MicrobesOnline Operon Predictions for Rickettsia peacockii str. Rustic

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7607428 7607429 RPR_00005 RPR_00010     TRUE 0.619 218.000 0.053 NA   NA
 7607429 7607430 RPR_00010 RPR_00015     TRUE 0.993 11.000 0.778 1.000   NA
 7607430 7607431 RPR_00015 RPR_00020     TRUE 0.989 1.000 0.304 1.000 Y NA
 7607431 7607432 RPR_00020 RPR_00025     TRUE 0.971 -3.000 0.088 1.000 N NA
 7607433 7607434 RPR_00030 RPR_00035     FALSE 0.057 346.000 0.000 NA N NA
 7607434 7607435 RPR_00035 RPR_00040   fabZ TRUE 0.987 8.000 0.264 1.000 N NA
 7607435 7607436 RPR_00040 RPR_00045 fabZ lpxD TRUE 0.867 196.000 0.212 1.000 N NA
 7607438 7607439 RPR_00055 RPR_00060   himD FALSE 0.021 765.000 0.000 NA   NA
 7607439 7607440 RPR_00060 RPR_00090 himD rho FALSE 0.024 1033.000 0.000 NA N NA
 7607440 7607441 RPR_00090 RPR_00105 rho   FALSE 0.024 1752.000 0.000 1.000 N NA
 7607441 7607442 RPR_00105 RPR_00110   prfA TRUE 0.654 159.000 0.005 1.000 N NA
 7607442 7607443 RPR_00110 RPR_00115 prfA   TRUE 0.560 133.000 0.005 1.000 N NA
 7607443 7607444 RPR_00115 RPR_00120   infC TRUE 0.604 146.000 0.005 1.000 N NA
 7607444 7607445 RPR_00120 RPR_00125 infC   TRUE 0.629 151.000 0.007 NA   NA
 7607445 7607446 RPR_00125 RPR_00135     FALSE 0.045 350.000 0.000 NA   NA
 7607446 7607447 RPR_00135 RPR_00140     TRUE 0.977 -3.000 0.240 NA   NA
 7607447 7607448 RPR_00140 RPR_00145     FALSE 0.029 461.000 0.000 NA   NA
 7607448 7607449 RPR_00145 RPR_00170     FALSE 0.024 1911.000 0.000 1.000 N NA
 7607449 7607450 RPR_00170 RPR_00180     TRUE 0.766 171.000 0.013 1.000 N NA
 7607453 7607454 RPR_00210 RPR_00215     FALSE 0.100 263.000 0.000 NA   NA
 7607454 7607455 RPR_00215 RPR_00220     FALSE 0.156 236.000 0.000 NA   NA
 7607456 7607457 RPR_00225 RPR_00230     TRUE 0.983 4.000 0.250 NA   NA
 7607457 7607458 RPR_00230 RPR_00235     FALSE 0.313 211.000 0.000 NA N NA
 7607458 7607459 RPR_00235 RPR_00240     FALSE 0.098 293.000 0.004 NA   NA
 7607463 7607464 RPR_00260 RPR_00265     FALSE 0.071 293.000 0.000 NA   NA
 7607465 7607466 RPR_00270 RPR_00275 truB rpsO TRUE 0.978 36.000 0.211 1.000 Y NA
 7607466 7607467 RPR_00275 RPR_00280 rpsO   TRUE 0.945 148.000 0.335 1.000 Y NA
 7607467 7607468 RPR_00280 RPR_00285     TRUE 0.523 200.000 0.006 1.000 N NA
 7607468 7607469 RPR_00285 RPR_00290     TRUE 0.977 6.000 0.115 NA   NA
 7607469 7607470 RPR_00290 RPR_00295     TRUE 0.949 44.000 0.144 NA   NA
 7607470 7607471 RPR_00295 RPR_00300     TRUE 0.928 183.000 0.543 NA   NA
 7607471 7607472 RPR_00300 RPR_00310     TRUE 0.714 171.000 0.009 1.000   NA
 7607472 7607473 RPR_00310 RPR_00315     TRUE 0.529 71.000 0.000 NA   NA
 7607473 7607474 RPR_00315 RPR_00320   miaA TRUE 0.496 163.000 0.000 NA   NA
 7607475 7607476 RPR_00340 RPR_00350   nrdF TRUE 0.836 148.000 0.065 NA   NA
 7607476 7607477 RPR_00350 RPR_00365 nrdF   FALSE 0.374 861.000 0.161 0.003 Y NA
 7607477 7607478 RPR_00365 RPR_00370     FALSE 0.032 417.000 0.000 NA   NA
 7607478 7607479 RPR_00370 RPR_00375     TRUE 0.591 59.000 0.000 NA   NA
 7607479 7607480 RPR_00375 RPR_00380     FALSE 0.459 148.000 0.000 NA   NA
 7607480 7607481 RPR_00380 RPR_00420     FALSE 0.018 2630.000 0.000 NA   NA
 7607481 7607482 RPR_00420 RPR_00425     TRUE 0.925 110.000 0.750 NA   NA
 7607483 7607484 RPR_00435 RPR_00440     TRUE 0.553 150.000 0.000 1.000 N NA
 7607484 7607485 RPR_00440 RPR_00445     TRUE 0.493 89.000 0.000 1.000 N NA
 7607486 7607487 RPR_00450 RPR_00455     TRUE 0.928 0.000 0.013 NA   NA
 7607487 7607488 RPR_00455 RPR_00460     TRUE 0.683 117.000 0.020 NA   NA
 7607492 7607493 RPR_00505 RPR_00515     FALSE 0.025 628.000 0.000 NA   NA
 7607493 7607494 RPR_00515 RPR_00520     FALSE 0.376 116.000 0.000 NA   NA
 7607494 7607495 RPR_00520 RPR_00525     TRUE 0.649 66.000 0.005 NA   NA
 7607495 7607496 RPR_00525 RPR_00530     TRUE 0.732 78.000 0.012 NA N NA
 7607496 7607497 RPR_00530 RPR_00535     TRUE 0.968 -7.000 0.182 NA   NA
 7607497 7607498 RPR_00535 RPR_00540     TRUE 0.822 168.000 0.040 NA   NA
 7607498 7607499 RPR_00540 RPR_00545     FALSE 0.387 125.000 0.000 NA   NA
 7607499 7607500 RPR_00545 RPR_00550     FALSE 0.371 109.000 0.000 NA   NA
 7607500 7607501 RPR_00550 RPR_00555     TRUE 0.568 62.000 0.000 NA   NA
 7607501 7607502 RPR_00555 RPR_00560     FALSE 0.205 220.000 0.000 NA   NA
 7607502 7607503 RPR_00560 RPR_00565     FALSE 0.478 202.000 0.007 NA   NA
 7607503 7607504 RPR_00565 RPR_00570     TRUE 0.894 69.000 0.096 NA   NA
 7607504 7607505 RPR_00570 RPR_00585     FALSE 0.020 1450.000 0.000 1.000   NA
 7607507 7607508 RPR_00600 RPR_00605 recR   TRUE 0.624 158.000 0.006 NA   NA
 7607509 7607510 RPR_00610 RPR_00615   rbfA TRUE 0.887 -3.000 0.007 NA   NA
 7607510 7607511 RPR_00615 RPR_00625 rbfA   FALSE 0.020 1428.000 0.000 1.000   NA
 7607511 7607512 RPR_00625 RPR_00630     TRUE 0.724 88.000 0.018 1.000   NA
 7607512 7607513 RPR_00630 RPR_00645     FALSE 0.021 778.000 0.000 NA   NA
 7607513 7607514 RPR_00645 RPR_00650     TRUE 0.973 -13.000 0.400 NA   NA
 7607514 7607515 RPR_00650 RPR_00655   sucC TRUE 0.841 33.000 0.006 NA   NA
 7607515 7607516 RPR_00655 RPR_00660 sucC   TRUE 0.970 176.000 0.256 0.003 Y NA
 7607519 7607520 RPR_00675 RPR_00680     TRUE 0.797 65.000 0.017 NA   NA
 7607523 7607524 RPR_00695 RPR_00705     FALSE 0.053 367.000 0.000 1.000 N NA
 7607526 7607527 RPR_00735 RPR_00740     TRUE 0.897 47.000 0.034 NA   NA
 7607527 7607528 RPR_00740 RPR_00745     TRUE 0.948 5.000 0.017 NA   NA
 7607528 7607529 RPR_00745 RPR_00750     TRUE 0.562 121.000 0.005 1.000 N NA
 7607529 7607530 RPR_00750 RPR_00755     TRUE 0.880 -3.000 0.007 NA   NA
 7607530 7607531 RPR_00755 RPR_00760   recO TRUE 0.563 123.000 0.008 NA   NA
 7607531 7607532 RPR_00760 RPR_00770 recO   FALSE 0.035 552.000 0.000 1.000 N NA
 7607533 7607534 RPR_00775 RPR_00780   infB FALSE 0.038 371.000 0.000 NA   NA
 7607534 7607535 RPR_00780 RPR_00785 infB nusA TRUE 0.747 231.000 0.342 1.000 N NA
 7607535 7607536 RPR_00785 RPR_00790 nusA   TRUE 0.502 79.000 0.000 1.000   NA
 7607536 7607537 RPR_00790 RPR_00800     FALSE 0.151 242.000 0.000 1.000   NA
 7607537 7607538 RPR_00800 RPR_00805     TRUE 0.990 26.000 1.000 NA   NA
 7607538 7607539 RPR_00805 RPR_00810     TRUE 0.983 -40.000 1.000 NA   NA
 7607539 7607540 RPR_00810 RPR_00815     TRUE 0.993 4.000 1.000 NA   NA
 7607540 7607541 RPR_00815 RPR_00820     TRUE 0.989 0.000 0.667 NA   NA
 7607541 7607542 RPR_00820 RPR_00830     FALSE 0.032 408.000 0.000 NA   NA
 7607544 7607545 RPR_00900 RPR_00905     TRUE 0.719 40.000 0.000 NA   NA
 7607545 7607546 RPR_00905 RPR_t07776     TRUE 0.683 -26.000 0.000 NA   NA
 7607547 7607548 RPR_00910 RPR_00915     TRUE 0.891 18.000 0.006 NA   NA
 7607549 7607550 RPR_00930 RPR_00935     TRUE 0.860 -12.000 0.008 NA   NA
 7607550 7607551 RPR_00935 RPR_00940     TRUE 0.806 80.000 0.023 1.000 N NA
 7607551 7607552 RPR_00940 RPR_00950     FALSE 0.027 799.000 0.002 NA   NA
 7607552 7607553 RPR_00950 RPR_00960     FALSE 0.037 374.000 0.000 NA   NA
 7607553 7607554 RPR_00960 RPR_00965     TRUE 0.698 53.000 0.000 1.000 N NA
 7607554 7607555 RPR_00965 RPR_00970     TRUE 0.882 159.000 0.008 0.040 Y NA
