD_A0206     FALSE 0.264 62.000 0.000 NA   NA
 6092155 6092156 CJD_A0206 CJD_A0207     FALSE 0.100 199.000 0.000 NA   NA
 6092156 6092157 CJD_A0207 CJD_A0208     FALSE 0.066 228.000 0.000 NA   NA
 6092157 6092158 CJD_A0208 CJD_A0209     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6092158 6092159 CJD_A0209 CJD_A0210     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6092159 6092160 CJD_A0210 CJD_A0211     FALSE 0.008 478.000 0.000 NA   NA
 6092160 6092161 CJD_A0211 CJD_A0212     FALSE 0.101 198.000 0.000 NA   NA
 6092161 6092162 CJD_A0212 CJD_A0213     FALSE 0.006 555.000 0.000 NA   NA
 6092162 6092163 CJD_A0213 CJD_A0214     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6092163 6092164 CJD_A0214 CJD_A0215     FALSE 0.187 138.000 0.000 NA   NA
 6092164 6092165 CJD_A0215 CJD_A0216     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6092165 6092166 CJD_A0216 CJD_A0217     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6092166 6092167 CJD_A0217 CJD_A0218     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6092167 6092168 CJD_A0218 CJD_A0219     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6092168 6092169 CJD_A0219 CJD_A0220     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6092170 6092171 CJD_3052 CJD_A0636     FALSE 0.354 35.000 0.000 NA   NA
 6092171 6092172 CJD_A0636 CJD_3050     FALSE 0.256 67.000 0.000 NA   NA
 6092172 6092173 CJD_3050 CJD_3049     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6092173 6092174 CJD_3049 CJD_3048     FALSE 0.012 389.000 0.000 NA   NA
 6092175 6092176 CJD_3047 CJD_3046   radA FALSE 0.003 780.000 0.000 1.000   NA
 6092176 6092177 CJD_3046 CJD_3045 radA   TRUE 0.946 20.000 0.126 1.000   NA
 6092179 6092180 CJD_3043 CJD_3042   ispD TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6092180 6092181 CJD_3042 CJD_3041 ispD proS FALSE 0.006 354.000 0.000 1.000 N NA
 6092181 6092182 CJD_3041 CJD_3040 proS cysS TRUE 0.883 105.000 0.005 0.024 Y NA
 6092182 6092183 CJD_3040 CJD_3039 cysS   TRUE 0.534 228.000 0.129 1.000   NA
 6092183 6092184 CJD_3039 CJD_3038   thyX TRUE 0.935 16.000 0.055 1.000   NA
 6092184 6092185 CJD_3038 CJD_3037 thyX   TRUE 0.853 23.000 0.032 1.000 N NA
 6092185 6092186 CJD_3037 CJD_3036     TRUE 0.960 16.000 0.109 NA   NA
 6092186 6092187 CJD_3036 CJD_3035   sigH FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6092188 6092189 CJD_1817 CJD_1818     FALSE 0.011 351.000 0.000 1.000   NA
 6092189 6092190 CJD_1818 CJD_1819     FALSE 0.029 292.000 0.000 NA   NA
 6092190 6092191 CJD_1819 CJD_1820     FALSE 0.235 109.000 0.000 NA   NA
 6092192 6092193 CJD_1821 CJD_1822 cax   FALSE 0.006 581.000 0.000 NA   NA
 6092193 6092194 CJD_1822 CJD_1823     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6092194 6092195 CJD_1823 CJD_1824     FALSE 0.187 138.000 0.000 NA   NA
 6092195 6092196 CJD_1824 CJD_1825     FALSE 0.099 200.000 0.000 NA   NA
 6092196 6092197 CJD_1825 CJD_1826     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6092197 6092198 CJD_1826 CJD_1827     FALSE 0.037 270.000 0.000 NA   NA
 6092198 6092199 CJD_1827 CJD_1828     FALSE 0.094 204.000 0.000 NA   NA
 6092201 6092202 CJD_1830 CJD_1831 map   FALSE 0.017 348.000 0.000 NA   NA
