MicrobesOnline Operon Predictions for Candidatus Phytoplasma australiense

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5431773 5431774 PAa_0001 PAa_0002 dnaA dnaN TRUE 0.991 50.000 0.005 1.000 Y NA
 5431774 5431775 PAa_0002 PAa_t20 dnaN tRNA-His FALSE 0.064 1063.000 0.000 NA   NA
 5431775 5431776 PAa_t20 PAa_t15 tRNA-His tRNA-Gln TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5431776 5431777 PAa_t15 PAa_t24 tRNA-Gln tRNA-Leu TRUE 0.911 31.000 0.000 NA   NA
 5431777 5431778 PAa_t24 PAa_t35 tRNA-Leu tRNA-Pseudo TRUE 0.925 12.000 0.000 NA   NA
 5431778 5431779 PAa_t35 PAa_0003 tRNA-Pseudo   FALSE 0.062 590.000 0.000 NA   NA
 5431779 5431780 PAa_0003 PAa_0004     TRUE 0.116 244.000 0.000 NA   NA
 5431780 5431781 PAa_0004 PAa_0005     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5431781 5431782 PAa_0005 PAa_0006     FALSE 0.067 1525.000 0.000 NA   NA
 5431782 5431783 PAa_0006 PAa_0007   degV TRUE 0.082 347.000 0.000 NA   NA
 5431783 5431784 PAa_0007 PAa_t17 degV tRNA-Glu TRUE 0.181 164.000 0.000 NA   NA
 5431784 5431785 PAa_t17 PAa_t10 tRNA-Glu tRNA-Arg TRUE 0.926 7.000 0.000 NA   NA
 5431785 5431786 PAa_t10 PAa_t34 tRNA-Arg tRNA-Pro TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5431786 5431787 PAa_t34 PAa_t18 tRNA-Pro tRNA-Gly TRUE 0.926 6.000 0.000 NA   NA
 5431788 5431789 PAa_0008 PAa_0009     TRUE 0.818 49.000 0.000 0.017   NA
 5431789 5431790 PAa_0009 PAa_0010     TRUE 0.902 2.000 0.000 0.017   NA
 5431791 5431792 PAa_0011 PAa_0012   spxA TRUE 0.090 265.000 0.000 1.000   NA
 5431792 5431793 PAa_0012 PAa_0013 spxA artM FALSE 0.065 1214.000 0.000 NA   NA
 5431793 5431794 PAa_0013 PAa_0014 artM artM TRUE 0.722 69.000 0.000 NA   NA
 5431794 5431795 PAa_0014 PAa_0015 artM   FALSE 0.066 483.000 0.000 NA   NA
 5431795 5431796 PAa_0015 PAa_0016     TRUE 0.094 305.000 0.000 NA   NA
 5431796 5431797 PAa_0016 PAa_0017     TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5431798 5431799 PAa_0018 PAa_0019 thrS   TRUE 0.890 33.000 0.000 1.000   NA
 5431799 5431800 PAa_0019 PAa_0020   trmE TRUE 0.795 85.000 0.005 1.000   NA
 5431800 5431801 PAa_0020 PAa_0021 trmE   TRUE 0.083 302.000 0.000 1.000   NA
 5431801 5431802 PAa_0021 PAa_0022   ugpB TRUE 0.994 28.000 0.429 1.000   NA
 5431802 5431803 PAa_0022 PAa_0023 ugpB ugpE TRUE 0.998 -16.000 0.353 0.035 Y NA
 5431803 5431804 PAa_0023 PAa_0024 ugpE ugpA TRUE 0.998 21.000 0.296 0.035 Y NA
 5431804 5431805 PAa_0024 PAa_0025 ugpA malK TRUE 0.998 1.000 0.611 0.035 Y NA
 5431805 5431806 PAa_0025 PAa_0026 malK asnS TRUE 0.093 1092.000 0.000 1.000 N NA
 5431806 5431807 PAa_0026 PAa_0027 asnS   FALSE 0.061 694.000 0.000 NA   NA
 5431807 5431808 PAa_0027 PAa_0028     TRUE 0.110 251.000 0.000 NA   NA
 5431808 5431809 PAa_0028 PAa_0029     TRUE 0.923 -13.000 0.000 NA   NA
 5431809 5431810 PAa_0029 PAa_0030     TRUE 0.161 189.000 0.000 NA   NA
 5431810 5431811 PAa_0030 PAa_0031     TRUE 0.368 104.000 0.000 NA   NA
 5431811 5431812 PAa_0031 PAa_0032     TRUE 0.916 30.000 0.000 NA   NA
 5431812 5431813 PAa_0032 PAa_0033     TRUE 0.742 66.000 0.000 NA   NA
 5431813 5431814 PAa_0033 PAa_0034     TRUE 0.920 -49.000 0.000 NA   NA
 5431814 5431815 PAa_0034 PAa_0035     FALSE 0.062 572.000 0.000 NA   NA
 5431815 5431816 PAa_0035 PAa_0036     TRUE 0.382 102.000 0.000 NA   NA
 5431817 5431818 PAa_0037 PAa_0038 dnaB   TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5431818 5431819 PAa_0038 PAa_0039   tmk TRUE 0.925 -10.000 0.000 NA   NA
 5431819 5431820 PAa_0039 PAa_0040 tmk   TRUE 0.917 20.000 0.000 NA   NA
 5431820 5431821 PAa_0040 PAa_0041     TRUE 0.562 81.000 0.000 NA   NA
 5431821 5431822 PAa_0041 PAa_0042   himA TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5431822 5431823 PAa_0042 PAa_0043 himA   TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5431823 5431824 PAa_0043 PAa_0044     TRUE 0.921 -46.000 0.000 NA   NA
 5431824 5431825 PAa_0044 PAa_0045     TRUE 0.928 2.000 0.000 NA   NA
 5431825 5431826 PAa_0045 PAa_0046     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5431826 5431827 PAa_0046 PAa_0047     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5431827 5431828 PAa_0047 PAa_0048     TRUE 0.144 202.000 0.000 NA   NA
 5431828 5431829 PAa_0048 PAa_0049     FALSE 0.070 437.000 0.000 NA   NA
 5431829 5431830 PAa_0049 PAa_0050     TRUE 0.916 30.000 0.000 NA   NA
 5431830 5431831 PAa_0050 PAa_0051     TRUE 0.503 82.000 0.000 NA   NA
 5431831 5431832 PAa_0051 PAa_0052     TRUE 0.319 113.000 0.000 NA   NA
 5431832 5431833 PAa_0052 PAa_0053     TRUE 0.256 130.000 0.000 NA   NA
 5431833 5431834 PAa_0053 PAa_0054     TRUE 0.918 17.000 0.000 NA   NA
 5431834 5431835 PAa_0054 PAa_0055     FALSE 0.072 427.000 0.000 NA   NA
 5431835 5431836 PAa_0055 PAa_0056   nrdA FALSE 0.064 1092.000 0.000 NA   NA
 5431836 5431837 PAa_0056 PAa_0057 nrdA   TRUE 0.776 61.000 0.000 NA   NA
 5431837 5431838 PAa_0057 PAa_0058   gepA FALSE 0.062 777.000 0.000 NA   NA
 5431838 5431839 PAa_0058 PAa_0059 gepA eno FALSE 0.063 1018.000 0.000 NA   NA
 5431839 5431840 PAa_0059 PAa_0060 eno gpmI TRUE 0.790 1489.000 0.136 1.000 Y NA
 5431840 5431841 PAa_0060 PAa_0061 gpmI pykA TRUE 0.971 42.000 0.000 1.000 Y NA
 5431842 5431843 PAa_0062 PAa_0063     TRUE 0.084 336.000 0.000 NA   NA
 5431843 5431844 PAa_0063 PAa_0064     TRUE 0.201 154.000 0.000 NA   NA
 5431844 5431845 PAa_0064 PAa_0065     TRUE 0.911 31.000 0.000 NA   NA
 5431845 5431846 PAa_0065 PAa_0066     TRUE 0.503 82.000 0.000 NA   NA
 5431846 5431847 PAa_0066 PAa_0067     TRUE 0.107 257.000 0.000 NA   NA
 5431847 5431848 PAa_0067 PAa_0068     TRUE 0.188 161.000 0.000 NA   NA
 5431848 5431849 PAa_0068 PAa_0069     TRUE 0.913 9.000 0.000 1.000   NA
 5431849 5431850 PAa_0069 PAa_0070   himA TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5431850 5431851 PAa_0070 PAa_0071 himA tmk TRUE 0.105 550.000 0.000 NA N NA
 5431851 5431852 PAa_0071 PAa_0072 tmk   TRUE 0.925 -10.000 0.000 NA   NA
 5431852 5431853 PAa_0072 PAa_0073   dnaB TRUE 0.210 146.000 0.000 NA   NA
 5431854 5431855 PAa_0074 PAa_0075     FALSE 0.062 603.000 0.000 NA   NA
 5431855 5431856 PAa_0075 PAa_0076     TRUE 0.443 87.000 0.000 NA   NA
 5431856 5431857 PAa_0076 PAa_0077     TRUE 0.877 46.000 0.000 NA   NA
 5431857 5431858 PAa_0077 PAa_0078     FALSE 0.062 871.000 0.000 NA   NA
 5431858 5431859 PAa_0078 PAa_0079     TRUE 0.133 213.000 0.000 NA   NA
 5431862 5431863 PAa_0082 PAa_0083     TRUE 0.670 194.000 1.000 NA   NA
 5431864 5431865 PAa_0084 PAa_0085 thyA folA TRUE 0.997 -3.000 0.295 1.000 N NA
 5431865 5431866 PAa_0085 PAa_0086 folA plsC TRUE 0.994 -6.000 0.022 1.000 N NA
 5431866 5431867 PAa_0086 PAa_0087 plsC   TRUE 0.663 245.000 0.043 1.000 N NA
 5431867 5431868 PAa_0087 PAa_0088   rpsD TRUE 0.184 216.000 0.000 1.000 N NA
 5431868 5431869 PAa_0088 PAa_0089 rpsD mgtA TRUE 0.123 334.000 0.000 1.000 N NA
 5431869 5431870 PAa_0089 PAa_0090 mgtA   TRUE 0.989 40.000 1.000 NA   NA
 5431870 5431871 PAa_0090 PAa_0091   degV TRUE 0.995 29.000 0.600 NA   NA
 5431871 5431872 PAa_0091 PAa_0092 degV   FALSE 0.071 434.000 0.000 NA   NA
 5431872 5431873 PAa_0092 PAa_0093   gcp FALSE 0.065 486.000 0.000 NA   NA
 5431873 5431874 PAa_0093 PAa_0094 gcp dnaB TRUE 0.097 1469.000 0.000 1.000 N NA
 5431874 5431875 PAa_0094 PAa_0095 dnaB infC TRUE 0.091 933.000 0.000 1.000 N NA
 5431875 5431876 PAa_0095 PAa_0096 infC rpmI TRUE 0.881 107.000 0.652 1.000   NA
 5431876 5431877 PAa_0096 PAa_0097 rpmI rplT TRUE 0.991 15.000 0.928 0.074   NA
 5431877 5431878 PAa_0097 PAa_0098 rplT   TRUE 0.877 70.000 0.002 NA   NA