 7607556 7607557 RPR_t07778 RPR_t07780     FALSE 0.018 1466.000 0.000 NA   NA
 7607558 7607559 RPR_01045 RPR_01050     TRUE 0.997 0.000 0.863 0.012 Y NA
 7607559 7607560 RPR_01050 RPR_01055     TRUE 0.990 19.000 0.278 0.012   NA
 7607560 7607561 RPR_01055 RPR_01060     TRUE 0.951 196.000 0.628 0.012   NA
 7607561 7607562 RPR_01060 RPR_01065     TRUE 0.981 5.000 0.195 NA   NA
 7607562 7607563 RPR_01065 RPR_01070     TRUE 0.741 111.000 0.043 NA   NA
 7607565 7607566 RPR_01080 RPR_01090   recF FALSE 0.035 433.000 0.000 1.000   NA
 7607566 7607567 RPR_01090 RPR_01100 recF   FALSE 0.045 833.000 0.000 1.000 Y NA
 7607567 7607568 RPR_01100 RPR_01120     FALSE 0.017 1969.000 0.000 NA   NA
 7607568 7607569 RPR_01120 RPR_01165     FALSE 0.018 3513.000 0.000 NA   NA
 7607570 7607571 RPR_01170 RPR_01180     FALSE 0.020 886.000 0.000 NA   NA
 7607572 7607573 RPR_01185 RPR_01190   nusB TRUE 0.643 135.000 0.010 NA N NA
 7607574 7607575 RPR_01195 RPR_01200     FALSE 0.472 241.000 0.016 1.000 Y NA
 7607575 7607576 RPR_01200 RPR_t07782     FALSE 0.489 173.000 0.000 NA   NA
 7607576 7607577 RPR_t07782 RPR_01205     FALSE 0.030 450.000 0.000 NA   NA
 7607577 7607578 RPR_01205 RPR_01225     FALSE 0.019 1056.000 0.000 NA   NA
 7607578 7607579 RPR_01225 RPR_01230     TRUE 0.976 -16.000 0.171 0.086 N NA
 7607579 7607580 RPR_01230 RPR_01235   pyrH TRUE 0.939 9.000 0.008 1.000 N NA
 7607580 7607581 RPR_01235 RPR_01240 pyrH frr TRUE 0.637 288.000 0.626 1.000 N NA
 7607581 7607582 RPR_01240 RPR_01250 frr gatC FALSE 0.056 782.000 0.002 1.000 Y NA
 7607582 7607583 RPR_01250 RPR_01255 gatC gatA TRUE 0.997 3.000 0.643 0.004 Y NA
 7607583 7607584 RPR_01255 RPR_01260 gatA gatB TRUE 0.996 3.000 0.492 0.004 Y NA
 7607584 7607585 RPR_01260 RPR_01265 gatB   FALSE 0.206 257.000 0.005 1.000 N NA
 7607585 7607586 RPR_01265 RPR_01270     TRUE 0.967 -15.000 0.250 1.000   NA
 7607586 7607587 RPR_01270 RPR_01275     FALSE 0.210 281.000 0.011 1.000   NA
 7607587 7607588 RPR_01275 RPR_01280     TRUE 0.577 86.000 0.006 NA   NA
 7607588 7607589 RPR_01280 RPR_01285     FALSE 0.037 384.000 0.000 NA   NA
 7607589 7607590 RPR_01285 RPR_01290     TRUE 0.492 158.000 0.000 NA   NA
 7607591 7607592 RPR_01315 RPR_01320     FALSE 0.040 394.000 0.000 1.000   NA
 7607592 7607593 RPR_01320 RPR_01325     FALSE 0.045 365.000 0.000 1.000   NA
 7607593 7607594 RPR_01325 RPR_01330   himA FALSE 0.036 549.000 0.000 1.000 N NA
 7607596 7607597 RPR_01350 RPR_01355   lpxK TRUE 0.948 -25.000 0.044 1.000 Y NA
 7607597 7607598 RPR_01355 RPR_01360 lpxK   TRUE 0.945 4.000 0.006 1.000 Y NA
 7607598 7607599 RPR_01360 RPR_01365     TRUE 0.939 0.000 0.017 NA   NA
 7607599 7607600 RPR_01365 RPR_01370   ligA FALSE 0.022 710.000 0.000 NA   NA
 7607600 7607601 RPR_01370 RPR_01385 ligA tgt FALSE 0.143 286.000 0.004 1.000 N NA
 7607603 7607604 RPR_01430 RPR_01445     FALSE 0.029 457.000 0.000 NA   NA
 7607604 7607605 RPR_01445 RPR_01450     TRUE 0.972 25.000 0.199 NA   NA
 7607605 7607606 RPR_01450 RPR_01455   rnhA TRUE 0.901 -12.000 0.012 1.000 N NA
 7607606 7607607 RPR_01455 RPR_01460 rnhA   TRUE 0.925 0.000 0.012 NA   NA
 7607608 7607609 RPR_01465 RPR_01470   coaE TRUE 0.861 -6.000 0.006 NA   NA
 7607609 7607610 RPR_01470 RPR_01475 coaE   TRUE 0.959 -12.000 0.092 1.000 N NA
 7607610 7607611 RPR_01475 RPR_01480     TRUE 0.602 127.000 0.010 NA   NA
 7607611 7607612 RPR_01480 RPR_01485     TRUE 0.856 56.000 0.023 NA   NA
 7607616 7607617 RPR_t07784 RPR_01580     FALSE 0.018 5187.000 0.000 NA   NA
 7607618 7607619 RPR_01590 RPR_01595     TRUE 0.972 9.000 0.013 0.073 N NA
 7607619 7607620 RPR_01595 RPR_01600     TRUE 0.838 262.000 0.466 0.007 Y NA
 7607620 7607621 RPR_01600 RPR_01605     TRUE 0.907 34.000 0.018 NA   NA
 7607621 7607622 RPR_01605 RPR_01610     TRUE 0.624 72.000 0.005 NA   NA
 7607622 7607623 RPR_01610 RPR_01615     TRUE 0.552 228.000 0.047 1.000 N NA
 7607624 7607625 RPR_01620 RPR_01625 pleD   TRUE 0.934 25.000 0.017 1.000 N NA
 7607626 7607627 RPR_01640 RPR_t07786     FALSE 0.019 1171.000 0.000 NA   NA
 7607627 7607628 RPR_t07786 RPR_01655   rpsI FALSE 0.142 240.000 0.000 NA   NA
 7607628 7607629 RPR_01655 RPR_01660 rpsI rplM TRUE 0.993 7.000 0.231 0.053 Y NA
 7607629 7607630 RPR_01660 RPR_01665 rplM   TRUE 0.548 93.000 0.006 1.000   NA
 7607630 7607631 RPR_01665 RPR_01670     TRUE 0.935 23.000 0.022 NA   NA
 7607631 7607632 RPR_01670 RPR_01675     TRUE 0.990 13.000 0.583 NA   NA
 7607632 7607633 RPR_01675 RPR_01680     TRUE 0.914 66.000 0.143 1.000   NA
 7607633 7607634 RPR_01680 RPR_01685     FALSE 0.311 215.000 0.000 1.000 N NA
 7607634 7607635 RPR_01685 RPR_01690     TRUE 0.703 129.000 0.015 1.000 N NA
 7607635 7607636 RPR_01690 RPR_01695     TRUE 0.552 210.000 0.016 NA   NA
 7607636 7607637 RPR_01695 RPR_01700     TRUE 0.649 49.000 0.000 NA   NA
 7607637 7607638 RPR_01700 RPR_01705     TRUE 0.858 9.000 0.000 NA   NA
 7607638 7607639 RPR_01705 RPR_01710     TRUE 0.977 2.000 0.146 NA   NA
 7607640 7607641 RPR_01715 RPR_01725     FALSE 0.316 205.000 0.000 NA   NA
 7607641 7607642 RPR_01725 RPR_01735     TRUE 0.876 197.000 0.375 NA   NA
 7607643 7607644 RPR_01775 RPR_01780   thrS FALSE 0.421 88.000 0.000 NA   NA
 7607644 7607645 RPR_01780 RPR_01785 thrS   TRUE 0.496 116.000 0.006 NA   NA
 7607645 7607646 RPR_01785 RPR_01790     FALSE 0.205 220.000 0.000 NA   NA
 7607646 7607647 RPR_01790 RPR_01795     TRUE 0.725 154.000 0.011 1.000   NA
 7607647 7607648 RPR_01795 RPR_01800     TRUE 0.792 77.000 0.025 NA   NA
 7607648 7607649 RPR_01800 RPR_01805     TRUE 0.864 -7.000 0.007 NA   NA
 7607649 7607650 RPR_01805 RPR_01810     TRUE 0.992 11.000 0.681 NA   NA
 7607650 7607651 RPR_01810 RPR_01815     FALSE 0.379 202.000 0.000 NA N NA
 7607651 7607652 RPR_01815 RPR_01820     TRUE 0.992 8.000 0.095 0.046 Y NA
 7607652 7607653 RPR_01820 RPR_01825     TRUE 0.938 155.000 0.500 NA   NA
 7607654 7607655 RPR_01830 RPR_01855     FALSE 0.025 1424.000 0.000 1.000 N NA
 7607656 7607657 RPR_01870 RPR_01875     TRUE 0.580 60.000 0.000 NA   NA
 7607657 7607658 RPR_01875 RPR_r07840     FALSE 0.033 406.000 0.000 NA   NA
 7607658 7607659 RPR_r07840 RPR_r07841     FALSE 0.063 303.000 0.000 NA   NA
 7607659 7607660 RPR_r07841 RPR_01880     FALSE 0.105 259.000 0.000 NA   NA
 7607660 7607661 RPR_01880 RPR_01885   fmt FALSE 0.231 217.000 0.000 NA   NA
 7607661 7607662 RPR_01885 RPR_01890 fmt def TRUE 0.963 -3.000 0.008 0.083 Y NA
 7607662 7607663 RPR_01890 RPR_01900 def   FALSE 0.030 449.000 0.000 NA   NA
 7607663 7607664 RPR_01900 RPR_01920     FALSE 0.017 2021.000 0.000 NA   NA
 7607664 7607665 RPR_01920 RPR_01925     FALSE 0.039 368.000 0.000 NA   NA
 7607665 7607666 RPR_01925 RPR_01945     FALSE 0.018 2434.000 0.000 NA   NA
 7607669 7607670 RPR_01960 RPR_01965 hscB hscA TRUE 0.988 -9.000 0.634 1.000 Y NA
 7607670 7607671 RPR_01965 RPR_01970 hscA   TRUE 0.914 64.000 0.091 1.000 N NA
 7607671 7607672 RPR_01970 RPR_01975     TRUE 0.973 13.000 0.068 NA   NA
 7607672 7607673 RPR_01975 RPR_01980     TRUE 0.992 5.000 0.778 NA   NA
 7607673 7607674 RPR_01980 RPR_01985     TRUE 0.983 10.000 0.200 NA   NA
 7607677 7607678 RPR_02015 RPR_02020     TRUE 0.805 156.000 0.022 NA N NA