 6092204 6092205 CJD_1833 CJD_1834     FALSE 0.014 365.000 0.000 NA   NA
 6092206 6092207 CJD_2496 CJD_2495     FALSE 0.257 66.000 0.000 NA   NA
 6092208 6092209 CJD_2494 CJD_2493     FALSE 0.224 116.000 0.000 NA   NA
 6092211 6092212 CJD_2491 CJD_2490     FALSE 0.396 0.000 0.000 1.000 N NA
 6092213 6092214 CJD_2489 CJD_2488 dapB dapA TRUE 0.932 73.000 0.022 1.000 Y NA
 6092214 6092215 CJD_2488 CJD_2487 dapA asd TRUE 0.974 25.000 0.029 1.000 Y NA
 6092216 6092217 CJD_2486 CJD_2485     TRUE 0.794 52.000 0.056 1.000   NA
 6092217 6092218 CJD_2485 CJD_2484     TRUE 0.940 16.000 0.063 1.000   NA
 6092218 6092219 CJD_2484 CJD_2483     FALSE 0.268 60.000 0.000 NA   NA
 6092219 6092220 CJD_2483 CJD_2482     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6092220 6092221 CJD_2482 CJD_2481     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6092221 6092222 CJD_2481 CJD_2480     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6092224 6092225 CJD_2478 CJD_2477     FALSE 0.146 165.000 0.000 NA   NA
 6092226 6092227 CJD_2476 CJD_2475     FALSE 0.044 255.000 0.000 NA   NA
 6092232 6092233 CJD_A0424 CJD_A0425     FALSE 0.187 138.000 0.000 NA   NA
 6092233 6092234 CJD_A0425 CJD_A0426     FALSE 0.085 0.000 0.000 0.006   NA
 6092234 6092235 CJD_A0426 CJD_A0427     FALSE 0.004 1485.000 0.000 NA   NA
 6092235 6092236 CJD_A0427 CJD_A0428     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6092236 6092237 CJD_A0428 CJD_A0429     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6092237 6092238 CJD_A0429 CJD_A0430     FALSE 0.005 645.000 0.000 NA   NA
 6092239 6092240 CJD_A0431 CJD_A0432     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6092240 6092241 CJD_A0432 CJD_A0433     FALSE 0.258 65.000 0.000 NA   NA
 6092241 6092242 CJD_A0433 CJD_A0434     FALSE 0.191 69.000 0.000 1.000   NA
 6092244 6092245 CJD_A0436 CJD_A0437     FALSE 0.024 309.000 0.000 NA   NA
 6092246 6092247 CJD_A0280 CJD_A0284 rrl rrs FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6092247 6092248 CJD_A0284 CJD_A0286 rrs   FALSE 0.006 554.000 0.000 NA   NA
 6092248 6092249 CJD_A0286 CJD_A0287     FALSE 0.110 190.000 0.000 NA   NA
 6092250 6092251 CJD_A0288 CJD_A0289     FALSE 0.217 119.000 0.000 NA   NA
 6092252 6092253 CJD_A0290 CJD_A0291     FALSE 0.182 141.000 0.000 NA   NA
 6092253 6092254 CJD_A0291 CJD_A0292   rrf TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6092254 6092255 CJD_A0292 CJD_A0293 rrf rrl FALSE 0.282 53.000 0.000 NA   NA
 6092255 6092256 CJD_A0293 CJD_A0297 rrl rrs FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6092257 6092258 CJD_0010 CJD_0008 rrl rrs FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6092258 6092259 CJD_0008 CJD_0042 rrs gyrA FALSE 0.007 545.000 0.000 NA   NA
 6092259 6092260 CJD_0042 CJD_0043 gyrA gyrB TRUE 0.989 22.000 0.306 0.002 Y NA
 6092260 6092261 CJD_0043 CJD_0044 gyrB   FALSE 0.277 237.000 0.017 NA   NA
 6092261 6092262 CJD_0044 CJD_0045     TRUE 0.920 14.000 0.024 NA   NA
 6092262 6092263 CJD_0045 CJD_0046   yaaA TRUE 0.613 56.000 0.006 1.000   NA
 6092263 6092264 CJD_0046 CJD_0047 yaaA dnaN TRUE 0.519 126.000 0.006 1.000   NA
 6092264 6092265 CJD_0047 CJD_0048 dnaN dnaA TRUE 0.777 295.000 0.328 1.000 Y NA