 5431878 5431879 PAa_0098 PAa_0099   acpP TRUE 0.083 340.000 0.000 NA   NA
 5431880 5431881 PAa_0100 PAa_0101     TRUE 0.893 38.000 0.000 NA   NA
 5431881 5431882 PAa_0101 PAa_0102     TRUE 0.606 80.000 0.000 NA   NA
 5431882 5431883 PAa_0102 PAa_0103     TRUE 0.924 -12.000 0.000 NA   NA
 5431884 5431885 PAa_0104 PAa_0105 leuS gmk TRUE 0.780 104.000 0.004 1.000 N NA
 5431885 5431886 PAa_0105 PAa_0106 gmk rpoZ TRUE 0.995 5.000 0.471 1.000   NA
 5431886 5431887 PAa_0106 PAa_0107 rpoZ mraW TRUE 0.759 89.000 0.004 1.000   NA
 5431887 5431888 PAa_0107 PAa_0108 mraW   TRUE 0.082 357.000 0.000 NA   NA
 5431888 5431889 PAa_0108 PAa_0109     FALSE 0.076 396.000 0.000 NA   NA
 5431889 5431890 PAa_0109 PAa_0110   norM FALSE 0.067 470.000 0.000 NA   NA
 5431890 5431891 PAa_0110 PAa_0111 norM   TRUE 0.128 222.000 0.000 NA   NA
 5431891 5431892 PAa_0111 PAa_0112   nrdF FALSE 0.064 1052.000 0.000 NA   NA
 5431892 5431893 PAa_0112 PAa_0113 nrdF mscL TRUE 0.341 130.000 0.000 1.000 N NA
 5431893 5431894 PAa_0113 PAa_0114 mscL mdlB TRUE 0.088 468.000 0.000 0.050 N NA
 5431894 5431895 PAa_0114 PAa_0115 mdlB   TRUE 0.998 -3.000 0.846 0.008 Y NA
 5431895 5431896 PAa_0115 PAa_0116     FALSE 0.068 1831.000 0.000 NA   NA
 5431896 5431897 PAa_0116 PAa_0117     TRUE 0.911 31.000 0.000 NA   NA
 5431897 5431898 PAa_0117 PAa_0118     FALSE 0.065 1112.000 0.000 NA   NA
 5431898 5431899 PAa_0118 PAa_0119     FALSE 0.065 487.000 0.000 NA   NA
 5431899 5431900 PAa_0119 PAa_0120     TRUE 0.100 290.000 0.000 NA   NA
 5431900 5431901 PAa_0120 PAa_0121   ackA TRUE 0.524 328.000 0.081 1.000   NA
 5431901 5431902 PAa_0121 PAa_t36 ackA tRNA-Ser FALSE 0.066 483.000 0.000 NA   NA
 5431904 5431905 PAa_0123 PAa_0124 priA   FALSE 0.066 1420.000 0.000 NA   NA
 5431905 5431906 PAa_0124 PAa_0125     FALSE 0.062 601.000 0.000 NA   NA
 5431907 5431908 PAa_0126 PAa_0127     FALSE 0.056 1260.000 0.000 1.000   NA
 5431908 5431909 PAa_0127 PAa_0128   metG TRUE 0.084 296.000 0.000 1.000   NA
 5431909 5431910 PAa_0128 PAa_0129 metG pepA TRUE 0.084 1038.000 0.000 0.066 N NA
 5431912 5431913 PAa_0131 PAa_0132   potD FALSE 0.063 1031.000 0.000 NA   NA
 5431913 5431914 PAa_0132 PAa_0133 potD potC TRUE 0.884 138.000 0.017 0.031 Y NA
 5431914 5431915 PAa_0133 PAa_0134 potC potB TRUE 0.998 -10.000 0.492 0.031 Y NA
 5431915 5431916 PAa_0134 PAa_0135 potB potA TRUE 0.998 -3.000 0.928 0.031 Y NA
 5431917 5431918 PAa_0136 PAa_0137     FALSE 0.062 804.000 0.000 NA   NA
 5431918 5431919 PAa_0137 PAa_0138     FALSE 0.061 658.000 0.000 NA   NA
 5431920 5431921 PAa_0139 PAa_0140 cbiQ cbiO1 TRUE 0.995 -3.000 0.530 1.000   NA
 5431921 5431922 PAa_0140 PAa_0141 cbiO1   TRUE 0.560 435.000 0.435 NA   NA
 5431922 5431923 PAa_0141 PAa_0142   valS TRUE 0.165 918.000 0.002 NA   NA
 5431923 5431924 PAa_0142 PAa_0143 valS engB TRUE 0.894 81.000 0.013 1.000   NA
 5431924 5431925 PAa_0143 PAa_0144 engB   TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5431927 5431928 PAa_0146 PAa_0147 sua5 prfA TRUE 0.996 -7.000 0.004 NA Y NA
 5431928 5431929 PAa_0147 PAa_0148 prfA dnaC TRUE 0.909 72.000 0.003 1.000 N NA
 5431929 5431930 PAa_0148 PAa_0149 dnaC   TRUE 0.994 -3.000 0.022 1.000 N NA
 5431930 5431931 PAa_0149 PAa_0150   rpsR TRUE 0.869 99.000 0.016 0.071 N NA
 5431931 5431932 PAa_0150 PAa_0151 rpsR ssb TRUE 0.982 24.000 0.003 1.000 N NA
 5431932 5431933 PAa_0151 PAa_0152 ssb rpsF TRUE 0.645 127.000 0.003 1.000 N NA
 5431934 5431935 PAa_0153 PAa_0154     TRUE 0.267 129.000 0.000 NA   NA
 5431936 5431937 PAa_0155 PAa_0156     FALSE 0.061 687.000 0.000 NA   NA
 5431938 5431939 PAa_0157 PAa_0158     TRUE 0.198 155.000 0.000 NA   NA
 5431940 5431941 PAa_0159 PAa_0160     TRUE 0.205 151.000 0.000 NA   NA
 5431941 5431942 PAa_0160 PAa_0161     TRUE 0.193 158.000 0.000 NA   NA
 5431942 5431943 PAa_0161 PAa_0162     TRUE 0.184 163.000 0.000 NA   NA
 5431943 5431944 PAa_0162 PAa_0163     FALSE 0.071 432.000 0.000 NA   NA
 5431945 5431946 PAa_0164 PAa_0165 pfkA norM TRUE 0.394 1454.000 0.008 1.000 N NA
 5431946 5431947 PAa_0165 PAa_0166 norM pgi TRUE 0.987 35.000 0.007 1.000 N NA
 5431948 5431949 PAa_0167 PAa_0168   holB TRUE 0.987 26.000 0.016 1.000   NA
 5431949 5431950 PAa_0168 PAa_0169 holB tmk TRUE 0.996 -21.000 0.254 1.000 N NA
 5431950 5431951 PAa_0169 PAa_0170 tmk truA TRUE 0.859 89.000 0.006 1.000 N NA
 5431951 5431952 PAa_0170 PAa_0171 truA norM TRUE 0.096 1319.000 0.000 1.000 N NA
 5431952 5431953 PAa_0171 PAa_0172 norM glyA TRUE 0.098 1641.000 0.000 1.000 N NA
 5431953 5431954 PAa_0172 PAa_0173 glyA cbiQ TRUE 0.992 34.000 0.028 1.000 N NA
 5431954 5431955 PAa_0173 PAa_0174 cbiQ cbiO2 TRUE 0.998 13.000 0.095 1.000 Y NA
 5431955 5431956 PAa_0174 PAa_0175 cbiO2 cbiO2 TRUE 0.998 -24.000 0.713 0.026 Y NA
 5431956 5431957 PAa_0175 PAa_0176 cbiO2   TRUE 0.980 57.000 0.011 NA N NA
 5431957 5431958 PAa_0176 PAa_0177     TRUE 0.992 20.000 0.043 NA   NA
 5431958 5431959 PAa_0177 PAa_0178     TRUE 0.995 21.000 0.500 NA   NA
 5431960 5431961 PAa_0179 PAa_0180     FALSE 0.066 1428.000 0.000 NA   NA
 5431961 5431962 PAa_0180 PAa_0181     FALSE 0.064 524.000 0.000 NA   NA
 5431962 5431963 PAa_0181 PAa_0182     FALSE 0.061 703.000 0.000 NA   NA
 5431964 5431965 PAa_0183 PAa_0184     TRUE 0.696 71.000 0.000 NA   NA
 5431965 5431966 PAa_0184 PAa_0185     TRUE 0.205 151.000 0.000 NA   NA
 5431966 5431967 PAa_0185 PAa_0186     TRUE 0.911 31.000 0.000 NA   NA
 5431967 5431968 PAa_0186 PAa_0187     TRUE 0.503 82.000 0.000 NA   NA
 5431968 5431969 PAa_0187 PAa_0188     FALSE 0.069 446.000 0.000 NA   NA
 5431969 5431970 PAa_0188 PAa_0189     FALSE 0.067 466.000 0.000 NA   NA
 5431970 5431971 PAa_0189 PAa_0190     FALSE 0.061 655.000 0.000 NA   NA
 5431971 5431972 PAa_0190 PAa_0191     TRUE 0.884 44.000 0.000 NA   NA
 5431972 5431973 PAa_0191 PAa_0192     TRUE 0.144 202.000 0.000 NA   NA
 5431974 5431975 PAa_0193 PAa_0194     TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5431975 5431976 PAa_0194 PAa_0195   tmk TRUE 0.925 -10.000 0.000 NA   NA
 5431976 5431977 PAa_0195 PAa_0196 tmk   TRUE 0.917 20.000 0.000 NA   NA
 5431977 5431978 PAa_0196 PAa_0197     TRUE 0.562 81.000 0.000 NA   NA
 5431978 5431979 PAa_0197 PAa_0198   himA TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5431979 5431980 PAa_0198 PAa_0199 himA   TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5431980 5431981 PAa_0199 PAa_0200     TRUE 0.289 123.000 0.000 NA   NA
 5431981 5431982 PAa_0200 PAa_0201     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5431982 5431983 PAa_0201 PAa_0202     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5431983 5431984 PAa_0202 PAa_0203     TRUE 0.144 202.000 0.000 NA   NA
 5431984 5431985 PAa_0203 PAa_0204     TRUE 0.904 49.000 0.000 1.000 N NA
 5431985 5431986 PAa_0204 PAa_0205     TRUE 0.503 82.000 0.000 NA   NA
 5431986 5431987 PAa_0205 PAa_0206     TRUE 0.256 130.000 0.000 NA   NA
 5431988 5431989 PAa_0207 PAa_0208     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5431989 5431990 PAa_0208 PAa_0209     TRUE 0.214 141.000 0.000 NA   NA
 5431990 5431991 PAa_0209 PAa_0210     TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5431992 5431993 PAa_0211 PAa_0212     TRUE 0.235 134.000 0.000 NA   NA
 5431993 5431994 PAa_0212 PAa_0213   gyrB TRUE 0.092 310.000 0.000 NA   NA
 5431994 5431995 PAa_0213 PAa_0214 gyrB gyrA TRUE 0.988 50.000 0.004 0.004 Y NA
 5431995 5431996 PAa_0214 PAa_0215 gyrA   TRUE 0.978 -7.000 0.003 NA   NA
 5431996 5431997 PAa_0215 PAa_0216     TRUE 0.987 56.000 0.217 NA   NA