 7607678 7607679 RPR_02020 RPR_02025     FALSE 0.036 541.000 0.000 1.000 N NA
 7607679 7607680 RPR_02025 RPR_02030   holA TRUE 0.618 136.000 0.007 1.000 N NA
 7607680 7607681 RPR_02030 RPR_02035 holA   TRUE 0.977 8.000 0.097 NA   NA
 7607681 7607682 RPR_02035 RPR_02050     FALSE 0.018 1698.000 0.000 NA   NA
 7607683 7607684 RPR_02055 RPR_02060 dnaK   TRUE 0.954 129.000 0.236 0.007 Y NA
 7607684 7607685 RPR_02060 RPR_02070     FALSE 0.030 542.000 0.000 1.000   NA
 7607685 7607686 RPR_02070 RPR_02075     TRUE 0.980 8.000 0.117 1.000   NA
 7607686 7607687 RPR_02075 RPR_02080     TRUE 0.664 177.000 0.006 1.000 N NA
 7607687 7607688 RPR_02080 RPR_02085   kgd TRUE 0.546 137.000 0.003 1.000 N NA
 7607688 7607689 RPR_02085 RPR_02090 kgd   TRUE 0.968 165.000 0.667 1.000 Y NA
 7607689 7607690 RPR_02090 RPR_02095     TRUE 0.765 170.000 0.013 1.000 N NA
 7607690 7607691 RPR_02095 RPR_02100     TRUE 0.953 3.000 0.017 1.000 N NA
 7607691 7607692 RPR_02100 RPR_02105     TRUE 0.907 41.000 0.017 1.000 N NA
 7607693 7607694 RPR_02120 RPR_02125     TRUE 0.503 75.000 0.000 NA   NA
 7607694 7607695 RPR_02125 RPR_02130     TRUE 0.939 -3.000 0.022 NA   NA
 7607696 7607697 RPR_02135 RPR_02140   murC FALSE 0.330 221.000 0.006 NA N NA
 7607697 7607698 RPR_02140 RPR_02145 murC murB TRUE 0.830 223.000 0.108 0.012 Y NA
 7607698 7607699 RPR_02145 RPR_02150 murB ddl TRUE 0.781 244.000 0.135 0.012 Y NA
 7607699 7607700 RPR_02150 RPR_02155 ddl   TRUE 0.988 -3.000 0.372 NA Y NA
 7607700 7607701 RPR_02155 RPR_02160     TRUE 0.853 128.000 0.137 NA N NA
 7607702 7607703 RPR_02165 RPR_02170     TRUE 0.903 -10.000 0.014 NA N NA
 7607705 7607706 RPR_02180 RPR_02185 lpxC   FALSE 0.064 358.000 0.005 NA   NA
 7607707 7607708 RPR_02190 RPR_02195     FALSE 0.095 293.000 0.000 1.000 N NA
 7607708 7607709 RPR_02195 RPR_02200     TRUE 0.963 13.000 0.022 1.000 N NA
 7607709 7607710 RPR_02200 RPR_02205     TRUE 0.940 155.000 0.412 1.000 N NA
 7607710 7607711 RPR_02205 RPR_02210     TRUE 0.851 147.000 0.063 1.000 N NA
 7607711 7607712 RPR_02210 RPR_02215     TRUE 0.941 23.000 0.018 1.000 N NA
 7607712 7607713 RPR_02215 RPR_02220     TRUE 0.979 161.000 0.456 0.003 Y NA
 7607715 7607716 RPR_02245 RPR_02250     TRUE 0.863 178.000 0.062 1.000 N NA
 7607716 7607717 RPR_02250 RPR_02255     TRUE 0.818 115.000 0.069 1.000 N NA
 7607717 7607718 RPR_02255 RPR_02260     TRUE 0.948 64.000 0.184 NA Y NA
 7607718 7607719 RPR_02260 RPR_02265     TRUE 0.801 -7.000 0.000 NA N NA
 7607719 7607720 RPR_02265 RPR_02270     TRUE 0.503 75.000 0.000 NA   NA
 7607720 7607721 RPR_02270 RPR_02275     TRUE 0.990 22.000 0.875 NA   NA
 7607721 7607722 RPR_02275 RPR_02280     TRUE 0.988 7.000 0.021 0.004 Y NA
 7607722 7607723 RPR_02280 RPR_02285     TRUE 0.624 503.000 0.630 0.004 Y NA
 7607723 7607724 RPR_02285 RPR_02300     FALSE 0.025 789.000 0.000 NA N NA
 7607726 7607727 RPR_02330 RPR_t07788     FALSE 0.407 92.000 0.000 NA   NA
 7607727 7607728 RPR_t07788 RPR_02340     FALSE 0.398 136.000 0.000 NA   NA
 7607728 7607729 RPR_02340 RPR_02350     FALSE 0.054 345.000 0.000 1.000   NA
 7607730 7607731 RPR_02355 RPR_02360     FALSE 0.477 127.000 0.004 NA   NA
 7607731 7607732 RPR_02360 RPR_02365     TRUE 0.606 183.000 0.005 1.000 N NA
 7607733 7607734 RPR_02375 RPR_02380 rpsF rpsR TRUE 0.991 25.000 0.319 0.050 Y NA
 7607734 7607735 RPR_02380 RPR_02385 rpsR rplI TRUE 0.996 12.000 0.499 0.050 Y NA
 7607735 7607736 RPR_02385 RPR_02390 rplI   FALSE 0.179 303.000 0.002 0.081 N NA
 7607736 7607737 RPR_02390 RPR_02395     TRUE 0.857 101.000 0.145 1.000 N NA
 7607737 7607738 RPR_02395 RPR_02410   sdhB FALSE 0.028 818.000 0.000 1.000 N NA
 7607739 7607740 RPR_02415 RPR_02420     TRUE 0.954 -21.000 0.170 NA   NA
 7607741 7607742 RPR_02430 RPR_02435     TRUE 0.610 192.000 0.008 1.000 N NA
 7607742 7607743 RPR_02435 RPR_02440     TRUE 0.962 4.000 0.008 0.081 N NA
 7607743 7607744 RPR_02440 RPR_02445     TRUE 0.901 14.000 0.005 1.000   NA
 7607745 7607746 RPR_02450 RPR_02485     FALSE 0.017 2115.000 0.000 NA   NA
 7607747 7607748 RPR_02490 RPR_02495     TRUE 0.881 220.000 0.875 NA N NA
 7607748 7607749 RPR_02495 RPR_02500   ndk TRUE 0.888 25.000 0.007 NA N NA
 7607749 7607750 RPR_02500 RPR_02505 ndk   TRUE 0.927 4.000 0.007 1.000 N NA
 7607750 7607751 RPR_02505 RPR_02510   gidB TRUE 0.978 -16.000 0.466 1.000 N NA
 7607751 7607752 RPR_02510 RPR_02515 gidB   TRUE 0.984 -3.000 0.339 1.000 N NA
 7607752 7607753 RPR_02515 RPR_02520     TRUE 0.986 -13.000 0.827 1.000 N NA
 7607753 7607754 RPR_02520 RPR_02525     FALSE 0.243 238.000 0.006 1.000   NA
 7607754 7607755 RPR_02525 RPR_02535     FALSE 0.048 355.000 0.000 1.000   NA
 7607757 7607758 RPR_02560 RPR_02565   argS TRUE 0.863 150.000 0.062 1.000 N NA
 7607758 7607759 RPR_02565 RPR_02570 argS   TRUE 0.666 173.000 0.008 NA   NA
 7607759 7607760 RPR_02570 RPR_02575     TRUE 0.624 178.000 0.007 NA   NA
 7607762 7607763 RPR_02590 RPR_02595 dcd   TRUE 0.882 46.000 0.015 1.000 N NA
 7607763 7607764 RPR_02595 RPR_02600     FALSE 0.298 225.000 0.005 1.000 N NA
 7607764 7607765 RPR_02600 RPR_02605   queF TRUE 0.964 4.000 0.038 1.000   NA
 7607766 7607767 RPR_02610 RPR_02615     TRUE 0.891 55.000 0.047 NA   NA
 7607767 7607768 RPR_02615 RPR_02625     FALSE 0.187 384.000 0.046 1.000 N NA
 7607769 7607770 RPR_02630 RPR_02635     TRUE 0.979 -13.000 0.556 1.000   NA
 7607770 7607771 RPR_02635 RPR_t07790     FALSE 0.026 580.000 0.000 NA   NA
 7607771 7607772 RPR_t07790 RPR_02645   secG FALSE 0.448 182.000 0.000 NA   NA
 7607774 7607775 RPR_02660 RPR_02665 cysS rpsB FALSE 0.245 247.000 0.000 1.000 Y NA
 7607775 7607776 RPR_02665 RPR_02670 rpsB tsf TRUE 0.945 197.000 0.748 1.000 Y NA
 7607777 7607778 RPR_02690 RPR_02695     TRUE 0.974 -3.000 0.179 NA   NA
 7607778 7607779 RPR_02695 RPR_02700     TRUE 0.846 151.000 0.062 NA   NA
 7607779 7607780 RPR_02700 RPR_02705     FALSE 0.383 122.000 0.000 NA   NA
 7607780 7607781 RPR_02705 RPR_02710     TRUE 0.766 -7.000 0.000 NA   NA
 7607782 7607783 RPR_02715 RPR_02720     TRUE 0.927 -22.000 0.049 1.000   NA
 7607783 7607784 RPR_02720 RPR_02725     TRUE 0.968 20.000 0.070 NA N NA
 7607784 7607785 RPR_02725 RPR_02750   alr FALSE 0.023 1240.000 0.000 NA N NA
 7607785 7607786 RPR_02750 RPR_02755 alr   TRUE 0.737 157.000 0.012 NA N NA
 7607786 7607787 RPR_02755 RPR_02760     TRUE 0.924 149.000 0.178 NA Y NA
 7607787 7607788 RPR_02760 RPR_02765     TRUE 0.964 2.000 0.050 NA   NA
 7607789 7607790 RPR_02770 RPR_02775     FALSE 0.443 83.000 0.000 NA   NA
 7607790 7607791 RPR_02775 RPR_02780     FALSE 0.060 308.000 0.000 NA   NA
 7607792 7607793 RPR_02800 RPR_02805 rpmB   TRUE 0.969 -3.000 0.009 0.049 Y NA
 7607793 7607794 RPR_02805 RPR_t07792     FALSE 0.337 201.000 0.000 NA   NA
 7607794 7607795 RPR_t07792 RPR_02810   engB FALSE 0.460 81.000 0.000 NA   NA
 7607795 7607796 RPR_02810 RPR_02815 engB   TRUE 0.916 -52.000 0.046 1.000   NA
 7607796 7607797 RPR_02815 RPR_02820     TRUE 0.908 13.000 0.004 NA N NA
 7607797 7607798 RPR_02820 RPR_02825     TRUE 0.911 216.000 0.789 NA Y NA
 7607798 7607799 RPR_02825 RPR_02830     TRUE 0.932 118.000 0.421 1.000 Y NA