 6092266 6092267 CJD_A0299 CJD_A0303 rrl rrs FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6092271 6092272 CJD_A0308 CJD_A0309     FALSE 0.228 114.000 0.000 NA   NA
 6092272 6092273 CJD_A0309 CJD_A0310   rrf TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6092273 6092274 CJD_A0310 CJD_A0311 rrf rrl FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6092275 6092276 CJD_A0315 CJD_A0319 rrl rrs FALSE 0.116 186.000 0.000 NA   NA
 6092276 6092277 CJD_A0319 CJD_A0321 rrs   FALSE 0.006 563.000 0.000 NA   NA
 6092280 6092281 CJD_A0324 CJD_A0325     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6092281 6092282 CJD_A0325 CJD_A0326     FALSE 0.258 65.000 0.000 NA   NA
 6092282 6092283 CJD_A0326 CJD_A0327     FALSE 0.191 69.000 0.000 1.000   NA
 6092285 6092286 CJD_1780 CJD_1781     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6092286 6092287 CJD_1781 CJD_1782   spoVR TRUE 0.692 52.000 0.014 NA   NA
 6092287 6092288 CJD_1782 CJD_1783 spoVR yhbH TRUE 0.964 27.000 0.761 NA   NA
 6092288 6092289 CJD_1783 CJD_1784 yhbH prkA FALSE 0.133 174.000 0.000 NA   NA
 6092289 6092290 CJD_1784 CJD_1785 prkA recQ FALSE 0.242 90.000 0.000 NA   NA
 6092290 6092291 CJD_1785 CJD_1786 recQ thiE FALSE 0.025 230.000 0.000 1.000 N NA
 6092291 6092292 CJD_1786 CJD_1787 thiE thiM TRUE 0.976 -7.000 0.010 0.003 Y NA
 6092292 6092293 CJD_1787 CJD_1788 thiM thiD TRUE 0.984 12.000 0.039 0.003 Y NA
 6092296 6092297 CJD_A0606 CJD_A0607     FALSE 0.203 128.000 0.000 NA   NA
 6092297 6092298 CJD_A0607 CJD_A0608     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6092298 6092299 CJD_A0608 CJD_A0609     TRUE 0.919 59.000 0.500 NA   NA
 6092299 6092300 CJD_A0609 CJD_A0610     TRUE 0.984 5.000 0.667 NA   NA
 6092300 6092301 CJD_A0610 CJD_A0611     TRUE 0.980 3.000 0.333 NA   NA
 6092301 6092302 CJD_A0611 CJD_A0612     TRUE 0.924 83.000 1.000 NA   NA
 6092302 6092303 CJD_A0612 CJD_A0613     TRUE 0.983 15.000 1.000 NA   NA
 6092303 6092304 CJD_A0613 CJD_A0614     TRUE 0.985 2.000 1.000 NA   NA
 6092304 6092305 CJD_A0614 CJD_A0615     TRUE 0.909 63.000 0.400 NA   NA
 6092305 6092306 CJD_A0615 CJD_A0616     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6092306 6092307 CJD_A0616 CJD_A0617     FALSE 0.336 39.000 0.000 NA   NA
 6092307 6092308 CJD_A0617 CJD_A0618     FALSE 0.027 295.000 0.000 NA   NA
 6092308 6092309 CJD_A0618 CJD_A0619     TRUE 0.615 -12.000 0.000 NA   NA
 6092314 6092315 CJD_0929 CJD_0930     FALSE 0.004 426.000 0.000 1.000 N NA
 6092318 6092319 CJD_2121 CJD_2122     FALSE 0.025 302.000 0.000 NA   NA
 6092320 6092321 CJD_2123 CJD_2124     FALSE 0.401 5.000 0.000 1.000 N NA
 6092322 6092323 CJD_2125 CJD_2126     FALSE 0.268 60.000 0.000 NA   NA
 6092323 6092324 CJD_2126 CJD_2127     TRUE 0.971 21.000 0.556 NA   NA
 6092324 6092325 CJD_2127 CJD_2128     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6092325 6092326 CJD_2128 CJD_2129     TRUE 0.584 17.000 0.000 NA   NA
 6092326 6092327 CJD_2129 CJD_2130     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6092327 6092328 CJD_2130 CJD_2131   cax FALSE 0.021 318.000 0.000 NA   NA
 6092328 6092329 CJD_2131 CJD_2132 cax dinB FALSE 0.199 130.000 0.000 NA   NA