 5432000 5432001 PAa_0219 PAa_0220     FALSE 0.063 563.000 0.000 NA   NA
 5432003 5432004 PAa_0222 PAa_0223 lepA   TRUE 0.918 17.000 0.000 NA   NA
 5432004 5432005 PAa_0223 PAa_0224     FALSE 0.062 580.000 0.000 NA   NA
 5432006 5432007 PAa_0225 PAa_0226     TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5432007 5432008 PAa_0226 PAa_0227   tmk TRUE 0.925 -10.000 0.000 NA   NA
 5432008 5432009 PAa_0227 PAa_0228 tmk   TRUE 0.917 20.000 0.000 NA   NA
 5432009 5432010 PAa_0228 PAa_0229     TRUE 0.562 81.000 0.000 NA   NA
 5432010 5432011 PAa_0229 PAa_0230   himA TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432011 5432012 PAa_0230 PAa_0231 himA   TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5432012 5432013 PAa_0231 PAa_0232     TRUE 0.289 123.000 0.000 NA   NA
 5432013 5432014 PAa_0232 PAa_0233     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5432014 5432015 PAa_0233 PAa_0234     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432015 5432016 PAa_0234 PAa_0235     TRUE 0.144 202.000 0.000 NA   NA
 5432016 5432017 PAa_0235 PAa_0236     TRUE 0.863 49.000 0.000 NA   NA
 5432017 5432018 PAa_0236 PAa_0237     TRUE 0.916 30.000 0.000 NA   NA
 5432018 5432019 PAa_0237 PAa_0238     TRUE 0.503 82.000 0.000 NA   NA
 5432019 5432020 PAa_0238 PAa_0239     TRUE 0.256 130.000 0.000 NA   NA
 5432020 5432021 PAa_0239 PAa_0240     TRUE 0.696 71.000 0.000 NA   NA
 5432024 5432025 PAa_0243 PAa_0244     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432025 5432026 PAa_0244 PAa_0245     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5432026 5432027 PAa_0245 PAa_0246     TRUE 0.928 2.000 0.000 NA   NA
 5432027 5432028 PAa_0246 PAa_0247   himA TRUE 0.243 131.000 0.000 NA   NA
 5432028 5432029 PAa_0247 PAa_0248 himA   TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432029 5432030 PAa_0248 PAa_0249     TRUE 0.562 81.000 0.000 NA   NA
 5432030 5432031 PAa_0249 PAa_0250   dam TRUE 0.752 65.000 0.000 NA   NA
 5432031 5432032 PAa_0250 PAa_0251 dam   FALSE 0.063 539.000 0.000 NA   NA
 5432032 5432033 PAa_0251 PAa_0252   gepA TRUE 0.884 44.000 0.000 NA   NA
 5432033 5432034 PAa_0252 PAa_0253 gepA   TRUE 0.152 197.000 0.000 NA   NA
 5432034 5432035 PAa_0253 PAa_0254     TRUE 0.417 93.000 0.000 NA   NA
 5432035 5432036 PAa_0254 PAa_0255     TRUE 0.088 322.000 0.000 NA   NA
 5432036 5432037 PAa_0255 PAa_0256     TRUE 0.653 75.000 0.000 NA   NA
 5432037 5432038 PAa_0256 PAa_0257     TRUE 0.928 2.000 0.000 NA   NA
 5432038 5432039 PAa_0257 PAa_0258     TRUE 0.902 34.000 0.000 NA   NA
 5432040 5432041 PAa_0259 PAa_0260     TRUE 0.863 49.000 0.000 NA   NA
 5432041 5432042 PAa_0260 PAa_0261     TRUE 0.470 83.000 0.000 NA   NA
 5432042 5432043 PAa_0261 PAa_0262     TRUE 0.112 247.000 0.000 NA   NA
 5432043 5432044 PAa_0262 PAa_0263     TRUE 0.911 31.000 0.000 NA   NA
 5432044 5432045 PAa_0263 PAa_0264     TRUE 0.219 140.000 0.000 NA   NA
 5432045 5432046 PAa_0264 PAa_0265     TRUE 0.503 82.000 0.000 NA   NA
 5432047 5432048 PAa_0266 PAa_0267   artI FALSE 0.058 451.000 0.000 1.000   NA
 5432048 5432049 PAa_0267 PAa_0268 artI   TRUE 0.087 324.000 0.000 NA   NA
 5432051 5432052 PAa_0270 PAa_0271 zntA spoVG TRUE 0.968 71.000 0.027 1.000 N NA
 5432052 5432053 PAa_0271 PAa_0272 spoVG ksgA TRUE 0.625 118.000 0.002 1.000 N NA
 5432053 5432054 PAa_0272 PAa_0273 ksgA   TRUE 0.974 23.000 0.003 1.000   NA
 5432054 5432055 PAa_0273 PAa_0274   pduL TRUE 0.310 456.000 0.007 NA   NA
 5432055 5432056 PAa_0274 PAa_0275 pduL   FALSE 0.064 523.000 0.000 NA   NA
 5432056 5432057 PAa_0275 PAa_0276     TRUE 0.229 137.000 0.000 NA   NA
 5432057 5432058 PAa_0276 PAa_0277     TRUE 0.911 31.000 0.000 NA   NA
 5432058 5432059 PAa_0277 PAa_0278     TRUE 0.923 -15.000 0.000 NA   NA
 5432059 5432060 PAa_0278 PAa_0279     TRUE 0.470 83.000 0.000 NA   NA
 5432060 5432061 PAa_0279 PAa_0280     TRUE 0.243 131.000 0.000 NA   NA
 5432062 5432063 PAa_0281 PAa_0282     TRUE 0.223 138.000 0.000 NA   NA
 5432063 5432064 PAa_0282 PAa_0283     TRUE 0.918 27.000 0.000 NA   NA
 5432064 5432065 PAa_0283 PAa_0284     TRUE 0.299 122.000 0.000 NA   NA
 5432065 5432066 PAa_0284 PAa_0285     TRUE 0.177 170.000 0.000 NA   NA
 5432066 5432067 PAa_0285 PAa_0286     TRUE 0.114 245.000 0.000 NA   NA
 5432067 5432068 PAa_0286 PAa_0287     TRUE 0.863 49.000 0.000 NA   NA
 5432068 5432069 PAa_0287 PAa_0288     TRUE 0.917 20.000 0.000 NA   NA
 5432070 5432071 PAa_0289 PAa_0290     TRUE 0.921 -28.000 0.000 NA   NA
 5432071 5432072 PAa_0290 PAa_0291     TRUE 0.165 187.000 0.000 NA   NA
 5432072 5432073 PAa_0291 PAa_0292     FALSE 0.064 501.000 0.000 NA   NA
 5432073 5432074 PAa_0292 PAa_0293     TRUE 0.157 194.000 0.000 NA   NA
 5432074 5432075 PAa_0293 PAa_0294     TRUE 0.127 226.000 0.000 NA   NA
 5432075 5432076 PAa_0294 PAa_0295     TRUE 0.916 30.000 0.000 NA   NA
 5432076 5432077 PAa_0295 PAa_0296     TRUE 0.918 17.000 0.000 NA   NA
 5432077 5432078 PAa_0296 PAa_0297     FALSE 0.062 572.000 0.000 NA   NA
 5432078 5432079 PAa_0297 PAa_0298     TRUE 0.336 110.000 0.000 NA   NA
 5432079 5432080 PAa_0298 PAa_0299     FALSE 0.063 526.000 0.000 NA   NA
 5432080 5432081 PAa_0299 PAa_0300     FALSE 0.062 572.000 0.000 NA   NA
 5432081 5432082 PAa_0300 PAa_0301     TRUE 0.925 12.000 0.000 NA   NA
 5432082 5432083 PAa_0301 PAa_0302     TRUE 0.219 140.000 0.000 NA   NA
 5432083 5432084 PAa_0302 PAa_0303     TRUE 0.918 17.000 0.000 NA   NA
 5432084 5432085 PAa_0303 PAa_0304   tmk TRUE 0.135 212.000 0.000 NA   NA
 5432085 5432086 PAa_0304 PAa_0305 tmk   TRUE 0.768 62.000 0.000 NA   NA
 5432086 5432087 PAa_0305 PAa_0306     TRUE 0.174 177.000 0.000 NA   NA
 5432087 5432088 PAa_0306 PAa_0307     FALSE 0.066 481.000 0.000 NA   NA
 5432088 5432089 PAa_0307 PAa_0308     TRUE 0.443 87.000 0.000 NA   NA
 5432089 5432090 PAa_0308 PAa_0309     TRUE 0.849 50.000 0.000 NA   NA
 5432090 5432091 PAa_0309 PAa_0310     TRUE 0.460 84.000 0.000 NA   NA
 5432091 5432092 PAa_0310 PAa_0311     TRUE 0.918 26.000 0.000 NA   NA
 5432092 5432093 PAa_0311 PAa_0312     FALSE 0.068 448.000 0.000 NA   NA
 5432093 5432094 PAa_0312 PAa_0313     TRUE 0.918 18.000 0.000 NA   NA
 5432094 5432095 PAa_0313 PAa_0314     TRUE 0.310 116.000 0.000 NA   NA
 5432095 5432096 PAa_0314 PAa_0315     TRUE 0.417 93.000 0.000 NA   NA
 5432097 5432098 PAa_0316 PAa_0317 fliA   TRUE 0.994 4.000 0.167 1.000   NA
 5432098 5432099 PAa_0317 PAa_0318     TRUE 0.121 235.000 0.000 NA   NA
 5432100 5432101 PAa_0319 PAa_0320     TRUE 0.289 123.000 0.000 NA   NA
 5432101 5432102 PAa_0320 PAa_0321   himA TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5432102 5432103 PAa_0321 PAa_0322 himA   TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432103 5432104 PAa_0322 PAa_0323     TRUE 0.562 81.000 0.000 NA   NA
 5432104 5432105 PAa_0323 PAa_0324   tmk TRUE 0.917 20.000 0.000 NA   NA
 5432105 5432106 PAa_0324 PAa_0325 tmk   TRUE 0.925 -10.000 0.000 NA   NA
 5432106 5432107 PAa_0325 PAa_0326     TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5432108 5432109 PAa_0327 PAa_0328     FALSE 0.073 334.000 0.000 1.000   NA
 5432109 5432110 PAa_0328 PAa_0329     TRUE 0.911 31.000 0.000 NA   NA
 5432110 5432111 PAa_0329 PAa_0330   himA FALSE 0.077 394.000 0.000 NA   NA
 5432111 5432112 PAa_0330 PAa_0331 himA   TRUE 0.188 161.000 0.000 NA   NA
 5432112 5432113 PAa_0331 PAa_0332     FALSE 0.073 405.000 0.000 NA   NA
 5432113 5432114 PAa_0332 PAa_0333     TRUE 0.918 29.000 0.000 NA   NA