 7607799 7607800 RPR_02830 RPR_02835     TRUE 0.996 -13.000 1.000 0.006 Y NA
 7607800 7607801 RPR_02835 RPR_02840     TRUE 0.998 7.000 1.000 0.006 Y NA
 7607801 7607802 RPR_02840 RPR_02845     TRUE 0.984 174.000 0.750 0.006 Y NA
 7607802 7607803 RPR_02845 RPR_02850     TRUE 0.987 153.000 0.875 0.006 Y NA
 7607803 7607804 RPR_02850 RPR_02885   trmD FALSE 0.024 3225.000 0.000 1.000 N NA
 7607804 7607805 RPR_02885 RPR_02890 trmD rplS TRUE 0.992 18.000 0.567 1.000 Y NA
 7607805 7607806 RPR_02890 RPR_02895 rplS   FALSE 0.338 206.000 0.000 1.000   NA
 7607808 7607809 RPR_02925 RPR_02930   cmk FALSE 0.416 123.000 0.000 1.000   NA
 7607809 7607810 RPR_02930 RPR_02935 cmk rpsA TRUE 0.636 255.000 0.281 1.000 N NA
 7607810 7607811 RPR_02935 RPR_02940 rpsA clpP TRUE 0.735 160.000 0.009 1.000 N NA
 7607811 7607812 RPR_02940 RPR_t07796 clpP   TRUE 0.496 163.000 0.000 NA   NA
 7607812 7607813 RPR_t07796 RPR_02945     FALSE 0.052 334.000 0.000 NA   NA
 7607813 7607814 RPR_02945 RPR_02950     FALSE 0.092 279.000 0.000 NA   NA
 7607815 7607816 RPR_02955 RPR_02990     FALSE 0.040 2354.000 0.000 0.090   NA
 7607816 7607817 RPR_02990 RPR_02995     TRUE 0.672 164.000 0.005 1.000 N NA
 7607817 7607818 RPR_02995 RPR_03000     TRUE 0.496 204.000 0.005 1.000 N NA
 7607819 7607820 RPR_03005 RPR_03010 rpmF   TRUE 0.954 8.000 0.014 1.000 N NA
 7607820 7607821 RPR_03010 RPR_03020     FALSE 0.039 488.000 0.000 1.000 N NA
 7607821 7607822 RPR_03020 RPR_t07798     FALSE 0.058 310.000 0.000 NA   NA
 7607822 7607823 RPR_t07798 RPR_03025     TRUE 0.709 42.000 0.000 NA   NA
 7607823 7607824 RPR_03025 RPR_03030     FALSE 0.381 211.000 0.005 1.000   NA
 7607824 7607825 RPR_03030 RPR_03035     TRUE 0.993 12.000 0.689 1.000 N NA
 7607825 7607826 RPR_03035 RPR_03040     FALSE 0.049 354.000 0.000 1.000   NA
 7607826 7607827 RPR_03040 RPR_03045   gmk TRUE 0.608 141.000 0.008 1.000   NA
 7607827 7607828 RPR_03045 RPR_03050 gmk   TRUE 0.534 70.000 0.000 NA   NA
 7607829 7607830 RPR_03060 RPR_03065     TRUE 0.641 77.000 0.007 NA   NA
 7607830 7607831 RPR_03065 RPR_03070     FALSE 0.099 282.000 0.000 1.000   NA
 7607831 7607832 RPR_03070 RPR_03075   acpP TRUE 0.971 37.000 0.106 1.000 Y NA
 7607832 7607833 RPR_03075 RPR_03080 acpP fabG TRUE 0.970 179.000 0.321 0.007 Y NA
 7607833 7607834 RPR_03080 RPR_03085 fabG recA TRUE 0.899 -7.000 0.008 1.000 N NA
 7607834 7607835 RPR_03085 RPR_03120 recA   FALSE 0.018 2475.000 0.000 NA   NA
 7607835 7607836 RPR_03120 RPR_03125   trmE FALSE 0.036 393.000 0.000 NA   NA
 7607837 7607838 RPR_03130 RPR_03135     TRUE 0.978 13.000 0.115 NA   NA
 7607838 7607839 RPR_03135 RPR_03140     TRUE 0.974 7.000 0.077 NA   NA
 7607839 7607840 RPR_03140 RPR_03145     TRUE 0.920 3.000 0.008 NA   NA
 7607840 7607841 RPR_03145 RPR_03150     FALSE 0.054 328.000 0.000 NA   NA
 7607841 7607842 RPR_03150 RPR_03155     FALSE 0.375 102.000 0.000 NA   NA
 7607843 7607844 RPR_03170 RPR_03175     FALSE 0.096 284.000 0.000 1.000   NA
 7607844 7607845 RPR_03175 RPR_03180   rpmA FALSE 0.114 284.000 0.000 1.000 N NA
 7607845 7607846 RPR_03180 RPR_03185 rpmA rplU TRUE 0.994 25.000 0.667 0.048 Y NA
 7607846 7607847 RPR_03185 RPR_03190 rplU   TRUE 0.573 89.000 0.004 1.000 N NA
 7607852 7607853 RPR_03230 RPR_03235     TRUE 0.963 152.000 1.000 NA   NA
 7607853 7607854 RPR_03235 RPR_03240     TRUE 0.677 45.000 0.000 NA   NA
 7607856 7607857 RPR_03250 RPR_03255     TRUE 0.940 156.000 0.538 NA   NA
 7607857 7607858 RPR_03255 RPR_03260   glyA TRUE 0.847 115.000 0.182 NA   NA
 7607858 7607859 RPR_03260 RPR_03265 glyA   TRUE 0.904 -7.000 0.009 1.000 N NA
 7607859 7607860 RPR_03265 RPR_03280     FALSE 0.034 682.000 0.004 NA   NA
 7607860 7607861 RPR_03280 RPR_03285     TRUE 0.980 17.000 0.222 NA   NA
 7607865 7607866 RPR_03380 RPR_03390     FALSE 0.027 520.000 0.000 NA   NA
 7607867 7607868 RPR_03395 RPR_03400 uvrC   TRUE 0.607 175.000 0.006 NA   NA
 7607868 7607869 RPR_03400 RPR_t07800     FALSE 0.018 5726.000 0.000 NA   NA
 7607869 7607870 RPR_t07800 RPR_03495     FALSE 0.017 1861.000 0.000 NA   NA
 7607872 7607873 RPR_03505 RPR_03510 acpS rpoZ TRUE 0.935 1.000 0.009 1.000 N NA
 7607873 7607874 RPR_03510 RPR_03515 rpoZ   TRUE 0.690 179.000 0.008 1.000 N NA
 7607874 7607875 RPR_03515 RPR_03520   gyrB TRUE 0.564 92.000 0.004 1.000 N NA
 7607876 7607877 RPR_03525 RPR_t07802     FALSE 0.489 155.000 0.000 NA   NA
 7607877 7607878 RPR_t07802 RPR_03530     FALSE 0.098 265.000 0.000 NA   NA
 7607878 7607879 RPR_03530 RPR_t07804     FALSE 0.018 3077.000 0.000 NA   NA
 7607881 7607882 RPR_03555 RPR_03560 yajC secD TRUE 0.910 -16.000 0.009 NA Y NA
 7607882 7607883 RPR_03560 RPR_03565 secD   TRUE 0.629 245.000 0.263 1.000   NA
 7607883 7607884 RPR_03565 RPR_03570     TRUE 0.688 102.000 0.018 1.000   NA
 7607884 7607885 RPR_03570 RPR_03575     TRUE 0.683 128.000 0.013 1.000 N NA
 7607885 7607886 RPR_03575 RPR_03580     FALSE 0.408 211.000 0.006 1.000   NA
 7607886 7607887 RPR_03580 RPR_03585     TRUE 0.860 -19.000 0.012 NA   NA
 7607890 7607891 RPR_03615 RPR_03620 rnpA rpmH TRUE 0.990 20.000 0.787 1.000   NA
 7607891 7607892 RPR_03620 RPR_03625 rpmH rplT TRUE 0.771 83.000 0.007 0.047   NA
 7607892 7607893 RPR_03625 RPR_03630 rplT rpmI TRUE 0.996 20.000 0.928 0.047 Y NA
 7607894 7607895 RPR_03635 RPR_03650     FALSE 0.037 755.000 0.002 1.000 N NA
 7607895 7607896 RPR_03650 RPR_03655     TRUE 0.689 322.000 0.496 0.077 Y NA
 7607896 7607897 RPR_03655 RPR_03670     FALSE 0.273 639.000 0.184 1.000 Y NA
 7607898 7607899 RPR_03690 RPR_03720     FALSE 0.021 1286.000 0.000 1.000   NA
 7607899 7607900 RPR_03720 RPR_03725     FALSE 0.024 653.000 0.000 NA   NA
 7607901 7607902 RPR_03730 RPR_03735   mraW TRUE 0.989 0.000 0.635 NA   NA
 7607902 7607903 RPR_03735 RPR_03740 mraW   TRUE 0.976 7.000 0.089 NA   NA
 7607903 7607904 RPR_03740 RPR_03745     FALSE 0.237 344.000 0.065 NA   NA
 7607904 7607905 RPR_03745 RPR_03750     FALSE 0.481 175.000 0.000 NA   NA
 7607905 7607906 RPR_03750 RPR_03755     FALSE 0.119 250.000 0.000 NA   NA
 7607906 7607907 RPR_03755 RPR_03760     TRUE 0.953 -10.000 0.091 NA   NA
 7607908 7607909 RPR_03775 RPR_03780     TRUE 0.766 -7.000 0.000 NA   NA
 7607910 7607911 RPR_03785 RPR_03790     TRUE 0.938 -19.000 0.057 NA N NA
 7607911 7607912 RPR_03790 RPR_03885     FALSE 0.021 10446.000 0.000 1.000   NA
 7607912 7607913 RPR_03885 RPR_03890     FALSE 0.083 285.000 0.000 NA   NA
 7607913 7607914 RPR_03890 RPR_03920     FALSE 0.017 1951.000 0.000 NA   NA
 7607915 7607916 RPR_03925 RPR_03930 aspS   TRUE 0.668 61.000 0.005 NA   NA
 7607916 7607917 RPR_03930 RPR_03935     TRUE 0.843 83.000 0.082 NA   NA
 7607917 7607918 RPR_03935 RPR_03940     TRUE 0.646 219.000 0.061 NA N NA
 7607920 7607921 RPR_03950 RPR_03955   rpoB TRUE 0.905 258.000 0.851 0.002 Y NA
 7607921 7607922 RPR_03955 RPR_03960 rpoB rplL FALSE 0.199 807.000 0.223 1.000 N NA
 7607922 7607923 RPR_03960 RPR_03965 rplL rplJ TRUE 0.980 144.000 0.884 0.047 Y NA
 7607923 7607924 RPR_03965 RPR_03970 rplJ rplA TRUE 0.946 111.000 0.302 0.064 Y NA
 7607924 7607925 RPR_03970 RPR_03975 rplA rplK TRUE 0.997 6.000 0.838 0.064 Y NA
 7607925 7607926 RPR_03975 RPR_03980 rplK nusG TRUE 0.708 271.000 0.681 1.000 N NA