 6092331 6092332 CJD_0161 CJD_0162     FALSE 0.189 137.000 0.000 NA   NA
 6092332 6092333 CJD_0162 CJD_0163     FALSE 0.241 91.000 0.000 NA   NA
 6092333 6092334 CJD_0163 CJD_0164     TRUE 0.833 191.000 0.024 1.000 Y NA
 6092334 6092335 CJD_0164 CJD_0165     TRUE 0.952 40.000 0.022 1.000 Y NA
 6092335 6092336 CJD_0165 CJD_0166   rbr TRUE 0.851 174.000 0.042 0.002 Y NA
 6092336 6092337 CJD_0166 CJD_0167 rbr   TRUE 0.930 122.000 0.072 0.002 Y NA
 6092337 6092338 CJD_0167 CJD_0168     TRUE 0.940 0.000 0.048 1.000   NA
 6092344 6092345 CJD_0469 CJD_0468     TRUE 0.538 -6.000 0.000 1.000   NA
 6092345 6092346 CJD_0468 CJD_0467     TRUE 0.545 10.000 0.000 1.000   NA
 6092346 6092347 CJD_0467 CJD_0466     TRUE 0.970 14.000 0.167 NA   NA
 6092347 6092348 CJD_0466 CJD_0465     TRUE 0.985 2.000 0.857 NA   NA
 6092348 6092349 CJD_0465 CJD_0464     FALSE 0.446 26.000 0.000 NA   NA
 6092350 6092351 CJD_1560 CJD_1559     FALSE 0.207 126.000 0.000 NA   NA
 6092351 6092352 CJD_1559 CJD_1558     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6092352 6092353 CJD_1558 CJD_1557     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6092353 6092354 CJD_1557 CJD_1556     TRUE 0.981 -7.000 0.500 NA   NA
 6092354 6092355 CJD_1556 CJD_1555     TRUE 0.983 5.000 0.577 NA   NA
 6092355 6092356 CJD_1555 CJD_1554     TRUE 0.966 4.000 0.105 NA   NA
 6092357 6092358 CJD_1553 CJD_1552     FALSE 0.142 168.000 0.000 NA   NA
 6092359 6092360 CJD_2268 CJD_2269   ispG FALSE 0.252 78.000 0.000 NA   NA
 6092360 6092361 CJD_2269 CJD_2270 ispG   TRUE 0.929 20.000 0.092 1.000 N NA
 6092361 6092362 CJD_2270 CJD_2271   dxr TRUE 0.978 12.000 0.568 1.000 N NA
 6092362 6092363 CJD_2271 CJD_2272 dxr cdsA FALSE 0.438 359.000 0.044 1.000 Y NA
 6092363 6092364 CJD_2272 CJD_2273 cdsA uppS TRUE 0.987 18.000 0.055 1.000 Y NA
 6092364 6092365 CJD_2273 CJD_2274 uppS frr TRUE 0.892 65.000 0.409 1.000 N NA
 6092365 6092366 CJD_2274 CJD_2275 frr pyrH TRUE 0.978 14.000 0.626 1.000 N NA
 6092366 6092367 CJD_2275 CJD_2276 pyrH tsf FALSE 0.241 93.000 0.000 NA   NA
 6092369 6092370 CJD_2008 CJD_2009     FALSE 0.069 17.000 0.000 0.016   NA
 6092370 6092371 CJD_2009 CJD_2010     FALSE 0.026 298.000 0.000 NA   NA
 6092371 6092372 CJD_2010 CJD_2011     FALSE 0.252 79.000 0.000 NA   NA
 6092372 6092373 CJD_2011 CJD_2012     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6092373 6092374 CJD_2012 CJD_2013     FALSE 0.230 113.000 0.000 NA   NA
 6092374 6092375 CJD_2013 CJD_2014   pepF TRUE 0.898 18.000 0.028 1.000   NA
 6092375 6092376 CJD_2014 CJD_2015 pepF   TRUE 0.929 21.000 0.070 NA   NA
 6092378 6092379 CJD_3034 CJD_3033 rplL rpoB FALSE 0.025 305.000 0.000 NA   NA
 6092379 6092380 CJD_3033 CJD_3032 rpoB rpoC TRUE 0.977 80.000 0.851 0.001 Y NA
 6092380 6092381 CJD_3032 CJD_3031 rpoC   TRUE 0.780 113.000 0.065 NA   NA
 6092381 6092382 CJD_3031 CJD_3030   rpsL FALSE 0.272 58.000 0.000 NA   NA
 6092383 6092384 CJD_1290 CJD_1291     FALSE 0.017 348.000 0.000 NA   NA
 6092385 6092386 CJD_1292 CJD_1293     FALSE 0.237 106.000 0.000 NA   NA
 6092386 6092387 CJD_1293 CJD_1294     FALSE 0.232 112.000 0.000 NA   NA
 6092387 6092388 CJD_1294 CJD_1295     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6092390 6092391 CJD_1297 CJD_1298     FALSE 0.020 325.000 0.000 NA   NA