 5432114 5432115 PAa_0333 PAa_0334     TRUE 0.928 2.000 0.000 NA   NA
 5432115 5432116 PAa_0334 PAa_0335     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5432116 5432117 PAa_0335 PAa_0336     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432117 5432118 PAa_0336 PAa_0337     TRUE 0.917 19.000 0.000 NA   NA
 5432118 5432119 PAa_0337 PAa_0338     TRUE 0.382 102.000 0.000 NA   NA
 5432119 5432120 PAa_0338 PAa_0339     TRUE 0.791 59.000 0.000 NA   NA
 5432120 5432121 PAa_0339 PAa_0340     TRUE 0.849 50.000 0.000 NA   NA
 5432121 5432122 PAa_0340 PAa_0341     TRUE 0.927 4.000 0.000 NA   NA
 5432122 5432123 PAa_0341 PAa_0342     TRUE 0.921 -25.000 0.000 NA   NA
 5432123 5432124 PAa_0342 PAa_0343     TRUE 0.090 320.000 0.000 NA   NA
 5432124 5432125 PAa_0343 PAa_0344     TRUE 0.927 3.000 0.000 NA   NA
 5432126 5432127 PAa_0345 PAa_0346 mgtA ileS TRUE 0.104 427.000 0.000 1.000 N NA
 5432127 5432128 PAa_0346 PAa_0347 ileS   TRUE 0.993 40.000 0.004 1.000 Y NA
 5432128 5432129 PAa_0347 PAa_0348   engC TRUE 0.331 187.000 0.003 0.022   NA
 5432129 5432130 PAa_0348 PAa_0349 engC   FALSE 0.069 445.000 0.000 NA   NA
 5432130 5432131 PAa_0349 PAa_0350     TRUE 0.916 30.000 0.000 NA   NA
 5432131 5432132 PAa_0350 PAa_0351     FALSE 0.072 411.000 0.000 NA   NA
 5432132 5432133 PAa_0351 PAa_0352     TRUE 0.374 103.000 0.000 NA   NA
 5432133 5432134 PAa_0352 PAa_0353     TRUE 0.926 5.000 0.000 NA   NA
 5432134 5432135 PAa_0353 PAa_0354     FALSE 0.063 558.000 0.000 NA   NA
 5432135 5432136 PAa_0354 PAa_0355     TRUE 0.155 195.000 0.000 NA   NA
 5432136 5432137 PAa_0355 PAa_0356     TRUE 0.163 188.000 0.000 NA   NA
 5432137 5432138 PAa_0356 PAa_0357     TRUE 0.927 4.000 0.000 NA   NA
 5432138 5432139 PAa_0357 PAa_0358     TRUE 0.918 29.000 0.000 NA   NA
 5432139 5432140 PAa_0358 PAa_0359     TRUE 0.752 65.000 0.000 NA   NA
 5432140 5432141 PAa_0359 PAa_0360     TRUE 0.175 173.000 0.000 NA   NA
 5432141 5432142 PAa_0360 PAa_0361   dnaB TRUE 0.901 12.000 0.000 0.047   NA
 5432142 5432143 PAa_0361 PAa_0362 dnaB   TRUE 0.994 17.000 0.150 NA   NA
 5432143 5432144 PAa_0362 PAa_0363     TRUE 0.927 -6.000 0.000 NA   NA
 5432144 5432145 PAa_0363 PAa_0364     TRUE 0.921 -28.000 0.000 NA   NA
 5432145 5432146 PAa_0364 PAa_0365   tmk TRUE 0.924 -12.000 0.000 NA   NA
 5432146 5432147 PAa_0365 PAa_0366 tmk   TRUE 0.762 63.000 0.000 NA   NA
 5432147 5432148 PAa_0366 PAa_0367     FALSE 0.062 872.000 0.000 NA   NA
 5432148 5432149 PAa_0367 PAa_0368     TRUE 0.926 7.000 0.000 NA   NA
 5432149 5432150 PAa_0368 PAa_0369     TRUE 0.193 158.000 0.000 NA   NA
 5432150 5432151 PAa_0369 PAa_0370     TRUE 0.917 25.000 0.000 NA   NA
 5432152 5432153 PAa_0371 PAa_0372     TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5432153 5432154 PAa_0372 PAa_0373   tmk TRUE 0.925 -10.000 0.000 NA   NA
 5432154 5432155 PAa_0373 PAa_0374 tmk   TRUE 0.917 20.000 0.000 NA   NA
 5432155 5432156 PAa_0374 PAa_0375     TRUE 0.562 81.000 0.000 NA   NA
 5432156 5432157 PAa_0375 PAa_0376   himA TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432157 5432158 PAa_0376 PAa_0377 himA   TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5432158 5432159 PAa_0377 PAa_0378     TRUE 0.095 303.000 0.000 NA   NA
 5432159 5432160 PAa_0378 PAa_0379     TRUE 0.926 7.000 0.000 NA   NA
 5432160 5432161 PAa_0379 PAa_0380     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432161 5432162 PAa_0380 PAa_0381     TRUE 0.139 203.000 0.000 NA   NA
 5432162 5432163 PAa_0381 PAa_0382     TRUE 0.944 17.000 0.000 1.000 N NA
 5432163 5432164 PAa_0382 PAa_0383     TRUE 0.940 82.000 0.667 NA   NA
 5432164 5432165 PAa_0383 PAa_0384     TRUE 0.170 182.000 0.000 NA   NA
 5432166 5432167 PAa_0385 PAa_0386     TRUE 0.927 4.000 0.000 NA   NA
 5432167 5432168 PAa_0386 PAa_0387     FALSE 0.066 479.000 0.000 NA   NA
 5432168 5432169 PAa_0387 PAa_0388     TRUE 0.791 59.000 0.000 NA   NA
 5432169 5432170 PAa_0388 PAa_0389     TRUE 0.382 102.000 0.000 NA   NA
 5432170 5432171 PAa_0389 PAa_0390     TRUE 0.917 19.000 0.000 NA   NA
 5432171 5432172 PAa_0390 PAa_0391     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432172 5432173 PAa_0391 PAa_0393     TRUE 0.137 205.000 0.000 NA   NA
 5432173 5432174 PAa_0393 PAa_0394     TRUE 0.918 29.000 0.000 NA   NA
 5432174 5432175 PAa_0394 PAa_0395   #pseudo TRUE 0.926 6.000 0.000 NA   NA
 5432175 5432176 PAa_0395 PAa_0396 #pseudo   TRUE 0.926 6.000 0.000 NA   NA
 5432176 5432177 PAa_0396 PAa_0397   himA TRUE 0.188 161.000 0.000 NA   NA
 5432177 5432178 PAa_0397 PAa_0398 himA   FALSE 0.077 394.000 0.000 NA   NA
 5432178 5432179 PAa_0398 PAa_0399     TRUE 0.911 31.000 0.000 NA   NA
 5432179 5432180 PAa_0399 PAa_0400     TRUE 0.086 333.000 0.000 NA   NA
 5432180 5432181 PAa_0400 PAa_0401   gepA FALSE 0.062 604.000 0.000 NA   NA
 5432181 5432182 PAa_0401 PAa_0402 gepA   TRUE 0.653 75.000 0.000 NA   NA
 5432182 5432183 PAa_0402 PAa_0403   gepA TRUE 0.152 197.000 0.000 NA   NA
 5432183 5432184 PAa_0403 PAa_0404 gepA   TRUE 0.918 27.000 0.000 NA   NA
 5432184 5432185 PAa_0404 PAa_0405     TRUE 0.606 80.000 0.000 NA   NA
 5432185 5432186 PAa_0405 PAa_0406     TRUE 0.813 57.000 0.000 NA   NA
 5432186 5432187 PAa_0406 PAa_0407     TRUE 0.349 107.000 0.000 NA   NA
 5432187 5432188 PAa_0407 PAa_0408     TRUE 0.121 235.000 0.000 NA   NA
 5432188 5432189 PAa_0408 PAa_0409   fliA TRUE 0.994 4.000 0.167 1.000   NA
 5432190 5432191 PAa_0410 PAa_0411     TRUE 0.791 59.000 0.000 NA   NA
 5432192 5432193 PAa_0412 PAa_0413     TRUE 0.922 -16.000 0.000 NA   NA
 5432193 5432194 PAa_0413 PAa_0414     TRUE 0.256 130.000 0.000 NA   NA
 5432194 5432195 PAa_0414 PAa_0415     TRUE 0.916 30.000 0.000 NA   NA
 5432195 5432196 PAa_0415 PAa_0416     TRUE 0.503 82.000 0.000 NA   NA
 5432196 5432197 PAa_0416 PAa_0417     TRUE 0.904 49.000 0.000 1.000 N NA
 5432197 5432198 PAa_0417 PAa_0418     TRUE 0.149 201.000 0.000 NA   NA
 5432198 5432199 PAa_0418 PAa_0419     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432199 5432200 PAa_0419 PAa_0420     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5432200 5432201 PAa_0420 PAa_0421     TRUE 0.289 123.000 0.000 NA   NA
 5432201 5432202 PAa_0421 PAa_0422   himA TRUE 0.917 25.000 0.000 NA   NA
 5432202 5432203 PAa_0422 PAa_0423 himA   TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432203 5432204 PAa_0423 PAa_0424     TRUE 0.562 81.000 0.000 NA   NA
 5432204 5432205 PAa_0424 PAa_0425   tmk TRUE 0.917 20.000 0.000 NA   NA
 5432205 5432206 PAa_0425 PAa_0426 tmk   TRUE 0.925 -10.000 0.000 NA   NA
 5432206 5432207 PAa_0426 PAa_0427     TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5432207 5432208 PAa_0427 PAa_0428     TRUE 0.928 1.000 0.000 NA   NA
 5432209 5432210 PAa_0429 PAa_0430     TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5432210 5432211 PAa_0430 PAa_0431   tmk TRUE 0.722 69.000 0.000 NA   NA
 5432211 5432212 PAa_0431 PAa_0432 tmk himA TRUE 0.957 -3.000 0.000 NA N NA
 5432212 5432213 PAa_0432 PAa_0433 himA   TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5432213 5432214 PAa_0433 PAa_0434     TRUE 0.214 141.000 0.000 NA   NA
 5432214 5432215 PAa_0434 PAa_0435     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5432215 5432216 PAa_0435 PAa_0436     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432216 5432217 PAa_0436 PAa_0437     TRUE 0.135 212.000 0.000 NA   NA
 5432217 5432218 PAa_0437 PAa_0438     TRUE 0.116 244.000 0.000 NA   NA
 5432218 5432219 PAa_0438 PAa_0439     TRUE 0.911 -13.000 0.000 1.000   NA