 7607926 7607927 RPR_03980 RPR_03985 nusG secE TRUE 0.993 16.000 0.843 1.000 N NA
 7607927 7607928 RPR_03985 RPR_t07806 secE   FALSE 0.429 145.000 0.000 NA   NA
 7607928 7607929 RPR_t07806 RPR_03990     FALSE 0.459 148.000 0.000 NA   NA
 7607929 7607930 RPR_03990 RPR_03995     TRUE 0.987 12.000 0.114 1.000 Y NA
 7607930 7607931 RPR_03995 RPR_04000   rpsL TRUE 0.980 27.000 0.029 0.010 Y NA
 7607931 7607932 RPR_04000 RPR_04005 rpsL   TRUE 0.852 161.000 0.044 1.000 N NA
 7607932 7607933 RPR_04005 RPR_04010   sdhA TRUE 0.633 147.000 0.006 1.000 N NA
 7607933 7607934 RPR_04010 RPR_04015 sdhA   TRUE 0.976 134.000 0.705 0.005 Y NA
 7607934 7607935 RPR_04015 RPR_04025     TRUE 0.970 148.000 0.291 0.002 Y NA
 7607935 7607936 RPR_04025 RPR_04030     TRUE 0.806 167.000 0.026 NA   NA
 7607936 7607937 RPR_04030 RPR_04035     TRUE 0.787 173.000 0.023 NA   NA
 7607937 7607938 RPR_04035 RPR_04040     TRUE 0.982 38.000 0.084 0.019 Y NA
 7607938 7607939 RPR_04040 RPR_04045     TRUE 0.980 93.000 0.947 0.019 Y NA
 7607940 7607941 RPR_04050 RPR_04055     TRUE 0.949 -3.000 0.025 NA N NA
 7607941 7607942 RPR_04055 RPR_04060     TRUE 0.822 109.000 0.118 NA   NA
 7607943 7607944 RPR_04065 RPR_04070   ruvC TRUE 0.918 2.000 0.006 1.000 N NA
 7607944 7607945 RPR_04070 RPR_04075 ruvC era TRUE 0.570 118.000 0.007 1.000   NA
 7607945 7607946 RPR_04075 RPR_04080 era rnc TRUE 0.979 -7.000 0.098 0.026   NA
 7607946 7607947 RPR_04080 RPR_04085 rnc   TRUE 0.933 0.000 0.010 1.000 N NA
 7607947 7607948 RPR_04085 RPR_04090     TRUE 0.765 184.000 0.021 1.000 N NA
 7607948 7607949 RPR_04090 RPR_04095   secF TRUE 0.780 165.000 0.015 1.000 N NA
 7607951 7607952 RPR_04105 RPR_04110   dnaA FALSE 0.049 745.000 0.000 1.000 Y NA
 7607952 7607953 RPR_04110 RPR_04115 dnaA   TRUE 0.925 1.000 0.008 NA N NA
 7607954 7607955 RPR_04120 RPR_04125     TRUE 0.976 12.000 0.078 NA   NA
 7607955 7607956 RPR_04125 RPR_04130   murE TRUE 0.668 147.000 0.007 1.000 N NA
 7607956 7607957 RPR_04130 RPR_04135 murE   TRUE 0.885 209.000 0.051 0.007 Y NA
 7607957 7607958 RPR_04135 RPR_04140   mraY TRUE 0.915 185.000 0.037 0.011 Y NA
 7607960 7607961 RPR_04155 RPR_04180     FALSE 0.020 2403.000 0.000 1.000   NA
 7607962 7607963 RPR_04190 RPR_04195     FALSE 0.460 122.000 0.000 1.000 N NA
 7607963 7607964 RPR_04195 RPR_04210     FALSE 0.024 2366.000 0.000 1.000 N NA
 7607964 7607965 RPR_04210 RPR_04215     TRUE 0.989 2.000 0.556 NA   NA
 7607965 7607966 RPR_04215 RPR_04220     TRUE 0.977 -9.000 0.444 NA   NA
 7607966 7607967 RPR_04220 RPR_04225     TRUE 0.811 187.000 0.070 NA   NA
 7607967 7607968 RPR_04225 RPR_04230     TRUE 0.939 146.000 0.067 0.008 Y NA
 7607968 7607969 RPR_04230 RPR_04235     TRUE 0.968 183.000 0.426 0.023 Y NA
 7607969 7607970 RPR_04235 RPR_04240     TRUE 0.858 79.000 0.065 NA N NA
 7607970 7607971 RPR_04240 RPR_04245     TRUE 0.991 2.000 0.455 NA Y NA
 7607972 7607973 RPR_04250 RPR_04255     TRUE 0.957 50.000 0.316 NA   NA
 7607973 7607974 RPR_04255 RPR_04260     TRUE 0.974 -13.000 0.421 NA   NA
 7607974 7607975 RPR_04260 RPR_04265     TRUE 0.913 184.000 0.421 NA   NA
 7607975 7607976 RPR_04265 RPR_04270     TRUE 0.990 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 7607976 7607977 RPR_04270 RPR_04275     TRUE 0.954 155.000 0.405 1.000 Y NA
 7607977 7607978 RPR_04275 RPR_04280     TRUE 0.956 -7.000 0.054 1.000 N NA
 7607980 7607981 RPR_04320 RPR_04325     TRUE 0.985 -16.000 0.875 NA   NA
 7607981 7607982 RPR_04325 RPR_04330     TRUE 0.964 3.000 0.048 NA   NA
 7607983 7607984 RPR_04335 RPR_04340     TRUE 0.574 171.000 0.000 1.000 N NA
 7607985 7607986 RPR_04345 RPR_04350     TRUE 0.917 1.000 0.009 NA   NA
 7607986 7607987 RPR_04350 RPR_04355   thyX FALSE 0.371 109.000 0.000 NA   NA
 7607987 7607988 RPR_04355 RPR_04360 thyX tolB TRUE 0.777 75.000 0.014 1.000 N NA
 7607991 7607992 RPR_04375 RPR_04376     FALSE 0.453 180.000 0.000 NA   NA
 7607993 7607994 RPR_04380 RPR_04385 trmU   TRUE 0.691 131.000 0.014 1.000 N NA
 7607994 7607995 RPR_04385 RPR_04390   hisS TRUE 0.715 150.000 0.008 1.000 N NA
 7607995 7607996 RPR_04390 RPR_04435 hisS   FALSE 0.025 4863.000 0.000 1.000 N NA
 7607996 7607997 RPR_04435 RPR_04440     TRUE 0.988 0.000 0.059 0.030 Y NA
 7607997 7607998 RPR_04440 RPR_04445     TRUE 0.967 -10.000 0.240 NA   NA
 7607998 7607999 RPR_04445 RPR_04450     FALSE 0.020 988.000 0.000 NA   NA
 7608000 7608001 RPR_04455 RPR_04460     TRUE 0.926 139.000 0.273 0.074   NA
 7608001 7608002 RPR_04460 RPR_04465     TRUE 0.940 185.000 0.267 0.011   NA
 7608002 7608003 RPR_04465 RPR_04470     TRUE 0.943 11.000 0.011 1.000   NA
 7608003 7608004 RPR_04470 RPR_04475     TRUE 0.914 -7.000 0.012 1.000 N NA
 7608004 7608005 RPR_04475 RPR_04480     TRUE 0.603 190.000 0.010 NA   NA
 7608006 7608007 RPR_04485 RPR_04490   hslU TRUE 0.993 -3.000 0.752 1.000 Y NA
 7608007 7608008 RPR_04490 RPR_04520 hslU   FALSE 0.017 2146.000 0.000 NA   NA
 7608008 7608009 RPR_04520 RPR_04525   lpxB TRUE 0.895 10.000 0.003 NA   NA
 7608011 7608012 RPR_04535 RPR_04540   cyaY TRUE 0.643 140.000 0.012 NA   NA
 7608012 7608013 RPR_04540 RPR_04555 cyaY   FALSE 0.019 1117.000 0.000 NA   NA
 7608014 7608015 RPR_t07808 RPR_04575     TRUE 0.580 60.000 0.000 NA   NA
 7608016 7608017 RPR_04580 RPR_04585     TRUE 0.908 65.000 0.092 NA N NA
 7608017 7608018 RPR_04585 RPR_04590     FALSE 0.153 237.000 0.000 NA   NA
 7608019 7608020 RPR_04595 RPR_04600     TRUE 0.937 -7.000 0.036 NA   NA
 7608020 7608021 RPR_04600 RPR_04605     TRUE 0.925 -16.000 0.045 NA   NA
 7608021 7608022 RPR_04605 RPR_04610     TRUE 0.910 -22.000 0.026 1.000   NA
 7608022 7608023 RPR_04610 RPR_04620     FALSE 0.025 595.000 0.000 NA   NA
 7608024 7608025 RPR_04640 RPR_04645     TRUE 0.924 196.000 0.778 NA   NA
 7608025 7608026 RPR_04645 RPR_04650     TRUE 0.882 -13.000 0.014 NA   NA
 7608026 7608027 RPR_04650 RPR_t07810     TRUE 0.852 7.000 0.000 NA   NA
 7608028 7608029 RPR_t07812 RPR_04655     TRUE 0.636 52.000 0.000 NA   NA
 7608029 7608030 RPR_04655 RPR_04660     TRUE 0.904 142.000 0.136 1.000 Y NA
 7608030 7608031 RPR_04660 RPR_04670     FALSE 0.053 853.000 0.013 NA   NA
 7608031 7608032 RPR_04670 RPR_04675     TRUE 0.968 4.000 0.056 NA   NA
 7608032 7608033 RPR_04675 RPR_04680     TRUE 0.941 152.000 0.448 1.000 N NA
 7608033 7608034 RPR_04680 RPR_04685     TRUE 0.922 103.000 0.052 0.002 Y NA
 7608034 7608035 RPR_04685 RPR_04690     TRUE 0.977 -3.000 0.168 1.000 N NA
 7608035 7608036 RPR_04690 RPR_04710     FALSE 0.017 1988.000 0.000 NA   NA
 7608037 7608038 RPR_04715 RPR_04730     FALSE 0.028 616.000 0.000 1.000   NA
 7608039 7608040 RPR_04800 RPR_04805 dnaE   TRUE 0.694 158.000 0.007 1.000 N NA
 7608041 7608042 RPR_04810 RPR_04815     TRUE 0.819 138.000 0.079 NA   NA
 7608042 7608043 RPR_04815 RPR_04820     TRUE 0.840 67.000 0.033 NA   NA
 7608043 7608044 RPR_04820 RPR_04825     TRUE 0.940 -22.000 0.065 NA N NA
 7608044 7608045 RPR_04825 RPR_04830     FALSE 0.062 338.000 0.000 NA N NA
 7608045 7608046 RPR_04830 RPR_04835     TRUE 0.898 136.000 0.375 NA   NA
 7608046 7608047 RPR_04835 RPR_04840     TRUE 0.968 5.000 0.051 NA   NA