 6092393 6092394 CJD_0798 CJD_0797   tyrS FALSE 0.010 419.000 0.000 NA   NA
 6092394 6092395 CJD_0797 CJD_0796 tyrS   FALSE 0.027 295.000 0.000 NA   NA
 6092395 6092396 CJD_0796 CJD_0795     TRUE 0.796 76.000 0.062 NA   NA
 6092396 6092397 CJD_0795 CJD_0794     FALSE 0.105 195.000 0.000 NA   NA
 6092397 6092398 CJD_0794 CJD_0793     TRUE 0.974 -25.000 1.000 0.002   NA
 6092400 6092401 CJD_A0652 CJD_A0653     FALSE 0.103 196.000 0.000 NA   NA
 6092401 6092402 CJD_A0653 CJD_A0654     FALSE 0.056 238.000 0.000 NA   NA
 6092402 6092403 CJD_A0654 CJD_A0655     TRUE 0.526 20.000 0.000 NA   NA
 6092403 6092404 CJD_A0655 CJD_A0656     FALSE 0.027 297.000 0.000 NA   NA
 6092404 6092405 CJD_A0656 CJD_A0657     FALSE 0.224 116.000 0.000 NA   NA
 6092405 6092406 CJD_A0657 CJD_A0658     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6092406 6092407 CJD_A0658 CJD_A0659     FALSE 0.363 34.000 0.000 NA   NA
 6092407 6092408 CJD_A0659 CJD_A0660     FALSE 0.236 108.000 0.000 NA   NA
 6092408 6092409 CJD_A0660 CJD_A0661     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6092409 6092410 CJD_A0661 CJD_A0662     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6092410 6092411 CJD_A0662 CJD_A0663     TRUE 0.624 -7.000 0.000 NA   NA
 6092411 6092412 CJD_A0663 CJD_A0664     FALSE 0.241 44.000 0.000 1.000   NA
 6092412 6092413 CJD_A0664 CJD_A0665     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6092414 6092415 CJD_A0582 CJD_A0583     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6092415 6092416 CJD_A0583 CJD_A0584     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6092416 6092417 CJD_A0584 CJD_A0585     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6092417 6092418 CJD_A0585 CJD_A0586     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6092418 6092419 CJD_A0586 CJD_A0587     TRUE 0.641 5.000 0.000 NA   NA
 6092419 6092420 CJD_A0587 CJD_A0588     TRUE 0.511 21.000 0.000 NA   NA
 6092421 6092422 CJD_A0060 CJD_A0061     FALSE 0.252 78.000 0.000 NA   NA
 6092422 6092423 CJD_A0061 CJD_A0062     FALSE 0.054 240.000 0.000 NA   NA
 6092423 6092424 CJD_A0062 CJD_A0063     FALSE 0.251 81.000 0.000 NA   NA
 6092426 6092427 CJD_A0065 CJD_A0066     TRUE 0.961 26.000 0.500 NA   NA
 6092427 6092428 CJD_A0066 CJD_A0067     FALSE 0.124 181.000 0.000 NA   NA
 6092429 6092430 CJD_2846 CJD_2847     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6092430 6092431 CJD_2847 CJD_2848   rrs FALSE 0.153 160.000 0.000 NA   NA
 6092431 6092432 CJD_2848 CJD_2849 rrs   FALSE 0.008 477.000 0.000 NA   NA
 6092432 6092433 CJD_2849 CJD_2850     TRUE 0.995 -13.000 0.758 0.001 Y NA
 6092434 6092435 CJD_2851 CJD_2852     TRUE 0.610 -16.000 0.000 NA   NA
 6092436 6092437 CJD_2853 CJD_2854 pepD   FALSE 0.122 182.000 0.000 NA   NA
 6092437 6092438 CJD_2854 CJD_2855     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6092438 6092439 CJD_2855 CJD_2856     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6092439 6092440 CJD_2856 CJD_2857     FALSE 0.483 23.000 0.000 NA   NA
 6092440 6092441 CJD_2857 CJD_2858     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6092441 6092442 CJD_2858 CJD_2859     TRUE 0.639 6.000 0.000 NA   NA