 5432219 5432220 PAa_0439 PAa_0440     FALSE 0.061 700.000 0.000 NA   NA
 5432220 5432221 PAa_0440 PAa_0441     TRUE 0.781 60.000 0.000 NA   NA
 5432221 5432222 PAa_0441 PAa_0442     FALSE 0.077 394.000 0.000 NA   NA
 5432222 5432223 PAa_0442 PAa_0443     FALSE 0.062 910.000 0.000 NA   NA
 5432223 5432224 PAa_0443 PAa_0444     TRUE 0.887 43.000 0.000 NA   NA
 5432224 5432225 PAa_0444 PAa_0445     TRUE 0.101 282.000 0.000 NA   NA
 5432225 5432226 PAa_0445 PAa_0446     TRUE 0.119 242.000 0.000 NA   NA
 5432227 5432228 PAa_0447 PAa_0448     TRUE 0.923 -13.000 0.000 NA   NA
 5432228 5432229 PAa_0448 PAa_0449     TRUE 0.993 26.000 0.104 1.000   NA
 5432229 5432230 PAa_0449 PAa_0450   artM TRUE 0.090 726.000 0.000 1.000 N NA
 5432230 5432231 PAa_0450 PAa_0451 artM ribF TRUE 0.268 157.000 0.000 1.000 N NA
 5432232 5432233 PAa_0452 PAa_0453 uvrC uvrB TRUE 0.648 1178.000 0.020 0.004 Y NA
 5432233 5432234 PAa_0453 PAa_0454 uvrB nlpA FALSE 0.064 510.000 0.000 NA   NA
 5432234 5432235 PAa_0454 PAa_0455 nlpA   TRUE 0.907 32.000 0.000 NA   NA
 5432235 5432236 PAa_0455 PAa_0456   iscU TRUE 0.124 398.000 0.000 NA N NA
 5432236 5432237 PAa_0456 PAa_0457 iscU   TRUE 0.633 78.000 0.000 NA   NA
 5432237 5432238 PAa_0457 PAa_0458     FALSE 0.062 623.000 0.000 NA   NA
 5432241 5432242 PAa_0461 PAa_0462     TRUE 0.918 27.000 0.000 NA   NA
 5432242 5432243 PAa_0462 PAa_0463     TRUE 0.863 49.000 0.000 NA   NA
 5432243 5432244 PAa_0463 PAa_0464     TRUE 0.108 255.000 0.000 NA   NA
 5432244 5432245 PAa_0464 PAa_0465     TRUE 0.922 -16.000 0.000 NA   NA
 5432245 5432246 PAa_0465 PAa_0466     FALSE 0.061 663.000 0.000 NA   NA
 5432246 5432247 PAa_0466 PAa_0467     FALSE 0.071 428.000 0.000 NA   NA
 5432247 5432248 PAa_0467 PAa_0468     TRUE 0.813 57.000 0.000 NA   NA
 5432248 5432249 PAa_0468 PAa_0469     TRUE 0.214 141.000 0.000 NA   NA
 5432249 5432250 PAa_0469 PAa_0470     TRUE 0.911 31.000 0.000 NA   NA
 5432250 5432251 PAa_0470 PAa_0471     TRUE 0.653 75.000 0.000 NA   NA
 5432251 5432252 PAa_0471 PAa_0472     FALSE 0.062 572.000 0.000 NA   NA
 5432252 5432253 PAa_0472 PAa_0473     TRUE 0.107 260.000 0.000 NA   NA
 5432256 5432257 PAa_0476 PAa_0477     FALSE 0.074 402.000 0.000 NA   NA
 5432258 5432259 PAa_0478 PAa_0479     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5432260 5432261 PAa_0480 PAa_0481   znuA FALSE 0.061 634.000 0.000 NA   NA
 5432261 5432262 PAa_0481 PAa_0482 znuA znuC TRUE 0.790 338.000 0.898 1.000 Y NA
 5432262 5432263 PAa_0482 PAa_0483 znuC znuB TRUE 0.999 16.000 0.432 1.000 Y NA
 5432263 5432264 PAa_0483 PAa_0484 znuB znuB TRUE 0.998 16.000 0.443 0.006 Y NA
 5432264 5432265 PAa_0484 PAa_0485 znuB hisS TRUE 0.089 656.000 0.000 1.000 N NA
 5432265 5432266 PAa_0485 PAa_0486 hisS aspS TRUE 0.998 11.000 0.161 0.044 Y NA
 5432266 5432267 PAa_0486 PAa_0487 aspS mesJ TRUE 0.984 17.000 0.004 0.044 N NA
 5432267 5432268 PAa_0487 PAa_0488 mesJ hflB TRUE 0.994 21.000 0.051 1.000 N NA
 5432268 5432269 PAa_0488 PAa_0489 hflB rluA TRUE 0.746 92.000 0.002 1.000 N NA
 5432269 5432270 PAa_0489 PAa_0490 rluA metN TRUE 0.954 52.000 0.002 1.000 N NA
 5432270 5432271 PAa_0490 PAa_0491 metN metQ TRUE 0.998 37.000 0.067 NA Y NA
 5432271 5432272 PAa_0491 PAa_0492 metQ metl TRUE 0.998 2.000 1.000 NA Y NA
 5432272 5432273 PAa_0492 PAa_0493 metl   TRUE 0.958 75.000 0.059 NA   NA
 5432273 5432274 PAa_0493 PAa_0494   rpsO TRUE 0.983 25.000 0.005 NA   NA
 5432274 5432275 PAa_0494 PAa_0495 rpsO thiJ TRUE 0.686 99.000 0.003 NA   NA
 5432275 5432276 PAa_0495 PAa_0496 thiJ rplM TRUE 0.160 191.000 0.000 NA   NA
 5432276 5432277 PAa_0496 PAa_0497 rplM rpsI TRUE 0.998 5.000 0.601 0.048 Y NA
 5432277 5432278 PAa_0497 PAa_0498 rpsI gltX TRUE 0.978 73.000 0.006 1.000 Y NA
 5432278 5432279 PAa_0498 PAa_0499 gltX cysS TRUE 0.875 152.000 0.013 1.000 Y NA
 5432279 5432280 PAa_0499 PAa_0500 cysS nfnB TRUE 0.948 13.000 0.000 1.000 N NA
 5432281 5432282 PAa_0501 PAa_0502     TRUE 0.992 5.000 0.034 NA   NA
 5432282 5432283 PAa_0502 PAa_0503     TRUE 0.984 16.000 0.006 1.000   NA
 5432283 5432284 PAa_0503 PAa_0504     TRUE 0.983 -3.000 0.003 1.000 N NA
 5432284 5432285 PAa_0504 PAa_0505     TRUE 0.916 2.000 0.000 1.000   NA
 5432285 5432286 PAa_0505 PAa_0506   greA TRUE 0.913 -10.000 0.000 1.000   NA
 5432286 5432287 PAa_0506 PAa_0507 greA smtA TRUE 0.987 16.000 0.012 1.000   NA
 5432287 5432288 PAa_0507 PAa_0508 smtA ruvX TRUE 0.987 -13.000 0.012 1.000   NA
 5432288 5432289 PAa_0508 PAa_0509 ruvX alaS TRUE 0.975 45.000 0.003 1.000 N NA
 5432289 5432290 PAa_0509 PAa_0510 alaS gapA TRUE 0.142 291.000 0.000 1.000 N NA
 5432290 5432291 PAa_0510 PAa_0511 gapA pgk TRUE 0.982 58.000 0.004 0.010 Y NA
 5432291 5432292 PAa_0511 PAa_0512 pgk fba TRUE 0.971 35.000 0.000 0.010 Y NA
 5432292 5432293 PAa_0512 PAa_0513 fba cof TRUE 0.411 85.000 0.000 1.000   NA
 5432293 5432294 PAa_0513 PAa_0514 cof tpiA TRUE 0.876 106.000 0.600 0.023   NA
 5432294 5432295 PAa_0514 PAa_0515 tpiA cdsA TRUE 0.156 252.000 0.000 1.000 N NA
 5432295 5432296 PAa_0515 PAa_0516 cdsA frr TRUE 0.983 36.000 0.004 1.000 N NA
 5432296 5432297 PAa_0516 PAa_0517 frr pyrH TRUE 0.997 3.000 0.626 1.000 N NA
 5432297 5432298 PAa_0517 PAa_0518 pyrH tsf TRUE 0.994 47.000 0.416 1.000 N NA
 5432298 5432299 PAa_0518 PAa_0519 tsf rpsB TRUE 0.965 109.000 0.748 1.000 Y NA
 5432299 5432300 PAa_0519 PAa_0520 rpsB dut TRUE 0.147 276.000 0.000 1.000 N NA
 5432300 5432301 PAa_0520 PAa_0521 dut ung TRUE 0.467 218.000 0.004 1.000 N NA
 5432301 5432302 PAa_0521 PAa_0522 ung   TRUE 0.991 20.000 0.044 1.000   NA
 5432303 5432304 PAa_0523 PAa_0524     FALSE 0.062 828.000 0.000 NA   NA
 5432304 5432305 PAa_0524 PAa_0525     TRUE 0.925 -10.000 0.000 NA   NA
 5432306 5432307 PAa_0526 PAa_0527     FALSE 0.068 453.000 0.000 NA   NA
 5432307 5432308 PAa_0527 PAa_0528     TRUE 0.918 17.000 0.000 NA   NA
 5432308 5432309 PAa_0528 PAa_0529     TRUE 0.081 359.000 0.000 NA   NA
 5432309 5432310 PAa_0529 PAa_0530   phnL FALSE 0.069 440.000 0.000 NA   NA
 5432310 5432311 PAa_0530 PAa_0531 phnL pheT TRUE 0.160 247.000 0.000 1.000 N NA
 5432311 5432312 PAa_0531 PAa_0532 pheT pheS TRUE 0.998 -13.000 0.574 0.003 Y NA
 5432312 5432313 PAa_0532 PAa_0533 pheS   TRUE 0.969 16.000 0.002 NA   NA
 5432313 5432314 PAa_0533 PAa_0534   cof TRUE 0.918 17.000 0.000 NA   NA
 5432314 5432315 PAa_0534 PAa_0535 cof dnaE FALSE 0.076 321.000 0.000 1.000   NA
 5432315 5432316 PAa_0535 PAa_0536 dnaE lysU TRUE 0.985 22.000 0.004 0.044 N NA
 5432317 5432318 PAa_0537 PAa_0538 lplA   TRUE 0.995 30.000 0.375 NA   NA
 5432318 5432319 PAa_0538 PAa_0539   hflB TRUE 0.509 566.000 0.667 NA   NA
 5432319 5432320 PAa_0539 PAa_0540 hflB argS TRUE 0.571 83.000 0.000 1.000 N NA
 5432320 5432321 PAa_0540 PAa_t25 argS tRNA-Leu FALSE 0.069 447.000 0.000 NA   NA
 5432321 5432322 PAa_t25 PAa_0541 tRNA-Leu polC TRUE 0.233 136.000 0.000 NA   NA
 5432322 5432323 PAa_0541 PAa_0542 polC trpS TRUE 0.922 79.000 0.005 0.044 N NA
 5432323 5432324 PAa_0542 PAa_0543 trpS   FALSE 0.068 1906.000 0.000 NA   NA
 5432325 5432326 PAa_0544 PAa_0545 iscU csdB TRUE 0.995 12.000 0.053 1.000 N NA
 5432326 5432327 PAa_0545 PAa_0546 csdB tyrS TRUE 0.991 13.000 0.008 1.000 N NA
 5432327 5432328 PAa_0546 PAa_0547 tyrS rplS TRUE 0.972 69.000 0.003 1.000 Y NA
 5432328 5432329 PAa_0547 PAa_0548 rplS trmD TRUE 0.998 33.000 0.567 1.000 Y NA
 5432329 5432330 PAa_0548 PAa_0549 trmD rpsP TRUE 0.997 36.000 0.033 1.000 Y NA
 5432330 5432331 PAa_0549 PAa_0550 rpsP prfB TRUE 0.882 76.000 0.000 1.000 Y NA