 7608047 7608048 RPR_04840 RPR_04845     TRUE 0.947 44.000 0.037 0.072   NA
 7608048 7608049 RPR_04845 RPR_04850     TRUE 0.977 55.000 0.857 1.000   NA
 7608049 7608050 RPR_04850 RPR_04855     TRUE 0.700 43.000 0.000 NA   NA
 7608050 7608051 RPR_04855 RPR_04860     TRUE 0.519 73.000 0.000 NA   NA
 7608051 7608052 RPR_04860 RPR_04865     TRUE 0.808 33.000 0.000 1.000 N NA
 7608052 7608053 RPR_04865 RPR_04870     TRUE 0.993 -7.000 0.484 0.008 Y NA
 7608053 7608054 RPR_04870 RPR_04875     TRUE 0.992 33.000 0.451 0.022 Y NA
 7608054 7608055 RPR_04875 RPR_04880     TRUE 0.969 154.000 0.251 0.008 Y NA
 7608055 7608056 RPR_04880 RPR_04885     FALSE 0.107 286.000 0.000 1.000 N NA
 7608057 7608058 RPR_04890 RPR_04895     TRUE 0.967 187.000 0.500 0.022 Y NA
 7608058 7608059 RPR_04895 RPR_04900     TRUE 0.965 122.000 0.515 0.022 Y NA
 7608059 7608060 RPR_04900 RPR_04905     TRUE 0.911 -12.000 0.021 NA   NA
 7608060 7608061 RPR_04905 RPR_04910     TRUE 0.687 169.000 0.008 NA   NA
 7608061 7608062 RPR_04910 RPR_04915   atpC TRUE 0.721 182.000 0.005 1.000 Y NA
 7608062 7608063 RPR_04915 RPR_04920 atpC   TRUE 0.990 58.000 0.837 0.010 Y NA
 7608063 7608064 RPR_04920 RPR_04925     TRUE 0.982 173.000 0.724 0.010 Y NA
 7608064 7608065 RPR_04925 RPR_04930     TRUE 0.979 133.000 0.846 0.010 Y NA
 7608065 7608066 RPR_04930 RPR_04935     TRUE 0.986 166.000 0.864 0.010 Y NA
 7608066 7608067 RPR_04935 RPR_04940     TRUE 0.784 162.000 0.007 1.000 Y NA
 7608067 7608068 RPR_04940 RPR_04945     TRUE 0.769 155.000 0.014 1.000 N NA
 7608068 7608069 RPR_04945 RPR_04970   tig FALSE 0.024 2421.000 0.000 1.000 N NA
 7608069 7608070 RPR_04970 RPR_04980 tig   FALSE 0.025 1291.000 0.000 1.000 N NA
 7608070 7608071 RPR_04980 RPR_04985     TRUE 0.706 179.000 0.008 1.000 N NA
 7608071 7608072 RPR_04985 RPR_04990     TRUE 0.622 144.000 0.008 NA   NA
 7608074 7608075 RPR_05010 RPR_05015     TRUE 0.858 12.000 0.000 NA   NA
 7608077 7608078 RPR_05055 RPR_05060     TRUE 0.680 140.000 0.016 NA   NA
 7608078 7608079 RPR_05060 RPR_05065     TRUE 0.817 131.000 0.085 NA   NA
 7608080 7608081 RPR_05070 RPR_05075     TRUE 0.919 -19.000 0.023 1.000 N NA
 7608081 7608082 RPR_05075 RPR_05080     TRUE 0.942 15.000 0.010 1.000 N NA
 7608082 7608083 RPR_05080 RPR_05085     TRUE 0.957 5.000 0.018 1.000 N NA
 7608083 7608084 RPR_05085 RPR_05090     TRUE 0.529 324.000 0.545 1.000 N NA
 7608084 7608085 RPR_05090 RPR_05095     FALSE 0.446 247.000 0.000 0.006 Y NA
 7608086 7608087 RPR_05100 RPR_05105     TRUE 0.941 -3.000 0.023 NA   NA
 7608087 7608088 RPR_05105 RPR_05125     FALSE 0.027 917.000 0.000 1.000 N NA
 7608089 7608090 RPR_05135 RPR_05175     FALSE 0.022 5306.000 0.000 NA N NA
 7608090 7608091 RPR_05175 RPR_05180     TRUE 0.763 153.000 0.015 NA N NA
 7608091 7608092 RPR_05180 RPR_05195     FALSE 0.022 723.000 0.000 NA   NA
 7608092 7608093 RPR_05195 RPR_05205   xerC FALSE 0.031 511.000 0.000 1.000   NA
 7608093 7608094 RPR_05205 RPR_05210 xerC   TRUE 0.771 103.000 0.040 1.000 N NA
 7608095 7608096 RPR_05215 RPR_05220   infA TRUE 0.985 12.000 0.207 NA N NA
 7608096 7608097 RPR_05220 RPR_t07816 infA   TRUE 0.825 18.000 0.000 NA   NA
 7608097 7608098 RPR_t07816 RPR_05290     FALSE 0.018 7568.000 0.000 NA   NA
 7608099 7608100 RPR_05295 RPR_05300     TRUE 0.891 -3.000 0.008 NA   NA
 7608100 7608101 RPR_05300 RPR_05305     TRUE 0.921 -7.000 0.021 NA   NA
 7608102 7608103 RPR_05310 RPR_05315   hemC FALSE 0.085 291.000 0.000 1.000   NA
 7608103 7608104 RPR_05315 RPR_05320 hemC   TRUE 0.833 -3.000 0.000 NA N NA
 7608104 7608105 RPR_05320 RPR_05355     FALSE 0.018 3819.000 0.000 NA   NA
 7608105 7608106 RPR_05355 RPR_05365     FALSE 0.053 329.000 0.000 NA   NA
 7608107 7608108 RPR_05370 RPR_05375     TRUE 0.948 10.000 0.015 NA   NA
 7608109 7608110 RPR_05380 RPR_05385     FALSE 0.388 97.000 0.000 NA   NA
 7608110 7608111 RPR_05385 RPR_05390     FALSE 0.131 292.000 0.004 1.000 N NA
 7608111 7608112 RPR_05390 RPR_05395     TRUE 0.725 153.000 0.012 1.000   NA
 7608112 7608113 RPR_05395 RPR_05400     TRUE 0.702 71.000 0.008 NA   NA
 7608114 7608115 RPR_05480 RPR_05485     TRUE 0.914 4.000 0.005 1.000 N NA
 7608115 7608116 RPR_05485 RPR_05495     FALSE 0.039 396.000 0.000 1.000   NA
 7608117 7608118 RPR_t07818 RPR_05500     FALSE 0.119 250.000 0.000 NA   NA
 7608118 7608119 RPR_05500 RPR_05505     TRUE 0.896 -3.000 0.008 NA   NA
 7608119 7608120 RPR_05505 RPR_05510     TRUE 0.631 209.000 0.024 NA   NA
 7608121 7608122 RPR_05515 RPR_05520     FALSE 0.029 462.000 0.000 NA   NA
 7608122 7608123 RPR_05520 RPR_05525     FALSE 0.375 102.000 0.000 NA   NA
 7608123 7608124 RPR_05525 RPR_05530     TRUE 0.979 5.000 0.146 NA   NA
 7608125 7608126 RPR_05535 RPR_05540   smpB FALSE 0.480 187.000 0.000 1.000 N NA
 7608126 7608127 RPR_05540 RPR_05545 smpB   TRUE 0.916 -3.000 0.008 1.000 N NA
 7608127 7608128 RPR_05545 RPR_05550     TRUE 0.887 186.000 0.087 1.000 Y NA
 7608129 7608130 RPR_05555 RPR_05560     TRUE 0.984 -25.000 0.592 1.000 Y NA
 7608130 7608131 RPR_05560 RPR_05565     TRUE 0.632 146.000 0.006 1.000 N NA
 7608131 7608132 RPR_05565 RPR_05570     TRUE 0.978 -40.000 0.400 1.000 Y NA
 7608132 7608133 RPR_05570 RPR_05575     TRUE 0.935 0.000 0.011 1.000 N NA
 7608133 7608134 RPR_05575 RPR_05580     TRUE 0.746 151.000 0.015 1.000   NA
 7608134 7608135 RPR_05580 RPR_05585     FALSE 0.033 405.000 0.000 NA   NA
 7608136 7608137 RPR_05595 RPR_05600 leuS   TRUE 0.777 129.000 0.051 NA   NA
 7608137 7608138 RPR_05600 RPR_05615     FALSE 0.053 360.000 0.002 NA   NA
 7608138 7608139 RPR_05615 RPR_05620   pheT TRUE 0.951 5.000 0.015 1.000 N NA
 7608139 7608140 RPR_05620 RPR_05625 pheT pheS TRUE 0.996 -3.000 0.574 0.002 Y NA
 7608140 7608141 RPR_05625 RPR_05635 pheS   FALSE 0.360 243.000 0.007 1.000 Y NA
 7608141 7608142 RPR_05635 RPR_05640   dapF TRUE 0.951 -25.000 0.109 1.000 N NA
 7608144 7608145 RPR_05710 RPR_05715   murG FALSE 0.034 397.000 0.000 NA   NA
 7608145 7608146 RPR_05715 RPR_05720 murG   TRUE 0.989 -3.000 0.647 1.000 N NA
 7608146 7608147 RPR_05720 RPR_05725   murD TRUE 0.944 132.000 0.297 0.009 N NA
 7608147 7608148 RPR_05725 RPR_05730 murD   TRUE 0.630 172.000 0.006 NA   NA
 7608148 7608149 RPR_05730 RPR_05735   lspA TRUE 0.843 154.000 0.054 NA   NA
 7608149 7608150 RPR_05735 RPR_05740 lspA   TRUE 0.920 179.000 0.031 0.029 Y NA
 7608151 7608152 RPR_05745 RPR_05750     TRUE 0.574 171.000 0.000 1.000 N NA
 7608152 7608153 RPR_05750 RPR_05755     FALSE 0.403 193.000 0.000 1.000   NA
 7608153 7608154 RPR_05755 RPR_05760     TRUE 0.864 6.000 0.000 1.000   NA
 7608154 7608155 RPR_05760 RPR_05765     TRUE 0.532 210.000 0.012 1.000   NA
 7608158 7608159 RPR_05780 RPR_05785     TRUE 0.907 196.000 0.571 NA   NA
 7608159 7608160 RPR_05785 RPR_05790     TRUE 0.781 87.000 0.041 NA   NA
 7608160 7608161 RPR_05790 RPR_05795   dut FALSE 0.400 216.000 0.006 1.000 N NA
 7608161 7608162 RPR_05795 RPR_05800 dut   TRUE 0.933 2.000 0.008 1.000 N NA
 7608162 7608163 RPR_05800 RPR_05805     TRUE 0.889 165.000 0.042 1.000 Y NA
 7608163 7608164 RPR_05805 RPR_05810     TRUE 0.686 208.000 0.026 1.000 N NA
 7608165 7608166 RPR_05815 RPR_05820     FALSE 0.382 191.000 0.000 NA   NA