 6092444 6092445 CJD_A0625 CJD_A0626     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6092445 6092446 CJD_A0626 CJD_A0627     FALSE 0.330 40.000 0.000 NA   NA
 6092447 6092448 CJD_A0628 CJD_A0629     FALSE 0.062 235.000 0.000 NA   NA
 6092451 6092452 CJD_A0196 CJD_A0197     FALSE 0.199 130.000 0.000 NA   NA
 6092453 6092454 CJD_A0198 CJD_A0199     FALSE 0.025 306.000 0.000 NA   NA
 6092454 6092455 CJD_A0199 CJD_A0200     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6092455 6092456 CJD_A0200 CJD_A0201     FALSE 0.240 96.000 0.000 NA   NA
 6092457 6092458 CJD_A0202 CJD_A0203     FALSE 0.122 182.000 0.000 NA   NA
 6092458 6092459 CJD_A0203 CJD_A0204     TRUE 0.636 9.000 0.000 NA   NA
 6092460 6092461 CJD_A0004 CJD_A0005     FALSE 0.099 200.000 0.000 NA   NA
 6092461 6092462 CJD_A0005 CJD_A0006     FALSE 0.119 185.000 0.000 NA   NA
 6092462 6092463 CJD_A0006 CJD_A0007     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6092463 6092464 CJD_A0007 CJD_A0008     TRUE 0.640 1.000 0.000 NA   NA
 6092464 6092465 CJD_A0008 CJD_A0009     FALSE 0.224 116.000 0.000 NA   NA
 6092466 6092467 CJD_A0028 CJD_A0029     FALSE 0.005 701.000 0.000 NA   NA
 6092467 6092468 CJD_A0029 CJD_A0030     TRUE 0.542 200.000 0.000 0.008 Y NA
 6092468 6092469 CJD_A0030 CJD_A0031     FALSE 0.497 22.000 0.000 NA   NA
 6092469 6092470 CJD_A0031 CJD_A0032     TRUE 0.638 7.000 0.000 NA   NA
 6092470 6092471 CJD_A0032 CJD_A0033     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6092473 6092474 CJD_0922 CJD_0921     FALSE 0.047 250.000 0.000 NA   NA
 6092475 6092476 CJD_0920 CJD_0919     FALSE 0.431 27.000 0.000 NA   NA
 6092478 6092479 CJD_0003 CJD_0004   recF FALSE 0.254 70.000 0.000 NA   NA
 6092479 6092480 CJD_0004 CJD_0005 recF   FALSE 0.173 93.000 0.000 NA N NA
 6092481 6092482 CJD_1645 CJD_1647     FALSE 0.112 188.000 0.000 NA   NA
 6092482 6092483 CJD_1647 CJD_1648     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6092483 6092484 CJD_1648 CJD_1649     FALSE 0.142 168.000 0.000 NA   NA
 6092484 6092485 CJD_1649 CJD_1650     FALSE 0.109 191.000 0.000 NA   NA
 6092486 6092487 CJD_A0637 CJD_A0638     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6092487 6092488 CJD_A0638 CJD_A0639     FALSE 0.012 389.000 0.000 NA   NA
 6092490 6092491 CJD_A0103 CJD_A0104     FALSE 0.004 745.000 0.000 NA   NA
 6092491 6092492 CJD_A0104 CJD_A0105     FALSE 0.024 309.000 0.000 NA   NA
 6092492 6092493 CJD_A0105 CJD_A0106     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6092493 6092494 CJD_A0106 CJD_A0107     FALSE 0.240 98.000 0.000 NA   NA
 6092494 6092495 CJD_A0107 CJD_A0108     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6092497 6092498 CJD_A0096 CJD_A0097     FALSE 0.004 1225.000 0.000 NA   NA
 6092498 6092499 CJD_A0097 CJD_A0098     TRUE 0.642 2.000 0.000 NA   NA
 6092499 6092500 CJD_A0098 CJD_A0099     FALSE 0.354 35.000 0.000 NA   NA
 6092500 6092501 CJD_A0099 CJD_A0100     FALSE 0.124 181.000 0.000 NA   NA
 6092502 6092503 CJD_A0596 CJD_A0597     FALSE 0.255 69.000 0.000 NA   NA
 6092503 6092504 CJD_A0597 CJD_A0598     FALSE 0.258 65.000 0.000 NA   NA