 5432331 5432332 PAa_0550 PAa_0551 prfB secA TRUE 0.995 4.000 0.052 1.000 N NA
 5432332 5432333 PAa_0551 PAa_0552 secA   TRUE 0.144 202.000 0.000 NA   NA
 5432335 5432336 PAa_0554 PAa_0555 dnaJ dnaK TRUE 0.982 69.000 0.008 0.003 Y NA
 5432336 5432337 PAa_0555 PAa_0556 dnaK grpE TRUE 0.997 -13.000 0.019 0.007 Y NA
 5432337 5432338 PAa_0556 PAa_0557 grpE hrcA TRUE 0.993 30.000 0.025 1.000 N NA
 5432338 5432339 PAa_0557 PAa_0558 hrcA   FALSE 0.062 833.000 0.000 NA   NA
 5432339 5432340 PAa_0558 PAa_0559   rplQ TRUE 0.838 52.000 0.000 NA   NA
 5432340 5432341 PAa_0559 PAa_0560 rplQ rpoA TRUE 0.995 18.000 0.873 1.000 N NA
 5432341 5432342 PAa_0560 PAa_0561 rpoA rpsK TRUE 0.996 29.000 0.308 1.000 N NA
 5432342 5432343 PAa_0561 PAa_0562 rpsK rpsM TRUE 0.998 16.000 0.810 0.047 Y NA
 5432343 5432344 PAa_0562 PAa_0563 rpsM rpmJ TRUE 0.992 13.000 0.067 0.047   NA
 5432344 5432345 PAa_0563 PAa_0564 rpmJ infA TRUE 0.993 12.000 0.078 1.000   NA
 5432345 5432346 PAa_0564 PAa_0565 infA map TRUE 0.998 35.000 0.160 1.000 Y NA
 5432346 5432347 PAa_0565 PAa_0566 map adk TRUE 0.997 -3.000 0.290 1.000 N NA
 5432347 5432348 PAa_0566 PAa_0567 adk secY TRUE 0.996 22.000 0.241 1.000 N NA
 5432348 5432349 PAa_0567 PAa_0568 secY rplO TRUE 0.996 2.000 0.730 1.000 N NA
 5432349 5432350 PAa_0568 PAa_0569 rplO rpmD TRUE 0.998 0.000 0.653 0.009 Y NA
 5432350 5432351 PAa_0569 PAa_0570 rpmD rpsE TRUE 0.998 -3.000 0.789 0.068 Y NA
 5432351 5432352 PAa_0570 PAa_0571 rpsE rplR TRUE 0.998 24.000 0.814 0.068 Y NA
 5432352 5432353 PAa_0571 PAa_0572 rplR rplF TRUE 0.998 10.000 0.815 0.047 Y NA
 5432353 5432354 PAa_0572 PAa_0573 rplF rpsH TRUE 0.998 31.000 0.808 0.047 Y NA
 5432354 5432355 PAa_0573 PAa_0574 rpsH rpsN TRUE 0.998 17.000 0.295 0.047 Y NA
 5432355 5432356 PAa_0574 PAa_0575 rpsN rplE TRUE 0.998 15.000 0.309 0.047 Y NA
 5432356 5432357 PAa_0575 PAa_0576 rplE rplX TRUE 0.998 15.000 0.758 0.047 Y NA
 5432357 5432358 PAa_0576 PAa_0577 rplX rplN TRUE 0.998 12.000 0.810 0.068 Y NA
 5432358 5432359 PAa_0577 PAa_0578 rplN rpsQ TRUE 0.998 -3.000 0.791 0.068 Y NA
 5432359 5432360 PAa_0578 PAa_0579 rpsQ rpmC TRUE 0.997 34.000 0.828 0.047 Y NA
 5432360 5432361 PAa_0579 PAa_0580 rpmC rplP TRUE 0.998 -3.000 0.802 0.047 Y NA
 5432361 5432362 PAa_0580 PAa_0581 rplP rpsC TRUE 0.998 -22.000 0.828 0.068 Y NA
 5432362 5432363 PAa_0581 PAa_0582 rpsC rplV TRUE 0.998 -16.000 0.719 0.068 Y NA
 5432363 5432364 PAa_0582 PAa_0583 rplV rpsS TRUE 0.998 21.000 0.769 0.068 Y NA
 5432364 5432365 PAa_0583 PAa_0584 rpsS rplB TRUE 0.998 14.000 0.820 0.068 Y NA
 5432365 5432366 PAa_0584 PAa_0585 rplB rplW TRUE 0.998 24.000 0.849 1.000 Y NA
 5432366 5432367 PAa_0585 PAa_0586 rplW rplD TRUE 0.999 3.000 0.307 1.000 Y NA
 5432367 5432368 PAa_0586 PAa_0587 rplD rplC TRUE 0.998 -13.000 0.544 0.047 Y NA
 5432368 5432369 PAa_0587 PAa_0588 rplC rpsJ TRUE 0.997 46.000 0.467 0.068 Y NA
 5432369 5432370 PAa_0588 PAa_0589 rpsJ rpmF TRUE 0.456 168.000 0.000 0.068 Y NA
 5432370 5432371 PAa_0589 PAa_0590 rpmF   FALSE 0.064 522.000 0.000 NA   NA
 5432371 5432372 PAa_0590 PAa_0591   obg FALSE 0.078 378.000 0.000 NA   NA
 5432372 5432373 PAa_0591 PAa_0592 obg rpmA TRUE 0.994 24.000 0.335 1.000   NA
 5432373 5432374 PAa_0592 PAa_0593 rpmA   TRUE 0.999 5.000 0.203 NA Y NA
 5432374 5432375 PAa_0593 PAa_0594   rplU TRUE 0.999 10.000 0.208 NA Y NA
 5432375 5432376 PAa_0594 PAa_0595 rplU   TRUE 0.628 130.000 0.004 NA   NA
 5432376 5432377 PAa_0595 PAa_0596   serS FALSE 0.076 396.000 0.000 NA   NA
 5432377 5432378 PAa_0596 PAa_0597 serS   TRUE 0.310 116.000 0.000 NA   NA
 5432378 5432379 PAa_0597 PAa_0598     TRUE 0.917 20.000 0.000 NA   NA
 5432379 5432380 PAa_0598 PAa_0599   rpsT TRUE 0.902 34.000 0.000 NA   NA
 5432380 5432381 PAa_0599 PAa_0600 rpsT   TRUE 0.084 336.000 0.000 NA   NA
 5432382 5432383 PAa_0601 PAa_0602 thiI ppa TRUE 0.116 360.000 0.000 1.000 N NA
 5432383 5432384 PAa_0602 PAa_0603 ppa smpB TRUE 0.908 70.000 0.002 1.000 N NA
 5432384 5432385 PAa_0603 PAa_0604 smpB   FALSE 0.063 1027.000 0.000 NA   NA
 5432385 5432386 PAa_0604 PAa_0605     TRUE 0.237 133.000 0.000 NA   NA
 5432386 5432387 PAa_0605 PAa_0606   nusA TRUE 0.150 178.000 0.000 1.000   NA
 5432387 5432388 PAa_0606 PAa_0607 nusA   TRUE 0.999 8.000 0.323 NA Y NA
 5432388 5432389 PAa_0607 PAa_0608   infB TRUE 0.995 42.000 0.171 NA N NA
 5432389 5432390 PAa_0608 PAa_0609 infB rbfA TRUE 0.999 3.000 0.530 1.000 Y NA
 5432390 5432391 PAa_0609 PAa_0610 rbfA pth TRUE 0.216 674.000 0.000 1.000 Y NA
 5432392 5432393 PAa_0611 PAa_0612     FALSE 0.063 555.000 0.000 NA   NA
 5432393 5432394 PAa_0612 PAa_0613   rpoD TRUE 0.993 10.000 0.053 NA   NA
 5432394 5432395 PAa_0613 PAa_0614 rpoD dnaG TRUE 0.994 39.000 0.114 1.000 N NA
 5432395 5432396 PAa_0614 PAa_0615 dnaG GRS1 TRUE 0.992 5.000 0.010 1.000 N NA
 5432396 5432397 PAa_0615 PAa_0616 GRS1 era TRUE 0.283 318.000 0.004 1.000   NA
 5432397 5432398 PAa_0616 PAa_0617 era   TRUE 0.991 16.000 0.026 NA   NA
 5432398 5432399 PAa_0617 PAa_0618   rpsU TRUE 0.632 113.000 0.003 NA   NA
 5432399 5432400 PAa_0618 PAa_0619 rpsU   FALSE 0.062 405.000 0.000 1.000   NA
 5432400 5432401 PAa_0619 PAa_0620     FALSE 0.064 398.000 0.000 1.000   NA
 5432401 5432402 PAa_0620 PAa_0621     TRUE 0.243 131.000 0.000 NA   NA
 5432403 5432404 PAa_0622 PAa_0623   dnaX TRUE 0.104 273.000 0.000 NA   NA
 5432404 5432405 PAa_0623 PAa_0624 dnaX   TRUE 0.993 23.000 0.100 NA   NA
 5432405 5432406 PAa_0624 PAa_0625     TRUE 0.955 48.000 0.002 NA   NA
 5432406 5432407 PAa_0625 PAa_0626   pssA TRUE 0.942 73.000 0.022 1.000   NA
 5432407 5432408 PAa_0626 PAa_0627 pssA psd TRUE 0.998 0.000 0.130 0.005 Y NA
 5432408 5432409 PAa_0627 PAa_0628 psd pyrG TRUE 0.924 74.000 0.004 1.000 N NA
 5432410 5432411 PAa_0629 PAa_0630   dnaD TRUE 0.959 70.000 0.027 NA   NA
 5432411 5432412 PAa_0630 PAa_0631 dnaD rnc TRUE 0.769 128.000 0.005 NA N NA
 5432412 5432413 PAa_0631 PAa_0632 rnc plsX TRUE 0.994 -3.000 0.029 1.000 N NA
 5432415 5432416 PAa_0634 PAa_0635 topA   TRUE 0.980 21.000 0.004 1.000   NA
 5432416 5432417 PAa_0635 PAa_0636     TRUE 0.326 403.000 0.007 NA   NA
 5432417 5432418 PAa_0636 PAa_0637   efp TRUE 0.327 112.000 0.000 NA   NA
 5432418 5432419 PAa_0637 PAa_0638 efp miaA TRUE 0.995 4.000 0.004 1.000 Y NA
 5432419 5432420 PAa_0638 PAa_0639 miaA   TRUE 0.718 125.000 0.008 NA   NA
 5432420 5432421 PAa_0639 PAa_0640     TRUE 0.994 19.000 0.245 NA   NA
 5432421 5432422 PAa_0640 PAa_0641     FALSE 0.078 377.000 0.000 NA   NA
 5432422 5432423 PAa_0641 PAa_0642     TRUE 0.184 163.000 0.000 NA   NA
 5432423 5432424 PAa_0642 PAa_t11   tRNA-Arg TRUE 0.411 95.000 0.000 NA   NA
 5432425 5432426 PAa_0643 PAa_0644   gidA TRUE 0.982 20.000 0.004 NA   NA
 5432426 5432427 PAa_0644 PAa_0645 gidA gidB TRUE 0.996 -13.000 0.466 1.000 N NA
 5432429 5432430 PAa_0647 PAa_0648     TRUE 0.124 231.000 0.000 NA   NA
 5432430 5432431 PAa_0648 PAa_0649     TRUE 0.917 25.000 0.000 NA   NA
 5432431 5432432 PAa_0649 PAa_0650   gepA TRUE 0.896 36.000 0.000 NA   NA
 5432432 5432433 PAa_0650 PAa_0651 gepA   TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5432433 5432434 PAa_0651 PAa_0652     FALSE 0.061 732.000 0.000 NA   NA
 5432434 5432435 PAa_0652 PAa_0653     FALSE 0.079 375.000 0.000 NA   NA
 5432435 5432436 PAa_0653 PAa_0654     TRUE 0.921 -25.000 0.000 NA   NA
 5432436 5432437 PAa_0654 PAa_0655     TRUE 0.925 8.000 0.000 NA   NA
 5432437 5432438 PAa_0655 PAa_0656     FALSE 0.062 578.000 0.000 NA   NA
 5432438 5432439 PAa_0656 PAa_0657     FALSE 0.062 630.000 0.000 NA   NA