 7608166 7608167 RPR_05820 RPR_05825     TRUE 0.991 10.000 0.629 NA   NA
 7608167 7608168 RPR_05825 RPR_05830     TRUE 0.943 30.000 0.027 1.000 N NA
 7608168 7608169 RPR_05830 RPR_05835     FALSE 0.168 298.000 0.014 NA   NA
 7608169 7608170 RPR_05835 RPR_05840     TRUE 0.963 9.000 0.029 NA   NA
 7608171 7608172 RPR_05845 RPR_05860     FALSE 0.024 1610.000 0.000 1.000 N NA
 7608172 7608173 RPR_05860 RPR_05865   ruvB TRUE 0.888 -7.000 0.007 1.000 N NA
 7608173 7608174 RPR_05865 RPR_05880 ruvB ruvA TRUE 0.510 999.000 0.549 0.004 Y NA
 7608174 7608175 RPR_05880 RPR_05890 ruvA   FALSE 0.038 402.000 0.000 1.000   NA
 7608175 7608176 RPR_05890 RPR_05895     FALSE 0.277 213.000 0.000 1.000   NA
 7608176 7608177 RPR_05895 RPR_05900   folE TRUE 0.839 165.000 0.008 0.053 N NA
 7608177 7608178 RPR_05900 RPR_t07820 folE   FALSE 0.018 2487.000 0.000 NA   NA
 7608178 7608179 RPR_t07820 RPR_t07822     TRUE 0.844 15.000 0.000 NA   NA
 7608180 7608181 RPR_05930 RPR_05935     TRUE 0.956 3.000 0.019 1.000 N NA
 7608181 7608182 RPR_05935 RPR_05940     FALSE 0.338 211.000 0.000 1.000 N NA
 7608182 7608183 RPR_05940 RPR_05955     FALSE 0.040 1458.000 0.000 1.000 Y NA
 7608185 7608186 RPR_06035 RPR_06040 lysK   TRUE 0.721 134.000 0.021 1.000   NA
 7608186 7608187 RPR_06040 RPR_06045     TRUE 0.828 140.000 0.071 1.000   NA
 7608187 7608188 RPR_06045 RPR_06055     FALSE 0.025 601.000 0.000 NA   NA
 7608188 7608189 RPR_06055 RPR_06070     FALSE 0.017 2247.000 0.000 NA   NA
 7608191 7608192 RPR_06085 RPR_06090     TRUE 0.766 -7.000 0.000 NA   NA
 7608192 7608193 RPR_06090 RPR_06095     FALSE 0.096 268.000 0.000 NA   NA
 7608194 7608195 RPR_t07824 RPR_06100   rpsT FALSE 0.388 97.000 0.000 NA   NA
 7608195 7608196 RPR_06100 RPR_06105 rpsT rplQ TRUE 0.970 19.000 0.008 0.043 Y NA
 7608196 7608197 RPR_06105 RPR_06110 rplQ   TRUE 0.995 11.000 0.873 1.000 N NA
 7608197 7608198 RPR_06110 RPR_06115     TRUE 0.984 19.000 0.308 1.000 N NA
 7608198 7608199 RPR_06115 RPR_06120   rpsM TRUE 0.995 25.000 0.810 0.043 Y NA
 7608199 7608200 RPR_06120 RPR_06125 rpsM adk TRUE 0.852 59.000 0.017 1.000 N NA
 7608200 7608201 RPR_06125 RPR_06130 adk secY TRUE 0.984 16.000 0.241 1.000 N NA
 7608201 7608202 RPR_06130 RPR_06135 secY rplO TRUE 0.992 4.000 0.730 1.000 N NA
 7608202 7608203 RPR_06135 RPR_06140 rplO rpmD TRUE 0.997 14.000 0.653 0.008 Y NA
 7608203 7608204 RPR_06140 RPR_06145 rpmD rpsE TRUE 0.995 24.000 0.789 0.058 Y NA
 7608204 7608205 RPR_06145 RPR_06150 rpsE rplR TRUE 0.996 18.000 0.814 0.058 Y NA
 7608205 7608206 RPR_06150 RPR_06155 rplR rplF TRUE 0.997 16.000 0.815 0.043 Y NA
 7608206 7608207 RPR_06155 RPR_06160 rplF rpsH TRUE 0.997 9.000 0.808 0.043 Y NA
 7608207 7608208 RPR_06160 RPR_06165 rpsH rpsN TRUE 0.992 20.000 0.295 0.043 Y NA
 7608208 7608209 RPR_06165 RPR_06170 rpsN rplE TRUE 0.994 18.000 0.309 0.043 Y NA
 7608209 7608210 RPR_06170 RPR_06175 rplE rplX TRUE 0.987 0.000 0.057 0.043 Y NA
 7608210 7608211 RPR_06175 RPR_06180 rplX rplN TRUE 0.988 1.000 0.071 0.058 Y NA
 7608211 7608212 RPR_06180 RPR_06185 rplN rpsQ TRUE 0.982 75.000 0.791 0.058 Y NA
 7608212 7608213 RPR_06185 RPR_06190 rpsQ rpmC TRUE 0.997 2.000 0.828 0.043 Y NA
 7608213 7608214 RPR_06190 RPR_06195 rpmC rplP TRUE 0.995 -7.000 0.802 0.043 Y NA
 7608214 7608215 RPR_06195 RPR_06200 rplP rpsC TRUE 0.997 15.000 0.828 0.058 Y NA
 7608215 7608216 RPR_06200 RPR_06205 rpsC rplV TRUE 0.990 2.000 0.109 0.058 Y NA
 7608216 7608217 RPR_06205 RPR_06210 rplV rpsS TRUE 0.992 9.000 0.119 0.058 Y NA
 7608217 7608218 RPR_06210 RPR_06215 rpsS rplB TRUE 0.995 25.000 0.820 0.058 Y NA
 7608218 7608219 RPR_06215 RPR_06220 rplB rplW TRUE 0.995 1.000 0.849 1.000 Y NA
 7608219 7608220 RPR_06220 RPR_06225 rplW rplD TRUE 0.990 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 7608220 7608221 RPR_06225 RPR_06230 rplD rplC TRUE 0.960 111.000 0.486 0.043 Y NA
 7608221 7608222 RPR_06230 RPR_06235 rplC rpsJ TRUE 0.993 1.000 0.307 0.058 Y NA
 7608222 7608223 RPR_06235 RPR_06240 rpsJ   TRUE 0.802 -3.000 0.000 NA   NA
 7608223 7608224 RPR_06240 RPR_06245     FALSE 0.371 110.000 0.000 NA   NA
 7608224 7608225 RPR_06245 RPR_t07826     TRUE 0.655 48.000 0.000 NA   NA
 7608225 7608226 RPR_t07826 RPR_t07828     FALSE 0.398 136.000 0.000 NA   NA
 7608227 7608228 RPR_06255 RPR_06260     FALSE 0.439 111.000 0.002 NA   NA
 7608228 7608229 RPR_06260 RPR_06265   fumC TRUE 0.884 -3.000 0.007 NA   NA
 7608229 7608230 RPR_06265 RPR_06270 fumC   TRUE 0.580 97.000 0.007 NA N NA
 7608230 7608231 RPR_06270 RPR_06275     TRUE 0.726 -13.000 0.000 NA   NA
 7608231 7608232 RPR_06275 RPR_06280     FALSE 0.065 340.000 0.002 NA   NA
 7608232 7608233 RPR_06280 RPR_06285     FALSE 0.055 357.000 0.002 NA   NA
 7608233 7608234 RPR_06285 RPR_06290     FALSE 0.463 232.000 0.034 NA   NA
 7608235 7608236 RPR_06295 RPR_06300     FALSE 0.108 348.000 0.011 NA   NA
 7608236 7608237 RPR_06300 RPR_06305     FALSE 0.044 353.000 0.000 NA   NA
 7608237 7608238 RPR_06305 RPR_06310     FALSE 0.061 512.000 0.000 1.000 Y NA
 7608240 7608241 RPR_06325 RPR_06330 ksgA   TRUE 0.642 154.000 0.006 1.000   NA
 7608241 7608242 RPR_06330 RPR_06335     TRUE 0.846 156.000 0.051 1.000   NA
 7608243 7608244 RPR_06340 RPR_06355 xseA   FALSE 0.053 676.000 0.000 1.000 Y NA
 7608244 7608245 RPR_06355 RPR_06360     TRUE 0.823 196.000 0.138 NA   NA
 7608245 7608246 RPR_06360 RPR_06365   engA TRUE 0.892 4.000 0.005 NA   NA
 7608247 7608248 RPR_06410 RPR_06415   ubiE TRUE 0.873 148.000 0.115 1.000   NA
 7608249 7608250 RPR_06420 RPR_06445     FALSE 0.017 1943.000 0.000 NA   NA
 7608251 7608252 RPR_06485 RPR_06490     TRUE 0.949 53.000 0.221 NA N NA
 7608252 7608253 RPR_06490 RPR_06495   tdk TRUE 0.914 -3.000 0.008 1.000 N NA
 7608256 7608257 RPR_06530 RPR_06535 valS   TRUE 0.777 -31.000 0.003 NA N NA
 7608257 7608258 RPR_06535 RPR_06550     FALSE 0.018 1743.000 0.000 NA   NA
 7608258 7608259 RPR_06550 RPR_06605     FALSE 0.018 5374.000 0.000 NA   NA
 7608260 7608261 RPR_06610 RPR_06615 clpX   TRUE 0.855 37.000 0.006 1.000 N NA
 7608261 7608262 RPR_06615 RPR_06620     TRUE 0.611 164.000 0.005 NA   NA
 7608262 7608263 RPR_06620 RPR_06625     TRUE 0.851 -3.000 0.004 NA   NA
 7608264 7608265 RPR_t07832 RPR_06640     FALSE 0.326 203.000 0.000 NA   NA
 7608265 7608266 RPR_06640 RPR_06645     FALSE 0.063 303.000 0.000 NA   NA
 7608266 7608267 RPR_06645 RPR_06650     FALSE 0.023 700.000 0.000 NA   NA
 7608267 7608268 RPR_06650 RPR_06655     TRUE 0.723 133.000 0.020 NA N NA
 7608268 7608269 RPR_06655 RPR_06660     TRUE 0.986 -7.000 0.620 1.000 N NA
 7608269 7608270 RPR_06660 RPR_06665     FALSE 0.413 219.000 0.009 1.000   NA
 7608270 7608271 RPR_06665 RPR_06670     TRUE 0.721 75.000 0.012 NA   NA
 7608271 7608272 RPR_06670 RPR_06675     TRUE 0.940 -7.000 0.028 NA N NA
 7608272 7608273 RPR_06675 RPR_06685     FALSE 0.078 310.000 0.000 1.000 N NA
 7608274 7608275 RPR_06690 RPR_06695     TRUE 0.911 0.000 0.008 NA   NA
 7608277 7608278 RPR_06705 RPR_06710     TRUE 0.534 257.000 0.179 NA   NA
 7608279 7608280 RPR_06720 RPR_06725     TRUE 0.812 140.000 0.020 1.000 Y NA
 7608280 7608281 RPR_06725 RPR_06730     FALSE 0.357 210.000 0.000 1.000 N NA