 6092504 6092505 CJD_A0598 CJD_A0599     TRUE 0.629 12.000 0.000 NA   NA
 6092507 6092508 CJD_A0114 CJD_A0115     FALSE 0.197 131.000 0.000 NA   NA
 6092508 6092509 CJD_A0115 CJD_A0116     FALSE 0.021 318.000 0.000 NA   NA
 6092509 6092510 CJD_A0116 CJD_A0117     FALSE 0.042 258.000 0.000 NA   NA
 6092510 6092511 CJD_A0117 CJD_A0118     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6092512 6092513 CJD_A0083 CJD_A0084     FALSE 0.390 31.000 0.000 NA   NA
 6092513 6092514 CJD_A0084 CJD_A0085     FALSE 0.274 57.000 0.000 NA   NA
 6092514 6092515 CJD_A0085 CJD_A0086     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6092515 6092516 CJD_A0086 CJD_A0087     TRUE 0.618 -10.000 0.000 NA   NA
 6092516 6092517 CJD_A0087 CJD_A0088     FALSE 0.114 187.000 0.000 NA   NA
 6092518 6092519 CJD_1457 CJD_1458     FALSE 0.075 219.000 0.000 NA   NA
 6092519 6092520 CJD_1458 CJD_1459     FALSE 0.059 212.000 0.000 1.000   NA
 6092521 6092522 CJD_A0038 CJD_A0039     FALSE 0.124 181.000 0.000 NA   NA
 6092522 6092523 CJD_A0039 CJD_A0040     FALSE 0.004 1129.000 0.000 NA   NA
 6092523 6092524 CJD_A0040 CJD_A0041     FALSE 0.021 320.000 0.000 NA   NA
 6092529 6092530 CJD_A0011 CJD_A0012     FALSE 0.021 320.000 0.000 NA   NA
 6092530 6092531 CJD_A0012 CJD_A0013     TRUE 0.599 16.000 0.000 NA   NA
 6092531 6092532 CJD_A0013 CJD_A0014     FALSE 0.004 1936.000 0.000 NA   NA
 6092533 6092534 CJD_1774 CJD_1775     TRUE 0.617 14.000 0.000 NA   NA
 6092534 6092535 CJD_1775 CJD_1776     TRUE 0.988 12.000 0.039 1.000 Y NA
 6092536 6092537 CJD_1777 CJD_1778     FALSE 0.253 73.000 0.000 NA   NA
 6092538 6092539 CJD_3234 CJD_3233 msrA maa FALSE 0.285 52.000 0.000 NA   NA
 6092542 6092543 CJD_A0147 CJD_A0148     FALSE 0.372 33.000 0.000 NA   NA
 6092543 6092544 CJD_A0148 CJD_A0149     FALSE 0.390 31.000 0.000 NA   NA
 6092544 6092545 CJD_A0149 CJD_A0150     FALSE 0.339 38.000 0.000 NA   NA
 6092545 6092546 CJD_A0150 CJD_A0151     FALSE 0.241 44.000 0.000 1.000   NA
 6092546 6092547 CJD_A0151 CJD_A0152     FALSE 0.026 40.000 0.000 0.016   NA
 6092547 6092548 CJD_A0152 CJD_A0153     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6092548 6092549 CJD_A0153 CJD_A0154     FALSE 0.055 239.000 0.000 NA   NA
 6092550 6092551 CJD_A0641 CJD_A0642     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 6092551 6092552 CJD_A0642 CJD_A0643     FALSE 0.348 36.000 0.000 NA   NA
 6092552 6092553 CJD_A0643 CJD_A0644     TRUE 0.609 15.000 0.000 NA   NA
 6092553 6092554 CJD_A0644 CJD_A0645     FALSE 0.163 152.000 0.000 NA   NA
 6092554 6092555 CJD_A0645 CJD_A0647     TRUE 0.601 -31.000 0.000 NA   NA
 6092556 6092557 CJD_0006 CJD_3027 gyrB fusA TRUE 0.971 73.000 0.400 0.001 Y NA
 6092558 6092559 CJD_1771 CJD_1772 cysE cysK TRUE 0.986 19.000 0.101 0.001 Y NA
 6092559 6092560 CJD_1772 CJD_1773 cysK   FALSE 0.018 339.000 0.000 NA   NA
 6092562 6092563 CJD_A0648 CJD_A0649     TRUE 0.985 0.000 1.000 NA   NA
 6092563 6092564 CJD_A0649 CJD_A0650     FALSE 0.168 149.000 0.000 NA   NA
 6092565 6092566 CJD_1300 CJD_1302     FALSE 0.014 373.000 0.000 NA   NA
 6092566 6092567 CJD_1302 CJD_1303     FALSE 0.087 210.000 0.000 NA   NA
 6092569 6092570 CJD_A0054 CJD_A0055     FALSE 0.410 29.000 0.000 NA   NA