 5432439 5432440 PAa_0657 PAa_0658     TRUE 0.925 -10.000 0.000 NA   NA
 5432441 5432442 PAa_0659 PAa_0660   tufB TRUE 0.229 137.000 0.000 NA   NA
 5432442 5432443 PAa_0660 PAa_0661 tufB fusA TRUE 0.958 119.000 0.400 0.003 Y NA
 5432443 5432444 PAa_0661 PAa_0662 fusA rpsG TRUE 0.998 29.000 0.579 1.000 Y NA
 5432444 5432445 PAa_0662 PAa_0663 rpsG rpsL TRUE 0.993 68.000 0.224 0.010 Y NA
 5432445 5432446 PAa_0663 PAa_0664 rpsL rpoC TRUE 0.994 28.000 0.035 1.000 N NA
 5432446 5432447 PAa_0664 PAa_0665 rpoC rpoB TRUE 0.998 4.000 0.851 0.004 Y NA
 5432447 5432448 PAa_0665 PAa_0666 rpoB rplL TRUE 0.843 158.000 0.223 1.000 N NA
 5432448 5432449 PAa_0666 PAa_0667 rplL rplJ TRUE 0.997 45.000 0.884 1.000 Y NA
 5432449 5432450 PAa_0667 PAa_0668 rplJ rplA TRUE 0.996 58.000 0.302 1.000 Y NA
 5432450 5432451 PAa_0668 PAa_0669 rplA rplK TRUE 0.998 17.000 0.838 0.065 Y NA
 5432451 5432452 PAa_0669 PAa_0670 rplK nusG TRUE 0.909 113.000 0.681 1.000 N NA
 5432452 5432453 PAa_0670 PAa_0671 nusG secE TRUE 0.977 -3.000 0.003 1.000   NA
 5432453 5432454 PAa_0671 PAa_0672 secE yacO TRUE 0.080 309.000 0.000 1.000   NA
 5432454 5432455 PAa_0672 PAa_0673 yacO mgtA TRUE 0.985 2.000 0.003 1.000 N NA
 5432455 5432456 PAa_0673 PAa_0674 mgtA pnp TRUE 0.942 66.000 0.003 1.000 N NA
 5432456 5432457 PAa_0674 PAa_t12 pnp tRNA-Asn TRUE 0.118 243.000 0.000 NA   NA
 5432457 5432458 PAa_t12 PAa_r05 tRNA-Asn 5S_rRNA FALSE 0.063 533.000 0.000 NA   NA
 5432458 5432459 PAa_r05 PAa_r04 5S_rRNA 23S_rRNA TRUE 0.905 33.000 0.000 NA   NA
 5432459 5432460 PAa_r04 PAa_t22 23S_rRNA tRNA-Ile TRUE 0.826 56.000 0.000 NA   NA
 5432460 5432461 PAa_t22 PAa_r01 tRNA-Ile 16S_rRNA TRUE 0.742 66.000 0.000 NA   NA
 5432461 5432462 PAa_r01 PAa_t42 16S_rRNA tRNA-Tyr TRUE 0.327 112.000 0.000 NA   NA
 5432462 5432463 PAa_t42 PAa_0675 tRNA-Tyr yidC TRUE 0.276 127.000 0.000 NA   NA
 5432463 5432464 PAa_0675 PAa_0676 yidC rnpA TRUE 0.993 27.000 0.021 1.000 N NA
 5432464 5432465 PAa_0676 PAa_0677 rnpA rpmH TRUE 0.770 148.000 0.787 1.000   NA
 5432465 5432466 PAa_0677 PAa_0678 rpmH proS TRUE 0.598 105.000 0.002 1.000   NA
 5432466 5432467 PAa_0678 PAa_t37 proS tRNA-Ser TRUE 0.152 197.000 0.000 NA   NA
 5432467 5432468 PAa_t37 PAa_t14 tRNA-Ser tRNA-Cys TRUE 0.267 129.000 0.000 NA   NA
 5432468 5432469 PAa_t14 PAa_0679 tRNA-Cys pepP TRUE 0.925 11.000 0.000 NA   NA
 5432469 5432470 PAa_0679 PAa_0680 pepP rpmG TRUE 0.832 62.000 0.000 1.000 N NA
 5432470 5432471 PAa_0680 PAa_0681 rpmG   TRUE 0.965 46.000 0.003 NA   NA
 5432471 5432472 PAa_0681 PAa_0682     TRUE 0.993 36.000 0.600 NA   NA
 5432472 5432473 PAa_0682 PAa_0683   huP TRUE 0.756 137.000 0.037 NA   NA
 5432473 5432474 PAa_0683 PAa_0684 huP gpsA TRUE 0.894 97.000 0.014 NA N NA
 5432474 5432475 PAa_0684 PAa_0685 gpsA   FALSE 0.062 758.000 0.000 NA   NA
 5432475 5432476 PAa_0685 PAa_s07   rnpB TRUE 0.095 303.000 0.000 NA   NA
 5432477 5432478 PAa_0686 PAa_0687 pdhA pdhB TRUE 0.999 3.000 0.458 0.003 Y NA
 5432478 5432479 PAa_0687 PAa_0688 pdhB pdhC TRUE 0.998 21.000 0.069 0.022 Y NA
 5432479 5432480 PAa_0688 PAa_0689 pdhC pdhD TRUE 0.998 23.000 0.857 1.000 Y NA
 5432480 5432481 PAa_0689 PAa_0690 pdhD tatD TRUE 0.106 527.000 0.000 NA N NA
 5432482 5432483 PAa_0691 PAa_0692     FALSE 0.061 696.000 0.000 NA   NA
 5432483 5432484 PAa_0692 PAa_0693   uvrD TRUE 0.984 14.000 0.005 NA   NA
 5432484 5432485 PAa_0693 PAa_0694 uvrD glnS TRUE 0.991 13.000 0.008 1.000 N NA
 5432485 5432486 PAa_0694 PAa_0695 glnS   FALSE 0.066 483.000 0.000 NA   NA
 5432486 5432487 PAa_0695 PAa_0696     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432487 5432488 PAa_0696 PAa_0697     FALSE 0.064 506.000 0.000 NA   NA
 5432488 5432489 PAa_0697 PAa_0698     TRUE 0.080 361.000 0.000 NA   NA
 5432490 5432491 PAa_0699 PAa_0700 uvrA tig TRUE 0.132 310.000 0.000 1.000 N NA
 5432491 5432492 PAa_0700 PAa_0701 tig lon TRUE 0.998 25.000 0.161 1.000 Y NA
 5432493 5432494 PAa_0702 PAa_0703 pmbA tldD TRUE 0.956 80.000 0.114 NA   NA
 5432498 5432499 PAa_0707 PAa_0708 rnhC   FALSE 0.067 1482.000 0.000 NA   NA
 5432501 5432502 PAa_0710 PAa_0711 cbf1 pcnB TRUE 0.988 -13.000 0.014 1.000   NA
 5432502 5432503 PAa_0711 PAa_0712 pcnB codA TRUE 0.766 88.000 0.000 1.000 Y NA
 5432503 5432504 PAa_0712 PAa_0713 codA tdk TRUE 0.996 35.000 0.009 1.000 Y NA
 5432504 5432505 PAa_0713 PAa_0714 tdk rpmE TRUE 0.990 49.000 0.052 1.000 N NA
 5432505 5432506 PAa_0714 PAa_0715 rpmE rpmB TRUE 0.985 47.000 0.002 0.044 Y NA
 5432508 5432509 PAa_0717 PAa_0718   oppF FALSE 0.065 1292.000 0.000 NA   NA
 5432509 5432510 PAa_0718 PAa_0719 oppF   FALSE 0.074 399.000 0.000 NA   NA
 5432510 5432511 PAa_0719 PAa_0720     TRUE 0.926 6.000 0.000 NA   NA
 5432511 5432512 PAa_0720 PAa_0721     FALSE 0.062 622.000 0.000 NA   NA
 5432512 5432513 PAa_0721 PAa_0722     TRUE 0.080 366.000 0.000 NA   NA
 5432514 5432515 PAa_0723 PAa_0724 fliA   TRUE 0.994 0.000 0.167 1.000   NA
 5432515 5432516 PAa_0724 PAa_0725     FALSE 0.063 1036.000 0.000 NA   NA
 5432516 5432517 PAa_0725 PAa_0726     TRUE 0.917 25.000 0.000 NA   NA
 5432517 5432518 PAa_0726 PAa_0727     FALSE 0.062 618.000 0.000 NA   NA
 5432518 5432519 PAa_0727 PAa_0728     FALSE 0.062 863.000 0.000 NA   NA
 5432519 5432520 PAa_0728 PAa_0729     FALSE 0.065 484.000 0.000 NA   NA
 5432520 5432521 PAa_0729 PAa_0730     TRUE 0.102 280.000 0.000 NA   NA
 5432521 5432522 PAa_0730 PAa_0731     TRUE 0.106 264.000 0.000 NA   NA
 5432522 5432523 PAa_0731 PAa_0732     FALSE 0.062 577.000 0.000 NA   NA
 5432523 5432524 PAa_0732 PAa_0733     TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5432524 5432525 PAa_0733 PAa_0734     TRUE 0.758 64.000 0.000 NA   NA
 5432525 5432526 PAa_0734 PAa_0735   tmk TRUE 0.925 -10.000 0.000 NA   NA
 5432526 5432527 PAa_0735 PAa_0736 tmk   TRUE 0.917 20.000 0.000 NA   NA
 5432527 5432528 PAa_0736 PAa_0737     TRUE 0.776 61.000 0.000 NA   NA
 5432528 5432529 PAa_0737 PAa_0738   huP TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432529 5432530 PAa_0738 PAa_0739 huP   TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5432530 5432531 PAa_0739 PAa_0740     TRUE 0.214 141.000 0.000 NA   NA
 5432531 5432532 PAa_0740 PAa_0741     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5432532 5432533 PAa_0741 PAa_0742     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432533 5432534 PAa_0742 PAa_0743     TRUE 0.139 203.000 0.000 NA   NA
 5432534 5432535 PAa_0743 PAa_0744     TRUE 0.407 96.000 0.000 NA   NA
 5432535 5432536 PAa_0744 PAa_0745     FALSE 0.070 437.000 0.000 NA   NA
 5432536 5432537 PAa_0745 PAa_0746     TRUE 0.916 30.000 0.000 NA   NA
 5432537 5432538 PAa_0746 PAa_0747     TRUE 0.181 164.000 0.000 NA   NA
 5432540 5432541 PAa_0749 PAa_0750     TRUE 0.624 79.000 0.000 NA   NA
 5432541 5432542 PAa_0750 PAa_0751     TRUE 0.223 138.000 0.000 NA   NA
 5432542 5432543 PAa_0751 PAa_0752     FALSE 0.061 668.000 0.000 NA   NA
 5432543 5432544 PAa_0752 PAa_0753     FALSE 0.061 688.000 0.000 NA   NA
 5432544 5432545 PAa_0753 PAa_0754     TRUE 0.993 3.000 0.109 0.004   NA
 5432545 5432546 PAa_0754 PAa_0755     TRUE 0.217 698.000 0.000 1.000 Y NA
 5432546 5432547 PAa_0755 PAa_0756     TRUE 0.265 321.000 0.000 0.018 Y NA
 5432547 5432548 PAa_0756 PAa_0757     TRUE 0.362 213.000 0.000 0.018 Y NA
 5432548 5432549 PAa_0757 PAa_0758     TRUE 0.998 33.000 0.095 0.018 Y NA
 5432549 5432550 PAa_0758 PAa_0759     TRUE 0.111 250.000 0.000 NA   NA
 5432550 5432551 PAa_0759 PAa_0760   groES FALSE 0.078 376.000 0.000 NA   NA
 5432551 5432552 PAa_0760 PAa_0761 groES groL TRUE 0.979 26.000 0.000 1.000 Y NA