 7608284 7608285 RPR_06800 RPR_06820   xerD FALSE 0.019 1217.000 0.000 NA   NA
 7608285 7608286 RPR_06820 RPR_t07834 xerD   TRUE 0.800 22.000 0.000 NA   NA
 7608287 7608288 RPR_06840 RPR_06845     TRUE 0.968 1.000 0.066 NA   NA
 7608288 7608289 RPR_06845 RPR_06850     TRUE 0.827 158.000 0.031 NA N NA
 7608289 7608290 RPR_06850 RPR_06855     TRUE 0.996 5.000 0.507 0.007 Y NA
 7608290 7608291 RPR_06855 RPR_06860     TRUE 0.989 -22.000 0.328 0.007 Y NA
 7608291 7608292 RPR_06860 RPR_06865     TRUE 0.963 99.000 0.483 0.020 Y NA
 7608292 7608293 RPR_06865 RPR_06870     TRUE 0.562 418.000 0.355 0.007 Y NA
 7608293 7608294 RPR_06870 RPR_06875     TRUE 0.864 -7.000 0.007 NA   NA
 7608294 7608295 RPR_06875 RPR_06880     FALSE 0.456 98.000 0.002 NA   NA
 7608295 7608296 RPR_06880 RPR_06885     TRUE 0.875 -7.000 0.008 NA   NA
 7608297 7608298 RPR_06890 RPR_06905     FALSE 0.023 696.000 0.000 NA   NA
 7608298 7608299 RPR_06905 RPR_06910     TRUE 0.915 13.000 0.007 NA   NA
 7608300 7608301 RPR_06915 RPR_06920 rimM   FALSE 0.091 349.000 0.007 NA N NA
 7608302 7608303 RPR_06925 RPR_06930     FALSE 0.488 153.000 0.000 NA   NA
 7608306 7608307 RPR_06945 RPR_06950 rpsD   FALSE 0.388 190.000 0.000 NA   NA
 7608309 7608310 RPR_06970 RPR_06975     TRUE 0.980 10.000 0.129 NA   NA
 7608311 7608312 RPR_06995 RPR_07000     FALSE 0.031 437.000 0.000 NA   NA
 7608312 7608313 RPR_07000 RPR_07015     FALSE 0.025 1313.000 0.000 1.000 N NA
 7608313 7608314 RPR_07015 RPR_07020     TRUE 0.968 -7.000 0.148 1.000   NA
 7608314 7608315 RPR_07020 RPR_07025     TRUE 0.902 183.000 0.271 1.000   NA
 7608315 7608316 RPR_07025 RPR_07030     TRUE 0.526 171.000 0.000 1.000   NA
 7608316 7608317 RPR_07030 RPR_07035     FALSE 0.225 258.000 0.000 0.075   NA
 7608318 7608319 RPR_07055 RPR_07060     TRUE 0.811 82.000 0.014 1.000 Y NA
 7608319 7608320 RPR_07060 RPR_07080     FALSE 0.025 1405.000 0.000 1.000 N NA
 7608320 7608321 RPR_07080 RPR_07085     TRUE 0.577 109.000 0.007 1.000 N NA
 7608322 7608323 RPR_07100 RPR_07115     FALSE 0.018 1477.000 0.000 NA   NA
 7608323 7608324 RPR_07115 RPR_r07842     FALSE 0.017 1950.000 0.000 NA   NA
 7608324 7608325 RPR_r07842 RPR_07145     FALSE 0.018 1296.000 0.000 NA   NA
 7608325 7608326 RPR_07145 RPR_07150   rpsU FALSE 0.045 364.000 0.000 1.000   NA
 7608327 7608328 RPR_07155 RPR_07180   ileS FALSE 0.021 1299.000 0.000 1.000   NA
 7608329 7608330 RPR_07220 RPR_07225     TRUE 0.897 98.000 0.157 1.000 Y NA
 7608332 7608333 RPR_07240 RPR_07245     TRUE 0.934 -3.000 0.016 NA N NA
 7608334 7608335 RPR_07250 RPR_07255   gltX FALSE 0.155 299.000 0.008 1.000 N NA
 7608335 7608336 RPR_07255 RPR_07260 gltX   TRUE 0.907 -3.000 0.010 NA   NA
 7608337 7608338 RPR_07270 RPR_07275 groEL groES TRUE 0.967 28.000 0.050 1.000 Y NA
 7608338 7608339 RPR_07275 RPR_07305 groES   FALSE 0.017 2115.000 0.000 NA   NA
 7608339 7608340 RPR_07305 RPR_07315   rph FALSE 0.023 696.000 0.000 NA   NA
 7608341 7608342 RPR_07320 RPR_07325     TRUE 0.767 144.000 0.034 NA   NA
 7608342 7608343 RPR_07325 RPR_07330     TRUE 0.985 16.000 0.362 NA   NA
 7608344 7608345 RPR_07360 RPR_07370   obgE FALSE 0.025 714.000 0.000 1.000   NA
 7608345 7608346 RPR_07370 RPR_07375 obgE gltA FALSE 0.463 109.000 0.002 1.000   NA
 7608346 7608347 RPR_07375 RPR_07390 gltA   FALSE 0.033 643.000 0.000 1.000 N NA
 7608348 7608349 RPR_07395 RPR_07430     FALSE 0.040 1631.000 0.000 1.000 Y NA
 7608350 7608351 RPR_07435 RPR_07440   glyS TRUE 0.949 -3.000 0.013 NA Y NA
 7608351 7608352 RPR_07440 RPR_07445 glyS glyQ TRUE 0.996 -3.000 0.651 0.002 Y NA
 7608352 7608353 RPR_07445 RPR_07450 glyQ   TRUE 0.814 32.000 0.003 NA   NA
 7608353 7608354 RPR_07450 RPR_07455     TRUE 0.972 -3.000 0.154 NA   NA
 7608354 7608355 RPR_07455 RPR_07460     FALSE 0.429 87.000 0.000 NA   NA
 7608355 7608356 RPR_07460 RPR_07480     FALSE 0.018 1480.000 0.000 NA   NA
 7608356 7608357 RPR_07480 RPR_07485     TRUE 0.994 10.000 1.000 NA   NA
 7608357 7608358 RPR_07485 RPR_07490     TRUE 0.945 75.000 0.556 NA   NA
 7608360 7608361 RPR_07500 RPR_07505 truA   TRUE 0.592 96.000 0.006 1.000 N NA
 7608361 7608362 RPR_07505 RPR_07510   dnaG TRUE 0.967 45.000 0.299 1.000 N NA
 7608362 7608363 RPR_07510 RPR_07515 dnaG   TRUE 0.934 5.000 0.008 1.000 N NA
 7608364 7608365 RPR_07520 RPR_07545 greA   FALSE 0.024 1766.000 0.000 1.000 N NA
 7608365 7608366 RPR_07545 RPR_07550     FALSE 0.239 222.000 0.000 1.000 N NA
 7608366 7608367 RPR_07550 RPR_07555     TRUE 0.983 20.000 0.411 NA   NA
 7608368 7608369 RPR_07575 RPR_07595     FALSE 0.019 1199.000 0.000 NA   NA
 7608369 7608370 RPR_07595 RPR_07600     TRUE 0.831 205.000 0.250 NA   NA
 7608370 7608371 RPR_07600 RPR_07605     TRUE 0.952 4.000 0.019 1.000   NA
 7608372 7608373 RPR_07610 RPR_07615     TRUE 0.784 94.000 0.053 NA   NA
 7608373 7608374 RPR_07615 RPR_07620     FALSE 0.050 340.000 0.000 NA   NA
 7608375 7608376 RPR_07625 RPR_t07836     TRUE 0.734 37.000 0.000 NA   NA
 7608376 7608377 RPR_t07836 RPR_07630     TRUE 0.503 75.000 0.000 NA   NA
 7608377 7608378 RPR_07630 RPR_07635     TRUE 0.879 4.000 0.000 1.000 N NA
 7608378 7608379 RPR_07635 RPR_07675     FALSE 0.018 2821.000 0.000 NA   NA
 7608379 7608380 RPR_07675 RPR_07680   lipB TRUE 0.889 -3.000 0.007 NA   NA
 7608380 7608381 RPR_07680 RPR_07685 lipB   TRUE 0.886 -3.000 0.004 1.000 N NA
 7608381 7608382 RPR_07685 RPR_t07838     FALSE 0.147 238.000 0.000 NA   NA
 7608382 7608383 RPR_t07838 RPR_07690   rpsP FALSE 0.417 185.000 0.000 NA   NA
 7608383 7608384 RPR_07690 RPR_07695 rpsP rpmG TRUE 0.974 17.000 0.008 0.040 Y NA
 7608384 7608385 RPR_07695 RPR_07700 rpmG mutL FALSE 0.315 221.000 0.004 1.000 N NA
 7608385 7608386 RPR_07700 RPR_07730 mutL   FALSE 0.024 2295.000 0.000 1.000 N NA
 7608387 7608388 RPR_07735 RPR_07740     TRUE 0.898 -16.000 0.014 1.000 N NA
 7608389 7608390 RPR_07755 RPR_07760   hemH TRUE 0.967 12.000 0.043 NA   NA
 7608390 7608391 RPR_07760 RPR_07765 hemH hemE TRUE 0.964 -43.000 0.131 1.000 Y NA
 7608392 7608393 RPR_p01 RPR_p02     TRUE 0.979 3.000 0.143 1.000   NA
 7608393 7608394 RPR_p02 RPR_p03     TRUE 0.859 15.000 0.000 1.000   NA
 7608394 7608395 RPR_p03 RPR_p04     FALSE 0.022 748.000 0.000 NA   NA
 7608395 7608396 RPR_p04 RPR_p05     FALSE 0.018 1432.000 0.000 NA   NA
 7608397 7608398 RPR_p06 RPR_p07     TRUE 0.863 -3.000 0.003 1.000   NA
 7608398 7608399 RPR_p07 RPR_p08     FALSE 0.472 188.000 0.000 1.000 N NA
 7608399 7608400 RPR_p08 RPR_p09     TRUE 0.985 27.000 0.385 NA Y NA
 7608401 7608402 RPR_p10 RPR_p11     FALSE 0.179 223.000 0.000 NA   NA
 7608402 7608403 RPR_p11 RPR_p12     FALSE 0.022 1534.000 0.000 NA N NA
 7608403 7608404 RPR_p12 RPR_p13     TRUE 0.637 82.000 0.000 NA Y NA
 7608404 7608405 RPR_p13 RPR_p14     FALSE 0.063 303.000 0.000 NA   NA
 7608406 7608407 RPR_p15 RPR_p16     FALSE 0.017 1958.000 0.000 NA   NA
 7608407 7608408 RPR_p16 RPR_p17     FALSE 0.023 699.000 0.000 NA   NA
 7608408 7608409 RPR_p17 RPR_p18     TRUE 0.726 43.000 0.000 1.000   NA
 7608409 7608410 RPR_p18 RPR_p19     FALSE 0.257 212.000 0.000 NA   NA
 7608410 7608411 RPR_p19 RPR_p20     FALSE 0.470 178.000 0.000 NA   NA