 6092572 6092573 CJD_A0674 CJD_A0675     FALSE 0.248 83.000 0.000 NA   NA
 6092573 6092574 CJD_A0675 CJD_A0676     FALSE 0.241 94.000 0.000 NA   NA
 6092575 6092576 CJD_0672 CJD_0673     FALSE 0.094 204.000 0.000 NA   NA
 6092577 6092578 CJD_1205 CJD_1204     FALSE 0.068 227.000 0.000 NA   NA
 6092580 6092581 CJD_A0036 CJD_A0037     FALSE 0.006 584.000 0.000 NA   NA
 6092582 6092583 CJD_A0593 CJD_A0594     FALSE 0.082 213.000 0.000 NA   NA
 6092583 6092584 CJD_A0594 CJD_A0595     FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6092586 6092587 CJD_0933 CJD_0935   ahpC FALSE 0.017 345.000 0.000 NA   NA
 6092588 6092589 CJD_A0620 CJD_A0621     FALSE 0.023 311.000 0.000 NA   NA
 6092592 6092593 CJD_A0024 CJD_A0025     FALSE 0.010 426.000 0.000 NA   NA
 6092593 6092594 CJD_A0025 CJD_A0026     FALSE 0.024 309.000 0.000 NA   NA
 6092597 6092598 CJD_A0139 CJD_A0140     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6092598 6092599 CJD_A0140 CJD_A0141     TRUE 0.606 -22.000 0.000 NA   NA
 6092601 6092602 CJD_A0604 CJD_A0605     FALSE 0.251 81.000 0.000 NA   NA
 6092603 6092604 CJD_A0016 CJD_A0018     FALSE 0.166 150.000 0.000 NA   NA
 6092605 6092606 CJD_A0051 CJD_A0052     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6092607 6092608 CJD_A0179 CJD_A0180     FALSE 0.124 181.000 0.000 NA   NA
 6092611 6092612 CJD_A0125 CJD_A0126     TRUE 0.615 -12.000 0.000 NA   NA
 6092613 6092614 CJD_A0601 CJD_A0602     TRUE 0.643 4.000 0.000 NA   NA
 6092615 6092616 CJD_A0129 CJD_A0130     TRUE 0.643 3.000 0.000 NA   NA
 6092616 6092617 CJD_A0130 CJD_A0131     TRUE 0.615 -12.000 0.000 NA   NA
 6092618 6092619 CJD_A0589 CJD_A0590   soj FALSE 0.254 71.000 0.000 NA   NA
 6092620 6092621 CJD_A0177 CJD_A0178     FALSE 0.010 426.000 0.000 NA   NA
 6092641 6092642 CJD_A0127 CJD_A0128     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6092653 6092654 CJD_A0183 CJD_A0184     TRUE 0.615 -12.000 0.000 NA   NA
 6092661 6092662 CJD_A0142 CJD_A0143     TRUE 0.606 -22.000 0.000 NA   NA
 6092663 6092664 CJD_A0161 CJD_A0162     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6092665 6092666 CJD_A0187 CJD_A0188     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6092670 6092671 CJD_A0134 CJD_A0135     FALSE 0.293 50.000 0.000 NA   NA
 6092672 6092673 CJD_3120 CJD_3119     FALSE 0.268 60.000 0.000 NA   NA
 6092676 6092677 CJD_A0068 CJD_A0069     FALSE 0.372 33.000 0.000 NA   NA
 6092677 6092678 CJD_A0069 CJD_A0070     FALSE 0.224 116.000 0.000 NA   NA
 6092690 6092691 CJD_A0175 CJD_A0176     FALSE 0.150 163.000 0.000 NA   NA
 6092699 6092700 CJD_A0169 CJD_A0171     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6092703 6092704 CJD_A0166 CJD_A0167     TRUE 0.636 0.000 0.000 NA   NA
 6092712 6092713 CJD_A0094 CJD_A0095     FALSE 0.471 24.000 0.000 NA   NA
 6092715 6092716 CJD_A0185 CJD_A0186     TRUE 0.623 13.000 0.000 NA   NA
 6092717 6092718 CJD_3029 CJD_3028 rpsL rpsG FALSE 0.153 160.000 0.000 NA   NA
 6092720 6092721 CJD_A0071 CJD_A0072     TRUE 0.631 -3.000 0.000 NA   NA
 6092722 6092723 CJD_A0123 CJD_A0124     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA
 6092725 6092726 CJD_A0049 CJD_A0050     FALSE 0.250 82.000 0.000 NA   NA