 5432552 5432553 PAa_0761 PAa_0762 groL   TRUE 0.553 320.000 0.062 NA   NA
 5432553 5432554 PAa_0762 PAa_0763   nadE FALSE 0.065 487.000 0.000 NA   NA
 5432554 5432555 PAa_0763 PAa_0764 nadE   FALSE 0.062 848.000 0.000 NA   NA
 5432555 5432556 PAa_0764 PAa_0765     TRUE 0.349 107.000 0.000 NA   NA
 5432556 5432557 PAa_0765 PAa_0766   trmU TRUE 0.562 81.000 0.000 NA   NA
 5432557 5432558 PAa_0766 PAa_0767 trmU relA TRUE 0.986 38.000 0.006 1.000 N NA
 5432559 5432560 PAa_0768 PAa_0769 citS sfcA TRUE 0.999 -3.000 0.286 1.000 Y NA
 5432561 5432562 PAa_0770 PAa_0771 ligA   TRUE 0.978 27.000 0.003 NA   NA
 5432562 5432563 PAa_0771 PAa_0772     FALSE 0.065 1118.000 0.000 NA   NA
 5432563 5432564 PAa_0772 PAa_0773     TRUE 0.398 98.000 0.000 NA   NA
 5432565 5432566 PAa_0774 PAa_0775   glnQ FALSE 0.062 840.000 0.000 NA   NA
 5432568 5432569 PAa_0777 PAa_0778 rsrIR   TRUE 0.907 2.000 0.000 0.098   NA
 5432569 5432570 PAa_0778 PAa_0779   mgtA FALSE 0.057 470.000 0.000 1.000   NA
 5432570 5432571 PAa_0779 PAa_0780 mgtA engA TRUE 0.084 294.000 0.000 1.000   NA
 5432571 5432572 PAa_0780 PAa_0781 engA cmk TRUE 0.992 -12.000 0.060 1.000   NA
 5432572 5432573 PAa_0781 PAa_0782 cmk rsuA TRUE 0.994 31.000 0.042 1.000 N NA
 5432573 5432574 PAa_0782 PAa_0783 rsuA truB TRUE 0.987 59.000 0.007 0.005 Y NA
 5432574 5432575 PAa_0783 PAa_0784 truB trxA TRUE 0.990 27.000 0.007 1.000 N NA
 5432575 5432576 PAa_0784 PAa_0785 trxA   TRUE 0.834 54.000 0.000 NA   NA
 5432576 5432577 PAa_0785 PAa_0786     FALSE 0.066 1372.000 0.000 NA   NA
 5432577 5432578 PAa_0786 PAa_0787     FALSE 0.074 401.000 0.000 NA   NA
 5432578 5432579 PAa_0787 PAa_0788     TRUE 0.103 276.000 0.000 NA   NA
 5432579 5432580 PAa_0788 PAa_0789     TRUE 0.214 131.000 0.000 1.000   NA
 5432581 5432582 PAa_0790 PAa_0791 fliA   TRUE 0.994 4.000 0.167 1.000   NA
 5432582 5432583 PAa_0791 PAa_0792     TRUE 0.121 235.000 0.000 NA   NA
 5432583 5432584 PAa_0792 PAa_0793     TRUE 0.079 369.000 0.000 NA   NA
 5432584 5432585 PAa_0793 PAa_0794   gepA TRUE 0.606 80.000 0.000 NA   NA
 5432585 5432586 PAa_0794 PAa_0795 gepA gepA TRUE 0.918 27.000 0.000 NA   NA
 5432587 5432588 PAa_0796 PAa_0797     TRUE 0.170 182.000 0.000 NA   NA
 5432588 5432589 PAa_0797 PAa_0798     TRUE 0.940 82.000 0.667 NA   NA
 5432589 5432590 PAa_0798 PAa_0799     TRUE 0.952 28.000 0.000 NA N NA
 5432590 5432591 PAa_0799 PAa_0800     TRUE 0.144 202.000 0.000 NA   NA
 5432591 5432592 PAa_0800 PAa_0801     TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432592 5432593 PAa_0801 PAa_0802     TRUE 0.921 16.000 0.000 NA   NA
 5432593 5432594 PAa_0802 PAa_0803     TRUE 0.289 123.000 0.000 NA   NA
 5432594 5432595 PAa_0803 PAa_0804   huP TRUE 0.891 24.000 0.000 0.097   NA
 5432595 5432596 PAa_0804 PAa_0805 huP   TRUE 0.927 -7.000 0.000 NA   NA
 5432596 5432597 PAa_0805 PAa_0806     TRUE 0.562 81.000 0.000 NA   NA
 5432597 5432598 PAa_0806 PAa_0807   tmk TRUE 0.917 20.000 0.000 NA   NA
 5432598 5432599 PAa_0807 PAa_0808 tmk   TRUE 0.913 -10.000 0.000 1.000   NA
 5432599 5432600 PAa_0808 PAa_0809     TRUE 0.890 23.000 0.000 0.097   NA
 5432601 5432602 PAa_0810 PAa_0811     TRUE 0.243 131.000 0.000 NA   NA
 5432603 5432604 PAa_0812 PAa_0813     TRUE 0.349 107.000 0.000 NA   NA
 5432604 5432605 PAa_0813 PAa_0814     TRUE 0.121 235.000 0.000 NA   NA
 5432605 5432606 PAa_0814 PAa_0815     TRUE 0.994 4.000 0.167 1.000   NA
 5432606 5432607 PAa_0815 PAa_0816   pgsA FALSE 0.054 995.000 0.000 1.000   NA
 5432608 5432609 PAa_t21 PAa_t16 tRNA-His tRNA-Gln TRUE 0.914 24.000 0.000 NA   NA
 5432609 5432610 PAa_t16 PAa_t26 tRNA-Gln tRNA-Leu TRUE 0.907 32.000 0.000 NA   NA
 5432610 5432611 PAa_t26 PAa_t41 tRNA-Leu tRNA-Trp TRUE 0.925 12.000 0.000 NA   NA
 5432611 5432612 PAa_t41 PAa_0817 tRNA-Trp   FALSE 0.069 1928.000 0.000 NA   NA
 5432614 5432615 PAa_0819 PAa_t27   tRNA-Leu TRUE 0.884 44.000 0.000 NA   NA
 5432616 5432617 PAa_t19 PAa_t39 tRNA-Gly tRNA-Thr TRUE 0.916 21.000 0.000 NA   NA
 5432618 5432619 PAa_0820 PAa_s08 csp tmRNA FALSE 0.065 496.000 0.000 NA   NA
 5432620 5432621 PAa_0821 PAa_0822   dnaB2 TRUE 0.464 718.000 0.817 NA   NA
 5432621 5432622 PAa_0822 PAa_0823 dnaB2 mutM TRUE 0.997 17.000 0.012 NA Y NA
 5432622 5432623 PAa_0823 PAa_0824 mutM polA TRUE 0.228 484.000 0.000 1.000 Y NA
 5432623 5432624 PAa_0824 PAa_0825 polA   TRUE 0.125 227.000 0.000 NA   NA
 5432624 5432625 PAa_0825 PAa_0826   ffh TRUE 0.669 74.000 0.000 NA   NA
 5432625 5432626 PAa_0826 PAa_0827 ffh ftsY TRUE 0.997 19.000 0.024 0.002 Y NA
 5432626 5432627 PAa_0827 PAa_0828 ftsY   TRUE 0.173 155.000 0.000 1.000   NA
 5432627 5432628 PAa_0828 PAa_t33   tRNA-Phe FALSE 0.063 1036.000 0.000 NA   NA
 5432628 5432629 PAa_t33 PAa_t13 tRNA-Phe tRNA-Asp TRUE 0.928 1.000 0.000 NA   NA
 5432629 5432630 PAa_t13 PAa_t30 tRNA-Asp tRNA-Met TRUE 0.925 8.000 0.000 NA   NA
 5432630 5432631 PAa_t30 PAa_t38 tRNA-Met tRNA-Ser TRUE 0.916 21.000 0.000 NA   NA
 5432631 5432632 PAa_t38 PAa_t31 tRNA-Ser tRNA-Met TRUE 0.925 8.000 0.000 NA   NA
 5432632 5432633 PAa_t31 PAa_t32 tRNA-Met tRNA-Met TRUE 0.928 2.000 0.000 NA   NA
 5432633 5432634 PAa_t32 PAa_t09 tRNA-Met tRNA-Ala TRUE 0.914 23.000 0.000 NA   NA
 5432634 5432635 PAa_t09 PAa_t28 tRNA-Ala tRNA-Leu TRUE 0.926 7.000 0.000 NA   NA
 5432635 5432636 PAa_t28 PAa_t29 tRNA-Leu tRNA-Lys TRUE 0.918 18.000 0.000 NA   NA
 5432636 5432637 PAa_t29 PAa_t40 tRNA-Lys tRNA-Thr TRUE 0.927 3.000 0.000 NA   NA
 5432637 5432638 PAa_t40 PAa_t43 tRNA-Thr tRNA-Val TRUE 0.843 51.000 0.000 NA   NA
 5432638 5432639 PAa_t43 PAa_r06 tRNA-Val 5S_rRNA TRUE 0.927 4.000 0.000 NA   NA
 5432639 5432640 PAa_r06 PAa_r03 5S_rRNA 23S_RNA TRUE 0.905 33.000 0.000 NA   NA
 5432640 5432641 PAa_r03 PAa_t23 23S_RNA tRNA-Ile TRUE 0.826 56.000 0.000 NA   NA
 5432641 5432642 PAa_t23 PAa_r02 tRNA-Ile 16S_rRNA TRUE 0.735 67.000 0.000 NA   NA
 5432642 5432643 PAa_r02 PAa_0829 16S_rRNA   FALSE 0.068 1691.000 0.000 NA   NA
 5432643 5432644 PAa_0829 PAa_0830     TRUE 0.205 151.000 0.000 NA   NA
 5432644 5432645 PAa_0830 PAa_0831     TRUE 0.925 11.000 0.000 NA   NA
 5432647 5432648 PAa_0833 PAa_0834     TRUE 0.167 186.000 0.000 NA   NA
 5432648 5432649 PAa_0834 PAa_0835   nusB FALSE 0.064 1095.000 0.000 NA   NA
 5432649 5432650 PAa_0835 PAa_0836 nusB sodA TRUE 0.995 -7.000 0.055 1.000 N NA
 5432650 5432651 PAa_0836 PAa_0837 sodA nox TRUE 0.991 44.000 0.250 1.000   NA
 5432651 5432652 PAa_0837 PAa_0838 nox acpS TRUE 0.697 111.000 0.005 1.000   NA
 5432653 5432654 PAa_0839 PAa_0840     TRUE 0.127 226.000 0.000 NA   NA
 5432654 5431773 PAa_0840 PAa_0001   dnaA FALSE 0.061 632.000 0.000 NA   NA
 5432655 5432656 pPAPh2_p1 pPAPh2_p2     TRUE 0.923 -13.000 0.000 NA   NA
 5432656 5432657 pPAPh2_p2 pPAPh2_p3     TRUE 0.927 3.000 0.000 NA   NA
 5432657 5432658 pPAPh2_p3 pPAPh2_p4   Rep TRUE 0.813 57.000 0.000 NA   NA
 5432658 5432655 pPAPh2_p4 pPAPh2_p1 Rep   FALSE 0.063 945.000 0.000 NA   NA
 5432659 5432660 pPASb11_p1 pPASb11_p2     TRUE 0.923 -13.000 0.000 NA   NA
 5432660 5432661 pPASb11_p2 pPASb11_p3     TRUE 0.927 3.000 0.000 NA   NA
 5432661 5432662 pPASb11_p3 pPASb11_p4   Rep TRUE 0.826 56.000 0.000 NA   NA
 5432662 5432659 pPASb11_p4 pPASb11_p1 Rep   FALSE 0.063 980.000 0.000 NA   NA
 5432663 5432664 pCPa_p1 pCPa_p2     TRUE 0.095 303.000 0.000 NA   NA
 5432664 5432665 pCPa_p2 pCPa_p3     TRUE 0.928 0.000 0.000 NA   NA
 5432665 5432666 pCPa_p3 pCPa_p4     TRUE 0.920 -70.000 0.000 NA   NA
 5432666 5432663 pCPa_p4 pCPa_p1     FALSE 0.062 880.000 0.000 NA   NA